專(zhuān)利名稱：：檢測(cè)微生物和抗生素抗性標(biāo)記物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸的制作方法檢測(cè)微生物和抗生素抗性標(biāo)記物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸自從發(fā)現(xiàn)核酸(NA)以來(lái)，有關(guān)檢測(cè)樣品中是否存在特定DNA或RNA序列或其量的技術(shù)在學(xué)術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界均引起了極大的興趣。擴(kuò)增技術(shù)方面的發(fā)明，特別是聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)和雜交，對(duì)所有類(lèi)型的檢測(cè)是否存在核酸序列或其量的測(cè)定法的開(kāi)發(fā)均作出了巨大貢獻(xiàn)。目前可以自生物體收集含有核酸的樣品并確定其中是否存在某些特定核酸序列(靶序列)及其量。己經(jīng)存在對(duì)多種耙序列同時(shí)進(jìn)行此類(lèi)分析的技術(shù)，即所謂的靶序列的多重檢測(cè)，以便由此提高通量并提高診斷價(jià)值。目前，基于核酸序列的檢測(cè)還沒(méi)有象例如糖尿病的血糖濃度測(cè)定那樣成為一種常規(guī)基本檢査。通常，為了得到可靠的結(jié)果，必需有精良的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備和受過(guò)良好培訓(xùn)的人員，且必需采用仔細(xì)的方案。此外，當(dāng)前的分析方法既耗費(fèi)人力，也耗費(fèi)時(shí)間。典型地，當(dāng)前的DNA或RNA分析過(guò)程需要數(shù)天，這是因?yàn)樾枰鞣N不同的系統(tǒng)來(lái)采集樣品、培養(yǎng)樣品、自樣品分離DNA或RNA、用于分析樣品中是否存在耙序列或其量的后續(xù)測(cè)定法、處理所獲得的任何結(jié)果以及相應(yīng)的結(jié)果展示。對(duì)整個(gè)或部分靶序列使用高度特異性的雜交和擴(kuò)增方法使得能夠確定是否存在某些特定核酸序列或其量，這可使得上述耗時(shí)的分析得到極大的改進(jìn)?？梢允褂酶叨让舾行院吞禺愋缘腜CR和/或雜交，后者則需要針對(duì)某些特定核酸靶序列的高度特異性引物。一些細(xì)菌菌株的核酸序列是已知的，例如金黃色葡萄球菌(5^;/^/ococcz^m^ezw)核酸序列公開(kāi)于JClinMicrobiol.(2000)，38(2)，781-8，JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403-411,JClinMicrobiol.(2004),42(3)，1048-57,US5,582,975,WO90/14444，WO03/095677，和US5,958,679;表皮葡萄球菌(Stop/^/ococcwse//cfe/"w/tfo)核酸序歹!j公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403—411和WO03/095677;銅綠假單胞菌(尸5e"(io,wasaera—cwa)核酸序歹!j公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403—411，JClinMicrobiol.(2004),42(3)，1048-57，和WO03/095677;肺炎克雷伯菌(A7efozW/a戶ewmom'ae)核酸序列公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403—41和WO03/095677;糞腸球菌(五"^rococa^/aeca/z'"核酸序列公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403—411;屎腸球菌(五"feracoccwy^ec/wm)核酸序歹lj公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004),58,403—411禾BWO03/095677;大腸桿菌(^c/zm'c/7faco")核酸序列公開(kāi)于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403-411,JClinMicrobiol.(2004)，42(3),1048-57和WO03/095677;陰溝腸桿菌C&7fera^"erc/oac^)核酸序列公開(kāi)于US5,958,679。某些抗生素抗性基因的核酸序列是已知的，例如，P-內(nèi)酰胺酶SHV核酸公開(kāi)于J.ClinMicrobiol(2001)39，3193-3196，J.ClinMicrobiol(1998)36,3105-3110,J.ClinMicrobiol(1999)37，4020-4027,US2004/0002080,和US6,242,223;(3-內(nèi)酰胺酶GES誦2核酸公開(kāi)于InternationalJournalofAntimicrobialAgents(2004)24，35—38和J.AntimicrobialChemotherapy(2002)49，561-565;甲氧西林抗性MecA核酸公開(kāi)于JClinMicrobiol.(2002)，40(5)，1821-3,JClinMicrobiol.(1995),33(11)，2864-7，JClinMicrobiol.2000Jun—38(6)—2429-33,WO02082086A2和US5，437，978;spA核酸公開(kāi)于J.ClinMicrobiol(2003)41,5442—5448和US5,702,895;vanA核酸公開(kāi)于J.Clin.Microbiol.(1997),703—707和J，Clin.Microbiol.(2000)3092—3095;vanB核酸公開(kāi)于J.Clin.Microbiol.(1997),703-707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092—3095;vanC核酸公開(kāi)于J.Clin.Microbiol.(1997)，703—707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092-3095;(3-內(nèi)酰胺酶抗性TEM-1H核酸公開(kāi)于AntimicrobialAgentsAndChemotherapy(2001)，2407-2413,US2004/0002080和US6,242,223。不過(guò)，核酸檢測(cè)領(lǐng)域的問(wèn)題在于提供可靠的引物或探針。特別是在進(jìn)行多重檢測(cè)時(shí)，交叉反應(yīng)和假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果是一個(gè)問(wèn)題。本發(fā)明的目的在于通過(guò)提供適合用于具有特異性和可靠性的單一模式和多重核酸檢測(cè)的方法、序列和弓I物來(lái)克服現(xiàn)有技術(shù)的這些問(wèn)題。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式涉及檢測(cè)樣品中的一或多種微生物和/或一或多種抗生素抗性標(biāo)記物的方法，包括鑒定是否存在特征性核酸區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中微生物的所述特征性核酸區(qū)域是23SRNA基因。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中采用核酸擴(kuò)增來(lái)鑒定所述特征性核酸區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中采用多重PCR來(lái)檢測(cè)兩種或多種特征性核酸區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中采用雜交來(lái)鑒定所述特征性核酸區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是陰溝腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:3和4或SEQIDNO:5和6所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是陰溝腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:3至6中任一所表示的序列的雜交探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:1或2，而微生物是陰溝腸桿菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是糞腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、或SEQIDNO:15和11所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是糞腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:9至15中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:7或8，而微生物是糞腸球菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:19和20、或SEQIDNO:20和21所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:19至21所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:16或17，而微生物是屎腸球菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:24至29中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:22或23，而微生物是大腸桿菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36或SEQIDNO:37和33所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:32至37中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是銅綠假單胞菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是銅綠假單胞菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:40至42中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:38或39所表示的序列，而微生物是銅綠假單胞菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黃色葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黃色葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:45至51中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:43或44所表示的序列，而微生物是金黃色葡萄球菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:54至63中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Caw^aa版cfl""，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:66至71中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是blages.2，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:74和75或SEQIDNO:76和77所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是blages.2，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:74至77中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:72或73所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是blages—2。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是blashv，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:80和81或SEQIDNO:82和83所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是blashv，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:80至83中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:78或79所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是blashv。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是mecA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:86和87或SEQIDNO:88和89所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是mecA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:86或89所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:84或85所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是mecA。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是spA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:92和93或SEQIDNO:94和95所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是spA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:92至95中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:90或91所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是Spa。記物是VanA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:98和99或SEQIDNO:100和101所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是VanA，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:98至101所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:96或97所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是VanA。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是VanB，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:104和105或SEQIDNO:106和107所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是VanB，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:104至107中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:102或103所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是VanB。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是VanC，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO.'110和111或SEQIDNO:112和113所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是VanC，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:IIO至113中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:108或109所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是VanC。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是MDR-1，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:116禾Q117或SEQIDNO:118和119所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是MDR-1，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:116至119中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:114或115，而抗生素抗性標(biāo)記物是MDR-1。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是CDR-1，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:122和123或SEQIDNO:124和125所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是CDR-1，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:122至125中任一所表示的序列的探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:120或121所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是CDR-1。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及預(yù)先裝有一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物的容器，所述一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20禾卩19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35禾口36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、2SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO-58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及預(yù)先裝有一或多種探針的容器，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物的試劑盒，所述一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:IOO和IOI、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:110和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含一或多種探針的試劑盒，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含一或多個(gè)如上所述的容器的試劑本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物的裝置，所述一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO-82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、SEQIDNO:124和125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含一或多種探針的裝置，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的容器、試劑盒或裝置用于檢測(cè)樣品中的一或多種微生物和成一或多種抗生素抗性標(biāo)記物的用途。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含探針的組合物，所述探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含兩種或多種探針的組合物，所述兩種或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:IIO至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含擴(kuò)增弓I物對(duì)的組合物，所述擴(kuò)增引物對(duì)選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及包含兩對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物的組合物，所述兩對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及23SRNA基因的序列，其選自SEQIDNO:131至157所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其選自SEQIDNO:158至261所表示的序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的容器、試劑盒、裝置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的容器、試劑盒、裝置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的組合物，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的組合物，其中由SEQIDNO所表示的序列是所述SEQIDNO的同源序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及如上所述的抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。圖l:微生物的23SRNA序列的序列和比對(duì)。圖2:抗生素抗性基因的序列和比對(duì)。本發(fā)明涉及微生物的23SRNA基因序列，并涉及抗生素抗性基因及其作為模板用于雜交和/或核酸擴(kuò)增反應(yīng)、和/或檢測(cè)樣品中是否存在一或多種微生物和/或抗生素抗性基因的其他鑒定方法中的用途。本發(fā)明還涉及適合用于對(duì)所述序列進(jìn)行擴(kuò)增和雜交的核酸擴(kuò)增引物和雜交探針。所述樣品可以是任何感興趣的樣品，其可以來(lái)自動(dòng)物(如人、農(nóng)業(yè)動(dòng)物、家畜、科研用動(dòng)物、動(dòng)物園動(dòng)物)或非動(dòng)物(如固體狀和液體狀耗材、水系統(tǒng)、污水系統(tǒng)、土壤、制曖/制冷系統(tǒng))。如果是人的樣品，其可以是例如血液、唾液、尿液、糞便以及任何體液或組織。樣品是任何有理由進(jìn)行研究并能夠提供模板核酸的樣品。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，可用于本發(fā)明的微生物物種選自以下一或多種金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、陰溝腸桿菌、大腸桿菌、糞腸球菌、銅綠假單胞菌、屎腸球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，可用于本發(fā)明的抗生素抗性標(biāo)記物選自以下一或多種mecA(甲氧西林抗性基因，賦予對(duì)(3-內(nèi)酰胺的抗性)、vanA(萬(wàn)古霉素抗性基因A)、vanB(萬(wàn)古霉素抗性基因B)、vanC(萬(wàn)古霉素抗性基因C)、blashv(P-內(nèi)酰胺抗性基因)、blages-2(P-內(nèi)酰胺抗性基因)、spA(金黃色葡萄球菌蛋白A)、MDR-1(真菌的多重耐藥基因-1)、和CDR-1(真菌的多重耐藥基因-2)。根據(jù)本發(fā)明，23SRNA或抗生素抗性標(biāo)記物的核酸序列用作序列特異性核酸檢測(cè)方法的模板。檢測(cè)方法涉及檢測(cè)是否存在一或多個(gè)特征性區(qū)域，即23SRNA基因的區(qū)域(包括23SRNA本身)或抗生素標(biāo)記物的區(qū)域，所述區(qū)域具有足夠的特征性，使得能夠通過(guò)檢測(cè)所述區(qū)域的存在而對(duì)物種或抗生素抗性標(biāo)記物加以鑒定?？梢酝ㄟ^(guò)擴(kuò)增所述特征性區(qū)域的至少一部分而進(jìn)行檢測(cè)?；蛘?，或額外地，可以通過(guò)采用抗核酸抗體或測(cè)序而進(jìn)行檢測(cè)?；蛘?，或額外地，可通過(guò)使用探針的雜交而進(jìn)行檢測(cè)。檢測(cè)可以在樣品中存在來(lái)自其他物種或分類(lèi)學(xué)上的其他型的總核酸的情況下進(jìn)行。所述特征性區(qū)域可以，例如-包含物種之間非保守的序列部分，-包含抗生素抗性標(biāo)記物之間非保守的序列部分，-包含保守序列部分之間非保守?cái)?shù)量的殘基，其使得能夠基于擴(kuò)增反應(yīng)的產(chǎn)物長(zhǎng)度進(jìn)行鑒定，-包含特定的折疊物理特性或者物種特有的相關(guān)蛋白質(zhì)，其允許引物或探針在特定條件下發(fā)生結(jié)合。特征性區(qū)域包括其中一或多個(gè)已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源性序列。同源性序列中允許存在的取代、缺失和/或插入的數(shù)量可以少于或等于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000個(gè)殘基?；蛘?，所述數(shù)量少于殘基數(shù)目的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、90/0、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、290/o、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。同源性序列仍允許基于一些或者全部未改變的殘基對(duì)特征性區(qū)域進(jìn)行鑒定。特征性區(qū)域還包括所述特征性區(qū)域的互補(bǔ)序列。擴(kuò)增如果使用核酸擴(kuò)增(如PCR)，則引物對(duì)的序列和長(zhǎng)度要使得僅當(dāng)存在所述物種或抗性基因的一或多個(gè)特征性區(qū)域時(shí)才產(chǎn)生擴(kuò)增產(chǎn)物(擴(kuò)增子)?；蛘撸锟蔀楦信d趣的物種提供特定長(zhǎng)度或模式的產(chǎn)物，可與因其他序列的擴(kuò)增而產(chǎn)生的擴(kuò)增產(chǎn)物區(qū)別開(kāi)?；蛘?，或額外地，擴(kuò)增引物可提供相對(duì)定量的產(chǎn)物，使得能夠?qū)ξ锓N進(jìn)行鑒定(如電泳凝膠上的一或多條強(qiáng)條帶)。用于將擴(kuò)增結(jié)果與存在感興趣的核酸相匹配的任何方法均屬于本發(fā)明的范疇。盡管核酸擴(kuò)增方法如PCR法是本領(lǐng)域所熟知的(見(jiàn)美國(guó)專(zhuān)利4,683,195和4,683,202，通過(guò)引用將它們并入本申請(qǐng))，且盡管大量廠家如Roche、Invitrogen、Qiagen、Promega等均銷(xiāo)售PCR試劑并發(fā)表PCR方案，當(dāng)為清楚起見(jiàn)，下文仍提供了一些通用的PCR信息。PCR方法的開(kāi)始需要將樣品中的靶核酸變性(假定樣品核酸是雙鏈的)。通常將樣品加熱到大約95。C而實(shí)現(xiàn)變性。一旦鏈分離，PCR的下一步涉及通過(guò)將樣品的溫度降低到解鏈溫度TM而使得分離的鏈與所述靶區(qū)域或者亞序列兩側(cè)翼的引物雜交。然后通過(guò)將樣品的溫度升高至最佳延伸溫度(如70至75。C)而使得引物延長(zhǎng)，以形成所述靶鏈的互補(bǔ)拷貝，根據(jù)需要將變性、雜交和延伸的循環(huán)重復(fù)多次，以獲得所需量的擴(kuò)增核酸。在PCR中，引物的模板依賴性延伸是在存在足量的4種脫氧核糖核苷三磷酸(deoxyribonucleotidetriphosphate)(dATP、dGTP、dCTP、和dTTP)的反應(yīng)介質(zhì)中由聚合劑催化發(fā)生的，所述反應(yīng)介質(zhì)由合適的鹽、金屬陽(yáng)離子和pH緩沖系統(tǒng)組成的。合適的聚合劑是己知能夠催化模板依賴性DNA合成的酶。例如，如果模板是RNA，那么將RNA轉(zhuǎn)化為互補(bǔ)DNA(cDNA)序列的合適的聚合劑是逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)，如禽類(lèi)髓母細(xì)胞白血病病毒(arianmyeloblastosisvirus)的RT。如果擴(kuò)增的靶是DNA，則合適的聚合酶包括，例如，大腸桿菌DNA聚合酶I或其Klenow片段、T4DNA聚合酶、和Taq聚合酶，后者是分離自棲熱水生菌(r/zerwwj"w加'cw力的熱穩(wěn)定性DNA聚合酶。TaqDNA聚合酶被廣泛用于核酸的擴(kuò)增和測(cè)序。使用DNA聚合酶的反應(yīng)條件是現(xiàn)有技術(shù)中已知的，且可參見(jiàn)例如，文集MethodsinEnzymology，以及Maniatis等的MolecularCloning:ALaboratoryManual。在PCR方法中要仔細(xì)控制溫度以達(dá)到解鏈以及引物退火和延伸的平衡。通常使用熱循環(huán)儀產(chǎn)生的干熱來(lái)實(shí)現(xiàn)溫度調(diào)控。在PCR方法的一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方式中，反應(yīng)由熱穩(wěn)定性DNA聚合酶如TaqDNA聚合酶催化，并在溫度升高的條件下進(jìn)行。優(yōu)選的溫度是酶具有熱穩(wěn)定性且核酸處于單鏈和雙鏈的平衡狀態(tài)的溫度，由此足量的引物可與模板鏈退火，以達(dá)到合理的聚合速度。實(shí)現(xiàn)解鏈需要通過(guò)加熱使反應(yīng)達(dá)到足夠高的溫度并持續(xù)足夠的時(shí)間，以便引起雙鏈變性，但不要導(dǎo)致聚合酶不可逆的變性。PCR方法可以一步步的方式進(jìn)行，其中每一步之后添加新的試劑，或者可以在若干數(shù)量的步驟之后加入全部試劑的方式進(jìn)行。例如，如果通過(guò)加熱誘導(dǎo)解鏈，而聚合酶是熱敏感的，則需要在每一輪解鏈之后添加聚合酶。而如果例如變性所使用的是解旋酶或者延伸所使用的是熱穩(wěn)定性聚合酶，則所有試劑均可在最初時(shí)添加，或者，如果試劑的摩爾比對(duì)于反應(yīng)十分重要，則由于試劑在合成反應(yīng)中被消耗，因此可以定期補(bǔ)充試劑。檢測(cè)PCR產(chǎn)物的存在、大小和/或質(zhì)量的方法是本領(lǐng)域已知的，所述方法包括使用電泳、色譜法、毛細(xì)管區(qū)帶電泳、分析離心等等。這些方法可與標(biāo)記物(如熒光、化學(xué)發(fā)光、放射性同位素、酶標(biāo)記物(如辣根過(guò)氧化物酶或堿性磷酸酶)、染料、抗體等等)組合使用。檢測(cè)還可使用溶液中的或固定化于固相支持物的、針對(duì)待檢測(cè)DNA的雜交探針(見(jiàn)下文)或抗體。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增在容器上或者容器內(nèi)進(jìn)行。容器可以是單樣品型或多樣品型的。單樣品容器包括本領(lǐng)域人員所知的試管、離心管、Eppendorf管等等。多樣品容器包括但不限于多孔板、固相載片、固相膜(如尼龍或硝酸纖維素)、微球、玻璃載片、微陣列、芯片等等。單樣品容器可以使用單一樣品模式的上述基材。多樣品容器允許例如使用單一熱循環(huán)儀同時(shí)進(jìn)行多個(gè)或者大量PCR。容器可適合于高通量篩選或微陣列裝置?？蓪⒁换蚨鄬?duì)引物或者樣品固定化于固相上。所提供的容器可以是已經(jīng)含有了一或多對(duì)引物。此類(lèi)預(yù)先裝載的容器可含有用于檢測(cè)具體指出的微生物和/或抗性基因的引物組合。預(yù)先裝載的容器可含有適合用于檢測(cè)操作者感興趣的有限的特征性區(qū)域組合的引物組合(如僅用于檢測(cè)大腸桿菌和vanA或vanB或vanC)。也可以獲得用于檢測(cè)特定組合的若干變化形式。此類(lèi)預(yù)先裝載的容器可以成為試劑盒的一部分，也可以是單獨(dú)的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，可使用兩對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物來(lái)同時(shí)檢測(cè)兩或多種物種或兩或多種不同抗生素抗性標(biāo)記的存在，或者至少一種物種或至少一種抗生素抗性標(biāo)記物的存在。由此獲得的擴(kuò)增產(chǎn)物在性質(zhì)上具有足夠的差異，使得能夠鑒定所述物種和/或抗生素抗性標(biāo)記物的存在。所述同時(shí)擴(kuò)增可以在相同的溫度循環(huán)條件下、但在不同的孔或者空間(如在對(duì)不同的引物對(duì)具有不同的孔的微陣列上)進(jìn)行。任選地，不同對(duì)擴(kuò)增引物的緩沖液可以是相同的。不同引物對(duì)被設(shè)計(jì)成特定的序列和長(zhǎng)度，以便在相同的溫度以及任選地相同的緩沖液中發(fā)揮作用。在本發(fā)明的另一方面，擴(kuò)增引物占據(jù)相同的孔或空間，即所有引物出現(xiàn)于同一個(gè)反應(yīng)中(多重的)。多重模式涉及使用多于一組的擴(kuò)增引物對(duì)同時(shí)擴(kuò)增不同的耙區(qū)域。因此，例如溫度以及任選地緩沖液等條件對(duì)于多對(duì)多重PCR引物而言是相同的。因此，引物被進(jìn)一步設(shè)計(jì)為在引物對(duì)之間不發(fā)生交叉反應(yīng)，具有相似的熱解鏈溫度，且在相同的緩沖條件下操作。優(yōu)選地，用于多重PCR的引物彼此的Tm(雜交解鏈溫度)相差在8°C以內(nèi)，且平均Tm在45°C和大約70°C之間，平均Tm優(yōu)選地在60。C和66。C之間。同時(shí)擴(kuò)增使得能夠?qū)⒍喾N待檢測(cè)的菌種和/或抗生素抗性標(biāo)記物置于單獨(dú)一個(gè)微陣列上或者是單獨(dú)一個(gè)反應(yīng)容器中，因此可進(jìn)行快速、經(jīng)濟(jì)和準(zhǔn)確的篩選。擴(kuò)增引物與靶可以是完全互補(bǔ)的，即沒(méi)有錯(cuò)配。而那些與靶不完全互補(bǔ)但仍然允許對(duì)其擴(kuò)增的引物也屬于本發(fā)明的范圍。在靶模板上存在一或多個(gè)錯(cuò)配、缺失和/或插入的情況下引物仍能結(jié)合。靶模板中允許出現(xiàn)的錯(cuò)配、缺失和/或插入的數(shù)量可以是天然互補(bǔ)區(qū)內(nèi)的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10個(gè)殘基，但這仍允許對(duì)靶區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增?；蛘撸摂?shù)量可低于天然互補(bǔ)區(qū)內(nèi)模板殘基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本領(lǐng)域人員已知這些數(shù)值取決于引物的長(zhǎng)度和組成。優(yōu)選地，所述錯(cuò)配、缺失和/或插入限于從互補(bǔ)區(qū)的中部到模板的3'末端的序列。引物包括同源序列，其中已經(jīng)缺失、取代和/或插入了一或多個(gè)堿基。引物中允許出現(xiàn)的取代、缺失和/或插入的數(shù)量可以是天然互補(bǔ)區(qū)末端之間的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO個(gè)殘基。或者，該數(shù)量低于天然互補(bǔ)區(qū)末端之間的引物殘基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、180/0、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、2線、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、390/0、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本領(lǐng)域人員已知這些數(shù)值取決于探針的長(zhǎng)度和組成。優(yōu)選地，所述錯(cuò)配、缺失和域插入限于從互補(bǔ)區(qū)的中部到引物的5，末端的序列。此外，擴(kuò)增引物可以是化學(xué)修飾的，例如，具有修飾的堿基或主鏈(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合劑)。引入變化或修飾可能造成有必要對(duì)使用寡核苷酸以獲得所需的特異性和敏感性的條件進(jìn)行適應(yīng)性修改。不過(guò)，擴(kuò)增反應(yīng)的最終結(jié)果將基本上相同。為了積極影響例如退火動(dòng)力學(xué)、退火的可逆性、寡核苷酸分子的生物學(xué)穩(wěn)定性等特征，引入缺失、取代、插入或修飾是有利的。此外，擴(kuò)增引物可在5'方向延長(zhǎng)一或多個(gè)額外的堿基、修飾的堿基、或化學(xué)基團(tuán)(如標(biāo)簽)。此類(lèi)修飾是本領(lǐng)域人員熟知的，且一般不會(huì)影響擴(kuò)增。在一個(gè)方面，鑒定包括雙擴(kuò)增，即例如通過(guò)巢式PCR擴(kuò)增包圍所述特征性區(qū)域的區(qū)域，隨后擴(kuò)增所述特征性區(qū)域。第一反應(yīng)的產(chǎn)物(任選地是純化的)可以作為模板用于第二反應(yīng)中?；蛘撸稍试S第一反應(yīng)進(jìn)行有限數(shù)量的循環(huán)，然后在同一反應(yīng)容器中加入與第二反應(yīng)有關(guān)的引物。此類(lèi)變化是本領(lǐng)域人員已知的。雜交如果使用雜交探針，探針的序列和長(zhǎng)度可使得僅當(dāng)反應(yīng)中存在特征性區(qū)域的核酸時(shí)才發(fā)生雜交。實(shí)現(xiàn)雜交探針的選擇性結(jié)合的方法和方案是本領(lǐng)域人員熟知的。或者，或額外地，探針可提供特定的信號(hào)相對(duì)強(qiáng)度，以便能夠從背景或其他雜交中鑒定所述物種。用于將雜交反應(yīng)的結(jié)果與存在感興趣的核酸相匹配的任何方法均屬于本發(fā)明的范圍。進(jìn)行雜交反應(yīng)的方法和條件是本領(lǐng)域已知的，且可參見(jiàn)，例如，MolecularCloning:ALaboratoryManual(ThirdEdition)(JosephSambrook，PeterMacCallum，DavidRussell,ColdSpringHaborLaboratoryPress)。為了設(shè)計(jì)具有所需特性的探針，可采用以下本領(lǐng)域已知的原則。由于諸如在此所述的雜交反應(yīng)的程度和特異性受到多種因素的影響，因此操控這些因素中的一或多個(gè)可決定特定探針的確切的敏感性和特異性，即其是否與其靶序列精確互補(bǔ)。在此進(jìn)一步解釋各種測(cè)定條件的重要性和影響。[探針:靶]核酸雜交體的穩(wěn)定性應(yīng)該被選擇為適合于測(cè)定條件。這是可以實(shí)現(xiàn)的，例如，可通過(guò)避免長(zhǎng)的富含AT的序列，通過(guò)以G:C堿基對(duì)終止雜交體，以及通過(guò)設(shè)計(jì)出具有合適Tm的探針。探針的起點(diǎn)和終點(diǎn)應(yīng)該被選擇為使得其長(zhǎng)度和。/。GC導(dǎo)致其比進(jìn)行最后測(cè)定時(shí)的溫度高大約2至10°C。探針的堿基組成很重要，原因在于由于G-C堿基對(duì)具有額外的氫鍵而相對(duì)于A-T堿基對(duì)顯示出更高的熱穩(wěn)定性。因此，如果互補(bǔ)的核酸具有較高的C-C含量，則在更高溫度時(shí)，雜交會(huì)更加穩(wěn)定。在設(shè)計(jì)探針時(shí)還要考慮到探針?biāo)褂玫臈l件，諸如離子強(qiáng)度和溫育溫度。己知雜交的程度會(huì)隨著反應(yīng)混合物中離子強(qiáng)度的增加而增加，而雜交體的熱穩(wěn)定性會(huì)隨著離子強(qiáng)度的增加而增加。另一方面，破壞氫鍵的化學(xué)試劑如甲酰胺、尿素、DMSO以及醇則會(huì)提高增加的嚴(yán)格性。這些試劑對(duì)氫鍵的去穩(wěn)定化作用可顯著降低Tm?？傊?，長(zhǎng)度為大約10至50個(gè)堿基的探針的最佳雜交在低于給定雙鏈體的解鏈溫度大約5°C時(shí)出現(xiàn)。在低于最佳溫度的溫度溫育可允許不匹配的堿基序列發(fā)生雜交，且因此可導(dǎo)致特異性降低。合意的探針是那些僅在高嚴(yán)格性條件下雜交的探針。在高嚴(yán)格性條件下將僅形成高度互補(bǔ)性核酸雜交體；不具備足夠程度的互補(bǔ)性的雜交體將不會(huì)形成或者是顯示較弱的信號(hào)。因此，所述測(cè)定條件的嚴(yán)格性決定了兩個(gè)核酸鏈之間形成雜交體所需的總體互補(bǔ)性。要選擇嚴(yán)格性程度以使得靶核酸所形成的雜交體與非靶核酸所形成的雜交體之間的穩(wěn)定性的差異最大化。靶DNA或RNA內(nèi)的已知形成抑制雜交的穩(wěn)定內(nèi)部結(jié)構(gòu)的區(qū)域是不佳的。類(lèi)似地，英國(guó)避免使用具有強(qiáng)烈自身互補(bǔ)性的探針。雜交是兩條互補(bǔ)核酸單鏈相結(jié)合形成以氫鍵連接的雙鏈。這意味著如果兩條鏈之一整個(gè)或部分地形成雜交體將使其難以參與形成新的雜交體。如果一類(lèi)探針的分子具有足夠的自身互補(bǔ)性，則所述分子可以形成分子內(nèi)或者分子間雜交體?？赏ㄟ^(guò)仔細(xì)設(shè)計(jì)探針來(lái)避免此類(lèi)結(jié)構(gòu)。通過(guò)設(shè)計(jì)探針可使得感興趣的序列的大部分為單鏈，以明顯提高雜交的比例和程度。用于查找此類(lèi)相互作用的計(jì)算機(jī)軟件是現(xiàn)有的。不過(guò)，在特定情況下可能無(wú)法避免出現(xiàn)此類(lèi)相互作用。檢測(cè)序列存在的方法包括但不限于Southern印跡、Northern印跡、親和層析和固相測(cè)定法。本領(lǐng)域人員已知，方法中可使用熒光標(biāo)記物、放射性同位素標(biāo)記物、酶聯(lián)標(biāo)記物、染料、抗體、連接于探針的酶。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，可以在容器上或者內(nèi)部進(jìn)行分析。容器可以是單樣品型或多樣品型的。單樣品容器包括本領(lǐng)域人員所知的試管、離心管、Eppendorf管等等。多樣品容器包括但不限于多孔板、固相支持物、固相載片、固相膜(如尼龍或硝酸纖維素)、多孔結(jié)構(gòu)、微球、玻璃載片、微陣列、芯片等等。單樣品容器可以使用單一樣品模式的上述基材。例如，可采用多道加樣器、軟刻蝕技術(shù)(softlithography)或微接觸印刷術(shù)、噴墨技術(shù)等等。可將一或多種探針或樣品固定化于容器上(如固定化于固相支持物上)。多樣品固相支持物允許例如使用單一雜交儀或平臺(tái)和/或單獨(dú)一組試劑同時(shí)進(jìn)行多個(gè)或者大量雜交。固相支持物可適合于高通量篩選或微陣列裝置。所提供的容器可以是已經(jīng)含有了一或多種探針。此類(lèi)預(yù)先裝載的容器可含有用于檢測(cè)具體指出的微生物和/或抗性基因的探針組合。預(yù)先裝載的容器可含有適合用于檢測(cè)操作者感興趣的有限的特征性區(qū)域組合的探針組合(如僅用于檢測(cè)大腸桿菌和vanA或vanB或vanC)。也可以獲得用于檢測(cè)特定組合的若干變化形式。此類(lèi)預(yù)先裝載的容器可以成為試劑盒的一部分，也可以是單獨(dú)的。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，可使用兩種或多種雜交探針來(lái)同時(shí)檢測(cè)兩或多種物種或兩或多種不同抗生素抗性標(biāo)記的存在，或者至少一種物種或至少一種抗生素抗性標(biāo)記物的存在。由此獲得的雜交產(chǎn)物在性質(zhì)上具有足夠的差異，使得能夠鑒定所述物種和/或抗生素抗性標(biāo)記物的存在。所述同時(shí)雜交可以在相同的溫度條件下、但在不同的孔或者空間(如在對(duì)不同的引物對(duì)具有不同的孔的微陣列上)進(jìn)行。任選地，不同探針的緩沖液可以是相同的。不同探針對(duì)被設(shè)計(jì)成特定的序列和長(zhǎng)度，以便在相同的溫度條件下以及任選地相同的緩沖液中發(fā)揮作用。在本發(fā)明的另一方面，雜交探針占據(jù)相同的孔或空間，即所有探針出現(xiàn)于同一個(gè)反應(yīng)中。因此，例如溫度以及任選地緩沖液等條件對(duì)于探針而言是相同的。因此，探針被進(jìn)一步設(shè)計(jì)為防止發(fā)生交叉反應(yīng)，并且產(chǎn)生的結(jié)果允許對(duì)兩種或多種物種、DNA抗性基因或這兩個(gè)方面進(jìn)行可靠的鑒定。這種同時(shí)雜交使得能夠在單獨(dú)一個(gè)微陣列上或者是單獨(dú)一個(gè)反應(yīng)中檢測(cè)多種菌種和域抗生素抗性標(biāo)記物，并且將出現(xiàn)因交叉結(jié)合而引起的錯(cuò)誤結(jié)果的可能性降到最低。雜交探針與靶可以是完全互補(bǔ)的，即沒(méi)有錯(cuò)配。而那些與靶不完全互補(bǔ)但仍然允許對(duì)其進(jìn)行鑒定和辨別的探針也屬于本發(fā)明的范圍。在靶模板上存在一或多個(gè)錯(cuò)配、缺失和/或插入的情況下探針仍能結(jié)合。靶模板中允許出現(xiàn)的錯(cuò)配、缺失和/或插入的數(shù)量可以是天然互補(bǔ)區(qū)末端之間的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO個(gè)殘基?；蛘?，該數(shù)量可低于天然互補(bǔ)區(qū)末端之間模板殘基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、290/0、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本領(lǐng)域人員已知這些數(shù)值取決于探針的長(zhǎng)度和組成。探針的序列包括同源序列，其中已經(jīng)缺失、取代和/或插入了一或多個(gè)堿基。探針中允許出現(xiàn)的取代、缺失和/或插入的數(shù)量可以是天然互補(bǔ)區(qū)末端之間的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO個(gè)殘基。或者，該數(shù)量低于天然互補(bǔ)區(qū)末端之間的引物殘基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本領(lǐng)域人員己知這些數(shù)值取決于探針的長(zhǎng)度和組成。此外，探針可以是化學(xué)修飾的，例如，具有修飾的堿基或主鏈(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合劑)。引入變化或修飾可能造成有必要對(duì)使用寡核苷酸以獲得所需的特異性和敏感性的條件進(jìn)行適應(yīng)性修改。不過(guò)，雜交的最終結(jié)果將基本上相同。為了積極影響例如雜交動(dòng)力學(xué)、雜交的可逆性、寡核苷酸分子的生物學(xué)穩(wěn)定性等特征，引入這些修飾是有利的。本發(fā)明的雜交探針能夠與特征性區(qū)域中的任何5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多個(gè)堿基的序列或其互補(bǔ)序列退火。在一個(gè)方面，雜交中的模板是擴(kuò)增產(chǎn)物。也就是說(shuō)，先擴(kuò)增含有特征性區(qū)域的核酸，并使用擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行雜交。1.陰溝腸桿菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，陰溝腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表1和2所示的核苷酸序列(SEQIDNO:1或2)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。seqidno:1_1251(5')cggtttaagcatgtaggcggaggttccaggtaaatccggtaccttttaacgctgaggtgtgatgacgaggcactacggtgctgaagtaacaaatgccctgcttccaggaaaagcctctaagcatcaggtaacaysaaatcgtaccccaaaccgacacaggtggtcaggtagagaataccaaggcgcttgagagaactcgggtgaaggaactaggcaaaatggtgccgtaacttcgggagaaggcacgctga工atgtaggtgaagcccctgcgggtggagctgaaatcagtcgaagatacca5ctggctgcaactgtttattaaaaacacagcactgtgcaaacacgaaagtggacgtatacggtgtgacgcctgcccggtgccggaaggttaattgatggggttagcggyaacgcgaagctcttgatcgaagccccggtaaacggcggccgtaactataacggtcctaaggtagcgaaattccttgtcgggtaagttccgacctgcacgaatggcgtaatgatggccaggctgtctccacccgagactcagtgaaattgaactcgctgtgaagatgcagtgtacccgcggcaagacggaaagaccccgtgaacctttactatagcttgacactgaacactggtccttgatgtgtaggataggtgggaggctttgaagcgtggacgccagtctgcgtggagccgtccttgaaataccaccctttaatggctggtgttctaacgtagacccgt2ayccgggttgcggacagtgtctggtgggtagtttgactggggcggtct_2050(3，)_表l:陰溝腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的一個(gè)取代實(shí)例是T1502C(以下劃線標(biāo)出)。W是具有腺嘌呤或者胸腺嘧啶堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:l的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1251和2050位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1279和1998位殘基之間的任何區(qū)域(表2，SEQIDNO:2)。segidno:21279(5')ggtaaatccggtaccttttaacgctgaggtgtgatgacgaggcactacggtgctgaagtaacaaatgccctgcttccaggaaaagcctctaagcatcaggtaacaysaaatcgtaccccaaaccgacacaggtggtcaggtagagaataccaaggcgcttgagagaactcgggtgaaggaactaggcaaaatggtgccgtaacttcgggagaaggcacgctga工atgtaggtgaagcccctgcgggtggagctgaaatcagtcgaagatacca5ctggctgcaactgtttattaaaaacacagcactgtgcaaacacgaaagtggacgtatacggtgtgacgcctgcccggtgccggaaggttaattgatggggttagcggyaacgcgaagctcttgatcgaagccccggtaaacggcggccgtaactataacggtcctaaggtagcgaaattccttgtcgggtaagttccgacctgcacgaatggcgtaatgatggccaggctgtctccacccgagactcagtgaaattgaactcgctgtgaagatgcagtgtacccgcggcaagacggaaagaccccgtgaacctttactatagcttgacactgaacactggtccttgatgtgtaggataggtgggaggctttgaagcgtggacgccagtctgcgtggagccgtccttgaaataccaccctttaatggctggtgttctaacgtagacc_1998(3，)_表2:陰溝腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的一個(gè)取代實(shí)例是T1502C(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1279和1998位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1998(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)陰溝腸桿菌的擴(kuò)增引物包含表3的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表3所示的SEQIDNO:3(F)和SEQIDNO:4(R);SEQIDNO:5(F)和SEQIDNO:6(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可以存在于組合物中。編號(hào)序列/引物長(zhǎng)度TYPEPAIRLENTm(°C)SEQ工DNO:3GGTAAATCCGGTACCTTTTAAC/22F433162SEQIDNO:4GGTCTACGTTAGAACACCAGC/21R333164SEQ工DNO:5GGAGCGTTCTGTAAGCCGTT/20F671962SEQ工DNO:6CACACCTCAGCGTTAAAAGGTA/22R571964表3:用于擴(kuò)增陰溝腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:1或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1279和1998位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:2)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)陰溝腸桿菌的探針包含SEQIDNO:3至6所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表3的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定陰溝腸桿菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:3至6中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表3所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。2.糞腸球菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，糞腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表4和5所示的核苷酸序列(SEQIDNO:7或8)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table>)表4:糞腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T1320Y和/或Y1337C(以下劃線標(biāo)出)，其中Y是具有嘧啶堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:7的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1251和1978位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1268和1940位殘基之間的任何區(qū)域(表5，SEQIDNO:8)。SEQIDNO:81268(5)GGAAGTGCATGTCCAAGCAATGAGTCTTGAGTAGAGTTAAATGCTTTACTCTITAAGGACAAGTTGTGAXGGGGAGCGAAATAATAGTAGCGAAGTTCCTGATGTCACACTGAGGAGAGTATCCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCGACCGGAACGCTAGTTTCGG_1940(3')_表5:糞腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T1320Y和/或Y1337C(以下劃線標(biāo)出)，其中Y是具有嘧啶堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1268和1940位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1268(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1940(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)糞腸球菌的擴(kuò)增引物包含表6的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表6所示的SEQIDNO:9(F)和11(R);SEQIDNO:9(F)和12(R);SEQIDNO:13(F)和14(R);SEQIDNO:15(F)和12(R);SEQIDNO:15(F)和11(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可以存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>表6:用于擴(kuò)增糞腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:7或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1279和1998位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:8)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1279(土IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)糞腸球菌的探針包含SEQIDNO:9至15所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表6的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定糞腸球菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:9至15中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表6所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基己經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。3.屎腸球菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，屎腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表7和8所示的核苷酸序列(SEQIDNO:16或17)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQ工DNO:16_1381(5')GCCGAGAAAAGCTTCTAGTGAGAAAACAGCGGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGAATCCTAAGGTGAGCGAGAGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGATCATACGATCAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCG_1560(3')_表7:屎腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:16的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1381和1560位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1392和1547位殘基之間的任何區(qū)域(表8，SEQIDNO:17)。<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table>表8:屎腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1392和1547位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)屎腸球菌的擴(kuò)增引物包含表9的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表9所示的SEQIDNO:18和19;SEQIDNO:19和20;SEQIDNO:20和21，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。<table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>表9:用于擴(kuò)增屎腸球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:16或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1392和1547位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:17)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)屎腸球菌的探針包含SEQIDNO:18至21所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表9的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定屎腸球菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:18至21中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表9所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。4.大腸桿菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，大腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表10和11所示的核苷酸序列(SEQIDNO:22或23)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQ工DNO:22_1201(51)GGGACGGAGAAGGCTATGTTGGCCGGGCGACGGTTGTCCCGGTTTAAGCGTGTAGGCTGGTTTTCCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGgCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGCCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCGACTTGCTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAC_1740(3')_表10:大腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的缺失實(shí)例是G1294的缺失(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:22的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1201和1740位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1265和1667位殘基之間的任何區(qū)域(表11，SEQIDNO:23)。SEQIDNO:231265(5')CCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGGCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCG_^_1667(3，)_表11:大腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的缺失實(shí)例是G1294的缺失(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1265和1667位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1265(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1667(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)大腸桿菌的擴(kuò)增引物包含表12的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表12所示的SEQIDNO:24(F)和25(R);SEQIDNO:24(F)和26(R);SEQIDNO:27(F)和29(R);SEQIDNO:28(F)和29(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table>表12:用于擴(kuò)增大腸桿菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:22或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1265和1667位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:23)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)大腸桿菌的探針包含SEQIDNO:24至29所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表12的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定大腸桿菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:24至29中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表12所示序列的寡核苷酸(弓I物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。5.肺炎克雷伯菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表13和14所示的核苷酸序列(SEQIDNO:30或31)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQIDNO:30_1251(5，)CGGTTGTCCCGGTTTAAGCATGTAGGCTGGTTRTCCAGGCAAATCCGGATAATCAAGGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCgCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATZAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGGTGTGTAGGTGAAGXCCCTGCGGgTGGAGCTGAGACCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAAC_1600(31)_表13:肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列，其中R(以下劃線標(biāo)出)是G或A，而Y(以下劃線標(biāo)出)是C或T。本發(fā)明的取代實(shí)例是C1354T(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:30的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1251和1600位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1281和1560位殘基之間的任何區(qū)域(表14，SEQIDNO:31)。<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>表14:肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列，其中R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(G或A)，而Y(以下劃線標(biāo)出)是任何嘧啶(C或T)。本發(fā)明的取代實(shí)例是C1354T(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1281和1560位殘對(duì)含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)肺炎克雷伯菌的擴(kuò)增引物包含表15的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表12所示的SEQIDNO:32(F)和34(R);SEQIDNO:32(F)和33(R);SEQIDNO:35(F)和36(R);SEQIDNO:37(F)和33(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>表15:用于擴(kuò)增肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。注意R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(G或A)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:30或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1281和1560位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:31)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)肺炎克雷伯菌的探針包含SEQIDNO:32至37所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表15的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定肺炎克雷伯菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟.，根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:32至37中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表15所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。6.銅綠假單胞菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，銅綠假單胞菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表16和17所示的核苷酸序列(SEQIDNO:38或39)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>表16:銅綠假單胞菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T374C(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:38的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第51和750位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第104和704位殘基之間的任何區(qū)域(表17，SEQIDNO:39)。<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>表17:銅綠假單胞菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T374C(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第104和704位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)銅綠假單胞菌的擴(kuò)增引物包含表18的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表18所示的SEQIDNO:40(F)和41(R);SEQIDNO:40(F)和42(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。編號(hào)序列/長(zhǎng)度Tm(。C)TYPEPAIRLENSEQIDNO:40CCGTACGCGAAAGGATCTTTG/2164F4152942600SEQ工DNO:41ACAGTGCTCTACCCCCCAG/1962R40529SEQIDNO:42CCCATGCTCGGCACTTCTG/1962R40600表18:用于擴(kuò)增銅綠假單胞菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO,LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:38或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第104和704位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:39)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)銅綠假單胞菌的探針包含SEQIDNO:40至42所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表18的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定銅綠假單胞菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:40至42中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表18所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。7.金黃色葡萄球菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，金黃色葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表19和20所示的核苷酸序列(SEQIDNO:43或44)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQ工DNO:43_1021(5')TAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTG_1320(3')_表19:金黃色葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:43的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1021和1320位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1037和1263位殘基之間的任何區(qū)域(表20，SEQIDNO:44)。<formula>formulaseeoriginaldocumentpage55</formula>表20:金黃色葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1037和1263位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)金黃色葡萄球菌的擴(kuò)增引物包含表21的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表21所示的SEQIDNO:45(F)禾口46(R);SEQIDNO:48(F)和47(R);SEQIDNO:48(F)和49(R);SEQIDNO:48(F)和51(R);SEQIDNO:50(F)和51(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table>表21:用于擴(kuò)增金黃色葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:43或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1037和1263位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:44)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1263(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)金黃色葡萄球菌的探針包含SEQIDNO:45至51所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表21的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定金黃色葡萄球菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:45至51中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表21所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。8.表皮葡萄球菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表22和23所示的核苷酸序列(SEQIDNO:52或53)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQIDNO:52_501(5')"~~~caaactgcccgcctgacactgtctcccaccacgataagtggtgcgggttagaaagccaacacagctagggtagtatcccaccaacgcctccacgtaagctagcgctcacgtttcaaaggctcctacctatcctgtacaagctgtgccgaatttcaatatcaggctacagtaaagctccacggggtctttccgtcctgtcgcgggtaacctgcatcttcacaggtactatgatttcaccgagtctctcgttgagacagtgcccaaatcgttacgcctttcgtgcgggtcggaacttacccgacaaggaatttcgctaccttaggaccgttatagttacggccgccgtttactggggcttigattcgtagcttcgcagaagctaaccactcctcttaaccttccagcacc5ggcaggcgtcagcccctatacatcaccttacggtttagcagagacctgtgtttttgataaacagtcgcttgggcctattcactgcggctcttctgggcgtgaaccctaaagagcaccccttctcccgaagttacggggtca_1050(3')_表22:表皮葡萄球菌23SRNA.基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T859C(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:52的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第501和1050位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1037和1263位殘基之間的任何區(qū)域(表23，SEQIDNO:53)。SEQ工DNO:53_1037(5')GCTAGGGTAGTATCCCACCAACGCCTCCACGTAAGCTAGCGCTCACGTTTCAAAGGCTCCTACCTATCCTGTACAAGCTGTGCCGAATTTCAATATCAGGCTACAGTAAAGCTCCACGGGGTCTTTCCGTCCTGTCGCGGGTAACCTGCATCTTCACAGGTACTATGATTTCACCGAGTCTCTCGTTGAGACAGTGCCCAAATCGTTACGCCTTTCGTGCGGGTCGGAACTTACCCGACAAGGAATTTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACGGCCGCCGTTTACTGGGGCTTTGATTCGTAGCTTCGCAGAAGCTAACtACTCCTCTTAACCTTCCAGCACCGGGCAGGCGTCAGCCCCTATACATCACCTTACGGTTTAGCAGAGACCTGTGTTTTTGATAAACAGTCGCTTGGGCCTATTCACTGCGGCTCTTCTGGGCGTGAACCCTAAAGAGCACCCCT1263(3'>表23:表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。本發(fā)明的取代實(shí)例是T859C(以下劃線標(biāo)出)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1037和1263位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)表皮葡萄球菌的擴(kuò)增引物包含表24的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表24所示的SEQIDNO:54(F)和55(R);SEQIDNO:54(F)和56(R);SEQIDNO:54(F)和57(R);SEQIDNO:58(F)和57(R);SEQIDNO:58(F)和59(R);SEQIDNO:58(F)和60(R);SEQIDNO:58(F)和61(R);SEQIDNO:58(F)和62(R);SEQIDNO:63(F)和59(R);SEQIDNO:63(F)和60(R);SEQIDNO:63(F)和61(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>表24:用于擴(kuò)增表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:52或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第1037和1263位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:31)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)表皮葡萄球菌的探針包含SEQIDNO:54至63所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表24的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定表皮葡萄球菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:54至63中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表24所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基己經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。9.白色念珠菌根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，白色念珠菌23SRNA基因的特征性區(qū)域包含表25和26所示的核苷酸序列(SEQIDNO:64或65)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>表25:白色念珠菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。Y是具有嘧啶堿基的核苷酸。核苷酸"XX"可同時(shí)缺失，可以是'TT"或可以是單獨(dú)的核苷酸"A"。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:64的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第181和778位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第214和739位殘基之間的任何區(qū)域(表26，SEQIDNO:65)。<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>表26:白色念珠菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的序列。Y是具有嘧啶堿基的核苷酸。核苷酸"XX"可同時(shí)缺失，可以是"TT"或可以是單獨(dú)的核苷酸"A"。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第214和739位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和739(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)白色念珠菌的擴(kuò)增引物包含表27的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表27所示的SEQIDNO:66和67;SEQIDNO:68和69;SEQIDNO:70和71，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>表27:用于擴(kuò)增白色念珠菌23SRNA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:64或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第214和739位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:65)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和739(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)白色念珠菌的探針包含SEQIDNO:66至71所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表27的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定白色念珠菌的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:66至71中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表27所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。10.bkges_2(|3-內(nèi)酰胺抗性基因)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，blagw基因的特征性區(qū)域包含表28和29所示的核苷酸序列(SEQIDNO:72或73)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEGIDNO:72_1(5')GCAATGTGCTCAACGTTCAAGTTTCCGCTAGCCGCGCTGGTCTTTGAAAGAATTGACTCAGGCACCGAGCGGGGGGATCGAAAACTTTCATATGGGCCGGACATGATCGTC^AATGGTCTCCTGCCACGGAGCGGTTTCTAGCATCGGGACACATGACGGT于CTCGAGGCAGCGCAAGCTGCGGTGCAGCTTAGCGACAATGGGGCTACTAACCTCTTACTGAGAGAAATTGGCGGACCTGCTGCAATGACGCAGTATTTTCGTAAAATTGGCGACTCTGTGAGTCGGCTAGACCGGAAAGAGCCGGAGATGgGCGACAACACACCTGGCGACCTCAGAGATACAACTACGCCTATTGCTAT^GCACGTACTGTGGCTAAAGTCCTCTATGGCGGCGCACTGACGTCCACCTCGACCCACACCATTGAGAGGTGGCTGATCGGAAACCAAACGGGAGACGCGACACTACGAGCGGGTTTTCCTAAAGATTGGGTTGTTGGAGAGAAAACTGGTACCTGCGCCAACGGGGGCCGGAACGACATTGGTTTTTTTAAAGCCCAGGAGAGAGATTACGCTGTAGCGGTGTATACAACGGCCCCGAAACTATCGGCCGTAGAACGTGACGAATTAGTTGCCTCTGTCGGTCAAGTTAT653(3')_表28:blages-2基因特征性區(qū)域的序列。R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(G或A)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例是缺失Rl12和/或R313。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:72的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第l和653位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第140和482位殘基之間的任何區(qū)域(表26，SEQIDNO:73)。<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>_482(3')_表29:bla，2基因特征性區(qū)域的序列。注意R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(G或A)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例是缺失Rl12和/或R313。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第140和482位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘對(duì)含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)blag^基因的擴(kuò)增引物包含表30的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表30所示的SEQIDNO:74(F)和75(R);SEQIDNO:76(F)和77(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>表30:用于擴(kuò)增blages-2基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:72或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第140和482位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:73)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)禾口482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)bla^—2基因的探針包含SEQIDNO:74至77所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表30的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定blages_2基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:74至77中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表30所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。ll.blashv(P-內(nèi)酰胺抗性基因)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，bla^基因的特征性區(qū)域包含表31和32所示的核苷酸序列(SEQIDNO:78或79)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。seqidno:78____1(5')gtaggcatgatagaaatggatctggccagcggccgcacgctgaccgcctggcgcgccgatgaacgctttcccatgatgagcacctttaaagtagtgctctgcggcgcagtgctggcgcgggtggatgccggtgacgaacagctggagcgaaagatccactatcgccagcaggatctggtggactactcgccggtcagcgaaaaacaccttgccgacggcatgacggtcggcgaactctgzgccgccgccattaccatgagcgataacagcgccgccaatctgctgctgg5caccgtcggcggccccgcaggattgactgcctttttgcgccagatcggcgacaacgtcacccgccttgaccgctgggaaacggaactgaatgaggcgcttcccggcgacgcccgcgacaccactaccccggccagcatggccgcgaccctgcgcaagctgctgaccagccagcgtctgagcgcccgttcgcaacggcagctgctgcagtggatggtggacgatcgggtcgccggaccgttgatccgctccgtgctgccggcgggctggtttatcgccgataagaccggagctggcga^cggggtgcgcgcgggattgtcgccctgcttggcccgaataacaaXgcagSgcgcattgtggtgatttatctgcgggatacgccggcgagcatggccgagcgaaat_693(3')_表31:blashv基因特征性區(qū)域的序列。注意Y(以下劃線標(biāo)出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多個(gè)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:78的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1和693位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第149和350位殘基之間的任何區(qū)域(表32，SEQIDNO:79)。seqidno:79_149(5，〉gaaagatccactatcgccagcaggatctggtggactactcgccggtcagcgaaaaacaccttgccgacggcatgacggtcggcgaactctgxgccgccgccattaccatgagcgataacagcgccgccaatctgctgctgg5caccgtcggcggccccgcaggattgactgcctttttgcgccagatcggcgacaacgtcac_350(3')_表32:blashv基因特征性區(qū)域的序列。注意Y(以下劃線標(biāo)出)是任何嘧啶(C或T)。注意Y(以下劃線標(biāo)出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下劃線標(biāo)出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多個(gè)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第149和350位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)bla^基因的擴(kuò)增引物包含表33的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表33所示的SEQIDNO:80和81;SEQIDNO:82和83，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。編號(hào)序列/長(zhǎng)度Tm(。C)TYPEPAIRLENSEG工DNO:80GAAAGATCCACTATCGCCAGC/2164F81202SEQIDNO:81GTGACGTTGTCGCCGATCT/1960R80202SEQIDNO:82GCTGGGAAACGGAACTGAAT/2060F83203SEQIDNO:83GATAAACCAGCCCGCCGG/1860R82203表33:用于擴(kuò)增bla^基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:78或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第149和350位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:79)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)bla^基因的探針包含SEQIDNO:80至83所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表33的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定blashv基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:80至83中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表33所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。12.mecA(甲氧西林抗性基因)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，mecA基因的特征性區(qū)域包含表34和35所示的核苷酸序列(SEQIDNO:84或85)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQIDNO:84_AAGAGTATTTATAACAACATGAAAAATGATTATGGCTCAGGTACTGCTATCCACCCTCAAACAGGTGAATTATTAGCACTTGTAAGCACACCTTCATATGACGTCTATCCATTTATGTATGGCATGAGTAACGAAGAATATAATAAATTAACCGAAGATAAAAAAGAACCTCTGCTCAACAAGTTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGATATGAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTGATTATCCATTTTATAATGCTCAAATTTCAAACAAAAATTTAGATAATGAAATATTATTAGCTGATTCAGGTTACGGACAAGGTGAAATACTGATTAACCCAGTACAGATCCTTTCAATCTATAGCGC_611(3')_表34:mecA基因特征性區(qū)域的序列。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:84的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1和611位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第184和484位殘基之間的任何區(qū)域(表35，SEQIDNO:85)。SEGIDNO:85_<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>表35:mecA基因特征性區(qū)域的序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第184和484位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)mecA基因的擴(kuò)增引物包含表36的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表36所示的SEQIDNO:86(F)和87(R);SEQIDNO:88(F)和89(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>表36:用于擴(kuò)增mecA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:84或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第149和349位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:85)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)mecA基因的探針包含SEQIDNO:86至89所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表36的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定mecA基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:86至89中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表36所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基己經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。13.spA(金黃色葡萄球菌蛋白A)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，spA基因的特征性區(qū)域包含表37和38所示的核苷酸序列(SEQIDNO:90或91)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQIDNO:90_aaaacatttattcaattcgtaaactaggtgtaggtattgcatctgtaactttaggtacattacttatatctggtggcgtaacacctgctgcaaatgctgcgcaacacgatgaagctcaacaaaatgctttttatcaagt旦ttaaatatgcctaacttaaazgctgatcaacgxaatggttttatccaaa5ccttaaagatgatccaagccKaagtgctaacg^tttaggtgaagctcaaaaacttaatgactctcaagctccaaaagctgatgcgcaacaaaataa且ttcaacaaagatcaacaaagcgccttctatgaaatcttgaacatgcctaKcttaaacgaagsgcaacgzaaxggxttcattcaaagtcttaaagacgacycaagccaaagckctaacg5tt5ag5tgaagctaaaaaattaaacgaatctcaagcaccgaaagctgaxaacaatttcaacaaagaacaacaaaatgctttctatgaaatcttga501(3')表37:spA基因特征性區(qū)域的序列。注意S是(C或G)、Y是嘧啶(C或T)、H是(A、C或T)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例是缺失S140、Y161、Y173、S287、H349、Y356、Y359、Y362、Y387和/或Y455。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:卯的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第l和501位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第292和409位殘基之間的任何區(qū)域(表38，SEQIDNO:91)。<table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table>表38:spA基因特征性區(qū)域的序列。注意Y是嘧啶(C或T)，H是(A、C或T)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失H349、Y356、Y359、Y362和/或Y387。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第292和409位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)spA基因的擴(kuò)增引物包含表39的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表39所示的SEQIDNO:92(F)和93(R);SEQIDNO:94(F)和95(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table>表39:用于擴(kuò)增spA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:90或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第292和409位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:46)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)spA基因的探針包含SEQIDNO:92至95所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表39的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定spA基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:92至95中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表39所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。14.VanA(萬(wàn)古霉素抗性基因A)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，VanA基因的特征性區(qū)域包含表40和41所示的核苷酸序列(SEQIDNO:96或97)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQ工DNO:96_1(5')AAAGTTGCAATACTGTTTGGGGGTTGCTCAGAGGAGCATGACGTATCGGTAAAATCTGCAATAGAGATAGCCGCTAACATTAATAAAGAAAAATACGAGCCGTTATACATTGGAATTACGAAATCTGGTGTATGGAAAATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGG旦GTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGCGGTATTGGGAAACAGTGCCGCGTTAGTTGTTGGCGAGGTGGACCAAATCAGGCTGCAGTACGGAATCTTTCGTATTCATCAGGAAGTCGAGCCGGAAAAAGGCTCTGAAAACGCAGTTATAACCGTTCCCGCAGACCTTTCAGCAGAGGAGCGAGGACGGATACAGGAAACGGCAAAAAAAATATATAAAGCGCTCGGCTGTAGAGGTCTAGCCCGTGTGGATATGTTTTTACAAGATAACGGCCGCATTGTACTGAACGAAGTCAATACTCTGCCCGGTTTCACGTCATACAGTCGTTATCC_944(3')_表40:VanA基因特征性區(qū)域的序列。注意B是(T、C或G)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失B528。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:96的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第l和944位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第138和641位殘基之間的任何區(qū)域(表41，SEQIDNO:97)。SEQIDNO:97_138(5')AATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGG旦GTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGC641(3')表41:VanA基因特征性區(qū)域的序列。注意B是(T、C或G)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失B528。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第138和641位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)VanA基因的擴(kuò)增引物包含表42的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表42所示的SEQIDNO:98(F)和99(R);SEQIDNO:100(F)和101(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table>表42:用于擴(kuò)增VanA基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:96或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第138和641位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:97)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)VanA基因的探針包含SEQIDNO:98至101所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表42的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定VanA基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:98至101中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表42所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。15.VanB(萬(wàn)古霉素抗性基因B)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，VanB基因的特征性區(qū)域包含表43和44所示的核苷酸序列(SEQIDNO:102或103)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQIDNO:102________1(5')~ATCGGAATTACAAAAAACGGTGTATGGAAGCTATGCAAGAAGCCATGTACGGAATGGGAAGCCGACAGTCTCCCCGCCATACTCTCCCCGGATAGGAAAACGCATGGGCTGCTTGTCATGAAAGAAAGCGAATACGAAACACGGCGTATTGATGTGGCTTTCCCGGTTTTGCATGGCAAATGCGGGGAGGATGGTGCGATACAGGGGCTGTTTGTATTGTCTGGTATCCCCTATGTGGGCTGTGATATTCAAAGCTCCGCAGCTTGCATGGACAAATCACTGGCCTACATTCTTACAAAAAATGCGGGCATCGCCGTTCCCGAATTTCAAATGATTGATAAAGGTGACAAGCCGGAGGCGGGTGCGCTTACCTACCCTGTCTTTGTGAAGCCGGCACGGTCAGGTTCGTCCTTTGGC互TAACCAAAGTAAACGGTACGGAAGAACTTAACGCTGCGATAGAAGCGGC^GGACAATATGATGGAAAAATCTTAATTGAGCAAGCGATTTCGGGCTGTGAGGTCGGGTGTGCGGTCATGGG^AACGAGGATGATTTGATTGTCGGCGAAGTGGATCAAATCCGGCTGAGCC5CGGTATCTTCCGCATCCATCAGGAAAACGAGCCGGAAAAAGGCTCAGAAAATGCGATGATTACAGTTCCCGCAGACATTCCGGTCGAGGAACGAAATCGGGTGCA^GAAACGGCAAAGAAAGTATATCGGGTGCTTGGATGCAGAGGGCTT741(3')表43:VanB基因特征性區(qū)域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失B418、R540和R696中的一或多個(gè)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:102的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第1和741位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第126和574位殘基之間的任何區(qū)域(表44，SEQIDNO:103)。seqidno:103_126(5')^~aagcgaatacgaaacacggcgtattgatgtggctttcccggttttgcatggcaaatgcggggaggatggtgcgatacaggggctgtttgtattgtctggtatcccctatgtgggctgtgatattcaaagctccgcagcttgcatggacaaatcactggcctacattcttacaaaaaatgcgggcatcgccgttcccgaatttcaaatgattgataaaggtgacaagccggaggcgggtgcgcttacctaccctgtctttgtgaagccggcacggtcaggttcgtcctttggc5taaccaaagtaaacggtacggaagaacttaacgctgcgatagaagcggc5ggacaatatgatggaaaaatcttaattgagcaagcgatttcgggctgtgaggtcgggtgtgcggtcatggg^aacgaggatgatttgattgtcggcgaagtggatc—574(3■)表44:VanB基因特征性區(qū)域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本發(fā)明的缺失的實(shí)例包括缺失B418和R540中的一或多個(gè)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第126和574位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)VanB基因的擴(kuò)增引物包含表45的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表45所示的SEQIDNO:104(F)和105(R);SEQIDNO:106(F)和107(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>表45:用于擴(kuò)增VanB基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:102或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第126和574位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:103)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)VanB基因的探針包含SEQIDNO:102和103所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表45的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定VanB基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:104至107中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表45所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。16.VanC(萬(wàn)古霉素抗性基因C)根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，VanC基因的特征性區(qū)域包含表46禾Q47所示的核苷酸序列(SEQIDNO:108或109)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>表46:VanC基因特征性區(qū)域的序列。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:108的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第l和438位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第27和407位殘基之間的任何區(qū)域(表47，SEQIDNO:109)。<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>)表47:VanC基因特征性區(qū)域的序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第27和407位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)VanC基因的擴(kuò)增引物包含表48的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表48所示的SEQIDNO:110(F)和111(R);SEQIDNO:112(F)和113(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。編號(hào)序列/長(zhǎng)度Tm(°C)TYPEPAIRLENSEG工DNO:110ACTCAAAATCAACAGTCATCAATG/2464F111378SEGIDNO:111TTCCGGCAATAAAGCGAATGA/2160R110378SEG工DNO:112CAATGCATTCTCTACGGCAAAG/2264F113381SEQIDNO:113TCCGTTCCATACCAAGTCCG/2062R112381表48:用于擴(kuò)增VanC基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:108或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第27和407位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:109)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)VanC基因的探針包含SEQIDNO:IIO至113所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表48的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定VanC基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:110至113中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表48所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。17.MDR-1根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，MDR-1基因的特征性區(qū)域包含表49和50所示的核苷酸序列(SEQIDNO:114或115)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。SEQ工DNO:114_201(5')ccctcaaaattggccaactttacaaaaagcatttttcattttccaaatttcatttttgacaacttcagtttatatgggatcagcagtttatacccctggtattgaagaattaatgcatgattttggtattggaagagtcgtagctacattACCTTTAACATTATTTGTTATTGGTTATGGTGTTGGCCCATTGGTTTTCAgtccgatgtcagaaaatgctatatttggtcgtacatccatatatatcataacattatttttatttgtcatactacaaatxcccactgctttggt2aataatattgc^ggtttatgtatattgagattcttgggtggattctttgctagtccttgtttggcxactggtggtgc^agtgttgctgatgtggttaaattttggaatttaccag^tgggttagccgcttggagtttgggtgcxgtttgtggtcctagttttggtccattctttggttcaattttaactgtcaaagccagttggagatggactttttggttcatgtgtatxatttctgggttttcatttgttatgttgtgtttcactttacctgaaacttttggcaaaacattatt5tatcgcaaggctaaaagattgagagccatcaccggtaacgacagaatca5aagtgaaggagaaattgaaaatagcaaaatgacaagtcatgaattgatcattgataca850(3，)表49:MDR-1基因特征性區(qū)域的序列。Y是任何具有嘧啶堿基的核苷酸，R是任何具有嘌呤堿基的核苷酸，W是任^I具有腺嘌呤或胸腺嘧啶堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:108的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第201和850位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第275和834位殘基之間的任何區(qū)域(表50，SEQIDNO:115)。<table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table>根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:114或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第275和834位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:115)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第275(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和834(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)MDR-l基因的探針包含SEQIDNO:116至119所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表51的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定MDR-l基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:116至119中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表51所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。18.CDR-1根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，CDR-1基因的特征性區(qū)域包含表52和53所示的核苷酸序列(SEQIDNO:120或121)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。82<table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table>表52:CDR-1基因特征性區(qū)域的序列。Y是任何具有嘧啶堿基的核苷酸，R是任何具有嘌呤堿基的核苷酸，K是任何具有胸腺嘧啶或鳥(niǎo)嘌呤堿基的核苷酸，W是任何具有腺嘌呤或胸腺嘧啶堿基的核苷酸，M是任何具有胞嘧啶或腺嘌呤堿基的核苷酸，s是任何具有胞嘧啶或鳥(niǎo)嘌呤堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增SEQIDNO:120的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域。優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第l和387位殘基(含)之間的任何區(qū)域。更優(yōu)選地，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第111和178位殘基之間的任何區(qū)域(表53，SEQIDNO:121)。<table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table>表53:CDR-1基因特征性區(qū)域的序列。CDR-1基因特征性區(qū)域的序列。Y是任何具有嘧啶堿基的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增第111和178位殘基(含)之間的區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠擴(kuò)增第111(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和178(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選的方面，適合檢測(cè)CDR-1基因的擴(kuò)增引物包含表54的序列。正向(F)和反向(R)引物的組合包括表54所示的SEQIDNO:122(F)和123(R);SEQIDNO:124(F)和125(R)，不過(guò)其他引物對(duì)組合也是可以的，條件是解鏈溫度相似。這種組合可存在于組合物中。編號(hào)序列/長(zhǎng)度Tm(°C)TYPEPAIRLENSEQ工DNO:122TCTTTTTCTATTGGTTAATGTGT/2358F12368SEQIDNO:123TGTTGAAACAGCACCAATGGA/2160R12268SEQ工DNO:124GTGTTGTTATTGGCTATGGTTAT/2362F12580SEG工DNO:125GACCAACCCAACATACTTGGA/2162R12480表54:用于擴(kuò)增CDR-1基因的特征性區(qū)域的擴(kuò)增引物實(shí)例、長(zhǎng)度和解鏈溫度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于擴(kuò)增的配對(duì)引物的SEQIDNO，LEN是擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，雜交探針能夠與SEQIDNO:120或其互補(bǔ)序列退火。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，雜交探針能夠與第111和178位殘基(含)之間的區(qū)域(SEQIDNO:121)或其互補(bǔ)序列雜交。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠結(jié)合第lll(士lO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)和178C±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基)位殘基(含)之間的區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，適合于檢測(cè)MDR-1基因的探針包含SEQIDNO:122至125所表示的序列及其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用表54的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定CDR-1基因的方法，所述引物對(duì)可以是所給出的組合或者是其他合適的正向和反向引物的組合。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟；根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，這種雜交探針包含相應(yīng)于SEQIDNO:122至125中任一的合適序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是相應(yīng)于表54所示序列的寡核苷酸(引物或探針)。上述特征性區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。圖1該圖顯示了金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、陰溝腸桿菌、大腸桿菌、糞腸球菌、銅綠假單胞菌、屎腸球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌的各個(gè)23SRNA基因的序列比對(duì)，并標(biāo)出了相同之處(標(biāo)記為*)。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，微生物的23SRNA基因的特征性區(qū)域包含圖1所示的核苷酸序列(SEQIDNO:131至157)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的一個(gè)方面是相應(yīng)于圖1所示的SEQIDNO:131至157中任一序列或其互補(bǔ)序列的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，微生物的23SRNA基因的特征性區(qū)域包含圖1所示的核苷酸序列，其相應(yīng)于SEQIDNO:1或2(陰溝腸桿菌)、7或8(糞腸球菌)、16或17(屎腸球菌)、22或23(大腸桿菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(銅綠假單胞菌)、43或44(金黃色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，微生物的23SRNA基因的特征性區(qū)域包含圖1所示的核苷酸序列，其可通過(guò)使用特異于所述微生物的擴(kuò)增引物對(duì)而獲得。所述擴(kuò)增引物如上所述，且根據(jù)所述微生物可以是陰溝腸桿菌SEQIDNO:3和4、或SEQIDNO:5和6，糞腸球菌SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12或SEQIDNO:15和11,屎腸球菌SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、或SEQIDNO:20和21，大腸桿菌SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61，白色念珠菌SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增圖l所示的SEQIDNO或其互補(bǔ)序列的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域或所述區(qū)域的同源序列或其互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增圖1所列序列的區(qū)域，其相應(yīng)于SEQIDNO:1或2(陰溝腸桿菌)、7或8(糞腸球菌)、16或17(屎腸球菌)、22或23(大腸桿菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(銅綠假單胞菌)、43或44(金黃色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠自一端或兩端士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基擴(kuò)增圖1中的上述相應(yīng)區(qū)域。本發(fā)明的雜交探針能夠雜交于圖1所列序列的區(qū)域，其相應(yīng)于SEQIDNO:l或2(陰溝腸桿菌)、7或8(糞腸球菌)、16或17(屎腸球菌)、22或23(大腸桿菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(銅綠假單胞菌)、43或44(金黃色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠自一端或兩端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基結(jié)合于圖1中的上述相應(yīng)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用針對(duì)圖1所示序列的區(qū)域的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定特征性區(qū)域的方法，所述序列相應(yīng)于SEQIDNO:1或2(陰溝腸桿菌)、7或8(糞腸球菌)、16或17(屎腸球菌)、22或23(大腸桿菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(銅綠假單胞菌)、43或44(金黃色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠斷中任一所表示的特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟。相應(yīng)于特征性區(qū)域的上述區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。圖2該圖顯示了mecA、vanA、vanB、VanC、blashv、blages—2、spA、MDR-1、和CDR-1中各個(gè)經(jīng)測(cè)序的基因的比對(duì)以及共有序列。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，抗生素抗性基因的特征性區(qū)域包含圖2所示的核苷酸序列(SEQIDNO:158至261)。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。本發(fā)明的一個(gè)方面是相應(yīng)于圖2所示的SEQIDNO:158至261中任一所表示序列或其互補(bǔ)序列的核苷酸。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，抗生素抗性基因的特征性區(qū)域包含圖2所示的核苷酸序列，其相應(yīng)于SEQIDNO:72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性區(qū)域。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，抗生素抗性基因的特征性區(qū)域包含圖2所示的核苷酸序列，其可通過(guò)使用特異于所述微生物的擴(kuò)增引物對(duì)而獲得。所述擴(kuò)增引物如上所述，且根據(jù)所述標(biāo)記物可以是blages-2標(biāo)記物SEQIDNO:74和75、或SEQIDNO:76和77，bhshv標(biāo)記物SEQIDNO:80和81、或SEQIDNO:82和83，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:86和87、或SEQIDNO:88和89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92和93、或SEQIDNO:94和95，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:98和99、或SEQIDNO:100和101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:104和105、或SEQIDNO:106和107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:110和111、或SEQIDNO:112和113，MDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:116和117、或SEQIDNO:118禾口119，和CDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:122和123、或SEQIDNO:124和125。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，特征性區(qū)域是所述特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列的同源序列。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增圖2所示的SEQIDNO或其互補(bǔ)序列的至少30個(gè)堿基的任何區(qū)域或所述區(qū)域的同源序列或其互補(bǔ)序列。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式，擴(kuò)增引物對(duì)能夠擴(kuò)增圖2所列序列的區(qū)域，其相應(yīng)于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性區(qū)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，引物能夠自一端或兩端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基擴(kuò)增圖2中的上述相應(yīng)區(qū)域。本發(fā)明的雜交探針能夠雜交于圖2所列序列的區(qū)域，其相應(yīng)于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列。在本發(fā)明的范圍內(nèi)，探針能夠自一端或兩端士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1個(gè)殘基結(jié)合于圖2中的上述相應(yīng)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是通過(guò)使用針對(duì)圖1所示序列的區(qū)域的引物對(duì)擴(kuò)增核酸來(lái)鑒定特征性區(qū)域的方法，所述序列相應(yīng)于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-l)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性區(qū)域或其互補(bǔ)序列。本發(fā)明的另一個(gè)方面是隨后使用特異于擴(kuò)增產(chǎn)物的一或多種雜交探針的檢測(cè)步驟。相應(yīng)于特征性區(qū)域的上述區(qū)域、擴(kuò)增引物和雜交探針的同源序列屬于本發(fā)明的范圍。特征性區(qū)域、探針和引物包括如上所述的其中一或多個(gè)堿基已經(jīng)被缺失、取代和/或插入的同源序列。組合如上所述，本發(fā)明還涉及同時(shí)檢測(cè)兩個(gè)或多個(gè)核酸特征性區(qū)域(如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多個(gè))。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于23SRNA特征性區(qū)域的核酸而檢測(cè)金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、陰溝腸桿菌、大腸桿菌、糞腸球菌、銅綠假單胞菌、屎腸球菌、肺炎克雷伯菌和白色念珠菌中的兩種或多種(如3、4、5、6、7、8、9或更多種)的方法。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于以下一組中的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)的核酸來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法SEQIDNO:1或2(陰溝腸桿菌)，SEQIDNO:7或8(糞腸球菌)，SEQIDNO:16或17(屎腸球菌)，SEQIDNO:22或23(大腸桿菌)，SEQIDNO:30或31(肺炎克雷伯菌)，SEQIDNO:38或39(銅綠假單胞菌)，SEQIDNO:43或44(金黃色葡萄球菌)，SEQIDNO:52或53(表皮葡萄球菌)，和SEQIDNO:64和65(白色念珠菌)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)圖1所列核酸序列中的兩或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中各序列相應(yīng)于所檢測(cè)的微生物。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)圖1所列核酸中的至少兩個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、或9個(gè))區(qū)域來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中各區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNOM或2(陰溝腸桿菌)、7或8(糞腸球菌)、16或17(屎腸球菌)、22或23(大腸桿菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(銅綠假單胞菌)、43或44(金黃色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、或64和65(白色念珠菌)的特征性區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)使用兩或多個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、或9個(gè))引物對(duì)來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中所檢測(cè)的兩種或多種微生物以及引物對(duì)選自以下一組，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種微生物選定一對(duì)引物陰溝腸桿菌SEQIDNO:3禾卩4、或SEQIDNO:5禾口6，糞腸球菌SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12或SEQIDNO:15和11，屎腸球菌SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、或SEQIDNO:20和21，大腸桿菌SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29,肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61，白色念珠菌SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及組合物，其包含兩或多個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、或9個(gè))以下的引物對(duì)陰溝腸桿菌SEQIDNO:3和4，糞腸球菌SEQIDNO:9和12，屎腸球菌SEQIDNO:18和19，大腸桿菌SEQIDNO:24和25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40和42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:48和49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55，白色念珠菌SEQIDNO:66和67。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中使用相應(yīng)于如下所要檢測(cè)的兩種或多種微生物的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)單個(gè)的探針，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種微生物選定一種探針陰溝腸桿菌SEQIDNO:3至6中的任一種，糞腸球菌SEQIDNO:9至15中的任一種，屎腸球菌SEQIDNO:18至21中的任一種，大腸桿菌SEQIDNO:24至29中的任一種，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32至37中的任一種，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40至42中的任一種，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:45至51中的任一種，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54至63中的任一種，白色念珠菌SEQIDNO:66至71中的任一種。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及組合物，其包含以下探針中的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種微生物選定一種探針陰溝腸桿菌SEQIDNO:3或4，糞腸球菌SEQIDNO:9或12，屎腸球菌SEQIDNO:18或19，大腸桿菌SEQIDNO:24或25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32或33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40或42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:48或49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54或55，白色念珠菌SEQIDNO:66或67。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于其中的特征性區(qū)域的核酸來(lái)檢測(cè)以下抗生素抗性標(biāo)記物中的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10種)的方法mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages-2、勵(lì)R-1、CDR-1。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于以下一組中的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10種)的核酸而鑒定樣品中的至少兩種抗生素抗性標(biāo)記物的方法SEQIDNO:72或730^&2標(biāo)記物)，SEQIDNO:78或79(blashv標(biāo)記物)，SEQIDNO:84或85(mecA標(biāo)記物)，SEQIDNO:90或91(spA標(biāo)記物)，SEQIDNO:96或97(VanA標(biāo)記物)，SEQIDNO:102或103(VanB標(biāo)記物)，SEQIDNO:108或109(VanC標(biāo)記物)，SEQIDNO:114或115(MDR-1標(biāo)記物)，SEQIDNO:120或121(CDR-1標(biāo)記物)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)圖2所列核酸序列中的兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中各序列相應(yīng)于所檢測(cè)的微生物。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)圖1所列核酸的至少兩個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、或9個(gè))區(qū)域來(lái)鑒定樣品中的至少兩種微生物的方法，其中各區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:72或73(bla，2標(biāo)記物)、SEQIDNO:78或79(blashv標(biāo)記物)、SEQIDNO:84或85(mecA標(biāo)記物)、SEQIDNO:90或91(spA標(biāo)記物)、SEQIDNO:96或97(VanA標(biāo)記物)、SEQIDNO:102或103(VanB標(biāo)記物)、SEQIDNO:108或109(VanC標(biāo)記物)、SEQIDNO:114或115(MDR-1標(biāo)記物)、或SEQIDNO:120或121(CDR-1標(biāo)記物)的特征性區(qū)域。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)使用兩或多個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10個(gè))引物對(duì)來(lái)鑒定樣品中的至少兩種抗生素抗性標(biāo)記物的方法，其中所檢測(cè)的抗生素抗性標(biāo)記物以及引物對(duì)選自以下一組，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種標(biāo)記物選定一種引物對(duì)blages.2標(biāo)記物SEQIDNO:74和75、或SEQIDNO:76和77，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80和81、或SEQIDNO:82和83，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:86和87、或SEQIDNO:88和89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92和93、或SEQIDNO:94和95，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:98和99、或SEQIDNO:100和101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:104和105、或SEQIDNO:106和107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:110和111、或SEQIDNO:112和113，MDR-l標(biāo)記物SEQIDNO:116禾Q117、或SEQIDNO:118和119，和CDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:122和123、或SEQIDNO:124和125。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是組合物，其包含兩或多個(gè)(如至少3、4、5、6、7、8、或9個(gè))以下引物對(duì)blages—2標(biāo)記物SEQIDNO:76和77，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80和81，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:88和89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92和93，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:100和101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:106和107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:112和113，MDR-l標(biāo)記物SEQIDNO:116和117，CDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:124和125。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)使用兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10種)探針來(lái)鑒定樣品中的至少兩種抗生素抗性標(biāo)記物的方法，其中所檢測(cè)的抗生素抗性標(biāo)記物以及探針選自以下一組，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種微生物選定一種探針-bla脾-2標(biāo)記物SEQIDNO:74至77中的任一種，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80至83中的任一種，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:86至89中的任一種，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92至95中的任一種，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:98至101中的任一種，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:104至107中的任一種，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:IIO至113中的任一種，MDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:116至119中的任一種，CDR-l標(biāo)記物SEQIDNO:122至125中的任一種。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及組合物，其包含兩種或多種(如至少3、4、5、6、7、8、或9種)以下探針，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種標(biāo)記物選定一種探針bkge"標(biāo)記物SEQIDNO:76或77，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80或81，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:88或89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92或93，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:100或101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:106或107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:112或113，MDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:116或117，CDR-l標(biāo)記物SEQIDNO:124或125。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于其中的特征性區(qū)域的核酸來(lái)檢測(cè)mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages.2、MDR-1禾口CDR-l中的至少一種(如2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多種)抗生素抗性標(biāo)記物和陰溝腸桿菌、糞腸球菌、屎腸球菌、大腸桿菌、肺炎克雷伯菌、銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、和白色念珠菌中的至少一種(如2、3、4、5、6、7、8或9或更多種)微生物的方法。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)檢測(cè)相應(yīng)于上述SEQIDNO的特征性區(qū)域來(lái)鑒定樣品中的至少一種微生物和至少一種抗生素抗性標(biāo)記物的方法。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)使用相應(yīng)于上述SEQIDNO的兩或多個(gè)引物對(duì)或單獨(dú)的探針來(lái)鑒定樣品中的至少一種微生物和至少一種抗生素抗性標(biāo)記物的方法。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式是通過(guò)使用一種相應(yīng)于上述與23SRNA有關(guān)的SEQIDNO的引物對(duì)或單獨(dú)的探針和兩或多種(如3、4、5、6、7、8、9或10或更多種)相應(yīng)于上述與抗生素抗性基因有關(guān)的SEQIDNO的引物對(duì)或單獨(dú)的探針來(lái)鑒定樣品中的一種微生物和至少一種抗生素抗性標(biāo)記物的方法。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及組合物，其包含一或多個(gè)(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9個(gè))以下引物對(duì)陰溝腸桿菌SEQIDNO:3禾口4，糞腸球菌SEQIDNO:9和12，屎腸球菌SEQIDNO:18和19，大腸桿菌SEQIDNO:24和25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40和42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:48和49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55，白色念珠菌SEQIDNO:66和67，和一或多個(gè)(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9個(gè))以下引物對(duì)blages.2標(biāo)記物SEQIDNO:76和77，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80和81，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:88和89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92和93，VanA標(biāo)記物SEQIDNO:100和101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:106和107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:112和113，MDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:116和117，CDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:124和125。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及組合物，其包含一或多種(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9種)以下探針，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種微生物選定一種探針.-陰溝腸桿菌SEQIDNO:3或4，糞腸球菌SEQIDNO:9或12，屎腸球菌SEQIDNO:18或19，大腸桿菌SEQIDNO:24或25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32或33，銅綠假單胞菌SEQIDNO:40或42，金黃色葡萄球菌SEQIDNO:48或49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54或55，白色念珠菌SEQIDNO:66或67，和一或多種(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9種)以下探針，優(yōu)選地，但不是必須地，為一種標(biāo)記物選定一種探針blag^2標(biāo)記物SEQIDNO:76或77，blashv標(biāo)記物SEQIDNO:80或81，mecA標(biāo)記物SEQIDNO:88或89，spA標(biāo)記物SEQIDNO:92或93，NO:100或101，VanB標(biāo)記物SEQIDNO:106或107，VanC標(biāo)記物SEQIDNO:112或113，MDR-l標(biāo)記物SEQIDNO:116或117，CDR-1標(biāo)記物SEQIDNO:124或125。本發(fā)明的組合物可以是溶液、混合物、攙合物，或可將這些組分置于本發(fā)明的容器或裝置中。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及容器，其包含如上述方法和組合物實(shí)施方式中所定義的兩或多個(gè)(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9個(gè))引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及容器，其包含如上述方法和組合物實(shí)施方式中所定義的兩或多種(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9種)探針。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及試劑盒，其包含如上述方法和組合物實(shí)施方式中所定義的兩或多個(gè)(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9個(gè))引物對(duì)。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式涉及試劑盒，其包含如上述方法和組合物實(shí)施方式中所定義的兩或多種(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9禾中)探針。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，方法檢測(cè)是否存在一或多種微生物的抗生素抗性基因。根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，方法檢測(cè)是否存在一或多種微生物的抗生素抗性基因以及所述微生物。所述引物有利地使得能夠在單一的反應(yīng)中對(duì)模板序列進(jìn)行同時(shí)或多重PCR，而不會(huì)形成引物二聚體或交叉反應(yīng)。此外，產(chǎn)物的長(zhǎng)度對(duì)于物種或抗生素抗性標(biāo)記物是獨(dú)特的。這使得擴(kuò)增反應(yīng)的產(chǎn)物能夠被分離，例如，通過(guò)電泳，并能夠通過(guò)評(píng)價(jià)認(rèn)定的一或多個(gè)條帶的長(zhǎng)度來(lái)鑒定若干基因。98靶序列的多重檢測(cè)不僅具有最佳通量的好處，還可在臨床上用于鑒別診斷和對(duì)治療進(jìn)行監(jiān)測(cè)。例如，菌血癥和敗血癥由一或多種不同病原體引起，而治療非常依賴于對(duì)所涉及的細(xì)菌和所涉及的抗生素耐藥菌株的檢測(cè)，這種檢測(cè)將指導(dǎo)施用正確的抗生素。因此，為了做到適當(dāng)?shù)暮陀行У闹委?，需要?duì)是否存在一或多種病原體及其抗生素耐藥菌株——所謂的病原體和抗生素而t藥菌i普(panelofpathogensandantibioticresistantspecies)——的特定核酸序列或其量作出非常特性的和敏感的檢測(cè)。本領(lǐng)域人員熟知，對(duì)于菌血癥和敗血癥，疾病發(fā)生后的一個(gè)非常短暫的時(shí)間窗決定了治療是否會(huì)成功。此外，本領(lǐng)域人員也熟知，對(duì)疾病越早作出診斷，治療便會(huì)越及時(shí)，治療越有可能獲得成功。不僅如此，本領(lǐng)域人員還熟知，對(duì)總體致病性的檢測(cè)并不僅僅限于包括細(xì)菌和抗生素耐藥菌株的譜，還涉及組合了真菌菌株、病毒株、蛋白質(zhì)和/或半抗原的譜或者它們與細(xì)菌和抗生素耐藥菌株的組合。產(chǎn)品本發(fā)明包括產(chǎn)品，所述產(chǎn)品包含一或多種引物或探針，其適合用于能夠?qū)υ诖怂龅奶卣餍詤^(qū)域進(jìn)行鑒定的裝置中。此類(lèi)產(chǎn)品包括，例如，-一或多個(gè)容器(如微陣列或多樣品容器)，其預(yù)先裝載了一對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物。多樣品容器能夠在同一個(gè)反應(yīng)中或者作為分開(kāi)的反應(yīng)同時(shí)檢測(cè)特征性區(qū)域，-試劑盒，其包括用于進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)的一或多對(duì)引物以及任選地緩沖液、試劑和容器，-試劑盒，其包括用于進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)的一或多個(gè)容器以及任選地緩沖液、試劑，-裝置，其包括用于進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)的一或多對(duì)引物，-一或多個(gè)容器(如微陣列或多樣品耗材)其預(yù)先裝載了一或多種探針。多樣品容器能夠在同一個(gè)反應(yīng)中或者作為分開(kāi)的反應(yīng)同時(shí)檢測(cè)特征性區(qū)域，-試劑盒，其包括用于進(jìn)行雜交的一或多種探針以及任選地緩沖液、試劑和容器，-試劑盒，其包括用于進(jìn)行雜交的一或多個(gè)容器以及任選地緩沖液、試劑和容器，-裝置，其包括用于進(jìn)行雜交的一或多種探針，-組合物，其包含在此所述的一或多個(gè)引物對(duì)，-組合物，其包含在此所述的一或多種探針。實(shí)施例以下實(shí)施例用于舉例說(shuō)明本發(fā)明的各種方法和化合物。實(shí)施例l:樣品制備將200^的患者血液加入到容器中，其中含有經(jīng)酸洗滌的玻璃珠(Sigma-Aldrich)，直徑為106nm或者更精細(xì)。在商品化的IKAMS2Minishaker上將懸液震蕩混合1至3分鐘，室溫。實(shí)施例2:核酸提取和純化在改進(jìn)的商品化仿生自動(dòng)機(jī)EZ1(Qiagen)上進(jìn)行核酸提取和純化。將震蕩混合的血液樣品與溶葡萄球菌酶(lysostaphin)在37°C溫育10分鐘。在接下來(lái)的反應(yīng)步驟中將核酸固定化于磁珠上。通過(guò)在不同的洗滌溶液中以外部磁場(chǎng)驅(qū)動(dòng)磁珠，固定化的核酸將與細(xì)胞殘片和其他細(xì)胞蛋白質(zhì)脫離。在最后的洗脫步驟中將核酸自磁性顆粒分離，然后在一獨(dú)立的vessel中與多重PCRMastermix(Qiagen)混合?；旌虾螅瑢⑷芤悍植加诰哂卸嘀匾飳?duì)和人對(duì)照引物對(duì)的帶狀容器(stripvessel)上。在商品化的熱循環(huán)儀如PerkinElmer9700上進(jìn)行多重PCR，使用Qiagen多重PCR試劑盒。采用通用的多重循環(huán)方案，第一起始活化步驟在95°C進(jìn)行15分鐘。隨后是3步循環(huán)94°C變性30秒，61°C退火90秒，和72。C延伸90秒。循環(huán)次數(shù)在30至45次之間，這取決于對(duì)敏感性的要求。最后在72。C延伸IO分鐘，結(jié)束擴(kuò)增。實(shí)施例4:檢測(cè)使用DNAIOOO試劑盒對(duì)擴(kuò)增的核酸進(jìn)行檢測(cè)。使用2100生物分析儀閱讀試劑盒中的芯片。試劑盒和分析儀購(gòu)自AgilentTechnologies。根據(jù)生產(chǎn)商的建議制備芯片并裝載參照物和擴(kuò)增的核酸，然后插入到2100生物分析儀上。分析運(yùn)行30分鐘后，使用PC運(yùn)行proprietary軟件讀取并分析來(lái)自生物分析儀的數(shù)據(jù)。權(quán)利要求1.檢測(cè)樣品中的一或多種微生物和/或一或多種抗生素抗性標(biāo)記物的方法，包括鑒定是否存在特征性核酸區(qū)域。2.權(quán)利要求1的方法，其中所述微生物的特征性核酸區(qū)域是23SRNA基因。3.權(quán)利要求1或2的方法，其中采用核酸擴(kuò)增來(lái)鑒定所述特征性核酸區(qū)域。4.權(quán)利要求2或3的方法，其中采用多重PCR來(lái)檢測(cè)兩種或多種特征性核酸區(qū)域。5.權(quán)利要求1或2的方法，其中采用雜交來(lái)鑒定所述特征性核酸區(qū)域。6.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是陰溝腸桿菌CE"fera6ac&rc/oacae)，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:3禾P4或SEQIDNO:5和6所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。7.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是陰溝腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:3至6中任一所表示的序列的雜交探針。8.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:l或2，而微生物是陰溝腸桿菌。9.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是糞腸球菌(五wferacoccw/""fl//》，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、或SEQIDNO:15和11所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。10.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是糞腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:9至15中任一所表示的序列的探針。11.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:7或8，而微生物是糞腸球菌。12.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是屎腸球菌(五"&racoccus/aecz'wm)，所述方法包括4吏用相應(yīng)于SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:19和20、或SEQIDNO:20和21所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。13.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是屎腸球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:19至21中任一所表示的序列的探針。14.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:16或17，而微生物是屎腸球菌。15.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是大腸桿菌(J^c/zen'c/n'aco//)，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。16.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是大腸桿菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:24至29中任一所表示的序列的探針。17.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:22或23，而微生物是大腸桿菌。18.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌(《/e6wW/a;"ewmom'fle)，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。19.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:32至37中任一所表示的序列的探針。20.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。21.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是銅綠假單胞菌CPwz^wwowasaen^/"cwa)，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。22.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是銅綠假單胞菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:40至42中任一所表示的序列的探針。23.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:38或39所表示的序列，而微生物是銅綠假單胞菌。24.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是金黃色葡萄球菌OSVap/^/ococcwsm^ew力，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。25.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是金黃色葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:45至51中任一所表示的序列的探針。26.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:43或44所表示的序列，而微生物是金黃色葡萄球菌。27.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌(Stop/^/ococcws印WenmVfo)，所述方f去包括4吏用相應(yīng)于SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。28.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:54至63中任一所表示的序列的探針。29.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。30.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Owcfefea/6fcara)，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。31.權(quán)利要求5的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:66至71中任一所表示的序列的探針。32.權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。33.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是Wages.2，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:74和75或SEQIDNO:76和77所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。34.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是W。gW.2，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:74至77中任一所表示的序列的探針。35.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:72或73所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是36.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是W"^，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:80和81或SEQIDNO:82和83所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。37.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:80至83中任一所表示的序列的探針。38.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:78或79所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是39.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是wed，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:86和87或SEQIDNO:88和89所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。40.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是me"，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:86或89所表示的序列的探針。41.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:84或85所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是mecA42.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:92和93或SEQIDNO:94和95所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。43.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:92至95中任一所表示的序列的探針。44.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:90或91所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是45.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是&"，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:98和99或SEQIDNO:100和101所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。46.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:98至101中任一所表示的序列的探針。47.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:96或97所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是48.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是&"凡所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:104和105或SEQIDNO:106和107所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。49.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是Fa"B，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:104至107中任一所表示的序列的探針。50.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:102或103所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是51.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是^mC，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:110和111或SEQIDNO:112和113所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。52.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是KwC，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:110至113中任一所表示的序列的探針。53.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO.108或109所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是54.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是J，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:116和117或SEQIDNO:118和119所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。55.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是MDi-7，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:116至119中任一所表示的序列的探針。56.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:114或115，而抗生素抗性標(biāo)記物是MD7-7。57.權(quán)利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是a)i-7，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:122和123或SEQIDNO:124和125所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。58.權(quán)利要求5的方法，其中所述抗生素抗性標(biāo)記物是CDi-7，所述方法包括使用相應(yīng)于SEQIDNO:122至125中任一所表示的序列的探針。59.權(quán)利要求l、3至5中任一項(xiàng)的方法，其中所述特征性核酸區(qū)域相應(yīng)于SEQIDNO:120或121所表示的序列，而抗生素抗性標(biāo)記物是C肌h60，一種容器，其預(yù)先裝載有一或多對(duì)擴(kuò)增引物，所述一或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQ:[DNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO.-54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98禾卩99、SEQIDNO:100禾B101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。61.—種容器，其預(yù)先裝載有一或多種探針，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。62.—試劑盒，其包括一或多對(duì)擴(kuò)增引物，所述一或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15禾卩12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。63.—試劑盒，其包括一或多種探針，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:llO至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。64.—試劑盒，其包括一或多種權(quán)利要求60或61的容器。65.—種裝置，其包括一或多對(duì)擴(kuò)增引物，所述一或多對(duì)擴(kuò)增引物選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13禾卩14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO::20禾口21、SEQIDNO:24禾口26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO-50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100禾卩101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112禾口113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、SEQIDNO:124和125所表示的序列。66.—種裝置，其包括一或多種探針，所述一或多種探針選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。67.權(quán)利要求60至66中任一項(xiàng)的容器、試劑盒、或裝置用于檢測(cè)樣品中的一或多種微生物和/或一或多種抗生素抗性標(biāo)記物的用途。68.組合物，其包括選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列的探針。69.組合物，其包括選自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列的兩種或多種探針。70.組合物，其包括選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列的擴(kuò)增引物對(duì)。71.組合物，其包括選自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列的兩對(duì)或多對(duì)擴(kuò)增引物。72.23SRNA基因的序列，其選自SEQIDNO:131至157所表示的序列。73.抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其選自SEQIDNO:158至261所表示的序列。74.權(quán)利要求6至59中任一項(xiàng)的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。75.權(quán)利要求6至59、和74中任一項(xiàng)的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。76.權(quán)利要求60至67中任一項(xiàng)的容器、試劑盒、裝置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。77.權(quán)利要求60至67、和76中任一項(xiàng)的容器、試劑盒、裝置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。78.權(quán)利要求68至71中任一項(xiàng)的組合物，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。79.權(quán)利要求68至71、和78中任一項(xiàng)的組合物，其中由SEQIDNO所表示的序列是所述SEQIDNO的同源序列。80.權(quán)利要求72的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。81.權(quán)利要求72或80的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。82.權(quán)利要求73的抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互補(bǔ)序列。83.權(quán)利要求73或82的抗生素抗性標(biāo)記物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。全文摘要本發(fā)明涉及檢測(cè)樣品中的一或多種微生物和/或一或多種抗生素抗性標(biāo)記物的方法，包括鑒定是否存在特征性核酸區(qū)域。還提供適合用于此類(lèi)方法的引物和探針。文檔編號(hào)C12Q1/68GK101248190SQ200680030887公開(kāi)日2008年8月20日申請(qǐng)日期2006年8月23日優(yōu)先權(quán)日2005年8月26日發(fā)明者A·巴爾,G·呂德克,H·盧貝諾,H·恩格爾,J·勞伯,J·巴赫爾,J-P·澤埃爾申請(qǐng)人:皇家飛利浦電子股份有限公司