1.一種評估從受試者收集的樣品的質(zhì)量的方法,所述方法包括檢測所述樣品中的n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的至少1種、至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種或至少7種選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5,其中所述樣品是血清樣品。
2.一種方法,所述方法包括:
3.一種方法,所述方法包括:
4.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和eif1b。
5.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和ragp1。
6.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和scfd1。
7.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和pld3。
8.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和甘露糖結(jié)合凝集素2。
9.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和ilk1。
10.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是lkha4和rpl5。
11.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和ragp1。
12.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和scfd1。
13.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和pld3。
14.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和甘露糖結(jié)合凝集素2。
15.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和ilk1。
16.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是eif1b和rpl5。
17.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ragp1和scfd1。
18.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ragp1和pld3。
19.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ragp1和甘露糖結(jié)合凝集素2。
20.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ragp1和ilk1。
21.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ragp1和rpl5。
22.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是scfd1和pld3。
23.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是scfd1和甘露糖結(jié)合凝集素2。
24.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是scfd1和ilk1。
25.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是scfd1和rpl5。
26.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是pld3和甘露糖結(jié)合凝集素2。
27.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是pld3和ilk1。
28.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是pld3和rpl5。
29.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是甘露糖結(jié)合凝集素2和ilk1。
30.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是甘露糖結(jié)合凝集素2和rpl5。
31.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的2種是ilk1和rpl5。
32.如權(quán)利要求1至31中任一項(xiàng)所述的方法,其中n是3,n是4,n是5,n是6,n是7,或者n是8。
33.如權(quán)利要求32所述的方法,其中所有所述n種生物標(biāo)志物蛋白選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5。
34.如權(quán)利要求1-33中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述受試者是人受試者。
35.如權(quán)利要求1-34中任一項(xiàng)所述的方法,其中在所述樣品收集之后且在所述檢測之前對所述樣品進(jìn)行處理、冷凍和解凍。
36.如權(quán)利要求35所述的方法,其中所述樣品處理步驟包括至少一次凍融循環(huán)。
37.如權(quán)利要求35所述的方法,其中所述樣品處理步驟包括多于一次凍融循環(huán)。
38.如權(quán)利要求35-37中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括確定所述樣品的凍融循環(huán)次數(shù)。
39.如權(quán)利要求38所述的方法,其中所述確定是基于將所述n種生物標(biāo)志物蛋白的檢測水平與參考水平進(jìn)行比較,其中所述參考水平是具有1次凍融循環(huán)或2次凍融循環(huán)的樣品中存在的所述n種生物標(biāo)志物蛋白的平均水平。
40.如權(quán)利要求1-39所述的方法,其中與參考水平相比的所述n種生物標(biāo)志物蛋白的所述檢測水平指示所述凍融循環(huán)次數(shù)是大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán)。
41.如權(quán)利要求38-40中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述確定是基于具有至少0.65、至少0.7、至少0.75、至少0.8、至少0.85、至少0.9或至少0.95的r2值的n種生物標(biāo)志物蛋白的組。
42.如權(quán)利要求38-41中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括對所述樣品進(jìn)行蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)分析、蛋白質(zhì)表達(dá)水平分析、診斷方法或預(yù)后方法。
43.如權(quán)利要求1-42中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括將所述樣品鑒定為通過質(zhì)量評估或未通過質(zhì)量評估。
44.如權(quán)利要求43所述的方法,其中所述鑒定至少部分地基于所述n種生物標(biāo)志物蛋白的所述檢測水平。
45.如權(quán)利要求43或44所述的方法,其中如果所述凍融循環(huán)次數(shù)被確定為1、小于2、小于3、小于4、小于5或5,則所述樣品被鑒定為通過質(zhì)量評估。
46.如權(quán)利要求43或44所述的方法,其中如果所述凍融循環(huán)次數(shù)被確定為大于5、大于6、大于7、大于8、大于9或大于10,則所述樣品被鑒定為未通過質(zhì)量評估。
47.如權(quán)利要求43-46中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括a)如果所述樣品被鑒定為通過所述質(zhì)量評估,則對所述樣品進(jìn)行進(jìn)一步分析;或者b)如果所述樣品被鑒定為未通過所述質(zhì)量評估,則丟棄所述樣品。
48.如權(quán)利要求1-47中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括檢測來自多個(gè)受試者的多個(gè)樣品中的n種生物標(biāo)志物中的每一者的水平。
49.一種用于比較從多個(gè)受試者收集的多個(gè)樣品的方法,所述方法包括檢測所述多個(gè)樣品中的每一個(gè)中的n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的至少1種、至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種或至少7種選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5,其中所述樣品是血清樣品。
50.如權(quán)利要求49所述的方法,所述方法包括a)確定凍融循環(huán)次數(shù),以及b)比較所述多個(gè)樣品中的每一個(gè)的確定的凍融循環(huán)次數(shù)。
51.如權(quán)利要求50所述的方法,所述方法包括將所述多個(gè)樣品鑒定為一致處理的或不一致處理的,其中一致處理的樣品都具有彼此在1、2、3、4或5次凍融循環(huán)內(nèi)的確定的凍融循環(huán)次數(shù)。
52.如權(quán)利要求50或51所述的方法,其中所述確定是基于將所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述檢測水平與參考水平進(jìn)行比較,其中所述參考水平是具有1次凍融循環(huán)或2次凍融循環(huán)的樣品中存在的所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的平均水平。
53.如權(quán)利要求49-52中任一項(xiàng)所述的方法,其中與所述參考水平相比的所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述檢測水平指示所述凍融循環(huán)次數(shù)是大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán);或者其中在線性回歸模型中使用的所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述水平預(yù)測所述凍融循環(huán)次數(shù)是大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán)。
54.如權(quán)利要求49-53中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述確定是基于具有至少0.65、至少0.7、至少0.75、至少0.8、至少0.85、至少0.9或至少0.95的r2值的n種生物標(biāo)志物蛋白的組。
55.如權(quán)利要求49-54中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括對所述多個(gè)樣品進(jìn)行蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)分析、蛋白質(zhì)表達(dá)水平分析、診斷方法或預(yù)后方法。
56.如權(quán)利要求49-55中任一項(xiàng)所述的方法,所述方法包括基于所述多個(gè)樣品中的每一個(gè)的所述確定的凍融循環(huán)次數(shù)來修改蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)分析、蛋白質(zhì)表達(dá)水平分析、診斷方法或預(yù)后方法中的生物標(biāo)志物蛋白的組;或?qū)⑺鰳悠分械囊环N或多種蛋白質(zhì)鑒定為受所述凍融循環(huán)次數(shù)影響;或?qū)⑺鰳悠分械囊环N或多種蛋白質(zhì)的水平鑒定為受所述凍融循環(huán)次數(shù)影響;或基于預(yù)測的凍融循環(huán)次數(shù)改變診斷、預(yù)后或健康評估相關(guān)測試中使用的所述生物標(biāo)志物蛋白的組;基于所述預(yù)測的凍融循環(huán)次數(shù)去除診斷、預(yù)后或健康評估相關(guān)測試中使用的蛋白質(zhì)。
57.如權(quán)利要求56所述的方法,其中所述生物標(biāo)志物蛋白的組的測量的生物標(biāo)志物蛋白的數(shù)量減少。
58.如權(quán)利要求49-57中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述確定措施符合臨床試驗(yàn)樣品收集和處理方案。
59.如權(quán)利要求49-57中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述多個(gè)樣品是在多于一個(gè)樣品收集部位收集的。
60.如權(quán)利要求59所述的方法,其中將來自第一樣品收集部位的多個(gè)樣品與來自第二樣品收集部位的第二多個(gè)樣品進(jìn)行比較。
61.如權(quán)利要求49-60中任一項(xiàng)所述的方法,其中可以基于所述凍融循環(huán)次數(shù)去除所述多個(gè)樣品中的一個(gè)或多個(gè)。
62.如權(quán)利要求49-61中任一項(xiàng)所述的方法,
63.如權(quán)利要求49-62中任一項(xiàng)所述的方法,其中n是3,n是4,n是5,n是6,n是7,或者n是8。
64.如權(quán)利要求63所述的方法,其中所有所述n種生物標(biāo)志物蛋白選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5。
65.如權(quán)利要求49-64中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述受試者是人受試者。
66.如權(quán)利要求49-65中任一項(xiàng)所述的方法,其中在所述樣品收集之后且在所述檢測之前對所述樣品進(jìn)行處理、冷凍和解凍。
67.如權(quán)利要求66所述的方法,其中所述樣品處理步驟包括至少一次凍融循環(huán)。
68.如權(quán)利要求66所述的方法,其中所述樣品處理步驟包括多于一次凍融循環(huán)。
69.如權(quán)利要求1-68中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述檢測包括進(jìn)行質(zhì)譜法、基于適體的測定和/或基于抗體的測定。
70.如權(quán)利要求1-69中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述方法包括使來自所述受試者的所述樣品的生物標(biāo)志物蛋白與一組捕獲試劑接觸,其中所述一組捕獲試劑中的每種捕獲試劑特異性結(jié)合至正被檢測的一種生物標(biāo)志物蛋白。
71.如權(quán)利要求70所述的方法,其中每種所述捕獲試劑特異性結(jié)合至正被檢測的不同的生物標(biāo)志物蛋白。
72.如權(quán)利要求70或71所述的方法,其中每種捕獲試劑是抗體或適體。
73.如權(quán)利要求72所述的方法,其中每種捕獲試劑是適體。
74.如權(quán)利要求73所述的方法,其中至少一種適體是慢解離率適體。
75.如權(quán)利要求74所述的方法,其中至少一種慢解離率適體包含至少1個(gè)、至少2個(gè)、至少3個(gè)、至少4個(gè)、至少5個(gè)、至少6個(gè)、至少7個(gè)、至少8個(gè)、至少9個(gè)或至少10個(gè)具有修飾的核苷酸。
76.如權(quán)利要求73或74所述的方法,其中每種慢解離率適體以≥20分鐘、≥30分鐘、≥60分鐘、≥90分鐘、≥120分鐘、≥150分鐘、≥180分鐘、≥210分鐘或≥240分鐘的解離率(t1/2)結(jié)合至其靶蛋白。
77.一種試劑盒,所述試劑盒包含n種生物標(biāo)志物蛋白捕獲試劑,其中n是至少1,并且其中所述捕獲試劑中的至少1種、至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種或至少7種結(jié)合至選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5的蛋白質(zhì)。
78.如權(quán)利要求77所述的試劑盒,其中n是至少2,并且其中所述捕獲試劑中的至少2種結(jié)合至選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5的蛋白質(zhì)。
79.如權(quán)利要求77或78所述的試劑盒,其中所述捕獲試劑中的每一者結(jié)合至不同的蛋白質(zhì)。
80.如權(quán)利要求77-79中任一項(xiàng)所述的試劑盒,其中n是2,n是3,n是4,n是5,n是6,n是7,或者n是8。
81.如權(quán)利要求80所述的試劑盒,其中所述捕獲試劑中的每一者結(jié)合至選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5的蛋白質(zhì)。
82.如權(quán)利要求77-81中任一項(xiàng)所述的試劑盒,其中所述捕獲試劑中的每一者是抗體或適體。
83.如權(quán)利要求82所述的試劑盒,其中每種捕獲試劑是適體。
84.如權(quán)利要求83所述的試劑盒,其中至少一種適體是慢解離率適體。
85.如權(quán)利要求84所述的試劑盒,其中至少一種慢解離率適體包含至少1個(gè)、至少2個(gè)、至少3個(gè)、至少4個(gè)、至少5個(gè)、至少6個(gè)、至少7個(gè)、至少8個(gè)、至少9個(gè)或至少10個(gè)具有修飾的核苷酸。
86.如權(quán)利要求84或權(quán)利要求85所述的試劑盒,其中每種慢解離率適體以≥20分鐘、≥30分鐘、≥60分鐘、≥90分鐘、≥120分鐘、≥150分鐘、≥180分鐘、≥210分鐘或≥240分鐘的解離率(t1/2)結(jié)合至其靶蛋白。
87.如權(quán)利要求77-86中任一項(xiàng)所述的試劑盒,所述試劑盒用于檢測來自受試者的樣品中的所述n種生物標(biāo)志物蛋白。
88.如權(quán)利要求87所述的試劑盒,所述試劑盒用于至少部分地基于所述樣品中檢測到的n種生物標(biāo)志物蛋白的水平來評估所述樣品的質(zhì)量。
89.如權(quán)利要求77-88中任一項(xiàng)所述的試劑盒,所述試劑盒用于確定所述樣品的凍融循環(huán)次數(shù)。
90.一種方法,所述方法包括檢測樣品中的n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的水平,其中n是至少1,并且其中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的至少1種、至少2種、至少3種、至少4種、至少5種、至少6種或至少7種選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5。
91.如權(quán)利要求90所述的方法,其中所述樣品是血清樣品。
92.如權(quán)利要求91所述的方法,其中所述血清樣品是人血清樣品。
93.如權(quán)利要求90-92中任一項(xiàng)所述的方法,其中凍融循環(huán)次數(shù)用所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述水平來確定。
94.如權(quán)利要求93所述的方法,其中所述凍融循環(huán)次數(shù)被確定為大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán)。
95.如權(quán)利要求94所述的方法,其中所確定的凍融循環(huán)次數(shù)來源于統(tǒng)計(jì)模型中所述n種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述水平的輸入。
96.如權(quán)利要求95所述的方法,其中所述統(tǒng)計(jì)模型是線性回歸模型。
97.如權(quán)利要求90-96中任一項(xiàng)所述的方法,其中所測量的每種蛋白質(zhì)的所述水平由相對熒光單位(rfu)或蛋白質(zhì)濃度確定。
98.一種方法,所述方法包括檢測樣品中的至少1、2、3、4、5、6、7或8種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的水平,其中生物標(biāo)志物蛋白選自lkha4、eif1b、ragp1、scfd1、pld3、甘露糖結(jié)合凝集素2、ilk1和rpl5。
99.如權(quán)利要求98所述的方法,其中所述樣品是血清樣品。
100.如權(quán)利要求99所述的方法,其中所述血清樣品是人血清樣品。
101.如權(quán)利要求98-100中任一項(xiàng)所述的方法,其中凍融循環(huán)次數(shù)用所述至少1、2、3、4、5、6、7或8種生物標(biāo)志物蛋白中的每一者的所述水平來確定。
102.如權(quán)利要求101所述的方法,其中所述凍融循環(huán)次數(shù)被確定為大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán)。
103.如權(quán)利要求102所述的方法,其中被確定為大于1、大于2、大于3、大于4、大于5、大于7或大于10次凍融循環(huán)的所述確定的凍融循環(huán)次數(shù)來源于統(tǒng)計(jì)模型中至少1、2、3、4、5、6、7或8種生物標(biāo)志物蛋白的所述水平的輸入。
104.如權(quán)利要求103所述的方法,其中所述統(tǒng)計(jì)模型是線性回歸模型。
105.如權(quán)利要求103所述的方法,所述方法還包括修改蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)分析、蛋白質(zhì)表達(dá)水平分析、診斷方法或預(yù)后方法中的蛋白質(zhì)的組;將所述樣品中的一種或多種蛋白質(zhì)鑒定為受影響;將所述樣品中的一種或多種蛋白質(zhì)的水平鑒定為受影響;改變診斷、預(yù)后或健康評估相關(guān)測試中使用的蛋白質(zhì);或去除診斷、預(yù)后或健康評估相關(guān)測試中使用的一種或多種蛋白質(zhì),各自基于所述線性回歸模型的結(jié)果。