本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,具體涉及一組用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物及檢測方法;
背景技術(shù):
單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性,它是人類可遺傳變異中最常見的一種,占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在,平均每500~1000個堿基對中就有1個,估計其總數(shù)可達300萬個甚至更多。SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及單個堿基的改變,這種改變可由單個堿基的轉(zhuǎn)換、顛換、堿基的插入或缺失引起。近年來研究表明,這種在DNA序列上的單個堿基的改變能夠影響人類疾病的發(fā)生、抵御外來病原微生物的能力、身體對化學物質(zhì)及藥物的反應等,這種相關(guān)性也被應用于各領(lǐng)域的研究中:1)生物醫(yī)學領(lǐng)域:在全基因組相關(guān)性分析中,SNP用來比較種群中基因組上的相應區(qū)域作為疾病相關(guān)的分子標記;2)法醫(yī)鑒定領(lǐng)域:SNP曾在最初的法醫(yī)鑒定方面做出過卓越貢獻。隨著DNA指紋技術(shù)的發(fā)展,SNP逐漸被STR(Short tandem repeat,短串聯(lián)重復序列)所代替。然而當樣品量極低,或樣品有降解發(fā)生時,SNP鑒定仍然是優(yōu)于STR的鑒定工具;3)藥物遺傳學領(lǐng)域:一些SNP與不同藥物的代謝能力有關(guān),如攜帶特定SNP的人群在服用了相應的藥物,如丁胺卡那霉素、小諾霉素后出現(xiàn)耳聾癥狀。這些與藥物代謝能力有關(guān)的SNP位點,可以作為治療癌癥、感染性疾病等的治療靶標。
越來越多的研究發(fā)現(xiàn),大量的SNP位點與癌癥、糖尿病、自身免疫性疾病、心臟病甚至機體自身的抗氧化能力等有密切的聯(lián)系,如G6PC(葡萄糖-6-磷酸酶)、GCK(葡萄糖激酶)的SNP位點與機體糖尿病的發(fā)生有關(guān);TNF-α(Tumor necrosis factor,腫瘤壞死因子)的SNP位點與機體過度免疫反應有關(guān);SOD2(Superoxide Dismutase,超氧化物歧化酶)SNP位點與機體抗氧化能力下降有關(guān)?;驒z測是通過血液、其他體液、細胞對個體的DNA進行檢測的技術(shù),通過提取其中特定的分子信息來預知身體患疾病的風險,比如乳腺癌風險基因檢測、阿爾茲海默氏癥風險檢測、心血管疾病風險檢測、糖尿病風險檢測等等,當然現(xiàn)階段人們接觸最多的就是無創(chuàng)產(chǎn)前診斷,這種診斷方式具有安全性高、準確性好、無痛無創(chuàng)、避免羊水穿刺引發(fā)感染的風險。隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展、測序成本的不斷降低,基因檢測已進一步擴大了應用領(lǐng)域和應用人群,除了與疾病相關(guān)的檢測外,基因檢測的公司還開發(fā)出了天賦基因檢測、智商基因檢測、健身基因檢測、肥胖基因檢測等與人們生活質(zhì)量相關(guān)的各種檢測項目。世界各國也正積極推動著基因檢測的發(fā)展,美國更是提出了精準醫(yī)療計劃,相信在不久的將來,基因檢測將會在我們?nèi)粘I畹母鱾€領(lǐng)域為人類服務。
除了上述疾病相關(guān)的基因,國外的一些護膚品公司更是提出了精準護膚的皮膚檢測項目,通過提取皮膚相關(guān)基因的基因信息,針對不同的體質(zhì)來制訂不同的護膚方案,以此來解決皮膚出現(xiàn)的健康問題,并延緩肌膚的衰老。而在我國,此類檢測還處于缺失狀態(tài),大部分人的護膚還處于不斷地“試驗”階段,對自己的皮膚不夠了解,不能夠很好地根據(jù)自身機體狀態(tài)選擇護膚品,往往造成更嚴重的皮膚問題的出現(xiàn)。一些美容機構(gòu)使用皮膚檢測儀來確定膚質(zhì),這種檢測儀只能觀察到皮膚表面存在的問題,而不能對機體的體質(zhì)有一個深入的了解,所以采取的方法往往治標不治本,不能夠解決根本問題。因而,目前的皮膚檢測方法仍有待改進。
技術(shù)實現(xiàn)要素:
為了克服現(xiàn)有技術(shù)的不足,本發(fā)明的目的在于提供一組用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物,用于對相應皮膚相關(guān)基因的特定區(qū)域進行擴增并測序,能夠同時對23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點進行檢測,具有敏感度高、方便全面、快速的優(yōu)點。
本發(fā)明的另一目的在于提供利用本發(fā)明所述的引物組合物檢測皮膚相關(guān)基因的SNP位點的方法。
為解決上述問題,本發(fā)明所采用的技術(shù)方案如下:
一組用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物,該引物組合物包括第一引物組和第二引物組;所述第一引物組包括如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.46所示的23對引物序列;所述第二引物組包括如SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48所示的引物。
一種利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法,該方法包括以下步驟:
1)待測樣本提?。簭纳飿颖局刑崛“つw相關(guān)基因SNP位點的基因組獲得待測樣本DNA;
2)構(gòu)建皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫:利用第一引物組對皮膚相關(guān)基因SNP位點,以待測樣本DNA為模板,進行第一輪PCR擴增,獲得第一輪擴增產(chǎn)物;利用第二引物組,以第一輪擴增產(chǎn)物為模板進行第二輪PCR擴增,獲得第二輪擴增產(chǎn)物,用第二輪擴增產(chǎn)物構(gòu)成所述待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫;
3)測序:對上述待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫進行測序,基于測序結(jié)果確定待測樣本DNA的核酸序列。
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,步驟2)中,按照20μL總體反應體系計算,第一輪PCR擴增的反應體系如下:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述第一輪PCR擴增的反應程序為:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,步驟2)中,按照20μL總體反應體系計算,第二輪PCR擴增的反應體系如下:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述第二輪PCR擴增的反應程序為:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述生物樣本為人體唾液或口腔拭子樣本。
相對于現(xiàn)有技術(shù),本發(fā)明的有益效果如下:
1.本發(fā)明所述的引物組合物能夠特異性識別皮膚相關(guān)基因的SNP位點,并能夠同時對23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點進行檢測;同時該引物組具有高度特異性,能夠?qū)x取的23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點區(qū)域進行特異性擴增,無非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生;
2.本發(fā)明所述的引物組合物用于皮膚相關(guān)基因檢測,降低了實驗成本、簡化了實驗步驟并具有良好的可重復性,具有敏感度高、方便全面、快速的優(yōu)點;
3.本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法采用本發(fā)明所述的引物組,一步即能夠?qū)崿F(xiàn)23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點核酸序列的富集及文庫的構(gòu)建,操作簡單、耗時少、鑒定結(jié)果準確、可重復性高;
4.本發(fā)明的引物通過與不同測序平臺adapter連接能夠?qū)崿F(xiàn)在不同的高通量測序平臺之間的轉(zhuǎn)換,滿足不同測序平臺的測序要求。
下面將結(jié)合附圖及實施例對本發(fā)明作進一步說明。
附圖說明
圖1是對23對引物結(jié)合特異性電泳檢測結(jié)果;其中(a)為1-19對引物的電泳結(jié)果,(b)為20-23對引物的電泳結(jié)果;
圖2是樣本PCR擴增結(jié)果,其中(a)為1號樣本的結(jié)果,M為標準帶;(b)為2號和3號樣本與陰性對照的結(jié)果(N),N是模板為去離子水的陰性對照,M為標準帶;(c)為4號、5號樣本的結(jié)果,M為標準帶。
具體實施方式
需要說明的是,術(shù)語“第一”、“第二”僅用于描述目的,而不能用于指示相對重要性或者隱含指明所指示的技術(shù)特征的數(shù)量。由此,既定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隱含地包括一個或者更多個該特征。進一步地,在本發(fā)明的描述中,除非另有說明,“多個”的含義是兩個或兩個以上。
本發(fā)明所述的一組用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物,該引物組合物包括第一引物組和第二引物組;所述第一引物組包括如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.46所示的23對引物序列;所述第二引物組包括如SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48所示的引物。
本發(fā)明的引物組合物能夠特異性地識別皮膚相關(guān)基因的SNP位點,并能夠同時對23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點進行檢測。進而,利用本發(fā)明的引物組合物對皮膚相關(guān)基因的23個SNP位點進行兩輪PCR擴增,并通過摸索引物的濃度比例及擴增條件,一步即能夠?qū)崿F(xiàn)23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點核酸序列的富集;同時該引物組合物具有高度特異性,能夠?qū)x取的23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點區(qū)域進行特異性擴增,無非特異性產(chǎn)物的產(chǎn)生。該引物組合物降低了實驗成本、簡化了實驗步驟并具有良好的可重復性。進而測序后,能夠有效獲得23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點核酸序列信息,經(jīng)過比對分析即可獲得相應的基因信息。
一種利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法,該方法包括以下步驟:
1)待測樣本提取:從生物樣本中提取包含皮膚相關(guān)基因SNP位點的基因組獲得待測樣本DNA;
2)構(gòu)建皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫:利用第一引物組對皮膚相關(guān)基因SNP位點,以待測樣本DNA為模板,進行第一輪PCR擴增,獲得第一輪擴增產(chǎn)物;利用第二引物組,以第一輪擴增產(chǎn)物為模板進行第二輪PCR擴增,獲得第二輪擴增產(chǎn)物,用第二輪擴增產(chǎn)物構(gòu)成所述待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫;
3)測序:對上述待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫進行測序,基于測序結(jié)果確定待測樣本DNA的核酸序列。
上述方法中,利用本發(fā)明構(gòu)建待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫,一步即能夠?qū)崿F(xiàn)對23個待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸序列的富集及文庫的構(gòu)建。進而,將利用本發(fā)明的方法獲得的待測皮膚相關(guān)基因SNP位點測序文庫,用于測序和比對分析后,即可確定相應核酸序列,以及SNP位點基因信息,實現(xiàn)對皮膚相關(guān)基因的23個SNP位點檢測的目的。因而,本發(fā)明的方法適用于各種皮膚相關(guān)基因SNP位點的檢測,一次反應即可獲得相應基因的基因信息,成本低、效率高、敏感度高、鑒定結(jié)果準確、可重復性好。
上述方法中,由于多個待測樣本的標簽序列各不相同,根據(jù)待測樣本的選擇,可以分別獨立地構(gòu)建多個待測樣本的皮膚相關(guān)基因SNP位點測序文庫,針對多個待測樣本中的每一個待測樣本,分別獨立地構(gòu)建待測皮膚相關(guān)基因SNP位點核酸測序文庫。此外,也可以將多個待測樣本的SNP位點核酸測序文庫混合以獲得混合文庫。
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,步驟2)中,按照20μL總體反應體系計算,第一輪PCR擴增的反應體系如下:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述第一輪PCR擴增的反應程序為:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,步驟2)中,按照20μL總體反應體系計算,第二輪PCR擴增的反應體系如下:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述第二輪PCR擴增的反應程序為:
本發(fā)明所述的利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測的方法中,作為進一步的方案,所述生物樣本為人體唾液或口腔拭子樣本。
以下是本發(fā)明具體的實施例,在下述實施例中,所采用的試劑、原料及設備均可以通過商業(yè)渠道獲得。
實施例1
利用本發(fā)明所述用于皮膚相關(guān)基因檢測的引物組合物對皮膚相關(guān)基因進行檢測,具體方法如下:
1)取樣:取健康人口腔唾液,在取樣前30分鐘,未進食或飲水,取樣時以舌尖刮擦上顎刺激唾液腺分泌唾液,并將唾液與唾液保存液1:1比例混勻;
2)待測樣本DNA提?。喝∩鲜龌旌衔?000g離心5分鐘,棄上清,180μl PBS重懸,并將重懸后的樣品轉(zhuǎn)移至新的2.0ml離心管中,加入25μl蛋白酶K溶液、200μl裂解緩沖液,震蕩混勻30秒,60℃水浴15分鐘;加入200μl無水乙醇,震蕩混勻;樣品轉(zhuǎn)移至DNA結(jié)合柱,最大轉(zhuǎn)速離心1分鐘,棄廢液,加入500μl DNA結(jié)合緩沖液,最大轉(zhuǎn)速離心1分鐘;棄廢液,加入700μl洗滌緩沖液,最大轉(zhuǎn)速離心1分鐘;加入70℃預熱的洗脫緩沖液70μl,室溫靜置3分鐘,最大轉(zhuǎn)速離心1分鐘,離心后液體作為PCR模板;
3)皮膚相關(guān)基因SNP位點的PCR擴增:基于23個皮膚相關(guān)基因的SNP位點設計能夠?qū)ζ溥M行特異性擴增的引物,包括第一引物組SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.46,其中第一引物組包含SNP位點序列特異性引物序列及一段通用引物序列;第一引物組的引物能夠分別同時與各自皮膚相關(guān)基因SNP位點序列特異性結(jié)合,以上述PCR模板進行第一輪PCR擴增,是擴增的內(nèi)引物;然后設計第二輪PCR擴增引物組SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48,該引物包含與第一引物組相同的通用引物序列和adapter序列,該引物能夠結(jié)合在第一輪PCR產(chǎn)物上,通過通用引物將adapter序列連接到第一輪PCR擴增產(chǎn)物上,是PCR的外引物;
第一引物組的23對序列如下:
第1對引物:F:TAATACGACTCACTATAGGGGGTTCCAGACCATTGACATCGAGC
R:ACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACCTCCCTCGTAGGTTTAGAGGA
第2對引物:F:TAATACGACTCACTATAGGGGGGAAAACTGCCTGTGCCACGT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACATGGCGCAATTGTCCAAGAAG
第3對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGTTACAGGTATAAGCCACCGCAC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAGTGGTTGGAGTGATGACGAACA
第4對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGACTGACCGGGCTGTGCTTTCTCGTC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACATGATCTGCGCGTTGATGTG
第5對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGTGAACTCACATGTTATGCCACTTAG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAACTTTCCTCCCCTTATGGATTCC
第6對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGACACAGGCCGGACAGAAGCT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATAGACACGGACTCGGTAGTTGGA
第7對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGGGAAGCTTTTTCATTTTACTGAAGC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAGGTATCACTTGGCAACCAGTCT
第8對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGGGCCCTGCATCTAACCACTAAA
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATGGACTGAATGAGACCCTCAGA
第9對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGGCAGCTCTAATGACAGGATGGT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAGCATTTCCTGCTCCAGCCAG
第10對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGAGCTAGGCCATATGATGAAGAT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATGAGTGCCATTTCATTCACACT
第11對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGGCATTCTCCTATCTGCCTCTGC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTGCTTCCCAAGTTCTGGTGTAGTG
第12對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCAGGCAGTTACTGGTTCTGGAT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAGGAGGATTTGCTTGCTGAACAC
第13對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCACCAGCCAAAGAATGTGGTTG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATGCTCACATCATGCTCGTGGA
第14對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGACCCACCTCACAGGAAGAAAAC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACCTTCTCTTCTTGTCCTGGCTC
第15對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCTTGATACCCAGACACCCCTTG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAACCTTGTGAACCAGCTTTGCTA
第16對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGAGAGATGGTACCTGACATCTGG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATCAGTAACTCTATAGACACTGTCTAGC
第17對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGAGGGCTTTTCATCACTGGGAAG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGATGAACAATTACATGCCAATAAACTG
第18對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCAGACCTGGTCCCCAAAAGAAA
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAACACAAGCATCAAGGATACCCC
第19對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCAACCAGATCATGCAAAGCAGG
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTAGAGCTAGAAACGGGCCATG
第20對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGAGGAGAGAAAGGGTGGTCTGAT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACCCCAGTGAGTTGTGTGTGTAA
第21對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCCCGACCAGGAGATGAAAACAT
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTTTTCTTTGCGGCATACCCTG
第22對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGAGCAAGATCCTGTCTCTACCTGA
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGAAGTCATCAGAGTATCCAGGGTT
第23對引物F:TAATACGACTCACTATAGGGGGCATGGAGCTGCAGGTGATCAC
R:TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACCCATGTACTGCTTCATCTGCT
第二引物組序列如下:
A1:CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAGCTAAGGTAACTAATACGACTCACTATAGGGGG
P1:CCTCTCTATGGGCAGTCGGTCATTACGCCAAGCTATTTAGGTGAGA
下表1為各引物對的各項指標:
同時在NCBI數(shù)據(jù)庫中驗證上述引物的特異性,結(jié)果顯示,上述引物都能夠特異性地擴增相應基因的SNP位點;采用二代高通量測序平臺測序,可在第二輪PCR引物SEQ ID NO.47和SEQ ID NO.48的5’端添加標簽序列(tag序列為6-8個隨機堿基),然后通過將不同樣本的產(chǎn)物混合后再進行測序,并通過標簽序列對測序結(jié)果進行區(qū)分,由此能夠在滿足檢測要求的同時節(jié)約成本;同時為了滿足不同測序平臺的要求,可將第二引物組的adapter序列替換為相應測序平臺的adapter序列,便于使用不同的測序平臺進行測序;
其中PCR擴增具體如下:將所需試劑放于冰上融化,充分混勻后,按下表配制反應體系,分裝至PCR管,混勻并短暫離心;在20μl反應體系中,第一輪模板為被檢測樣本提取的基因組DNA溶液,上下游引物為SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.46,其中各引物混合成引物混合物溶液(上、下游引物分別混合成上游引物混合物溶液和下游引物混合物溶液),上、下游引物混合物溶液各1.2μL(濃度10μM),反應程序退火溫度為55℃,25個循環(huán),以獲得第一輪擴增產(chǎn)物;第二輪PCR擴增,在20μl反應體系中,取上述第一輪反應產(chǎn)物2μl作為反應模板,上下游引物分別為0.4μl(濃度10μM)的SEQ ID NO.A1和SEQ ID NO.P1,反應程序退火溫度為58℃,15個循環(huán),以便獲得第二輪擴增產(chǎn)物;反應管置于PCR儀按以下表的程序進行反應;
按照上述步驟1)-步驟3)另外處理4個樣本,得到5個樣本的第二輪擴增產(chǎn)物,分別標明1-5號;
4)電泳檢測:取3μl 5個樣本的第二輪擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳檢測,采用1%(m/v)濃度瓊脂糖凝膠,150V恒定電壓電泳15分鐘,染色后在紫外燈下檢查擴增效果;圖2為PCR擴增結(jié)果,其中(a)為1號樣本的結(jié)果,M為標準帶;(b)為2號和3號樣本與陰性對照的結(jié)果(N),N是模板為去離子水的陰性對照,M為標準帶;(c)為4號、5號樣本的結(jié)果,M為標準帶。圖2中可看到電泳條帶單一,大小約250bp左右,與理論值大致相符,沒有其他非特異條帶存在。由于各樣本的濃度存在差異,產(chǎn)物條帶亮度不一;第一引物組中23對引物的電泳圖參見圖1。
5)純化:對第二輪擴增產(chǎn)物進行純化,純化方式選用Ampure Beads,去除反應液中殘留的引物、dNTPs、鹽分、非特異PCR產(chǎn)物,最終滿足產(chǎn)物長度在200-500bp,DNA純度:OD260/OD280=1.6-2.0;
6)測序:采用Ion torrent二代測序平臺測序,將1-5號樣本的第二輪擴增產(chǎn)物混合后進行測序,通過5’端添加的標簽序列對測序結(jié)果進行區(qū)分,由此能夠在滿足檢測要求的同時節(jié)約成本;
7)信息分析:將測序結(jié)果利用BWA序列分析軟件將待測皮膚相關(guān)基因SNP位點與參考序列進行比對,所述參考序列包括各種待測皮膚相關(guān)基因SNP位點的核酸序列,其中參考序列來源于NCBI人類基因組參考序列,以此獲得23個皮膚相關(guān)基因SNP位點的核酸序列:SEQ ID NO.49-SEQ ID NO.71,以此確定了樣本相應的基因信息。
上述實施方式僅為本發(fā)明的優(yōu)選實施方式,不能以此來限定本發(fā)明保護的范圍,本領(lǐng)域的技術(shù)人員在本發(fā)明的基礎(chǔ)上所做的任何非實質(zhì)性的變化及替換均屬于本發(fā)明所要求保護的范圍。