欧美在线观看视频网站,亚洲熟妇色自偷自拍另类,啪啪伊人网,中文字幕第13亚洲另类,中文成人久久久久影院免费观看 ,精品人妻人人做人人爽,亚洲a视频

一種檢測雞胡須性狀的方法

文檔序號:516142閱讀:659來源:國知局
一種檢測雞胡須性狀的方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了一種檢測雞胡須性狀的方法,涉及分子生物學(xué)領(lǐng)域,在胡須雞27號染色體發(fā)現(xiàn)存在三個(gè)DNA片段的拷貝數(shù)變異,物理位置分別為1702269-1721521bp、4470331-4503417bp、3578409-3592890bp,確定了3個(gè)分子標(biāo)記,針對該分子標(biāo)記設(shè)計(jì)了3對引物,用PCR方法對待測雞基因組的上述3個(gè)分子標(biāo)記進(jìn)行檢測,若三個(gè)PCR擴(kuò)增反應(yīng)的目的片段分別為3200bp、501bp、411bp,則檢測結(jié)果為陽性,否則為陰性。本發(fā)明提供的方法操作簡單,靈敏度高,準(zhǔn)確性強(qiáng),檢測成本低,可快速檢測含有胡須性狀的個(gè)體,在雞的保種、育種過程中具有重要應(yīng)用價(jià)值。
【專利說明】一種檢測雞胡須性狀的方法

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及分子生物學(xué)【技術(shù)領(lǐng)域】,具體涉及用于雞胡須性狀的分子標(biāo)記、以及檢 測胡須性狀的方法。

【背景技術(shù)】
[0002] 長期的進(jìn)化和馴化選擇,豐富了農(nóng)業(yè)動物遺傳資源的多樣性。近年來的研究發(fā)現(xiàn), 基因組結(jié)構(gòu)變異是畜禽馴化過程中多個(gè)重要性狀的遺傳基礎(chǔ),如雞20號染色體上發(fā)生的 復(fù)雜結(jié)構(gòu)重排,會使EDN3基因的表達(dá)產(chǎn)生變化,最終導(dǎo)致黑色素在真皮內(nèi)的沉積;位于雞1 號染色體的S0X5基因內(nèi)含子1內(nèi)3. 2kb區(qū)域的復(fù)制,使得在發(fā)育的6-12天內(nèi)S0X5基因表 達(dá)發(fā)生改變,導(dǎo)致豆冠表型的產(chǎn)生?;蚪M結(jié)構(gòu)變異可以通過多種機(jī)制影響基因表達(dá),對結(jié) 構(gòu)變異進(jìn)行研究,有助于我們解析相關(guān)性狀形成的機(jī)制。
[0003] 基因組結(jié)構(gòu)變異包括缺失、重復(fù)、倒位、易位四種類型。目前針對基因組結(jié)構(gòu)變異 的檢測技術(shù)主要有基于高密度SNP的基因分型芯片、比較基因組雜交芯片,以及高通量測 序技術(shù)等。隨著高通量測序技術(shù)的不斷發(fā)展,成本的不斷降低,測序已經(jīng)成為目前生物學(xué)研 究的重要手段。通過對結(jié)構(gòu)變異靶區(qū)域的重測序分析,分離出結(jié)構(gòu)變異造成的斷點(diǎn)和重排 情況,進(jìn)而利用PCR等常規(guī)分子生物學(xué)技術(shù)對結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行檢測。檢測只需在結(jié)構(gòu)變異產(chǎn) 生的斷點(diǎn)兩側(cè)設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物,利用簡單的PCR反應(yīng),通過瓊脂糖凝膠檢測就可以檢測結(jié)構(gòu) 變異的存在。
[0004] 雞的胡須性狀是家畜中最早進(jìn)行研究的表型性狀之一,經(jīng)歷了上百年的歷史,至 今仍未見報(bào)道影響胡須性狀的確定染色體位置和檢測方法。如果利用傳統(tǒng)方法對雞的胡須 形狀進(jìn)行選育,將耗費(fèi)大量的人力、物力、財(cái)力。利用分子生物學(xué)的手段建立一種快速檢測 胡須性狀的方法,進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇,將有助于提高育種效率。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 本發(fā)明的目的是提供一種鑒別雞胡須性狀性狀的方法。
[0006] 本發(fā)明以中國農(nóng)業(yè)大學(xué)與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧研究所合作建立的以惠陽胡 須雞與嶺南黃雞A03系為親本的F2雜交資源群體為研究對象,記錄了F0、F1和F2代 個(gè)體的胡須性狀,利用全基因組SNP進(jìn)行連鎖分析,將影響雞胡須性狀的基因座定位于 雞27號染色體;對R)樣本的進(jìn)行重測序分析,分離得到了影響雞胡須性狀的結(jié)構(gòu)變 異。本發(fā)明發(fā)現(xiàn),胡須雞27號染色體存在三個(gè)DNA片段的重復(fù)(拷貝數(shù)變異,CNV),在雞 ICGSCGallus_gallus-4.0 版本基因組中的物理位置分別為 1702269-1721521bp(CNV1)、 4470331-4503417bp(CNV2)、3578409-3592890bp(CNV3),三個(gè)片段順利連接并插入到CNV1 原座位,其位置關(guān)系如圖1所示。本發(fā)明鑒別雞胡須性狀的方法,是針對不同CNV片段間的 連接設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR檢測,根據(jù)檢測結(jié)果判定雞是否存在胡須基因。
[0007] 本發(fā)明首先提供一種用于檢測雞胡須性狀的分子標(biāo)記組合,其為CNV1、 CNV2和CNV3,這三個(gè)分子標(biāo)記物理位置位于雞27號染色體1702269-1721521bp、 4470331-4503417bp、3578409-3592890bp處,CNV1 和CNV2 連接的基因序列如SEQIDNo. 7 所示,CNV2和CNV3連接的基因序列如SEQIDNo. 8所示,CNV3和CNV1連接的基因序列如 SEQIDNo. 9 所示。
[0008] 本發(fā)明提供了用于檢測上述分子標(biāo)記組合的引物組合,是針對上述不同CNV片段 間的連接設(shè)計(jì)引物,其核苷酸序列為:

【權(quán)利要求】
1. 一種用于檢測雞胡須性狀的分子標(biāo)記組合,其特征在于,其為CNV1、CNV2和CNV3, 這三個(gè)分子標(biāo)記物理位置位于雞27號染色體1702269-1721521bp、4470331-4503417bp、 3578409-3592890bp 處,CNV1 和 CNV2 連接的基因序列如 SEQ ID No. 7 所示,CNV2 和 CNV3 連 接的基因序列如SEQ ID No. 8所示,CNV3和CNV1連接的基因序列如SEQ ID No. 9所示。
2. 權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記組合在雞育種中的應(yīng)用。
3. 用于檢測權(quán)利要求1所述分子標(biāo)記組合的引物組合,其特征在于,其核苷酸序列為: CNV1-2F TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT CNV1-2R CCATGTCAGCACAGTAACGATT CNV2-3F ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG CNV2-3R TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA CNV3-1F ACAAGTCAGAGAGGCAATCGAC CNV3-1R CCATACAGCCTCAGGTAAGGAC〇
4. 權(quán)利要求3所述的引物組合在制備檢測雞胡須性狀試劑盒中的應(yīng)用。
5. 權(quán)利要求3所述的引物組合在雞育種中的應(yīng)用。
6. -種檢測雞胡須性狀的試劑盒,其特征在于,含有權(quán)利要求3所述的引物組合。
7. -種檢測雞胡須性狀的方法,其特征在于,包括以下步驟: (1)以待測雞的基因組DNA為模板,用三對引物分別進(jìn)行PCR反應(yīng);所述三對引物分別 是: CNV1-2F TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT CNV1-2R CCATGTCAGCACAGTAACGATT CNV2-3F ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG CNV2-3R TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA CNV3-1F ACAAGTCAGAGAGGCAATCGAC CNV3-1R CCATACAGCCTCAGGTAAGGAC ; (2 )將三次PCR反應(yīng)的擴(kuò)增產(chǎn)物用瓊脂糖凝膠檢測,若CNV1、CNV2、CNV3引物的PCR擴(kuò) 增反應(yīng)的目的片段分別為320(^?、50化?、4^?,則結(jié)果為陽性,否則為陰性。
8. 如權(quán)利要求7所述的方法,其特征在于,步驟(1)中引物CNV3-1F、CNV3-1R和 CNV2-3F、CNV2-3R的PCR擴(kuò)增反應(yīng)體系為: 總體系為25 ill時(shí),基因組DNA :50ng,1 XPCR Buffer,dNTP4mM,上、下游引物各 lOpmol,康為Taq DNA聚合酶1. 25U,加水補(bǔ)至25iil反應(yīng)體系; 引物 CNV1-2F、CNV1-2R 的 PCR 擴(kuò)增反應(yīng)體系為:基因組 DNA:50ng,lXPCR Buffer, dNTP4mM,上、下游引物各10pmol,Long AmpTaq DNA聚合酶NEB1. 25U,加水補(bǔ)至25iil反應(yīng) 體系。
9. 根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法,其特征在于,步驟(1)中引物CNV3-1F、CNV3-1R及 CNV2-3F、CNV2-3R 的 PCR 反應(yīng)條件為:94°C預(yù)變性 5min ;94°C變性 30sec,60°C退火 30sec, 72°C延伸20sec,共35個(gè)循環(huán);72°C終延伸7min;12°C保存; 引物CNV1-2F、CNV1-2R的PCR反應(yīng)條件為:94°C預(yù)變性3min ;94°C變性lOsec,57°C退 火30sec,65°C延伸4sec,共35個(gè)循環(huán);65°C終延伸7min ;12°C保存。
10. 權(quán)利要求7-9任一所述的方法在雞育種中的應(yīng)用。
【文檔編號】C12N15/11GK104342490SQ201310367724
【公開日】2015年2月11日 申請日期:2013年8月21日 優(yōu)先權(quán)日:2013年8月2日
【發(fā)明者】胡曉湘, 顧曉榮, 郭影, 盛哲雅, 王彥強(qiáng), 舒鼎銘, 瞿浩, 李寧 申請人:中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
網(wǎng)友詢問留言 已有0條留言
  • 還沒有人留言評論。精彩留言會獲得點(diǎn)贊!
1
五河县| 黎川县| 玛曲县| 报价| 夏津县| 南澳县| 台北县| 繁峙县| 太谷县| 张北县| 林周县| 枣阳市| 东乌| 武鸣县| 秦安县| 景德镇市| 若羌县| 金湖县| 望都县| 时尚| 昌黎县| 普格县| 永康市| 白水县| 鄢陵县| 陵川县| 新晃| 铁力市| 柘城县| 汉寿县| 柳江县| 昭通市| 西华县| 泰和县| 新邵县| 德安县| 前郭尔| 永修县| 普兰县| 德惠市| 新宁县|