用于治療細(xì)菌感染的包含抗細(xì)菌噬菌體的混合物的組合物及其使用方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及用于治療和控制細(xì)菌感染(特別是糖尿病足感染)的噬菌體治療領(lǐng)域。更具體而言，本發(fā)明涉及噬菌體菌株F44/10、F125/10、F770/05、F510/08、F1245/05、和/或其變體的新型混合物；以及使用該混合物來治療和預(yù)防細(xì)菌感染的方法，包括由例如金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和/或鮑曼不動桿菌引起的與糖尿病足感染有關(guān)的皮膚潰瘍。所述的混合物可以單獨(dú)用作藥物組合物，或者與其他療法(例如抗生素、生長因子或者糖尿病足感染的其他標(biāo)準(zhǔn)及非標(biāo)準(zhǔn)的療法)進(jìn)一步結(jié)合來用作藥物組合物。NCIMB4186520110916NCIMB4186620110916NCIMB4186720110916NCIMB4186420110916NCIMB4186320110916NCIMB4186220110916NCIMB4186120110916NCIMB4186820110916
【專利說明】用于治療細(xì)菌感染的包含抗細(xì)菌噬菌體的混合物的組合物 及其使用方法
[0001] 序列表
[0002] 本發(fā)明包含序列表，該序列表通過EFS-Web以ASCII形式提交，并以引用方式全文 并入本文。在2012年3月14日創(chuàng)建的所述ASCII拷貝命名為16395105. txt，并且大小為 574, 104 字節(jié)。

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0003] 本發(fā)明涉及用于治療和控制細(xì)菌感染（具體為慢性潰瘍，例如糖尿病足感染）的 噬菌體療法領(lǐng)域。更具體而言，本發(fā)明涉及噬菌體菌株F44/10、F125/10、F770/05、F510/08、 F1245/05、其他噬菌體和/或其變體的新型混合物；以及使用該混合物在治療和預(yù)防細(xì) 菌感染中的方法，包括由例如金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus)、綠膿假單胞菌 (Pseudomonas aeruginosa)和/或鮑曼不動桿菌（Acinetobacter baumannii)引起的與糖 尿病足感染有關(guān)的皮膚潰瘍。所述的混合物可以單獨(dú)地用作藥物組合物，或者與其他療法 (例如抗生素、生長因子或用于慢性潰瘍的其他標(biāo)準(zhǔn)或非標(biāo)準(zhǔn)的療法）進(jìn)一步組合使用。

【背景技術(shù)】
[0004] 糖尿病足感染（DFI)是糖尿?。―M)的頻繁且嚴(yán)重的并發(fā)癥，并且是全世界非創(chuàng)傷 性下肢截肢的主要因素 （Jeffcoate WJ，et al. 2003. Lancet 361:1545-1551)。在目前的 臨床實踐中，DFI的治療包括清創(chuàng)術(shù)和系統(tǒng)性抗生素（例如參見Lipsky BA，et al. 2004. Clin Infect Dis. 39:885-910)。然而，由于血管化缺陷及局部微環(huán)境，所以抗生素濃度為 多次低治療濃度（Lipsky BA, et al. 2009. Clin Infect Dis. 49:1541-1549)。此外，隨著 社區(qū)和醫(yī)院患者數(shù)量的逐漸增多，多重耐藥有機(jī)體（例如甲氧西林抗性金黃色葡萄球菌 以及泛耐藥非發(fā)酵陰性桿菌）的發(fā)生率的增加威脅著上述結(jié)果（Mendes JJ，et al. 2012. Diabetes Res Clin Pract. 95(I):153-161 ;Tascini C,et al. 2011. Diabetes Res Clin Pract 94(1): 133-139)。因此，仍需要鑒定用于治療、控制和處理DFI的新方案。
[0005] 局部治療提供了避免系統(tǒng)性不利作用、提供增加的靶位點濃度并允許使用不可 用于系統(tǒng)性療法的試劑的優(yōu)點。由于機(jī)械清創(chuàng)術(shù)降低了細(xì)菌存在的生物負(fù)擔(dān)并且還為局 部抗微生物療法（TAT)開放了時間依賴的治療窗口，其改善了局部治療（Wolcott RD，et al. 2010. J Wound Care 19:320-328)。然而，到目前為止，沒有TAT試劑被證明可以有效用 于治療 DFI (Nelson EA, et al. 2006. Diabet Med23:348-359) 〇
[0006] 噬菌體為特異性地感染并溶解細(xì)菌的病毒。噬菌體療法由Felixd' Herelle在 二十世紀(jì)20年代引入，其為使用整個噬菌體病毒來治療細(xì)菌感染疾病的方法。但是隨著抗 生素在二十世紀(jì)40年代的發(fā)展，西方世界對基于噬菌體的療法的興趣下降。導(dǎo)致這種下降 的最重要的因素之一是缺乏標(biāo)準(zhǔn)的測試方案和生產(chǎn)方法。就噬菌體療法的價值而言，不能 研發(fā)出用于測試噬菌體療法的工業(yè)規(guī)模的標(biāo)準(zhǔn)干擾了研宄結(jié)果的記錄，導(dǎo)致可覺察的效力 缺乏及可靠性問題。噬菌體生產(chǎn)的另一個問題涉及噬菌體的商業(yè)化制備物的純度級別，其 中制備物包含不需要的細(xì)菌成分，例如內(nèi)毒素。因此，不良事件通常與制備物有關(guān)，特別是 在靜脈接受它們的患者中。
[0007] 然而，在東歐和前蘇聯(lián)（接受抗生素受到限制的地方），噬菌體療法的發(fā)展和使用 與抗生素相關(guān)聯(lián)地繼續(xù)著，或者替代了抗生素。此外，隨著許多細(xì)菌的抗生素抗性菌株的出 現(xiàn)，對噬菌體基療法的興趣重返西方世界。換言之，即使可以研發(fā)新種類的抗生素，但是細(xì) 菌將逐漸發(fā)展出對新藥品的抗性的前景加劇了對用于控制、預(yù)防和治療細(xì)菌感染的非化學(xué) 療法手段的探索。
[0008] 溶菌性噬菌體，特別是在補(bǔ)充有充分的機(jī)械清創(chuàng)術(shù)時，提供治療DFI的溶液， 例如用作新型TAT試劑。溶菌性細(xì)菌可以在溶解病原體細(xì)菌（特別是與多重抗藥性有 關(guān)的那些）中提供特異性和有效性的優(yōu)點（Rossney AS，et al. 1994. J Hosp Infect 26:219-234)。其他的優(yōu)點可以包括缺乏對人和動物的致病性（Burrowes B，et al. 2011. Expert Rev Anti Infect Ther 9:775-785)，在生物膜中針對細(xì)菌的抗細(xì)菌活性，在微需氧 環(huán)境（甚至具有高的細(xì)菌負(fù)荷）中的活性（Azeredo J，et al. 2008. Curr Pharm Biotechnol 9:261-266)，以及在世界上某些地方噬菌體療法通?？山邮艿陌踩裕⊿ulakvelidze A，et al·，2001，Antimicrob Agents Chemother. 45 (3): 649-659)。近期·菌體療法的動物試驗 證明了其在內(nèi)部（McVay CS, et al. 2007. Antimicrob Agents Chemother 51:1934-1938) 和外部應(yīng)用（Soothill JS. 1994.Burns20:209-211;Wills QF, et al.2005.Antimicrob Agents Chem〇ther49:1220-1221)中治愈或改善皮膚細(xì)菌疾病的潛力。但是，支持使用 B莖菌體來治療形成超過幾個小時的感染的公開證據(jù)較少（Ryan EM, et al.2011J Pharm Pharmacol 63:1253-1264)。
[0009] 具體而言，例如在增加針對具體細(xì)菌菌株的溶菌活性以及降低對單一噬菌體具有 抗性的細(xì)菌出現(xiàn)的可能性方面，噬菌體混合物可以提供強(qiáng)于使用單一噬菌體的優(yōu)點。換言 之，不同的噬菌體可以混合成混合物，從而拓寬它們的性質(zhì)，由此優(yōu)選地得到整體更廣的抗 細(xì)菌活性譜系，例如擴(kuò)大的宿主范圍，對于該范圍的宿主，發(fā)展出抗性的可能性較低。但是， 到目前為止，很少有噬菌體混合物具有針對不同細(xì)菌的抗微生物活性，可能是因為在將不 同特異性的噬菌體結(jié)合起來同時保持儲存穩(wěn)定性中存在困難。
[0010] 因此，需要研發(fā)出作為用于體內(nèi)針對致病性細(xì)菌的治療性試劑和/或預(yù)防性試劑 的新型噬菌體產(chǎn)物。此外，還需要更好的DFI治療，特別是局部治療。具體而言，需要能夠 溶解導(dǎo)致DFI的細(xì)菌的噬菌體混合物，包括金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和/或鮑曼不動 桿菌。本申請解決了這種及其他的需要。
[0011] 發(fā)明概述
[0012] 在一個方面中，本發(fā)明涉及包括噬菌體混合物的組合物。在一些實施方案中，本 發(fā)明提供了包含至少2種不同的分離的噬菌體菌株的組合物，每種噬菌體菌株都具有包 含選自如下核酸序列的基因組：SEQ ID N0:1(F44/10)，SEQ ID N0:2(F125/10)，SEQ ID N0:3(F770/05)，SEQ ID N0:4(F510/08)，SEQ ID N0:5(F1245/05)，或其變體，所述的變體與 相應(yīng)的核酸序列具有至少95%的序列一致性并且顯示出針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞 菌和/或鮑曼不動桿菌中的至少一種的抗細(xì)菌活性。在一些實施方案中，所述的至少2種 噬菌體菌株中的一種為具有如下基因組的菌株，所述的基因組包含SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2或者其變體的核酸序列。在一些實施方案中，所述的至少2種噬菌體菌株為具有如下 基因組的菌株，所述的基因組包含SEQ ID NO: 1和SEQ ID N0:2或者其變體的核酸序列。 在一些實施方案中，所述的組合物進(jìn)一步包含至少第三噬菌體菌株，所述第三噬菌體菌株 具有包含選自下述核酸序列的基因組：SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO:4和SEQ ID NO: 5或者其 變體。在一些實施方案中，所述的組合物進(jìn)一步包含至少第三和第四噬菌體菌株，該第三和 第四噬菌體菌株各自具有包含選自如下核酸序列的基因組：SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4和 SEQ ID N0:5或者其變體。在一些實施方案中，所述的至少2種噬菌體菌株中的一種為具 有如下基因組的菌株，所述的基因組包含SEQ IDNO: 3或EQ ID NO:4或者其變體的核酸序 列。在一些實施方案中，所述的至少2種噬菌體菌株為具有如下基因組的菌株，所述的基因 組包含SEQ ID NO: 3和EQ ID NO:4或者其變體的核酸序列。在一些實施方案中，所述的組 合物進(jìn)一步包含至少第三噬菌體菌株，所述第三噬菌體菌株具有包含選自如下核酸序列的 基因組：SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:5或者其變體。在一些實施方案中，所述 的組合物進(jìn)一步包含至少第三和第四噬菌體菌株，該第三和第四噬菌體菌株各自具有包含 選自如下核酸序列的基因組：SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:5或者其變體。在 一些實施方案中，所述的至少2種噬菌體菌株中的一種為具有如下基因組的菌株，所述的 基因組包含SEQ ID N0:5或者其變體的核酸序列。在一些實施方案中，所述的組合物進(jìn)一 步包含至少第三噬菌體菌株，該噬菌體菌株具有包含選自如下核酸序列的基因組：SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3和SEQ ID N0:4或者其變體。在一些實施方案中，所述的 組合物進(jìn)一步包含至少第三和第四噬菌體菌株，該第三和第四噬菌體菌株各自具有包含選 自如下核酸序列的基因組：SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3和SEQ ID N0:4或者 其變體。
[0013] 在一些優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明涉及包含至少5種分離的噬菌體菌株的組合 物，其中所述的菌株具有如下基因組，所述的基因組包含SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4和SEQ ID N0:5或者其變體的核酸序列，其中所述的變體與相應(yīng)的核酸 序列具有至少95%的序列一致性并且顯示出針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和/或鮑 曼不動桿菌中的至少一種的抗細(xì)菌活性。在一些實施方案中，具有包含SEQ ID NO: 1，2, 4和 5或者其變體的核酸序列的基因組的噬菌體菌株各自以相當(dāng)于具有包含SEQ ID N0:3或者 其變體的核酸序列的基因組的噬菌體菌株大約10倍的量存在于所述的組合物中。在一些 實施方案中，所述的組合物包含具有如下基因組的噬菌體菌株，所述的基因組包含SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4 和 SEQ ID N0:5 的核酸序列。
[0014] 在另一個方面中，本發(fā)明涉及包含噬菌體混合物的藥物組合物，特別是包含上述 任一種組合物和藥物可接受的載體的藥物組合物。在一些實施方案中，所述的藥物組合物 被配制用于局部應(yīng)用。在一些實施方案中，所述的藥物組合物包括無菌緩沖劑，例如包含大 約0. 05MTris-HCl、大約0. IM NaCl和大約IOmM MgSO4. 7H20的緩沖劑。在一些實施方案中， 所述的藥物組合物裝在安瓿瓶中。
[0015] 在一些實施方案中，所述的藥物組合物進(jìn)一步包含其他試劑，例如選自抗生素試 劑、抗炎癥試劑、抗病毒試劑、局部麻醉劑、生長因子和皮質(zhì)類固醇中的試劑。在一些實施方 案中，其他試劑為抗生素試劑，例如具有針對鮑曼不動桿菌、綠膿假單胞菌和/或金黃色葡 萄球菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑；或者具有針對除了鮑曼不動桿菌、綠膿假單胞菌和金 黃色葡萄球菌以外的細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑。更具體而言，在一些實施方案中，其 他試劑為具有針對金黃色葡萄球菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑或具有針對除了金黃色葡 萄球菌以外的細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑。在一些實施方案中，其他試劑為具有針對 綠膿假單胞菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑或具有針對除了綠膿假單胞菌以外的細(xì)菌的抗 細(xì)菌活性的抗生素試劑。在一些實施方案中，其他試劑為具有針對鮑曼不動桿菌的抗細(xì)菌 活性的抗生素試劑或具有針對除了鮑曼不動桿菌以外的細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的抗生素試劑。 在一些實施方案中，抗生素試劑的施用包括系統(tǒng)施用。
[0016] 在一些實施方案中，所述的組合物用于治療與不完整皮膚的區(qū)域有關(guān)的細(xì)菌感 染，并且各種噬菌體菌株以相當(dāng)于IO 3至10 13噬菌體顆粒/cm 2所述區(qū)域的量存在于所述的 組合物中。在一些實施方案中，各種噬菌體菌株以相當(dāng)于IO7至IO 9噬菌體顆粒/cm2所述 區(qū)域的量存在于所述的組合物中。
[0017] 本發(fā)明的另一個方面涉及治療或預(yù)防有需要的受試對象中的細(xì)菌感染的方法，該 方法包括向受試對象施用治療有效量的根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物。在一些實施方案中，細(xì) 菌感染為由鮑曼不動桿菌、綠膿假單胞菌和金黃色葡萄球菌中的一種或多種引起的感染。 在一些實施方案中，所述的藥物組合物為局部施用。在一些實施方案中，受試對象為哺乳動 物，例如人。在一些實施方案中，細(xì)菌感染為糖尿病足感染。在一些實施方案中，糖尿病足 感染包括皮膚潰瘍。在一些實施方案中，細(xì)菌感染與不完整皮膚的區(qū)域有關(guān)，其中所述的不 完整皮膚的區(qū)域選自與蜂窩組織炎、丹毒病變、燒傷、慢性潰瘍、褥瘡性潰瘍和壓瘡有關(guān)的 傷處。在一些實施方案中，治療包括向與糖尿病足感染有關(guān)的皮膚潰瘍局部施用所述的藥 物組合物。在一些優(yōu)選的實施方案中，在潰瘍的機(jī)械清創(chuàng)術(shù)后進(jìn)行所述的施用。在一些實 施方案中，所述的施用包括使用敷料、滴注裝置和負(fù)壓傷口治療裝置中的至少一種。
[0018] 在一些實施方案中，在最初的24小時內(nèi)，每4小時或每6小時施用所述的藥物組 合物。在一些實施方案中，在最初的24小時后，在至少其他3天中，每12小時或每24小時 施用所述的藥物組合物。在一些實施方案中，在至少其他4天中，每12小時或每24小時施 用所述的藥物組合物。
[0019] 在一些實施方案中，所述的方法與糖尿病足感染的標(biāo)準(zhǔn)療法組合使用，例如選自 細(xì)胞外基質(zhì)替代療法、濕性傷口療法、負(fù)壓傷口療法、動脈血管再形成療法、高壓氧療、施用 抗生素試劑和施用生長因子中的標(biāo)準(zhǔn)療法。在一些實施方案中，濕性傷口療法包括使用粘 合性底膜、涂敷有機(jī)硅（Silicone)的泡沫、水凝膠和/或水狀膠體。在一些實施方案中，細(xì) 胞外基質(zhì)替代療法包括使用生物改造的組織。在一些實施方案中，施用抗生素試劑包括系 統(tǒng)性施用。在一些實施方案中，生長因子為選自血小板衍生的生長因子、粒細(xì)胞集落刺激因 子、表皮生長因子、成纖維細(xì)胞生長因子、神經(jīng)生長因子和血管內(nèi)皮細(xì)胞生長因子中的至少 一種。在一些實施方案中，施用生長因子包括局部施用。在一些實施方案中，所述的方法與 糖尿病足感染的非標(biāo)準(zhǔn)療法組合使用，例如其中糖尿病足感染難以用標(biāo)準(zhǔn)療法治療。
[0020] 定義
[0021] 如本文所用，術(shù)語"分離的"就核酸分子而言，是指第一核酸分子，其與第一核酸分 子的天然來源中存在的其他核酸分子相分離。此外，"分離的"核酸分子（例如cDNA分子） 基本上不含其他細(xì)胞物質(zhì)，或者在通過重組技術(shù)生產(chǎn)時基本上不含培養(yǎng)基，或者當(dāng)以化學(xué) 方式合成時基本上不含化學(xué)前體或其他化學(xué)品，并且可以不含其他cDNA或其他基因組DNA 分子，例如在這種情況下，所述的核酸已經(jīng)與核酸文庫中其他的克隆分離。此外，"分離的" 基因組DNA基本上不含其他病毒細(xì)胞物質(zhì)，或者在通過重組技術(shù)生產(chǎn)時基本上不含培養(yǎng) 基，或者當(dāng)以化學(xué)方式合成時基本上不含化學(xué)前體或其他化學(xué)品，并且可以不含其他cDNA 或其他基因組DNA分子，例如在這種情況下，所述的核酸已經(jīng)與包含多于一種的噬菌體和/ 或細(xì)菌菌株的制備物分離。
[0022] 就噬菌體而言，術(shù)語"純化的"是指通過任何純化工藝將噬菌體的濃度可測量地增 加，其中所述的工藝包括但不限于由環(huán)境或培養(yǎng)基中分離，例如在繁殖和/或擴(kuò)增之后與 培養(yǎng)物分離、離心等，由此部分地、基本上、幾乎完全地或完全地除去雜質(zhì)，例如宿主細(xì)胞或 宿主細(xì)胞成分。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解的是用于給定用途所需要的純化的量。例如根據(jù)管 理標(biāo)準(zhǔn)和良好的生產(chǎn)規(guī)范，打算用于旨在施用給人類的治療組合物的分離的噬菌體通常必 須是高純度的。
[0023] 術(shù)語"純化的"是指通過任何純化工藝，肽、多肽、融合蛋白質(zhì)或核酸分子的濃度已 經(jīng)可測量地增加，所述純化工藝包括但不限于柱色譜、HPLC、沉淀、電泳等，從而部分地、基 本上、基本完全地或完全地除去雜質(zhì)，例如與制備肽、多肽、融合蛋白質(zhì)或核酸分子有關(guān)的 前體或其他化學(xué)品。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將理解的是用于給定用途所需要的純化的量。例如 根據(jù)管理標(biāo)準(zhǔn)和良好的生產(chǎn)規(guī)范，打算用于治療組合物（將施用人類）的分離的基因組DNA 通常必須是高純度的。
[0024] 如本文所用，術(shù)語"變體"就核酸序列而言是指這樣的核酸序列，其中包含或者 由與參照核酸序列具有至少80%、85%、90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者至少 99%的序列一致性的核酸序列組成?？梢赃x擇保持參照核酸序列的一種或多種功能的變 體。例如變體噬菌體可以表現(xiàn)出與衍生出該變體噬菌體的噬菌體的至少一種生物學(xué)活性， 例如抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌性殺傷活性）。
[0025] 如本文所用，術(shù)語"宿主細(xì)胞"是指使用核酸分子轉(zhuǎn)染的特定的受試對象細(xì)胞，以 及包含核酸分子或染色體整合的核酸分子的此類細(xì)胞的后代或潛在后代。此類細(xì)胞的后代 可以與核酸分子轉(zhuǎn)染的親代細(xì)胞不同，這是由于突變或環(huán)境影響，這種突變或環(huán)境影響可 以在隨后的傳代或核酸分子整合到宿主細(xì)胞基因組中發(fā)生。對于噬菌體傳代而言，宿主細(xì) 胞可以與分離或培養(yǎng)出噬菌體的物種或菌株相同或不同。
[0026] 如本文所用，術(shù)語"組合"、"其他的組合"或"進(jìn)一步組合"是指使用其他的預(yù)防性 試劑和/或治療性試劑、以及本發(fā)明的噬菌體混合物。術(shù)語"組合"的使用不限定預(yù)防性試 劑和/或治療性試劑被施用給受試對象的順序。第一預(yù)防性試劑或治療性試劑可以在將第 二預(yù)防性試劑或治療性試劑（不同于第一預(yù)防性試劑或治療性試劑）施用給受試對象之前 (例如之前的5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、1小時、2小時、4小時、6小時、12小時、24 小時、48小時、72小時、96小時、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周）、同時或隨后 (例如之后的5分鐘、15分鐘、30分鐘、45分鐘、1小時、2小時、4小時、6小時、12小時、24 小時、48小時、72小時、96小時、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周）施用。
[0027] 如本文所用，術(shù)語"治療性試劑"和"預(yù)防性試劑"是指諸如本發(fā)明的噬菌體混合 物之類的試劑，其可以用于預(yù)防、處理或控制疾病或紊亂的一種或多種癥狀，特別是與細(xì)菌 感染有關(guān)的疾病或紊亂，例如糖尿病足感染。
[0028] 如本文所用，術(shù)語"治療性試劑"是指可以用于治療、處理或控制一種或多種疾病 或紊亂的癥狀的試劑（例如本發(fā)明的噬菌體混合物），特別是與細(xì)菌感染（例如糖尿病足感 染）有關(guān)的疾病或紊亂。
[0029] 如本文所用，術(shù)語動詞性"治療"、名詞性"治療"和動名詞性"治療"是指在接受藥 物組合物的受試對象中獲得治療性益處。就取得治療性益處而言，目的是消除、減輕、降低 與致病狀況或紊亂有關(guān)的癥狀或根本原因（例如細(xì)菌感染）的嚴(yán)重性，緩解或減慢與致病 狀況或紊亂有關(guān)的癥狀或根本原因（例如細(xì)菌感染）的進(jìn)程。"治療有效量"是指治療性試 劑（例如本發(fā)明的噬菌體混合藥物組合物）在接受藥物組合物的受試對象中足以取得至少 一種治療性益處的量。
[0030] 如本文所用，術(shù)語動詞性"預(yù)防"、名詞性"預(yù)防"和動名詞性"預(yù)防"是指在接受 藥物組合物的受試對象中獲得預(yù)防性益處。就取得預(yù)防性益處而言，目的是延遲或阻止與 致病狀況或紊亂有關(guān)的癥狀或根本原因（例如細(xì)菌感染）。"預(yù)防有效量"是指預(yù)防性試劑 (例如本發(fā)明的噬菌體混合藥物組合物）在接受藥物組合物的受試對象中足以取得至少一 種預(yù)防性益處的量。
[0031] 如本文所用，就噬菌體（或者其變體或片段）或噬菌體產(chǎn)物而言，術(shù)語"抗細(xì)菌活 性"和"抗微生物活性"可以交換使用，其是指殺滅和/或抑制微生物有機(jī)體（特別是噬菌 體感染的細(xì)菌物種或菌株）的生長或繁殖的能力。在某些實施方案中，抗細(xì)菌或抗微生物 活性通過以下評估：根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)（例如在液體培養(yǎng)物中或在瓊脂平板上）培養(yǎng)細(xì)菌，例 如革蘭氏陽性細(xì)菌（例如金黃色葡萄球菌）、革蘭氏陰性細(xì)菌（例如鮑曼不動桿菌、大腸桿 菌、和/或綠膿假單胞菌）、或者未分類為革蘭氏陽性或革蘭氏陰性的細(xì)菌；使所述的培養(yǎng) 物與本發(fā)明的噬菌體或其變體接觸；以及在所述的接觸后監(jiān)測細(xì)胞的生長。例如在液體培 養(yǎng)物中，可以使細(xì)菌生長至代表了培養(yǎng)物指數(shù)生長的中點的光密度（"OD"）；使培養(yǎng)物暴 露于本發(fā)明的一種或多種噬菌體或其變體的一種或多種濃度，并監(jiān)測相對于對照培養(yǎng)物的 OD。OD相對于對照培養(yǎng)物降低代表了噬菌體展現(xiàn)出抗細(xì)菌活性（例如表現(xiàn)出溶菌性殺滅活 性）。類似地，可以允許在瓊脂平板上形成細(xì)菌菌落，將該平板暴露于本發(fā)明的一種或多種 噬菌體或其變體；以及隨后評價菌落相對于對照平板的生長情況。菌落大小的減小或菌落 總數(shù)的減少表明噬菌體具有抗細(xì)菌活性。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0032] 圖1示出了根據(jù)本發(fā)明的示例性噬菌體混合組合物的制備。
[0033] 圖2示出了在根據(jù)本發(fā)明的示例性噬菌體混合組合物的大鼠模型中，用于證明體 內(nèi)效力的研宄方案。
[0034] 圖3示出了在根據(jù)本發(fā)明的示例性噬菌體混合組合物的豬模型中，用于證明體內(nèi) 效力的研宄方案。
[0035] 圖4示出了針對金黃色葡萄球菌743/06評價的溶菌性研宄結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā) 明的示例性噬菌體混合組合物的體外效力。
[0036] 圖5示出了針對綠膿假單胞菌433/07評價的溶菌性研宄結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明 的示例性噬菌體混合組合物的體外效力。
[0037] 圖6示出了針對鮑曼不動桿菌1305/05評價的溶菌性研宄結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā) 明的示例性噬菌體混合組合物的體外效力。
[0038] 圖7示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿菌 的動物的對照組（C)和測試組（T)的微生物負(fù)荷分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示例性噬 菌體混合組合物在大鼠模型中的體內(nèi)效力。
[0039] 圖8示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿菌 的動物的陰性組、對照組（C)和測試組（T)的傷口閉合分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示例 性噬菌體混合組合物在大鼠模型中的體內(nèi)效力。
[0040] 圖9示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿菌 的動物的陰性組、對照組（C)和測試組（T)的組織學(xué)分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示例性 噬菌體混合組合物在大鼠模型中的體內(nèi)效力。
[0041] 圖10示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿 菌的動物的對照組（C)和測試組（T)的微生物負(fù)荷分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示例性 噬菌體混合組合物在豬模型中的體內(nèi)效力。
[0042] 圖11示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿 菌的動物的陰性組、對照組（C)和測試組（T)的傷口閉合分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示 例性噬菌體混合組合物在豬模型中的體內(nèi)效力。
[0043] 圖12示出了接種有金黃色葡萄球菌、接種有綠膿假單胞菌和接種有鮑曼不動桿 菌的動物的陰性組、對照組（C)和測試組（T)的組織學(xué)分析結(jié)果，其證明根據(jù)本發(fā)明的示例 性噬菌體混合組合物在豬模型中的體內(nèi)效力。
[0044] 圖13示出了糖尿病足感染的分類以及使用根據(jù)本發(fā)明的示例性噬菌體混合組合 物對其實施噬菌體療法的應(yīng)用。
[0045] 圖14示出了根據(jù)本發(fā)明的示例性噬菌體混合組合物用于糖尿病足部潰瘍療法中 的臨床研宄設(shè)計。
[0046] 發(fā)明詳述
[0047] 本發(fā)明涉及用于治療和控制細(xì)菌感染（特別是糖尿病足感染）的噬菌體療法。在 一個方面中，本發(fā)明涉及不同噬菌體菌株的新型混合組合物。"混合物"可以包括至少2種 不同的分離的噬菌體菌株，例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多不同的分離的噬菌體菌株。混 合物可以單獨(dú)使用，或者與其他療法（例如抗生素試劑和/或生長因子）進(jìn)一步組合使用。
[0048] 噬菌體混合物提供了強(qiáng)于使用單獨(dú)的噬菌體的益處，例如增加針對具體細(xì)菌菌株 的溶菌活性和/或降低對單獨(dú)噬菌體具有抗性的細(xì)菌出現(xiàn)的可能性。不同的噬菌體可以混 合成混合物，從而拓寬它們的性質(zhì)，由此優(yōu)選地得到整體更廣的抗細(xì)菌活性譜系。但是，很 少有噬菌體混合物具有針對不同細(xì)菌的抗微生物活性，可能是因為在將不同特異性的噬菌 體菌株組合同時在截然不同的噬菌體菌株存在下保持單獨(dú)噬菌體的感染能力和/或溶菌 活性存在困難。
[0049] 在一些特別優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明提供了包含5種分離的菌體菌株 F44/10、F125/10、F770/05、F510/08和F1245/05的混合組合物，其中所述的混合組合物被 配制成局部配制物，并且在治療和/或預(yù)防糖尿病足感染中發(fā)揮作用。
[0050] 在一些實施方案中，本發(fā)明提供了混合組合物，其包含至少2種不同的分離的噬 菌體菌株，具有針對相同或不同細(xì)菌物種或菌株的抗細(xì)菌活性。在優(yōu)選的實施方案中，所述 的混合物的治療性成分靶向2種或更多種細(xì)菌物種或菌株。在一些實施方案中，噬菌體混 合物包含至少2種噬菌體菌株、至少3種噬菌體菌株、至少4種噬菌體菌株、至少5種噬菌 體菌株、至少6種噬菌體菌株、至少7種噬菌體菌株、至少8種噬菌體菌株、至少9種噬菌體 菌株、至少10種噬菌體菌株或更多。在一些實施方案中，噬菌體混合物包含2-20種噬菌體 菌株、2-15種噬菌體菌株、2-10種噬菌體菌株、3-8種噬菌體菌株、或者4-6種噬菌體菌株。 在更優(yōu)選的實施方案中，在截然不同的噬菌體菌株存在下，所述的組合不損害或降低（或 者不基本上或顯著地?fù)p害或降低）單一噬菌體的感染能力和/或溶菌活性。
[0051] 在一些實施方案中，所述的混合物的至少一種噬菌體菌株為具有針對至少一種革 蘭氏陰性細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的菌株，所述革蘭氏陰性細(xì)菌包括但不限于鮑曼不動桿菌和綠 膿假單胞菌；和/或具有針對至少一種革蘭氏陽性細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的菌株，所述革蘭氏 陽性細(xì)菌包括但不限于金黃色葡萄球菌。在一些實施方案中，所述的混合組合物包含至少 2種不同的分離的噬菌體菌株，其中所述的菌株表現(xiàn)出針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌 和/或鮑曼不動桿菌中的至少1種的抗細(xì)菌活性。在一些更優(yōu)選的實施方案中，所述的混 合組合物表現(xiàn)出針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和/或鮑曼不動桿菌中的至少1種的 抗細(xì)菌活性。在一些甚至更優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物表現(xiàn)出針對金黃色葡萄 球菌、綠膿假單胞菌和/或鮑曼不動桿菌中的每一種的抗細(xì)菌活性
[0052] 在一些實施方案中，所述的混合組合物包含至少一種表現(xiàn)出針對金黃色葡萄球菌 的抗細(xì)菌活性的噬菌體菌株。金黃色葡萄球菌為革蘭氏陽性球形兼性厭氧生物，其生長成 葡萄狀簇，具有特征性的金色，并且為葡萄球菌感染的最常見的因素。金黃色葡萄球菌是 人類皮膚菌叢的最常見的部分，并且造成廣泛的感染，包括丘瘆、癰、燙傷樣皮膚綜合征、肺 炎、腸胃炎、腦膜炎、骨髓炎、心內(nèi)膜炎、中毒性休克綜合征、菌血癥和膿毒病。此外，金黃色 葡萄球菌通常與糖尿病足感染有關(guān)，包括但不限于皮膚潰瘍。此類皮膚潰瘍在本文中還稱 為"糖尿病足部潰瘍"。
[0053] 特別受到關(guān)注的是甲氧西林抗性金黃色葡萄球菌菌株（MRSA)。直到二十世紀(jì) 90年代，MRSA在醫(yī)院環(huán)境中才開始出現(xiàn)，那時醫(yī)院爆發(fā)了 MRSA流行病。MRSA目前被認(rèn) 為是醫(yī)院特有的，特別是在 UK(Johnson AP et al.2001J. Antimicrobial Chemotherapy 48(1):143-144)。此外，MRSA在糖尿病足感染中呈現(xiàn)出新的威脅（Retrieved January 17, 2009, from CDC:Centers for Disease Control and Prevention Web site)。在糖尿 病患者足部形成的潰瘍和開放性傷口將該患者置于感染MRSA的風(fēng)險中，并且近期研宄顯 示出當(dāng)糖尿病患者傷口處存在MRSA時其會損害健康的證據(jù)（Bowling FL，et al.2009Curr Diab Rep 9 (6) :440-444)。此外，參見 Kosinski, MA, et al. 2010. Expert Rev AntiInfect Ther.8(11):1293-1305。
[0054] 在一些實施方案中，本發(fā)明提供了包含具有如下基因組的噬菌體的混合組合物， 其中所述的基因組包含或由SEQ ID NO: 1的核酸序列組成。根據(jù)該實施方案的具體的實 例為分離的噬菌體F44/10,其靶向多種葡萄菌屬物種的菌株，包括金黃色葡萄球菌。根 據(jù)布達(dá)佩斯條約，菌株F44/10于2011年9月16日保藏在NCIMB Limited(Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB219YA, Scotland UK)，并且登錄 號為41867。在一些實施方案中，本發(fā)明提供了包含具有如下基因組的噬菌體的混合組合 物，其中所述的基因組包含或由SEQ ID N0:2的核酸序列組成。根據(jù)該實施方案的具體的 實例為分離的噬菌體F125/10,其也靶向多種葡萄菌屬物種的菌株，包括金黃色葡萄球菌。 根據(jù)布達(dá)佩斯條約，菌株F125/10于2011年9月16日保藏在NCMB LimitecKFerguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB219YA, Scotland UK)，并且登錄號 為41866。在一些實施方案中，混合組合物包含至少F44/10和F125/10噬菌體菌株。在某 些實施方案中，噬菌體混合物包含至少一種表現(xiàn)出針對一種或多種金黃色葡萄球菌菌株的 抗細(xì)菌活性的噬菌體菌株（例如F44/10和F125/10)，和至少一種表現(xiàn)出針對不同細(xì)菌的抗 細(xì)菌活性的噬菌體菌株。例如在一些實施方案中，噬菌體混合物包含具有如下基因組的噬 菌體菌株，所述基因組包含或由SEQ ID NO: 1或2、或者其變體組成，以及至少一種具有如下 基因組的其他噬菌體菌株，所述基因組包含或由SEQ ID N0:3、4或5、或者其變體組成）。
[0055] 在一些實施方案中，所述的混合組合物包含至少一種表現(xiàn)出針對綠膿假單胞菌 的抗細(xì)菌活性的噬菌體菌株。綠膿假單胞菌是在土壤、水、皮膚菌叢以及大多數(shù)的人造環(huán) 境中發(fā)現(xiàn)的普通的革蘭氏陰性桿狀細(xì)菌。綠膿假單胞菌不僅在正常氣氛中生長旺盛，而且 在很少的氧氣下作為兼性厭氧生物生長，并且可以影響損壞的組織或免疫系統(tǒng)損傷的個 體，包括糖尿病患者。事實上，綠膿假單胞菌在糖尿病足部潰瘍中通常導(dǎo)致嚴(yán)重的組織損 壞，并且綠膿假單胞菌感染的主要問題在于這種病原體對廣譜抗生素表現(xiàn)出高度的抗性 (Murugan，S.et al.2010Intl J of Microbiol Res 1 (3): 123-128)。例如在 Murugan 等人 的研宄中，發(fā)現(xiàn)由糖尿病足部潰瘍得到的100 %的綠膿假單胞菌分離物對美羅培南具有抗 性，并且發(fā)現(xiàn)超過71 %的綠膿假單胞菌分離物對亞胺培南具有抗性。
[0056] 在一些實施方案中，本發(fā)明提供了包含具有如下基因組的噬菌體，其中所述的基 因組包含或由SEQ ID N0:3的核酸序列構(gòu)成。根據(jù)本實施方案的具體實例為分離的噬菌體 F770/05,其靶向多種假單胞菌物種的菌株，包括綠膿假單胞菌。此外，參見國際申請公開 W02010/090542,其中公開了所述的噬菌體菌株。根據(jù)布達(dá)佩斯條約，菌株F770/05于2011 年 9 月 16 日保藏在 NCIMB Limited (Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, AB219YA，Scotland UK)，并且登錄號為41864。在一些實施方案中，本發(fā)明提供 了包含噬菌體的混合組合物，其中所述的噬菌體具有如下基因組，所述基因組包含或由SEQ ID N0:4的核酸序列構(gòu)成。根據(jù)本實施方案的具體實例為分離的噬菌體F510/08,其也靶向 多種假單胞菌物種的菌株，包括綠膿假單胞菌。根據(jù)布達(dá)佩斯條約，菌株F510/08于2011 年9 月 16 日保藏在NCIMB Limited(Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn, A berdeen，AB219YA，Scotland UK)，并且登錄號為41868。在一些實施方案中，所述的混合組 合物包括至少F770/05和F510/08噬菌體菌株兩者。在某些實施方案中，所述的噬菌體混 合物包含至少一種表現(xiàn)出針對一種或多種金黃色葡萄球菌菌株的抗細(xì)菌活性的噬菌體菌 株（例如F770/05和F510/08)，和至少一種表現(xiàn)出針對不同細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的噬菌體菌 株。例如在一些實施方案中，噬菌體混合物包含具有如下基因組的噬菌體菌株，所述基因組 包含或由SEQ ID NO: 3或4、或者其變體組成，以及至少一種具有如下基因組的其他噬菌體 菌株，所述基因組包含或由SEQ ID NO: 1、2或5、或者其變體組成。
[0057] 在一些實施方案中，所述的混合組合物包含至少一種表現(xiàn)出針對鮑曼不動桿菌的 抗細(xì)菌活性的噬菌體菌株。鮑曼不動桿菌是一種導(dǎo)致多種嚴(yán)重的臨床感染的細(xì)菌物種， 特別是在具有受損的免疫系統(tǒng)的個體中，包括糖尿病患者。例如已經(jīng)由患有下肢感染的 糖尿病患者中分離出鮑曼不動桿菌（Colayco，CAS，et al 2002Phil J Microbiol Infect Dis 31(4) :151-106)。鮑曼不動桿菌為多形性需氧革蘭氏陰性桿菌，其通常會通過開放性 傷口進(jìn)入肌體，例如糖尿病足部潰瘍。此外，已知鮑曼不動桿菌對多種抗生素具有抗性， 并且由鮑曼不動桿菌引起的醫(yī)院內(nèi)感染的數(shù)量今年來有所上升。此外參見Browne AC, et al.20010stomy Wound Management 47(10) :44-49(其討論了金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞 菌和不動桿菌物種在糖尿病足部潰瘍中的發(fā)生）。鮑曼不動桿菌是通常在傷口感染過程的 后期出現(xiàn)的定植者。因此，在某些實施方案中，重要的是噬菌體混合組合物包含感染鮑曼不 動桿菌的噬菌體。
[0058] 在一些實施方案中，本發(fā)明提供了包含具有如下基因組的噬菌體的混合組合物， 所述的基因組包含或由SEQ ID N0:5的核酸序列構(gòu)成。根據(jù)本實施方案的具體實例為分 離的噬菌體F1245/05,其靶向多種不動桿菌物種的菌株，包括鮑曼不動桿菌。此外，參見 國際申請公開WO 2010/090542,其中公開了所述的噬菌體菌株。根據(jù)布達(dá)佩斯條約，菌株 F1245/05 于 2011 年 9 月 16 日保藏在 NCIMB Limited (Ferguson Building, Craibstone Es tate, Bucksburn, Aberdeen, AB219YA, Scotland UK)，并且登錄號為 41865。在某些實施方案 中，所述的噬菌體混合物包含至少一種表現(xiàn)出針對一種或多種鮑曼不動桿菌菌株的抗細(xì)菌 活性的噬菌體菌株（例如F1245/05)，和至少一種表現(xiàn)出針對不同細(xì)菌的抗細(xì)菌活性的噬 菌體菌株。例如在一些實施方案中，噬菌體混合物包含具有如下基因組的噬菌體菌株，所述 基因組包含或由SEQ ID N0:5、或者其變體組成，以及至少一種具有如下基因組的其他噬菌 體菌株所述基因組包含或由SEQ ID NO: 1、2、3或4、或者其變體組成。
[0059] 在某些實施方案中，本發(fā)明的混合物包含噬菌體，該噬菌體為核酸序列SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4 和 SEQ ID N0:5 中的任意一種的變體，該變 體噬菌體表現(xiàn)出噬菌體菌株F44/10、F125/10、F770/05、F510/08和F1245/05中的一種或 多種的至少一種生物學(xué)活性，例如抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些 優(yōu)選的實施方案中，噬菌體菌株F44/10或F125/10的變體保持針對一種或多種葡萄球菌物 種的菌株（更優(yōu)選的是包括金黃色葡萄球菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活 性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，所述的混合物包含噬菌體菌株F770/05或F510/08的變 體，該變體保持針對一種或多種假單胞菌物種的菌株（更優(yōu)選的是包括綠膿假單胞菌）的 抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，所述的混合物包 含噬菌體菌株F1245/05的變體，該變體保持針對一種或多種不動桿菌物種的菌株（更優(yōu)選 的是包括鮑曼不動桿菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。
[0060] 變體噬菌體菌株可以包含或由如下基因組構(gòu)成，所述的基因組具有與SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4 和 / 或 SEQ ID N0:5 的核酸序列至少 80%、 85%、90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者至少99%的序列一致性，所述的噬菌體 變體分別表現(xiàn)出噬菌體F44/10、F125/10、F770/05、F510/08和F1245/05的至少一種生物 學(xué)活性，例如抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，噬 菌體菌株F44/10的變體包含或由如下基因組組成，所述的基因組具有與SEQ ID NO: 1的核 酸序列至少80%、85%、90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者至少99%的序列一致 性，并且所述的噬菌體菌株F44/10的變體保持針對一種或多種葡萄球菌物種的菌株（更優(yōu) 選的是包括金黃色葡萄球菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些優(yōu) 選的實施方案中，噬菌體菌株F125/10的變體包含或由如下基因組組成，所述的基因組具 有與 SEQ ID N0:2 的核酸序列至少80%、85%、90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者 至少99%的序列一致性，并且所述的噬菌體菌株F125/10的變體保持針對一種或多種葡萄 球菌物種的菌株（更優(yōu)選的是包括金黃色葡萄球菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌 殺滅活性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，噬菌體菌株F770/05的變體包含或由如下基因組組 成，所述的基因組具有與SEQ ID勵:3的核酸序列至少80%、85%、90%、93%、94%、95%、 96 %、97 %、98 %或者至少99 %的序列一致性，并且所述的噬菌體菌株F770/05的變體保持 針對一種或多種假單胞菌物種的菌株（更優(yōu)選的是包括綠膿假單胞菌）的抗微生物或抗 細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，噬菌體菌株F510/08的變體 包含或由如下基因組組成，所述的基因組具有與SEQ ID N0:4的核酸序列至少80%、85%、 90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者至少99%的序列一致性，并且所述的噬菌體菌 株F510/08的變體保持針對一種或多種假單胞菌物種的菌株（更優(yōu)選的是包括綠膿假單胞 菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。在一些優(yōu)選的實施方案中，噬菌體菌 株P(guān)1245/05的變體包含或由如下基因組組成，所述的基因組具有與SEQ ID N0:5的核酸序 列至少80%、85%、90%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或者至少99%的序列一致性， 并且所述的噬菌體菌株P(guān)1245/05的變體保持針對一種或多種不動桿菌物種的菌株（更優(yōu) 選的是包括鮑曼不動桿菌）的抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性）。
[0061] 備選地或此外，本發(fā)明的混合物包含具有如下基因組的變體，所述的基因組包含 SEQ ID NO:l、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID N0:4 和 / 或 SEQ ID NO:5 的核酸序列 的功能片段，其中所述的變體分別表現(xiàn)出噬菌體F44/10、F125/10、F770/05、F510/08和 F1245/05的至少一種生物學(xué)活性，例如抗微生物或抗細(xì)菌活性（例如溶菌殺滅活性），優(yōu)選 如上文所述。
[0062] 在一些實施方案中，本發(fā)明提供了混合組合物，該混合組合物包含至少2種不 同的分離的噬菌體菌株，各種菌株各自具有包含選自如下核酸序列的基因組：SEQ ID N0:1(F44/10)、SEQ ID N0:2(F125/10)、SEQ ID N0:3(F770/05)、SEQ ID N0:4(F510/08)和 SEQ ID N0:5(F1245/05)、或其變體，如上文所述。在一些優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組 合物包含至少一種具有如下基因組的噬菌體菌株，所述的基因組包含SEQ ID NO: 1和SEQ ID NO:2或者其變體的核酸序列。在一些更優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少 2種具有如下基因組的噬菌體菌株，所述的基因組包含SEQ ID NO: 1和SEQ ID NO: 2或者其 變體的核酸序列。在一些還要更優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少第三噬菌 體菌株，該第三噬菌體菌株具有如下基因組，所述的基因組包含選自SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4和SEQ ID N0:5,或者其變體的核酸序列。在一些甚至更優(yōu)選的實施方案中，所述的混 合組合物包含至少第三和第四噬菌體菌株，該第三和第四噬菌體菌株具有如下基因組，所 述的基因組包含選自SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4和SEQ ID NO: 5,或者其變體的核酸序列。
[0063] 在一些優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少一種具有如下基因組的噬 菌體菌株，所述的基因組包含SEQ ID N0:3或SEQ ID N0:4或者其變體的核酸序列。在一 些更優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少2種具有如下基因組的噬菌體菌株， 所述的基因組包含SEQ ID N0:3和SEQ ID N0:4或者其變體的核酸序列。在一些還要更 優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少第三噬菌體菌株，所述第三噬菌體菌株具 有如下基因組，所述的基因組包含選自SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:5,或者其 變體的核酸序列。在一些甚至更優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含至少第三和第 四噬菌體菌株，該第三和第四噬菌體菌株具有如下基因組，所述的基因組包含選自SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2和SEQ ID N0:5,或者其變體的核酸序列。
[0064] 在一些優(yōu)選的實施方案中，所述的混合組合物包含具有如下基因組的噬菌體菌 株，所述的基因組包含SEQ ID NO: 5或其變體的核酸序列。在一些更優(yōu)選的實施方案中，所 述的混合組合物包含噬菌體（其具有如下基因組，所述的基因組包含SEQ ID N0:5或其變 體的核酸序列）以及1、2或3種其他的噬菌體菌株（其各自具有如下基因組，所述的基因 組包含選自SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4,以及它們的變體中 的核酸序列）。
[0065] 在特別優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明提供了包含至少5種分離的噬菌體菌株的混合 組合物，所述的菌株具有如下基因組，所述的基因組包含SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4和SEQ ID N0:5、或其變體的核酸序列。在一些此類的實施方案中， 選擇用于 SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4 或 SEQ ID N0:5 任意一 種的變體與相應(yīng)的核酸序列具有至少93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的序列一 致性，并且顯示針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和鮑曼不動桿菌中的至少一種的抗細(xì) 菌活性。特別優(yōu)選的實施方案將針對所有3種細(xì)菌菌株的抗細(xì)菌活性組合起來。在一些實 施方案中，所述的混合組合物進(jìn)一步包含一種或多種其他的噬菌體菌株，所述其他噬菌體 菌株具有針對金黃色葡萄球菌、綠膿假單胞菌和鮑曼不動桿菌中的至少一種和/或針對其 他細(xì)菌的抗細(xì)菌活性。
[0066] 在特別優(yōu)選的實施方案中，本發(fā)明提供了混合組合物，該混合組合物包含5種分 離的噬菌體菌株，并進(jìn)一步組合有至少一種其他的噬菌體菌株，其中所述的5種分離的噬 菌體菌株具有如下基因組，所述的基因組包含SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、 SEQ ID NO:4和SEQ ID NO: 5、或其變體的核酸序列。在一些優(yōu)選的實施方案中，其他的噬 菌體菌株選自：噬菌體菌株F168/08,其具有針對糞腸球菌（E. faecalis)和/或屎腸球菌 (E.faecium)中的一種或多種菌株的抗生素活性（如在WO 2011/065854和美國專利申請
【發(fā)明者】J·J·D·阿爾維斯門德斯, C·I·羅德里格斯萊安德羅, S·弗爾克爾科爾特-雷亞爾 申請人:藥物技術(shù)業(yè)制藥技術(shù)股份有限公司, 抗菌技術(shù), 生物技術(shù)研究與發(fā)展股份有限公司