專利名稱：沙眼衣原體檢測用引物和探針、以及使用該引物和探針的沙眼衣原體的檢測方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及利用了核酸的擴(kuò)增及其檢測系統(tǒng)的、沙眼衣原體(Chlamydiatrachomatis)的檢測和/或鑒定方法。
背景技術(shù)：
目前，伴隨性風(fēng)俗的多樣化、以年輕人為中心的日本人的性行為樣式的變化，作為性感染癥的衣原體感染癥的增加顯著。衣原體(Chlamydia)是真核細(xì)胞的專性細(xì)胞內(nèi)寄生細(xì)菌。衣原體在宿主細(xì)胞內(nèi)生·長繁殖，在細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中形成包涵體(inclusion)，成為宿主的臨床癥狀的原因。例如，性器官衣原體感染癥的病原菌是沙眼衣原體，主要在男性中引發(fā)尿道炎，在女性中引發(fā)宮頸炎。作為衣原體的檢測法，開發(fā)了直接熒光抗體染色(DFA)、酶免疫測定法(EIA)和酶聯(lián)免疫吸附測定法(ELISA)等檢測抗原的方法。另外，還開發(fā)了通過使用經(jīng)標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記的、與沙眼衣原體的核糖體RNA互補的單鏈DNA的探針雜交來檢測沙眼衣原體的方法(Gen-Probe Pace 2 Chlamydia test、非專利文獻(xiàn) I)。另外，還開發(fā)了利用核酸擴(kuò)增技術(shù)的、更高靈敏度的檢測方法。例如，Domeika等(非專利文獻(xiàn)2)、Bauwens等(非專利文獻(xiàn)3)和美國專利第5，232，829號說明書(專利文獻(xiàn)I)報告了進(jìn)行聚合酶鏈反應(yīng)(Polymerase ChainReaction、PCR)和接下來的微量滴定板雜交來檢測沙眼衣原體的方法。另外，還報告了進(jìn)行連接酶鏈反應(yīng)(Ligase Chain Reaction、LCR)和接下來的微粒夾心免疫測定檢測來檢測沙眼衣原體的方法(非專利文獻(xiàn)4、非專利文獻(xiàn)5、非專利文獻(xiàn)6)。另外，已知沙眼衣原體在其菌內(nèi)具有多拷貝的特異的內(nèi)源性質(zhì)粒(非專利文獻(xiàn)7)。而且，還開發(fā)了以該內(nèi)源性質(zhì)粒的特定序列為靶，通過基因擴(kuò)增法擴(kuò)增其一部分序列，檢測擴(kuò)增產(chǎn)物，從而檢測沙眼衣原體的方法(專利文獻(xiàn)2、專利文獻(xiàn)3)。但是，已知沙眼衣原體中存在免疫學(xué)上確定的18種血清型。而且，近年來報告了通過如上所述現(xiàn)有的沙眼衣原體的檢測法不能檢測沙眼衣原體的事例(非專利文獻(xiàn)8)。即，判明了在現(xiàn)有的沙眼衣原體的檢測法中有時會產(chǎn)生偽陰性的判定，成為問題。現(xiàn)有技術(shù)文獻(xiàn)專利文獻(xiàn)專利文獻(xiàn)I:美國專利第5232829號說明書專利文獻(xiàn)2:日本特許第2719225號公報專利文獻(xiàn)3:日本特許第3127135號公報非專利文獻(xiàn)非專利文獻(xiàn)l:Warren R.，et al. , Journal of ClinicalMicrobiology, 1993, 31, 1663-1666.非專利文獻(xiàn)2:Domeika M.et al. , Journal of ClinicalMicrobiology, 1994，32，2350-2352非專利文獻(xiàn)3:Bauwens J. E. et al. , Journal of ClinicalMicrobiology, 1993，31，3013-3106非專利文獻(xiàn)4:Chernesky Max A. et al. , Journal of ClinicalMicrobiology, 1994，32，2682-2685 非專利文獻(xiàn)5: Lee H. H. et al.，Lancet, 1995，345，213-216非專利文獻(xiàn)6:Bassiri M. et al.，J. Clin. Microbiol.，1995，33，898-900非專利 文獻(xiàn) 7:C.Hatt et al. , Nucleic AcidsResearch, 1988, 16(9), p. 4053-4067非專利文獻(xiàn)8:Emerging Infectious Diseases Vol. 14, No. 9, September 2008

發(fā)明內(nèi)容
發(fā)明要解決的課題本發(fā)明是鑒于如上所述的狀況而做出的，課題是提供不產(chǎn)生偽陰性的判定、靈敏度和特異性優(yōu)異且迅速的沙眼衣原體的檢測方法和在該方法中使用的引物和探針。用于解決課題的方法本發(fā)明是為了解決上述課題而做出的，包括以下的構(gòu)成。(I)寡核苷酸，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。(2)寡核苷酸引物，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。(3)寡核苷酸探針，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。(4)沙眼衣原體的檢測方法，其特征在于，為了以序列號10所示的沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；蛑械?、具有序列號I所不的喊基序列的喊基號4133 喊基號4277的區(qū)或具有序列號2所不的喊基序列的喊基號32 喊基號176的區(qū)、或這些區(qū)內(nèi)進(jìn)一步特定的區(qū)作為靶，確認(rèn)試樣中是否存在具有這些區(qū)的堿基序列的寡核苷酸，而使用基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸作為引物，以試樣中的核酸作為模板進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，檢測該反應(yīng)的結(jié)果所生成的產(chǎn)物。(5)沙眼衣原體檢測用試劑盒，其中，包含基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸作為引物或/和探針。本發(fā)明者們對于到目前為止確定的沙眼衣原體和其他生物的各種基因反復(fù)進(jìn)行了各種間的各基因序列的同源性的理論驗證和實驗驗證。其結(jié)果是，得到了最適合沙眼衣原體的檢測的核酸序列，并且進(jìn)一步以這些序列為基礎(chǔ)開發(fā)了沙眼衣原體檢測用引物和探針，確立了使用這些引物和探針的沙眼衣原體的檢測方法，從而完成了本發(fā)明。發(fā)明的效果根據(jù)本發(fā)明，可提供靈敏度和特異性優(yōu)異且迅速的沙眼衣原體的檢測方法。另外，通過使用本發(fā)明所提供的檢測用引物的檢測方法，可以避免現(xiàn)有方法中可能發(fā)生的偽陰性，精度良好地進(jìn)行沙眼衣原體的檢測。


圖I是實施例2所得的、使用引物TcTI_Fw01和引物TcTI_Rv01、使用來源于沙眼衣原體的DNA試樣作為模板的實時PCR所得的擴(kuò)增曲線。圖2是以實施例2中進(jìn)行的實時PCR所得的擴(kuò)增曲線為基礎(chǔ)制成的、將Ct值(y軸)相對于基因組的拷貝數(shù)(X軸、對數(shù)值)作圖而得的標(biāo)準(zhǔn)曲線。圖3是實施例3所得的、使用引物TcTI_Fw02m和引物TcTI_Rv02、使用來源于沙眼衣原體的DNA試樣作為模板的實時PCR所得的擴(kuò)增曲線。圖4是以在實施例3中進(jìn)行的實時PCR所得的擴(kuò)增曲線為基礎(chǔ)制成的、將Ct值(y軸)相對于基因組的拷貝數(shù)(X軸、對數(shù)值)作圖而得的標(biāo)準(zhǔn)曲線。
具體實施例方式本發(fā)明者們著眼于作為沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)的內(nèi)源性質(zhì)粒的、被稱為PLGV440的質(zhì)粒。沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒(隱蔽性質(zhì)粒，cryptic plasmid)pLGV440基因的全堿基序列記載于非專利文獻(xiàn)7的圖2，大小為7498堿基，在本說明書中為序列號10所示的堿
基序列。在本發(fā)明中，記載為“沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；颉钡那闆r，有指上述的沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒(pLGV440)基因的全喊基序列的情況、和指該全喊基序列中的任意喊基序列單元(區(qū))的情況。此外，以下有將“沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?！眱H稱為“內(nèi)源性質(zhì)粒”這樣的情況。本發(fā)明者們注意到來自內(nèi)源性質(zhì)粒(pLGV440)基因的特別的2個區(qū)。即，序列號10所示的沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒(PLGV440)基因的、堿基號4133 堿基號4277的區(qū)(包含序列號I所不的喊基序列)、和喊基號32 喊基號176的區(qū)(包含序列號2所不的喊基序列)。本發(fā)明者們將序列號I所示的堿基序列命名為“TcTI_FW01RV01”，將序列號2所示的堿基序列命名為“TcTI_Fw02Rv02”。然后，以這2個區(qū)的堿基序列為基礎(chǔ)，設(shè)計能在沙眼衣原體的檢測中利用的本發(fā)明的寡核苷酸。即，本發(fā)明的寡核苷酸是“基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交的寡核苷酸?！?以下，有時簡稱為“本發(fā)明的寡核苷酸”)。作為本發(fā)明所涉及的“基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸”的具體例，可列舉序列表的“包含序列號I 9的任一項所示的堿基序列、或序列號I 9的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸”。作為本發(fā)明所涉及的“序列號I 9的任一項所示的堿基序列的互補序列”，可列舉例如含有與包含本發(fā)明的序列號I 9的任一項所不的堿基序列的寡核苷酸在嚴(yán)格條件或高嚴(yán)格條件下雜交的堿基序列的寡核苷酸。
這里所說的“嚴(yán)格條件”，具體是例如“在6 X SSC或與這同等的鹽濃度的雜交溶液中、在50 70°C的溫度條件下進(jìn)行16小時雜交，用6 X SSC或與這同等的鹽濃度的溶液等根據(jù)需要進(jìn)行預(yù)洗滌，然后用I X SSC或與這同等的鹽濃度的溶液等洗滌”這樣的條件。另外，這里所說的“高嚴(yán)格條件”，具體是例如“在50%甲酰胺中、在42 70°C、優(yōu)選為60 70°C進(jìn)行雜交，然后在O. 2 2XSSC、0. 1%十二烷基硫酸鈉(SDS)中、在25 70°C洗滌”這樣的條件。例如，在使用聚合酶鏈反應(yīng)(Polymerase chain reaction, PCR)等核酸擴(kuò)增反應(yīng)的沙眼衣原體的檢測方法中，設(shè)定沙眼衣原體的基因的特定區(qū)的堿基序列作為靶，使用擴(kuò)增該堿基序列的引物組，使用試樣中的核酸作為模板進(jìn)行PCR。然后在得到了目標(biāo)引物延伸產(chǎn)物的情況下，可以判定試樣中存在具有靶堿基序列的核酸，即，存在沙眼衣原體或其基因。本發(fā)明所涉及的序列號I或序列號2所示的堿基序列、或序列號I或序列號2所示的堿基序列的互補序列可以成為上述的沙眼衣原體的檢測時的靶。如果具體地說明，則以序列號I或序列號2所示的堿基序列、或序列號I或序列號2所示的堿基序列的互補序列作為靶進(jìn)行PCR。并且，如果得到了引物延伸產(chǎn)物，則可以判定試樣中存在具有序列號I或序列號2所示的堿基序列、或序列號I或序列號2所示的堿基序列的互補序列的核酸，即試樣中存在沙眼衣原體或其基因。此外，還可以設(shè)定序列號I或序列號2所示的堿基序列、或序列號I或序列號2所示的堿基序列的互補序列中的、進(jìn)一步特定的區(qū)的序列作為靶。即，例如設(shè)定序列號I所示的堿基序列中的、進(jìn)一步特定的區(qū)的序列作為靶，設(shè)計擴(kuò)增該序列的引物組。并且在使用該·引物組的PCR中獲得了的引物延伸產(chǎn)物的情況下，可以判定試樣中存在具有靶堿基序列的核酸，即，存在沙眼衣原體或其基因。另外，本發(fā)明的寡核苷酸還可以用于沙眼衣原體檢測用引物或探針設(shè)計。S卩，基于本發(fā)明的序列號I或序列號I所示的堿基序列、或序列號2或序列號2所示的堿基序列的互補序列，按照后述的常規(guī)方法設(shè)計引物或探針即可。作為本發(fā)明所涉及的與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交的寡核苷酸，可列舉包含與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；蛟诟邍?yán)格條件或嚴(yán)格條件下雜交的堿基序列的寡核苷酸等。該高嚴(yán)格條件和嚴(yán)格條件如上所述。此外，序列號3、序列號4和序列號8所不的喊基序列是基于序列號I所不的喊基序列而設(shè)計的。序列號5 序列號7、和序列號9所示的堿基序列是基于序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的。本發(fā)明的寡核苷酸既可以是脫氧核糖核酸(DNA)也可以是核糖核酸(RNA)。在核糖核酸的情況下，將胸苷殘基(T)替換成尿苷殘基(U)是不必說的。另外也可以是在合成時將任意位置的T變?yōu)閁而進(jìn)行合成而得的、包含尿苷殘基的DNA。同樣地也可以是將任意位置的U變?yōu)門的包含胸苷殘基的RNA。另外，也可以是一個或多個核苷酸被缺失、插入或替換的寡核苷酸。一個或多個核苷酸也可以是胸苷(I)那樣的修飾核苷酸。作為得到本發(fā)明的寡核苷酸的方法，不特別限定，可列舉例如通過本身公知的化學(xué)合成法來調(diào)制的方法、通過使用載體等的基因操作法來獲得寡核苷酸或多核苷酸的方法(克隆化法)等。由于在獲得本發(fā)明的寡核苷酸中、15 30堿基左右的寡核苷酸的情況下，化學(xué)合成法由于可以容易、大量且廉價地獲得一定品質(zhì)的寡核苷酸，因而通常被利用。例如，如 果通過DNA的合成中通常進(jìn)行的使用DNA合成儀，用通常的亞磷酰胺法合成寡核苷酸，使用陰離子交換柱色譜的常規(guī)方法來純化，則可以得到作為目標(biāo)的本發(fā)明的寡核苷酸。另外，也可以從進(jìn)行寡核苷酸的合成的委托商家購入。本發(fā)明的引物是作為沙眼衣原體檢測用而使用的引物，是“基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸引物”(以下，有時記載為“本發(fā)明的引物”)。即，本發(fā)明的引物是基于序列號10所示的沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒(pLGV440)基因的、喊基號4133 喊基號4277的區(qū)(包含序列號I所不的喊基序列)或喊基號32 喊基號176 (包含序列號2所示的堿基序列)的區(qū)的堿基序列而設(shè)計的。而且，通過使用這些引物的核酸擴(kuò)增反應(yīng)，可以擴(kuò)增上述區(qū)、或這些區(qū)內(nèi)的進(jìn)一步特定的區(qū)。進(jìn)而本發(fā)明的引物可以在上述區(qū)的堿基序列的互補序列的擴(kuò)增中使用。作為基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計引物的方法，可列舉例如以下方法。即，考慮使用該引物的反應(yīng)的種類[(PCR(包含實時PCR)等核酸擴(kuò)增反應(yīng)、核酸雜交等]和/或反應(yīng)條件[例如解鏈溫度(Tm值)等]，從序列號I或序列號2所示的堿基序列、或序列號I或序列號2所示的堿基序列的互補序列中選擇出適當(dāng)?shù)膮^(qū)的適當(dāng)?shù)拈L度，從而設(shè)計引物即可。另外，還可以使用一般用于引物設(shè)計的軟件，例如引物設(shè)計用的Web工具Primer3 (懷特黑德生物醫(yī)學(xué)研究所，Whitehead Institute for Biomedical Research.)等設(shè)計引物。另外，本發(fā)明的引物優(yōu)選為被認(rèn)為是具有維持作為引物序列的特異性所需的堿基數(shù)的10 50堿基、更優(yōu)選為10 35堿基、進(jìn)一步優(yōu)選為18 25堿基的長度的寡核苷酸。本發(fā)明的引物所使用的“基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交的寡核苷酸”(本發(fā)明的寡核苷酸)的具體例，如上述關(guān)于本發(fā)明的寡核苷酸的記載中所說明的那樣。另外，本發(fā)明的引物中使用的寡核苷酸根據(jù)使用的條件、目的等可以在寡核苷酸中存在一個或多個核苷酸的缺失、插入或替換。作為本發(fā)明的引物的具體例，可列舉“包含序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列、或序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸引物”。另夕卜，本發(fā)明的引物還包含“選自包含序列號3 序列號7的任一項所不的堿基序列或序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸的正向引物與反向引物的組合”。此外，本發(fā)明的優(yōu)選的引物、和在本發(fā)明中命名的該引物的名稱示于下述表I。表I
權(quán)利要求
1.寡核苷酸，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。
2.基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交的寡核苷酸在沙眼衣原體檢測用引物或探針設(shè)計中的用途。
3.寡核苷酸引物，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的寡核苷酸引物，其中，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸引物，是包含序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列、或序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸引物。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的寡核苷酸引物，其中，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸引物包含選自下述寡核苷酸的正向引物和反向引物的組合，所述寡核苷酸包含序列號3 序列號7的任一項所不的堿基序列或序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列的互補序列。
6.寡核苷酸探針，其基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的寡核苷酸探針，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸探針，是包含序列號I 序列號9的任一項所示的堿基序列、或序列號I 序列號9的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸探針。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的寡核苷酸探針，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸探針，是包含序列號8和序列號9的任一項所示的堿基序列、或序列號8和序列號9的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸探針。
9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的探針，其被標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的探針，其中，標(biāo)記物質(zhì)是選自放射性同位素、酶、熒光物質(zhì)、發(fā)光物質(zhì)和生物素的標(biāo)記物質(zhì)。
11.根據(jù)權(quán)利要求9所述的探針，其被報告熒光色素和猝滅色素標(biāo)記。
12.沙眼衣原體的檢測方法，其特征在于，使用基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)?；螂s交的寡核苷酸作為引物，以試樣中的核酸作為模板進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，檢測該反應(yīng)的結(jié)果所生成的產(chǎn)物。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸引物，是包含序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列、或序列號3 序列號7的任一項所示的堿基序列的互補序列的寡核苷酸引物。
14.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，使用下述任一引物對進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng) (1)包含序列號3所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號4所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物， (2)包含序列號5所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物， (3)包含序列號7所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物。
15.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，核酸擴(kuò)增反應(yīng)是實時PCR。
16.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，該反應(yīng)的結(jié)果所生成的產(chǎn)物是引物延伸產(chǎn)物，使用嵌入劑來檢測該產(chǎn)物。
17.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，進(jìn)一步使用將基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸用報告色素和猝滅熒光色素進(jìn)行標(biāo)記而得的標(biāo)記探針。
18.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其通過下述任一工序來進(jìn)行 (1)使用包含序列號3所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號4所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和將包含序列號8所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用報告色素和猝滅色素進(jìn)行標(biāo)記而得的標(biāo)記探針，以試樣中的核酸作為模板進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，檢測從該標(biāo)記探針游離出的標(biāo)記物質(zhì)， (2)使用包含序列號5所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和將包含序列號9所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用報告色素和猝滅色素進(jìn)行標(biāo)記而得的標(biāo)記探針，以試樣中的核酸作為模板進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，檢測從該標(biāo)記探針游離出的標(biāo)記物質(zhì)， (3)使用包含序列號7所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和將包含序列號9所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用報告色素和猝滅色素進(jìn)行標(biāo)記而得的標(biāo)記探針，以試樣中的核酸作為模板進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)，檢測從該標(biāo)記探針游離出的標(biāo)記物質(zhì)。
19.根據(jù)權(quán)利要求12所述的檢測方法，其中，在進(jìn)行核酸擴(kuò)增反應(yīng)之后，對于所得的引物延伸產(chǎn)物進(jìn)行電泳，基于其結(jié)果來判定豚鼠嗜衣原體的有無。
20.沙眼衣原體檢測用試劑盒，其中，包含基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸作為引物或/和探針。
21.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中，基于序列號I或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計的寡核苷酸引物或/和探針，是包含序列號I 序列號9的任一項所示的堿基序列、或序列號I 序列號9的任一項所示的堿基序列的互補序列的引物或/和探針。
22.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中，探針是被標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記化的探針。
23.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中，探針是被報告色素和猝滅熒光色素標(biāo)記化的探針。
24.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中，作為引物，含有選自下述⑴ (3)的引物對 (1)包含序列號3所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號4所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物， (2)包含序列號5所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物， (3)包含序列號7所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物。
25.根據(jù)權(quán)利要求20所述的試劑盒，其中，含有選自下述(I) (3)的引物對和探針的組合， (I)包含序列號3所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號4所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和將包含序列號8所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記而得的標(biāo)記探針， (2)包含序列號5所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號6所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、和將包含序列號9所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記而得的標(biāo)記探針， (3)包含序列號7所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸引物、包含序列號6所示的堿基序列的寡 核苷酸引物、和將包含序列號9所示的堿基序列或其互補序列的寡核苷酸用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記而得的標(biāo)記探針。
全文摘要
本發(fā)明涉及基于序列號1或序列號2所示的堿基序列而設(shè)計、且與沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)的內(nèi)源性質(zhì)粒基因雜交的寡核苷酸，沙眼衣原體檢測用寡核苷酸引物和探針，使用該引物和探針的沙眼衣原體的檢測方法，以及該寡核苷酸在沙眼衣原體檢測用引物或探針設(shè)計中的用途。
文檔編號C12N15/09GK102918155SQ20118001518
公開日2013年2月6日 申請日期2011年3月17日 優(yōu)先權(quán)日2010年3月23日
發(fā)明者石川友一, 公文裕巳 申請人:和光純藥工業(yè)株式會社