專利名稱：患有炎癥疾病的受試者對細(xì)胞因子靶向藥物(CyTD)的早期反應(yīng)或無反應(yīng)預(yù)測的基因和基 ...的制作方法
患有炎癥疾病的受試者對細(xì)胞因子靶向藥物(CyTD)的早期反應(yīng)或無反應(yīng)預(yù)測的基因和基因組合
背景技術(shù)：
細(xì)胞因子革巴向藥物(Cytokine targeting drugs)比如TNF α阻斷劑(此后稱為“ΤΒΑ”)越來越多地用于各種炎癥疾病的治療中。這種TBA被批準(zhǔn)的第一個(gè)適應(yīng)癥是類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎和克羅恩氏病(Crohn' s disease)。類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)是一種主要病因不明的慢性、漸進(jìn)性、使人衰弱的(debilitating)自身免疫疾病，影響了約1%的人口(I)。RA特征在于滑膜的慢性炎癥，其最終導(dǎo)致關(guān)節(jié)損傷、疼痛和障礙(2)。RA的臨床表現(xiàn)(clinicalspectrum)是異質(zhì)性的(heterogeneous),從輕微到嚴(yán)重不等，具有涉及的二次器官系統(tǒng)(secondary organ system)的差異。目前的治療反應(yīng)率上差異進(jìn)一步說明了疾病異質(zhì)性。通常用所謂的疾病修飾抗風(fēng)濕藥(DMARDs) (disease-modifying anti-rheumatic drugs)比如氨甲喋呤(MTX)開始一線治療。約30%的患者顯示出欠佳的反應(yīng)或不能耐受傳統(tǒng)DMARDs (3)。在這些患者中，用“生物制劑”起始二線治療，其為阻斷被認(rèn)為是有助于疾病進(jìn)展的分子或細(xì)胞的試劑，比如腫瘤壞死因子-α (TNF-α )和白細(xì)胞介素-I (IL-I)或者B和T-細(xì)胞。目前確實(shí)可獲得九種生物制劑，各具有重疊的或獨(dú)特的作用機(jī)制(4)。對這種治療的反應(yīng)率有很大的不同，大量患者對治療仍然是難治愈的或者僅顯示部分改善(5)。藥物作用機(jī)制的理解不完整以及疾病異質(zhì)性意味著沒有在治療起始之前鑒定患者對各種生物制劑適合性的方法。建立合理的基礎(chǔ)，在此基礎(chǔ)上針對特定生物制劑選擇患者，將有助于患者被更有效地治療；對有可能反應(yīng)的那些患者起始考慮中的生物制劑，而可以為不太可能有反應(yīng)的患者提供另一種治療。缺少關(guān)于生物制劑療效和安全性的可靠文獻(xiàn)，并且考慮到不反應(yīng)的或經(jīng)歷嚴(yán)重副作用的患者的百分比、RA的破壞性以及無效生物治療的社會(huì)成本，強(qiáng)烈需要在開始療法之前對成功進(jìn)行預(yù)測。臨床上的或者基于放射照像的測試將最有可能評估病癥時(shí)為時(shí)已晚而不能保護(hù)關(guān)節(jié)免于不可逆的破壞。理想的，作為療法反應(yīng)性的預(yù)測物，分子生物標(biāo)志物標(biāo)記(signature)應(yīng)當(dāng)在療法開始之前在易于獲得的生物樣本中獲得，比如外周血。考慮到RA的系統(tǒng)性質(zhì)，以及系統(tǒng)性和器官特異性部分之間的關(guān)聯(lián)，外周血可能不會(huì)直接隱含對疾病病理機(jī)制的理解，但它特別適于分析基因的表達(dá)譜，其提供了一個(gè)框架來選擇臨床相關(guān)的生物標(biāo)志物。此外，基于血的測試還比基于滑膜組織的測試對患者具有更小的侵入性。最終，這可能會(huì)導(dǎo)致個(gè)體化形式的醫(yī)藥，借此最適合的療法將被應(yīng)用到個(gè)體患者。這同樣適用于TBA已被批準(zhǔn)的或者初步結(jié)果表明TBA可能會(huì)是有用的治療的其它炎癥疾病。目前，除RA或克羅恩氏病的治療以外，TBA已批準(zhǔn)用于治療強(qiáng)直性脊柱炎、銀屑病關(guān)節(jié)炎、斑塊狀銀屑病和潰瘍性結(jié)腸炎(特別是參見英夫利昔單抗和依那西普的FDA標(biāo)簽)。此外，初步結(jié)果表明TBA在若干其它炎癥疾病中可能是有用的治療，比如血管炎(特別是白塞氏病、變應(yīng)性肉芽腫性血管炎(churg-strauss vasculitis)、結(jié)節(jié)性多動(dòng)脈炎和巨細(xì)胞性關(guān)節(jié)炎);韋格納肉芽腫(Wegener' s granulomatosis);結(jié)節(jié)病；成人發(fā)病的斯提耳氏病(Still，s disease)、多肌炎/皮肌炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE) (31和32)。在所有情況下，只有部分(盡管有時(shí)高的比例)用TBA治療的患者顯示對治療的臨床反應(yīng)(特別是參見央夫利昔單抗(Reraicade )和依那西普(Enbrei )的FDA標(biāo)簽)。因此，對于其中TBA可能有用的所有疾病，能夠預(yù)測受試者對TBA治療作出反應(yīng)或不反應(yīng)的能力將非常有用。一種深入了解存在于病理生理過程中的分子標(biāo)記的非常強(qiáng)大的方式來自于DNA微陣列技術(shù)，該技術(shù)允許在具有臨床定義的疾病的患者當(dāng)中在血液和組織樣本中鑒別差異表達(dá)的基因部分。這些差異表達(dá)的基因可能對導(dǎo)致疾病的生物途徑提供深入了解，并代表早期診斷、預(yù)后和反應(yīng)預(yù)測的分類物(c I as s i fi er )。使用這種多級且相對昂貴的技術(shù)受多個(gè)缺陷的困擾，這在很大程度上取決于完美標(biāo)準(zhǔn)化的條件?？赡苡绊戩`敏度和重現(xiàn)性的因素范圍從樣本的不同、起始RNA材料在數(shù)量和質(zhì)量上的差異、擴(kuò)增和做標(biāo)記的策略和染料到探針序列和雜交條件。此外，標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)和數(shù)據(jù)分析算法使用的標(biāo)準(zhǔn)化方法的缺乏可影響結(jié)果。此外，大多數(shù)微陣列研究未經(jīng)過前瞻性規(guī)劃且往往沒有詳細(xì)的協(xié)議，而是傾向于利用已有的樣本。因此，結(jié)果的驗(yàn)證在微陣列研究中是必不可少的步驟，并且必須設(shè)置質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。基于收集于治療基線處的生物樣本(滑膜或外周血)的回顧性分析，一些研究小組已經(jīng)探討了鑒定能夠根據(jù)患者對治療的反應(yīng)對他們進(jìn)行分類的分子特性(單核苷酸多態(tài)性、基因表達(dá)等)的可能性。特別是，許多關(guān)注已給予了 TNF-α阻斷劑英夫利昔單抗，幾年前由T LeqUerr6和同事對基于基因表達(dá)的對療法的反應(yīng)的預(yù)測做出第一份報(bào)告(6)。自此，其它幾個(gè)小組也相似地報(bào)告了大規(guī)模的外周血基因表達(dá)分析作為對英夫利昔單抗的反應(yīng)的預(yù)測的手段(7) (8) (9)。所有這些研究報(bào)告了差異表達(dá)基因及其組合用于預(yù)測對治療的反應(yīng)。這些研究為在基線治療預(yù)測對英夫利昔單抗的反應(yīng)提供重要的概念證據(jù)。無論如何，正如所有這類研究，利用微陣列技術(shù)，在相對較小的患者群中同時(shí)測量成千上萬個(gè)基因，冒著過度擬合(over-fitting)數(shù)據(jù)的風(fēng)險(xiǎn)，導(dǎo)致假陽性結(jié)果。此外，這些研究的單中心性質(zhì)可能會(huì)將所鑒定的基因的相關(guān)性限制到一個(gè)更廣且更加人口統(tǒng)計(jì)學(xué)上多樣的群體。本發(fā)明通過將來自多個(gè)現(xiàn)有研究的信息進(jìn)行組合克服了這些缺點(diǎn)。這種方法可以提高結(jié)果的可靠性和普遍性。定量方法顯示出廣泛的應(yīng)用于將元分析(meta-analysis)方法應(yīng)用到基因組范圍的數(shù)據(jù)用于生物發(fā)現(xiàn)的目的,在這樣的方法中處理(address ) —組相關(guān)研究假設(shè)的個(gè)體研究經(jīng)統(tǒng)計(jì)整合和分析用來確定干預(yù)的有效性(元分析)。元分析已經(jīng)用于鑒定兩組之間差異表達(dá)的基因用來比較在不同微陣列平臺上獲得的結(jié)果(跨平臺分類)，用來鑒定來自異源數(shù)據(jù)集的樣本之間的重疊，用來鑒定共同表達(dá)的基因或者用來重建基因網(wǎng)絡(luò)。多基因表達(dá)微陣列數(shù)據(jù)集的元分析提供辨別基因表達(dá)標(biāo)記，所述辨別基因表達(dá)標(biāo)記是在大量微陣列樣本上所鑒定且驗(yàn)證的，由不同實(shí)驗(yàn)室和微陣列技術(shù)產(chǎn)生。通過這種方法產(chǎn)生的預(yù)測模型比單一數(shù)據(jù)集所產(chǎn)生的得到更好的驗(yàn)證，同時(shí)也展現(xiàn)了高的預(yù)測能力和改進(jìn)的普適性能。在本發(fā)明中，根據(jù)Ramasamy等人(10)描述的在微陣列數(shù)據(jù)集上進(jìn)行元分析的分步方法進(jìn)行元分析(I-鑒定合適的微陣列研究；2-從研究中提取數(shù)據(jù)(這一步驟也涉及從所選研究的作者獲得額外信息);3-制備個(gè)體數(shù)據(jù)集；4注釋個(gè)體數(shù)據(jù)集；5_解決探針和基因之間的多-對-多關(guān)系；6_組合研究特異性估計(jì)；7_分析、描述和解釋結(jié)果)。
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因此鑒定了對英夫利昔單抗療法的將反應(yīng)者和無反應(yīng)者之間差異表達(dá)的61個(gè)基因。此外，兩個(gè)個(gè)體基因已被發(fā)現(xiàn)與測試受試者的英夫利昔單抗反應(yīng)或無反應(yīng)表型高度相關(guān)，并且最少數(shù)目基因的幾個(gè)組合被提出作為RA患者中對抗-TNF治療的初期(第14周和第22周)反應(yīng)的預(yù)測。這些組合包括那些已知參與英夫利昔單抗的炎癥或免疫過程而非代謝途徑的基因，這明確表示所述組合用于預(yù)測患有其它炎癥疾病的患者對TNFa-阻斷劑(TBA)反應(yīng)或無反應(yīng)表型的普遍有用性是合理的，尤其是那些TBA已被批準(zhǔn)的或者初步研究中已顯示是有用的疾病。

發(fā)明內(nèi)容
因此本發(fā)明涉及細(xì)胞因子靶向藥物(此后稱為CyTD，比如TNFa-阻斷劑，此后稱為TBA)反應(yīng)或無反應(yīng)的表型的體外診斷或預(yù)后的方法,包括(a)根據(jù)患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，以及(c)根據(jù)所述比較確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)的表型。本發(fā)明還涉及用于為患有炎癥疾病的患者設(shè)計(jì)CyTD治療的方法，所述方法包括(a)根據(jù)所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，(c)根據(jù)所述比較確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)的表型，以及(d)根據(jù)所述鑒定的CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型設(shè)計(jì)CyTD治療的劑量。本發(fā)明還涉及用CyTD治療患有炎癥疾病的患者的方法，包括(a)使用本發(fā)明的方法根據(jù)所述受試者生物樣本確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在，以及(b)按照步驟(a)的結(jié)果調(diào)整CyTD治療。所述CyTD治療的調(diào)整可存在于-如果受試者已被診斷為CyTD無反應(yīng)的，降低或抑制所述CyTD治療,或-如果受試者已被診斷為CyTD反應(yīng)的，延續(xù)所述CyTD治療。
本發(fā)明還涉及CyTD在炎癥疾病治療中的新用途，包括步驟Ca)使用本發(fā)明的方法根據(jù)患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在，以及(b)相對于步驟(a)的結(jié)果確定待施用的CyTD劑量。任選地；向受試者施用步驟(b)中確定的CyTD劑量。因此本發(fā)明涉及CyTD，用于治療炎癥疾病，其中向患有所述炎癥疾病的受試者施用CyTD，其中使用本發(fā)明的方法所述受試者已被診斷和/或預(yù)后為反應(yīng)性的。本發(fā)明還涉及CyTD用于制備用于在患有炎癥疾病的受試者中治療所述炎癥疾病的藥物的用途，其中使用本發(fā)明的方法所述受試者已被診斷和/或預(yù)后為反應(yīng)性的。貫穿本說明書，“炎癥疾病”是指涉及導(dǎo)致身體損傷的非受控炎癥過程的疾病，并包括通常被本領(lǐng)域技術(shù)人員視為炎癥疾病的任何疾病。有利地，所述炎癥疾病已知涉及，至少在一些情況下，致病性炎癥細(xì)胞因子(IL-1、IL-6、IL15、IL-17、IL-18、IL-23或TNF-α )分泌。然后本發(fā)明的方法允許診斷這種致病性炎癥細(xì)胞因子分泌在受試的受試者中的存在，來預(yù)測他/她對CyTD治療的反應(yīng)能力，并且因此鑒于其CyTD反應(yīng)/無反應(yīng)表型調(diào)整他/她的治療。甚至更有利的，所述炎癥疾病已知涉及，至少在一些情況下，致病性TNF-a的分泌。然后本發(fā)明的方法允許診斷這種致病性TNF-α分泌在受試的受試者中的存在，來預(yù)測他/她對TBA治療的反應(yīng)能力，并且因此鑒于其TBA反應(yīng)/無反應(yīng)表型調(diào)整他/她的治療。這種炎癥疾病可以是自身免疫或非自身免疫來源的。本發(fā)明的方法和試劑盒對其有用的，尤其是用于確定TBA反應(yīng)或無反應(yīng)表型的炎癥疾病的非限制性實(shí)例包括類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)、克羅恩氏病、強(qiáng)直性脊柱炎、銀屑病關(guān)節(jié)炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結(jié)腸炎、血管炎(特別是白塞氏病、變應(yīng)性肉芽腫性血管炎、結(jié)節(jié)性多動(dòng)脈炎和巨細(xì)胞性關(guān)節(jié)炎)；韋格納肉芽腫；結(jié)節(jié)??；成人發(fā)病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)。本發(fā)明的方法對其是有用的優(yōu)選的疾病的組是那些TBA已被批準(zhǔn)用于其治療中的類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)、克羅恩氏病、強(qiáng)直性脊柱炎、銀屑病關(guān)節(jié)炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結(jié)腸炎。本發(fā)明的方法尤其適用于確定患RA的患者的TBA反應(yīng)或無反應(yīng)表型。對于類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)，由于通常用所謂的疾病修飾抗風(fēng)濕藥(DMARDs)起始一線治療，本發(fā)明還涉及治療患RA的受試者的方法，包括步驟Ca)向所述患RA的受試者施用治療劑量的DMARD,(b)使用本發(fā)明的方法根據(jù)所述患RA的受試者生物樣本確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在，以及(c)相對于步驟(b)的結(jié)果確定待施用的CyTD劑量。因此，本發(fā)明還涉及DMARD和CyTD的組合用于治療RA，包括步驟(a)向患RA的受試者施用治療劑量的DMARD，(b)使用本發(fā)明的方法根據(jù)所述患RA的受試者生物樣本確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在，以及(C)相對于步驟(b)的結(jié)果確定待施用的CyTD劑量。任選地；向受試者施用步驟(C)中確定的CyTD劑量。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，DMARD是氨甲喋呤(MTX)。通過“細(xì)胞因子靶向藥物”或“CyTD”是指中和細(xì)胞因子信號的任何分子，特別是通過結(jié)合和中和細(xì)胞因子或其受體的任何分子。這樣的結(jié)合和中和分子可能特別是特異于所述細(xì)胞因子或細(xì)胞因子受體的抗體或其片段、細(xì)胞因子受體拮抗劑、或結(jié)合和中和所述細(xì)胞因子或細(xì)胞因子受體的任何其它分子，比如重組蛋白質(zhì)。所述CyTD優(yōu)選靶向炎癥細(xì)胞因子如IL-l、IL-6，IL-15，IL-17，IL-18，IL-23或TNF-α或這些炎癥細(xì)胞因子的受體。靶向IL-I信號的分子包括IL-I的單克隆抗體，比如康納單抗(Canakinumab)(商品名llaris )、人抗-IL-I β的單克隆抗體；IL-1受體拮抗劑如阿那白滯素(商品名Kineret )以及IgGlFc部分和人IL-IRI和IL-IAcP配體結(jié)合結(jié)構(gòu)域之間的融合蛋白比如利納西普(Rilonacept)(商品名Arcalyst )。革巴向IL_6信號的分子尤其包括塔西單抗(Tocilizumab),—種抗-IL-6R單克隆抗體。靶向IL-15信號的分子尤其包括HuMax-IL-15 (AMG 714)，一種抗-IL-15單克隆抗體。靶向IL-17信號的分子尤其包括AIN457，一種抗-IL-17A單克隆抗體。貫穿本說明書中，CyTD的優(yōu)選實(shí)施方式是“TNFa -阻斷劑”或“TBA”。通過“TNFa-阻斷劑”或“TBA”，此處是指能夠中和TNFa作用的生物劑。所述劑優(yōu)選是蛋白質(zhì)比如可溶性TNFa受體,例如培那西普(Pegsunercept),或抗體。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，所述劑是單克隆抗體。在甚至另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，所述劑選自依那西普(EnbreIS)、英夫利昔單抗(Remicade )、阿達(dá)木單抗(Humira )和賽妥珠單抗(Certolizumab pegol)(Cimzia ) ^在甚至更優(yōu)選的實(shí)施方式中，所述劑是英夫利昔單抗。在根據(jù)本發(fā)明的任意方法的尤其優(yōu)選的實(shí)施方式中，炎癥疾病是類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎，并且CyTD是英夫利昔單抗，一種特定的TBA。根據(jù)本發(fā)明“CyTD反應(yīng)表型”被定義為受試者對CyTD施用的反應(yīng)狀態(tài)?！胺磻?yīng)狀態(tài)”是指所述受試者(稱作CyTD反應(yīng)受試者或反應(yīng)受試者或反應(yīng)性受試者出于本申請的目的，這些術(shù)語是相似的)對治療反應(yīng)，即治療在所述受試者中是有效的。反應(yīng)的定義是臨床癥狀的改善。根據(jù)ACR20、ACR50、ACR70準(zhǔn)則(11)和/或在14或22周的EULAR準(zhǔn)則或者DAS28變化>1. 2進(jìn)行這種反應(yīng)的定量。甚至更優(yōu)選的是在14周的EULAR反應(yīng)準(zhǔn)則。這些準(zhǔn)則(31)已經(jīng)由重組領(lǐng)域?qū)I(yè)人士的組織(ACR :美國風(fēng)濕病學(xué)院；EULAR :歐洲抗風(fēng)濕聯(lián)盟)所建立。因此這些準(zhǔn)則是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的并且不需要在這里詳述。相反,“CyTD無反應(yīng)表型”是指在所述受試者中沒有反應(yīng)的狀態(tài)(此處稱為CyTD無反應(yīng)受試者或無反應(yīng)受試者或無反應(yīng)性受試者這些術(shù)語在本申請上下文中應(yīng)當(dāng)被認(rèn)為是具有相同含義的)，意味著所述受試者對于治療仍然是難治愈的。在任意上述本發(fā)明的診斷/預(yù)后體外方法的優(yōu)選實(shí)施方式中，所述受試者是患RA的受試者?！盎糝A的受試者”是符合美國風(fēng)濕病學(xué)院(ACR)RA準(zhǔn)則(11)的受試者。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述受試者沒有用CyTD治療；在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述受試者用CyTD治療。這將很容易地相信，當(dāng)所述受試者沒有用CyTD治療時(shí)，本發(fā)明的方法允許所述受試者的反應(yīng)性/無反應(yīng)性的預(yù)后。因此，在本實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法允許本領(lǐng)域技術(shù)人員預(yù)后(即鑒定)對CyTD治療反應(yīng)易感的受試者。鑒于RA的破壞性質(zhì)和無效生物治療的社會(huì)成本，這是非常重要的。此外，由于本發(fā)明的這種實(shí)施方式允許在起始任何治療之前鑒定無反應(yīng)受試者，一位經(jīng)治療的受試者遇到嚴(yán)重副作用的風(fēng)險(xiǎn)大大降低。當(dāng)根據(jù)本發(fā)明的受試者用CyTD治療時(shí)，本發(fā)明的方法，對于診斷受試者是否對所述CyTD反應(yīng)，并且所述受試者是否將因此受益于所述治療的延續(xù)，是有用的。此外，它們對于診斷對治療不反應(yīng)的患者是有用的，即對于CyTD是難治愈的，因此應(yīng)當(dāng)迅速轉(zhuǎn)移到另一療法?？紤]到RA的使人衰弱的性質(zhì)，這一成果是至關(guān)重要的。特別是，本發(fā)明的方法允許在CyTD治療開始后弟14周或22周進(jìn)彳了診斷。在本說明書中，針對CyTD所描述的還特別適用于TBA，其是CyTD在根據(jù)本發(fā)明的 任何方法或試劑盒中的優(yōu)選實(shí)施方式?！吧飿颖尽笨梢允侨∽允茉囌叩娜魏螛颖?，比如血清樣本、血漿樣本、尿樣本、血液樣本、淋巴樣本或活檢。這種樣本必須允許確定包含如下或由如下組成的表達(dá)譜⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。用于確定表達(dá)譜的優(yōu)選生物樣本包括樣本比如血液樣本、血漿樣本、淋巴樣本、或活檢。優(yōu)選地，生物樣本是血液樣本。實(shí)際上，可通過完全無害的血液收集從患者獲得這種血液樣本，從而允許CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的非侵入性診斷。通過“表達(dá)譜”表示包含如下或由如下組成的基因的組的表達(dá)水平⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，因?yàn)檫@些表達(dá)譜已被證明與評價(jià)受試者的反應(yīng)/無反應(yīng)表型尤其相關(guān)。在一個(gè)最優(yōu)選實(shí)施方式中，用于診斷CyTD治療開始后第14周或22周受試者是否反應(yīng)的表達(dá)譜包括或優(yōu)選由如下組成基因IL2RB、S100A9、和CASP5，或者基因S100A9或其等同表達(dá)譜，或者任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。在另一個(gè)最優(yōu)選實(shí)施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應(yīng)性的表達(dá)譜包括或優(yōu)選由如下組成基因MAPK14和S100A9，或其等同表達(dá)譜，或者任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。在另一個(gè)最優(yōu)選實(shí)施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應(yīng)性的表達(dá)譜包括或優(yōu)選由如下組成基因S100A9或其等同表達(dá)譜,或者任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。在另一個(gè)最優(yōu)選實(shí)施方式中，用于診斷CyTD治療(尤其是TBA治療)開始后第14周或22周的反應(yīng)性的表達(dá)譜包括或優(yōu)選由如下組成基因MAPK14和GNLY，或其等同表達(dá)譜，或者任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。確定CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在憑借在步驟(b)中將獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜的比較而進(jìn)行。術(shù)語“等同表達(dá)譜”此處涉及如下的表達(dá)譜(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，其中，一些基因的添加、刪除或取代不顯著改變測試的可靠性，并且被視為“可接受的表達(dá)譜”。作為一個(gè)實(shí)例，相同代謝途徑的其它基因?qū)Ρ景l(fā)明所描述的組的一些基因的添加或取代也應(yīng)當(dāng)被視為等同表達(dá)譜。例如S100A8等同于S100A9，并且在其中S100A9被S100A8所替換的任何上述(i)或(ii)表達(dá)譜(即包括或由如下組成的表達(dá)譜基因MAPK14和S100A8 ;表2的8或61個(gè)基因，其中S100A9被S100A8所替換；或者基因S100A8 ；或基因 S100A8、IL2RBJPCASP5 ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK和 GNLY ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C)也應(yīng)當(dāng)被視為上述(i)和(ii)表達(dá)譜的等同表達(dá)譜，因此包括在本發(fā)明的范圍內(nèi)。更通常被視為等同表達(dá)譜的是，在其中一些基因被屬于相同生物網(wǎng)絡(luò)的基因所替換的任何表達(dá)譜，比如下面圖2和3中所述的。術(shù)語“可接受的表達(dá)譜”此處涉及能夠正確劃分至少60%，優(yōu)選65%，以及更優(yōu)選70%所分析的樣本的表達(dá)譜，具有至少60%，優(yōu)選65%，以及更優(yōu)選70的靈敏度和特異性。靈敏度值定義為對CyTD治療真正臨床上反應(yīng)的以及使用本發(fā)明的測試劃分為反應(yīng)的患者的數(shù)目相對于所有用CyTD治療的患者的比。特異性測量使用本發(fā)明的測試所正確鑒定的對CyTD治療真正臨床上不反應(yīng)的患者相對于所有用CyTD治療的患者的比例。通過“最優(yōu)表達(dá)譜”表示能夠正確劃分至少80%所分析的樣本的表達(dá)譜，具有靈敏度或至少80%的靈敏度。盡管如下的列表(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，已經(jīng)被確定為評價(jià)反應(yīng)性/無反應(yīng)性的最優(yōu)表達(dá)譜，等同表達(dá)譜比如上面所定義的，仍然允許評價(jià)反應(yīng)性，具有可接受的可靠性。在一些具體的實(shí)施方式中，如下的亞列表⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，仍然允許評價(jià)反應(yīng)性，具有良好的可靠性并且應(yīng)當(dāng)被視為可接受的表達(dá)譜。而用于確定CyTD (尤其是TBA)反應(yīng)或無反應(yīng)表型的表達(dá)譜可包括和不僅由如下組成⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，優(yōu)選的是表達(dá)譜由或者主要由上述(i)、(ii)或(iii)表達(dá)譜之一組成，任選地具有一個(gè)或更多個(gè)看家基因，表示不超過50、40、30、25、
1120個(gè)，優(yōu)選不超過15個(gè)，優(yōu)選不超過10個(gè)，優(yōu)選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I個(gè)不是屬于上述(i)、(ii)或(iii)表達(dá)譜或看家基因之一的基因包括在表達(dá)譜中。通過“看家基因”，意思是以相對恒定的水平在很多或所有已知情況當(dāng)中組成性表達(dá)的基因，因?yàn)樗鼈兙幋a細(xì)胞一直需要的蛋白質(zhì)，因此它們對于細(xì)胞是必要的并且在任何條件下總是存在。假設(shè)它們的表達(dá)不受實(shí)驗(yàn)條件影響。它們編碼的蛋白質(zhì)通常參與細(xì)胞生存(sustenance)或維持所必需的基本功能?？捎糜诒景l(fā)明方法的看家基因的非限制性實(shí)例包括-HPRTl (次黃嘌呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶I)，-UBC (泛素 C)，-YffHAZ (酪氨酸3-單加氧酶/色氨酸5_單加氧酶激活蛋白，zeta多肽)，-B2M (beta-2-微球蛋白)，-GAPDH (甘油醛_3_磷酸脫氫酶)，-FPGS (葉酸多聚谷氨酸合成酶)，-DECRl (2，4_ 二烯酰基CoA還原酶1，線粒體)，-PPIB (肽酰脯氨酰異構(gòu)酶B (親環(huán)素B))，-ACTB (肌動(dòng)蛋白 β )，-PSMB2 (蛋白酶體(前體(prosome),巨蛋白因子(macropain))亞基，β型，2),-GPSl (G蛋白途徑抑制因子1)，-CANX (鈣聯(lián)蛋白)，-NACA (新生多肽相關(guān)復(fù)合物α亞基)，-ΤΑΧ1ΒΡ1 (Taxl (I型人T-細(xì)胞白血病病毒)結(jié)合蛋白1)，和-PSMD2 (蛋白酶體(前體，巨蛋白因子)26S亞基，非-ATP酶，2)。優(yōu)選，用于本發(fā)明方法標(biāo)準(zhǔn)化的看家基因的數(shù)目包括在I至5之間，優(yōu)選3個(gè)。確定反應(yīng)或無反應(yīng)表型的存在憑借在步驟(b)中將獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜的比較而進(jìn)行。“參考表達(dá)譜”是預(yù)定的表達(dá)譜，獲自來自具有已知特定反應(yīng)狀態(tài)的受試者的生物樣本。為了使得這種比較有意義且強(qiáng)大，通過訓(xùn)練根據(jù)如下步驟所獲得的算法而確定“參考表達(dá)譜”:-收集獲自反應(yīng)或無反應(yīng)患者的生物樣本的表達(dá)譜，-在上述患者的表達(dá)譜上訓(xùn)練算法，用于將所述表達(dá)譜劃分為反應(yīng)和無反應(yīng)表型。“獲得的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜的比較”可以被理解為將調(diào)整的算法應(yīng)用到獲得的表達(dá)譜上。在具體的實(shí)施方式中，用于比較步驟(b)中測試樣本的參考表達(dá)譜可能已獲自來自CyTD反應(yīng)受試者的生物樣本(“CyTD反應(yīng)參考表達(dá)譜”或“反應(yīng)參考表達(dá)譜”；如此處所用這些表達(dá)是同義的)，和/或來自CyTD無反應(yīng)受試者的生物樣本(“CyTD無反應(yīng)參考表達(dá)譜”或“無反應(yīng)參考表達(dá)譜”；如此處所用這些表達(dá)具有相同含義)。優(yōu)選地,至少一個(gè)參考表達(dá)譜是CyTD反應(yīng)參考表達(dá)譜?；蛘?至少一個(gè)參考表達(dá)譜可以是CyTD無反應(yīng)參考表達(dá)譜。更優(yōu)選的是，CyTD反應(yīng)表型的存在或不存在的確定是通過與至少一個(gè)反應(yīng)者(responder)和至少一個(gè)無反應(yīng)者參考表達(dá)譜比較而進(jìn)行的。因此可使用一個(gè)反應(yīng)參考表達(dá)譜和一個(gè)無反應(yīng)參考表達(dá)譜進(jìn)行診斷或預(yù)后。有利的是，為了獲得更強(qiáng)大的診斷或預(yù)后，使用若干反應(yīng)參考表達(dá)譜和若干無反應(yīng)參考表達(dá)譜進(jìn)行所述診斷或預(yù)后。受試的受試者的表達(dá)譜與所述參考表達(dá)譜的比較，其允許基于他/她表達(dá)譜預(yù)測受試的受試者臨床反應(yīng)，可使用統(tǒng)計(jì)模型和機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)(machine I earningtechnologies)由本領(lǐng)域技術(shù)人員進(jìn)行。PLS (偏最小二乘法)回歸尤其與在小量(small)參考樣本的情況下給出預(yù)測有關(guān)。也可以使用支持向量機(jī)(SVM)、邏輯回歸、線性判別分析(Linear DiscriminantAnalysis)、隨機(jī)森林(random forests)、k_NN 最鄰近法(nearestneighbour)或PAM (微陣列預(yù)測分析)統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行比較?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的任何技術(shù)來確定表達(dá)譜。尤其是，可在基因組和/或核酸和/或蛋白質(zhì)水平測量各基因表達(dá)水平。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，通過測量各基因核酸轉(zhuǎn)錄物的量確定表達(dá)譜。在另一個(gè)實(shí)施方式中，通過測量各基因產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的量確定表達(dá)譜?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的任何技術(shù)來測量核酸轉(zhuǎn)錄物的量。尤其是，可直接在提取的信使RNA(mRNA)樣本上、或在通過本領(lǐng)域公知的技術(shù)從提取的mRNA制備的反轉(zhuǎn)錄互補(bǔ)DNA (cDNA)上進(jìn)行測量?？梢允褂帽绢I(lǐng)域技術(shù)人員公知的任何技術(shù)測量來自mRNA或cDNA樣本的核酸轉(zhuǎn)錄物的量，包括核微陣列、定量PCR和用標(biāo)記探針雜交。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，使用定量PCR確定表達(dá)譜。定量，或?qū)崟r(shí)PCR是一種本領(lǐng)域技術(shù)人員公知且容易獲得的技術(shù)，不需要精確描述。在一個(gè)具體的實(shí)施方式中，不應(yīng)該被視為限制本發(fā)明的范圍，使用定量PCR確定表達(dá)譜可以按照如下進(jìn)行。簡要地說，使用TaqMan Universal PCR Master Mix (AppliedBiosystems)進(jìn)行實(shí)時(shí) PCR 反應(yīng)。6 μ L 的 cDNA 加入到含有 7. 5 μ L 的 TaqManUniversal PCRMaster Mix、0. 75 μ L的20X探針和引物的混合物以及0. 75 μ I水的9 μ L PCR混合物中。反應(yīng)由如下組成一個(gè)在50°C的2分鐘的起始步驟，隨后在95°C的10分鐘，以及40個(gè)擴(kuò)增循環(huán)，包括在95°C 15秒和在60°C I分鐘。使用ABI 7900HT快速實(shí)時(shí)PCR系統(tǒng)(AppliedBiosystems)可以進(jìn)行反應(yīng)和數(shù)據(jù)采集。通過記錄對數(shù)生長期的擴(kuò)增循環(huán)確定樣本中模板轉(zhuǎn)錄物分子的數(shù)目(循環(huán)閾值或CT)，在此期間可以檢測背景熒光之上的熒光信號。因此，模板轉(zhuǎn)錄物分子的起始數(shù)目與Ct負(fù)相關(guān)。使用“ Λ ACT法”測量基因的表達(dá)水平，簡言之，通過一個(gè)或一組參考/看家基因和/或通過參考樣本比如合并的樣本或市售參考(比如qPCR人類通用參考(qPCR Human Universal Reference) cDNA,隨機(jī)引物；Ozyme ;r6f639654)對基因進(jìn)打標(biāo)準(zhǔn)化。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，通過利用核微陣列確定表達(dá)譜。根據(jù)本發(fā)明“核微陣列”由附著至基底(substrate)上的不同核酸探針組成，其可以是微芯片、玻璃載片或微球尺寸的珠。微芯片可以由聚合物、塑料、樹脂、多糖、二氧化硅或基于二氧化硅的材料、碳、金屬、無機(jī)玻璃或硝酸纖維素構(gòu)成。探針可以是核酸比如cDNAs(“cDNA微陣列”)或寡核苷酸(“寡核苷酸微陣列”)，并且寡核苷酸長度上可以是大約25至大約60個(gè)堿基對或更短。為了確定靶向核樣本的表達(dá)譜，所述樣本經(jīng)標(biāo)記，與微陣列在雜交條件下接觸，導(dǎo)致與附著至微陣列表面的探針序列互補(bǔ)的靶向核酸之間復(fù)合物的形成。然后檢測標(biāo)記的雜交復(fù)合物的存在。微陣列雜交技術(shù)的許多變化對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是可獲得的。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，核微陣列是包括或由特異于如下的寡核苷酸組成的寡核苷酸微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。優(yōu)選，寡核苷酸約50個(gè)堿基長。承認(rèn)的是，本發(fā)明的核酸微陣列或寡核苷酸微陣列包括特異于如上定義的等同表達(dá)譜的微陣列。基于各基因的基因組序列(見表2Genbank登錄號)，使用本領(lǐng)域中已知的任何微陣列寡核苷酸設(shè)計(jì)方法，可以設(shè)計(jì)特異于表2任何基因的合適的微陣列寡核苷酸。尤其是，可以使用針對微陣列寡核苷酸的設(shè)計(jì)而開發(fā)的任何可獲得的軟件，比如，例如OligoArray軟件(可在 http: //berry, engin. umich. edu/oligoarray/ 上獲得)、GoArrays 軟件(可在 http: //www. isima. fr/bioinfo/goarrays/ 上獲得)、陣歹丨J設(shè)計(jì)軟件(可在 http: IIwm.premierbiosoft. com/dnamicroarray/index, html 上獲得)、Primer3 軟件(可在 http: //frodo. wi. mit. edu/primer3/primer3code. html 上獲得)或 Promide 軟件(可在 http: //oligos. mo I gen, mpg. de/ 上獲得)。在另一個(gè)實(shí)施方式中，通過利用蛋白質(zhì)微陣列確定表達(dá)譜。在根據(jù)本發(fā)明的方法的一個(gè)具體的實(shí)施方式中，所述方法可以進(jìn)一步包括確定至少一個(gè)用于診斷的額外參數(shù)。這種“用于診斷的參數(shù)”是不能單獨(dú)用于診斷的參數(shù)，但是已被描述為展示反應(yīng)性受試者和明顯難以治愈的受試者之間顯著差異值的參數(shù)，其還可因此用于細(xì)化(refine)和/或確認(rèn)根據(jù)上述本發(fā)明方法的診斷。它們可顯著包括取決于炎癥疾病的相關(guān)臨床參數(shù)。對于類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)，這種臨床參數(shù)包括受試者疼痛的評價(jià)、晨僵時(shí)間、腫脹關(guān)節(jié)數(shù)、關(guān)節(jié)疼痛數(shù)等。優(yōu)選，有用的參數(shù)或診斷確定自受試者的非侵入性生物樣本。特別是，對于RA，它們可以選自特異于RA的標(biāo)準(zhǔn)生物參數(shù)。根據(jù)本發(fā)明，特異于RA的標(biāo)準(zhǔn)生物參數(shù)是臨床醫(yī)生通常用于監(jiān)測RA治療療效的生物參數(shù)。特異于RA或自身免疫疾病的這些標(biāo)準(zhǔn)生物參數(shù)通常包括本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的特定蛋白質(zhì)的血清或血漿濃度?？梢酝ㄟ^測試確定特異于RA的所述標(biāo)準(zhǔn)生物參數(shù)，測試包括抗核抗體測試(AM測試)、C-反應(yīng)蛋白測試(CRP測試)、紅細(xì)胞沉降率(ESR測試)、環(huán)瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)、和類風(fēng)濕因子測試。這些測試對于本領(lǐng)域技術(shù)人員是眾所周知的，此處不作詳細(xì)介紹。它們可單獨(dú)使用或組合使用。這種額外參數(shù)可用以確認(rèn)使用包括如下或由如下組成的表達(dá)譜所獲得的診斷(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，
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以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。本發(fā)明進(jìn)一步涉及用于CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的體外診斷的試劑盒，包括至少一種用于確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜的試劑(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。通過“用于確定表達(dá)譜的試劑”是指專門允許確定所述表達(dá)譜的試劑，即專門意圖用于特異性確定包括在表達(dá)譜中的基因的表達(dá)水平的試劑。這種定義不包括用于確定任何基因表達(dá)水平的通用試劑，比如Taq聚合酶或擴(kuò)增緩沖液，盡管這種試劑也可以被包括在根據(jù)本發(fā)明的試劑盒中。在根據(jù)本發(fā)明的試劑盒的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方式中，所述試劑盒專用于基于包括如下或由如下組成的表達(dá)譜的CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的體外診斷(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。通過“專用的”是指本發(fā)明試劑盒中用于確定表達(dá)譜的試劑基本上由用于確定上述(i)、(ii)或(iii)表達(dá)譜，任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因的表達(dá)水平的試劑組成，并且因此包括用于確定除了上述(i)、(ii)或(iii)表達(dá)譜和看家基因中提到的那些以外的基因表達(dá)的最少試劑。例如本發(fā)明專用試劑盒優(yōu)選包括不超過50、40、30、25、20種，優(yōu)選不超過15種，優(yōu)選不超過10種，優(yōu)選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I種用于確定不是屬于上述(i )、( i i )或(i i i )表達(dá)譜之一并且不是看家基因的基因的表達(dá)水平的試劑。這種用于CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的體外診斷的試劑盒可進(jìn)一步包括用于確定反應(yīng)性表型存在或不存在的說明書。這種用于反應(yīng)性表型體外診斷的試劑盒可進(jìn)一步包括至少一種用于確定用于診斷的額外參數(shù)(比如標(biāo)準(zhǔn)生物參數(shù))的試劑。尤其是，所述試劑用于進(jìn)行任何如下測試抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應(yīng)蛋白測試(CRP測試)、紅細(xì)胞沉降率(ESR測試)、環(huán)瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)、和類風(fēng)濕因子測試。在用于根據(jù)本發(fā)明的反應(yīng)性表型的體外診斷的任何試劑盒中，用于確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜的試劑⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，優(yōu)選包括用于如下轉(zhuǎn)錄物的特異性定量擴(kuò)增的特異性擴(kuò)增引物和/或探針⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，和/或用于檢測如下的核微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因?？梢虼耸褂枚縋CR和/或核微陣列，優(yōu)選寡核苷酸微陣列和/或蛋白質(zhì)微陣列，進(jìn)行表達(dá)譜的確定。此外，用于確定CyTD (特別是TBA)表型存在或不存在的說明書優(yōu)選包括至少一個(gè)參考表達(dá)譜，或至少一個(gè)用于獲得參考表達(dá)譜的參考樣本。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，至少一個(gè)參考表達(dá)譜是反應(yīng)性表達(dá)譜?；蛘?，至少一個(gè)參考表達(dá)譜可以是無反應(yīng)性表達(dá)譜。更優(yōu)選的是，通過比較如上所述的反應(yīng)和無反應(yīng)表達(dá)譜進(jìn)行反應(yīng)性水平的確定。本發(fā)明還涉及包括或由特異于如下的核酸組成的核酸微陣列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。所述核酸微陣列可以包括特異于額外基因和任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因的額外核酸，但優(yōu)選由最多 500、400、300、200 優(yōu)選 100、90、80、70 更優(yōu)選 60、50、45、40、35、30、
25、20、15、10或甚至更少的(例如9、8、7、6、5、4、3、2或I)不同核酸組成。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，所述核酸微陣列包括不超過50、40、30、25、20，優(yōu)選不超過15，優(yōu)選不超過10，優(yōu)選不超過9、8、7、6、5、4、3、2或I個(gè)特異于不是屬于上述(i)、
(ii)或(iii)表達(dá)譜之一的基因并且不是看家基因的不同核酸。有利的是，所述微陣列由特異于如下的核酸組成(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61個(gè)基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、
16HCKjP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，
以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。
在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，所述核酸微陣列是包括或由特異于如下的寡核苷酸組成的寡核苷酸微陣列
(i)基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或
(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，
以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。
通過描述本發(fā)明，可以通過參考此處提供的某些具體實(shí)施例和附圖獲得對本發(fā)明特征和優(yōu)點(diǎn)的進(jìn)一步理解，實(shí)施例和附圖僅出于說明性目的而非意圖進(jìn)行限制，除非另有指明。


圖I :對于最差異表達(dá)的8個(gè)基因的兩個(gè)最顯著富含GO的術(shù)語是“ Y干擾素生產(chǎn)的正調(diào)節(jié)”(A)和“自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒作用的正調(diào)節(jié)”(B) (P值<5xl0_3)。
圖2 :使用PathGen的MAPK14和S100A9的途徑分析
圖3 :由Ingemiity 系統(tǒng)分析產(chǎn)生的最差異表達(dá)的8個(gè)基因?qū)儆趩蝹€(gè)生物網(wǎng)絡(luò)(細(xì)胞-細(xì)胞信號和相互作用、血液系統(tǒng)發(fā)育和功能、免疫細(xì)胞運(yùn)輸)。
在圖3中，符號代表不同分子類型；
-向上的三角形磷酸酶，
-向下三角形激酶，
-橫向橢圓形轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子，
-垂直橢圓形跨膜受體，
-菱形酶，
-橫向矩形配體依賴的核受體，
-垂直矩形G_蛋白偶聯(lián)受:體，
-單圈其它類型的分子，
-雙圈復(fù)合物群體，
陰影的形狀代表作為61個(gè)所列出部分的分子。
線的類型代表相互作用類型
-簡單箭頭表示第一分子直接作用于第二分子(比如但不限于激活)
-虛線箭頭表示第一分子間接作用于第二分子
-以短的節(jié)段結(jié)束的線表示抑制
-單線代表相互作用(比如但不限于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用)具體實(shí)施方式
實(shí)施例實(shí)施例I :兩個(gè)數(shù)據(jù)集的元分析(Bienkowska等人(9)和Tulia等人(8))材料和方法在這個(gè)實(shí)施例中，描述了隨后實(shí)施例1-3中使用的材料和方法。數(shù)據(jù)鑒定和數(shù)據(jù)提取:在它們已經(jīng)在首次接受生物制劑的RA患者上進(jìn)行過的基礎(chǔ)上選擇研究，所述患者用英夫利昔單抗起始療法，并在第14或22周獲得他們對治療反應(yīng)的測量。需在基線(治療前)獲得大規(guī)模的基因表達(dá)信息。按照Ramasamy等人描述的步驟(10),我們鑒定符合我們研究準(zhǔn)則的四項(xiàng)研究Lequerr6等人(6)、Sekiguchi等人(7)、Bienkowska等人(9)和Julidi等人(8)。表達(dá)數(shù)據(jù)、表型和注釋數(shù)據(jù)都下載自GEO (分別為GSE3592、GSE8350、GSE12051 和 GSE15258)。 所有四項(xiàng)研究鑒定“對抗TNF療法反應(yīng)的基因表達(dá)標(biāo)記”。有趣的是，然而，未有過兩個(gè)出版物使用相同的方法，這可以部分解釋所報(bào)道的標(biāo)記之間缺少重疊。為了使四項(xiàng)研究更具有可比性，我們聯(lián)系了作者以獲得更多的個(gè)體信息，比如基線DAS28和第14周或22周以使用單一的反應(yīng)定義(EULAR準(zhǔn)則一具有“中度(moderate)”和“良好”的反應(yīng)者被視為反應(yīng)者)或治療細(xì)節(jié)以確保只分析用英夫利昔單抗治療的患者。因此，基于第14周和第22周的EULAR定義，我們將患者重新分類為反應(yīng)者，并進(jìn)行良好和中度反應(yīng)者相對于無反應(yīng)者的二進(jìn)制分析。這種二進(jìn)制分組尤其適合無反應(yīng)者的鑒定。最終的數(shù)據(jù)集總結(jié)于表I并且是我們可以得到的最均勻的數(shù)據(jù)。 表I :臨床準(zhǔn)則比對之后的數(shù)據(jù)集總結(jié)

數(shù)據(jù)質(zhì)量和數(shù)據(jù)加工:來自Bienkowska等人的數(shù)據(jù)是唯一的我們下載原始CEL文件并使用我們內(nèi)部規(guī)程進(jìn)行加工的數(shù)據(jù)(在細(xì)化器(refiner)陣列中使用GC-RMA通過GENEDATAExpressionist (Genedata AG, Basel,瑞士)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化)。由于失真(distortion)增加，有質(zhì)量問題(quality issue)的六個(gè)芯片被標(biāo)記(flagged)。然而，由于對于英夫利昔單抗樣本可用的陣列數(shù)目有限，我們將它們包括在我們的分析中。來自Lequerr6等人、Julia等人和Sekiguchi等人的數(shù)據(jù)均作為表達(dá)矩陣下載，其對應(yīng)著標(biāo)準(zhǔn)化之后的表達(dá)值。Lequerr6等人的數(shù)據(jù)包括技術(shù)重復(fù)；我們平均技術(shù)重復(fù)并從分析中排除對照樣本。為了將探針信息翻譯成基因信息，我們使用NCBI的Geneld，正如在GEO上發(fā)現(xiàn)的各自注釋文件中所提供的。當(dāng)多個(gè)探針可獲得時(shí)，我們選擇跨平臺具有相同NCBI GI號的探針。當(dāng)探針在GI方面不同時(shí)，它們被隨機(jī)選擇。因此對于各基因，只有一個(gè)探針在分析中發(fā)揮作用。統(tǒng)計(jì)分析:由于Sekiguchi等人所用的陣列上的探針數(shù)目有限，以及Lequerr6等人研究中樣本來源引入的主要差異(PBMC相對于全血),我們僅在Bienkowska等人和Julia等人的數(shù)據(jù)集上初步進(jìn)行了元分析。我們?nèi)缓蠹尤雭碜許ekiguchi等人的數(shù)據(jù)并且最后來自Lequerr6等人的數(shù)據(jù)進(jìn)行了元分析。因此進(jìn)行三個(gè)元分析(分別，實(shí)施例1、2和3)。使用MetaArray包(D Ghosh和H Choi，2009)在R上進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。這種包執(zhí)行(H Choi, 2005)中所述的潛變量模型以及整合相關(guān)性(integrative correlationX 12)。對于表達(dá)的概率(POE)的估計(jì)，我們使用EM估計(jì)方法。在100%存在上并基于平均相關(guān)>-0. 2過濾探針。采用t檢驗(yàn)，如R中multtest庫中所執(zhí)行的，評價(jià)個(gè)體探針的貢獻(xiàn)?；诜植紙D的目視檢查，我們將閾值設(shè)置為在2. 5的顯著性。然后在個(gè)體數(shù)據(jù)集中進(jìn)一步分析使用這種方法鑒定的探針的列表來評價(jià)它們的預(yù)測性能。這在Genedata Expressionist 中使用Fisher LDA預(yù)測物和留一驗(yàn)證(leave-one-out cross validation)進(jìn)行。 在 Genedata i/.xpi'i-.'ssionisix (GenedataAG, Basel,瑞士)中使用Gene Ontology Fisher (無對應(yīng)譯文)的精確測試功能進(jìn)行生物過程富集的評價(jià)。顯著探針的列表與測試的探針列表進(jìn)行比較(共同探針)。使用PathGen(可在 http: //dna. cs. byu. edu/pathRen 獲得)進(jìn)行途徑分析。結(jié)果在4022個(gè)探針上進(jìn)行兩個(gè)數(shù)據(jù)集的初步元分析(即Bienkowska等人與Julia等人)。兩研究之間的異質(zhì)性可能是由于其余的臨床差異，比如疾病的嚴(yán)重程度、單-相對于雙-療法的使用或由于所用不同平臺造成的探針差異(Affymetrix相對于Illumina微陣列)?；趤碜院喜?shù)據(jù)集的POE的t-檢驗(yàn)，我們基于它們的顯著性對基因進(jìn)行排序。表2提供反應(yīng)者和非反應(yīng)者之間最差異表達(dá)的61個(gè)基因的基因符號和方向。有趣的是，這種基因列表與Julia等人鑒定的基因之間僅被兩個(gè)基因重疊,被Bienkowska等人鑒定的一個(gè)基因重疊。為了評價(jià)基因的組的區(qū)分性能，我們選擇了前8個(gè)基因并將它們應(yīng)用到個(gè)體數(shù)據(jù)集上。性能可以在表3中找到。這8個(gè)基因的集在Julia等人的數(shù)據(jù)集中性能非常好:通過L00，44個(gè)樣本中有7個(gè)被錯(cuò)誤分類，給出84%的整體誤差率，PPV高達(dá)97%。表2 :前61個(gè)差異表達(dá)的探針的排序列表。最靠前的基因是最顯著的。
I! BI符號名稱 陸勺方_IL2MBD細(xì)III介泰2受體，beta000878'2 (SEQ ID NO: I)mmSlOiAfSl(M)鈣結(jié)合蛋白A9NM—002965.3 (SEQ ID NO :2)降低KLRKl名傷細(xì)_集It樣受體#:家族K, 成M INM—007360.2 (SEQ ID NO :3)增加HCK造觀_應(yīng)激_NM—001172129.1 (SEQ ID NO :4)降低GNLY_粒溶翁N(yùn)M—006433.3 (SEQ ID NO :5)增加CTSZHlftliKilj zNM—001336.3 (SEQ ID NO :6)降低ARTSADP-核糖坫化W /· 5NM—001142272.1 (SEQ ID NO : )降低IITPI4CU3小核丨核糖核Uta ι 獅物c021645.5 (SEQ ID NO :8)增_DRAPlDRI-相.XHtiH I (負(fù)_ . 2α)NM—006442.3 (SEQ IDNO :9)降低SHKBPlSH3KBP1 結(jié)合 ΚΠ INM^I 38392.3 (SEQ IDNO ;10)降低IARS3T4'￡^it-tRNA ftl&mNM—W2161.4 (SEQ IDNO :11)增加ATP6V1E1ΛΤΡ ft, H 溶_沐31 0練， Vl EiNM^OO 1039367.1 (SEQ ID NO :12)降低RPP21核糖核酸_ P/MRP 2IkDa #. NMJ)24M9.I (SEQ IDNOrI 3)聯(lián)丨I 3 Λ 抜W-—f. M禽跨鉍酸/楮+ 酸5NM^OOl 039465.1 (SHQIDNO:14)WJilILOC2856365 ' )染色體/]'*敏閱讀IK 51N 175921.4 (SEQ ID NO :15)增如NTNG2_突導(dǎo)向μ丨子(netrin) G2NMJJ32536.2 (SEQ IDNO :16)降低ASFIAASFl抗沉默功能I M源物ANM—014034.2 (SEQ ID NO :17)JffJiIIDYSFdysferlin ( Jc 對應(yīng)譯文)NM—001130455.1 (SEQ ID NO :18)降低EIF4HA核翻譯起始W /· 4HNM—031992.i (SEQ ID NO :19)增加
20
權(quán)利要求
1.一種用于細(xì)胞因子靶向藥物(CyTD)反應(yīng)或無反應(yīng)表型的體外診斷或預(yù)后的方法，包括(b)根據(jù)患有炎癥疾病的受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜， 以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(c)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，以及Cd)根據(jù)所述比較確定反應(yīng)或無反應(yīng)表型。
2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的方法，其中在步驟(b)中將獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考反應(yīng)和/或無反應(yīng)表達(dá)譜進(jìn)行比較。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中將獲得的表達(dá)譜在步驟(b)中與至少一個(gè)參考反應(yīng)表達(dá)譜和至少一個(gè)參考無反應(yīng)表達(dá)譜進(jìn)行比較。
4.根據(jù)權(quán)利要求I至3任一項(xiàng)所述的方法，其中通過測量所述基因核酸轉(zhuǎn)錄物的量確定表達(dá)譜。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中使用定量PCR或寡核苷酸微陣列確定表達(dá)譜。
6.根據(jù)權(quán)利要求I至3任一項(xiàng)所述的方法，其中使用基因組微陣列或蛋白質(zhì)微陣列確定表達(dá)譜。
7.根據(jù)權(quán)利要求I至6任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液樣本。
8.根據(jù)權(quán)利要求I至7任一項(xiàng)所述的方法，其中所述CyTD是TNFa阻斷劑(TBA)。
9.根據(jù)權(quán)利要求I至8任一項(xiàng)所述的方法，其中所述炎癥疾病選自類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)、克羅恩氏病、強(qiáng)直性脊柱炎、銀屑病關(guān)節(jié)炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結(jié)腸炎、血管炎；韋格納肉芽腫；結(jié)節(jié)?。怀扇税l(fā)病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述炎癥疾病是類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，還包括確定至少一個(gè)額外參數(shù)，通過選自如下的測試確定所述額外參數(shù)抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應(yīng)蛋白測試(CRP測試)、環(huán)瓜氨酸肽抗體檢測(CCP測試)和類風(fēng)濕因子測試。
12.—種用于體外診斷CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)表型的試劑盒,包括至少一種用于確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜的試劑(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的試劑盒，還包括用于確定至少一個(gè)額外參數(shù)的至少一種試劑，所述試劑選自抗核抗體測試(ANA測試)、C-反應(yīng)蛋白測試(CRP測試)、環(huán)瓜氨酸肽抗體CN 102918165 A書求要利權(quán)2/3頁檢測(CCP測試)和類風(fēng)濕因子測試。
14.一種包括特異于如下核酸的核酸微陣列(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因。
15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的核酸微陣列，其是寡核苷酸微陣列。
16.一種用于為患有炎癥疾病的患者設(shè)計(jì)CyTD治療的方法，所述方法包括Ca)根據(jù)所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，(c)根據(jù)所述比較確定所述受試者的反應(yīng)或無反應(yīng)表型，以及Cd)根據(jù)所述鑒定的反應(yīng)或無反應(yīng)表型設(shè)計(jì)CyTD治療的劑量。
17.一種用于調(diào)整患有炎癥疾病的患者的CyTD治療的方法，所述方法包括Ca)根據(jù)所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，(c)根據(jù)所述比較確定所述受試者的反應(yīng)或無反應(yīng)表型，以及(d)調(diào)整CyTD治療。
18.—種治療患RA的受試者的方法,包括步驟Ca)向所述患RA的受試者施用治療劑量的疾病修飾抗風(fēng)濕藥(DMARD),(b)根據(jù)所述患RA的受試者生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，3以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(c)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，Cd)根據(jù)所述比較確定所述患有RA的受試者的反應(yīng)或無反應(yīng)表型，(e)確定CyTD的劑量，以及(f)施用所述CyTD劑量。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中DMARD是氨甲喋呤。
20.一種治療患有炎癥疾病的受試者的方法，包括步驟Ca)根據(jù)所述受試者的生物樣本確定包括如下或由如下組成的表達(dá)譜(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61個(gè)基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，(c)根據(jù)所述比較確定所述受試者的反應(yīng)或無反應(yīng)表型，(d)確定CyTD的劑量，以及(e)施用所述劑量的CyTD。
21.根據(jù)權(quán)利要求16至20任一項(xiàng)所述的方法，其中在CyTD治療開始后第14周或22周確定步驟(a)的表達(dá)譜。
22.根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達(dá)譜由基因IL2RB、S100A9和CASP5，或其等同表達(dá)譜組成。
23.根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達(dá)譜由基因MAPK14和S100A9，或其等同表達(dá)譜組成。
24.根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達(dá)譜由基因S100A9，或其等同表達(dá)譜組成。
25.根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中步驟(a)的表達(dá)譜由基因MAPK14和GNLY，或其等同表達(dá)譜組成。
26.根據(jù)權(quán)利要求16至25任一項(xiàng)所述的方法，其中所述炎癥疾病選自類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)、克羅恩氏病、強(qiáng)直性脊柱炎、銀屑病關(guān)節(jié)炎、斑塊狀銀屑病、潰瘍性結(jié)腸炎、血管炎；韋格納肉芽腫；結(jié)節(jié)?。怀扇税l(fā)病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)。
27.根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中所述炎癥疾病是類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎。
28.根據(jù)權(quán)利要求16至24任一項(xiàng)所述的方法，其中所述CyTD治療是TBA治療。
全文摘要
本發(fā)明涉及人類醫(yī)藥的領(lǐng)域，并且尤其涉及患有炎癥疾病的受試者對細(xì)胞因子靶向藥物(CyTD)治療的反應(yīng)性的診斷/預(yù)后的領(lǐng)域。更準(zhǔn)確地說，本發(fā)明關(guān)注用于CyTD反應(yīng)或無反應(yīng)的表型的體外診斷/預(yù)后的方法，包括(a)根據(jù)受試者生物樣本確定包括基因MAPK14；或基因MAPK14和S100A9；或基因MAPK14和GNLY；或表2的6個(gè)基因；或基因S100A9；或基因S100A9、IL2RB和CASP5；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK和GNLY；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C的表達(dá)譜，或者(i)和(ii)表達(dá)譜中任意一個(gè)的等同表達(dá)譜，以及任選地一個(gè)或更多個(gè)看家基因，(b)獲得的表達(dá)譜與至少一個(gè)參考表達(dá)譜進(jìn)行比較，以及(c)根據(jù)所述比較確定反應(yīng)或無反應(yīng)的表型。本發(fā)明還涉及用于進(jìn)行所述方法的試劑盒和核酸微陣列。本發(fā)明還涉及治療患有炎癥疾病的患者的方法。
文檔編號C12Q1/68GK102918165SQ201180015117
公開日2013年2月6日 申請日期2011年3月24日 優(yōu)先權(quán)日2010年3月24日
發(fā)明者A·賽維諾, O·R·波帕-尼察, C·布勞德 申請人:Tc園表達(dá)公司