技術(shù)特征：

1.一種棉花微衛(wèi)星標記位點開發(fā)方法，其特征在于，所述開發(fā)方法包括：

將n個具有多態(tài)性的棉花樣本等質(zhì)量混合，獲得混合樣本，其中n＞1；

提取所述混合樣本的基因組；

將所述混合樣本的基因組片段化，獲得基因組片段；

將多個具有簡單重復序列的探針作為探針組，利用所述探針組中的每個探針分別與所述基因組片段進行雜交，獲得多個雜交溶液，對多個所述雜交溶液中成功雜交的基因組片段分別進行純化，得到多個純化的雜交基因組片段；

將多個所述純化的雜交基因組片段等質(zhì)量混合后，利用高通量測序檢測混合后的所述純化的雜交基因組片段，獲得第一高通量測序片段；

從所述第一高通量測序片段中，篩選有效的所述高通量測序片段，所述有效的高通量測序片段包括微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標記；

根據(jù)所述有效的高通量測序片段中的微衛(wèi)星標記的兩側(cè)序列的同源性對所述有效的高通量測序片段進行分類，同一類的所述有效的高通量測序片段為同一個微衛(wèi)星標記位點的所述有效的高通量測序片段，若同一個所述微衛(wèi)星標記位點的所述有效的高通量測序片段的條數(shù)≥α1，則成功開發(fā)一個所述微衛(wèi)星標記位點，其中，α1為第一判定閾值且α1≥(高通測序深度×有效的高通量測序片段的比例/基因組上能檢測到的微衛(wèi)星標記位點數(shù))×概率保證。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，α1≥20。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述有效的高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標記的兩側(cè)序列的堿基數(shù)均≥1個，且所述有效的高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標記中至少有一側(cè)的序列的堿基數(shù)≥10個。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，選擇所述n個具有多態(tài)性的棉花樣本的方法包括：選擇外部形態(tài)不同的棉花樣本、生物分類不同的棉花樣本、標記互不相同的棉花樣本或不同生態(tài)區(qū)域的野生資源的棉花樣本。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述探針的數(shù)量為12個，每個所述探針的簡單重復序列中的重復單元為CT、GA、TG、AC、TA、TGT、CCA、ATC、CCT、AGA、ATG或CAA，每個所述探針的簡單重復序列的重復次數(shù)為6～20；優(yōu)選地，每個所述探針的簡單重復序列的重復次數(shù)為6～15。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述探針的序列如序列表中SEQ IN NO:1-SEQ IN NO:12所示。

7.一種權(quán)利要求1-6任一項所述的開發(fā)方法成功開發(fā)的微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標記的長度檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：

從成功開發(fā)的所述微衛(wèi)星標記位點中，選擇待檢測的微衛(wèi)星標記位點；

利用多重擴增引物擴增所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標記，得到擴增產(chǎn)物，將所述擴增產(chǎn)物進行高通量測序，得到第二高通量測序片段，通過分析所述第二高通量測序片段，獲得所述微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標記的長度。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法，其特征在于，所述從成功開發(fā)的所述微衛(wèi)星標記位點中，選擇待檢測的微衛(wèi)星標記位點的方法包括：

選擇所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點的標準為H值最大的所述微衛(wèi)星標記位點，其中，H值為所述微衛(wèi)星標記位點的多態(tài)性指數(shù)，其中，i為按所述微衛(wèi)星標記位點的所述有效的高通量測序片段中的微衛(wèi)星標記的長度進行分類時，第i個類別，i為自然數(shù)；ai為第i個類別的有效的所述高通量測序片段的數(shù)目占總的有效的所述高通量測序片段的數(shù)目的比例。

9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法，其特征在于，獲得所述微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的所述微衛(wèi)星標記的長度的方法為：去除所述第二高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標記后，獲得所述第二高通量測序片段的左邊界序列和所述第二高通量測序片段的右邊界序列；利用所述左邊界序列和所述右邊界序列將所述第二高通量測序片段中的每個片段比對到所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點上；截取每一個所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點的所述第二高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標記；將獲得的所述微衛(wèi)星標記按長度進行分類，并計算第i個類別的真實度R_i＝N_i/N_max，其中，i為按所述微衛(wèi)星標記位點的所述有效的高通量測序片段中的微衛(wèi)星標記的長度進行分類時，第i個類別，N_i為所述第i個類別的所述第二高通量測序片段的數(shù)量，N_max為所有類別的所述第二高通量測序片段的數(shù)量的最大值；若所述真實度R_i≥α4，則所述第i個類別的所述微衛(wèi)星標記的長度為所述微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的所述微衛(wèi)星標記的長度，若所述真實度R_i<α4，則所述第i個類別的微衛(wèi)星標記的長度不為所述微衛(wèi)星標記位點內(nèi)的所述微衛(wèi)星標記的長度，其中，α4為第四判定閾值且α4＝0.15。

10.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法，其特征在于，制備所述多重擴增引物的方法包括：

從選擇的所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點的所有所述有效的高通量測序片段中，提取所述微衛(wèi)星標記并挑選出最長的所述微衛(wèi)星標記作為多重擴增引物的模版序列的微衛(wèi)星標記；

從選擇的所述待檢測的微衛(wèi)星標記位點的所有所述有效的高通量測序片段中，提取所述微衛(wèi)星標記的左側(cè)序列并挑出長度大于α2個堿基的所有序列，從挑選出的所述所有序列中，挑選出頻率最高的序列，以所述頻率最高的序列作為參考序列，將所述參考序列與所有的所述微衛(wèi)星標記的左側(cè)序列進行比對，在所述頻率最高的序列中獲得每一個堿基的覆蓋倍數(shù)和變異頻率；在所述頻率最高的序列中，將所述覆蓋倍數(shù)≤1/α3或所述變異頻率≥α3的堿基變?yōu)镹后作為所述多重擴增引物的模板序列的左側(cè)序列，其中，N為A、T、C和G四種堿基中任意一種及以上的堿基；α2為第二判定閾值，α2＝(所述第一高通量測序片段的平均長度-所述多重擴增引物的微衛(wèi)星標記位點的長度)÷2；α3為第三判定閾值，α3≥5×(1-所述第一高通量測序片段的準確度)；

按照與所述多重擴增引物的模板序列的左側(cè)序列相同的方法，獲得多重擴增引物序列的模板序列的右側(cè)序列；

將所述多重擴增引物的模板序列的左側(cè)序列、所述多重擴增引物的模板序列的微衛(wèi)星標記和所述多重擴增引物的模板序列的右側(cè)序列依次連接，得到所述微衛(wèi)星標記位點的多重擴增引物的模板序列，利用所述微衛(wèi)星標記位點的多重擴增引物的模板序列，獲得所述多重擴增引物。