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一種焦磷酸測序檢測clade2.1.3分支H5N1亞型禽流感病毒的方法與流程

文檔序號:12346704閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種檢測clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒的成套引物,包括如下引物對:

所述引物對由序列表中序列1所示的單鏈DNA分子和序列表中序列2所示的單鏈DNA分子組成。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的成套引物,其特征在于:所述引物對中的一條引物末端生物素標(biāo)記。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的成套引物,其特征在于:所述成套引物還包括核苷酸序列為序列表中序列3的測序引物。

4.含有權(quán)利要求1-3任一所述成套引物的成套PCR試劑或含有所述成套引物或所述成套PCR試劑的試劑盒。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑,其特征在于:

所述成套PCR試劑由PCR試劑1和PCR試劑2組成;

所述PCR試劑1為含有權(quán)利要求1-3任一所述成套引物中所述引物對的試劑;

或,所述引物對中每條引物在所述PCR試劑1中的濃度為20μM;

所述PCR試劑2為含有權(quán)利要求1-3任一所述成套引物中所述測序引物的試劑;

或,所述測序引物在所述PCR試劑2中的濃度為0.3μM。

6.權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在檢測clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒中的應(yīng)用;

或,權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在制備檢測clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒產(chǎn)品中的應(yīng)用;

或,權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在檢測待測樣本中是否含有clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒中的應(yīng)用;

或,權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在制備檢測待測樣本中是否含有clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒產(chǎn)品中的應(yīng)用;

或,權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在檢測H5N1亞型禽流感病毒HA蛋白裂解位點P6位氨基酸殘基中的應(yīng)用;

或,權(quán)利要求1-3任一所述成套引物或權(quán)利要求4所述的成套PCR試劑或試劑盒在制備檢測H5N1亞型禽流感病毒HA蛋白裂解位點P6位氨基酸殘基產(chǎn)品中的應(yīng)用;

所述HA蛋白裂解位點P6位氨基酸序列為序列表中序列4第325位。

7.一種檢測或輔助檢測待測樣本中是否含有clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒的方法,包括如下步驟:

1)用序列表中序列1所示的單鏈DNA分子和序列表中序列2所示的單鏈DNA分子組成的引物對對待測樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;

2)用核苷酸序列為序列表中序列3的測序引物對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行焦磷酸測序,得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測序結(jié)果;

3)對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測序結(jié)果進(jìn)行反向互補(bǔ),得到反向互補(bǔ)鏈;將所述反向互補(bǔ)鏈翻譯得到所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物氨基酸序列;若所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物氨基酸序列中從C端起第8位為S,則待測樣本中含有或候選含有clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒;若所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物氨基酸序列中從C端起第8位不為S,則待測樣本中不含有或候選不含有clade 2.1.3分支H5N1禽流感病毒。

8.一種檢測待測樣本中的HA蛋白裂解位點P6位氨基酸殘基的方法,包括如下步驟:

1)用序列表中序列1所示的單鏈DNA分子和序列表中序列2所示的單鏈DNA分子組成的引物對對待測樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;

2)用核苷酸序列為序列表中序列3的測序引物對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行焦磷酸測序,得到PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測序結(jié)果;

3)對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測序結(jié)果進(jìn)行反向互補(bǔ),得到反向互補(bǔ)鏈;將所述反向互補(bǔ)鏈翻譯得到所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物氨基酸序列,得到待測樣本中的HA蛋白裂解位點P6位氨基酸殘基。

9.根據(jù)權(quán)利要求7或8所述的方法,其特征在于:

所述PCR擴(kuò)增的退火溫度為55℃。

10.根據(jù)權(quán)利要求7-10中任一所述的方法,其特征在于:

所述PCR擴(kuò)增的模板為所述待測樣本的cDNA。

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