一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的snp標(biāo)記及其應(yīng)用
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。其中，該SNP標(biāo)記為SEQIDNO：1所示核苷酸序列自5’端起第120bp位點(diǎn)處的堿基為C或A。本發(fā)明的SNP標(biāo)記與橡膠樹的干膠產(chǎn)量緊密相關(guān)，能夠有效用于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種。
【專利說明】
一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用
技術(shù)領(lǐng)域
[0001 ]本發(fā)明涉及一種SNP標(biāo)記及其應(yīng)用，尤其涉及一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo) 記及其應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 橡膠樹是一種在世界經(jīng)濟(jì)和軍事發(fā)展中扮演重要角色的熱帶樹種，其生產(chǎn)的天然 橡膠樹是一種重要的工業(yè)原料和戰(zhàn)略物資。目前，中國適宜種植橡膠的面積有限，實(shí)際種植 面積已達(dá)極限，已經(jīng)沒有擴(kuò)大種植面積來增加產(chǎn)量的空間，大幅度提高橡膠樹單位面積產(chǎn) 量是一條適合中國橡膠事業(yè)發(fā)展和緩解天然橡膠供需矛盾壓力的可行性途徑。
[0003] 橡膠樹雜交育種一直是產(chǎn)量育種的常規(guī)方法，然而常規(guī)育種周期長，以及種質(zhì)資 源的匱乏，均制約橡膠樹良種培育和產(chǎn)業(yè)發(fā)展。隨著現(xiàn)代分子生物技術(shù)的發(fā)展，分子標(biāo)記輔 助選擇育種能在一定程度上解決上述問題，推動(dòng)橡膠樹育種進(jìn)程。分子標(biāo)記輔助選擇育種， 即分子育種，是傳統(tǒng)遺傳育種與現(xiàn)代分子生物學(xué)有機(jī)結(jié)合的育種方法，利用DNA分子標(biāo)記對(duì) 育種材料進(jìn)行選擇，綜合改良選育物種的重要經(jīng)濟(jì)性狀。近年來，橡膠樹分子標(biāo)記開發(fā)和利 用工作已取得了一定進(jìn)展，但遠(yuǎn)不能滿足橡膠樹分子育種的需求。
[0004] 現(xiàn)階段還有待挖掘有效的橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，以實(shí)現(xiàn)早期產(chǎn)量 選種和提高產(chǎn)量育種準(zhǔn)確性，從而取得更大產(chǎn)量育種及遺傳進(jìn)展。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0005] 本發(fā)明在于克服現(xiàn)有技術(shù)中的不足，提供一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的，能夠有 效用于橡膠樹選育的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用等。
[0006] 其中，SNP(singlenucleotidepolymorphism，SNP，即單核苷酸多態(tài)性）是1996年由 美國麻省理工學(xué)院的人類基因組研究中心學(xué)者Lander提出的一類分子遺傳標(biāo)記，主要是指 基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP表現(xiàn)出的多態(tài)性僅涉及到 單個(gè)堿基的變異，表現(xiàn)是有轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等。
[0007] 本發(fā)明的第一個(gè)方面是提供一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記，其特征在于， 所述SNP標(biāo)記的序列如SEQIDN0:1所示，所述SEQIDN0:1所示序列自5'端起第120bp位點(diǎn)處的 堿基是C或A。根據(jù)本發(fā)明，SEQIDN0:1所示核苷酸序列如下：
[0008] AGTTATCATAATGGAGGATCTTGGCCAGGTTTGTCCATTTTCTCTCTCTATTTAAACTGAATATCTCTCTATTAATA TGATGTTCATGCCGTTAGGATAGCATTCCTGTCATGTTTCACXAGAGGTCTTAGAACATTATTTGGTGTTATTTTGT TGAATAGAGGCTATTGATGAATTATACATAAAATTTATTGTATTCAGCCTAGTTATACCCTAGACA(SEQIDNO： 1)〇
[0009]發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，該SNP標(biāo)記的位點(diǎn)處基因型為雜合CA的橡膠樹的干膠產(chǎn)量顯著高于 此處基因型為純合CC和純合AA的橡膠樹。進(jìn)而，根據(jù)本發(fā)明，通過檢測(cè)橡膠樹的上述SNPJg 夠有效地確定其干膠產(chǎn)量性狀，具體地，如前所述，該SNP位點(diǎn)基因型為雜合CA的橡膠樹的 干膠產(chǎn)量顯著高于此處基因型為純合CC和純合AA的橡膠樹，例如該SNP位點(diǎn)的基因型為雜 合CA時(shí)，則能夠確定待測(cè)橡膠樹的屬于干膠產(chǎn)量高的個(gè)體。由此，發(fā)明人確定，本發(fā)明的SNP 標(biāo)記與橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀緊密相關(guān)，能夠有效用于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種。進(jìn)而 能夠根據(jù)實(shí)際育種需求對(duì)橡膠樹育種材料進(jìn)行早期選擇，進(jìn)一步能夠有效提高育種的效率 和準(zhǔn)確性，提高橡膠樹繁殖群體的遺傳水平，從而能夠準(zhǔn)確、高效地選育出橡膠樹優(yōu)良品 種。此外，利用本發(fā)明的SNP標(biāo)記進(jìn)行橡膠樹分子標(biāo)記輔助育種，具有早期篩選、節(jié)省時(shí)間、 成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)。
[0010] 本發(fā)明的第二個(gè)方面是提供一種用于檢測(cè)本發(fā)明第一個(gè)方面所述的SNP標(biāo)記的引 物對(duì)，所述引物對(duì)具有SEQIDN0:2和SEQIDN0:3所示的核苷酸序列。具體地，所述引物對(duì)的序 列如下所示：
[0011] 上游引物:AGTTATCATAATGGAGGATCTTGGCC(SEQIDN0:2) ;
[0012] 下游引物：TGTCTAGGGTATAACTAGGCTGAATACAAT(SEQIDN0 :3)。
[0013] 根據(jù)本發(fā)明，利用本發(fā)明的引物對(duì)能夠有效地對(duì)待測(cè)橡膠樹的上述與干膠產(chǎn)量性 狀相關(guān)的SNP標(biāo)記所在的片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增，進(jìn)而通過測(cè)序能夠有效實(shí)現(xiàn)對(duì)該SNP標(biāo)記的檢 測(cè)，確定待測(cè)橡膠樹該SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，進(jìn)而能夠有效確定待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性 狀。具體地，該SNP標(biāo)記位點(diǎn)處基因型為雜合CA的橡膠樹的干膠產(chǎn)量顯著高于此處基因型為 純合CC和純合AA的橡膠樹，例如該SNP位點(diǎn)的基因型為雜合CA時(shí)，則能夠確定待測(cè)橡膠樹的 屬于干膠產(chǎn)量高的個(gè)體。由此，用檢測(cè)前面所述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，能夠有效用 于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時(shí)間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育橡 膠樹優(yōu)良品種。
[0014] 本發(fā)明的第三個(gè)方面是提供一種用于檢測(cè)本發(fā)明第一個(gè)方面所述的SNP標(biāo)記的試 劑盒，其包含本發(fā)明第二個(gè)方面所述的引物對(duì)。即本發(fā)明的試劑盒中包含具有SEQIDN0:2和 SEQIDN0:3所示的核苷酸序列的引物對(duì)。根據(jù)本發(fā)明，利用本發(fā)明的試劑盒中所包含的引物 對(duì)，能夠有效實(shí)現(xiàn)對(duì)待測(cè)橡膠樹的第一個(gè)方面所述的與干膠產(chǎn)量性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的多 態(tài)性檢測(cè)，確定待測(cè)橡膠樹該SNP標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，進(jìn)而能夠有效確定待測(cè)橡膠樹的干膠 產(chǎn)量性狀。具體地，該SNP標(biāo)記位點(diǎn)處基因型為雜合CA的橡膠樹的干膠產(chǎn)量顯著高于此處基 因型為純合CC和純合AA的橡膠樹，例如該SNP位點(diǎn)的基因型為雜合CA時(shí)，則能夠確定待測(cè)橡 膠樹的屬于干膠產(chǎn)量高的個(gè)體。由此，本發(fā)明的用于檢測(cè)本發(fā)明第一個(gè)方面所述的SNP標(biāo)記 的試劑盒，能夠有效用于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時(shí)間、低成 本、高準(zhǔn)確性地選育橡膠樹優(yōu)良品種。
[0015] 本發(fā)明的第四個(gè)方面是提供如本發(fā)明第一個(gè)方面所述的SNP標(biāo)記、本發(fā)明第二個(gè) 方面所述的引物對(duì)或本發(fā)明第三個(gè)方面所述的試劑盒在橡膠樹選育中的用途。
[0016] 如前所述，通過能夠用于檢測(cè)本發(fā)明的與橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的 試劑，例如本發(fā)明第二個(gè)方面所述的引物對(duì)或包含該引物對(duì)的試劑盒等，能夠有效地檢測(cè) 確定待測(cè)橡膠樹的上述SNP標(biāo)記的基因型，進(jìn)而基于獲得的基因型能夠有效確定待測(cè)橡膠 樹的干膠產(chǎn)量性狀，從而能夠有效輔助橡膠樹選育。
[0017] 進(jìn)而，本發(fā)明的第五個(gè)方面是提供一種檢測(cè)橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀的方法，通過對(duì) 待測(cè)橡膠樹進(jìn)行本發(fā)明第一方面所述的SNP標(biāo)記的檢測(cè)，確定所述待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量 性狀。
[0018] 具體地，可以通過能夠用于檢測(cè)本發(fā)明的與橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記 的試劑，例如本發(fā)明第二個(gè)方面所述的引物對(duì)或包含該引物對(duì)的試劑盒等，對(duì)待測(cè)橡膠樹 進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測(cè)序，以便檢測(cè)確定待測(cè)橡膠樹的上述SNP標(biāo)記的基因型，進(jìn)而基于獲得的基 因型能夠有效確定待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀。其中，如前所述，該SNP標(biāo)記位點(diǎn)處基因型 為雜合CA的橡膠樹的干膠產(chǎn)量顯著高于此處基因型為純合CC和純合AA的橡膠樹，例如當(dāng)該 SNP位點(diǎn)的基因型為雜合CA時(shí)，則待測(cè)橡膠樹的屬于干膠產(chǎn)量高的個(gè)體。由此，本發(fā)明的檢 測(cè)橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀的方法，能夠快速、高效、準(zhǔn)確地檢測(cè)橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀，進(jìn)而能 夠有效用于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種，從而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時(shí)間、低成本、高準(zhǔn)確性 地選育橡膠樹優(yōu)良品種。
[0019] 其中，對(duì)待測(cè)橡膠樹進(jìn)行SNP標(biāo)記檢測(cè)的方法不受特別限制。測(cè)序、單鏈構(gòu)象多態(tài) 性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)PCRsinglestrandconformationpolymorphism，PCR_SSCP)、限制性片段 長度多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR -restriTCionfragmentlength polymorphism，PCR-RFLP) 及飛行時(shí)間質(zhì)譜等技術(shù)均可以實(shí)現(xiàn)SNP的檢測(cè)。其中，測(cè)序是一種準(zhǔn)確性最高、靈活性強(qiáng)，通 量大、檢測(cè)周期短的檢測(cè)技術(shù)。只需在SNP位點(diǎn)的兩側(cè)設(shè)計(jì)一對(duì)引物，擴(kuò)增200-1000bp的產(chǎn) 物，再通過測(cè)序即可直接檢測(cè)SNP位點(diǎn)的基因型。因而，本發(fā)明采用測(cè)序的方法進(jìn)行SNP標(biāo)記 檢測(cè)。根據(jù)本發(fā)明，通過對(duì)待測(cè)橡膠樹進(jìn)行前面所述的SNP標(biāo)記的檢測(cè)，確定所述待測(cè)橡膠 樹的干膠產(chǎn)量性狀，進(jìn)一步包括:提取待測(cè)橡膠樹的基因組DNA;利用本發(fā)明第二個(gè)方面所 述的引物對(duì)，將所述待測(cè)橡膠樹的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以便獲得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物;對(duì)所述 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，以便獲得測(cè)序結(jié)果;基于所述測(cè)序結(jié)果，確定所述待測(cè)橡膠樹的所 述SNP標(biāo)記的基因型；以及基于所述待測(cè)橡膠樹的所述SNP標(biāo)記的基因型，確定所述待測(cè)橡 膠樹的干膠產(chǎn)量性狀。由此，能夠有效提高檢測(cè)橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀的效率。
[0020] 本發(fā)明中，提取待測(cè)橡膠樹的基因組DNA的方法不受特別限制，可以采用任何已知 的基因組DNA提取方法或試劑盒進(jìn)行。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，采用CTAB法提取待測(cè)橡 膠樹的基因組DNA。由此，能夠有效獲得質(zhì)量好、純度高的基因組DNA，便于后續(xù)步驟進(jìn)行。
[0021] 本發(fā)明中，將所述待測(cè)橡膠樹的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增的條件不受特別限制。根 據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，該P(yáng)CR擴(kuò)增的擴(kuò)增體系以25μ1計(jì)為：100-200ngAU模版DNA ΙμL， ΙΟμΜ的SEQIDN0:2和SEQIDN0:3所示的正向引物和反向引物各ΙμL，10 X PCR反應(yīng)緩沖液2.5μ I，2.5mM dNTP 2. ΟμL，5UAU的TapDNA聚合酶0.2μ1，水余量。該P(yáng)CR反應(yīng)條件為:95 °C預(yù)變性 5min后，941€3〇8,6〇1€3〇8,72°(：11^11共30個(gè)循環(huán)，72°(：延伸51^11。由此，能夠快速、高效、準(zhǔn) 確地?cái)U(kuò)增本發(fā)明的SNP標(biāo)記所在的片段，獲得目標(biāo)擴(kuò)增產(chǎn)物，便于后續(xù)步驟的進(jìn)行。
[0022] 本發(fā)明中，對(duì)所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序的方法不受特別限制，只要能夠有效獲得 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物即SNP標(biāo)記所在的片段的序列即可。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，可以采用選 自HISEQ2000、S0LiD、454和單分子等測(cè)序方法的至少一種對(duì)所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。由 此，能夠高通量、快速、高效、準(zhǔn)確地獲得測(cè)序結(jié)果。
[0023] 本發(fā)明基于測(cè)序結(jié)果，通過比對(duì)橡膠樹參考基因組序列，能夠有效確定待測(cè)橡膠 樹的所述SNP標(biāo)記的基因型為CA、CC還是AA。
[0024]本發(fā)明中，所述SNP標(biāo)記的CA基因型個(gè)體的干膠產(chǎn)量顯著高于CC和AA基因型個(gè)體。 即本發(fā)明前面所述的SNP標(biāo)記與橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀緊密相關(guān)。由此，基于確定的待測(cè)橡 膠樹的該SNP標(biāo)記的基因型，能夠準(zhǔn)確有效地確定待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀，例如該SNP 位點(diǎn)的基因型為CA時(shí)，則待測(cè)橡膠樹的屬于干膠產(chǎn)量高的個(gè)體。進(jìn)而本發(fā)明的方法能夠有 效用于橡膠樹的分子標(biāo)記輔助育種，從而能夠輔助早期實(shí)現(xiàn)短時(shí)間、低成本、高準(zhǔn)確性地選 育橡膠樹優(yōu)良品種。
[0025]本發(fā)明的有益效果：
[0026] (1)本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記不受橡膠樹的年齡等限制，可用于橡膠樹的早期選育， 可顯著促進(jìn)橡膠樹的育種進(jìn)程；
[0027] (2)檢測(cè)橡膠樹如SEQIDN0.1所示自5 '端起第120bp的SNP位點(diǎn)的方法，準(zhǔn)確可靠， 操作方便；
[0028] (3)橡膠樹如SEQIDN0.1所示自5 '端起第120bp的SNP位點(diǎn)的檢出，為橡膠樹干膠產(chǎn) 量性狀的標(biāo)記輔助選擇提供了科學(xué)依據(jù)。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0029]
[0030] 下面結(jié)合具體的實(shí)施例對(duì)本發(fā)明作進(jìn)一步的說明，以更好地理解本發(fā)明。
[0031] 實(shí)施例1:與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記的獲得
[0032] 1.1橡膠樹種質(zhì)材料獲得
[0033]所采用的群體為橡膠樹1981'IRRDB種質(zhì)，種植于中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠研究所 國家橡膠樹種質(zhì)資源圃，其遺傳背景主要來源于巴西亞馬遜河流區(qū)域阿克里州(Acre)，馬 托格羅索州(Mato Grosso)和朗多尼亞州（Ronddnia)三個(gè)州。2014年6月，采集34份種質(zhì)幼 嫩葉片液氮凍存帶回實(shí)驗(yàn)室備用。
[0034] 1.2橡膠樹種質(zhì)材料DNA提取
[0035]取冷凍保存的橡膠樹葉片，采用CTAB法提取基因組DNA: (1)稱取Ig橡膠樹嫩葉，液 氮速凍后研磨成細(xì)粉末，轉(zhuǎn)移到50ml離心管中。（2)加入10ml65°C預(yù)熱的2 XCTAB提取緩沖 液(已提前加入2%的β-巰基乙醇），輕輕轉(zhuǎn)動(dòng)離心管使植物組織在抽提緩沖液中分散均勻， 65°C溫育lh，并不時(shí)輕輕轉(zhuǎn)動(dòng)離心管。（3)混合物冷至室溫加入等體積的Tris-酚:氯仿：異 戊醇（25 :24:1)，然后顛倒離心管使其混勻，注意：不要振蕩，防止打斷DNA。（4)室溫， 12000rpm離心10min使其分相。（5)吸取水相至另一離心管中，加人等體積的氯仿：異戊醇 (24:1)，顛倒混勻。室溫，12000rpm離心IOmiη。（6)吸取水相至另一離心管中，加入等體積的 異丙醇，顛倒混勾，室溫放置20min。（7)室溫，HOOOrpm離心20min。棄上清，沉淀用Iml冰預(yù) 冷的75%乙醇漂洗2次。（每次漂洗時(shí)，室溫，HOOOrpm離心10min)。（8)棄上清，超凈工作臺(tái) 上晾干DNA沉淀。然后溶于200μ1 TE(pH 8.0)緩沖液或ddH20中。加人ΙμL Rnase A(10mg/ 1111)，37°(：水浴3〇1^11，-20°(：保存?zhèn)溆谩?br>[0036] 1.3采用Sanger法測(cè)序獲得橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記
[0037] 基于Sanger法測(cè)序平臺(tái)，對(duì)上述群體中9個(gè)樣本進(jìn)行產(chǎn)量相關(guān)基因測(cè)序，分析其核 苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，采用Tassel 3.0_standalone軟件分析SNP位點(diǎn)與已知農(nóng)藝性狀的相關(guān) 性，找到一個(gè)與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP位點(diǎn)。該位點(diǎn)位于SEQ ID NO: 1所示序列的120bp 位點(diǎn)處，在SEQ ID NO: 1序列中用X表示該處位點(diǎn)，且此處位點(diǎn)的堿基為C或A。該位點(diǎn)處基因 型為雜合CA的橡膠樹的干膠產(chǎn)量顯著高于此處基因型為純合CC或純合AA的橡膠樹。
[0038]實(shí)施例2:與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記的測(cè)序驗(yàn)證與應(yīng)用
[0039] 2.1擴(kuò)增含SNP位點(diǎn)的核苷酸片段
[0040]以前述提取獲得的各待測(cè)橡膠樹的基因組DNA為模版，利用正向引物F:5'-AGT TAT CAT AAT GGA GGA TCT TGG CC-3'（SEQ ID NO:2)和反向引物R:5'-TGT CTA GGG TAT AAC TAG GCT GAA TAC AAT-3'（SEQ ID NO: 3)，擴(kuò)增出待測(cè)SNP所在的核苷酸片段。其中， PCR反應(yīng)體系為25μ1:100-200ngAU模版DNA ΙμL，ΙΟμΜ引物F和R各ΙμL，10 X PCR反應(yīng)緩沖液 2·5μ1，2·5πιΜ dNTP 2·0μ1，5υ/μ1 的Tap DNA聚合酶0·2μ1，水余量;PCR反應(yīng)條件為:95°C預(yù) 變性 5min 后，941€3〇8,6〇1€3〇8,72°(：1111丨11共30個(gè)循環(huán)，72°(：延伸511^11。
[0041 ] 2.2測(cè)序識(shí)別SNP位點(diǎn)基因型
[0042]將上述步驟中獲得的PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖電泳檢測(cè)、回收并將其插入pMD 18-T載體 中，每個(gè)樣品選擇6個(gè)單克隆進(jìn)行測(cè)序(生工生物工程上海有限公司），識(shí)別SEQ ID NO: 1序 列中120bp處（即本發(fā)明的SNP標(biāo)記）的基因型。34個(gè)待測(cè)橡膠樹個(gè)體該SNP位點(diǎn)的基因型及 其干膠產(chǎn)量如下表1所示。
[0043]表1 34個(gè)待測(cè)橡膠樹個(gè)體該SNP位點(diǎn)的基因型及其干膠產(chǎn)量
[0045] 2.3SNP位點(diǎn)基因型與干膠產(chǎn)量的關(guān)聯(lián)分析
[0046] 基于表1的結(jié)果，利用Tassel 3.0_standalone軟件的一般線性模型分析SNP位點(diǎn) 的基因型與干膠產(chǎn)量的關(guān)聯(lián)性，發(fā)現(xiàn)該SNP位點(diǎn)的基因型與干膠產(chǎn)量的相關(guān)性達(dá)到了極顯 著水平(R2 = O. 455377，p = 0.000045)。采用DPS軟件分析SNP位點(diǎn)基因型頻率及干膠產(chǎn)量之 間的差異關(guān)系如表2,其中CA雜合型個(gè)體干膠產(chǎn)量均值最高，CC純合型個(gè)體干膠產(chǎn)量均值次 之，AA純合型干膠產(chǎn)量均值最低，且CA基因型個(gè)體干膠產(chǎn)量均值與CC基因型個(gè)體干膠產(chǎn)量 均值的差異達(dá)極顯著水平(P〈〇. 01)，CA基因型個(gè)體干膠產(chǎn)量均值與AA基因型個(gè)體干膠產(chǎn)量 均值的差異達(dá)極顯著水平(P〈〇.01)。進(jìn)而，證明SEQ ID N0:1所示核苷酸序列自5'端起第 120bp位點(diǎn)處的堿基A或C與橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀顯著相關(guān)，為橡膠樹產(chǎn)量性狀相關(guān)的SNP標(biāo) 記，該SNP標(biāo)記的CA基因型個(gè)體的干膠產(chǎn)量顯著高于CC和AA基因型個(gè)體。
[0047]表2本發(fā)明SNP位點(diǎn)基因型頻率及干膠產(chǎn)量之間的差異關(guān)系
[0049]以上對(duì)本發(fā)明的具體實(shí)施例進(jìn)行了詳細(xì)描述，但其只是作為范例，本發(fā)明并不限 制于以上描述的具體實(shí)施例。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言，任何對(duì)本發(fā)明進(jìn)行的等同修改和 替代也都在本發(fā)明的范疇之中。因此，在不脫離本發(fā)明的精神和范圍下所作的均等變換和 修改，都應(yīng)涵蓋在本發(fā)明的范圍內(nèi)。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種與橡膠樹干膠產(chǎn)量相關(guān)的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的序列如 SEQIDNO: 1所示，所述SEQIDNO: 1所示序列自5 '端起第120bp位點(diǎn)處的堿基是C或A。2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的雜合CA基因型橡膠樹的 干膠產(chǎn)量顯著高于純合CC和純合AA基因型橡膠樹。3. -種用于檢測(cè)權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記的引物對(duì)，其特征在于，所述引物對(duì)的核 苷酸序列如SEQIDNO: 2和SEQIDNO: 3所示。4. 一種用于檢測(cè)權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記的試劑盒，其特征在于，其包含權(quán)利要求 3所述的引物對(duì)。5. 如權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記、權(quán)利要求3所述的引物對(duì)或權(quán)利要求4所述的試劑 盒在橡膠樹選育中的用途。6. -種檢測(cè)橡膠樹干膠產(chǎn)量性狀的方法，其特征在于，通過對(duì)待測(cè)橡膠樹進(jìn)行權(quán)利要 求1或2所述的SNP標(biāo)記的檢測(cè)，確定所述待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀。7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，通過對(duì)待測(cè)橡膠樹進(jìn)行權(quán)利要求1或2所述 的SNP標(biāo)記的檢測(cè)，確定所述待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀，進(jìn)一步包括： 提取待測(cè)橡膠樹的基因組DNA; 利用權(quán)利要求3所述的引物對(duì)，將所述待測(cè)橡膠樹的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以便獲得 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物； 對(duì)所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，以便獲得測(cè)序結(jié)果； 基于所述測(cè)序結(jié)果，確定所述待測(cè)橡膠樹的所述SNP標(biāo)記的基因型；以及 基于所述待測(cè)橡膠樹的所述SNP標(biāo)記的基因型，確定所述待測(cè)橡膠樹的干膠產(chǎn)量性狀。8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的雜合CA基因型橡膠樹的干 膠產(chǎn)量高于純合CC和純合AA基因型橡膠樹。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK105861498SQ201610335315
【公開日】2016年8月17日
【申請(qǐng)日】2016年5月19日
【發(fā)明人】唐朝榮, 龍翔宇, 胡彥師, 秦云霞, 方永軍, 何斌, 趙慶洲
【申請(qǐng)人】中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院橡膠研究所