本發(fā)明屬于分子生物學(xué)，涉及一種與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記引物對及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、在全球范圍內(nèi)，豬支原體肺炎給養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失，支原體肺炎嚴(yán)重影響豬的采食量以及日增重等生產(chǎn)指標(biāo)。肺部容易受到環(huán)境病原體的入侵，導(dǎo)致肺部疾病，通常伴隨肺部病變，嚴(yán)重甚至?xí)斐韶i只死亡。耐受支原體肺炎性狀作為復(fù)雜的性狀，遺傳力較低，且影響因素很多。因此，很難直接通過傳統(tǒng)的方法對豬群耐受支原體肺炎性狀進(jìn)行選育。傳統(tǒng)的方法效率低，遺傳改良進(jìn)展緩慢。近年來，隨著分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)的發(fā)展，研究人員開始利用單核苷酸多態(tài)性(snp)標(biāo)記與豬性狀之間的關(guān)聯(lián)來解決這一問題。snp標(biāo)記是一種常見的基因組遺傳標(biāo)記，其具有高度多態(tài)性、廣泛分布在基因組中的優(yōu)勢，因此成為了研究豬遺傳性狀的重要工具。

2、基于這一背景，本專利提出了一種與耐受支原體肺炎性狀作為復(fù)雜的性狀，遺傳力較低，且影響因素很多。性狀相關(guān)的snp標(biāo)記引物對，通過基因分型技術(shù)快速、準(zhǔn)確地評估豬對于支原體肺炎耐受情況的性狀。這一技術(shù)不僅可以降低生產(chǎn)的成本提高豬群的支原體肺炎耐受程度，還可以為豬的選育和改良提供重要的分子遺傳學(xué)依據(jù)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的在于針對傳統(tǒng)豬耐受支原體肺炎選育的效果慢、進(jìn)展小，提供與豬耐受支原體肺炎相關(guān)的snp標(biāo)記開發(fā)而成的選育分子標(biāo)記。

2、本發(fā)明的另一個目的在于提供用于檢測上述snp標(biāo)記的引物對和檢測方法。本發(fā)明的另一個目的在于提供上述snp標(biāo)記、分子標(biāo)記、引物的用途。

3、本發(fā)明的目的可通過以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)：

4、豬15號染色體上與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的分子標(biāo)記，所述的分子標(biāo)記序列如seq?id?no：1所示，其中含有一個與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記位點(diǎn)，該位點(diǎn)為國際豬基因組11.1版本參考序列豬-15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)(該位點(diǎn)是團(tuán)隊(duì)通過全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定而來)，在seq?id?no：1中所述的snp標(biāo)記位點(diǎn)位于第234位，存在t/c多態(tài)性。

5、一種用于檢測豬15號染色體上與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記的引物對，上游引物為：tatgtgcggtaactcagcca(seq?id?no：2)，下游引物為：tctttgcactgggggtaatgg(seq?id?no：3)。

6、本發(fā)明所述的分子標(biāo)記、所述的引物對在檢測豬耐受支原體肺炎性狀和豬育種中的應(yīng)用。

7、一種檢測所述的與豬15號染色體上與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記的方法，包含pcr擴(kuò)增豬國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的一段序列，對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，判讀該位點(diǎn)的t/c多態(tài)性。

8、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，所述的豬為皮梅豬。

9、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，利用本發(fā)明所述的引物對對皮梅豬基因組dna進(jìn)行pcr擴(kuò)增。

10、作為本發(fā)明的進(jìn)一步優(yōu)選，所述的方法包括以下步驟：

11、(1)取豬耳組織樣品提取dna；

12、(2)用已提取的豬基因組dna為模板，使用本發(fā)明所述的引物對進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

13、(3)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，分析測序結(jié)果，判讀在seq?id?no：1第234位的t/c多態(tài)性。

14、本發(fā)明所述的分子標(biāo)記在篩選耐受支原體肺炎能力更強(qiáng)的豬群體或新品系中的應(yīng)用。

15、本發(fā)明所述的引物對在篩選耐受支原體肺炎能力更強(qiáng)的豬群體或新品系中的應(yīng)用。

16、一種篩選耐受支原體肺炎能力更強(qiáng)的豬群體的方法，包括檢測豬國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的基因型，選育rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的tt型個體優(yōu)先作為后備種豬留種。

17、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，所用豬種為皮梅豬。

18、作為本發(fā)明的一種優(yōu)選，檢測國際豬基因組11.1版本參考序列中豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的基因型的方法選自pcr或基因測序。

19、有益效果

20、本發(fā)明開發(fā)了豬15號染色體上與豬耐受支原體肺炎相關(guān)的snp標(biāo)記，并且提供了檢測該標(biāo)記的引物對和方法。本發(fā)明提供的snp標(biāo)記可應(yīng)用于豬耐受支原體肺炎性狀的標(biāo)記輔助選擇，通過鑒定該snp標(biāo)記的基因型來篩選耐受豬支原體肺炎性狀豬群體或品系。該群體或品系的建立能夠提高耐受豬支原體肺炎的能力，并且產(chǎn)生更多的社會和經(jīng)濟(jì)效益。

技術(shù)特征：

1.一種開發(fā)與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的分子標(biāo)記的方法，其特征在于，以含有國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的核苷酸序列為基礎(chǔ)序列，設(shè)計(jì)引物對，以豬基因組dna為模板進(jìn)行pcr擴(kuò)增，使國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)轉(zhuǎn)化為分子標(biāo)記，所述的rs1110963643核苷酸位點(diǎn)基因型與耐受支原體能力表型顯著關(guān)聯(lián)，其中，tt型個體的對支原體肺炎耐受能力顯著大于cc型的個體。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的引物對序列為上游引物：seq?idno：2，下游引物：seq?id?no：3。

3.按照權(quán)利要求1或2所述的方法得到的分子標(biāo)記。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述分子標(biāo)記，其特征在于，所述的分子標(biāo)記序列如seq?id?no：1所示，所述的國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)在seqid?no：1中位于第234位，存在t/c多態(tài)性，tt型個體的對支原體肺炎耐受能力顯著大于cc型的個體。

5.一種用于檢測與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記的引物對，其特征在于，上游引物為：seq?id?no：2，下游引物為：seq?id?no：3；所述的與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記為國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的分子標(biāo)記，且具有t/c多態(tài)性，所述snp標(biāo)記基因型與豬耐受支原體肺炎性狀顯著相關(guān)。

6.一種檢測權(quán)利要求5中所述的與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的snp標(biāo)記的方法，其特征在于，包含pcr擴(kuò)增豬國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的一段序列，對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，判讀該位點(diǎn)的t/c多態(tài)性。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，包括以下步驟：

8.權(quán)利要求3或4所述的分子標(biāo)記、權(quán)利要求5所述的引物對在篩選耐受支原體肺炎豬群體中的應(yīng)用。

9.一種耐受支原體肺炎豬群體的方法，其特征在于，包括檢測豬國際豬基因組11.1版本參考序列豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的基因型，選育rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的tt型個體優(yōu)先作為種豬。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，所述的豬為皮梅豬。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及豬15號染色體上與豬耐受支原體肺炎性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記引物對及其應(yīng)用。所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國際豬基因組11.1版本參考序列中豬15號染色體rs1110963643核苷酸位點(diǎn)的分子標(biāo)記，且具有T/C多態(tài)性。一種用于檢測所述的SNP標(biāo)記的引物對，上游引物為：SEQ?ID?NO：2，下游引物為：SEQ?ID?NO：3。本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記可應(yīng)用于豬耐受支原體肺炎性狀的標(biāo)記輔助選擇，通過鑒定該SNP標(biāo)記的基因型來篩選耐受豬支原體肺炎性狀豬群體或品系。該群體或品系的建立能夠提高耐受豬支原體肺炎的能力，并且產(chǎn)生更多的社會和經(jīng)濟(jì)效益。

技術(shù)研發(fā)人員：李平華,趙清波,趙冠凱,黃瑞華,劉倩,馬金鳳,周進(jìn),周五朵,肖偉,肖雪梅,郝韻
受保護(hù)的技術(shù)使用者：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/9