專利名稱：多肽和含有革蘭氏陽性多肽的免疫組合物及使用方法
多肽和含有革蘭氏陽性多肽的免疫組合物及使用方法相關申請的交叉參考本申請要求于2009年3月23日提交的美國專利臨時申請序列號61/210，772的優(yōu)先權。背景革蘭氏陽性菌是引起多種人和動物疾病的種類繁多的生物群。公認在人和/或動物健康中重要的一些病原體包括屬于以下科的細菌棒桿菌科(Corynekicteriaceae)、 腸球菌禾斗(Enterococcacae)、微球菌禾斗(Micrococcaceae)、分枝桿菌禾斗 (Mycobacteriaceae)、諾卡氏菌禾斗(Nocardiaceae)禾口消化球菌禾斗(Peptococcaceae)， 它們包括諸如以下屬等的細菌種類放線菌屬(Actinomyces spp.)、雙歧桿菌屬 (Bifidobacterium spp.)、棒桿菌屬(Corynebacterium spp.)、腸球菌屬(Enterococcus spp.)、丹毒絲菌屬(Erysipelothrix spp.)、真桿菌屬(Eubacterium spp. )、Jm. 求困屬(Kytococcus spp·)、乳桿菌屬(Lactobacillus spp·)、微球菌屬(Micrococcus spp.)、云力胃ff (Mobiluncus spp. ) > ^vff ^M (Mycobacteria spp.)、夕肖&！！王求胃屬(Peptostreptococcus spp·)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium spp.)禾口葡萄球菌屬 (Staphylococcus spp.)。這些病原體在很多不同動物物種中引起多種臨床表現。歷史上對所述感染的治療一直是攻擊革蘭氏陽性生物體的共有結構和功能的抗生素。然而，很多更普遍存在的革蘭氏陽性生物體發(fā)展了對若干種類抗生素的抗性，使得感染的治療變得困難。在人和產生食品的動物兩者中廣泛使用抗生素治療細菌疾病，很可能是造成革蘭氏陽性生物體很多種類耐受抗生素菌株的增殖的主要因素。因此，很有必要發(fā)現預防或消除革蘭氏陽性生物體在動物以及人中的感染的不同治療。在農業(yè)動物中的葡萄球菌感染在農業(yè)生產中，革蘭氏陽性生物體引起多種重要疾病。由革蘭氏陽性菌感染引起的臨床病況實例包括乳腺炎、敗血癥、肺炎、骨髓炎、腦膜腦炎、淋巴管炎、皮炎、生殖道感染、子宮炎、圍生期疾病、垂體膿腫、關節(jié)炎、滑囊炎、睪丸炎、膀胱炎和腎盂腎炎、干酪性淋巴結炎、結核病、潰瘍性淋巴管炎、丹毒、蹄葉炎、tyzzer氏病、破傷風、肉毒中毒、腸炎、 惡性水腫、羊炭疽、細菌性血紅蛋白尿、腸原性毒血癥。葡萄球菌屬細菌尤其能感染很多農業(yè)動物的不同物種，并可引起巨大的經濟損失。例如，估計因為常常由金黃色葡萄球菌 (Staphylococcus aureus)引起的疾病乳腺炎，美國乳品業(yè)每頭牛每年損失大約$185。因為美國有9. 5百萬頭母牛，乳腺炎的年花費大約$18億。這大約是農場牛奶銷售總值的10%， 該損失的約三分之二是由于亞臨床感染的母牛降低產奶。其它損失是由于棄掉異常奶和因用抗生素治療母牛而扣留的奶、早期更換受影響的母牛的花費、淘汰母牛的降低的銷售值、 藥物花費和獸醫(yī)服務及增加的人工成本。由革蘭氏陽性球菌引起的乳腺炎除了在牛乳品業(yè)內流行外，亦在山羊和綿羊中常見。由金黃色葡萄球菌引起的另外的動物疾病包括馬的葡萄狀菌病、家禽的膿性滑膜炎和骨髓炎、兔的鼻塞癥、豬流產和羔羊的蜱膿毒癥。葡萄球菌的其它種類是犬(中間葡萄球菌(S. intermedius))和豬(豬葡萄球菌(S. hycius))的主要皮膚病原體。在家禽類中，葡萄球菌病原體引起心內膜炎和敗血癥。
人中的葡萄球菌感染葡萄球菌屬亦為引起多種感染的人病原體。金黃色葡萄球菌這種常見的人粘膜和皮膚定植者(colonizer)種類，是可引起多種人感染的機會病原體。例如，金黃色葡萄球菌是幾種皮膚感染的致病因子，所述皮膚感染包括膿皰病、癤病、蜂窩織炎和皮膚燙傷綜合征以及潛在致命性的手術后傷口感染。另外，無免疫應答的個體在醫(yī)院環(huán)境中暴露于金黃色葡萄球菌，導致器官感染，例如肺炎、尿路感染、骨髓炎、關節(jié)炎、菌血癥和心內膜炎。金黃色葡萄球菌亦為中毒癥(最著名的中毒性休克綜合征和食物中毒)的致病因子。由葡萄球菌腸毒素B引起的食物中毒是食物傳染疾病的最常見原因，甚至超過沙門氏菌病、彎曲菌病和利斯特菌病。葡萄球菌的其它種類亦引起人疾?。槐砥て咸亚蚓?S.印idermidis)、溶血葡萄球菌(S. haemolyticus)和人葡萄球菌(S. hominis)通常感染植入的醫(yī)療設備，而腐生葡萄球菌(S. saprophyticus)與婦女的尿路感染有關。葡萄球菌的毒力機理葡萄球菌感染多種宿主組織，并通過以下幾方面來避開免疫系統(tǒng)產生數種類型的分泌性蛋白、表面表達的毒力因子及針對在有限資源中存活而設計的代謝系統(tǒng)和與宿主環(huán)境有關的主動防衛(wèi)。定植是建立感染的必不可少的第一步；包括莢膜、脂磷壁酸和磷壁酸在內的多種因子是造成定植的常見結構組分。另外，表面蛋白例如葡萄球菌纖連蛋白-結合蛋白和骨唾液蛋白結合蛋白特異性結合宿主組織組分。毒素常常常在葡萄球菌病原體中產生并且高度有害；包括食物中毒、中毒性休克綜合征和剝脫性皮膚病況在內的幾種人疾病，是細胞外分泌的毒素蛋白的直接結果。單個分離株可編碼20-30種不同分泌性毒素的基因。某些分泌性蛋白產物是超抗原，其可與抗原呈遞細胞的MHC II類分子非特異性結合， 并同時與T細胞的T細胞受體結合。該結合誘導T細胞信號轉導，導致釋放高水平的促炎因子，最終由于壓倒性免疫應答誘導宿主損傷。在表面表達的另一類毒力因子偽裝細菌使其逃過宿主免疫系統(tǒng)。例如，金黃色葡萄球菌表面表達的A蛋白通過結合宿主抗體的Fc組分抑制調理作用和吞噬作用。多種蛋白酶、溶血素(α、β、Υ和δ)、核酸酶、脂肪酶、透明質酸酶和膠原酶亦有助于細菌從周圍細胞提取營養(yǎng)，并保衛(wèi)細菌抵抗宿主防御。葡萄球菌中的抗生素耐受性⑶C估計美國每年將近2百萬人獲得醫(yī)院內感染，導致每年90，000起死亡。在這些致命感染中，70%是由抗生素耐受細菌引起的。微生物物種中抗生素耐受增加在皮膚及粘膜定植者例如金黃色葡萄球菌中尤其顯著。例如，分離自醫(yī)院環(huán)境中的絕大多數金黃色葡萄球菌耐受青霉素，50%亦耐受半合成青霉素，例如甲氧西林、萘夫西林和苯唑西林。這些被稱為MRSA(耐甲氧西林金黃色葡萄球菌)的分離群首先在19世紀70年代出現，現在堅固地存在于醫(yī)院環(huán)境中。最近有社區(qū)MRSA感染的數個病例，其中感染的個體先前未與醫(yī)院或衛(wèi)生保健人員接觸。通過分離對用于治療MRSA的糖肽萬古霉素較不敏感的MRSA分離群，加劇了這種令人擔憂的趨勢。按照CDC對萬古霉素耐受性的定義，極少菌株顯示真正耐受萬古霉素，但業(yè)已表征了幾種MRSA菌株為由對萬古霉素的易感性降低的亞群或VISA (萬古霉素中度耐藥性金黃色葡萄球菌)構成。因為分離萬古霉素耐藥性和萬古霉素中度耐藥性菌株是相對新發(fā)展，關于其在醫(yī)院和/或社區(qū)流行的資料很少。偶爾地，亦從人中找到完全耐受萬古霉素并攜帶很可能從腸球菌屬獲得的抗性質粒的VRSA(耐萬古霉素的金黃色葡萄球菌)。
用于預防和治療葡萄球菌感染的策略耐受多種抗生素的眾多革蘭氏陽性病原體的出現，推動了旨在開發(fā)預防性疫苗以抵抗疾病的研究努力。將疫苗設計成給予患者以從免疫系統(tǒng)引發(fā)長期記憶應答，使得若在將來遇到病原體，免疫系統(tǒng)可更加快速有效地清除病原體。迄今為止，尚未獲得抵抗與多種嚴重人疾病(尤其是與葡萄球菌感染有關的疾病)有關的革蘭氏陽性病原體的廣譜保護性疫苗。用于預防葡萄球菌感染的疫苗的開發(fā)方法包括以下方法報道利用以下物質作為亞單位疫苗組合物的抗原的方法識別粘附基質分子的微生物表面組分[MSCRAMMS(Nilsson 等1998. J Clin Invest 101 :2640-9 ;Menzies等2002. J Infect Dis 185 :937-43 ；Fattom 等 2004. Vaccine 22 :880-7]、表面多糖(McKenney 等 2000 ；McKenney 等 1999. Science 284 :1523-7 ；Maira-Litran 等 2002. Infect Immun 70 :4433-40 ；Maira-Litran 等 2004. Vaccine 22 :872-9 ；Maira-Litran 等 2005. Infect Immun 73 :6752-62)和突變的胞外蛋白 (exoprotein) (Lowell 等 1996. Infect Immun 64 :4686-93 ；Stiles 等 2001. Infect Immun 69 :2031-6 ；Gampfer等2002. Vaccine 20 :3675-84)；以及報道利用一種無毒活菌株的方法(Reinoso 等 2002. Can J Vet Res66 :285-8)；和幾種 DNA 疫苗方法(Ohwada 等 1999. J Antimicrob Chemother 44 :767-74) ；Brouillette φ 2002.Vaccine 20 :2348-57 ；Senna 等2003. Vaccine 21 2661-6) 0盡管這些組合物中很多顯示某種程度的保護，但它們對多樣化的葡萄球菌菌株幾乎沒有實現交叉保護，另外它們在無免疫應答的患者(醫(yī)院內感染的重要風險群體)中也不能引發(fā)實質性免疫應答。最嚴重的葡萄球菌疾病為由前述不依賴抗原呈遞而非特異性刺激T細胞的超抗原性致熱外毒素(supernantigenic pyrogenic exotoxin, SPE)介導的疾病。所述疾病包括中毒性休克綜合征、剝脫性皮膚病和可能的川畸綜合征。對于這些SPE介導的疾病，在活動性感染期間加強免疫系統(tǒng)的免疫治療劑通常比通常在感染之前給予的疫苗更有效。對 SPE的免疫應答的壓倒性性質需要將快速降低毒素活性作為治療的第一目標。迄今為止， 通過靜脈內給予人免疫球蛋白(IVIG)，已最有效地實現金黃色葡萄球菌介導的疾病中的毒素中和，所述人免疫球蛋白是從數千人供者中純化濃縮的人抗體制品(Takei等1993. J Clin Invest 91 :602-7 ;Stohl 和 Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopatho 179 :122-33) 在大約30%的健康成人中定植的金黃色葡萄球菌的廣泛分布，與大部分人群的高接觸率一致，因此IVIG中的抗葡萄球菌抗毒素抗體的水平，通常足以中和毒素足夠長時間，以使免疫應答穩(wěn)定直到用抗生物降低細菌載量(Schlievert，2001. J Allergy Clin Immuno 1108 (4 Suppl) :S107-110)。來自多個廠商的IVIG制品顯示在人外周血單核細胞的增殖測定中中和毒素、體外抑制毒素誘導的人T細胞驅動的B細胞分化(Stohl和Elliot. 1996. Clin Immunol Immunopathol79 122—33 ;Stohl 禾口 Elliott. 1995. J Immunol 155:1838—50; Stohl等1994. J Immunol 153 :117-27)和在用葡萄球菌腸毒素B刺激的PBMC中降低IL-4 和 IL-2 分泌(Takei 等 1993. J Clin Invest 91 :602-7 ；Darenberg 等 2004. Clin Infect Dis 38 :836-42)。IVIG療法因其經證明的中和SPE的能力，現為川畸綜合征的推薦療法，并作為用于葡萄球菌中毒性休克綜合征的治療方法獲得偏愛(Schlievert 2001. J Allergy Clin Immunol 108 (4 Suppl) :S107_110)。在小鼠中亦研究了用IVIG作為手術期間的免疫保護性傷口灌洗液(Poelstra等2000. Tissue Eng 6(4) :401-411)。盡管標準IVIG在限制某些葡萄球菌SPE介導的疾病進展方面有效用，但從成千上萬未經選擇的人供者中產生的人IVIG制品的安全性、功效及一致性仍存在爭議(Baker等1992. N Engl J Med 327 :213-9 ； Miller 等 2001.J Allergy Clin Immunol 108 :S91-4 ；Sacher,2001. J Allergy Clin Immunol 108 :S139_46 ;Darenberg 等 2004. Clin Infect Dis38 :836-42)。此外，IVIG 在預防某些葡萄球菌感染中的益處未必真實(Baker等1992. N Engl J Med 327 213-9 ；Hill, H. R. 2000. J Pediatrl37 :595-7 ；Darenberg 等 2004. Clin Infect Dis 38 :836-42)。為了提高IVIG在治療某些風險群體的葡萄球菌感染中的有效性，制備了經選擇供者的血漿來源的多克隆抗葡萄球菌人IgG，其具有針對葡萄球菌MSCRAMMS聚集因子A(ClfA)和結合纖維蛋白原的G蛋白(SdrG)的高滴度抗體，并在極低出生體重嬰兒中成功試驗預防葡萄球菌月農(Vernachio 等 2003. Antimicrob Agents Chemother 47 :3400-6 ；Bloom 等 2005. Pediatr Infect Dis J 24:858-866 ；Capparelli 等 2005. Antimicrob Agents Chemother 49 :4121-7)。亦正在開發(fā)針對金黃色葡萄球菌MSCRAMM聚集因子A的特異性人源化單克隆抗體。根據其以取消金黃色葡萄球菌結合人纖連蛋白的方式結合ClfA的能力，從成千上萬的鼠抗ClfA抗體庫中選擇該抗體，隨后通過使特定靶向殘基突變來使其人源化，以模擬同源人種系亞群抗體(Hall 等 2003. Infect Immun 71 :6864-70 ；Domanski 等 2005. Infect Immun 73:5229-32)。設計特異性抗體用于與抗生素聯合用于治療嚴重危及生命的金黃色葡萄球菌感染，但動物研究還顯示預防性保護作用。簡述在一方面，本發(fā)明提供包含兩種或更多種分離的多肽的組合物。所述組合物中的分離多肽具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量88kDa、 55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa 或 33kDa。例如，組合物可包含 88kDa 和 55kDa 的分離的蛋白質。在一些方面，組合物可包含具有88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、!35kDa和33kDa 分子量的分離的多肽?？勺援斣诎ㄨF螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌中分離所述多肽，并且當在不含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時，不可分離所述多肽。組合物保護動物例如小鼠或母牛或人抵抗金黃色葡萄球菌菌株例如ATCC菌株19636的攻擊。組合物可進一步包含藥學上可接受的載體，并可進一步包含具有以下分子量并且可自當在不含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時的金黃色葡萄球菌中分離的一種或多種分離的多肽150kDa、132kDa、 120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa 或 40kDa。在一些方面，組合物的多肽可自金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636分離。在一些實施方案中，組合物中的每種多肽具有與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株 19636表達的相同分子量多肽的多肽質量指紋有至少80%相似性的質量指紋，其中所述多肽可自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌中分離，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。例如，具有88kDa分子量的分離的多肽具有與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的88kD多肽的質量指紋有至少80%相似性的質量指紋，具有55kDa分子量的分離的多肽具有與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的55kD多肽的質量指紋有至少80%相似性的質量指紋。在另一方面，本發(fā)明提供包含分離的多肽的組合物，所述分離的多肽具有與選自 SEQ ID NO :408和SEQ ID NO :397的氨基酸序列至少80%的序列相似性。組合物可另外包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌中分離，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。在某些情況下，第二多肽可包括具有與選自 SEQ ID NO :353, SEQ ID NO :364、SEQ ID NO :375、SEQ ID NO :386和SEQ ID NO :419的氨基酸序列有至少80%相似性的氨基酸序列。在其它情況下，所述第二多肽可具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa或33kDa。組合物可進一步包含可自當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時的金黃色葡萄球菌中分離的一種或多種分離的多肽，且所述分離的多肽具有以下分子量150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa， 41kDa、40kDa。本發(fā)明亦提供使用所述組合物的方法。在一個方面，所述方法用于治療受試者的感染，并包括將有效量的本發(fā)明組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染風險的受試者。在另一方面，所述方法用于治療受試者的癥狀，并包括將有效量的本發(fā)明組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者。受試者可為哺乳動物，例如人、馬或母牛。葡萄球菌屬可為金黃色葡萄球菌。本發(fā)明進一步提供使用諸如多克隆抗體等抗體的方法，所述抗體特異性結合本發(fā)明多肽。在一方面，所述方法用于治療受試者的感染，并包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染風險的受試者，其中所述組合物包含抗體，所述抗體特異性結合至少一種本發(fā)明的分離多肽，并且在一些情況下特異性結合不止一種本發(fā)明的分離多肽。在另一方面，所述方法用于治療受試者的癥狀，并包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者，其中所述組合物包含抗體，所述抗體特異性結合至少一種本發(fā)明的分離多肽，并且在一些情況下特異性結合不止一種本發(fā)明的分離多肽。受試者可為哺乳動物，例如人、馬或母牛。葡萄球菌屬可為金黃色葡萄球菌。本發(fā)明亦提供用于降低受試者中的定植的方法。在一方面，所述方法包括將有效量的本發(fā)明組合物給予葡萄球菌屬定植的受試者。在另一方面，所述方法包括將有效量的組合物給予葡萄球菌屬定植的受試者，其中所述組合物包含抗體，所述抗體特異性結合至少一種本發(fā)明的分離多肽，并在一些情況下特異性結合不止一種本發(fā)明的分離多肽。本發(fā)明提供用于檢測特異性結合多肽的抗體的試劑盒。所述試劑盒在分開的容器中包括本發(fā)明的分離多肽和檢測特異性結合所述多肽的試劑。附圖簡述

圖1.源自在含和不含鐵(分別標記和DP的泳道)情況下生長的不同物種的不同菌株金黃色葡萄球菌的蛋白質的電泳概況。圖2.在用金黃色葡萄球菌進行同源和異源攻擊后經疫苗接種和未經疫苗接種小鼠之間的死亡率差異。圖3.顯示在用金黃色葡萄球菌ATCC 19636疫苗接種和同源攻擊后的存活百分比的Kaplan-Meier存活曲線。圖4.顯示在用金黃色葡萄球菌ATCC 19636疫苗接種和異源攻擊后的存活百分比的Kaplan-Meier存活曲線。圖5.顯示在用金黃色葡萄球菌ATCC 19636被動免疫和同源攻擊后的存活百分比的Kaplan-Meier存活曲線。圖6.顯示在用金黃色葡萄球菌菌株1477被動免疫和異源攻擊后的存活百分比的 Kaplan-Meier 存活曲線。
圖7.自金黃色葡萄球菌ATCC 19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 353)。圖8.自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 354)。圖9.自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 355)。圖10.自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 356)。圖 11. 357)。圖 12. NO 358)。圖 13.
359)。圖 14. NO 360)。圖 15.
361)。圖 16. ID NO 362)。圖 17. NO 363)。圖 18. ID NO 364)。圖 19. NO 365)。圖 20. NO 366)。圖 21. NO 367)。圖 22. 368)。圖 23. NO 369)。圖 24.
370)。圖 25. NO 371)。圖 26.
自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO
自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO
自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO
自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO
自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID N0
自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID N0
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圖27.自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 373)。圖觀.自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 374)。圖29.自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 375)。圖30.自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 376)。圖31.自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 377)。圖32.自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 378)。圖33.自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 379)。圖34.自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 380)。圖35.自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 381)。圖36.自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 382)。圖37.自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 383)。圖38.自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 384)。圖39.自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 385)。圖40.自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 386)。圖41.自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 387)。圖42.自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 388)。圖43.自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 389)。圖44.自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 390)。圖45.自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 391)。
圖 46.
392)。圖 47.
NO 393)。圖 48.
394)。圖 49.
ID NO 395)。圖 50. NO 396)。圖 51. ID NO 397)。圖 52. NO 398)。圖 53. NO 399)。圖 54. NO 400)。圖 55. 401)。圖 56. NO 402)。圖 57.
403)。圖 58.
NO 404)。圖 59.
405)。圖 60. ID NO 406)。圖 61. NO 407)。圖 62. ID NO 408)。圖 63. NO 409)。圖 64. NO 410)。圖 65.
自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
16NO 411)。圖 66.
412)。圖 67.
NO 413)。圖 68.
414)。圖 69.
NO 415)。圖 70.
416)。圖 71.
ID NO 417)。圖 72. NO 418)。圖 73. ID NO 419)。圖 74. NO 420)。圖 75. NO 421)。圖 76. NO 422)。圖 77. 423)。圖 78.
NO 424)。圖 79. NO 425)。圖 80. NO 426)。圖 81. 427)。圖 82. ID NO 428)。圖 83. NO 429)。圖 84.
自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自獲金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID NO 自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ 自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID 編碼自金黃色葡萄球菌ATCC 19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。
(SEQ ID NO 430)。
圖85.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 431)。圖86.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 432)。圖87.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 433)。圖88.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 434)。圖89.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 435)。圖90.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 436)。圖91.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 437)。圖92.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 438)。圖93.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 439)。圖94.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 440)。圖95.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 441)。圖96.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 442)。圖97.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 443)。圖98.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 444)。圖99.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 445)。圖100.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 446)。圖101.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 447)。圖102.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 448)。圖103.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 449)。圖104.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 450)。圖105.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 451)。圖106.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 452)。圖107.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 453)。圖108.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 454)。圖109.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 455)。圖110.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 456)。圖111.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 457)。圖112.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 458)。圖113.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 459)。圖114.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 460)。圖115.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 461)。圖116.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 462)。圖117.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 463)。圖118.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 464)。圖119.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 465)。圖120.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 466)。圖121.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 467)。圖122.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 468)。圖123.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 469)。
圖124.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 470)。圖125.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 471)。圖126.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 472)。圖127.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 473)。圖128.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 474)。圖129.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 475)。圖130.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 476)。圖131.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 477)。圖132.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 478)。圖133.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 479)。圖134.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 480)。圖135.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 481)。圖136.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 482)。圖137.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 483)。圖138.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 484)。圖139.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 485)。圖140.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 486)。圖141.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 487)。圖142.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 488)。圖143.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID
20NO 489)。圖144.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 490)。圖145.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 491)。圖146.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 492)。圖147.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 493)。圖148.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 494)。圖149.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 495)。圖150.編碼自金黃色葡萄球菌ATCC19636獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 496)。圖151.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 497)。圖152.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 498)。圖153.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 499)。圖154.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 500)。圖155.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 501)。圖156.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 502)。圖157.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 503)。圖158.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 504)。圖159.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 505)。圖160.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 506)。圖161.顯示在用金黃色葡萄球菌ATCC 25904被動免疫和同源攻擊后的存活百分比的Kaplan-Meier存活曲線。A，用rMntC疫苗接種后的靜脈內攻擊；B，進行以下疫苗接種后的腹膜內攻擊用SIRP提取物&疫苗接種、用rSIRP7 h疫苗接種或用rSIRP7 3x疫苗接種；C，用rSIRP7疫苗接種后的靜脈內攻擊。
圖
NO 543)。圖 NO 544)。圖 ID NO 545)圖 NO 546)。圖 NO 547)。圖 NO 548)。圖 NO 549)。圖 NO 550)。圖 ID NO 551)圖 ID NO 552)圖 NO 553)。圖 NO 554)。圖 ID NO 555)圖 NO 556)。圖 NO 557)。圖 NO 558)。圖 NO 559)。圖 NO 560)。圖 ID NO 561)圖
162.自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
163.自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
164.自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
165.自金黃色葡萄球菌麗2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
166.自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
167.自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
168.自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
169.自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
170.自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
171.自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
172.自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
173.自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
174.自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
175.自金黃色葡萄球菌麗2獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
176.自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
177.自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
178.自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
179.自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ ID
180.自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
181.自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的氨基酸序列。(SEQ
22ID NO 562)。圖182.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 563)。圖183.編碼金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 564)。圖184.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 565)。圖185.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 566)。圖186.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 567)。圖187.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 568)。圖188.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 569)。圖189.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 570)。圖190.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 571)。圖191.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 572)。圖192.編碼自金黃色葡萄球菌RF122獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 573)。圖193.編碼自金黃色葡萄球菌Mu50獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 574)。圖194.編碼自金黃色葡萄球菌MRSA252獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 575)。圖195.編碼自金黃色葡萄球菌MW2獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 576)。圖196.編碼自金黃色葡萄球菌Newman獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 577)。圖197.編碼自金黃色葡萄球菌JH9獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 578)。圖198.編碼自金黃色葡萄球菌USA300獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 579)。圖199.編碼自金黃色葡萄球菌COL獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 580)。圖200.編碼自金黃色葡萄球菌NCTC8325獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。 (SEQ ID NO 581)。
圖201.編碼自金黃色葡萄球菌MSSA476獲得的金屬調節(jié)的多肽的核酸序列。(SEQ ID NO 582)。圖202.顯示小鼠康復期血清與重組產生的金屬調節(jié)的多肽結合的蛋白質印跡。圖203.顯示來自健康人的血清與重組產生的金屬調節(jié)的多肽結合的蛋白質印跡。圖204.顯示來自康復期人的血清與重組產生的金屬調節(jié)的多肽結合的蛋白質印跡。圖205.顯示金黃色葡萄球菌DU5875表面表達金屬調節(jié)的多肽的流式細胞術數據。圖206.在用rSIRP7疫苗接種并用SIRP提取物或rSIRP7再刺激后的細胞因子誘導。本發(fā)明優(yōu)選實施方案的詳述本發(fā)明提供多肽和包含多肽的組合物。本文所用“多肽”是指由肽鍵連接的氨基酸的聚合物。因而，例如，術語肽、寡肽、蛋白質和酶都包括在多肽定義中。該術語亦包括多肽的表達后修飾，例如糖基化、乙?；?、磷酸化等等。術語多肽不隱含氨基酸聚合物的具體長度?？芍苯幼蕴烊粊碓捶蛛x多肽，或可借助重組、酶學或化學技術制備多肽。在天然存在的多肽的情況下，所述多肽通常為分離的?！胺蛛x的”多肽是已經從其自然環(huán)境中移出的多肽。例如，分離的多肽為從細胞的細胞質或從細胞膜移出的多肽，并且不再存在其天然環(huán)境中的很多多肽、核酸和其它細胞物質。表征為自特定來源“可分離的”多肽，為在合適條件下由確定來源產生的多肽，但該多肽可自備選來源用本領域技術人員熟知的例如重組、化學或酶學技術獲得。因而，將多肽表征為自特定來源“可分離的”，并不暗示多肽必須自其獲得的任何特定來源，或多肽必須在其下獲得的任何特定條件或過程?！凹兓摹倍嚯臑椴缓辽?0%、優(yōu)選至少75%和最優(yōu)選至少90%與其天然締合的其它組分的多肽。按照定義認為在其天然存在的生物體外產生的多肽，例如通過化學或重組的手段產生的多肽，為分離和純化的多肽，因為它們從來沒有存在于自然環(huán)境中。本文所用的“多肽片段”是指因用蛋白酶消化多肽而產生的多肽的部分。除非另外規(guī)定，否則“一個”、“一種”、“該”和“至少一個”可互換使用，意指一個或不止一個。術語“包含”及其變型在這些術語出現在說明書及權利要求中時不具有限制性的含義?？赏ㄟ^分子量、質量指紋、氨基酸序列、編碼多肽的核酸、免疫學活性或兩種或更多種所述特征的任何組合來表征本發(fā)明多肽?？捎贸Ｒ?guī)方法來測定通常用千道爾頓(kDa) 來表示的多肽的分子量，所述方法包括例如凝膠過濾、包括十二烷基硫酸鈉(SDQ聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)在內的凝膠電泳、毛細管電泳、質譜法、液相色譜法(包括HPLC)和根據所觀察到的或預測的氨基酸序列計算分子量。除非另外指出，否則分子量是指在還原和變性條件下通過用具有約4%濃縮膠和約10%分離膠的SDS聚丙烯酰胺凝膠分離多肽測定的分子量。本文所用的“質量指紋”是指自用蛋白酶消化后的多肽獲得的多肽片段群。通常用質譜法分析因消化產生的多肽片段。將每一個多肽片段表征為質量或質量(m)與電荷(ζ) 比率，后者被稱為“m/z比率”或“m/z值”。用于產生多肽的質量指紋的方法為常規(guī)方法。 所述方法實例揭示于實施例13中。本發(fā)明多肽可為金屬調節(jié)的多肽。本文所用的“金屬調節(jié)的多肽”，為與同樣的微生物在高金屬條件下的生長相比，當微生物在低金屬條件下生長時該微生物以更高水平表達的多肽。低金屬和高金屬條件如本文所述。例如，由葡萄球菌屬產生的金屬調節(jié)的多肽的一個種類，在微生物在高金屬條件下生長期間并不以可檢測水平表達，但在低金屬條件下生長期間以可檢測水平表達?？勺栽诘丸F條件下生長后的金黃色葡萄球菌分離的金屬調節(jié)的多肽的實例，具有 88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa和33kDa的分子量?？勺栽诘弯\或低銅條件下生長后的金黃色葡萄球菌分離的金屬調節(jié)的多肽的實例，具有115kDa、88kDa、80kDa、71kDa、 69kDa,35kDa,30kDa,29kDa 和 27kDa 的分子量。金屬調節(jié)的多肽的另外實例包括本文所述多肽的重組產生形式。重組產生的多肽可包括可自mRNA轉錄物翻譯的完整氨基酸序列?；蛘撸亟M產生的金屬調節(jié)的多肽可包括完整的可翻譯氨基酸序列的片段或部分。例如，重組產生的金屬調節(jié)的多肽可缺乏在多肽任一末端的可裂解序列，例如在多肽的氨基末端的可裂解信號序列。因而，金屬調節(jié)的多肽可包括在以下序列中描述的氨基酸序列的多肽例如SEQ ID NO :353,SEQ ID NO 364,SEQ ID NO 375,SEQ ID NO 386,SEQ ID NO 397,SEQ ID NO: 408 和 SEQ ID NO :419。本發(fā)明亦包括非金屬調節(jié)的多肽。所述多肽在金屬離子存在下(例如在氯化鐵存在下)表達，亦在低鐵條件下生長時表達?？勺越瘘S色葡萄球菌分離的這類多肽的實例具有以下分子量150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa 和 40kDao可通過可用于比較多肽存在情況的方法來測定多肽是否為金屬調節(jié)的多肽，所述方法包括例如凝膠過濾、包括十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)在內的凝膠電泳、毛細管電泳、質譜法和包括HPLC在內的液相色譜法。讓微生物的單獨培養(yǎng)物在高金屬條件下和低金屬條件下生長，如本文所述分離本發(fā)明多肽，分離并比較存在于每一培養(yǎng)物中的多肽。通常使用等量的來自各培養(yǎng)物的多肽。優(yōu)選用具有約4%濃縮膠和約 10%分離膠的SDS聚丙烯酰胺凝膠在還原和變性條件下分離多肽。例如，可使用來自各個培養(yǎng)物的30微克(yg)總多肽，將其上樣到凝膠孔中。在泳動凝膠和用考馬斯亮藍給多肽染色后，可比較兩個泳道。當測定多肽是否以可檢測水平表達時，利用本領域已知的方法， 在SDS-PAGE凝膠上分離來自培養(yǎng)物的30 μ g總多肽，并用考馬斯亮藍染色。認為可目測的多肽為以可檢測水平表達的，而認為不能目測的多肽為不以可檢測水平表達的。或者，可用基于微陣列的基因表達分析來測定多肽是否為金屬調節(jié)的多肽。讓微生物的單獨培養(yǎng)物在高金屬條件下和低金屬條件下生長，從各個培養(yǎng)物的細胞提取RNA，檢測并比較在高金屬條件下生長的細胞中的RNA表達和在低金屬條件下生長的細胞中的RNA 表達的差異。例如，可自8-10 μ g細菌RNA用已建立的方案制備標記的cDNA。可將標記的 cDNA施用到金黃色葡萄球菌基因組的微陣列。所述微陣列可市購，并用所述陣列的基因表達為常規(guī)的。
本發(fā)明多肽可具有免疫學活性?！懊庖邔W活性”是指多肽引發(fā)動物的免疫應答的能力。多肽的免疫應答是在動物中發(fā)展的對多肽的基于細胞和/或抗體的免疫應答。通常免疫應答包括但不限于以下作用的一種或多種針對多肽的一個或多個表位產生抗體、B細胞、輔助T細胞、抑制性T細胞和/或細胞毒性T細胞?！氨砦弧笔侵柑禺愋訠細胞和/或T細胞對其響應使得產生抗體的抗原上的位點。免疫學活性可為保護性?！氨Ｗo性免疫學活性” 是指多肽在動物中引發(fā)預防或抑制葡萄球菌屬(例如金黃色葡萄球菌)感染的免疫應答的能力?？赏ㄟ^本領域已知的方法測定多肽是否具有保護性免疫學活性，所述方法為例如實施例5、9或12中所述的方法。例如，本發(fā)明多肽或本發(fā)明多肽的組合保護諸如小鼠等嚙齒動物抵抗葡萄球菌屬的攻擊。本發(fā)明多肽可具有血清活性活性(seroactive activity) 0 “血清活性活性”是指候選多肽與來自用葡萄球菌屬(例如金黃色葡萄球菌)感染的動物的康復期血清中存在的抗體反應的能力。在一些方面，康復期血清可來自用ATCC分離株 19636、菌株SAAV1、菌株2176或菌株1477感染的動物。本發(fā)明多肽可具有免疫調節(jié)活性。 “免疫調節(jié)活性”是指多肽以非特異性方式作用來提高對特定抗原的免疫應答的能力。用于測定多肽是否具有免疫調節(jié)活性的方法為本領域已知。本發(fā)明多肽可具有由參考微生物表達的多肽(即參考多肽)的特性。所述特性可包括例如分子量、質量指紋、氨基酸序列或其任意組合。參考微生物可為革蘭氏陽性的， 優(yōu)選微球菌科成員，優(yōu)選葡萄球菌屬，更優(yōu)選金黃色葡萄球菌。菌株的優(yōu)選實例詳述于表1 中。表1細菌菌株
細菌細胞實驗室名稱金黃色葡萄球菌ATCC分離株19636金黃色葡萄球菌菌株SMVl金黃色葡萄球菌菌株1477金黃色葡萄球菌菌株2176當參考微生物為金黃色葡萄球菌ATCC分離株19636時，若候選多肽具有88kDa、 55kDa、38kDa、37kDa、36kDa 35kDa或33kDa的分子量，并具有以下質量指紋，所述質量指紋與由參考微生物表達并分別具有88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa或33kDa分子量的金屬調節(jié)的多肽的質量指紋相似，那么可認為候選多肽為本發(fā)明多肽。優(yōu)選所述多肽為金屬調節(jié)的多肽。例如，若候選多肽具有88kDa分子量并具有與由參考菌株金黃色葡萄球菌ATCC分離株19636產生的88kDa金屬調節(jié)的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則其可為本發(fā)明多肽。或者，當參考微生物為金黃色葡萄球菌ATCC分離株19636時，若如以下所詳述的， 候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :353, SEQ ID NO 364,SEQ ID NO 375,SEQ ID NO :386、SEQ ID NO :397、SEQ ID NO :408 或 SEQ ID NO :419，則可認為其為本發(fā)明多肽。或者，當參考微生物為金黃色葡萄球菌RF122時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :354, SEQ ID NO :365、SEQ ID NO :376, SEQ ID NO :387、SEQ ID NO :398、SEQ ID NO :409 或 SEQ ID NO :420，則可認為其為本發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌Mu50時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :355, SEQ ID NO :366、SEQ ID NO :377, SEQ ID NO :388、SEQ ID NO :399、SEQ ID NO :410 或 SEQ ID NO :421，則可認為其為本發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌MRSA252時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :356,SEQ ID NO :367、SEQ ID NO :378, SEQ ID NO :389、SEQ ID NO :400、SEQ ID NO :411 或 SEQ ID NO :422，則可認為其為本發(fā)明多肽。或者，當參考微生物為金黃色葡萄球菌MW2時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列=SEQ ID NO :357,SEQ ID NO :368、SEQ ID NO: 379、SEQ ID NO 390, SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :412 或 SEQ ID NO :423，則可認為其為本
發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌Newman時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :358,SEQ ID NO :369、SEQ ID NO :380, SEQ ID NO :391、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :413 或 SEQ ID NO :424，則可認為其為本發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌JH9時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列=SEQ ID NO :359, SEQ ID NO :370、SEQ ID NO: 381、SEQ ID NO 392, SEQ ID N0:403、SEQ ID NO :414 或 SEQ ID NO :425，則可認為其為本
發(fā)明多肽?；蛘撸攨⒖嘉⑸餅榻瘘S色葡萄球菌USA300時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列=SEQ ID NO :360,SEQ ID NO :371、SEQ ID NO :382, SEQ ID NO :393、SEQ ID NO :404、SEQ ID NO :415 或 SEQ ID NO :426，則可認為其為本發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌COL時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列=SEQ ID NO :36USEQ ID NO :372、SEQ ID NO: 383、SEQ ID NO :394, SEQ ID NO :405, SEQ ID NO :416 或 SEQ ID NO :427，則可認為其為本
發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌NCTC 8325時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :362, SEQ ID NO :373、SEQ ID NO :384,SEQ ID NO :395、SEQ ID NO 406,SEQ ID NO :417 或 SEQ ID N0:428，則可認為其為本發(fā)明多肽?；蛘?，當參考微生物為金黃色葡萄球菌MSSA476時，若如以下所詳述的，候選多肽具有與以下氨基酸序列結構上相似的氨基酸序列SEQ ID NO :363,SEQ ID NO 374、SEQ IDNO :385, SEQ ID NO :396、SEQ ID NO :407、SEQ ID NO :418 或 SEQ ID NO :429，則可認為其
為本發(fā)明多肽。當參考微生物為金黃色葡萄球菌分離株SAAVl時，若候選多肽具有88kDa、55kDa、 38kDa、37kDa、36kDa、35kDa或33kDa的分子量，并具有與由參考微生物表達并分別具有 88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、35kDa或33kDa分子量的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則可認為其為本發(fā)明多肽。優(yōu)選所述多肽為金屬調節(jié)的多肽。例如，若候選多肽具有 88kDa分子量并具有與由參考菌株金黃色葡萄球菌分離株SAAVl產生的88kDa的金屬調節(jié)的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則其可為本發(fā)明多肽。當參考微生物為金黃色葡萄球菌菌株2176時，若候選多肽具有88kDa、80kDa、 65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、;35kDa、33kDa或32kDa的分子量，并具有與由參考微生物表達并分別具有 88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、;35kDa、33kDa 或 32kDa 分子量的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則可認為其為本發(fā)明多肽。優(yōu)選所述多肽為金屬調節(jié)的多肽。 例如，若候選多肽具有88kDa分子量并具有與由參考菌株金黃色葡萄球菌分離株2176產生的88kDa金屬調節(jié)的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則其可為本發(fā)明多肽。當參考微生物為金黃色葡萄球菌菌株1477時，若候選多肽具有88kDa、80kDa、 65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、;35kDa、33kDa或32kDa的分子量，并具有與由參考微生物表達并分別具有 88kDa、80kDa、65kDa、55kDa、37kDa、36kDa、!35kDa、33kDa 或 32kDa 分子量的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則可認為其為本發(fā)明多肽。優(yōu)選所述多肽為金屬調節(jié)的多肽。 例如，若候選多肽具有88kDa分子量并具有與由參考菌株金黃色葡萄球菌分離株1477產生的88kDa金屬調節(jié)的多肽的質量指紋相似的質量指紋，則其可為本發(fā)明多肽。如本文所用的，若多肽的氨基酸序列與參考多肽相比，具有規(guī)定量的序列相似性和/或序列同一性，則該多肽可為與參考多肽“結構上相似的”。若多肽與參考多肽的可類比的質量指紋相比，表現出具有規(guī)定量的同一性的質量指紋，則該多肽亦可為與參考多肽在“結構上相似的”。因而，若與參考多肽相比，多肽具有足夠水平的氨基酸序列同一性、氨基酸序列相似性、質量指紋相似性或其任意組合，則其可為與參考多肽“結構上相似的”。多肽序列相似性和多肽序列同一性可通過沿著其序列長度比對兩個多肽(例如本文所述的候選多肽和任何合適的參考多肽)的殘基以使相同氨基酸的數目最優(yōu)化，來測定兩種多肽的結構相似性；在進行比對中為了讓相同氨基酸的數目最優(yōu)化，允許任一個或兩個序列中有空位，但每一個序列的氨基酸仍然都必須保留其正確的次序。在合適時參考多肽可為本文所述多肽或任何已知的金屬調節(jié)的多肽。候選多肽為與參考多肽比較的多肽。候選多肽可例如自微生物分離， 或可用重組的技術或化學或酶學合成制備。除非如本文另外所述地改變，否則可用GCG軟件包(10. 2版，Madison WI)中的 BESTFIT算法進行氨基酸序列的配對比較分析?；蛘?，可用BLAST 2搜尋算法的Blastp程序來比較多肽，所述 Blastp 程序如 Tatiana 等(FEMS Microbiol Lett，174，247-250 (1999)) 所述并可在國家生物技術信息中心(NCBI)網站獲得。對于所有BLAST 2搜尋參數可使用默認值，包括矩陣=BL0SUM62 ；空位開放罰分=11，空位延伸罰分=1，空位[dropoff = 50，期望值=10，字長=3，和過濾器打開。
在兩個氨基酸序列的比較中，結構相似性可由“同一性”百分比來提及，或可由“相似性”百分比來提及?！巴恍浴笔侵复嬖谙嗤被帷！跋嗨菩浴笔侵覆粌H存在相同的氨基酸，而且還存在保守取代。本發(fā)明多肽中氨基酸的保守取代可選自氨基酸所屬類別的其它成員。例如，在蛋白質生物化學領域眾所周知，屬于具有特定大小或特性(例如電荷、疏水性和親水性)的氨基酸群的氨基酸可被另一氨基酸取代而不改變蛋白質的活性，尤其是在不直接與生物學活性有關聯的蛋白質區(qū)域。例如，非極性(疏水)氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、纈氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸。極性中性氨基酸包括甘氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺。帶正電的(堿性)氨基酸包括精氨酸、賴氨酸和組氨酸。帶負電的(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。保守取代包括例如Lys取代Arg，反之亦然，以保持正電荷；Glu取代Asp，反之亦然，以保持負電荷；Ser取代 Thr以使保持游離-OH ；和Gln取代Asn以保持游離-NH2。同樣，亦考慮多肽的生物活性類似物，其含有不消除多肽的功能活性(例如免疫學活性)的一個或多個相鄰或不相鄰氨基酸的缺失或添加。因而，如本文所用，提及本發(fā)明多肽和/或提及一個或多個SEQ ID NO的氨基酸序列可包括與參考氨基酸序列有以下氨基酸序列相似性的多肽至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少 96%、至少97%、至少98%或至少99%?；蛘?，如本文所用，提及本發(fā)明多肽和/或提及一個或多個SEQ ID NO的氨基酸序列可包括與參考氨基酸序列有以下氨基酸序列同一性的多肽至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少 96%、至少97%、至少98%或至少99%。因此，本發(fā)明多肽可包括某些變體，所述變體包括例如起源于(生物學和/或重組地)不同于所述多肽初始自其分離和/或鑒定的微生物物種或菌株的微生物物種或菌株的同源多肽。例如，本發(fā)明多肽可包括通常稱為甲酸乙酰轉移酶(PflB)的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO 353中。變體實施方案反映在SEQ ID NO :354、SEQ ID NO 355、SEQ ID NO :356、SEQ ID NO :357、SEQ ID NO :358、SEQ ID NO :359、SEQ ID NO :360、 SEQ ID NO :361、SEQ ID NO :362 禾口 SEQ ID NO :363 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為寡肽通透酶肽結合蛋白(OpplA)的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO :364中。變體實施方案反映在SEQ ID NO 365、SEQ ID NO :366、SEQ ID NO :367、SEQ ID NO :368、SEQ ID NO :369、SEQ ID NO :370、 SEQ ID NO :371、SEQ ID NO 372, SEQ ID NO :373 禾口 SEQ ID NO :374 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為鐵載體化合物ABC轉運蛋白結合蛋白 (SirA)的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO :375中。變體實施方案反映在 SEQ ID NO :376,SEQ ID NO 377,SEQ ID NO 378,SEQ ID NO 379,SEQ ID NO 380,SEQ ID NO :381、SEQ ID NO 382, SEQ ID NO 383, SEQ ID NO :384 禾口 SEQ ID NO :385 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括本文有時稱為SYN2的多肽。該多肽的一個實施
29方案反映在SEQ ID NO :386中。變體實施方案反映在SEQ ID NO :387、SEQ ID NO :388、SEQ ID NO :389,SEQ ID NO 390,SEQ ID NO :391、SEQ ID NO 392,SEQ ID NO 393,SEQ ID NO: 394、SEQ ID NO :395 和 SEQ ID NO :396 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為異羥肟酸鐵結合脂蛋白PhuD)的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO :397中。變體實施方案反映在SEQ ID NO: 398、SEQ ID NO :399、SEQ ID NO :400、SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :403、 SEQ ID NO :404, SEQ ID NO :405、SEQ ID NO :406 和 SEQ ID NO :407 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括本文有時稱作SYNl的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO :408中。變體實施方案反映在SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO :411,SEQ ID NO :412、SEQ ID NO :413,SEQ ID NO :414,SEQ ID NO :415,SEQ ID NO: 416、SEQ ID NO :417 禾口 SEQ ID NO :418 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為錳轉運系統(tǒng)膜蛋白(MntC)的多肽。該多肽的一個實施方案反映在SEQ ID NO :419中。變體實施方案反映在SEQ ID NO :420、SEQ ID NO :421,SEQ ID NO 422,SEQ ID NO 423,SEQ ID NO 424,SEQ ID NO 425,SEQ ID N0: 426、SEQ ID NO :427、SEQ ID NO :428 和 SEQ ID NO :429 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為鐵色素ABC轉運脂蛋白(SstD)的多肽。該多肽的實施方案反映在 SEQ ID NO :543, SEQ ID NO :544, SEQ ID NO :545, SEQ ID NO :546,SEQ ID NO :547、SEQ ID NO :548、SEQ ID NO :549、SEQ ID NO :550、SEQ ID NO :551 和 SEQ ID NO :552 中。作為另一實例，本發(fā)明多肽可包括通常稱為鐵化合物ABC轉運蛋白$huD2)的多肽。該多肽的實施方案反映在 SEQ ID NO :553, SEQ ID NO :554、SEQ ID NO :555、SEQ ID NO :556,SEQ ID NO :557、SEQ ID NO :558、SEQ ID NO :559、SEQ ID NO :560、SEQ ID NO :561 和 SEQ ID NO :562 中。亦可將本發(fā)明多肽設計為提供一種或多種額外的序列，例如加入編碼添加的 C-末端和/或N-末端氨基酸的序列，所述C-末端和/或N-末端氨基酸可促進通過柱上捕捉或使用抗體來純化。所述標簽包括例如，允許在鎳柱上純化多肽的富含組氨酸的標簽。 所述基因修飾技術和合適的另外的序列在分子生物學領域眾所周知。亦可設計本發(fā)明多肽以使C-末端和/或N-末端的某些氨基酸被缺失。例如，SEQ ID NO 364和SEQ ID NO :365氨基酸序列之間的一個差異，是SEQ ID NO :365擁有參考多肽氨基酸序列SEQ ID NO :364中不存在的N-末端四位氨基酸添加。當將例如參考肽氨基酸序列 SEQ ID NO :353,SEQ ID NO :364、SEQ ID NO :375、SEQ ID NO :386、SEQ ID NO :397、 SEQ ID NO :408或SEQ ID NO :419與各個參考多肽的某些變體實施方案進行比較時，通常在約20個氨基酸-約35個氨基酸之間變化的類似示例性N-末端添加顯而易見。在N-末端或C-末端的其它氨基酸添加和/或缺失是可能的。本發(fā)明多肽的“修飾”包括在一個或多個組成氨基酸處化學或酶學衍生的多肽 (或其類似物，例如其片段)。所述修飾可包括例如側鏈修飾、主鏈修飾和N-和C-末端修飾，例如乙酰化、羥基化、甲基化、酰胺化和連接碳水化合物或脂質部分、輔因子等，及它們的組合。經修飾的本發(fā)明多肽可保留未經修飾的多肽的生物學活性例如免疫學活性，或可表現出降低或增加的生物學活性。
30
本發(fā)明多肽(包括其生物學活性類似物及其修飾)包括自然的(天然存在的)、 重組的和化學或酶學合成的多肽。例如，本發(fā)明多肽可通過從天然來源分離多肽來制備，或可通過熟知方法重組制備，所述方法包括例如作為細菌或其它宿主細胞中的融合蛋白來制備?？赏ㄟ^讓參考微生物在低金屬條件下生長，隨后通過本文所揭示方法分離多肽， 來獲得由參考微生物表達的多肽?；蛘?，可通過鑒定微生物在低金屬條件下生長時以較高水平表達的基因(即金屬調節(jié)的基因)，來獲得由參考微生物表達的多肽?？煽寺〔⒈磉_金屬調節(jié)的基因，可通過本文所述方法來鑒定表達的金屬調節(jié)的多肽?？勺晕⑸锓蛛x或自微生物鑒定候選多肽，所述微生物優(yōu)選為革蘭氏陽性微生物，更優(yōu)選微球菌科成員，優(yōu)選葡萄球菌屬，更優(yōu)選金黃色葡萄球菌。可自其分離和/或鑒別多肽的其它革蘭氏陽性微生物，包括棒桿菌屬、腸球菌屬、 丹毒絲菌屬、蓋球菌屬和微球菌屬、分枝桿菌屬(Mycobacterium spp.)和丹毒絲菌屬。亦可用酶技術或化學技術產生候選多肽。質量指紋相似性可通過質譜分析來評估候選多肽，以測定候選多肽是否具有與由參考微生物表達并按照分子量在上文提及的多肽之一相似的質量指紋。通常可例如通過凝膠電泳分離候選多肽并切下含有候選多肽的凝膠部分來分離候選多肽?？墒褂没诓煌匦苑蛛x多肽的任何凝膠電泳方法，包括1維或2維凝膠電泳以及基于例如疏水性、pi或大小的液相色譜分離?？衫缤ㄟ^用蛋白酶消化來使候選多肽片段化。優(yōu)選蛋白酶可切割氨基酸賴氨酸及氨基酸精氨酸的羧基末端側的肽鍵，但當賴氨酸或精氨酸后面的氨基酸為脯氨酸時除外。所述蛋白酶的實例為胰蛋白酶。用胰蛋白酶消化多肽的方法為常規(guī)方法并為本領域已知。所述方法實例揭示于實施例13中。用于多肽的質譜分析的方法為常規(guī)方法并為本領域已知，包括但不限于基質輔助激光解吸/電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS)。通常讓含有自候選多肽獲得的多肽片段的混合物與基質混合，所述基質的功能是將激光能量轉移到樣品并產生電離的多肽片段優(yōu)選單同位素的多肽片段?？墒褂玫幕|實例包括例如芥子酸或氰基-4-羥基肉桂酸。用于通過MALDI-TOF MS分析多肽的方法實例闡述于實施例13中。按照其m/z比率分離電離的多肽片段，并檢測以產生m/z比率對比強度的光譜。光譜包括代表源自候選多肽的多肽片段的m/z值。對于任何既定多肽而言，因胰蛋白酶消化而產生的每一種多肽片段的量應該是等摩爾的。然而，已知胰蛋白酶消化并不總是100%有效，例如，某些位點被更有效切害I]。因而，當用MALDI-TOF MS來測定m/z值時，每一個m/z值的強度通常并不相同。通常光譜具有存在于大部分χ-軸(即具有m/z比率值的軸)的背景噪聲水平。該背景噪聲水平視運行條件及所用機器而定，易于由目視檢查光譜來鑒別。當強度為背景噪聲水平的至少2倍大、 至少3倍大或至少4倍大時，通常認為m/z值代表多肽片段。光譜通常包括其它m/z值，所述其它m/z值是因例如以下原因而產生的人為產物不完全消化、過度消化、可存在于混合物或用于消化所述多肽的蛋白酶中的其它多肽，包括因蛋白酶自溶而產生的m/z值。本領域公認用蛋白酶消化多肽的該方法為導致產生極具特異性的質量指紋，所述特異性可用于準確表征多肽及將其與其它多肽區(qū)別開。在本發(fā)明該方面，當通過質譜分析來分析候選多肽時，優(yōu)選一起制備并分析候選多肽和來自參考微生物的多肽二者，藉此減少因樣品處理和運行條件不同而產生的任何可能的人為產物。優(yōu)選用于制備及分析兩種多肽的所有試劑都是一樣的。例如，在基本上相同的條件下分離來自參考微生物的多肽和候選多肽，在基本上相同的條件下使其片段化， 并在同一機器上在基本上相同的條件下通過MALDI-T0FMS分析。若候選多肽表現出擁有至少80%、至少90%、至少95%或基本上全部存在于參考微生物多肽光譜中的m/z值的質量指紋，并且以上背景噪音水平亦存在于候選多肽光譜中，則可認為候選多肽與參考多肽“結構上相似”。(參見例如美國專利申請公開號2006/0233824A1)。在另一方面，若多肽具有表2、3、4或5中所述的參考多肽的分子量，并具有包括以下亞群的質量指紋，所述亞群包括至少規(guī)定百分比的表2、3、4或5中所列參考多肽的多肽片段的，則可將其認為是本發(fā)明多肽。例如，本發(fā)明多肽包括88kDa的多肽和包括規(guī)定百分比的具有以下質量的多肽片段的質量指紋HVDVR(SEQ ID NO :1)、 YSYER(SEQ ID NO 2), IIGDYRR(SEQ ID NO 3)、IFTDYRK(SEQ ID NO :4)、ELKELGQK(SEQ ID NO 5)、YAQVKPIR (SEQ ID NO :6)、QMQFFGAR(SEQ ID NO :7)、SMQPFGGIR(SEQ ID NO: 8)、VSGYAVNFIK(SEQ ID NO :9)、NHATAffQGFK (SEQ ID NO :10)、LffEQVMQLSK (SEQ ID NO 11)、SLGKEPEDQNR(SEQ ID NO 12)、DGISNTFSIVPK (SEQ ID NO 13)、AGVITGLPDAYGR(SEQ ID NO :14)、TSTFLDIYAER(SEQ ID NO : 15)、SMQPFGGIRMAK (SEQ ID NO :16)、 THNQGVFDAYSR (SEQ ID NO :17)、KAGVITGLPDAYGR (SEQ ID NO : 18)、TLLYAINGGKDEK (SEQ ID NO :19)、IEMALHDTEIVR(SEQ ID NO :20)、AGEPFAPGANPMHGR(SEQ ID NO :21)、 VALYGVDFLMEEK (SEQ ID NO :22)、KTHNQGVFDAYSR(SEQ ID NO :23)、YGFDLSRPAENFK (SEQ ID NO 24)、TSSIQYENDDIMR(SEQ ID NO :25)、KAGEPFAPGANPMHGR(SEQ ID NO :26)、 RVALYGVDFLMEEK(SEQ ID NO 27),LffEQVMQLSKEER(SEQ ID NO 28),MLETNKNHATAffQGFK(SEQ ID NO 29)、MHDFNTMSTEMSEDVIR(SEQ ID NO :30)、YGNNDDRVDDIAVDLVER(SEQ ID NO :31)、 ETLIDAMEHPEEYPQLTIR (SEQ ID NO :32)、YAQVKPIRNEEGLWDFEIE⑶FPK (SEQ ID NO :33)?？捎少|譜方法例如由MALDI-T0F MS測定候選多肽的質量指紋。候選多肽的質量指紋通常具有另外的多肽片段，并因此可具有不同于表2、3、4或5中對多肽所列的那些m/ ζ值的其它m/z值。當讓候選多肽與表2、3、4或5的多肽比較時，可自微生物分離候選多肽，優(yōu)選革蘭氏陽性微生物，更優(yōu)選微球菌科的成員，優(yōu)選葡萄球菌屬，更優(yōu)選金黃色葡萄球菌。其它革蘭氏陽性微生物包括棒桿菌屬、腸球菌屬、丹毒絲菌屬、蓋球菌屬、利斯特氏菌屬(Listeria spp.)、微球菌屬和分枝桿菌屬以及丹毒絲菌屬。可通過使微生物生長在低金屬條件下，隨后通過本文所述方法分離多肽，來獲得候選多肽。或者，可通過重組表達編碼候選多肽的多核苷酸來獲得候選多肽。本領域眾所周知，在樣品處理期間可偶然地引入氨基酸修飾，例如氧化及形成脲基甲基衍生物。另外，這些修飾類型改變多肽片段的m/z值。例如，若多肽片段含有被氧化的甲硫氨酸，則相對于不含有被氧化的甲硫氨酸的同一片段，m/z值將增加16。因此，表2、 3、4或5中的那些具有符號“氧化(M) ”的多肽片段，相對于不含有被氧化的甲硫氨酸的同一片段，具有增加16的m/z值。應該理解，在樣品處理期間可修飾表2、3、4或5的多肽片段。多核苷酸序列相似性和多核苷酸序列同一性亦可根據編碼多肽的多核苷酸來鑒定本發(fā)明多肽。因而，本發(fā)明包括編碼本發(fā)明多肽或在標準雜交條件下與編碼本發(fā)明多肽的多核苷酸雜交的多核苷酸及所述多核苷酸序列的互補序列。如本文所用，提及本發(fā)明多核苷酸和/或提及一個或多個SEQ ID NO的核酸序列，可包括與經鑒定的參考多核苷酸序列具有以下序列同一性的多核苷酸至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少 95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列同一性。表2.從金黃色葡萄球菌ATCC分離林19636獲得的多肽的特性
權利要求
1.一種組合物，其包含與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少92%序列相似性的分離多肽，條件是若所述分離多肽在氨基末端包括一個或多個另外的氨基酸，則與SEQ ID NO :399的1- 位氨基酸相比，所述一個或多個另外的氨基酸包括至少一種氨基酸缺失或至少一種氨基酸取代。
2.一種組合物，其包含與SEQ ID NO :408的氨基酸序列具有至少98%序列相似性的分離多肽，條件是若所述分離多肽在氨基末端包括一個或多個另外的氨基酸，則與SEQ ID NO :415的1-5位氨基酸相比，所述一個或多個另外的氨基酸包括至少一種氨基酸缺失或至少一種氨基酸取代。
3.權利要求1或權利要求2的組合物，其中所述組合物保護動物免受選自ATCC19636 或ATCC 25904的金黃色葡萄球菌的攻擊。
4.權利要求1或權利要求2的組合物，其還包含藥學上可接受的載體。
5.權利要求1的組合物，其中所述多肽包含與SEQID NO :397的氨基酸序列具有至少 95 %序列相似性的氨基酸序列。
6.權利要求1的組合物，其中所述多肽包含與SEQID NO :397的氨基酸序列具有至少 92 %序列同一性的氨基酸序列。
7.權利要求6的組合物，其中所述多肽包含與SEQID NO :397的氨基酸序列具有至少 95%序列同一性的氨基酸序列。
8.權利要求2的組合物，其中所述多肽包含與SEQID NO :397的氨基酸序列具有至少 98 %序列同一性的氨基酸序列。
9.權利要求2的組合物，其中所述多肽包含與SEQID NO :408的氨基酸序列具有至少 98 %序列同一性的氨基酸序列。
10.權利要求1或權利要求2的組合物，其還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。
11.權利要求10的組合物，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 相似性的氨基酸序列SEQ ID NO 353, SEQ ID NO :354、SEQ ID NO 355, SEQ ID NO: 356,SEQ ID NO :357、SEQ ID NO :358,SEQ ID NO :359,SEQ ID NO :360,SEQ ID NO :36USEQ ID NO :362,SEQ ID NO :363,SEQ ID NO :364,SEQ ID NO :365,SEQ ID NO :366,SEQ ID NO: 367,SEQ ID NO :368、SEQ ID NO :369、SEQ ID NO :370、SEQ ID NO :371、SEQ ID NO :372、SEQ ID NO :373,SEQ ID NO :374、SEQ ID NO :375,SEQ ID NO :376、SEQ ID NO :377,SEQ ID NO: 378、SEQ ID NO :379, SEQ ID NO :380, SEQ ID NO :381, SEQ ID NO :382, SEQ ID NO :383, SEQ ID NO :384,SEQ ID NO :385,SEQ ID NO :386,SEQ ID NO :387,SEQ ID NO :388,SEQ ID NO :389, SEQ ID NO :390, SEQ ID NO :391、SEQ ID NO :392, SEQ ID NO :393, SEQ ID NO 394、SEQ ID NO :395, SEQ ID NO :396, SEQ ID NO :419, SEQ ID NO :420, SEQ ID NO :421、 SEQ ID NO :422,SEQ ID NO :423,SEQ ID NO :424,SEQ ID NO :425,SEQ ID NO :426、SEQ ID NO :427, SEQ ID NO :428 或 SEQ ID NO :429。
12.權利要求1的組合物，其還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85%相似性的氨基酸序列SEQID NO :408,SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO :411、SEQ ID NO :412、SEQ ID NO: 413,SEQ ID NO :414,SEQ ID NO :415,SEQ ID NO :416,SEQ ID NO :417 或 SEQ ID NO :418。
13.權利要求12的組合物，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 同一性的氨基酸序列SEQ ID NO 408, SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO: 411、SEQ ID NO :412, SEQ ID NO :413, SEQ ID NO :414, SEQ ID NO :415, SEQ ID NO :416, SEQ ID NO :417 或 SEQ ID NO :418。
14.權利要求2的組合物，其還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85%相似性的氨基酸序列 SEQID NO :397,SEQ ID NO 398,SEQ ID NO :399、SEQ ID NO400,SEQ ID N0:401、SEQ ID NO :402, SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、SEQ ID NO :405、SEQ ID NO :406 或 SEQ ID NO 407。
15.權利要求14的組合物，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 同一性的氨基酸序列SEQ ID NO 397,SEQ ID NO :398、SEQ ID NO :399、SEQ ID N0: 400、SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、SEQ ID NO :405、 SEQ ID NO 406 或 SEQ ID NO :407。
16.權利要求1或權利要求2的組合物，所述組合物還包含以下分離多肽，其可分離自當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時的金黃色葡萄球菌， 并且具有 150kDa、132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDa 的分子量；或所述分離多肽的組合。
17.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
18.一種用于治療受試者的癥狀的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
19.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
20.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO 408的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
21.一種用于治療受試者的癥狀的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO 408的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
22.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含與SEQ ID NO 408的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
23.權利要求17-22中任一項的方法，其中所述組合物還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。
24.權利要求23的方法，其中所述第二多肽具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa 或 33kDa。
25.權利要求17-22中任一項的方法，其中所述組合物還包含至少一種第二多肽，所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85%相似性的氨基酸序列SEQ ID NO 353、SEQ ID NO :354, SEQ ID NO :355, SEQ ID NO :356, SEQ ID NO :357, SEQ ID NO :358, SEQ ID NO :359,SEQ ID NO :360,SEQ ID NO :361,SEQ ID NO :362,SEQ ID NO :363,SEQ ID NO :364,SEQ ID NO :365、SEQ ID NO :366、SEQ ID NO :367、SEQ ID NO :368、SEQ ID NO :369、 SEQ ID NO :370,SEQ ID NO :371、SEQ ID NO :372、SEQ ID NO :373,SEQ ID NO :374、SEQ ID NO :375,SEQ ID NO :376、SEQ ID NO :377、SEQ ID NO :378、SEQ ID NO :379、SEQ ID NO :380、 SEQ ID NO :381,SEQ ID NO :382,SEQ ID NO :383,SEQ ID NO :384,SEQ ID NO :385,SEQ ID NO :386, SEQ ID NO :387, SEQ ID NO :388, SEQ ID NO :389, SEQ ID NO :390, SEQ ID NO 391、SEQ ID NO :392, SEQ ID NO :393, SEQ ID NO :394, SEQ ID NO :395, SEQ ID NO :396, SEQ ID NO :419,SEQ ID NO :420,SEQ ID NO :421、SEQ ID NO :422、SEQ ID NO :423,SEQ ID NO :424, SEQ ID NO :425, SEQ ID NO :426, SEQ ID NO :427, SEQ ID NO :428 或 SEQ ID NO 429。
26.權利要求17-19中任一項的方法，其中所述組合物還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85% 相似性的氨基酸序列SEQ ID NO :408, SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO :411、 SEQ ID NO :412,SEQ ID NO :413、SEQ ID NO :414、SEQ ID NO :415,SEQ ID NO :416,SEQ ID NO 417 或 SEQ ID NO :418。
27.權利要求沈的方法，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 同一性的氨基酸序列SEQ ID NO :408、SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO 411、SEQ ID NO :412、SEQ ID NO :413、SEQ ID NO :414、SEQ ID NO :415、SEQ ID NO :416、 SEQ ID NO :417 或 SEQ ID NO :418。
28.權利要求20-22中任一項的方法，其中所述組合物還包含至少一種第二多肽，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85% 相似性的氨基酸序列:SEQ ID NO :397, SEQ ID NO :398、SEQ ID NO :399、SEQ ID NO :400、 SEQ ID NO :401,SEQ ID NO 402,SEQ ID NO 403,SEQ ID NO 404,SEQ ID NO 405,SEQ IDNO 406 或 SEQ ID NO :407。
29.權利要求四的方法，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 同一性的氨基酸序列SEQ ID NO :397、SEQ ID NO :398、SEQ ID NO :399、SEQ ID NO 400、SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、SEQ ID NO :405、 SEQ ID NO 406 或 SEQ ID NO :407。
30.權利要求17-22中任一項的方法，其中所述組合物還包含以下分離多肽，其可分離自當在不含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時的金黃色葡萄球菌， 并且具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量150kDa、 132kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDa ；或所述分離多肽的組合。
31.權利要求17-22中任一項的方法，其中所述受試者為哺乳動物。
32.權利要求31的方法，其中所述哺乳動物為人。
33.權利要求17-22中任一項的方法，其中所述葡萄球菌屬為金黃色葡萄球菌。
34.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%的序列相似性。
35.一種用于治療受試者的癥狀的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者，其中所述組合物包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與選自SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%的序列相似性。
36.一種用于降低受試者中的定植的方法，所述方法包括將有效量組合物給予葡萄球菌屬定植的受試者，其中所述組合物包含 與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
37.一種用于治療受試者的感染的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染或處于具有所述感染的風險中的受試者，其中所述組合物包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與SEQ ID NO :408的氨基酸序列具有至少80%的序列相似性。
38.一種用于治療受試者的癥狀的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予具有由葡萄球菌屬引起的感染的受試者，其中所述組合物包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與SEQ ID NO :408的氨基酸序列具有至少80%的序列相似性。
39.一種用于降低受試者中的定植的方法，所述方法包括將有效量的組合物給予葡萄球菌屬定植的受試者，其中所述組合物包含 與SEQ ID NO :408的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽。
40.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述組合物還包含特異性結合至少一種第二多肽的抗體，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。
41.權利要求40的方法，其中所述第二多肽具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量88kDa、55kDa、38kDa、37kDa、36kDa、;35kDa 或 33kDa。
42.權利要求40的方法，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85%相似性的氨基酸序列=SEQ ID NO :353、SEQ ID NO :354、SEQ ID NO :355、SEQ ID NO 356,SEQ ID NO :357、SEQ ID NO 358,SEQ ID NO 359,SEQ ID NO 360,SEQ ID NO :36USEQ ID NO :362,SEQ ID NO 363,SEQ ID NO 364,SEQ ID NO 365,SEQ ID NO 366,SEQ ID NO: 367,SEQ ID NO :368、SEQ ID NO :369、SEQ ID NO :370、SEQ ID NO :371、SEQ ID NO :372、SEQ ID NO :373,SEQ ID NO :374、SEQ ID NO :375,SEQ ID NO :376、SEQ ID NO :377,SEQ ID NO: 378、SEQ ID NO :379, SEQ ID NO :380, SEQ ID NO :381, SEQ ID NO :382, SEQ ID NO :383, SEQ ID NO :384,SEQ ID NO :385,SEQ ID NO :386,SEQ ID NO :387,SEQ ID NO :388,SEQ ID NO :389, SEQ ID NO :390, SEQ ID NO :391、SEQ ID NO :392, SEQ ID NO :393, SEQ ID NO 394、SEQ ID NO :395, SEQ ID NO :396, SEQ ID NO :419, SEQ ID NO :420, SEQ ID NO :421、 SEQ ID NO :422,SEQ ID NO :423,SEQ ID NO :424,SEQ ID NO :425,SEQ ID NO :426、SEQ ID NO :427, SEQ ID NO :428 或 SEQ ID NO :429。
43.權利要求34-36中任一項的方法，其中所述組合物還包含特異性結合至少一種第二多肽的抗體，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85%相似性的氨基酸序列=SEQ ID NO :408、SEQ ID NO :409、SEQ ID NO 410、SEQID NO :411、SEQ ID NO :412、SEQ ID NO :413、SEQ ID NO :414、SEQ ID NO :415、 SEQ ID NO :416, SEQ ID NO :417 或 SEQ ID NO :418。
44.權利要求43的方法，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 同一性的氨基酸序列SEQ ID NO :408、SEQ ID NO :409、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO 411、SEQID NO :412、SEQ ID NO :413、SEQ ID NO :414、SEQ ID NO :415、SEQ ID NO :416、 SEQ ID NO :417 或 SEQ ID NO :418。
45.權利要求37-39中任一項的方法，其中所述組合物還包含特異性結合至少一種第二多肽的抗體，其中所述第二多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離，并且包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少85%相似性的氨基酸序列=SEQ ID NO :397、SEQ ID NO :398、SEQ ID NO 399、SEQID NO :400、SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、 SEQ ID NO :405, SEQ ID NO :406 或 SEQ ID NO :407。
46.權利要求45的方法，其中所述第二多肽包含與以下任一個的氨基酸序列具有至少 85% 相似性的氨基酸序列=SEQ ID NO :397、SEQ ID NO :398、SEQ ID NO :399、SEQ ID NO 400、SEQID NO :401、SEQ ID NO :402、SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、SEQ ID NO :405、 SEQ ID NO 406 或 SEQ ID NO :407。
47.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述組合物還包含特異性結合多肽的抗體，所述多肽可分離自當在不含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時的金黃色葡萄球菌，并且具有通過在十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠上電泳測定的以下分子量150kDa、292kDa、120kDa、75kDa、58kDa、50kDa、44kDa、43kDa、41kDa、40kDa ；或這類分離的多肽的組合。
48.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述受試者為哺乳動物。
49.權利要求48的方法，其中所述哺乳動物為人。
50.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述葡萄球菌屬為金黃色葡萄球菌。
51.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述抗體為多克隆抗體。
52.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述抗體為多克隆抗體。
53.權利要求34-39中任一項的方法，其中所述抗體為單克隆抗體。
54.一種用于檢測特異性結合多肽的抗體的試劑盒，所述試劑盒在分開的容器中包括與SEQ ID NO :408或SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少80%序列相似性的分離多肽；和檢測特異性結合所述多肽的抗體的試劑。
55.權利要求M或權利要求41的方法，其中具有88kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的88kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；其中具有55kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的55kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；其中具有38kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的38kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；其中具有37kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的37kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；其中具有36kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的36kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；其中具有35kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的35kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離；和其中具有33kDa分子量的分離多肽具有以下質量指紋，其與由金黃色葡萄球菌ATCC菌株19636表達的33kDa多肽的質量指紋有至少80%相似性，其中所述多肽可分離自當在包含鐵螯合劑的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時的金黃色葡萄球菌，并且當在沒有鐵螯合劑的培養(yǎng)基中生長時不可分離。
56.一種組合物，其包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與SEQ ID NO :397的氨基酸序列具有至少92%的序列相似性，條件是若所述分離的多肽在氨基末端包括一個或多個另外的氨基酸，則與SEQ ID NO 399的H6位氨基酸相比，所述一個或多個另外的氨基酸包括至少一種氨基酸缺失或至少一種氨基酸取代。
57.一種組合物，其包含特異性結合分離的多肽的抗體，所述分離的多肽與SEQ ID NO :408的氨基酸序列具有至少98%的序列相似性，條件是若所述分離的多肽在氨基末端包括一個或多個另外的氨基酸，則與SEQ ID NO :415的1-5位氨基酸相比，所述一個或多個另外的氨基酸包括至少一種氨基酸缺失或至少一種氨基酸取代。
全文摘要
本發(fā)明提供可自葡萄球菌屬分離的分離多肽。本發(fā)明亦提供包含一種或多種所述多肽的組合物、用于制備所述多肽的方法及用于使用所述多肽的方法。
文檔編號C07K14/00GK102448489SQ201080023599
公開日2012年5月9日 申請日期2010年3月23日 優(yōu)先權日2009年3月23日
發(fā)明者D·M·凱特倫, L·L·赫倫-奧爾森 申請人:埃皮托皮克斯有限責任公司