與綿羊角表型相關(guān)的rxfp2基因snp標(biāo)記組合及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[00011本發(fā)明屬于遺傳生物學(xué)領(lǐng)域，具體涉及與綿羊角表型相關(guān)的RXFP2基因 SNP標(biāo)記組 合及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 綿羊是我國(guó)主要的畜牧業(yè)飼養(yǎng)動(dòng)物，其形態(tài)特點(diǎn)是身體豐滿、體毛綿密。頭部較 短，雄羊通常具有螺旋狀的尖角。在我國(guó)主要的綿羊地方品種包括蒙古羊和西藏羊。其中， 蒙古羊主要產(chǎn)于內(nèi)蒙古自治區(qū)種類包括小尾寒羊、湖羊、灘羊、烏珠穆沁羊、巴音布魯克羊 等，蒙古羊的角型特點(diǎn)是具有典型的短角和中等角或者無(wú)角，角的延伸方向?yàn)榫o貼臉部旋 轉(zhuǎn)。藏羊的種類主要包括草原型藏羊、歐拉藏羊、河谷型藏羊，其中草原型藏羊和歐拉型藏 羊都具有長(zhǎng)而螺旋的角，而且角型是螺旋并向兩邊延伸，而河谷型藏羊形態(tài)與蒙古型藏羊 相近，具有典型的短角和中等角或者無(wú)角，角的延伸方向?yàn)榫o貼臉部旋轉(zhuǎn)。在畜牧生產(chǎn)中地 方品種通常受到養(yǎng)殖戶和消費(fèi)者的歡迎，但最近幾年綿羊雜交導(dǎo)致一些地方品種消失，對(duì) 地方品種的保護(hù)迫在眉睫。此外部分綿羊品種例如小尾寒羊的部分母羊具有大角，經(jīng)常會(huì) 破壞畜欄，所以養(yǎng)殖戶不愿飼養(yǎng)帶有大角的母羊。由此可見(jiàn)，對(duì)調(diào)控綿羊角型的相關(guān)基因進(jìn) 行深入研究從而指導(dǎo)地方品種保護(hù)和畜牧業(yè)生產(chǎn)顯得十分必要。
[0003] 目前已有研究發(fā)現(xiàn)松弛素/胰島素樣肽受體(Relaxin/insulin-like family peptide receptor 2，RXFP2)基因?qū)d羊角的大小具有調(diào)控作用。發(fā)現(xiàn)了多個(gè)可能影響角 大小的SNP，包括基因間區(qū)的一個(gè)SNP(chrl0:29455959)與Soay羊的角大小有關(guān)，基因下游 的一個(gè)SNP(chrlO: 29389966)與Merino的角大小有關(guān)。但目前還沒(méi)有該基因的SNP位點(diǎn)與蒙 古羊、藏羊和小尾寒羊角型相關(guān)的報(bào)道。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明的目的在于提供與綿羊角表型相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。
[0005] 本發(fā)明的發(fā)明人通過(guò)對(duì)99個(gè)綿羊（10個(gè)品種）的全基因組重測(cè)序，發(fā)現(xiàn)RXFP2基因 (如SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列，編碼的氨基酸序列如SEQ ID N0.2所示)在藏羊中受到 強(qiáng)烈選擇。而樣本中草原型藏羊和歐拉藏羊的角型和其它羊的角型具有顯著差異。進(jìn)一步 的分析RXFP2的突變位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)在RXFP2高度保守區(qū)存在兩個(gè)SNP標(biāo)記，從而提供了與綿羊角 表型相關(guān)的SNP標(biāo)記組合，所述SNP標(biāo)記組合位于綿羊RXFP2基因上，包括RXFP2-SNP1和 RXFP2-SNP2 兩個(gè) SNP 標(biāo)記，其中，RXFP2-SNP1 為第 1999位的 C-T 突變(chrlO :29439053，對(duì)應(yīng) 于SEQ ID NO. 1所示的互補(bǔ)序列的G-A突變），該位點(diǎn)氨基酸改變?yōu)镋667K;RXFP2-SNP2為第 1957位的C-T突變(chrl0:29439007,對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0.1所示的互補(bǔ)序列的G-A突變），該 位點(diǎn)氨基酸改變?yōu)閂653M，本發(fā)明所檢測(cè)位點(diǎn)為XM_015097982互補(bǔ)鏈序列。
[0006] 本發(fā)明還提供了上述SNP標(biāo)記組合在綿羊表型鑒定中的應(yīng)用。
[0007] 通過(guò)SNP和表型的關(guān)聯(lián)分析（圖4)，確定當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為CT基因型時(shí)， 綿羊具有大角性狀，為CC基因型時(shí)綿羊具有小角或無(wú)角性狀。
[0008] 特別的，當(dāng)小尾寒羊母羊RXFP2基因第1999位為CT基因型時(shí)，為具有大角的小尾寒 羊母羊，為CC基因型時(shí)，為具有小角或無(wú)角的小尾寒羊母羊。
[0009] 在本發(fā)明中，在測(cè)量過(guò)程中定義無(wú)角為0cm，小角的長(zhǎng)度為0-12cm(不含0cm，含 12cm)，大角的長(zhǎng)度為12_30cm(不含12cm，含30cm) 〇
[0010] 在所述SNP組合中：
[0011] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為CT基因型，第1957位為CT基因型時(shí)綿羊具有螺旋并 向兩邊延伸的角型；
[0012] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為TT基因型，第1957位為CC基因型時(shí)綿羊具有螺旋并 向兩邊延伸的角型；
[0013] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為TT基因型，第1957位為CT基因型時(shí)綿羊具有螺旋并 向兩邊延伸的角型；
[0014] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為TT基因型，第1957位為TT基因型時(shí)綿羊具有螺旋并 向兩邊延伸的角型；
[0015] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為CC基因型，第1957位為CC基因型時(shí)綿羊無(wú)角或具有 緊貼臉部旋轉(zhuǎn)的角型；
[0016] 當(dāng)綿羊RXFP2基因第1999位為CT基因型，第1957位為CC基因型時(shí)綿羊無(wú)角或具有 緊貼臉部旋轉(zhuǎn)的角型。
[0017] 螺旋并向兩邊延伸的角型如圖1所示，緊貼臉部旋轉(zhuǎn)的角型如圖2所示。
[0018] 本發(fā)明還提供了上述SNP標(biāo)記組合的引物，所述引物包括SEQ ID N0.3-4所示的擴(kuò) 增引物對(duì)和SEQ ID N0.5-6所示的延伸引物(如表1所示）。
[0019] 表1
[0020]
[0021]本發(fā)明還提供了一種鑒定綿羊角表型的方法，所述方法包括以下步驟：
[0022]步驟一：以待測(cè)綿羊基因組DNA為模板，利用上述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增獲得PCR產(chǎn)物； [0023] 步驟二:對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序(SNaPshot微測(cè)序），根據(jù)測(cè)序結(jié)果判斷綿羊角表型。
[0024]其中SNaPshot微測(cè)序是由美國(guó)應(yīng)用生物公司(ABI)開(kāi)發(fā)的一種基于熒光標(biāo)記單堿 基延伸原理的分型技術(shù)，其可以快速地對(duì)多個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行分型，目前已經(jīng)得到廣泛的使用。本 發(fā)明中可以按照SNaPshot分型操作說(shuō)明，使用擴(kuò)增引物進(jìn)行PCR，擴(kuò)增后的產(chǎn)物通過(guò)使用 SAP酶(Fermentas)和ExoI酶(NewEnglandBiolabs)消化清除里面的殘余引物和dNTP;以 純化后的PCR產(chǎn)物為底物，使用延伸引物進(jìn)行延伸反應(yīng);延伸產(chǎn)物通過(guò)CIP酶(New England Biolabs)純化后，直接使用3730XL測(cè)序儀(ABI)檢測(cè)基因型。
[0025]本發(fā)明還提供了所述SNP標(biāo)記組合在純系藏羊鑒定中的應(yīng)用，當(dāng)RXFP2基因第1999 位為TT基因型并且第1957位為TT基因型時(shí)，綿羊?yàn)榧兿挡匮颉?br>[0026]本發(fā)明還提供了所述的SNP標(biāo)記組合在綿羊育種中的應(yīng)用。所述應(yīng)用包括根據(jù)所 述SNP標(biāo)記檢測(cè)結(jié)果選育特定品種和具有特定角表型的綿羊。
[0027] 利用本發(fā)明所提供的SNP標(biāo)記組合，可以鑒定綿羊角的表型特征，從而指導(dǎo)畜牧生 產(chǎn)和地方品種保護(hù)，特別的，利用所述SNP標(biāo)記組合可以鑒定純系藏羊，通過(guò)這兩個(gè)位點(diǎn)的 鑒定，可以獲得純合子表型，維持藏羊品種的角型性狀的穩(wěn)定。同時(shí)該位點(diǎn)還具有比較大的 科研價(jià)值，通過(guò)這種明顯的角型模型，來(lái)研究一些遺傳進(jìn)化規(guī)律。
【附圖說(shuō)明】
[0028] 圖1為藏羊螺旋并向兩邊延伸的角型照片；
[0029] 圖2為蒙古羊緊貼臉部旋轉(zhuǎn)的角型照片；
[0030] 圖3為綿羊的基因分型圖；
[0031]圖4為RXFP2-SNP1與188只小尾寒羊角大小關(guān)聯(lián)分析。
【具體實(shí)施方式】
[0032]下面結(jié)合【具體實(shí)施方式】對(duì)本發(fā)明進(jìn)行詳細(xì)說(shuō)明。
[0033]以下實(shí)施例用于說(shuō)明本發(fā)明，但不用來(lái)限制本發(fā)明的范圍。若未特別指明，實(shí)施例 中所用技術(shù)手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的常規(guī)手段，所用原料均為市售商