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個性化藥物的制作方法_3

文檔序號:9553120閱讀:來源:國知局
細(xì)胞的數(shù)量。本領(lǐng)域技術(shù)人員知曉用以評價B細(xì)胞的數(shù)量或活性的方法??梢?利用本文較早所解釋的FACS技術(shù)評價B細(xì)胞的數(shù)量。B細(xì)胞活性可以是產(chǎn)生促炎細(xì)胞因 子(例如IL-6)或促進(jìn)由其它細(xì)胞,如T輔助細(xì)胞(Thl7)產(chǎn)生促炎細(xì)胞因子。產(chǎn)生促炎細(xì) 胞因子如IL-6的評價已在本文中在第一方法的上下文中予以解釋。因此,在第二方法的實(shí) 施方式中,在步驟(bl)和(b2)結(jié)束時在所述樣品中確定促炎細(xì)胞因子的分布或表達(dá)水平。 以與本文中用于第一方法所描述的相同的方式評價該分布或表達(dá)水平??扇缤珺細(xì)胞利用 FACS分析或通過細(xì)胞因子流表型分型(Cytokine flow phenotyping)評價T輔助細(xì)胞17 的數(shù)量。細(xì)胞因子流表型分型允許評價所述細(xì)胞的標(biāo)記物的細(xì)胞內(nèi)表達(dá)。Thl7細(xì)胞的標(biāo)記 物的實(shí)例包括IL-17A、IL-17F、IL-21、IL-22、CD4。用于評價這些標(biāo)記物的存在的化合物的 實(shí)例包括:
[0144] 對于 IL-17A :eBio64DEC17FITC
[0145] 對于 IL-17F :SHLR17PE
[0146] 對于 IL-21 :eBio3A3-N2Alexa Fluor? 647
[0147] 對于 IL-22 :22URTI PerCP-eFIuon? 710
[0148] 對于 CD4 :RPA_T4 ePtoor? 450
[0149] 所有這些都來自 e-Biosciences,USA
[0150] 編碼IL-I β的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :1或由SEQ ID NO :1所組成。 優(yōu)選的相應(yīng)的IL-I β氨基酸序列包括SEQ ID NO :2或由SEQ ID NO :2所組成。
[0151] 編碼IL-6的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :3或由SEQ ID NO :3所組成。優(yōu) 選的相應(yīng)的IL-6氨基酸序列包括SEQ ID NO :4或由SEQ ID NO :4所組成。
[0152] 編碼IL-17的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :5或由SEQ ID NO :5所組成。優(yōu) 選的相應(yīng)的IL-17氨基酸序列包括SEQ ID NO :6或由SEQ ID NO :6所組成。
[0153] 編碼IL-23的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :7或由SEQ ID NO :7所組成。優(yōu) 選的相應(yīng)的IL-23氨基酸序列包括SEQ ID NO :8或由SEQ ID NO :8所組成。
[0154] 編碼TNF α的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :9或由SEQ ID NO :9所組成。優(yōu) 選的相應(yīng)的TNFa氨基酸序列包括SEQ ID NO :10或由SEQ ID NO :10所組成。
[0155] 編碼IFNy的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO : 11或由SEQ ID NO : 11所組成。 優(yōu)選的相應(yīng)的IFNy氨基酸序列包括SEQ ID NO : 12或由SEQ ID NO : 12所組成。
[0156] 編碼IL-12的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :25或由SEQ ID NO :25所組成。 優(yōu)選的相應(yīng)的IL-12氨基酸序列包括SEQ ID NO :26或由SEQ ID NO :26所組成。
[0157] 編碼IL-5的優(yōu)選的核苷酸序列包括SEQ ID NO :29或由SEQ ID NO :29所組成。 優(yōu)選的相應(yīng)的IL-5氨基酸序列包括SEQ ID NO :30或由SEQ ID NO :30所組成。
[0158] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-Ιβ或由IL-Ιβ組成。更優(yōu)選地, IL-I β :
[0159] -由包括與 SEQ ID NO :2 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性的 氨基酸序列所表示和/或
[0160] -由具有與 SEQ ID NO :1 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性的 核苷酸序列所編碼。
[0161] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-I β的核苷酸序列具有:
[0162] -與 SEQ ID NO :1 至少 60%、70%、80%、90%、95%、或100%的同一性和/或
[0163] -編碼IL-I β的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :2編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0164] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-6或由IL-6組成。更優(yōu)選地,IL-6 :
[0165] -由包括與 SEQ ID NO :4至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0166] -由具有與 SEQ ID NO :3 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100% 的同一性的核苷 酸序列所編碼。
[0167] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-6的核苷酸序列具有:
[0168] -與SEQIDN0:3至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0169] -編碼IL-6的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :4編碼的氨基酸序列至少60%、 70%、80%、90%、95%,或100%的同一性。
[0170] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-17或由IL-17組成。更優(yōu)選地,IL-17 :
[0171] -由包括與 SEQ ID NO :6 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0172] -由具有與 SEQ ID NO :5 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核苷 酸序列所編碼。
[0173] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-17的核苷酸序列具有:
[0174] -與 SEQ ID NO :5 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0175] -編碼IL-17的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :6編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0176] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-23或由IL-23組成。更優(yōu)選地,IL-23 :
[0177] -由包括與 SEQ ID NO :8 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨基 酸序列所表示和/或
[0178] -由具有與 SEQ ID NO :7 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核苷 酸序列所編碼。
[0179] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-23的核苷酸序列具有:
[0180] -與SEQIDN0:7至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0181] -編碼IL-23的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :8編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0182] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括TNF α或由TNF α組成。更優(yōu)選地,TNF α :
[0183] -由包括與 SEQ ID NO :10 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0184] -由具有與 SEQ ID NO :9 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100% 的同一性的核苷 酸序列所編碼。
[0185] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼TNFa的核苷酸序列具有:
[0186] -與SEQIDN0:9至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0187] -編碼TNFa的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :10編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0188] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IFNy或由IFNy組成。更優(yōu)選地,IFNy :
[0189] -由包括與 SEQ ID NO :12 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0190] -由具有與 SEQ ID NO :11 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所編碼。
[0191] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IFNy的核苷酸序列具有:
[0192] -與 SEQ ID NO :11 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0193] -編碼IFNy的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :12編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0194] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-12或由IL-12組成。更優(yōu)選地,IL-12 :
[0195] -由包括與 SEQ ID NO :26 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0196] -由具有與 SEQ ID NO :25 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所編碼。
[0197] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-12的核苷酸序列具有:
[0198] -與SEQIDN0:25至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0199] -編碼IL-12的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :26編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0200] 在優(yōu)選實(shí)施方式中,促炎細(xì)胞因子包括IL-5或由IL-5組成。更優(yōu)選地,IL-5 :
[0201] -由包括與 SEQ ID NO :30 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的氨 基酸序列所表示和/或
[0202] -由具有與 SEQ ID NO :29 至少 60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性的核 苷酸序列所編碼。
[0203] 在另一優(yōu)選的實(shí)施方式中,編碼IL-12的核苷酸序列具有:
[0204] -與SEQIDN0:29至少60%、70%、80%、90%、95%、100%的同一性和/或
[0205] -編碼IL-12的氨基酸序列,其具有與由SEQ ID NO :30編碼的氨基酸序列至少 60%、70%、80%、90%、95%,或 100% 的同一性。
[0206] 在本文中同一性在后面進(jìn)行定義。編碼促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-Ιβ、IL-6、IL_17、 IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的核苷酸序列的量的定量優(yōu)選利用經(jīng)典分子生 物學(xué)技術(shù)如(實(shí)時)PCR、陣列或RNA印跡分析(northern analysis)來進(jìn)行。在該實(shí)施方 式中,編碼如本文所描述的所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-Ιβ、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、 IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的核苷酸序列意指信使RNA(mRNA)??商鎿Q地,根據(jù)另一優(yōu) 選的實(shí)施方式,在該方法中所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-Ιβ、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、 IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的表達(dá)水平直接通過定量所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的量來確定??赏ㄟ^任何已知的 技術(shù)來定量多肽量。優(yōu)選地,利用與所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-li3、IL-6、IL-17、IL-23、 IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)特異性結(jié)合的分子來定量多肽量。優(yōu)選的結(jié)合分子選 自:已特異性產(chǎn)生(raise)用于識別所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、 IL-12、IL-5、TNF α和/或IFN- γ )的抗體、已知特異性地結(jié)合所述所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu) 選 IL-10、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa 和 / 或 IFN-γ)的任何其它分子??梢?在任何技術(shù)人員已知的免疫測定如免疫印跡(western blotting),或ELISA(酶聯(lián)免疫吸 附試驗(yàn))或利用乳膠珠粒(latex bead)的FACS (熒光激活細(xì)胞分選術(shù))中使用這類抗體。 制備抗體對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是已知的。優(yōu)選地,如在實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中進(jìn)行的,評價促炎細(xì) 胞因子如IL-I β的存在??梢杂糜谥苽淇贵w的方法的簡短解釋在本文中后面給出。在本發(fā) 明的上下文中,已知與所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、 TNF α和/或IFN- γ )結(jié)合的任何其它分子可以是核酸,例如DNA調(diào)控區(qū),多肽,代謝產(chǎn)物, 底物,調(diào)控元件,結(jié)構(gòu)組分,伴侶(chaperone)(轉(zhuǎn)運(yùn))分子,肽模擬物,非肽模擬物,或任何 其它類型的配體。肽模擬物在本文后面定義。已知與所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)結(jié)合的分子的實(shí)例,包括所述促炎 細(xì)胞因子(優(yōu)選 IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a 和 / 或 IFN- γ )的受體 如IL-I β受體、IL-6受體、IL-17受體、IL-23受體、TNF a受體和/或IFN- γ受體,針對 所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選 IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a 和 / 或 IFN- γ ) 的抗體。所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/ 或IFN-γ)與第二結(jié)合分子的結(jié)合可通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何標(biāo)準(zhǔn)方法來檢測。合 適的方法包括親和層析共電泳(ACE)分析和ELISA。技術(shù)人員將會理解,替代地或結(jié)合定 量編碼所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/或 IFN-γ)和/或相應(yīng)多肽的核酸序列,利用特異性試驗(yàn)定量相應(yīng)多肽的底物、或已知與相應(yīng) 多肽的功能或活性相關(guān)聯(lián)的任何化合物、或定量相應(yīng)多肽的功能或活性包括在本發(fā)明的方 法的范圍內(nèi)。例如,可以確定和量化通過所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-Ιβ、IL-6、IL-17、 IL-23、IL-12、IL-5、TNF a和/或IFN- γ )或能夠結(jié)合所述促炎細(xì)胞因子(優(yōu)選IL-I β、 IL-6、IL-17、IL-23、IL-12、IL-5、TNFa和/或IFN-γ)的分子對目的基因的反式激活 (trans-activation),例如,在瞬時轉(zhuǎn)染測定中,革El基因的啟動子與報告基因,例如,P-半乳 糖苷酶或熒光素酶連接。這樣的評估可以在體外或體內(nèi)或離體地完成。
[0207] 用于檢測編碼促炎細(xì)胞因子的核苷酸序列的優(yōu)選的引物在下面給出。
[0208] 用于IL-I β PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0209] 正向引物 CAGCTACGAATCTCCGACCAC(SEQ ID NO :13);以及
[0210] 反向引物 GGCAGGGAACCAGCATCTTC(SEQ ID NO :14)。
[0211] 用于IL-6PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0212] 正向引物 AATTCGGTACATCCTCGACGG(SEQ ID NO :15);以及
[0213] 反向引物 GGTTGTTTTCTGCCAGTGCCT(SEQ ID NO :16)。
[0214] 用于IL-17PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0215] 正向引物 TCCCACGAAATCCAGGATGC (SEQ ID NO : 17);以及
[0216] 反向引物 GGATGTTCAGGTTGACCATCAC (SEQ ID NO : 18)。
[0217] 用于IL-23PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0218] 正向引物 CTCAGGGACAACAGTCAGTTC (SEQ ID NO : 19);以及
[0219] 反向引物 ACAGGGCTATCAGGGAGCA- (SEQ ID NO :20)。
[0220] 用于TNF a PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0221] 正向引物 TGGCCCAGGCAGTCAGA(SEQ ID NO :21);以及
[0222] 反向引物 GGTTTGCTACAACATGGGCTACA(SEQ ID NO :22)。
[0223] 用于IFNy PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0224] 正向引物 TCGGTAACTGACTTGAATGTCCA(SEQ ID NO :23);以及
[0225] 反向引物 TCCTTTTTCGCTTCCCTGTTTT(SEQ ID NO :24)。
[0226] 用于IL-12PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0227] 正向引物 CCTTGCACTTCTGAAGAGATTGA(SEQ ID NO :27);以及
[0228] 反向引物 ACAGGGCCATCATAAAAGAGGT (SEQ ID NO :28)。
[0229] 用于E-5PCR的優(yōu)選的引物被鑒別為
[0230] 正向引物 CCTTGCACTTCTGAAGAGATTGA(SEQ ID NO :31);以及
[0231] 反向引物 ACAGGGCCATCATAAAAGAGGT (SEQ ID NO :32)。
[0232] 可選地,在本發(fā)明的第一方法中,可以將在步驟(C)中確定的促炎細(xì)胞因子的分 布或表達(dá)水平與用于所述表達(dá)水平或分布的參考值比較,參考值優(yōu)選為在對照樣品中的所 述表達(dá)水平或分布的平均值。
[0233] 在本發(fā)明的上下文中,用于所述促炎細(xì)胞因子的分布或表達(dá)水平的"參考值"優(yōu)選 為對照樣品中的所述表達(dá)水平或分布的平均值。
[0234] 同樣適用于第二方法,其中B細(xì)胞的數(shù)量與用于參考的,優(yōu)選對照樣品的B細(xì)胞數(shù) 量進(jìn)行比較。在本發(fā)明的上下文中,用于B細(xì)胞的數(shù)量的"參考值"優(yōu)選為對照樣品中的B 細(xì)胞的平均數(shù)量。
[0235] 兩種類型的優(yōu)選對照樣品在本文中后面定義:一種用于步驟(bl),一種用于步驟 (b2)。
[0236] 在第一方法(即用于評價促炎細(xì)胞因子抑制劑的效力)的優(yōu)選實(shí)施方式中,在接 觸步驟(bl)和/或(b2)結(jié)束時,將上清液通過離心分離并由本領(lǐng)域技術(shù)人
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