腦癌檢測的制作方法
【專利說明】腦癌檢測
[0001] 本發(fā)明設及用于檢測受試者中的腦癌的方法。本發(fā)明還設及預測腦癌患者的臨床 結果的方法;監(jiān)測患者的腦癌進展的方法；W及將患者的腦癌分級的方法。
[0002] 引言
[000引在2010年，僅在英國就有9,156例腦癌的新病例（英國癌癥研究院（Cancer Research UK))。在世界上，據(jù)估計每年有445，000例腦癌的新病例(英國癌癥研究院）。由于 人口每年在增長，所W腦癌的發(fā)病率將跟著增長，運突出了對改進的診斷、預后和對治療的 響應的預測的需求。本發(fā)明具有在英國和世界上滿足該需求的潛力。
[0004]目前神經(jīng)膠質瘤的診斷設及用MRI成像W及通過神經(jīng)病理學的組織學分析。在一 些病例中，MRI掃描不足夠準確W確定地診斷個體，其后需要組織學分析?？蒞僅在手術期 間移除腫瘤組織之后執(zhí)行組織學分析并且其取決于個人病理學家的解釋是非常主觀的。對 患者風險性及侵入性的程序，特別是在進行手術時呈現(xiàn)較高風險的老年個體中具有神經(jīng)膠 質瘤的高發(fā)生率。
[000引微小RNA(miRNA)是在基因的轉錄后調節(jié)和蛋白質表達中起作用的小的非編碼 RNA"miRNA顯示疾病特異性的表達，其可被用于提供關于特定的生物學狀態(tài)諸如神經(jīng)膠質 瘤的信息。可在被釋放入循環(huán)系統(tǒng)的神經(jīng)膠質瘤特異性外泌體(exosomes)的分離后測量神 經(jīng)膠質瘤中miRNA表達的變化。本研究的目的是鑒別具有在神經(jīng)膠質瘤中改變的表達且可 用于診斷、預后W及對治療的響應的預測的一組miRNA。
[0006] 在第一方面，本發(fā)明提供了檢測受試者中腦癌的方法，該方法包括：
[0007] 測定來自受試者的樣品W確定存在于樣品中的選自由由W下組成的組的至少一 種miRNA的量：Hsa-miR-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-：3p hsa-miR-lf5b;hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-3p；Hsa-miR-18a-5p；Hsa-miR-190a；Hsa-miR-19b-3p；Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p; Hsa-miR-93-5p；Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-化；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0008] 將存在于樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較；
[0009] 其中樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較的不同指示受試者患有腦 癌。
[0010] 本發(fā)明的該第一方面基于發(fā)明人的如下發(fā)現(xiàn)，在代表腦癌的樣品中（或取自患有 腦癌的受試者，或取自腦癌的細胞培養(yǎng)模型）上面提到的miRNA與未患腦癌的受試者(或使 用非癌性腦細胞的模型）比較具有豐度的變化。實際上，如在本公開內(nèi)容中的其他地方更詳 細的討論，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)了所提及的miRNAW高于或低于在非癌性參照樣品中發(fā)現(xiàn)的數(shù)量多 倍（"倍"增)的數(shù)量存在。
[0011]在本發(fā)明的第二方面，提供了預測腦癌患者中的臨床結果的方法，該方法包括： [001引巧|]定來自患者的樣品中選自由W下組成的組的至少一種miRNA的存在池曰-1111尺-20a-5p;Hsa-miR-34a-5p;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-lSb;hsa-miR-181b;hsa-miR-19a; hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21；hsa-miR-222；hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p; Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-125a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-：3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p; Hsa-miR-16-5p；Hsa-miR-17-5p；Hsa-miR-17-3p；Hsa-miR-182-5p；Hsa-miR-183-5p；Hsa-miR-187-化；Hsa-miR-18a-5p; Hsa-miR-190a; Hsa-miR-19b-3p ;Hsa-miR-200a-：3p ;Hsa-miR-203a;Hsa-miR-3l-5p;Hsa-miR-326;Hsa-miR-425-5p;Hsa-miR-7-5p;Hsa-miR-93-5p;Hsa-miR-96-5p；Hsa-let-7b-5p；Hsa-miR-106b-5p；Hsa-miR-191-5p；Hsa-miR-24-3p；Hsa-miR-25-化；Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0013] 將存在于樣品中的所述至少一種miRNA的量與參考值比較；
[0014] 其中樣品中至少一種miRNA的量與參考值比較的不同指示關于患者的腦癌的消極 結果。
[0015] 本發(fā)明的該第二方面基于發(fā)明人對所提到的miRNA與腦癌的存在之間關聯(lián)的發(fā) 現(xiàn)。該發(fā)現(xiàn)允許對上述miRNA的研究提供對患者的腦癌的可能進展W及相應的可W預期的 臨床結果的指示。特別地，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)了運些miRNA標志物的豐度W如下所述的方式的變化 通常與關于者的腦癌的消極結果相關。
[0016] 用于腦癌的診斷、預后和監(jiān)測的技術目前典型地使用成像方法，諸如MRI技術，隨 后證實性的組織學分析。
[0017] 發(fā)明人相信在本文被鑒別的一組miRNA生物標志物可能在腦癌諸如神經(jīng)膠質瘤的 分級中是有益的。
[0018] 本發(fā)明的第Ξ方面提供了監(jiān)測患者中腦癌的進展的方法，該方法包括：
[0019] 巧憶來自患者的指示在第一時間點的患者中的miRNA的第一樣品中，選自由W下 組成的組的至少一種miNRA的存在，W確定存在于樣品中的至少一種miRNA的豐度的第一 {E：hsa-Hsa-miR-20a-5p；Hsa-miR-34a-5p；Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b；hsa-miR-181b； hsa-mi民一19a;hsa-mi民一210;hsa-mi民一23a;hsa-mi民一15a;hsa-mi民一181a;hsa-mi民一21;hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-mi民一9-5p;Hsa-mi民一106b-5p;Hsa-mi民一107;Hsa-mi民一125a-5p;Hsa-mi民一128;Hsa-mi民一 130b-3p;Hsa-mi民一132-3p;Hsa-mi民一138-5p;Hsa-mi民一141-3p;Hsa-mi民一146a-5p;Hsa-mi民一 148a-3p;Hsa-mi民一16-5p;Hsa-mi民一17-5p;Hsa-mi民一17-3p;Hsa-mi民一182-5p;Hsa-mi民一183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200a-3p; Hsa-mi民一203a;Hsa-mi民一3l-5p;Hsa-mi民一326;Hsa-mi民一425-5p;Hsa-mi民一7-5p;Hsa-mi民一 93-5p;Hsa_mi民一96-5p;Hsa-let-7b-5p;Hsa_mi民一106b-5p;Hsa_mi民一191-5p;Hsa-mi民一24-3p;Hsa-miR-25-3p;Hsa-miR-320a;Hsa-miR-486-5p和Hsa-miR-451a;
[0020] W及測定來自患者的指示在第二時間點的患者中的miRNA的第二樣品中，相同的 至少一種miRNA的存在，^確定存在于第二樣品的所述至少一種miRNA的豐度的第二值；W 及
[0021 ]比較用于所述至少一種miRNA的豐度的第一值和第二值；
[0022] 其中第一值和第二值之間的不同指示關于患者的腦癌有進展。
[0023] 當研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是上調的值時，那么第二值與第一值比較 的增加指示腦癌的進展在第一時間點和第二時間點之間惡化。
[0024] 當研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是下調的值時，那么第二值與第一值比較 的減少也指示腦癌的進展在第一時間點和第二時間點之間惡化。
[002引相比之下，當研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是上調的值時，那么第二值與第 一值比較的減少指示腦癌的進展在第一時間點和第二時間點之間改善。
[0026] 相似地，當研究的miRNA在癌癥中與參考值比較是下調的值時，那么第二值與第一 值比較的增加指示腦癌的進展在第一時間點和第二時間點之間改善。
[0027] 本發(fā)明的監(jiān)測方法可利用指示在進一步的時間點的患者中的miRNA的另外的樣品 (例如，除第一樣品和第二樣品外，指示在第Ξ時間點的患者中的miRNA的第Ξ樣品）。
[0028] 第一時間點、第二時間點及任何后續(xù)的時間點)可被間隔打算在其間監(jiān)測患者 的腦癌的進展的任何感興趣的時期。
[0029] 患者可能會經(jīng)受治療，該治療意圖改變第一時間點和第二時間點之間的癌癥的狀 態(tài)。例如，患者可能經(jīng)受臨床治療或用推定的治療劑的治療。在運種情況中，監(jiān)測患者的癌 癥的進展可提供臨床治療或推定的治療劑是否證明是成功的指示。
[0030] W該方式監(jiān)測癌癥進展還可在確定癌癥治療應該何時啟動中是有益的。僅僅舉例 來說，當癌癥惡化時(例如，低等級腫瘤進展為高等級腫瘤），可指示啟動治療。相似地，考慮 被監(jiān)測的腫瘤的發(fā)展和/或退化可作出關于是否要開始或結束治療方案諸如化療方案的決 定。
[0031] 應該理解的是，可就兩個樣品測定來自列舉的清單中的多種miRNA,且只要測定的 miRNA的至少一種在兩個樣品之間是共同的，就可測定不同的miRNA(因此允許就樣品中 miRNA的豐度進行比較）。
[0032] 在第四方面，提供了將患者的腦癌分級的方法，該方法包括：
[0033] 測定來自患者的樣品W確定存在于樣品中的選自由W下組成的組的至少一種 miRNA的量:Hsa-miR-20a-5p ;Hsa-miR-34a-5p ;Hsa-miR-92a-3p hsa-miR-15b; hsa-miR-181b；hsa-miR-19a；hsa-miR-210；hsa-miR-23a；hsa-miR-15a；hsa-miR-181a；hsa-miR-21； hsa-miR-222;hsa-miR-26a;hsa-miR-29c;hsa-miR-101-3p;hsa-miR-29b-3p;hsa-miR-328;hsa-miR-9-5p;Hsa-miR-106b-5p;Hsa-miR-107;Hsa-miR-1化a-5p;Hsa-miR-128;Hsa-miR-130b-3p;Hsa-miR-132-3p;Hsa-miR-138-5p;Hsa-miR-141-3p;Hsa-miR-146a-5p;Hsa-miR-148a-3p;Hsa-miR-16-5p;Hsa-miR-17-5p;Hsa-miR-17-3p;Hsa-miR-182-5p;Hsa-miR-183-5p;Hsa-miR-187-3p;Hsa-miR-18a-5p;Hsa-miR-190a;Hsa-miR-19b-3p;Hsa-miR-200日-化；Hsa-miR-203a;