專利名稱：：轉(zhuǎn)錄組微陣列技術(shù)及應(yīng)用該技術(shù)的方法轉(zhuǎn)錄組微陣列技術(shù)及應(yīng)用該技術(shù)的方法敝權(quán)和相關(guān)申請的奴錄本申請要求的優(yōu)先權(quán)有2004年11月3日申請的申請?zhí)枮?4105479.2，04105482.6，04105483.4，04105484.2，04105507.0，04105485.9的歐洲專利申請，和2005年3月14日申請的美國臨時專利申請60/662,276，和2005年7月18日申請的美國臨時專利申請60/700,293。駄領(lǐng)域本申請涉及基因和RNA皿陣列技術(shù)的領(lǐng)域，尤其是涉及含有在患病組織中敲的轉(zhuǎn)錄物的序列及它們在診斷和治療方案中的用途。同BW^的cd~rJJt件的索弓I在此提交的^T3個相同CD^R5M:(t私己為"Copy1"、"Copy2"和"Copy3")，^^有以下電子文本文檔。CD-R磁盤創(chuàng)建于2005年11月1日，^文件的大小注釋如下所列。ci>r磁盤上的所有電子文件&tKM:弓l用方式全文并Att。<table>tableseeoriginaldocumentpage4</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage5</column></row><table>)另外，在此提交的3個相同CI>RM(t私己了"Copy1-SequenceListingPart"、"Copy2-SequenceListingPart"禾口"Copy3-SequencelistingPart"的電子介質(zhì))中，^^有本文描述的所有序歹啲序列表。根據(jù)關(guān)于含有大的核苷酸和/或氨基列表和/或其相關(guān)表格的國際申請的PCITiistruction的801部分，序列表僅以802部分提到的計算機可讀形式的介質(zhì)提交。CD-R磁盤上的計算機可讀形式的電子介質(zhì)在本文以弓(用方式全文并入。背景獄制藥行業(yè)不斷追求這樣的新藥治療方,擇，即這些選擇比目前使用的藥物更有效、更具有特異性或具有更少的副作用。藥物治療的替代方案不斷地發(fā)展，因為人類的遺傳變異導(dǎo)致了許多藥物有效性的實質(zhì)差異。因此，雖然目前可用的藥物治療選擇品種繁多，但在患者不能應(yīng)答的情況下經(jīng)常需要更多的治療方法。傳統(tǒng)上，醫(yī)師所用的治療范例己經(jīng)規(guī)定了一線藥物治療，該治療可會樹于治療疾病產(chǎn)生最高的成功率。如果首次藥物治療沒有效果，則采用替代性藥物治療的處方。很清楚，這種范例對于某些疾病不是最好的治療方法。例如，在人癌癥的疾病中，首次治療經(jīng)常是最重要并且提供了成功治療的最好機會，這樣更加有必要選擇將對于特定患者的疾病最有效的最初藥物。識別出最佳的一線藥物是不可能的，因為沒有可用的方^^預(yù)測哪個藥物治療將^t于特殊的癌癥生理學(xué)是最有效的。這樣，患者經(jīng)常不必要地經(jīng)受無效的、毒性藥物的治療。例如，結(jié)腸飾癌，沒有一個方法去確定哪個患者將對外禾樣術(shù)后的輔助性化療起反應(yīng)。手術(shù)治療后40%復(fù)發(fā)危險的患者中的三分之一受益于化療。這意味實施輔助性化療致使許多患者接受了不必要的治療。癌癥治療和結(jié)腸直腸癌臨床試驗仍然基于新的活性化合物的可用性而進行探索，而不是基于利用腫瘤的遺傳組成和患者的基因型的藥物基因組學(xué)的集成方法。微陣列和分子基因組學(xué)的出現(xiàn)具有對于疾病的診斷能力和預(yù)后分類產(chǎn)生重要的影響的潛能，其幫助預(yù)測個體患者對某一確定的治療方案的反應(yīng)。微陣列用于大M傳信息的分析，藉此提供個體的遺傳指紋。廣泛認為該技術(shù)最終將為定制藥物治療方案提供必需的工具。然而，匯集用來充分表征和預(yù)測個體對特殊藥物治療的反應(yīng)的正確信息的能力是一個問題，并且，應(yīng)用藥物基因組學(xué)(appliedpharmacogenomics)的高期盼已經(jīng)令人有些失望(Nebertetat.2003.AmJPharmacogenomics;3(6):361-70)。目前微陣列的主要問題是他們通?；趤碓从诓糠譁y序工程的一般性信息內(nèi)容，其中觀,工禾i^^f越不同組織類型的^ii^列豐蔬(EST)信息?？蛇x擇的，該信息可以產(chǎn)生于禾擁算法預(yù)測基因存在的基因組測序工程。該方法的一個重要問題是微陣列生產(chǎn)一定要不斷地更新信息內(nèi)容以使得更多的序列信息可用。這樣，對于比已經(jīng)建立的更多的信息內(nèi)容，該方法導(dǎo)致了多個陣列版本，每一個均比其前一個具有更多的信息。這樣在患者管理中對該技術(shù)的常規(guī)應(yīng)用制造了重大屏障，因為研究者面對多個具有不同內(nèi)容的不同陣列平臺使得數(shù)據(jù)^i正非常困難。甚至在特定制備的序列平臺中，在早期和晚期陣列版本之間很難交叉衞正信息，這樣使得長期研究設(shè)計非常困難。目前可用微陣列的另一個問題是不同形式的疾病可會樹于不同治療劑的治療呈現(xiàn)不同的反應(yīng)。陣列的有用性受限于特定患病組織中這些陣列是如何表示的。因此常規(guī)的全基因組陣列沒有益處，因為與疾病狀態(tài)不相關(guān)聯(lián)的基因提供的夕卜源信號造成了高容量i離噪音，從而使得患病轉(zhuǎn)錄組的分析復(fù)雜。傳統(tǒng)的一般性陣列提供的多基因類型間的信息有限。然而，它們沒有包含在給定的單獨狀況(discretesetting)下表達的特定轉(zhuǎn)錄物的詳細信息內(nèi)容。一般性微陣列工業(yè)的一般方法是隨著更多的信息可以被使用，增加信息的密度和容量。這引起了基于藥物基因組學(xué)的研究中應(yīng)用該項技術(shù)的混亂。該主要的問題涉及到在比較一般性陣列的不同構(gòu)造中的困難。那就是，4歡制每來源于20k序歹鵬列的,與來源于40k序列陣列的數(shù)據(jù)關(guān)鵬來。這些混亂是由對照的注釋和不同的問題而導(dǎo)致。發(fā)明皿本發(fā)明提供了包含與來自患病組織的轉(zhuǎn)錄組相應(yīng)的生物分子的陣列和在分析中使用這些陣列的方法。本文描述了包含與來自患病組織的轉(zhuǎn)錄組相應(yīng)的核酸分子的陣列和在分析中使用這些陣列的方法。患病組織轉(zhuǎn)^^且是核酸轉(zhuǎn)錄物的集合，包括編碼和非編碼核酸序列，，特定患病組織中表達。本文還描述了包含與來自患病組織的轉(zhuǎn)錄組相應(yīng)的其它生物分子的陣列。這些生物力吁包含蛋白質(zhì)、多肽和抗體。陣歹u為研究患病組織的全皿譜和鑒定與疾病狀態(tài)相關(guān)的新轉(zhuǎn)錄{共了強有力的工具。本文描述的微陣列ffl31采用獨特方法解決了以前所用陣列遇到的難題，該方法是在給定的疾病組中定義全轉(zhuǎn)錄組信息內(nèi)容并將該信息內(nèi)容置于陣列上。全信息內(nèi)容來源于疾病進展不同階段的多個患病組織樣品，其包含種群和疾病異質(zhì)性。該方^^證了給定疾病組(givendiseasesetting)中的所有相^f言肩對于問診是可用的，因此其極大地增加了開發(fā)強信號的潛能，這些信號是給定疾病組中對療法反應(yīng)的診斷、預(yù)后或預(yù)測。另外，該方法導(dǎo)致了具有不需要多次更新的全信息內(nèi)容陣列的產(chǎn)生，因而有助于其自身的長期穩(wěn)定研究設(shè)計。而且，因為該方法呈現(xiàn)了完全和穩(wěn)定的平臺，所以在給定疾病組{，了多個患者群間的交叉^i正研究。在給定的疾病組中疾病特異性轉(zhuǎn)錄組陣列包含全信息內(nèi)容，并因此為基于藥物基因組學(xué)研究設(shè)計呈現(xiàn)了穩(wěn)定、長期解決方案。在本文提供的方法的一個方面，轉(zhuǎn)錄組陣列通過鑒定患者患病組織樣品的遺##征用于診斷疾病。通過來自患病組織樣品、或懷疑生病的組織樣品的轉(zhuǎn)錄物與轉(zhuǎn)影且陣列的反應(yīng)來鑒定遺傲寺征。然后檢測轉(zhuǎn)錄物與陣列上的互補序列雜交或結(jié)合。地，轉(zhuǎn)錄組陣列是固定在計對幾芯片上的陣列，并且4頓計^a技術(shù)檢測樣品的核酸分子與陣列的雜交。然后將患病組織樣品的遺##征與該特fB^特異性治療劑的有效性和反應(yīng)性的數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)。產(chǎn)生的表達譜與治療劑有效性的關(guān)M提供了進一步篩選和選擇預(yù)測對特定治療齊陏反應(yīng)的患者，由此使不必要的患魏受不成功的治療的情況最小化。本發(fā)明的方法的另一個方面包含本文方法中(如陣列分析)描述的轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用，用于檢觀琪它方法檢測不到的生物體的早期疾病和病癥。這些生物體包含人、動物、植物或細菌。本文描述的陣列和應(yīng)用該陣列的方法提供并利用轉(zhuǎn)錄組來檢測、監(jiān)視和鑒定許多疾病和病癥。所有的疾病一般可分劍巾瘤性疾病、炎癥疾病和退行性疾病。這些分類包含，而非限制性的疾病如，癌癥、關(guān)節(jié)炎、哮喘、神經(jīng)退行性疾病、心血管疾病、高血壓、精神障礙、傳染病、代謝性疾病或免疫疾病。在一個實施方案中，轉(zhuǎn)錄組陣列提供確信是目前鑒定的最完全的結(jié)腸,轉(zhuǎn)錄組的匯編。已經(jīng)集中了源于結(jié)腸組織的大約69,000個轉(zhuǎn)錄物用于生成結(jié)腸魏的、基于轉(zhuǎn)錄組的高密度寡核苷酸陣列。這些轉(zhuǎn)錄物中的大約40,000個描述于美國臨時專利申請?zhí)?0/662276中。來自于結(jié)腸;組織的另外的約23,000轉(zhuǎn)錄物和約5，000個反義轉(zhuǎn)錄物描述于本文以補充美國臨時專利申i織號60/662,276中所述的結(jié)腸直腸轉(zhuǎn)錄纟I^列。本文樹共的用于陣列的轉(zhuǎn)影且確信是至今鑒定的最完全的肺、胸部、結(jié)腸/直腸、肝、和腦組織的轉(zhuǎn)錄組版本。本發(fā)明集中了轉(zhuǎn)錄物用于生劇巿、胸、結(jié)腸/創(chuàng)l肝、和腦的患病組織的、基于轉(zhuǎn)錄組的高密度寡核苷酸陣列。這樣，本文描述的P車列對重要改變提供了大量信息，這些重要改變可能成為疾病進展或治療耐受的基礎(chǔ)。藥物基因組學(xué)具有如下潛能，即極大地降低在美國因為不良藥物反應(yīng)導(dǎo)致的估計100,000死亡和兩百萬次住院治療(Lazarouetal.JAMA.Apr15,1998.279(15):1200-5.)。不使用標準試誤法來匹配患者和藥物，本文描述的陣列和分析能夠使醫(yī)師分析患者樣品的遺^f寺征并從起始診斷階TO該患者纟合予:l^用的藥物治療。本文描述的陣列不僅提供了提高首次處方中最有效藥物的準確性的方法，而且提高了安全性，因為不良藥物反應(yīng)的可能性降低。因此，本發(fā)明的一個目的是提供包含來自患病組織的基因、多核苷酸、核苷酸和片段的核酸陣列，用于篩選目標樣品中疾病相錢因的鋭。本發(fā)明的另一個目的是提供鑒定在患病組織中表達的新的核酸轉(zhuǎn)錄物的方法。本發(fā)明的另一個目的是提供篩選組織中指示疾病或病癥存在的遺傳變異的方法，i^病，癥用其它方法檢測不到。本發(fā)明的另一個目的是掛共基于對患病組織中轉(zhuǎn)錄組分析進行診斷疾病的方法。本發(fā)明的另一個目的是樹共RNA，變化的完全分析的方法，戶皿RNA變化影響了特定疾病中所有鑒定了的基因或轉(zhuǎn)錄物。本發(fā)明的另一個目的是提供表征患病組織中個體的特異性基因/RNA的表達譜的方法，并使RNA，與適當且有效的藥物治療方案相關(guān)聯(lián)。本發(fā)明的另一個目的是提供區(qū)別疾病的不同形式的方法，并使表達譜與成功治療劑治療方案相關(guān)聯(lián)。本發(fā)明的另一個目的是掛共關(guān)聯(lián)魏譜與適當?shù)闹委焺┲委煼桨傅姆椒ā１景l(fā)明的另一個目的是掛共預(yù)測癌癥治療后復(fù)發(fā)的方法。本發(fā)明的這些和其它的目的、特征和益處在下面公開的實施方案和附加的權(quán)利要求的詳細描述后將更加清楚。附圖簡述圖l:提供了轉(zhuǎn)錄組微陣列的圖，其顯示了治療劑敏感的腫瘤和治療劑耐受的腫瘤的,譜。圖2:劍共了所有公眾可用的結(jié)腸、前列腺和胸組織M的BLAST比較簡圖。發(fā)明詳述本文提供了轉(zhuǎn)錄組陣列和4頓它們的方法。描述了包含來自于患病組織轉(zhuǎn)錄物的核酸分子的轉(zhuǎn)錄組陣列，其中核酸分子以陣列形式排列。陣列上的核酸分子與來自患病組織樣品的互補核酸轉(zhuǎn)錄組序列雜交。本文定義疾病特異性轉(zhuǎn)錄組為在特異性患病組織中轉(zhuǎn)錄的編碼糊輸碼轉(zhuǎn)錄物的集合。本文描述的其它陣列包含其它生物分子，如g來自患病組織轉(zhuǎn)錄組中的轉(zhuǎn)錄物的多肽或抗體。這樣，本，供的陣列包含核酸陣列、多肽陣列，或抗體陣列。在本文中，除非上下文另有要求，否則，當在特定的實施方案中述及核酸陣列時，應(yīng)當理解，相應(yīng)的蛋白陣列和抗體陣列也應(yīng)當被考慮進去。在這些實施方案中，核酸被轉(zhuǎn)錄物編碼的多肽或特異于該多肽的抗體所替代。本文描述的組合物和方法可以參考下面詳細的特定實施方案的描述更容易地理解。雖然組合物和方法是ffiil參考其某些實施方案的特定細節(jié)來描述，但是不能離為腿些細節(jié)看作魏本發(fā)明范圍的限制。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以基因形式的細胞DNA轉(zhuǎn)錄為RNA;編碼RNA翻譯為蛋白質(zhì)；RNA可選池反轉(zhuǎn)錄為cDNA。i^地，本文描述的轉(zhuǎn)錄組陣列包含患病組織的所有的或基本上所有的RNA轉(zhuǎn)錄物。疾病特異性轉(zhuǎn)錄組包含已知和未知功能的轉(zhuǎn)錄物，并任選地包含由編碼RNA轉(zhuǎn)錄物翻譯的蛋白質(zhì)作為轉(zhuǎn)錄組內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄的延伸和反映。疾病特異性轉(zhuǎn)錄組可以隨著疾病，，如化療^^療的外界刺激或影響而變化。如本文所用，術(shù)語"轉(zhuǎn)錄物"意為源于以DNA或cDNA為*剪坂的轉(zhuǎn)錄過程的RNA分子。轉(zhuǎn)錄物也可以用RNA轉(zhuǎn)錄物翻譯的蛋白質(zhì)或RNA轉(zhuǎn)錄物反轉(zhuǎn)錄形成的cDNA好表示。如本文所用，術(shù)語"基因產(chǎn)物"意為源于以DNA或cDNA為模版的轉(zhuǎn)錄過程的RNAihT和由該RNA^翻譯的多肽分子。如本文所用，術(shù)語"轉(zhuǎn)錄組"意為特異性組織中轉(zhuǎn)錄的編碼或非編碼RNA轉(zhuǎn)錄物的集合，和iM包含組織中產(chǎn)生的所有的和基本上所有的RNA轉(zhuǎn)錄物。這些轉(zhuǎn)錄物包含信使RNA(mRNA)，可選擇的剪接mRNA，核糖體RNA(rRNA)，轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)，還有大量的其它轉(zhuǎn)錄物，它們不能翻譯成蛋白質(zhì)，如核內(nèi)小RNA(snRNA)，反義^如小干擾RNA(siRNA)和微RNA，或是其它功倉抹知的RNA轉(zhuǎn)錄物。轉(zhuǎn)錄組還包含,組內(nèi)的RNA轉(zhuǎn)錄物翻譯的蛋白質(zhì)，其是轉(zhuǎn)影且內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄的延伸禾皈映。如本文所用，術(shù)語"患病組織"意為來自特定的器官或組織類型的組織，該組織具有與組織關(guān)聯(lián)的特殊疾病類別(如結(jié)腸直腸癌、乳癌、神經(jīng)退行性疾病等)?；疾〗M織還指來自患病組織的單一細胞類型，如上皮細胞、基質(zhì)細胞或干細胞。例如，疾病的結(jié)腸，組織是指已被診斷具有疾病或病癥如癌癥的任意結(jié)腸直腸組織。雖然在某些實施方案中進行了癌癥類型的區(qū)分，但是在本發(fā)明的轉(zhuǎn)^S陣列的大部分實施方案中，不亥憶去區(qū)分組織中的不同癌癥類型。另外，可以理縱作為樣品的患病組織中，可以具有一些正常的、非患病組織或與患病組織一起作為樣品的細胞。翻包含在本文提供的陣列中的核酸分子、核酸元件或多核苷酸可以是任意類型的核酸或核酸類似物，非限制性地包含RNA、DNA、肽核酸、或它們的混合物和/或片段。如本文所用，術(shù)語"片段"是指如本文提供的那些序列的部分序列，所述片斷能夠保持足夠的核苷酸序列以允許該片段維持對該片段來源的整個序歹啲特異性和選擇性。片段可以互補于齡序列并保^^擇性地與齡序列雜交的會旨力。將核酸好分離、克隆和合成制備。核酸元件可以包含載體序列或其可以基本上是純的。核酸元件能夠在常規(guī)的雜交斜牛下與來源于組織樣品的包含轉(zhuǎn)錄物特異性分子或元件的核酸樣品中的互補轉(zhuǎn)錄物進行雜交。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員能夠調(diào)節(jié)雜交要素以提供對于給定雜交來說的最佳雜交和產(chǎn)生的信號，#^不同基因和基因組定位之間所需的分辨能力。下面的轉(zhuǎn)錄物列表提供了特異于特定患病組織的序列。該列表相，在下面的表1中。表格中和貫穿說明書所用術(shù)語"基因列表"意為"核酸轉(zhuǎn)錄物列表"并同時包含編碼和非編碼區(qū)。表l:序歹婊轉(zhuǎn)錄物列表總結(jié)<table>tableseeoriginaldocumentpage11</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>基因列表A-JJ的4Th列表中的序列包含在本說明書所附的CD-R上，并且通過弓l用方式將它們^P并A^文。患病結(jié)腸:m組織中的轉(zhuǎn)錄物本文提供了先前已經(jīng)被鑒定在結(jié)腸Ug組織中表達的16,350個轉(zhuǎn)錄子的集合。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表A中所列的至少4,000個核酸分子的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表A中所列的至少6,000、8,000、10,000、12,000、14,000或16,000個序列的核酸分子。基厥y教您OTD臘M祝至卿7DiVa儀環(huán)描述了2,773個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物既不與癌產(chǎn)生的公眾可用的鋭序列t礎(chǔ)文庫相矛盾，也不與Genebank中的注釋基因相矛盾。本文中，這,因^iifi鑒定的。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表B中所列的至少1,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表B中所列的至少50，100、500，1，000、1,500、2000或2500個序列的核酸分子?；蕐表c微o/z)臘儀房至卿/藩aw,卿CDNA文庫產(chǎn)生自疾病的人結(jié)腸組織，并且本文M高通量測序鑒定了1,805個核苷辦列，它們在以前還沒有被鑒定在結(jié)腸飾癌組織中毅。因此，在一個實施方案中，劍共了包含互補于基因列表C中所列的至少500個核酸分子的核酸針的陣列。在另一個實施方案中，陣歹抱含互補于基因列表C中所列的至少50、200、500、750、1,000、1,400或1,750個序列的核酸分子。基厥y顏，29諒即/藩Q:22，廁可選擇的前mRNA剪接是主要的細胞過程，m該過程單基因的初級,物產(chǎn)生功能不同的蛋白，這Hf況常常以組織特異性模式發(fā)生。本文新近鑒定了1,318個核苷酸序列的集合，這些序列以先前注釋的基因或ESTs的顯著改變的(剪接)形式存在(在結(jié)腸M癌組織中表達)。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表D中所列的至少500個核酸^f的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表D中所列的至少50、100、250、500、750、1，000或1,250個序列的核酸^HF?；拾羏卿/DM9:","7顯即/DM).'32，卿用患病的人結(jié)腸:M組織^cDNA文庫，本文鑒定了10，556個核^^列，這些序列先前沒有被鑒定出在結(jié)腸直腸癌組織中表達。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表E中所列的至少500個核酸分子的核酸針的陣列。在另一個實施方案中，陣歹抱含互補于基因列表E中所列的至少1,000、2,000、5,000或10，000個序列的核酸分子?；输汧艦0/Z)臘"柳至鵬/DM):雙卿用患病的人結(jié)腸l^組織ffiz:cDNA文庫，本文鑒定了7,134個核,列，這些序列先前沒有被鑒定出在結(jié)腸1^癌組織中表達。因此，在一個實施方案中，衛(wèi)共了包含互補于基因列表F中所列的至少500個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表F中所列的至少l，OOO、2，500、5,000或7,000個序列的核酸分子?；?y敦rSEQ/Z)iVO:39，9J7_^gQ/D7VO:d，J/刀本文鑒定了22,376個核苷酸序列的集合，這些序列先前沒有被鑒定出在結(jié)腸SJ1癌組織中,。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表G中所列的至少4,000個核酸^T的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表G中所列的至少6000、8,000、10,000、12,000、14,000、16,000或19,000個序列的核酸M?；誓?/廣卿/"臘似3"至卿/D7VQ,67,卿本文新近鑒定了5,672個核苷酸序列的集合，這列構(gòu)成反義和相應(yīng)的反向互補轉(zhuǎn)錄物。反義轉(zhuǎn)錄物及其相應(yīng)的有義轉(zhuǎn)錄物的包涵體(inclusion)是陣列的重要特征。一般的商業(yè)可獲得的陣列主要集中在檢測編碼有義蛋白的轉(zhuǎn)錄物。隨著內(nèi)源反義RNA轉(zhuǎn)錄鵬癌禾唭它疾病中的作用的興趣的增加，現(xiàn)在已經(jīng)鑒定了結(jié)腸直腸轉(zhuǎn)錄組中的反，列。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表H中所列的至少2,000個核酸^的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表H中所列的至少3,000、4，000或5,000個序歹啲核酸針。患病肺組織中的轉(zhuǎn)錄物基厥凝〃卿//)服67.9&5至卿/Z)級7,75)本文ilf共了先前顯示了肺癌中涉及的36,431個轉(zhuǎn)錄物的集合。因此，在一個實施方案中，劍共了包含互補于基因列表I中所列的至少4，000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表I中所列的至少6,000、8,000、15,000、20,000、30,000或35,000個序列的核酸針?；誓齤微o/藩a演,楊至卿iP雄炭倒本文描述了24個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物由肺癌組織制備的公眾可用的EST文庫相矛盾，或不與Genbank中的注釋基因矛盾。這離因是本文鑒定的。因此，在一個實施方案中，撤共了包含互補于基因列表J中所歹啲至少5個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表J中所列的至少6、10、15、18、20或22個序列的核酸分子。基厥凝"卿7D臘7似,柳至您(9/D臘廁,柳本文Mil高通量測序鑒定了22^ii^列標簽的集合，這些^ii序列t^先前沒有鵬御巿組織中毅。因此，在一個實施方案中，劍共了包含互補于基因列表k中所列的至少5個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表k中所列的至少6、10、15、18或20個序列的核酸分子?；裣眮A您(9/D級術(shù),粉至促，臘/",卿本文新近鑒定了9,727個鑒定為含序列的轉(zhuǎn)錄物集合，其中所述的序列以先前注釋的肺癌關(guān)ra因或ESTs的顯著改變的(剪接)形式^E。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表D中所列的至少3,000個核酸分子的核酸針的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表D中所列的至少4,000、5,000、7，000或9,000個序列的核酸分子。本文親腿鑒定了5,208個注釋基因的集合，這些基因已經(jīng)被鑒定為在患病肺組織中表達。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表M中所列的至少2，500個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表M中所列的至少3,000、4,000或5,000個序歹啲核酸分子?；输沬v您，臘//w至卿/藩a諷柳本文鑒定了452個轉(zhuǎn)錄物的集合為單拷貝EST核苷列，這些轉(zhuǎn)錄物在肺癌組織中皿并且先前沒有被鑒定為注釋基因。因此，在一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表N中所歹啲至少200個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表N中所列的至少250、300、350或400個序列的核酸分子?；誓?9艦0/D臘諷柳至卿/D毅.脫,本文新近鑒定了42,790個緑物集合，這些轉(zhuǎn)錄物組成了肺癌組織中鋭的序列的反義和相應(yīng)的反向互補(reversecomplement)轉(zhuǎn)錄物。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表O中所列的至少20,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因歹J表O中所列的至少25,000、30,000、35,000或40,000個序列的核酸好。基厥凝尸您,臘；OJ9至卿/房a徵，本文樹共了17,291個先前已鄉(xiāng)趨示在乳癌組織中敬的^iij^列禾礎(chǔ)的集因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因歹撥P中所列的至少3，000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表P中所列的至少4，000、5,000、7,000、10,000、12,000、15,000或17,000個序列的核酸分子。本文描述了3,278個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物不與公眾可用的由乳癌組織制備的EST文庫相矛盾，或不與Genbank中的注釋基因相矛盾。這錢因是本文新近鑒定的。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表Q中所列的至少1,000個核酸^f的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表Q中所列的至少4，000或6,000個序列的核酸力吁。本文M31高通量測序鑒定了6,915個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物先前沒有報道在患病乳腺組織中敏。因此，在一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表R中所歹啲至少2,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表R中所列的至少4,000或6,000個序歹啲核酸針。基厥凝鵬師A/a'綴723至卿/DiVa俠廁本文新近鑒定了4,857個鑒定為含序列的轉(zhuǎn)錄物集合，其中戶誠的序列在患病乳腺組織中以先前注釋的基因或ESTs的顯著改變的(剪接)形式存在。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表S中所列的至少1,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表S中所列的至少2,000或4,000個序列的核酸分子?；输?Y卿iD臘綴卿至卿7D臘微廁本文鑒定了34,141個在乳腺組織中皿的轉(zhuǎn)錄物的集合。這些轉(zhuǎn)錄物先前沒有被確認為在乳癌組織中鋭。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表T中所列的至少10,000個核酸肝的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表T中所列的至少15,000、20,000、25,000或30,000個序列的核酸分子?；?凝〃您，旭-至卿/D臘說,在本文眾，3，911個轉(zhuǎn)錄物的集合被鑒定為單拷貝EST核,列，這些轉(zhuǎn)錄物在乳癌組織中魏并且先前沒有被鑒定為注釋基因。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表U中所列的至少1,000個核酸好的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表U中所歹啲至少1,500、2,000、2，500或3,000個序列的核酸針。本文,艦鑒定了16,666個轉(zhuǎn)錄物的集合，戶脫轉(zhuǎn)錄物構(gòu)成了在乳癌組織中魏的序列的反義和其相應(yīng)的有義轉(zhuǎn)錄物。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表V中所列的至少8,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表V中所列的至少10，000、12,000、14,000或16,000個序列的核酸分子?；疾「谓M織的轉(zhuǎn)錄物基厥凝『您p氾旭.譜,柳至卿/房a，廁本文樹共了24，744個先前己經(jīng)鑒定為在與肝炎相關(guān)的肝組織，的轉(zhuǎn)錄物的集合。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表W中所列的至少4,000個核酸好的核酸舒的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表V中所列的至少6,000、8,000、10,000、12,000、14,000、16,000、19,000或21,000個序列的核酸M?；蕐教您,級，,裙至腳/z)旭.諷擁本文描述了13個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物不與公眾可用的AW炎相關(guān)的肝組織制備的EST文庫中相矛盾，或不與Genbank中的注釋基因相矛盾。這些基因是本文鑒定的。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表X中所列的至少8個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表X中所歹啲至少10或12個序列的核酸^^?；蕐表!Y卿/藩a，,455至卿/D臘，廁本文通過鑒定了先前已經(jīng)通過高通量篩選但是先前沒有報道在肝炎相關(guān)的肝組織中,的32個轉(zhuǎn)錄物的集合。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表Y中所列的至少15個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表Y中所歹啲至少20、25或30個序列的核酸針?；誓齔微,臘"頓7至卿/藩Q涯則本文鑒定了6,565個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物以先前注釋的基因或ESTs的顯著改變的(剪接)形式存在并且在肝炎相關(guān)的肝組織中皿。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表Z中所列的至少3,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表Z中所列的至少4,000、5,000或6,000個序列的核酸分子。本文親ffi鑒定了14,789個轉(zhuǎn)錄物的集合在肝炎相關(guān)的肝組織中表達。因此，在一個實施方案中，^f共了包含互補于基因列表AA中所列的至少8,000個核酸舒的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表AA中所列的至少8,000、10,000、12,000或14,000個序列的核酸分子。慕厥錄朋您0/D臘斑柳至卿/Z)7VQ.，,,本文鑒定了11,851個為單拷貝EST核,列的轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物在肝炎相關(guān)的肝組織中表達并且先前沒有鑒定為注釋基因。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表BB中所歹啲至少6,000個核酸好的核酸針的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表BB中所列的至少8,000或IO，OOO個序列的核酸M?；蕐表CC,卿/D級J07.柳至卿/D臘W7廁本文茅ffi鑒定了39,979個轉(zhuǎn)錄物的集合，戶皿轉(zhuǎn)錄物構(gòu)成了在肝炎相關(guān)的肝組織中表達的序列的反義和相應(yīng)的有義轉(zhuǎn)錄物。因此，在一個實施方案中，衛(wèi)共了包含互補于基因列表CC中所歹啲至少20,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表CC中所列的至少25,000、30,000或35,000個序列的核酸分子?；疾∧X組織的轉(zhuǎn)錄物本文提供了先前鑒定的在神會Si行性疾病相關(guān)的腦組織中表達的33,275轉(zhuǎn)錄物的集合。因此，在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表DD中所列的至少15,000個核酸分子的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表DD中所列的至少20,000、25,000或30,000個序列的核酸分子。本文M鑒定了5錯如下序歹啲轉(zhuǎn)錄物集合，0M序列不與在公眾可用的由神經(jīng)退行性疾病相關(guān)的腦組織制備的EST文庫相矛盾，或不與Genbank中的注釋基因相矛盾。這，因是本文鑒定的。因此，在一個實施方案中，劍共了包含互補于基因列表EE中所列的至少3個核酸么吁的核酸好的陣列?；蕐教F您OiP膽觀95J至卿/D臘，廁本文M高通量測序鑒定了341個轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物先前沒有報道在神會魏行性疾病相關(guān)的腦組織中。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表FF中所列的至少150個核酸好的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表FF中所列的至少200或300個序歹啲核酸針。^^/y表GG^￡6>iD7VQJS7J92^^五07D7Va3砂,77刀本文鑒定了8,486個轉(zhuǎn)錄物的集合，其中的轉(zhuǎn)錄物以先前注釋的基因或ESTs的顯著改變的(剪接)形式存在并且在神經(jīng)退行性疾病相關(guān)的腦組織中表達。皋厥凝/fflY卿7D級觀778至卿/D臘微娜本文劍共了新近鑒定的招酵魏行性疾病相關(guān)的腦組織鋭的19，081個轉(zhuǎn)錄物的集合。因此，在一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表朋中所列的至少8,000個核酸好的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表DD中所列的至少12,000、15,000、17,000或19,000個序列的核酸分子?；奂?〃卿/房a微柳至卿/D臘柳7砂本文鑒定了21,845個為單拷貝EST核,歹啲轉(zhuǎn)錄物的集合，這些轉(zhuǎn)錄物在神經(jīng)退行性疾病相關(guān)的腦組織中表達并且先前沒有鑒定為注釋基因。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表n中所列的至少10,000個核酸好的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表n中所列的至少12,000、15，000、17,000或20,000個序列的核酸分子?；誓齁JY卿/藩a柳7似至卿/DM).葡細本文新近鑒定了53,293個轉(zhuǎn)錄物的集合，戶腿轉(zhuǎn)錄物構(gòu)成了招申經(jīng)退行性疾病相關(guān)的腦組織中魏的序歹啲反義和相應(yīng)的有義轉(zhuǎn)錄物。因此，在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表JJ中所列的至少30,000個核酸針的核酸^^的陣列。在另一個實施方案中，陣列包含互補于基因列表JJ中所列的至少35,000、40,000、45,000或50,000個序列的核酸分子。陣列如上戶;M，本文提供的轉(zhuǎn)錄物列表可用于通過4OT互補于本文提供的序列的核酸分子制備患病組織轉(zhuǎn)錄組陣列。術(shù)語"陣歹u"和"微陣歹u"在本文可交互使用。本領(lǐng)域技術(shù)人員經(jīng)常用后一個術(shù)語表示與計算機芯片相關(guān)聯(lián)的一類微型陣列。如本文所用，術(shù)語"組織特異性元件"是指陣列上的結(jié)合到患病目標樣品來源的轉(zhuǎn)錄物特異性元件的生物分子，其包含核酸、多肽和抗體分子?；蛄斜鞟-H掛共了與患病結(jié)腸飾組織相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄物序列。在一個實施方案中，^f共了包含至少一個核酸^f的陣列，該核酸W互補于基因列表B、C、D、E、F、G、H或其組合中的患病結(jié)腸割錄且織轉(zhuǎn)錄物。在另一個實施方案中，掛共了包含核酸好的陣列，該核酸^^互補于基因歹俵B、C、D、E、F、G、H或其組合中的患病結(jié)腸皿組織轉(zhuǎn)錄物的至少70X，例如至少80%或至少90%的核酸分子。在另-一個實施方案中，提供了包含核酸分子的陣列，該核酸^互補于^"t基因列表B、C、D、E、F、G和H中的患病結(jié)腸皿組織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80X輕少9(^的核酸^T?；蛄斜鞩-O掛共了與患病肺組織相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄物的序列。在一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表J、K、L、M、N、O或其組合中的患病肺組織轉(zhuǎn)錄物的核酸好的陣列。在另一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表J、K、L、M、N、O或其組合中的,物的至少70%，例如至少80%或至少90%的患病肺組織核酸好的陣列。在另一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表J、K、L、M、N、O中的轉(zhuǎn)錄物的至少70%,例如80%或90%的患病肺組織核酸分子的陣歹1」?；蛄斜鞵-V掛共了與患病乳腺組織相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄物序列。在一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表Q、R、S、T、U、V或其組合中的患病乳腺組織轉(zhuǎn)錄物的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表Q、R、S、T、U、V或其組合中的患病乳B鬆且織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表Q、R、S、T、U、V中的患病乳腺組織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列?；蛄斜鞼-CC提供了與患病肝組織相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄物序列。在一個實施方案中，掛共了包含互補于基因列表X、Y、Z、AA、BB、CC或其組合中的患病肝組織轉(zhuǎn)錄物的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表X、Y、Z、AA、BB、CC或其組合中的患病肝組織轉(zhuǎn)錄物的至少700/^，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含至少互補于基因列表X、Y、Z、AA、BB、CC中的患病肝組織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列?；蛄斜鞤D-JJ劍共了與患病腦組織相關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄物序列。在一個實施方案中，^f共了包含互補于基因列表EE、FF、GG、HH、n、JJ或其組合中的患病腦組織轉(zhuǎn)錄物的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含互補于基因列表EE、FF、GG、HH、n、JJ或其組合中的患病腦組織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，掛共了包含至少互補于基因列表EE、FF、GG、HH、n、JJ中的患病腦組織轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列。在另一個實施方案中，提供了包含互補于來自兩個或多個不同癌組織的基因列表A-H、J-O、Q"V中的核,歹啲核酸好的陣列，以針對多種類型的癌。在另一個實施方案中，樹共了包含互補于基因列表A-H、J-O和(>V或其組合中的轉(zhuǎn)錄物的至少70%，例如至少80%或至少90%的核酸分子的陣列。，地，本文描述的每個實施方案中的陣列包含一個或多個本文新近鑒定的核酸分子或本文鑒定的核酸分子的組合。包括下述組合，即該組M有對于特定疾病、疾病的類型或?qū)挿秶募膊〉男陆b定的核酸分子。載為獲得編碼蛋白的核酸序列的表達，將序列并入具有一個或多個控制序列的載體中，控制序列可操作itt接到核酸上以控帝琪表達。-載體任選地包含其它的序列，如啟動子或增強子以驅(qū)動插入核酸的表達，包含核酸序列的以使得肽以融合蛋白的形式生產(chǎn)，禾n/或包含編碼分泌信號的核酸，以使得宿主細胞中產(chǎn)生的多肽從細胞中分泌出來。在本發(fā)明的令個方面，提供了包含分離的多核苷酸的載體。在本發(fā)明的另一方面，^了包M體的宿主細胞。肽^MM如下方法獲得的將并入了特異核,列的載條染到宿主細胞，其中在宿主細胞中的載體是有功能的；培雜主細胞以生產(chǎn)肽；和從宿主細胞或周圍介質(zhì)中回,太。這樣，生產(chǎn)多肽的方t跑含在本發(fā)明的范圍內(nèi)。方纟跑括由編碼多肽的核酸分子的多肽表達。這可以通過在含有載體的培養(yǎng)基中、在能夠引起或允許多肽表達的適當條件下培育宿主細胞而方便地獲得。載體和宿主細胞可以選擇或構(gòu)，當?shù)妮d體以包含適當?shù)恼{(diào)節(jié)序列，包含但不限于啟動子序列、終止子片段、多腺苷酸化序列、增強子序列、標記基因和其它的適當序列。載體可以是質(zhì)粒、病毒，如適當?shù)氖删w或噬菌粒。詳細的內(nèi)容參見，如MOLECULARCLO畫G:ALABORATORYMANUAL:2ndedition,Sambrooketal.,1989，ColdSpringHarborLaboratoryPress。許多已知的技賴n實驗方案用于控制核酸，例如制備核酸構(gòu)建體、誘變、觀,、DNA向細胞的導(dǎo)A^口基因魏，和蛋白質(zhì)分析，這些詳細描述在CURRENTPROTOCOLSINMOLECULARBIOLOGY,Ausubeletaleds.，JohnWiley&Sons,1992。在不同宿主細胞中的多肽的克隆和,系統(tǒng)是已知的。適當?shù)乃拗骷毎毦?、^+亥細胞如哺乳動物細胞和酵母，和桿狀病毒系統(tǒng)。因此，本發(fā)明進一步樹共了包含本文公開的異源核酸的宿主細胞。陣列制備使用多核苷酸設(shè)計和構(gòu)建本文所描述的轉(zhuǎn)錄物陣列。在一個實施方案中，排列核酸元件制備雜錄組陣列，盡管，在需要的情況下陣列可以包含相應(yīng)于多個轉(zhuǎn)^l且。轉(zhuǎn)錄組可以包含來自一個疾病或多個疾病的多個患病組織轉(zhuǎn)錄物。疾病特異性陣列包含在給定疾病組中轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄物。例如，在結(jié)腸飾癌中，這些轉(zhuǎn)錄物可以在結(jié)腸m腫瘤細胞微環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的某一范圍內(nèi)的細胞類型中轉(zhuǎn)錄，并且細胞可以包含，如、基質(zhì)細胞、上皮細胞、淋巴細胞、內(nèi)皮細胞、干細胞等。在另一個實施方案中，通過物質(zhì)相互作用或特異蛋白的分泌，癌變前細胞或癌變細胞改變了其周圍細胞(如腫瘤，敫環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的基質(zhì)、內(nèi)皮、或淋巴細胞)中轉(zhuǎn)錄物的表達，并因此產(chǎn)生結(jié)腸直腸癌特征的轉(zhuǎn)錄物，該轉(zhuǎn)錄物包含在疾病特異性陣列上。而且，當利用疾病牛寺異性陣列作為鑒定診斷性、預(yù)后性或預(yù)測性的遺傳標己的工具時，實際的標記可以包含來源于部分^^有這^體細胞群的轉(zhuǎn)錄物。本文提供的陣列可以用于任何合適的目的，如，但不限于，診斷、預(yù)后、藥物治療、藥物篩選等。對于給定的陣列，每個核,件可以是全序列或分裂成不同長度的序列。沒有必要將組成全序列的所有片te現(xiàn)在陣列上。在一個實施方案中，使用本領(lǐng)域己知的核酸固定或結(jié)合技術(shù)^^表轉(zhuǎn)錄物和轉(zhuǎn)錄物片段的組織特異性核酸元件在多個物理獨立位點固定在陣列上。在多，理3^位點的片段一同組成了|^錄物或轉(zhuǎn)錄物的嚴密(discreet)部分。片段可以互補于轉(zhuǎn)錄物的連續(xù)部分或轉(zhuǎn)錄物的不連續(xù)部分。目標樣品的核酸分子與陣列上片段的雜交表示樣品中目標轉(zhuǎn)錄物的存在。通過本領(lǐng)域常規(guī)的檢測方法進行雜交和雜交檢測并詳細描述于下文。在一個實施方案中，使用多個探針區(qū)別目標序列和患病組織樣品中的其它核,列。在一些實施方案中，至少2%的目標序列通31^針的結(jié)合呈現(xiàn)在陣列上。在另一個實施方案中，至少5%、至少10%，至少20%，至少30%，至少40%，至少50%，至少60%，至少70%，至少80%，或至少90%的目標序列呈現(xiàn)在陣列上?？蛇x擇地，當序列標較大的序列或轉(zhuǎn)錄物時，基因列表A到基因列表JJ的至少60%的序列33針的結(jié)合呈現(xiàn)在陣列上。在進一步的實施方案中，基因列表A到基因列表JJ的至少70X，至少80%，或至少90%的轉(zhuǎn)錄物通過探針的結(jié)合呈現(xiàn)在陣列上。樣品中的核酸片段與陣列上糊陛片段的雜交^^且織樣品中全轉(zhuǎn)錄物的存在。在另一個實施方案中，與全轉(zhuǎn)錄物或全轉(zhuǎn)錄物片m應(yīng)的核酸元件僅在一個物理獨立位點、以"斑點陣列"格式固定在陣列上。特異性核酸元件的多個拷貝可以在獨立的位點結(jié)合到陣列基質(zhì)。地，該類型的"斑點陣歹『包含本文新鑒定的一個或多個核酸^^。如上文戶皿，陣列優(yōu)選包含與基因列表A-JJ提供的轉(zhuǎn)錄物特異性元件或其片段相對應(yīng)的一個或多個核酸元件。如上文所述，特異于某種疾病如特定癌癥的陣列可被設(shè)計成包含相對于特定疾病的所有的或預(yù)定百分比的轉(zhuǎn)影且。例如，在一個實施方案中，陣列可以包含上面提供的與特定疾病如結(jié)腸1B癌相關(guān)聯(lián)的基因列表(基因列表A-H)中所有m擇的亞組的核酸序列。在另一個實施方案中，陣列可以包含轉(zhuǎn)錄組，該轉(zhuǎn)錄組例如為上面提供的與一般類型疾病如癌癥相關(guān)聯(lián)的基因列表(基因列表A-V)中的所有的皿擇的亞組的核酸序列。還有，在其它的實施方案中，陣列可以包含轉(zhuǎn)錄組，該轉(zhuǎn)錄組例如可為上面提供的與特定類型器官和疾病如與肝炎相劃干組織相關(guān)聯(lián)的基因列表(基因列表W-CC)或與神經(jīng)退行性疾病相組織相關(guān)聯(lián)的基因列表(基因列表DDJJ)中的所有的或選擇的亞組的核,列。在其它的實施方案中，陣列包含與基因列表A-JJ中^^共的既定轉(zhuǎn)錄物特異性元件的至少50%相對應(yīng)的核,件。在其它的實施方案中，陣列包含與基因列表A-JJ中提供的既定轉(zhuǎn)錄物特異性元件的至少60%，例如至少70%，至少80%或大于90%相對應(yīng)的核,件。來自患病組織樣品的目標轉(zhuǎn)錄物特異性元件與陣列上相應(yīng)的核酸元件的雜交表明樣品中目標基因的存在。相應(yīng)于基因列表A-JJ中,的其它轉(zhuǎn)錄物的其它核M^件或其片段可被置于陣列上個別的物理敝位點。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解在既定陣列上的核酸元件互補于既定目標樣品中的轉(zhuǎn)錄物特異t，列。包含天然序列的陣列也可以被設(shè)計成用于鑒定目標樣品中反義好的存在。對內(nèi)源反義RNA轉(zhuǎn)錄物是感興趣的，因為最近的文獻已經(jīng)涉及癌癥和其它疾病中的內(nèi)源反義。在一個實施方案中，所述陣列是下述核酸元件的陣列，即該核酸元件代表患病結(jié)腸1B組織轉(zhuǎn)錄組、患病肺組織轉(zhuǎn)錄組或患病乳腺組織轉(zhuǎn)錄組。在該陣列中，,分別存在在患病結(jié)腸直腸、肺或乳腺組織的轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄物總量的75%、80%、90%、95%、或98%以上。在一些實施方案中，剩余的核酸元件魏照元件。本文掛共的用于本文描述的測定中的陣列題過本領(lǐng)域己知的適當?shù)募夹g(shù)構(gòu)建。參見例如美國專利號5,486,452;5,830,645;5,807,552;5,800,992和5,445,934。在每個陣列中，獨立的核酸元件可以僅顯示一次或可以重復(fù)。陣列可以任選地也包含對照核,件?？梢允褂萌魏蝆M的基質(zhì)作為核酸元件固定和結(jié)合于其上的固體相。例如基質(zhì)可以是玻璃、塑料、金屬、涂金基質(zhì)和任何材料的濾器。基質(zhì)的表面可為任何合適的結(jié)構(gòu)。例如，表面可為平坦狀，或成脊狀或溝狀以使固定在基質(zhì)上的核酸元件相分離。在可選擇的實施方案中，核酸粘附到微珠(bead)上，其分別是可辨別的。核酸元件以倒可合適的方式粘附到基質(zhì)上以使得他們可用于雜交，包括共價或非共價結(jié)合。在其它的實施方案中，根據(jù)轉(zhuǎn)錄物的載是否與對特定疾病試齊啲敏感性或抗性相關(guān)，轉(zhuǎn)錄組中的多核苷酸或蛋白質(zhì)分子可以在陣列上分組。這樣分組在陣列上提供了這樣的區(qū)域，即轉(zhuǎn)錄物的集合表明具有特定陣列圖譜的個體是否將對特定治療劑反應(yīng)或不反應(yīng)(例如參見圖1)?；疾〗M織樣品任何適當?shù)哪繕私M織或細胞可以用作本文描述的方法中的患病組織樣品。本領(lǐng)域的技術(shù)人員可以理解術(shù)語"患病組織樣品"包含異常樣品、懷疑患病的樣品、和作為常規(guī)篩選檢査部分的分析用正常樣品。患病組織樣品，被處理以獲得一個或多個轉(zhuǎn)錄物特異性元件，然后將其與陣列結(jié)合以允許雜交和結(jié)合到陣列的轉(zhuǎn)錄物特異性元件的檢測。本文所用的術(shù)語"轉(zhuǎn)錄物特異性元件"包含招可適當?shù)膩碜詷悠分械腞NA轉(zhuǎn)錄物的核酸，如DNA或RNA。來自RNA轉(zhuǎn)錄物的核酸可以是由mRNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA、由該cDNA轉(zhuǎn)錄的DNA，由該cDNA擴增的DNA，由i亥擴增的DNA轉(zhuǎn)錄的RNA等。目的為測量基因拷貝數(shù)改變時，雌利用基因組DNA?？蛇x擇地，在檢測轉(zhuǎn)錄物(l個或多個)^ii7K平時，i^^[頓RNA或cDNA。例如，為了定量皿，轉(zhuǎn)錄辦寺異性元件可以是樹可類型的轉(zhuǎn)錄的RNA分子，例如信使RNA(mRNA)，可選擇的剪接mRNA，核糖體RNA(rRNA)，瓶RNA(麵A)，和大范圍的其它不翻譯成蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)錄物，如核內(nèi)小^RNA(snRNA)，和反義分子，如siRNA和微RNA(microRNA)。轉(zhuǎn)錄物特異性元件也可以是來自RNA的核酸。根據(jù)方法的目的，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將選髓當?shù)幕疾∧繕思毎徒M織。例如，在鑒定與特定病理狀況相關(guān)的轉(zhuǎn)錄物的方法中，可以f頓任何已知能夠顯示或皿病理狀況癥狀的生物樣品或細胞或組織。本文描述的陣列用于鑒定在癌癥中被差異誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄物。在該'瞎況下，目標細胞可以是腫瘤細胞，例如結(jié)腸癌細胞或胃癌細胞。靶細M源于任何組織源，包含人和動物組織，例如但不限于，新獲得的樣品，冷凍樣品、活組織檢查樣品、傳4夜樣品、血液樣品、保存的組織如石蠟包埋固定的組織樣品(也就是組織i央)，或細胞i^物。對于診斷，患病組織待測樣品來自懷疑患病的個體的生物樣品。理想狀況下，該組織樣品相應(yīng)于或結(jié)合于陣列，其中所述陣列包含來自相同組織的一個或多個完全轉(zhuǎn)錄組的重要部分。術(shù)語"重要部分"在本文定義為大約大于50%、75°/。、80%、90%、95%、或98。/。的^h轉(zhuǎn)錄組。例如，為診斷月市癌，肺組織樣品來源的轉(zhuǎn)錄物特異性元件應(yīng)用于包含患病肺組織的#轉(zhuǎn)錄組的所有或重要部分的陣列。轉(zhuǎn)錄物特異性元件的群可以通過本領(lǐng)域己知的任何適當?shù)暮怂岱蛛x或純化方法獲自患病目標組織或細胞。例如，用于核酸分離的商業(yè)可獲得的試劑盒，如來自QIAGEN^Alameda^CA)的用于分離DNA的QIAAMP⑧組織試劑盒用于本文描述的方法中。另外，核酸的分離和純化方法描述在LABORATORYTECHNIQUESINBIOCHEMISTRYANDMOLECULARBIOLOGY:HYBRIDIZAnONWITHNUCLEICACIDPROBES,PARTI.THEORYANDNUCLEICACIDPREPARATION,RTljssen,edElsevier,N.Y(1993)的第3章。根據(jù)樣品的大小和分離的方法，獲得轉(zhuǎn)錄物特異性元件可以同或不同擴增一起^(頓。適當?shù)臄U增方t跑括但不限于聚合Kf連式反應(yīng)(PCR)(Innis,etal,PCRPROTOCOLS:AGUIDETOMETHODSANDAPPLICATION,AcademicPress,Inc.SanDiego,(1990))，連接^^反應(yīng)(LCR)(參見WuandWallace,Genomics,4:560(1989)，Landegren,etal,Science,241:1077(1988)andBarringer,etal，Gene,89:117(1990))，轉(zhuǎn)錄擴增(Kwoh,etal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,86:1173(1989))，和自主序列復(fù)制(GuateUi，etal.，Proc.Nat.AcadSci.USA87:1874(1990))。涉及定量PCR的詳細內(nèi)容^f共在PCRPROTOCOLS:AGUIDETOMETHODSANDAPPLICATIONS,Innisetal.，AcademicPress,Inc.N.Y，(1990)中。在某些實施方案中，僅需要檢測特定的轉(zhuǎn)錄物特異性元件存在或不存在。在這樣的情況下，雜交信號的檢測表明樣品中轉(zhuǎn)錄物特異性元件的存在。在其它的實施方案中，需要定量樣品中的一個或多個轉(zhuǎn)錄物特異性元件的表達。在該情況下，樣品中轉(zhuǎn)錄物特異性元件的濃度與檢測的雜交信號是成比例的。技術(shù)人員將能夠離比值不必精確(例如轉(zhuǎn)魏率的加倍導(dǎo)致mRNA轉(zhuǎn)錄物的加倍和雜交信號的加倍)。更不嚴格的比值，例如目標mRNA濃度的10倍差異導(dǎo)致了雜交強度的5-15倍差異的情況是可以接受的。當需要更精確的定量時，，適當?shù)臉藴士梢杂糜谛Ｕ龢悠分苽浜碗s交介導(dǎo)的變化。雜交在本文提供的方法中，來自患病組織樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件在選擇的適當?shù)膰纈敏的剝牛下雜交到陣列。技術(shù)人員清楚地知曉變化雜交劍牛以選擇對樣品更適合的嚴謹度。例如，采用非嚴格沖洗緩沖液(例如6xSSPE0.01%Tween-20)和嚴格的緩沖液(如100mMMES，0.1M[Na+]，0.01%Tween畫20)，本領(lǐng)域人員或普通技術(shù)人員可以改變各自的沖洗次數(shù)(一般0-20次)，沖洗，(一般15-5(TC)以獲得最理想的雜交。理想化的雜交條件的方法對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說是熟知的(參見LABORATORYTECHNIQUESINBIOCHEMISTRYANDMOLECULARBIOLOGY,Vol.24:HybridizationWithNucleicAcidProbes,RTljssen,ed.Elsevier,N.Y"(1993))。在一個實施方案中，在低嚴謹^i牛下進行雜交，并且通過在逐步升高的嚴謹條〗牛下連續(xù)沖洗，以獲得所需的雜交特異性水平，從而消除錯誤雜交的雙鏈體。通過與基因特異性元件的雜交和與各種存在的對照的雜交之間的比棘評價雜交特異性。梳己和檢測雜交到本文提供的陣列的核酸元件的轉(zhuǎn)錄鵬異性元件雌通過檢測粘附到來自患病組織樣品的樣品轉(zhuǎn)錄辦寺異性元件的一個或多個^^來檢測。通過本領(lǐng)域已知的粘附標簽到核酸的任何適當方法，標簽可在雜交前、雜交中、或雜交后引入。適當?shù)姆椒梢园苯訉撕灱尤氲綐悠返脑嫁D(zhuǎn)錄物特異性元件(如mRNA、polyAmRNA、cDNA等)或在樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元^T增的期間或之后加入至(J擴增產(chǎn)品，例如〈頓標己的弓嫩或標己的核苷酸。適于本文描述的方法的標記包含但不限于用于染色的且具有fei己的鏈酶親和素結(jié)合物的生物素、磁珠(例如Dynabeads)，熒光染料(如熒光素、得克薩斯紅、羅丹明、綠熒光蛋白、及^^似物)、方謝性同位素齠宗劑(如3H、1251、35S、14C或32P)、酶(如辣根過氧化酶、堿性磷酸麟n—般用于ELISA的其它酶)、和比色標記，如膠體金和染色玻璃和塑料(如聚苯乙烯、聚丙烯、膠乳等)珠。根據(jù)標記的選擇，熟練技術(shù)人員將能夠選擇適當?shù)臋z測本領(lǐng)域已知的標記的方法。對于詳細描述標記核酸和檢測標記的雜交的核酸的方法參見LABORATORYTECHNIQUESINBIOCHEMSTOYANDMOLECULARBIOLOGY,Vol.24:HybridizationWithNucleicAcidProbes,Rlessen,ed.Elsevier,N.Y"(1993)。蛋白陣列在其它的實施方案中，設(shè)計和構(gòu)建了蛋白陣列。如本文所用，術(shù)語"蛋白"和"多肽"是可以互換的。這些陣列中的組織特異性元件包含蛋白、肽、抗體、肽核酸等。針對患病轉(zhuǎn)錄組編碼的多肽分子產(chǎn)生的抗體可以固定到陣列的離散位點上并結(jié)合到結(jié)合了可檢測的特異于抗體的標記的多肽上。從目標樣品分離出的蛋白可以與標記的陣列接觸，任何^H己蛋白從固定的抗體中被置換出都會通過陣列上離散位點處可檢測的標記的缺失而顯現(xiàn)。陣列上蛋白置換的特點可能與表達陣列特征的個體對特異治療劑的反應(yīng)或未反應(yīng)相關(guān)?；蛘撸鞍钻嚵锌梢园疾∞D(zhuǎn)錄組編碼的多肽分子。多肽^T可以附在轉(zhuǎn)錄組蛋白陣列的離散位點上，并且用分離自表達患病轉(zhuǎn)錄組的個體的抗微抗體可以是多克隆的、或更地為單克隆?？梢允褂猛暾目贵w，或其片段(如Fab或F(ab，)2)。當術(shù)語，射己的"涉及探針或抗體時，其意在包J繩過偶合(也就是物理連接)可檢測的物質(zhì)到探針或抗體上形成的直接^i己，以及通過與另一直接被標記了的試劑的反應(yīng)而形成的對探針或抗體的直接標己。間接標記的例子包含使用熒光標己的二級抗體對初級抗體的檢測和利用生物素對DNA探針的末端fei己以致于其可以用熒光iH己的鏈酶親和素檢測。術(shù)語"生物樣品"意為包含組織、細胞和分離自受試者的生物學(xué)液體，以及存在于受i式者體內(nèi)的組織、細胞和液體。也就是，檢測方法可以用于檢測體內(nèi)和體外檢測生物樣品中RNA，蛋白質(zhì)，和基因組DNA。例如，在體外，檢測RNA的技術(shù)包含Northern雜交和原位雜交。在體外，檢測蛋白的技術(shù)包含酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISAs)，蛋白質(zhì)印跡、免疫沉淀、和免疫熒光。在體外，檢測基因組的技術(shù)包含DNA雜交。而且，在體內(nèi)，檢測蛋白的技術(shù)包含向^i儲導(dǎo)入標記的抗體。例如，抗體可以用放射性的標記進行標記，其中標記的存在和位置可以通過標準成像技術(shù)檢測。試劑盒本文提供了檢測患病組織樣品中的轉(zhuǎn)錄物特異性元件存在或?qū)ζ涠康脑圐Rl搶。例如，試劑盒可以包含來自一個或多個患病組織的一個或多個轉(zhuǎn)影且的陣列。陣列上的分子可以是本文描述多核苷酸，多肽或抗體好。試劑盒任選地還包含可檢觀啲t私己或進行了標記的化合物或能夠檢測生物樣品中基因產(chǎn)物的表達的藥齊訴,于標記樣品和對陣列上互補序列的雜交產(chǎn)生影響的試劑。試劑盒任淑艦包含檢測樣品中轉(zhuǎn)錄物量的工具，如比色表和設(shè)備。試劑盒可以包含一個以上的陣列，其中每個陣列相應(yīng)于受不同疾病折磨的組織，和其中每個陣列包含多個相應(yīng)于受一種疾病折磨的組織的轉(zhuǎn)錄組?；衔锖退巹┛梢园b于適當?shù)娜萜髦?。試劑盒可以進一步包創(chuàng)頓試劑盒檢測蛋白或核酸的說明書。W!!l藥物(predictivemedicine)的^(OT:^本文提供了使用上述描述的陣列在預(yù)測藥物領(lǐng)域的方法。該領(lǐng)域包含診斷分析、預(yù)后分析、預(yù)測分析、藥物基因組學(xué)、和對不同疾病的臨床逸驗的檢測。術(shù)語"疾病"和"疾病狀態(tài)"包含肯^導(dǎo)致或潛在弓跑患病生物體中的細胞的小分子圖譜、細胞腔隙、或細胞器改變的疾病。該疾病可以分成三個主要的類別腫瘤病、炎癥疾病、和退行性疾病。疾病的例子包含但不限于代謝性疾病(例如肥胖癥、惡病質(zhì)、糖尿病、厭食癥等等)、心血管疾病(例如動脈粥樣硬化、,再灌注、高血壓、心肌梗死、再狹窄、心肌病、動脈炎等等)、免疫紊亂(例如慢性炎癥性疾病和紊亂，如克羅恩氏(Crohn's)病，炎癥t頓病，反應(yīng)性關(guān)節(jié)炎，變形性關(guān)節(jié)炎，骨關(guān)節(jié)炎，包括淋巴疾病，胰島素依賴性糖尿病，器官特異性自身免疫，包括多發(fā)性硬化、淋巴瘤性甲狀鵬中和格雷夫斯病，接觸性皮炎，牛皮癬，移植排斥，移植物抗宿主疾病，結(jié)節(jié)病，遺傳性過敏狀況，如哮喘和變態(tài)反應(yīng)，包括過敏性鼻炎、胃腸過敏，包括食物過敏，嗜曙紅細胞增多，結(jié)膜炎，腎小球性腎炎，對某醜原體易感比如腸蟲(例如利什曼病)和某些病毒感染，包括艾滋病病毒，和細菌傳染、包括肺結(jié)核和瘤型麻風(fēng)等等)，肌病(例如多肌炎，肌營養(yǎng)不良，中央核疾病，中央核(多核肌管)肌病，先天'W1強直，纖維質(zhì)肌病，先，強直狀態(tài)，周期性麻痹，線粒體肌病等等)、神經(jīng)系統(tǒng)紊亂(例如神經(jīng)病、阿爾茨海默氏病、帕金森氏病、亨廷頓病、肌萎縮側(cè)索硬化、運動神經(jīng)元病、外傷性神經(jīng)損傷、多發(fā)性硬化癥、急性播散tWi脊髓炎、急性壞死性出血性腦白質(zhì)炎、髓鞘形成障石Kdysmydination)疾病、線粒體病、偏頭痛紊亂、細菌感染、真菌感染、中風(fēng)、衰老、癡呆、周圍神經(jīng)系統(tǒng)疾病和精神紊亂如抑郁癥和精神分裂癥等等)、腫瘤生物學(xué)紊亂(例如白血病、腦癌、前列腺癌、肝癌、卵巢癌、胃癌、結(jié)腸US癌、咽喉癌、乳腺癌、劍夫癌、黑素瘤、肺癌、肉瘤、子宮頸癌、睪丸癌、膀胱癌、內(nèi)分泌癌、子宮內(nèi)膜癌、食管癌、神^^質(zhì)瘤、淋巴瘤、成神經(jīng)細胞瘤、骨肉瘤、胰腺癌、垂體癌、腎癌等)和眼科的疾病(例如視網(wǎng)膜炎細胞瘤和黃斑變性)。該術(shù)語還包括紊亂，其由已知和未知的氧化應(yīng)激、遺傳癌綜合癥和代謝疾病弓胞。一脫用于預(yù)測藥物的方法如下進行將來自患病目標細胞或組織或杯疑具有病理狀況的細胞或組織的轉(zhuǎn)錄物特異性元件與本文描述的陣列結(jié)合，然后在允許轉(zhuǎn)錄物特異性元件與陣列的核酸分子雜交的條件下經(jīng)過足夠時間的孵育，然后檢測雜交；雜交的檢測表明樣品中患病組織的存在，或分析轉(zhuǎn)錄物表達的模式并與來自參照樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件表達的參考比較，以提供樣品的關(guān)于診斷、預(yù)后、藥物篩選、抗性、治療的選擇等的信息，更詳細的描述如下。診斷分析掛共禾,本文描述的陣列的診斷分析，以用于測定蛋白和/或核酸皿和生物樣品(如血液、血清、細胞、組織)的活性，從而確定個體是否受疾病或病癥的折磨，或具有患病的征兆，或個體是否具有發(fā)展成與異常蛋白、核酸表達或活性相關(guān)的疾病或發(fā)育成疾病的風(fēng)險。早期診斷將禾盱治療和增加成功治療并可以使醫(yī)師甚至疾病或病癥的癥狀開始前預(yù)防性地治療個體。本文描述的陣列以可以用于鑒定病態(tài)狀況下差異表達的核酸分子，如結(jié)腸飾組織、肺組織、乳l7鬆且織、肝組織鵬組織的病態(tài)斜牛。檢測生物樣品中的RNA轉(zhuǎn)錄物或基因產(chǎn)品的存在與否的示例性的方跑括獲得生物樣品，其包含來自待測受試者的核酸元件，將生物樣品與能夠檢測蛋白質(zhì)或核酸的化合物或試劑接觸，這樣能夠檢測生物樣品中雜交到本文描述的陣列的轉(zhuǎn)錄物的存在。檢測RNA或基因組DNA的試劑iM為^i己的會,雜交到來自樣品的RNA或基因組DNA的核酸探針。核酸探針可以是，例如，全長核酸皿部分，如^:至少為11、15、30、50、100、250、500、1,000個或更多核苷酸的寡核苷酸，并且在嚴謹^f牛下其充分地特異雜交到RNA或基因組DNA。生物樣品與陣列結(jié)合以檢測生物樣品中轉(zhuǎn)錄物特異性元件。在一個實施方案中，生物樣品包含來自待測受試者的蛋白分子。可選擇地，生物樣品包含來自待測受i儲核酸元件，如RNA^f或基因組DNA分子。優(yōu)選的生物樣品是生物液體(如血清)、細胞樣品、或以常規(guī)方式如針刺活組織檢查從受試者分離的組織活檢樣品。陣列還可以用于鑒定弓胞患病組織中存在的轉(zhuǎn)錄物產(chǎn)生的基因的突變。這樣，本發(fā)明Jlf共了一種鑒定與異常RNA魏或活性相關(guān)的疾病或病癥的方法，其中待觀孵品獲自對式者，然后檢測蛋白或核酸(如RNA、基因組DNA)，其中蛋白或核酸的存在可以診斷為患者具有或處于發(fā)展成與異?；虮磉_或活性相關(guān)的疾病或病癥的風(fēng)險。診斷分析提供了一種鑒定樣品中與病態(tài)狀況(如早期階段的癌癥狀，且該癥狀癥狀發(fā)生前的和通過樹可其它方法不能檢觀倒的)的易感性相關(guān)一個或多個轉(zhuǎn)錄物特異性元件的方法，或鑒定病態(tài)狀態(tài)的實際存在的方法。如果將樣品雜交模式、或表達模式與非疾病參照樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件表達的參照模式相比較，相應(yīng)的目標細胞的轉(zhuǎn)錄物特異性元件與參照樣品之間的^ii差異表明與病理狀況相關(guān)聯(lián)。同樣，如果表達模式與來自特殊病理狀況的疾病參照樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件表達的參照模式比較，雜交模式或表達模式與參照模式基本相符則表明樣品組織或細胞中的病理狀況病理狀況的易感性的存在。預(yù)測定的參照模式可以由貫穿全陣列或核酸分子的亞組的表達模式組成，例如被測定為與特殊病理狀況相關(guān)的具有特殊關(guān)聯(lián)性的亞組。這樣的核酸分子的新亞組可以用于與特殊病理狀況相關(guān)聯(lián)的核酸元件陣歹啲構(gòu)建。這樣的新陣列形成本發(fā)明的另一方面。表達差異可以定性或定量。例如，相比于參照樣品中的表達的差異可以是樣品的目標細胞的一個或多個轉(zhuǎn)錄物特異性元件表達的上調(diào)或表達的下調(diào)。相比于非疾病參照樣品(艦照)中的相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄物(一個或多個)表達，觀糧得至啲表達差異可以是一個或多個轉(zhuǎn)錄物表達的增長，或相比于非疾病參照樣品(或?qū)φ?相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄物的表達，一個或多個轉(zhuǎn)錄物的表達的增加和一個或多個其它轉(zhuǎn)錄物的魏的降低。因此，受到調(diào)節(jié)的敲模式可以指示特定的細胞或組織功能。在雌的實施方案中，與病理狀況相關(guān)的RNA種類或基因雜交到互補于一個或多個來自基因列表A-JJ的序列的核苷列。病理狀況可以是〗封可疾病狀態(tài)，例如病理狀況可以是癌癥。本文描述的陣列可以用于區(qū)分癌癥(如胸部(乳腺)、結(jié)腸直腸、肺等)的類型以及與既定組織相關(guān)的癌癥的亞類型。在一個實施方案中，如果，大于參照樣品中的相應(yīng)元件的O.l倍、0.5倍、l倍、1.5倍、2倍、5倍、IO倍或更高，則認為目標細胞中的轉(zhuǎn)錄物特異性元件的表達為上調(diào)或下調(diào)。當然，在評價該定性差異時，使用校正系數(shù)來測量表達水平，例如基于參照核酸元件的被測量的表達，已知其在目標細胞和參照樣品中均魏?？梢詉頓倒可適當糊嫉病參照樣品(艦照)。例如，參照樣品可以是來自與目標細M源相同的組織和/鄉(xiāng)官和/或受試者的細胞，或可以含有不存在相關(guān)病理的所述多個細胞中所述基因元件的表達值的平均值,。如本文戶;M，本文描述的陣列能夠評價特定患病組織中很大比例的轉(zhuǎn)錄組的表達，并因此可以用于與特定病理狀況相關(guān)的大量基因元件的差異表達模式的ifi介中。己經(jīng)測定轉(zhuǎn)錄物或基因與病理狀況的關(guān)聯(lián)性，該轉(zhuǎn)錄物的存在、拷貝數(shù)或表達水平可以用于診斷對該狀況的易感性存在的方法。該用途表示了本文描述的方、法的又一個^i5:方面。預(yù)后分析本文還提供了預(yù)后分析用于觀i」定個條不存在初步藥物干預(yù)離行初步藥物干預(yù)如夕卜科下之后是否將恢復(fù)或復(fù)發(fā)，其中戶，個體被診斷具有與異常蛋白、核酸,或活性相關(guān)的疾病自癥。本文描述的預(yù)后分析可以用于觀啶不存在招可治療或初步藥物干預(yù)后陽性或陰性的總體存活率，進而確定是否進行預(yù)后分析來鑒定最有效的進一步的治療。例如，分析可以用于測定病人是否應(yīng)當僅接受外科治療或可以在外科治療之前或之后使用藥物試劑、生物試劑、或治療劑相結(jié)合的雞尾酒。這些試劑尤其用于預(yù)后性差、并且其在沒有治療和藥物干預(yù)下將不再從疾病或病癥康復(fù)的個體，。在一個這樣的實施方案中，轉(zhuǎn)錄物特異性元件與疾病轉(zhuǎn)錄組陣列的雜交表明手M化療皿病或發(fā)展后不進行手術(shù)或化療就有復(fù)發(fā)的可能性。在優(yōu)選的預(yù)后分析中，陣列用于將來自樣品的雜交模式與來自已知患病組織的雜交模式相比較，其中，已知患病組織甜特定的治療消極反應(yīng)或積極反應(yīng)，從而患病組織經(jīng)歷或不經(jīng)歷疾病的復(fù)發(fā)，如癌癥纟辦后的復(fù)發(fā)。預(yù)測分析提供預(yù)測分析用于選,當?shù)奶貏e是治療影響個體的疾病或病癥的治療劑或預(yù)防試劑。治療試劑包含但不限于小分子化合物、激動劑、拮抗劑、蛋白質(zhì)(包含肽和抗體或抗體片段)、擬肽類、核酸、基因治療載體、放療、化療，以及其它驗治療試劑。然后將獲得的信息用于測定疾病關(guān)聯(lián)組織^藥物治療方法的反應(yīng)。這些方》跑含測定患#除腫瘤后對特定治療的反應(yīng)，腫瘤擴散復(fù)發(fā)后，腫瘤對放療、術(shù)后放療、或化療的反應(yīng)。除了能夠篩選用于調(diào)節(jié)活性的候選試劑外，本文描述的陣列可以用作測定試劑如治療試劑的作用方式。藥物基因組學(xué)分析本文描述的陣列還用于檢測由個體的基因型弓胞的蛋白、核酸敏或活性，以測定個體對特殊藥齊啲反應(yīng)能力，從而tt擇特異于該個體的適當?shù)闹委熁蝾A(yù)防試劑(如藥物)(本文中指"藥物基因組學(xué)")。在這個能力中，本文描述的陣列可以用于預(yù)后或預(yù)測分析以鑒定患者對基于遺傳圖譜的特定藥物治療的反應(yīng)性和抗性。在這種分析中，患者對藥物治療反應(yīng)的歷史數(shù)據(jù)與來自這些患者患病組織樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件的雜交模式有關(guān)。然后將該信息用于觀啶未來患者對相同藥物治療的反應(yīng)。這些方跑含測定患者腫瘤切除后、腫瘤擴散復(fù)發(fā)后的預(yù)后，和測量腫瘤對放療、術(shù)后放療或化療的反應(yīng)。示例性的將^ffl本文提供的轉(zhuǎn)錄組分析的治療劑治療包括但不限于關(guān)節(jié)炎藥物治療、化療藥物、治療抗體、治療蛋白或肽、治療核酸、抗精神病藥物、抗抑郁藥、抗哮喘藥、抗病毒藥、和抗細菌藥、抗高血壓藥、降低膽固醇藥和抗真菌藥。陣列還可以用于鑒定疾病進展、疾病的進攻性、和腫瘤復(fù)發(fā)分期的鑒定。本文提供的陣列還可以用于測量個體對特殊治療劑的不利反應(yīng)的程度，以準確滴定治療時間的劑量并Jii共更少的不利藥物反應(yīng)。不同的多態(tài)性可以導(dǎo)致特殊治療齊啲增加的或降低的新陳代謝。如果常規(guī)降解酶活性由于多態(tài)性而被斷氐，那么標準劑量可能引起比平常更不利的反應(yīng)。在許多藥物的效力和毒性方面，藥物代謝酶、轉(zhuǎn)運體、受體和其它藥物耙中的遺傳多態(tài)性與個體差異相關(guān)。例如，硫嘌呤甲難移酶(TPMT)導(dǎo)致一般描述的試劑6-巰靜票呤的糊率的改變(McLeodandYu,2003，CancerInvest.21(4):63040)。這個基因變條有顯著的臨床含義，因為具有功能型相關(guān)的TPMT基因中的同型突變的患者經(jīng)歷了給藥常規(guī)劑量6-MP后極端或致命的毒性。在該實施方案中，將樣品的教模式與來自參照樣品的轉(zhuǎn)錄物表達的參照模式相比較，當出現(xiàn)皿模式基科目應(yīng)于預(yù)測的參照豐試中的一個或多個時，貝撥明個體可能經(jīng)歷治療的不利反應(yīng)。在iM的實施方案中，包含還沒有與治療劑接觸的目標細胞或組織的對照樣品也與陣列結(jié)合，以用于比較。本文描述的陣列還可以用于檢測新的或現(xiàn)有治療的臨床i微。特別是，陣列用于預(yù)選具有病理狀況的患者群中的患者，或預(yù)篩選具有病理狀7兄的患者，對預(yù)選或篩選的患者施用進行臨床逸驗的試驗治療劑或其它治療劑以治療病理狀況，從而患者對藥物產(chǎn)生最優(yōu)的反應(yīng)。藥物發(fā)現(xiàn)和研究分析本文提供的陣列可以用于藥物發(fā)現(xiàn)和研究方法中。例如，陣列可以用于測定一個或多個轉(zhuǎn)錄組的轉(zhuǎn)錄物/基因?qū)(驗治療劑、新的合成化合物和其它感興趣試齊啲反應(yīng)。試齊何以是已知具有治療用途或可以是新研制出的候選治療劑。這樣，本文描述的陣列可以用于篩選一個或大量調(diào)節(jié)目標細胞或組織功能的候選試劑。與方法一致，將在一個或更多本文描述的陣列上的用候選治療劑處理的樣品的雜交模式與未處3W照樣品的雜交模式對比。處理樣品和對照樣品的雜交的轉(zhuǎn)錄物特異性元件間的差異表明候選藥劑在調(diào)節(jié)目標細胞或組織功能的能力。本文提供的組合物和方法將更詳細地描述在特定實施例中。下面的實施例為解釋性目的，無意于以樹可方式限制或定義本發(fā)明。鄉(xiāng)例實施例l:結(jié)腸直腸癌轉(zhuǎn)錄組序列的初始列表應(yīng)用下面的方法獲餅刀始結(jié)腸癌轉(zhuǎn)錄組陣列序列，其公開在歐洲專利申請EP04105479.2，EP04105482.6，EP04105483.4，EP04105484.2，EP04105507.0和EP04105485.9以及美國臨時專利申請60/662,276和6(V700,293中。材料和旅力A^有的下tif^庫得到的所有公開的^i序列纟蔬(ESTs)恢賊FASTA格式，并將所有921個繊庫連接到含272,686個單EST的單一序列文件。然后使用ParacelFilteringPackage(PFP)(可以在網(wǎng)址www.paracel.com中得到)中的特定過濾器的組合篩選這些EST以確保不希望的序列元件沒有進入集合程序。選擇設(shè)置以^t布低復(fù)雜區(qū)，載體序列和重復(fù)序列。過濾掉包含污染E.coli序列的序列、線粒體DNA和核糖體RNA的序列。這些篩選步mt后，前個階段ltt布的低質(zhì)量^^區(qū)鄉(xiāng)口倒可主要包含低復(fù)雜重復(fù)的序歹傭"trimjunk"算法(ParacelFilteringPackage)除去。最后，包含少于100個良好石咸基的序列篩選出來。纖,遂EST的篩選在"Phred"輸出文件而非原始FASTA序列文件，行。"Phred"文件包含序列的質(zhì)量信息，也就是對于旨ltt來說稱為統(tǒng)計上的顯著性。還允許使用其它的已知為"qualclean"的篩選算法。QualcleanAA)^列文件的開始和結(jié)尾刪去了f頓辦列。其它所用的過濾算法與公開繊所歹啲那些相同。纖襲公開的和內(nèi)部的數(shù)據(jù)的集合通過使用Paracel軟件"ParacelTranscriptAssembler(PTA)"(見網(wǎng)址www.paracel.com)在簇閥值(clusteringthreshold)為50下進行。集合在一起(重疊群)的這些序列針對GenbankNT數(shù)據(jù)庫進，亍BLAST,以進份主釋和鑒定序歹啲方向。在重疊^l皮鑒定為與Genbank中所列的那些相比處于相反方向的情況下，數(shù)據(jù)被反向補充并且兩個方向的都包含在最后的組中。結(jié)果狄纖鉀繊纖鄉(xiāng)羞驗#為了鑒定可以在結(jié)腸組織中表達的序列，在美國國家學(xué)會網(wǎng)址(見網(wǎng)址cgap.nci.nih.gov)上的癌基因組分析項目(CGAP)入口檢查已經(jīng)源于結(jié)腸飾組織、結(jié)腸飾癌組織、或結(jié)腸飾源細膨系的序歹瞻息。用CGAP鑒定了所有的921個EST數(shù)據(jù)庫列表。然后從UniGenel^,索庫本身。以單一的數(shù)據(jù)庫中TO信息，產(chǎn)生了共272,686個3拉序列。然后用Pamcel轉(zhuǎn)錄物集合工具集^^5l序列產(chǎn)生共18,721個重疊群和41,023單拷貝EST(singlet)。然后將18,721個重疊群與下面所列測序項目產(chǎn)生的重疊群比較。該比較顯示了針對最終數(shù)量為16,350個公JF^源的重疊群，只WW限的冗余。麟繊躑殺辦身微定為了鑒定其它能夠在結(jié)腸直腸組織中表達的轉(zhuǎn)錄物，無論是正常的或惡性的，絲自80個正常和惡性結(jié)腸飾月中瘤組織的RNA庫產(chǎn)生cDNA文庫。將RNA反轉(zhuǎn)錄并按方向克KA克隆載體。然后將文庫轉(zhuǎn)ftA細菌并平板培養(yǎng)產(chǎn)生單個克隆。選擇共50,000個克隆并測序確定他們的同一性。然后集合50,000個克隆產(chǎn)生總共10,396個相同的序列，組合單一序列得到4,129個重疊群和6，267單拷貝EST。然后對4,129個重疊群和6,267單拷貝EST來源的序列信息相對于公眾可用的包含Genebank的庫進行再次進行BLAST以完全鑒定新序列，并且相對于所有公眾可用的結(jié)腸克隆組織文庫產(chǎn)生的庫進行再次進行BLAST以鑒定先前還沒有報道在結(jié)腸直腸癌中表達的序列。該分析總共鑒定了2,773個先前在基因庫中還沒有mit作為注釋基因或EST的新序列。實施例2:結(jié)腸直腸癌序列的進一步鑒定其它的結(jié)腸直腸序列信息通過在含有公眾可用的信息的微陣列上的檢測來鑒定結(jié)腸;m組織中表達的其它轉(zhuǎn)錄物而獲得。這些序列補充了起始的轉(zhuǎn)錄組陣列序列信息，掛共了更完整的代表結(jié)腸割湯癌轉(zhuǎn)錄組的陣列。滅禾莉己40個來自結(jié)腸飾組織(27個腫瘤和13個正常)的RNA，并雜交到含有公開的可利用信息的微陣列上。從這些陣列得到轉(zhuǎn)錄物列表，用于那些在陣列的至少一個中存在和
背景技術(shù)：
中描述的目標(也就是鑒定在至少一個結(jié)腸;ij揚樣品中表達的,物)。芯片上使用GI或與探針組相關(guān)編號的起始工作顯示了目標序歹訴啦釋目標的全序列之間的一些差別。因此，確定〗頓目標的實際序列檢驗公開序列數(shù)據(jù)庫以從公開數(shù)據(jù)檢索這些序列，以校正公共數(shù)據(jù)庫的這些序列，所述公共數(shù)據(jù)庫最代表目標，并且該目標已經(jīng)通過陣列試驗以經(jīng)驗為主地確定表達在結(jié)腸直腸組織中。然后從全序列中提取這些序歹拼相對于臨時專利序列列表(也就是從內(nèi)部測序和公開翻庫采集鑒定的那些轉(zhuǎn)錄物)對其進行BLAST。從而衍生了21,909個轉(zhuǎn)錄物的列表，該列表中的轉(zhuǎn)錄物不美國臨時專利申請60/662,276中的序列列表中出現(xiàn)。該序列的全部列表對公開的EST數(shù)據(jù)庫(dbEST)在施用高嚴謹?shù)臈l件下(覆蓋90%目標)進行BLAST。然后從公開,正那些與dbEST不吻合的那些序列。fflil該方、法成功檢索16,377個序列的集合。將余下的6,635個序列對Reffieq庫進行BLAST。目標中1,663個的集合產(chǎn)生了一個與Reffieq的很強的不一致。而且，這些序列從公開繊庫中校正。從余下的4,972目標中，提取了GI數(shù)量，劍也們用于從公開,庫中檢索相關(guān)序列。該三個序列列難接入一個單一文件并用內(nèi)部副本序列檢測軟件檢索。其產(chǎn)生了22,376個無重,列的最終列表。實施例3:結(jié)腸直腸癌轉(zhuǎn)^^且的反義序列隨著內(nèi)源反義RNA轉(zhuǎn)錄物作用的科學(xué)交流興趣的增加，對結(jié)腸飾癌庫進行檢査反義轉(zhuǎn)錄物的存在。滅集合之后，內(nèi)部和公開的M重疊群對GenbankNT庫進行BLAST以達到注釋的目的和鑒定序歹啲方向。在重疊^l皮鑒定為與Genbank中所列的那些相比處于相反方向的情況下，數(shù)據(jù)被反向補充并且兩個方向的都包含在最后的組中。這樣，結(jié)合了反義和相應(yīng)的有義轉(zhuǎn)錄物形成了5,672個轉(zhuǎn)錄物的基因序列(基因列表H)。實施例4:肺癌轉(zhuǎn)^Mi^列的列表用于衍生基因列表I至l堪因列表O戶湖市癌轉(zhuǎn)錄物陣列序列的方法與用于衍生結(jié)腸飾癌序歹啲那些方法相似。這些55,626個肺癌序列是公開的可禾傭的肺EST文庫的內(nèi)部集合的結(jié)果。他們是先前顯示與肺癌有關(guān)的翻的唯一集合。這些序列中的一部分御巿癌中，并且先前沒有被鑒定為注釋基因。結(jié)果為了鑒定可能御市組織中TO的序列，從CGAP入口檢査已纟辣源于肺組織、肺腫瘤組織、和肺腫瘤源細胞系的序列信息。f頓CGAP入口鑒定了301個EST文庫的總列表。然后從UniGenef^庫檢索文庫本身。在單一數(shù)據(jù)庫中m信息產(chǎn)生全部471,630個3fc5:序列。然后fOTParacel轉(zhuǎn)錄物集合工具集合3te序列產(chǎn)生總共36,431個重疊群和19,195個單拷貝EST。嚴繊^^/鄉(xiāng)凝為了鑒定其它的可能,在肺組織中的轉(zhuǎn)錄物，無論是正?；蚴菒盒缘?，由來源于超過80個正常和惡幽刺中瘤組織的RNA庫g了cDNA文庫。將RNA反轉(zhuǎn)錄并按方向克隆入克隆載體。然后將文,化A^菌并培育產(chǎn)生3fci的克隆。共選擇4,032個克隆并測序確定他們的同一性。然后篩選克隆產(chǎn)生共3,450個單一序列，這些序列被集中^f共602個重疊群和1,589個單拷貝EST。然后重疊群和單拷貝EST來源的序列信息相對于公眾可得到的包含基因庫的數(shù)據(jù)庫進行再次BLAST以完全鑒定新序列，并且相對于所有公眾可禾,的肺組織文庫產(chǎn)生的庫進行再次BLAST以鑒定先前還沒有報道在肺癌中表達的序列。該分析總共鑒定了24個先鵬基因庫中還沒有，隨作為注釋基因或EST的新序列。實施例5:乳腺癌轉(zhuǎn)錄纟鵬列的列表用于衍生基因列表P至瞎因列表V中戶，的乳腺癌轉(zhuǎn)錄物陣列序列的方法與用于獲得結(jié)腸飾癌序列和肺癌序列的那些方法相似。這些87,059個乳J37鶴序列是公開的可利用的乳腺EST文庫的內(nèi)部集合的結(jié)果。他們是先前顯示與乳腺癌有關(guān)的數(shù)據(jù)的唯一集合。這些序列的一部分在乳腺癌中皿并且先前沒有被鑒定為注釋基因。結(jié)果妍鰣鉀游,嫩鰣鄉(xiāng)羞驗會為了鑒定可能在乳月鬆且織中的序列，從CGAP入口檢查巳纟53fe源于乳腺組織、乳腺腫瘤組織、禾時LI刻中瘤源細胞系的序列信息。4頓CGAP入口鑒定了l，BO個EST文庫的總歹懷。然后從UniGene,庫檢索文庫本身。在單一庫中自信息產(chǎn)生共288,854個3te序列。然后^頓Pamcel轉(zhuǎn)錄物集合工具集^^ti序列產(chǎn)生總共17,2911個重疊群和24,178個單拷貝EST。,鵬微^^/微定為了鑒定其它的可能敏在U泉組織中的轉(zhuǎn)錄物，無論是正常或是惡性的，由來源于皿120個正常和惡性乳腺腫瘤組織的RNA庫tel了cDNA文庫。將RNA反轉(zhuǎn)錄并按方向克隆入克隆載體。然后將文,化入細菌并培育產(chǎn)生獨立的克隆。共選擇157,260個克隆并測序確定他們的同一性。然后篩選克隆產(chǎn)生共127,306個單一序列，這，列被集中并提供14,489個重疊群和24,308個單拷貝EST。然后重疊群和單拷貝EST來源的序列信息相對于公眾可得至啲包含Genebank的庫進行再次BLAST以完全鑒定新序列，并且相對于所有公眾可禾傭的乳腺組織文庫產(chǎn)生的翻庫進行再次BLAST以鑒定先前還沒有報道在乳腺癌中，的序列。該分析總共鑒定了3,278個先fP&基因庫中還沒有fra在Genebank中作為注釋基因或EST的新序列。實施例6:與肝炎相關(guān)的肝組織來源的轉(zhuǎn)^^腺列的列表用于衍生基因列表W到基因列表CC所述肝炎相關(guān)的肝組織的轉(zhuǎn)錄物陣列序歹啲方法與用于衍生結(jié)腸飾癌序歹訴朋市癌序歹啲那些方法相似。這些86，122個患病肝組織摔歹提公開的可利用的肝EST文庫的內(nèi)部集合的結(jié)果。他們是先前顯示出涉及與肝炎相關(guān)的肝組織的數(shù)據(jù)的唯一集合。這些序列的一部分在肝炎相關(guān)的肝組織中并且先前沒有被鑒定為注釋基因。結(jié)果狄鰣,鄉(xiāng)康蘇胸爐聽,為了鑒定可能在肝炎相關(guān)的肝組織中戟的序列，從CGAP入口檢査已經(jīng)來源于肝組織、肝炎相關(guān)的肝組織、和肝炎相關(guān)的肝組織來源的細胞系的序列信息。使用CGAP入口鑒定了63個EST文庫的總列表。然后從UniGenef^庫檢索文庫本身。在單一數(shù)據(jù)庫中M"信息產(chǎn)生^P326,079個^H序列。然后{頓Pamcd轉(zhuǎn)錄物集合工具集^^l^序列產(chǎn)生總共24,744個重疊群和37,503個單拷貝EST。然后將重疊群與產(chǎn)生自下述測序項目的重疊群進行比較，該項目給出了最終24,744個公開來源的重疊群。與微被艦鄉(xiāng)教游辦鄉(xiāng)定為了鑒定其它的可能皿在與肝炎相關(guān)的肝組織中的轉(zhuǎn)錄物，由來源于超過40個正常和患病的肝組織樣品的RNA庫建立了cDNA文庫。將RNA反轉(zhuǎn)錄并按方向克隆入載體。然后將文庫轉(zhuǎn)化入細菌并培育產(chǎn)生獨立的克隆。共選擇4,944個克隆并測序確定他們的同一性。然后篩選克隆產(chǎn)生共2，869個單一序列，這辦列被集中^j共45個重疊群和2,300個單拷貝EST。然后重疊群和單拷貝EST來源的序列信息相對于公眾可得到的數(shù)據(jù)庫(包含NCBIRefSeq集合)再次進行BLAST,以完全鑒定新序列，并且相對于所有公眾可禾,的肝組織文庫產(chǎn)生的數(shù)據(jù)庫進行再次BLAST以鑒定先前還沒有報道在肝炎相關(guān)的肝組織中泰fe的序列。該分析總共鑒定了13個先mGenebank中還沒有報道作為注釋基因或EST的新序列。實施例7:與神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織凍源的轉(zhuǎn)影，列的列表用于衍生基因列表DD到基因列表JJ中所述的神經(jīng)細胞退行性的腦組織的轉(zhuǎn)錄物陣列序列的方法與衍生結(jié)腸飾癌序歹御肺癌序列的那些方法相似。這些136,326個患病腦組織存列是公開的可禾傭的腦EST文庫的內(nèi)部集合的結(jié)果。他們是先前顯示涉及神經(jīng)退行性的腦組織的唯一的,集合。這些序列的一部分在神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織中表達并且先前沒有被鑒定為注釋基因。結(jié)果姊微鉀鄉(xiāng)繊資辦鄉(xiāng)墓驗合為了鑒定可能在神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織中親的序列，從CGAP入口檢查已經(jīng)來源于腦組織、神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織、和神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織來源的細Sfe^的序列信息。i頓公共繊庫鑒定了674個EST文庫的總列表。然后從UniGene，索文庫本身。在單一數(shù)據(jù)庫中TO信息產(chǎn)生共656,559個《拉序列。然后^頓Paracel轉(zhuǎn)錄物集合工具集創(chuàng)拉序列產(chǎn)生總共33,275個重疊群和65,022個單拷貝EST。與贈遊維被麟鄉(xiāng)教條劍凝為了鑒定其它的可能皿在與神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織中的轉(zhuǎn)錄物，由來源于艦20個正常和患病的腦組織樣品的RNA庫粒了cDNA文庫。將RNA反轉(zhuǎn)錄并按方向克隆入載體。然后將文庫轉(zhuǎn)化入細菌并平板培育產(chǎn)生獨立的克隆。共選擇7，200個克隆并測序確定他們的同一性。然后篩選克隆產(chǎn)生共3,115個序列，這些序列被集合掛共346個重疊群禾口1,671個單拷貝EST。然后重疊群和單拷貝EST來源的序列信息相對于公眾可得到的,庫(包含NCBIRefSeq集合)再次進行BLAST以完全鑒定新序列，并且相對于所有公眾可利用的腦組織文庫產(chǎn)生的繊庫進行再次BLAST以鑒定先前還沒有報道在神經(jīng)退行性相關(guān)的腦組織中敏的序列。該分析總共鑒定了5個先鵬Genebank中還沒有報道作為注釋基因或EST的新序列。實施例8:來自結(jié)腸飾、前列腺和乳腺腫瘤序歹啲比較來自結(jié)腸直腸腫瘤、前列腺月中瘤和乳腺腫瘤的序列與常規(guī)表達的序列進行比較。圖2樹共了表示所有結(jié)腸、前列腺和乳腺組織的公開可用序歹啲BLAST比較圖表。這是公開可用序歹啲集合后的所有序列的比較，如上面描述而獲得。用于進行BLAST這些序列的參數(shù)的分界E值(cutoffE-value)為O.1，百分比同一性為90%。標準分界值來自數(shù)千個對蟲BLAST結(jié)果的手工檢查和可視化(visualization)。當允許游列之間存在相當?shù)念~定差異時時，滿>￡^些標準的發(fā)現(xiàn)物可以清楚地分類為"相同的"發(fā)現(xiàn)物。未能f始標準的發(fā)現(xiàn)物便被認為不f始陣列設(shè)計目的的要求。對于*結(jié)果，給出了兩個值。"零同源性"結(jié)果顯示了相對于被BLAST的繊庫沒有同源性的序歹啲數(shù)量。第二個值定義為"不f始(nohit)"并在在這種情況下，待薪連具有少于50%的百分比范圍，也就是說待查序列具有少于目標序列表示長度的50%。零同源f銀列是"不符合(nohit)"序列的亞組?？傂虼鯁瑪?shù)目減去"不符合"序列的數(shù)目得到兩個群體之間共同序列的數(shù)目。該說明書中提到的所有文獻并入本文作為參考。本發(fā)明描述的實施方案的各種斷布和變體對于本領(lǐng)域技術(shù)人員來說都沒有離開本發(fā)明的范圍和精神。雖然本發(fā)明結(jié)合特定的優(yōu)選實施方案來描述，但是其應(yīng)該理解權(quán)利要求不應(yīng)該受限于這樣的特定的實施方案。的確，對于本領(lǐng)域技術(shù)人員明顯的實施本發(fā)明戶脫方式的各種修改已被本發(fā)明所覆蓋。權(quán)利要求1、包含患病組織轉(zhuǎn)錄組的陣列。2、如權(quán)利要求i戶;M的陣列，其中戶皿患病組織包含患剤中瘤疾病、炎癥疾病或退行性疾病的組織。3、如權(quán)利要求i戶腿的陣列，其中戶腿患病組織包含患有結(jié)腸:M癌、肺癌、或乳腺癌的組織。4、如權(quán)利要求1-3任一項戶腿的陣列，其中戶腿轉(zhuǎn)錄組包含一個或多個組織特異性元件，每，示來自患病結(jié)腸組織序列的轉(zhuǎn)錄物，每個所述的轉(zhuǎn)錄物^Ufct也選自基因列表B、基因列表C、基因列表D、基因列表E、基因列表F、基因列表G或基因列表H中所描述的轉(zhuǎn)錄物。5、如權(quán)利要求1-3任一項戶艦的陣列，其中戶腿轉(zhuǎn)錄組包含一個或多個組織特異性元件，每賴示來自患病肺組織序列的轉(zhuǎn)錄物，每個所述的轉(zhuǎn)錄物獨立地選自基因列表J、基因列表K、基因列表L、基因列表M、基因列表N或基因列表O中所描述的轉(zhuǎn)錄物。6、如權(quán)利要求1-3任一項戶腿的陣列，其中戶腿轉(zhuǎn)錄組包含一個或多個組織特異性元件，每賴示來自患病乳腺組織存歹啲轉(zhuǎn)錄物，每個戶脫的轉(zhuǎn)錄物^U5:地選自基因列表Q、基因列表R、基因列表S、基因列表t、基因列表u或基因列表v中所描述的轉(zhuǎn)錄物。7、如權(quán)利要求1-3任一項所述的陣列，其中所述轉(zhuǎn)錄組包含一個或多個組織特異性元件，每，示來自患病肝組織序列的轉(zhuǎn)錄物，每個所述的轉(zhuǎn)錄物獨立地選自基因列表X、基因列表Y、基因列表Z、基因列表AA、基因列表BB或基因列表CC中所描述的轉(zhuǎn)錄物。8、如權(quán)利要求i-3任一項戶皿的陣列，其中戶，轉(zhuǎn)錄組包含一個或多^ia織特異性元件，每，示來自患病腦組織序列的轉(zhuǎn)錄物，每個所述的轉(zhuǎn)錄物獨ld:也選自基因列表EE、基因列表FF、基因列表GG、基因列表HH、基因列表n或基因列表JJ中所描述的轉(zhuǎn)錄物。9、如權(quán)利要求1-3任一項戶腿的陣列，其中戶艦轉(zhuǎn):^且包含一個或多個組織特異性元件，每個表示來自癌組織序列的轉(zhuǎn)錄物，每個所述的轉(zhuǎn)錄物^5:地選自基因列表B、C、D、E、F、G、H、J、K、L、M、N、O、Q、R、S、T、U或V中所描述的,物。10、如權(quán)利要求4-9任一項所述的陣列，其中所述轉(zhuǎn)錄組包含70%的表示至少一個戶;M基因列表中的轉(zhuǎn)錄物的組織特異性元件。11、根據(jù)權(quán)利要求10所述的陣列，其中所述轉(zhuǎn)錄組包含70%的表^^所述基因列表中的轉(zhuǎn)錄物的組織特異性元件。12、根據(jù)權(quán)利要求4-ii任一iMM的陣列，其中^^ra轉(zhuǎn)^t/的戶;M^且織特異性元件是具有互補于所述轉(zhuǎn)錄物的序列的核酸分子。13、根據(jù)權(quán)利要求4-ii任一項戶腿的陣列，其中標戶脫轉(zhuǎn)錄物的戶;f^ia織特異性元件是戶;M轉(zhuǎn)錄物編碼的多肽。14、根據(jù)權(quán)利要求4-n任一項戶艦的陣列，其中標戶脫轉(zhuǎn)錄物的戶;M^且織特異性元件對寺異于戶;M轉(zhuǎn)錄物編碼的多肽的抗體。15、前述任一項權(quán)禾腰求所述的陣列，其中所述轉(zhuǎn)錄組包含來源于患病組織的編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄物的核酸^f。16、前述任一項權(quán)和要求0M的陣列在診斷患者病理狀況的方法中的用途，其包含a)將來自患者的生物樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件與陣列接觸；和b)檢測轉(zhuǎn)錄物特異性元件與陣列的結(jié)合；其中結(jié)合的檢測指示病理狀況的診斷。17、前述任一項權(quán)利要求戶;M的陣列在檢測己被診斷具有疾病或病癥的患者是否將在初步醫(yī)療干預(yù)后恢復(fù)或復(fù)發(fā)的方法中的用途。18、前述任一項權(quán)禾腰求戶腿的陣列在檢測遭受病理狀況的患者對治療病理狀況的治療齊啲反應(yīng)性的方法中的用途，其包含a)將來自患者生物樣品的轉(zhuǎn)錄物特異性元件與陣列接觸；和b)檢測陣列與轉(zhuǎn)錄物特異性元件的結(jié)合；其中結(jié)合的檢測指示患者的病理狀況對治療劑的治療的反應(yīng)性。19、根據(jù)權(quán)利要求16、17或18戶服的用途，當從屬于權(quán)利要求12時，其中，在步驟b中，結(jié)合的檢測是雜交的檢測。全文摘要本文提供了包含患病組織轉(zhuǎn)錄組的陣列及應(yīng)用該陣列診斷、預(yù)后、篩選、和鑒定疾病的方法。使用患病組織的轉(zhuǎn)錄組陣列分析某種疾病狀態(tài)的組織樣品的基因圖譜用于診斷疾病。然后將基因圖譜與特定治療劑的有效性相關(guān)聯(lián)。治療藥劑效果與表達譜的關(guān)聯(lián)提供了進一步篩選和選擇被預(yù)測對這些治療藥劑反應(yīng)的患者，這樣最小化與無效治療的不必要接觸。文檔編號C12Q1/68GK101115848SQ200580045774公開日2008年1月30日申請日期2005年11月3日優(yōu)先權(quán)日2004年11月3日發(fā)明者保爾·哈金,卡爾·馬利根,奧斯汀·塔內(nèi),帕特里克·約翰斯頓申請人:阿爾馬科診斷有限公司