一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法
【專利摘要】本發(fā)明是一種基于系統(tǒng)生物學(xué)的中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法。本發(fā)明包括以下步驟：獲得待分析中藥制劑的生物物種成分，包括處方物種和非處方物種；獲得上述非處方物種的化學(xué)成分，對(duì)所述化學(xué)成分的不同格式文件進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理；利用STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)建立上述非處方物種化學(xué)成分與人蛋白的聯(lián)系，得到待分析中藥制劑非處方物種化學(xué)成分與蛋白相互作用關(guān)系文件；建立所獲得人蛋白之間的相互作用關(guān)系，得到人蛋白之間相互作用關(guān)系文件；構(gòu)建“中藥制劑非處方物種化學(xué)成分---人蛋白---疾病”網(wǎng)絡(luò)。本發(fā)明以中藥制劑中非處方物種的化學(xué)成分作為研究對(duì)象，基于系統(tǒng)生物學(xué)思路，利用網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù)對(duì)其進(jìn)行研究。
【專利說(shuō)明】
一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法
技術(shù)領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明屬于中藥制劑網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究領(lǐng)域，具體的說(shuō)是一種基于系統(tǒng)生物學(xué)的中 藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法。
【背景技術(shù)】
[0002] 中藥制劑是在中醫(yī)理論指導(dǎo)下，按照"君臣佐使"的組方原則，選擇適宜的藥味和 劑量，采用合理的制劑工藝制成隨時(shí)可以取用的現(xiàn)成藥品。中藥制劑往往含有多種動(dòng)植物 成分，其藥效是多種藥味整體作用的體現(xiàn)，是多種成分、多種機(jī)制綜合作用的結(jié)果。然而，由 于中藥材原料摻假、錯(cuò)誤鑒定，以及種植、加工及制劑工藝過(guò)程雜質(zhì)的引入，使得中藥制劑 中可能含有一些非處方物種（藥典中該中藥制劑處方未記載的物種）。這些非處方物種雖 然所占的比例很小，但其所含的化學(xué)成分很有可能會(huì)降低臨床療效，甚至產(chǎn)生或增加毒副 作用，危及患者健康和生命安全。
[0003] 基于高通量測(cè)序技術(shù)的元基因組研究方法是目前認(rèn)識(shí)、分析生物混合體系結(jié)構(gòu)和 功能最有效、最重要的方法之一。利用該方法可以較全面的檢測(cè)中藥制劑中的物種成分，從 而使得我們可以較容易的獲得中藥制劑的非處方物種信息（Cheng，Su et al. 2014)，進(jìn)而 評(píng)價(jià)其潛在的毒副作用。
[0004] 近年來(lái)，隨著現(xiàn)代基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等"組學(xué)"理論的發(fā)展，系統(tǒng)生 物學(xué)視角的引入以及生物信息學(xué)的應(yīng)用，網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)（Network pharmacology)概念應(yīng)運(yùn) 而生，它是在系統(tǒng)生物學(xué)與計(jì)算機(jī)技術(shù)高速發(fā)展的基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的，基于"疾病一基 因一靶點(diǎn)一藥物"相互作用網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上，通過(guò)網(wǎng)絡(luò)分析，系統(tǒng)綜合地觀察藥物對(duì)疾 病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)與影響，揭示多分子藥物協(xié)同作用于人體的奧秘，這與中醫(yī)學(xué)從整體的角度 去診治疾病的理論，中藥及其復(fù)方的多成分、多途徑、多靶點(diǎn)協(xié)同作用的原理殊途同歸。中 藥制劑的研究策略也在從描述性研究轉(zhuǎn)為預(yù)測(cè)性研究。其中一個(gè)重要標(biāo)志就是從"生物分 子網(wǎng)絡(luò)"的結(jié)構(gòu)與功能來(lái)認(rèn)識(shí)疾病分子機(jī)制與藥物作用機(jī)制。被認(rèn)為是"下一代藥物研究 模式"的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)帶來(lái)了藥物研究的重大變革，也為中藥制劑的研究帶來(lái)新的機(jī)遇，其中 最大的機(jī)遇在于能夠用網(wǎng)絡(luò)與系統(tǒng)的思想來(lái)理解并處理中藥制劑化學(xué)體系與機(jī)體生物系 統(tǒng)的復(fù)雜性。中藥制劑處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析目前研究報(bào)道較多（Li，Zhang et al. 2010, Zhao, Jiang et al. 2010, Liang, Li et al. 2014)，而對(duì)其非處方物種化學(xué)成分的 網(wǎng)絡(luò)藥理分析未見報(bào)道。中藥制劑非處方物種化學(xué)成分對(duì)人類健康有不可忽視的影響，因 此非常有必要運(yùn)用系統(tǒng)生物學(xué)的方法通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析預(yù)測(cè)中藥制劑非處方物種化學(xué) 成分與人體靶點(diǎn)的相互作用關(guān)系，從而揭示它們可能對(duì)身體產(chǎn)生的不良影響。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005] 針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)中存在的上述不足之處，本發(fā)明要解決的技術(shù)問(wèn)題是提供一種中藥 制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法。
[0006] 本發(fā)明為實(shí)現(xiàn)上述目的所采用的技術(shù)方案是：一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分 的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，包括以下步驟：
[0007] 步驟1 :根據(jù)中華人民共和國(guó)藥典和對(duì)中藥制劑中生物成分分析的實(shí)驗(yàn)結(jié)果獲得 待分析中藥制劑的生物物種成分，包括處方物種和非處方物種；
[0008] 步驟2 :獲得上述非處方物種的化學(xué)成分，對(duì)所述化學(xué)成分的不同格式文件進(jìn)行 標(biāo)準(zhǔn)化處理；
[0009] 步驟3 :將STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)中化學(xué)成分進(jìn)行同樣的標(biāo)準(zhǔn)化處理，利用STITCH數(shù)據(jù)庫(kù) 建立上述非處方物種化學(xué)成分與人蛋白的聯(lián)系，得到待分析中藥制劑非處方物種化學(xué)成分 與蛋白相互作用關(guān)系文件；然后在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中建立所獲得人蛋白之間的相互作用關(guān) 系，得到人蛋白之間相互作用關(guān)系文件；
[0010] 步驟4 :根據(jù)0M頂數(shù)據(jù)庫(kù)得到0M頂號(hào)與基因關(guān)系對(duì)應(yīng)文件，利用Clone/Gene IDconverter工具將基因名稱轉(zhuǎn)換為"ENSG"形式的ID信息，同時(shí)將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已 得的蛋白質(zhì)信息進(jìn)行相同性質(zhì)的處理，使轉(zhuǎn)換后的ID統(tǒng)一化后經(jīng)過(guò)篩選匹配就可以得到 0M頂號(hào)與人蛋白相互關(guān)系文件，然后利用步驟3中已經(jīng)得到的待分析中藥制劑非處方物種 化學(xué)成分與蛋白相互作用文件和人蛋白之間相互作用關(guān)系文件，共三個(gè)文件在Cytoscape 軟件中構(gòu)建"中藥制劑非處方物種化學(xué)成分人蛋白疾病"網(wǎng)絡(luò)。
[0011] 所述處方物種為待分析中藥制劑的生物物種成分，且該生物物種成分在中華人民 共和國(guó)藥典中有記載。
[0012] 所述非處方物種為待分析中藥制劑的生物物種成分，且該生物物種成分在中華人 民共和國(guó)藥典中未記載。
[0013] 所述非處方物種的化學(xué)成分從臺(tái)灣中醫(yī)藥資料庫(kù)和中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得。
[0014] 所述標(biāo)準(zhǔn)化處理包括以下步驟：
[0015] 通過(guò)Open Babel軟件對(duì)化學(xué)成分的不同格式文件轉(zhuǎn)換為Canonical SMILES format 格式；
[0016] 在轉(zhuǎn)換后的結(jié)果中去掉格式里的"H、@、[、]、/、\"，進(jìn)而生成一個(gè)can格式文件。
[0017] 所述相同性質(zhì)的處理具體為：利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)別名信息文件，將蛋 白質(zhì)進(jìn)行轉(zhuǎn)換處理使其名稱同樣轉(zhuǎn)換為"ENSG"形式的ID信息。
[0018] 所述步驟4還包括：利用Clone/Gene IDconverter工具對(duì)0ΜΙΜ數(shù)據(jù)庫(kù)中0ΜΙΜ號(hào) 所對(duì)應(yīng)的基因進(jìn)行名稱轉(zhuǎn)化處理，便于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)與0ΜΙΜ數(shù)據(jù)庫(kù)的對(duì)接。
[0019] 本發(fā)明以中藥制劑中非處方物種的化學(xué)成分作為研究對(duì)象，基于系統(tǒng)生物學(xué)思 路，利用網(wǎng)絡(luò)分析技術(shù)對(duì)其進(jìn)行研究。相比傳統(tǒng)方法而言，該方法有以下優(yōu)點(diǎn)：
[0020] (1)周期較短。
[0021] (2)該方法所用到的數(shù)據(jù)庫(kù)在其所屬領(lǐng)域中具有權(quán)威性和普遍性：臺(tái)灣中醫(yī)藥資 料庫(kù)和中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)已被全球數(shù)十家科研機(jī)構(gòu)使用，被引用次數(shù)均達(dá)到數(shù)百次（基于 Web of Science 數(shù)據(jù)）。
[0022] (3)將化學(xué)成分轉(zhuǎn)換為簡(jiǎn)化的、無(wú)重復(fù)、無(wú)歧義的can格式文件，從而增加中藥制 劑非處方物種化學(xué)成分在STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)中的匹配率。
[0023] (4)可以利用生物信息學(xué)方法在理論上預(yù)測(cè)中藥制劑非處方物種化學(xué)成分可能存 在的危害。
【附圖說(shuō)明】
[0024] 圖1為中藥制劑非處方物種化學(xué)成分與STITCH和STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建聯(lián)系的示意 圖；
[0025] 圖2為中藥制劑非處方物種化學(xué)成分與疾病網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建示意圖；
[0026] 圖3為實(shí)施例六味地黃丸非處方物種與相關(guān)疾病的網(wǎng)絡(luò)圖；
[0027] 其中，三角形代表六位地黃丸非處方物種化學(xué)小分子，圓形代表人蛋白，正方形表 示疾病，虛線代表化學(xué)小分子與人蛋白的相互作用，實(shí)線代表人蛋白之間的相互作用，平行 線代表人蛋白與疾病之間的聯(lián)系。
【具體實(shí)施方式】
[0028] 下面結(jié)合附圖及實(shí)施例對(duì)本發(fā)明做進(jìn)一步的詳細(xì)說(shuō)明。
[0029] 本發(fā)明采用的技術(shù)方案為：
[0030] 1)根據(jù)中華人民共和國(guó)藥典和實(shí)驗(yàn)結(jié)果獲得中藥制劑的生物物種成分，即處方物 種和非處方物種。所述實(shí)驗(yàn)包括對(duì)中藥制劑中生物成分的DNA進(jìn)行提取、擴(kuò)增及高通量測(cè) 序后，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，進(jìn)而可得知中藥制劑所含處方物種和非處方物種成分。
[0031] 2)從臺(tái)灣中醫(yī)藥資料庫(kù)（Chen 2011)(化學(xué)成分為m〇12格式）和中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù) 中（Xue，F(xiàn)ang et al. 2013)(化學(xué)成分為SMILES格式）獲得上述所得中藥制劑非處方物種 的化學(xué)成分。然后用Open Babel軟件對(duì)所得數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，并且在轉(zhuǎn)換為Canonical SMILES format后將結(jié)果進(jìn)行人工處理，去掉格式中的"H、@、[、]、/、\"，從而得到簡(jiǎn)化的、 無(wú)重復(fù)、無(wú)歧義的can格式文件，所得結(jié)果即為本發(fā)明的研究對(duì)象。
[0032] 所述臺(tái)灣中醫(yī)藥資料庫(kù)（http://tcm. emu. edu. tw)為目前全世界最大提供下載 中草藥化合物的數(shù)據(jù)庫(kù)。
[0033] 所述中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www. megabionet. org/temid/)為提供中醫(yī)藥信息 及其與現(xiàn)代生命科學(xué)的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。
[0034] 3)將 STITCH 數(shù)據(jù)庫(kù)（Kuhn, Szklarczyk et al. 2014)中 SMILES 格式的化學(xué)組分 同樣處理為簡(jiǎn)化的、無(wú)重復(fù)、無(wú)歧義的can格式文件，然后將中藥制劑非處方物種的化學(xué)成 分與該數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配，經(jīng)過(guò)去重篩選后得到化學(xué)組分對(duì)應(yīng)的CID編號(hào)；然后根據(jù)CID編號(hào) 建立中藥制劑非處方物種化學(xué)成分與人蛋白的聯(lián)系（見圖1)。
[0035] 所述STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)（http://stitch. embl. de/)為探索化學(xué)小分子與蛋白質(zhì)相互 作用關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)。
[0036] 4)利用 STRING數(shù)據(jù)庫(kù)（Szklarczyk, Franceschini et al· 2011)獲得在上述所獲 得人蛋白之間的相互作用關(guān)系（圖1)。
[0037] 所述STRING數(shù)據(jù)庫(kù)（http://string-db. org/)為表征蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系的數(shù) 據(jù)庫(kù)。
[0038] 5)根據(jù)0M頂數(shù)據(jù)庫(kù)（Hamosh, Scott et al· 2005)可以得到0M頂號(hào)（疾病相關(guān)） 與基因關(guān)系對(duì)應(yīng)文件，利用Clone/Gene IDconverter這一工具將基因名稱轉(zhuǎn)換為更容易識(shí) 別的"ENSG"形式ID信息，同時(shí)將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已得的蛋白質(zhì)信息進(jìn)行"別名轉(zhuǎn)換"處 理，即利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)別名信息文件，將蛋白質(zhì)名稱同樣轉(zhuǎn)換為"ENSG"形式 的ID，兩者轉(zhuǎn)換后的ID統(tǒng)一形式之后，經(jīng)過(guò)篩選匹配可以得到0M頂號(hào)與人蛋白相互關(guān)系文 件；通過(guò)前面步驟的分析處理，可以從STITCH與STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中分別得到中藥制劑非處方 物種化學(xué)成分與人蛋白的相互作用文件以及人蛋白之間的相互作用文件；可以利用這三個(gè) 文件在Cytoscape軟件中構(gòu)建"中藥制劑非處方物種化學(xué)成分人蛋白一_疾病"網(wǎng)絡(luò)， 并利用0M頂數(shù)據(jù)庫(kù)中的morbid-map (基因-疾病關(guān)系文件，該文件包含的信息：疾病名稱， 0M頂號(hào)，疾病相關(guān)基因及其所在染色體上的位置）作輔助來(lái)解析該網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn)可能與中藥制 劑非處方物種化學(xué)成分可能導(dǎo)致的疾病（見圖2)。
[0039] 所述0ΜΙΜ數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www. omim. org/)為關(guān)于人類基因和遺傳疾病的數(shù)據(jù) 庫(kù)。
[0040] 實(shí)施例以六味地黃丸為例
[0041] 1)根據(jù)藥典和高通量測(cè)序研究結(jié)果（實(shí)施步驟為：六味地黃丸的基因組DNA進(jìn) 行提取一對(duì)DNA分子進(jìn)行PCR擴(kuò)增一對(duì)擴(kuò)增得到的片段進(jìn)行高通量測(cè)序并構(gòu)建文 庫(kù)一利用物種結(jié)構(gòu)解析軟件對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析一確定六味地黃丸的處方物種和非處 方物種）得獲得六味地黃丸的處方物種（地黃，酒萸肉，牡丹皮，山藥，茯苓和澤瀉）以及非 處方物種（防風(fēng)屬，寥屬，酸模屬，決明屬，豇豆屬和蒲公英屬）（Cheng，Su et al. 2014)。
[0042] 2)從臺(tái)灣中醫(yī)藥資料庫(kù)（化學(xué)組分格式為m〇12)和中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)（TCMID)中 (化學(xué)組分格式為SMILES)獲得上述非處方物種所含的化學(xué)組分（116個(gè)），用Open Babel 軟件對(duì)所得數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，即將所得化學(xué)組分轉(zhuǎn)換為Canonical SMILES format，而 后將結(jié)果進(jìn)行人工處理，去掉格式中的"H、@、[、]、/、\"，得到一個(gè)簡(jiǎn)化的、無(wú)重復(fù)、無(wú)歧義 的can格式文件。
[0043] 3)與此同時(shí)，將STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)中SMILES格式的化學(xué)組分同樣處理為簡(jiǎn)化的、無(wú)重 復(fù)、無(wú)歧義的can格式文件，然后將六味地黃丸非處方物種化學(xué)成分與該數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配， 經(jīng)去重后得到六味地黃丸非處方物種化學(xué)成分對(duì)應(yīng)的CID編號(hào)58個(gè)，進(jìn)而可根據(jù)編號(hào)與數(shù) 據(jù)庫(kù)信息建立小分子與人蛋白（約2200個(gè)）的聯(lián)系。
[0044] 4)在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得在上述所獲得人蛋白之間的相互作用關(guān)系。
[0045] 5)根據(jù)0M頂數(shù)據(jù)庫(kù)可以得到0M頂號(hào)與基因關(guān)系對(duì)應(yīng)文件，利用Clone/Gene IDconverter這一工具將基因名稱轉(zhuǎn)換為更容易識(shí)別的ID信息，同時(shí)將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已 得的蛋白質(zhì)信息進(jìn)行"別名轉(zhuǎn)換"處理，兩者轉(zhuǎn)換后的ID統(tǒng)一形式之后，經(jīng)過(guò)篩選匹配可以 得到0ΜΙΜ號(hào)與人蛋白相互關(guān)系文件，然后從中搜索與六味地黃丸非處方物種化學(xué)成分相 關(guān)的人蛋白，經(jīng)過(guò)篩選匹配可以得到0M頂號(hào)與人蛋白相互關(guān)系文件；經(jīng)過(guò)前面步驟的分析 處理，已得到STITCH與STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中分別得到非處方物種化學(xué)成分與人蛋白的相互作 用文件以及人蛋白之間的相互作用文件；利用這三個(gè)文件在Cytoscape軟件中構(gòu)建"六味 地黃丸非處方物種化學(xué)成分一人蛋白一疾病"網(wǎng)絡(luò)，并利用該網(wǎng)絡(luò)和morbid-map結(jié)果 獲取六味地黃丸非處方物種化學(xué)成分的相關(guān)疾病信息如表1 (部分結(jié)果）。這些數(shù)據(jù)可以在 一定程度上作為實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的理論基礎(chǔ)。
[0046] 表1六味地黃丸非處方物種化學(xué)成分所對(duì)應(yīng)疾病的部分結(jié)果
[0047]
[0048] 對(duì)構(gòu)建的總網(wǎng)絡(luò)圖進(jìn)行人工解析，發(fā)現(xiàn)六味地黃丸非處方物種所含小分子大黃素 (emodin)與肺部疾病革E1 點(diǎn) ERBB2 和 TGFB(0rho，Buist et al. 1998, Pittet, Griffiths et al. 2001)，以及肝病靶點(diǎn)GYS2(0rho, Buist et al. 1998)有相互作用（圖3,部分人工解析 結(jié)果），提示大黃素可能是導(dǎo)致肺部疾病發(fā)生的原因，因此網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果有助于系統(tǒng)性的篩 選小分子與靶蛋白的作用關(guān)系及作用途徑，從而為下一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供前提和依據(jù)。從另 外一個(gè)角度來(lái)說(shuō)，也有相關(guān)文獻(xiàn)研究表明決明屬中的大黃素（emodin)會(huì)對(duì)肝、腎和肺產(chǎn)生 毒害作用（S.M.Yagi，Tigani et al.l998，Maiga，Diallo et al.2005)，與該實(shí)施例的網(wǎng)絡(luò) 分析預(yù)測(cè)相吻合。該結(jié)果在一定程度上證明了該網(wǎng)絡(luò)分析方法在預(yù)測(cè)中藥制劑非處方物種 化學(xué)成分致病性影響方面的可行性與合理性。
【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其特征在于，包括以下步 驟： 步驟1 :根據(jù)中華人民共和國(guó)藥典和對(duì)中藥制劑中生物成分分析的實(shí)驗(yàn)結(jié)果獲得待分 析中藥制劑的生物物種成分，包括處方物種和非處方物種； 步驟2 :獲得上述非處方物種的化學(xué)成分，對(duì)所述化學(xué)成分的不同格式文件進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn) 化處理； 步驟3 :將STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)中化學(xué)成分進(jìn)行同樣的標(biāo)準(zhǔn)化處理，利用STITCH數(shù)據(jù)庫(kù)建立 上述非處方物種化學(xué)成分與人蛋白的聯(lián)系，得到待分析中藥制劑非處方物種化學(xué)成分與蛋 白相互作用關(guān)系文件；然后在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中建立所獲得人蛋白之間的相互作用關(guān)系，得 到人蛋白之間相互作用關(guān)系文件； 步驟4 :根據(jù)0M頂數(shù)據(jù)庫(kù)得到0M頂號(hào)與基因關(guān)系對(duì)應(yīng)文件，利用Clone/Gene IDconverter工具將基因名稱轉(zhuǎn)換為"ENSG"形式的ID信息，同時(shí)將STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中已 得的蛋白質(zhì)信息進(jìn)行相同性質(zhì)的處理，使轉(zhuǎn)換后的ID統(tǒng)一化后經(jīng)過(guò)篩選匹配就可以得到 0M頂號(hào)與人蛋白相互關(guān)系文件，然后利用步驟3中已經(jīng)得到的待分析中藥制劑非處方物種 化學(xué)成分與蛋白相互作用文件和人蛋白之間相互作用關(guān)系文件，共三個(gè)文件在Cytoscape 軟件中構(gòu)建"中藥制劑非處方物種化學(xué)成分人蛋白疾病"網(wǎng)絡(luò)。2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述處方物種為待分析中藥制劑的生物物種成分，且該生物物種成分在中華人 民共和國(guó)藥典中有記載。3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述非處方物種為待分析中藥制劑的生物物種成分，且該生物物種成分在中華 人民共和國(guó)藥典中未記載。4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述非處方物種的化學(xué)成分從臺(tái)灣中醫(yī)藥資料庫(kù)和中醫(yī)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得。5. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述標(biāo)準(zhǔn)化處理包括以下步驟： 通過(guò)Open Babel軟件對(duì)化學(xué)成分的不同格式文件轉(zhuǎn)換為Canonical SMILES format 格式； 在轉(zhuǎn)換后的結(jié)果中去掉格式里的"H、@、[、]、/、\"，進(jìn)而生成一個(gè)can格式文件。6. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述相同性質(zhì)的處理具體為：利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白質(zhì)別名信息文件，將 蛋白質(zhì)進(jìn)行轉(zhuǎn)換處理使其名稱同樣轉(zhuǎn)換為"ENSG"形式的ID信息。7. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種中藥制劑非處方物種化學(xué)成分的網(wǎng)絡(luò)藥理分析方法，其 特征在于，所述步驟4還包括：利用Clone/Gene IDconverter工具對(duì)0MIM數(shù)據(jù)庫(kù)中0MIM 號(hào)所對(duì)應(yīng)的基因進(jìn)行名稱轉(zhuǎn)化處理，便于蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)與0MIM數(shù)據(jù)庫(kù)的對(duì)接。
【文檔編號(hào)】G06F19/00GK105868518SQ201510026994
【公開日】2016年8月17日
【申請(qǐng)日】2015年1月20日
【發(fā)明人】寧康, 王靜
【申請(qǐng)人】中國(guó)科學(xué)院青島生物能源與過(guò)程研究所