0043] 表11:用于檢測突變Q546L的寡核巧酸
W44] 表12 :用于檢測突變G1049R的寡核巧酸
[0045] 表13 :用于檢測突變M1043I的寡核巧酸
[0046] 本發(fā)明的實施方案是用于檢測PIK3CA基因中密碼子1042和1050之間的一個或 多個核巧酸位置的突變的寡核巧酸，所述寡核巧酸與選自SEQIDNO: 2、18、39、208和219 的一個或多個序列至少90%相同并且具有其3' -端核巧酸。寡核巧酸可W包含與所述序列 之一的3個或更少錯配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒數(shù)第二的5個核巧酸中的至 少一個錯配。寡核巧酸可W進(jìn)一步包含在3' -端的末端5個核巧酸中至少一個經(jīng)修飾的核 巧酸。寡核巧酸特別適合用于檢測突變M1043I、化04化、H1047R、化047Y和/或化049R中 的一個或多個。
[0047] 本發(fā)明的另一個實施方案是用于檢測PIK3CA基因中突變N345K的寡核巧酸，所述 寡核巧酸與SEQIDNO: 61至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸。寡核巧酸可W包含與 SEQIDNO: 61的3個或更少錯配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒數(shù)第二的5個核巧 酸中至少一個錯配。寡核巧酸可W進(jìn)一步包含在3' -端的末端5個核巧酸中至少一個經(jīng)修 飾的核巧酸。
[0048] 本發(fā)明的另一個實施方案是用于檢測PIK3CA基因中密碼子541和547之間一個 或多個核巧酸位置的突變的寡核巧酸，所述寡核巧酸與選自SEQIDNO: 84、99、126、148、 168、185和197的一個或多個序列至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸。寡核巧酸可W 包含與所述序列之一的3個或更少的錯配，排除3' -端核巧酸和/或在3' -端倒數(shù)第二的5 個核巧酸中至少一個錯配。寡核巧酸可W進(jìn)一步包含在3' -端的末端5個核巧酸中至少一 個經(jīng)修飾的核巧酸。寡核巧酸特別適合用于檢測突變E542K、E545A、E545G、E545K、Q546K、 Q546L和/或Q546E中的一個或多個。
[0049] 在另一個實施方案中，本發(fā)明是檢測選自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、 E545A、E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q54犯、Q54化和Q546K的人PI3KCA(PIK3CA)基因 中突變W及同時詢問上文列舉的突變的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13個的診斷 方法，其使用選自沈QIDNO: 2、18、39、61、84、99、126、148、168、185、197、208、219的寡 核巧酸或與所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3'-端核巧酸的變體（variations)。在 該實施方案的變化中，方法包括使用選自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、 194、199、217和228的一個或多個寡核巧酸。方法包括在對應(yīng)的下游引物和檢測探針的存 在下將含有核酸的測試樣品與一個或多個寡核巧酸接觸。有利地，位置相近的突變的檢測 可W在單一反應(yīng)中執(zhí)行。在一些實施方案中，單一反應(yīng)含有兩個或多個等位基因特異性寡 核巧酸，例如，SEQIDNO: 8、21和46可W連同單一下游引物和單一檢測探針在一個反應(yīng) 混合物中組合。相似地，單一反應(yīng)物（asinglereaction)可W含有沈QIDNO: 93、113、 141、166、170和199中的兩個或多個，可W連同單一下游引物和單一檢測探針在一個反 應(yīng)混合物中組合。方法包括在對應(yīng)的下游引物（即能夠雜交至祀核酸的相反鏈（opposite strand)從而能夠進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增的引物)、核巧=憐酸和核酸聚合酶的存在下將含有核酸的 測試樣品與一個或多個寡核巧酸接觸，使得只有當(dāng)PI3KCA突變在樣品中存在時一個或多 個等位基因特異性引物才有效地延伸；和通過直接或間接檢測引物延伸的存在或不存在來 檢測PI3KCA突變的存在或不存在。
[0050] 在特別的實施方案中，使用探針檢測引物延伸的存在?？蒞使用放射性的、或發(fā) 色團(tuán)（巧光團(tuán)）標(biāo)記，例如滲入FAM、JA270、CY5家族染料或肥X染料的標(biāo)記將探針標(biāo)記。作 為使用巧光標(biāo)記的探針檢測的一個實例，突變可W通過實時聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（rt-PCR)進(jìn) 行檢測，其中探針的雜交導(dǎo)致探針的酶消化和產(chǎn)生巧光的檢測（TaqMan?probemethod, Holland掌(1991)P.N.A.S.USA88:7276-7280)?？蛇x地，延伸產(chǎn)物和擴(kuò)增產(chǎn)物的存 在可W如例如在Sambrook,J.和Russell,D.W. (2001)必〇知細(xì)知rC/o打i打供第3版. CS化Press,第5和9章中描述的，通過凝膠電泳隨后染色或印跡并雜交進(jìn)行檢測。
[0051] 在另一個實施方案中，本發(fā)明是治療患者的方法，所述患者具有可能含有具有突 變體PI3KCA基因的細(xì)胞的腫瘤。方法包括將來自患者的樣品與選自SEQIDNO: 2、18、 39、61、84、100巧9)、127 (126)、148、170 (168)、185、197、208、219的一個或多個寡核巧酸 或與所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3' -端核巧酸的變體接觸，在一個或多個對應(yīng) 的第二引物的存在下執(zhí)行等位基因特異性擴(kuò)增，并且通過檢測引物延伸的存在或不存在來 檢測PI3KCA突變的存在或不存在，并且如果發(fā)現(xiàn)或未發(fā)現(xiàn)至少一個突變，對患者實施合適 的治療方案。在一些實施方案中，治療包括施用由PI3KCA基因編碼的蛋白質(zhì)（pllO-a蛋 白）的抑制劑。在其它實施方案中，如果沒有發(fā)現(xiàn)PI3KCA突變，治療包括施用通路上游蛋 白質(zhì)的抑制劑，例如EGH?蛋白，并且如果發(fā)現(xiàn)突變，則施用可選的治療。在該實施方案的變 化中，方法包括將來自患者的樣品與選自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、 194、199、217和228的一個或多個寡核巧酸接觸。
[0052] 在還另一個實施方案中，本發(fā)明是含有試劑的試劑盒，所述試劑用于檢測PI3KCA 基因中的突變，特別是選自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、 010493、]\110431、95466、954化和95461(的突變，^及同時詢問上文列舉的突變的1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12或13個。試劑包括選自沈9 10^:2、18、39、61、84、100巧9)、127 (126)、148、170 (168)、185、197、208、219的一個或多個寡核巧酸，或與所述寡核巧酸至少 90%相同并且具有其3'-端核巧酸的變體，一個或多個對應(yīng)的第二引物，和任選地，一個或 多個探針。在該實施方案的變化中，試劑包括選自SEQIDNO: 11、32、46、78、93、113、141、 166、170、194、199、217和228的一個或多個寡核巧酸。試劑盒可W進(jìn)一步包含擴(kuò)增和檢測 測定的執(zhí)行所需的試劑，諸如核巧=憐酸、核酸聚合酶和聚合酶功能所需的緩沖液。在一些 實施方案中，探針是可檢測地標(biāo)記的。在運(yùn)樣的實施方案中，試劑盒可W包含用于標(biāo)記和檢 測標(biāo)記的試劑。
[0053] 在還另一個實施方案中，本發(fā)明是反應(yīng)混合物，其用于檢測PI3KCA基因中的突 變，特別是選自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、E545G、E545K、G1049R、 M1043I、Q546E、Q54化和Q546K的突變，W及同時詢問上文列舉的突變的1、2、3、4、5、6、7、8、 9、10、11、12或13個。混合物包含選自沈910側(cè)：2、18、39、61、84、100、127、148、170、185、 197、208、219的一個或多個寡核巧酸或與所述寡核巧酸至少90%相同并且具有其3' -端核 巧酸的變體，一個或多個對應(yīng)的第二引物，和任選地，一個或多個探針。在該實施方案的變 化中，反應(yīng)混合物包含選自沈QIDNO: 8、21、46、78、93、113、141、166、170、194、199、217和 228的一個或多個寡核巧酸。反應(yīng)混合物可W進(jìn)一步包含試劑，諸如核巧=憐酸、核酸聚合 酶和對聚合酶功能所需的緩沖液。
[0054] 在還另一個實施方案中，本發(fā)明是在患者中評估癌癥的方法，其通過在患者樣品 中檢測PI3KCA基因中的突變，特別是選自H1047LH1047R、H1047Y、N345K、E542K、E545A、 E545G、E545K、G1049R、M1043I、Q546E、Q54化和Q546K的突變W及同時詢問上文列舉的突 變的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12或13個，對于每個突變，使用選自沈QIDNO: 2、 18、39、61、84、100、127、148、170、185、197、208、219 的寡核巧酸或與所述寡核巧酸至少 90% 相同并且具有其3'-端核巧酸