1.一個與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記,其位于桃的第6條連鎖群上,該SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,且第61位堿基為A或G。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記,其特征在于,所述SNP標記的GG基因型個體的流膠病顯著低于AG型個體。
3.用于擴增權(quán)利要求1所述SNP分子標記的引物對,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
4.如權(quán)利要求1或2所述的與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記在桃樹品種或品系選育中的用途。
5.一種獲得與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記的方法,包括以下步驟:
1)構(gòu)建高密度全基因組SNP芯片
以具有抗病性的品種和感病性的品種為親本,進行雜交,獲得雜交F1代群體;
以親本及雜交F1代群體的基因組DNA為模板,以高密度SNP芯片為探針,與目標基因組DNA片段進行雜交,分別獲得親本及雜交F1代群體的高密度全基因組SNP芯片,測定基因型,進行基因分型數(shù)據(jù)處理。
2)構(gòu)建F1連鎖圖譜
進行SNP質(zhì)量控制,即去掉所檢測樣本中基因型相同的、缺失率大于0.1、及不滿足分離比檢驗(p<0.01)的SNP位點,得到多態(tài)性SNP位點,用于構(gòu)建該F1群體的遺傳連鎖圖譜;
3)QTL定位
用QTL分析軟件及復(fù)合區(qū)間作圖法對雜交F1代群體的流膠病表型數(shù)據(jù)進行QTL初級定位和效應(yīng)檢測;
設(shè)置窗口為0.5cM,模型選擇向前/向后回歸分析方法,運行參數(shù)設(shè)為默認值,進行QTL定位;
采用LOD閾值設(shè)置為2.5,QTL置信區(qū)間為LOD值從峰值下降2對應(yīng)的區(qū)間,同時計算每個QTL對表型的貢獻率和遺傳效應(yīng),將影響桃樹流膠病的主效QTL進行初步定位,再作進一步加密及標記篩選,最終確定桃樹流膠病發(fā)病率緊密相關(guān)的位點。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的獲得與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記的方法,其特征在于,在步驟1)中,所述的高密度SNP芯片為桃國際通用的RosBREED_Peach_10K 11494376的SNP芯片。
7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的獲得與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記的方法,其特征在于,步驟1)中,所述的抗病性的品種為‘錦繡黃桃’,所述的感病性的品種為‘玉露蟠桃’。
8.利用權(quán)利要求1所述的與桃樹流膠病抗性相關(guān)的SNP分子標記檢測桃樹流膠病的方法,包括以下步驟:
1)提取待測桃樹的基因組DNA;
2)利用權(quán)利要求2所述的引物對,將所述待測桃樹的基因組DNA進行PCR擴增,獲得PCR擴增產(chǎn)物;
3)對所述PCR擴增產(chǎn)物進行測序,獲得測序結(jié)果;
4)基于所述測序結(jié)果,確定所述待測桃樹的所述SNP標記的基因型;
5)根據(jù)步驟4)所述SNP標記的基因型,判定所述待測桃樹的流膠病抗性,所述SNP標記位點的基因型為AG時,桃樹流膠病發(fā)病率較高,基因型為GG時,桃樹流膠病發(fā)病率較低或不發(fā)病。