專利名稱：一種皇佳吉雞品種的分子生物學鑒定方法
技術領域：
本發(fā)明屬于生物品種鑒定技術領域，具體涉及一種皇佳吉雞品種的分子生物學鑒 定方法。
背景技術：
皇佳吉雞是現(xiàn)代新農業(yè)股份有限公司最新培育的優(yōu)質新型肉雞品種，因其肉質鮮 香、味醇、汁多，受到了消費者的廣泛親睞。但市場上一些不法企業(yè)、養(yǎng)殖戶非法生產和銷售 假冒、仿冒皇佳吉雞的現(xiàn)象屢見不鮮，嚴重損害了皇佳吉雞品牌的聲譽，影響了現(xiàn)代新農業(yè) 股份有限公司的發(fā)展。目前對家禽品種的鑒定主要是以形態(tài)學標記為依據(jù)來審查育種檔案 和生產性能測定。但隨著育種技術的不斷成熟，親本與雜交后代的外貌特征有較大的相似 性，很難從外貌特征進行區(qū)分。所以利用形態(tài)學標記來進行家禽品種(品系)鑒定就不夠 科學、準確。如果進行生產性能測定，不僅耗費大量的人力、時間和高昂的性能測定費用，而 且性能測定的結果還受飼養(yǎng)各個環(huán)節(jié)因素的影響，因此生產性能測定也難以準確反映各品 種(品系)的真實的生產性能和種質特性?；诨蚩寺『虳NA測序技術發(fā)展的DNA分子 標記能夠準確的揭示品種之間最根本的遺傳差異(堿基差異)。線粒體DNA分子標記就屬 于這類標記特別是COI (細胞色素C氧化酶亞基I)基因，它具有遺傳自主性、嚴格的母系遺 傳、拷貝數(shù)高、無組織特異性、進化速度快等特點，已經廣泛應用于鯨、人類、鳥類等群體鑒 定。

發(fā)明內容
本發(fā)明所要解決的技術問題在于針對上述現(xiàn)有技術的不足，提供一種準確性高， 鑒定時間短，成本低的皇佳吉雞品種的分子生物學鑒定方法。為解決上述技術問題，本發(fā)明采用的技術方案是一種皇佳吉雞品種的分子生物 學鑒定方法，其特征在于，該方法包括以下步驟(1)通過苯酚-氯仿法分別提取皇佳吉雞和受測雞包括線粒體DNA的總DNA ；(2)按照GeneBank上發(fā)表的紅色原雞線粒體DNA的COI基因序列(AP003322)和 絲羽烏骨雞線粒體DNA的COI基因序列(AB086102)設計三對引物PFl (SEQ ID NO. 3)和 PRl (SEQ ID NO. 4)，PF2 (SEQ IDN0. 5)和 PR2 (SEQ ID NO. 6)，PF3 (SEQ ID NO. 7)和 PR3 (SEQ
ID NO.8)；所述引物的序列分別為
上游引物PFl:5，-TACAGCCTAACGCTTCAACA-3‘；
下游引物I3Rl:5，-GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT-3’。
上游引物PF2:5，-GCCCATGCTTTCGTCATAA-3‘；
下游引物PR2:5，-TGGGATGGCGATGATTATTG-3’。
上游引物PF3:5，-CGCCATCCCAACTGGTAT-3，；
下游引物PR3:5，-GATGAGGCGTCTTGAAAG-3’。
(3)利用步驟⑵中所述引物對皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因進行PCR擴增，將
3擴增的產物克隆并在DNA測序儀上進行測序獲得皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列 (SEQ ID NO. 1)；(4)根據(jù)步驟(3)中測得的皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列設計引物 PF(SEQ ID NO. 9)和 PR(SEQ ID NO. 10)；所述引物的序列為上游引物PF 5，-GCACAGGATGGACAGTTTAC-3，；下游引物PR 5，-ATAGCATAGGGGGGTCTCAT-3，。利用所述引物獲取可用于品種鑒定的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID NO. 2)，進行測序，并通過Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；(5)利用步驟⑷中所述引物獲取受測雞與步驟⑷中測得的皇佳吉雞COI基因 中的一段基因序列(SEQ ID NO. 2)相應的基因序列，進行測序，并通過Chromasl.49軟件準 確讀取測序結果；(6)將步驟(4)獲得的測序結果和步驟(5)獲得的測序結果進行人工逐堿基讀取 和核對；(7)通過DnaSP4. 10. 7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均核苷 酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，并根據(jù)皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均 核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，確定皇佳吉雞和受測雞基因序列的平均變異程 度，平均變異程度不大于2%則為同一品種，平均變異程度大于2%則為不同品種；(8)運用生物學軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹， 根據(jù)構建的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹的結果確定皇佳吉雞與受測雞是否為同一品 種，若皇佳吉雞與受測雞的單倍型聚為一類則為同一品種，否則為不同品種。上述步驟(8)中所述構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹 的方法為運用MEGA4. 0軟件估計皇佳吉雞和受測雞之間Kimura雙參數(shù)遺傳距離，并基 于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA/NJ法構建群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，同時運用 NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹。本發(fā)明與現(xiàn)有技術相比具有以下優(yōu)點本發(fā)明利用品種間的遺傳信息差異經軟件 精密計算和分析的結果鑒定真?zhèn)位始鸭u品種，具有準確性高、鑒定時間短和成本低等優(yōu)
點ο下面通過實施例對本發(fā)明的技術方案做進一步的詳細描述。


圖1為本發(fā)明實施例2皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖。圖2為本發(fā)明實施例2皇佳吉雞和受測雞的單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹。圖3為本發(fā)明實施例3皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖。圖4為本發(fā)明實施例3皇佳吉雞和受測雞的單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹。
具體實施例方式實施例1受測雞為皇佳吉雞(1)通過苯酚-氯仿法分別提取皇佳吉雞(1只，品種代號為HJJ1)和受測雞(皇佳吉雞2只，品種代號為SHJJl和SHJJ2)包括線粒體DNA的總DNA ；
(2)按照GeneBank上發(fā)表的紅色原雞線粒體DNA的COI基因序列AP003322和絲 羽烏骨雞線粒體DNA的COI基因序列AB086102設計三對引物PFl (SEQ ID NO. 3)、PR1 (SEQ ID NO. 4)，PF2 (SEQ ID NO. 5)、PR2 (SEQ ID NO. 6)和 PF3 (SEQ ID NO. 7)、PR3 (SEQ ID NO. 8)；
所述引物的序列分別為
上游引物PFl:5，-TACAGCCTAACGCTTCAACA-3‘；
下游引物PRl:5，-GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT-3’。
上游引物PF2:5，-GCCCATGCTTTCGTCATAA-3‘；
下游引物PR2:5，-TGGGATGGCGATGATTATTG-3’。
上游引物PF3:5，-CGCCATCCCAACTGGTAT-3，；
下游引物PR3:5，-GATGAGGCGTCTTGAAAG-3’。
(3)利用步驟⑵中所述引物對皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因進行PCR擴增，將
擴增的產物克隆并在DNA測序儀上進行測序獲得皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列 (SEQ ID NO. 1)；利用引物 PFl，PR2 進行 PCR 擴增DNA 模板 lOOng，10 X buffer2. 5 μ L, 25mM 鎂 離子2yL，10mM dNTP 0. 5yL，混合引物(上游引物PFl和下游引物PRl各為IOpmol/ μ L) 0. 5 μ L，TaqDNA聚合酶1U，加水至25 μ L。PCR反應程序94°C預變性5min ；94°C變性 45s ；58°C退火45s ；72°C延伸Imin ；進行35個循環(huán)；最后72°C延伸IOmin ；
利用引物 PF2, PR2 進行 PCR 擴增=DNA 模板 IOOng, 10 X buffer2. 5 μ L, 25mM 鎂 離子2yL，10mM dNTP 0. 5yL，混合引物(上游引物PF2和下游引物PR2各為IOpmol/ μ L) 0. 5 μ L，TaqDNA聚合酶1U，加水至25 μ L。PCR反應程序94°C預變性5min ；94°C變性 45s ；56°C退火45s ；72°C延伸Imin ；進行35個循環(huán)；最后72°C延伸IOmin ；利用引物PF3, PR3 進行 PCR 擴增=DNA 模板 IOOng, 10 X buffer2. 5 μ L, 25mM 鎂 離子2yL，10mM dNTP 0. 5yL，混合引物(上游引物PF3和下游引物PR3各為IOpmol/ μ L) 0. 5 μ L，TaqDNA聚合酶1U，加水至25 μ L。PCR反應程序94°C預變性5min ；94°C變性 45s ；59°C退火45s ；72°C延伸Imin ；進行35個循環(huán)；最后72°C延伸IOmin ；(4)根據(jù)步驟(3)中測得的皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列設計引物 PF (SEQ ID N0. 9)和 PR (SEQ ID NO. 10)上游引物PF 5，-GCACAGGATGGACAGTTTAC-3，；下游引物PR 5，-ATAGCATAGGGGGGTCTCAT-3，。利用所述引物獲取可用于品種鑒定的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID N0. 2)，進行測序，并通過Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；利用引物PF，PR 進行 PCR 擴增DNA 模板 lOOng，10Xbuffer2. 5 μ L，25mM 鎂離 子2yL，10mM dNTP 0. 5 μ L，混合引物(上游引物和下游引物各為IOpmol/μ L) 0. 5 μ L， TaqDNA聚合酶1U，加水至25 μ L。PCR反應程序94°C預變性5min ；94°C變性45s ；55°C退 火45s ；72°C延伸Imin ；進行38個循環(huán)；最后72°C延伸IOmin ；(5)利用步驟⑷中所述引物獲取受測雞與步驟⑷中測得的皇佳吉雞COI基因 中的一段基因序列(SEQ ID N0. 2)相應的基因序列，進行測序，并通過Chromasl.49軟件準 確讀取測序結果；PCR擴增條件及反應程序同步驟⑷；
5
(6)將步驟(4)獲得的測序結果和步驟(5)獲得的測序結果進行人工逐堿基讀取 和核對；(7)通過DnaSP4. 10. 7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均核苷 酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，并根據(jù)皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均 核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，確定皇佳吉雞和受測雞基因序列的平均變異程 度；(8)運用MEGA4. 0軟件估計皇佳吉雞和受測雞之間Kimura雙參數(shù)遺傳距離，并基 于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA/NJ法構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng) 發(fā)生樹，同時運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系 統(tǒng)發(fā)生樹。鑒定結果采用設計的上、下游引物，通過測序技術獲得了皇佳吉雞和受測雞共計 3個個體的COI基因一段長65 Ibp序列，運用Chromasl. 49軟件比對未發(fā)現(xiàn)變異位點，運用 DnaSP4. 10. 7軟件發(fā)現(xiàn)所有序列共有1種單倍型(Hapl :CAG)，皇佳吉雞與受測雞序列之間 單倍型多樣度為0. 000，核苷酸多樣度為0. 000，平均核苷酸差異為0. 000，基因序列的平均 變異程度為0%。通過所得結果，得出待測品種是皇佳吉雞。實施例2受測雞為土雞(1)通過苯酚-氯仿法提取皇佳吉雞(1只，品種代號為HJJ1)和受測雞(土雞3 只，品種代號為TJl，TJ2和TJ3)包括線粒體DNA的總DNA ；(2)按照GeneBank上發(fā)表的紅色原雞線粒體DNA的COI基因序列AP003322和絲 羽烏骨雞線粒體DNA的COI基因序列AB086102設計三對引物PFl (SEQ ID NO. 3)、PR1 (SEQ ID NO. 4)，PF2 (SEQ ID NO. 5)、PR2 (SEQ ID NO. 6)和 PF3 (SEQ ID NO. 7)、PR3 (SEQ ID NO. 8)；
所述引物的序列分別為
上游引物PFl:5，-TACAGCCTAACGCTTCAACA-3‘；
下游引物PRl:5，-GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT-3’。
上游引物PF2:5，-GCCCATGCTTTCGTCATAA-3‘；
下游引物PR2:5，-TGGGATGGCGATGATTATTG-3’。
上游引物PF3:5，-CGCCATCCCAACTGGTAT-3，；
下游引物PR3:5，-GATGAGGCGTCTTGAAAG-3’。
(3)利用步驟⑵中所述引物對皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因進行PCR擴增，將
擴增的產物克隆并在DNA測序儀上進行測序獲得皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列 (SEQ ID NO. 1)；(4)根據(jù)步驟(3)中測得的皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列設計引物 PF (SEQ ID N0. 9)和 PR (SEQ ID NO. 10)上游引物PF 5，-GCACAGGATGGACAGTTTAC-3，；下游引物PR 5，-ATAGCATAGGGGGGTCTCAT-3，。利用所述引物獲取可用于品種鑒定的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID N0. 2)，進行測序，并通過Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；
(5)利用步驟⑷中所述引物獲取受測雞(土雞)與步驟⑷中測得的皇佳 吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID N0.2)相應的基因序列，進行測序，并通過 Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；(6)將步驟(4)獲得的測序結果和步驟(5)獲得的測序結果進行人工逐堿基讀取 和核對；(7)通過DnaSP4. 10. 7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞(土雞)的變異位點、單倍型、 平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，并根據(jù)皇佳吉雞和受測雞(土雞)的變異位 點、單倍型、平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，確定皇佳吉雞和受測雞(土雞) 基因序列的平均變異程度；(8)運用MEGA4. 0軟件估計皇佳吉雞和受測雞(土雞)之間Kimura雙參數(shù)遺傳距 離，并基于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA/NJ法構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單 倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，同時運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖，以 及單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹。本實施例中的PCR擴增條件及反應程序同實施例1。鑒定結果采用設計的上、下游引物，通過測序技術獲得了皇佳吉雞和受測雞(土 雞)共計4個個體的COI基因一段長651bp序列，運用Chromasl. 49軟件比對發(fā)現(xiàn)3個變 異位點(C-G/53bp處，A-I7282bp處，C_G/606bp處)，運用DnaSP4. 10. 7軟件發(fā)現(xiàn)共有4種 單倍型，1個皇佳吉雞個體享有1種單倍型(Hapl =CAG)，3個受測雞(土雞)共享3種單倍 型(Hap2，Hap3, Hap4 :GAC，CTC, CAC)，皇佳吉雞與受測雞(土雞)序列之間單倍型多樣度 為0. 800，核苷酸多樣度為0. 00195，平均核苷酸差異為1. 26667，2個品種間基因序列的平 均變異程度大于2%。運用MEGA4. 0軟件計算出皇佳吉雞和受測雞(土雞)之間Kimura 雙參數(shù)遺傳距離為0. 00257，基于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA法構建群體聚類圖(如圖 1)，皇佳吉雞和受測雞(土雞)聚于不同分支。運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建單倍型系統(tǒng) 發(fā)生樹(如圖2)，皇佳吉雞個體享有的單倍型1 (Hapl)與3個受測雞(土雞)共享的3種 單倍型(Hap2，Hap3，Hap4)聚于不同分支。通過所得結果，得出待測品種不是皇佳吉雞。實施例3受測雞為烏雞(1)通過苯酚-氯仿法提取皇佳吉雞(1只，品種代號為HJJ1)和受測雞(烏雞3 只，品種代號為WJl，WJ2和WJ3)包括線粒體DNA的總DNA ；(2)按照GeneBank上發(fā)表的紅色原雞線粒體DNA的COI基因序列AP003322和絲 羽烏骨雞線粒體DNA的COI基因序列AB086102設計三對引物PFl (SEQ ID NO. 3)、PR1 (SEQ ID NO. 4)，PF2 (SEQ ID NO. 5)、PR2 (SEQ ID NO. 6)和 PF3 (SEQ ID NO. 7)、PR3 (SEQ ID NO. 8)；
所述引物的序列分別為
上游引物PFl:5，-TACAGCCTAACGCTTCAACA-3‘；
下游引物PRl:5，-GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT-3，。
上游引物PF2:5，-GCCCATGCTTTCGTCATAA-3‘；
下游引物PR2:5，-TGGGATGGCGATGATTATTG-3’。
上游引物PF3:5，-CGCCATCCCAACTGGTAT-3，；
下游引物PR3 5，-GATGAGGCGTCTTGAAAG-3，。(3)利用步驟(2)中所述引物對皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因進行PCR擴增，將 擴增的產物克隆并在DNA測序儀上進行測序獲得皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列 (SEQ ID NO. 1)；(4)根據(jù)步驟(3)中測得的皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列設計引物 PF (SEQ ID NO. 9)和 PR (SEQ ID NO. 10)上游引物PF 5，-GCACAGGATGGACAGTTTAC-3，；下游引物PR 5，-ATAGCATAGGGGGGTCTCAT-3，。利用所述引物獲取可用于品種鑒定的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID NO. 2)，進行測序，并通過Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；(5)利用步驟⑷中所述引物獲取受測雞(烏雞)與步驟⑷中測得的皇佳 吉雞COI基因中的一段基因序列(SEQ ID N0.2)相應的基因序列，進行測序，并通過 Chromasl. 49軟件準確讀取測序結果；(6)將步驟(4)獲得的測序結果和步驟(5)獲得的測序結果進行人工逐堿基讀取 和核對；(7)通過DnaSP4· 10. 7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞(烏雞)的變異位點、單倍型、 平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，并根據(jù)皇佳吉雞和受測雞(烏雞)的變異位 點、單倍型、平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，確定皇佳吉雞和受測雞(烏雞) 基因序列的平均變異程度；(8)運用MEGA4. 0軟件估計皇佳吉雞和受測雞(烏雞)之間Kimura雙參數(shù)遺傳距 離，并基于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA/NJ法構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單 倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，同時運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和 單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，根據(jù)兩種軟件的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹的結果。本實施例中的PCR擴增條件及反應程序同實施例1。鑒定結果采用設計的上、下游引物，通過測序技術獲得了皇佳吉雞和受測雞(烏 雞)共計4個個體的COI基因一段長651bp序列，運用Chromasl. 49軟件比對發(fā)現(xiàn)3個變 異位點(T-A/9bp處，A-C/46bp處，C_G/386bp處)，運用DnaSP4. 10. 7軟件發(fā)現(xiàn)共有3種單 倍型，1個皇佳吉雞個體享有1種單倍型(Hapl =TAC)，3個受測雞(烏雞)共享2種單倍型 (Hap2, Hap3 :TCG，ACG)，皇佳吉雞與受測雞(烏雞)序列之間單倍型多樣度為0. 733，核苷 酸多樣度為0. 00236，平均核苷酸差異為1. 53333，2個品種間基因序列的平均變異程度大 于2%。運用MEGA4. 0軟件計算出皇佳吉雞和受測雞(烏雞)之間Kimura雙參數(shù)遺傳距離 為0. 0036，基于Kimura雙參數(shù)模型應用UPGMA/NJ法構建群體聚類圖(如圖3)，皇佳吉雞 和受測烏雞聚于不同分支。運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件構建單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹(如圖4)，1 個皇佳吉雞個體享有的單倍型I(Hapl)，3個受測烏雞共享的2種單倍型(Hap2，Hap3)聚于 不同分支。通過所得結果，得出待測品種不是皇佳吉雞。以上所述，僅是本發(fā)明的較佳實施例，并非對本發(fā)明作任何限制，凡是根據(jù)本發(fā)明 技術實質對以上實施例所作的任何簡單修改、變更以及等效結構變換，均仍屬于本發(fā)明技 術方案的保護范圍內。
8
權利要求
一種皇佳吉雞品種的分子生物學鑒定方法，其特征在于，該方法包括以下步驟(1)通過苯酚 氯仿法分別提取皇佳吉雞和受測雞包括線粒體DNA的總DNA；(2)按照紅色原雞線粒體DNA的COI基因序列AP003322和絲羽烏骨雞線粒體DNA的COI基因序列AB086102設計三對引物；所述引物的序列分別為上游引物PF15’ TACAGCCTAACGCTTCAACA 3’；下游引物PR15’ GGTTGCGGTCGGTAAGTAGT 3’。上游引物PF25’ GCCCATGCTTTCGTCATAA 3’；下游引物PR25’ TGGGATGGCGATGATTATTG 3’。上游引物PF35’ CGCCATCCCAACTGGTAT 3’；下游引物PR35’ GATGAGGCGTCTTGAAAG 3’。(3)利用步驟(2)中所述引物對皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因進行PCR擴增，將擴增的產物克隆并在DNA測序儀上進行測序獲得皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列；(4)根據(jù)步驟(3)中測得的皇佳吉雞線粒體DNA的COI基因的全序列設計引物；所述引物的序列為上游引物PF5’ GCACAGGATGGACAGTTTAC 3’；下游引物PR5’ ATAGCATAGGGGGGTCTCAT 3’。利用所述引物獲取可用于品種鑒定的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列，進行測序，并通過Chromas1.49軟件準確讀取測序結果；(5)利用步驟(4)中所述引物獲取受測雞與步驟(4)中測得的皇佳吉雞COI基因中的一段基因序列相應的基因序列，進行測序，并通過Chromas1.49軟件準確讀取測序結果；(6)將步驟(4)獲得的測序結果和步驟(5)獲得的測序結果進行人工逐堿基讀取和核對；(7)通過DnaSP4.10.7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，并根據(jù)皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離確定皇佳吉雞和受測雞基因序列的平均變異程度，若平均變異程度不大于2％則為同一品種，平均變異程度大于2％則為不同品種；(8)運用生物學軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，根據(jù)構建的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹的結果確定皇佳吉雞與受測雞是否為同一品種，若皇佳吉雞與受測雞的單倍型聚為一類則為同一品種，否則為不同品種。
2.根據(jù)權利要求1所述的一種皇佳吉雞品種的分子生物學鑒定方法，其特征在于，步 驟(8)中所述構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹的方法為運用 MEGA4. O軟件估計皇佳吉雞和受測雞之間Kimura雙參數(shù)遺傳距離，并基于Kimura雙參數(shù)模 型應用UPGMA/NJ法構建群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，同時運用NETW0RK4. 5. 0. 1軟件 構建群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹。
全文摘要
本發(fā)明公開了一種皇佳吉雞品種的分子生物學鑒定方法，其基于基因克隆和DNA測序技術準確獲得皇佳吉雞和受測雞的線粒體DNA的COI基因序列，運用DnaSP4.10.7軟件統(tǒng)計皇佳吉雞和受測雞的變異位點、單倍型、平均核苷酸差異、核苷酸分歧度和凈遺傳距離，運用生物學軟件構建皇佳吉雞和受測雞的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹，根據(jù)構建的群體聚類圖和單倍型系統(tǒng)發(fā)生樹的結果確定皇佳吉雞與受測雞是否為同一品種。本發(fā)明利用品種間的遺傳信息差異經軟件精密計算和分析的結果鑒定真?zhèn)位始鸭u品種，具有準確性高、鑒定時間短和成本低等特點。
文檔編號C12Q1/68GK101974647SQ20101056197
公開日2011年2月16日 申請日期2010年11月26日 優(yōu)先權日2010年11月26日
發(fā)明者宋金典 申請人:現(xiàn)代新農業(yè)(集團)股份有限公司