用于預(yù)測對艾日布林的反應(yīng)的方法和組合物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了通過確定源自于患乳腺癌受試者的樣品中特定生物標志物的水平來預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)在所述受試者的治療中的效能的方法。
【專利說明】用于預(yù)測對艾日布林的反應(yīng)的方法和組合物
[0001]相關(guān)申請
[0002]本申請要求2011年3月18日提交的美國臨時申請?zhí)?1 / 454426的優(yōu)先權(quán)，其全部內(nèi)容在此引為參考。
[0003]發(fā)明背景
[0004]癌癥是用于描述廣泛的各種不同疾病的術(shù)語，這些疾病各自以特定類型細胞的不受控制的生長為特征。它始于含有這樣的細胞的組織，且如果在診斷時癌尚未擴散到任何其他組織，可以通過例如手術(shù)、輻射或其他類型的局部療法來治療。然而，當有證據(jù)表明癌已從其起源組織轉(zhuǎn)移時，通常使用不同的方法來治療。事實上，由于不能確定轉(zhuǎn)移范圍，因此在檢測到任何擴散證據(jù)時通常采取系統(tǒng)治療方法。這些方法包括施用干擾快速分裂細胞例如癌細胞的生長的化療藥物。
[0005]軟海綿素B(halichondrin B)是一種結(jié)構(gòu)復(fù)雜的大環(huán)化合物,其最初從海生海綿網(wǎng)田軟海綿(Halichondria okadai)分離，隨后在 Axinella sp.、Phakellia carteri 和Lissodendoryx sp.中發(fā)現(xiàn)。軟海綿素B的全合成在1992年發(fā)表(Aicher等,J.Am.Chem.Soc.114:3162-3164,1992)。已顯示軟海綿素B在體外抑制微管蛋白聚合、微管裝配、β -微管蛋白交聯(lián)、GTP和長春新堿與微管蛋白的結(jié)合以及微管蛋白依賴性GTP水解。還顯示，這種分子在體外和體內(nèi)具有抗癌性質(zhì)。具有抗癌活性的軟海綿素B類似物描述在美國專利號6，214，865Β1 中。
[0006]特別是，已開發(fā)艾日布林甲磺酸鹽(一種軟海綿素B類似物)作為抗癌藥物。最近，艾日布林甲磺酸鹽被批準用于治療以前接受過至少兩種用于治療轉(zhuǎn)移性疾病的化療治療方案的患有轉(zhuǎn)移乳腺癌的患者，其`中先前的療法可能包括輔助或轉(zhuǎn)移設(shè)置的蒽環(huán)類抗生素和/或紫杉烷。在治療前預(yù)測癌癥患者是否可能對抗癌藥劑具有反應(yīng)性的能力，能夠指導(dǎo)選擇適合的治療，并且對患者有益。因此，對于可用于在患有癌癥、特別是乳腺癌的患者中評估或預(yù)測對艾日布林的反應(yīng)性的方法和組合物存在著需求。
[0007]發(fā)明概沭
[0008]本發(fā)明至少部分是基于下述發(fā)現(xiàn)，即在本文中鑒定的生物標志物的低表達水平、例如不表達，指示了對艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的反應(yīng)性。具體來說，在受試者中這些生物標志物、包括例如在表1中示出的一種或多種生物標志物的不表達或低表達水平指示了所述受試者將對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療有反應(yīng)。
[0009]因此，一個方面，本發(fā)明提供了一種用于確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平來進行，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)在治療所述患乳腺癌的受試者中有效。另一個方面，本發(fā)明提供了一種用于確定艾艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過確定源自于所述受試者的樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平來進行，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)在治療所述患乳腺癌的受試者中有效。在進一步的方面，本發(fā)明提供了一種用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過確定源自于所述受試者的樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平來進行，并且當樣品中存在所述生物標志物的低表達水平時，預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)在治療所述患乳腺癌的受試者中有效。在本發(fā)明的上述方面的一種實施方式中，所述方法還可以包括從受試者獲得樣品。
[0010]再另一個方面，本發(fā)明提供了一種用于確定例如源自于患乳腺癌的受試者的乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療的敏感性的方法，其通過確定所述腫瘤中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平來進行，其中所述腫瘤中所述生物標志物的低表達水平表明所述腫瘤對使用艾日布林或其類似物的治療敏感。再另一個方面，本發(fā)明提供了一種用于確定例如源自于患乳腺癌的受試者的乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療的敏感性的方法，其通過確定所述腫瘤中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平來進行，并且當所述生物標志物在所述腫瘤中以低水平表達時，將所述腫瘤鑒定為對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療敏感。
[0011]在本發(fā)明的進一步的方面中，提供了用于治療患乳腺癌的受試者的方法。所述方法包括鑒定其中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物以低水平表達的患乳腺癌的受試者，并向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)。再進一步的方面，本發(fā)明提供了治療患乳腺癌受試者的方法，其通過分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平,并且當在所述樣品中檢測到所述生物標志物的低表達水平時,向所述受試者給藥治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)來進行。在本發(fā)明的上述方面的一種實施方式中，所述方法還可以包括從受試者獲得樣品。
[0012]在本發(fā)明的進一步的方面中，提供了用于治療患有對艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽敏感的乳腺癌的受試者的方法。所述方法包括鑒定患有對艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽敏感的乳腺癌(例如其中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物以低水平表達的乳腺癌)的受試者，并且向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)。再進一步的方面，本發(fā)明提供了治療患有對艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽敏感的乳腺癌的受試者的方法，其通過分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平,并且當在所述樣品中檢測到所述生物標志物的低表達水平時，向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)來進行。在本發(fā)明的上述方面的一種實施方式中，所述方法還可以包括從受試者獲得樣品。[0013]在各種實施方式中，所述受試者以前沒有用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)治療過?；蛘?，所述受試者以前已用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽治療過。在某些實施方式中，所述乳腺癌是雌激素受體(ER)陰性乳腺癌和/或孕酮受體(PR)陰性乳腺癌和/或Her-2陰性乳腺癌。
[0014]在各種實施方式中，測定選自表1中列出的生物標志物中的至少2種、至少3種、至少4種或至少5種生物標志物的表達水平。
[0015]在特定實施方式中，使用包含選自表1中列出的生物標志物中的2種或更多生物標志物的子組合的預(yù)測性基因印記。在各種實施方式中，測定選自表1中列出的生物標志物中的至少2種、至少3種、至少4種或至少5種生物標志物的表達水平。例如,所述預(yù)測性基因印記可以包括至少2種生物標志物，例如DYSF和EDIL3，GNATl和ERGIC3，KRT24和PAPLN, MANSCl 和 PDGFB，PCDHl 和 PDGFB 或 PH0SPH02 和 PSENEN。在另一種實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括至少3種生物標志物，例如C0L7A1、YTHDF1和ZIC5，CKLF、ILlO和 TUBB6，CDC20、CFL1 和 TMEM79，HYAL2,NCBPl 和 SNX11，或 CEP152、NCBPI 和 SATBI。在另一種實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括至少4種生物標志物，例如APBB2、CCL26、PSENEN 和 SATBl，ANG、JAM3、KLHL17 和 PAPLN，ITFG3、MAD2L1BP、NMU 和 PDGFB，SPTAl、TYROBP, SNXll 和 PSENEN，GRAMD4、GNATl、TMI⑶2 和 YTHDFl，或 GRAMD4、HYAL2、PH0SPH02和TUBB6。在另一種實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括至少5種生物標志物，例如CCL26、CDC20、ERGIC3、EDIL3 和 PCDHl，DYSF、NMU、PH0SPH02、PSENEN和 SNX11，APBB2、CKLF、CYP4F3、TUBB6 和 YTHDFl，或 CEP152、MAD2L1BP、SPTAl、TMEM79 和 ZIC5。
[0016]在特定實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括ABI3、ANG、APBB2、CCL26、CDC20、CEP15 2、CFL1、CKLF、C0L7A1、CYP4F3、DYSF、GNAT1、GRAMD4、HYAL2、ILIO、ITFG3、JAM3、KLHLl7,KRT24、MAD2L1BP、MANSCl、MOBKLIB、NCBPU NMU,PCDHl、PH0SPH02、SPTAl、TMI⑶2、TYROBP, ZIC5、ERGIC3、PDGFB, PSENEN、SATBl、SNX11、TMEM79 和 YTHDFl 中的 2 種或更多種生物標志物，例如 ABI3 和 ANG, APBB2 和 CCL26, GNATl 和 GRAMD4, ILlO 和 ITFG3, MACSCl 和MOBKLl B，NMU和P⑶Hl，或TYROBP和ZIC5。在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少3種上面所述的生物標志物，例如AB13、ANG和APBB2，CCL26、CKLF和C0L7AI，DYSF、GNATI和 HYAL2，JAM3、KLHL17 和 KRT24，NCBPl、NMU 和 PCDHl，SPTAl、TMI⑶2 和 TYR0BP，或 ZIC5、MAD2L1BP和⑶C20。在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少4種上面所述的生物標志物，例如 ABI3、ANG、APBB2 和 CCL26, CEP152, CFLl、CKLF 和 C0L7A1, KRT24、MANSCl、MOBKLl B 和 SPTAl，TYROBP, TMI⑶2、PH0SPH02 和 NMU，ABI3、GNAT1、KLHL17 和 SPTAl，或CEP152, HYAL2、P⑶Hl和TMI⑶2。在再進一步的實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少5種上面所述的生物標志物，例如CKLF、C0L7A1、GRAMD4、JAM3和PCDHl，APBB2、CEP152,DYSF,ILlO 和 TYROBP，CYP4F3、HYAL2、ITFG3、KLHL17 和 KRT24，NCBPl、SPTAl、TMI⑶2、ILlO和 JAM3,或 CCL26、PH0SPH02、SPTAl、TMI⑶2 和 ZIC5。
[0017]在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括ERGIC3、H)GFB、PSENEN、SATB1、SNXlU TMEM79或YTHDFl中的2種或更多種生物標志物或其任何子組合，例如ERGIC3和PDGFB, ERGIC3 和 PSENEN， ERGIC3 和 SATBl， ERGIC3 和 SNXlI， ERGIC3 和 TMEM79， ERGIC3和 YTHDFl， PDGFB 和 PSENEN， PDGFB 和 SATBl， PDGFB 和 SNXlI， PDGFB 和 TMEM79， PDGFB 和YTHDFl，PSENEN 和 SATBl，PSENEN 和 SNXl I，PSENEN 和 TMEM79，PSENEN 和 YTHDFl，SATBl 和SNXl I，SATBl 和 TMEM79，SATBl 和 YTHDFl，SNXll 和 TMEM79，SNXll 和 YTHDFl，或 TMEM79 和YTHDFl。在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少3種生物標志物，例如ERGIC3、PDGFB 和 PSENEN, SATBl、SNXll 和 TMEM79, SNXl1、TMEM79 和 YTHDFl，或 ERGIC3、PDGFB和SATB1。在進一步的實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少4種生物標志物，例如ERGIC3、PDGFB、PSENEN和 SATB1，SNX11、TMEM79、YTHDF1 和 ERGIC3，或 ERGIC3、PDGFB、PSENEN和YTHDFl。在進一步的實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少5種生物標志物，例如ERGIC3、PDGFB、PSENEN、SATB1 和 SNX11，ERGIC3、PDGFB、PSENEN、SATB1 和 TMEM79，或 PSENEN、SATBU SNXlU TMEM79和YTHDF1。在再進一步的實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少 6 種生物標志物，例如 ERGIC3、PDGFB, PSENEN、SATBl、SNXll 和 TMEM79，PDGFB, PSENEN、SATBl、SNXl 1、TMEM79 和 YTHDFl，或ERGIC3、PSENEN、SATBl、SNXl 1、TMEM79 和 YTHDFl。在又另一種實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括7種生物標志物，例如ERGIC3、PDGFB, PSENEN、SATBl、SNXl 1、TMEM79 和 YTHDFl。 [0018]在各種實施方式中，所述生物標志物不是SPTAl、PAPLN、P⑶H1、TMI⑶2和/或KRT24中的一種或多種。在特定實施方式中，所述生物標志物不是SPTA1、PAPLN、P⑶H1、TMI⑶2和KRT24。在一種實施方式中，所述生物標志物不是SPTAl。在另一種實施方式中，所述生物標志物不是PAPLN。在另一種實施方式中，所述生物標志物不是PCDHl。在另一種實施方式中，所述生物標志物不是TMIGD2。在又一種實施方式中，所述生物標志物不是KRT24。
[0019]在特定實施方式中，所述預(yù)測性基因印記可以包括AB I 3、ANG、APBB2、CCL26、CDC20、CEP15 2、CFL1、CKLF、C0L7A1、CYP4F3、DYSF、GNAT1、GRAMD4、HYAL2、ILIO、ITFG3、JAM3、KLHL17、MAD2L1BP、MANSCl、MOBKLIB、NCBPUNMU,PH0SPH02、TYROBP,ZIC5、ERGIC3、PDGFB,PSENEN, SATB K SNXIK TMEM79, YTHDF K EDIL3和TUBB6中的2種或更多種生物標志物，例如AB I 3和ANG，GRAMD4和HYAL2，NMU和PH0SPH02，ZIC5和PSENEN，或SNX11和M0BKL1B。在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少3種前面所述的生物標志物，例如APBB2、CDC20 和 CKLF，C0L7A1、DYSF 和 GNATl，NCBPl、SATBl 和 EDIL3, PSENEN、DYSF 和 GNATl，MANSCl、ZIC5和CFL1，或CKLF、GRAMD4和NMU0在其他實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少4種前面所述的生物標志物，例如ANG、CCL26、CEP152和JAM3，APBB2、CYP4F3、ITFG3和 TYROBP，CYP4F3、MANSCl、PDGFB 和 YTHDFl，TUBB6、DYSF、PH0SPH02 和 CDC20，或 CKLF、KLHL17、HYAL2和ZIC5。在再進一步的實施方式中，所述預(yù)測性基因印記包括至少5種前面所述的生物標志物，例如 IL10、CEP152、C0L7A1、TYROBP 和 ERGIC3，TMEM79、SNXl1、PSENEN、GNATl 和 GRAMD4，JAM3、SNX11、KLHL17、M0BKL1B 和 ERGIC3，或 NMU、PH0SPH02、PDGFB, CFLl和 ANG。
[0020]在本發(fā)明的各種方法和/或試劑盒中，所述生物標志物不是AB I 3、不是ANG、不是APBB2、不是CCL26、不是CDC20、不是CEP152、不是CFL1、不是CKLF、不是C0L7A1、不是CYP4F3、不是 DYSF、不是 GNAT1、不是 GRAMD4、不是 HYAL2、不是 IL10、不是 ITFG3、不是 JAM3、不是 KLHL17、不是 KRT24、不是 MAD2L1BP、不是 MANSC1、不是 M0BKL1B、不是 NCBP1、不是 NMU、不是PCDH1、不是PH0SPH02、不是SPTA1、不是TMI⑶2、不是TYROBP、不是ZIC5、不是ERGIC3、不是I3DGFB、不是PSENEN、不是SATB1、不是SNX11、不是TMEM79、不是EDIL3、不是PAPLN、不是TUBB6和/或不是YTHDFl。[0021]在某些實施方式中，所述生物標志物不以可檢測的水平表達。在另一種實施方式中，所述生物標志物以與對照相比的低水平表達。表達可以通過任何適合的方法直接或間接測定。在某些實施方式中，所述生物標志物的表達水平使用任何適合的方法在核酸水平上測定。例如，所述生物標志物的表達水平可以通過檢測cDNA、mRNA或DNA來測定。在特定實施方式中，所述生物標志物的表達水平使用選自聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴增反應(yīng)、反轉(zhuǎn)錄酶PCR分析、定量反轉(zhuǎn)錄酶PCR分析、Northern印跡分析、RNA酶保護測定法、數(shù)字RNA檢測/定量(例如nanoString)及其組合或子組合的技術(shù)來測定。
[0022]在某些實施方式中，所述生物標志物的表達水平可以通過檢測miRNA來測定。具體來說，可以通過評估m(xù)iRNA的水平來間接評估m(xù)RNA表達,其中控制mRNA表達的miRNA的水平升高表明編碼所述生物標志物的mRNA的低表達水平。
[0023] 在其他實施方式中，所述生物標志物的表達水平使用任何適合的方法在蛋白質(zhì)水平上測定。例如，所述蛋白質(zhì)的存在或水平可以使用特異性結(jié)合所述蛋白質(zhì)的抗體或其抗原結(jié)合片段來檢測。在特定實施方式中，所述抗體或其抗原結(jié)合片段選自鼠抗體、人抗體、人源化抗體、雙特異性抗體、嵌合抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、ScFv、SMIP、親合體、avimer>versabody、納米抗體和結(jié)構(gòu)域抗體,或任何上述抗體的抗原結(jié)合片段。在特定實施方式中，所述抗體或其抗原結(jié)合部分被標記，例如用選自放射性標記物、生物素標記物、發(fā)色團標記物、熒光團標記物和酶標記物的標記物標記。在某些實施方式中,所述生物標志物的表達水平通過使用選自免疫測定法、western印跡分析、放射免疫測定法、免疫熒光法、免疫沉淀、平衡透析、免疫擴散、電化學發(fā)光免疫測定法(ECLIA)、ELISA測定法、免疫聚合酶鏈反應(yīng)及其組合或子組合的技術(shù)來測定。在特定實施方式中，所述免疫測定法是選自電化學發(fā)光、化學發(fā)光、產(chǎn)熒光化學發(fā)光、熒光偏振和時間分辨熒光的基于溶液的免疫測定法。在其他實施方式中，所述免疫測定法是選自電化學發(fā)光、化學發(fā)光和產(chǎn)熒光化學發(fā)光的夾心免疫測定法。也可以使用依賴于能夠檢測所述蛋白質(zhì)的試劑的其他測定法，例如依賴于適合的結(jié)合伴體或酶活性的測定法(例如使用配體來檢測受體分子)。
[0024]樣品可以通過任何適合的方法從受試者獲得，并且可以任選地經(jīng)歷進一步的處理步驟(例如冷凍、分級、固定、胍處理等)。可以使用源自于受試者的任何適合的樣品，例如任何組織(例如活檢組織)、細胞或流體及其任何組分，例如級份或提取物。在各種實施方式中，所述樣品是從所述受試者獲得的流體或這樣的流體的組分。例如，所述流體可以是血液、血漿、血清、痰液、淋巴、囊液、乳頭吸出液、尿液或從活組織檢查(例如腫塊活檢)收集的流體。在其他實施方式中，所述樣品是從所述受試者獲得的組織或其組分。例如，所述組織可以是從活組織檢查(例如腫塊活檢)獲得的組織、乳腺組織、結(jié)締組織和/或淋巴組織。在特定實施方式中，所述組織是乳腺組織或其組分(例如從所述乳腺組織收集的細胞)。在特定實施方式中，所述乳腺組織的組分是乳腺組織細胞。在另一種實施方式中，所述乳腺組織的組分是循環(huán)乳腺腫瘤細胞。
[0025]在一種實施方式中，所述受試者是人類。
[0026]另一方面，本發(fā)明提供了一種用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的試劑盒，其包括用于確定選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平的試劑，以及使用所述試劑盒來預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的說明書。例如，用于確定所述生物標志物的表達水平的所述試劑可以是用于鑒定所述生物標志物中的無效突變的探針。用于確定所述生物標志物的表達水平的所述試劑可以是用于擴增和/或檢測所述生物標志物的探針。在又另一種實施方式中，用于確定所述生物標志物的表達水平的所述試劑可以是抗體，例如對所述生物標志物的野生型或無效突變形式的表達產(chǎn)物特異性的抗體。
[0027]在特定實施方式中，所述試劑盒還包括用于從受試者獲得生物樣品的試劑。在另一種實施方式中，所述試劑盒包括對照樣品。
[0028]另一個方面，本發(fā)明提供了用于確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過確定和/或鑒別所述受試者是否攜帶選自表1中列出的生物標志物中的至少一個含有無效突變的基因來進行。另一個方面，本發(fā)明提供了用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過分析源自于所述受試者的樣品以確定所述受試者是否攜帶選自表1中列出的生物標志物中的至少一個含有無效突變的基因來進行。進一步的方面，本發(fā)明提供了用于確定乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療的敏感性的方法，其通過確定和/或鑒定所述腫瘤是否以選自表1中列出的生物標志物中的至少一個含有無效突變的基因為特征來進行。再另一方面，本發(fā)明涉及使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽治療患乳腺癌的受試者的方法，其通過鑒定所述受試者是否具有選自表1中列出的生物標志物中的至少一個含有無效突變的基因，并向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)來進行。
[0029]附圖簡沭
[0030]圖1示出了如實施例1中所述在乳腺癌細胞系中進行的高通量siRNA篩選方法。
[0031]圖2示出了進一步考慮作為艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的效能的生物標志物的某些基因的鑒別`和選擇。
[0032]圖3示出了如實施例1中所述進行的確認分析。
[0033]圖4示出了如實施例1中所描述的在用siRNA處理后測定cDNA的相對量的QuantiTect SYBR分析的結(jié)果。
[0034]發(fā)明詳沭
[0035]本發(fā)明提供了用于確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者的方法，用于確定乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療的敏感性的方法，以及治療患乳腺癌的受試者的方法?？偟膩碚f，所述方法包括確定源自于所述受試者的樣品中如表1中列出的至少一種生物標志物的表達水平，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林或其類似物可用于治療乳腺癌，和/或所述乳腺腫瘤對于使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療敏感。
[0036]本發(fā)明至少部分地基于下述發(fā)現(xiàn)，即在本文中鑒定的生物標志物的低表達水平(例如不表達)指示了對艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的反應(yīng)性。如本文中所示，使用siRNA技術(shù)來“減低(knock down)’’某些基因的表達，并評估得到的減低細胞對艾日布林甲磺酸鹽的敏感性?；趤碜杂谶@些研究的發(fā)現(xiàn)，確定了表1中列出的每個基因的低表達水平與乳腺癌細胞對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療的敏感性相關(guān)。 [0037]除非在本文中另有定義，否則與本發(fā)明關(guān)聯(lián)使用的科學和技術(shù)術(shù)語具有本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所通常理解的意義。術(shù)語的意義和范圍應(yīng)該是明確的，然而，在存在任何潛在的意義不明確的情形中，本文中提供的定義優(yōu)先于任何字典或外來定義。此外，除非上下文另有要求，否則單數(shù)項，例如以“一”或“一種’’為特征的項，應(yīng)該包括復(fù)數(shù)項，例如一種或多種生物標志物。在本申請中，除非另有陳述，否則“或’’的使用意味著“和/或’’。此外，術(shù)語“包括”以及所述術(shù)語的其他形式(如“包含”或“包括的”)的使用不是限制性的。此外，除非另有明確陳述，否則諸如“要素’’或“組分”的術(shù)語涵蓋了構(gòu)成一個單位的要素和組分以及構(gòu)成一個以上單位的要素和組分兩種情況。
[0038]短語“確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)是否可用于治療患乳腺癌的受試者”是指評估使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)治療受試者在所述受試者中有效(例如為所述受試者提供治療益處)或無效的可能性。評估治療有效或無效的可能性通常可以在使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療開始之前或治療重新開始之前進行。作為上述方案的可選方案或與其組合，可以在治療期間進行有效治療的可能性的評估，以例如確定治療是應(yīng)該繼續(xù)還是停止。例如，這樣的評估可以通過下述方式來進行:(a)確定在源自于所述受試者的樣品中生物標志物(例如選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物)的表達水平，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽可用于治療所述患乳腺癌的受試者；或者(b)分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中生物標志物(例如選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物)的表達水平，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽可用于治療所述患乳腺癌的受試者。
[0039]當在本文中使用時，短語“確定乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療的敏感性’’意指評估乳腺腫瘤例如乳腺癌細胞對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療的易感性。腫瘤的敏感性可以包括艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)殺死腫瘤細胞、抑制腫瘤細胞的擴散和/或轉(zhuǎn)移、和/或完全或部分抑制腫瘤細胞的生長(例如使腫瘤細胞生長減慢至少 5%,10%,15%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,55%,60%,65%,70%、75%、80%、85%、90%或95% )的能力。評估可以(i)在使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽(例如艾日布林甲磺酸鹽)的治療開始之前；(ii)在所述受試者中重新開始治療之前進行，和/或在治療期間進行，以例如確定治療應(yīng)該繼續(xù)還是停止。例如，這樣的評估可以通過下述方式來進行:(a)確定所述腫瘤中生物標志物(例如選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物)的表達水平，其中所述腫瘤中所述生物標志物的低表達水平表明所述腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療敏感；或者(b)測定所述腫瘤中生物標志物(例如選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物)的表達水平，并且當所述生物標志物在所述腫瘤中以低水平表達時，將所述腫瘤鑒定為對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療敏感。
[0040]當在本文中使用時，術(shù)語“艾日布林”是指本領(lǐng)域公認的軟海綿素B的全合成大環(huán)酮類似物。正如全部內(nèi)容在此引為參考的美國專利號6，214，865中所述，艾日布林具有下
列結(jié)構(gòu)
[0041]
【權(quán)利要求】
1.一種用于確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽是否可以用于治療患乳腺癌的受試者的方法，所述方法包括確定源自于所述受試者的樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽在治療所述受試者中有效。
2.一種用于確定艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽是否可以用于治療患乳腺癌的受試者的方法，所述方法包括分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平，其中所述生物標志物的低表達水平表明艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽在治療所述受試者中有效。
3.一種用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽是否可以用于治療患乳腺癌的受試者的方法，所述方法包括確定源自于所述受試者的樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平，并且當所述樣品被確定為具有所述生物標志物的低表達水平時，預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽將在治療患乳腺癌的受試者中有效。
4.一種用于確定乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療的敏感性的方法，所述方法包括確定所述腫瘤中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平，其中所述腫瘤中所述生物標志物的低表達水平表明所述腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療敏感。
5.一種用于確定乳腺腫瘤對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療的敏感性的方法，所述方法包括確定所述腫瘤中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平，并且當確定所述腫瘤中所述生物標志物的表達水平低時，將所述腫瘤鑒定為對使用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽的治療敏感。
6.權(quán)利要求4或5的方法，其中所述乳腺腫瘤的樣品從患乳腺癌受試者獲得。
7.一種治療患乳腺癌的受試者的方法，所述方法包括鑒定其中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物具有低表達水平的患乳腺癌的受試者，并且向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽。
8.一種治療患乳腺癌的受試者的方法，所述方法包括分析源自于所述受試者的樣品以確定所述樣品中選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平,并且當在所述樣品中檢測到所述生物標志物的低表達水平時，向所述受試者施用治療有效量的艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽。
9.權(quán)利要求1-8任一項的方法，其中所述艾日布林的藥學上可接受的鹽是艾日布林甲磺酸鹽。
10.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述受試者以前沒有用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽治療過。
11.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述受試者以前用艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽治療過。
12.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是雌激素受體(ER)陰性乳腺癌。
13.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是孕酮受體(PR)陰性乳腺癌。
14.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是HER-2陰性乳腺癌。
15.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是雌激素受體(ER)陰性和孕酮受體(PR)陰性乳腺癌。
16.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法， 其中所述乳腺癌是雌激素受體(ER)陰性和HER-2陰性乳腺癌。
17.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是孕酮受體(PR)陰性和HER-2陰性乳腺癌。
18.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述乳腺癌是雌激素受體(ER)陰性、孕酮受體(PR)陰性和HER-2陰性乳腺癌。
19.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中選自選自表1中列出的生物標志物的至少2種生物標志物具有低表達水平。
20.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中選自表1中列出的生物標志物的至少3種生物標志物的表達水平具有低表達水平。
21.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中選自表1中列出的生物標志物的至少4種生物標志物的表達水平具有低表達水平。
22.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中選自表1中列出的生物標志物的至少5種生物標志物的表達水平具有低表達水平。
23.權(quán)利要求1-8任一項的方法，其中存在所述生物標志物的與對照相比的低表達水平。
24.權(quán)利要求23的方法，其中所述生物標志物不以可檢測水平表達。
25.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中所述生物標志物的表達水平在核酸水平測定。
26.權(quán)利要求25的方法，其中所述生物標志物的表達水平通過檢測cDNA來測定。
27.權(quán)利要求25的方法，其中所述生物標志物的表達水平通過檢測mRNA或miRNA來測定。
28.權(quán)利要求25的方法，其中所述生物標志物的表達水平通過檢測DNA來測定。
29.權(quán)利要求25的方法，其中所述生物標志物的表達水平使用選自聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴增反應(yīng)、反轉(zhuǎn)錄酶PCR分析、定量反轉(zhuǎn)錄酶PCR分析、Northern印跡分析、RNA酶保護試驗、數(shù)字RNA檢測/定量及其組合或子組合的技術(shù)來測定。
30.權(quán)利要求1至8任一項的方法，其中所述生物標志物的表達水平在蛋白質(zhì)水平測定。
31.權(quán)利要求30的方法，其中所述蛋白質(zhì)的存在使用特異性結(jié)合所述蛋白質(zhì)的抗體或其抗原結(jié)合片段來檢測。
32.權(quán)利要求31的方法，其中所述抗體或其抗原結(jié)合片段選自鼠抗體、人抗體、人源化抗體、雙特異性抗體、嵌合抗體、Fab> Fab，、F(ab，)2、ScFv、SMIP、親合體、avimer、versabody、納米抗體、結(jié)構(gòu)域抗體以及任何上述抗體的抗原結(jié)合片段。
33.權(quán)利要求31的方法，其中所述抗體或其抗原結(jié)合片段被標記。
34.權(quán)利要求33的方法，其中所述抗體或其抗原結(jié)合片段用選自放射性標記物、生物素標記物、發(fā)色團標記物、熒光團標記物和酶標記物的標記物標記。
35.權(quán)利要求28的方法，其中所述生物標志物的表達水平使用選自免疫測定法、western印跡分析、放射免疫測定法、免疫熒光法、免疫沉淀、平衡透析、免疫擴散、電化學發(fā)光免疫測定法(ECLIA)、ELISA測定法、免疫聚合酶鏈反應(yīng)及其組合或子組合的技術(shù)來測定。
36.權(quán)利要求35的方法，其中所述免疫測定法是選自電化學發(fā)光、化學發(fā)光、產(chǎn)熒光化學發(fā)光、突光偏振和時間分辨突光的基于溶液的免疫測定法。
37.權(quán)利要求35的方法，其中所述免疫測定法是選自電化學發(fā)光、化學發(fā)光和產(chǎn)熒光化學發(fā)光的夾心免疫測定法。
38.權(quán)利要求1_3、6或8任一項的方法，其中所述樣品包括從所述受試者獲得的流體或其組分。
39.權(quán)利要求38的方法，其中所述流體選自血液、淋巴、血清、血漿、囊液、乳頭吸出液、尿液、痰液和從活組織檢查收集的流體。
40.權(quán)利要求1_3、6或8任一項的方法，其中所述樣品包含從所述受試者獲得的組織或其組分。
41.權(quán)利要求40的方法，其中所述組織選自乳腺組織、結(jié)締組織、淋巴組織、從活組織檢查獲得的組織和從腫塊活檢獲得的組`織。
42.權(quán)利要求40的方法，其中所述組織是乳腺組織或其組分。
43.權(quán)利要求42的方法，其中所述乳腺組織的所述組分包含乳腺組織細胞。
44.權(quán)利要求43的方法，其中所述乳腺組織細胞是循環(huán)乳腺腫瘤細胞。
45.權(quán)利要求1-3或6-8任一項的方法，其中所述受試者是人類受試者。
46.一種用于預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽是否可用于治療患乳腺癌的受試者的試劑盒，所述試劑盒包含用于測定選自表1中列出的生物標志物中的生物標志物的表達水平的試劑；以及使用所述試劑盒預(yù)測艾日布林、其類似物或其藥學上可接受的鹽是否可用于治療患乳腺癌的受試者的說明書。
47.權(quán)利要求46的試劑盒，其中所述艾日布林的藥學上可接受的鹽是艾日布林甲磺酸鹽。
48.權(quán)利要求46的試劑盒，其中所述用于測定生物標志物的表達水平的試劑是用于鑒定所述生物標志物中的無效突變的探針。
49.權(quán)利要求46的試劑盒，其中所述用于測定生物標志物的表達水平的試劑是用于擴增和/或檢測所述生物標志物的探針。
50.權(quán)利要求46的試劑盒，其中所述用于測定生物標志物的表達水平的試劑是抗體。
51.權(quán)利要求46的試劑盒，其還包含用于從受試者獲得生物樣品的試劑。
52.權(quán)利要求46的試劑盒，其還包含對照樣品。
【文檔編號】C12Q1/68GK103562406SQ201280013701
【公開日】2014年2月5日 申請日期:2012年3月16日 優(yōu)先權(quán)日:2011年3月18日
【發(fā)明者】S·I·阿古爾尼克, M·C·伯恩, B·A·利特菲爾德 申請人:衛(wèi)材R&D管理有限公司