專利名稱：檢測婦科病癥的測定法的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明通常涉及婦科病癥的診斷和預(yù)后性癥狀測定方法領(lǐng)域。更尤其是，本發(fā)明 提供了一種測定方法，該測定方法可以診斷婦科癌癥或其亞型、或癌癥階段或由其引起的 并發(fā)癥、或其它婦科病癥(包括炎癥性病癥)的存在或患有上述疾病的風(fēng)險(xiǎn)。本發(fā)明的測 定方法能夠?qū)⒉±斫Y(jié)構(gòu)整合，從而提供診斷和報(bào)告系統(tǒng)。背景
在說明書的最后，按字母順序匯總了作者在本說明書中所引證的出版物的目錄的詳細(xì) 內(nèi)容。本說明書中對任何現(xiàn)有技術(shù)的引證不是、也不應(yīng)該理解為是對該現(xiàn)有技術(shù)在任何 國家構(gòu)成普通常識的一部分的承認(rèn)或任何形式的暗示。卵巢癌是最致命性的婦科惡性腫瘤中的一種，并且是使女性死亡的第五個(gè)最常見 病因。維持高致死率水平的一個(gè)最主要因素是缺乏在疾病初期能治療階段的早期檢測方 法。在疾病的早期(階段I和II)期間，癌瘤包含在卵巢之內(nèi)(階段I)或在骨盆的其 它器官之內(nèi)(階段II)。階段I疾病的檢測可以在5年時(shí)具有80%以上的存活率，而對于階 段II，存活率下降到70%多。在其后面的階段中，癌擴(kuò)散到骨盆以外，到達(dá)腹部內(nèi)層或淋巴 結(jié)。此時(shí)，檢測后的5年存活率降低到50%以內(nèi)。最后該疾病的最晚期是階段IV，此時(shí)發(fā)生 癌轉(zhuǎn)移至肝、肺或其它器官，存活率小于30%。通常，初期階段的卵巢癌是無癥狀的，并且大部分診斷是在已經(jīng)確定疾病部位或 向遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移時(shí)做出的。盡管進(jìn)行進(jìn)攻性的減少細(xì)胞數(shù)的手術(shù)和基于鉬的化療，但對于臨床 上晚期卵巢癌的患者而言，5年存活率只有15至20%，而階段I疾病的治愈率通常是90%以 上(Holschneider and Berek, Semin Surg Oncol, 19(1)2000)。這些統(tǒng)計(jì)提供了 提高卵巢癌篩查和早期鑒別的主要基本原理。在某種程度上，與卵巢癌有關(guān)的高死亡率是因?yàn)槿狈τ行У脑缙跈z測方法。如果 進(jìn)行早期檢測，可以顯著地提高存活率。研究工作集中在在卵巢癌的第一信號方面評價(jià)女 性的改進(jìn)方式的開發(fā)，尤其是對于那些處于高風(fēng)險(xiǎn)的女性。然而，迄今為止，還不能鑒定 惡變前的病變。盡管已經(jīng)在卵巢癌的顯著部分中鑒定了一些基因的變化，例如c-erb-B2、 c-myc和p53，但這些變化中任何一個(gè)也不能診斷惡性腫瘤或預(yù)測腫瘤隨著時(shí)間的推移而 變化的特性(Veikkola 等人Career Res 60(2)2000; Berek 等人^？ J Obstet Gynecol, :1038-42, 1991; Coo釋等kClin Cancer Res. S(10) :3193-7, 2002; 和 Di Blasio 等人/ Steroid Biochem Mol Biol. 53(卜6) \ 觀-% 1995)。相反，高度危險(xiǎn)的女性必須依賴遺傳咨詢和測試，以及血清CA125水平的測定和陰道超聲波(Oehler and Caffier, Anticancer Res, ^^ 5109-12, 2000;等)κEur J Gynaecol Onco20(3) :177-81, 1999;和 Senger 等人983-5，1983)。然而，CA125
對于檢測初期階段的疾病既不敏感也沒有特異性。因此，CA125不適合于通常的篩查。人 們只認(rèn)為它在監(jiān)控疾病的響應(yīng)或發(fā)展是實(shí)用的，但不作為診斷或預(yù)測標(biāo)志(Gadducci等人 Anticancer Res 19(2B) 1401—5，1999)。使用陰道超聲波、多普勒和形態(tài)指數(shù)的篩查已經(jīng)顯示了一些令人鼓舞的結(jié)果，但 是，目前單獨(dú)使用它們還缺少一般人群篩查試驗(yàn)所需要的特異性(Karayiarmakis等人 Surgery 131 (5) 548-55, 2002 和 Lee 等人 / ifcco/ 77々)149-52，2000)。使用腫 瘤標(biāo)記物和超聲波的組合多模式篩查獲得了更高的敏感性和特異性。這種組合方法還是最 具成本效率的潛在篩查策略(Karayiannakis等人2002 supra和Lee等人2000 supra)。 然而，它在常規(guī)人群中的有效性也是有問題的。由此，還迫切需要開發(fā)用于疾病的早期檢測 的其它標(biāo)記物。人們認(rèn)為，在與CA125的組合中，通過使用血清/血漿蛋白標(biāo)記物，可以獲得提高 的特異性和敏感性。Gorelik 等人(Cancer Epidemiol,Biomarkers Prev 14(4) :981-987,2005)使用 了帶有末級分類樹分析的多重測定設(shè)計(jì)，以便區(qū)分卵巢癌和對照組。他們的多重設(shè)計(jì)使用 了 CA125與(尤其是)EGF和VEGF的組合，并且報(bào)道了在80-90%特異性下獲得90-100%的 改善的敏感性水平(與單獨(dú)CA125標(biāo)記物只獲得70-80%相比較)。同樣地，Visintin 等人(Clin Cancer Res 14 1065-1072，2008)報(bào)道了一項(xiàng) 研究，在該研究中，使用了多重方法和ELISA，基于標(biāo)記物組(panel)來測試健康對照物和 卵巢癌患者。他們的選擇標(biāo)記物是CA125與瘦素、催乳素、骨橋蛋白、胰島素樣生長因子II 和巨噬細(xì)胞抑制因子的組合。雖然沒有一個(gè)生物標(biāo)記物能夠獨(dú)自鑒別疾病和對照物，但該 組合在95%的特異性下獲得了 84-98%敏感性(與單獨(dú)CA125在相同特異性水平下只獲得 7 敏感性相比較)。還需要開發(fā)對于婦科病癥例如卵巢癌和由其引起的并發(fā)癥的高靈敏度的測定方 法，尤其是初期階段的卵巢癌以及其它婦科病癥，包括炎癥病癥。概述
在整個(gè)說明書中，除非上下文另外需要，“包括”或其變體例如“包含”或“包括”應(yīng)該理 解為是表示包含所指出的要素或整數(shù)或要素或整數(shù)的組，但不排斥任何其它要素或整數(shù)或 要素或整數(shù)的組。本發(fā)明提供了檢測和監(jiān)控婦科病癥例如婦科癌癥的方法。術(shù)語“婦科病癥”包括 由婦科癌癥引起的并發(fā)癥以及炎癥病癥，例如子宮內(nèi)膜異位。本方法尤其能夠檢測婦科病 癥的初期階段、便于組織學(xué)檢查和監(jiān)控治療方案。當(dāng)應(yīng)用于診斷有病癥的女性時(shí)，本發(fā)明 特別有用，但也可以同樣地用于診斷無癥狀的女性和/或處于形成婦科病癥的高風(fēng)險(xiǎn)中的 女性。本發(fā)明方法的一個(gè)方面是蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomic)，在具體實(shí)施方案中，是多因子測 定法(其中測定了兩種或多種生物標(biāo)記物或分析物的組合水平，生物標(biāo)記物或分析物選自 前梯度蛋白-2(AGR-2)，中期因子(midkine)，CA125，白細(xì)胞間介素-6 (IL-6)，白細(xì)胞間介 素-8(IL-8)，C-反應(yīng)蛋白(CRP)，血清淀粉狀蛋白A(SAA)和血清淀粉狀蛋白P(SAP))。對這些生物標(biāo)記物的提及，尤其是對AGR-2、中期因子(midkine)、CAl25、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和SAP的提及，包括其任何衍生物或改良型，例如多晶型變體、截短形式、團(tuán)聚體或復(fù)合形 式以及其同系物。本發(fā)明的測定法尤其適合于整合為病理平臺或結(jié)構(gòu)。在一個(gè)實(shí)施方案中，兩種或多種生物標(biāo)記物的濃度的相對變化(與對照物做比 較)顯示了婦科疾病癥狀或?qū)χ委煹捻憫?yīng)水平。在另一個(gè)實(shí)施方案中，對該水平進(jìn)行多變 量分析，以便形成能夠確定病癥存在與否的概率指數(shù)的算法。在另一個(gè)方面，檢測單獨(dú)的 AGR-2或中期因子(midkine)或與其它標(biāo)記物(包括CA125)的組合的濃度水平改變是婦科 病癥的指癥。提及的“改變”包括組織或液體例如血漿中的生物標(biāo)記物的濃度的升高或減 少，這里是指相對于對照樣品或閾值水平或標(biāo)準(zhǔn)正常值的數(shù)據(jù)庫或按照算法分析。通常，該 變化是生物標(biāo)記物的濃度增加。不只是蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomic)方法，但本發(fā)明擴(kuò)展至遺傳方法，以便測定編碼 上述生物標(biāo)記物的基因的表達(dá)。兩種或多種生物標(biāo)記物的生物標(biāo)記物濃度(即水平)提供了生物標(biāo)記物水平和患 者的疾病狀態(tài)之間的可測量關(guān)系。除了生物標(biāo)記物的“水平”之外，本發(fā)明擴(kuò)展至兩種或多 種標(biāo)記物的比例作為輸入數(shù)據(jù)，用于與對照物進(jìn)行比較，或用于形成算法的多變量分析。通 過篩查單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)或與CA125的組合的濃度水平的改變，本發(fā)明 擴(kuò)展至婦科病癥的檢測。由此，單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)或與CA125或其它生物 標(biāo)記物的組合的濃度水平改變指示了某種病癥?；蛘?，單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine) 或與其它生物標(biāo)記物的組合的水平可以用于多因子的運(yùn)算方法。選擇的生物標(biāo)記物還可以在組織的組織學(xué)評價(jià)中共同或單獨(dú)使用，或用于監(jiān)控治 療方案的效果。生物標(biāo)記物還用于婦科癌癥的亞型，或用于確定癌癥的階段，這可以影響所 使用的抗癌癥治療的類型。由此，本發(fā)明擴(kuò)展至治療婦科癌癥的個(gè)性化藥物方法。本發(fā)明 擴(kuò)展至其它婦科病癥，例如炎癥性病癥。相應(yīng)地，本發(fā)明的一個(gè)方面包括用于確定患者的婦科病癥存在的測定法，該測定 法包括測定得自于患者的生物樣品中AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125或其修飾 形式或同系物形式中的兩種或多種的濃度，其中AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125 或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種的水平發(fā)生改變預(yù)示患者具有婦科病癥。還可 以單獨(dú)或與其它生物標(biāo)記物組合來篩查AGR-2或中期因子(midkine)或CA125或它們的修 飾形式或同系物形式的水平。如上所指出，術(shù)語“改變”是指濃度的提高或升高或濃度的減 小或降低。試驗(yàn)可以在組織、組織液或血液(包括血漿或血清)中進(jìn)行。更尤其是，本發(fā)明提供了用于確定患者的婦科病癥存在的測定法，該測定法包 括測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的水平，其中生物標(biāo)記物是CA125和選自 AGR-2、中期因子(midkine)和CRP或其修飾形式或同系物形式中的至少一種，其中，相對于 對照物，生物標(biāo)記物的水平的變化指示患者是否存在病癥。在替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了確定患者的婦科病癥存在的測定法，該測定 法包括測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的濃度，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期 因子(midkine)和CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL-8、 CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP 或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；或CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式中的至少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2或其修飾形式或同系 物形式中的至少一種；對濃度進(jìn)行運(yùn)算，其中這種運(yùn)算得自于數(shù)據(jù)的第一知識庫，其包括就 病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水平，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病 癥的患者的概率指數(shù)。由此，在一個(gè)實(shí)施方案中，基于采用生物標(biāo)記物的水平與對照樣品的比較，本發(fā)明 提供了診斷規(guī)則。在另一個(gè)實(shí)施方案中，診斷規(guī)則基于統(tǒng)計(jì)和機(jī)械學(xué)習(xí)算法的應(yīng)用。這種 算法使用生物標(biāo)記物和疾病狀態(tài)之間的關(guān)系(在培訓(xùn)用數(shù)據(jù)(具有已知的疾病狀態(tài))中觀 察到的)，從而推斷關(guān)聯(lián)性，然后將其用于預(yù)示未知狀態(tài)患者的狀態(tài)。數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域熟練的 醫(yī)師可以判明，可以使用培訓(xùn)用數(shù)據(jù)中的推斷關(guān)聯(lián)性的許多不同形式，不會(huì)實(shí)質(zhì)上改變本 發(fā)明。在一個(gè)實(shí)施方案中，病癥是癌癥，例如卵巢癌癥或由其引起的并發(fā)癥。在另一個(gè)實(shí) 施方案中，病癥是婦科炎癥性病癥，例如但不局限于子宮內(nèi)膜異位。確定病癥的“存在”包括確定具有病癥的危險(xiǎn)。方便地將“危險(xiǎn)”理解為如下的描 述相對于不具有病癥的患者，測定具有病癥的概率指數(shù)。由此，本發(fā)明包括使用培訓(xùn)用數(shù)據(jù)的知識庫，其包括具有婦科病癥的患者的生物 標(biāo)記物水平，當(dāng)輸入數(shù)據(jù)的第二知識庫(其包括具有未知婦科病癥患者的相同生物標(biāo)記物 的濃度)時(shí)，提供預(yù)示婦科病癥的性質(zhì)或不存在病癥的概率指數(shù)。本發(fā)明進(jìn)一步包括用于檢測患者卵巢癌癥的測定法，該測定法包括使源于患者 的樣品與兩種或多種的AGR-2、中期因子(midkine)或CA125或其修飾形式或同系物形式 的固定配體接觸一段時(shí)間，并且是在AGR-2或中期因子(midkine)或CA125或其修飾形式 或同系物形式與它的配體結(jié)合的條件下，這可以提供AGR-2、中期因子(midkine)和/或 CA125或其修飾形式或同系物形式的濃度指示，其中AGR-2、中期因子(midkine)和/或 CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種的濃度改變預(yù)示卵巢癌。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于檢測患者卵巢癌的測定法，該測定法 包括使患者與針對下列(物質(zhì))的固定配體接觸一段時(shí)間AGR-2、中期因子(midkine)和/ 或CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和/或 SAP或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP或其修 飾形式或同系物形式中的兩種或多種；或CA125、IL-6、IL-8、SAA和/或SAP或其修飾形式 或同系物形式中的至少一種，和單獨(dú)的中期因子(midkine)和/或AGR-2或與CA125的組 合或其修飾形式或同系物形式中的至少一種，并且是在生物標(biāo)記物與配體能夠充分結(jié)合的 條件下，而后檢測結(jié)合水平，這可以預(yù)示生物標(biāo)記物的濃度，并對該濃度進(jìn)行運(yùn)算，這種運(yùn) 算是使用具有卵巢癌的患者的生物標(biāo)記物水平產(chǎn)生的，從而提供患者具有或不具有卵巢癌 的概率指數(shù)。本發(fā)明的另一個(gè)方面涉及用于檢測婦科病癥的生物標(biāo)記物的配體組(panel)，該 組(panel)包括針對下列(物質(zhì))的配體AGR_2、中期因子(midkine)和/或CA125或其修 飾形式或同系物形式中的兩種或多種；CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA或SAP或其修飾形式或 同系物形式中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA或SAP或其修飾形式或同系物形式中的 兩種或多種；或04125、11^-6、11^-8、0^、544或54 或其修飾形式或同系物形式中的至少一 種，和單獨(dú)的中期因子(midkine)或AGR-2或與CA125的組合或其修飾形式或同系物形式中的至少一種。尤其是，本發(fā)明提供了用于檢測患者婦科病癥的生物標(biāo)記物的組(panel)，該 組(panel)包括與生物標(biāo)記物特異性結(jié)合的試劑，生物標(biāo)記物選自AGR_2、中期因子 (midkine)和/或CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL-8、 CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP 或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種；和CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP或其修 飾形式或同系物形式中的至少一種，和單獨(dú)的中期因子(midkine)或AGR-2或與CA125的 組合或其修飾形式或同系物形式中的至少一種，以便測定兩種或多種生物標(biāo)記物的水平， 而后對該水平進(jìn)行分析，從而測定任何變化，例如生物標(biāo)記物水平增加。在一個(gè)實(shí)施方案中，將濃度與對照物或“正常”或“異?！敝档臄?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較。 在另一個(gè)實(shí)施方案中，對濃度進(jìn)行運(yùn)算(由包括與就該病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相 同生物標(biāo)記物的水平的數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生)，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患 者的概率指數(shù)。本發(fā)明的另一個(gè)方面包括用于確診婦科病癥存在或不存在的試劑盒，該試劑盒包 括包含組成部分[χ]η、γ和[Zlffl的物質(zhì)的組合物，其中
X是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自CA125或其修飾形式或同系物形式，η是 或
1 ；
Y是生物標(biāo)記物的配體，當(dāng)η是0時(shí)，生物標(biāo)記物選自AGR-2和/或中期因子 (midkine)或其修飾形式或其同系物形式中的一種或多種；IL_6、IL_8、CRP、SAA和SAP或 其修飾形式或其同系物形式中的兩種或多種，或當(dāng)η是1時(shí)，生物標(biāo)記物選自IL-6、IL-8、 CRP、SAA和SAP或其修飾形式或其同系物形式中的至少一種；和
Z是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自中期因子(midkine)和AGR-2或其修飾形式或 同系物形式，m是0或1 ；
試劑盒進(jìn)一步包含便于測定與配體結(jié)合的生物標(biāo)記物濃度的試劑。在使用中，試劑盒 便于測定生物標(biāo)記物水平?？梢詫⑦@些水平與對照物或值的數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較。在另一個(gè)實(shí) 施方案中，對濃度進(jìn)行運(yùn)算(由包括與就該病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記 物的水平的數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生)，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患者的概率指 數(shù)。本發(fā)明進(jìn)一步提供了標(biāo)記物的組(panel)，其包括[X]n、[Y]X^P [Z]m列表，其中 X是CA125或其修飾形式或同系物形式，η是0或1 ；
Y是選自IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式的標(biāo)記物，條件是，當(dāng) η是0時(shí)，Y包括兩種或多種標(biāo)記物，其中χ是0或1 ；和
Z是AGR-2或中期因子(midkine)和/或CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種 或多種，m是0或1。試劑盒和基于知識的計(jì)算機(jī)軟件和硬件也構(gòu)成本發(fā)明的一部分。尤其是，本發(fā)明的測定法可以用于現(xiàn)有基于知識的結(jié)構(gòu)或與病理服務(wù)有關(guān)的平 臺。例如，將測定結(jié)果通過通信網(wǎng)絡(luò)(例如國際互連網(wǎng))傳輸?shù)教幚硐到y(tǒng)，在處理系統(tǒng)中， 保存并使用運(yùn)算，以便產(chǎn)生預(yù)示的事后概率值，將該值譯為疾病概率的指數(shù)，然后將該指數(shù) 以診斷或預(yù)測報(bào)告形式發(fā)送到最終用戶。
因此，該測定法可以是試劑盒的形式或基于計(jì)算機(jī)的系統(tǒng)形式，其包括檢測生物 標(biāo)記物濃度所必需的試劑和計(jì)算機(jī)硬件和/或軟件，從而便于測定和將報(bào)告?zhèn)魉徒o臨床醫(yī) 師。本發(fā)明的測定法可以整合到現(xiàn)有或新近發(fā)展的病理結(jié)構(gòu)或平臺系統(tǒng)中。例如，本 發(fā)明包括使用戶確定患者有關(guān)婦科癌或其亞型或癌階段的狀態(tài)的方法，該方法包括
(a)通過通信網(wǎng)絡(luò)以CA125 和 AGR-2、中期因子(midkine)、CRP、IL-6、IL-8、SAA 和 SAP中的一種或多種的水平或濃度的形式從用戶處接收數(shù)據(jù)；
(b)通過多變量分析處理患者數(shù)據(jù)，提供病情指數(shù)值；
(c)按照病情指數(shù)值與預(yù)定值比較的結(jié)果確定患者的狀態(tài)；和
(d)經(jīng)由通信網(wǎng)絡(luò)將患者狀態(tài)的指示傳輸給用戶，當(dāng)提及多變量分析時(shí)，其包括執(zhí)行 多變量分析功能的運(yùn)算。合適地，該方法通常進(jìn)一步包括
(a)使用戶利用遠(yuǎn)端工作站測定數(shù)據(jù)；和
(b)通過通信網(wǎng)絡(luò)將數(shù)據(jù)從終端站傳輸至基站?；究梢园ǖ谝缓偷诙幚硐到y(tǒng)，在這種情況下，該方法可以包括
(a)將數(shù)據(jù)傳輸至第一處理系統(tǒng)；
(b)將數(shù)據(jù)傳輸至第二處理系統(tǒng)；和
(c)使第一處理系統(tǒng)執(zhí)行多變量分析功能，以便產(chǎn)生病情指數(shù)值。該方法還可以包括
(a)將多變量分析功能的結(jié)果傳輸至第一處理系統(tǒng)；和
(b)使第一處理系統(tǒng)確定患者的狀態(tài)。在這種情況下，該方法還包括下列中的至少一種
(a)在通信網(wǎng)絡(luò)和第一處理系統(tǒng)之間通過第一防火墻傳輸數(shù)據(jù)；和
(b)在第一和第二處理系統(tǒng)之間通過第二防火墻傳輸數(shù)據(jù)。第二處理系統(tǒng)可以與適合保存預(yù)測定數(shù)據(jù)和/或多變量分析功能的數(shù)據(jù)庫連接， 該方法包括
(a)查詢數(shù)據(jù)庫，獲得最低限度選擇的預(yù)測定數(shù)據(jù)，或由數(shù)據(jù)庫進(jìn)入多變量分析功 能；和
(b)將選擇的預(yù)測定數(shù)據(jù)與患者數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，或產(chǎn)生預(yù)示的概率指數(shù)。第二處理系統(tǒng)可以與數(shù)據(jù)庫連接，該方法包括在數(shù)據(jù)庫中保存數(shù)據(jù)。該方法還可以包括使用戶利用可靠排列來測定數(shù)據(jù)，組成部分的可靠排列能夠 測定生物標(biāo)記物的水平，并且具有許多特征，這些特征各自位于相應(yīng)編碼的相應(yīng)位置。在這 種情況下，該方法典型地包括使基站
(a)由數(shù)據(jù)確定編碼；
(b)確定表明各個(gè)特征在排列上的位置的布局；和 (C)按照確定的布局和數(shù)據(jù)確定參數(shù)值。該方法還可以包括使基站
(a)確定支付信息，該支付信息代表用戶的支付條款；和
(b)在對支付信息測定的響應(yīng)過程中執(zhí)行比較操作。
11
本發(fā)明還提供了用于確定患者有關(guān)婦科癌或其亞型或癌階段的狀態(tài)的基站，該基 站包括
(a)保存方法；
(b)處理系統(tǒng)，該處理系統(tǒng)適合于
(i) 通過通信網(wǎng)絡(luò)從用戶處接收患者數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)包括患者的兩種或多種生物標(biāo)記 物的水平或濃度，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP ；
( )執(zhí)行算法功能，包括將數(shù)據(jù)與預(yù)測定數(shù)據(jù)進(jìn)行比較； (iii)按照算法功能的結(jié)果(包括比較)，確定患者的狀態(tài)；和
(c)通過通信網(wǎng)絡(luò)將患者狀態(tài)的指示輸出至用戶。處理系統(tǒng)可適合于從適合測定數(shù)據(jù)的遠(yuǎn)端工作站接收數(shù)據(jù)。該處理系統(tǒng)可以包括
(a)適合于下列的第一處理系統(tǒng) (i)接收數(shù)據(jù)；和
( )按照多變量分析功能(包括比較數(shù)據(jù))的結(jié)果，確定患者的狀態(tài)；和
(b)適合于下列的第二處理系統(tǒng) (i)從處理系統(tǒng)接收數(shù)據(jù)；和
( )執(zhí)行多變量分析功能，包括比較；和 (iii)將結(jié)果傳輸至第一處理系統(tǒng)?；镜湫偷匕?br> (a)連接第一處理系統(tǒng)與通信網(wǎng)絡(luò)的第一防火墻；和
(b)連接第一和第二處理系統(tǒng)的第二防火墻。處理系統(tǒng)可以與數(shù)據(jù)庫連接，處理系統(tǒng)適合于將數(shù)據(jù)保存在數(shù)據(jù)庫中。本發(fā)明的又一個(gè)方面涉及用兩種或多種生物標(biāo)記物的水平來檢測患者卵巢癌或 其它婦科病癥的用途，該生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL_6、IL-8、 CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了 AGR-2或中期因子(midkine)或其修飾形式或同系物 形式的水平在形成檢測患者卵巢癌或其它婦科病癥的測定法中的用途。甚至本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了 AGR-2、中期因子(midkine)和CA125或其修飾形 式或同系物形式的水平在形成檢測患者卵巢癌或其它婦科病癥的測定法中的用途。附圖的簡要說明


圖1是提供算法模型的圖示，該算法產(chǎn)生患者具有或不具有婦科病癥的概率指數(shù)。圖2是說明生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)的模型和驗(yàn)證的圖示。圖3a和b是與病理平臺連接的本發(fā)明測定法的略圖，提供具有或不具有婦科癌的 患者的疾病概率指數(shù)的報(bào)告。圖4和5是與病理平臺連接的測定法的略圖，提供報(bào)告，1.終端站；2.基站；3.客 戶服務(wù)(例如，簡單對象存取協(xié)議(SOAP)) ；4.通信網(wǎng)絡(luò)(例如國際互連網(wǎng))；LIMS，實(shí)驗(yàn)室 信息管理系統(tǒng)；測定法報(bào)告的例子示于圖6中。圖6是通過圖3所示測定法產(chǎn)生的報(bào)告的數(shù)據(jù)表示法。
圖7是顯示正常人卵巢部分中的免疫活性(ir)-AGR_2的免疫組織化學(xué)位置的照 相表示法。正常卵巢上皮細(xì)胞(箭頭)對ir-AGR-2始終顯陰性(A，B)。在正常卵巢內(nèi)的少 量包涵囊腫表明具有不同胞質(zhì)的細(xì)胞(箭頭)偶爾對ir-AGR-2進(jìn)行染色(D)。A、C的放大 倍數(shù)是χ 200，B、D的放大倍數(shù)是x400。圖8是顯示從卵巢腫瘤得到的上皮細(xì)胞中ir-AGR-2的免疫組織化學(xué)位置的照相 表示法。(A)子宮頸內(nèi)的良性粘質(zhì)腫瘤類型。幾乎所有上皮細(xì)胞顯示了強(qiáng)烈的顆粒狀細(xì)胞 質(zhì)染色。細(xì)胞膜的基底和沿著細(xì)胞膜的染色尤其強(qiáng)烈。(B)漿液性界線腫瘤，其上皮細(xì)胞顯 示出具有不同強(qiáng)度的強(qiáng)烈的顆粒狀染色。(C)發(fā)育良好的腺性模式的高度分化的1級子宮 內(nèi)膜腫瘤。在全部上皮細(xì)胞中，腫瘤顯示出細(xì)胞群的強(qiáng)烈的顆粒狀細(xì)胞質(zhì)染色。在許多細(xì) 胞中，沿著細(xì)胞/細(xì)胞膜和頂表面，染色明顯更強(qiáng)烈。(D)高度分化的腺性模式的1級子宮 內(nèi)膜腫瘤。在腺體之內(nèi)，腫瘤顯示出稠密的顆粒狀胞質(zhì)染色，強(qiáng)度可變。(E)2級漿液性腫 瘤。輪廊分明的免疫活性細(xì)胞的島狀物存在于大量負(fù)染色的、中等分化的腫瘤內(nèi)。染色是 顆粒狀的，占據(jù)大部分細(xì)胞質(zhì)，并且在頂端附近更密集地聚集。(F)顯著分化不良的3級漿 液性腫瘤，具有分散狀的孤立細(xì)胞群，對ir-AGR-2顯示出強(qiáng)烈的、稠密的顆粒狀染色。(G)3 級漿液性腫瘤部分，顯示出殘余性的、高度分化的、強(qiáng)烈免疫染色的腺體，接近分化不良的3 級腫瘤。(H)漿液性3級癌瘤，具有乳頭型，顯示出乳頭內(nèi)層的腫瘤細(xì)胞的強(qiáng)烈細(xì)胞質(zhì)免疫 染色。(I); 3級明細(xì)胞癌，顯示出典型的明細(xì)胞型。在腫瘤巢和索之內(nèi)，有大量的胞質(zhì)免疫 染色的細(xì)胞。(C、E、G和I的放大倍數(shù)是x200, A、B、D、F和H的放大倍數(shù)是x400)。圖9是收集的人血漿樣品的Western印跡的照相(使用親合性純化兔子抗AGR-2) (1:500)。從對照患者和確診患有各種等級的漿液性、粘質(zhì)和明細(xì)胞卵巢癌瘤的患者中獲得 孤立等離子體樣品(每組3-6個(gè))。收集每個(gè)組中的等量孤立等離子體樣品，并使用多親合 性除去系統(tǒng)(Agilent)，耗盡上端六個(gè)血漿蛋白，以便濃縮殘余的血漿蛋白并增強(qiáng)檢測。然 后使用抗AGR-2，使用化學(xué)發(fā)光檢測，對每個(gè)組的12 μ g等量的貧化血漿蛋白進(jìn)行Western 印跡。在粘質(zhì)和明細(xì)胞卵巢癌瘤血漿中，大約18 kDa的弱免疫活性類型(成熟型AGR-2) 是明顯的，但在對照血漿或源于漿液性卵巢癌患者的血漿中不明顯，表明ir-AGR-2的不同 表達(dá)和分泌與不同的卵巢腫瘤類型有關(guān)。許多高分子量免疫活性類型還用抗AGR-2抗體來 標(biāo)記。這些類型在來源于不同卵巢腫瘤類型的患者的血漿樣品中類似地被不同地表達(dá)。圖10是表10所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表9中的CA125和生物標(biāo)記 物組(panel)進(jìn)行比較，用模型樣品亞組獲得)。圖11是表12所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表11中的CA125和生物標(biāo) 記物組(panel)進(jìn)行比較，用驗(yàn)證樣品亞組獲得)。圖12是表14所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表13中的CA125和生物標(biāo) 記物組(panel)進(jìn)行比較，用全部樣品組獲得)。圖13是表17所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表9中的CA125和生物標(biāo)記 物組(panel)進(jìn)行比較，用模型樣品亞組獲得)。圖14是表18所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表11中的CA125和生物標(biāo) 記物組(panel)進(jìn)行比較，用驗(yàn)證樣品亞組獲得)。圖15是表19所描述的ROC曲線分析的圖示(將示于表13中的CA125和生物標(biāo) 記物組(panel)進(jìn)行比較，用全部樣品組獲得)。
圖16是相對于正規(guī)樣品的初期階段卵巢癌患者中AGR-2的平均濃度+/-SEM的圖示。圖17是相對于對照樣品的初期階段(階段I/II)卵巢癌患者中AGR-2的平均血 漿濃度+/-SEM的圖示。圖18是初期階段(階段I/II)卵巢癌患者和健康對照中AGR-2和CA125的血漿 濃度之間的相關(guān)性的圖示。圖19是表21所描述的ROC曲線分析的圖示(作為獨(dú)立的CA125和AGR-2，并且作 為兩個(gè)標(biāo)記物組(panel))。圖20是相對于對照者的卵巢癌患者中AGR-2的血漿濃度的圖示。該條形圖表示 61個(gè)對照物和46個(gè)卵巢癌血漿樣品(所有病例)的平均士SEM，卵巢癌樣品中的35個(gè)代 表初期階段(階段I/II)疾病。*相對于對照物，P<0. 05。圖21是相對于對照物的卵巢癌患者中AGR-2血漿濃度的平均士SEM(0，對照物； 1，漿液性類型OVCA ；2，子宮內(nèi)膜癌；3，粘質(zhì)性癌；4，mullerian混合型；5，明細(xì)胞)。詳細(xì)說明
在本說明書中使用的單數(shù)形式“一種(a)”、“一個(gè)(an)”和“該(the)”包括多個(gè)方面， 除非上下文另外清楚地規(guī)定范圍。由此，例如，對“一種生物標(biāo)記物”的引證包括單個(gè)生物 標(biāo)記物以及兩種或多種生物標(biāo)記物；對“一種分析物”的引證包括單一分析物或兩種或多種 分析物；對“本發(fā)明”的引證包括本發(fā)明的一個(gè)和多個(gè)方面；等等。在本申請中具體說明的各種范圍中使用的數(shù)值，除非另外明確地表示，否則以近 似值的形式陳述，就好象在陳述范圍之內(nèi)的最小和最大兩個(gè)值之前加上詞“大約”一樣。用 這樣的方式，高于和低于陳述范圍的微小變化可用于獲得基本上相同的結(jié)果，如同在該范 圍之內(nèi)的值。此外，公開的這些范圍是連續(xù)范圍形式，包括最小和最大值之間的每個(gè)值。另 外，本發(fā)明擴(kuò)展至兩種或多種標(biāo)記物的比例，該比例提供與卵巢癌發(fā)展或存在的危險(xiǎn)水平 有關(guān)的數(shù)值。為了鑒定婦科病癥，提供了快速有效的和靈敏的測定法。婦科病癥包括癌，例如卵 巢癌，或癌引起的并發(fā)癥，或炎癥性病癥，例如子宮內(nèi)膜異位。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，該測 定法能夠進(jìn)行卵巢癌的早期檢測。不僅如此，由于該測定法可以在婦科疾病或其治療或由 其引起的任何并發(fā)癥的任何階段使用，所以本發(fā)明不只局限于卵巢癌的早期檢測。關(guān)于“婦科病癥”的“癌”的引證包括卵巢癌以及卵巢癌的亞型，例如粘質(zhì)性或子 宮內(nèi)膜卵巢癌，或卵巢癌的階段，例如階段Ι、Π、ΙΙΙ或IV。術(shù)語例如“卵巢癌”、“上皮細(xì)胞 的卵巢癌”和“卵巢惡性腫瘤”在本文中可互換使用。當(dāng)應(yīng)用于診斷有癥狀的女性時(shí)，尤其 可使用本發(fā)明，但也可以同樣地用于診斷無癥狀的女性和/或處于形成婦科病癥的高風(fēng)險(xiǎn) 中的女性。下面鑒定的是細(xì)胞因子或分析用的生物標(biāo)記物，它們用于檢測婦科病癥，尤其是 卵巢癌或由其引起的并發(fā)癥，或婦科炎癥性病癥。這些統(tǒng)稱為“生物標(biāo)記物”或“婦科病癥 標(biāo)記物“或“婦科病癥的標(biāo)記物”。在一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中 的兩種或多種。在另一個(gè)實(shí)施方案中，選自11^-6、11^-8、0^、544和/或54 中的兩種或多 種。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)記物選自CA125和IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的一種或多種。在又一個(gè)實(shí)施方案中，生物標(biāo)記物包括任選的CA125，IL-6、IL-8、CRP、SAA 和/或SAP中的兩種或多種，其中至少一種后面的生物標(biāo)記物可以被中期因子(midkine) 或AGR-2中的一或多種代替。盡管如此，本發(fā)明擴(kuò)展至用另一種分析物替代任何一或多種 生物標(biāo)記物，這些分析物共同或獨(dú)立地有助于婦科病癥的檢測。另外，對AGR-2、中期因子 (midkine)、CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP中的任何一種或多種的引證包括其修飾形 式或同系物形式。修飾形式包括衍生物、多態(tài)變體、截短形式(截短)和團(tuán)聚或復(fù)合形式， 或具有擴(kuò)增組成部分的形式(例如，氨基酸擴(kuò)增組成部分)。為了簡便起見，對任何或一些 或所有生物標(biāo)記物的引證包括這種修飾和同系物形式。由此，(復(fù)數(shù)個(gè))生物標(biāo)記物表示標(biāo)記物組(panel)，其包括列出[X]n、[Y]x和[Z]m， 其中
X 是 CA125，n 是 或 1 ；
Y是選自IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP的標(biāo)記物，條件是，當(dāng)η是0時(shí)，Y包括兩種或多 種標(biāo)記物，其中χ是0或1 ；和
Z是AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種，m是0或1。相應(yīng)地，本發(fā)明的一個(gè)方面提供了用于確定患者婦科病癥存在的測定法，該測定 法包括測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的濃度，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期 因子(midkine)、CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和SAP中的兩種或多 種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多禾中；或 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中 的至少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2中的至少一種；其中生物標(biāo)記物相對于對照物 的水平變化提供婦科病癥的存在的指示。在替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明包括確定患者的婦科病癥存在的測定法，該測定法 包括測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的濃度，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因 子(midkine)和 / 或 CA125 中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA 和 / 或 SAP 中的 兩種或多種；11^-6、11^-8、0^、544和/或54 中的兩種或多種；或CA125、IL_6、IL_8、CRP、 SAA和/或SAP中的至少一種，和中期因子(midkine)和/或AGR-2中的至少一種；對該 水平進(jìn)行運(yùn)算，其中這種運(yùn)算是由數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括就病癥來說處于已知 狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水平，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患者的概率指 數(shù)。對“運(yùn)算”的引證是執(zhí)行多變量分析功能的運(yùn)算。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于確定患者婦科病癥存在的測定法，該 測定法包括測定得自于患者的生物樣品中的AGR-2的濃度，其中AGR-2的濃度改變指示患 者具有婦科病癥。按照該實(shí)施方案，可以單獨(dú)篩查AGR-2的水平，或與其它生物標(biāo)記物組合 篩查。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于確定患者婦科病癥存在的測定法，該 測定法包括測定得自于患者的生物樣品中的中期因子(midkine)的濃度，其中中期因子 (midkine)的濃度改變指示患者具有婦科病癥。按照該實(shí)施方案，可以單獨(dú)篩查中期因子 (midkine)的水平，或與其它生物標(biāo)記物組合篩查。本發(fā)明的后面的三個(gè)方面可以進(jìn)一步包括測定CA125的濃度。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，婦科病癥是卵巢癌或由其引起的并發(fā)癥，或卵巢癌的階 段，例如階段I或II或III或IV。
15
在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了用于確定患者卵巢癌存在的測定法，該測定 法包括測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的水平，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期 因子(midkine)、CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和SAP中的兩種或多 種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多禾中；或 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中 的至少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2中的至少一種；其中生物標(biāo)記物的濃度變化指 示卵巢癌的存在。本發(fā)明的另一個(gè)方面包括用于確定患者卵巢癌存在的測定法，該測定法包括 測定得自于患者的生物樣品中的生物標(biāo)記物的水平，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子 (midkine)、CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP, SAA和SAP中的兩種或多種； IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多禾中；或 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的 至少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2中的至少一種；對該水平進(jìn)行運(yùn)算，該運(yùn)算是由 數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括就病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水 平，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。數(shù)據(jù)的第一知識庫還可以源于許多患者。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于確定患者卵巢癌存在的測定法，該測定法 包括測定得自于患者的生物樣品中的AGR-2或中期因子(midkine)的濃度，其中AGR-2 或中期因子(midkine)的濃度改變指示患者具有卵巢癌。按照該實(shí)施方案，可以單獨(dú)篩查 AGR-2、中期因子(midkine)的水平，或與其它生物標(biāo)記物組合篩查。水平“改變”是指AGR-2 或中期因子(midkine)的濃度的提高或升高或濃度的減小或降低。該方面還可以包括測定CA125的濃度。相對于對照物，測定生物標(biāo)記物的濃度或水平能夠建立基于濃度的診斷規(guī)則?；?者，診斷規(guī)則基于統(tǒng)計(jì)和機(jī)械學(xué)習(xí)算法的應(yīng)用。這種算法使用生物標(biāo)記物和疾病狀態(tài)之間 的關(guān)系(在培訓(xùn)數(shù)據(jù)(具有已知的疾病狀態(tài))中觀察到的)，從而推斷關(guān)聯(lián)性，該關(guān)聯(lián)性用 于預(yù)示未知狀態(tài)患者的狀態(tài)。使用算法可以提供患者具有婦科病癥的概率指數(shù)。該算法執(zhí) 行多變量分析功能。由此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了基于應(yīng)用統(tǒng)計(jì)和機(jī)器學(xué)習(xí)算法的診斷規(guī) 則。這種算法使用生物標(biāo)記物和疾病狀態(tài)之間的關(guān)系(在培訓(xùn)數(shù)據(jù)(具有已知的疾病狀 態(tài))中觀察到的)，從而推斷關(guān)聯(lián)性，用于預(yù)示未知狀態(tài)患者的狀態(tài)。數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域熟練的 從業(yè)者可以判明，可以使用培訓(xùn)數(shù)據(jù)中的推斷關(guān)聯(lián)性的許多不同形式，而并不實(shí)質(zhì)上改變 本發(fā)明。由此，本發(fā)明包括使用培訓(xùn)數(shù)據(jù)的知識庫(其包括得自于患有婦科病癥的患者 的生物標(biāo)記物水平)，產(chǎn)生算法，當(dāng)將其輸入數(shù)據(jù)的第二知識庫(其包括與具有未知婦科病 癥患者相同生物標(biāo)記物的水平)時(shí)，提供預(yù)示婦科病癥的性質(zhì)的概率指數(shù)。或者，AGR-2的水平改變預(yù)示婦科病癥?；蛘?，中期因子(midkine)的水平改變預(yù)示婦科病癥。后兩個(gè)方面還可以與CA125的改變水平組合?！盎颊摺蓖ǔＪ桥?。然而，本發(fā)明可以擴(kuò)展至獸用。由此，患者可以是非人雌性哺 乳動(dòng)物，例如牛、馬、綿羊或非人靈長類動(dòng)物。不僅如此，本發(fā)明尤其適用于檢測女人的婦科癌癥。
術(shù)語“培訓(xùn)數(shù)據(jù)”包括相對于對照物的生物標(biāo)記物水平的知識。“對照”包括與沒 有婦科病癥或病癥治愈的患者的生物標(biāo)記物水平進(jìn)行比較，或可以是基于實(shí)驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)上測 定的水平。術(shù)語“水平”還包括生物標(biāo)記物水平的比例?！芭嘤?xùn)數(shù)據(jù)”還包括AGR-2和/或中期因子(midkine)中的一種或多種的濃度。數(shù) 據(jù)可以包括關(guān)于AGR-2和/或中期因子(midkine)濃度增或減的信息。本發(fā)明進(jìn)一步包括用于檢測患者婦科病癥的生物標(biāo)記物的組(panel)，該 組(panel)包括與生物標(biāo)記物特異性結(jié)合的試劑，生物標(biāo)記物選自AGR_2、中期因子 (midkine)和CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和SAP中的兩種或多種； IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多種；和 CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA 和 SAP 中的至 少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2中的至少一種，以便測定兩種或多種生物標(biāo)記物的 水平，而后對該水平進(jìn)行運(yùn)算，該運(yùn)算是由數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括自就病癥來說 處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水平，其中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患者 的概率指數(shù)。尤其是，本發(fā)明提供了用于檢測婦科病癥的生物標(biāo)記物的配體組(panel)，該組 (panel)包括對于下列的配體AGR_2、中期因子(midkine)或CA125中的兩種或多種； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 或 SAP 中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 或 SAP 中的兩 種或多種；或CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA或SAP中的至少一種和中期因子(midkine)或 AGR-2中的至少一種。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明包括用于檢測患者婦科病癥的生物標(biāo)記物組 (pane 1)，該組(pane 1)包括與生物標(biāo)記物特異性結(jié)合的試劑，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期 因子(midkine)和CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和SAP中的兩種或 多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多禾中；CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中 的至少一種和中期因子(midkine)或AGR-2中的至少一種，從而測定兩種或多種生物標(biāo)記 物的水平，其中生物標(biāo)記物的水平變化預(yù)示婦科病癥。本文所涉及的生物標(biāo)記物的組合包括兩個(gè)生物標(biāo)記物至九個(gè)生物標(biāo)記物，例如2、 3、4、5、6、7、8或9個(gè)生物標(biāo)記物。生物標(biāo)記物的水平或濃度提供輸入的試驗(yàn)數(shù)據(jù)(本文指 的是“數(shù)據(jù)的第二知識庫”)。數(shù)據(jù)的第二知識庫被認(rèn)為與對照物相關(guān)聯(lián)，或?qū)⑵漭斎氲竭\(yùn) 算中，該運(yùn)算是由“數(shù)據(jù)的第一知識庫”產(chǎn)生的，其包括具有已知婦科病癥的患者的生物標(biāo) 記物水平的信息。數(shù)據(jù)的第二知識庫得自于就婦科病癥來說處于未知狀態(tài)的患者。運(yùn)算的 計(jì)算結(jié)果是具有具體婦科病癥或不具有病癥的患者的概率或危險(xiǎn)因數(shù)，本文指的是概率指 數(shù)。兩種或多種生物標(biāo)記物包括和包含CA125，AGR-2 ；CA125,中期因子(midkine)； CA125, IL-6 ；CA125, IL-8 ；CA125, CRP ；CA125, SAA ；CA125, SAP ；CA125 ；IL-6，IL-8 ；IL-6， CRP ；IL-6, SAA ；IL-6，SAP ；IL-6 ；IL-6,中期因子(midkine) ；IL-6，AGR-2 ；IL-8，CRP ； IL-8, SAA ；IL-8 SAP ；IL-8 ；IL-8,中期因子(midkine) ；IL-8，AGR-2 ；CRP, SAA ；CRP, SAP ； CRP ；CRP，中期因子(midkine) ；CRP, AGR-2 ；SAA, SAP ；SAA ；SAA，中期因子(midkine) ；SAA, AGR-2 ；SAP ；SAP，中期因子(midkine) ；SAP, AGR-2 ；和中期因子(midkine), AGR-2。此夕卜， 本發(fā)明擴(kuò)展至數(shù)據(jù)的第二知識庫，其包括兩種或多種標(biāo)記物的比例，例如，下列標(biāo)記物的 比例CA125，IL-6 ；CA125, IL-8 ；CA125, CRP ；CA125, SAA ；CA125, SAP ；CA125 ；CA125,中期因子(midkine) ；CA125, AGR-2 ；IL-6，IL-8 ；IL-6，CRP ；IL-6，SAA ；IL-6，SAP ；IL-6 ；IL-6， 中期因子(midkine) ；IL-6，AGR-2 ；IL-8，CRP ；IL-8，SAA ；IL-8 SAP ；IL-8 ；IL-8，中期因子 (midkine) ；IL-8，AGR-2 ；CRP, SAA ；CRP, SAP ；CRP ；CRP,中期因子(midkine) ；CRP, AGR-2 ； SAA, SAP ；SAA ；SAA，中期因子(midkine) ；SAA, AGR-2 ；SAP ；SAP，中期因子(midkine) ；SAP, AGR-2 ；和中期因子(midkine)，AGR-2。在替代性實(shí)施方案中，以AGR-2或中期因子(midkine)的形式監(jiān)控單個(gè)生物標(biāo)記 物。此外，可以與一或多種其它標(biāo)記物組合篩查AGR-2或中期因子(midkine)。CA125也可 以按照本發(fā)明的該方面來測定。與生物標(biāo)記物“特異性結(jié)合”的試劑通常包括免疫交互作用的分子，例如，抗體或 雜交衍生物，包括其重組體或修飾形式或其抗原結(jié)合片段。該試劑也可以是受體或其它配 體。這些試劑幫助測定生物標(biāo)記物的水平。有關(guān)水平的信息是運(yùn)算的輸入數(shù)據(jù)。由此，本發(fā)明進(jìn)一步提供了對下列的固定配體的組(panel) :AGR_2、中期因子 (midkine)和/或CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種 或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 / 或 SAP 中的兩種或多種；或 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和/或SAP中的至少一種和中期因子(midkine)和/或AGR-2中的至少一種。本發(fā)明的另一個(gè)方面包括用于確診婦科病癥存在或不存在的試劑盒，該試劑盒包 括包含組成部分[χ]η、γ和[Zlffl的物質(zhì)的組合物，其中
X是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自CA125，η是0或1 ；
Y是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自下表，包括當(dāng)η是0時(shí)，生物標(biāo)記物選自 IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP中的兩種或多種，或當(dāng)η是1時(shí)，生物標(biāo)記物選自IL_6、IL-8、 CRP、SAA和SAP中的至少一種；和
Z是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自中期因子(midkine)和AGRUP m是0或1 ； 該試劑盒進(jìn)一步包括便于測定與配體結(jié)合的生物標(biāo)記物的濃度的試劑。在使用中，試 劑盒便于測定生物標(biāo)記物。然后將該水平與對照物進(jìn)行比較，或?qū)ζ溥M(jìn)行運(yùn)算(由包括自 就病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水平的數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生)，其 中該運(yùn)算提供具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。試劑盒或者可以包括檢測單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)的濃度或與CA125 的組合的濃度的試劑。本發(fā)明進(jìn)一步提供了標(biāo)記物的組(panel)，其包括列表數(shù)據(jù)[Χ]η、[Z]m，其 中
X 是 CA125，n 是 或 1 ；
Y是選自IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP的標(biāo)記物，條件是，當(dāng)η是0時(shí)，Y包括兩種或多 種標(biāo)記物，其中χ是0或1 ；和
Z是AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種，m是0或1。配體(例如，對每個(gè)生物標(biāo)記物具有特異性的抗體)能夠定量或定性檢測或測定 至少兩種或多種生物標(biāo)記物的水平。對“水平”的引證包括下列形式的濃度重量/體積， 活性/體積或單位/體積，或其它方便的表示式，以及水平的比例。本發(fā)明進(jìn)一步涉及用于檢測患者卵巢癌癥的測定法，該測定法包括使來源于 患者的樣品和與下列結(jié)合的固定配體接觸一段時(shí)間AGR-2、中期因子(midkine)和/或
18CA125中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；IL-6、 IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；或CA125、IL_6、IL_8、SAA和/或SAP中的至 少一種和中期因子(midkine)和/或AGR-2中的至少一種，并且接觸是在足以使生物標(biāo)記 物與配體結(jié)合的條件下進(jìn)行，而后檢測結(jié)合水平，其表示生物標(biāo)記物的濃度，其中生物標(biāo)記 物的水平變化預(yù)示卵巢癌。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及用于檢測患者卵巢癌的測定法，該測定 法包括使來源于患者的樣品和與下列結(jié)合的固定配體接觸一段時(shí)間AGR-2、中期因子 (midkine)和 / 或 CA125 中的兩種或多種；CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA 和 / 或 SAP 中的兩 種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；或CA125、IL_6、IL_8、SAA和 /或SAP中的至少一種和中期因子(midkine)和/或AGR-2中的至少一種，并且接觸是在生 物標(biāo)記物與配體能夠充分結(jié)合的條件下進(jìn)行，而后檢測結(jié)合水平，這可以預(yù)示生物標(biāo)記物 的濃度，并對該濃度進(jìn)行運(yùn)算，這種運(yùn)算是使用具有卵巢癌的患者的生物標(biāo)記物水平產(chǎn)生 的，從而提供具有或不具有卵巢癌的患者的概率指數(shù)。在另一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了用于檢測患者卵巢癌癥的測定法，該 測定法包括使來源于患者的樣品與AGR-2或中期因子(midkine)的固定配體接觸一段時(shí) 間，并且接觸是在能夠使AGR-2或中期因子(midkine)與它的配體結(jié)合的條件下進(jìn)行，其提 供AGR-2或中期因子(midkine)的濃度的指示，或其中AGR-2或中期因子(midkine)的濃 度改變預(yù)示卵巢癌癥。該方面還可以與測定CA125的濃度進(jìn)行組合?！皹悠贰蓖ǔＪ茄?，血漿或血清，腹水，淋巴液，組織滲出液，粘液，尿或呼吸液體。 或者，樣品是正在進(jìn)行組織學(xué)檢驗(yàn)的組織樣品。通過鑒定存在于卵巢癌癥患者中的標(biāo)記物的水平，和用于鑒定哪些標(biāo)記物和標(biāo) 記物組可有效用于鑒定卵巢癌癥患者中所使用的統(tǒng)計(jì)方法，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員基于 本文公開的內(nèi)容，可以鑒定能夠提供優(yōu)良選擇性和靈敏性的組(panel)。提供鑒別性能 的組(panel)的例子包括但不限于生物標(biāo)記物，包括CA125，AGR-2 ；CA125,中期因子 (midkine) ；CA125, IL-6 ；CA125, IL-8 ；CA125, CRP ；CA125, SAA ；CA125, SAP ；CA125 ；CA125, 中期因子；CA125, AGR-2 ；IL-6，IL-8 ；IL-6，CRP ；IL-6，SAA ；IL-6，SAP ；IL-6 ；IL-6,中 期因子(midkine) ；IL-6，AGR-2 ；IL-8，CRP ；IL-8，SAA ；IL-8 SAP ；IL-8 ；IL-8,中期因子 (midkine) ；IL-8，AGR-2 ；CRP, SAA ；CRP, SAP ；CRP ；CRP,中期因子(midkine) ；CRP, AGR-2 ； SAA, SAP ；SAA ；SAA,中期因子(midkine) ；SAA, AGR-2 ；SAP,中期因子(midkine) ；SAP, AGR-2;和中期因子(midkine)，AGR-2。組(panel)也可以包括上述生物標(biāo)記物的配體。組(panel)也可以包括單獨(dú)的AGR-2，或其與一種或多種其它標(biāo)記物的組合。組(panel)也可以包括單獨(dú)的中期因子(midkine)，或其與一種或多種其它標(biāo)記 物的組合。如上所指出，“配體”或“結(jié)合劑”和類似術(shù)語是指能夠特異性或基本上特異性地 (有限的交叉反應(yīng)性)與生物標(biāo)記物上的表位結(jié)合的任何化合物、組合物或分子。“結(jié)合劑” 通常具有單一特異性。不僅如此，本文也包括對于兩種或多種生物標(biāo)記物具有多重特異性 的結(jié)合劑。結(jié)合劑(或配體)典型地是抗體，例如單克隆抗體，或其衍生物或類似物，還包 括但不限于Fv片段；單鏈Fv(ScFv)片段；Fab'片段；F (ab’)2片段；人源化抗體和抗體 片段；駱駝化(camelized)抗體和抗體片段；和上述的多價(jià)形式。視情況而定，還可以使用多價(jià)結(jié)合劑，包括但不限于單特異性或雙特異性抗體；例如二硫化物穩(wěn)定化的Fv片段， scFv串列[(ScFv)2片段]，二價(jià)二聚體，三聚體或四聚體，其典型地是共價(jià)連接的或者穩(wěn)定 化的(即亮氨酸拉鏈或螺旋穩(wěn)定化)scFv片段?！敖Y(jié)合劑”還包括本領(lǐng)域所描述的適體。制備抗原-特異結(jié)合試劑(包括抗體和它們的衍生物和類似物和適體)的方法在 本領(lǐng)域是眾所周知的。多克隆抗體可以通過動(dòng)物的免疫而產(chǎn)生。單克隆抗體可以按照標(biāo)準(zhǔn) (雜交瘤)方法制備?？贵w衍生物和類似物(包括人源化抗體)可以如下制備通過從編 碼單克隆抗體的DNA中分離DNA片段來進(jìn)行重組，并且按照標(biāo)準(zhǔn)方法將合適的V區(qū)域亞克 隆到合適的表達(dá)載體上。在文獻(xiàn)中描述了噬菌體展示和適體技術(shù)，并且可以進(jìn)行抗原-特 異性結(jié)合試劑(具有親合性非常低的交叉反應(yīng)性)的體外純系擴(kuò)增。噬菌體展示試劑和 系統(tǒng)可以商業(yè)上獲得，并且包括重組噬菌體抗體系統(tǒng)(RPAQ (可從Amersham Pharmacia Biotech, Inc. of Piscataway, New Jersey 商購)和 pSKAN 噬粒顯示系統(tǒng)(可從 MoBiiTec, LLC of Marco Island，F(xiàn)lorida商購)。適體技術(shù)例如(但不限于)描述在美國專利 5，270，163,5, 475，096,5, 840，867 和 6，544，776 中。ECLIA、ELISA和Luminex LabMAP免疫測定是檢測生物標(biāo)記物水平的合適測定法 的例子。在一個(gè)實(shí)施例中，第一個(gè)結(jié)合試劑/抗體與表面相連接，第二個(gè)結(jié)合試劑/抗體 (包括可檢測組)與第一個(gè)抗體結(jié)合?？蓹z測組的例子包括，例如但不限于熒光色素，酶， 結(jié)合第二個(gè)結(jié)合試劑的表位(例如，當(dāng)?shù)诙€(gè)結(jié)合試劑/抗體是小鼠抗體時(shí)，其是通過熒光 標(biāo)記的抗小鼠抗體檢測的)，例如，抗原或結(jié)合對的成員，例如生物素。表面可以是二維表 面，例如，在典型的柵型排列(例如但不限于96孔平皿和二維微陣列)或非二維平面(如 同包衣珠粒排列技術(shù))的情況下，其中每個(gè)“類型”的珠粒用例如熒光色素(例如，描述在 美國專利6，599，331，6，592，822和6，268，222中的Luminex技術(shù))或量子點(diǎn)技術(shù)(例如， 如美國專利6，306，610所述的技術(shù))進(jìn)行標(biāo)記。還可以認(rèn)為這種測定法是實(shí)驗(yàn)室信息管理 系統(tǒng)(LIMS)。在珠粒型免疫測定中，可以使用Luminex LabMAP系統(tǒng)。LabMAP系統(tǒng)結(jié)合聚苯乙 烯微球體，其被兩種光譜不同的熒光色素內(nèi)部染色。使用精確比例的這些熒光色素，形成 由100個(gè)不同的微球體組(具有特異性光譜歸屬)組成的排列。每個(gè)微球體組可以在它 的表面上具有不同的反應(yīng)物。因?yàn)槲⑶蝮w組可以通過它們的光譜歸屬來加以區(qū)別，所以， 可以將它們合并，使得可以在單一反應(yīng)容器中同時(shí)測定高達(dá)100個(gè)不同的分析物。與報(bào) 道分子連接的第三個(gè)熒光色素測定微球體表面出現(xiàn)的生物分子的相互作用。當(dāng)微球體通 過Luminex分析器中的兩個(gè)獨(dú)立的激光時(shí)，微球體在快速流動(dòng)的液體流中獨(dú)立地被探測 (interrogated)。高速數(shù)字信號處理基于微球體的光譜歸屬將微球體分類，并且在幾秒鐘 內(nèi)定量每個(gè)樣品表面上的反應(yīng)。本文使用的“免疫測定”是指免疫測定法，典型地(但不是專有地)是能夠檢測和 測定目標(biāo)生物標(biāo)記物的夾心測定法，生物標(biāo)記物是CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期 因子(midkine)和/或AGR-2中的一種。由測定兩個(gè)、三個(gè)或四個(gè)或五個(gè)或六個(gè)或七個(gè)或八個(gè)或九個(gè)標(biāo)記物(CA125， AGR-2，中期因子(midkine)，IL_6，IL_8，CRP, SAA和/或SAP)的液體或組織水平的測定法 所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)可用于確定患者的婦科病癥的可能性或進(jìn)展。將包括兩種或多種生物標(biāo)記物 水平的數(shù)據(jù)輸入與對照物相比，或?qū)⑵漭斎胨惴ㄖ校峁┗颊呔哂欣缏殉舶┌Y的可能性的危險(xiǎn)值。還可以監(jiān)控治療方式以及復(fù)發(fā)的可能性。在本公開的上下文中，“液體”包括任何血液部分，例如血清或血漿，可以按照本文 描述的方法對它們進(jìn)行分析。對于測定具體生物標(biāo)記物的血液水平，其是指可以測定血液 水平的任何合適的血液部分，并且以存在于該部分中的值的形式報(bào)告數(shù)據(jù)。本文涉及的其 它液體包括腹水，組織滲出液，尿，淋巴液，粘液和呼吸液體。如上所述，提供了通過測定特異性鑒定的生物標(biāo)記物的水平，并且在用第一知識 庫數(shù)據(jù)或與已知疾病患者的相同的生物標(biāo)記物水平所產(chǎn)生的算法中使用這些水平作為第 二知識庫數(shù)據(jù)，來確診婦科病癥的方法。還提供的是檢測臨床前卵巢癌癥的方法，包括測定 患者樣品中特異性鑒定的生物標(biāo)記物的存在和/或速率?！八俾省笔侵富颊邩悠分械纳飿?biāo) 記物的濃度隨著時(shí)間推移的變化。如上所指出，婦科病癥包括癌癥或其并發(fā)癥。本文使用的術(shù)語“癌癥”包括“婦科 癌癥”通常所包含的所有癌癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，婦科癌癥包括但不限于輸卵管組織變 形，卵巢漿液性界線腫瘤，漿液性惡性腺瘤，輕度粘質(zhì)腫瘤和子宮內(nèi)膜腫瘤。在一個(gè)具體實(shí) 施方案中，婦科癌癥是進(jìn)行異常Mullerian上皮細(xì)胞分化的卵巢腫瘤。本文涉及的其它婦 科病癥包括炎癥性病癥，例如子宮內(nèi)膜異位。本文使用的術(shù)語“樣品”是指包含希望檢測的癌細(xì)胞的任何樣品，包括但不限于 生物流體(包括血液，血漿，血清，腹水)，組織提取物，剛采收的細(xì)胞和在細(xì)胞培養(yǎng)物中培 養(yǎng)的細(xì)胞的溶胞產(chǎn)物。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，樣品是婦科組織，血液，血清，血漿或腹水。如上所指出，“患者”可以是懷疑具有婦科病癥的任何哺乳動(dòng)物，通常是人。患者可 以稱為病員，并且是懷疑具有婦科病癥或處于形成婦科病癥危險(xiǎn)之中的雌性哺乳動(dòng)物。術(shù) 語“病癥”還包括由其引起的并發(fā)癥。 術(shù)語“對照樣品，，包括可用于建立第一知識庫數(shù)據(jù)(得自于具有已知疾病狀態(tài)的 患者)的任何樣品。本發(fā)明方法可以用于婦科病癥的診斷和分期，例如婦科癌癥，包括卵巢癌癥。本發(fā) 明還可以用于監(jiān)控病癥的進(jìn)展、監(jiān)控具體治療是否有效。尤其是，該方法可用于確認(rèn)例如手 術(shù)、化療和/或放射治療之后病癥的病癥的不存在或改善。該方法可以進(jìn)一步用于監(jiān)控化 療和異常組織再現(xiàn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及監(jiān)控患者的婦科病癥的進(jìn)展的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物中的兩種 或多種；或單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)，并且對該水平進(jìn)行運(yùn)算，以便提供具有婦 科病癥的患者概率指數(shù)；和
(c)在后面的時(shí)間點(diǎn)重復(fù)步驟(a)和(b)，并且將步驟(b)的結(jié)果與步驟(c)的結(jié)果 進(jìn)行比較，其中概率指數(shù)的差別預(yù)示患者病癥的進(jìn)展。在一個(gè)替代性實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及監(jiān)控患者的婦科病癥的進(jìn)展的方法，包 括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種；
21CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物中的兩種 或多種；或單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)，并且將該水平與對照物進(jìn)行比較，其中該 水平的變化提供具有婦科病癥的患者概率指數(shù)；和
(c) 在后面的時(shí)間點(diǎn)重復(fù)步驟(a)和(b)，并且將步驟(b)的結(jié)果與步驟(c)的結(jié)果 進(jìn)行比較，其中概率指數(shù)的差別預(yù)示患者病癥的進(jìn)展。尤其是，在后面的時(shí)點(diǎn)中，疾病癥狀的概率指數(shù)升高可以表示病癥正在發(fā)展，并且 該治療(如果合適的話)不是有效的。與此相反，在后面的時(shí)點(diǎn)中，概率指數(shù)的減小可以表 示病癥正在復(fù)原，并且該治療(如果合適的話)是有效的。在另一個(gè)實(shí)施方案中，提供了確定患者的婦科癌癥是否為良性的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物中的兩種 或多種，或單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)，并且對該水平進(jìn)行運(yùn)算，以便提供患者具 有婦科癌癥的概率指數(shù)；和
(c)監(jiān)控隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，如果指數(shù)隨著時(shí)間的推移而降低，表示癌癥是良 性的。在進(jìn)一步實(shí)施方案中，提供了確定患者婦科癌癥是否為良性的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的兩種或多種的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125 ； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物，或單獨(dú)的 AGR - 2或中期因子(midkine)，并且將該水平與對照物進(jìn)行比較，其中該水平的變化提供 具有婦科癌癥患者的概率指數(shù)；和
(c)監(jiān)控隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，如果指數(shù)隨著時(shí)間的推移而降低，表示癌癥是良 性的。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，提供了區(qū)分非侵入性和侵入性婦科癌癥的方法，包 括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的兩種或多種的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125；CA125、 IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物，或單獨(dú)的AGR -2或中期因子(midkine)；和
(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，并且對該水平進(jìn)行運(yùn)算，以便提供具有婦科病癥患 者的概率指數(shù)，其中指數(shù)升高表示癌癥是侵入性的。在本發(fā)明的進(jìn)一步實(shí)施方案中，提供了區(qū)分非侵入性和侵入性婦科癌癥的方法， 包括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的兩種或多種的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125；CA125、 IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物，或單獨(dú)的AGR -2或中期因子(midkine)；和
(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，并且將該水平與對照物進(jìn)行比較，其中水平的變化 22提供具有婦科癌癥患者的概率指數(shù)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及確定患者形成婦科腫瘤的潛在危險(xiǎn)的方法，包 括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的兩種或多種的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125；CA125、 IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物，或單獨(dú)的AGR - 2 或中期因子(midkine)，并且對該水平進(jìn)行運(yùn)算，以便提供具有婦科病癥患者的概率指數(shù)； 和
(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，其中指數(shù)減小表示患者形成婦科腫瘤的危險(xiǎn)低。在進(jìn)一步實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及確定患者形成婦科腫瘤的潛在危險(xiǎn)的方法，包 括
(a)提供患者的樣品；
(b)測定下列的兩種或多種的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125；CA125、 IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物，或單獨(dú)的AGR -2或中期因子(midkine)，并且將該水平與對照物進(jìn)行比較，其中該水平的變化提供具有婦 科癌癥患者的概率指數(shù)；和
(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，其中指數(shù)減小表示患者形成婦科腫瘤的危險(xiǎn)低。就測定單獨(dú)的AGR-2或中期因子(midkine)的濃度而論，認(rèn)為AGR-2或中期因子 (midkine)中的一種或多種的濃度改變(即增或減)是提高疾病癥狀存在的概率指數(shù)。該 方面還可以與測定CA125的濃度進(jìn)行組合。如上所指出，抗體可以用于許多免疫測定中的任一項(xiàng)，這種免疫測定依賴于生物 標(biāo)記物的抗原定子和抗體之間的結(jié)合相互作用。這種測定法的例子是放射免疫測定，酶免 疫分析(例如ECLIA，ELISA)，免疫熒光，免測沉淀，乳液凝集，血凝反應(yīng)和組織化學(xué)試驗(yàn)。抗 體可以用于檢測和測定樣品中的生物標(biāo)記物的水平，以便確定其在癌癥中的作用和確診癌癥。尤其是，本發(fā)明的抗體還可以用于免疫組織化學(xué)的分析，例如，在細(xì)胞和亞細(xì)胞水 平條件下，檢測生物標(biāo)記物，將其定位至具體細(xì)胞和組織，和具體亞細(xì)胞位置，并且測定表 達(dá)的水平。使用光和電子顯微術(shù)來定位抗原的本領(lǐng)域已知的細(xì)胞化學(xué)技術(shù)可以用于檢測生 物標(biāo)記物。通常，本發(fā)明的抗體可以用可檢測的物質(zhì)標(biāo)記，并且可以基于可檢測物質(zhì)的存 在，將生物標(biāo)記物蛋白定位在組織和細(xì)胞中。可檢測物質(zhì)的例子包括但不局限于下列放 射性同位素(例如3H, 14C，35S，125I，131I)，熒光標(biāo)記物(例如FITC，若丹明，鑭系磷光體)，熒光 標(biāo)記物，例如魯米諾；酶催標(biāo)記物(例如辣根過氧化酶，β-半乳糖苷酶，熒光素酶，堿性磷 酸酶，乙酰膽堿酯酶)，生物素基(可以通過明顯的抗生物素蛋白(例如包含可通過光學(xué)或 量熱法檢測的熒光標(biāo)記物或酶活性的抗生蛋白鏈菌素)檢測)，通過二級指示器辨別的預(yù) 先確定的多肽表位(例如亮氨酸拉鏈對序列，二抗的結(jié)合位點(diǎn)，金屬結(jié)合區(qū)域；附加表位)。 在一些實(shí)施方案中，標(biāo)記物通過各種長度的間隔臂相連接，以便降低潛在的空間位阻?？贵w 還可以與容易用電子顯微術(shù)顯像的電子稠密物質(zhì)連接，例如鐵蛋白或膠體金?？贵w或樣品可以固定在能夠固定細(xì)胞、抗體等等的載體或固體支撐物上。例如，載
23體或支撐物可以是硝化纖維，或玻璃，聚丙烯酰胺，輝長巖和磁鐵。支撐物材料可以具有任 何合適的構(gòu)型，包括球形(例如珠粒)，柱形(例如試管或孔的內(nèi)表面，或棒的外表面)，或 平面(例如薄片，試驗(yàn)片條)。還可以使用間接法，在這種方法中，通過弓I入第二個(gè)抗體來擴(kuò) 增原來的抗原抗體反應(yīng)，其中第二個(gè)抗體對于針對生物標(biāo)記物蛋白具有反應(yīng)性的抗體具有 特異性。例如，如果針對生物標(biāo)記物蛋白具有特異性的抗體是兔IgG抗體，那么第二個(gè)抗體 可以是用本文所描述的可檢測物質(zhì)標(biāo)記的山羊抗兔Y-球蛋白。如果放射性標(biāo)記物用作可檢測的物質(zhì)，則生物標(biāo)記物可以通過自射線照相術(shù)來定 位。利用各種光學(xué)法或通過統(tǒng)計(jì)顆粒來測定放射自顯影照片中的顆粒密度，可以測定自動(dòng) 射線照相術(shù)的結(jié)果。針對生物標(biāo)記物蛋白的標(biāo)記抗體可以用于定位進(jìn)行手術(shù)患者的腫瘤組織，即成 像。典型地，對于體內(nèi)應(yīng)用，用放射性標(biāo)記物(例如碘-123，碘-125，碘-131，鎵-67，锝-99 和銦-111)標(biāo)記抗體?？梢杂煤线m的載體將標(biāo)記的抗體制劑在幾小時(shí)至四天的時(shí)間靜脈內(nèi) 給予患者，而后進(jìn)行組織成像。在這期間，未結(jié)合的部分從患者中清除，只有殘留的抗體是 與腫瘤組織締合的那些抗體。使用合適的Y照相機(jī)來檢測同位素的存在。標(biāo)記的組織可 以與患者身體上的已知的標(biāo)記物相關(guān)聯(lián)，以便外科醫(yī)生精確定位腫瘤的位置。相應(yīng)地，在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了檢測患者癌癥的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)使樣品與抗體接觸，其中抗體與AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL-6、 IL-8、CRP、SAA和/或SAP生物標(biāo)記物結(jié)合，以便測定兩種或多種生物標(biāo)記物的水平或單獨(dú) 的AGR-2或中期因子(midkine)的水平或其與CA125的組合的水平，并對該水平進(jìn)行運(yùn)算， 以便提供具有婦科病癥患者的概率指數(shù)；和
(c)基于該概率指數(shù)，判斷患者具有癌癥的危險(xiǎn)?；蛘撸景l(fā)明提供了檢測患者癌癥的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)使樣品與抗體接觸，其中抗體與AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL-6、 IL-8、CRP、SAA和/或SAP生物標(biāo)記物結(jié)合，以便測定兩種或多種生物標(biāo)記物的水平或單獨(dú) 的AGR-2或中期因子(midkine)的水平或其與CA125的組合的水平，并將該水平與對照物 進(jìn)行比較，其中水平變化可以提供具有婦科病癥患者的概率指數(shù)；和
(c)基于該概率指數(shù)，判斷患者具有癌癥的危險(xiǎn)。本文所描述的本發(fā)明方法還可以使用微陣列來進(jìn)行，例如寡核苷酸陣列，cDNA陣 列，基因組DNA陣列，或組織陣列。優(yōu)選，陣列是組織微陣列。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明方法包括檢測編碼生物標(biāo)記物的核苷酸分子的表達(dá)， 并基于表達(dá)水平來測定生物標(biāo)記物的水平。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以構(gòu)建核苷酸探針，用于檢 測樣品中編碼生物標(biāo)記物的mRNA序列。合適的探針包括核苷酸分子，其基于編碼生物標(biāo) 記物區(qū)域的至少五個(gè)連續(xù)氨基酸的核苷酸序列，優(yōu)選它們包含15至30個(gè)核苷酸。核苷酸探 針可以用可檢測的物質(zhì)標(biāo)記，例如可以提供合適信號并具有足夠半衰期的放射性標(biāo)記物， 例如32P、3H、MC等等?？梢允褂玫钠渌蓹z測的物質(zhì)包括抗原，其是通過具體標(biāo)記的抗體、 熒光化合物、酶、對標(biāo)記抗原特異性的抗體和熒光化合物來加以辨別的。考慮雜交速率、探 針與所檢測核苷酸的結(jié)合、和可用于雜交的核苷酸的數(shù)量，可以選擇合適的標(biāo)記物。標(biāo)記的
24探針在通常描述在下列這種的固體載體例如硝化纖維素過濾器或尼龍膜上雜交為核苷酸 Sambrook %KMolecular Cloning, A Laboratory Manual. (2nd ed. ), 1989。核^f酸探 針可以用于檢測編碼生物標(biāo)記物的基因，優(yōu)選在人細(xì)胞中。核苷酸探針還可有效用于診斷 涉及生物標(biāo)記物的病癥、監(jiān)控這種病癥的發(fā)展或監(jiān)控治療方法。在一個(gè)實(shí)施方案中，探針用 于診斷婦科癌癥例如卵巢癌癥和監(jiān)控其發(fā)展。探針可以用于雜交技術(shù)，檢測編碼生物標(biāo)記物蛋白的基因的表達(dá)。該技術(shù)通常包 括在有利于探針特異性退火為核苷酸中的互補(bǔ)序列的條件下，使從患者或其它細(xì)胞源得 到的樣品所獲得的核苷酸Gf^nmRNA)與探針接觸，并進(jìn)行培養(yǎng)。培養(yǎng)之后，除去沒有退火 的核苷酸，并檢測已經(jīng)與探針雜交的核苷酸(如果有的話)的存在。mRNA的檢測可以包括將mRNA轉(zhuǎn)化為cDNA，和/或，使用擴(kuò)增方法，例如聚合酶鏈 式反應(yīng)(PCR)，將特異基因序列擴(kuò)增，而后使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)來分析擴(kuò)增的分 子。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以常規(guī)地設(shè)計(jì)合適的引物。本文描述的雜交和擴(kuò)增技術(shù)可以用于測定編碼生物標(biāo)記物的基因表達(dá)的定性和 定量方面。例如，可以從已知表達(dá)編碼生物標(biāo)記物的基因的細(xì)胞類型或組織中分離RNA，并 且使用本文引證的雜交(例如標(biāo)準(zhǔn)Northern分析)或PCR技術(shù)對其進(jìn)行試驗(yàn)。該技術(shù)可以 用于檢測轉(zhuǎn)錄物大小的差別，這種差別可能是由于正?；虍惓８淖兗艚釉斐傻摹Ｔ摷夹g(shù)可 以用于檢測全長和/或改變剪接轉(zhuǎn)錄物(在正常個(gè)體(相對于顯示癌癥癥狀的那些個(gè)體) 中檢測到的，包括生物標(biāo)記物蛋白或基因)的水平之間的量的差別。在上述方法中，可以原位使用引物和探針，S卩，直接在由活檢或切除術(shù)所獲得的患 者組織的組織切片(固定和/或冷凍)上使用。相應(yīng)地，本發(fā)明提供了檢測患者癌癥的方法，包括
(a)提供患者的樣品；
(b)從樣品的生物標(biāo)記物基因或其部分中提取包含mRNA的核苷酸分子；
(c)使用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)將提取的mRNA擴(kuò)增；
(d)測定編碼生物標(biāo)記物的mRNA的水平；和
(e)對兩種或多種生物標(biāo)記物的水平進(jìn)行運(yùn)算，提供具有癌癥患者的概率指數(shù)。生物標(biāo)記物mRNA 選自編碼 AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL-6、IL-8、CRP、 SAA和/或SAP中的兩種或多種的mRNA。通過使用預(yù)先包裝的診斷試劑盒(其包含進(jìn)行本發(fā)明任何方法的必要的試劑)， 可以進(jìn)行本文所描述方法。例如，試劑盒可以包含至少一種本文所描述的特異性核苷酸或 抗體，可以合適地使用它們，例如，在臨床環(huán)境中，篩查和診斷患者，篩查和鑒定那些顯示出 形成癌癥傾向的個(gè)體。該試劑盒還可以包含在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)中用于擴(kuò)增編碼生物標(biāo)記物 的核苷酸的核苷酸引物。該試劑盒還可以包含用于本發(fā)明方法的核苷酸、酶和緩沖液以及 電泳標(biāo)記物，例如200 bp梯狀鏈。試劑盒還包含進(jìn)行本發(fā)明方法的詳細(xì)說明書。本發(fā)明進(jìn)一步提供了基于運(yùn)算的篩查測定法，以便篩查患者的樣品。通常，基于兩 種或多種生物標(biāo)記物的水平(或編碼兩種或多種生物標(biāo)記物的基因的表達(dá)水平)來收集輸 入數(shù)據(jù)，并且對其進(jìn)行運(yùn)算，以便評價(jià)水平的任何升高或降低的統(tǒng)計(jì)顯著性，然后將該信息 作為輸出數(shù)據(jù)。用于評價(jià)輸入數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)軟件和硬件包括在本發(fā)明范圍內(nèi)。本發(fā)明的另一個(gè)方面涉及治療患有婦科病癥例如卵巢癌癥的患者的方法，該方法
25包括對患者進(jìn)行診斷測定，以便測定患者具有病癥的概率指數(shù)，生物標(biāo)記物選自AGR_2、 中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種；CA125、IL-6、IL_8、CRP、SAA和/或SAP 中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；或CA125、IL_6、IL-8、 CRP、SAA和/或SAP中的至少一種，和中期因子(midkine)和/或AGR-2中的至少一種；如 果患者具有病癥的危險(xiǎn)，那么對患者進(jìn)行手術(shù)切除術(shù)、化療和/或放射治療；而后監(jiān)控概率 指數(shù)隨著時(shí)間推移的變化。第二個(gè)檢測的生物標(biāo)記物可以與第一個(gè)檢測的生物標(biāo)記物相同或不同。本發(fā)明進(jìn)一步提供了兩種或多種生物標(biāo)記物的水平在形成用于診斷測定的概率 指數(shù)中的用途，該診斷測定法用于檢測患者卵巢癌癥，生物標(biāo)記物選自CA125、IL-6、IL-8、 CRP、SAA 禾口 SAP。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了兩種或多種生物標(biāo)記物在形成用于診斷測定法的運(yùn) 算中的用途，該診斷測定法用于檢測患者卵巢癌癥，生物標(biāo)記物選自CA125、IL-6、IL-8、 CRP、SAA 禾口 SAP。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了 AGR-2的水平在形成檢測患者卵巢癌或其它婦科癥 狀的測定法中的用途。本發(fā)明的測定法可以整合到現(xiàn)有或新近發(fā)展的病理結(jié)構(gòu)或平臺系統(tǒng)中。例如，本 發(fā)明涉及使用戶確定患者有關(guān)婦科癌癥或其亞型或癌癥階段的狀態(tài)的方法，該方法包括
(a)通過通信網(wǎng)絡(luò)接收用戶的CA125和AGR-2、中期因子(midkine)、CRP、IL-6、IL-8、 SAA和SAP中的一種或多種的水平或濃度形式的數(shù)據(jù)；
(b)通過運(yùn)算處理患者數(shù)據(jù)，提供病情指數(shù)值；
(c)按照病情指數(shù)值與預(yù)定值比較的結(jié)果確定患者的狀態(tài)；和
(d)通過通信網(wǎng)絡(luò)將患者狀態(tài)的指示傳輸至用戶。合適地，該方法通常進(jìn)一步包括
(a)使用戶利用遠(yuǎn)終端工作站測定數(shù)據(jù)；和
(b)通過通信網(wǎng)絡(luò)將數(shù)據(jù)從終端站傳輸至基站?；究梢园ǖ谝缓偷诙幚硐到y(tǒng)，在這種情況下，該方法可以包括
(a)將數(shù)據(jù)傳輸至第一處理系統(tǒng)；
(b)將數(shù)據(jù)傳輸至第二處理系統(tǒng)；和
(c)使第一處理系統(tǒng)執(zhí)行算法的功能，以便產(chǎn)生病情指數(shù)值。該方法還可以包括
(a)將算法功能的結(jié)果傳輸至第一處理系統(tǒng)；和
(b)使第一處理系統(tǒng)確定患者的狀態(tài)。在這種情況下，該方法還包括下列中的至少一種
(a)在通信網(wǎng)絡(luò)和第一處理系統(tǒng)之間通過第一防火墻傳輸數(shù)據(jù)；和
(b)在第一和第二處理系統(tǒng)之間通過第二防火墻傳輸數(shù)據(jù)。第二處理系統(tǒng)可以與適合保存預(yù)測定數(shù)據(jù)和/或運(yùn)算的數(shù)據(jù)庫連接，該方法包 括
(a)查詢數(shù)據(jù)庫，獲得最低限度選擇的預(yù)測定數(shù)據(jù)，或使從數(shù)據(jù)庫進(jìn)入算法；和
(b)將選擇的預(yù)測定數(shù)據(jù)與患者數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，或產(chǎn)生預(yù)示的概率指數(shù)。
第二處理系統(tǒng)可以與數(shù)據(jù)庫連接，該方法包括在數(shù)據(jù)庫中保存數(shù)據(jù)。該方法還可以包括使用戶利用可靠排列來測定數(shù)據(jù)，組成部分的可靠排列能夠 測定生物標(biāo)記物的水平，并且具有許多特征，這些特征各自位于相應(yīng)編碼的相應(yīng)位置。在這 種情況下，該方法典型地包括使基站
(a)由數(shù)據(jù)確定編碼；
(b)確定表示各個(gè)特征在排列上的位置的布局(layout)；和
(c)按照確定的布局和數(shù)據(jù)確定參數(shù)值。該方法還可以包括使基站
(a)確定支付信息，支付信息代表用戶的支付條款；和
(b)在對支付信息測定的響應(yīng)過程中進(jìn)行比較。本發(fā)明還提供了用于確定患者有關(guān)婦科癌或其亞型或癌階段的狀態(tài)的基站，該基 站包括
(a)保存方法；
(b)處理系統(tǒng)，處理系統(tǒng)適合于
(i) 通過通信網(wǎng)絡(luò)從用戶處接收患者數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)包括患者的兩種或多種生物標(biāo)記 物的水平或濃度，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA 和 SAP ；
( )執(zhí)行算法功能，包括將該數(shù)據(jù)與預(yù)測定數(shù)據(jù)進(jìn)行比較； (iii)按照算法功能的結(jié)果(包括比較)，確定患者的狀態(tài)；和
(c)通過通信網(wǎng)絡(luò)將患者狀態(tài)的指示輸出至用戶。處理系統(tǒng)可適合于從適合測定數(shù)據(jù)的遠(yuǎn)終端工作站接收數(shù)據(jù)。該處理系統(tǒng)可以包括
(a)適合于下列的第一處理系統(tǒng) (i)接收數(shù)據(jù)；和
( )按照算法功能的結(jié)果(包括比較數(shù)據(jù))，確定患者的狀態(tài)；和
(b)適合于下列的第二處理系統(tǒng) (i)從處理系統(tǒng)接收數(shù)據(jù)；和
( )執(zhí)行算法的功能，包括比較；和 (iii)將結(jié)果傳輸至第一處理系統(tǒng)?；镜湫偷匕?br> (a)連接第一處理系統(tǒng)與通信網(wǎng)絡(luò)的第一防火墻；和
(b)連接第一和第二處理系統(tǒng)的第二防火墻。該處理系統(tǒng)可以與數(shù)據(jù)庫連接，該處理系統(tǒng)適合于在數(shù)據(jù)庫中保存數(shù)據(jù)。上面列出的對“算法”或“算法功能”的引證包括多變量分析功能的運(yùn)行。除了上 述那些之外，可以實(shí)施大量不同結(jié)構(gòu)和平臺。應(yīng)理解，可以使用適合于實(shí)施本發(fā)明的任何結(jié) 構(gòu)形式。然而，一種有利的技術(shù)是使用分布式體系結(jié)構(gòu)。尤其是，可以在相應(yīng)的地理位置提 供許多終端站1 (圖幻。通過降低數(shù)據(jù)帶寬成本和需求，以及在一個(gè)基站擁擠或出現(xiàn)錯(cuò)誤的 情況下，保證其它終端站1可以接替，這樣就可以提高系統(tǒng)的效率。這還可以使負(fù)載分?jǐn)偅?等等，以便保證任何時(shí)間都可以進(jìn)入系統(tǒng)。
在這種情況下，需要保證基站2包含相同信息和信號，從而可以使用不同的終端站1。還應(yīng)該理解，在一個(gè)實(shí)施例中，終端站1可以是手持式裝置，例如PDAs、移動(dòng)式電 話，等等，其能夠通過通信網(wǎng)絡(luò)4例如國際互連網(wǎng)將患者數(shù)據(jù)傳輸至基站，并接收報(bào)告。在上述方面，術(shù)語“數(shù)據(jù)”是指生物標(biāo)記物的水平或濃度。“通信網(wǎng)絡(luò)”包括國際互 連網(wǎng)。當(dāng)使用服務(wù)器時(shí)，它通常是客戶服務(wù)器，或更尤其是簡單對象應(yīng)用協(xié)議(SOAP)。發(fā)布患者描繪婦科癌癥的可能性的報(bào)告。這種報(bào)告的例子提供于圖6中。通過下列非限制性實(shí)施例，進(jìn)一步描述本發(fā)明。下面提供了與這些實(shí)施例有關(guān)的 原料和方法。用于IL-6和IL-8測定法的多重ELISA測定法是從Biorad得到的。測定血清 淀粉狀蛋白A、血清淀粉狀蛋白P和C反應(yīng)蛋白的心血管組(panel)2測定法(CVD2)是 從Lincoplex得到的。另外，在所有樣品上進(jìn)行CA125測定法，使用Roche測定試劑盒，在 Roche分析器平臺上進(jìn)行。Roche測定法是電化學(xué)發(fā)光免疫測定“ECLIA”，其中生物標(biāo)記物 /兩種標(biāo)記的抗體夾心與微粒連接。用磁力將微粒收集到電極的表面上。將電壓施加到電 極上，引起化學(xué)發(fā)光發(fā)射，將其用光電倍增器測定。在常規(guī)96孔平皿中，用標(biāo)準(zhǔn)夾心ELISA技術(shù)測定中期因子(midkine)和AGR2。使用親合性純化的兔子抗AGR-2抗體，進(jìn)行免疫活性的(ir) -AGR-2的免疫組織化 學(xué)定位(Liu等人Ca/^er Res 65(9) :3796-3805, 2005)。將抗體在包含0. 5% v/v Tween-20 和3% w/v脫脂奶粉的Tris-緩沖的鹽水中稀釋(1:500)，并在室溫下用再水合的石蠟烴 部分培養(yǎng)兩個(gè)小時(shí)。然后將該部分用生物素-連接的抗兔IgG培養(yǎng)，而后用抗生蛋白鏈菌 素-HRP試劑培養(yǎng)，并使用二氨基聯(lián)苯胺作為色原使ir-AGR-2顯像。用蘇木精將該部分對 比染色，而后目視檢驗(yàn)。從代表渠道I至IV的各個(gè)醫(yī)院或醫(yī)務(wù)所、從診斷患有卵巢癌癥的女性中獲得血漿 樣品。從相同渠道、從健康個(gè)體獲得對照血漿樣品。將所有的樣品(當(dāng)?shù)玫綍r(shí))在-80°C下 冷凍保存，直到處理為止。還需要從診斷患有子宮內(nèi)膜異位的女性中獲得其它對照血漿樣
P
BFI ο實(shí)施例1
生物標(biāo)記物的選擇
選擇下列生物標(biāo)記物用于組(panel)中的內(nèi)含物(有或者沒有CA125) :IL_6，IL-8, CRP，SAA和SAP。其它的生物標(biāo)記物包括中期因子(midkine)和AGR-2。實(shí)施例2
概率指數(shù)的測定
圖1提供了形成診斷測定法中所使用的算法的模型的圖示。對生物標(biāo)記物濃度(得自 于已知疾病狀態(tài)的患者)形式的培訓(xùn)數(shù)據(jù)進(jìn)行多變量分析，產(chǎn)生算法。實(shí)質(zhì)上，測定法是基 于應(yīng)用統(tǒng)計(jì)和機(jī)器學(xué)習(xí)算法的診斷規(guī)則。這種算法使用生物標(biāo)記物和疾病狀態(tài)之間的關(guān)系 (在培訓(xùn)數(shù)據(jù)(具有已知的疾病狀態(tài))中觀察到的)，從而推斷關(guān)聯(lián)性，將其用于預(yù)示未知 狀態(tài)患者的狀態(tài)。數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域熟練的從業(yè)者可以判明，可以使用培訓(xùn)數(shù)據(jù)中的許多不同 形式的推斷關(guān)聯(lián)性，而不實(shí)質(zhì)上改變本發(fā)明。培訓(xùn)數(shù)據(jù)中的兩種或多種生物標(biāo)記物的生物標(biāo)記物濃度(即水平)能夠形成算
28法，其提供生物標(biāo)記物水平和患者的疾病狀態(tài)之間的可測量關(guān)系。除了生物標(biāo)記物的“水 平”之外，本發(fā)明擴(kuò)展至兩種或多種標(biāo)記物的比例作為輸入數(shù)據(jù)，用于形成算法的多變量分 析。然后將生物標(biāo)記物濃度(得自于未知狀態(tài)的患者)形式的試驗(yàn)數(shù)據(jù)插入到算法 中，提供患者是否具有婦科病癥的概率指數(shù)。實(shí)施例3
測定法的開展
使用Roche CA125 II試劑盒并使用Roche E170模塊分析器，執(zhí)行CA125測定法。使 用35U/ml的截止值。基于產(chǎn)物插入數(shù)據(jù)，CA125測定法所希望的性能指標(biāo)示于表1中。表 1
截止值(U/mL)靈敏性特異性6579%82%150*69%93%19063%95%
*最佳臨床值的水平(如Roche CA125 II試劑盒所定義)。使用多重珠粒測定法，在Biorad Bioplex 100儀器上，進(jìn)行生物標(biāo)記物組 (panel)測定。樣品包括漿液性(64%)、粘質(zhì)性(7%)、子宮內(nèi)膜(10%) ^P mullerian(4%)類 型?；诓±恚┌Y樣品庫包括階段I至IV的卵巢癌癥。進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，比較常規(guī)CA125測定法和生物標(biāo)記物測定法的靈敏性和特異性。該分析使用隨機(jī)選擇的樣品組，產(chǎn)生算法模型。通過預(yù)測第二個(gè)獨(dú)立樣本組，驗(yàn)證 所產(chǎn)生模型的性能。這可以提供模型和驗(yàn)證樣品組兩者的靈敏性和特異性。進(jìn)行ROC曲線 分析旨在比較生物標(biāo)記物和CA125結(jié)果之間的統(tǒng)計(jì)顯著性。模型構(gòu)造和驗(yàn)證策略示于圖2中。結(jié)果示于表2中。表2
所有階段CA125生物標(biāo)記物診斷效率90. 70%94. 00%AUC0. 9600. 982*引導(dǎo)指令限制0. 924-0. 9880. 966-0. 994靈敏性92. 6%91. 2%特異性89. 6%95. 7%
* 5%水平的統(tǒng)計(jì)顯著性(尾部面積概率=0. 012) 然后比較階段I和II卵巢癌癥，結(jié)果示于表3中。
表 3
只有階段I和IICA125生物標(biāo)記物診斷效率89. 50%92. 8%AUC0. 9330. 984靈敏性89. 20%89. 2%特異性89. 60%93. 9%
所有癌癥的比較示于表4中。
表 權(quán)利要求
1.使用戶確定患者有關(guān)婦科癌或其亞型或癌階段的狀態(tài)的方法，該方法包括(a)通過通信網(wǎng)絡(luò)從用戶處接收CA125和AGR-2、中期因子(midkine)、CRP、IL-6、 IL-8、SAA和SAP中的一種或多種的水平或濃度形式的數(shù)據(jù)；(b)通過多變量分析處理患者數(shù)據(jù)，提供病情指數(shù)值；(c)按照病情指數(shù)值與預(yù)定值比較的結(jié)果確定患者的狀態(tài)；和(d)通過通信網(wǎng)絡(luò)將患者狀態(tài)的指示傳輸至用戶。
2.權(quán)利要求1的方法，其中該方法進(jìn)一步包括(a)使用戶利用遠(yuǎn)端工作站測定數(shù)據(jù)；和(b)通過通信網(wǎng)絡(luò)將數(shù)據(jù)從終端站傳輸至基站。
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中基站包括第一和第二處理系統(tǒng)，其中該方法包括(a)將數(shù)據(jù)傳輸至第一處理系統(tǒng)；(b)將數(shù)據(jù)傳輸至第二處理系統(tǒng)；和(c)使第一處理系統(tǒng)執(zhí)行多變量分析功能，以便產(chǎn)生病情指數(shù)值。
4.權(quán)利要求1或2或3的方法，其中該方法進(jìn)一步包括(a)將多變量分析的結(jié)果傳輸至第一處理系統(tǒng)；和(b)使第一處理系統(tǒng)測定患者的狀態(tài)。
5.權(quán)利要求4的方法，其中該方法包括下列中的至少一個(gè)(a)在通信網(wǎng)絡(luò)和第一處理系統(tǒng)之間通過第一防火墻傳輸數(shù)據(jù)；和(b)在第一和第二處理系統(tǒng)之間通過第二防火墻傳輸數(shù)據(jù)。
6.權(quán)利要求5的方法，其中第二處理系統(tǒng)與適合于保存預(yù)定數(shù)據(jù)和/或多變量分析功 能的數(shù)據(jù)庫連接，該方法包括(a)查詢數(shù)據(jù)庫，獲得最低限度選擇的預(yù)測定數(shù)據(jù)，或由數(shù)據(jù)庫進(jìn)入算法；和(b)將選擇的預(yù)定數(shù)據(jù)與患者數(shù)據(jù)進(jìn)行比較，或產(chǎn)生預(yù)示的概率指數(shù)。
7.用于確定患者的婦科病癥存在的測定法，所述測定法包括測定得自于所述患者的 生物樣品中的生物標(biāo)記物的水平，其中所述生物標(biāo)記物是CA125和選自AGR-2、中期因子 (midkine)和CRP或其修飾形式或同系物形式中的至少一種，其中生物標(biāo)記物相對于對照 物的水平變化是具有或不具有病癥的患者存在的指示。
8.權(quán)利要求7的測定法，進(jìn)一步包括測定生物標(biāo)記物的水平，該生物標(biāo)記物選自 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多種；IL_6、IL_8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種 或多種和04125、11^-6、11^-8、0^、544和SAP中的至少一種，和中期因子(midkine)或AGR-2 或其修飾形式或同系物形式中的至少一種；其中生物標(biāo)記物相對于對照物的水平變化提供 具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。
9.權(quán)利要求7或8的測定法，其中對生物標(biāo)記物水平執(zhí)行多變量分析算法，該算法是由 數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括自就病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的 水平，其中該算法提供具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。
10.權(quán)利要求7至9的任一項(xiàng)的測定法，其中患者是人。
11.權(quán)利要求10的測定法，其中婦科病癥是卵巢癌癥或其階段或由其引起的并發(fā)癥或 炎癥病癥。
12.權(quán)利要求11的測定法，其中生物標(biāo)記物水平是通過監(jiān)控生物標(biāo)記物與固定配體的結(jié)合來確定的。
13.權(quán)利要求12的測定法，其中配體是抗體或其衍生物、雜交物或抗原結(jié)合片段。
14.權(quán)利要求13的測定法，其中生物標(biāo)記物與抗體的結(jié)合是通過ELISA、ECLIA或其它 免疫測定檢測系統(tǒng)來檢測的。
15.權(quán)利要求7至14的任一項(xiàng)的測定法，其在治療干預(yù)之前、期間或之后進(jìn)行。
16.用于檢測患者婦科病癥的生物標(biāo)記物的配體組(panel)，所述組(panel)包括與 CA125和生物標(biāo)記物AGR-2、中期因子(midkine)和/或CRP或其修飾形式或同系物形式中 的一種或多種特異性結(jié)合的試劑；其中生物標(biāo)記物水平的變化預(yù)示患者具有或不具有婦科 病癥。
17.權(quán)利要求16的組(panel)，進(jìn)一步包括與生物標(biāo)記物特異性結(jié)合的試劑，生物標(biāo)記 物選自 CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、SAA 和 SAP 中 的兩種或多種；和CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP中的至少一種和中期因子(midkine) 和AGR-2或其修飾形式或同系物形式中的至少一種；其中生物標(biāo)記物相對于對照物的水平 變化提供具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。
18.權(quán)利要求16或17的組(panel)，其中對生物標(biāo)記物水平進(jìn)行多變量分析，該多變 量分析是由數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括自就病癥來說處于已知狀態(tài)的患者的相同生 物標(biāo)記物的水平，其中該算法提供具有或不具有病癥的患者的概率指數(shù)。
19.權(quán)利要求16至18的任一項(xiàng)的組(panel)，其中將試劑固定到固體載體上。
20.權(quán)利要求16至19的任一項(xiàng)的組(panel)，其中試劑是抗體或其衍生物、雜交物或 抗原結(jié)合片段。
21.試劑盒，其包含物質(zhì)的組合物，物質(zhì)包括組成部分[X]n、Y和[Z]m，其中X是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自CA125或其修飾形式或同系物形式，和η是0 或1 ；Y是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自包含下述項(xiàng)目的表當(dāng)η是0時(shí)，為IL-6、 IL-8、CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式中的兩種或多種，或當(dāng)η是1時(shí)，為IL-6、 IL-8、CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式中的至少一種；和Z是生物標(biāo)記物的配體，生物標(biāo)記物選自中期因子(midkine)和AGR-2或其修飾形式或 同系物形式，和m是0或1，該試劑盒進(jìn)一步包含便于測定與配體結(jié)合的生物標(biāo)記物濃度的試劑，其中在使用過程 中，對該水平執(zhí)行算法，該算法是由數(shù)據(jù)的第一知識庫產(chǎn)生的，其包括自就病癥來說處于已 知狀態(tài)的患者的相同生物標(biāo)記物的水平，其中該算法提供具有或不具有病癥的患者的概率 指數(shù)。
22.標(biāo)記物的組(panel)，其包括目錄[X]n、[Y]X^P[Z]m，其中X是CA125或其修飾形式或同系物形式，和η是0或1 ；Y是選自IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP或其修飾形式或同系物形式的標(biāo)記物，條件是，當(dāng) η是0時(shí)，Y包括標(biāo)記物的兩種或多種，其中χ是0或1 ；和Z是AGR-2和中期因子(midkine)和/或CA125或其修飾形式或同系物形式中的兩種 或多種，和m是0或1。
23.權(quán)利要求21或22的試劑盒或組(panel)，其中配體固定到固體載體上。
24.權(quán)利要求23的試劑盒或組(panel)，其中配體是抗體或其衍生物、雜交物或抗原結(jié) 合片段。
25.權(quán)利要求23的試劑盒或組(panel)，其中便于檢測的試劑包括生物標(biāo)記物的標(biāo)記 的抗體。
26.權(quán)利要求23的試劑盒或組(panel)，其中配體是抗體或其衍生物、雜交物或抗原結(jié) 合片段。
27.兩種或多種生物標(biāo)記物的水平在形成用于檢測患者卵巢癌癥的診斷測定法的算法 中的用途，生物標(biāo)記物選自CA125、AGR-2、中期因子(midkine)、IL-6、IL-8、CRP、SAA和SAP 或其修飾形式或同系物形式。
28.AGR-2、中期因子(midkine)和CA125或其修飾形式或同系物形式的兩種或多種的 水平在形成檢測患者卵巢癌癥或其它婦科病癥的測定法中的用途。
29.培訓(xùn)數(shù)據(jù)的知識庫產(chǎn)生算法的用途，當(dāng)將其輸入數(shù)據(jù)的第二知識庫時(shí)，提供預(yù)示婦 科病癥的性質(zhì)的概率指數(shù)，其中培訓(xùn)數(shù)據(jù)的知識庫包括得自于患有婦科病癥的患者的生物 標(biāo)記物水平，數(shù)據(jù)的第二知識庫包括與具有未知婦科病癥患者相同生物標(biāo)記物的水平。
30.權(quán)利要求27或觀或四的用途，其中患者是婦女。
31.監(jiān)控患者的婦科病癥的發(fā)展的方法，包括(a)提供患者的樣品；(b)測定下列的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物中的兩種 或多種；并且將該水平與對照物或?qū)φ瘴飻?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，以便提供具有婦科病癥患者的 概率指數(shù)；和(c)在后面的時(shí)間點(diǎn)重復(fù)步驟(a)和(b)，并且將步驟(b)的結(jié)果與步驟(c)的結(jié)果 進(jìn)行比較，其中概率指數(shù)的差別預(yù)示患者病癥的發(fā)展。
32.確定患者婦科癌癥是否為良性的方法，包括(a)提供患者的樣品；(b)測定下列的水平AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中的兩種或多種； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物或其修飾 形式或同系物形式中的兩種或多種，并且將該水平與對照物或?qū)φ瘴飻?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，以 便提供具有婦科癌癥患者的概率指數(shù)；和(c)監(jiān)控隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，其中指數(shù)隨著時(shí)間的推移而降低時(shí)，表示癌癥是 良性的。
33.區(qū)分非侵入性和侵入性婦科癌癥的方法，包括(a)提供患者的樣品；(b)測定下列的水平兩種或多種的AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125 ； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物或其修飾 形式或同系物形式，并且將該水平與對照物或?qū)φ瘴飻?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，以便提供具有侵入 性或非侵入性婦科癌癥患者的概率指數(shù)；和(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，其中指數(shù)升高時(shí)，表示癌癥是侵入性的。
34.確定患者形成婦科腫瘤的潛在危險(xiǎn)的方法，包括(a)提供患者的樣品；(b)測定下列的水平兩種或多種的AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125 ； CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA、SAP、中期因子(midkine)和/或AGR-2生物標(biāo)記物或其修飾 形式或同系物形式，并且將該水平與對照物或?qū)φ瘴飻?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，以便提供具有婦科 癌癥患者的概率指數(shù)；和(c)比較隨時(shí)間變化的概率指數(shù)，其中指數(shù)減小時(shí)，表示患者形成婦科腫瘤的危險(xiǎn)低。
35.檢測患者癌癥的方法，包括(a)提供患者的樣品；(b)使樣品與抗體接觸，其中抗體與AGR-2、中期因子(midkine)、CA125、IL-6、 IL-8、CRP、SAA和/或SAP生物標(biāo)記物或其修飾形式或同系物形式結(jié)合，以便測定兩種或多 種生物標(biāo)記物的水平，并將該水平與對照物或?qū)φ瘴飻?shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，提供具有婦科病癥 患者的概率指數(shù)；和(c)基于概率指數(shù)，判斷患者具有癌癥的危險(xiǎn)。
36.權(quán)利要求31至35的任一項(xiàng)的方法，其中對生物標(biāo)記物水平執(zhí)行算法，提供概率指數(shù)。
37.權(quán)利要求31至36的任一項(xiàng)的方法，其中患者是人。
38.權(quán)利要求37的方法，其中病癥是卵巢癌癥或由其引起的并發(fā)癥或炎癥性癌癥。
39.治療患有婦科病癥的患者的方法，該方法包括對患者執(zhí)行診斷測定法，以便測定 具有病癥患者的概率指數(shù)，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中 的兩種或多種；CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；IL-6、IL-8、CRP、 SAA和/或SAP中的兩種或多種；和CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和/或SAP中的至少一種 和中期因子(midkine)和/或AGR-2或其修飾形式或同系物形式中的至少一種；并且如果 患者具有病癥的危險(xiǎn)，那么對患者進(jìn)行手術(shù)切除術(shù)、化療和/或放射治療；而后監(jiān)控概率指 數(shù)隨著時(shí)間推移所產(chǎn)生的變化。
40.治療患有卵巢癌癥的患者的方法，該方法包括對患者執(zhí)行診斷測定法，以便測定 具有癌癥患者的概率指數(shù)，生物標(biāo)記物選自AGR-2、中期因子(midkine)和/或CA125中 的兩種或多種；CA125、IL-6、IL-8、CRP、SAA和/或SAP中的兩種或多種；IL_6、IL_8、CRP、 SAA和/或SAP中的兩種或多種；或CA125、IL_6、IL_8、CRP、SAA和/或SAP中的至少一種 和中期因子(midkine)和/或AGR-2或其修飾形式或同系物中的至少一種；如果患者具有 病癥的危險(xiǎn)，那么對患者進(jìn)行手術(shù)切除術(shù)、化療和/或放射治療；而后監(jiān)控隨時(shí)間變化的概 率指數(shù)。
全文摘要
本發(fā)明通常涉及婦科病癥的診斷和預(yù)測測定方法領(lǐng)域。更尤其是，本發(fā)明提供了一種測定法，該測定法可以確診婦科癌癥或其亞型、或癌癥階段或由其引起的并發(fā)癥、或其它婦科病癥(包括炎癥性病癥)的存在或患病危險(xiǎn)。
文檔編號G01N33/574GK102066939SQ200980123621
公開日2011年5月18日 申請日期2009年4月21日 優(yōu)先權(quán)日2008年4月23日
發(fā)明者J. 奧特利塔諾 D., L. 伊拉格 L., 加特西奧斯 N., A. 埃德格爾 T. 申請人:健康診斷有限公司