本發(fā)明涉及分子標記，更具體的說是涉及一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記及其檢測引物和用途。

背景技術：

1、我國是世界上第一生豬生產(chǎn)與消費大國，生豬養(yǎng)殖業(yè)不僅是我國畜牧業(yè)的重要組成部分，更是農(nóng)業(yè)的支柱產(chǎn)業(yè)。近年來，隨著科技的進步和管理水平的提升，我國生豬養(yǎng)殖業(yè)的整體產(chǎn)能已有大幅的增加，但與國外豬業(yè)發(fā)達國家相比還存在一定的差距。實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)的健康快速發(fā)展、進一步降低養(yǎng)殖成本、提升產(chǎn)業(yè)效益，選育優(yōu)良豬種是重中之重。一直以來，品種都是決定養(yǎng)豬業(yè)生產(chǎn)能力的核心和關鍵所在?，F(xiàn)如今，得益于科技的快速發(fā)展，以全基因組關聯(lián)分析(genome-wide?association?study,gwas)為典型代表的分子技術已被廣泛用于畜禽育種領域當中。gwas是由risch等人首先提出，通過利用群體中的遺傳變異信息與表型信息進行關聯(lián)，進而挖掘與目標性狀相關的潛在變異位點和候選基因，以期揭示重要性狀的遺傳機制，其最初是用于輔助研究人類復雜疾病，而如今已被逐步拓展到對包括畜禽在內的許多動植物的復雜經(jīng)濟性狀的單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotidepolymorphism,snp)位點的鑒定當中，并取得一系列顯著的進展。

2、飼料轉化率(feed?conversion?ratio，fcr)作為豬的重要經(jīng)濟性狀，體現(xiàn)了豬利用飼料中的養(yǎng)分來維持代謝、促進肌肉生長和脂肪積累的效率，是衡量豬生長性狀的關鍵指標。飼料轉化率的高低直接影響著養(yǎng)殖的成本和經(jīng)濟效益，據(jù)統(tǒng)計，在養(yǎng)殖過程中，飼料成本約占總生產(chǎn)成本的60％以上。如果我國肉豬的飼料轉化率由2.8：1降低到2.6：1，在生產(chǎn)環(huán)節(jié)最少可以節(jié)省大約1300萬噸的飼料，相當于我國年糧食進口總量的10％，有效緩解了當前“人畜爭糧”的局面。因此，降低生產(chǎn)過程中的飼料消耗量，提高飼料利用率一直以來都是種豬選育的目標之一。在育種過程中，由于傳統(tǒng)育種方法周期長、效率低、育種值估計不準確等問題，最終取得的育種進展十分有限，而通過gwas方法可以高效地在全基因組范圍內獲取與飼料轉化率相關的snp位點，并以此為分子標記進行后續(xù)飼料轉化率性狀的品種選育，為豬種的選育提供理論依據(jù)。

3、因此，提供一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記及其檢測引物和用途是本領域技術人員亟需解決的問題。

技術實現(xiàn)思路

1、有鑒于此，本發(fā)明提供了一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記及其檢測引物和用途，目的是篩選出一個與大白豬飼料轉化率性狀相關的分子標記，并提供相應的snp位點的檢測方法，為大白豬飼料轉化率性狀的標記輔助選擇提供新的位點和理論依據(jù)。

2、為了實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用如下技術方案：

3、測定并記錄5256頭大白豬的飼料轉化率，通過porcine?80k?snp高密度功能位點芯片對采集到的dna進行基因分型和基因型質控處理，將通過質控的snp位點結合實驗群體的表型數(shù)據(jù)進行gwas，進而篩選得到與豬飼料轉化效率顯著相關的snp位點，依據(jù)ensemble數(shù)據(jù)庫sus?scrofa?11.1版本豬參考基因組最終鑒定出位于8號染色體第129423208核苷酸位點處的1個顯著snp位點，其所在核苷酸序列如seq?id?no.1所示，snp標記位于所述序列的第97位，多態(tài)性位點為t或g。本發(fā)明篩選出的snp可作為豬飼料轉化率的分子標記。對于chr8:129423208位點，應選擇基因型為t/t的品系進行選育。

4、atcgaaggagccaggaaatagacttatacaaggattgtacctctagtacctagatctcatcagaggaaggaaggggagcagatttagaggaaaagatcatacttccttttgtgtccccagcttctattatgtagccatctatcctccagcactcaacacacgcatgttctattctgacagagccaacaaaatgatccctttataaataagaacaaatcattccaggattctgctccaaatctggtcttcccatagctcaaagtcaaactcattgcagcagc；seq?id?no.1。

5、一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記，所述snp分子標記位于基因組版本ensembl?sscrofa?11.1的chr8:129423208處，其多態(tài)性位點為t或g。

6、進一步，含有所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示；所述snp分子標記位于seq?id?no.1所示的核苷酸序列的第97位。

7、進一步，一種用于檢測所述的snp分子標記的引物，引物序列如下：

8、正向引物：5'-atcgaaggagccaggaaataga-3'；seq?id?no.2；

9、反向引物：5'-gctgctgcaatgagtttgactt-3'；seq?id?no.3。

10、進一步，所述的snp分子標記或所述的引物在檢測豬飼料轉化率性狀中的應用。

11、進一步，選擇chr8:129423208位點處基因型為t/t的品系進行選育，基因型為t/t的品系飼料利用率高。

12、進一步，所述豬的品種為大白豬。

13、進一步，所述的snp分子標記或所述的引物在豬遺傳育種中的應用。

14、進一步，一種用于檢測所述的snp分子標記的試劑盒，其特征在于，包括所述的引物。

15、進一步，一種用于豬品種改良的方法，包括以下步驟：檢測豬8號染色體上所述的snp分子標記，選擇基因型為t/t的品系進行選育，從而降低后代豬在生產(chǎn)過程中的飼料消耗量，改善飼料轉化率性狀，提高飼料利用率。

16、經(jīng)由上述的技術方案可知，與現(xiàn)有技術相比，本發(fā)明公開提供了一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記及其檢測引物和用途，本發(fā)明采集實驗群體5256頭大白豬的dna，使用porcine?80k?snp高密度功能位點芯片進行基因分型，結合實驗群體的飼料轉化率表型進行基于mlm模型的gwas分析，以此篩選出與飼料轉化率性狀顯著相關的snp位點，為大白豬的飼料轉化率性狀的改良提供新的分子標記。

技術特征：

1.一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記位于基因組版本ensembl?sscrofa?11.1的chr8:129423208處，其多態(tài)性位點為t或g。

2.根據(jù)權利要求1所述的一種與豬飼料轉化率相關的snp分子標記，其特征在于，含有所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示；所述snp分子標記位于seq?id?no.1所示的核苷酸序列的第97位。

3.一種用于檢測權利要求1或2所述的snp分子標記的引物，其特征在于，引物序列如下：

4.權利要求1-2任一項所述的snp分子標記或權利要求3所述的引物在檢測豬飼料轉化率性狀中的應用。

5.根據(jù)權利要求4所述的應用，其特征在于，選擇chr8:129423208位點處基因型為t/t的品系進行選育，基因型為t/t的品系飼料利用率高。

6.根據(jù)權利要求4所述的應用，其特征在于，所述豬的品種為大白豬。

7.權利要求1-2任一項所述的snp分子標記或權利要求3所述的引物在豬遺傳育種中的應用。

8.一種用于檢測權利要求1或2所述的snp分子標記的試劑盒，其特征在于，包括權利要求3所述的引物。

9.一種用于豬品種改良的方法，其特征在于，包括以下步驟：檢測豬8號染色體上如權利要求1-2任一所述的snp分子標記，選擇基因型為t/t的品系進行選育。

技術總結
本發(fā)明公開了一種與豬飼料轉化率相關的SNP分子標記及其檢測引物和用途，屬于分子標記技術領域。本發(fā)明公開的一種與豬飼料轉化率相關的SNP分子標記，利用Porcine?80K?SNP高密度芯片對5256頭大白豬的DNA樣本進行基因分型，并通過全基因組關聯(lián)分析(GWAS)，最終篩選出了一個與豬飼料轉化率顯著相關的SNP位點。該SNP分子標記的位點基因組版本對應于Ensembl?Sscrofa?11.1參考基因組8號染色體上的第129423208個核苷酸位點T>G突變，當該位點的基因型為T/T時，豬表現(xiàn)出較高的飼料利用率。

技術研發(fā)人員：周吉隆,吳桐,左波,許婧雅,譚喜紅,馬國劍
受保護的技術使用者：華中農(nóng)業(yè)大學
技術研發(fā)日：
技術公布日：2025/1/6