1.一種測定健康個體中對試劑的耐受的方法，其包括：
（a）測定所述健康個體的樣品中的微生物組的標記，所述健康個體已經(jīng)受所述試劑或條件；以及
（b）比較所述健康個體的所述微生物組的所述標記與致病性微生物組的至少一種參考標記，其中當所述健康個體的所述微生物組的所述標記在統(tǒng)計上顯著類似于所述致病性微生物組的所述參考標記時，表明所述健康個體對所述試劑不耐受。
2.一種測定試劑對健康個體的微生物組的影響的方法，其包括：
（a）使所述微生物組暴露于所述試劑；
（b）比較所述暴露后的所述微生物組的標記與致病性微生物組的參考標記，其中當所述微生物組的所述標記在統(tǒng)計上顯著類似于所述致病性微生物組參考標記時，表明所述試劑對所述微生物組具有不利影響。
3.權(quán)利要求2的方法，其還包括比較所述暴露后的所述微生物組的標記與非致病性微生物組參考標記，其中當所述微生物組的所述標記在統(tǒng)計上顯著不同于所述非致病性微生物組參考標記時，表明所述試劑對所述微生物組具有不利影響。
4.權(quán)利要求2的方法，其中所述暴露在體內(nèi)實現(xiàn)。
5.權(quán)利要求1的方法，其還包括比較所述健康個體的所述微生物組的所述標記與至少一種非致病性參考標記，其中當所述健康個體的所述微生物組的所述標記在統(tǒng)計上顯著不同于所述至少一種非致病性參考標記時，表明所述健康個體對所述試劑不耐受。
6.權(quán)利要求1-5中任一項的方法，其中所述試劑是物質(zhì)。
7.權(quán)利要求1-5中任一項的方法，其中所述試劑是條件。
8.權(quán)利要求6的方法，其中所述物質(zhì)是食物添加劑。
9.權(quán)利要求8的方法，其中所述食物添加劑是防腐劑。
10.權(quán)利要求8的方法，其中所述物質(zhì)是人造甜味劑。
11.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述致病性微生物組來源于對所述試劑不耐受的健康個體。
12.權(quán)利要求3或5的方法，其中所述非致病性微生物組來源于對所述試劑耐受的健康個體。
13.權(quán)利要求10的方法，其中所述人造甜味劑包含選自糖精、甜菊醇和阿斯巴甜的組分。
14.權(quán)利要求1或2的方法，其中微生物組的所述標記是所述微生物組的微生物的存在或水平。
15.權(quán)利要求1或2的方法，其中微生物組的所述標記是所述微生物組的微生物基因的存在或水平。
16.權(quán)利要求1或2的方法，其中微生物組的所述標記是由所述微生物組的微生物生成的產(chǎn)物。
17.權(quán)利要求16的方法，其中所述產(chǎn)物選自mRNA、多肽、碳水化合物和代謝產(chǎn)物。
18.權(quán)利要求16的方法，其中所述產(chǎn)物包括短鏈脂肪酸（SCFA）。
19.權(quán)利要求1的方法，其還包括在分析前使所述個體經(jīng)受所述試劑。
20.權(quán)利要求1或2的方法，其中關(guān)于致病性微生物組的所述參考標記的數(shù)據(jù)存在于第一數(shù)據(jù)庫中，而關(guān)于所述健康個體的微生物組的所述標記的數(shù)據(jù)存在于第二數(shù)據(jù)庫中。
21.權(quán)利要求20的方法，其中所述第一數(shù)據(jù)庫包含關(guān)于致病性微生物組的多種參考標記的數(shù)據(jù)。
22.一種測定健康個體對人造甜味劑的耐受的方法，其包括分析所述個體的微生物組中屬于選自下述目的微生物的量：擬桿菌目、梭菌目、Bactobacillales目、YS2目、RF32目、丹毒絲菌目、伯克氏菌目和/或彎曲菌目，其中擬桿菌目、梭菌目、Bactobacillales目和/或YS2目的微生物的量超過預定水平表明個體對所述人造甜味劑耐受，而RF32目、丹毒絲菌目、伯克氏菌目和/或彎曲菌目的微生物的量超過預定水平表明個體對所述人造甜味劑不耐受。
23.一種測定健康個體對人造甜味劑的耐受的方法，其包括分析所述個體的微生物組中如表4中所示的至少一種微生物或微生物類別的量，其中所述至少一種微生物或所述微生物類別的量超過預定水平表明個體對所述人造甜味劑不耐受。
24.權(quán)利要求1、22或23中任一項的方法，其中所述微生物組選自腸微生物組、口腔微生物組、支氣管微生物組、皮膚微生物組和陰道微生物組。
25.權(quán)利要求1、22、23或24中任一項的方法，其還包括在測定前處理所述樣品。
26.權(quán)利要求25的方法，其中所述處理包括生成核酸樣品。
27.權(quán)利要求22或23中任一項的方法，其還包括在分析前給所述個體施用所述人造甜味劑。
28.一種恢復個體對試劑的耐受的方法，其包括給所述個體施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含與非致病性微生物組在統(tǒng)計上顯著類似的微生物，從而恢復所述個體對所述試劑的耐受。
29.權(quán)利要求28的方法，其中所述試劑包括物質(zhì)。
30.權(quán)利要求28的方法，其中所述試劑包括條件。
31.權(quán)利要求30的方法，其中所述條件包括晝夜節(jié)律失調(diào)。
32.權(quán)利要求28的方法，其中所述物質(zhì)是食物添加劑。
33.權(quán)利要求32的方法，其中所述食物添加劑是防腐劑。
34.權(quán)利要求29的方法，其中所述物質(zhì)是人造甜味劑。
35.一種益生菌組合物，其中所述組合物中的大多數(shù)微生物是擬桿菌目、梭菌目、Bactobacillales目和/或YS2目的微生物，所述組合物被配制成用于直腸或口服施用。
36.一種恢復個體對人造甜味劑的耐受的方法，其包括給所述個體施用有效量的權(quán)利要求35的益生菌組合物，從而恢復所述個體對所述人造甜味劑的耐受。
37.一種恢復個體對人造甜味劑的耐受的方法，其包括給所述個體施用有效量的抗生素，所述抗生素降低RF32目、丹毒絲菌目、伯克氏菌目和/或彎曲菌目的微生物的相對豐度，從而恢復所述個體對所述人造甜味劑的耐受。
38.一種恢復個體對人造甜味劑的耐受的方法，其包括給所述個體施用有效量的抗生素，所述抗生素降低如表4中所示的至少一種微生物的相對量，從而恢復所述個體對所述人造甜味劑的耐受。
39.一種用于測定個體對試劑是否耐受的試劑盒，其包括：
（i）能夠測定至少一種微生物組組分的量的試劑，其中所述至少一種微生物組組分的水平在試劑耐受的微生物組中和在試劑不耐受的微生物組中顯著不同；和
（ii）致病性微生物組。
40.權(quán)利要求39的試劑盒，其中所述致病性微生物組是經(jīng)處理的。
41.權(quán)利要求39的試劑盒，其中所述致病性微生物組是未經(jīng)處理的。
42.權(quán)利要求39的試劑盒，其還包括非致病性微生物組。
43.權(quán)利要求39的試劑盒，其中所述至少一種微生物組組分是所述微生物組的微生物的至少一個基因。
44.權(quán)利要求39的試劑盒，其中所述至少一種微生物組組分是所述微生物組的至少一種微生物。
45.權(quán)利要求39的試劑盒，其還包括：
（ii）能夠測定第二微生物組組分的量的第二試劑，其中所述第二微生物組組分的水平在試劑耐受的微生物組中和在試劑不耐受的微生物組中顯著不同。
46.一種為有此需要的個體提供抗生素或益生菌治療的方法，其包括：
（a）分析所述個體的微生物組的晝夜節(jié)律；
（b）為所述個體提供所述抗生素或益生菌治療，其中基于所述個體的微生物組的所述晝夜節(jié)律選擇所述抗生素或益生菌治療的施用劑量或施用時間。
47.權(quán)利要求46的方法，其中步驟（a）通過分析所述微生物組的微生物標記來實現(xiàn)。
48.權(quán)利要求47的方法，其中步驟（a）通過分析所述微生物組的代謝產(chǎn)物來實現(xiàn)。
49.權(quán)利要求46的方法，其中當所述抗生素靶向的細菌處于所述晝夜節(jié)律的谷處時提供所述抗生素。
50.權(quán)利要求46的方法，其中當所述益生菌的細菌處于所述晝夜節(jié)律的峰處時提供所述益生菌。