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一種用于檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒及其SNP標(biāo)志物的制作方法

文檔序號(hào):12167869閱讀:347來(lái)源:國(guó)知局

本發(fā)明屬于遺傳檢測(cè)領(lǐng)域,特別涉及一種用于檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒及其SNP標(biāo)志物。



背景技術(shù):

肝癌是世界上常見(jiàn)的惡性腫瘤之一,其中,慢性乙肝和慢性丙肝是肝癌的主要風(fēng)險(xiǎn)因子,而中國(guó)是世界上的乙肝大國(guó),乙肝發(fā)展成為肝癌的風(fēng)險(xiǎn)因素有很多,其中遺傳因素是乙肝發(fā)展成為肝癌的重要風(fēng)險(xiǎn)因素,而造成個(gè)體之間差異的遺傳物質(zhì)基礎(chǔ)之一是單核苷酸多態(tài)性。

采用單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphsm,SNP)作為基因組標(biāo)志的關(guān)聯(lián)分析方法是目前最常用的疾病的遺傳易感基因檢測(cè)方法之一。SNP是指基因組水平上由單核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性,在人群中的發(fā)生頻率大于1%,它是人類可遺傳的變異中最常見(jiàn)的一種。SNP遺傳穩(wěn)定性強(qiáng),易于檢測(cè),位于基因內(nèi)部的SNP能直接影響到蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)或表達(dá)水平,進(jìn)而影響到組織、器官乃至生理功能。

對(duì)常見(jiàn)疾病相關(guān)多種遺傳標(biāo)識(shí)進(jìn)行早期檢測(cè)和系統(tǒng)評(píng)估將有助于對(duì)疾病的早期預(yù)防、診斷和治療。目前,研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)大量與各種常見(jiàn)疾病相關(guān)的遺傳學(xué)標(biāo)識(shí),然而,由于缺乏有足夠的靈敏度和可以對(duì)多種疾病相關(guān)標(biāo)識(shí)進(jìn)行廣泛(高通量檢測(cè)位點(diǎn)、高通量檢測(cè)樣本)篩查和檢驗(yàn)的方法,使得這些常見(jiàn)疾病的遺傳學(xué)標(biāo)識(shí)無(wú)法廣泛應(yīng)用。此外,目前常見(jiàn)疾病遺傳標(biāo)識(shí)缺乏系統(tǒng)、有效的整合,大大制約了常見(jiàn)疾病早期預(yù)防、診斷和治療方面的發(fā)展?,F(xiàn)有檢測(cè)只有單一種疾病或一類疾病的遺傳標(biāo)識(shí)檢測(cè),檢測(cè)范圍有限,且某些常見(jiàn)疾病尚無(wú)早期檢測(cè)的方法。

目前,一些傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)手段,如組織細(xì)胞檢測(cè)存在著其固有的缺陷,取材位置不當(dāng)、組織細(xì)胞標(biāo)本材料不足或認(rèn)為經(jīng)驗(yàn)不足等都將導(dǎo)致鼻咽癌誤診。其他技術(shù)例如影像學(xué)雖然已被廣泛應(yīng)用于肝癌的檢查和診斷,但其在疾病鼻咽癌程度的定性上仍存在著很大的局限性。

綜上所述,研發(fā)一種用于通過(guò)多個(gè)易感位點(diǎn)檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒對(duì)肝癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)、預(yù)防、診斷提供依據(jù)具有重要意義。



技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

鑒于上述現(xiàn)有技術(shù)存在的缺陷,本發(fā)明的目的是提出一種用于檢測(cè)肝癌易感性的SNP標(biāo)志物、SNP標(biāo)志物的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物及其試劑盒,本發(fā)明的14個(gè)SNP位點(diǎn)為肝癌的患病風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷參考提供重要依據(jù)。

本發(fā)明的目的將通過(guò)以下技術(shù)方案得以實(shí)現(xiàn):

一種用于檢測(cè)肝癌易感性的SNP標(biāo)志物,所述SNP標(biāo)志物包括14個(gè)SNP位點(diǎn),所述14個(gè)SNP位點(diǎn)為rs9267673、rs4678680、rs12100561、rs4444903、rs455804、rs1800562、rs2596542、rs9275319、rs9275572、rs17401966、rs28362491、rs230496、rs7574865和rs1800629。

上述的SNP標(biāo)志物的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物,

所述檢測(cè)rs9267673的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:3;

所述檢測(cè)rs4678680的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:6;

所述檢測(cè)rs12100561的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:9;

所述檢測(cè)rs4444903的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:12;

所述檢測(cè)rs455804的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:15;

所述檢測(cè)rs1800562的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:16和SEQ ID NO:17,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:18;

所述檢測(cè)rs2596542的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:21;

所述檢測(cè)rs9275319的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:24;

所述檢測(cè)rs9275572的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:25和SEQ ID NO:26,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:27;

所述檢測(cè)rs17401966的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:30;

所述檢測(cè)rs28362491的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:32,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:33;

所述檢測(cè)rs230496的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:36;

所述檢測(cè)rs7574865的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:37和SEQ ID NO:38,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:39;

所述檢測(cè)rs1800629的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:40和SEQ ID NO:41,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:42。

一種用于檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒,所述試劑盒包括權(quán)利要求2所述SNP標(biāo)志物的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物,用于檢測(cè)外周血DNA中14個(gè)SNP位點(diǎn)為rs9267673、rs4678680、rs12100561、rs4444903、rs455804、rs1800562、rs2596542、rs9275319、rs9275572、rs17401966、rs28362491、rs230496、rs7574865和rs1800629。

上述的一種用于檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒,所述試劑盒還包括Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、PCR反應(yīng)緩沖液、酶切反應(yīng)緩沖液、去離子水。

本發(fā)明所述的試劑盒是以本發(fā)明人基于多個(gè)國(guó)際和國(guó)內(nèi)大樣本量的肝癌人群和正常人群肝癌易感基因篩查結(jié)果的前期研究為基礎(chǔ),通過(guò)本發(fā)明人自主設(shè)計(jì)的肝癌SNP篩選流程,從NCBI-pubmed數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選符合條件的SNP位點(diǎn):1)查找與肝癌相關(guān)的文獻(xiàn),通過(guò)影響因子和發(fā)表年限進(jìn)行過(guò)濾;2)查看候選文獻(xiàn)的摘要,進(jìn)一步排除與肝癌SNP研究無(wú)關(guān)的文獻(xiàn);3)閱讀文獻(xiàn),找到肝癌對(duì)應(yīng)的SNP位點(diǎn);4)以選取的SNP位點(diǎn)和肝癌為關(guān)鍵詞再一次查閱文獻(xiàn);5)判斷選取的SNP位點(diǎn)是否與肝癌密切相關(guān),選取與肝癌最密切相關(guān)的SNP位點(diǎn)、對(duì)應(yīng)OR值以及突變堿基;6)將上一步驟獲得的SNP位點(diǎn),通過(guò)Sequenom公司軟件Typer 4.0進(jìn)行在線評(píng)估,獲得最終的14個(gè)SNP位點(diǎn)列表。

與現(xiàn)有技術(shù)相比,本發(fā)明提供了一種用于檢測(cè)肝癌易感性的檢測(cè)方法與試劑盒,還達(dá)到了以下效果:本發(fā)明的14個(gè)SNP位點(diǎn)經(jīng)過(guò)文獻(xiàn)論證,具有較高的實(shí)用性,可用于肝癌的早期評(píng)估和大規(guī)模篩查,并且該14個(gè)位點(diǎn)檢出成功率高、技術(shù)重現(xiàn)性好、性價(jià)比高,為肝癌的患病風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷參考提供重要依據(jù),以實(shí)現(xiàn)對(duì)肝癌疾病的早期評(píng)估。

以下便結(jié)合實(shí)施例,對(duì)本發(fā)明的具體實(shí)施方式作進(jìn)一步的詳述,以使技術(shù)方案更易于理解、掌握。

具體實(shí)施方式

下面通過(guò)具體實(shí)施例對(duì)本發(fā)明進(jìn)行說(shuō)明,但本發(fā)明并不局限于此。下述實(shí)施例中所述實(shí)驗(yàn)方法,如無(wú)特殊說(shuō)明,均為常規(guī)方法;所述試劑和材料,如無(wú)特殊說(shuō)明,均可從商業(yè)途徑獲得,下面實(shí)施例并非用以限制本發(fā)明的專利范圍,凡未脫離本發(fā)明所為的等效實(shí)施或變更,均應(yīng)包含于本專利保護(hù)范圍中。

實(shí)施例1用于檢測(cè)肝癌易感性相關(guān)的SNP位點(diǎn)

其中,rs9267673位于基因C2區(qū)域,rs4678680位于基因CCR4區(qū)域,rs12100561位于基因EFCAB11區(qū)域,rs4444903位于基因EGF區(qū)域,rs455804位于基因GRIK1區(qū)域,rs1800562位于基因HFE區(qū)域,rs2596542、rs9275319和rs9275572位于基因HLA區(qū)域,rs17401966位于基因KIF1B區(qū)域,rs28362491位于基因NFKB1區(qū)域,rs230496位于基因NFKBIA區(qū)域,rs7574865位于基因STAT4區(qū)域,rs1800629位于基因TNF區(qū)域。

實(shí)施例2檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒

一、試劑盒的制備:

1、設(shè)計(jì)和合成所述14個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物。待測(cè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物及單堿基延伸引物詳見(jiàn)表1

表1待測(cè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物及單堿基延伸引物

2、試劑盒還包括Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、PCR反應(yīng)緩沖液、酶切反應(yīng)緩沖液、去離子水。

二、試劑盒的檢測(cè)方法:

1、DNA的提取

1.1口腔拭子DNA提取

1)將口腔拭子放在2ml離心管中,加入400μl PBS。

2)加入20μl QIAGEN Protease和400μlBuffer AL。立即渦旋15s混勻。為了保證有效的裂解,樣品和Buffer AL必須立即并充分混合。

3)56℃孵育10min。短暫離心。

4)加入400μl乙醇(96-100%)到樣品中,渦旋混勻。短暫離心以使管蓋上無(wú)液體。

5)將液體轉(zhuǎn)移至離心柱,8000rpm(6000×g)離心1min。

6)柱子放入新的2ml EP管,加500μl Buffer AW1,8000rpm離心1min,棄EP管和廢液。

7)柱子放入新的2mlEP管,加500μl Buffer AW2,14000rpm(20,000×g)離心3min,丟棄EP管和廢液。

8)將柱子放入新的2mlEP管,14000rpm空管離心1min,丟棄EP管。

9)將柱子放入新的1.5mlEP管,加120μl Buffer AE,室溫孵育5min,8000rpm離心1min,-20℃保存。

1.2全血DNA提取

1)向1.5ml EP管中加入20μl QIAGEN Protease。

2)向管中加200μl全血樣品。注:先加入酶的目的是保證酶與血液的混勻。

3)加200μl Buffer AL,渦旋混勻15s。

4)56℃孵育10min,短暫離心。注:延長(zhǎng)孵育時(shí)間不能增加產(chǎn)量或提高質(zhì)量。

5)加入200μl無(wú)水乙醇,渦旋15s后,短暫離心以使管蓋上無(wú)液體。

6)繼續(xù)口腔拭子5~10步驟。

2、PCR擴(kuò)增

2.1在一個(gè)新的1.5mlEP管中配制PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系,見(jiàn)表2

表2PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系

以上試劑混勻后每孔各加2μl。

2.2每孔依次加入DNA 10ng/ul 1μl,0.25uM Primer Mix 2μl,總體積5μl。

2.3在兼容96孔板的PCR儀上設(shè)定PCR反應(yīng)條件為:94℃ 4min,94℃ 20s,56℃ 30min,72℃ 1min,45個(gè)循環(huán);72℃ 3min;4℃保持。將96孔PCR反應(yīng)板放置于PCR儀上,啟動(dòng)PCR反應(yīng)。

3、PCR產(chǎn)物堿性磷酸酶處理

3.1在PCR反應(yīng)結(jié)束后,將PCR產(chǎn)物用SAP(shrimp alkaline phosphatase,蝦堿性磷酸酶)處理,以去除體系中游離的dNTPs。

3.2配制堿性磷酸酶處理反應(yīng)體系,見(jiàn)表3

表3堿性磷酸酶處理反應(yīng)體系

以上試劑混勻后每孔加2μl。

3.3在兼容96孔板的PCR儀上,設(shè)定PCR反應(yīng)條件:37℃ 40min;85℃ 5min;4℃保持,啟動(dòng)PCR儀進(jìn)行堿性磷酸酶處理。

4單堿基延伸

4.1在堿性磷酸酶處理結(jié)束后,進(jìn)行單堿基延伸反應(yīng)。

4.2配制單堿基延伸反應(yīng)體系,見(jiàn)表4

表4單堿基延伸反應(yīng)體系

以上試劑混勻后每孔加1.06μl

4.3每孔加入iPLEX Extend Primer Mix 0.94μl,總體積9μl。

4.4在兼容96孔板的PCR儀上,設(shè)定PCR反應(yīng)條件:94℃ 30s,94℃ 5s,52℃ 5s,80℃ 5s;52℃ 5s,80℃ 5s 4個(gè)循環(huán);94℃ 5s,52℃ 5s,80℃ 5s 39個(gè)循環(huán);72℃ 3min;4℃維持。啟動(dòng)PCR儀進(jìn)行單堿基延伸反應(yīng)。

5、樹脂純化

5.1將Clean Resin樹脂平鋪到6mg的樹脂板中;

5.2加16μl水到延伸產(chǎn)物的對(duì)應(yīng)孔內(nèi);

5.3將干燥后的樹脂倒入延伸產(chǎn)物板中,封膜,低速垂直旋轉(zhuǎn)15min,使樹脂與反應(yīng)物充分接觸;

5.4 3000rpm 5min離心使樹脂沉入孔底部。

6、芯片點(diǎn)樣

啟動(dòng)MassARRAY NanodispenserRS1000點(diǎn)樣儀,將樹脂純化后的延伸產(chǎn)物移至96孔固體支持物上,制作出芯片。

7、質(zhì)譜檢測(cè)

將芯片使用MALDI-TOF(matrix-assistedlaser desorption/ionization-time offlight),基質(zhì)輔助激光解吸附電離飛行時(shí)間質(zhì)譜)分析,檢測(cè)結(jié)果使用TYPER4.0軟件(Sequenom)分型并輸出結(jié)果,分析受試者肝癌發(fā)生風(fēng)險(xiǎn),以實(shí)現(xiàn)對(duì)疾病的早期評(píng)估。

實(shí)施例3與肝癌密切相關(guān)的14個(gè)SNP位點(diǎn)引用的文獻(xiàn),見(jiàn)表5

表5與肝癌密切相關(guān)的14個(gè)SNP位點(diǎn)引用的文獻(xiàn)

實(shí)施例4根據(jù)實(shí)施例3中引用的文獻(xiàn)得出14個(gè)SNP位點(diǎn)與肝癌的關(guān)聯(lián),見(jiàn)表6

表6 14個(gè)SNP位點(diǎn)與肝癌的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果

實(shí)施例5 14個(gè)SNP位點(diǎn)的驗(yàn)證

采用上述實(shí)施例2中試劑盒的質(zhì)譜檢測(cè)方法分析14個(gè)SNP位點(diǎn),檢測(cè)結(jié)果使用TYPER4.0軟件(Sequenom)分型并輸出結(jié)果,其OR值與實(shí)施例4中表6的14個(gè)SNP位點(diǎn)與肝癌的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果相同,說(shuō)明該14個(gè)位點(diǎn)具有較高的實(shí)用性,可用于肝癌的早期評(píng)估和大規(guī)模篩查,由于質(zhì)譜分析技術(shù)具有檢出成功率高、技術(shù)重現(xiàn)性好、性價(jià)比高,因此本發(fā)明采用的是質(zhì)譜檢測(cè)分析該14個(gè)位點(diǎn)檢出成功率高、技術(shù)重現(xiàn)性好、性價(jià)比高,為肝癌的患病風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷參考提供重要依據(jù),以實(shí)現(xiàn)對(duì)肝癌疾病的早期評(píng)估。

上述說(shuō)明示出并描述了本發(fā)明的若干優(yōu)選實(shí)施例,但如前所述,應(yīng)當(dāng)理解本發(fā)明并非局限于本文所披露的形式,不應(yīng)看作是對(duì)其他實(shí)施例的排除,而可用于各種其他組合、修改和環(huán)境,并能夠在本文所述發(fā)明構(gòu)想范圍內(nèi),通過(guò)上述教導(dǎo)或相關(guān)領(lǐng)域的技術(shù)或知識(shí)進(jìn)行改動(dòng)。而本領(lǐng)域人員所進(jìn)行的改動(dòng)和變化不脫離本發(fā)明的精神和范圍,則都應(yīng)在本發(fā)明所附權(quán)利要求的保護(hù)范圍內(nèi)。

SEQUENCE LISTING

<110> 深圳市核子基因科技有限公司

<120> 一種用于檢測(cè)肝癌易感性的試劑盒及其SNP標(biāo)志物

<130>

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<170> PatentIn version 3.5

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<213> 人工序列

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<213> 人工序列

<400> 20

acgttggatg tgggcacatc ttttcatagc 30

<210> 21

<211> 17

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 21

ccaaagaaca gctacac 17

<210> 22

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 22

acgttggatg cctcaaatgt agggaagctg 30

<210> 23

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 23

acgttggatg tccacccttc atctttctcc 30

<210> 24

<211> 16

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 24

tctgtggttg aaggtc 16

<210> 25

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 25

acgttggatg cttgaactta ggctaggtcc 30

<210> 26

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 26

acgttggatg caaagatgtg gactttaggg 30

<210> 27

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 27

gctaggtcct ttaatgaag 19

<210> 28

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 28

acgttggatg aacctctaag aacacttgac 30

<210> 29

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 29

acgttggatg ccccttcagc ctcatttttt 30

<210> 30

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 30

ctaagaacac ttgactcaat a 21

<210> 31

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 31

acgttggatg catgactcta tcagcggcac 30

<210> 32

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 32

acgttggatg tagggaagcc cccaggaag 29

<210> 33

<211> 16

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 33

cgttccccga ccattg 16

<210> 34

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 34

acgttggatg tgggccacct ttaagagtag 30

<210> 35

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 35

acgttggatg gaccacatgt ctggatttgc 30

<210> 36

<211> 14

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 36

ggtcaggggc aaac 14

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<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 37

acgttggatg ttacatgagt gtgtatgcag 30

<210> 38

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 38

acgttggatg aatcccctga aattccgctg 30

<210> 39

<211> 17

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 39

gttggtgacc aaaatgt 17

<210> 40

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 40

acgttggatg gccactgact gatttgtgtg 30

<210> 41

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 41

acgttggatg ggtccccaaa agaaatggag 30

<210> 42

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<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 42

gctgaacccc gtcc 14

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