專利名稱：：抗蛋白質(zhì)酪氨酸激酶7(ptk7)的人單克隆抗體及其用途的制作方法抗蛋白質(zhì)酪氨酸激酶7(PTK7)的人單克隆抗體及其用途相關(guān)申請本申請要求享有2005年12月8日提交的美國臨時申請序號60/748,373的優(yōu)先權(quán)，該申請引入本文作為參考。
背景技術(shù)：
：受體酪氨酸激酶(RTK)是將生物信號從胞外環(huán)境傳送到細(xì)胞內(nèi)部的跨膜信號蛋白質(zhì)。RTK信號的調(diào)節(jié)對于細(xì)胞生長、分化、軸突生長、上皮生長、發(fā)育、粘附、遷移和凋亡的調(diào)節(jié)是重要的(Prenzel等.(2001)We/W.Orncw&11-31;Hubbard和Till(2000)Aev.S/oc/^肌巡:373-98)。已知RTK與幾種癌癥形式的發(fā)展和進(jìn)展有關(guān)。在大多數(shù)與RTK相關(guān)的癌癥中，存在該受體蛋白質(zhì)的擴(kuò)增而不是基因突變(Kobus和Fleming(2005)5/oc/^Am、^y44:1464-70)。蛋白質(zhì)酪氨酸激酶7(PTK7)是受體蛋白質(zhì)酪氨酸激酶家族的一個成員，它首先從正常人黑素細(xì)胞中分離，并且通過RT-PCR克隆(Lee等，(1993)O"cog匿&3403-10;Park等，(1996)丄119:235-9)。單獨(dú)地，從人結(jié)腸癌來源的細(xì)胞系中克隆了該基因，并將其命名為結(jié)腸癌激酶4(CCK4)(Mossie等.(1995)(9"coge"eii:2179-84)。PTK7屬于RTK的一個亞組，它缺乏可檢測到的催化酪氨酸激酶活性，但保留信號轉(zhuǎn)導(dǎo)活性，認(rèn)為它可能是作為細(xì)胞粘附分子起作用。發(fā)現(xiàn)PTK7的mRNA在結(jié)腸癌來源的細(xì)胞系中可變地表達(dá)，但是在成人結(jié)腸組織中不表達(dá)(Mossie等，同上)。在某些黑素瘤細(xì)胞系和黑素瘤活檢組織中也見到PTK7的表達(dá)(Easty等.(1997)/"r2i:1061-5)。發(fā)現(xiàn)了一種選擇性剪接形式在肝細(xì)胞瘤和結(jié)腸癌細(xì)胞中表達(dá)(Jung等.(2002)腸c/z/mw勿a1579:153-63)。另夕卜，發(fā)現(xiàn)PTK7在急性髓樣白血病標(biāo)本中高度過量表達(dá)(Muller-Tidow等,(2004)C7z>7.Omcw7^.M:1241-9)。通過免疫組化分析，在乳腺癌、結(jié)腸癌、肺癌、胰腺癌、腎癌和膀胱癌中觀察到PTK7的腫瘤特異性染色，如PCT公布WO04/17992所述。因此，需要識別PTK7的藥劑以及使用這種藥劑的方法。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明提供與PTK7結(jié)合并且表現(xiàn)出許多所需特性的分離的單克隆抗體，特別是人單克隆抗體。這些特性包括與人PTK7高親和力結(jié)合，以及與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞結(jié)合。還提供了應(yīng)用本發(fā)明的抗體和組合物治療多種PTK7介導(dǎo)的疾病的方法。在一個方面，本發(fā)明涉及一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其中該抗體(a)與人PTK7特異性結(jié)合；且(b)與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞系(ATCC保藏號CRL-1441)結(jié)合。優(yōu)選地，該抗體為人抗體，但是在替代實(shí)施方案中，該抗體也可以是鼠抗體、嵌合抗體或人源化抗體。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，該抗體以4.0nM或更低的EC5o與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞結(jié)合，或者以3.5nM或更低的EC5o與維爾姆斯腫瘤細(xì)胞結(jié)合。在另一實(shí)施方案中，所述抗體與選自下組的癌細(xì)胞系結(jié)合A-431(ATCC保藏號CRL畫1555)、Saos-2(ATCC保藏號HTB-85)、SKOV-3(ATCC保藏號HTB-77)、PC3(ATCC保藏號CRL-1435)、DMS114(ATCC保藏號CRL-2066)、ACHN(ATCC保藏號CRL-1611)、LNCaP(ATCC保藏號CRL-1740)、DU145(ATCC保藏號HTB-81)、LoVo(ATCC保藏號CCL-229)和MIAPaCa-2(ATCC保藏號CRL-1420)細(xì)胞系。在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其中該抗體與參比抗體交叉竟?fàn)幗Y(jié)合PTK7，其中所述參比抗體(a)與人PTK7特異性結(jié)合；且(b)與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞系(ATCC保藏號CRL-1441)結(jié)合。在各種實(shí)施方案中，所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:5的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或者所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:6的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或者所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:7的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或者所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:8的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或者所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或者所述參比抗體包括(a)包含SEQIDNO:4的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:IO的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。在一個方面，本發(fā)明涉及一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人Vh3-30.3基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明還提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VhDP44基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明還提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人Vh3-33基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VKL15基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VKA10基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkA27基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。本發(fā)明進(jìn)一步提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkL6基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。一種優(yōu)選的組合包括:a)包含SEQIDNO:ll的重鏈可變區(qū)CDRl:〔b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;〔c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3;:d)包含SEQIDNO:23的輕鏈可變區(qū)CDR1:e)包含SEQIDNO:29的輕鏈可變區(qū)CDR2;:f)包含SEQIDNO:35的輕鏈可變區(qū)CDR3,另一種優(yōu)選的組合包括〔a)包含SEQIDNO:11的重鏈可變區(qū)CDR1;:b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;〔c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3;〔d)包含SEQIDNO:24的輕鏈可變區(qū)CDR1::e)包含SEQIDNO:30的輕鏈可變區(qū)CDR2;:f)包含SEQIDNO:36的輕鏈可變區(qū)CDR3,另一種優(yōu)選的組合包括和禾:口a)包含SEQIDNOb)包含SEQIDNOc)包含SEQIDNO12的重鏈可變區(qū)CDR116的重鏈可變區(qū)CDR220的重鏈可變區(qū)CDR3:口(d)包含SEQIDNO:25的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:31的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:37的輕鏈可變區(qū)CDR3。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:B的重鏈可變區(qū)CDR1(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:26的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:32的輕鏈可變區(qū)CDR2;禾(f)包含SEQIDNO:38的輕鏈可變區(qū)CDR3。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:13的重鏈可變區(qū)CDR1(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:27的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:33的輕鏈可變區(qū)CDR2;禾(f)包含SEQIDNO:39的輕鏈可變區(qū)CDR3。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:14的重鏈可變區(qū)CDR1:(b)包含SEQIDNO:18的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:22的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:28的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:34的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:40的輕鏈可變區(qū)CDR3。本發(fā)明其他優(yōu)選的抗體或其抗原結(jié)合部分包括(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū);和(b)包含SEQIDNO:5的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:6的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的重鏈可變區(qū);和(b)包含SEQIDNO:7的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū);和(b)包含SEQIDNO:8的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。另一種優(yōu)選的組合包括(a)包含SEQIDNO:4的氨基酸序列的重鏈可變區(qū);和(b)包含SEQIDNO:IO的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。本發(fā)明的抗體可以是，例如，如lgGl或IgG4同種型的全長抗體?；蛘?，這些抗體可以是抗體片段，如Fab或Fab，2片革殳或單鏈抗體。本發(fā)明還提供一種免疫偶聯(lián)物，其包含與諸如細(xì)胞毒素或放射性同位素等治療劑連接的本發(fā)明的抗體或其抗原結(jié)合部分。本發(fā)明還提供一種雙特異性分子，其包含與第二功能部分連接的本發(fā)明的抗體或其抗原結(jié)合部分，該第二功能部分具有與該抗體或其抗原結(jié)合部分不同的結(jié)合特異性。特異性分子和藥物可接受的載體的組合物。以及包含這些核酸的表達(dá)載體，包含這些表達(dá)載體的宿主細(xì)胞。而且，本發(fā)明提供一種含有人免疫球蛋白重鏈和輕鏈轉(zhuǎn)基因的轉(zhuǎn)基因小鼠，其中該小鼠表達(dá)本發(fā)明的抗體，以及由這種小鼠制備的雜交瘤，其中該雜交瘤產(chǎn)生本發(fā)明的抗體。在另一方面，本發(fā)明提供一種治療或預(yù)防以表達(dá)PTK7的腫瘤細(xì)胞生長為特征的疾病的方法，包括給受試者施用有效治療或預(yù)防該疾病的量的本發(fā)明的抗體或其抗原結(jié)合部分。所述疾病可以是，例如，癌癥，例如結(jié)腸癌(包括小腸癌)、肺癌、乳腺癌、胰腺癌、黑素瘤(例如轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤)、急性髓樣白血病、腎癌、膀胱癌、卵巢癌禾口前列&,癌。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種應(yīng)用抗PTK7抗體在體內(nèi)治療癌癥的方法。該抗PTK7抗體可以是鼠、嵌合、人源化或人抗體。可以用本發(fā)明的方法治療的其它癌癥的例子包括腎癌(例如腎細(xì)胞癌)、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、腦瘤、慢性或急性白血病(包括急性淋巴細(xì)胞白血病(ALL)、成人T細(xì)胞白血病(T-ALL)、慢性髓樣白血病、急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病)、淋巴瘤(例如何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤、淋巴細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性CNS淋巴瘤、T細(xì)胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤(ALCL)、皮膚T細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)節(jié)性小卵裂細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、倫納特淋巴瘤、免疫母細(xì)胞性淋巴瘤、T細(xì)胞白血病/'淋巴瘤(ATLL)、中心母細(xì)胞/中心細(xì)胞性(cb/cc)濾泡性淋巴瘤、B系彌漫性大細(xì)胞淋巴瘤、血管免疫母細(xì)胞性淋巴結(jié)病(AILD)-樣T細(xì)胞淋巴瘤和HIV相關(guān)體腔淋巴瘤)、胚胎性癌、未分化鼻咽癌(例如施明克瘤)、卡斯?fàn)柭?、卡波西肉瘤、多發(fā)性骨髓瘤、沃爾登斯特倫巨球蛋白血癥和其他B細(xì)胞'淋巴瘤、鼻咽癌、骨癌、皮膚癌、頭頸癌、皮膚或眼內(nèi)惡性黑素瘤、子宮癌、直腸癌、肛區(qū)癌、胃癌、睪丸癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內(nèi)膜癌、子宮頸癌、陰道癌、陰戶癌、食道癌、小腸癌、內(nèi)分泌系統(tǒng)癌、曱狀腺癌、曱狀旁腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、兒童實(shí)體瘤、膀胱癌、腎或輸尿管癌、腎盂癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)腫瘤、腫瘤血管發(fā)生、脊柱腫瘤、腦干神經(jīng)膠質(zhì)瘤、垂體腺瘤、表皮狀癌、鱗狀細(xì)胞癌、環(huán)境誘發(fā)的癌癥(包括石棉誘發(fā)的癌癥，例如間皮瘤)，和所述癌癥的組合。通過下面的詳述和實(shí)施例，本發(fā)明的其他特征和優(yōu)點(diǎn)將是顯而易見的，該詳述和實(shí)施例不應(yīng)理解為限制性的。貫穿本申請中引用的所有參考文獻(xiàn)、Genbank項、專利和公布的專利申請的內(nèi)容均在此處特別引入作為參考。圖1A顯示3G8和3G8a人單克隆抗體重鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:41)和氨基酸序列(SEQIDNO:1)。勾畫出了CDR1(SEQIDNO:11)、CDR2(SEQIDNO:15)和CDR3(SEQIDNO:〗9)區(qū)，并指出了V、D和J的種系來源。圖1B顯示3G8人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核香酸序列(SEQIDNO:45)和氨基酸序列(SEQIDNO:5)。勾畫出了CDR1(SEQIDNO:23)、CDR2(SEQIDNO:29)和CDR3(SEQIDNO:35)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖lC顯示3G8a人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:46)和氨基酸序列(SEQIDNO:6)。勾畫出了CDRl(SEQIDNO:24)、CDR2(SEQIDNO:30)和CDR3(SEQIDNO:36)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖2A顯示4D5人單克隆抗體重鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:42)和氨基酸序列(SEQIDNO:2)。勾畫出了CDRl(SEQIDNO:12)、CDR2(SEQIDNO:16)和CDR3(SEQIDNO:20)區(qū)，并指出了V、D和J的種系來源。圖2B顯示4D5人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:47)和氨基酸序列(SEQIDNO:7)。勾畫出了CDRl(SEQIDNO:25)、CDR2(SEQIDNO:31)和CDR3(SEQIDNO:37)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖3A顯示12C6人單克隆抗體重鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:43)和氨基酸序列(SEQIDNO:3)。勾畫出了CDRl(SEQIDNO:13)、CDR2(SEQIDNO:17)和CDR3(SEQIDNO:21)區(qū)，并指出了V、D和J的種系來源。圖3B顯示12C6人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:48)和氨基酸序列(SEQIDNO:8)。勾畫出了CDRl(SEQIDNO:26)、CDR2(SEQIDNO:32)和CDR3(SEQIDNO:38)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖3C顯示12C6a人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:49)和氨基酸序列(SEQIDNO:9)。勾畫出了CDR1(SEQIDNO:27)、CDR2(SEQIDNO:33)和CDR3(SEQIDNO:39)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖4A顯示7C8人單克隆抗體重鏈可變區(qū)的核普酸序列(SEQIDNO:44)和氨基酸序列(SEQIDNO:4)。勾畫出了CDR1(SEQIDNO:14)、CDR2(SEQIDNO:18)和CDR3(SEQIDNO:22)區(qū)，并指出了V、D和J的種系來源。圖4B顯示7C8人單克隆抗體輕鏈可變區(qū)的核苷酸序列(SEQIDNO:50)和氨基酸序列(SEQIDNO:10)。勾畫出了CDR1(SEQIDNO:28)、CDR2(SEQIDNO:34)和CDR3(SEQIDNO:40)區(qū)，并指出了V和J的種系來源。圖5顯示3G8(SEQIDNO:1)和3G8a(SEQIDNO:l)的重鏈可變區(qū)氨基酸序列與人種系VH3-30.3氨基酸序列(SEQIDNO:51)的比對(JH4b種系作為SEQIDNO:59^>開)。圖6顯示4D5的重鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:2)與人種系VH3-30.3氨基酸序列(SEQIDNO:51)的比對(JH4b種系作為SEQIDNO:60公開)。圖7顯示12C6(SEQIDNO:3)和12C6a(SEQIDNO:2)的重鏈可變區(qū)氨基酸序列與人種系VHDP44氨基酸序列(SEQIDNO:52)的比對(3-7、3-23和JH4b種系分別作為SEQIDNO:61-63公開)。圖8顯示7C8的重鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:4)與人種系VH3-33氨基酸序列(SEQIDNO:53)的比對(JH6b種系作為SEQIDNO:64公開)。圖9顯示3G8(SEQIDNO:5)和3G8a(SEQIDNO:6)的輕鏈可變區(qū)氨基酸序列與人種系VKL15氨基酸序列(SEQIDNO:54)的比對(JKl種系作為SEQIDNO:65公開)。圖10顯示4D5的輕鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:7)與人種系VKA10氨基酸序列(SEQIDNO:55)的比對(JK5種系作為SEQIDNO:66公開)。圖11顯示12C6的輕鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:8)與人種系VkA27氛基酸序列(SEQIDNO:56)的比對(JK2種系作為SEQIDNO:67公開)。圖12顯示12C6a的輕鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:9)與人種系VkL15氨基酸序列(SEQIDNO:54)的比對(JK2種系作為SEQIDNO:68公開)。圖13顯示7C8的輕鏈可變區(qū)氨基酸序列(SEQIDNO:10)與人種系VKL6氨基酸序列(SEQIDNO:57)的比對(JK3種系作為SEQIDNO:69公開)。圖14顯示流式細(xì)胞實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7的人單克隆抗體圖15顯示ELISA實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7的人單克隆抗體與PTK7特異性結(jié)合。圖16顯示流式細(xì)胞實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7抗體與維爾姆斯腫瘤細(xì)胞的細(xì)胞表面結(jié)合。圖17顯示流式細(xì)胞實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7抗體與多種癌細(xì)胞系的細(xì)胞表面結(jié)合。圖18顯示流式細(xì)胞實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7抗體與樹突細(xì)胞的細(xì)胞表面結(jié)合。圖19顯示流式細(xì)胞實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7抗體與CD4+和CD8+T淋巴細(xì)胞結(jié)合，而不與B淋巴細(xì)胞結(jié)合。圖20顯示Hum-Zap內(nèi)化實(shí)驗的結(jié)果，證明抗人PTK7的人單克隆抗體可以內(nèi)化到PTK7+細(xì)胞內(nèi)。(A)人抗體3G8、4D5和7C8向維爾姆斯腫瘤細(xì)胞內(nèi)的內(nèi)化。(B)人抗體12C6向維爾姆斯胂瘤細(xì)胞內(nèi)的內(nèi)化。(C)人抗體7C8和12C6向A-431胂瘤細(xì)胞內(nèi)的內(nèi)化。(D)人抗體7C8和12C6向PC3肺瘤細(xì)胞內(nèi)的內(nèi)化。圖21顯示細(xì)胞增殖試驗的結(jié)果，證明與毒素偶聯(lián)的人單克隆抗PTK7抗體能殺死人腎癌細(xì)胞系。圖22顯示細(xì)胞增殖試驗的結(jié)果，證明與毒素偶聯(lián)的人單克隆抗PTK7抗體能殺死表達(dá)從低水平到高水平的PTK7的細(xì)胞系。圖23顯示侵占試驗的結(jié)果，證明抗PTK7抗體抑制在細(xì)胞表面上表達(dá)PTK7的細(xì)胞的侵占移動性。圖24顯示體內(nèi)腫瘤異種移植研究的結(jié)果，證明與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體延緩了胰腺癌的肺瘤生長進(jìn)展。圖25顯示體內(nèi)腫瘤異種移植研究的結(jié)果，證明與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體延緩了乳腺癌的肺瘤生長進(jìn)展。發(fā)明詳述在一個方面，本發(fā)明涉及與PTK7特異性結(jié)合的分離的單克隆抗體，特別是人單克隆抗體。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體表現(xiàn)出一種或多種所需的功能性質(zhì)，例如與PTK7的高親和力結(jié)合，和/或在體外或體內(nèi)抑制肺瘤細(xì)胞生長的能力。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體來源于特定重鏈和輕鏈種系序列，和/或包含特定結(jié)構(gòu)特征，如包含特定氨基酸序列的CDR區(qū)。本發(fā)明提供分離的抗體、制備該抗體的方法、含有該抗體的免疫偶聯(lián)物和雙特異性分子、和含有本發(fā)明的抗體、免疫偶聯(lián)物或雙特異性分子的藥物組合物。本發(fā)明還涉及利用該抗體(例如)治療疾病如癌癥的方法。為了使本發(fā)明更容易理解，首先定義了一些術(shù)語。其他的定義在發(fā)明詳述內(nèi)容中說明。術(shù)語"PTK7"和"CCK4"可以互換使用，包括人PTK7的變體、同工型和物種同源物。因此，在某些情況中，本發(fā)明的人抗體可以與來自除人以外的物種的PTK7交叉反應(yīng)。在某些實(shí)施方案中，所述抗體可能對一種或多種人PTK7具有完全特異性，并且可能不顯示物種或其他類型的非人交叉反應(yīng)性。示例性人PTK7的完整氨基酸序列的Genbank登錄號為NM—002821(SEQIDNO:58)。術(shù)語"免疫應(yīng)答"是指例如淋巴細(xì)胞、抗原呈遞細(xì)胞、吞噬細(xì)胞、和補(bǔ)體)的作用，該^乍用導(dǎo)致選擇口性損傷、破壞或從人體中清除侵入的病原體、被病原體感染的細(xì)胞或組織、癌細(xì)胞，或(在自身免疫或病理性炎癥的情況下)正常人細(xì)胞或組織。"信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑"是指在信號從一個細(xì)胞的一部分向一個細(xì)胞的另一部分傳送中起作用的多種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)分子之間的生化關(guān)系。本文使用的短語"細(xì)胞表面受體"包括，例如，能夠接收信號和跨過細(xì)胞質(zhì)膜傳播這種信號的分子和分子復(fù)合物。本發(fā)明的"細(xì)胞表面受體"的一個例子是PTK7受體。本文提到的術(shù)語"抗體"包括完整抗體及其任何抗原結(jié)合片段(即"抗原結(jié)合部分")或單鏈。"抗體"是指包含通過二硫鍵互相連接在一起的至少兩條重(H)鏈和兩條輕(L)鏈的糖蛋白，或其抗原結(jié)合部分。每條重鏈由重鏈可變區(qū)(在此縮寫為VH)和重鏈恒定區(qū)組成。重鏈恒定區(qū)由三個結(jié)構(gòu)域Cm、Ch2和Ch3組成。每條輕鏈由輕鏈可變區(qū)(在此縮寫為VO和輕鏈恒定區(qū)組成。輕鏈恒定區(qū)由一個結(jié)構(gòu)域Cii且成。Vh和V^區(qū)可進(jìn)一步再分為高變區(qū)，稱為互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)，CDR散布在被稱為構(gòu)架區(qū)(FR)的更加保守的區(qū)域中。每個Vh和Vl均由三個CDR和四個FR組成，它們從氨基端向羧基端以如下順序排列FR1，CDR1，F(xiàn)R2,CDR2,FR3,CDR3，F(xiàn)R4。重鏈和輕鏈的可變區(qū)含有可與抗原相互作用的結(jié)合結(jié)構(gòu)域?？贵w的恒定區(qū)可以介導(dǎo)免疫球蛋白與宿主組織或因子的結(jié)合，該宿主組織或因子包括免疫系統(tǒng)的各種細(xì)胞(例如效應(yīng)細(xì)胞)和經(jīng)典補(bǔ)體系統(tǒng)的第一成分(Clq)。本文所用的術(shù)語抗體的"抗原結(jié)合部分"(或簡稱為"抗體部分")是指保留與抗原(例如PTK7)特異性結(jié)合的能力的抗體的一個或多個片段。已證明抗體的抗原結(jié)合功能可由全長抗體的片段來行使。術(shù)語抗體的"抗原結(jié)合部分"中所包括的結(jié)合片段的例子包括(i)Fab片段，即由Vl、Vh、CL和CHi結(jié)構(gòu)域組成的單價片段；(ii)F(ab，)2片段，即包含在鉸鏈區(qū)處通過二硫鍵連接的兩個Fab片段的雙價片段；(iii)Fab'(Pauled.,3rded.1993);(iv)由VH和CHi結(jié)構(gòu)域組成的Fd片段；(v)由抗體單臂的Vl和Vh結(jié)構(gòu)域組成的Fv片段；(vi)由Vh結(jié)構(gòu)域組成的dAb片段(Ward等(1989)Nature341:544-546);(vii)分離的互補(bǔ)決定區(qū)(CDR);和(viii)納米抗體(nanobody),即，含有單可變域和兩個恒定域的重鏈可變區(qū)。此外，盡管Fv片段的兩個結(jié)構(gòu)域Vt和VH由單獨(dú)的基因編碼，但是它們可以利用重組方法通過合成連接體連接在一起，該連接體使它們能夠制成一條蛋白質(zhì)鏈，其中Vl和VH區(qū)配對構(gòu)成單價分子(稱為單鏈Fv(scFv);參見，例如Bird等(1988)Science242:423-426;和Huston等(1988)Pro"Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883)。這種單鏈抗體也包括在術(shù)語抗體的"抗原結(jié)合部分"內(nèi)。這些抗體片段用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的常規(guī)技術(shù)獲得，并用與完整抗體相同的方法對這些片段的實(shí)用性進(jìn)行篩選。本文使用的"分離的抗體"是指基本不含具有不同抗原特異性的其他抗體的抗體(例如，與PTK7特異性結(jié)合的分離的抗體基本不含與除PTK7以外的抗原特異性結(jié)合的抗體)。但是，與PTK7特異性結(jié)合的分離的抗體與諸如來自其他物種的PTK7分子等其他抗原可能具有交叉反應(yīng)性。而且，分離的抗體可基本不含其他細(xì)胞材料和/或化學(xué)物質(zhì)。本文使用的術(shù)語"單克隆抗體"或"單克隆抗體組合物"是指單一分子組成的抗體分子的制劑。單克隆抗體組合物表現(xiàn)出對特定表位的單一結(jié)合特異性和親和性。本文使用的術(shù)語"人抗體"包括具有如下可變區(qū)的抗體，在該可變區(qū)中，構(gòu)架區(qū)和CDR區(qū)都源自人種系免疫球蛋白序列。而且，如果該抗體含有恒定區(qū)，則該恒定區(qū)也源自人種系免疫球蛋白序列。本發(fā)明的人抗體可包含并非由人種系免疫球蛋白序列編碼的氨基酸殘基(例如，通過體外隨機(jī)或位點(diǎn)特異性誘變或通過體內(nèi)體細(xì)胞突變引入的突變)。但是，本文使用的術(shù)語"人抗體"不包括其中源自另一哺乳動物種如d、鼠的種系的CDR序列已被移植到人構(gòu)架序列上的抗體。術(shù)語"人單克隆抗體"是指表現(xiàn)單一結(jié)合特異性的抗體，其具有其中構(gòu)架區(qū)和CDR區(qū)均源自人種系免疫球蛋白序列的可變區(qū)。在一個實(shí)施方案中，人單克隆抗體由雜交瘤產(chǎn)生，該雜交瘤包括與無限增殖化細(xì)胞融合的B細(xì)胞，該B細(xì)胞從具有含人重鏈轉(zhuǎn)基因和輕鏈轉(zhuǎn)基因的基因組的轉(zhuǎn)基因非人動物(例如轉(zhuǎn)基因小鼠)獲得。本文使用的術(shù)語"重組人抗體"包括通過重組方法制備、表達(dá)、產(chǎn)生或分離的所有人抗體，例如(a)從對于人免疫球蛋白基因而言為轉(zhuǎn)基因或轉(zhuǎn)染色體的動物(例如小鼠)或由該動物制備的雜交瘤(下文進(jìn)一步描述)中分離的抗體，(b)從經(jīng)轉(zhuǎn)化表達(dá)人抗體的宿主細(xì)胞如轉(zhuǎn)染瘤中分離的抗體，(c)從重組組合人抗體文庫中分離的抗體，和(d)通過包括將人免疫球蛋白基因序列剪接為其他DNA序列的任何其他方法制備、表達(dá)、產(chǎn)生或分離的抗體。這些重組人抗體具有其中構(gòu)架區(qū)和CDR區(qū)均源自人種系免疫球蛋白序列的可變區(qū)。但是在某些實(shí)施方案中，這些重組人抗體可以經(jīng)歷體外誘變(或者，當(dāng)使用人Ig序列的轉(zhuǎn)基因動物時，經(jīng)歷體內(nèi)體細(xì)胞誘變)，因此重組抗體的Vh和Vl區(qū)的氨基酸序列盡管是源自人種系Vh和Vl序列并與之相關(guān)的序列，1旦可能并非天然存在于體內(nèi)人抗體種系的所有組成成分(repertoire)中。本文使用的術(shù)語"同種型"是指由重鏈恒定區(qū)基因編碼的抗體類別(例如IgM或IgGl)。短語"識別抗原的抗體"和"抗原特異性抗體，，在此與術(shù)語"與抗原特異性結(jié)合的抗體"可互換使用。術(shù)語"人抗體衍生物"是指人抗體的任何修飾形式，例如抗體和其它試劑或抗體的偶聯(lián)物。術(shù)語"人源化抗體"是指其中來源于另外一種哺乳動物種如小鼠的種系的CDR序列已經(jīng)被移植到人構(gòu)架序列上的抗體。在人構(gòu)架序列內(nèi)也可以進(jìn)行其它的構(gòu)架區(qū)修飾。術(shù)語"嵌合抗體"是指其中可變區(qū)序列來源于一個物種而恒定區(qū)序列來源于另一個物種的抗體，例如其中可變區(qū)序列來源于小鼠抗體而恒定區(qū)序列來源于人抗體的抗體。本文使用的術(shù)語"與人PTK7特異性結(jié)合"的抗體是指以1x10;M或更低、更優(yōu)選5xl(r8M或更低、更優(yōu)選lxlO—SM或更低、更優(yōu)選5xl0—9M或更低的Kd與人PTK7結(jié)合的抗體。本文使用的術(shù)語"基本不結(jié)合"蛋白質(zhì)或細(xì)胞的意思是不與該蛋白質(zhì)或細(xì)胞結(jié)合或者不以高親和力與該蛋白質(zhì)或細(xì)胞結(jié)合，即，與該蛋白質(zhì)或細(xì)胞結(jié)合的KD為lxlO"M或更高、更優(yōu)選lxl(^M或更高、更優(yōu)選lxlO^M或更高、更優(yōu)選lxlO^M或更高、甚至更優(yōu)選lxlO々M或更高。本文使用的術(shù)語"K^。c"或"Ka"是指特定抗體-抗原相互作用的結(jié)合速率，而本文使用的術(shù)語"Kdis"或"Kd"是指特定抗體-抗原相互作用的解離速率。本文使用的術(shù)語"KD"是指解離常數(shù)，它是由Kd與Ka的比值獲得的(即Kd/Ka),表示為摩爾濃度(M)。抗體的Ko值可以用本領(lǐng)域建立的方法測定。測定抗體Kd的一種優(yōu)選方法是使用表面等離振子共振法，優(yōu)選使用生物傳感器系統(tǒng)，如8〖300^@系統(tǒng)。本文使用的術(shù)語IgG抗體的"高親和力"是指抗體對于靶抗原的KD為1(^M或更低、更優(yōu)選10^M或更低、甚至更優(yōu)選10'"M或更低。但是對于其他抗體同種型來說，"高親和力"結(jié)合可能不同。例如，對于IgM同種型來說，"高親和力"結(jié)合是指抗體具有10^M或更低、更優(yōu)選10』M或更低、甚至更優(yōu)選10一M或更低的KD。本文使用的術(shù)語"受試者，，包括任何人或非人類動物。術(shù)語"非人類動物，，包括所有脊推動物，例如哺乳動物和非哺乳動物，如非人靈長類動物、綿羊、狗、貓、馬、牛、雞、兩棲類動物、爬行類動物等。本申請的各個方面在下面的章節(jié)中進(jìn)一步詳細(xì)描述?？筆TK7抗體本發(fā)明的抗體的特征在于抗體的特定功能特征或特性。例如，這些抗體與PTK7特異性結(jié)合。優(yōu)選地，本發(fā)明的抗體以高親和力與PTK7結(jié)合，例如Ko為lxl(^M或更低。本發(fā)明的抗PTK7抗體優(yōu)選地顯示以下一個或多個特征(a)與人PTK7特異性結(jié)合；或者(b)與維爾姆斯胂瘤細(xì)胞系(ATCC保藏號CRL-1441)結(jié)合。優(yōu)選地，該抗體以5xl(rSM或更低的KD與人PTK7結(jié)合，以lxlO』M或更低的Kd與人PTK7結(jié)合，以5x1O一M或更低的Kd與人PTK7結(jié)合，以1x1(TSM至1x10"GM或更低的Kd與人PTK7結(jié)合。優(yōu)選地，該抗體以4.0nM或更低的EC5o與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞結(jié)合，或者以3.5nM或更低的EC5o與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞結(jié)合。評價抗體對PTK7的結(jié)合能力的標(biāo)準(zhǔn)試驗在本領(lǐng)域中是公知的，包括，例如ELISA、Western印跡分析和RIA?？贵w的結(jié)合動力學(xué)(例如結(jié)合親和力)也可以通過本領(lǐng)域/^知的標(biāo)準(zhǔn)試驗(如ELISA、Scatchard和Biacore分析)來評價。作為另外一個例子，本發(fā)明的抗體可以與腎癌肺瘤細(xì)胞系例如維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系結(jié)合。適用于評價上述任一特征的試驗在實(shí)施例中詳細(xì)描述。單克隆抗體3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8本發(fā)明的優(yōu)選抗體包括如實(shí)施例1和2所述分離并進(jìn)行結(jié)構(gòu)表征的人單克隆抗體3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8。本領(lǐng)域4支術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解抗體3G8和3G8a以及抗體12C6和12C6a具有相同的重鏈序列，而輕鏈序列不同。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的VH氨基酸序列分別顯示在SEQIDNO:1(3G8和3G8a)、2(4D5)、3(12C6和12C6a)和4(7C8)中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的Vt氨基酸序列分別顯示在SEQIDNO:5、6、7、8、9和10中。鑒于這些抗體中的每一個都能夠與PTK7結(jié)合，逸些Vh和Vl序列可以"混合并匹配"，從而產(chǎn)生本發(fā)明的其他的抗PTK7結(jié)合分子。PTK7與這些"混合并匹配的，，抗體的結(jié)合可以用上文及實(shí)施例中所述的結(jié)合試驗(例如ELISA)來檢測。優(yōu)選地，當(dāng)VH和VL鏈混合并匹配時，來自特定V!/VL配對的Vh序列被替換為結(jié)構(gòu)上相似的Vh序列。同樣，優(yōu)選地，來自特定VH/V^配對的VL序列被替換為結(jié)構(gòu)上相似的VL序列。因此，在一個方面，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包括(a)包含選自SEQIDNO:1、2、3和4的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含選自SEQIDNO:5、6、7、8、9和10的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。優(yōu)選的重鏈和輕鏈組合包括(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:5的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:6的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或(a)包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:7的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:8的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)；或(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:9的氨基酸序列的輕《連可變區(qū)；或(a)包含SEQIDNO:4的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:IO的氨基酸序列的輕《連可變區(qū)。在另一方面，本發(fā)明提供包含3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的重鏈和輕鏈CDR1、CDR2和CDR3或其組合的抗體。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的vhCDR1的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:11(3G8和3G8a)、12(4D5)、13(12C6和12C6a)和14(7C8)中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的vhCDR2的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:15(3G8和3G8a)、16(4D5)、17(12C6和12C6a)和18(7C8)中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的VhCDR3的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:19(3G8、3G8a)、20(4D5)、21(12C6和12C6a)和22(7C8)中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的vkCDR1的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:23、24、25、26、27和28中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的VkCDR2的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:29、30、31、32、33和34中。3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的VKCDR3的氨基酸序列分別示于SEQIDNO:35、36、37、38、39和40中。CDR區(qū)用Kabat系統(tǒng)(Kabat,E.A.等(1991)SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,第五片反,U.S.DepartmentofHealthandHumanServices,NIH出版號91-3242)勾畫出。鑒于這些抗體均能與PTK7結(jié)合，并且抗原結(jié)合特異性主要是由CDR1、CDR2和CDR3區(qū)提供的，VHCDR1、CDR2和CDR3序列與VKCDR1、CDR2和CDR3序列可以"混合并匹配"(即來自不同抗體的CDR可以混合并匹配，但是每個抗體必須含有vhCDR1、CDR2和CDR3和VkCDR1、CDR2和CDR3),以產(chǎn)生本發(fā)明的其他的抗PTK7結(jié)合分子。PTK7與這些"混合并匹配的，，抗體的結(jié)合可以用上文及實(shí)施例中所述的結(jié)合試驗(例如ELISA、Biacore分析)檢測。優(yōu)選地，當(dāng)VHCDR序列混合并匹配時，來自特定Vh序列的CDR1、CDR2和/或CDR3序列被替換為結(jié)構(gòu)上相似的CDRyf列。同樣，當(dāng)VkCDR^列混合并匹配時，來自特定Vk序列的CDR1、CDR2和/或CDR3序列優(yōu)選地被替換為結(jié)構(gòu)上相似的CDR序列。對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言顯而易見的是，通過將一個或多個Vh和/或VlCDR區(qū)序列替換為來自此處公開的單克隆抗體3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的CDR序列的結(jié)構(gòu)上相似的序列，可以產(chǎn)生新的Vh和Vl序列。因此，在另一個方面，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包括(a)包含選自SEQIDNO:11、12、13和14的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)CDR1;(b)包含選自SEQIDNO:15、16、17和18的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含選自SEQIDNO可變區(qū)CDR3;(d)包含選自SEQIDNO列的輕鏈可變區(qū)CDRl;0)包含選自SEQIDNO列的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含選自SEQIDNO列的輕鏈可變區(qū)CDR3;其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:ll的重鏈可變區(qū)CDRl;(b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:23的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:29的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:35的輕鏈可變區(qū)CDR3。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:ll的重鏈可變區(qū)CDR1;(b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:24的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:30的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:36的輕鏈可變區(qū)CDR3。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:12的重鏈可變區(qū)CDR1;(b)包含SEQIDNO:16的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:20的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:25的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:31的輕鏈可變區(qū)CDR2;和:19、20、21和22的氨基酸序列的重鏈:23、24、25、26、27和28的氨基酸序:29、30、31、32、33和34的氨基酸序:35、36、37、38、39和40的氨基酸序(f)包含SEQIDNO:37的輕鏈可變區(qū)CDR3。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:13的重鏈可變區(qū)CDR1;(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:26的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:32的輕鏈可變區(qū)CDR2;矛(f)包含SEQIDNO:38的輕鏈可變區(qū)CDR3。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:13的重鏈可變區(qū)CDR1:(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:27的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:33的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:39的輕鏈可變區(qū)CDR3。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，該抗體包括(a)包含SEQIDNO:14的重鏈可變區(qū)CDR1:(b)包含SEQIDNO:18的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:22的重鏈可變區(qū)CDR3:(d)包含SEQIDNO:28的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:34的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:40的輕鏈可變區(qū)CDR3。本領(lǐng)域公知，不依賴于CDR1和/或CDR2域，單獨(dú)的CDR3域即可以決定抗體對于同源抗原的結(jié)合特異性，并且基于共同的CDR3序列可以預(yù)測性地產(chǎn)生具有相同結(jié)合特異性的多種抗體。參見，例如，KIimka等，5r/^/zo/C""cer83(2):252-260(2000)(描述了僅使用鼠抗-CD30抗體Ki-4的重鏈可變域CDR3產(chǎn)生人源化抗-CD30抗體)；Beiboer等，J.Mo/所o/.296:833-849(2000)(描述了僅使用親本鼠MOC-31抗-EGP-2抗體的重鏈CDR3序列產(chǎn)生重組上皮糖蛋白-2(EGP畫2)抗體)；Rader等,尸亂淑/.t/.&A95:8910-8915(1998)(描述了使用鼠抗整聯(lián)蛋白avP3抗體LM609的重鏈和輕鏈可變CDR3域的一組人源化抗整聯(lián)蛋白0CvP3抗體，其中每個成員抗體在CDR3域之外含有不同的序列，并且能夠與親本鼠抗體結(jié)合相同的表位，其親和力與親本鼠抗體一樣高或更高)；Barbas等，J.j附.CTzew.5bc.116:2161-2162(1994)(公開了CDR3域?qū)乖Y(jié)合提供了最重要的貢獻(xiàn))；Barbas等,尸陋,淑/.爿c^/.t/.D.92:2529-2533(1995)(描述了三種抗人胎盤DNA的Fab(SI-1、SI-40和SI-32)的重鏈CDR3序列向抗破傷風(fēng)類毒素Fab的重鏈上的移植，由此替換了存在的重鏈CDR3，并且證明單獨(dú)的CDR3提供結(jié)合特異性)；和Ditzel等，乂/mwwwo/.157:739-749(1996)(描述了移植研究，其中僅向單特異性IgG破傷風(fēng)類毒素結(jié)合Fabp313抗體的重鏈轉(zhuǎn)移親本多特異性FabLNA3的重鏈CDR3足以保留親本Fab的結(jié)合特異性)。上述每一參考文獻(xiàn)都全文引入作為參考。因此，本發(fā)明提供包含一個或多個來自人或非人動物來源的抗體的重鏈和/或輕鏈CDR3域的單克隆抗體，其中該單克隆抗體能夠與PTK7特異性結(jié)合。在某些方面，本發(fā)明提供包含一個或多個來自非人抗體如小鼠或大鼠抗體的重鏈和/或輕鏈CDR3域的單克隆抗體，其中該單克隆抗體能夠與PTK7特異性結(jié)合。在某些實(shí)施方案中，這些包含一個或多個來自非人抗體的重鏈和/或輕鏈CDR3域的本發(fā)明的抗體與相應(yīng)的親本非人抗體(a)能夠竟?fàn)幗Y(jié)合；(b)保留功能特性；(c)結(jié)合相同的表位；和/或(d)具有類似的結(jié)合親和力。在其他方面，本發(fā)明提供包含一個或多個來自人抗體(例如從非人動物獲得的人抗體)的重鏈和/或輕鏈CDR3域的單克隆抗體，其中該人抗體能夠與PTK7特異性結(jié)合。在其他方面，本發(fā)明提供包含一個或多個來自第一人抗體(例如從非人動物獲得的人抗體)的重鏈和/或輕鏈CDR3域的單克隆抗體，其中該第一人抗體能夠與PTK7特異性結(jié)合，并且其中來自該第一人抗體的CDR3域代替了缺乏對PTK7的結(jié)合特異性的人抗體中的CDR3域，從而產(chǎn)生能夠與PTK7特異性結(jié)合的第二人抗體。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的包含一個或多個來自第一人抗體的重鏈和/或輕鏈CDR3域的抗體與相應(yīng)的親本第一人抗體(a)能夠竟?fàn)幗Y(jié)合；(b)保留功能特性；(c)結(jié)合相同的表位；和/或(d)具有類似的結(jié)合親和力。在優(yōu)選實(shí)施方案中，第一人抗體是3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8。具有特定種系序列的抗體在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體包含來自特定種系重鏈免疫球蛋白基因的重鏈可變區(qū)和/或來自特定種系輕鏈免疫球蛋白基因的輕《連可變區(qū)。例如，在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VH3-30.3基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VhDP44基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人Vh3-33基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkL15基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkA10基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkA27基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkL6基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合、優(yōu)選與人PTK7特異性結(jié)合。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其中該抗體(a)包含來源于人Vh3-30.3、DP44或3-33基因(所述基因分別編碼SEQIDNO:51、52或53所示的氨基酸序列)或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)；(b)包含來源于人VkL15、AIO、A27或L6基因(所述基因分別編碼SEQIDNO:54、55、56或57所示的氨基酸序列)或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)；且(c)與PTIC7特異性結(jié)合。分別具有Vh3-30.3和VkL15的Vh和Vk的抗體的例子是3G8和3G8a。分別具有VH3-30.3和VkA10的VH和VK的抗體的例子是4D5。分別具有VhDP44和VkA27的Vh和Vk的抗體的例子是12C6。分別具有VHDP44和VkL15的VH和VK的抗體的例子是12C6。分別具有Vh3-33和VkL6的Vh和Vk的抗體的例子是7C8。在本文中，如果一種人抗體的可變區(qū)是從使用人種系免疫球蛋白基因的系統(tǒng)中獲得的，則該人抗體包含"來源于"特定種系序列或"作為其產(chǎn)物"的重鏈或輕鏈可變區(qū)。這樣的系統(tǒng)包括用目標(biāo)抗原免疫攜帶人免疫球蛋白基因的轉(zhuǎn)基因小鼠，或者用目標(biāo)抗原篩查展示在噬菌體上的人免疫球蛋白基因文庫。"來源于"人種系免疫球蛋白序列或"作為其產(chǎn)物，，的人抗體可以這樣鑒定將該人抗體的氨基酸序列與人種系免疫球蛋白的氨基酸序列進(jìn)行比較，選擇在序列上最接近于該人抗體序列(即有最高百分同一性)的人種系免疫球蛋白序列。"來源于"特定人種系免疫球蛋白序列或"作為其產(chǎn)物"的人抗體與該種系序列相比可能包含氨基酸差異，例如由于天然發(fā)生的體細(xì)胞突變或定點(diǎn)突變的有意引入而導(dǎo)致的氨基酸差異。但是，選擇的人抗體在氨基酸序列上與人種系免疫球蛋白基因編碼的氨基酸序列通常至少90%相同，并且含有當(dāng)與其他物種的種系免疫球蛋白氨基酸序列(例如鼠種系序列)相比較時確認(rèn)該人抗體屬于人類抗體的氨基酸殘基。在某些情況下，人抗體在氨基酸序列上與該種系免疫球蛋白基因編碼的氨基酸序列可以至少95%、或者甚至至少96%、97%、98%或99%相同。典型地，來源于特定人種系序列的人抗體顯示與該人種系免疫球蛋白基因編碼的氨基酸序列有不超過10個氨基酸的差異。在某些情況中，該人抗體可能顯示與該種系免疫球蛋白基因編碼的氨基酸序列有不超過5個、或者甚至不超過4、3、2或1個氨基酸的差異。同源抗體在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體包含的重鏈和輕鏈可變區(qū)含有與此處所述優(yōu)選抗體的氨基酸序列同源的氨基酸序列，并且其中該抗體保留了本發(fā)明抗PTK7抗體的所需功能特性。例如，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含重《連可變區(qū)和輕鏈可變區(qū)，其中(a)重鏈可變區(qū)包含與選自SEQIDNO:1、2、3和4的氨基酸序列至少80%同源的氨基酸序列；(b)輕鏈可變區(qū)包含與選自SEQIDNO:5、6、7、8、9和10的氨基酸序列至少80%同源的氨基酸序列；并且該抗體表現(xiàn)出一種或多種以下性質(zhì)(c)該抗體以1x10-7M或更低的Kd與人PTK7結(jié)合；(d)該抗體與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞系結(jié)合。在另外一些實(shí)施方案中，Vh和/或VL氨基酸序列可以與上述序列85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同源。具有與上述序列的Vh和Vl區(qū)高度(即80%或更高)同源的Vh和Vl區(qū)的抗體可以如下荻得誘變(例如定點(diǎn)誘變或PCR介導(dǎo)的誘變)編碼SEQIDNO:41、42、43、44、45、46、47、48、49和50的核酸分子，然后用此處所述的功能試驗檢測編碼的被改變抗體所保留的功能(即以上(c)和(d)中所述的功能)。如本文使用的，兩個氨基酸序列之間的百分同源性等同于兩個序列之間的百分同一性?？紤]為了兩個序列之間進(jìn)行最佳比對所需要引入的空位的數(shù)目和每個空位的長度后，兩個序列之間的百分同一性是這兩個序列共有的相同位點(diǎn)的數(shù)目的函數(shù)(即％同源性=相同位點(diǎn)的數(shù)目/位點(diǎn)的總數(shù)X100)。兩個序列之間的序列比較和百分同一性的確定可以如下面的非限制性實(shí)施例中所述用數(shù)學(xué)算法實(shí)現(xiàn)。兩個氨基酸序列之間的百分同一性可以用已經(jīng)整合入ALIGN程序(2.0版本)中的E.Meyers和W.Miller(Comput.Appl.Biosci.，4:11-17(1988))的算法來確定，其使用PAM120權(quán)重殘基表，空位長度罰分為12，空位罰分為4。另外，兩個氨基酸序列之間的百分同一性也可以用已經(jīng)整合入GCG軟件包(可從www.gcg.com獲得)的GAP程序中的Needleman和Wunsch(J.Mol.Biol.48:444-453(1970))的算法來確定，其使用Blossum62矩陣或PAM250矩陣，16、14、12、10、8、6或4的空位權(quán)重，和l、2、3、4、5或6的長度斥又重。另外或者可替代地，本發(fā)明的蛋白質(zhì)序列可以進(jìn)一步作為"查詢序列"用于進(jìn)行公共數(shù)據(jù)庫的檢索，例如鑒定相關(guān)序列。這種檢索可以用Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-10的XBLAST程序(2.0版本)進(jìn)行。BLAST蛋白質(zhì)檢索可以用XBLAST程序進(jìn)行，得分=50,字長=3,以獲得與本發(fā)明的抗體分子同源的氨基酸序列。為了獲得用于比專交目的的空位比對，可以采用如Altschul等(1997)NucleicAcidsRes.25(17):3389-3402所述的空位BLAST。當(dāng)釆用BLAST和空位BLAST程序時，可以使用各自程序(例如XBLAST和NBLAST)的缺省參數(shù)。(參見www.ncbi.nlm.nih.gov。)具有保守修飾的抗體在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體包括含CDR1、CDR2和CDR3序列的重鏈可變區(qū)和含CDR1、CDR2和CDR3序列的輕鏈可變區(qū)，其中這些CDR序列中的一個或多個包含基于本文所述優(yōu)選抗體(例如3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8)的特定氨基酸序列或其保守修飾，并且其中該抗體保留本發(fā)明抗PTK7抗體的所需功能特性。因此，本發(fā)明提供一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包括含CDR1、CDR2和CDR3序列的重鏈可變區(qū)和含CDR1、CDR2和CDR3序列的輕鏈可變區(qū)，其中(a)重鏈可變區(qū)CDR3序列包含選自SEQIDNO:19、20、21和22的氨基酸序列及其保守修飾的氨基酸序列；(b)輕鏈可變區(qū)CDR3序列包含選自SEQIDNO:35、36、37、38、39和40的氨基酸序列及其保守修飾的氨基酸序列；并且該抗體表現(xiàn)出一種或多種以下性質(zhì)(c)與人PTK7特異性結(jié)合；和(d)與維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系(ATCC保藏號CRL-1441)結(jié)合。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，重鏈可變區(qū)CDR2序列包含選自SEQIDNO:15、16、17和18的氨基酸序列和其保守^f奮飾的氨基酸序列；且輕鏈可變區(qū)CDR2序列包含選自SEQIDNO:29、30、31、32、33和34的氨基酸序列和其保守修飾的氨基酸序列。在另一優(yōu)選實(shí)施方案中，重鏈可變區(qū)CDR1序列包含選自SEQIDNO:11、12、13和14的氨基酸序列和其保守修飾的氨基酸序列；且輕鏈可變區(qū)CDR1序列包含選自SEQIDNO:23、24、25、26、27和28的氨基酸序列和其4呆守修飾的氨基酸序列。本文使用的術(shù)語"保守序列修飾"是指不會顯著影響或改變含該氨基酸序列的抗體的結(jié)合特性的氨基酸修飾。這樣的保守修飾包括氨基酸置換、添加和缺失?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域公知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，如定點(diǎn)誘變和PCR介導(dǎo)的誘變，向本發(fā)明抗體中引入修飾。保守氨基酸置換是將氨基酸殘基替換為具有相似側(cè)鏈的氨基酸殘基。具有相似側(cè)鏈的氨基酸殘基的家族在本領(lǐng)域中已經(jīng)定義。這些家族包括具有堿性側(cè)鏈(例如賴氨酸、精氨酸、組氨酸)、酸性側(cè)鏈(例如天冬氨酸、谷氨酸)、不帶電荷極性側(cè)鏈(例如甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)、非極性側(cè)鏈(例如丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)、(3-分支側(cè)鏈(例如蘇氨酸、纈氨酸、異亮氨酸)和芳族側(cè)鏈(例如酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、組氨酸)的氨基酸。因此，本發(fā)明抗體的CDR區(qū)內(nèi)的一個或多個氨基酸殘基可以—皮置換為來自相同側(cè)鏈家族的其他氨基酸殘基，并且可以利用本文所述的功能測定檢測改變的抗體所保留的功能(即，以上(c)和(d)中所述的功能)。與本發(fā)明的抗PTK7抗體結(jié)合相同表位的抗體在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供與本發(fā)明的任意PTK7單克隆抗體結(jié)合人PTK7上的相同表位的抗體(即能夠與本發(fā)明的任意單克隆抗體交叉竟?fàn)幗Y(jié)合PTK7的抗體)。在優(yōu)選實(shí)施方案中，用于交叉竟?fàn)幯芯康膮⒈瓤贵w可以是單克隆抗體3G8(具有分別如SEQIDNO:1和5所示的Vh和Vl序列)，或單克隆抗體3G8a(具有分別如SEQIDNO:1和6所示的Vh和Vl序列)，或單克隆抗體4D5(具有分別如SEQIDNO:2和7所示的Vh和V^序列)，或單克隆抗體12C6(具有分別如SEQIDNO:3和8所示的Vh和Vl序列)，或單克隆抗體12C6a(具有分別如SEQIDNO:3和9所示的Vh和V^序列)，或單克隆抗體7C8(具有分別如SEQIDNO:4和10所示的Vh和Vl序列)。這些交叉竟?fàn)幙贵w可以根據(jù)它們在標(biāo)準(zhǔn)PTK7結(jié)合測定中與3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8交叉竟?fàn)幍哪芰龛b定。例如，可以利用BIAcore分析、ELISA測定或流式細(xì)胞分析來證明與本發(fā)明抗體的交叉竟?fàn)?。被測試抗體抑制(例如)3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8與人PTK7結(jié)合的能力證明，該測試抗體可以與3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8竟?fàn)幗Y(jié)合人PTK7，因此與3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8相同地結(jié)合人PTK7上的相同表位。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，與3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8相同地結(jié)合人PTK7上的相同表位的抗體是人單克隆抗體。這些人單克隆抗體可以如實(shí)施例所述制備和分離。工程化抗體和^f奮飾的抗體本發(fā)明的抗體進(jìn)一步可以利用具有此處所公開的一種或多種VH和/或Vl序列的抗體作為起始材料來制備，以構(gòu)建一種修飾的抗體，個或兩個可變區(qū)(即VH和/或VO例如一個或多個CDR區(qū)內(nèi)和/或一個或多個構(gòu)架區(qū)內(nèi)的一個或多個殘基來工程改造抗體。另外或者可替代地，可以通過修飾恒定區(qū)內(nèi)的殘基來工程改造抗體，例如改變該抗體的效應(yīng)功能?？梢赃M(jìn)行的一種類型的可變區(qū)工程改造是CDR移植。抗體主要通過位于六個重鏈和輕鏈互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)中的氨基酸殘基與靶抗原相互作用。由于這個原因，CDR內(nèi)的氨基酸序列比CDR夕卜的序列在各個抗體之間更加多樣化。由于CDR^列負(fù)責(zé)大多數(shù)抗體-抗原相互作用，因此通過構(gòu)建如下的表達(dá)載體能夠表達(dá)模擬特定天然存在抗體的特性的重組抗體該表達(dá)載體包含來自特定天然存在抗體的CDRyf列，該CDR序列被移植到來自具有不同特性的不同抗體的構(gòu)架序列上(參見，例如，Riechmann，L.等(1998)Nature332:323-327;Jones，P.等(1986)Nature321:522-525;Queen，C.等(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.86:10029-10033;Winter的美國專利5，225,539，和Queen等的美國專利5,530,101;5,585,089;5，693,762和6,180，370)。因此，本發(fā)明的另一個實(shí)施方案涉及一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包括含CDR1、CDR2和CDR3序列的重鏈可變區(qū)，該CDR1、CDR2和CDR3序列分別包含選自SEQIDNO:11、12、13和14,SEQIDNO:15、16、17和18,和SEQIDNO:19、20、21和22的氨基酸序列，并且包括含CDR1、CDR2和CDR3序列的輕鏈可變區(qū)，該CDR1、CDR2和CDR3序列分別包含選自SEQIDNO:23、24、25、26、27和28,SEQIDNO:29、30、31、32、33和34,和SEQIDNO:35、36、37、38、39和40的氨基酸序列。因此，這些抗體含有單克隆抗體3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8的VH和VLCDR^列，但是可能含有與這些抗體不同的構(gòu)架序列。這些構(gòu)架序列可以從包括種系抗體基因序列的公共DNA數(shù)據(jù)庫或發(fā)表的參考文獻(xiàn)中獲得。例如，人重鏈和輕鏈可變區(qū)基因的種系DNA序列可以在以下資源中發(fā)現(xiàn)"VBase，，人種系序列數(shù)據(jù)庫(可從因特網(wǎng)上www.mrc-cpe.cam.ac.uk/vbase獲得),以及Kabat,E.A.等(1991)SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,第五版，U.S.DepartmentofHealthandHumanServices,NIH出X反號91-3242;Tomlinson,I.M.等(1992)"TheRepertoireofHumanGermlineVhSequencesRevealsaboutFiftyGroupsofVhSegmentswithDifferentHypervariableLoops"J.Mol.Biol.227:776-798;和Cox，J.P.L.等(1994)"ADirectoryofHumanGerm-lineVhSegmentsRevealsaStrongBiasintheirUsage"Eur.J.Immunol.24:827-836;其內(nèi)容均引入本文作為參考。作為另一個例子，人重鏈和輕鏈可變區(qū)基因的種系DNA序列可以在Genbank數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)。例如，在HCo7HuMAb小鼠中發(fā)現(xiàn)的下列重鏈種系序列可以根據(jù)如下Genbank登錄號獲得1-69(NG_0010109、NT—024637和BC070333)、3-33(NG—0010109和NT_024637)和3-7(NGJ)010109和NT—024637)。作為另一個例子，在HCo12HuMAb小鼠中發(fā)現(xiàn)的以下重鏈種系序列可以根據(jù)如下Genbank登錄號獲得1-69(NG—0010109、NT—024637和BC070333)、5-51(NG一0010109和NT—024637)、4-34(NG—0010109和NT—024637)、3-30.3()和3-23(AJ楊678)。使用一種被稱為缺口BLAST的序列相似性檢索方法(Altschul等人.(1997)7Vwc/e/cie化an:/225:3389-3402)將抗體蛋白質(zhì)序列與編譯的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，該方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。BLAST是一種啟發(fā)式算法，其中抗體序列和數(shù)據(jù)庫序列之間統(tǒng)計學(xué)顯著的比對可能含有高評分的被比對字(word)的區(qū)段對(HSP)。將延伸或修剪無法提高其評分的區(qū)段對稱為命中(hit)。簡要地說，翻譯VBASE來源的核香酸序列(http:〃vbase.mrc-cpe.cam.ac.uk/vbase1/1ist2.php)，{呆留介于FR1和FR3構(gòu)架區(qū)之間并且包含F(xiàn)R1和FR3的區(qū)域。數(shù)據(jù)庫序列的平均長度為98個殘基。除去在蛋白質(zhì)全長上完全匹配的重復(fù)序列。使用除了關(guān)閉的低復(fù)雜性過濾器以外采用缺省標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)的blastp程序，以及BLOSUM62取代矩陣，對蛋白質(zhì)進(jìn)行BLAST檢索，過濾前5個產(chǎn)生序列匹配的命中。在全部6個框架中翻譯核苷酸序列，在數(shù)據(jù)庫序列的匹配區(qū)段中不含終止密碼子的框架被認(rèn)為是潛在的命中。隨后用BLAST程序tblastx進(jìn)行驗證，該程序翻譯全部6個框架中的抗體序列，并且將這些翻譯與在全部6個框架中動態(tài)翻譯的VBASE核苷酸序列進(jìn)行比較。同一性是抗體序列與蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫之間在序列全長上的完全氨基酸匹配。陽性(同一性+取代匹配)不是相同，而是由BLOSUM62取代矩陣引導(dǎo)的氨基酸置換。如果抗體序列以相同的同一性與兩個數(shù)據(jù)庫序列匹配，則陽性最強(qiáng)的命中被確定為匹配序列命中。用于本發(fā)明抗體的優(yōu)選構(gòu)架序列在結(jié)構(gòu)上類似于由所選擇的本發(fā)明抗體使用的構(gòu)架序列，例如，類似于本發(fā)明優(yōu)選的單克隆抗體使用的Vh3-30.3構(gòu)架序列(SEQIDNO:51)和/或VhDP44構(gòu)架序列(SEQIDNO:52)和/或Vh3-33構(gòu)架序列(SEQIDNO:53)和/或VkL15構(gòu)架序列(SEQIDNO:54)和/或VkA10構(gòu)架序列(SEQIDNO:55)和/或VkL15構(gòu)架序列(SEQIDNO:54)和/或VkA27構(gòu)架序列(SEQIDNO:56)和/或VkL15構(gòu)架序列(SEQIDNO:54)和/或VkL6構(gòu)架序列(SEQIDNO:57)。VhCDR1、CDR2和CDR3序列和VkCDR1、CDR2和CDR3序列可以被移植到與該構(gòu)架序列的來源種系免疫球蛋白基因中發(fā)現(xiàn)的構(gòu)架區(qū)具有相同序列的構(gòu)架區(qū)上，或者CDR序列可以被移植到與該種系序列相比含有一個或多個突變的構(gòu)架區(qū)上。例如，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，在某些情況中，將構(gòu)架區(qū)內(nèi)的殘基進(jìn)行突變對于保持或增強(qiáng)抗體的抗原結(jié)合能力是有利的(參見，例如，Queen等的美國專利5，530,101;5,585,089;5,693,762和6,180，370)。另一種類型的可變區(qū)修飾是突變vh和/或vkCDR1、CDR2和/或CDR3區(qū)內(nèi)的氨基酸殘基，從而改善目標(biāo)抗體的一種或多種結(jié)合特性(例如親和力)。可以進(jìn)行定點(diǎn)誘變或PCR介導(dǎo)的誘變以引入突變，對抗體結(jié)合的影響，或者其他感興趣的功能特性，可以用此處所述和實(shí)施例中提供的體外或體內(nèi)試驗來評價。優(yōu)選引入(如上文所述的)保守修飾。這些突變可以是氨基酸置換、添加或缺失，但是優(yōu)選置換。而且，一4殳改變CDR區(qū)內(nèi)的不超過1、2、3、4或5個殘基。因此，在另一個實(shí)施方案中，本發(fā)明提供分離的抗PTK7單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含的重鏈可變區(qū)含有(a)VHCDRl區(qū)，其包含選自SEQIDNO:11、12、13和14的氨基酸序列，或與SEQIDNO:11、12、13和14相比具有1、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列；0)VhCDR2區(qū)，其包含選自SEQIDNO:15、16、17和18的氨基酸序列,或與SEQIDNO:15、16、17和18相比具有1、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列；(c)VHCDR3區(qū)，其包含選自SEQIDNO:19、20、21和22的氨基酸序列，或與SEQIDNO:19、20、21和22相比具有1、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列；(d)VKCDRl區(qū)，其包含選自SEQIDNO:23、24、25、26、27和28的氨基酸序列，或與SEQIDNO:23、24、25、26、27和28相比具有1、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列；(e)VKCDR2區(qū),其包含選自SEQIDNO:29、30、31、32、33和34的氨基酸序列，或與SEQIDNO:29、30、31、32、33和34相比具有l(wèi)、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列；和(f)VKCDR3區(qū)，其包含選自SEQIDNO:35、36、37、38、39和40的氨基酸序列，或與SEQIDNO:35、36、37、38、39和40相比具有1、2、3、4或5個氨基酸置換、缺失或添加的氨基酸序列。本發(fā)明的工程化抗體包括例如為了改善抗體特性而對其VH和/或VK內(nèi)的構(gòu)架殘基進(jìn)行了修飾的抗體。進(jìn)行這樣的構(gòu)架修飾一般是為了降低抗體的免疫原性。例如，一種方法是將一個或多個構(gòu)架殘基"回復(fù)突變"為相應(yīng)的種系序列。更特別地，經(jīng)歷體細(xì)胞突變的抗體可含有與衍生該抗體的種系序列不同的構(gòu)架殘基。通過比較抗體構(gòu)架序列與衍生該抗體的種系序列，可以鑒定這些殘基。例如，對于3G8(和3G8a),VH的氨基酸殘基弁28(FR1內(nèi))是異亮氨酸，而在相應(yīng)的VH3-30.3種系序列中該殘基為蘇氨酸。為了使構(gòu)架區(qū)序列恢復(fù)為其種系構(gòu)型，可以通過(例如)定點(diǎn)誘變或PCR介導(dǎo)的誘變，將該體細(xì)胞突變"回復(fù)突變"為種系序列(例如，3G8(和3G8a)的Vh的FR1的殘基#28可以從異亮氨酸"回復(fù)突變"為蘇氨酸)。另一個例子是，對于12C6(和12C6a),VH的氨基酸殘基存44(FR2內(nèi))是蘇氨酸，而在相應(yīng)的VHDP44種系序列中該殘基為甘氨酸。為了使構(gòu)架區(qū)序列恢復(fù)為其種系構(gòu)型，例如，可以將12C6(和12C6a)的Vh的殘基#44(FR2的殘基#9)從蘇氨酸"回復(fù)突變"為甘氨酸。這樣"回復(fù)突變"的抗體也包括在本發(fā)明中。另一種類型的構(gòu)架修飾涉及對構(gòu)架區(qū)內(nèi)、乃至一個或多個CDR區(qū)內(nèi)的一個或多個殘基進(jìn)行突變，以除去T細(xì)胞表位，從而降低該抗體的潛在的免疫原性。該方法也被稱為"脫免疫"，在Carr等的公布號為20030153043的美國專利中詳細(xì)記載。除了在構(gòu)架區(qū)或CDR區(qū)內(nèi)進(jìn)行的修飾以外，或者作為它的替代方案，也可以將本發(fā)明的抗體工程改造為在Fc區(qū)內(nèi)包括修飾，一般是為了改變該抗體的一種或多種功能特性，如血清半衰期、補(bǔ)體固定、Fc受體結(jié)合和/或抗原依賴性細(xì)胞毒性。此外，也可以將本發(fā)明的抗體進(jìn)行化學(xué)修飾(例如可以將一個或多個化學(xué)部分連接到該抗體上)，或者修飾改變其糖基化，以改變該抗體的一種或多種功能特性。這些實(shí)施方案均在下文詳細(xì)描述。Fc區(qū)中殘基的編號是Kabat的EU指數(shù)的編在一個實(shí)施方案中，修飾CH1的鉸鏈區(qū)，使該鉸鏈區(qū)中半胱氨酸殘基的凄t目改變，例如增加或減少。該方法在Bodmer等的美國專利No.5,677,425號中詳細(xì)記載。改變CH1鉸鏈區(qū)中半胱氨酸的數(shù)目是為了(例如)促進(jìn)輕鏈和重鏈的裝配，或提高或降低抗體的穩(wěn)定性。在另一實(shí)施方案中，對抗體的Fc鉸鏈區(qū)進(jìn)行突變，以降低該抗體的生物半衰期。更具體地，向Fc-鉸鏈片段的CH2-CH3結(jié)構(gòu)域界面區(qū)引入一個或多個氨基酸突變，使得該抗體與葡萄球菌蛋白A(SpA)的結(jié)合比天然Fc-鉸鏈結(jié)構(gòu)域與SpA的結(jié)合減弱。該方法在Ward等的美國專利No.6，165，745號中詳細(xì)記載。在另一實(shí)施方案中，修飾抗體以提高其生物半衰期?？梢允褂酶鞣N方法。例如，如Ward的美國專利No.6，277，375所述，可以引入一個或多個如下突變T252L、T254S、T256F。或者，如Presta等的美國專利No.5,869，046和6,121,022所述，為了提高生物半衰期，該抗體可以在CH1或CL區(qū)內(nèi)進(jìn)行改變，使之含有來自IgGFc區(qū)CH2結(jié)構(gòu)域的兩個環(huán)的補(bǔ)救受體結(jié)合表位。在其他一些實(shí)施方案中，通過將至少一個氨基酸殘基置換為不同的氨基酸殘基來改變Fc區(qū)，以改變抗體的效應(yīng)功能。例如，可以將選自氨基酸殘基234、235、236、237、297、318、320、322的一個或多個氨基酸置換為不同的氨基酸殘基，使得該抗體對效應(yīng)配體的親和力改變，但是保留親本抗體的抗原結(jié)合能力。其親和力被改變的效應(yīng)配體可以是，例如，F(xiàn)c受體或補(bǔ)體的Cl成分。該方法在Winter等的美國專利No.5,624,821和5，648,260中更詳細(xì)地描述。在另外一個實(shí)施例中，可以將選自氨基酸殘基329、331和322的一個或多個氨基酸置換為不同的氨基酸殘基，使得該抗體的Clq結(jié)合改變和/或補(bǔ)體依賴性細(xì)胞毒性(CDC)降低或消除。該方法在Idusogie等的美國專利No.6，194，551中更詳細(xì)地描述。在另外一個實(shí)施例中，改變氨基酸位點(diǎn)231和239中的一個或多個氨基酸殘基，從而改變該抗體固定補(bǔ)體的能力。該方法在Bodmer等的PCT公布WO94/29351中進(jìn)一步描述。在另外一個實(shí)施例中，為了提高抗體介導(dǎo)抗體依賴性細(xì)胞毒性(ADCC)的能力和/或提高抗體對FcY受體的親和力，通過在下列位點(diǎn)處纟務(wù)飾--個或多個氨基酸來修飾Fc區(qū):238、239、248、249、252254、255、256、258、265、267、268、269、270、272、276、278、280、283、285、286、289、290、292、293、294、295、296、298、301、303、305、307、309、312、315、320、322、324、326、327、329、330、331、333、334、335、337、338、340、360、373、376、378、382、388、389、398、414、416、419、430、434、435、437、438或439。該方法在Presta的PCT公布WO00/42072中進(jìn)一步描述。而且，人IgGl上對于FcYRI、FcyRII、FcyRin和FcRn的結(jié)合位點(diǎn)已經(jīng)作圖，并且已經(jīng)描述了具有改善的結(jié)合的變體(參見，Shields,R丄.等(2001)J.Biol.Chem.276:6591-6604)。位點(diǎn)256、290、298、333、334和339處的特定突變顯示改善了與FcYRIII的結(jié)合。另外，下列組合突變體顯示改善了與Fc7Rin的結(jié)合T256A/S298A,S298A/E333A，S298A/K224A和S298A/E333A/K334A。在另一實(shí)施方案中，改變抗體的糖基化。例如，可以制備無糖基化的抗體(即該抗體缺乏糖基化)。例如，為了提高抗體對抗原的親和力，可以改變糖基化。這樣的碳水化合物修飾可以通過(例如)改變抗體序列內(nèi)的一個或多個糖基化位點(diǎn)來實(shí)現(xiàn)。例如，可以進(jìn)行一個或多個氨基酸置換，使一個或多個可變區(qū)構(gòu)架糖基化位點(diǎn)消失，從而消除該位點(diǎn)處的糖基化。這種無糖基化可以提高抗體對抗原的親和力。這種方法在Co等的美國專利No.5,714，350和6，350,861中更詳細(xì)地描述。另外或者可替代地，可以制備糖基化類型改變的抗體，如巖藻糖基殘基數(shù)目減少的低巖藻糖基化抗體，或等分GlcNac結(jié)構(gòu)增多的抗體。已經(jīng)證明這種改變的糖基化模式提高了抗體的ADCC能力。這種碳水化合物修飾可以通過(例如)在具有改變的糖基化機(jī)制的宿主細(xì)胞中表達(dá)抗體來實(shí)現(xiàn)。具有改變的糖基化機(jī)制的細(xì)胞在本領(lǐng)域中已有描述，能夠用作宿主細(xì)胞，在其中表達(dá)本發(fā)明的重組抗體，從而產(chǎn)生糖基化改變的抗體。例如，細(xì)胞系Ms704、Ms705和Ms709缺乏巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶基因，F(xiàn)UT8(a(l，6)巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶基因)，因此在Ms704、Ms705和Ms709細(xì)胞系中表達(dá)的抗體在它們的碳水化合物中缺乏巖藻糖。Ms704、Ms705和Ms709FUT8^細(xì)胞系的產(chǎn)生是通過使用兩種替國專利申請No.20040110704和Yamane畫Ohnuki等.(2004)BiotechnolBioeng87:614-22)。另一個例子是，Hanai等的EP1,176，195描述了具有功能破壞的FUT8基因的細(xì)胞系，F(xiàn)UT8基因編碼巖藻糖轉(zhuǎn)移酶，由于減少或消除了ot(1,6)鍵相關(guān)的酶，在這種細(xì)胞系中表達(dá)的抗體表現(xiàn)為低巖藻糖基化。Hanai等也描述了用于向結(jié)合抗體Fc區(qū)的N-乙酰葡萄糖胺上添加巖藻糖的酶活性低或不具有酶活性的細(xì)胞系，例如大鼠骨髓瘤細(xì)胞系YB2/0(ATCCCRL1662)。Presta的PCT公布WO03/035835記載了一種變異CHO細(xì)胞系，Lecl3細(xì)胞，其將巖藻糖連接到Asn(297)-連接的碳水化合物上的能力降低，也導(dǎo)致在該宿主細(xì)胞中表達(dá)的抗體為低巖藻糖基化(參見，Shields,R丄.等(2001)J.Biol.Chem277:26733-26740)。Umana等的PCT/^布WO99/54342記載了表達(dá)糖蛋白修飾的糖基轉(zhuǎn)移酶(例如|3(1,4)-N-乙酰葡糖氨基轉(zhuǎn)移酶III(GnTIII))的工程化細(xì)胞系，因此該工程化細(xì)胞系中表達(dá)的抗體表現(xiàn)為等分GlcNac結(jié)構(gòu)增加，導(dǎo)致抗體的ADCC活性提高(參見，Umana等(1999)Nat.Biotech.17:176-180)。此外，抗體的巖藻糖殘基可以用巖藻糖苷酶切下。例如，巖藻糖苷酶oc-L-巖藻糖苷酶從抗體上除去巖藻糖殘基(Tarentino，A丄.等.(1975)Biochem.14:5516-23)。本發(fā)明涉及的對此處所述抗體的另一種修飾是PEG化。例如，為了提高抗體的生物(例如血清)半衰期，可以將該抗體PEG化。為了PEG化一種抗體，一般在允許一個或多個PEG基團(tuán)與抗體或抗體片段連接的條件下，將該抗體或其片段與聚乙二醇(PEG)如PEG的反應(yīng)性酯或醛衍生物反應(yīng)。優(yōu)選地，通過與反應(yīng)性PEG分子(或類似的反應(yīng)性水溶性聚合物)的?；磻?yīng)或烷基化反應(yīng)進(jìn)行PEG化。本文使用的術(shù)語"聚乙二醇"包括用來衍生化其他蛋白質(zhì)的任何PEG形式，如單(CI-CIO)烷氧基-或芳氧基-聚乙二醇或聚乙二醇-馬來酰亞胺。在某些實(shí)施方案中，將要PEG化的抗體是一種無糖基化的抗體。將蛋白質(zhì)PEG化的方法在本領(lǐng)域中/>知，并且可以用于本發(fā)明的抗體。參見，例如，Nishimura等的EP0154316和Ishikawa等的EP0401384?？贵w的物理性質(zhì)本發(fā)明的抗體可以進(jìn)一步通過抗PTK7抗體的各種物理性質(zhì)進(jìn)行表征?？梢岳酶鞣N試驗基于這些物理性質(zhì)檢測和/或區(qū)分不同類別的抗體。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體可以在輕鏈或重鏈可變區(qū)中含有一個或多個糖基化位點(diǎn)?？勺儏^(qū)中一個或多個糖基化位點(diǎn)的存在可能由于抗原結(jié)合改變而導(dǎo)致抗體的免疫原性提高或者抗體的pK改變(Marshall等(1972)AnnuRevBiochem41:673-702;GalaFA和MorrisonSL(2004)JImmunol172:5489-94;Wallick等(1988)JExpMed168:1099-109;SpiroRG(2002)Glycobiology12:43R-56R;Parekh等(1985)Nature316:452-7;Mimura等(2000)MolImmunol37:697-706)。已知糖基化在含有N-X-S/T序列的基序處發(fā)生。可變區(qū)的糖基化可以用Glycoblot試驗進(jìn)行檢測，該試驗切割抗體，產(chǎn)生Fab,然后利用測定高碘酸鹽氧化和席夫堿形成的試驗檢測糖基化?；蛘撸勺儏^(qū)的糖基化也可以用Dionex光層析法(Dionex-LC)檢測，該方法從Fab上切下糖成為單糖，并且分析各種糖的含量。在某些情況中，優(yōu)選不含可變區(qū)糖基化的抗PTK7抗體。這可以通過選擇在可變區(qū)中不含糖基化基序的抗體或者利用本領(lǐng)域公知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)突變糖基化基序內(nèi)的殘基來實(shí)現(xiàn)。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體不含天冬酰胺異構(gòu)化位點(diǎn)。脫酰胺或異天冬氨酸作用可以分別在N-G或D-G序列上發(fā)生。脫酰胺或異天冬氨酸作用導(dǎo)致產(chǎn)生異天冬氨酸，異天冬氨酸通過在側(cè)鏈天冬氨酸的產(chǎn)生可以用等量(iso-quant)試驗來測定，該試驗利用反相HPLC4全測異天冬氨酸。每種抗體具有獨(dú)特的等電點(diǎn)(pi),但是通?？贵w落入6至9.5的pH范圍內(nèi)。IgGl抗體的pI—般落入7-9.5的pH范圍內(nèi)，IgG4抗體的pI一般落入6-8的pH范圍內(nèi)?？贵w也可以具有該范圍之外的pl。盡管其效果通常不清楚，但是推測pl落于正常范圍之外的抗體在體內(nèi)條件下可能具有一定的解折疊和不穩(wěn)定性。等電點(diǎn)可以用毛細(xì)管等電聚焦試驗來測定，該試驗產(chǎn)生pH梯度，并且可以利用激光聚焦來提高精確性(Janini等(2002)Electrophoresis23:1605-11;Ma等(2001)Chromatographia53:S75-89;Hunt等(1998)JChromatogrA800:355-67)。在某些情況中，優(yōu)選pl值落入正常范圍內(nèi)的抗PTK7抗體。這可以通過選擇pl位于正常范圍內(nèi)的抗體或者通過利用本領(lǐng)域公知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)突變帶電荷的表面殘基來實(shí)現(xiàn)。每種抗體具有指示熱穩(wěn)定性的熔解溫度(KrishnamurthyR和ManningMC(2002)CurrPharmBiotechnol3:361-71)。較高的熱穩(wěn)定性表示在體內(nèi)有較高的總體抗體穩(wěn)定性?？贵w的熔點(diǎn)可以用諸如差示掃描量熱法(Chen等(2003)PharmRes20:1952-60;Ghirlando等(1999)ImmunolLett68:47-52)等技術(shù)來測量。Tm表示抗體開始解折疊時的溫度。TM2表示抗體完全解折疊時的溫度。通常，優(yōu)選本發(fā)明的抗體的Tm高于60。C,優(yōu)選高于65。C,甚至更優(yōu)選高于70。C。此外，抗體的熱穩(wěn)定性也可以利用圓二色性來測量(Murray等(2002)J.ChromatogrSci40:343-9)。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，選擇不快速降解的抗體?？筆TK7抗體的斷裂可以用本領(lǐng)域Z^知的毛細(xì)管電泳法(CE)和MALDI-MS來測定(AlexanderAJ和HughesDE(1995)AnalChem67:3626-32)。在另一個優(yōu)選實(shí)施方案中，選擇具有最小的聚集效應(yīng)的抗體。聚集可能會觸發(fā)不希望的免疫應(yīng)答和/或改變的或不利的藥代動力學(xué)性質(zhì)。通常，抗體具有25%或更少的聚集是可以接受的，優(yōu)選20%或更少，甚至更優(yōu)選15%或更少，甚至更優(yōu)選10%或更少，甚至更優(yōu)選5%或更少。聚集可以用本領(lǐng)域公知的數(shù)種技術(shù)來測定，包括大小排阻柱(SEC)高效液相層析(HPLC)和光散射法，用來鑒定單體、二聚體、三聚體或多聚體?？贵w工程化方法如上所述，能夠利用具有此處7>開的Vh和Vk序列的抗PTK7抗體，通過修飾Vh和/或Vk序列或與之連接的恒定區(qū)，產(chǎn)生新的抗PTK7抗體。因此，在本發(fā)明的另一方面，利用本發(fā)明的抗PTK7抗體(例如3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8)的結(jié)構(gòu)特;f正，產(chǎn)生結(jié)構(gòu)上相關(guān)的抗PTK7抗體，該結(jié)構(gòu)上相關(guān)的抗PTK7抗體保留本發(fā)明抗體的至少一種功能特性，如與PTK7結(jié)合。如上所述，例如，3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8的一個或多個CDR區(qū)或其突變可以與已知的構(gòu)架區(qū)和/或其他CDR重組組合，從而產(chǎn)生另外的重組工程化的本發(fā)明的抗PTK7抗體。其他修飾類型包括以上部分所述的修飾。用于工程化方法的起始材料是此處提供的一種或多種Vn和/或VK序列，或其一個或多個CDR區(qū)。為了產(chǎn)生工程化抗體，不一定必須實(shí)際制備(即表達(dá)為蛋白質(zhì))具有此處提供的一種或多種VH和/或VK序列，或其一個或多個CDR區(qū)的抗體。而是用該序列中所含的信息作為起始材料，產(chǎn)生由原始序列衍生的"第二代"序列，然后制備該"第二代"序列，并將其表達(dá)為蛋白質(zhì)。因此，在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種制備抗PTK7抗體的方法，包括(a)提供(i)重鏈可變區(qū)抗體序列，其包含選自SEQIDNO:11、12、13和14的CDR1序列、選自SEQIDNO:15、16、17和18的CDR2序列、和/或選自SEQIDNO:19、20、21和22的CDR3序列；和/或(ii)輕鏈可變區(qū)抗體序列，其包含選自SEQIDNO:23、24、25、26、27和28的CDR1序列、選自SEQIDNO:29、30、31、32、33和34的CDR2序列、和/或選自SEQIDNO:35、36、37、38、39和40的CDR3序列;(b)改變重鏈可變區(qū)抗體序列和/或輕鏈可變區(qū)抗體序列內(nèi)的至少一個氨基酸殘基，從而產(chǎn)生至少一個改變的抗體序列；和(c)將該改變的抗體序列表達(dá)為蛋白質(zhì)?？梢岳脴?biāo)準(zhǔn)分子生物學(xué)技術(shù)制備和表達(dá)所述改變的抗體序列。優(yōu)選地，由改變的抗體序列編碼的抗體保留此處所述抗PTK7抗體的一種、一些或全部功能特性，該功能特性包括但不限于(a)該抗體以1x10-7m或更低的Kd與人PTK7結(jié)合；(b)與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞系結(jié)合。改變的抗體的功能特性可以用本領(lǐng)域中使用的和/或此處所述的(如實(shí)施例中所述的)標(biāo)準(zhǔn)試驗(例如流式細(xì)胞術(shù)、結(jié)合測定)來評價。在本發(fā)明抗體的工程化方法的某些實(shí)施方案中，可以沿全部或部分抗PTK7抗體編碼序列隨機(jī)或選擇性引入突變，并可以針對結(jié)合活性和/或如此處所述的其他功能特性，篩選獲得的修飾的抗PTK7抗體。突變方法在本領(lǐng)域中已經(jīng)描述。例如，Short的PCT公布WO02/092780記載了利用飽和誘變、合成連接裝配或它們的組合產(chǎn)生和篩選抗體突變的方法。另夕卜，Lazar等的PCT公布WO03/074679也記載了利用計算篩選方法優(yōu)化抗體的生理化學(xué)性質(zhì)的方法。編碼本發(fā)明的抗體的核酸分子本發(fā)明的另一方面涉及編碼本發(fā)明的抗體的核酸分子。該核酸可以存在于完整細(xì)胞、細(xì)胞裂解物中，或以部分純化或基本上純的形式存在。當(dāng)通過包括堿/SDS處理、CsCl顯帶、柱層析、瓊脂糖凝膠電泳在內(nèi)的標(biāo)準(zhǔn)#支術(shù)和本領(lǐng)域7>知的其他方法與其他細(xì)月包成分或其他污染物(例如其他細(xì)胞核酸或蛋白質(zhì))分離純化時，核酸是"分離的"或"基本上純的"。參見，F(xiàn).Ausubel等ed.(1987)CurrentProtocolsinMolecularBiology,GreenePublishingandWileyIntersc.ience,NewYork。本發(fā)明的核酸可以是，例如DNA或RNA，并且可以含有或者可以不含內(nèi)含子序列。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，該核酸是cDNA分子。本發(fā)明的核酸可以利用標(biāo)準(zhǔn)分子生物學(xué)技術(shù)獲得。對于雜交瘤(例如，由如下文進(jìn)一步描述的攜帶人免疫球蛋白基因的轉(zhuǎn)基因小鼠制備的雜交瘤)表達(dá)的抗體，編碼由雜交瘤制備的抗體輕鏈和重鏈的cDNA可以用標(biāo)準(zhǔn)PCR擴(kuò)增或cDNA克隆技術(shù)獲得。對于從免疫球蛋白基因文庫中獲得的抗體(例如使用噬菌體展示技術(shù))，可以從文庫中回收編碼該抗體的核酸。本發(fā)明優(yōu)選的核酸分子是編碼3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a或7C8羊克隆抗體的Vh和Vl序列的核酸分子。編碼3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的VH序列的DNA序列分別在SEQIDNO:41(3G8和3G8a)、42(4D5)、43(12C6和12C6a)和44(7C8)中示出。編碼3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的Vt序列的DNA序列分別在SEQIDNO:45、46、47、48、49和50中示出。一旦獲得編碼Vh和Vl區(qū)段的DNA片段，即可通過標(biāo)準(zhǔn)重組DNA技術(shù)進(jìn)一步操作這些DNA片段，例如將可變區(qū)基因轉(zhuǎn)化為全長抗體鏈基因、Fab片段基因或scFv基因。在這些操作中，將編碼vl或vh的DNA片段與編碼另外一種蛋白質(zhì)如抗體恒定區(qū)或柔性連接體的另一個DNA片段有效連接。如本文使用的術(shù)語"有效連接"意思是兩個DNA片段連接在一起，使得這兩個DNA片段編碼的氨基酸序列保持符合閱讀框。通過將編碼Vn的DNA與編碼重鏈恒定區(qū)(CH1、CH2和CH3)的另外一種DNA分子有效連接，可以將分離的編碼VH區(qū)的DNA轉(zhuǎn)化為全長重鏈基因。人重鏈恒定區(qū)基因的序列在本領(lǐng)域中公知(參見，例^口，Kabat，E.A.等(1991)SequencesofProteinsofImmunologiclInterest,第五版，U.S.DepartmentofHealthandHumanServices,NIH出片反號91-3242)，包括這些區(qū)域的DNA片段可以通過標(biāo)準(zhǔn)PCR擴(kuò)增獲得。重鏈恒定區(qū)可以是IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgE、IgM或IgD恒定區(qū)，但是最優(yōu)選的是IgGl或IgG4恒定區(qū)。對于Fab片段重鏈基因，編碼VH的DNA可以與只編碼重鏈CH1恒定區(qū)的另外一種DNA分子有效連接。通過將編碼VL的DNA與編碼輕鏈恒定區(qū)CL的另外一種DNA分子有效連接，可以將分離的編碼VL區(qū)的DNA轉(zhuǎn)化為全長輕鏈基因(以及Fab輕鏈基因)。人輕鏈恒定區(qū)基因的序列在本領(lǐng)域中公知(參見，例力口，Kabat,E.A.等(1991)SequencesofProteinsofImmunologiclInterest,第五版，U.S.DepartmentofHealthandHumanServices,NIH出版號91-3242)，包括這些區(qū)域的DNA片段可以通過標(biāo)準(zhǔn)PCR擴(kuò)增獲得。輕鏈恒定區(qū)可以是K或人恒定區(qū)，但最優(yōu)選的是K恒定區(qū)。為了產(chǎn)生scFv基因，將編碼VH和Vt的DNA片段與編碼柔性連接體例如編碼氨基酸序列(Gly4-Ser)"々另外一個片段有效連接，使得VH和vl序列可以表達(dá)為連續(xù)的單鏈蛋白質(zhì)，其vl和vh區(qū)通過該柔性連接體連接(參見，例如Bird等(1988)Science242:423-426;Huston等(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883;McCafferty等(1990)Nature348:552-554)。本發(fā)明的單克隆抗體的產(chǎn)生本發(fā)明的單克隆抗體(mAb)能夠通過多種技術(shù)制備，包括常規(guī)的單克隆抗體方法，例如，Kohler和Milstein(1975)Nature256:495所述的標(biāo)準(zhǔn)體細(xì)胞雜交技術(shù)。雖然優(yōu)選體細(xì)胞雜交技術(shù)，但是原則上，能使用制備單克隆抗體的其他技術(shù)，例如B淋巴細(xì)胞的病毒或致癌轉(zhuǎn)化。用于制備雜交瘤的優(yōu)選的動物系統(tǒng)是鼠系統(tǒng)。用小鼠產(chǎn)生雜交瘤是一種完善建立的程序。免疫程序和分離用于融合的被免疫脾細(xì)胞的技術(shù)是本領(lǐng)域公知的。融合配偶體(例如鼠骨髓瘤細(xì)胞)和融合程序也是公知的。本發(fā)明的嵌合或人源化抗體可以基于如上所述制備的鼠單克隆抗體的序列來制備。編碼重鏈和輕鏈免疫球蛋白的DNA可以從目標(biāo)鼠雜交瘤中獲得，并且使用標(biāo)準(zhǔn)分子生物學(xué)技術(shù)將其工程改造為含有非鼠(例如人)免疫球蛋白序列。例如，為了產(chǎn)生嵌合抗體，可以利用本領(lǐng)域公知的方法將鼠可變區(qū)連接到人恒定區(qū)上(參見，例如，Cabilly等的美國專利No.4,816,567)。為了產(chǎn)生人源化抗體，可以利用本領(lǐng)域公知的方法將鼠CDR區(qū)插入人構(gòu)架內(nèi)(參見，例如，Winter的美國專利No.5,225,539,和Queen等的美國專利No.5，530，101;5，585，089;5,693,762和6,180,370)。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體是人單克隆抗體。這種抗PTK7人單克隆抗體能用攜帶部分人免疫系統(tǒng)而不是小鼠系統(tǒng)的轉(zhuǎn)基因或轉(zhuǎn)染色體小鼠產(chǎn)生。這些轉(zhuǎn)基因和轉(zhuǎn)染色體小鼠包括在此分別被稱作HuMab小鼠和KM小鼠頂?shù)男∈螅⑶以诖送ǚQ為"人Ig小鼠"。HuMab小鼠⑧(Medarex,Inc.)包含編碼未重排的人重鏈(ia和y)和K輕鏈免疫球蛋白序列的人免疫球蛋白基因小基因座，和使內(nèi)源h和k鏈基因座失活的定向突變(參見，例如，Lonberg等(1994)Nature368(6474):856-859)。因此，該小鼠表現(xiàn)為小鼠IgM或k表達(dá)降低，并且響應(yīng)于免疫，導(dǎo)入的人重鏈和輕鏈轉(zhuǎn)基因經(jīng)歷類別轉(zhuǎn)換和體細(xì)胞突變，從而產(chǎn)生高親和力人IgGK單克隆抗體(Lonberg,N.等(1994),同上；綜述見Lonberg，N.(1994)HandbookofExperimentalPharmacology113:49-101;Lonberg,N.和Huszar，D.(1995)Intern.Rev.Immunol.Vol.13:65-93,和Harding，F(xiàn).和Lonberg,N.(1995)Ann.N.Y.Acad.Sci764:536-546)。HuMab小鼠的制備和使用，以及該小鼠攜帶的基因組修飾，在下面的文獻(xiàn)中詳細(xì)描述Taylor,L.等(1992)NucleicAcidsResearch20:6287-6295;Chen，J.等(1993;)InternationalImmunology5:647-656;Tuaillon等(1993)Proc.Natl.Acad.SciUSA90:3720-3724;Choi等(1993)NatureGenetics4:117-123;Chen，J.等(1993)EMBOJ.12:821-830;Tuaillon等(l994)J.Immunol.152:2912-2920;Taylor,L.等(1994)InternationalImmunology6:579-591;和Fishwild,D.等(1996)NatureBiotechnology14:845-851，這些文獻(xiàn)的內(nèi)容全文引入本文作為參考。進(jìn)一步參見，Lonberg和Kay的美國專利No.5，545，806;5,569,825;5,625,126;5,633,425;5,789,650;5,877,397;5,661,016;5,814,318;5,874,299;和5,770,429;和Surani等的美國專利No.5,545,807;Lonberg和Kay的PCT公布號WO92/03918，WO93/12227，WO94/25585,WO97/13852，WO98/24884和WO99/45962;和Korman等的PCT/^布號WO01/14424。在另一實(shí)施方案中，可以用轉(zhuǎn)基因和轉(zhuǎn)染色體上攜帶人免疫球蛋白序列的小鼠，例如攜帶人重鏈轉(zhuǎn)基因和人輕鏈轉(zhuǎn)染色體的小鼠，產(chǎn)生本發(fā)明的人抗體。這種小鼠在此被稱為"KM小鼠TM",在Ishida等的PCT公布WO02/43478中詳細(xì)描述。再者，表達(dá)人免疫球蛋白基因的替代轉(zhuǎn)基因動物系統(tǒng)在本領(lǐng)域中可以獲得，能夠用來產(chǎn)生本發(fā)明的抗PTK7抗體。例如，可以4吏用一種一皮稱作Xenomouse(Abgenix,Inc.)的替代轉(zhuǎn)基因系統(tǒng)，這種小鼠在例如Kucherlapati等的美國專利No.5,939,598;6,075,181;6,U4，598;6,150,584和6，162,963中描述。而且，表達(dá)人免疫球蛋白基因的替代轉(zhuǎn)染色體動物系統(tǒng)在本領(lǐng)域中可以獲得，能夠用來產(chǎn)生本發(fā)明的抗PTK7抗體。例如，可以使用攜帶人重鏈轉(zhuǎn)染色體和人輕鏈轉(zhuǎn)染色體的小鼠，其被稱作"TC小鼠，，；這種小鼠在Tomizuka等(2000)Proc.Natl.Acad.Sci.USA97:722-727中描述。此外，本領(lǐng)域中已經(jīng)描述了攜帶人重鏈和輕鏈轉(zhuǎn)染色體的牛(Kuroiwa等(2002)NatureBiotechnology20:889-894)，其能夠用來產(chǎn)生本發(fā)明的抗PTK7抗體。本發(fā)明的人單克隆抗體也可以使用用于篩查人免疫球蛋白基因文庫的噬菌體展示方法制備。這種用于分離人抗體的噬菌體展示方法在本領(lǐng)域中已經(jīng)建立。參見，例如，Ladner等的美國專利No.5,223,409;5,403,484;和5,571,698;Dower等的美國專利No.5,427,908和5,580,717;McCafferty等的美國專利No.5，969，108和6，172，197;和Griffiths等的美國專利No.5，885，793;6，521，404;6,544,731;6,555,313;6，582，915和6,593，081。本發(fā)明的人單克隆抗體也可以用SCID小鼠制備，該SCID小鼠中重構(gòu)了人免疫細(xì)胞，因此在免疫時能夠產(chǎn)生人抗體應(yīng)答。這種小鼠在例如Wilson等的美國專利No.5,476，996和5，698，767中描述。人Ig小鼠的免疫當(dāng)使用人Ig小鼠產(chǎn)生本發(fā)明的人抗體時，可以根據(jù)Lonberg,N.等(1994)Nature368(6474):856-859、Fishwild,D.等(1996)NatureBiotechnology14:845-851和PCT公布WO98/24884和WO01A4424所述，用純化的或富集的PTK7抗原和/或重組PTK7或PTK7融合蛋白的制品免疫該小鼠。優(yōu)選地，第一次輸注時小鼠為6-16周齡。例如，可以使用純化的或重組的PTK7抗原的制劑(5-50pg)腹膜內(nèi)免疫人Ig小鼠。產(chǎn)生抗PTK7完全人單克隆抗體的詳細(xì)程序在下面的實(shí)施例1中描述。應(yīng)用各種抗原積累的經(jīng)驗證明，當(dāng)最初使用弗氏完全佐劑中的抗原腹膜內(nèi)(IP)免疫，接著隔周用弗氏不完全佐劑中的抗原腹膜內(nèi)免疫(最多共六次)時，轉(zhuǎn)基因小鼠產(chǎn)生應(yīng)答。但是，發(fā)現(xiàn)弗氏佐劑之外的佐劑也是有效的。另外，發(fā)現(xiàn)在沒有佐劑時，全細(xì)胞具有高度免疫原性。在免疫方案進(jìn)程中用眼眶后取血獲得的血漿樣品監(jiān)測免疫應(yīng)答?？梢酝ㄟ^ELISA篩選血漿(如下所述)，用具有足夠抗PTK7人免疫球蛋白效價的小鼠進(jìn)行融合。用抗原對d、鼠進(jìn)行靜脈內(nèi)加強(qiáng)免疫，3天后處死小鼠并且取出脾臟。預(yù)期每次免疫可能需要進(jìn)行2-3次融合。每一種抗原一般免疫6-24只小鼠。通常HCo7和HCol2林都使用。另外，HCo7和HCol2轉(zhuǎn)基因可以雜交，產(chǎn)生具有兩種不同人重鏈轉(zhuǎn)基因的一種小鼠(HCo7/HCo12)?？商娲鼗蛘吡硗?，如實(shí)施例l所述，可以使用KM小鼠tm抹。產(chǎn)生本發(fā)明的人單克隆抗體的雜交瘤的制備為了制備產(chǎn)生本發(fā)明的人單克隆抗體的雜交瘤，從被免疫的小鼠中分離脾細(xì)胞和/或淋巴結(jié)細(xì)胞，并且與合適的無限增殖化細(xì)胞系(例如小鼠骨髓瘤細(xì)胞系)融合。根據(jù)抗原特異性抗體的產(chǎn)生篩選得到的雜交瘤。例如，可以使用50MPEG，將來自被免疫小鼠的脾淋巴細(xì)胞的單細(xì)胞懸液與六分之一數(shù)目的P3X63-Ag8.653非分泌型小鼠骨髓瘤細(xì)胞(ATCC，CRL1580)融合。將細(xì)胞以大約2《105的密度接種于平底微量滴定板中，接著在選擇性培養(yǎng)基中孵育兩周，該培養(yǎng)基含有20%胎牛血清、18%"653"條件基質(zhì)、5%Origen(IGEN)、4mML-谷氨酰胺、lmM丙酮酸鈉、5mMHEPES、0.055mM|3-巰基乙醇、50單位/ml青霉素、50mg/ml鏈霉素、50mg/ml慶大霉素和lxHAT(Sigma;HAT在融合24小時后加入)。大約兩周后，在用HT替換了HAT的培養(yǎng)基中培養(yǎng)細(xì)胞。然后通過ELISA根據(jù)人單克隆IgM和IgG抗體篩選各孔。一旦發(fā)生廣泛的雜交瘤生長，通常在10-14天之后可以觀察培養(yǎng)基。將分泌抗體的雜交瘤再次平板接種，再次篩選，如果對于人IgG仍然是陽性，則可以通過有限稀釋將該單克隆抗體至少亞克隆兩次。然后在體外培養(yǎng)穩(wěn)定的亞克隆，以在組織培養(yǎng)基中產(chǎn)生少量抗體用于表征。為了純化人單克隆抗體，選擇的雜交瘤可以在用于單克隆抗體純化的兩升旋轉(zhuǎn)搖瓶中生長。過濾上清液，濃縮，之后用蛋白A-sepharose(Pharmacia,Piscataway,N丄)進(jìn)行親和層析。洗脫下來的IgG可以通過凝膠電泳和高效液相色語法檢查以確保純度。將緩沖溶液換成PBS，用1.43的消光系數(shù)根據(jù)OD280確定濃度。可將單克隆抗體分成等份并且在-80。C下保存。產(chǎn)生本發(fā)明的單克隆抗體的轉(zhuǎn)染瘤的制備利用(例如)本領(lǐng)域公知的重組DNA技術(shù)和基因轉(zhuǎn)染方法的組合(例如，Morrison,S.(1985)science229:1202)，也能在宿主細(xì)胞轉(zhuǎn)染瘤中產(chǎn)生本發(fā)明的抗體。例如，為了表達(dá)抗體或其抗體片段，可通過標(biāo)準(zhǔn)分子生物學(xué)技術(shù)(例如，使用表達(dá)目標(biāo)抗體的雜交瘤進(jìn)行PCR擴(kuò)增或cDNA克隆)，獲得編碼部分或全長輕鏈和重鏈的DNA，并將該DNA插入到表達(dá)載體中，使得基因與轉(zhuǎn)錄和翻譯控制序列有效連接。在上下文中，術(shù)語"有效連接"意思是抗體基因連接到載體中，使得載體中的轉(zhuǎn)錄和翻譯控制序列發(fā)揮它們調(diào)節(jié)該抗體基因的轉(zhuǎn)錄和翻譯的預(yù)期功能。選擇與所用的表達(dá)宿主細(xì)胞相匹配的表達(dá)載體和表達(dá)控制序列。抗體輕鏈基因和抗體重鏈基因可被插入到分別的載體中，或者，更通常地，將兩個基因插入到同一表達(dá)載體中。通過標(biāo)準(zhǔn)方法將抗體基因插入到表達(dá)載體中(例如，抗體基因片段上的互補(bǔ)限制性位點(diǎn)與載體連接，或者如果不存在限制性位點(diǎn)的活，則平端連接)。通過插入到已經(jīng)編碼期望的同種型的重鏈恒定區(qū)和輕鏈恒定區(qū)的表達(dá)載體中，使得VH區(qū)段與載體中的Ch區(qū)段有效逸接，而Vk區(qū)段與栽體中的Cl區(qū)段有效逸接，可以利用本文描述的抗體的輕鏈和重鏈可變區(qū)產(chǎn)生任意抗體同種型的全長抗體基因。另外，或者可替代地，重組表達(dá)載體能編碼有利于宿主細(xì)胞分泌抗體鏈的信號肽。可將抗體鏈基因克隆到載體中，使得信號肽與該抗體鏈基因的氨基末端符合閱讀框地連接。信號肽可以是免疫球蛋白信號肽或異源信號肽(即，來自非免疫球蛋白的蛋白質(zhì)的信號肽)。除了抗體鏈基因以外，本發(fā)明的重組表達(dá)載體還帶有控制該抗體鏈基因在宿主細(xì)胞中表達(dá)的調(diào)節(jié)序列。術(shù)語"調(diào)節(jié)序列，，包括啟動子、增強(qiáng)子和控制抗體鏈基因轉(zhuǎn)錄或翻譯的其他表達(dá)控制元件(例如，多腺苷酸化信號)。這樣的調(diào)節(jié)序列例如在Goeddel(GeneExpressionTechnology.MethodsinEnzymology185，AcademicPress,SanDiego,CA(1990))中描述。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，表達(dá)載體的設(shè)計，包括調(diào)節(jié)序列的選擇，取決于諸如要轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞的選擇、期望的蛋白質(zhì)表達(dá)水平等因素。用于哺乳動物宿主細(xì)胞表達(dá)的優(yōu)選調(diào)節(jié)序列包括指導(dǎo)蛋白質(zhì)在哺乳動物細(xì)胞中高水平表達(dá)的病毒元件，例如來源于巨細(xì)胞病毒(CMV)、猿病毒40(SV40)、腺病毒(例如，腺病毒主要晚期啟動子(AdMLP))和多瘤病毒的啟動子和/或增強(qiáng)子。或者可以使用非病毒調(diào)節(jié)序列，例如泛蛋白啟動子或p-珠蛋白啟動子。另外，調(diào)節(jié)元件也可由來自不同來源的序列組成，如SRa啟動子系統(tǒng)，其含有來自SV40早期啟動子的序列和人1型T細(xì)胞白血病病毒的長末端重復(fù)序列(Takebe,Y.等(1988)Mol.Cell.Biol.8:466-472)。除了抗體鏈基因和調(diào)節(jié)序列以外，本發(fā)明的重組表達(dá)載體還可以攜帶另外的序列，例如調(diào)節(jié)載體在宿主細(xì)胞中復(fù)制的序列(例如，復(fù)制起點(diǎn))和選擇性標(biāo)記基因。選擇性標(biāo)記基因有利于篩選載體已經(jīng)導(dǎo)入其中的宿主細(xì)胞(參見，例如，Axel等的美國專利No.4,399,216,4,634，665和5,179,017)。例如，選擇性標(biāo)記基因一般給已經(jīng)導(dǎo)入載體的宿主細(xì)胞帶來抗藥性，例如G418、潮霉素或氨甲喋呤抗性。優(yōu)選的選擇性標(biāo)記基因包括二氫葉酸還原酶(DHFR)基因(用于dhfr-宿主細(xì)胞中，用于氨甲喋呤選擇/擴(kuò)增)和neo基因(用于G418選擇)。為了表達(dá)輕鏈和重鏈，通過標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)將編碼重鏈和輕鏈的表達(dá)載體轉(zhuǎn)染到宿主細(xì)胞中。術(shù)語"轉(zhuǎn)染"的各種形式包括常用于將外源DNA導(dǎo)入原核或真核宿主細(xì)胞中的各種技術(shù)，例如，電穿孔、磷酸鈣沉淀、DEAE-葡聚糖轉(zhuǎn)染等等。雖然在理論上可以在原核或真核宿主細(xì)胞中表達(dá)本發(fā)明的抗體，但是優(yōu)選在真核細(xì)胞中，最優(yōu)選在哺乳動物宿主細(xì)胞中表達(dá)該抗體，因為這樣的真核細(xì)胞，特別是哺乳動物細(xì)胞，比原核細(xì)胞更可能組裝和分泌正確折疊并且具有免疫活性的抗體。據(jù)報道，抗體基因的原核表達(dá)無法高產(chǎn)率地產(chǎn)生活性抗體(Boss，M.A.和Wood,C.R.(1985)ImmunologyToday6:12-13)。用于表達(dá)本發(fā)明的重組抗體的優(yōu)選哺乳動物宿主細(xì)胞包括中國倉鼠卵巢(CHO細(xì)胞)(包括Urlaub和Chasin,(1980)Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:4216-4220中描述的dhfr-CHO細(xì)胞，和DHFR選擇性標(biāo)記一起^(吏用，例如，如R.J.Kaufman和P.A.Sharp(1982)Mol.Biol.159:601-621所述)、NSO骨髓瘤細(xì)胞、COS纟田月包和SP2纟田月包。特別地，用于NSO骨髓瘤細(xì)胞的另一種優(yōu)選表達(dá)系統(tǒng)是WO87/04462、WO89/01036和EP338，841公開的GS基因表達(dá)系統(tǒng)。當(dāng)將編碼抗體基因的重組表達(dá)載體導(dǎo)入哺乳動物宿主細(xì)胞中時，通過將宿主細(xì)胞培養(yǎng)足以使抗體在宿主細(xì)胞中表達(dá)的一段時間，或更優(yōu)選地，培養(yǎng)足以使抗體分泌到宿主細(xì)胞生長的培養(yǎng)基中的一段時間，而產(chǎn)生抗體?？蓱?yīng)用標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)純化方法從培養(yǎng)基中回收抗體?？贵w與抗原結(jié)合的表征通過(例如)標(biāo)準(zhǔn)ELISA檢測本發(fā)明抗體與PTK7的結(jié)合。簡要地說，用0.25jLig/ml的純化PTK7在PBS中的溶液包被微量滴定板，然后用PBS中的5%牛血清白蛋白封閉。向各個孔中加入抗體的稀釋液(例如，來自PTK7免疫小鼠的血漿的稀釋液)，并且在37。C下孵育l-2小時。用PBS/Tween洗滌培養(yǎng)板，之后和與堿性磷酸酶偶聯(lián)的第二試劑(例如，對于人抗體，為山羊抗人IgGFc特異性多克隆試劑)一起在37。C下孵育l小時。洗滌后，培養(yǎng)板用pNPP底物(lmg/ml)顯色，并且在OD405-650下分析。優(yōu)選地，用顯示最高效價的小鼠進(jìn)行融合。如上所述的ELISA分析也可以用來篩選表現(xiàn)出與PTK7免疫原有陽性反應(yīng)性的雜交瘤。將與PTK7高親合力結(jié)合的雜交瘤進(jìn)行亞克隆，并且進(jìn)一步表征。從每個雜交瘤中選擇保留母細(xì)胞反應(yīng)性的一個克隆(通過ELISA),制備5-10小瓶細(xì)胞庫，保存在-M0。C下，用于抗體純化。為了純化抗PTK7抗體，選擇的雜交瘤在用于單克隆抗體純化的兩升旋轉(zhuǎn)搖并瓦中生長。過濾上清液并且濃縮，然后用蛋白A-sepharose(Pharmacia,Piscataway,NJ)進(jìn)4亍親和層析。通過凝月交電泳和高效液相色譜檢查洗脫的IgG以確保純度。將緩沖溶液換成PBS，并且使用1.43的消光系數(shù)根據(jù)OD28o確定濃度。將單克隆抗體分成等份并且在-80。C下保存。為了確定選擇的抗PTK7單克隆抗體是否與獨(dú)特表位結(jié)合，可以使用商售試劑(Pierce,Rockford,IL)將每種抗體生物素化。可以使用如上所述的PTK7包被的ELISA板，應(yīng)用未標(biāo)記的單克隆抗體和生物素化單克隆抗體進(jìn)行竟?fàn)幯芯?。可以使用鏈霉抗生物?堿性磷酸酶探針檢測生物素化mAb的結(jié)合。為了確定被純化的抗體的同種型，可以用對特定同種型抗體具有特異性的試劑進(jìn)行同種型ELISA。例如，為了確定人單克隆抗體的同種型，在4。C下用1i!g/ml抗人免疫球蛋白包被微量滴定板的孔過夜。用1。/。BSA封閉之后，平板與liag/ml或更少的待試單克隆抗體或純化的同種型對照物在環(huán)境溫度下反應(yīng)l-2小時。這些孔然后與人IgGl或人IgM特異性堿性磷酸酶偶聯(lián)的探針反應(yīng)。如上所述使平板顯色并且分析。可以通過Western印跡法進(jìn)一步檢測抗PTK7人IgG與PTK7抗原的反應(yīng)性。簡要地說，制備PTK7并進(jìn)行十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳。電泳后，將分離的抗原轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素膜上，用10%胎牛血清封閉，并用待測單克隆抗體探查。人IgG的結(jié)合可以用抗人IgG堿性石舞酸酵^r測，并用BCIP/NBT底物片(SigmaChem.Co.，St.Louis，Mo.)顯色。免疫偶聯(lián)物另一方面，本發(fā)明涉及與諸如細(xì)胞毒素、藥物(例如免疫抑制劑)或放射性毒素等治療性部分偶聯(lián)的抗PTK7抗體或其片段。這些偶聯(lián)物在此被稱為"免疫偶聯(lián)物"。包含一種或多種細(xì)胞毒素的免疫偶聯(lián)物被稱作"免疫毒素"。細(xì)胞毒素或細(xì)胞毒劑包括對細(xì)胞有害(例如殺傷細(xì)胞)的任何試劑。實(shí)例包括紫杉醇、細(xì)胞松弛素B、短桿菌肽D、溴化乙啶、吐根堿、絲裂霉素、表鬼臼毒吡喃葡糖苷、表鬼臼毒噻吩糖苷、長春新堿、長春堿、秋水仙素、阿霉素、柔紅霉素、二羥基炭疽菌素二酮、米托蒽醌、光輝霉素、放線菌素D、l-脫氬睪酮、糖皮質(zhì)激素、普魯卡因、丁卡因、利多卡因、普萘洛爾和噤呤霉素和它們的類似物或同系物。治療劑還包括，例如抗代謝物(例如，氨甲喋呤、6-巰基嘌呤、6-硫代鳥嘌呤、阿糖胞苷、5-氟尿嘧啶、達(dá)卡巴。秦(decarbazine)),烷化劑(例如，氮芥、苯丁酸氮芥(thioepachlorambucil)、苯丙氨酸氮芥、卡莫司汀(BSNU)和洛莫司汀(CCNU)、環(huán)磷酰胺、白消安、二溴甘露糖醇、鏈唑霉素、絲裂霉素C和順-二氯二胺合鉑(II)(DDP)順鉑)，氨茴霉素類(例如，柔紅菌素(以前稱為道諾霉素)和阿霉素)，抗生素(例如，放線菌素D(以前稱為放線菌素)、博來霉素、光輝霉素和安曲霉素(AMC)),和抗有絲分裂劑(例如，長春新堿和長春堿)。能與本發(fā)明抗體偶聯(lián)的治療性細(xì)胞毒素的其他優(yōu)選例子包括倍癌霉素、刺孢霉素、美坦生、auristatin、和它們的4汙生物。刺孢霉素抗體偶聯(lián)物的一個例子是可作為商品購得的(MylotargTM;Wyeth-Ayerst)。治療性細(xì)胞毒素的例子可見，例如，美國專利6548530和6281354和美國專利申請US2003/0064984、US2003/0073852和US2003/0050331?？梢岳帽绢I(lǐng)域使用的連接體技術(shù)將細(xì)胞毒素與本發(fā)明的抗體偶聯(lián)。已經(jīng)用于將細(xì)胞毒素與抗體偶聯(lián)的連接體類型的實(shí)例包括但不限于腙、硫醚、酯、二碌"匕物和含肽的連接體?？梢赃x擇，例如，在溶酶體區(qū)室內(nèi)易被低pH切割或易被蛋白酶切割的連接體，該蛋白酶例如是在腫瘤組織中優(yōu)先表達(dá)的蛋白酶，如組織蛋白酶(例如組織蛋白酶B、C、D)。關(guān)于細(xì)胞毒素的類型、用于偶聯(lián)治療劑與抗體的連接體和方法的進(jìn)一步討論，參見Saito,G.等(2003)Adv.DrugDeliv.Rev.55:199-215;Trail,P.A.等(2003)Cancer.Immunol.Imm畫ther.52:328-337;Payne，G.(2003)CancerCell3:207-212;Alien,T.M.(2002)Nat.Rev.Cancer2:750-763;Pastan,I.和Kreitman，R.J.(2002)Curr.Opin.Iiwestig.Drugs3:1089-1091;Senter,P.D.和Springer,C丄(2001)Adv.DrugDeliv.Rev.53:247-264。本發(fā)明的抗體也可以與放射性同位素偶聯(lián)，產(chǎn)生細(xì)胞毒性放射性藥物，也被稱作放射性免疫偶聯(lián)物。能夠與診斷或治療性使用的抗體偶聯(lián)的放射性同位素的例子包括但不限于硪131、銦111、釔9()和镥177。制備放射性免疫偶聯(lián)物的方法在本領(lǐng)域中已經(jīng)建立。放射性免疫偶聯(lián)物的例子可以作為商品獲得，包括ZevalinTM(IDECPharmaceuticals)和BexxarTM(CorixaPharmaceuticals),并且能夠利用類似的方法使用本發(fā)明的抗體制備放射性免疫偶聯(lián)物。本發(fā)明的抗體偶聯(lián)物可用于改變特定的生物學(xué)反應(yīng)，且藥物部分不應(yīng)理解為局限于經(jīng)典的化學(xué)治療劑。例如，藥物部分可以是具有需要的生物活性的蛋白質(zhì)或多肽。這樣的蛋白質(zhì)包括，例如具有酶活性的毒素或其活性片段，如相思豆毒蛋白、蓖麻毒蛋白A、假單胞菌外毒素或白喉毒素；蛋白質(zhì)，如腫瘤壞死因子或干擾素吖；或生物學(xué)反應(yīng)調(diào)節(jié)物，如淋巴因子、白介素-1("IL-l")、白介素-2("IL-2")、白介素-6("IL-6")、粒細(xì)胞巨噬細(xì)胞集落刺激因子("GM-CSF")、粒細(xì)胞集落刺激因子("G-CSF")或其他生長因子。將這種治療性部分與抗體偶聯(lián)的技術(shù)是眾所周知的，參見，例如，Arnon等，"MonoclonalAntibodiesForImmunotargetingOfDrugsInCancerTherapy",inMonoclonalAntibodiesAndCancerTherapy,Reisfeld等(ed.),pp.243-56(AlanR.Liss，Inc.1985);Hellstrom等，"AntibodiesForDrugDelivery",inControlledDrugDelivery(2ndEd.),Robinson等(ed.),pp.623-53(MarcelDekker,Inc.1987);Tho卬e，"AntibodyCarriersOfCytotoxicAgentsInCancerTherapy:AReview",inMonoclonalAntibodies，84:BiologicalAndClinicalApplications,Pinchera等(ed.),pp.475-506(1985);"Analysis,Results,AndFutureProspectiveOfTheTherapeuticUseOfRadiolabeledAntibodyInCancerTherapy",inMonoclonalAntibodiesForCancerDetectionAndTherapy,Baldwin等(ed.),pp.303-16(AcademicPress1985)，和Thorpe等，"ThePreparationAndCytotoxicPropertiesOfAntibody-ToxinConjugates,"Immunol.Rev.，62:119-58(1982)。雙特異性分子另一方面，本發(fā)明涉及包含本發(fā)明的抗PTK7抗體或其片4殳的雙特異性分子。本發(fā)明的抗體或其抗原結(jié)合部分可以被衍生化或連接到另一個功能性分子上，如另一個肽或蛋白質(zhì)(例如另一個抗體或受體的配體)上，從而生成可與至少兩個不同結(jié)合位點(diǎn)或耙分子結(jié)合的雙特異性分子。本發(fā)明的抗體實(shí)際上可以被衍生化或連接到一個以上的其他功能性分子上，從而生成可與兩個以上不同結(jié)合位點(diǎn)和/或靶分子結(jié)合的多特異性分子；這樣的多特異性分子也包括在本文使用的術(shù)語"雙特異性分子"內(nèi)。為了產(chǎn)生本發(fā)明的雙特異性分子，本發(fā)明的抗體可與一個或多個其他結(jié)合分子如其他抗體、抗體片段、肽或結(jié)合才莫擬物功能性連接(如通過化學(xué)偶聯(lián)、基因融合、非共價結(jié)合等)，從而得到雙特異性分子。因此，本發(fā)明包括雙特異性分子，其具有至少一種對于PTK7的第一結(jié)合特異性和對于第二種目標(biāo)表位的第二結(jié)合特異性。在本發(fā)明一個特定實(shí)施方案中，第二種目標(biāo)表位是Fc受體，如人FcyRI(CD64)或人Fcoc受體(CD89)。因此，本發(fā)明包括既能與表達(dá)FcyR或FcaR的效應(yīng)細(xì)胞(如單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞或多形核細(xì)胞(PMN))結(jié)合，又能與表達(dá)PTK7的靶細(xì)胞結(jié)合的雙特異性分子。這些雙特異性分子將表達(dá)PTK7的細(xì)胞導(dǎo)向于效應(yīng)細(xì)胞，并且觸發(fā)Fc受體介導(dǎo)的效應(yīng)細(xì)胞活性，如表達(dá)PTK7的細(xì)胞的吞噬作用、抗體依賴性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性(ADCC)、細(xì)胞因子釋放、或超氧陰離子的產(chǎn)生。中，除抗-Fc結(jié)合特異性和抗PTK7結(jié)合特異性之外，該分子還可包括第三結(jié)合特異性。在一個實(shí)施方案中，該第三結(jié)合特異性是抗增強(qiáng)因子(EF)部分，例如與參與細(xì)胞毒性活性的表面蛋白質(zhì)結(jié)合因而增強(qiáng)針對靶細(xì)胞的免疫應(yīng)答的分子。"抗增強(qiáng)因子部分"可以是與諸如抗原或受體等特定分子結(jié)合，從而導(dǎo)致結(jié)合決定簇對Fc受體或靶細(xì)胞抗原的作用增強(qiáng)的抗體、功能性抗體片段或配體。"抗增強(qiáng)因子部分"可與Fc受體或靶細(xì)胞抗原結(jié)合?；蛘撸乖鰪?qiáng)因子部分可以與一種實(shí)體結(jié)合，該實(shí)體不同于第一和第二結(jié)合特異性所結(jié)合的實(shí)體。例如，抗增強(qiáng)因子部分可與細(xì)胞毒性T細(xì)胞結(jié)合(如經(jīng)由CD2、CD3、CD8、CD28、CD4、CD40、ICAM-1或其他免疫細(xì)胞，該細(xì)胞導(dǎo)致針對靶細(xì)胞的免疫應(yīng)答增強(qiáng))。在一個實(shí)施方案中，本發(fā)明的雙特異性分子包含至少一個抗體或其抗體片段作為結(jié)合特異性，包括(例如)Fab、Fab，、F(ab，)2、Fv或單鏈Fv。該抗體也可以是輕鏈或重鏈二聚體，或任何其最小片段，如Fv或單鏈構(gòu)建體，如Ladner等的美國專利No.4,946，778所述，該專利的內(nèi)容引入本文作為參考。在一個實(shí)施方案中，對于FcY受體的結(jié)合特異性由單克隆抗體提供，該單克隆抗體的結(jié)合不被人免疫球蛋白G(IgG)阻斷。本文使用的術(shù)語"IgG受體"是指位于染色體1上的8個Y-鏈基因的任意一個。這些基因編碼總共12個跨膜或可溶性受體同種型，這些同種型分為3個Fcy受體類別FcyRI(CD64)、FcyRII(CD32)和FcyRin(CD16)。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，F(xiàn)cY受體是人高親和力FcyRI。人FcyRI是72kDa的分子，對單體IgG表現(xiàn)出高親和力(108-109M")。某些優(yōu)選抗-Fcy單克隆抗體的制備和表征由Fanger等在PCT申請WO88/00052和美國專利號4,954,617中描述，在此處將其內(nèi)容整體引入作為參考。這些抗體在與受體的Fcy結(jié)合位點(diǎn)不同的位點(diǎn)處與FcyRI、FcYRII或FcyRin的表位結(jié)合，因而，其結(jié)合基本不一皮生理學(xué)水平的IgG阻斷。可用于本發(fā)明中的特定抗-FcYRI抗體為mAb22、mAb32、mAb44、mAb62和mAb197。產(chǎn)生mAb32的雜交瘤可從美國典型培養(yǎng)物保藏中心獲得，ATCC保藏號為HB9469。在另外一些實(shí)施方案中，抗-FcY受體抗體是單克隆抗體22的人源化形式(H22)。H22抗體的產(chǎn)生和表征在Graziano，R.F.等(1995)J.Immunol155(10):4996-5002和PCT公布WO94/10332中描述。產(chǎn)生H22抗體的細(xì)胞系以HA022CL1的名稱保藏在美國典型培養(yǎng)物保藏中心，保藏號為CRL11177。在另外一些優(yōu)選實(shí)施方案中，對Fc受體的結(jié)合特異性由可與人IgA受體如Fc-a受體(FcaRI(CD89))結(jié)合的抗體提供，該結(jié)合優(yōu)選地不被人免疫球蛋白A(IgA)阻斷。術(shù)語"IgA受體"包括位于染色體19上的一個a-基因的基因產(chǎn)物(FcocRI)。已知該基因編碼幾個55-110kDa的可變剪接跨膜同種型。FcaRI(CD89)在單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、嗜酸性和嗜中性粒細(xì)胞上組成型表達(dá)，但不在非效應(yīng)細(xì)胞群體上組成型表達(dá)。FcaRI對IgAl和IgA2兩者均具有中等親和力(約5x107M")，在暴露于諸如G-CSF或GM-CSF的細(xì)胞因子后該親和力增加(Morton,H.C.等(1996)CriticalReviewsinImmunology16:423-440)。已描述了4種FcocRI-特異性單克隆抗體，它們被確定為A3、A59、A62和A77,它們在IgA配體結(jié)合域之外與FcocRI結(jié)合(Monteiro，R.C.等(1992)J.Immunol.148:1764》FcocRI和FcyRI是用于本發(fā)明的雙特異性分子的優(yōu)選觸發(fā)受體，因為它們(l)主要表達(dá)于諸如單核細(xì)胞、PMN、巨噬細(xì)胞和樹突細(xì)胞等免疫效應(yīng)細(xì)胞上；(2)高水平表達(dá)(如每個細(xì)胞表達(dá)5，000-100，000個)；(3)是細(xì)胞毒性(如ADCC、吞噬作用)的介質(zhì)；(4)介導(dǎo)導(dǎo)向于它們的抗原(包括自身抗原)的增強(qiáng)的抗原呈遞。盡管優(yōu)選人單克隆抗體，但是可以在本發(fā)明的雙特異性分子中使用的其他抗體有鼠、嵌合和人源化單克隆抗體?？赏ㄟ^應(yīng)用本領(lǐng)域中7>知的方法偶聯(lián)組成結(jié)合特異性，如抗-FcR和抗PTK7結(jié)合特異性，以此制備本發(fā)明的雙特異性分子。例如，雙特異性分子的每一種結(jié)合特異性可單獨(dú)生成，然后彼此偶聯(lián)。當(dāng)結(jié)合特異性是蛋白質(zhì)或肽時，可以使用多種偶聯(lián)劑或交聯(lián)劑進(jìn)行共價偶聯(lián)。交聯(lián)劑的例子包括蛋白A、碳二亞胺、N-琥珀酰亞氨基-S-乙酰-硫代乙酸酯(SATA)、5，5，-二硫代二(2-硝基苯曱酸)(DTNB)、鄰亞苯基雙馬來酰亞胺(oPDM)、N-琥珀酰亞氨基-3-(2-吡咬二石克代)丙酸酯(SPDP)和磺基琥珀酰亞氨基4-(N-馬來酰亞氨基曱基)環(huán)己基-l-羧酸酯(sulfo-SMCC)(參見，例如，Karpovsky等(1984)J.Exp.Med.160:1686;Liu,MA等(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.USA82:8648)。其他方法包括Paulus(1985)BehringIns.Mitt.No.78,118-132、Brennan等(1985)Science229:81-83和Glennie等(1987)J.Immunol.139:2367-2375所描述的方法。優(yōu)選的偶聯(lián)劑為SATA和sulfo-SMCC，兩者均可從PierceChemicalCo.(Rockford,IL)獲得。當(dāng)結(jié)合特異性是抗體時，它們可通過兩個重鏈的C-末端鉸鏈區(qū)的巰基鍵合而偶聯(lián)。在一個特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，對鉸鏈區(qū)進(jìn)行修飾以使其在偶聯(lián)前含有奇數(shù)個，優(yōu)選l個巰基殘基。可替代地，兩種結(jié)合特異性可在同一載體中編碼，并在相同的宿主細(xì)月包中表達(dá)和裝配。當(dāng)雙特異性分子是mAbxmAb、mAbxFab、FabxF(ab，)2或配體xFab融合蛋白時，該方法是特別有用的。本發(fā)明的雙特異性分子可以是包含一個單鏈抗體和一個結(jié)合決定簇的單鏈分子，或包含兩個結(jié)合決定簇的單鏈雙特異性分子。雙特異性分子可以包含至少兩個單鏈分子。制備雙特異性分子的方法例如在美國專利5，260，203、美國專利5，455，030、美國專利4,881,175、美國專利5,132,405、美國專利5,091，513、美國專利5,476,786、美國專利5,013,653、美國專利5,258，498和美國專利5,482,858中描述。雙特異性分子與其特異性靶標(biāo)的結(jié)合可通過例如酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、放射免疫測定(RIA)、FACS分析、生物測定(如生長抑制)或Western印跡分析來證實(shí)。這些試-驗中的每一個通常通過應(yīng)用對目標(biāo)復(fù)合物具有特異性的標(biāo)記試劑(如抗體)來檢測特定目標(biāo)蛋白質(zhì)-抗體復(fù)合物的存在。例如，可以利用識別和特異性結(jié)合抗體-FcR復(fù)合物的酶聯(lián)抗體或抗體片段來;^測FcR-抗體復(fù)合物?；蛘?，這些復(fù)合物可利用多種其他免疫分析中的任一種來檢測。例如，可對抗體進(jìn)行放射性標(biāo)記并且在放射免疫測定(RIA)中使用(參見，例如，Weintraub,B.,PrinciplesofRadioimmunoassays,SeventhTrainingCourseonRadioligandAssayTechniques,TheEndocrineSociety,1986年3月，引入本文作為參考)?？梢酝ㄟ^諸如使用Y計數(shù)器或閃爍計數(shù)器的手段或者通過放射自顯影方法檢測放射性同位素。藥物組合物另一方面，本發(fā)明才是供一種組合物，例如藥物組合物，其含有與藥物可接受的載體配制在一起的一種或組合的本發(fā)明的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分。這才羊的組合物可以包含一種或組合的(例如兩種或多種不同的)本發(fā)明的抗體或免疫偶聯(lián)物或雙特異性分子。例如，本發(fā)明的藥物組合物可以含有結(jié)合把抗原上的不同表位或具有互補(bǔ)活性的抗體(或免疫偶聯(lián)物或雙特異性分子)組合。本發(fā)明的藥物組合物也可以在聯(lián)合治療中施用，即與其他藥劑聯(lián)用。例如，聯(lián)合治療可包括本發(fā)明的抗PTK7抗體聯(lián)合至少一種其他的抗炎劑或免疫抑制劑?？稍诼?lián)合治療中使用的治療劑的例子在下面本發(fā)明抗體的應(yīng)用一節(jié)中更詳細(xì)地描述。本文使用的"藥物可接受的載體"包括生理學(xué)相容的任何和所有的溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗細(xì)菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。優(yōu)選地，該載體適合于靜脈內(nèi)、肌內(nèi)、皮下、腸胃外、脊柱或表皮施用(如通過注射或輸注)。根據(jù)施用途徑，可將活性化合物即抗體、免疫偶聯(lián)物或雙特異性分子包裹于一種材料中，以保護(hù)該化合物免受可使該化合物失活的酸和其他天然條件的作用。本發(fā)明的藥物組合物可包含一種或多種藥物可接受的鹽。"藥物可接受的鹽"是指保持了親代化合物的所需生物活性而不引起任何不期望的毒理學(xué)作用的鹽(參見如Berge，S.M.等(1977)J.Pharm.Sci.66:1-19)。這樣的鹽的例子包括酸加成鹽和;咸加成鹽。酸加成鹽包括那些由諸如鹽酸、硝酸、磷酸、硫酸、氫溴酸、氫碘酸、亞磷酸等無毒性無機(jī)酸衍生的鹽，以及由諸如脂族單羧酸和二羧酸、苯基取代的鏈烷酸、羥基鏈烷酸、芳族酸、脂族和芳族磺酸等無毒性有機(jī)酸衍生的鹽。堿加成鹽包括那些由諸如鈉、鉀、鎂、鈣等堿土金屬衍生的鹽，以及由諸如N,N，-二千基乙二胺、N-曱基葡糖胺、氯普魯卡因、膽堿、二乙醇胺、乙二胺、普魯卡因等無毒性有機(jī)胺衍生的鹽。本發(fā)明的藥物組合物也可含有藥物可接受的抗氧化劑。藥物可接受的抗氧化劑的例子包括(l)水溶性抗氧化劑，如抗壞血酸、鹽酸半胱氨酸、石危酸氫鈉、焦亞碌u酸鈉，亞石危酸鈉等；(2)油i^性抗氧化劑，如棕櫚酸抗壞血酸酯、丁羥茴醚(BHA)、丁羥曱苯(BHT)、卯磷脂、沒食子酸丙酯、ot-生育酚等；和(3)金屬螯合劑，如檸檬酸、乙二胺四乙酸(EDTA)、山梨糖醇、酒石酸、磷酸等?？捎糜诒景l(fā)明藥物組合物中的適當(dāng)?shù)乃曰蚍撬暂d體的例子包括水，乙醇，多元醇(如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)，及其適當(dāng)?shù)幕旌衔?，植物油如橄欖油，和注射用有機(jī)酯如油酸乙酯。例如通過應(yīng)用包被材料如卵磷脂，在分散液的情況下通過維持所需的顆粒大小，以及通過應(yīng)用表面活性劑，能夠維持適當(dāng)?shù)牧鲃有?。這些組合物還可含有佐劑，如防腐劑、潤濕劑、乳化劑和分散劑。可以通過上述的滅菌程序或通過包含諸如對羥基苯曱酸酯、氯代丁醇、苯酚山梨酸等各種抗細(xì)菌劑和抗真菌劑確保防止存在微生物。也可能需要在組合物中包含等滲劑，例如，糖、氯化鈉等。另外，通過包含延遲吸收劑，例如單硬脂酸鋁和明膠，可實(shí)現(xiàn)注射型藥物延長的吸收。藥物可接受的載體包括無菌水溶液或分散液和用于即時配制無菌注射液或分散液的無菌粉末劑。這些用于藥學(xué)活性物質(zhì)的介質(zhì)和試劑的使用是本領(lǐng)域公知的。除了任何與活性化合物不相容的常規(guī)介質(zhì)或試劑范圍外，包括其在本發(fā)明的藥物組合物中的應(yīng)用。還可以向組合物中4參入補(bǔ)充的活性化合物。治療性組合物一般必須是無菌的并且在制備和貯存條件下是穩(wěn)定的?？梢詫⒔M合物配制成溶液、微乳狀液、脂質(zhì)體或其他適合高藥物濃度的有序結(jié)構(gòu)。載體可以是含有例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液態(tài)聚乙二醇等)及其合適的混合物的溶劑或分散介質(zhì)。例如，通過使用包衣，例如卵磷脂，在分散液的情況下通過保持所需的顆粒大小，以及通過使用表面活性劑，可以保持適當(dāng)?shù)牧鲃有浴Ｔ诤芏嗲闆r下，組合物中優(yōu)選包含等滲劑，例如，糖、多元醇例如甘露糖醇、山梨糖醇或氯化鈉。通過在組合物中加入延遲吸收劑，例如單硬脂酸鹽和明膠，可實(shí)現(xiàn)注射型藥物延長的吸收。通過將活性化合物以需要的量混入合適的溶劑中，并且根據(jù)需要加入以上列舉的成分中的一種或其組合，接著無菌微過濾，可制備無菌注射液。通常，通過將活性化合物摻入到含有基本分散介質(zhì)和上面所列其他所需成分的無菌載體中制備分散劑。對于用于制備無菌注射液的無菌粉末劑，優(yōu)選的制備方法是真空干燥和冷凍干燥(凍干)，由其預(yù)先無菌過濾的溶液得到活性成分加任何額外所需成分的粉末?？梢耘c載體材料組合制備單一劑量形式的活性成分的量根據(jù)所治療的受試者和特定給藥方式而不同?？梢耘c載體材料組合制備單一劑量形式的活性成分的量一般是產(chǎn)生治療效果的組合物的量。通常，以100%計，這個量的范圍是大約0,01%至大約99%的活性成分，優(yōu)選大約0.1%至大約70%,最優(yōu)選大約1%至大約30%的活性成分，與藥物可接受的載體相組合。調(diào)節(jié)劑量方案，以提供最佳的期望的反應(yīng)(例如，治療反應(yīng))。例如，可以施用單一大丸劑，可以隨時間施用幾次分開的劑量，或者才艮據(jù)治療狀況的緊急情況所需，可以按比例減小或增加劑量。特別有利的是將腸胃外組合物配制成容易給藥并且劑量均勻的劑量單位形式。此處使用的劑量單位形式是指適合作為單位劑量用于所治療的受試者的物理不連續(xù)單位；每個單位含有預(yù)定量的活性化合物，經(jīng)計算該預(yù)定量的活性化合物與需要的藥物載體組合產(chǎn)生所需的治療效果。對本發(fā)明劑量單位形式的具體說明限定于且直接依賴于(a)活性化合物的獨(dú)特特性和要達(dá)到的特定治療效果，和(b)本領(lǐng)域中固有的對于配制這種用于治療個體敏感性的活性化合物的限制。對于抗體的給藥而言，劑量范圍為約0.0001至100mg/kg，更通常為0.01至5mg/kg受者體重。例如，劑量可以是0.3mg/kg體重、1mg/kg體重、3mg/kg體重、5mg/kg體重或10mg/kg體重，或在I-IOmg/kg范圍內(nèi)。一個示例性的治療方案需要每周給藥一次、每兩周一次、每三周一次、每四周一次、每月一次、每3月一次、或每3-6月一次。本發(fā)明的抗PTK7抗體的優(yōu)選劑量方案包括經(jīng)靜脈內(nèi)給予1mg/kg體重或3mg/kg體重，該抗體4吏用如下劑量方案之一給藥(i)每4周一次，共6次，然后每3個月一次；(ii)每3周一次；(iii)3mg/kg體重一次，然后每3周1mg/kg體重。在一些方法中，同時施用具有不同結(jié)合特異性的兩種或多種單克隆抗體，在該情況中，每種抗體的給藥劑量落在所述范圍內(nèi)?？贵w通常在有必要時多次給藥。單次給藥之間的間隔可以是，例如，每周、每月、每三個月或每年。間隔也可以是不定期的，例如通過測定患者中抗靶抗原的抗體的血液水平來確定。在一些方法中，調(diào)節(jié)劑量以達(dá)到約l-1000!ig/ml的血漿抗體濃度，在一些方法中為約25-300叫/ml?？商娲?，抗體也可以作為持續(xù)釋放制劑來給藥，在此情況中需要頻率較低的給藥。劑量和頻率根據(jù)抗體在患者中的半衰期而不同。通常，人抗體表現(xiàn)出最長的半衰期，之后是人源化抗體、嵌合抗體和非人類抗體。給藥劑量和頻率根據(jù)處理是預(yù)防性的還是治療性的而不同。在預(yù)防性應(yīng)用中，在長時間內(nèi)以較不頻繁的間隔給予相對較低的劑量。有些患者在余生中持續(xù)接受處理。在治療性應(yīng)用中，有時需要以較短的間隔給予較高的劑量，直到疾病的進(jìn)展減輕或停止，優(yōu)選直到患者表現(xiàn)為疾病癥狀部分或完全改善。之后，可以以預(yù)防性方案給患者給藥。本發(fā)明藥物組合物中活性成分的實(shí)際劑量水平可以改變，以獲得可有效實(shí)現(xiàn)對特定患者、組合物和給藥方式的所需治療反應(yīng)，而對患者無毒性的活性成分的量。選擇的劑量水平取決于多種藥物代謝動力學(xué)因素，包括應(yīng)用的本發(fā)明特定組合物或其酯、鹽或酰胺的活性，給藥途徑，給藥時間，應(yīng)用的特定化合物的排泄速率，治療的持續(xù)時間，與應(yīng)用的特定組合物聯(lián)合應(yīng)用的其他藥物、化合物和/或材料，接受治療的患者的年齡、性別、體重、狀況、總體健康情況和病史，以及醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中公知的類似因素。本發(fā)明的抗PTK7抗體的"治療有效劑量"優(yōu)選地導(dǎo)致疾病癥狀的嚴(yán)重性降低，疾病無癥狀期的頻率和持續(xù)時間增加，或者防止因疾病痛苦而引起的損傷或失能。例如，對于胂瘤的治療而言，相對于未接受治療的受試者，"治療有效劑量"優(yōu)選地將細(xì)胞生長或胂瘤生長抑制至少約20%,更優(yōu)選至少約40%,更優(yōu)選至少約60%，更優(yōu)選至少約80%?；衔镆种颇[瘤生長的能力可以在預(yù)測對人類腫瘤的療效的動物模型系統(tǒng)中評價?；蛘?，也可以通過檢查化合物抑制細(xì)胞生長的能力來評價該組合物的這種性能，這種抑制可以通過本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的試驗在體外測定。治療有效量的治療性化合物能夠減小腫瘤大小，或者以其他方式緩解受試者的癥狀。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以根據(jù)如下因素確定這種量，如受試者的大小、受試者癥狀的'嚴(yán)重性和選擇的特定組合物或給藥途徑。本發(fā)明的組合物可以利用本領(lǐng)域7>知的一種或多種方法通過一種或多種給藥途徑給藥。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，給藥途徑和/或方式根據(jù)期望的結(jié)果而不同。本發(fā)明抗體的優(yōu)選給藥途徑包括靜脈內(nèi)、肌肉內(nèi)、皮內(nèi)、腹膜內(nèi)、皮下、脊柱或其他腸胃外給藥途徑，例如注射或輸注。本文使用的短語"腸胃外給藥，，是指除腸和局部給藥以外的給藥模式，通常是注射，包括但不限于靜脈內(nèi)、肌內(nèi)、動脈內(nèi)、鞘內(nèi)、嚢內(nèi)、眶內(nèi)、心內(nèi)、皮內(nèi)、腹膜內(nèi)、經(jīng)氣管、皮下、表皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、嚢下、蛛網(wǎng)膜下、脊柱內(nèi)、硬膜外和胸骨內(nèi)注射和輸注。或者，本發(fā)明的抗體也可以通過非腸胃外途徑給藥，如局部、表皮或粘膜途徑給藥，例如，鼻內(nèi)、經(jīng)口、陰道、直腸、舌下或局部給藥。活性化合物可以與保護(hù)化合物不被快速釋放的載體一起制備，例如控釋制劑，包括植入物、透皮貼劑和微膠嚢遞送系統(tǒng)?？梢允褂蒙锟山到獾?、生物相容的聚合物，例如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐類、聚乙醇酸、膠原、聚原酸酯和聚乳酸。制備這樣的制劑的很多方法受專利保護(hù)或者通常為本領(lǐng)域技術(shù)人員所公知。參見，例如，SustainedandcontrolledReleaseDrugDeliverySystems,J.R.Robinson,ed.，MarcelDekker,Inc.,NewYork，1978。治療性組合物可應(yīng)用本領(lǐng)域公知的醫(yī)療裝置給藥。例如，在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的治療組合物可用無針皮下注射裝置給藥，如在美國專利No.5，399，163;5，383，851;5,312,335;5,064,413;4,941，880;4，790，824;或4,596,556中公開的裝置?？捎糜诒景l(fā)明的公知的植入物和才莫塊的例子包括美國專利No.4,487,603,該專利^^開了用于以受控速率分散藥物的可植入微量輸注泵；美國專利No.4,486,194,該專利公開了用于通過皮膚給藥的治療裝置；美國專利No.4,447,233，該專利公開了用于以精確的輸注速率遞送藥物的醫(yī)用輸注泵；美國專利No.4,447,224,該專利公開了用于連續(xù)遞送藥物的變流可植入輸注裝置；美國專利No.4，439，196,該專利公開了具有多腔區(qū)室的滲透藥物遞送系統(tǒng)和美國專利No.4,475,196,該專利7>開了一種滲透藥物遞送系統(tǒng)。這些專利引入本文作為參考。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知許多其他這樣的植入物、遞送系統(tǒng)和模塊。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的人單克隆抗體可配制為確保在體內(nèi)正確分布。例如，血-腦屏障(BBB)阻止了許多高度親水性的化合物。為了確保本發(fā)明的治療性化合物能夠跨過BBB(如果需要時)，可將它們配制在如脂質(zhì)體中。至于制備脂質(zhì)體的方法，參見，例如，美國專利4，522，811;5,374,548;和5,399,331。脂質(zhì)體包含可被選擇性地轉(zhuǎn)運(yùn)入特定細(xì)胞或器官內(nèi)的一個或多個部分，從而增強(qiáng)定向藥物遞送(參見，例如，V.V.Ranade(1989)J.Clin.Pharmacol.29:685)。定向部分的例子包括葉酸或生物素(參見，例如，Low等的美國專利5，416,016);甘露糖苦(Umezawa等(1988)Biochem.Biophys.Res.Commun.153:1038);抗體(P.G.Bloeman等(1995)FEBSLett.357:140;M.Owais等(1995)Antimicrob.AgentsChemother.39:180);表面活性劑蛋白A受體(Briscoe等(1995)Am.J.Physiol.1233:134);p120(Schreier等(1994)J.Biol.Chem.269:9090);也參見K.Kei腦en;M丄.Laukkanen(1994)FEBSLett.346:123;J.J.Killion;I丄Fidler(1994)I醒腦methods4:273。本發(fā)明的應(yīng)用和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明的抗體、抗體組合物和方法具有與診斷和治療PTK7介導(dǎo)的疾病有關(guān)的許多體外和體內(nèi)診斷和治療應(yīng)用。在一個優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體是人抗體。例如，這些分子可以施用于在體外或離體培養(yǎng)的細(xì)胞，或者(例如)在體內(nèi)施用于人類受試者，以治療、預(yù)防以及診斷多種疾病。本文使用的術(shù)語"受試者，，包括人和非人動物。非人動物包括所有脊推動物，例如哺乳動物和非哺乳動物，例如非人靈長類動物、綿羊、狗、貓、牛、馬、雞、兩棲類動物和爬行類動物。優(yōu)選的受試者包括患有由PTK7活性介導(dǎo)的疾病的人類患者。這些方法特別適合治療患有與異常PTK7表達(dá)有關(guān)的疾病的人類患者。當(dāng)抗PTK7抗體與另外一種藥物一起給藥時，這兩種藥物可以相繼或同時給藥。鑒于本發(fā)明的抗體與PTK7特異性結(jié)合，本發(fā)明的抗體可以用來特異性檢測細(xì)胞表面上PTK7的表達(dá)，而且可以用來通過免疫親和純化方法純化PTK7。本發(fā)明進(jìn)一步提供檢測樣品中人PTK7抗原的存在或測定人PTK7抗原的量的方法，包括在允許抗體或其部分與人PTK7之間形成復(fù)合物的條件下使樣品和對照樣品接觸可與人PTK7特異性結(jié)合的人單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分。然后檢測復(fù)合物的形成，其中樣品與對照樣品之間復(fù)合物形成的差異指示樣品中人PTK7抗原的存在。PTK7在結(jié)腸癌來源的細(xì)胞系中表達(dá)，但是在成人結(jié)腸組織中未發(fā)現(xiàn)(Mossie等.(1995)(9wcoge"e11:2179-84)。在某些黑素瘤細(xì)胞系和黑素瘤活檢組織中也見到PTK7的表達(dá)(Easty等.(1997)/脫/C朋cw2i:1061-5)。另外，發(fā)現(xiàn)PTK7在急性髓樣白血病標(biāo)本中高度過量表達(dá)(Muller-Tidow等，(2004)C7/".Owcwi仏1Q:1241-9)?？筆TK7抗體可以單獨(dú)用來抑制癌性腫瘤的生長?；蛘撸缦挛乃?，抗PTK7抗體也可以與其他免疫原性劑、標(biāo)準(zhǔn)癌癥治療或其他抗體一起使用。其生長可以用本發(fā)明的抗體抑制的優(yōu)選癌癥包括一般對免疫治療有應(yīng)答的癌癥?？芍委煹膬?yōu)選癌癥的非限制性例子包括結(jié)腸癌(包括小腸癌)、肺癌、乳腺癌、胰腺癌、黑素瘤(例如轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤)、急性髓樣白血病、腎癌、膀胱癌、卵巢癌和前列腺癌。其他可以用本發(fā)明方法治療的癌癥的例子包括腎癌(例如腎細(xì)胞癌)、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、腦瘤、慢性或急性白血病(包括急性淋巴細(xì)胞白血病(ALL)、成人T細(xì)胞白血病(T-ALL)、慢性髓樣白血病、急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病)、淋巴瘤(例如何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤、淋巴細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性CNS淋巴瘤、T細(xì)胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤(ALCL)、皮膚T細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)節(jié)性小卵裂細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、倫納特淋巴瘤、免疫母細(xì)胞性淋巴瘤、T細(xì)胞白血病/淋巴瘤(ATLL)、中心母細(xì)胞/中心細(xì)胞性(cb/cc)濾泡性淋巴瘤、B系彌漫性大細(xì)胞淋巴瘤、血管免疫母細(xì)胞性淋巴結(jié)病(AILD)-樣T細(xì)胞淋巴瘤和HIV相關(guān)體腔淋巴瘤)、胚胎性癌、未分化鼻咽癌(例如施明克瘤)、卡斯?fàn)柭?、卡波西肉瘤、多發(fā)性骨髓瘤、沃爾登斯特倫巨球蛋白血癥和其他B細(xì)胞淋巴瘤、鼻咽癌、骨癌、皮膚癌、頭頸癌、皮膚或眼內(nèi)惡性黑素瘤、子宮癌、直腸癌、肛區(qū)癌、胃癌、睪丸癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內(nèi)膜癌、子宮頸癌、陰道癌、陰戶癌、食道癌、小腸癌、內(nèi)分泌系統(tǒng)癌、甲狀腺癌、曱狀旁腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、兒童實(shí)體瘤、膀胱癌、腎或輸尿管癌、腎盂癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)腫瘤、腫瘤血管發(fā)生、脊柱腫瘤、腦干神經(jīng)膠質(zhì)瘤、垂體腺瘤、表皮狀癌、鱗狀細(xì)胞癌、環(huán)境誘發(fā)的癌癥(包括石棉誘發(fā)的癌癥，例如間皮瘤)，和所述癌癥的組合。此外，鑒于PTK7在多種腫瘤細(xì)胞上表達(dá)，本發(fā)明的人抗體、抗體組合物和方法能夠用來治療患有致腫瘤疾病的患者，所述疾病例如是以存在表達(dá)PTK7的腫瘤細(xì)胞為特征的疾病，包括，例如結(jié)腸癌(包括小腸癌)、黑素瘤(例如轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤)、急性髓樣白血病、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、胰腺癌、卵巢癌和前列腺癌。其他致腫瘤疾病患者的例子包括患有以下疾病的患者腎癌(例如腎細(xì)胞癌)、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、腦瘤、慢性或急性白血病(包括急性淋巴細(xì)胞白血病(ALL)、成人T細(xì)胞白血病(T-ALL)、慢性髓樣白血病、急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病)、淋巴瘤(例如何杰金氏淋巴瘤和非何杰金氏淋巴瘤、淋巴細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性CNS淋巴瘤、T細(xì)胞淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、間變性大細(xì)胞淋巴瘤(ALCL)、皮膚T細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)節(jié)性小卵裂細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、倫納特淋巴瘤、免疫母細(xì)胞性淋巴瘤、T細(xì)胞白血病/'淋巴瘤(ATLL)、中心母細(xì)胞/中心細(xì)胞性(cb/cc)濾泡性淋巴瘤、B系彌漫性大細(xì)胞淋巴瘤、血管免疫母細(xì)胞性淋巴結(jié)病(AILD)-樣T細(xì)胞淋巴瘤和HIV相關(guān)體腔淋巴瘤)、胚胎性癌、未分化鼻咽癌(例如施明克瘤)、卡斯?fàn)柭?、卡波西肉瘤、多發(fā)性骨髓瘤、沃爾登斯特倫巨球蛋白血癥和其他B細(xì)胞淋巴瘤、鼻咽癌、骨癌、皮膚癌、頭頸癌、皮膚或眼內(nèi)惡性黑素瘤、子宮癌、直腸癌、肛區(qū)癌、胃癌、睪丸癌、子宮癌、輸卵管癌、子宮內(nèi)膜癌、子宮頸癌、陰道癌、陰戶癌、食道癌、小腸癌、內(nèi)分泌系統(tǒng)癌、甲狀腺癌、曱狀旁腺癌、腎上腺癌、軟組織肉瘤、尿道癌、陰莖癌、兒童實(shí)體瘤、膀胱癌、腎或輸尿管癌、腎盂癌、中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)腫瘤、腫瘤血管發(fā)生、脊柱腫瘤、腦千神經(jīng)膠質(zhì)瘤、垂體腺瘤、表皮狀癌、鱗狀細(xì)胞癌、環(huán)境誘發(fā)的癌癥(包括石棉誘發(fā)的癌癥，例如間皮瘤)，和所述癌癥的組合。因此，在一個實(shí)施方案中，本發(fā)明提供一種抑制受試者中腫瘤細(xì)胞生長的方法，包括給受試者施用治療有效量的抗PTK7抗體或其抗原結(jié)合部分。優(yōu)選地，該抗體是人抗PTK7抗體(如本文所述的任何人抗人PTK7抗體)。另外或者可替代地，該抗體可以是嵌合或人源化抗PTK7抗體。在一個實(shí)施方案中，本發(fā)明的抗體(例如人單克隆抗體、多特異性和雙特異性分子和組合物)可以用來檢測PTK7的水平或在其膜表面上含有PTK7的細(xì)胞的水平，然后可以將該水平與特定疾病癥狀相關(guān)耳關(guān)?；蛘?，這些抗體可以用來抑制或阻斷PTK7功能，又可以將此功能與特定疾病癥狀的預(yù)防或好轉(zhuǎn)相關(guān)聯(lián)，由此使PTK7作為疾病的介質(zhì)。這可以如下實(shí)現(xiàn)在允許抗體和PTK7之間形成復(fù)合體的條件下將實(shí)-瞼樣品和對照樣品與抗PTK7抗體相接觸。一企測在抗體和PTK7之間形成的任何復(fù)合體，并在實(shí)驗樣品和對照之間進(jìn)行比較。在另外一個實(shí)施方案中，在開始時可以4企測本發(fā)明的抗體(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子和組合物)與體外治療或診斷應(yīng)用相關(guān)的結(jié)合活性。例如，可以利用以下實(shí)施例中所述的流式細(xì)月包試-驗檢測本發(fā)明的組合物。本發(fā)明的抗體(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子、免疫偶聯(lián)物和組合物)在PTK7相關(guān)疾病的治療和i貪斷中具有另外的應(yīng)用。例如，人單克隆抗體、多特異性或雙特異性分子和免疫偶聯(lián)物可以用來在體內(nèi)或體外引起一種或多種以下生物學(xué)活性抑制表達(dá)PTK7的細(xì)胞的生長和/或殺死該細(xì)胞；在人效應(yīng)細(xì)胞的存在下介導(dǎo)表達(dá)PTK7的細(xì)胞的吞噬作用或ADCC;或者阻斷PTK7配體與PTK7的結(jié)合。在一個特定實(shí)施方案中，在體內(nèi)應(yīng)用抗體(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子和組合物)治療、預(yù)防或診斷多種PTK7相關(guān)疾病。PTK7相關(guān)疾病的例子尤其包括結(jié)腸癌(包括小腸癌)、黑素瘤(例如轉(zhuǎn)移性惡性黑素瘤)、急性髓樣白血病、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、胰腺癌、卵巢癌和前列腺癌。在體內(nèi)和體外施用本發(fā)明的抗體組合物(例如人單克隆抗體、多特異性和雙特異性分子和免疫偶聯(lián)物)的適宜途徑在本領(lǐng)域中公知，并且可以由本領(lǐng)域沖支術(shù)人員選4奪。例如，抗體組合物可以通過注射(例如靜脈內(nèi)或皮下)給藥。使用的分子的適宜劑量將取決于受試者的年齡和體重以及抗體組合物的濃度和/或配方。如前所述，本發(fā)明的人抗PTK7抗體可以與一種或多種其他治療劑例如細(xì)胞毒劑、放射性毒劑或免疫抑制劑共同給藥。抗體可以與治療劑連接(作為免疫復(fù)合物)，或者可以與治療劑分開給藥。對于后者(分開給藥)，抗體可以在治療劑之前、之后或同時給藥，也可以與其他已知治療如抗癌治療例如放射治療共同應(yīng)用。這些治療劑尤其包括抗肺瘤劑，如多柔比星(阿霉素)、順柏、硫酸博來霉素、卡莫司汀、苯丁酸氮芥和環(huán)磷酰胺、羥基脲，它們本身僅在對患者具有毒性或亞毒性的水平時才有效。順鉑以100mg/劑的劑量靜脈內(nèi)給藥，每4周1次，阿霉素以60-75mg/ml的劑量靜脈內(nèi)給藥，每21天1次。本發(fā)明的人抗PTK7抗體或其抗原結(jié)合片段與化療劑的共同給藥提供了兩種抗癌劑，它們通過不同的對人腫瘤細(xì)胞產(chǎn)生細(xì)胞毒性作用的4幾制起作用。這種共同給藥能夠解決由于發(fā)展耐藥性或腫瘤細(xì)胞抗原性改變(這將使它們對抗體沒有反應(yīng)性)引起的問題。在一個實(shí)施方案中，通過將化合物與抗體連接，可以利用本發(fā)明的免疫偶聯(lián)物將該化合物(例如治療劑、標(biāo)記物、細(xì)胞毒素、放射毒素、免疫抑制劑等)靶向至具有PTK7細(xì)胞表面受體的細(xì)胞。例如，抗PTK7抗體可以與美國專利No.6,281,354和6，548，530、美國專利7>開Nos.20030050331、20030064984、20030073852和20040087497所述或WO03/022806(所述文獻(xiàn)全文引入本文作為參考)公開的任一種毒素化合物偶聯(lián)。因此，本發(fā)明也提供用于離體或在體內(nèi)定位表達(dá)PTK7的細(xì)胞(例如應(yīng)用可4全測標(biāo)記物，如》文射性同位素、熒光化合物、酶或酶輔因子)的方法?；蛘?，免疫偶聯(lián)物通過將細(xì)胞毒素或放射毒素靶向至PTK7，也可以用來殺傷具有PTK7細(xì)J包表面受體的細(xì)月包。耙標(biāo)特異性效應(yīng)細(xì)胞，例如與本發(fā)明的組合物(例如人抗伴、、多特異性和雙特異性分子)連接的效應(yīng)細(xì)胞，也可以用作治療劑。用于靶向的效應(yīng)細(xì)胞可以是人白細(xì)胞，如巨噬細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞或單核細(xì)胞。其他細(xì)胞包括嗜酸性細(xì)胞、自然殺傷細(xì)胞和其他帶有IgG或IgA受體的細(xì)胞。需要時，效應(yīng)細(xì)胞可以從將要治療的受試者中獲得。靶標(biāo)特異性效應(yīng)細(xì)胞可以作為細(xì)胞在生理學(xué)可接受的溶液中的懸浮液施用。施用的細(xì)胞數(shù)可以是108-109個的數(shù)量級，但是根據(jù)治療目的而不同。通常，該量足以獲得在靶細(xì)胞處例如在表達(dá)PTK7的腫瘤細(xì)胞處的局部化，以及通過例如吞噬作用實(shí)現(xiàn)對細(xì)胞的殺傷。施用途徑也可以不同。應(yīng)用靶標(biāo)特異性效應(yīng)細(xì)胞的治療可以與其他清除靶細(xì)胞的技術(shù)一起進(jìn)行。例如，使用本發(fā)明的組合物(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子)和/或帶有這些組合物的效應(yīng)細(xì)胞的抗腫瘤治療可以與化學(xué)治療一起使用。另外，可以應(yīng)用聯(lián)合免疫治療將兩種不同的細(xì)胞毒性效應(yīng)群體導(dǎo)向至肺瘤細(xì)胞排斥。例如，與抗Fc-yRI或抗CD3連接的抗PTK7抗體可以與IgG或IgA受體特異性結(jié)合劑一起使用。本發(fā)明的雙特異性和多特異性分子也可以用來調(diào)節(jié)效應(yīng)細(xì)胞上的FcYR或FcyR水平，例如通過對細(xì)胞表面上的受體加帽(capping)以及將其清除?？?Fc受體抗體的混合物也可以用于該目的。具有補(bǔ)體結(jié)合位點(diǎn)(如來自IgGl、-2或-3或^1^的補(bǔ)體結(jié)合部分)的本發(fā)明的組合物(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子和免疫偶聯(lián)物)，也可以在補(bǔ)體的存在下使用。在一個實(shí)施方案中，用本發(fā)明的結(jié)合劑和適宜的效應(yīng)細(xì)胞離體處理含有靶細(xì)胞的細(xì)胞群體能夠通過加入補(bǔ)體或含有補(bǔ)體的血清來實(shí)現(xiàn)。補(bǔ)體蛋白的結(jié)合能夠改善用本發(fā)明的結(jié)合劑包被的靶細(xì)胞的吞噬作用。在另一實(shí)施方案中，用本發(fā)明的組合物(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子)包被的靶細(xì)胞也能夠被補(bǔ)體裂解。在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明的組合物不激活補(bǔ)體。本發(fā)明的組合物(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子和免疫偶聯(lián)物)也可以與補(bǔ)體一起施用。因此，含有人抗體、多特異性或雙特異性分子和血清或補(bǔ)體的組合物也在本發(fā)明的范圍內(nèi)。這些組合物是有利的，因為補(bǔ)體與人抗體、多特異性或雙特異性分子緊密接近?；蛘撸景l(fā)明的人抗體、多特異性或雙特異性分子和補(bǔ)體或血清也可以分開施用。因此，可以給用本發(fā)明的抗體組合物治療的患者(在本發(fā)明的人抗體給藥之前、同時或之后)另外施用另一種治療劑，如細(xì)胞毒劑或放射性毒劑，該治療劑可以增強(qiáng)或增加人抗體的治療效果。在另外一些實(shí)施方案中，可以另外用調(diào)節(jié)(例如增強(qiáng)或抑制)Fcy或Fcy受體的表達(dá)或活性的藥物治療受試者，例如用細(xì)胞因子治療受試者。在用多特異性分子治療過程中施用的優(yōu)選細(xì)胞因子包括粒細(xì)胞集落刺激因子(G-CSF)、粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)、干擾素-Y(IFN-y)和腫瘤壞死因子(TNF)。本發(fā)明的組合物(例如人抗體、多特異性和雙特異性分子)也可以用來導(dǎo)向表達(dá)FcYR或PTK7的細(xì)胞，例如用于標(biāo)記這些細(xì)胞。對于這種應(yīng)用，可以將結(jié)合劑與能夠被檢測到的分子連接。因此，本發(fā)明提供離體或在體外定位表達(dá)Fc受體如FcyR或PTK7的細(xì)胞的方法?？蓹z測標(biāo)記物可以是，例如放射性同位素、熒光化合物、酶或酶輔因子。本發(fā)明的范圍內(nèi)還包括藥盒，所述藥盒包括本發(fā)明的抗體組合物(例如人抗體、多特異性或雙特異性分子，或免疫偶聯(lián)物)和使用說明。該藥盒可以進(jìn)一步包括一種或多種另外的試劑如免疫抑制劑、細(xì)胞毒性劑或放射性毒劑或一種或多種另外的本發(fā)明的人抗體(例如，具有補(bǔ)充活性的人抗體，它所結(jié)合的PTK7抗原上的表位與第一人抗體不同)。藥盒一般包括說明藥盒內(nèi)容物預(yù)期用途的標(biāo)簽。術(shù)語"標(biāo)簽"包括附加在試劑盒上或試劑盒提供的或以其他方式隨試劑盒提供的任何書面的或記錄的材^K本發(fā)明進(jìn)一步通過下面的實(shí)施例進(jìn)4亍闡述，不應(yīng)將這些實(shí)施例理解為進(jìn)一步的限制。全部附圖和在本申請中引用的全部參考文獻(xiàn)、專利和公開專利申請的內(nèi)容均引入本文作為參考。實(shí)施例實(shí)施例l:抗PTK7人單克隆抗體的產(chǎn)生抗原免疫方案^f吏用以下兩種物質(zhì)作為抗原(i)包含具有myc和his標(biāo)簽的PTK7胞外部分的重組融合蛋白，和(ii)膜結(jié)合的全長PTK7。這兩種抗原都是通過重組轉(zhuǎn)染法在CHO細(xì)胞系中產(chǎn)生的。轉(zhuǎn)基因HuMab和KM小鼠tm用表達(dá)人抗體基因的HuMab轉(zhuǎn)基因小鼠的HCo7和HCol2株和轉(zhuǎn)基因轉(zhuǎn)染色體小鼠的KM抹制備抗PTK7的完全人單克隆抗體。在這些小鼠抹的每一個中，已經(jīng)如Chen等(1993)EMBOJ.12:81l-820所述將內(nèi)源小鼠k輕鏈基因純合地破壞，并且已經(jīng)如PCTV^布WO01/09187的實(shí)施例l所述將內(nèi)源小鼠重鏈基因純合地破壞。這些小鼠林均攜帶如Fishwild等(1996)NatureBiotechnology14:845-851所述的人k輕鏈轉(zhuǎn)基因KCo5。HCo7株帶有如美國專利5，770，429、5，545，806、5，625,825和5,545,807所述的HCo7人重鏈轉(zhuǎn)基因。HCol2抹帶有如WO01/09187的實(shí)施例2或WO01/14424的實(shí)施例2中所述的HCol2人重鏈轉(zhuǎn)基因。KM抹含有如PCT公布WO02/43478所述的SC20轉(zhuǎn)染色體。HuMab和KM的免疫為了產(chǎn)生抗PTK7的完全人單克隆抗體，用純化的重組PTK7融合蛋白和PTK7轉(zhuǎn)染的CHO細(xì)胞作為抗原免疫HuMab小鼠和KM小鼠，。HuMab小鼠的一般性免疫方案在Lonberg,N.等(1994)Nature368(6474):856-859;Fishwild，D.等(1996)NatureBiotechnology14:845-851和PCT公布WO98/24884中描述。在第一次輸注抗原時小鼠為6-16周齡。利用純化的PTK7融合蛋白抗原的重組制品(5-50jug)和5-lOxlO6細(xì)胞經(jīng)腹膜內(nèi)、皮下(Sc)或者通過足墊注射來免疫HuMab小鼠和KM小鼠tm。轉(zhuǎn)基因小鼠用在完全弗氏佐劑或Ribi佐劑中的抗原腹膜內(nèi)免疫兩(最多總共ll次免疫)。通過眼眶后采血監(jiān)測免疫應(yīng)答。通過ELISA對血漿進(jìn)行篩選(如下文所述)，用具有足夠的抗PTK7人免疫球蛋白效價的小鼠進(jìn)行融合。用抗原經(jīng)靜脈內(nèi)對小鼠進(jìn)行加強(qiáng)免疫，3天后處死小鼠，并取出脾臟。每種抗原一般進(jìn)行10-35次融合。每種抗原免疫幾十只小鼠。產(chǎn)生抗PTK7抗體的HuMab或KM小鼠tm的逸捧為了選擇產(chǎn)生可與PTK7結(jié)合的抗體的HuMab或KM小鼠tm，通過如Fishwild,D.等(1996)所述的ELISA來檢測來自被免疫小鼠的血清。簡要地說，用在PBS中濃度為1-2ng/ml的從轉(zhuǎn)染的CHO細(xì)胞中純化的重組PTK7融合蛋白以100m1/孔的量包被微量滴定板，于4°C孵育過夜，然后用200i^l/孔的PBS/Tween(0.05Q/o)中的5。/。胎牛血清封閉。將來自PTK7免疫的小鼠的血清稀釋液加入各孔中，在環(huán)境溫度下孵育l-2小時。用PBS/Tween洗板，然后與辣根過氧化物酶(HRP)偶聯(lián)的山羊抗人IgG多克隆抗體在室溫下孵育l小時。洗滌后，測定板用ABTS底物(Sigma，A-1888,0.22mg/ml)顯色，并用分光光度計在OD415-495處分析。用顯示最高抗PTK7抗體效價的小鼠進(jìn)行融合。融合如下文所述進(jìn)行，并通過ELISA檢測雜交瘤上清液的抗PTK7活性。產(chǎn)生抗PTK7人單克隆抗體的雜交瘤的制備根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)程序使用PEG將從HuMab小鼠中分離的小鼠脾細(xì)胞與小鼠骨髓瘤細(xì)胞系融合。然后根據(jù)抗原特異性抗體的產(chǎn)生篩選獲得的雜交瘤。<吏用50%PEG(Sigma)將來自被免疫小鼠的脾細(xì)胞的單細(xì)胞懸液與l/4數(shù)目的SP2/0非分泌型小鼠骨髓瘤細(xì)胞(ATCC,CRL1581)融合。將細(xì)胞以約lxl0V孔的密度接種于平底樣i量滴定;f反上，然后在選擇性培養(yǎng)基中孵育大約兩周，該選擇性培養(yǎng)基在加有5mMHEPES、0.055mM(3-巰基乙醇、50mg/ml慶大霉素和lxHAT(Sigma;CRLP-7185)的DMEM(Mediatech,CRL10013，含有高濃度葡萄糖、L-谷氨酰胺和丙酮酸鈉)中含有10%胎牛血清、10%P388DI(ATCC,CRLTIB-63)條件基質(zhì)、3-5%origen(IGEN)。一至兩周之后，在用HT替換了HAT的培養(yǎng)基中培養(yǎng)細(xì)胞。然后通過ELISA(如上所述)針對人抗PTK7單克隆IgG抗體篩選各個孔。一旦發(fā)生廣泛的雜交瘤生長，則通常在10-14天后監(jiān)測培養(yǎng)基。將分泌抗體的雜交瘤再次平板接種，再次篩選，并且如果其對于人IgG仍然是陽性，則通過有限稀釋將抗PTK7單克隆抗體亞克隆至少兩次。然后在體外培養(yǎng)穩(wěn)定的亞克隆，以在組織培養(yǎng)基中產(chǎn)生少量的抗體用于進(jìn)一步表征。選擇雜交瘤克隆3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8進(jìn)一步分析。實(shí)施例2:人單克隆抗體3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8的結(jié)構(gòu)表征利用標(biāo)準(zhǔn)PCR技術(shù)分別從3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8雜交瘤中獲得編碼3G8、3G8a、4D5、12C6、12C6a和7C8單克隆抗體的重鏈和輕鏈可變區(qū)的cDNA序列，并利用標(biāo)準(zhǔn)DNA測序技術(shù)進(jìn)行測序。3G8的重鏈可變區(qū)的核普酸和氨基酸序列分別顯示于圖1A和SEQIDNO:41和1中。3G8的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖1B和SEQIDNO:45和5中。3G8重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，3G8重鏈采用了來自人種系VH3-30.3的VH區(qū)段、未確定的D區(qū)段和來自人種系JH4b的JH區(qū)段。3G8VH序列與種系VH3-30.3序列的比對顯示在圖5中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對3G8VH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖1A和5以及SEQIDNO:11、15和19所示。3G8輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，3G8輕鏈采用了來自人種系VKL15的VL區(qū)段和來自人種系JK1的JK區(qū),殳。3G8VL序列與種系VKL15序列的比對顯示于圖9中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對3G8VL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖1B和9以及SEQIDNO:23、29和35所示。3G8a的重鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖1A和SEQIDNO:41和1中。3G8a的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖1C和SEQIDNO:46和6中。3G8a重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，3G8a重鏈采用了來自人種系VH3-30.3的VH區(qū)段、未確定的D區(qū)段和來自人種系JH4b的JH區(qū)段。3G8aVH序列與種系VH3-30.3序列的比對顯示于圖5中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對3G8aVH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖1A和5以及SEQIDN0:11、15和19所示。3G8a輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，3G8a輕鏈采用了來自人種系VKL15的VL區(qū)段和來自人種系JK3的JK區(qū)段。3G8aVL序列與種系VKL15序列的比對顯示于圖9中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對3G8aVL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖1C和9以及SEQIDNO:24、30和36所示。4D5的重鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖2A和SEQIDNO:42和2中。4D5的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖2B和SEQIDNO:47和7中。4D5重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，4D5重鏈采用了來自人種系VH3-30.3的VH區(qū)段、未確定的D區(qū)段和來自人種系JH4b的JH區(qū)段。4D5VH序列與種系VH3-30.3序列的比對顯示于圖6中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對4D5VH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖2A和6以及SEQIDNO:12、16和20所示。4D5輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，4D5輕鏈采用了來自人種系VKA10的VL區(qū)段和來自人種系JK5的JK區(qū)^殳。4D5VL序列與種系VKA10序列的比對顯示于圖10中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對4D5VL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖2B和10以及SEQIDNO:25、31和37所示。12C6的重鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖3A和SEQIDNO:43和3中。12C6的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖3B和SEQIDNO:48和8中。12C6重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，12C6重鏈采用了來自人種系VHDP44的VH區(qū)段、未確定的D區(qū)段和來自人種系JH4b的JH區(qū)段。12C6VH序列與種系VHDP44序列的比對顯示于圖7中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對12C6VH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖3A和7以及SEQIDNO:13、17和21所示。12C6輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，12C6輕鏈采用了來自人種系VKA27的VL區(qū)段和來自人種系JK2的JK區(qū)段。12C6VL序列與種系VKA27序列的比對顯示于圖11中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對12C6VL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖3B和11以及SEQIDNO:26、32和38所示。12C6a的重鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖3A和SEQIDNO:43和3中。12C6a的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖3C和SEQIDNO:49和9中。12C6a重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，12C6a重鏈采用了來自人種系VHDP44的VH區(qū)段、未確定的D區(qū)段和來自人種系JH4b的JH區(qū)段。12C6aVH序列與種系VHDP44序列的比對顯示于圖7中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對12C6aVH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖3A和7以及SEQIDNO:13、17和21所示。12C6a輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，12C6a輕鏈采用了來自人種系VKL15的VL區(qū)段和來自人種系JK2的JK區(qū)4殳。12C6aVL序列與種系VKL15序列的比對顯示于圖12中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對12C6aVL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖3C和12以及SEQIDNO:27、33和39所示。7C8的重鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖4A和SEQIDNO:44和4中。7C8的輕鏈可變區(qū)的核苷酸和氨基酸序列分別顯示于圖4B和SEQIDNO:50和10中。7C8重鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白重鏈序列的比較證明，7C8重鏈采用了來自人種系VH3-33的VH區(qū)段、來自人種系3-10的D區(qū)段和來自人種系JH6b的JH區(qū)段。7C8VH序列與種系VH3-33序列的比對顯示于圖8中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對7C8VH序列的進(jìn)一步分析勾畫出了重鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖4A和8以及SEQIDNO:14、18和22所示。7C8輕鏈免疫球蛋白序列與已知人種系免疫球蛋白輕鏈序列的比較證明，7C8輕鏈采用了來自人種系VKL6的VL區(qū)段和來自人種系JK3的JK區(qū)4殳。7C8VL序列與種系VKL6序列的比對顯示于圖13中。利用KabatCDR區(qū)測定系統(tǒng)對7C8VL序列的進(jìn)一步分析勾畫出了輕鏈CDR1、CDR2和CDR3區(qū)，分別如圖4B和13以及SEQIDNO:28、34和40所示。實(shí)施例3:mAb12C6的突變和替代種系應(yīng)用如以上實(shí)施例2所述，單克隆抗體12C6和12C6a使用了來源于在HuMab小鼠林的HCo7轉(zhuǎn)基因中存在的人DP-44種系序列的重鏈可變區(qū)。由于DP-44不是天然人免疫球蛋白全部組成成分使用的種系序列，因此使12C6和12C6a的VH序列突變以降低潛在的免疫原性是有利的。優(yōu)選地，將12C6或12C6aVH序列的一個或多個構(gòu)架殘基突變?yōu)樵谔烊蝗嗣庖咔虻鞍兹拷M成成分中使用的結(jié)構(gòu)相關(guān)的VH種系序列構(gòu)架中存在的殘基。例如，圖7顯示了12C6和12C6a的VH序列與DP44種系序列的比對，以及與兩種結(jié)構(gòu)上相關(guān)的人種系序列VH3-23和VH3-7的比對。由于這些序列具有相關(guān)性，可以預(yù)測到人們能夠選擇與人PTK7特異性結(jié)合并且采用來源于VH3-23或VH3-7種系序列的VH區(qū)的人抗體。而且，可以將與VH3-23或VH3-7序列中相當(dāng)位置處的殘基不同的12C6或12C6aVH序列內(nèi)的一個或多個殘基突變?yōu)樵赩H3-23或VH3-7中存在的殘基，或其保守氨基酸置換。實(shí)施例4:抗PTK7人單克隆抗體的結(jié)合特異性和結(jié)合動力學(xué)的表征在該實(shí)施例中，通過Biacore分析檢測了抗PTK7抗體的結(jié)合親和力和結(jié)合動力學(xué)。通過流式細(xì)胞分析檢測了結(jié)合特異性和交叉竟?fàn)帯Ｍㄟ^流式細(xì)胞術(shù)測定的結(jié)合特異性開發(fā)在細(xì)胞表面上表達(dá)重組人PTK7的HEK3細(xì)胞系，并通過流式細(xì)胞術(shù)用該細(xì)胞系檢測PTK7人單克隆抗體的特異性。用含有編碼跨膜形式PTK7的全長cDNA的表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)染HEK3細(xì)胞。7C8抗PTK7人單克隆抗體的結(jié)合如下評價將轉(zhuǎn)染的細(xì)胞與濃度為IO!ig/ml的抗PTK7人單克隆抗體一起孵育。洗滌細(xì)胞，用FITC標(biāo)記的抗人IgG抗體檢測結(jié)合。用FACScan流式細(xì)胞儀(BectonDickinson,SanJose,CA)進(jìn)行流式細(xì)胞分析。結(jié)果顯示在圖14中?？筆TK7人單克隆抗體7C8與PTK7轉(zhuǎn)染的HEK3細(xì)胞結(jié)合，而不與未用人PTK7轉(zhuǎn)染的HEK3細(xì)胞結(jié)合。該數(shù)據(jù)證明了抗PTK7人單克隆抗體對PTK7的特異性。通過ELISA測定的結(jié)合特異性還通過標(biāo)準(zhǔn)ELISA評價了抗PTK7抗體的結(jié)合，以檢測與PTK7結(jié)合的特異性。檢測了重組PTK7胞外域與不同濃度的抗PTK7人單克隆抗體3G8、4D5、12C6和12C6a的結(jié)合。進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)ELISA步驟。以10ng/ml的起始濃度加入抗PTK7人單克隆抗體，并且以l:2的稀釋度系列稀釋。用辣根過氧化物酶(HRP)偶聯(lián)的山羊抗人IgG(K鏈特異性)多克隆抗體作為第二抗體。結(jié)果顯示在圖15中?？筆TK7人單克隆抗體3G8、4D5、12C6和12C6a都與PTK7結(jié)合。該數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7人單克隆抗體對PTK7的特異性?？筆TK7抗體的表位作圖利用流式細(xì)胞術(shù)確定抗PTK7HuMAb的表位分組。用含有編碼跨膜形式PTK7的全長cDNA的表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)染維爾姆斯腫瘤細(xì)胞G-401(ATCC保藏號CRL-1441)。如下評價每種抗PTK7人單克隆抗體的表位結(jié)合將lxl()S個轉(zhuǎn)染的細(xì)胞與10jLig/ml的冷抗PTK7人單克隆抗體一起孵育，洗滌，然后添加10jug/ml的熒光偶聯(lián)的抗PTK7人單克隆抗體。用FITC標(biāo)記的抗人IgG抗體4全測結(jié)合。用FACScan流式細(xì)胞4義(BectonDickinson,SanJose,CA)進(jìn)行流式細(xì)胞分析。分析數(shù)據(jù)后，將抗PTK7抗體歸類為3個表位組——A組，包括7D11;B組，包括3G8和3G8a;C組，包括7C8、12C6和12C6a。實(shí)施例5:抗PTK7抗體與人癌細(xì)胞表面上表達(dá)的PTK7結(jié)合的表征檢測腎母細(xì)胞瘤維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系G-401(ATCC保藏號CRL-1441)與不同濃度的HuMAb抗PTK7人單克隆抗體12C6和7C8的結(jié)合。抗PTK7人單克隆抗體的結(jié)合如下評價將lxl()S個細(xì)胞與起始濃度為30jug/ml的抗體一起孵育并且以l:IO的稀釋度系列稀釋該抗體。洗滌細(xì)胞，用PE標(biāo)記的抗人IgG抗體檢測其結(jié)合。使用FACScan流式細(xì)胞儀(BectonDickinson,SanJose,CA)進(jìn)行流式細(xì)胞分析。結(jié)果顯示在圖16中。根據(jù)染色的平均熒光強(qiáng)度(MFI)測定，抗PTK7單克隆抗體12C6和7C8以濃度依賴性方式與腎母細(xì)胞瘤維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系結(jié)合?？筆TK7單克隆抗體12C6和7C8的EC5o值分別為4.035nM和3.428nM。這些數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7HuMAb與腎癌細(xì)胞系結(jié)合。實(shí)施例6:人抗PTK7抗體與癌細(xì)胞系的結(jié)合通過流式細(xì)胞術(shù)檢測了抗PTK7抗體與多種癌細(xì)胞系的結(jié)合。3G8、12C6a、4D5和12C6抗PTK7人單克隆抗體與一組癌細(xì)胞系的結(jié)合如下評價將癌細(xì)胞系與濃度為10jug/ml的抗PTK7人單克隆抗體一起孵育。檢測的癌細(xì)胞系是A-431(ATCC保藏號CRL-1555)、維爾姆斯腫瘤細(xì)胞G-401(ATCC保藏號CRL-1441)、Saos-2(ATCC保藏號HTB-85)、SKOV-3(ATCC保藏號HTB-77)、PC3(ATCC保藏號CRL-1435)、DMS114(ATCC保藏號CRL-2066)、AC麗(ATCC保藏號CRL-1611)、LNCaP(ATCC保藏號CRL-1740)、DU145(ATCC保藏號HTB-81)、LoVo(ATCC保藏號CCL-229)和MIAPaCa-2(ATCC保藏號CRL-1420)。用同種型對照抗體作為陰性對照。洗滌細(xì)胞，用FITC標(biāo)記的抗人IgG抗體檢測其結(jié)合。使用FACScan流式細(xì)胞儀(BectonDickinson,SanJose,CA)進(jìn)行流式細(xì)胞分析。結(jié)果顯示在圖17中。才艮據(jù)染色的平均熒光強(qiáng)度(MFI)測定，抗PTK7單克隆抗體3G8、12C6a、4D5和12C6與癌細(xì)胞系A(chǔ)-431、維爾姆斯肺瘤細(xì)胞G-401、Saos-2、SKOV-3、PC3、DMS114、AC麗、LNCaP、DU145、LoVo和MIAPaCa-2結(jié)合。這些數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7HuMAb與表達(dá)細(xì)胞表面PTK7的多種癌細(xì)月包結(jié)合。實(shí)施例7:抗PTK7與人T、B和樹突細(xì)胞的結(jié)合3巴個孑sr觀的CD4+、CD8+T細(xì)胞、CD19+B細(xì)胞和人血骨髓樹突細(xì)胞的結(jié)合。在與人抗PTK7單克隆抗體結(jié)合之前，用抗CD3抗體活化人T細(xì)胞，以誘導(dǎo)T細(xì)胞上PTK7的表達(dá)。通過將細(xì)胞與濃度為IO(^g/ml的抗PTK7人單克隆抗體一起孵育來評價7C8抗PTK7人單克隆抗體的結(jié)合。在某些實(shí)-險中，使用可與T和B細(xì)胞特異性標(biāo)記結(jié)合的已知抗體作為陽性對照。洗滌細(xì)胞，用FITC標(biāo)記的抗人IgG抗體檢測其結(jié)合。使用FACScan流式細(xì)月包儀(BectonDickinson,SanJose,CA)進(jìn)行流式細(xì)月包分析。結(jié)果顯示在圖18(活化的人T細(xì)胞和B細(xì)胞)和圖19(樹突細(xì)胞)中。根據(jù)染色的平均熒光強(qiáng)度(MFI)測定，抗PTK7單克隆抗體7C8與活化的人CD4+和CD8+T細(xì)胞和樹突細(xì)胞結(jié)合，而不與B細(xì)胞結(jié)合。這些數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7HuMAb與人T細(xì)胞和樹突細(xì)胞結(jié)合。實(shí)施例8:抗PTK7單克隆抗體的內(nèi)化使用Hum-Zap內(nèi)化試驗檢測了抗PTK7HuMAb向表達(dá)PTK7的細(xì)胞系中內(nèi)化的能力。Hmn-Zap試驗通過第二抗體的結(jié)合檢測第一人抗體的內(nèi)化，該第二抗體對偶聯(lián)到毒素肥皂草毒蛋白(saporin)上的人IgG具有親和性。將表達(dá)PTK7的癌細(xì)胞系維爾姆斯腫瘤G-401(ATCC保藏號CRL-1441)、A-431(ATCC保藏號CRL-1555)和PC3(ATCC保藏號CRL-1435)以lxl()4個細(xì)胞/孔的密度直接接種在100(al孔中。將抗PTK7HuMAb抗體3G8、4D5、12C6或7C8以30nM的初始濃度加入到孔中，并以l:3的系列稀釋度向下滴定。使用對于PTK7非特異性的同種型對照抗體作為陰性對照。以11nM的濃度加入Hum-Zap(AdvancedTargetingSystems,SanDiego，CA，IT-22-25),并將板孵育72小時。然后用l.OCPH-胸苷將板脈沖M小時，收獲，并用TopCount閃爍計數(shù)器(PackardInstruments,Meriden,CT)讀數(shù)。結(jié)果在圖20A-D中顯示?？筆TK7抗體3G8、4D5、12C6和7C8顯示在表達(dá)PTK7的維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系中3H-胸苷摻入以抗體濃度依賴性的方式降低?？筆TK7抗體12C6和7C8顯示在表達(dá)PTK7的癌細(xì)胞系A(chǔ)-431和PC3中&-胸苷摻入以抗體濃度依賴性的方式降低?？筆TK7抗體3G8、4D5、12C6和7C8對于維爾姆斯肺瘤細(xì)胞的ECso值分別為0.6437nM、0.2516nM、0.2053nM和O.1788nM?？筆TK7抗體12C6和7C8對于A-431細(xì)胞的ECso值分別為0.1657nM和O.1826nM?？筆TK7抗體12C6和7C8對于PC3胂瘤細(xì)胞的EC5o值分別為0.3175nM和0.2648nM。該數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7抗體3G8、4D5、12C6和7C8內(nèi)化到癌細(xì)胞中。實(shí)施例9:與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體對人癌細(xì)胞系的細(xì)胞殺傷的評價在該實(shí)施例中，利用細(xì)胞增殖試驗檢測了與毒素偶聯(lián)的抗PTK7單克隆抗體殺傷PTK7+人癌細(xì)胞系的能力?？筆TK7HuMAb抗體12C6a與毒素通過諸如肽、腙或二硫化物連接體等連接體偶聯(lián)?？梢耘c本發(fā)明抗體偶聯(lián)的毒素化合物的例子在代理人案巻號為04280/100M629US3、于2005年9月26日提交的申請中描述。將表達(dá)PTK7的維爾姆斯腫瘤人腎癌細(xì)胞系G-401(ATCC保藏號CRL-1441)以104個細(xì)胞/孔的密度接種在100)Lil孔中3小時。向孔中加入初始濃度為100nM的抗PTK7抗體-毒素偶聯(lián)物，并以1:3的連續(xù)稀釋度向下滴定。將板孵育48小時。然后用1liC^H-胸苷對板進(jìn)行脈沖24小時，之后終止培養(yǎng)，收獲，并用TopCount閃爍計數(shù)器(PackardInstruments)讀數(shù)。圖21顯示12C6a-偶聯(lián)物對于維爾姆斯腫瘤細(xì)胞的效果?？筆TK7抗體12C6a顯示在表達(dá)PTK7的維爾姆斯肺瘤人腎癌細(xì)胞系中311-胸苷摻入以抗體-毒素濃度依賴性的方式降低。該數(shù)據(jù)證實(shí)與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體對人腎癌細(xì)胞顯示特異性的細(xì)月包毒性。實(shí)施例10:與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體對人腫瘤細(xì)胞系的細(xì)胞殺傷的評價在該實(shí)施例中，利用細(xì)胞增殖試驗檢測了與毒素偶聯(lián)的抗PTK7單克隆抗體殺傷具有低、中或高細(xì)胞表面PTK7表達(dá)的PTK7+人肺瘤細(xì)胞系的能力?？筆TK7HuMAb抗體12C6a與毒素通過諸如肽、腙或二硫化物連接體等連接體偶聯(lián)。可以與本發(fā)明抗體偶聯(lián)的毒素化合物的例子在代理人案巻號為04280/100M629US3、于2005年9月26日提交的申請中描述。將表達(dá)PTK7的人胂瘤細(xì)胞系A(chǔ)-431、SKOV3和LoVo以大約104個細(xì)胞/孔的密度接種在100)al孔中。預(yù)先用標(biāo)準(zhǔn)FACS試驗檢測細(xì)胞系的細(xì)胞表面PTK7表達(dá)。A-431細(xì)胞系具有最高水平的PTK7細(xì)胞表面表達(dá)，LoVo細(xì)胞系具有最低水平的PTK7細(xì)胞表面表達(dá)。向孔中加入初始濃度為20nM的抗PTK7抗體-毒素偶聯(lián)物，并以1:2的連續(xù)稀釋度向下滴定。用同種型對照抗體作為陰性對照。將板孵育3小時，并洗去未結(jié)合的(游離的)抗體-毒素偶聯(lián)物。將板再繼續(xù)孵育96小時，利用CellTiter-Glo發(fā)光試驗按照說明(Promega，WI,USA，TechnicalbulletinNo.288)使用BIO-TEK讀數(shù)器(Bio-TekInstruments,Inc，VT，USA)根據(jù)細(xì)胞存活力測定殺傷活性(FU,焚光單位)。結(jié)果顯示在圖22中?？筆TK7-毒素偶聯(lián)物顯示在增殖試驗中表達(dá)PTK7的A431高、SKOV3+和LoVo低以抗體-毒素濃度依賴性的方式減少。該數(shù)據(jù)證實(shí)與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體對多種人癌細(xì)胞顯示特異性的細(xì)胞毒性。實(shí)施例ll:應(yīng)用3G8、12C6a、2E11的免疫組化研究使用來自肺癌、乳腺癌、膀胱癌、胰腺癌、結(jié)腸癌、卵巢癌、小腸癌和前列腺癌的臨床活檢組織，通過免疫組化研究檢測抗PTK7HuMAb3G8、12C6a和2El1識別PTK7的能力。對于免疫組化研究，使用5)am的冷凍切片(ArdaisInc，USA)。干燥30分鐘后，將切片用丙酮固定(在室溫下10分鐘)并且風(fēng)干5分鐘。用PBS漂洗玻片，然后與PBS中的10o/。正常山羊血清預(yù)孵育20分鐘，隨后與10iug/ml在含10%正常山羊血清的PBS中的FITC化抗體在室溫下孵育30分鐘。然后用PBS洗滌玻片三次，并與小鼠抗-FITC(10jLig/ml，DAKO)在室溫下孵育30分鐘。再用PBS洗滌玻片，與山羊抗小鼠HRP偶聯(lián)物(DAKO)在室溫下孵育30分鐘。用PBS洗滌玻片三次。用二氨基聯(lián)苯胺(Sigma)作為底物，產(chǎn)生棕色染色。用蒸餾水洗滌后，將玻片用蘇木精復(fù)染l分鐘。然后在流動的蒸餾水中洗滌玻片10秒種，并在甘油凝膠(DAKO)中固定。臨床活檢組織免疫組化染色顯示在肺癌、乳腺癌、膀胱癌、胰腺癌、結(jié)腸癌、卵巢癌、小腸癌和前列腺癌切片中為陽性染色。正常組織一直為PTK7染色陰性，而在惡性腫瘤組織中，觀察到癌活化的成纖維細(xì)胞和癌性上皮細(xì)胞均為PTK7染色陽性。通過用成纖維細(xì)胞活4匕蛋白抗體(FAP,AlexisBiochemicals,SanDiego，USA)染色，在膀胱癌和乳腺癌切片中證實(shí)了癌活化成纖維細(xì)胞的身份。FAP是一種已知的癌活化成纖維細(xì)胞的標(biāo)志物(Hoflieinz等.(2003)逸:44-48)。實(shí)施例12:侵占試-驗在該實(shí)施例中，檢測了抗PTK7抗體影響PTK7轉(zhuǎn)染的CHO細(xì)胞系中的細(xì)胞侵占的能力。該試驗使用HTS96-多孔插入物系統(tǒng)(96-MultiwellInsertSystem)(Cat#351162,BDBiosciences,CA)按照使用說明進(jìn)行。CHO親代細(xì)胞系、用全長PTK7轉(zhuǎn)染的CHO細(xì)胞或?qū)φ誋EK293細(xì)胞系與一組抗PTK7HuMabs或同種型對照抗體混合，然后向插入物中加入細(xì)胞。向侵占板的插入孔中加入混合物(細(xì)胞+抗體組)。于37。C、5。/。C02孵育24小時后，用熒光染料標(biāo)記細(xì)胞，并且用熒光讀板器對侵入膜底部的細(xì)胞進(jìn)行定量。結(jié)果顯示在圖23中。該數(shù)據(jù)證實(shí)抗PTK7抗體抑制在細(xì)胞表面上表達(dá)PTK7的纟田月包的4曼占移動性。實(shí)施例13:使用棵抗PTK7抗體和細(xì)胞毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體治療體內(nèi)胰腺癌細(xì)胞異種移植模型本實(shí)施例公開了用毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體在體內(nèi)治療植有胰腺細(xì)胞癌腫瘤的小鼠，以檢測該抗體對肺瘤生長的體內(nèi)效果。用標(biāo)準(zhǔn)實(shí)-驗室程序在體外擴(kuò)增HPAC(人胰腺腺癌，ATCC保藏號CRL-2119)或其它合適的胰腺癌細(xì)胞。使用6-8周齡的雄性Ncr無胸腺棵鼠(Taconic，Hudson,NY),每只小鼠在右脅腹皮下植入在0.2mlPBS/Matrigel(1:1)中的2.5xl()6個HPAC細(xì)胞。在才直入后對小鼠稱重，并使用電子卡尺在三個維度上測量肺瘤，每周兩次。以高度x寬度x長度/2計算腫瘤體積。將荷有平均90mmS的HPAC腫瘤的小鼠隨機(jī)分入治療組。在第0天，以所示劑量Oimol/kg)給小鼠施用單靜脈內(nèi)劑量的PBS載體、棵抗PTK7抗體或毒素偶聯(lián)的抗PTK7HuMAb。可以與本發(fā)明抗體偶聯(lián)的毒素化合物的例子在未決的美國專利申請序號11A34,826和編號為MEDX-0034US4的未決的美國專利申請中描述。在給藥后的61天里，監(jiān)測小鼠的腫瘤生長。當(dāng)腫瘤達(dá)到腫瘤終點(diǎn)(2000mm"或者潰爛時對小鼠行安樂死。與毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體延緩了腫瘤生長的進(jìn)展。結(jié)果顯示在圖24中。抗PTK7毒素偶聯(lián)物的抗腫瘤效果是劑量依賴性的，在0.3fimol/kg劑量時觀察到最大效果。用抗PTK7毒素偶聯(lián)物治療是良好耐受的，受試者沒有經(jīng)歷中值大于5%的體重減輕(數(shù)據(jù)未顯示)。因此，用抗PTK7抗體-毒素偶聯(lián)物治療對胰腺癌腫瘤生長具有直接的體內(nèi)抑制效果。實(shí)施例14:使用棵抗PTK7抗體和細(xì)胞毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體治療體內(nèi)乳腺癌細(xì)胞異種移植模型本實(shí)施例公開了用毒素偶聯(lián)的抗PTK7抗體在體內(nèi)治療植有阿霉素抗性乳腺癌腫瘤的小鼠，以檢測該抗體對肺瘤生長的體內(nèi)效果。用標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗室程序在體外擴(kuò)增MCF7-adr(對阿霉素具有抗性的人乳腺癌細(xì)胞系)。6-8周齡的雌性CB17.SCID小鼠(Taconic，Hudson,NY)在頸區(qū)植入1.7mg90天釋放雌激素丸，為3.0mm大小(InnovativeResearchofAmerica,Sarasota，F(xiàn)L),—天后每只小鼠在右脅腹皮下植入在0.2mlPBS/Matrigel(l:l)中的10xl()6個MCF7-Adr細(xì)胞。在植入后對小鼠稱重，并使用電子卡尺在三個維度上測量胂瘤，每周兩次。以高度x寬度x長度/2計算腫瘤體積。將荷有平均160mmS的MCF7-adr肺瘤的小鼠隨機(jī)分入治療組。在第0天，給小鼠施用單靜脈內(nèi)劑量O.llumol/kg的PBS載體、棵抗PTK7抗體或毒素偶聯(lián)的抗PTK7HuMAb。可以與本發(fā)明抗體偶聯(lián)的毒素化合物的例子在未決的美國專利申請序號11A34,826和編號為MEDX-0034US4的未決的美國專利申請中描述。在給藥后的63天里，監(jiān)測小鼠的肺瘤生長。當(dāng)腫瘤潰爛時對小鼠行安樂死。結(jié)果顯示在圖25中。抗PTK7抗體毒素偶聯(lián)物延緩了腫瘤生長的進(jìn)展。因此，用抗PTK7抗體-毒素偶聯(lián)物治療對乳腺癌腫瘤生長具有直接的體內(nèi)抑制效果。<table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage88</column></row><table>權(quán)利要求1.一種分離的人單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其中，所述抗體(a)與人PTK7特異性結(jié)合；且(b)與維爾姆斯腫瘤細(xì)胞系(ATCC保藏號CRL-1441)結(jié)合。2.權(quán)利要求l的抗體，其為IgGl或IgG4同種型的全長抗體。3.權(quán)利要求l的抗體，其為抗體片段或單鏈抗體。4.權(quán)利要求l的抗體，其中，該抗體以4.0nM或更低的EC5o與維爾姆斯腫瘤細(xì)胞結(jié)合。5.斥又利要求l的抗體，其中，所述抗體以3.5nM或更低的EC5o與維爾姆斯肺瘤細(xì)胞結(jié)合。6.權(quán)利要求l的抗體，其中，所述抗體進(jìn)一步與選自下組的癌細(xì)胞系結(jié)合A-431(ATCC保藏號CRL-1555)、Saos-2(ATCC保藏號HTB-85)、SKOV國3(ATCC保藏號HTB-77)、PC3(ATCC保藏號CRL國1435)、DMS114(ATCC保藏號CRL-2066)、ACHN(ATCC保藏號CRL-1611)、LNCaP(ATCC保藏號CRL畫1740)、DU145(ATCC保藏號HTB-81)、LoVo(ATCC保藏號CCL-229)和MIAPaCa-2(ATCC保藏號CRL-1420)細(xì)胞系。7.—種分離的人單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其中該抗體與參比抗體交叉竟?fàn)幗Y(jié)合PTK7，其中，所述參比抗體包括(a)包含選自SEQIDNO:1、2、3和4的氨基酸序列的人重鏈可變區(qū)；和(b)包含選自SEQIDNO:5、6、7、8、9和10的氨基酸序列的人輕鏈可變區(qū)。8.權(quán)利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:5的氨基酸序列。9.權(quán)利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:6的氨基酸序列。10.權(quán)利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:2的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:7的氨基酸序列。11.權(quán)利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:8的氨基酸序列。12.權(quán)利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:9的氨基酸序列。13.一又利要求7的抗體，其中，所述人重鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:4的氨基酸序列，所述人輕鏈可變區(qū)包含SEQIDNO:IO的氨基酸序列。14.一種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VH3-30.3基因、VHDP44基因或Vh3-33基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。15.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含來源于人VkL15基因、VkA10基因、VKA27基因或VKL6基因或作為該基因的產(chǎn)物的輕鏈可變區(qū)，其中該抗體與PTK7特異性結(jié)合。16.權(quán)利要求15的分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其進(jìn)一步包含來源于人Vh3-30.3基因、VHDP44基因或人Vh3-33基因或作為該基因的產(chǎn)物的重鏈可變區(qū)。17.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO:ll的重鏈可變區(qū)CDRl(b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3:(d)包含SEQIDNO:23的輕鏈可變區(qū)CDR1:(e)包含SEQIDNO:29的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:35的輕鏈可變區(qū)CDR3。18.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO:ll的重鏈可變區(qū)CDRl(b)包含SEQIDNO:15的重鏈可變區(qū)CDR2;(c)包含SEQIDNO:19的重鏈可變區(qū)CDR3;(d)包含SEQIDNO:24的輕鏈可變區(qū)CDR1;(e)包含SEQIDNO:30的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:36的輕鏈可變區(qū)CDR3。19.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO:12的重鏈可變區(qū)CDR1(b)包含SEQIDNO:16的重鏈可變區(qū)CDR2(c)包含SEQIDNO:20的重鏈可變區(qū)CDR3(d)包含SEQIDNO:25的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:31的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:37的輕鏈可變區(qū)CDR3。20.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO:13的重鏈可變區(qū)CDR1(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3(d)包含SEQIDNO:26的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:32的輕鏈可變區(qū)CDR2;禾(f)包含SEQIDNO:38的輕鏈可變區(qū)CDR3。21.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO:13的重鏈可變區(qū)CDR1(b)包含SEQIDNO:17的重鏈可變區(qū)CDR2(c)包含SEQIDNO:21的重鏈可變區(qū)CDR3(d)包含SEQIDNO:27的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:33的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:39的輕鏈可變區(qū)CDR322.權(quán)利要求l的抗體，其包含(a)包含SEQIDNO(b)包含SEQIDNO(c)包含SEQIDNO(d)包含SEQIDNO14的重鏈可變區(qū)CDR118的重鏈可變區(qū)CDR222的重鏈可變區(qū)CDR328的輕鏈可變區(qū)CDR1(e)包含SEQIDNO:34的輕鏈可變區(qū)CDR2;和(f)包含SEQIDNO:40的輕鏈可變區(qū)CDR3。23.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:1的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:5的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。24.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:l的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:6的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。25.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:2的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:7的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。26.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:8的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。27.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:9的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。28.—種分離的單克隆抗體或其抗原結(jié)合部分，其包含(a)包含SEQIDNO:4的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)；和(b)包含SEQIDNO:IO的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)。29.—種組合物，其含有權(quán)利要求l的抗體或其抗原結(jié)合部分，和藥物可接受的載體。30.—種免疫偶聯(lián)物，其包含與治療劑連接的權(quán)利要求l的抗體或其抗原結(jié)合部分。31.—種組合物，其含有權(quán)利要求30的免疫偶聯(lián)物和藥物可接受的載體。32.權(quán)利要求30的免疫偶聯(lián)物，其中所述治療劑是細(xì)胞毒素。33.—種組合物，其含有權(quán)利要求32的免疫偶聯(lián)物和藥物可接受的載體。34.權(quán)利要求30的免疫偶聯(lián)物，其中所述治療劑是放射性同位素。35.—種組合物，其含有權(quán)利要求34的免疫偶聯(lián)物和藥物可接受的載體。36.—種分離的核酸分子，其編碼權(quán)利要求l的抗體或其抗原結(jié)合部分。37.—種表達(dá)載體，其包含權(quán)利要求36的核酸分子。38.—種宿主細(xì)胞，其包含權(quán)利要求37的表達(dá)栽體。39.—種制備抗PTK7抗體的方法，包括在權(quán)利要求38的宿主細(xì)胞中表達(dá)該抗體，并且從該宿主細(xì)胞中分離該抗體。40.—種治療或預(yù)防以表達(dá)PTK7的胂瘤細(xì)胞生長為特征的疾病的方法，包括給受試者施用治療或預(yù)防該疾病的有效量的權(quán)利要求1的抗體或其抗原結(jié)合部分。41.斥又利要求40的方法，其中，所述疾病是癌癥。42.權(quán)利要求41的方法，其中，所述癌癥選自結(jié)腸癌、肺癌、乳腺癌、胰腺癌、黑素瘤、急性髓樣白血病、腎癌、膀胱癌、卵巢癌和前列^>癌。43.一又利要求42的方法，其中，所述癌癥是胰腺癌。44.權(quán)利要求42的方法，其中，所述癌癥是乳腺癌。全文摘要本發(fā)明提供以高親和力特異性結(jié)合PTK7的分離的單克隆抗體，特別是人單克隆抗體。還提供了編碼本發(fā)明的抗體的核酸分子、表達(dá)載體、宿主細(xì)胞和表達(dá)本發(fā)明的抗體的方法。還提供了包含本發(fā)明的抗體的免疫偶聯(lián)物、雙特異性分子和藥物組合物。本發(fā)明還提供了檢測PTK7的方法，以及使用抗PTK7抗體治療包括癌癥和感染性疾病在內(nèi)的各種疾病的方法。文檔編號C07K16/30GK101360761SQ200680051057公開日2009年2月4日申請日期2006年12月8日優(yōu)先權(quán)日2005年12月8日發(fā)明者C·潘,J·A·特雷特,L-S·盧申請人:米德列斯公司