專利名稱：在人單核細(xì)胞和人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因群的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明申請涉及在人單核細(xì)胞和人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因群。更具體地，本申請涉及分別含有在人單核細(xì)胞和在不同分化過程的兩種類型巨噬細(xì)胞中高度表達(dá)的100個基因的基因群，表達(dá)水平隨單核細(xì)胞到巨噬細(xì)胞的分化而變化的基因群，這些基因群的各自的cDNA群，包含于這些基因群的新基因群，以及用于鑒定這些基因及其cDNA的寡核苷酸群。
現(xiàn)有技術(shù)背景單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞是從骨髓造血干細(xì)胞分化的，在抗病原體的生物保護(hù)，傷口愈合，血管形成和多種慢性炎癥(例如，肉芽腫，纖維化和動脈粥樣化形成)中起極其重要的作用。正常情況下，單核細(xì)胞被募集到各種器官和體腔，在那里分化成巨噬細(xì)胞(J.Exp.Med.152581,1980；血液(blood)67；1257,1986)。在局部病原感染和發(fā)炎中，局部產(chǎn)生趨化細(xì)胞因子(趨化因子)和多種肽或非肽炎癥介質(zhì)誘導(dǎo)單核細(xì)胞浸潤，此處單核細(xì)胞分化成巨噬細(xì)胞。巨噬細(xì)胞在不同器官和體腔中會變更其形態(tài)和功能，因而給予巨噬細(xì)胞多種命名(例如，肝中的枯氏細(xì)胞，肺中的肺泡狀巨噬細(xì)胞以及中樞神經(jīng)系統(tǒng)的小神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞等等)。然而，仍未建立血液單核細(xì)胞和位于多種組織中的巨噬細(xì)胞的關(guān)系。
單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞具有多種共同的特點，包括對外來顆粒的通過Fcγ受體和β2整聯(lián)蛋白的吞噬作用，產(chǎn)生炎性細(xì)胞因子等等。然而，仍未闡明單核細(xì)胞和各種巨噬細(xì)胞在分子水平的相似之處和差異。因此，目前絕對未闡明單核細(xì)胞分化成巨噬細(xì)胞的過程以及各種巨噬細(xì)胞的功能。
在分子水平闡明單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞不僅對理解其生理作用非常重要，而且對闡明單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞在其中起重要作用的諸如癌發(fā)生和個體發(fā)育等基本生物現(xiàn)象或開發(fā)診斷和治療個體疾病的新方法也非常重要。
本發(fā)明的公開在這樣的情況下實現(xiàn)了本申請的本發(fā)明。本發(fā)明的一個目的是提供分別包括在單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞中特異表達(dá)的100個基因的基因群。
此外，本申請的一個目的是提供分別含有這100個基因的cDNA的cDNA群，以及鑒定該基因群和cDNA群的寡核苷酸群。
另外，本申請的一個目的是提供一個含有30個在人巨噬細(xì)胞比在人單核細(xì)胞中有更多表達(dá)的基因的基因群，一個相反的含有30個在人單核細(xì)胞比在人巨噬細(xì)胞中有更多表達(dá)的基因的基因群，以及分別含有30個在不同分化過程的兩種類型巨噬細(xì)胞中的一種巨噬細(xì)胞中比在另一種巨噬細(xì)胞中有更多表達(dá)的基因的基因群。
本申請還有一個目的是提供這些基因群的cDNA群，其中的新基因群以及因之的寡核苷酸群。
作為解決問題的本發(fā)明的第一個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有在人單核細(xì)胞中表達(dá)的基因中表達(dá)最多的100個基因，其中各個基因的cDNA分別含有與最接近多聚腺苷酸(poly A)區(qū)域的核苷酸序列CATG相連續(xù)的序列號1到100的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械谝粋€基因群的各cDNA的cDNA群，包含于該基因群的新基因群，新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗這些蛋白質(zhì)的抗體。另外，人單核細(xì)胞表達(dá)基因群的優(yōu)選實施方案是編碼含序列1的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，且其余99個基因的表達(dá)頻率的降序是序列2至100的順序。
作為第二個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有100個在通過粒細(xì)胞巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因中表達(dá)最多的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號101到200的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械诙€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。另外，一個GM-CSF-誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞(下面稱為GM-巨噬細(xì)胞)-表達(dá)的基因群的優(yōu)選實施方案是編碼含序列101的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，且其余99個基因的表達(dá)頻率的降序是序列號102至200的順序。
作為第三個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有100個在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子(M-CSF)從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因中表達(dá)最多的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號201到300的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械谌齻€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。另外，一個M-CSF-誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞(下面稱為M-巨噬細(xì)胞)-表達(dá)的基因群的優(yōu)選實施方案是編碼含序列201的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，且其余99個基因的表達(dá)頻率的降低次序是序列號202至300的順序。
本申請此外還提供了寡核苷酸群，它們分別由與核苷酸序列CATG連續(xù)的序列號1至100,101至200和201至300的核苷酸序列組成。
作為第四個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在GM-巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號301到330的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械谒膫€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
作為第五個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在人單核細(xì)胞中比在GM-巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號331到360的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械谖鍌€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
作為第六個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在M-巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號361到390的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械诹鶄€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
作為第七個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在人單核細(xì)胞中比在M-巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號391到420的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械谄邆€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
作為第八個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在GM-巨噬細(xì)胞中比在M-巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號421到450的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械诎藗€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
作為第九個基因群，本申請?zhí)峁┝艘粋€人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，它含有30個在M-巨噬細(xì)胞中比在GM-巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的基因，其中各基因的cDNA分別含有與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號451到480的核苷酸序列。此外，本申請?zhí)峁┝撕械诰艂€基因群的各cDNA的cDNA群，一個含在該基因群中的新基因群，以及新基因群的各基因編碼的蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)抗體。
實施本發(fā)明的最佳方式本申請?zhí)峁┑牡谝?、第二和第三基因群分別是100個基因的群，這些基因在人單核細(xì)胞，GM-巨噬細(xì)胞和M-巨噬細(xì)胞中有更多表達(dá)且在表達(dá)頻率的降序排列中占據(jù)前面的位置，并且由已知的SAGE[基因表達(dá)的系列檢測(Serial Analysis of Gene Expression)(科學(xué)(Sience)2761268,1997；細(xì)胞(Cell)88,1997；科學(xué)(Science)270；484,1995；自然(Nature)389300,1997USP 5,695,937)]鑒定。SAGE方法包括確定各個10-堿基對(10-bp)的DNA序列(標(biāo)記)，它們特征性代表由在某任選細(xì)胞中表達(dá)的基因制備的各個cDNA。通過計算每一標(biāo)記對所有產(chǎn)生的標(biāo)記種類的比率，可以確定每一基因的表達(dá)頻率(拷貝數(shù))。迄今為止，使用SAGE方法檢測了下列基因表達(dá)。結(jié)腸直腸癌擴(kuò)散中的G2阻抑(分子細(xì)胞(Molecular Cell)13-11,1997)；油酸鹽介質(zhì)和Pip2q調(diào)節(jié)(第18屆酵母遺傳和分子生物學(xué)國際會議10758,1997)；大鼠胚成纖維細(xì)胞(癌基因(Ocogene)151079-1085,1997)；p53表達(dá)(自然(Nature)389300,1997)；酵母基因組(細(xì)胞(Cell)88243,1997)；胃腸腫瘤(科學(xué)(Science)2761268,1997)。
本發(fā)明的第一個基因群(人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群)是基于各文獻(xiàn)和USP描述的方法鑒定的一群基因。更具體地，首先通過Lymphoprep從外周血分離人單核細(xì)胞；從產(chǎn)生的單核細(xì)胞制備mRNA，然后將其用于通過使用生物素化oligo(dt)合成制備cDNA。用限制性核酸內(nèi)切酶NlaⅢ消化這些cDNA；使用親和素-磁珠純化各cDNA的3’-末端。因為NlaⅢ的切割位點是5’-CATG-3’，所以無一例外，純化的3’-末端cDNA片段的5’-末端序列均為“CATG”。然后將cDNA分為兩部分；將不同的接頭連接到每一個5’-末端；隨后使用限制性內(nèi)切酶BsmFl在距接頭3’-末端14bp的下游切割cDNA。所有的14bp DNA片段一般在5’-末端攜帶序列CATG，但其余的10-bp依據(jù)各cDNA而不同。這樣，10-bp序列用作確定cDNA的標(biāo)記。為了克隆一組這些標(biāo)記種類，首先將BsmFl-切割位點平端化；分成兩個片段后，將產(chǎn)生的兩個cDNA片段連接到一起；使用各個接頭的寡核苷酸作為引物，利用PCR擴(kuò)增DNA。以這種方式，回收了的在兩端與接頭序列(5’-GGATG-3’)和5’-CATG-3’互補(bǔ)的序列的DNA片段(Ditag)，此處不同的標(biāo)記序列在它們各自的3’末端連接。擴(kuò)增的DNA片段用NlaⅢ消化后，將各Ditag連接到一起制備多聯(lián)體，然后將其克隆到載體pZerol。
通過上述步驟，從人單核細(xì)胞中表達(dá)的cDNA回收了57,560個標(biāo)記種類。然后從所有這些標(biāo)記種類中選擇了100個具有較多拷貝數(shù)的標(biāo)記種類(換句話說由這些標(biāo)記表示的cDNA表達(dá)頻率高)并顯示為序列號1至100。
如上所述，這些序列號1至100的標(biāo)記種類含有與核苷酸序列CATG連續(xù)存在的10個堿基對，該CATG核苷酸序列是在距人單核細(xì)胞中表達(dá)的基因的cDNA的polyA區(qū)域最近的位置。這樣，篩選一個現(xiàn)存DNA數(shù)據(jù)庫及其類似物，在已知序列的cDNA時探測距DNA序列的polyA區(qū)域最近的CATG核苷酸序列，并與CATG核苷酸序列連續(xù)的10個堿基對進(jìn)行匹配，就能夠鑒定由標(biāo)記表示的cDNA(以及編碼該cDNA的基因)。表1和表2顯示了序列號1至100的標(biāo)記種類(A欄)，從基于各標(biāo)記篩查數(shù)據(jù)庫(GeneBank)的結(jié)果鑒定的基因(B欄)和它們在數(shù)據(jù)庫中的注冊號(C欄)。
表1表2本發(fā)明的第二個基因群(GM-巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群)和第三個基因群(M-巨噬細(xì)胞基因群)各自包含在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的100個基因的群，它們是通過與第-個基因群(人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群)相同的方法鑒定的。更具體地，GM-巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群是通過從所有57,463個標(biāo)記種類中選擇的序列號101至200的標(biāo)記種類所代表的一群基因。各種類型顯示于表3和表4。另外，M-巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群是通過從所有55,856個標(biāo)記種類中選擇的序列號201至300的標(biāo)記種類所代表的一群基因。各種類型顯示于表5和表6。
于此處，已知用GM-CSF和M-CSF分化的單核細(xì)胞表現(xiàn)出不同形態(tài)和功能(血液(blood)771131,1991；干擾素細(xì)胞因子研究雜志(J.Interferon Cytokine Res.)16237,1996；AIDS Res Hum Retroviruses111131,1995；細(xì)胞(Cell)2871,1982)。
表3表4
表5表6表1至表6的列表舉例表示例如下列發(fā)現(xiàn)。如表1和表2所示，首先，在人單核細(xì)胞中表達(dá)最高的基因是MRP-14基因，表達(dá)頻率是1.87％。鐵蛋白重鏈和延伸因子α-亞基的單個基因排在MRP-14基因之后。另一方面，在GM-巨噬細(xì)胞和M-巨噬細(xì)胞中表達(dá)最高的基因分別是鐵蛋白輕鏈(表達(dá)頻率2.69％)和載脂蛋白C-1(表達(dá)頻率2.21％)。此外，亦觀察到大量編碼細(xì)胞骨架蛋白質(zhì)(例如，脂代謝-相關(guān)蛋白質(zhì)，線粒體蛋白質(zhì)，蛋白酶和離子調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)及其類似分子)的基因的表達(dá)。
本發(fā)明的第四個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在GM-巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)高。關(guān)于在GM-巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)高的30個基因，表7列出了各個標(biāo)記種類(序列號301至330)和拷貝數(shù)以及它們各自在單核細(xì)胞和M-巨噬細(xì)胞中的各拷貝數(shù)。在此處，表7的左欄表示GM-巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因的拷貝數(shù)對單核細(xì)胞-表達(dá)基因的拷貝數(shù)的比率倍數(shù)。
除了一些例外，與單核細(xì)胞表達(dá)基因相比在GM-巨噬細(xì)胞有較高表達(dá)水平的基因在M-巨噬細(xì)胞中亦有高度表達(dá)。例如，hc-gp39在單核細(xì)胞中的標(biāo)記頻率是0，然而它在GM-巨噬細(xì)胞和M-巨噬細(xì)胞中的標(biāo)記頻率分別是288和182。此外，與單核細(xì)胞相比，在巨噬細(xì)胞中與脂代謝相關(guān)的蛋白質(zhì)(例如，載脂蛋白E，骨橋蛋白，CD9，固醇27-羥化酶，溶酶體酸性脂肪酶)表達(dá)水平高。這與這些脂代謝-相關(guān)蛋白質(zhì)和動脈粥樣化形成有一定關(guān)系的發(fā)現(xiàn)是一致的。
表7本發(fā)明的第五個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在人單核細(xì)胞中比在GM-巨噬細(xì)胞中表達(dá)量高。類似表7，表8列出了這些基因以及它們各自的標(biāo)記種類(序列號331-360)。這些基因在GM-和M-巨噬細(xì)胞中表現(xiàn)出類似的傾向性。跟隨單核細(xì)胞分化為巨噬細(xì)胞具有特別降低的表達(dá)水平的基因是補(bǔ)體蛋白質(zhì)(ficolin，properdin)，DNA結(jié)合蛋白質(zhì)(GOS3，GOS2)，tristetraprolin和CPBP的基因。
表8本發(fā)明的第六個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在M-巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)量高。表9列出了序列號361至390的各個標(biāo)記種類(A欄)，從基于各個標(biāo)記種類篩查數(shù)據(jù)庫(GeneBank及其類似的數(shù)據(jù)庫)的結(jié)果鑒定的基因(B欄)以及它們在數(shù)據(jù)庫中的注冊號(C欄)。
表9本發(fā)明的第七個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在人單核細(xì)胞中比在M-巨噬細(xì)胞中表達(dá)量高。類似于表9，表10列出了這些基因和它們各自的標(biāo)記種類(序列號391至420)。
表10本發(fā)明的第八個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在GM-巨噬細(xì)胞中比在M-巨噬細(xì)胞中表達(dá)量高。此外，本發(fā)明的第九個基因群是含有在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)前面位置的30個基因的基因群，它們在M-巨噬細(xì)胞中比在GM-巨噬細(xì)胞中表達(dá)量高。這些基因群和它們的標(biāo)記種類(序列號421至450，和451至480)各自列于表11和表12。另外，表13列出各基因群的占據(jù)前面位置的15個基因在單核細(xì)胞，GM-巨噬細(xì)胞和M-巨噬細(xì)胞中的拷貝數(shù)?；谶@些列表，可以確定例如在GM-巨噬細(xì)胞高度表達(dá)的MDC在M-巨噬細(xì)胞中幾乎不表達(dá)。因為MDC是一種新的趨化因子并且選擇性吸引CCR4-正Th2-型淋巴細(xì)胞(J.Leukoc Biol.6449，1998)，從而表明GM-巨噬細(xì)胞的浸潤是導(dǎo)致Th2免疫疾病的原因。
表11表12表13此外，本申請的cDNA群包括組成各個基因群的基因的cDNA，其中的cDNA攜帶與最接近poly A區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號1至100,101至200,201至300,301至330,330至360,361至390,391至420,421至450和451至480的核苷酸序列或一群它們的部分序列。而且，通常能夠高頻率的觀察到由于個體差異造成的人基因多態(tài)性。從而，本發(fā)明cDNA群包括在cDNA群中添加或刪除一個或多個核苷酸和/或用其它核苷酸取代的cDNA。此外，本發(fā)明cDNA群包含攜帶cDNA的所有部分核苷酸序列取代的DNA片段(10bp或更多)。另外，cDNA群含有包括有義鏈和反義鏈的DNA片段。
如上所述，本發(fā)明提供的基因群各自包含包括新基因的100個基因，它們均在人單核細(xì)胞和通過不同的分化途徑從單核細(xì)胞分化成的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)，并且在表達(dá)頻率降序排列中占據(jù)最高的位置。另外，本發(fā)明提供的基因群是在人單核細(xì)胞和人巨噬細(xì)胞中有相對高表達(dá)水平的基因群。從而，這些基因群，cDNA群或指示它們的標(biāo)記種類在例如如下的領(lǐng)域是有用的。
(1)鑒定新基因根據(jù)本申請，在表1至12的描述數(shù)據(jù)庫篩選結(jié)果的欄中注冊為“無匹配(NO MATCH)”和“EST”的基因定義為屬于“新基因群”?！癗O MATCH”表示沒有術(shù)語代表的相應(yīng)基因存在。此外，“EST”包括在新基因中是因為cDNA的部分序列已公開但未鑒定該基因的功能?？赏ㄟ^將CATG加到標(biāo)記序列的5’末端作為標(biāo)記寡核苷酸的定位克隆，使用該寡核苷酸作為探針篩查cDNA庫或篩查基因庫鑒定新基因群中的這些新基因。另外可以回收新基因編碼的新蛋白質(zhì)和抗蛋白質(zhì)的抗體?？梢岳缤ㄟ^新基因的cDNA或其部分序列的體外翻譯方法和在適當(dāng)?shù)乃拗鬏d體表達(dá)新基因的方法回收蛋白質(zhì)。另外，根據(jù)已知方法，可將抗體制備成多克隆抗體或單克隆抗體。
(2)鑒定疾病基因涉及人單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的疾病(慢性炎癥諸如肉芽腫，纖維化，和動脈粥樣硬化)的病原基因很可能是高表達(dá)水平的。例如，列出了包括在本發(fā)明提供的各個基因群中的特定基因的過量表達(dá)，其表達(dá)水平的降低，其缺失或基因突變等等。此外，如上所述，給出了在單核細(xì)胞和兩種巨噬細(xì)胞之間有顯著不同的表達(dá)水平的基因。從而，這些不同表達(dá)水平的基因分別是負(fù)責(zé)細(xì)胞功能的疾病的病原基因的有力的候選物。如上所述，本發(fā)明提供的各個基因群對于闡明這些疾病基因和疾病的發(fā)病機(jī)理是有用的。
(3)開發(fā)藥物如上面2中所述闡明病原基因和發(fā)病機(jī)理對于開發(fā)疾病的治療藥物是有用的。治療藥物包括例如降低過量表達(dá)基因的表達(dá)水平的藥物。
(3)開發(fā)診斷方法本發(fā)明可用于開發(fā)與人單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞有關(guān)的疾病的診斷方法。例如，列出了使用了抗病原基因表達(dá)的蛋白質(zhì)的抗體的酶免疫測定(EIA)和放射免疫測定(RIA)試劑盒或整合了部分基因或其全長的DNA芯片。特別地，DNA芯片可用于診斷多基因?qū)е碌募膊 Ｈ欢?，由于可能在基質(zhì)上整合的DNA片段的數(shù)目所限，需要選擇這類診斷所需的基因。本發(fā)明提供了高表達(dá)水平的基因及其cDNA。因而，可以有把握的說它們屬于在細(xì)胞功能中起重要作用的一群基因及其cDNA。因而，它們極適用于作為組成DNA芯片的DNA候選物。另外，含有本發(fā)明標(biāo)記序列的寡核苷酸群包括準(zhǔn)確鑒定各個基因的序列。這樣，寡核苷酸群可用作摻入DNA芯片的最小DNA序列。
產(chǎn)業(yè)適用性如上面詳細(xì)描述，本發(fā)明提供了基因群，各自含有在人單核細(xì)胞和不同分化過程的兩種巨噬細(xì)胞中高表達(dá)的100個基因。這些基因群不僅對理解單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的生理功能非常有用，而且對闡明諸如腫瘤發(fā)生和個體發(fā)育等基本生物學(xué)現(xiàn)象或開發(fā)診斷和治療單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞起重要作用的個體疾病的新方法也非常有用。
表1
表2
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表12
表13
序列表&#60110&#62日本科學(xué)與技術(shù)公司&#60120&#62在人單核細(xì)胞和人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因群&#60130&#6299-F-035PCT/YS&#60150&#62JP 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權(quán)利要求
1．人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在人單核細(xì)胞中表達(dá)的基因中有最高表達(dá)頻率的100個基因，其中各個基因的cDNA分別包含與最接近polyA區(qū)域的核苷酸序列CATG相連續(xù)的序列號1至100的核苷酸序列。
2．權(quán)利要求1的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列1的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，其余99個基因的表達(dá)頻率是按照序列2至100的次序。
3．人單核細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求1的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含與最接近polyA區(qū)域的核苷酸序列CATG相連續(xù)的序列號1至100的核苷酸序列。
4．包括在權(quán)利要求1的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列號29,61,71,84,85,93,95,97,98和100的核苷酸序列。
5．權(quán)利要求4的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
6．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列1至100的核苷酸序列組成。
7．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因中表達(dá)頻率最高的100個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號101至200的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
8．權(quán)利要求7的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列101的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，其余99個基因的表達(dá)頻率是按序列102至200的順序。
9．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求7的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號101至200的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
10．包括在權(quán)利要求7的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號106,108,118,121,122,128,131,135,141,142,146,153,162,164,165,170,172,178至180,183,188,192和194的核苷酸序列。
11．權(quán)利要求10的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
12．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列101至200的核苷酸序列組成。
13．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)的基因中表達(dá)頻率最高的100個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號201至300的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
14．權(quán)利要求13的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列201的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率是最高的，其余99個基因的表達(dá)頻率是按序列202至300的順序。
15．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求13的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號201至300的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
16．包括在權(quán)利要求13的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號206,209,212,214至216,231,233至235,245,247,248,252,257,259,261,264,267,268,270,273,275至277,279,283和290的核苷酸序列。
17．權(quán)利要求16的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
18．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列201至300的核苷酸序列組成。
19．一個人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號301至330的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
20．權(quán)利要求19的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列301的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在人單核細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列302至330的次序。
21．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求19的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號301至330的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
22．包括在權(quán)利要求19的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號309,310,312,317,318,325,327,328和329的核苷酸序列。
23．權(quán)利要求22的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
24．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列301至330的核苷酸序列組成。
25．一個人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在人單核細(xì)胞中比在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號331至360的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
26．權(quán)利要求25的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列331的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在人巨噬細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列332至360的次序。
27．人單核細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求25的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號331至360的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
28．包括在權(quán)利要求25的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號336,339,343至345,347,348,351至353，356和358至360的核苷酸序列。
29．權(quán)利要求28的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
30．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列331至360的核苷酸序列組成。
31．一個人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中比在人單核細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號361至390的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
32．權(quán)利要求31的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列361的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在人單核細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列362至390的次序。
33．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求31的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號361至390的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
34．包括在權(quán)利要求31的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號365,366,369,373,374,377,379至381,384,385和387的核苷酸序列。
35．權(quán)利要求34的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
36．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列361至390的核苷酸序列組成。
37．一個人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在人單核細(xì)胞中比在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號391至420的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
38．權(quán)利要求37的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列391的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在人巨噬細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列392至420的次序。
39．人單核細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求37的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號391至420的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
40．包括在權(quán)利要求37的人單核細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號392,393,396,398,400,401，407,411,412,415和417至419的核苷酸序列。
41．權(quán)利要求40的人單核細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
42．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列391至420的核苷酸序列組成。
43．一個人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中比在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號421至450的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
44．權(quán)利要求43的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列421的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列422至450的次序。
45．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求43的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號421至450的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
46．包括在權(quán)利要求43的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號421,422,426至433,438至440,443至446和448至450的核苷酸序列。
47．權(quán)利要求46的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
48．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列421至450的核苷酸序列組成。
49．一個人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，包含在通過巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中比在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中表達(dá)更高的30個基因，其中各個基因的cDNA分別含有序列號451至480的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
50．權(quán)利要求49的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群，其中編碼含序列451的核苷酸序列的cDNA的基因的表達(dá)頻率與同一基因在通過粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子從人單核細(xì)胞分化的人巨噬細(xì)胞中的表達(dá)頻率的差別是最大的，其余29個基因的表達(dá)頻率的降序排列是按序列452至480的次序。
51．人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因cDNA群，包含組成權(quán)利要求49的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群的各個基因的cDNA或其部分序列，其中cDNA分別包含序列號451至480的核苷酸序列，而該核苷酸序列與最接近polyA區(qū)域的CATG核苷酸序列相連續(xù)。
52．包括在權(quán)利要求49的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)基因群中的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群，其中各個新基因的cDNA分別包含序列號451,453,454,456至458,461至464,466至469,471至473,475和478至480的核苷酸序列。
53．權(quán)利要求52的人巨噬細(xì)胞-表達(dá)新基因群的各個基因編碼的蛋白質(zhì)，以及抗該蛋白質(zhì)的抗體。
54．一個寡核苷酸群，分別由與CATG核苷酸序列相連續(xù)的序列451至480的核苷酸序列組成。
全文摘要
由在人單核細(xì)胞和GM－巨噬細(xì)胞以及M－巨噬細(xì)胞中表達(dá)頻率最高的100個基因組成的基因群。屬于該群的各個基因的cDNA的特征是具有與多聚腺苷酸區(qū)最近的CATG堿基序列相鄰接的序列1—100,101—200,201—300的堿基序列。屬于上述群的基因的cDNA;屬于該基因群的新基因;以及鑒定這些基因和cDNA的寡核苷酸。
文檔編號C12N15/12GK1287574SQ9980195
公開日2001年3月14日 申請日期1999年10月28日 優(yōu)先權(quán)日1998年10月28日
發(fā)明者橋本真一, 松島綱治, 鈴木拓兒 申請人:科學(xué)技術(shù)振興事業(yè)團(tuán)