本發(fā)明涉及分子標(biāo)記鑒定領(lǐng)域，具體涉及一種檢測(cè)水稻不同熟期的snp標(biāo)記、標(biāo)記引物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、水稻(oryza?sativa?l.)是世界上最重要的糧食作物之一。抽穗期是決定品種地區(qū)與季節(jié)適應(yīng)性的重要農(nóng)藝性狀，因此對(duì)抽穗期基因的等位基因挖掘?qū)ζ贩N改良具有重要的理論意義，而功能標(biāo)記的開發(fā)直接體現(xiàn)其應(yīng)用價(jià)值。2012年，matsubara等用圖位克隆的方法發(fā)現(xiàn)了水稻抽穗期相關(guān)基因hd17，并將該基因定位在水稻第6染色體上(matsubara?etal.,2012)。在基因的單倍型研究方面，matsubara等2012年研究的材料分為3種單倍型(第一類是日本晴，第二類是kasalath，第三類是koshihikari)，其中，1673位置的snp差異，使得氨基酸從l變?yōu)閟，引起了基因功能的改變。隨后他們檢測(cè)了亞洲栽培稻(秈稻和粳稻)和野生稻材料在該功能位點(diǎn)的堿基變異，發(fā)現(xiàn)粳稻少數(shù)為t(與日本晴一致)，多數(shù)為c；秈稻極個(gè)別為t，其余均為c；野生稻均為c(與koshihikari一致)；換句話說，粳稻有少數(shù)材料在該功能位點(diǎn)堿基與日本晴一致，而秈稻和野生稻則基本和koshihikari一致(matsubaraetal.,2012)。

2、以現(xiàn)有報(bào)道來看，分析hd17基因snp變化的材料不全面，其第3869位置的snp(c/t)差異作為鑒定水稻品種或進(jìn)化的功能標(biāo)記尚存在證據(jù)不足，唯一性不夠，不能很好應(yīng)用到品種培育中。在matsubara?et?al(2012)的研究中提出3869位置的‘koshihikari’snp(c)主要分布在秈稻和野生稻中，而‘nipponbare’snp(t)主要分布在粳稻中，但由于材料個(gè)數(shù)有限不能得到確切的結(jié)論，且沒有明顯的地理分布差異。水稻抽穗期決定水稻的地域適應(yīng)性并影響其產(chǎn)量，更多等位基因的挖掘?qū)λ緝?yōu)良品種培育提供更多選擇。目前，水稻抽穗期基因的研究材料，都是集中在亞洲栽培稻和部分的野生稻中，沒有涉及到非洲稻，基于此，本研究除了亞洲栽培稻、野生稻，還有引入非洲稻材料，拓寬研究的基礎(chǔ)，對(duì)于研究一個(gè)基因的等位變異和功能標(biāo)記的開發(fā)，將更加全面和有說服力?？傊?，hd17基因還有更多、更深入的功能需要挖掘，所開發(fā)的功能標(biāo)記在優(yōu)良品種培育的篩選和鑒定中具有顯著的應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是提供一種檢測(cè)水稻不同熟期的snp標(biāo)記和標(biāo)記引物，該標(biāo)記引物能快速篩查和確認(rèn)材料的snp位點(diǎn)信息，可根據(jù)不同地區(qū)對(duì)水稻熟期的需求選擇不同snp組合的材料進(jìn)行種植，有效提高水稻不同地區(qū)品種種植的適應(yīng)性，可用于種質(zhì)資源的篩查，為水稻分子育種工作提供助力。

2、為了達(dá)到上述目的，本發(fā)明提供了一種水稻snp標(biāo)記在水稻不同熟期檢測(cè)中的應(yīng)用，該snp標(biāo)記包含水稻hd17基因在第二外顯子1016位置的c/t突變和第四外顯子1673位置的t/c突變。

3、本發(fā)明還提供了一種檢測(cè)水稻不同熟期的snp標(biāo)記引物，該標(biāo)記引物包含snp1016和snp1673，其引物的核苷酸序列分別為seq?id?no.3～5和seq?id?no.6～8所示。

4、本發(fā)明還提供了一種檢測(cè)水稻不同熟期的試劑盒，該試劑盒包含核苷酸序列分別為seq?id?no.3～5和seq?id?no.6～8所示的標(biāo)記引物。

5、本發(fā)明提供的標(biāo)記引物可用于水稻育種中，包含水稻熟期的鑒定和不同熟期的水稻種質(zhì)資源篩查。

6、本發(fā)明還提供了一種水稻不同熟期的鑒定方法，包含如下步驟：

7、(1)提取待測(cè)水稻植株的基因組dna；

8、(2)以提取的基因組dna為模板，利用上述的標(biāo)記引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

9、(3)通過擴(kuò)增結(jié)果判斷水稻的熟期表型，當(dāng)檢測(cè)水稻的兩個(gè)snp位點(diǎn)基因型為tc型時(shí)，待測(cè)水稻為最晚熟；當(dāng)為cc型時(shí)，待測(cè)水稻為中熟，當(dāng)為ct型時(shí)，待測(cè)水稻為最早熟。

10、優(yōu)選地，上述pcr擴(kuò)增的程序?yàn)?4℃15min；94℃20sec，61-55℃60sec，94℃20sec，采用touch-down的-0.6℃/cycle，共10個(gè)cycles；94℃20sec；57℃60sec，共28個(gè)cycles。

11、本發(fā)明具有以下優(yōu)點(diǎn)：

12、本發(fā)明首次開發(fā)并公開了兩個(gè)snp位點(diǎn)，該位點(diǎn)突變的不同基因能導(dǎo)致水稻不同熟期的表型差異，該snp位點(diǎn)可以作為一種snp標(biāo)記，通過對(duì)該標(biāo)記的檢測(cè)可用于水稻熟期表型的檢測(cè)和鑒定，在水稻育種工作中具有實(shí)際的前瞻應(yīng)用價(jià)值。

13、本發(fā)明公開了針對(duì)上述兩個(gè)snp位點(diǎn)標(biāo)記所開發(fā)的標(biāo)記引物，通過pcr擴(kuò)增即可實(shí)現(xiàn)所檢測(cè)水稻材料的熟期表型的檢測(cè)鑒定，可根據(jù)不同地區(qū)對(duì)水稻熟期的需求選擇不同snp組合的材料進(jìn)行種植，有效提高水稻不同地區(qū)品種種植的適應(yīng)性，可用于種質(zhì)資源的篩查，在水稻分子育種工作中具有顯著的應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)特征：

1.一種水稻snp標(biāo)記在水稻不同熟期檢測(cè)中的應(yīng)用，其特征在于，該snp標(biāo)記包含水稻hd17基因在第二外顯子1016位置的c/t突變和第四外顯子1673位置的t/c突變。

2.一種檢測(cè)水稻不同熟期的snp標(biāo)記引物，其特征在于，所述標(biāo)記引物包含snp1016和snp1673，其引物的核苷酸序列分別為seq?id?no.3～5和seqid?no.6～8所示。

3.一種檢測(cè)水稻不同熟期的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含如權(quán)利要求2所述的標(biāo)記引物。

4.如權(quán)利要求2所述的標(biāo)記引物在水稻育種中的應(yīng)用。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的應(yīng)用包含水稻熟期的鑒定和不同熟期的水稻種質(zhì)資源篩查。

6.一種水稻不同熟期的鑒定方法，其特征在于，包含如下步驟：

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的鑒定方法，其特征在于，所述pcr擴(kuò)增的程序?yàn)?4℃15min；94℃20sec，61-55℃60sec，采用touch-down的-0.6℃/cycle，共10個(gè)cycles；94℃20sec；57℃60sec，共28個(gè)cycles。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種檢測(cè)水稻不同熟期的SNP標(biāo)記、標(biāo)記引物及其應(yīng)用，該SNP標(biāo)記為Hd17基因在第二外顯子1016位置的C/T突變和第四外顯子1673位置的T/C突變，針對(duì)該突變開發(fā)了可鑒定該位點(diǎn)突變信息的標(biāo)記引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO.3～8所示，經(jīng)驗(yàn)證可知，本發(fā)明針對(duì)該SNP標(biāo)記所開發(fā)的標(biāo)記引物，能快速篩查和確認(rèn)材料的SNP位點(diǎn)信息，且檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確，可用于種質(zhì)資源的篩查，可以根據(jù)不同地區(qū)對(duì)水稻熟期的需求選擇不同SNP組合的材料進(jìn)行種植，將有效提高水稻不同地區(qū)品種種植的適應(yīng)性，為水稻分子育種工作提供助力。

技術(shù)研發(fā)人員：李筠,楊自鳳,李皓,柴昕岳,陳子晟,劉晉,劉倩琪,楊瓊思,李孔會(huì)
受保護(hù)的技術(shù)使用者：深圳市農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全檢驗(yàn)檢測(cè)中心（深圳市動(dòng)植物疫病預(yù)防控制中心）
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/23