專利名稱：正常眼壓性青光眼疾病易感基因及其應(yīng)用的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及正常眼壓性青光眼疾病易感基因及其應(yīng)用。
背景技術(shù)：
青光眼是由于眼壓上升至能夠維持正常視功能的健 康眼壓以上的眼壓而對視神經(jīng)帶來損害的進行性的難治性疾病。如果對該疾病置之不理，則視野狹窄不斷加劇，有時會導(dǎo)致失明，盡管目前該疾病在日本的失明原因中占據(jù)第一位，但其原因尚不明確，還沒有準(zhǔn)確的診斷方法、有效的治療方法以及預(yù)防方法。日本人中最多見的是其中雖然眼壓在正常范圍內(nèi)但仍發(fā)生青光眼的正常眼壓性青光眼(NTG)，其發(fā)生頻率在40歲以上的人群中約4%。NTG由于眼壓在正常范圍內(nèi)，因此在眼壓檢查中難以發(fā)現(xiàn)，在健康體檢或通常的眼科檢查中容易疏漏。由于視神經(jīng)的損害不會恢復(fù)，因此對于NTG，早期發(fā)現(xiàn)、早期治療是最重要且緊要的。但是，由于其進展緩慢且中心視野在晚期才會受到損害，因此缺乏自覺癥狀，視神經(jīng)損害在本人還未注意到時會逐漸進展。雖然正在進行正常眼壓性青光眼疾病易感基因的探索，但是尚未發(fā)現(xiàn)與疾病關(guān)聯(lián)的基因。已經(jīng)進行了若干候選基因分析。已經(jīng)集中精力分別進行了高度疑似與青光眼相關(guān)的 myocilin(非專利文獻 1-15)以及 optineurin(非專利文獻 16-30)、optic atrophy1(非專利文獻31-41)基因的分析，但與NTG的相關(guān)性尚不明確。此外，也進行了候選基因的分析，但僅僅得到相關(guān)的啟示。中村等以正常眼壓性青光眼的疾病易感基因的鑒定為目的，進行了 SNP(單核苷酸多態(tài)性)分析，而報道了發(fā)現(xiàn)17個？ < O. 000001的有相關(guān)性的基因(非專利文獻42)。但是，生物學(xué)上的顯著差異為P < O. 05，P值是判斷有無相關(guān)性的指標(biāo)。特別是，在使用SNP進行診斷時，P值的高低不是僅僅表示靈敏度、精密度。例如，通過對在GWAS中發(fā)現(xiàn)顯著差異的SNP，進行單獨或組合鑒定，有時能夠暗示危險性高低，而且有時能夠進行更多的患者的確診，或者有時能夠分類該疾病所包含的多種形態(tài)。對診斷更加有效的SNP為不是在對由患者組和合健康人組組成的一個集體單位進行分析時而是在對不同的集體單位進一步進行同樣的分析時也確認(rèn)到顯著的差異的SNP。
發(fā)明內(nèi)容
發(fā)明要解決的問題本發(fā)明的目的在于發(fā)現(xiàn)對正常眼壓性青光眼的診斷有效的正常眼壓性青光眼疾病易感基因，提供其應(yīng)用方法。用于解決問題的手段本發(fā)明人以正常眼壓性青光眼患者集體和正常人集體為對象，對全基因組上的SNP進行了網(wǎng)羅性分析和比較，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，多個SNP上存在差異，其中的53個SNP的聚類分析的結(jié)果良好。進而，從該53個SNP之中，發(fā)現(xiàn)對正常眼壓性青光眼的診斷特別有效的4個 SNP。
本發(fā)明是基于這些發(fā)現(xiàn)而完成的。本發(fā)明的主旨如下。(I) 一種正常眼壓性青光眼的檢查方法，其包括對選自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基進行鑒定單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含EL0VL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際 編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基)、以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基。(2)根據(jù)(I)所述的方法，其中，存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249和rs2763979的多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性為與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性。(3)根據(jù)⑵所述的方法，其中，與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性為存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的LD區(qū)段內(nèi)的多態(tài)性。(4) 一種用于正常眼壓性青光眼的檢查的試劑，其包含選自下述的(a)和(b)的成分組成的組中的至少I種成分，(a)能夠?qū)Πx自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基的區(qū)域進行擴增的引物單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含EL0VL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基)、以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基；(b)能夠與包含選自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基的區(qū)域雜交的探針單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含EL0VL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基)、以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基。(5)根據(jù)(4)所述的試劑，其中，探針固定于固相上。(6) 一種正常眼壓性青光眼的檢查試劑盒，其包含根據(jù)(4)或(5)所述的試劑。發(fā)明效果根據(jù)本發(fā)明，能夠更準(zhǔn)確地診斷正常眼壓性青光眼。對于已發(fā)病的患者能夠確診，而能夠進行積極的治療。此外，對于未發(fā)病人能夠預(yù)測發(fā)病，建議頻繁地進行檢查，以便能夠早期發(fā)現(xiàn)。本說明書包含作為本申請的優(yōu)先權(quán)的基礎(chǔ)的日本專利申請、特愿2010-120758的 說明書和/或附圖
中所記載的內(nèi)容。
具體實施例方式下面，對本發(fā)明的實施方式進行更詳細(xì)的說明。本發(fā)明提供一種正常眼壓性青光眼的檢查方法，其包括對選自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基進行鑒定單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含EL0VL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基)、單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基(存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基)、以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基。存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249和rs2763979的多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性可以為與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性。與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249 或 rs2763979 的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性可以為存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249 或 rs2763979 的 LD 區(qū)段內(nèi)的多態(tài)性。本說明書中，核苷酸多態(tài)性(SNP)由作為NCBI的SNP數(shù)據(jù)庫的dbSNP中的reference SNP ID編號、即rs編號表示。另外，堿基的位置基于NCBI的基因組數(shù)據(jù)庫的build36。本說明書中，“正常眼壓性青光眼的檢查”包含用于判斷被檢者罹患正常眼壓性青光眼的可能性高低的檢查、以及在被檢者已經(jīng)罹患正常眼壓性青光眼的情況下用于進行其確診的檢查。
rs3213787是在人第2號染色體上的第45500328個堿基處的腺嘌呤(A) /鳥嘌呤(G)的多態(tài)性，在該部位的堿基為A的情況下，可以判定為罹患正常眼壓性青光眼的可能性高、或者已經(jīng)罹患正常眼壓性青光眼。rs735860是在人第6號染色體上的第53231077個堿基處的胸腺嘧啶(T) /胞嘧啶(C)的多態(tài)性，在該部位的堿基為C的情況下，可以判定為罹患正常眼壓性青光眼的可能性高、或者已經(jīng)罹患正常眼壓性青光眼。rs4412249是在人第6號染色體上的第1947050個堿基處的鳥嘌呤(G)/腺嘌呤(A)的多態(tài)性，在該部位的堿基為A的情況下，可以判定為罹患正常眼壓性青光眼的可能性高、或者已經(jīng)罹患正常眼壓性青光眼。rs2763979是在人第6號染色體上的第3190257個堿基處的胞嘧啶(C) /胸腺嘧啶(T)的多態(tài)性，在該部位的堿基為C的情況下，可以判定為罹患正常眼壓性青光眼的可能性 高、或者已經(jīng)罹患正常眼壓性青光眼。所鑒定的SNP可以為一種、也可以組合多種，但優(yōu)選包含rs3213787或rs735860中的任一種、或者包含rs3213787和rs735860的兩者，此外，也可以包含rs4412249和/或rs2763979。另外，可以對基因的正義鏈進行分析，也可以對反義鏈進行分析。此外，本發(fā)明中，所鑒定的堿基并不限于上述的SNP，也可以為與上述的SNP存在連鎖不平衡的多態(tài)性的部位的堿基。作為存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249和rs2763979的多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的其他的多態(tài)性，可以列舉在后述的表A、B、C和D中P值(正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo))不足O. 05的多態(tài)性。表A表示存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787所在的基因區(qū)域(SRBDl)內(nèi)的多態(tài)性的部位和P值。(表 A)[表 I]
權(quán)利要求
1.一種正常眼壓性青光眼的檢查方法，其包括對選自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基進行鑒定單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含ELOVL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基；以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的P值不足0. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基，所述p值是正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo)。
2.根據(jù)權(quán)利要求I所述的方法，其中，存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249和rs2763979的多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的p值不足0. 05的其他的多態(tài)性為與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性，所述P值是正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中，與單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的多態(tài)性存在連鎖不平衡的多態(tài)性為存在于單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249或rs2763979的LD區(qū)段內(nèi)的多態(tài)性。
4.一種用于正常眼壓性青光眼的檢查的試劑，其包含選自下述的(a)和(b)的成分組成的組中的至少I種成分， (a)能夠?qū)Πx自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基的區(qū)域進行擴增的引物單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含ELOVL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基；以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的p值不足0. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基，所述P值是正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo)； (b)能夠與包含選自由如下多態(tài)性位點的堿基組成的組中的至少I個多態(tài)性位點的堿基的區(qū)域雜交的探針單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第2號染色體的包含SRBDl的區(qū)域中的序列編號I的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs735860的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含ELOVL5的區(qū)域中的序列編號2的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs4412249的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含GMDS的區(qū)域中的序列編號3的核苷酸序列中的第501個堿基；單核苷酸多態(tài)性國際編號rs2763979的多態(tài)性位點的堿基、即存在于人第6號染色體的包含HSPAlB的區(qū)域中的序列編號4的核苷酸序列中的第501個堿基；以及存在于這些多態(tài)性位點所在的基因區(qū)域內(nèi)的p值不足0. 05的其他的多態(tài)性位點的堿基，所述P值是正常眼壓性青光眼患者和健康人之間的顯著差異的指標(biāo)。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的試劑，其中，探針固定于固相上。
6.一種正常眼壓性青光眼的檢查試劑盒，其包含權(quán)利要求4或5所述的試劑。
全文摘要
本發(fā)明提供一種正常眼壓性青光眼疾病易感基因及其應(yīng)用方法。以大量正常眼壓性青光眼患者和正常人為對象，對全基因組上的單核苷酸多態(tài)性進行網(wǎng)羅性分析、比較，從發(fā)現(xiàn)有差異的多態(tài)性位點之中，發(fā)現(xiàn)單核苷酸多態(tài)性國際編號rs3213787、rs735860、rs4412249和rs2763979的多態(tài)性位點對診斷有效。
文檔編號C12N15/09GK102770562SQ201180011030
公開日2012年11月7日 申請日期2011年3月31日 優(yōu)先權(quán)日2010年5月26日
發(fā)明者水木信久 申請人:目立康株式會社