專利名稱：用于心血管疾病的診斷和分類的生物標(biāo)記物檢驗(yàn)的制作方法
用于心血管疾病的診斷和分類的生物標(biāo)記物檢驗(yàn)相關(guān)_請(qǐng)的交叉引用本申請(qǐng)要求于2009年12月9日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)No. 61/285，121的權(quán)益，以其整體通過(guò)引用并入。
背景技術(shù)：
動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病(ASCVD)是全球范圍的發(fā)病率和死亡率的主因。幾乎60%的心肌梗塞(MI)在具有O或I風(fēng)險(xiǎn)因子的人們中發(fā)生。即，經(jīng)歷心臟事件的大多數(shù)人們處于通過(guò)目前方法評(píng)價(jià)的低-中級(jí)或中級(jí)危險(xiǎn)類。遺傳和環(huán)境因素的組合是造成疾病開始和發(fā)展(develop)的主要原因。動(dòng)脈粥樣硬化通常是無(wú)癥狀的并通過(guò)目前的診斷方法檢測(cè)不出。事實(shí)上，對(duì)于許多人來(lái)講，動(dòng)脈粥樣 硬化心血管疾病的第一個(gè)癥狀是心臟病發(fā)作和心臟性猝死?？烧_預(yù)測(cè)并診斷心血管疾病及發(fā)展的檢驗(yàn)和方法是非常令人期望的。

發(fā)明內(nèi)容
本公開提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法、檢驗(yàn)和試劑盒。在一種實(shí)施方式中，提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定生物樣品中的選自于表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物的水平；c)獲得包括每種miRNA標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；以及e)基于步驟d)的分類確定針對(duì)所述人的治療方案；其中評(píng)價(jià)了所述人的心血管健康。ー種用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子(Ε0ΤΑΧΙΝ)、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、TIMP. I、CRP、VEGF和EGF ；c)獲得包括每種蛋白標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；以及e)基于步驟d)的分類確定針對(duì)所述人的治療方案；其中評(píng)價(jià)了所述人的心血管健康。ー種用于評(píng)價(jià)人的心血管健康從而確定是否需要治療方案或治療方案的有效性的方法，其包括從人獲得生物樣品；測(cè)定生物樣品中的選自于表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平；測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、 ΜΡ. K CRP, VEGF和EGF ;獲得包括各個(gè)miRNA標(biāo)記物和蛋白標(biāo)記物的水平的數(shù)據(jù)集；將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；并按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類；并基于分類確定針對(duì)所述人的治療方案。還在另ー實(shí)施方式中，提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康以確定是否需要治療方案或治療方案的有效性的試劑盒，所述試劑盒包括檢驗(yàn)裝置，用于測(cè)定生物樣品中的選自于表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平和/或用于測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP_3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、HMP.4、HMP. I、CRP、VEGF和EGF ;說(shuō)明書，用于(I)獲得包括每ー種miRNA和/或蛋白標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集，(2)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；以及(3)基于分類確定針對(duì)人的治療方案。還在另ー實(shí)施方式中，用于評(píng)價(jià)人的心血管事件的風(fēng)險(xiǎn)，其包括a)從人獲得生物樣品山)測(cè)定樣品中的選自IL-16、SFas、Fas配體、MCP_3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、HMP. 4、 ΜΡ. I、CRP、VEGF和EGF組成的組的三種或更多種蛋白標(biāo)記物水平和/或表20中的2種或更多種miRNA水平；c)獲得包括每種蛋白和/或miRNA生物標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)分析程序，以基于所述數(shù)據(jù)集測(cè)定心血管事件的風(fēng)險(xiǎn)；以及e)基于步驟d)中預(yù)測(cè)的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)，確定針對(duì)所述人的治療 方案；其中評(píng)價(jià)了人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)。附圖簡(jiǎn)沭圖I是描繪了基于邏輯回歸方法的52個(gè)樣品(26個(gè)病例和26個(gè)對(duì)照)集的期望的分類性能的圖。期望的AUC和對(duì)應(yīng)的95%置信區(qū)間從52個(gè)獨(dú)立或合并樣品的分類集的500個(gè)模擬中獲得。誤差棒上的開環(huán)表示使用合并的樣品(每ー合井中5個(gè)樣品)的期望值和置信區(qū)間，所述樣品具有假設(shè)服從對(duì)數(shù)-正態(tài)分布的生物標(biāo)記物濃度或評(píng)分值。實(shí)線誤差棒上的開環(huán)表示使用來(lái)自相同分布的獨(dú)立樣品的期望值和置信區(qū)間。實(shí)心黑圓點(diǎn)表示理論結(jié)果。X-軸表示病例和對(duì)照生物標(biāo)記物或評(píng)分分布的均值差異。圖2是描繪了基于邏輯回歸方法的52個(gè)樣品(26個(gè)病例和26個(gè)對(duì)照)集的期望分類性能的圖。期望AUC和對(duì)應(yīng)的95%置信區(qū)間從52個(gè)獨(dú)立或合并樣品的分類集的500個(gè)模擬中獲得。虛線誤差棒上的開環(huán)表示使用合并的樣品(每ー合井中5樣品)的期望值和置信區(qū)間，所述樣品具有假設(shè)服從正態(tài)分布的生物標(biāo)記物濃度或評(píng)分值。實(shí)線誤差棒上的開環(huán)表示使用來(lái)自相同分布的獨(dú)立樣品的期望值和置信區(qū)間。實(shí)心黑圓點(diǎn)表示理論結(jié)果。X-軸表示病例和對(duì)照生物標(biāo)記物或評(píng)分分布的均值差異。圖3是基于從44個(gè)miR物質(zhì)的集中選擇協(xié)變量的模型，對(duì)合并的樣品分類的AUC值分布的圖。AUC值的計(jì)算基于通過(guò)懲罰邏輯回歸模型(具有LI懲罰)與數(shù)據(jù)擬合獲得的100個(gè)預(yù)驗(yàn)證的分類評(píng)分向量。X-軸表示AUC和y-軸表示頻率。如所顯示的,平均AUC值是 O. 68。圖4是基于從44個(gè)miR物種的集中選擇的協(xié)變量的模型對(duì)獨(dú)立樣品分類的AUC值分布的圖。AUC值的計(jì)算基于通過(guò)使懲罰邏輯回歸模型(具有LI懲罰)與數(shù)據(jù)擬合獲得的100個(gè)預(yù)驗(yàn)證的分類評(píng)分向量。如所顯示的，平均AUC值是O. 78。圖5是基于44個(gè)miR物質(zhì)和47個(gè)蛋白生物標(biāo)記物的集中選擇的協(xié)變量的模型對(duì)獨(dú)立樣品分類的AUC值分布的圖。AUC值的計(jì)算基于通過(guò)使懲罰邏輯回歸模型(具有LI懲罰)與擬合數(shù)據(jù)獲得的100個(gè)預(yù)驗(yàn)證的分類評(píng)分向量。如所顯示的，平均AUC值是O. 75。圖6是顯示miR和蛋白之間相關(guān)性的分布的圖，所述相關(guān)性包括通過(guò)垂直線指示的最聞負(fù)相關(guān)性和最聞?wù)嚓P(guān)性。
圖7是顯示僅單獨(dú)的miR之間的相關(guān)性分布的圖。圖8是顯示了以基于単獨(dú)的蛋白生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)計(jì)算的預(yù)驗(yàn)證評(píng)分(500次重復(fù))為基礎(chǔ)的AUC分布的圖。圖9是顯示了相對(duì)于對(duì)照的均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差標(biāo)準(zhǔn)化的蛋白生物標(biāo)記物的單變量危險(xiǎn)比。

圖10是顯示了蛋白生物標(biāo)記物的調(diào)整危險(xiǎn)比(HR)的圖。調(diào)整基于傳統(tǒng)風(fēng)險(xiǎn)因子(TRF):年齡、性別、心收縮血壓(BP)、心舒張BP、膽固醇、高密度脂蛋白(HDL)、高血壓、使用高血壓藥品、高脂血癥、糖尿病和吸煙狀況。圖IlA和B是顯示了最多5年隨訪的具有最高時(shí)間依賴性AUC和對(duì)應(yīng)的值的標(biāo)記物圖。sFas、NT. proBNP、MIG、IL. 16、MIG 和 ANG2 的 AUC 在圖 IlA 中顯示，F(xiàn)as 配體、SCD40L、脂聯(lián)素、MCP. 3、瘦素和調(diào)節(jié)活化蛋白(rantes)在圖IlB中顯示。 圖12是偏差下降的絕對(duì)值和標(biāo)準(zhǔn)誤差作為Cox成比例危險(xiǎn)回歸模型中項(xiàng)的數(shù)目的函數(shù)的圖。使用I-標(biāo)準(zhǔn)誤差規(guī)則選擇將包括在模型中的標(biāo)記物的最佳數(shù)目。圖13A和B是分別顯示了對(duì)照和病例的在Marshfield樣品集上的從4個(gè)Cox PH模型中獲得的線性預(yù)測(cè)值的核密度估計(jì)圖。圖14A和B是分別顯示了對(duì)照和病例的在MES樣品集上的從4個(gè)Cox PH模型中獲得的線性預(yù)測(cè)值的核密度估計(jì)圖。發(fā)明詳沭本公開提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康，和特別是預(yù)測(cè)、診斷和監(jiān)測(cè)人類中的動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病(ASCVD)的方法、檢驗(yàn)和試劑盒。公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒鑒定循環(huán)微核糖核酸(miRNA)生物標(biāo)記物和/或蛋白生物標(biāo)記物，用于評(píng)價(jià)人的心血管健康。在方法、檢驗(yàn)和試劑盒的某些實(shí)施方式中，循環(huán)miRNA和/或蛋白生物標(biāo)記物被鑒定用于評(píng)價(jià)人的心血管健康。在一種實(shí)施方式中，本公開提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康以測(cè)定是否需要治療方案或治療方案的有效性的方法，所述方法包括從人獲得生物樣品；測(cè)定生物樣品中的選自表20水平列表的組的至少2種miRNA標(biāo)記物；獲得包括每ー種miRNA標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于分類確定針對(duì)所述人的治療方案。在某些實(shí)施方式中，公開了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康以測(cè)定是否需要治療方案或治療方案的有效性的方法，所述方法包括從人獲得生物樣品；測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白生物標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、HMP. 4,TIMP. K CRP, VEGF和EGF ;獲得包括每種蛋白標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于分類確定針對(duì)所述人的治療方案。在另ー實(shí)施方式中，提供了用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法。在某些實(shí)施方式中，評(píng)價(jià)可用來(lái)測(cè)定是否需要治療方案或治療方案的有效性。方法包括從人獲得生物樣品；測(cè)定生物樣品中的選自表20中列出的miRNA的至少兩種miRNA標(biāo)記物水平；測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少三種蛋白生物標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、 ΜΡ. 4, TIMP. K CRP, VEGF和EGF ;獲得包括各個(gè)miRNA標(biāo)記物和蛋白生物標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于分類確定針對(duì)所述人的治療方案。還在另ー實(shí)施方式中，公開了用于評(píng)價(jià)人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)的方法。方法包括從人獲得生物樣品；和測(cè)定樣品中的(I)選自下述組的三種或更多種蛋白生物標(biāo)記物IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、 ΜΡ· K CRP, VEGF和EGF和/或(2)表20中的兩種或更多種miRNA的水平。在所述方法中，獲得了包括每ー種蛋白和/或miRNA生物標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集。數(shù)據(jù)被輸入風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)分析程序以基于數(shù)據(jù)集來(lái)預(yù)測(cè)心血管事件風(fēng)險(xiǎn)；和基于心血管事件預(yù)測(cè)風(fēng)險(xiǎn)確定針對(duì)所述人的治療方案?？深A(yù)測(cè)從獲得和/或分析樣品的日期起約I年、約2年、約3年、約 4年、約5年或更多年的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)。如下文描述的，預(yù)測(cè)的心血管事件可以是動(dòng)脈粥樣硬化疾病、MI等等的發(fā)展。本公開通篇中術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記物”和“生物標(biāo)記物”互換使用。在公開的方法中，被檢測(cè)的且其水平被測(cè)定的miRNA標(biāo)記物的數(shù)目可以是I或多于1，比如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多。在某些實(shí)施方式中，檢測(cè)的miRNA標(biāo)記物的數(shù)目是3或5或更多。被檢測(cè)的且其水平被測(cè)定的蛋白生物標(biāo)記物的數(shù)目可以是I或多于1，比如
2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多。在某些實(shí)施方式中，1、2、3或5或更多種miRNA標(biāo)記物被檢測(cè)并且其水平被測(cè)定和1、2、3或5或更多種蛋白生物標(biāo)記物被檢測(cè)并且其水平被測(cè)定。該公開的方法用于診斷和監(jiān)測(cè)動(dòng)脈粥樣硬化疾病。動(dòng)脈粥樣硬化疾病也稱為動(dòng)脈粥樣硬化、動(dòng)脈硬化、動(dòng)脈粥樣化血管疾病、動(dòng)脈閉塞疾病或心血管疾病，其特征是在血管壁上的斑塊累積和血管炎癥。血管炎癥是活動(dòng)的動(dòng)脈粥樣硬化疾病、不穩(wěn)定的斑塊或易損斑塊的標(biāo)志。斑塊由累積的胞內(nèi)和胞外脂類、平滑肌細(xì)胞、結(jié)締組織、炎癥細(xì)胞和糖胺聚糖組成。某些斑塊還含有鈣。不穩(wěn)定的或活動(dòng)的或易損斑塊富集有炎癥細(xì)胞。通過(guò)例子的方式，本公開包括通過(guò)下述步驟產(chǎn)生在診斷和監(jiān)測(cè)動(dòng)脈粥樣硬化疾病中有用的結(jié)果的方法獲得與樣品關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)集，其中所述數(shù)據(jù)集至少包括關(guān)于單獨(dú)的已被鑒定能預(yù)示動(dòng)脈粥樣硬化疾病的miRNA標(biāo)記物或與蛋白生物標(biāo)記物組合的miRNA標(biāo)記物的定量數(shù)據(jù)；并將數(shù)據(jù)集輸進(jìn)分析程序，所述分析程序使用數(shù)據(jù)集來(lái)產(chǎn)生在診斷和監(jiān)測(cè)動(dòng)脈粥樣硬化疾病中有用的結(jié)果。該定量數(shù)據(jù)可包括DNA、RNA、蛋白表達(dá)水平及其組合。所公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒還用于診斷和監(jiān)測(cè)心血管疾病并發(fā)癥，所述并發(fā)癥包括心肌梗塞(MI)、急性冠脈綜合征、中風(fēng)、心カ衰竭和心絞痛。常見并發(fā)癥的例子是MI，其是指通常由流至心肌部分的冠狀動(dòng)脈血流量突然減少而導(dǎo)致的缺血性心肌壞死。在患有急性MI的大多數(shù)患者中，通常與斑塊破裂關(guān)聯(lián)的急性血栓，使供應(yīng)損壞區(qū)域的動(dòng)脈堵塞。斑塊破裂通常在先前被炎癥細(xì)胞富集的動(dòng)脈粥樣硬化斑塊部分阻塞的動(dòng)脈中發(fā)生。常見動(dòng)脈粥樣硬化并發(fā)癥的另一例子是心絞痛——由流至心臟的血流量不足而導(dǎo)致的具有胸痛或不舒服的癥狀的病(condition)。
本公開鑒定了炎癥的生物標(biāo)記物譜，所述生物標(biāo)記物譜可用于對(duì)動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病診斷和分類以及在從給定個(gè)體抽取血液起的具體時(shí)期內(nèi)對(duì)心血管事件(例如，MI)風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)。本公開中檢驗(yàn)的miRNA和蛋白生物標(biāo)記物是使用學(xué)習(xí)算法鑒定的那些，所述學(xué)習(xí)算法能在不同的動(dòng)脈粥樣硬化分類(例如診斷、分期、預(yù)后、監(jiān)測(cè)、治療反應(yīng))之間區(qū)分和預(yù)測(cè)假性-冠狀動(dòng)脈鈣化評(píng)分。用于動(dòng)脈粥樣硬化分類的其他數(shù)據(jù)，比如臨床指標(biāo)(例如，傳統(tǒng)風(fēng)險(xiǎn)因子)也可以是用來(lái)產(chǎn)生用于動(dòng)脈粥樣硬化分類的結(jié)果的數(shù)據(jù)集的一部分。含有単獨(dú)的或組合的本文公開的各種miRNA和蛋白生物標(biāo)記物的定量數(shù)據(jù)和其他數(shù)據(jù)集組件(例如，DNA、RNA、臨床指標(biāo)的測(cè)量)的定量數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)集可被輸入分析程序并用來(lái)產(chǎn)生結(jié)果。分析程序可以是具有確定參數(shù)的任何類型的學(xué)習(xí)算法，或換句話說(shuō)，預(yù)測(cè)模型。通過(guò)將學(xué)習(xí)算法應(yīng)用至適當(dāng)類型的參照或?qū)φ諗?shù)據(jù)，可開發(fā)針對(duì)多種動(dòng)脈粥樣硬化分類或風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的預(yù)測(cè)模型。通過(guò)適當(dāng)個(gè)體采取適當(dāng)行動(dòng)方針，分析程序/預(yù)測(cè)模型的結(jié)果可被使用。例如，如果分類是“健康的”或“動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病”，那么結(jié)果可用來(lái)確定個(gè)體的適當(dāng)臨床療程。
微RNA(本文中也稱為miRNA、μ RNA、mi_R)是長(zhǎng)度約17-27個(gè)核苷酸的單鏈RNA分子形式，其調(diào)節(jié)基因表達(dá)。miRNA由來(lái)自轉(zhuǎn)錄它們但miRNA未被翻譯成蛋白的DNA的基因編碼(即它們是非編碼RNA);代替地，每個(gè)初級(jí)轉(zhuǎn)錄物(初級(jí)-miRNA)被加工為稱為前-miRNA的短的莖-環(huán)結(jié)構(gòu)并最終加工成功能miRNA。與炎癥關(guān)聯(lián)并用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的miRNA標(biāo)記物包括但不限干，miR_26a、miR-16、miR-222、miR-10b、miR-93、miR-192、miR-Ι5a、miR-125-a. 5p、miR_130a、miR_92a、miR-378、miR_20a、miR_20b、miR-107、miR-186、hsa. let. 7f、miR_19a、miR-150、miR_106b、miR_30c和let 7b的一種或多種。在某些實(shí)施方式中,miRNA標(biāo)記物包括miR-26a、miR_16、miR-222、miR-10b、miR-93、miR-192、miR-Ι5a、miR-125-a. 5p、miR_130a、miR_92a、miR-378和let 7b的ー種或多種。特別地，表20中列出的miRNA用于評(píng)價(jià)人的心血管健康。與炎癥關(guān)聯(lián)并用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的蛋白生物標(biāo)記物包括但不限于，調(diào)節(jié)活化蛋白(RANTES)、TIMPU MCP-U MCP-2、MCP-3、MCP-4、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子(eotaxin)、IP-10、M-CSF, IL-3、TNFa, Ang_2、IL-5、IL-7、IGF-U sVCAM、sICAM-1、E-選擇素、P-選擇素、白細(xì)胞介素_6、白細(xì)胞介素-18、肌酸激酶、LDL、oxLDL、LDL顆粒尺寸、脂蛋白(a)、肌鈣蛋白I、肌鈣蛋白T、LPPLA2、CRP、HDL、甘油三酷、胰島素、BNP、趨化因子(fractalkine)、骨橋蛋白、骨保護(hù)素、制瘤素_M、髓過(guò)氧化物酶、ADMA, PAI-I (纖溶酶原激活物抑制劑)、SAA(循環(huán)的淀粉樣蛋白A)、t-PA(組織型纖溶酶原激活物抑制劑)、sCD40配體、纖維蛋白原、高半胱氨酸、D-ニ聚物、白細(xì)胞計(jì)數(shù)、心臟型脂肪酸結(jié)合蛋白、MMP1、纖維蛋白溶酶原、葉酸、維生素B6、瘦素(l印tin)、可溶性血栓調(diào)節(jié)蛋白、PAPPA、MMP9、MMP2、VEGF、PIGF、HGF、vWF和胱抑素C的ー種或多種。在某些實(shí)施方式中，蛋白生物標(biāo)記物包括IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素(adiponectin)、IL-18.TIMP. 4、 ΜΡ. K CRP, VEGF和EGF的ー種或多種。除了特殊的生物標(biāo)記物之外，本公開還包括與示例的序列約90%、約95%或約97%同一的生物標(biāo)記物變體。本文中使用的變體，包括多態(tài)性、剪接變體、突變等等。蛋白生物標(biāo)記物可以多種方式檢測(cè)。例如,可利用體內(nèi)成像來(lái)檢測(cè)心臟組織中動(dòng)脈粥樣硬化-關(guān)聯(lián)的蛋白的存在。此類方法可使用，例如，對(duì)此類蛋白特異性的標(biāo)記的抗體或配體。在這些實(shí)施方式中，對(duì)多肽特異性的可檢測(cè)-標(biāo)記的成分，例如，抗體、配體等等被施用給個(gè)體(例如，通過(guò)注射)并使用標(biāo)準(zhǔn)成像技術(shù)對(duì)標(biāo)記的細(xì)胞定位，所述標(biāo)準(zhǔn)成像技術(shù)包括但不限于，磁共振成像、計(jì)算機(jī)斷層掃描等等。檢測(cè)可使用一種顯像劑或顯像劑的混合物(cocktail)。其他標(biāo)記物可選自 ー種或多種臨床指標(biāo)，包括但不限于，年齡、性別、LDL濃度、HDL濃度、甘油三酯濃度、血壓、體重指數(shù)、CRP濃度、冠狀動(dòng)脈鈣化評(píng)分、腰圍、吸煙狀況、心血管疾病的過(guò)去病史、心血管疾病的家族史、心率、空腹胰島素濃度、空腹葡萄糖濃度、糖尿病狀況和使用的高血壓藥物?？墒褂帽绢I(lǐng)域中已知的學(xué)習(xí)算法，比如線性判別分析、支持向量機(jī)器分類、遞歸特征去除、微陣列的預(yù)測(cè)分析、邏輯回歸、CART、FlexTree, LART、隨機(jī)森林、MART和/或存活分析回歸(這些對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是已知的并在本文中進(jìn)ー步描述)鑒定用于使得動(dòng)脈粥樣硬化分類的其他臨床指標(biāo)。本文公開的分析分類可包括使用預(yù)測(cè)模型。預(yù)測(cè)模型還包括用于分類的至少約O. 68或更高的質(zhì)量度量(quality metric)。在某些實(shí)施方式中，用于分類的質(zhì)量度量是至少約O. 70或更高。在某些實(shí)施方式中，質(zhì)量度量選自曲線下面積(AUC)、危險(xiǎn)比(HR)、相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)度(RR)、再分類、陽(yáng)性預(yù)測(cè)值(PPV)、陰性預(yù)測(cè)值(NPV)、準(zhǔn)確度、敏感性和特異性、凈重新分類指數(shù)、臨床凈重新分類指數(shù)。如本文中描述的可使用這些和其他度量。另外，可選擇各種項(xiàng)目來(lái)提供質(zhì)量度量。獲得數(shù)據(jù)集的每個(gè)組件(component)的定量數(shù)據(jù)并輸入具有預(yù)先確定參數(shù)的分析程序(預(yù)測(cè)模型)并接著用來(lái)產(chǎn)生結(jié)果。通過(guò)導(dǎo)致個(gè)體接收與樣品關(guān)聯(lián)的數(shù)據(jù)的任何技術(shù)，可獲得數(shù)據(jù)。例如，通過(guò)由對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言已知的方法產(chǎn)生個(gè)體自身的數(shù)據(jù)集，個(gè)體可獲得數(shù)據(jù)集?？蛇x擇地，通過(guò)接收來(lái)自另ー個(gè)體或?qū)嶓w的數(shù)據(jù)集或ー種或多種數(shù)據(jù)值，可獲得數(shù)據(jù)集。例如，實(shí)驗(yàn)室專業(yè)人員可產(chǎn)生某些數(shù)據(jù)值而其他個(gè)體，比如醫(yī)學(xué)專業(yè)人員可將所有或部分?jǐn)?shù)據(jù)集輸入分析程序以產(chǎn)生結(jié)果。技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解盡管本公開通篇中提到“樣品”但定量數(shù)據(jù)可從許多特征(比如取得方法、取得時(shí)間、組織來(lái)源等等)變化的多個(gè)樣品中獲得。在產(chǎn)生用于動(dòng)脈粥樣硬化分類的結(jié)果的方法中，獲得了本文中提供的蛋白標(biāo)記物的血液、血清等等中的表達(dá)模式。與感興趣的蛋白標(biāo)記物關(guān)聯(lián)的定量數(shù)據(jù)可以是允許用于動(dòng)脈粥樣硬化分類的結(jié)果產(chǎn)生的任何數(shù)據(jù)，所述數(shù)據(jù)包括與標(biāo)記物關(guān)聯(lián)的DNA或RNA水平的測(cè)量，但典型地是蛋白表達(dá)模式?？赏ㄟ^(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言已知的任何方法測(cè)量作為表達(dá)譜部分的蛋白水平，所述方法単獨(dú)或經(jīng)高通量方法產(chǎn)生定量測(cè)量。例如，得自血液的患者樣品，例如血液、血漿、血清等等可被應(yīng)用至特異性結(jié)合試劑或特異性結(jié)合試劑的組以測(cè)定感興趣的蛋白標(biāo)記物的存在與否和量。針對(duì)存在感興趣的單獨(dú)的miRNA標(biāo)記物或與蛋白標(biāo)記物組合的miRNA標(biāo)記物的表達(dá)水平，檢驗(yàn)血液樣品或源自血液的樣品例如血漿、血清等等。典型地，抽取血液樣品并測(cè)試衍生產(chǎn)物比如血漿或血清。另外，樣品可源自其他體液，比如唾液、尿、精液、奶或汗液。樣品還可源自組織，比如來(lái)自血管，比如動(dòng)脈、靜脈、毛細(xì)血管等等。另外，當(dāng)miRNA和蛋白生物標(biāo)記物二者都被檢驗(yàn)時(shí)，它們可源自相同或不同的樣品。即，例如，miRNA生物標(biāo)記物可在源自血液的樣品中檢驗(yàn)，而蛋白生物標(biāo)記物可在組織樣品中檢驗(yàn)。
典型地，與感興趣的miRNA和蛋白標(biāo)記物關(guān)聯(lián)的定量數(shù)據(jù)得到表達(dá)譜形式。表達(dá)譜組成了對(duì)應(yīng)于評(píng)估的許多標(biāo)記物的許多miRNA或蛋白產(chǎn)物的相對(duì)或絕對(duì)表達(dá)值的集。在多種實(shí)施方式中，產(chǎn)生了至少約2、3、4、5、6、7或更多種標(biāo)記物的含有表達(dá)模式的表達(dá)譜。表達(dá)譜的每個(gè)差異表達(dá)組件成員的表達(dá)模式可提供關(guān)于用于例如診斷、預(yù)后、監(jiān)測(cè)治療等等的預(yù)測(cè)值的特別的特異性和敏感性。獲得表達(dá)數(shù)據(jù)的許多方法是已知的并且這些技術(shù)的任何一種或多種單獨(dú)地或組合地適于測(cè)定本公開的上下文中的表達(dá)模式和表達(dá)譜。例如,可通過(guò)northern分析、PCR、RT_PCR、Taq Man分析、FRET檢測(cè)、監(jiān)測(cè)一種或多種分子信標(biāo)、與寡核苷酸陣列雜交、與cDNA陣列雜交、與多核苷酸陣列雜交、與液體微陣列雜交、與微電子陣列雜交、cDNA測(cè)序、克隆雜交、cDN片段指紋、基因表達(dá)系列分析(SAGE)、差減雜交、差異顯示和/或差異篩選來(lái)評(píng)估DNA和RNA (mRNA、初級(jí)-miRNA、前-miRNA、miRNA、前體發(fā)夾結(jié)構(gòu)RNA、微RNP等等)的表達(dá)模式。這些和其他技術(shù)對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是熟知的。 本公開包括核酸分子，優(yōu)選地以分離的形式存在的核酸分子。當(dāng)在本文中使用時(shí)，當(dāng)核酸分子實(shí)質(zhì)上與編碼其他多肽的污染核酸分子分開時(shí)，核酸分子是將被“分尚的”。術(shù)語(yǔ)“核酸”被定義為編碼和非編碼RNA或DNA。在適當(dāng)嚴(yán)格條件下與分子互補(bǔ)(即雜交)的并與分子保持穩(wěn)定結(jié)合的核酸包括在本公開的范圍內(nèi)。此類序列展示了與本文公開的RNA至少50%、60%、70%或75%、優(yōu)選地至少約80-90%、更優(yōu)選地至少約92-94%和甚至更優(yōu)選地至少約95^,98^,99%或更多核苷酸序列同一性并包括插入、缺失、擺動(dòng)堿基、置換等等。其他考慮的序列是與本文公開的蛋白生物標(biāo)記物序列共有至少約50^.60^.70%或75%、優(yōu)選地至少約80-90%、更優(yōu)選地至少約92-94%和最優(yōu)選地至少約95%、98%、99%或更多同一性的序列。不管源自天然來(lái)源或是合成的，本公開的范圍內(nèi)特別考慮的是基因組DNA、cDNA、RNA (mRNA、初級(jí)-miRNA、前-miRNA、miRNA、發(fā)夾結(jié)構(gòu)前體RNA、RNP,等等)分子以及基于可選主鏈或包括可選堿基的核酸。使用適于序列相似性搜索的程序blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx利用的算法、通過(guò)BLAST (Basic Local比對(duì)Search Tool)分析,測(cè)定核苷酸或氨基酸序列水平的同源性或同一性。通過(guò)BLAST程序使用的方法首先考慮在查詢序列和數(shù)據(jù)庫(kù)序列之間有和沒(méi)有缺ロ的相似段，然后評(píng)估被鑒定的所有匹配的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性并最后僅總結(jié)滿足預(yù)選的顯著性閾值的那些匹配。直方圖、摹狀、比對(duì)、期望值(即，報(bào)告的對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)序列匹配的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性閾值)、截止值、矩陣和濾器(低復(fù)雜度)的搜索參數(shù)在缺省設(shè)置下。柱狀圖、描述、比對(duì)、期望(即，數(shù)據(jù)庫(kù)序列報(bào)告匹配的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性閾值)、截?cái)嘀?、矩陣和過(guò)濾值(低復(fù)雜度)的搜索參數(shù)為默認(rèn)設(shè)置。通過(guò)blastp、blastx、tblastn和tblastx使用的缺省評(píng)分矩陣是BL0SUM62矩陣，推薦用于長(zhǎng)度超過(guò)85個(gè)核苷酸或氨基酸的查詢序列。對(duì)于blastn，評(píng)分矩陣是通過(guò)M(即，一對(duì)匹配殘基的獎(jiǎng)勵(lì)分)與N(即，錯(cuò)配殘基的罰分)的比率設(shè)置的，其中M和N的缺省值分別是5和-4。四個(gè)blastn參數(shù)被如下調(diào)整Q= 10 (缺ロ產(chǎn)生懲罰)；R= 10 (缺ロ延伸懲罰)；wink(字長(zhǎng)增加量)=I (沿著查詢?cè)诿總€(gè)字長(zhǎng)增加量的位置產(chǎn)生字擊中)；和缺ロ W= 16 (設(shè)置產(chǎn)生缺ロ比對(duì)的窗ロ寬度)。等同的Blastp參數(shù)設(shè)置是Q = 9 ;R = 2 ；wink = I ;和缺ロ w = 32。GCG包版本10. O中可得到的序列之間的最佳擬合比較使用DNA參數(shù)缺ロ= 50(缺ロ產(chǎn)生懲罰)和字長(zhǎng)=3(缺ロ延伸懲罰)和蛋白比較中的等同設(shè)置是缺ロ = 8和字長(zhǎng)=2?！皣?yán)格條件”是下述那些⑴利用低離子強(qiáng)度和高洗滌溫度，例如，在50°C下O. 015M NaCl/0. 0015M檸檬酸鈉/0. 1% SDS或(2)雜交期間利用變性試劑，比如甲酰胺，例如，42°C下，50% (vol/vol)甲酰胺，具有O. I %牛血清白蛋白/O. I % Ficoll/0. I %聚維酮/50mM磷酸鈉緩沖液(pH 6. 5)，具有750mM NaCl、75mM檸檬酸鈉。另ー個(gè)例子是42°C下在50% 甲酰胺、5 X SSC (O. 75M NaCl、0. 075M 檸檬酸鈉)、50mM 磷酸鈉(pH 6. 8)、0.1%焦磷酸鈉、5XDenhardV s溶液、超聲處理的鮭精DNA(50pg/ml)、0. 1% SDS和10%硫酸葡聚糖中雜交，42°C在O. 2 X SSC和O. 1% SDS中洗滌多次。技術(shù)人員可容易地測(cè)定并適當(dāng)改變嚴(yán)格條件以獲得清楚的可檢測(cè)的雜交信號(hào)。本公開還提供了公開的核酸分子的片段。如本文中使用的，核酸分子的片段是指 編碼或非編碼序列的一小部分。通過(guò)期望的用途測(cè)定片段大小。例如，如果為了編碼蛋白的活性部分而選擇片段，片段需要足夠大以編碼蛋白的功能區(qū)(多個(gè))。例如，編碼對(duì)應(yīng)于預(yù)測(cè)的抗原區(qū)的肽的片段可被制備。如果片段將被用作核酸探針或PCR引物，那么為了在探査/引發(fā)期間獲得相對(duì)小數(shù)目的假陽(yáng)性而選擇片段長(zhǎng)度。可通過(guò)提供定量測(cè)量并適于評(píng)估從樣品中提取的多種標(biāo)記物的對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言已知的任何方法，評(píng)估蛋白表達(dá)模式，所述方法比如下述方法的ー種或多種=ELISA三明治(sandwich)檢驗(yàn)、流式細(xì)胞計(jì)數(shù)、質(zhì)譜檢測(cè)、量熱檢驗(yàn)、結(jié)合蛋白陣列(例如，抗體陣列)或熒光活化細(xì)胞分選(FACS)。在一種實(shí)施方式中，方法包括在ELISA、抗體-標(biāo)記的突光珠陣列、抗體陣列或FACS篩選中使用標(biāo)記的親和試劑(例如，抗體、小分子等等)，所述親和試劑識(shí)別ー種或多種蛋白產(chǎn)物的表位。用于產(chǎn)生和評(píng)估抗體的方法是本領(lǐng)域中熟知的。存在用于評(píng)估公開的生物標(biāo)記物的表達(dá)模式和譜的許多合適的高通量格式(format)。典型地，術(shù)語(yǔ)“高通量”是指每天進(jìn)行至少約100次檢驗(yàn)或至少約500次檢驗(yàn)或至少約1000次檢驗(yàn)或至少約5000次檢驗(yàn)或至少約10，000次檢驗(yàn)或更多次檢驗(yàn)的格式。當(dāng)對(duì)檢驗(yàn)計(jì)數(shù)時(shí)，檢驗(yàn)的樣品數(shù)目或標(biāo)記物數(shù)目可被考慮。進(jìn)行高通量表達(dá)分析的許多技術(shù)平臺(tái)是已知的。通常，此類方法包括受試者樣品或蛋白標(biāo)記物或二者的邏輯或物理陣列。通常的陣列格式包括液相和固相陣列二者。例如，利用液相陣列，例如用于核酸雜交、抗體或其他受體與配體結(jié)合等等的檢驗(yàn)，可在多孔或微量滴定板中進(jìn)行。具有96、384或1536個(gè)孔的微量滴定板是廣泛可得到的，具有甚至更多數(shù)目的孔，例如3456和9600個(gè)孔的微量滴定板可被使用。通常，通過(guò)用于樣品制備和分析的方法和裝置例如機(jī)器人操作和加載系統(tǒng)，確定微量滴定板的選擇。示例性的系統(tǒng)包括，例如，來(lái)自 Luminex (Austin, TX)的 xMAP 技術(shù)、來(lái)自 Meso Scale Discovery (Gaithersburg,MD)的具有 MULT I-ARRAY 和 MULT I-SPOT 技術(shù)的 SECTOR 圖像儀、來(lái)自 Beckman-Coulter，Inc. (Fullerton, Calif.)的 0RCA 系統(tǒng)和來(lái)自 Zymark Corporation (Hopkinton, MA)的ZYMATE 系統(tǒng)、miRCURY LNA 微 RNA 陣列(Exiq on, Woburn, MA)?；蛘?，可有利地利用多種固相陣列，來(lái)測(cè)定在公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒上下文中的表達(dá)模式。示例性格式包括膜或?yàn)V器陣列(例如，硝酸纖維素，尼龍)、插針陣列和珠陣列(例如，在液體“漿體”中)。典型地，對(duì)應(yīng)于核酸或蛋白試劑的探針可被固定化，所述核酸或蛋白試劑與對(duì)應(yīng)于候選庫(kù)成員的表達(dá)產(chǎn)物特異性相互作用(例如與之雜交或與之結(jié)合)，所述固定化例如通過(guò)與固體載體直接或間接交聯(lián)來(lái)實(shí)現(xiàn)。可耐受進(jìn)行具體的表達(dá)檢驗(yàn)必要的試劑和條件的基本上任何固體載體都可以使用。例如，功能化玻璃、硅、ニ氧化硅、改良的硅、多種聚合物比如(聚)四氟こ烯、(聚)偏氟こ烯、聚苯こ烯、聚碳酸酯的任何一種或其組合都可用作固相陣列的底物。在一種實(shí)施方式中，陣列是“芯片”，芯片由例如上述提到的材料之ー組成。與侯選庫(kù)的各個(gè)組件的表達(dá)產(chǎn)物特異性相互作用的多核苷酸探針(例如RNA或DNA比如cDNA)、合成的寡核苷酸等等或結(jié)合蛋白比如抗體或抗原-結(jié)合片段或其衍生物以邏輯順序方式附著到芯片上，即在陣列中。另外，具有對(duì)標(biāo)記物核苷酸序列(取決于標(biāo)記的樣品的設(shè)計(jì))的有義或反義序列特異性親和性的任何分子可被固定在陣列表面上而不會(huì)喪失對(duì)標(biāo)記物的特異性親和性，并且所述分子可被獲得并產(chǎn)生，用于以陣列方式生產(chǎn)，例如，特異性識(shí)別標(biāo)記物的特異性核酸序列的蛋白、核酶、肽核酸(PM)或具有特異性親和性的其他化學(xué)品或分子?？赏ㄟ^(guò)用多種基于激光或CCD的掃描儀掃描微陣列并用很多軟件包例如 IMAGENE (Biodiscovery) > 特征提取軟件(Agilent)、掃描 LYZE (Stanford Univ.，Stanford, CA.)、GENEPIX (Axon Instruments)提取特征來(lái)檢測(cè)微陣列表達(dá)。高通量蛋白系統(tǒng)包括從Ciphergen Biosystem, Inc. (Fremont, Calif.)商購(gòu)的系統(tǒng)，比如PROTEIN CHIP 陣列和FASTQUANT 人類趨化因子蛋白微點(diǎn)陣列(S&S BioscencesInc. , Keene, N. H. , US)?？赏ㄟ^(guò)對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言已知的方法，測(cè)定關(guān)于其他數(shù)據(jù)集組件比如臨床指標(biāo)、代謝測(cè)量和遺傳檢驗(yàn)的定量數(shù)據(jù)。由此獲得的關(guān)于miRNA、蛋白標(biāo)記物和其他數(shù)據(jù)集組件(即，臨床指標(biāo)等等)的定量數(shù)據(jù)經(jīng)受具有先前使用學(xué)習(xí)算法測(cè)定的參數(shù)的分析程序，即，輸入預(yù)測(cè)模型。分析程序的參數(shù)可以是本文公開的那些或使用本文中描述的指導(dǎo)得到的那些。學(xué)習(xí)算法比如線性判別分析、遞歸特征去除、微陣列的預(yù)測(cè)分析、邏輯回歸、CART、FlexTree, LART、隨機(jī)森林、MART或另ー機(jī)器學(xué)習(xí)算法被應(yīng)用至適當(dāng)參照或訓(xùn)練數(shù)據(jù)以測(cè)定適于多種動(dòng)脈粥樣硬化分類的分析程序的參數(shù)。用來(lái)產(chǎn)生結(jié)果(分類、存活/事件發(fā)生時(shí)間等等)的分析程序可以是能提供用于對(duì)樣品分類的結(jié)果的任何類型的程序，例如，獲得的數(shù)據(jù)集與參照數(shù)據(jù)集的比較、線性算法、二次算法、決策樹算法或表決算法。本文中描述了獲得用于制造動(dòng)脈粥樣硬化分類結(jié)果的各種分析程序，但是，本領(lǐng)域技術(shù)人員容易理解任何合適類型的分析程序在本公開范圍內(nèi)。輸入分析程序之前，通過(guò)通常一式兩份或一式三份或多次重復(fù)測(cè)量每ー標(biāo)記物的值，收集每ー數(shù)據(jù)集中的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)可被處理，例如，使用標(biāo)準(zhǔn)曲線，原始數(shù)據(jù)可被變換，且重復(fù)測(cè)量的平均值用來(lái)計(jì)算每一患者的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差。這些值在用在模型中之前可被變換，例如對(duì)數(shù)-變換、Box-Cox變換等等。這些數(shù)據(jù)可接著被輸入具有確定參數(shù)的分析程序。分析程序可設(shè)置閾值，用于測(cè)定樣品屬于給定種類的概率。概率優(yōu)選地是至少50%或至少60%或至少70%或至少80%、至少90%或更高。
在其他實(shí)施方式中，分析程序測(cè)定獲得的數(shù)據(jù)集和參照數(shù)據(jù)集之間的比較是否產(chǎn)生統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著差異。假如這樣的話，那么從中獲得數(shù)據(jù)集的樣品被歸類為不屬于參照數(shù)據(jù)集種類。相反地，如果該比較不是統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著不同于參照數(shù)據(jù)集，那么從中獲得數(shù)據(jù)集的樣品被歸類為屬于參照數(shù)據(jù)集種類。通常，分析程序是通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方法(比如下文描述的那些)產(chǎn)生的模型形式。此類分析程序的例子可包括線性算法、二次算法、多項(xiàng)式算法、決策樹算法、表決算法。線性算法可具有形式/ = Co + y ClXi其中R是獲得的有用的結(jié)果。Ctl是可以是零的常數(shù)。Ci和Xi分別是常數(shù)和可應(yīng)用的生物標(biāo)記物或臨床指標(biāo)的值并且N是標(biāo)記物總數(shù)。二次算法可具有形式 (V只=Cj)+-其中R是獲得的有用的結(jié)果。Ctl是可以是零的常數(shù)。Ci和Xi分別是常數(shù)和可應(yīng)用的生物標(biāo)記物或臨床指標(biāo)d值并且N是標(biāo)記物總數(shù)。多項(xiàng)式算法是線性或二次算法的更為一般的形式，其可具有形式ぱ其中R是獲得的有用的結(jié)果。Ctl是可以是零的常數(shù)。Ci和Xi分別是常數(shù)和可應(yīng)用的生物標(biāo)記物或臨床指標(biāo)的值ホ是Xi的冪且N是標(biāo)記物總數(shù)。使用任何合適的學(xué)習(xí)算法，適當(dāng)?shù)膮⒄栈蛴?xùn)練數(shù)據(jù)集可用來(lái)測(cè)定將被用于分類的分析程序的參數(shù)，即，開發(fā)預(yù)測(cè)模型。將被使用的參照或訓(xùn)練數(shù)據(jù)集會(huì)取決于將被測(cè)定的期望的動(dòng)脈粥樣硬化分類。數(shù)據(jù)集可包括來(lái)自兩個(gè)、三個(gè)、四個(gè)或更多種類的數(shù)據(jù)。例如，為了使用監(jiān)瞀學(xué)習(xí)算法來(lái)測(cè)定用來(lái)診斷動(dòng)脈粥樣硬化的分析程序的參數(shù)，包含對(duì)照和疾病樣品的數(shù)據(jù)集用作訓(xùn)練集?？蛇x擇地，如果監(jiān)瞀學(xué)習(xí)算法將被用來(lái)開發(fā)用于動(dòng)脈粥樣硬化分期的預(yù)測(cè)模型，那么訓(xùn)練集可包括心血管疾病的各個(gè)階段的每ー階段的數(shù)據(jù)。下述是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方法類型的例子，用以幫助所公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒的實(shí)施?？舍槍?duì)兩個(gè)任務(wù)中的ー個(gè)或二者應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。首先，這些和其他統(tǒng)計(jì)學(xué)方法可用來(lái)鑒定會(huì)形成優(yōu)選數(shù)據(jù)集的標(biāo)記物和其他指標(biāo)的優(yōu)選子集。另外，這些和其他統(tǒng)計(jì)學(xué)方法可用來(lái)產(chǎn)生分析程序，所述分析程序?qū)⑹褂脭?shù)據(jù)集來(lái)產(chǎn)生結(jié)果。本文中列出的若干種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法或本領(lǐng)域中以其他方式可得到的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法將進(jìn)行這兩個(gè)任務(wù)并產(chǎn)生適于用作本文公開的方法實(shí)施的分析程序的模型。本文中鑒定了生物標(biāo)記物，其對(duì)應(yīng)的特征值(例如,濃度、表達(dá)水平)例如能區(qū)分健康和動(dòng)脈粥樣硬化。這些標(biāo)記物和其對(duì)應(yīng)的特征(例如，濃度、表達(dá)水平)可用來(lái)開發(fā)分析程序或多個(gè)分析程序，所述程序區(qū)分患者的種類。下文的例子闡明了數(shù)據(jù)分析算法可怎樣用來(lái)構(gòu)建許多此類分析程序。在例子中描述的數(shù)據(jù)分析算法中的每ー個(gè)使用貫穿包括健康和動(dòng)脈粥樣硬化患者的訓(xùn)練群的本文中鑒定的標(biāo)記物子集的特征(例如，表達(dá)值)。用于建立在本文公開的受試者之間區(qū)別的分析程序或多個(gè)分析程序的具體的數(shù)據(jù)分析算法將在下文分部中描述。一旦使用這些示例性數(shù)據(jù)分析算法或本領(lǐng)域中已知的其他技術(shù)建立了分析程序，分析程序可用來(lái)將測(cè)試受試者歸類為兩種或多種表型種類(例如，健康或動(dòng)脈粥樣硬化患者)之一和/或預(yù)測(cè)存活/事件發(fā)生時(shí)間。這是通過(guò)將ー種或多種分析程序應(yīng)用至從測(cè)試受試者獲得的一種或多種標(biāo)記物譜實(shí)現(xiàn)的。此類分析程序因此具有作為診斷指標(biāo)的巨大價(jià)值。在ー個(gè)方面中，公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒提供了針對(duì)從訓(xùn)練群獲得的標(biāo)記物譜對(duì)來(lái)自測(cè)試受試者的一種或多種標(biāo)記物譜的評(píng)估。在一些實(shí)施方式中，從訓(xùn)練群的受試者以及測(cè)試受試者獲得的每ー標(biāo)記物譜包含多種不同標(biāo)記物的每ー種的特征。在一些實(shí)施方式中，該比較是通過(guò)下述實(shí)現(xiàn)的(i)使用來(lái)自訓(xùn)練群的標(biāo)記物譜開發(fā)分析程序，和(ii)將分析程序應(yīng)用至來(lái)自測(cè)試受試者的標(biāo)記物譜。像這樣，在本文公開的方法的一些實(shí)施方式中應(yīng)用的分析程序用來(lái)測(cè)定測(cè)試受試者是否患有動(dòng)脈粥樣硬化。在可選擇的實(shí)施方式中， 本文公開的方法測(cè)定受試者是否經(jīng)歷MI和/或可預(yù)測(cè)事件發(fā)生時(shí)間(例如MI和/或存活)。在本文公開的方法的一些實(shí)施方式中，當(dāng)分析程序應(yīng)用的結(jié)果表示受試者將有可能經(jīng)歷MI，受試者被診斷/歸類為“MI”受試者。或者，如果，例如，分析程序的結(jié)果表示受試者將可能發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化，受試者被診斷為“動(dòng)脈粥樣硬化”受試者。如果分析程序應(yīng)用的結(jié)果表示受試者將不會(huì)發(fā)展開發(fā)動(dòng)脈粥樣硬化，受試者被診斷為健康的受試者。因此，在一些實(shí)施方式中，上述的ニ元決策情形的結(jié)果具有四個(gè)可能的后果(i)真正的動(dòng)脈粥樣硬化，其中分析程序表示受試者將發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化并且受試者事實(shí)上在確定時(shí)間段期間的確發(fā)展了動(dòng)脈粥樣硬化(真陽(yáng)性，TP) ；(ii)假性動(dòng)脈粥樣硬化，其中分析程序表示受試者將發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化并且受試者事實(shí)上在確定時(shí)間段期間沒(méi)有發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化(假陽(yáng)性，F(xiàn)P)真正健康的，其中分析程序表示受試者將不會(huì)發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化并且受試者事實(shí)在確定時(shí)間段期間沒(méi)有發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化(真陰性，TN);或(iv)假性健康的，其中分析程序表示受試者將不發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化并且受試者事實(shí)上在確定時(shí)間段期間的確發(fā)展了動(dòng)脈粥樣硬化(假陰性，F(xiàn)N)。應(yīng)該意識(shí)到，可對(duì)TP、FP、TN、FN做其他定義。同時(shí)所有這些可選擇的定義在公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒的范圍內(nèi)，為了易于理解，除非另外指出，通過(guò)上文定義(i)至(iv)給出的TP、FP、TN和FN的定義將在本文中使用。如將被本領(lǐng)域技術(shù)人員意識(shí)到的，許多定量標(biāo)準(zhǔn)可用來(lái)傳達(dá)測(cè)試標(biāo)記物譜和參照標(biāo)記物譜之間做出的比較(例如，分析程序應(yīng)用至來(lái)自測(cè)試受試者的標(biāo)記物譜)。這些包括陽(yáng)性預(yù)測(cè)值(PPV)、陰性預(yù)測(cè)值(NPV)、特異性、敏感性、準(zhǔn)確度和確定性。另外，諸如接受者操作曲線(ROC)的其他構(gòu)建可用來(lái)評(píng)估分析程序性能。本文中使用=PPV = TPバTP+FP)、NPV=TN/(TN+FN)、特異性=TN/(TN+FP)、敏感性=TP/(TP+FN)和準(zhǔn)確度=確定性=(TP+TN)/N0這里，N是被比較的樣品的數(shù)目(例如，尋求測(cè)定動(dòng)脈粥樣硬化或健康的測(cè)試樣品的數(shù)目)。例如，考慮其中有十個(gè)尋求分類的受試者。針對(duì)十個(gè)測(cè)試受試者的每ー個(gè)，構(gòu)建標(biāo)記物譜。然后，通過(guò)應(yīng)用分析程序，評(píng)估標(biāo)記物譜的每ー個(gè)，其中基于獲得自訓(xùn)練群的標(biāo)記物譜開發(fā)分析程序。在該例子中，來(lái)自上述方程的N等于10。典型地，N是許多祥品，其中每ー樣品收集自群的不同的成員。該群事實(shí)上是兩個(gè)不同的類型。在一個(gè)類型中，群體包括其樣品和表型數(shù)據(jù)(例如，受試者是否發(fā)展動(dòng)脈粥樣硬化的標(biāo)記物和指示的特征值)用來(lái)構(gòu)建或改進(jìn)分析程序的受試者。該群體在本文中被稱作訓(xùn)練群。在另ー類型中，群體包括不是用來(lái)構(gòu)建分析程序的受試者。該群體在本文中被稱作驗(yàn)證群。除非另外指出，由N表示的群或者是排他的訓(xùn)練群或者是排他的驗(yàn)證群，這與兩個(gè)群體類型的混合群相反。應(yīng)當(dāng)意識(shí)到，當(dāng)它們基于相對(duì)驗(yàn)證群的訓(xùn)練群時(shí)，分?jǐn)?shù)比 如準(zhǔn)確度會(huì)更高(接近于統(tǒng)一)。然而，除非在本文中另外明確指出，用來(lái)評(píng)價(jià)分析程序(或評(píng)估來(lái)自測(cè)試受試者的生物標(biāo)記物譜的其他形式)的性能(包括確定性(準(zhǔn)確度))的所有標(biāo)準(zhǔn)是指下述標(biāo)準(zhǔn)，所述標(biāo)準(zhǔn)是通過(guò)將對(duì)應(yīng)于標(biāo)準(zhǔn)的分析程序或者應(yīng)用至訓(xùn)練群或者驗(yàn)證群測(cè)量的。在一些實(shí)施方式中，N多于I、多于5、多于10、多于20、在10和100之間、多于100或少于1000個(gè)受試者。在一些實(shí)施方式中，針對(duì)訓(xùn)練群或驗(yàn)證群，分析程序(其他比較形式)可具有至少約99%的確定性或甚至更高的確定性。在其他實(shí)施方式中，針對(duì)訓(xùn)練群或驗(yàn)證群，確定性至少約97%、至少約95%、至少約90%、至少約85%、至少約80%、至少約75 %、至少約70 %、至少約65 %或至少約60 %。取決于具體的方法，可改變有用的確定性程度。本文中使用的，“確定性”表示“準(zhǔn)確度”。在一種實(shí)施方式中，針對(duì)訓(xùn)練群或驗(yàn)證群，敏感性和/或特異性是至少約97%、至少約95%、至少約90%、至少約85%、至少約80%、至少約75%或至少約70%。在一些實(shí)施方式中，這種分析程序是用來(lái)預(yù)測(cè)動(dòng)脈粥樣硬化的發(fā)展，具有所述的準(zhǔn)確度。在一些實(shí)施方式中，這種分析程序用來(lái)診斷動(dòng)脈粥樣硬化，具有所述的準(zhǔn)確度。在一些實(shí)施方式中，這種分析程序是用來(lái)測(cè)定動(dòng)脈粥樣硬化的階段，具有所述的準(zhǔn)確度?？杀环治龀绦蚴褂脧亩宰銐虻拇_定性對(duì)測(cè)試受試者分類的特征的數(shù)量是2個(gè)或更多個(gè)。在一些實(shí)施方式中，其是3個(gè)或更多個(gè)、4個(gè)或更多個(gè)、10個(gè)或更多個(gè)或在10個(gè)和200個(gè)之間。但是，取決于尋求的確定性程度，分析程序使用的特征數(shù)量可更多或更少，但在所有的情況下至少是2個(gè)。在一種實(shí)施方式中，可被分析程序使用來(lái)對(duì)測(cè)試受試者分類的特征數(shù)量被優(yōu)化以允許具有高的確定性的測(cè)試受試者分類。在某些實(shí)施方式中，分析程序用于預(yù)測(cè)存活。存活分析包括模擬事件發(fā)生時(shí)間數(shù)據(jù)。成比例危險(xiǎn)模型是統(tǒng)計(jì)學(xué)中的一類存活模型。存活模型使一些事件發(fā)生之前經(jīng)過(guò)的時(shí)間與可與數(shù)量關(guān)聯(lián)的一個(gè)或多個(gè)協(xié)變量相關(guān)。在成比例風(fēng)險(xiǎn)模型中，協(xié)變量中單位增加的獨(dú)特作用是關(guān)于危險(xiǎn)比倍増的。存活模型可視為由兩部分組成潛在的危險(xiǎn)函數(shù)，通常表示為Λ O (t)，其描述在協(xié)變量的基線水平下危險(xiǎn)(風(fēng)險(xiǎn))如何隨著時(shí)間變化；和效應(yīng)參數(shù)，其描述危險(xiǎn)如何響應(yīng)解釋協(xié)變量而變化。典型的醫(yī)學(xué)例子可包括協(xié)變量比如治療任務(wù)，以及患者特征(比如年齡、性別和存在其他疾病)，以降低可變性和/或控制混淆。成比例危險(xiǎn)假設(shè)是協(xié)變量乘危險(xiǎn)的假設(shè)。在固定系數(shù)的最簡(jiǎn)單情況下，例如，用藥物治療可比方說(shuō)，在任何給定的時(shí)間t下等分受試者的危險(xiǎn)，同時(shí)基線危險(xiǎn)可變化。但是，注意協(xié)變量不限于ニ元預(yù)測(cè)值；在連續(xù)協(xié)變量X的情況下，危險(xiǎn)成對(duì)數(shù)響應(yīng)的每個(gè)單位的增加導(dǎo)致危險(xiǎn)成比例増加。典型地在全常規(guī)Cox模型下，基線危險(xiǎn)從考慮中“整體排除”或試探性地去除，并且剩余的偏似然(partial likelihood)被最大化。通過(guò)任何成比例的危險(xiǎn)模型評(píng)估的協(xié)變量的作用可因而報(bào)告為危險(xiǎn)比。Cox模型假設(shè)，如果成比例危險(xiǎn)假設(shè)成立，估計(jì)效應(yīng)參數(shù)而不考慮危險(xiǎn)函數(shù)是可能的。開發(fā)分析程序的相關(guān)數(shù)據(jù)分析算法包括但不限于，判別分析包括線性、邏輯性和更多靈活的區(qū)別技術(shù)；基于樹的算法比如分類和回歸樹(CART)和變體；廣義可加模型；ネ申經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、懲罰回歸方法等等。在一種實(shí)施方式中，將測(cè)試受試者的標(biāo)記物譜與獲得自訓(xùn)練群的(ー個(gè)或多個(gè))標(biāo)記物譜進(jìn)行比較，并包括應(yīng)用分析程序。使用數(shù)據(jù)分析算法，比如計(jì)算機(jī)模式識(shí)別算法構(gòu)建分析程序。構(gòu)建分析程序的其他合適的數(shù)據(jù)分析算法包括但不限于，邏輯回歸或非參數(shù)算法，其檢測(cè)特征值分布的差異(例如，Wilcoxon符號(hào)等級(jí)測(cè)試(未調(diào)整的和調(diào)整的))。對(duì)應(yīng)于來(lái)自I、2、3、4、5、10、20或更多個(gè)標(biāo)記物的測(cè)量的可觀察量，分析程序可基于2、3、4、
5、10、20或更多個(gè)特征。在一種實(shí)施方式中，分析程序是基于數(shù)百個(gè)特征或更多。分析程 序也可使用分類樹算法建立。例如，來(lái)自訓(xùn)練群的每個(gè)標(biāo)記物譜可包含至少3個(gè)特征，其中特征是分類樹算法中的預(yù)測(cè)值。分析程序預(yù)測(cè)群(或類)中的從屬關(guān)系，準(zhǔn)確度為至少約70 %、至少約75 %、至少約80 %、至少約85 %、至少約90 %、至少約95 %、至少約97 %、至少約98%、至少約99%或約100%。本領(lǐng)域中已知合適的數(shù)據(jù)分析算法。在一種實(shí)施方式中，本公開的數(shù)據(jù)分析算法包括分類和回歸樹(CART)、多重累計(jì)回歸樹(MART)、微陣列的預(yù)測(cè)分析(PAM)或隨機(jī)森林分析。這種算法將來(lái)自生物材料，比如血液樣品的復(fù)雜譜分類，以區(qū)分受試者為正常的或具有特定疾病狀態(tài)的生物標(biāo)記物水平特征。在其他實(shí)施方式中，本公開的數(shù)據(jù)分析算法包括ANOVA和非參數(shù)化等價(jià)、線性判別分析、邏輯回歸分析、最近鄰分類分析、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、主成分分析、二次判別分析、回歸分類和支持向量機(jī)器。雖然這種算法可用于構(gòu)建分析程序和/或提高分析程序應(yīng)用的速度和效率并避免調(diào)查人員的偏見，但本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可認(rèn)識(shí)到基于計(jì)算機(jī)的算法對(duì)于執(zhí)行本公開的方法不是必須的。不管用于產(chǎn)生標(biāo)記物譜的方法如何，分析程序可用來(lái)評(píng)估生物標(biāo)記物譜。例如，合適的分析程序可用來(lái)評(píng)估使用氣相色譜產(chǎn)生的標(biāo)記物譜、通過(guò)靜態(tài)飛行時(shí)間二次離子質(zhì)譜(TOF-SIMS)獲得的譜，使用MALDI-T0F-MS和液相色譜-電噴霧離子化質(zhì)譜(LC/ESI-MS)，通過(guò)MALDI-T0F-MS譜分析以高確定性(79-89%正確分類比率)區(qū)分菌株，以便在復(fù)雜生物樣品中對(duì)生物標(biāo)記物譜分類。開發(fā)使用本文公開的標(biāo)記物表達(dá)水平的分析程序的ー種方法是最近中值距離分類器(nearest centroid classifier)。這種技術(shù)針對(duì)姆類(例如,健康的和動(dòng)脈粥樣硬化的)計(jì)算該類中標(biāo)記物平均表達(dá)水平給出的重心，并接著將新的樣品分配到最接近重心的類。除了聚類(cluster)被已知的類替換，該方法與k-平均聚類相似。當(dāng)使用許多標(biāo)記物時(shí)，該算法可對(duì)噪聲靈敏。對(duì)該技術(shù)的增強(qiáng)使用收縮對(duì)于每ー標(biāo)記物，如果種類質(zhì)心之間的差異被認(rèn)為可能是由于偶然，種類質(zhì)心之間的差異設(shè)為零。該方法在微陣列預(yù)測(cè)分析或PAM中實(shí)施。收縮被閾值控制，低于所述閾值的差異被認(rèn)為是噪聲。在噪聲水平之上未顯示差異的標(biāo)記物被去除?？赏ㄟ^(guò)交叉驗(yàn)證選擇閾值。隨著閾值降低，更多標(biāo)記物包括在內(nèi)并且估計(jì)的分類錯(cuò)誤降低,直到它們達(dá)到底部并由于噪聲標(biāo)記物開始再次攀升——這種現(xiàn)象稱為“過(guò)擬合”。多重累計(jì)回歸樹(MART)代表構(gòu)建分析程序的另ー種方式，其可用于本文中公開方法中。MART的常規(guī)算法是I.初始化
權(quán)利要求
1.用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定生物樣品中的選自表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平；c)獲得包括每種miRNA標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和e)基于步驟(d)中的分類確定針對(duì)所述人的治療方案； 其中所述人的心血管健康被評(píng)價(jià)。
2.根據(jù)權(quán)利要求I方法，其中所述至少2種miRNA標(biāo)記物選自下述組miR_378、miR-497、miR-21、miR_15b、miR_99a、miR_29a、miR-24、miR_30b、miR_29c、miR-331. 3p、miR_19a、miR-22、miR-126、let_7b、miR-502. 3 和 miR-652。
3.根據(jù)權(quán)利要求2的方法，其中所述至少2種miRNA標(biāo)記物選自下述組:miR_378、miR-497、miR-21、miR-15b、miR_99a 和 miR-652。
4.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類選自下述組冠狀動(dòng)脈疾病、心肌梗塞和不穩(wěn)定型心絞痛。
5.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，還包括使用所述分類用于測(cè)定動(dòng)脈粥樣硬化診斷、動(dòng)脈粥樣硬化分期、動(dòng)脈粥樣硬化預(yù)后、血管炎癥水平、動(dòng)脈粥樣硬化發(fā)展程度、監(jiān)測(cè)治療響應(yīng)、預(yù)測(cè)冠狀動(dòng)脈鈣化評(píng)分、將動(dòng)脈粥樣硬化疾病的穩(wěn)定與不穩(wěn)定表現(xiàn)區(qū)分開、和它們的組合。
6.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述數(shù)據(jù)集還包括一個(gè)或多個(gè)臨床指標(biāo)的數(shù)據(jù)。
7.根據(jù)權(quán)利要求6的方法，其中所述ー個(gè)或多個(gè)臨床指標(biāo)選自下述組年齡、性別、LDL濃度、HDL濃度、甘油三酯濃度、血壓、體重指數(shù)、CRP濃度、冠狀動(dòng)脈鈣化評(píng)分、腰圍、吸煙狀況、心血管疾病的過(guò)去病史、心血管疾病的家族史、心率、空腹胰島素濃度、空腹葡萄糖濃度、糖尿病狀況、使用的高血壓藥物及其組合。
8.根據(jù)權(quán)利要求7的方法，其中選擇的所述臨床指標(biāo)是年齡、性別、糖尿病和MI家族史。
9.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述生物樣品包含血液、血清、血漿、唾液、尿、汗液、母乳及其組合。
10.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，還包括測(cè)定所述生物樣品中的至少ー種蛋白生物標(biāo)記物水平。
11.根據(jù)權(quán)利要求10的方法，其中所述至少ー種蛋白生物標(biāo)記物選自下述組IL-16、sfas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、TIMP. I、CRP、VEGF 和 EGF。
12.根據(jù)權(quán)利要求11的方法，其中所述至少ー種蛋白生物標(biāo)記物選自下述組IL-16、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、Fas配體、CTACK, MCP-3、HGF和sFAS。
13.根據(jù)權(quán)利要求11的方法，其中測(cè)定了三種或更多種蛋白生物標(biāo)記物水平。
14.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述分析分類程序包括使用預(yù)測(cè)模型。
15.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述分析分類程序包括將獲得的數(shù)據(jù)集與參照數(shù)據(jù)集比較。
16.根據(jù)權(quán)利要求13的方法，其中所述預(yù)測(cè)模型包括用于分類的至少O.68的至少ー個(gè)質(zhì)量度量。
17.根據(jù)權(quán)利要求15的方法，其中所述質(zhì)量度量是選自AUC和準(zhǔn)確度。
18.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述分析分類程序包括使用選自下述組的一種或多種線性判別分析模型、支持向量機(jī)器分類算法、遞歸特征去除模型、微陣列模型的預(yù)測(cè)分析、邏輯回歸模型、CART算法、flex tree算法、LART算法、隨機(jī)森林算法、MART算法、機(jī)器學(xué)習(xí)算法、懲罰回歸方法及其組合。
19.根據(jù)權(quán)利要求18的方法，其中所述分析分類程序包括選擇 的項(xiàng)目以提供至少O.68的質(zhì)量度量。
20.根據(jù)權(quán)利要求18的方法，其中所述分析分類程序包括選擇的項(xiàng)目以提供O.70的質(zhì)量度量。
21.根據(jù)權(quán)利要求18的方法，其中所述分析分類程序包括用于分類的至少O.70的至少一個(gè)質(zhì)量度量。
22.根據(jù)權(quán)利要求I的方法，其中所述治療方案包括選自下述組的ー種或多種進(jìn)ー步測(cè)試、藥理學(xué)干預(yù)、不治療及其組合。
23.用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白標(biāo)記物水平IL_16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18.TIMP. 4、 ΜΡ. K CRP, VEGF和 EGF ；c)獲得包括每種蛋白標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和e)基于步驟(d)中的分類確定針對(duì)所述人的治療方案；其中所述人的心血管健康被評(píng)價(jià)。
24.根據(jù)權(quán)利要求23的方法，其中所述至少3種蛋白標(biāo)記物選自下述組IL-16、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、Fas配體、CTACK, MCP-3、HGF和sFAS。
25.根據(jù)權(quán)利要求23的方法，其中所述數(shù)據(jù)集還包括選自下述組的一個(gè)或多個(gè)臨床指標(biāo)的數(shù)據(jù)年齡、性別、LDL濃度、HDL濃度、甘油三酯濃度、血壓、體重指數(shù)、CRP濃度、冠狀動(dòng)脈鈣化評(píng)分、腰圍、吸煙狀況、心血管疾病的過(guò)去病史、心血管疾病的家族史、心率、空腹胰島素濃度、空腹葡萄糖濃度、糖尿病狀況、使用的高血壓藥物及其組合。
26.用于評(píng)價(jià)人的心血管健康以測(cè)定是否需要治療方案或治療方案的有效性的方法，其包括從人獲得生物樣品；測(cè)定生物樣品中的選自表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平；測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白生物標(biāo)記物水平IL_16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、TIMP. I、CRP、VEGF 和 EGF ；獲得包括各個(gè)miRNA標(biāo)記物和蛋白生物標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和根據(jù)分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于所述分類確定針對(duì)所述人的治療方案。
27.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述miRNA標(biāo)記物選自下述組miR_378、miR-497、miR-21、miR_15b、miR_99a、miR_29a、miR-24、miR_30b、miR_29c、miR-331. 3p、miR_19a、miR-22、miR-126、let_7b、miR-502. 3 和 miR-652。
28.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述蛋白生物標(biāo)記物選自下述組IL-16、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、Fas配體、CTACK、MCP-3、HGF和sFAS。
29.用于評(píng)價(jià)人的心血管健康以測(cè)定是否需要治療方案或治療方案的有效性的試劑盒，其包含檢驗(yàn)裝置，用于測(cè)定生物樣品中的選自表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平；說(shuō)明書，用于獲得包括各個(gè)miRNA標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集，將所述數(shù)據(jù)輸進(jìn)分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類選自由動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類組成的組；和按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于分類確定針對(duì)人的治療方案。
30.根據(jù)權(quán)利要求29的試劑盒，還包括檢驗(yàn)裝置，用于測(cè)定生物樣品中的選自下述組的至少3種蛋白生物標(biāo)記物水平IL-16、sFas、Fas配體、MCP_3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、TIMP. I、CRP、VEGF和EGF ;和說(shuō)明書，用于獲得包括各個(gè)蛋白標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集，將miRNA和蛋白標(biāo)記物的數(shù)據(jù)輸入分析分類程序，所述程序使用所述數(shù)據(jù)對(duì)生物樣品分類，其中分類是選自下述組動(dòng)脈粥樣硬化心血管疾病分類、健康分類、藥物暴露分類、非藥物暴露分類；和按照分類程序的輸出對(duì)生物樣品分類并基于所述分類確定針對(duì)人的治療方案。
31.用于評(píng)價(jià)人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定生物樣品中的選自表20中列出的miRNA的至少2種miRNA標(biāo)記物水平；c)獲得包括每種miRNA標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸入風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)分析程序以基于所述數(shù)據(jù)集測(cè)定心血管事件風(fēng)險(xiǎn)；和e)基于步驟(d)中預(yù)測(cè)的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)確定針對(duì)所述人的治療方案；其中評(píng)價(jià)了人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)。
32.根據(jù)權(quán)利要求31的方法，其中針對(duì)選自下述組的時(shí)期測(cè)定所述心血管事件風(fēng)險(xiǎn)從獲得樣品的日期起約I年、約2年、約3年、約4年和約5年。
33.根據(jù)權(quán)利要求31的方法，還包括測(cè)定所述生物樣品中的3種或更多種蛋白生物標(biāo)記物水平。
34.根據(jù)權(quán)利要求33的方法，其中所述3種或更多種蛋白生物標(biāo)記物選自下述組IL-16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18、TIMP. 4、TIMP. I、CRP、VEGF 和 EGF。
35.根據(jù)權(quán)利要求34的方法，其中所述三種或更多種蛋白生物標(biāo)記物選自下述組IL-16、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、Fas配體、CTACK、MCP-3、HGF和sFAS。
36.評(píng)價(jià)人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)的方法，其包括a)從人獲得生物樣品；b)測(cè)定樣品中的選自下述組的多種蛋白生物標(biāo)記物水平IL_16、sFas、Fas配體、MCP-3、HGF、CTACK、嗜酸性粒細(xì)胞活化趨化因子、脂聯(lián)素、IL-18.TIMP. 4、 ΜΡ. I、CRP、VEGF和 EGF ；c)獲得包括每ー蛋白生物標(biāo)記物水平的數(shù)據(jù)集；d)將所述數(shù)據(jù)輸入風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)分析程序以基于所述數(shù)據(jù)集測(cè)定心血管事件風(fēng)險(xiǎn)；和e)基于步驟(d)中的心血管事件預(yù)測(cè)風(fēng)險(xiǎn)確定針對(duì)所述人的治療方案；其中評(píng)價(jià)了人的心血管事件風(fēng)險(xiǎn)。
37.根據(jù)權(quán)利要求36的方法，其中針對(duì)選自下述組的時(shí)期測(cè)定心血管事件風(fēng)險(xiǎn)從獲得樣品的日期起約I年、約2年、約3年、約4年和約5年。
全文摘要
本文公開的方法、檢驗(yàn)和試劑盒可以鑒定用于評(píng)價(jià)人的心血管健康的生物標(biāo)記物，特別是miRNA和/或蛋白生物標(biāo)記物人的心血管健康。在某些實(shí)施方式、方法、檢驗(yàn)和試劑盒中，鑒定了循環(huán)miRNA和/或蛋白生物標(biāo)記物，用于評(píng)價(jià)人的心血管健康。
文檔編號(hào)G06F19/18GK102762743SQ201080063521
公開日2012年10月31日 申請(qǐng)日期2010年12月9日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月9日
發(fā)明者布魯斯·菲爾普斯, 艾萬(wàn)格羅斯·海托普洛斯, 道格·哈林頓 申請(qǐng)人:阿維埃爾公司