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一種應(yīng)用于全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序的pcr擴(kuò)增體系及文庫構(gòu)建方法_2

文檔序號(hào):9882354閱讀:來源:國知局
溶液,蓋上柱子管蓋,室溫孵育2min ;
[0050] (7) 12000rpm離心2min,將溶液重新吸入柱子再離心,棄掉柱子,蓋緊管蓋。
[0051] 4.末端修復(fù)
[0052] (61)
[0053] 調(diào)槍至100 μ 1,上下吹打10次混勻,蓋緊管蓋;
[0054] 將PCR管放入30°C的PCR儀中,蓋緊熱蓋,孵育30min。
[0055] (2) AMPure XP Beads 純化
[0056] a將AMPure XP Beads震蕩均勻,取160 μ 1至產(chǎn)物PCR管中,調(diào)槍至200 μ 1,上下 吹打10次混勻,室溫孵育15min ;
[0057] b將PCR管置磁力架上,室溫孵育15min,珠子吸附成團(tuán),溶液變透明,用槍將上清 液移去,不要碰到珠子;
[0058] c加入200 μ 1 80%的乙醇,室溫孵育30s,棄掉廢液;
[0059] d重復(fù)步驟c 一次;
[0060] e保持PCR管在磁力架上,室溫孵育10-15min,觀察到珠子有裂紋后,將PCR管取 下;
[0061] f加入17. 5 μ 1 Resuspension Buffer,用槍上下吹打10次混勻,蓋好管蓋,室溫 孵育2min ;
[0062] g將PCR管置于磁力架上,室溫孵育5min,溶液變透明;
[0063] h轉(zhuǎn)移15 μ 1上清液至新PCR管中(_20°C保存過夜或進(jìn)行下一步驟)。
[0064] 5. 3,端加 A
[0065] 準(zhǔn)備:A-Tailing Control、A_Tailing Mix、Resuspension Buffer置于冰上解凍; 0. 3ml PCR 管,設(shè)置 37 °C PCR 恒溫。
[0066]
[0067] 調(diào)槍至30 μ 1,上下吹打10次混勻,蓋緊管蓋;
[0068] 將PCR管放入37°C的PCR儀中,蓋緊熱蓋,孵育30min,取出后立即進(jìn)行下一步驟。
[0069] 6.接頭連接
[0070] (1)
[0071] 調(diào)槍至37. 5 μ 1,上下吹打10次混勻,蓋緊管蓋;
[0072] 將PCR管放入30°C的PCR儀中,蓋緊熱蓋,孵育lOmin取出;
[0073] 加入 5μ 1 Stop Ligation Buffer,調(diào)槍至 42. 5μ 1,上下吹打 10 次混勻。
[0074] (2)AMPure XP Beads 一次純化
[0075] a將AMPure XP Beads震蕩均勻,取42. 5μ 1至產(chǎn)物PCR管中,調(diào)槍至85μ 1,上下 吹打10次混勻,室溫孵育15min ;
[0076] b將PCR管置磁力架上,室溫孵育15min,珠子吸附成團(tuán),溶液變透明,用槍將上清 液移去,不要碰到珠子;
[0077] c加入200μ 1 80%的乙醇,室溫孵育30s,棄掉廢液;
[0078] d重復(fù)步驟c 一次;
[0079] e保持PCR管在磁力架上,室溫孵育10-15min,觀察到珠子有裂紋后,將PCR管取 下;
[0080] f加入52. 5 μ IResuspension Buffer,用槍上下吹打10次混勻,蓋好管蓋,室溫孵 育 2min ;
[0081] g將PCR管置于磁力架上,室溫孵育5min,溶液變透明;
[0082] h轉(zhuǎn)移50 μ 1上清液至新PCR管中。
[0083] (3) AMPure XP Beads 二次純化
[0084] a將AMPure XP Beads震蕩均勻,取50 μ 1至一次純化產(chǎn)物PCR管中,調(diào)槍至 100 μ 1,上下吹打10次混勻,室溫孵育15min ;
[0085] b將PCR管置磁力架上,室溫孵育15min,珠子吸附成團(tuán),溶液變透明,用槍將上清 液移去,不要碰到珠子;
[0086] c加入200 μ 1 80%的乙醇,室溫孵育30s,棄掉廢液;
[0087] d重復(fù)步驟c 一次;
[0088] e保持PCR管在磁力架上,室溫孵育10_15min,觀察到珠子有裂紋后,將PCR管取 下;
[0089] f加入22. 5 μ IResuspension Buffer,用槍上下吹打10次混勻,蓋好管蓋,室溫孵 育 2min ;
[0090] g將PCR管置于磁力架上,室溫孵育5min,溶液變透明;
[0091] h轉(zhuǎn)移20 μ 1上清液至新PCR管中(-20°C保存過夜或進(jìn)行下一步驟)。
[0092] 7.凝膠回收(片段選擇)
[0093] 準(zhǔn)備:2%瓊脂糖凝膠、100bp DNA Marker、6XLoding Buffer、EP 管、凝膠純化試 劑盒。
[0094] (1)加4 μ 1 6XLoding Buffer到含有接頭連接產(chǎn)物的PCR管中,震蕩混勻;
[0095] (2)將24 μ 1樣品加入2%凝膠點(diǎn)樣孔中,并點(diǎn)入5-10 μ 1 100bp DNA Marker, 120V電泳60min左右。
[0096] (3)電泳結(jié)束后在凝膠成像系統(tǒng)下拍照,保存至項(xiàng)目文件夾中;
[0097] (4)在紫外燈下切膠,選擇300-450bp的范圍,轉(zhuǎn)入1. 7ml EP管中,稱重;
[0098] (5)加入3個(gè)凝膠體積的Buffer DE-A溶液(100mg = 100 μ 1)置70°C干式加熱 器中融化膠塊;
[0099] (6)加入0· 5個(gè)Buffer DE-A體積的Buffer DE-B溶液,混勻后轉(zhuǎn)入2ml收集管上 的過濾柱中(每次不超過700 μ 1),DNA片段< 400bp,加入1個(gè)凝膠體積的異丙醇,震蕩混 勻;
[0100] (7) lOOOOrpm離心lmin,棄收集管中的廢液;
[0101] (8)加入500 μ 1 W1溶液至柱子中,lOOOOrpm離心lmin,棄去廢液;
[0102] (9)加入700 μ 1 W2溶液至柱子中,lOOOOrpm離心lmin,棄去廢液;
[0103] (10)重復(fù)步驟(9) 一次;
[0104] (11) 12000rpm 空離 2min ;
[0105] (12)將柱子放入新的1. 7ml EP管中,打開管蓋,室溫晾3min ;
[0106] (13)加入30 μ 1 Elute溶液,蓋緊管蓋,室溫孵育2min ;
[0107] (14) 12000rpm離心2min,將液體重新吸入柱子,再離心一次,棄去柱子,蓋緊管 蓋。
[0108] (15)取3 μ 1回收樣品加1 μ 1 6XLoding Buffer混勻,加入1%瓊脂糖凝膠孔中, 點(diǎn)3 μ 1 2000bp Marker,120V電泳20min,在成像系統(tǒng)拍照保存,剩余樣品在-20°C保存或 進(jìn)行下一步驟。
[0109] 8.鹽處理
[0110] (1)鹽處理試劑按下表混合后震蕩混勻,稍離心;
[0111]
[0112] DNA solution 和 RNase-free water 的總體積是 20 μ 1。
[0113] (2)放入PCR儀中,鹽處理?xiàng)l件見下表:
[0114]
[0115] 9.純化
[0116] (1)從PCR儀取出鹽處理后的產(chǎn)物,稍離心,轉(zhuǎn)入新的1. 5ml EP管中;
[0117] (2)加入 310 μ 1 含有 RNase-free-water-carrier RNA 的 Buffer BL,震蕩離心;
[0118] (3)加入 250 μ 1 酒精(96% -100% ),震蕩 15s,稍離心;
[0119] (4)將液體轉(zhuǎn)入EpiTect吸附柱中,最大轉(zhuǎn)速離心lmin,棄掉廢液,柱子放回收集 管中;
[0120] (5)加入500 μ 1已加入乙醇的Buffer BW,最大轉(zhuǎn)速離心lmin,棄掉廢液;(6)加 入500μ1已加入乙醇的Buffer BD,蓋好蓋子,室溫孵育20min,最大轉(zhuǎn)速離心lmin,棄掉 廢液;
[0121] (7)加入500 μ 1已加入乙醇的Buffer BW,最大轉(zhuǎn)速離心lmin,棄掉廢液;
[0122] (8)重復(fù)步驟(7) -次;
[0123] (9)將吸附柱放入新的2ml收集管中,最大轉(zhuǎn)速離心lmin ;
[0124] (10)將吸附柱放入新的1. 5ml EP管中,打開蓋子,56°C孵育5min ;
[0125] (11)將吸附柱放入新的1. 5ml EP管中,加入20 μ 1 Buffer EB, 12000rpm離心 lmin ;
[0126] (12)再加入20μ lBuffer EB,最大轉(zhuǎn)速離心lmin,棄掉柱子;
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