本發(fā)明屬于生物醫(yī)學(xué)，尤其涉及蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性產(chǎn)品中的應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、新輔助免疫治療是近年來(lái)實(shí)體腫瘤領(lǐng)域頗具前景的治療策略，為非小細(xì)胞肺癌(nsclc)帶來(lái)了歷史性突破。大量臨床試驗(yàn)表明，對(duì)于早期可切除的nsclc，新輔助免疫治療后可獲得較高的病理緩解率，且毒性可控，明顯延長(zhǎng)了患者的生存期。有研究顯示，新輔助治療后rvt小于等于10％的患者生存率顯著提高。然而，并非所有患者都能得到良好的治療效果，在所有臨床試驗(yàn)中，多達(dá)20％的患者未接受手術(shù)，其中5％-10％的患者因疾病進(jìn)展而未接受手術(shù)。無(wú)效的新輔助治療可能會(huì)導(dǎo)致手術(shù)延遲、增加免疫相關(guān)不良事件的風(fēng)險(xiǎn)。因此，準(zhǔn)確預(yù)測(cè)病理緩解有助于指導(dǎo)新輔助免疫治療的患者管理和臨床試驗(yàn)設(shè)計(jì)，可助于提升個(gè)體化精準(zhǔn)治療。但是目前缺少合適的標(biāo)志物來(lái)識(shí)別潛在的可從新輔助治療策略中受益的人群。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、有鑒于此，本發(fā)明的目的在于提供蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：cd74、hla-dpa1、icam1、vav1、krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2中的至少一種。本發(fā)明利用蛋白質(zhì)組學(xué)來(lái)識(shí)別肺鱗癌患者的病理緩解生物標(biāo)志物并建立預(yù)測(cè)模型的研究，發(fā)現(xiàn)與病理緩解相關(guān)的20個(gè)蛋白分子，其中16個(gè)新輔助免疫治療不良預(yù)后分子和4個(gè)治療良好預(yù)后分子，它們可以評(píng)估肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性，并且該模型的預(yù)測(cè)能力可能擴(kuò)展到晚期肺癌患者的免疫療法中。

2、為了實(shí)現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供了以下技術(shù)方案：

3、本發(fā)明提供了蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：cd74、hla-dpa1、icam1、vav1、krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2中的至少一種。

4、本發(fā)明提供了蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后不良產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2中的至少一種。

5、本發(fā)明提供了蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后良好產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：cd74、hla-dpa1、icam1和vav1中的至少一種。

6、本發(fā)明提供了krt5/6聯(lián)合pd-l1在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后不良產(chǎn)品中的應(yīng)用。

7、優(yōu)選的，所述產(chǎn)品包括試劑盒或生物芯片。

8、本發(fā)明還提供了一種用于肺鱗癌患者新輔助免疫療效預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建方法，包括以下步驟：

9、1)數(shù)據(jù)收集：測(cè)量肺鱗狀細(xì)胞癌經(jīng)過新輔助治療后切除的腫瘤中殘余腫瘤百分比(rvt)，cpr為肺原發(fā)灶和淋巴結(jié)中均無(wú)活腫瘤細(xì)胞；

10、2)確定肺鱗狀細(xì)胞癌患者中潛在的分子亞型：通過對(duì)肺鱗狀細(xì)胞癌隊(duì)列的蛋白質(zhì)表達(dá)矩陣進(jìn)行一致性聚類來(lái)識(shí)別肺鱗狀細(xì)胞癌患者潛在的分子亞型；通過cpr與非cpr之間346個(gè)差異表達(dá)蛋白進(jìn)行的聚類分析，來(lái)確定肺鱗狀細(xì)胞癌患者中潛在的分子亞型；

11、3)加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析：將所有已識(shí)別的蛋白質(zhì)作為輸入并計(jì)算軟閾值來(lái)建立共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)，在此基礎(chǔ)上構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)并將基因分類到不同的模塊中，然后探索感興趣模塊的基因與表型之間的相關(guān)性；

12、4)mfuzz聚類分析：通過mfuzz算法將rvt?0％、1-10％、11-100％三組間的差異表達(dá)蛋白進(jìn)行聚類分析；

13、5)相關(guān)性分析：蛋白分子表達(dá)水平與rvt進(jìn)行相關(guān)性分析；

14、6)構(gòu)建模型。

15、優(yōu)選的，所述步驟2)中肺鱗狀細(xì)胞癌患者中潛在的分子亞型為ccp_i、ccp_ii和ccp_iii3種蛋白質(zhì)組亞型。

16、優(yōu)選的，所述步驟3)中感興趣模塊中淺青色模塊與ccp_i亞型呈顯著正相關(guān)，與cpr呈負(fù)相關(guān)；青色模塊和綠色模塊與ccp_ii亞型以及cpr呈正相關(guān)。

17、優(yōu)選的，所述步驟4)中聚類分析獲得6個(gè)具有相似軌跡的簇，包括1簇、4簇和6簇。

18、優(yōu)選的，所述步驟6)中構(gòu)建模型包括：將表達(dá)水平與rvt百分比呈負(fù)相關(guān)的蛋白，cpr患者中顯著升高的差異表達(dá)蛋白(deps)，綠色模塊和青色模塊中的蛋白質(zhì)、mfuzz分析中1簇中的蛋白質(zhì)以及ccp_ii亞型中的顯著高表達(dá)的dep(倍數(shù)變化>2)取交集，識(shí)別了四個(gè)提示預(yù)后良好生物標(biāo)志物cd74、hla-dpa1、icam1和vav1；同時(shí)，將表達(dá)水平與rvt呈正相關(guān)的蛋白、cpr患者中顯著降低的deps、淺青色模塊中的蛋白質(zhì)、mfuzz識(shí)別的4簇和6簇中的蛋白質(zhì)以及ccp_i亞型中高表達(dá)的deps(倍數(shù)變化>2)取交集，得到了16種提示不良預(yù)后的生物標(biāo)志物krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2；根據(jù)患者的無(wú)病生存期(dfs)，構(gòu)建預(yù)后模型，計(jì)算風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。

19、本發(fā)明利用蛋白質(zhì)組學(xué)來(lái)識(shí)別肺鱗癌患者的病理緩解生物標(biāo)志物并建立預(yù)測(cè)模型的研究，發(fā)現(xiàn)與病理緩解相關(guān)的20個(gè)蛋白分子，其中16個(gè)新輔助免疫治療不良預(yù)后分子krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3、tacstd2和4個(gè)治療良好預(yù)后分子cd74、hla-dpa1、icam1、vav1，它們可以評(píng)估肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性，并且該模型的預(yù)測(cè)能力可能擴(kuò)展到晚期肺癌患者的免疫療法中。其中，角蛋白高表達(dá)提示預(yù)后不良，故進(jìn)一步評(píng)估已在臨床實(shí)踐中應(yīng)用的角蛋白分子ck5/6免疫組化水平，驗(yàn)證了前期分析結(jié)果，并發(fā)現(xiàn)ck5/6聯(lián)合pd-l1可更好的預(yù)測(cè)病理緩解程度，旨在可直接應(yīng)用于常規(guī)臨床診療中，識(shí)別能從新輔助免疫治療中獲益的患者。

技術(shù)特征：

1.蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性產(chǎn)品中的應(yīng)用，其特征在于，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：cd74、hla-dpa1、icam1、vav1、krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2中的至少一種。

2.蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后不良產(chǎn)品中的應(yīng)用，其特征在于，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2中的至少一種。

3.蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后良好產(chǎn)品中的應(yīng)用，其特征在于，所述蛋白分子標(biāo)志物包括：cd74、hla-dpa1、icam1和vav1中的至少一種。

4.krt5/6聯(lián)合pd-l1在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療預(yù)后不良產(chǎn)品中的應(yīng)用。

5.權(quán)利要求1～4任意一項(xiàng)所述的應(yīng)用，其特征在于，所述產(chǎn)品包括試劑盒或生物芯片。

6.一種用于肺鱗癌患者新輔助免疫療效預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建方法，其特征在于，包括以下步驟：

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的構(gòu)建方法，其特征在于，所述步驟2)中肺鱗狀細(xì)胞癌患者中潛在的分子亞型為ccp_i、ccp_ii和ccp_iii3種蛋白質(zhì)組亞型。

8.根據(jù)權(quán)利要求6或7所述的構(gòu)建方法，其特征在于，所述步驟3)中感興趣模塊中淺青色模塊與ccp_i亞型呈顯著正相關(guān)，與cpr呈負(fù)相關(guān)；青色模塊和綠色模塊與ccp_ii亞型以及cpr呈正相關(guān)。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的構(gòu)建方法，其特征在于，所述步驟4)中聚類分析獲得6個(gè)具有相似軌跡的簇，包括1簇、4簇和6簇。

10.根據(jù)權(quán)利要求6所述的構(gòu)建方法，其特征在于，所述步驟6)中構(gòu)建模型包括：將表達(dá)水平與rvt百分比呈負(fù)相關(guān)的蛋白，cpr患者中顯著升高的差異表達(dá)蛋白(deps)，綠色模塊和青色模塊中的蛋白質(zhì)、mfuzz分析中1簇中的蛋白質(zhì)以及ccp_ii亞型中的顯著高表達(dá)的dep(倍數(shù)變化>2)取交集，識(shí)別了四個(gè)提示預(yù)后良好生物標(biāo)志物cd74、hla-dpa1、icam1和vav1；同時(shí)，將表達(dá)水平與rvt呈正相關(guān)的蛋白、cpr患者中顯著降低的deps、淺青色模塊中的蛋白質(zhì)、mfuzz識(shí)別的4簇和6簇中的蛋白質(zhì)以及ccp_i亞型中高表達(dá)的deps(倍數(shù)變化>2)取交集，得到了16種提示不良預(yù)后的生物標(biāo)志物krt3、krt5、krt6a、krt6b、krt6c、krt16、krt17、krt20、krt75、jup、mal2、pkp1、sprr1a、sprr1b、sprr3和tacstd2；根據(jù)患者的無(wú)病生存期(dfs)，構(gòu)建預(yù)后模型，計(jì)算風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供了蛋白分子標(biāo)志物在制備預(yù)測(cè)肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性產(chǎn)品中的應(yīng)用，屬于生物醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明利用蛋白質(zhì)組學(xué)來(lái)識(shí)別肺鱗癌患者的病理緩解生物標(biāo)志物并建立預(yù)測(cè)模型，發(fā)現(xiàn)與病理緩解相關(guān)的20個(gè)蛋白分子，其中16個(gè)新輔助免疫治療不良預(yù)后分子KRT3、KRT5、KRT6A、KRT6B、KRT6C、KRT16、KRT17、KRT20、KRT75、JUP、MAL2、PKP1、SPRR1A、SPRR1B、SPRR3、TACSTD2和4個(gè)治療良好預(yù)后分子CD74、HLA?DPA1、ICAM1、VAV1，它們可以評(píng)估肺鱗癌患者新輔助免疫治療的有效性，并且該模型的預(yù)測(cè)能力可能擴(kuò)展到晚期肺癌患者的免疫療法中。

技術(shù)研發(fā)人員：王凱,趙江南,王蘋莉
受保護(hù)的技術(shù)使用者：浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第四醫(yī)院
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/2