專利名稱：一種預(yù)測信號通路組分特異結(jié)合的小rna的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于生物信息技術(shù)領(lǐng)域，涉及藥物設(shè)計方面，是一種預(yù)測信號通路特異的小RNA的方法，為制備反義藥物提供重要的指導(dǎo)作用。
背景技術(shù)：
研究發(fā)現(xiàn)，癌基因、抑癌基因及生長因子家族及其受體的異常表達(dá)或突變在癌癥的發(fā)生、發(fā)展中有重要作用。比如說，表皮生長因子(EGF)及其受體(EGFR)組成的信號傳導(dǎo)系統(tǒng)通過旁分泌和自分泌的機制影響肺癌發(fā)生和發(fā)展。而VEGF對血管生成的多個環(huán)節(jié)，如血管內(nèi)皮細(xì)胞增殖、分化、遷移和管腔狀結(jié)構(gòu)的形成，血管內(nèi)皮基底膜的降解等均有明顯的促進(jìn)作用。VEGF提高血管通透性，有利于纖維蛋白原和其他血漿蛋白外滲，沉淀于細(xì)胞基質(zhì)，形成纖維凝膠，成為形成腫瘤基質(zhì)和新生毛細(xì)血管網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)。EGF及VEGF信號通路的阻斷可以顯著地抑制依賴這兩個信號通路的腫瘤細(xì)胞的增殖、侵襲及轉(zhuǎn)移，這是非常重要的抗腫瘤策略之一。目前，針對癌癥的分子生物學(xué)事件的治療藥物已成為研究的熱點，并獲得重要進(jìn)展。常用的技術(shù)有反義寡核苷酸、單克隆抗體技術(shù)、小分子激酶抑制劑及疫苗制備等方法。其中，反義寡核苷酸技術(shù)指通過合成與靶基因特異結(jié)合的寡核苷酸，抑制其轉(zhuǎn)錄，從而阻止相應(yīng)蛋白的合成。這項技術(shù)的關(guān)鍵在于設(shè)計與信號通路中靶基因結(jié)合的反義寡核苷酸等。目前，有多種反義藥物的設(shè)計方法包括，以分子生物學(xué)為基礎(chǔ)的、以反義藥物與靶RNA雜交特性及其引起的發(fā)生變化為基礎(chǔ)及以計算機軟件模擬mRNA 二級結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)等。然而如何針對某種疾病設(shè)計有效的，特異的反義藥物依然是個問題。

發(fā)明內(nèi)容
EGF通路與VEGF通路類似，都是通過受體激活下游通路。而且?guī)缀醵际且粯拥耐ㄟ^PI3K、PKC等通路起作用。這些通路也可以被其他通路所利用，不夠特異。因此我們認(rèn)為只有EGF、EGFR才是EGF通路特異的組分，而VEGFA和VEGFR才是VEGF通路特異的組分。針對這兩對分子，設(shè)計生物信息學(xué)方法，旨在找到一組microRNA及siRNA，能與VEGF及EGF信號通路中的靶基因特異結(jié)合，提高反義藥物設(shè)計的命中率，從而抑制腫瘤細(xì)胞生長或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡。本發(fā)明的第一方面，查找內(nèi)源性microRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時調(diào)控這兩條信號通路上多個靶基因的分子，結(jié)果見表I。
權(quán)利要求
1.設(shè)計生物信息學(xué)方法，旨在找到一組microRNA及siRNA，能與VEGF及EGF信號通路中的靶基因特異結(jié)合，提高反義藥物設(shè)計的命中率，從而抑制腫瘤細(xì)胞生長或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡，第一方面，查找內(nèi)源性microRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時調(diào)控這兩條信號通路上多個靶基因的分子；另一方面，人工設(shè)計siRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時調(diào)控這兩條信號通路上多個靶基因的分子。
全文摘要
本發(fā)明涉及反義藥物設(shè)計方面，是一種預(yù)測信號通路特異的小RNA的方法，為制備反義藥物提供重要的指導(dǎo)作用。本發(fā)明針對EGF及VEGF通路特異的分子，采用多種microRNA靶基因預(yù)測方法，尋找通路相關(guān)特異的microRNA；同時，編寫計算機程序來模擬設(shè)計EGF及VEGF通路特異的長度在9-22nt的siRNA。結(jié)果找到兩條通路共同特異的microRNA 12個，siRNA 1個。
文檔編號G06F19/16GK103164632SQ20111040730
公開日2013年6月19日 申請日期2011年12月9日 優(yōu)先權(quán)日2011年12月9日
發(fā)明者曾華宗 申請人:上海聚類生物科技有限公司