技術(shù)特征：

1.一種快速大批量設(shè)計(jì)目標(biāo)基因sgrna的方法，其特征在于，包括以下步驟：

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟1中，所述核酸酶為cas9核酸酶或tnpb核酸酶；所述含pam基序的sgrna長(zhǎng)度為19～25nt；

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，在步驟(s2)中，所述比對(duì)的參數(shù)e-value閾值設(shè)為1e-10，比對(duì)到的最大序列數(shù)設(shè)為5；

4.一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，其特征在于，所述計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)用于存儲(chǔ)計(jì)算機(jī)指令、程序、代碼集或指令集，當(dāng)其在計(jì)算機(jī)上運(yùn)行時(shí)，使得計(jì)算機(jī)執(zhí)行權(quán)利要求1～3任意一項(xiàng)所述快速大批量設(shè)計(jì)目標(biāo)基因sgrna的方法。

5.一種電子設(shè)備，其特征在于，包括處理器和存儲(chǔ)器，所述存儲(chǔ)器用于存儲(chǔ)程序；所述處理器用于運(yùn)行所述存儲(chǔ)程序，以實(shí)現(xiàn)權(quán)利要求1～3任意一項(xiàng)所述快速大批量設(shè)計(jì)目標(biāo)基因sgrna的方法。

6.一種根據(jù)權(quán)利要求1～3任意一項(xiàng)所述方法得到的sgrna。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的sgrna，其特征在于，所述sgrna的核苷酸序列如seq?id?no.1所示；所述sgrna為紫花苜?；騧spalm1的sgrna。

8.一種crispr/cas9系統(tǒng)，其特征在于，在pylcrispr/cas9p35s-h骨架載體上連接有權(quán)利要求6或7所述的sgrna。

9.根據(jù)權(quán)利要求6或7所述的sgrna或權(quán)利要求8所述的crispr/cas9系統(tǒng)在目標(biāo)基因編輯或研究目標(biāo)基因功能中的應(yīng)用。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明提供了一種快速大批量設(shè)計(jì)目標(biāo)基因sgRNA的方法，屬于生物信息技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明所述方法將等位基因進(jìn)行匹配判斷、提取基因序列和CDS序列、使用Muscle工具對(duì)提取的基因序列進(jìn)行多序列比對(duì)、提取比對(duì)結(jié)果中的保守序列、根據(jù)保守序列進(jìn)行sgRNA設(shè)計(jì)和特異性評(píng)估這五部分流程整合到一起，以適應(yīng)本地化大批量設(shè)計(jì)和評(píng)估目標(biāo)基因sgRNA的需求。本發(fā)明所述方法能夠有效避免現(xiàn)有在線(xiàn)工具受到其數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的物種基因組信息的限制，可以對(duì)大批量目標(biāo)基因快速設(shè)計(jì)sgRNA以及sgRNA的特異性評(píng)估，該方法利用sgRNA編輯目標(biāo)基因的效率高，編輯效率在72％以上。

技術(shù)研發(fā)人員：王永強(qiáng),陳海濤,段康,劉歡立,劉霖,王瑞瑞,董怡玲,王麗萍,竇潔靜
受保護(hù)的技術(shù)使用者：三杰牧草（楊凌）研究院有限公司
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/26