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外排泵SMeDEF與Ⅰ類整合酶基因聯(lián)合介導(dǎo)嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌多重耐藥基因定位的方法與流程

文檔序號(hào):12697936閱讀:來源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種外排泵SMeDEF與Ⅰ類整合酶基因聯(lián)合介導(dǎo)嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌多重耐藥基因定位的方法,其特征在于,包括以下步驟:

(1)對(duì)收集到的嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌重新鑒定和藥敏檢測(cè),確立標(biāo)準(zhǔn)菌株;

(2)將標(biāo)準(zhǔn)菌株分別接種于僅含不同濃度環(huán)丙沙星的瓊脂平板、同時(shí)含碳酰氰基-對(duì)-氯苯腙(CCCP)和不同濃度環(huán)丙沙星的瓊脂平板、以及僅含CCCP的瓊脂平板上,進(jìn)行外排表型鑒定,篩選出外排泵基因陽性菌株;

(3)選用外排泵基因陽性菌株提取并純化細(xì)菌基因組DNA作為擴(kuò)增模版,銅綠假單胞ATCC25783作為陰性菌株,采用RT-PCR進(jìn)行嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌的外排泵編碼基因SMeDEF檢測(cè);

(4)采用RT-PCR和菌落雜交實(shí)驗(yàn)檢測(cè)嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌的外排泵編碼基因SMeDEF陽性菌株的Ⅰ類整合酶基因;

(5)利用質(zhì)粒圖譜、核酸內(nèi)切酶圖譜進(jìn)行外排泵編碼基因SMeDEF、Ⅰ類整合酶基因比對(duì)分析,確定外排泵SMeDEF與Ⅰ類整合酶基因聯(lián)合介導(dǎo)耐藥基因;

(6)將質(zhì)粒DNA和酶切的染色體DNA與經(jīng)過地高辛標(biāo)記的Ⅰ類整合酶基因及外排泵編碼基因SMeDEF進(jìn)行分子雜交實(shí)驗(yàn),完成嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌多重耐藥基因定位。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(1)具體為:采用法國(guó)梅里埃公司VITEK-2-COMPACT全自動(dòng)細(xì)菌分析系統(tǒng)和藥敏測(cè)試系統(tǒng)對(duì)收集到的嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌進(jìn)行重新鑒定和藥敏檢測(cè),確立標(biāo)準(zhǔn)菌株。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(3)中:各種靶基因PCR擴(kuò)增體系均為:P1、P2引物各0.5μL,KCl 10mmol/L,(NH4)2SO4 8mmol/L,MgCl2 2mmol/L,pH為9.0的Tris-HCl 10mmol/L,BSA質(zhì)量體積比為0.02%,Taq DNA聚合酶1U;總反應(yīng)體積20μL,其中模板液5μL;熱循環(huán)參數(shù):93℃2min,然后93℃30s、55℃30s、72℃60s,循環(huán)35周期,最后72℃延伸5min;產(chǎn)物經(jīng)2%瓊脂糖凝膠電泳,EB染色,最后凝膠成像儀觀察結(jié)果并攝像保存;陽性PCR產(chǎn)物純化后進(jìn)行測(cè)序,所測(cè)序列與GenBank登錄的AMEs基因進(jìn)行序列比較及同源性分析。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(4)具體步驟為:

1)RT-PCR檢測(cè)

DNA模板的制備:用加熱裂解法,將過夜培養(yǎng)的細(xì)菌置于60L pH 8.0的10mmol/LTris·Cl和1mmol EDTA的TE緩沖液中,配成一定濃度的菌懸液,并振蕩混勻,將菌懸液放入97℃水浴中10min,-20℃放置1min,12000r/min離心5min后取上清,于-20℃放置備用;

基因擴(kuò)增:采用PCR法設(shè)計(jì)int1、int2、int3基因引物,反應(yīng)體系:反應(yīng)體積為5μL,PremixTaq PCR反應(yīng)液25μL,基因模板2μL,基因引物各1μL,滅菌蒸餾水2μL;整合子基因擴(kuò)增條件:預(yù)變性94℃5min,變性94℃30s,退火55℃30s,延伸72℃60s,再延伸72℃2min,取擴(kuò)增產(chǎn)物10μL與緩沖液混勻,點(diǎn)樣于2%瓊脂糖凝膠中,以100V電壓電泳30min,紫外檢測(cè)儀中觀察結(jié)果,凝膠成像系統(tǒng)采集圖像并保存所測(cè)序列與GenBank登錄的AMEs基因進(jìn)行序列比較及同源性分析,int N1引物序列P1:ACGAGCGCAAGGT T TCGGT565;P2:GAAAGGTCT GGTCAT ACATG;

2)菌落雜交檢測(cè)

在用RT-PCR方法鑒定Ⅰ類整合子的同時(shí),采用菌落雜交的方法檢測(cè)73株嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌攜帶整合子的情況,將73株實(shí)驗(yàn)菌株過夜培養(yǎng)后,中間間隔一定距離,并按一定次序接種到一張尼龍膜上,培養(yǎng)過夜后將所有菌株的DNA釋放出來,并固定在尼龍膜上;以地高辛標(biāo)記的Ⅰ類整合酶基因intI1為探針,與73株待測(cè)的嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌釋放出來的總DNA進(jìn)行雜交,出現(xiàn)陽性信號(hào)的為Ⅰ類整合酶陽性菌株。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(5)具體步驟為:

先將細(xì)菌用EDTA處理,破壞細(xì)胞膜,然后用十二烷基硫酸鈉(SDS)和NaOH溶液裂解細(xì)胞;輕混溶液以免染色體DNA切成小片段,進(jìn)而在抽提過程中混于質(zhì)粒DNA中,然后加入乙酸中和pH值,使變性的單鏈DNA復(fù)性;用酚/氯仿混合分離后,復(fù)性的DNA仍留在溶液中,而變性的染色體DNA、RNA和蛋白質(zhì)則形成大塊凝集沉淀,最后用乙醇將質(zhì)粒DNA沉淀下來;在營(yíng)養(yǎng)豐富培養(yǎng)基上生長(zhǎng)到對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期后加入氯霉素,培養(yǎng)過夜,將細(xì)菌培養(yǎng)物在4℃貯存1-2天,再抽提質(zhì)粒,質(zhì)粒中是否含有Ⅰ類整合子及整合子的拷貝數(shù),通過質(zhì)粒接合轉(zhuǎn)移和Southern雜交實(shí)驗(yàn)進(jìn)行分析。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,步驟(6)具體步驟為:

1)用堿裂解法提取陽性菌株攜帶質(zhì)粒,確定其質(zhì)粒圖譜;

2)Ⅰ整合子陽性菌株作為供體菌,EcoliNK5409F-△為受體菌,在含有鏈霉素和利福平兩種抗生素的培養(yǎng)基中,重復(fù)培養(yǎng)實(shí)驗(yàn);

3)用CTAB法分別提?、耦愓献雍屯馀疟藐栃跃?,提取的染色體DNA用EcorI和EcorV進(jìn)行限制性酶切,酶切后的染色體DNA和質(zhì)粒DNA分別凝膠電泳,然后分別將DNA轉(zhuǎn)印到尼龍膜上;用地高辛標(biāo)記的Ⅰ類整合酶基因和外排泵編碼基因SMeDEF作為探針進(jìn)行雜交。

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