本發(fā)明涉及分子生物學(xué)及遺傳育種領(lǐng)域，具體涉及一種與豬肉品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、隨著人民生活水平的提高以及養(yǎng)殖企業(yè)的集約化發(fā)展，市場對高肉質(zhì)品質(zhì)豬品種的需求日益增長，這促使養(yǎng)殖業(yè)面臨新的挑戰(zhàn)。肉質(zhì)是一種復(fù)雜性狀，受到多個指標的影響，它們主要包括肉色、嫩度、ph值、失水率、大理石紋、肌內(nèi)脂肪含量、肌纖維性狀等，其中肌內(nèi)脂肪含量和肌纖維的組成是影響豬肉品質(zhì)的兩個主要因素。肌內(nèi)脂肪是肌束中沉積在肌纖維間的脂肪，其主要成分是磷脂和甘油三酯，肌內(nèi)脂肪大量沉積從而形成大理石紋，大理石紋和肌內(nèi)脂肪是豬肉品質(zhì)的重要指標，它們會直接影響豬肉的風(fēng)味和多汁性，因此適宜的肌內(nèi)脂肪含量是優(yōu)質(zhì)豬肉的重要標準。豬的肉質(zhì)品質(zhì)與瘦肉率的調(diào)控是一個涉及基因、飼養(yǎng)管理和環(huán)境因素相互作用的復(fù)雜過程。有效控制豬肉的肉質(zhì)品質(zhì)，優(yōu)化瘦肉率，不僅可以提高肉質(zhì)品質(zhì)，滿足市場需求，同時也能增強養(yǎng)殖效率，為養(yǎng)殖業(yè)帶來更大的經(jīng)濟效益。

2、近年來，分子遺傳技術(shù)的飛速發(fā)展，使dna分子標記技術(shù)在豬遺傳多樣性研究中起著重要作用，為更好地開發(fā)和利用優(yōu)良品種的優(yōu)良經(jīng)濟特性及保護和合理的利用品種資源，有必要開發(fā)豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀特異的分子標記，應(yīng)用于高肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬的選育，為豬的分子育種提供理論依據(jù)。通過farmgtex數(shù)據(jù)庫中查詢，gas7基因(growth?arrest-specificgene?7，gas7)是一種組織光譜表達的基因，在神經(jīng)、脂肪、肌肉、骨骼組織中均表達。與野生型小鼠相比，小鼠中敲除gas7后增加脂肪含量，脂肪和肌肉比例發(fā)生改變，對應(yīng)的肉質(zhì)品質(zhì)性狀也發(fā)生改變。通過rna-seq數(shù)據(jù)分析，該基因在大白和馬身豬的背最長肌組織中顯著差異表達，在大白豬(低肉質(zhì)品質(zhì)組)中高表達，在馬身豬(高肉質(zhì)品質(zhì)組)中低表達。但是基于gas7基因的與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記還沒有獲得充分研究。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決以上問題，本發(fā)明提出一種與豬肉品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記及其應(yīng)用。

2、本發(fā)明提供了一種與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記，所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no:1所示，所述snp分子標記位于豬參考基因組sscrofa11.1版本第12號染色體第54801192-54801193bp處，所述snp分子標記位于對應(yīng)seq?id?no:1第61-62bp處，堿基從gt突變?yōu)閍c；所述snp分子標記的基因型為ac/ac的個體具有高豬肉品質(zhì)性狀；所述snp分子標記的基因型為gt/gt或gt/ac的個體具有低豬肉品質(zhì)性狀；在育種時通過保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體來提高后代豬的豬肉品質(zhì)。

3、進一步，檢測所述snp分子標記的引物組合包括如seq?id?no:2所示的正向引物和如seq?id?no:3所示的反向引物。

4、本發(fā)明同時提供了所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，所述應(yīng)用包括豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀的選育、培育高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬品系、豬的遺傳改良、篩選高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀仔豬。

5、進一步，應(yīng)用于豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀的選育時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體。

6、進一步，應(yīng)用于培育高生長性狀豬品系時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體作為留種豬，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，并對作為留種豬的公、母豬進行配種，再對配種出生的豬檢測所述snp分子標記，保留基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，再進行繁育，獲得豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬品系。

7、進一步，應(yīng)用于豬的遺傳改良時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體作為留種豬，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，并對作為留種豬的公、母豬進行配種，在后代中繼續(xù)選留基因型為ac/ac的種豬個體，淘汰gt/gt或gt/ac基因型個體，以逐代提高后代豬群體中等位基因ac的頻率，從而提高后代種豬的豬肉質(zhì)品質(zhì)。

8、進一步，應(yīng)用于篩選高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀仔豬時，先檢測待篩選仔豬的所述snp分子標記，檢測出的snp分子標記的基因型為ac/ac時，該待篩選仔豬具有高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀，予以保留；檢測出的snp分子標記的基因型為gt/gt或gt/ac時，該待篩選仔豬具有低豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀，予以淘汰。

9、本發(fā)明的有益效果如下：

10、1.本發(fā)明通過大白和民豬雜交資源群3代總共675頭個體(f0代19頭，f1代55頭，f2代601頭)的全基因組重測序的數(shù)據(jù)開展gwas分析發(fā)現(xiàn)gas7為豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)的基因，結(jié)合功能注釋發(fā)現(xiàn)gas7的2號內(nèi)含子(chr12-54801192-3:gt>ac)是豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀顯著關(guān)聯(lián)的snp，該位點的突變改變轉(zhuǎn)錄因子zbtb14的結(jié)合能力從而調(diào)控gas7基因的表達量，影響豬的肉質(zhì)品質(zhì)性狀。chr12-54801192-3:gt>ac可以作為與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記，該標記不同基因型豬的肌內(nèi)脂肪含量有極顯著差異；分子標記基因型cc的平均脂率為7.43％，分子標記基因型為gt/gt的平均脂率為2.36％，a等位基因顯著提高肉質(zhì)品質(zhì)，ac/ac基因型為優(yōu)勢基因型。由此，通過對該分子標記進行應(yīng)用，就可以大大提高豬肉質(zhì)品質(zhì)，提高豬的生產(chǎn)性能，加快種豬的遺傳改良進展和育種進程。

11、2.通過檢測所述snp分子標記基因型輔助種豬選育，可通過選留ac/ac基因型種豬，能有效提高豬肉質(zhì)品質(zhì)，便于后續(xù)種豬的綜合育種。

12、3.將所述snp分子標記應(yīng)用于種豬高肉質(zhì)品質(zhì)性狀選育，經(jīng)過選育的豬可以有效提高肉質(zhì)品質(zhì)，提高種豬的生產(chǎn)性能。

13、4.將所述snp分子標記應(yīng)用在培育高肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬品系上，可以獲得在育肥期具有高肉質(zhì)品質(zhì)性狀的豬品系，從而提高該品系豬的生產(chǎn)性能，加快種豬的遺傳改良進展和育種進程。

14、5.將所述snp分子標記應(yīng)用于豬的遺傳改良上，可以大大縮短遺傳育種年限，提高豬肉質(zhì)品質(zhì)，加快種豬的遺傳改良進展和育種進程。

15、6.將所述snp分子標記應(yīng)用在篩選高肉質(zhì)品質(zhì)遺傳性狀的仔豬上，可以在仔豬階段就篩選出具有高肉質(zhì)品質(zhì)性狀的種豬，并對其進行選留，由此在仔豬階段就對種豬的肉質(zhì)品質(zhì)性狀進行了選育，可以大大提高育種效率，節(jié)約飼養(yǎng)成本。

技術(shù)特征：

1.一種與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，所述snp分子標記的核苷酸序列如seq?id?no:1所示，所述snp分子標記位于豬參考基因組sscrofa11.1版本第12號染色體第54801192-54801193bp處，所述snp分子標記位于對應(yīng)seqid?no:1第61-62bp處，堿基從gt突變?yōu)閍c；所述snp分子標記的基因型為ac/ac的個體具有高豬肉品質(zhì)性狀；所述snp分子標記的基因型為gt/gt或gt/ac的個體具有低豬肉品質(zhì)性狀；在育種時通過保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體來提高后代豬的豬肉品質(zhì)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，檢測所述snp分子標記的引物組合包括如seq?id?no:2所示的正向引物和如seq?idno:3所示的反向引物。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，所述應(yīng)用包括豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀的選育、培育高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬品系、豬的遺傳改良、篩選高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀仔豬。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，應(yīng)用于豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀的選育時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，應(yīng)用于培育高生長性狀豬品系時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體作為留種豬，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，并對作為留種豬的公、母豬進行配種，再對配種出生的豬檢測所述snp分子標記，保留基因型為ac/ac的個體，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，再進行繁育，獲得豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀豬品系。

6.根據(jù)權(quán)利要求3所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，應(yīng)用于豬的遺傳改良時，先檢測后備種豬的所述snp分子標記，再保留所述snp分子標記基因型為ac/ac的個體作為留種豬，淘汰基因型為gt/gt或gt/ac的個體，并對作為留種豬的公、母豬進行配種，在后代中繼續(xù)選留基因型為ac/ac的種豬個體，淘汰gt/gt或gt/ac基因型個體，以逐代提高后代豬群體中等位基因ac的頻率，從而提高后代種豬的豬肉質(zhì)品質(zhì)。

7.根據(jù)權(quán)利要求3所述與豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀相關(guān)的snp分子標記在豬育種中的應(yīng)用，其特征在于，應(yīng)用于篩選高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀仔豬時，先檢測待篩選仔豬的所述snp分子標記，檢測出的snp分子標記的基因型為ac/ac時，該待篩選仔豬具有高豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀，予以保留；檢測出的snp分子標記的基因型為gt/gt或gt/ac時，該待篩選仔豬具有低豬肉質(zhì)品質(zhì)性狀，予以淘汰。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及一種與豬肉品質(zhì)性狀相關(guān)的SNP分子標記及其應(yīng)用，所述SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO:1所示，所述SNP分子標記位于豬參考基因組Sscrofa11.1版本第12號染色體第54801192?54801193bp處，所述SNP分子標記位于對應(yīng)SEQ?ID?NO:1第61?62bp處，堿基從GT突變?yōu)锳C；所述SNP分子標記的基因型為AC/AC的個體具有高豬肉品質(zhì)性狀；所述SNP分子標記的基因型為GT/GT或GT/AC的個體具有低豬肉品質(zhì)性狀；在育種時通過保留所述SNP分子標記基因型為AC/AC的個體，淘汰基因型為GT/GT或GT/AC的個體來提高后代豬的豬肉品質(zhì)。

技術(shù)研發(fā)人員：李建波,張亞平,謝海兵,王立賢,王立剛,高云,母昌概,高軒宇
受保護的技術(shù)使用者：中國科學(xué)院昆明動物研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2025/1/2