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與il-1基因座多態(tài)性相關(guān)之炎性疾病的預(yù)測(cè)方法

文檔序號(hào):6138555閱讀:393來源:國(guó)知局

專利名稱::與il-1基因座多態(tài)性相關(guān)之炎性疾病的預(yù)測(cè)方法
技術(shù)領(lǐng)域
:本發(fā)明涉及鑒定對(duì)免疫炎性病癥及由IL-1生物活性調(diào)節(jié)的病癥的易感性的方法和試劑盒。具體地說,該方法包括檢測(cè)IL-1單元型(hap1otype)(如IL-1(44112332)單元型或者IL-1(33221461)單元型)中的至少一條等位基因,所說的IL-1單元型與炎性病癥有關(guān),所說的炎性病癥如冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,潰爛性結(jié)腸炎,糖尿病性視網(wǎng)膜病,牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,尤其是慢性虹膜睫狀體炎,牛皮癬,在DR3/4患者中的胰島素依賴性糖尿病,哮喘,慢性炎性肝病,慢性炎性肺病,肺臟纖維化,肝纖維化,和中樞神經(jīng)系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)、腸胃系統(tǒng)、肌骨骼系統(tǒng)、內(nèi)分泌系統(tǒng)、皮膚及有關(guān)結(jié)構(gòu)、免疫系統(tǒng)、肝-膽系統(tǒng)的急性和慢性炎癥疾病,或者能夠用“免疫-炎性”組分(所說的組分包括與引發(fā)因子無關(guān)的IL基因產(chǎn)物,引發(fā)因子如傳染劑、傷口、瘤形成、自身免疫性、原發(fā)性疾病、生物毒素和有害試劑)產(chǎn)生病變的身體的任何部位,和具有IL-1基因座遺傳組分的其它疾病。背景描述遺傳檢測(cè)(也稱遺傳篩選,遺傳分型或分子診斷)可廣泛定義為在分析量水平檢測(cè)患者的核酸,確定患者是否含有突變基因(或者等位基因或者多態(tài)性),這些基因能夠引起或者增加患者對(duì)疾病的易感性或者這些基因與引起疾病的基因呈“連鎖不平衡”狀態(tài)。連鎖不平衡,是指特殊等位基因共同出現(xiàn)的頻率遠(yuǎn)高于預(yù)期中的偶然存在頻率。如果任何特殊的等位基因套(或者單元型)的頻率是他們的個(gè)別群體頻率的乘積,在給出的基因座上的等位基因是平衡的。不平衡的原因經(jīng)常不是很清楚,可能是由于一定的等位基因組合時(shí)的選擇過程,或者是由于最新的基因異質(zhì)群體的混合。此外,對(duì)于與疾病基因緊密連接的標(biāo)記(marker),如果剛剛發(fā)生了疾病突變,預(yù)期等位基因(或者連鎖的等位基因組)與疾病基因相關(guān)聯(lián),致使在小染色體區(qū)域中有足夠的時(shí)間通過重組事件達(dá)到平衡。早檢測(cè)出對(duì)遺傳病的易感性,能為醫(yī)藥調(diào)停提供最好的機(jī)會(huì)。早進(jìn)行基因診斷,可在臨床可檢測(cè)的病癥出現(xiàn)之前,通過管理與早期調(diào)停提高患者的預(yù)后能力。在患者具有類似癥狀而有不同療效的情況下,先進(jìn)的基因檢測(cè)技術(shù)可從精微或者不可發(fā)現(xiàn)的差別上鑒別出個(gè)別患者,從而產(chǎn)生更適合的個(gè)別治療方案。早期調(diào)停的方法包括,如基因治療法或用IL-1調(diào)節(jié)子治療方法。隨著基因檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展,現(xiàn)在鑒別表明疾病發(fā)生傾向的基因突變是可能的,甚至是多基因起源疾病,也可通過基因檢測(cè)識(shí)別出。隨著人們對(duì)多因子疾病遺傳基礎(chǔ)了解的增多,可用分子生物方法診斷的疾病數(shù)量也繼續(xù)增加(參見例如,美國(guó)第4,582,788;5,110,920;4,801,531;4,666,828及5,268,267號(hào)專利)。IL-1基因簇IL-1基因簇位于人類染色體2(2q13)的長(zhǎng)臂上,至少包含基因IL-1α(IL1A),IL-1β(IL1B),和在430Kb區(qū)的IL-1受體拮抗劑(IL1RN)(Nicklin等,遺傳學(xué)19382-4(1994))。促效劑分子,IL-1α和IL-1β,具有很強(qiáng)的預(yù)炎性活性,并且在許多炎性級(jí)聯(lián)的頭部。這些促效劑經(jīng)由其它的細(xì)胞因子如IL-6和IL-8誘導(dǎo),將導(dǎo)致白細(xì)胞活化并聚集進(jìn)入已受破壞的組織,局部產(chǎn)生血管活性劑,大腦發(fā)熱反應(yīng)以及肝的急性期反應(yīng)。所有三個(gè)IL-1分子都結(jié)合于類型Ⅰ和類型Ⅱ受體,但只有類型Ⅰ受體向細(xì)胞內(nèi)部轉(zhuǎn)導(dǎo)信號(hào)。相對(duì)地,類型Ⅱ受體從細(xì)胞膜脫落,并充當(dāng)引誘受體。因此,受體拮抗劑和類型Ⅱ受體都具有抗炎性作用。IL-1的不適當(dāng)產(chǎn)生,顯然在許多自身免疫與炎性疾病的病變中起了中心作用,包括風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,炎性的腸疾病,牛皮癬及其它疾病。此外,IL-1的產(chǎn)生比例在個(gè)體間存在著穩(wěn)定的差異,部分這些差異可通過在IL-1基因座上的基因差異來說明(Molvig等,Scand.J.Immunol.27705-16(1988);Pociot等,Eur.J.Clin.Invest.22396-402(1992))。這樣,在確定對(duì)炎性疾病遺傳易感性的部分原因時(shí),IL-1基因是合理的候選成分,所說的炎性疾病中大多數(shù)屬于具多基因組分的多因子病原學(xué)過程。來自IL-1基因簇的一定的等位基因,據(jù)了解與特殊的疾病狀態(tài)相關(guān)。例如,我們?cè)砻鱅L1RN等位基因2與下列疾病有關(guān)冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥(美國(guó)申請(qǐng)08/813,416,08/628,282號(hào)),糖尿病性腎病(Blakemore等,Hum.Genet.97(3)369-74(1996)),斑形脫發(fā)(Cork等,J.Invest.Dermatol.104(5Supp.)16(1995)),Graves疾病(Blakemore等,J.Clin.Endocrinol.80(1)111-5(1995)),硬化性苔蘚(Clay等,Hum.Genel.94407-10(1994)),以及潰爛性結(jié)腸炎(Mansfield等,Gastoenierol.106(3)637-42(1994))。ILlRN簇等位基因1與糖尿病性視網(wǎng)膜病有關(guān)(GB申請(qǐng)9618960.0號(hào))。同樣地,我們也曾表明來自標(biāo)記-889的IL1A等位基因2和來自+3953標(biāo)記的IL1B(TaqI)等位基因2也與牙周疾病有關(guān)(美國(guó)S/N08/510,696)。來自標(biāo)記-889的IL1A等位基因2也與青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,特別是慢性虹膜睫狀體炎有關(guān)(McDowell等,ArtlzritisRheum.38221-28(1995))。來自IL1B的+3953標(biāo)記的ILlB等位基因2(TaqI)也與牛皮癬及DR3/4患者中胰島素依賴性糖尿病有關(guān)(diGiovine等,Cytokine7606(1995);Pociot等,Eur.J.Clin.Invest.22396-402(1992))。發(fā)明概要本發(fā)明提供了一種用于早期預(yù)測(cè)炎性病癥發(fā)生傾向的新方法。也提供了用于早期鑒定所說的發(fā)病傾向的試劑盒和用于判定附加的等位基因的方法,附加的等位基因與這些疾病相關(guān)或者與單元型連鎖(在不平衡連鎖中)。預(yù)測(cè)IL-1生物活性調(diào)控疾病(本文稱炎性疾病)發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)增加的方法,包括檢測(cè)一條或多條IL-1單元型的等位基因的存在,或者(非此即彼)發(fā)現(xiàn)整個(gè)單元型。IL-1單元型可以是IL-1(44112332)單元型,IL-L(33441461)單元型,或者這一區(qū)域的任何其它單元型。優(yōu)選的單元型是IL-1(44112332)單元型。在IL-1單元型中具有一條或多條等位基因,表明發(fā)生各種炎性病癥的風(fēng)險(xiǎn)增加。這些炎性疾病包括但不只限于以下疾病冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,潰爛性結(jié)腸炎,牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎特別是慢性虹膜睫狀體炎,牛皮癬,DR3/4患者中胰島素依賴性糖尿病,糖尿病性視網(wǎng)膜病以及其它含有IL-1基因座遺傳組分的疾病。特別地,IL-1(44112332)單元型與下列疾病有關(guān)冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,和潰爛性結(jié)腸炎。IL-1(33221461)單元型與下列疾病有關(guān)牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,牛皮癬,胰島素依賴性糖尿病,和糖尿病性視網(wǎng)膜病。在另一個(gè)實(shí)施方案中,對(duì)本發(fā)明描述如下從患者分離核酸,判定在IL-1基因簇中存在一條或多條等位基因,并且把一條或多條等位基因與對(duì)照樣品作比較。對(duì)照樣品至少含有一條來自IL-1單元型的等位基因。這樣,對(duì)照樣品含有一條或多條來自IL-1(44112332)單元型的下列等位基因222/223標(biāo)記的等位基因4(*132muPCR產(chǎn)物),gz5/gz6標(biāo)記的等位基因4(*91muPCR產(chǎn)物),-889標(biāo)記的等位基因1(含有NcoI位點(diǎn)),+3953標(biāo)記的等位基因1(含有兩個(gè)TaqI位點(diǎn)),-511標(biāo)記的等位基因2(含有Bsu36I位點(diǎn)),gaat.p33330標(biāo)記的等位基因3(*197muPCR產(chǎn)物),Y31標(biāo)記的等位基因3(*160muPCR產(chǎn)物),VNTR標(biāo)記的等位基因2(240bpPCR產(chǎn)物)。*微衛(wèi)星(microsatellite)標(biāo)記PCR產(chǎn)物的尺寸以遷移率單位給出,這些單位接近于堿基對(duì)的大小,但是根據(jù)鑒定方法的不同而不同,本領(lǐng)域任一技術(shù)人員很容易就能弄清楚。標(biāo)記的位置如表1中所示。對(duì)照樣品也可含有下列等位基因,這些等位基因可能是IL-1(44112332)單元型的一部分ILlRN基因1731標(biāo)記的等位基因2(在位置1731的A)IL1RN基因1812標(biāo)記的等位基因2(在位置1812的A)IL1RN基因1868標(biāo)記的等位基因2(在位置1868的G)IL1RN基因1887標(biāo)記的等位基因2(在位置1887的C)IL1RN基因8006標(biāo)記的等位基因2(含HpaII或MspI位點(diǎn))IL1RN基因8061標(biāo)記的等位基因2(缺少M(fèi)woI位點(diǎn))IL1RN基因9589標(biāo)記的等位基因2(含SspI位點(diǎn))標(biāo)記的位置由C1ay等或者Gausch等給出。對(duì)照樣品也可能含有來自IL-1(33221461)單元型的下列等位基因222/223標(biāo)記的等位基因3(*130muPCR產(chǎn)物),gz5gz6標(biāo)記的等位基因3(*88muPCR產(chǎn)物),-889標(biāo)記的等位基因2(缺少NcoI位點(diǎn)),+3953標(biāo)記的等位基因2(含TaqI位點(diǎn)),-511標(biāo)記的等位基因1(缺乏Bsu36I位點(diǎn)),gaat.p33330標(biāo)記的等位基因4(*201muPCR產(chǎn)物),Y31標(biāo)記的等位基因6(*166muPCR產(chǎn)物),VNTR標(biāo)記的等位基因1(412bpPCR產(chǎn)物),從患者到對(duì)照樣品鑒定的等位基因相似,表明患者有發(fā)生炎性疾病的傾向。對(duì)照樣品也可能是包括大多數(shù)上述所列等位基因的等位基因階梯,也可能包含來自上述標(biāo)記的附加等位基因。可能有多個(gè)對(duì)照樣品,每一種含有不同的等位基因或者等位基因組。本發(fā)明另一實(shí)施例是關(guān)于檢測(cè)等位基因(預(yù)示炎性疾病)的試劑盒。試劑盒通常包括至少一個(gè)與IL-1基因族中的DNA序列互補(bǔ)的寡核苷酸和一對(duì)照樣品。對(duì)照樣品含有如上所述的已知的與炎性疾病有關(guān)的等位基因。對(duì)照樣品可能含有擴(kuò)增反應(yīng)(所說的等位基因的擴(kuò)增反應(yīng))產(chǎn)生的實(shí)際PCR產(chǎn)物,或者可能含有基因組或者克隆DNA(來自攜帶IL-1單元型的個(gè)體)。試劑盒也可包括一種DNA取樣裝置,一種DNA純化裝置,和PCR試劑。此外,寡核苷酸可能含有可檢測(cè)的標(biāo)記。在其它寡核苷酸之間的下列寡核苷酸,可能存在于所說的試劑盒中或者用于所說的方法中ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)。本發(fā)明另一實(shí)施方案提供了一種判定與一條或多條IL-1單元型等位基因有關(guān)的炎性病癥的方法,例如IL-1(44112332)單元型。該方法是包括集中第一組無特殊炎性疾病的患者,集中第二組具炎性疾病的患者,確定兩組IL-1基因簇的基因型。與第一組比較,如果第二組的IL-1單元型的等位基因得到過度表達(dá),那么可確定該基因與炎性疾病相關(guān)。本發(fā)明另一實(shí)施方案提供了一種判定與IL-1單元型連鎖不平衡的附加等位基因的方法,例如IL-1(44112332)單元型。確定IL-1基因簇的附加等位基因,可通過對(duì)DNA的該區(qū)域進(jìn)行測(cè)序或者限定酶分析。建立連鎖不平衡,可通過分型兩基因座,并且與觀察到的及期望的單元型頻率比較,其中期望頻率(根據(jù)無效的無關(guān)聯(lián)假說所得)是個(gè)別等位基因頻率的乘積??衫肵ie和Ott的E.H.程序來完成這一比較過程(人類遺傳連接手冊(cè),1994,JohnHopkins大學(xué)出版社,188-98)。還有本發(fā)明另一實(shí)施方案涉及含標(biāo)記等位基因(本文所描述的標(biāo)記)的等位基因梯。以下描述內(nèi)容說明本發(fā)明其它實(shí)施方案及本發(fā)明優(yōu)點(diǎn)的一部分。這些內(nèi)容在下列描述中顯而易見,或者也可從本發(fā)明的實(shí)踐中學(xué)習(xí)到。附圖描述圖1描述IL-1基因簇中8個(gè)標(biāo)記及其大致位置。圖2描述連鎖不平衡和物理距離之間的相互關(guān)系。詳細(xì)描述正如本文具體表達(dá)及廣泛描述的一樣,本發(fā)明主在說明用于檢測(cè)IL-1單元型中至少一個(gè)等位基因的方法,包括與炎性病癥相關(guān)的IL-1(44112332)單元型或者IL-1(33221461)單元型。本文所使用的專業(yè)術(shù)語“標(biāo)記”,指的是展現(xiàn)個(gè)體間序列變異的基因組中的特殊位點(diǎn)。例如,本文至少描述了8個(gè)標(biāo)記222/223,gz5/gz6,-889,+3953,-511,gaat.p33330,Y31和VNTR標(biāo)記。術(shù)語“等位基因”指在給定的標(biāo)記上發(fā)現(xiàn)的不同的序列變體。例如,在VNTR標(biāo)記上至少有5條等位基因,1-5,在-889標(biāo)記上至少有2條等位基因。序列變體可能是單個(gè)或者多個(gè)堿基對(duì)變化,包括堿基對(duì)的插入、刪除或者取代,或者可能具有不同的序列重復(fù)數(shù)量以及類似的變化。術(shù)語“連鎖不平衡”指兩等位基因同時(shí)遺傳的頻率大于從在給定的對(duì)照組中單個(gè)等位基因各自發(fā)生遺傳的頻率預(yù)期的頻率。預(yù)期的兩等位基因各自獨(dú)立遺傳的發(fā)生頻率,是第一等位基因頻率與第二等位基因頻率的乘積。以預(yù)期的頻率同時(shí)出現(xiàn)的等位基因被叫作為“連鎖平衡”。術(shù)語“單元型”指一套作為組合體(連鎖不平衡狀態(tài))被同時(shí)遺傳的等位基因。如本文使用的,單元型定義為包括那些發(fā)生頻率達(dá)到統(tǒng)計(jì)顯著水平(Pcorr≤0.05)的單元型。本文所使用的術(shù)語“IL-1單元型”指IL-1基因座中的任一單元型。它至少包括本文所描述的IL-1(44112332)單元型和(33221461)單元型。如本文所使用的,術(shù)語“IL-1(44112332)單元型”指至少包含以下等位基因的單元型IL-1A的222/223標(biāo)記的等位基因4;IL-1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因4;IL-1A的-889標(biāo)記的等位基因1;IL-1B的+3953標(biāo)記的等位基因1;IL-1B的-511標(biāo)記的等位基因2;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因3;Y31標(biāo)記的等位基因3;和IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因2。術(shù)語“IL-1(44112332)單元型”也包括任何與這套等位基因進(jìn)行不平衡連鎖的附加等位基因。例如,IL-1(44112332)單元型也可能含有下列等位基因IL1RN基因的1731標(biāo)記的等位基因2(A在位置1731),IL1RN基因的1812標(biāo)記的等位基因2(A在位置1812),IL1RN基因的1868標(biāo)記的等位基因2(G在位置1868),IL1RN基因的1887標(biāo)記的等位基因2(C在位置1887),IL1RN基因的8006標(biāo)記的等位基因2(含有HpaII或者M(jìn)spl位點(diǎn)),IL1RN基因的8061標(biāo)記的等位基因2(缺少M(fèi)woI位點(diǎn)),和IL1RN基因的9589標(biāo)記的等位基因2,(含有SspI位點(diǎn))。如本文所使用的,術(shù)語“IL-1(33221461)單元型”指至少包含以下等位基因的單元型IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因3;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因3;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因2;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因2;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因1;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因4;Y31標(biāo)記的等位基因6;和IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因1。術(shù)語“IL-1(33221461)單元型”也包括任何與這套等位基因進(jìn)行不平衡連鎖的附加等位基因。如本文所使用的,術(shù)語“炎性疾病”或者“炎性病癥”,指那些與IL-1單元型遺傳相關(guān)聯(lián)的疾病。除常規(guī)的發(fā)炎疾病之外,該術(shù)語還包括那些在傳統(tǒng)上不被認(rèn)作為炎性情況,但其又具有炎性組分或者由IL-1基因簇調(diào)控的疾病,包括一定的傳染病,一定的代謝紊亂,和一定方向上腫瘤的生長(zhǎng),傳播和控制。炎性病癥包括(但不僅限于這些)冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,潰爛性結(jié)腸炎,糖尿病性視網(wǎng)膜病,牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎特別是慢性虹膜睫狀體炎,牛皮癬,DR3/4患者的胰島素依賴性糖尿病以及帶有IL-1基因座遺傳組分的其它疾病。如本文所使用的,“檢測(cè)等位基因”過程用幾個(gè)不同的術(shù)語進(jìn)行描述“確定基因型,確定或者判定等位基因或者基因座多態(tài)性”,或者任何類似的術(shù)語。實(shí)際上檢測(cè)到的等位基因可能是疾病引起的突變,或者與疾病引起的突變進(jìn)行不平衡連鎖的突變。它在患者的基因組DNA中十分明顯,但也可能是從這一區(qū)域轉(zhuǎn)錄或者翻譯的RNA或者蛋白質(zhì)序列中檢測(cè)到。如本文所使用的,術(shù)語“IL-1基因簇”或者“IL-1基因座”或者“IL-1基因族”,包括所有的在染色體2上2q13位置或其臨近位置的核酸,包括IL1A,IL1B和IL1RN基因以及任何其它相連接的序列。疾病傾向,潛質(zhì)或者易感性意指本文所發(fā)現(xiàn)的與給定疾病狀態(tài)相關(guān)聯(lián)的一定等位基因。與健康的個(gè)體相比較,它們?cè)趲в屑膊〉膫€(gè)體中得到過度表達(dá),表明這些個(gè)體的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)更高,或者可能發(fā)展成一種更嚴(yán)重的疾病形式或這些疾病類型的特殊子集。微衛(wèi)星(microsatellite)標(biāo)記意指一種標(biāo)記,其等位基因包含不同數(shù)量的短重復(fù)序列(<5bp)。VNTR標(biāo)記意指一種標(biāo)記,其等位基因包含不同數(shù)量的中長(zhǎng)度重復(fù)序列。本文描述了一個(gè)來自IL1RN基因內(nèi)含子2的特異性VNTR標(biāo)記。雙等位基因標(biāo)記意指一種只帶有兩已知等位基因的標(biāo)記。IL-1基因簇中的細(xì)胞因子在免疫和炎性反應(yīng)中以及一些炎性疾病中起著中心作用。研究IL-1基因簇連鎖的不平衡程度,發(fā)現(xiàn)在橫跨該區(qū)域大約400Kb的長(zhǎng)度內(nèi),在95%的可信度范圍內(nèi)達(dá)到了統(tǒng)計(jì)顯著水平。在健康的群體中發(fā)現(xiàn)了以前不認(rèn)識(shí)的IL-1(44112332)單元型和IL-1(33221461)單元型。發(fā)現(xiàn)在糖尿病性腎病的患者,整個(gè)IL-1(44112332)單元型的出現(xiàn)頻率增加。本發(fā)明旨在說明一種方法,該方法通過確定患者在IL-1基因簇上DNA的基因型,從而預(yù)測(cè)患者發(fā)生炎性疾病的傾向或者潛質(zhì)。患者的基因型與對(duì)照樣品相比較,對(duì)照樣品含有一條或多條來自IL-1單元型的等位基因,如IL-1(44112332)單元型或者IL-1(33221461)單元型。等位基因包括222/223標(biāo)記的等位基因4(*132muPCR產(chǎn)物),gz5/gz6標(biāo)記的等位基因4(*91muPCR產(chǎn)物),-889標(biāo)記的等位基因1(含有Ncol位點(diǎn)),+3953標(biāo)記的等位基因1(含有兩個(gè)TaqI位點(diǎn)),-511標(biāo)記的等位基因2(含有Bsu36I位點(diǎn)),gaat.p33330標(biāo)記的等位基因3(*197muPCR產(chǎn)物),Y31標(biāo)記的等位基因3(*160muPCR產(chǎn)物),VNTR標(biāo)記的等位基因2(240bpPCR產(chǎn)物)。*微衛(wèi)星標(biāo)記PCR產(chǎn)物的大小以遷移率單位給出,其大小大約與堿基對(duì)大小相近,但根據(jù)確定方法的不同而變化,可由本領(lǐng)域技術(shù)人員迅速地弄清楚。對(duì)照樣品也可含有下列等位基因,這些等位基因可能是IL-1(44112332)單元型的一部分IL1RN基因1731標(biāo)記的等位基因2(A在位置1731),IL1RN基因1812標(biāo)記的等位基因2(A在位置1812),IL1RN基因1868標(biāo)記的等位基因2(G在位置1868),IL1RN基因1887標(biāo)記的等位基因2(C在位置1887),IL1RN基因8006標(biāo)記的等位基因2(含有HpaII或者M(jìn)spI位點(diǎn)),IL1RN基因8061標(biāo)記的等位基因2(缺乏MwoI位點(diǎn)),IL1RN基因9589標(biāo)記的等位基因2(含有SspI位點(diǎn))。對(duì)照樣品也可含有來自IL-1(3322146)單元型的下列等位基因222/223標(biāo)記的等位基因3(*130muPCR產(chǎn)物),gzS/gz6標(biāo)記的等位基因3(*88muPCR產(chǎn)物),-889標(biāo)記的等位基因2(缺乏NcoI位點(diǎn)),+3953標(biāo)記的等位基因2(含有TaqI設(shè)置),-511標(biāo)記的等位基因1(缺乏Bsu36I位點(diǎn)),gaat.p33330標(biāo)記的等位基因4(*201muPCR產(chǎn)物),Y31標(biāo)記的等位基因6(*166muPCR產(chǎn)物),VNTR標(biāo)記的等位基因1(412bpPCR產(chǎn)物)。已知這些等位基因道與各種炎性病癥相關(guān),如冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,潰爛性結(jié)腸炎,糖尿病性視網(wǎng)膜病,牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎特別是慢性虹膜睫狀體炎,牛皮癬,DR3/4患者的胰島素依賴性糖尿病和帶有IL-1基因座遺傳組分的其它疾病。鑒定與疾病相關(guān)聯(lián)的單元型(處于連鎖不平衡狀態(tài)中的等位基因套),調(diào)查者可從確定哪一個(gè)等位基因是起因等位基因入手,而非僅僅將疾病與引起疾病的等位基因聯(lián)系起來。這些信息也可用于設(shè)計(jì)合理的治療方法,包括基因療法和用各種調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)(產(chǎn)生于IL-L基因簇)活性的試劑治療方法。對(duì)于具復(fù)雜病源的疾病,也可能若干個(gè)突變的每一個(gè)突變都對(duì)病癥作出了各自的貢獻(xiàn)。這樣,如果突變是添加型或者協(xié)同型的,檢測(cè)到這些突變就表明疾病發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)更高。此外,在連鎖不平衡中存在與疾病相關(guān)的等位基因,預(yù)測(cè)檢測(cè)結(jié)果可能超過一條等位基因,這將有助于排除錯(cuò)誤結(jié)果(陽性)出現(xiàn)的可能性。確定特殊等位基因存在與否的技術(shù),可能是基于核酸的大小或者序列的核酸技術(shù),如測(cè)定限制片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP),核酸測(cè)序,或者核酸雜交。這些技術(shù)可能也包括在分析核酸之前將其擴(kuò)增這一步驟。擴(kuò)增技術(shù)為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知,包括克隆,聚合酶鏈反應(yīng),特異性等位基因的聚合酶鏈反應(yīng),聚合酶鏈連接,嵌套聚合酶鏈反應(yīng)以及類似的反應(yīng)。擴(kuò)增反應(yīng)產(chǎn)物可用各種方法分析,包括大小分析,限制消化后大小分析,檢測(cè)反應(yīng)產(chǎn)物中特定的標(biāo)記寡核苷酸引物,特異性等位基因寡核苷酸(ASO)雜交,測(cè)序及類似的方法。基于PCR的檢測(cè)包括同時(shí)對(duì)多個(gè)標(biāo)記進(jìn)行多元擴(kuò)增。例如,本領(lǐng)域著名的選擇PCR引物產(chǎn)生PCR產(chǎn)物,這些產(chǎn)物在大小上不重復(fù),可以立即進(jìn)行分析?;蛘?,也可以用引物擴(kuò)增經(jīng)不同標(biāo)記的不同標(biāo)記,這樣可以對(duì)其進(jìn)行一一檢測(cè)。其中一種分析多樣標(biāo)記方法包括用不同的熒光探針標(biāo)記每一個(gè)標(biāo)記,然后在熒光自動(dòng)測(cè)序儀上分析PCR產(chǎn)物。當(dāng)然,基于雜交的檢測(cè)方法允許在樣品中對(duì)多樣PCR產(chǎn)物進(jìn)行差異檢測(cè)。本領(lǐng)域已知的其它技術(shù)也能夠?qū)Χ鄠€(gè)標(biāo)記進(jìn)行多元分析。如果一特殊等位基因產(chǎn)生一種具有氨基酸變體的蛋白質(zhì),那么等位基因檢測(cè)技術(shù)也可以基于蛋白質(zhì)檢測(cè)。例如,對(duì)氨基酸變體的表位特異性可用單克隆抗體檢測(cè)。同樣地,如果在處理的RNA中存在等位基因,也可能通過本領(lǐng)域已知的技術(shù)檢測(cè)等位基因。本發(fā)明另一實(shí)施方案主在說明診斷試劑盒,這些診斷試劑盒用以檢測(cè)患者發(fā)生炎性疾病的傾向。試劑盒可在疾病癥狀前、癥狀后或疾病發(fā)生前使用。診斷試劑盒可包含一種或多種能夠與來自IL-1基因簇的核酸進(jìn)行雜交的寡核苷酸。用所提供的寡核苷酸確定遺傳型時(shí),許多測(cè)定格式都是有用的。最普通的格式包括核酸結(jié)合,如結(jié)合到濾膜,小珠上,或者微量滴定板上及類似的器具上。該技術(shù)可能包括斑點(diǎn)印跡,RNA印跡,DNA印跡,PCR,RFLP等。寡核苷酸可能是各種天然的及合成的組合物,如合成寡核苷酸,限制性片段,cDNAs,合成PNAs及其類似物。分析中為了易于鑒定,也可使用標(biāo)記的寡核苷酸。所使用的標(biāo)記的例子,包括放射性標(biāo)記,酶,熒光化合物,鏈霉抗生物素蛋白,親和素,生物素,磁性基元,金屬結(jié)合基元,抗原或者抗體基元等。寡核苷酸的例子包括以下寡核苷酸ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQDNO.25)。試劑盒也可能包括DNA取樣裝置,如AmpliCardTM(謝菲爾德大學(xué),謝菲爾德,英國(guó)S102JF;TarlowJW等,J.OfInvest.Dermatol.103387-389(1994))等;DNA純化方法,如用SDS裂解細(xì)胞后用蛋白酶K消化,NucleonTM試劑盒處理等;PCR試劑,如10倍的反應(yīng)緩沖液,耐熱聚合酶等。本發(fā)明的另一實(shí)施方案提供了確定與IL-1單元型連鎖的附加等位基因的方法,例如IL-1(44112332)單元型。來自IL-1基因簇的附加等位基因可通過對(duì)DNA該區(qū)域進(jìn)行序列分析來確定?;蛘撸郊拥任换蚩赏ㄟ^限制酶分析來確定(對(duì)于確定新的標(biāo)記的方法,參見McDowell等,Br.J.Rheumatol.32(Supp1)182(1983);Wilson等,Hum.Molec.Genet.1(5)353(1992);diGiovine等,Hum.Molec.Genet.1(6)450(1992);和我們的論文,Clay等,人類遺傳學(xué)97(6);723-26(1996))。對(duì)來自IL-1(44112332)單元型載體的IL-1基因簇DNA測(cè)序或限制酶分析,并與來自非載體個(gè)體的序列進(jìn)行比較,可鑒定可能存在于單元型中的附加等位基因?;蛘?,如實(shí)施例例3中所描述的建立連鎖不平衡或通過組群研究。本發(fā)明也在于說明鑒定附加炎性病癥的方法,這些病癥與來自IL-1單元型的等位基因有關(guān)。確定攜帶疾病和不攜帶疾病的兩組患者的遺傳型,并比較。按照這種方法,顯現(xiàn)單元型與新的炎性病癥之間相關(guān)是可能的。下列例子說明本發(fā)明的實(shí)施方案,但是不應(yīng)該看作為本發(fā)明的限制范圍。實(shí)施例1確定遺傳型所有人受試者是來自謝菲爾德的無關(guān)的,健康的獻(xiàn)血者(高加索人,N=112)。受試者按照表1中說明的基因座分類。表1研究單元型中使用的標(biāo)記<用于標(biāo)記PCR擴(kuò)增反應(yīng)的引物序列與熒光標(biāo)記如表2所示。表2用于確定遺傳型的引物序列和熒光標(biāo)記反應(yīng)條件如表3中所述。表3反應(yīng)條件<>222/223,gz5/gz6,gaat.p33330以及Y31PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢查,PCR產(chǎn)物的其余部分根據(jù)溴化乙錠染色的強(qiáng)度進(jìn)行匯集。2μl的匯集物在ABI373A自動(dòng)測(cè)序儀上分析,同時(shí)利用基因掃描與遺傳分型軟件測(cè)定等位基因的大小。通過一簡(jiǎn)單的計(jì)算機(jī)程序?qū)⒌任换蛉哭D(zhuǎn)化為二進(jìn)制,并按照大小排序。-889PCR反應(yīng)產(chǎn)物用NcoI消化,其產(chǎn)生的片段大小排列在8%PAGE上。等位基因1產(chǎn)生83和16bp片段。等位基因2產(chǎn)生99bp片段。+3953PCR反應(yīng)產(chǎn)物用限制酶TaqI消化。等位基因1產(chǎn)生97,85和12bp片段,等位基因2產(chǎn)生182和12bp片段。-511反應(yīng)PCR產(chǎn)物用AvaI和Bsu36消化,其片段大小排列在8%PAGE上。等位基因1,當(dāng)用AvaI消化時(shí)產(chǎn)生190和114bp片段,用Bsu36I消化時(shí),產(chǎn)生304bp片段。等位基因2用AvaI消化時(shí)產(chǎn)生304bp片段,用Bsu36I消化時(shí)則產(chǎn)生190和114bp片段。VNTRPCR產(chǎn)物通過在2%瓊脂糖凝膠上電泳(90V)45分鐘排列大小。等位基因1有4個(gè)重復(fù),其PCR產(chǎn)物是412bp,等位基因2有2個(gè)重復(fù),其PCR產(chǎn)物是240bp,等位基因3有3個(gè)重復(fù),其PCR產(chǎn)物是326bp,等位基因4有4個(gè)重復(fù),其PCR產(chǎn)物是498bp,等位基因5有6個(gè)重復(fù),其PCR產(chǎn)物是584bp。基于來自跨越IL-1基因簇的重疊群的相關(guān)的PAC克隆的插入物大小估計(jì)確定基因間距。(Cnicklin等,遺傳學(xué)382-4(1994);Nothwang等,遺傳學(xué)(出版中)?;蜷g距從獲自GENBANK數(shù)據(jù)庫的相關(guān)核苷酸序列確定。實(shí)施例2估計(jì)連鎖不平衡的方法因?yàn)楸疚乃芯康乃膫€(gè)標(biāo)記都具多個(gè)等位基因,為了防止等位基因在群體進(jìn)入雙等位系統(tǒng)時(shí)掩蔽不平衡狀態(tài),因此首先進(jìn)行初步分析,以確定在各對(duì)基因座之間的哪些等位組合對(duì)不平衡連鎖作出了最大貢獻(xiàn)。(本文摻入并參考的)Xie和Ott的E.H.程序(人類基因連鎖手冊(cè),1994,JohnHopkins大學(xué)出版社,188-98),用來估計(jì)在H0(沒有連鎖)和H1(允許等位連鎖)之下的單元型頻率。結(jié)果發(fā)現(xiàn)精細(xì)的等位基因組合方法優(yōu)于一般所用方法,因?yàn)閹缀踉谒斜粰z查標(biāo)記的對(duì)等(pairwise)結(jié)合之間都檢測(cè)到了不平衡連鎖,并且不平衡和物理距離之間有很好的相互關(guān)系。更具體地說,Xie和Ott的E.H.程序是用于確定每一等位基因?qū)Φ?pairwise)結(jié)合之間不平衡連鎖的最大可能性估值(Dj),其中Dij=hij-Piqj是等位基因i在基因座1和等位基因j在基因座2的頻率,hij是單元型ij的頻率。程序計(jì)算在H0(無關(guān))下的單元型頻率(以及因此的等位基因頻率)和在H1(允許的等位相關(guān))下的單元型頻率的最大可能性值。對(duì)于比兩個(gè)等位基因更大的標(biāo)記,E.H.方法對(duì)等位基因頻率的估計(jì)值,與直接從樣品群體估計(jì)的等位基因頻率值之間不充分相關(guān),因此對(duì)給出的Dij估計(jì)值無可信性。因此有必要將多等位基因標(biāo)記的等位基因組合到一雙等位系統(tǒng)中,分析在雙等位格式中的標(biāo)記又有了新加的優(yōu)點(diǎn),其符號(hào)Dij,pi及qj可分別簡(jiǎn)化為D^]]>,P和q,其中P和q定義為兩基因座的非常見等位基因的頻率(這樣無一般性損失p≤q≤0.5),D^]]>是估計(jì)的那些等位基因之間的不平衡值。在雙重等位系統(tǒng)下,利用Hill方程也很容易計(jì)算能力(Hill,遺傳學(xué),33229-39(1974))。此外,符號(hào)D^]]>也提供一定的信息,這樣當(dāng)關(guān)系到在每?jī)蓚€(gè)基因座上的非常見等位基因時(shí)D^]]>>0,當(dāng)在一基因座上的非常見等位基因與在其它基因座上的常見等位基因相關(guān)時(shí),D^]]><0。因?yàn)榻M合等位基因的方法明顯地影響到檢測(cè)不平衡連鎖的能力(Zouros等,遺傳學(xué)。85543-50(1977);Weir等,遺傳學(xué)。88633-42(1976)),所以首先進(jìn)行初步分析以確?;蛉航M沒有掩蔽等位基因子集之間的不平衡連鎖。在這一分析中,δij=(O′ij-Eij)/Eij]]>是為每一單元型計(jì)算的,其中Eij是假定平衡(Eij=2npiqj,其中n為研究中個(gè)體數(shù)量)時(shí)單元型ij的期望值,O′ij是對(duì)觀察到的單元型計(jì)數(shù)(確定如下)的基本估計(jì)值。所有能清晰解析的遺傳型是經(jīng)計(jì)數(shù)的單元型。每一對(duì)雜合子(i1i2/j1j2)可分解進(jìn)入兩合適的單元型套,[i1j1,i2j2]或[i1j2,i2j1]。利用單元型頻率作為從清晰單元型計(jì)數(shù)上的估計(jì)值,計(jì)算每一套的概率并用作為“部分的”計(jì)數(shù)。按這一方法,清晰遺傳型也是所計(jì)數(shù)的單元型,整個(gè)數(shù)目(清晰的加上不清晰的)包括在δij中使用的O′ij的數(shù)目。該值一旦建立,δij的大小和符號(hào)就可用來確定哪一個(gè)等位組合與無效的無關(guān)聯(lián)假說偏差最大。這一信息又可用于在多等位基因座上組合等位基因進(jìn)入雙等位系統(tǒng),從而能夠有效利用E.H.程序。為了比較基因座不同對(duì)等位(pairvise)結(jié)合之間的不平衡程度,計(jì)算不平衡的獨(dú)立測(cè)量頻率(D~]]>,給定方向上的最大可能不平衡的比例),其中D~=D^]]>/|Dmax|(Thompson等,美國(guó)人類遺傳學(xué)雜志。113-24(1988))。P和q之間的關(guān)系是p≤q≤0.5,因此當(dāng)D^]]><0時(shí)可寫作-pq≤p(1-q);當(dāng)D^]]>>0時(shí),Dmax=-pq,Dmax=P(1-q)。E.H程序的輸出結(jié)果包括log-可能性值-在H0和H1下的最大可能性參數(shù)值,并從-21n(L0/L1)~X12開始,其中L0和L1是在H0和H1下的可能性值,利用這些值然后計(jì)算每一次檢測(cè)的P-值。D^]]>在H0下的漸近線方差D=O,H1利用Hill為遺傳型數(shù)據(jù)定義的公式計(jì)算(遺傳33229-39(1974)。利用這些數(shù)值和公式,可計(jì)算出每一對(duì)(painvise)比較之間的能力。從上述的δij初步分析,可鑒定出包含所有8個(gè)基因座的常見單元型,并且一旦將在多等位基因座上的等位基因組合,鑒定出的常見單元型就能通過不平衡的大小和符合得到備份。對(duì)于這些基因座,等位基因組群中對(duì)不平衡連鎖作出最大貢獻(xiàn)的一對(duì)在單元型上鑒定。為了估計(jì)群體單元型的頻率,先確定至少帶有一個(gè)有關(guān)等位基因拷貝的載體在群體中的比率。由于位期是未知的,這些并不代表真的單元型。MonteCarlo模擬技術(shù)用于模擬無效分布的顯著偏差檢測(cè),模擬無效分布在無聯(lián)系假設(shè)下的結(jié)合載體上進(jìn)行。實(shí)施例3估計(jì)在IL-1基因簇中的連鎖不平衡在IL-1基因中或周圍已經(jīng)鑒定出許多雙等位或多等位標(biāo)記。然而,迄今為止,還未鑒定出標(biāo)記之間連鎖不平衡的程度,和一般群體中普遍存在的多個(gè)標(biāo)記單元型。圖1顯示用于本研究的8個(gè)標(biāo)記基因座的相對(duì)位置。來自212個(gè)無關(guān)的健康志愿者的DNA樣品,對(duì)每個(gè)這樣的標(biāo)記確定遺傳型,得到的等位基因頻率估計(jì)值如表4中所示。表4標(biāo)記等位基因的估計(jì)頻率*分析的染色體數(shù)量注等位基因名稱(和大小)以黑體字給出。利用Xie和Ott的計(jì)算機(jī)程序,以確定基因座的對(duì)等結(jié)合之間的連鎖不平衡。結(jié)果發(fā)現(xiàn)當(dāng)該程序應(yīng)用于雙等位系統(tǒng)時(shí)十分有效,因此將在多等位基因座上的等位基因以適當(dāng)?shù)姆椒ńM合起來,用于每一對(duì)等比較,這樣就不會(huì)掩蔽在等位基因子集之間的不平衡。表5中,將各對(duì)基因座之間的不平衡表示為D~]]>-錯(cuò)誤!未定義書簽。與其最大值Dmax之間的比率,并與以千堿基對(duì)表示的基因座之間的近似物理距離一起給出。表5標(biāo)記之間的連鎖不平衡(D~=D^]]>/|Dmax|)及物理距離注不平衡值如表的右上角部分所示,以Kb表示的近似物理距離如表的左下角部分所示?;蜷g距給值近似等于5Kb。表6示出對(duì)每一基因座組合檢測(cè)50%Dmax的能力以及每一相應(yīng)D的P值。表6檢測(cè)50%Dmax的能力及-2Ln(L0L1)的P值</tables>注能力值如表的右上角部分所示(不平衡的符號(hào)表示在括號(hào)中);點(diǎn)(pointwise)P值如表的左下部分所示(未修改)。全面顯著性水平P=0.05,28次比較的點(diǎn)(pointwise)顯著性水平是0.0018。*P=0.0018臨界值不屬于顯著水平。在大多數(shù)的基因座組合之間都檢測(cè)到了顯著的連鎖不平衡(Pcorr&lt;0.05),僅有一些例外。這些例外包括在VNTR與更遠(yuǎn)距離的雙等位標(biāo)記.889和+3953之間的比較,其中的不平衡連鎖在負(fù)方向上,因而能力減少(表6)。不平衡連鎖D~]]>與物理距離之間的的相關(guān)系數(shù)F=0.752(P&lt;O.0001,onetailed)(圖2)。為了比較將多等位標(biāo)記進(jìn)行不同組合的方法,利用D~]]>計(jì)算所有的比較結(jié)果,也包括使用兩種附加組合方案的222/223比較結(jié)果。第一種組合方法是“常見等位基因?qū)ζ溆嗟牡任换颉?,第二種方法是基于等位基因大小的組合,利用等位基因頻率的雙峰分發(fā)對(duì)觀察到的大小(所有被檢查的多等位標(biāo)記都得到觀察)。分析結(jié)果如表7中所示,其中對(duì)三種組合方法的D~]]>值進(jìn)行比較。表7在多等位標(biāo)記基因座上三種組合等位基因方法的D~]]>值注給出值為222/223與其它所列出的標(biāo)記之間的連鎖不平衡值。*表明未達(dá)到P=0.05的顯著水平,甚至在經(jīng)多次檢測(cè)校正之前??梢钥闯觯眠@些組合方案在幾個(gè)實(shí)例中都未檢測(cè)到不平衡連鎖,尤其是在222/223與-511及gaat.p33330之間(常見等位基因?qū)ζ渌任换蚍椒?;在222/223與Y31之間(常見等位基因?qū)ζ渌任换蚣暗任换虼笮煞N方法),和222/223與VNTR之間(等位基因大小方法)。從計(jì)算的δij確定多等位基因座中哪些等位基因?qū)Σ黄胶膺B鎖作出貢獻(xiàn)最大,揭示了包含所有8個(gè)等位基因座的2種單元型的存在。這個(gè)可通過組合之后獲得的單元型頻率與不平衡值驗(yàn)證。第一個(gè)單元型等位基因44112332(按照染色體秩序表達(dá),見圖1)是最常見的等位基因(出現(xiàn)率為34/198),其出現(xiàn)頻率高出期望頻率(期待頻率=4.5/198)(P<0.000001)的7倍。第二個(gè)單元型等位基因33221461(出現(xiàn)率為2/206),出現(xiàn)頻率高出期望頻率(0.5/206)4倍,但并未達(dá)到統(tǒng)計(jì)顯著水平(P~0.106)。然而,檢查較大數(shù)量范圍內(nèi)的樣品可能有助于增加這一結(jié)果的統(tǒng)計(jì)顯著性。給出的數(shù)據(jù)表明,在橫跨染色體2q13大約400Kb區(qū)域內(nèi)存在一嚴(yán)重的連鎖不平衡。與預(yù)料中結(jié)果一樣,在IL-1基因內(nèi)三標(biāo)記上的不平衡連鎖十分強(qiáng),但是在一些離的較遠(yuǎn)的標(biāo)記(-899/3953;D~]]>=0.804,物理距離=50Kb)上,不平衡連鎖也十分強(qiáng)(表6)。然而,基因簇的極端之間的D~]]>迅速減小。在IL-1β基因內(nèi)獲得中等大小D~]]>值(+3953/-511;D~]]>=-0.617),盡管該值在經(jīng)多次比較校正后達(dá)不到顯著水平,但也可大致反應(yīng)不平衡在負(fù)方向上時(shí)能力的減弱(Thompson等,美國(guó)人類遺傳學(xué)雜志。42113-24(1988))??偟膩碚f,物理距離和連鎖不平衡之間有很好的相互關(guān)系(圖2);r=-0.752。r值本身的可靠性部分取決于對(duì)物理距離和D~]]>估計(jì)的可靠性。對(duì)于短距離,物理距離是精確的,因?yàn)樗菑囊阎腄NA序列確定,而對(duì)較長(zhǎng)距離的估計(jì)精確度要差些。能力值可暫時(shí)看作為D~]]>值可靠性的指示,如果能力值低表明樣品空間太小,用較少的樣品數(shù)量估計(jì)D~]]>值可能是不可靠的。表7表明使用精細(xì)組合方法是成功的,其中給出了幾個(gè)實(shí)例,即在特殊基因座之間的不平衡連鎖明顯很低或者用其它通常使用的方法不能檢測(cè)出。由于對(duì)組合所用信息是基于“觀察”單元型頻率(參見實(shí)施例2)的近似估計(jì)值,因此本文所應(yīng)用組合方法劣勢(shì)就在于它遠(yuǎn)不具實(shí)驗(yàn)性。由于有較高比例的清晰單元型的存在,對(duì)于多態(tài)態(tài)標(biāo)記越高的雜合性就意味著對(duì)δij值的估計(jì)越不精確。盡管存在這一弊端,還應(yīng)注意考慮δij的符合和大小幅度以及相關(guān)的等位基因的頻率。在對(duì)一范圍足夠大的樣品研究過程中,在確定組合時(shí),通過僅考慮清晰單元型簡(jiǎn)化該方法。確定δij值時(shí)應(yīng)用了最大量的有關(guān)多等位標(biāo)記的先進(jìn)知識(shí),這可能就是為什么檢測(cè)出了幾乎所有對(duì)等結(jié)合間的不平衡連鎖的原因。由于IL-1基因等位基因的特殊結(jié)合可能一致作用共同決定全面的炎性表型,所以兩個(gè)含有所有8個(gè)基因座的單元型,和其它較短的單元型都特別令人感興趣。理解哪個(gè)標(biāo)記處于堅(jiān)固的連鎖不平衡狀態(tài)中,不僅使基因研究中對(duì)基因的設(shè)計(jì)更加合理,而且也為疾病機(jī)理提供一定的線索。附加的等位基因也可能是IL-1(44112332)單元型的一部分。我們先前給出的5個(gè)新標(biāo)記與第IL1RN基因的VNTR標(biāo)記的等位基因2有關(guān)(Clay等,人類遺傳學(xué)。97723-6(1996))。雖然目前統(tǒng)計(jì)分析的證實(shí)還未完成,但這五個(gè)等位基因有可能處于連鎖不平衡狀態(tài)。因此,IL-1(44112332)單元型也可能包括這五個(gè)標(biāo)記。同樣地,Guasch在IL1RN中發(fā)現(xiàn)了3個(gè)附加的等位基因(Guasch等,細(xì)胞因子8598-602(1997)),這三個(gè)等位基因在小樣本(12個(gè)個(gè)體)中出現(xiàn)頻率相同。Guasch等位基因中的(MspI等位基因)是Clay研究中的8006等位基因。因此,Guasch發(fā)現(xiàn)的另外兩等位基因(MwoI和SspI等位基因)可能是本文發(fā)現(xiàn)的IL-1(4112332)單元型的一部分。然而,這應(yīng)得到確認(rèn)(如本文所描述的一樣),因?yàn)槭中〉臉颖敬笮】赡墚a(chǎn)生誤導(dǎo)性結(jié)果。Guasch也在IL1B基因中研究三等位基因。這些等位基因是等位基因5887(可能相當(dāng)于本文所說的IL1B基因+3953位置上的等位基因Taq),和(BsoFI)等位基因5810和等位基因1903(AluI)。這三個(gè)等位基因被說是處于“弱的連鎖不平衡”中,但是用一較大的樣本大小進(jìn)行準(zhǔn)確分類,可能表明AluI等位基因也是IL-1(4412332)單元型的一部分,因?yàn)門aqI與AluI等位基因的等位基因頻率是相似的(0.78/0.22對(duì)0.74/0.26)。然而,連鎖不平衡看起來要弱于Guasch描述的IL1RN等位基因不平衡連鎖。因此,除了本文已確定的等位基因外,IL-1(44112332)單元型還可能包括下列等位基因IL1RN基因的1731標(biāo)記的等位基因2(在位置1731)IL1RN基因的1812標(biāo)記的等位基因2(A在位置1812)IL1RN基因的1868標(biāo)記的等位基因2(G在位置1868)IL1RN基因的1887標(biāo)記的等位基因2(C在位置1887)IL1RN基因的8006標(biāo)記的等位基因2(含HpaII或MspI位點(diǎn))IL1RN基因的8061標(biāo)記的等位基因2(缺少M(fèi)woI位點(diǎn))IL1RN基因的9589標(biāo)記的等位基因2(含SspI位點(diǎn))此外,下列PCR引物可用來擴(kuò)增這些等位基因TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),(用于1731,1812,1868和1887號(hào)標(biāo)記)TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),(用于8006號(hào)標(biāo)記)CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),(與SEQIDNO.21一起用于8006號(hào)標(biāo)記)ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),(用于8006和9589號(hào)標(biāo)記)TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)(用于9589號(hào)標(biāo)記)。實(shí)施例4與糖尿病性腎病有關(guān)的IL-1(44112332)單元型對(duì)健康和有病人群進(jìn)行研究,根據(jù)其是否存在本文所說的兩種單元型,確定是否單元型與炎性疾病相關(guān)。將81名有腎病的非胰島素依賴性糖尿病(NIDDM)患者,與實(shí)施例3中的198名健康受試者(人種相配)及147名無腎病的NIDDM患者進(jìn)行比較。確定遺傳型如實(shí)施例1。79名NIDDM腎病患者中的24名,NIDDM無腎病患者141中的25名攜帶有IL-L(44112332)單元型。然而,在腎病患者(0/81)中未發(fā)現(xiàn)第二種單元型(33221461)。與健康的對(duì)照組(24/79對(duì)34/198;p=0.015)和NIDDM無腎病患者組(24/79對(duì)25/141;13=0.03)相比,在患者組中IL-1(44112332)單元型明顯得到過度表達(dá)。因此,該單元型與炎性疾病相關(guān)。實(shí)施例5與炎性疾病相關(guān)的IL-1單元型這是一個(gè)預(yù)示性例子。檢查其它疾病方法如實(shí)施例4。經(jīng)實(shí)例發(fā)現(xiàn)IL-1(44112332)單元型與冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚和潰爛性結(jié)腸炎有關(guān)。同樣地,IL-1(33221461)單元型與牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,牛皮癬,胰島素依賴性糖尿病,和糖尿病性視網(wǎng)膜病有關(guān)。實(shí)施例6與IL-1單元型連接的新標(biāo)記這是一個(gè)預(yù)示性例子。附加標(biāo)記通過2q13-14區(qū)域的序列和限制酶分析確定。這些新的標(biāo)記被鑒定屬于實(shí)施例2和3中描述的單元型。實(shí)施例7IL-1(44112332)單元型用來預(yù)測(cè)疾病易感性這是一個(gè)預(yù)示性例子。具有潰爛性結(jié)腸炎家族史的患者,確定其遺傳型以確定IL-1(44112332)單元型的存在與否。確定遺傳型完成過程如實(shí)施例1中描述,患者被確定攜帶一條或多條這種單元型的等位基因。這樣用IL-1拮抗劑治療患者以防止疾病發(fā)生。第二個(gè)具有冠狀動(dòng)脈疾病家族史的患者,在IL-1基因簇上確定其遺傳型。發(fā)現(xiàn)患者攜帶有一條或多條IL-1(44112332)單元型等位基因,并且與VNTR等位基因2同型。這樣,患者發(fā)生冠狀動(dòng)脈疾病的可能性是一般群體的5.4倍,應(yīng)采取強(qiáng)有力的治療措施防止疾病發(fā)生。實(shí)施例8附加單元型具統(tǒng)計(jì)顯著性這是一個(gè)預(yù)示性例子。如每一實(shí)施例1所述測(cè)定附加的400個(gè)染色體的類型以及如每一實(shí)施例2所示估計(jì)連鎖不平衡。發(fā)現(xiàn)IL-1(33221461)單元型的出現(xiàn)頻率比期望頻率(P~0.05)高4倍。按照類似的方法,可確定下列標(biāo)記也存在于(44112332)單元型中(P<<O.05)。IL1RN基因的1731標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的1812標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的1868標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的1887標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的8006標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的8061標(biāo)記的等位基因2IL1RN基因的9589標(biāo)記的等位基因2本文引用的所有文獻(xiàn)都已以參考文獻(xiàn)的形式包含于本發(fā)明的說明書中,為了方便參考在本文將其分別列出美國(guó)專利4,582,788號(hào)美國(guó)專利4,801,531號(hào)美國(guó)專利5,110,920號(hào)美國(guó)專利5,268,267號(hào)美國(guó)專利申請(qǐng)08/813,416號(hào)美國(guó)專利申請(qǐng)08/628,282號(hào)大不列顛專利申請(qǐng)9618960.0號(hào)Blakemore等,人類遺傳學(xué)。97(3)369-74(1996)Blakemore等,J.Clin.Endocrinol.80(1)111-5(1995)Blakemore等,風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。371380-85(1994)Clay等,人類分子遺傳學(xué)。97723-6(1996)Clay等,人類分子遺傳學(xué)。94407-10(1994)diGiovine等,人類分子遺傳學(xué)。1(6)450(1992)diGiovine等,細(xì)胞因子7(6)606(1995)Guasch等,細(xì)胞因子8598-602(1997)人類基因鍵手冊(cè),1994,JohnHopkins大學(xué)出版社Hill,遺傳學(xué),33229-39(1974)Pociot等,Eur.J.Clin.Invest.22396-402(1992)Mansfield等,Gastoenterol.106(3)637-42(1994)McDowell等,Br.J.Rheumatol.32(Supp1)182(1983)McDowell等,風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。38221-28(1995)Moling等,Scand.J.Immunol.27705-16(1988)Nicklin等,遺傳學(xué)382-4(1994)Nothwang等,遺傳學(xué)(在出版社)Pociot等,Eur.J.Clin.Invest.22396-402(1992)Spurr等,細(xì)胞遺傳學(xué)(在出版中,1996)Tarlow等,人類遺傳學(xué)。91403-4(1993)Tarlow等,J.Invest.Dermatol.103387-90(1994)Thompson等,美國(guó)人類遺傳學(xué)雜志。42113-24(1988)Todd和Naylor,核酸研究。193756(1991)Weir等,遺傳學(xué)。88633-42(1976)Wilson等,人類分子遺傳學(xué)。1(5)353(1992)Xie和Ott,人類基因組手冊(cè),美國(guó)JohnHopkins出版社,pp.188-98(1994)Zouros等,遺傳學(xué)。85543-50(1977)Zuliani等,美國(guó)人類遺傳學(xué)雜志。46963-69(1990)權(quán)利要求1.一種用于確定患者對(duì)炎性病癥的易感性的方法,所說的方法包括a.從患者取得生物學(xué)樣品;和b.檢測(cè)IL-1(44112332)單元型在所說的生物學(xué)樣品中存在與否,其中所說的IL-1(44112332)單元型的存在表明所說的患者對(duì)炎性病癥具有易感性。2.按照權(quán)利要求1的方法,其中所說的炎性病癥選自由以下疾病組成的組冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,和潰爛性結(jié)腸炎。3.按照權(quán)利要求1的方法,其中所說的檢測(cè)通過PCR擴(kuò)增所說的生物學(xué)樣品完成,PCR擴(kuò)增反應(yīng)利用至少一個(gè)選自下組的引物ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)。4.一種預(yù)測(cè)炎性病癥的診斷試劑盒,所說的試劑盒包含至少一種選自下組的寡核苷酸ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)。5.按照權(quán)利要求4的診斷試劑盒,該試劑盒還包含對(duì)照樣品。6.按照權(quán)利要求5的診斷試劑盒,其中所說的對(duì)照樣品包含一條或多條選自下組的等位基因IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因;Y31標(biāo)記的等位基因;IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1731標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1812標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1868標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1887標(biāo)記的等位基因;IL1RN的8006標(biāo)記的等位基因;IL1RN的8061標(biāo)記的等位基因;和IL1RN的9589標(biāo)記的等位基因。7.按照權(quán)利要求4的診斷試劑盒,其中所說的寡核苷酸包含-可檢測(cè)的標(biāo)記。8.按照權(quán)利要求7的診斷試劑盒,其還包含DNA取樣試劑,和PCR擴(kuò)增試劑。9.按照權(quán)利要求8的診斷試劑盒,其還包含DNA取樣裝置。10.一種確定患者對(duì)炎性病癥增加的易感性的方法,所說的方法包括a.從患者獲得DNA;和b.檢測(cè)所說的DNA中多個(gè)來自IL-1(44112332)單元型的等位基因;其中檢測(cè)到多個(gè)所說等位基因表明患者對(duì)炎性病癥的增加的易感性。11.按照權(quán)利要求10的方法,其中所說的多個(gè)等位基因選自由下列等位基因組成的組IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因4;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因4;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因1;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因1;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因2;IL1B的gaat.p33330標(biāo)記的等位基因3;Y31標(biāo)記的等位基因3;IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的1731標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的1812標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的1868標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的1887標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的8006標(biāo)記的等位基因2;IL1RN的8061標(biāo)記的等位基因2;和IL1RN的9589標(biāo)記的等位基因2。12.按照權(quán)利要求11的方法,其中所說的檢測(cè)過程包括DNA的PCR擴(kuò)增反應(yīng),擴(kuò)增反應(yīng)利用選自下組的引物,該引物組包括ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)。13.按照權(quán)利要求7的方法,其中所說的炎性病癥選自下列疾病組成的組冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,和潰爛性結(jié)腸炎。14.一種確定患者對(duì)炎性病癥增加的易感性的方法,所說的方法包括a.從患者獲得DNA;和b.檢測(cè)所說的DNA中的多個(gè)來自IL-1(33221461)單元型的等位基因;其中檢測(cè)到多個(gè)所說等位基因表明患者對(duì)的炎性病癥的增加的易感性,并且其中所說的炎性病癥選自下列疾病組成的組糖尿病性視網(wǎng)膜病,青少年慢性關(guān)節(jié)炎,牛皮癬,和胰島素依賴性糖尿病。15.按照權(quán)利要求14的方法,其中所說的多個(gè)等位基因選自由下列等位基因組成的組IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因3;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因3;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因2;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因2;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因1;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因4;Y31標(biāo)記的等位基因6;和IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因1。16.按照權(quán)利要求15的方法,其中所說的檢測(cè)過程包含DNA的PCR擴(kuò)增反應(yīng),擴(kuò)增反應(yīng)利用選自下組的引物,該引物組包括ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),和TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16)。17.一種預(yù)測(cè)患者對(duì)炎性病癥增加的易感性的方法,所說的方法包括a.從患者獲得DNA;和b.檢測(cè)一條或多條來自下組的等位基因IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因4;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因4;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因1;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因1;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因2;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因3;Y31標(biāo)記的等位基因3;IL1RN基因的1731標(biāo)記的等位基因2;IL1RN基因的1812標(biāo)記等位基因2;IL1RN基因的1868標(biāo)記的等位基因2;IL1RN基因的1887標(biāo)記的等位基因2;IL1RN基因的8006標(biāo)記的等位基因2;IL1RN基因的8061標(biāo)記的等位基因2;和IL1RN基因的9589標(biāo)記的等位基因2。其中檢測(cè)到所說的一條或多條等位基因表明患者對(duì)一種炎性病癥的增加的易感性,并且其中所說的炎性病癥選自下列疾病組成的組冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,和潰爛性結(jié)腸炎。18.按照權(quán)利要求17的方法,其中所說的檢測(cè)過程包括DNA的PCR擴(kuò)增反應(yīng),擴(kuò)增反應(yīng)利用選自下組的引物,該引物組包括ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16),TTACGCAGATAAGAACCAGTTTGG(SEQIDNO.17),TTTCCTGGACGCTTGCTCACCAG(SEQIDNO.18),TTCTATCTGAGGAACAACCAACTAGTAGC(SEQIDNO.19),CACCAGACTTGACACAGGACAGGCACATC(SEQIDNO.20),CGACCCTCTGGGAGAAAATCCAGCAAG(SEQIDNO.21),ACACAGGAAGGTGCCAAGCA(SEQIDNO.22),TGCAGACAGACGGGCAAAGT(SEQIDNO.23),TTGTGGGGACCAGGGGAGAT(SEQIDNO.24),和AGCCTGGCACTCTGCTGAAT(SEQIDNO.25)。19.一種預(yù)測(cè)患者對(duì)炎性病癥增加的易感性的方法,所說的方法包括a.從患者獲得DNA;和b.檢測(cè)一條或多條來自下組的等位基因ILIA的222/223標(biāo)記的等位基因3;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因3;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因1;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因4;Y31標(biāo)記的等位基因6;和IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因1。其中檢測(cè)到所說的一條或多條等位基因表明患者對(duì)炎性病癥的增加的易感性,并且其中所說的炎性病癥選自下列疾病組成的組糖尿病性視網(wǎng)膜病,牙周疾病,青少年慢性關(guān)節(jié)炎,牛皮癬,和胰島素依賴性糖尿病。20.按照權(quán)利要求13的方法,其中所說的檢測(cè)過程包括DNA的PCR擴(kuò)增反應(yīng),擴(kuò)增反應(yīng)利用的引物選自下列引物組成的組ATGTATAGAATTCCATTCCTG(SEQIDNO.1),TAAAATCAAGTGTTGATGTAG(SEQIDNO.2),GGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCG(SEQIDNO.3),TTAGTATTGCTGGTAGTATTCATAT(SEQIDNO.4),TGTTCTACCACCTGAACTAGG(SEQIDNO.5),TTACATATGAGCCTTCCATG(SEQIDNO.6),CTCAGGTGTCCTCGAAGAAATCAAA(SEQIDNO.7),GCTTTTTTGCTGTGAGTCCCG(SEQIDNO.8),TGGCATTGATCTGGTTCATC(SEQIDNO.9),GTTTAGGAATCTTCCCACTT(SEQIDNO.10),GAGGCGTGAGAATCTCAAGA(SEQIDNO.11),GTGTCCTCAAGTGGATCTGG(SEQIDNO.12),GGGCAACAGAGCAATGTTTCT(SEQIDNO.13),CAGTGTGTCAGTGTACTGTT(SEQIDNO.14),CTCAGCAACACTCCTAT(SEQIDNO.15),和TCCTGGTCTGCAGGTAA(SEQIDNO.16)。21.一種鑒定IL-1單元型中的附加標(biāo)記的方法,所說的方法包括a.從IL-1基因簇鑒定標(biāo)記,b.測(cè)量所說的標(biāo)記出現(xiàn)的頻率,并確定與IL-1單元型不平衡的程度。22.按照權(quán)利要求21的方法,其中所說的IL-1單元型是IL-1(44112332)單元型。23.按照權(quán)利要求21的方法,其中所說的IL-1單元型是IL-1(33221461)單元型。24.一種鑒定與IL-1單元型中等位基因相關(guān)的另外的炎性病癥的方法,所說的方法包括a.集中第一組患有炎性疾病的患者;b.集中第二組未患有所說的炎性疾病的患者;和c.鑒定來自第一和第二組患者IL-1單元型的等位基因,其中第一組患者與第二組相比,所說的等位基因得到過度表達(dá),表明所說的等位基因與所說的炎性疾病相關(guān)。25.按照權(quán)利要求24的方法,其中所說的IL-1單元型是IL-1(44112332)單元型。26.按照權(quán)利要求24的方法,其中所說的IL-1單元型是IL-1(33221461)單元型。27.一種用于DNA分型的等位基因梯,所說的等位基因梯包含多個(gè)選自下組的等位基因,該組由下列等位基因組成IL1A的222/223標(biāo)記的等位基因;IL1A的gz5/gz6標(biāo)記的等位基因;IL1A的-889標(biāo)記的等位基因;IL1B的+3953標(biāo)記的等位基因;IL1B的-511標(biāo)記的等位基因;gaat.p33330標(biāo)記的等位基因;Y31標(biāo)記的等位基因;IL1RN的VNTR標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1731標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1812標(biāo)記等位基因;IL1RN的1868標(biāo)記的等位基因;IL1RN的1887標(biāo)記的等位基因;IL1RN的8006標(biāo)記的等位基因;IL1RN的8061標(biāo)記的等位基因;和IL1RN的9589標(biāo)記的等位基因。全文摘要本文公開了用于檢測(cè)患者對(duì)炎性病癥的易感性的方法、化驗(yàn)分析過程以及使用的試劑盒,所說的炎性病癥諸如冠狀動(dòng)脈疾病,骨質(zhì)疏松癥,糖尿病性腎病,斑形脫發(fā),Graves疾病,全身紅斑狼瘡,硬化性苔蘚,潰爛性結(jié)腸炎,糖尿病性視網(wǎng)膜病,牙周疾病,青少年慢性風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,特別是慢性虹膜睫狀體炎,牛皮癬,胰島素依賴性糖尿病以及其它與IL-1遺傳組分有關(guān)的疾病。所說的方法包括從患者獲得生物學(xué)樣品,并且從與炎性病癥關(guān)聯(lián)的IL-1基因簇確定是否存在特殊的單元型。檢測(cè)到單元型中的至少一條等位基因表明對(duì)炎性病癥的易感性。文檔編號(hào)G01N33/50GK1278868SQ9880765公開日2001年1月3日申請(qǐng)日期1998年5月21日優(yōu)先權(quán)日1997年5月29日發(fā)明者戈登·達(dá)夫,安杰拉·考克斯,妮古拉·簡(jiǎn)·坎普,弗朗切斯科·薩韋,里奧·德焦維內(nèi)申請(qǐng)人:白介素遺傳學(xué)公司
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