Snp標(biāo)記及其應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。其中，該SNP標(biāo)記為SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第381堿基T或C。本發(fā)明的SNP標(biāo)記與斜帶石斑魚的體重性狀緊密相關(guān)，能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標(biāo)記輔助育種。
【專利說明】SNP標(biāo)記及其應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。具體地，本發(fā)明涉及斜帶石斑魚體重性狀相關(guān)的 SNP標(biāo)記，用于檢測權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記的引物對和試劑盒，前述SNP標(biāo)記、引物對、 試劑盒在斜帶石斑魚選育中的用途，以及檢測斜帶石斑魚體重性狀的方法。

【背景技術(shù)】
[0002] 石斑魚是名貴的海水經(jīng)濟(jì)魚類。近十多年來，石斑魚人工繁育技術(shù)已相對成熟，石 斑魚的養(yǎng)殖規(guī)模也逐漸擴(kuò)大，石斑魚產(chǎn)業(yè)的迅速發(fā)展，對于促進(jìn)漁民增收，滿足國民水產(chǎn)品 需求，優(yōu)化水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)結(jié)構(gòu)有重要意義。但是，種質(zhì)退化，優(yōu)良品種缺乏是石斑魚產(chǎn)業(yè)可持 續(xù)健康發(fā)展的主要瓶頸。因此，培育石斑魚優(yōu)良新品種已成為我國石斑魚產(chǎn)業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵。
[0003] 傳統(tǒng)的魚類選育方法完全依賴于表型，存在周期長和效率低等無法逾越的障礙。 分子育種，即分子標(biāo)記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標(biāo)記對育種材料進(jìn)行選擇，綜合改 良選育物種的重要經(jīng)濟(jì)性狀，是傳統(tǒng)遺傳育種與現(xiàn)代分子生物學(xué)有機(jī)結(jié)合的育種方法。分 子育種為魚類育種開辟了一條新的途徑，隨著現(xiàn)代生物技術(shù)的發(fā)展，分子標(biāo)記在魚類育種 中的作用將日益突出。在石斑魚的育種中，人們希望通過對于生長性狀密切相關(guān)，并且與數(shù) 量性狀緊密連鎖的DNA標(biāo)記的選擇，以實現(xiàn)早期選種和提高育種準(zhǔn)確性的目標(biāo)，從而取得 更大的遺傳進(jìn)展。
[0004] 然而，現(xiàn)階段能夠有效用于石斑魚育種的生長性狀相關(guān)的分子標(biāo)記仍有待挖掘。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明旨在至少解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明的一個目的 在于提出一種與石斑魚生長性狀相關(guān)，能夠有效用于石斑魚選育的SNP標(biāo)記。
[0006] 其中，需要說明的是，SNP (single nucleotide polymorphism, SNP，即單核苷酸多 態(tài)性）是1996年由美國麻省理工學(xué)院的人類基因組研究中心學(xué)者Lander提出的一類分子 遺傳標(biāo)記，主要是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP表現(xiàn) 出的多態(tài)性僅涉及到單個堿基的變異，表現(xiàn)是有轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等。
[0007] 根據(jù)本發(fā)明的一個方面，本發(fā)明提供了一種斜帶石斑魚體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo) 記。根據(jù)本發(fā)明的實施例，該SNP標(biāo)記為SEQ ID NO :1所示核苷酸序列自5'端起第381位 堿基T或C。根據(jù)本發(fā)明的實施例，SEQ ID N0:1所示核苷酸序列如下：ACAGAGGAACAGACTG CGACACAACACCGGCAAGAAACCTGAAACCTCCTGTGCAGAGCAGACTTATCAGTACAGAGAGCAGAGTTAGCATTA GCATCGTGAACAGTGTGCAGTTTTTCGATGCAAACCAGACCCTAAAGCTTCCATTTACTATCTACCGAAAGACCCCA TTAAAGCAGGTGTTATTGTGTGTTTCACAACCGTTAACGTTGTATGAACCACTGCCAGCTAGCCTACAAGCTAACTA ACAACGTGAACAAATAAAAGCAGCACTCTCTCAGACCTGCACGACAGAATAGGTCATGAACAGCCACAAAACGACCT ATATTACAGTCCTAAATACAGCAGTTTTAAACACATACTTCGAGTCATGAAACTGTYGTAGCTACGCTCATAAACTA TGTGGTTACGTATTGGAAAGATATCATGGTTTGGCACACAACACGTCACATTTGTCACTAGTGTAGCATGCTACCCA TCCTAGCATATTACGCTACATTGTTTAAAAGAAGTCAACCTTGACTTAGGGACATGAACACCGCTGGGTCAAAGTCC TGTGTTTGTTTGACCCATCCACCACAAATCCCACCCACCTTATAGGGGCTTCTTTGAAATTTGTACAACATAGGACG GTCGTTTTTATGCTTCATCATATCTCATCTGCTCCTGTTATAATTACTATGGCCACTGGCTTGCAATAAACATACGT ATGGGTCGTTATAAGCTGCTTTGACAGTCGACCTATGTGGTTGTGTCTTTGGTGAGAGTGGGCTAAAGTAAAGATTT TACACTTGCTATTCTACGTCTGCTAGTTGCCAG(SEQ ID NO ：1)〇
[0008] 發(fā)明人發(fā)現(xiàn)，該SNP標(biāo)記的位點處基因型為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于 此處基因型為純合CC或雜合TC的斜帶石斑魚。進(jìn)而，根據(jù)本發(fā)明的實施例，通過檢測斜帶 石斑魚的上述SNP，能夠有效地確定其體重性狀，具體地，如前所述，該SNP位點為純合TT的 斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC或雜合TC的斜帶石斑魚，例如該SNP位 點的基因型為TT時，則能夠確定待測斜帶石斑魚的屬于生長速度快的個體。由此，發(fā)明人 確定，本發(fā)明的SNP標(biāo)記與斜帶石斑魚的體重性狀(在本文中有時也稱為"生長速度性狀"） 緊密相關(guān)，能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標(biāo)記輔助育種。進(jìn)而能夠根據(jù)實際育種需求選 擇生長速度對斜帶石斑魚育種材料進(jìn)行早期選擇，進(jìn)一步能夠有效提高育種的效率和準(zhǔn)確 性，提高斜帶石斑魚繁殖群體的遺傳水平，從而能夠準(zhǔn)確、高效地選育出斜帶石斑魚優(yōu)良品 種。此外，根據(jù)本發(fā)明的一些實施例，利用本發(fā)明的SNP標(biāo)記進(jìn)行斜帶石斑魚分子標(biāo)記輔助 育種，具有早期篩選、節(jié)省時間、成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點。
[0009] 根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供了一種用于檢測前面所述的本發(fā)明的SNP 標(biāo)記的引物對。根據(jù)本發(fā)明的實施例，所述引物對具有SEQ ID NO :2-3所示的核苷酸序列。 具體地，本發(fā)明的引物對的序列如下所示：
[0010] 上游引物：ACAGAGGAACAGACTGCGACAC(SEQ ID NO :2);
[0011] 下游引物：CTGGCAACTAGCAGACGTAGAA(SEQ ID NO :3)。
[0012] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，利用本發(fā)明的引物對能夠有效地對待測斜帶石斑魚的上述 與體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記所在的片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增，進(jìn)而通過測序能夠有效實現(xiàn)對該SNP 標(biāo)記的檢測，確定待測斜帶石斑魚該SNP標(biāo)記位點的基因型，進(jìn)而能夠有效確定待測斜帶 石斑魚的體重性狀。具體地，該SNP標(biāo)記位點處基因型為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著 高于此處基因型為純合CC或雜合TC的斜帶石斑魚，例如該SNP位點的基因型為TT時，則 能夠確定待測斜帶石斑魚的屬于生長速度快的個體。由此，用于檢測前面所述的本發(fā)明的 SNP標(biāo)記的引物對，能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助早期實現(xiàn) 短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育斜帶石斑魚優(yōu)良品種。
[0013] 根據(jù)本發(fā)明的又一方面，本發(fā)明還提供了一種用于檢測前面所述的SNP標(biāo)記的試 齊?盒。根據(jù)本發(fā)明的實施例，該試劑盒包含：前面所述的用于檢測本發(fā)明的SNP標(biāo)記的引物 對。即本發(fā)明的試劑盒中包含具有SEQ ID NO :2-3所示的核苷酸序列的引物對。根據(jù)本發(fā) 明的實施例，利用本發(fā)明的試劑盒中所包含的引物對，能夠有效實現(xiàn)對待測斜帶石斑魚的 上述與體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的多態(tài)性檢測，確定待測斜帶石斑魚該SNP標(biāo)記位點的基 因型，進(jìn)而能夠有效確定待測斜帶石斑魚的體重性狀。具體地，該SNP標(biāo)記位點處基因型為 純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC或雜合TC的斜帶石斑魚，例如 該SNP位點的基因型為TT時，則能夠確定待測斜帶石斑魚的屬于生長速度快的個體。由此， 本發(fā)明的用于檢測前面所述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記的試劑盒，能夠有效用于斜帶石斑魚的分 子標(biāo)記輔助育種，進(jìn)而能夠輔助早期實現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育斜帶石斑魚優(yōu)良 品種。
[0014] 根據(jù)本發(fā)明的再一方面，本發(fā)明還提供了前面所述的本發(fā)明的SNP標(biāo)記、引物對 或試劑盒，在斜帶石斑魚選育中的用途。如前所述，通過能夠用于檢測本發(fā)明的與斜帶石斑 魚體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的試劑例如前述的引物對或包含該引物對的試劑盒等，能夠有 效地檢測確定待測斜帶石斑魚的上述SNP標(biāo)記的基因型，進(jìn)而基于獲得的基因型能夠有效 確定待測斜帶石斑魚的體重性狀，從而能夠有效輔助斜帶石斑魚選育。
[0015] 進(jìn)而，根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供了一種檢測斜帶石斑魚體重性狀的 方法。根據(jù)本發(fā)明的實施例，該方法通過對待測斜帶石斑魚進(jìn)行前面所述的SNP標(biāo)記的檢 測，確定所述待測斜帶石斑魚的體重性狀。具體地，可以通過能夠用于檢測本發(fā)明的與斜帶 石斑魚體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記的試劑例如前述的引物對或包含該引物對的試劑盒等，對 待測斜帶石斑魚進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測序，以便檢測確定待測斜帶石斑魚的上述SNP標(biāo)記的基因 型，進(jìn)而基于獲得的基因型能夠有效確定待測斜帶石斑魚的體重性狀。其中，如前所述，該 SNP標(biāo)記位點處基因型為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC或雜 合TC的斜帶石斑魚，例如當(dāng)該SNP位點的基因型為TT時，則待測斜帶石斑魚的屬于生長速 度快的個體。由此，本發(fā)明的檢測斜帶石斑魚體重性狀的方法，能夠快速、高效、準(zhǔn)確地檢測 斜帶石斑魚體重性狀，進(jìn)而能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標(biāo)記輔助育種，從而能夠輔助 早期實現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育斜帶石斑魚優(yōu)良品種。
[0016] 另外，根據(jù)本發(fā)明上述實施例的檢測斜帶石斑魚體重性狀的方法還可以具有如下 附加的技術(shù)特征：
[0017] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，對待測斜帶石斑魚進(jìn)行SNP標(biāo)記檢測的方法不受特 別限制。測序、單鏈構(gòu)象多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR single strand conformation polymorphism，PCR-SSCP)、限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR-restriTCion fragment length polymorphism, PCR-RFLP)及飛行時間質(zhì)譜等技術(shù)均可以實現(xiàn)SNP的檢 測。其中，測序是一種準(zhǔn)確性最高、靈活性強(qiáng)，通量大、檢測周期短的檢測技術(shù)。只需在SNP 位點的兩側(cè)設(shè)計一對引物，擴(kuò)增200-1000bp的產(chǎn)物，再通過測序即可直接檢測SNP位點的 基因型。因而，本發(fā)明采用測序的方法進(jìn)行SNP標(biāo)記檢測。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，通 過對待測斜帶石斑魚進(jìn)行前面所述的SNP標(biāo)記的檢測，確定所述待測斜帶石斑魚的體重性 狀，進(jìn)一步包括：提取待測斜帶石斑魚的基因組DNA ;利用前面所述的引物對，將所述待測 斜帶石斑魚的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以便獲得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行 測序，以便獲得測序結(jié)果；基于所述測序結(jié)果，確定所述待測斜帶石斑魚的所述SNP標(biāo)記的 基因型；以及基于所述待測斜帶石斑魚的所述SNP標(biāo)記的基因型，確定所述待測斜帶石斑 魚的體重性狀。由此，能夠有效提高檢測斜帶石斑魚體重性狀的效率。
[0018] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，提取待測斜帶石斑魚的基因組DNA的方法不受特別限制， 可以采用任何已知的基因組DNA提取方法或試劑盒進(jìn)行。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，采 用常規(guī)酚氯仿方法抽提待測斜帶石斑魚的基因組DNA。由此，能夠有效獲得質(zhì)量好、純度高 的基因組DNA，便于后續(xù)步驟進(jìn)行。
[0019] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，將所述待測斜帶石斑魚的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增的條 件不受特別限制。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示例，該PCR擴(kuò)增的擴(kuò)增體系以25 μ 1計為： 50-100ng/y 1 的模板 DNAl μ 1，lOpmol/μ 1 的 SEQ ID NO :2-3 所示的上下游引物各 1 μ 1， lOmmol/L 的 dNTP π?χ2·0μ1，5υ/μ1 的 Taq DNA 聚合酶 0.125yl，10XPCR 反應(yīng)緩沖液 2.5μ 1，余量為雙蒸水；該PCR擴(kuò)增的反應(yīng)條件為：94 °C 5分鐘；94 °C 30秒，53 °C 30秒， 72°C 30秒，30個循環(huán)；72°C 5分鐘。由此，能夠快速、高效、準(zhǔn)確地擴(kuò)增本發(fā)明的SNP標(biāo)記 所在的片段，獲得目標(biāo)擴(kuò)增產(chǎn)物，便于后續(xù)步驟的進(jìn)行。
[0020] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序的方法不受特別限制，只要 能夠有效獲得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物即SNP標(biāo)記所在的片段的序列即可。根據(jù)本發(fā)明的一些具體示 例，可以采用選自HISEQ2000、S0LiD、454和單分子測序方法的至少一種對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn) 物進(jìn)行測序。由此，能夠高通量、快速、高效、準(zhǔn)確地獲得測序結(jié)果。
[0021] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，基于測序結(jié)果，通過比對石斑魚參考基因組序列，能夠有效 確定待測斜帶石斑魚的所述SNP標(biāo)記的基因型為TT、CC還是TC。
[0022] 根據(jù)本發(fā)明的實施例，所述SNP標(biāo)記的TT基因型個體的體重顯著高于CC和TC基 因型個體。即本發(fā)明前面所述的SNP標(biāo)記與斜帶石斑魚的體重性狀緊密相關(guān)。由此，基于 確定的待測斜帶石斑魚的該SNP標(biāo)記的基因型，能夠準(zhǔn)確有效地確定待測斜帶石斑魚的體 重性狀即生長速度性狀，例如該SNP位點的基因型為TT時，則待測斜帶石斑魚的屬于生長 速度快的個體。進(jìn)而本發(fā)明的方法能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標(biāo)記輔助育種，從而能 夠輔助早期實現(xiàn)短時間、低成本、高準(zhǔn)確性地選育斜帶石斑魚優(yōu)良品種。
[0023] 需要說明的是，本發(fā)明的與斜帶石斑魚體重相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用具有如下優(yōu) 占 ·
[0024] (1)本發(fā)明提供的SNP標(biāo)記不受斜帶石斑魚的年齡、性別等限制，可用于斜帶石斑 魚的早期選育，可顯著促進(jìn)斜帶石斑魚的育種進(jìn)程；
[0025] (2)檢測斜帶石斑魚如SEQ ID NO. 1所示自5'端起第381位SNP位點的方法，準(zhǔn) 確可靠，操作方便；
[0026] (3)斜帶石斑魚如SEQ ID NO. 1所示自5'端起第381位的SNP位點的檢出，為斜 帶石斑魚生長性狀的標(biāo)記輔助選擇提供了科學(xué)依據(jù)。
[0027] 本發(fā)明的附加方面和優(yōu)點將在下面的描述中部分給出，部分將從下面的描述中變 得明顯，或通過本發(fā)明的實踐了解到。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0028] 本發(fā)明的上述和/或附加的方面和優(yōu)點從結(jié)合下面附圖對實施例的描述中將變 得明顯和容易理解，其中 ：
[0029] 圖1顯示了根據(jù)本發(fā)明一個實施例，本發(fā)明的SNP標(biāo)記位點處CC、TC和TT三種基 因型的測序峰圖。

【具體實施方式】
[0030] 下面詳細(xì)描述本發(fā)明的實施例。下面通過參考附圖描述的實施例是示例性的，僅 用于解釋本發(fā)明，而不能理解為對本發(fā)明的限制。
[0031] 實施例1與斜帶石斑魚體重相關(guān)的SNP標(biāo)記的獲得
[0032] I. 1斜帶石斑魚群體的獲得
[0033] 所采用的群體為海南某石斑魚養(yǎng)殖場2010年11月10日孵化的斜帶石斑魚，2010 年12月10日，15, 000尾魚苗被轉(zhuǎn)移至一個網(wǎng)箱繼續(xù)飼養(yǎng)。2011年8月8日，從該網(wǎng)箱隨 機(jī)選出199個個體，剪取魚體背鰭鰭條于95%乙醇-20°C保存，用于基因組DNA提取。
[0034] 1 · 2斜帶石斑魚基因組DNA提取
[0035] 本試驗采用常規(guī)酚氯仿方法抽提斜帶石斑魚鰭條中的基因組DNA，具體步驟如 下：
[0036] (1)取0· 3?0· 5g鰭條于I. 5ml Eppendorf管中，剪碎，在超凈工作臺上開蓋干燥 20min ；
[0037] (2)待乙醇基本揮發(fā)后，TE 緩沖液（lOmmol/ml Tris、lmmol/ml EDTA、SDS5%， ρΗ=8· 0)洗滌 1 ?2 次，再加入 600μ I DNA 抽提液（0· OOlmol/L Tris-Cl、0. lmol/L EDTA、 SDS5%，pH=8. 0)和 3μ I 蛋白酶 k (200mg/ml)，55°C水浴消化 3h 左右，前 30min 每 IOmin 輕 搖離心管1次，消化至管內(nèi)液體澄清；
[0038] (3)加入自配酚氯仿溶液(酚：氯仿：異戊醇=25 :24 :1)600 μ 1，輕輕來回顛倒離心 管lOmin，12000r離心10min。取上層水相用等體積上述酚氯仿再抽提，直至水相與有機(jī)相 之間沒有白色沉淀；
[0039] (4)再用氯仿抽提1次，取出上清液，加入2倍體積已預(yù)冷的無水乙醇沉淀DNA， 顛倒混勻，4°C靜置30min，12000r離心10min，沉淀再用70%乙醇洗滌，離心晾干沉淀后加 50 μ 1無菌水溶解。4°C保存?zhèn)溆没騙20°C長期保存。
[0040] 1. 3采用基因組重測序獲得斜帶石斑魚體重相關(guān)的SNP標(biāo)記
[0041] 基于Hiseq2000高通量測序平臺，對上述的199個個體進(jìn)行重測序，產(chǎn)生0. 5G左 右的數(shù)據(jù)量，平均覆蓋〇. 5X的斜帶石斑魚基因組。同時還對這199個個體進(jìn)行體重等生長 性狀表型鑒定。采用PLINK軟件，基于Mixed Liner模型進(jìn)行GWAS分析，從7. 5萬個SNP 中找到了一個與體重相關(guān)的SNP位點。該SNP位點位于SEQ ID NO :1所示序列的381bp位 點處，在SEQ ID NO: 1序列中用Y表示該處位點，且此處位點的堿基為T或C。該位點處基 因型為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC或雜合TC的斜帶石斑 魚。
[0042] 實施例2與斜帶石斑魚體重相關(guān)的SNP標(biāo)記的測序驗證與應(yīng)用
[0043] 2. 1提取待測斜帶石斑魚鰭條中的基因組DNA
[0044] 待測斜帶石斑魚來自實施例1中的斜帶石斑魚群體，隨機(jī)選取50尾魚，按照實施 例1中所述的DNA提取方法抽提基因組DNA。
[0045] 2. 2擴(kuò)增含SNP位點的核苷酸片段
[0046] 以前述提取獲得的各待測斜帶石斑魚的基因組DNA為模板，利用正向引物F :5'-A CAGAGGAACAGACTGCGACAC-3'（SEQ ID N0:2)和反 3'（SEQ ID NO :3)，擴(kuò)增出待測SNP所在的核苷酸片段。其中，PCR反應(yīng)體系以25 μ 1計為： 50-100叩/^1模板0嫩1以1，1(^111〇1/^1引物？和1?各14 1，10臟〇1/1(1階1311^叉2.(^1， 5U/μ I Taq DNA聚合酶0. 125 μ 1，10 X PCR反應(yīng)緩沖液2. 5 μ 1，余量為雙蒸水；PCR反應(yīng)條 件為：94°C 5 分鐘；94°C 30 秒，53°C 30 秒，72°C 30 秒，30 個循環(huán)；72°C 5 分鐘。
[0047] 2. 3測序識別SNP位點基因型
[0048] 將上述步驟中獲得的各PCR擴(kuò)增產(chǎn)物于ABI3730測序儀上進(jìn)行單向測序，識別SEQ ID N0:1序列中381bp處（即本發(fā)明的SNP標(biāo)記）的基因型。其中，CC、TC和TT三種基因型 的測序峰圖如圖1所示。50個待測斜帶石斑魚個體該SNP位點的基因型及其體重如下表1
[0050] 所示。[0049] 50個個體該SNP位點的基因型及其體重

【權(quán)利要求】
1. 一種斜帶石斑魚體重性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記為SEQ ID NO: 1所示核苷酸序列自5'端起第381位堿基T或C。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的SNP標(biāo)記，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的TT基因型個體的體 重顯著高于CC和TC基因型個體。
3. -種用于檢測權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記的引物對，其特征在于，所述引物對具 有SEQ ID NO : 2-3所示的核苷酸序列。
4. 一種用于檢測權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記的試劑盒，其特征在于，包含： 權(quán)利要求3所述的引物對。
5. 權(quán)利要求1或2所述的SNP標(biāo)記、權(quán)利要求3所述的引物對或權(quán)利要求4所述的試 劑盒，在斜帶石斑魚選育中的用途。
6. -種檢測斜帶石斑魚體重性狀的方法，其特征在于，通過對待測斜帶石斑魚進(jìn)行權(quán) 利要求1或2所述的SNP標(biāo)記的檢測，確定所述待測斜帶石斑魚的體重性狀。
7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其特征在于，通過對待測斜帶石斑魚進(jìn)行權(quán)利要求1或 2所述的SNP標(biāo)記的檢測，確定所述待測斜帶石斑魚的體重性狀，進(jìn)一步包括： 提取待測斜帶石斑魚的基因組DNA ; 利用權(quán)利要求3所述的引物對，將所述待測斜帶石斑魚的基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以 便獲得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物； 對所述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測序，以便獲得測序結(jié)果； 基于所述測序結(jié)果，確定所述待測斜帶石斑魚的所述SNP標(biāo)記的基因型；以及 基于所述待測斜帶石斑魚的所述SNP標(biāo)記的基因型，確定所述待測斜帶石斑魚的體重 性狀。
8. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其特征在于，所述SNP標(biāo)記的TT基因型個體的體重顯 著高于CC和TC基因型個體。
【文檔編號】C12N15/11GK104419706SQ201310411234
【公開日】2015年3月18日 申請日期:2013年9月10日 優(yōu)先權(quán)日:2013年9月10日
【發(fā)明者】游欣欣, 石瓊, 張勇, 楊成業(yè), 阮志強(qiáng), 束禮平, 蒙子寧, 張海發(fā), 林浩然 申請人:深圳華大基因研究院, 深圳華大水產(chǎn)科技有限公司, 中山大學(xué), 廣東省大亞灣水產(chǎn)試驗中心