使用配體文庫(kù)的診斷和治療方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及使用配體文庫(kù)的診斷和治療方法。具體地，本發(fā)明涉及使用配體文庫(kù)診斷或檢測(cè)藥物誘導(dǎo)應(yīng)答，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答包括藥物不良反應(yīng)、副作用、藥物抗性和治療效果。本發(fā)明還涉及鑒定與藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的生物標(biāo)記且提供個(gè)體化醫(yī)學(xué)治療。
【專利說(shuō)明】使用配體文庫(kù)的診斷和治療方法
[0001]與相關(guān)申請(qǐng)的交叉參考
[0002]本申請(qǐng)要求分別于2011年3月24日、2011年5月31日和2012年I月6日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)61/467，256,61/491, 717和61/583，881的優(yōu)先權(quán)，所有所述專利申請(qǐng)均全文以引用方式并入本文。
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0003]本發(fā)明涉及使用配體文庫(kù)及由其衍生的活性化合物的診斷和治療方法。具體地，本發(fā)明涉及使用配體文庫(kù)發(fā)現(xiàn)用于測(cè)定疾病生物標(biāo)記概況且診斷或檢測(cè)藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的配體，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答包括藥物不良反應(yīng)、副作用、藥物抗性和治療效果。本發(fā)明還涉及鑒定與藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的生物標(biāo)記且提供個(gè)體化醫(yī)學(xué)治療。
【背景技術(shù)】
[0004]小分子微陣列變成組合化學(xué)中越來(lái)越重要的工具。陣列一般通過(guò)下述產(chǎn)生:首先在合適的珠樹(shù)脂上合成組合文庫(kù)，將珠分離到微量滴定板的孔內(nèi)，并且隨后從珠中釋放化合物。隨后將所得的溶液用機(jī)器點(diǎn)在化學(xué)修飾的玻璃載玻片上，使得文庫(kù)衍生的分子共價(jià)附著至表面。作為另外一種選擇，存在用于在陣列表面上原位合成特定種類(lèi)的化合物的方法。迄今為止最常見(jiàn)的小分子微陣列應(yīng)用是作為用于文庫(kù)篩選的通用平臺(tái)，通常目的為鑒定關(guān)于給定目的蛋白質(zhì)的小分子配體。
[0005]美國(guó)專利公開(kāi)2007/0003954公開(kāi)了使用小分子微陣列的蛋白質(zhì)和抗體概況分析。本申請(qǐng)公開(kāi)了與配體結(jié)合部分結(jié)合的配體，其中所述配體排列在用于篩選生物標(biāo)記和分子指紋的合成分子陣列中。其中描述的具體陣列包括例如具有與陣列結(jié)合的7680種不同化合物的類(lèi)肽微陣列。在那個(gè)公開(kāi)中，基于珠的文庫(kù)用作制備類(lèi)肽的起始方法，所述類(lèi)肽隨后轉(zhuǎn)移至微陣列以篩選生物液體，在該微陣列上具有可尋址的定位。篩選導(dǎo)致陣列上對(duì)于復(fù)雜生物混合物中的任何特定蛋`白質(zhì)的獨(dú)特模式或分子指紋。在此以引用方式并入的美國(guó)專利申請(qǐng)2010/0303805公開(kāi)了可用于在生物液體中篩選與中樞神經(jīng)系統(tǒng)障礙相關(guān)的生物標(biāo)記的特定類(lèi)肽和診斷陣列。其中公開(kāi)的用于在其中形成陣列的具體單體也可用于本發(fā)明的新篩選方法中，條件是該文庫(kù)擴(kuò)大至數(shù)目大得多的珠/類(lèi)肽或珠/配體，例如大于IOOK至 150MM。
[0006]本申請(qǐng)的發(fā)明人已發(fā)現(xiàn)顯著更大的基于珠的文庫(kù)(相對(duì)于用于抗體生物標(biāo)記的基于微陣列的篩選或用于細(xì)胞的基于珠的篩選)可在適當(dāng)條件下用于直接篩選復(fù)雜生物樣品，以發(fā)現(xiàn)藥物應(yīng)答相關(guān)生物標(biāo)記以及與此類(lèi)配體結(jié)合部分結(jié)合的顯著更大的配體庫(kù)。這個(gè)顯著更大的庫(kù)包括顯著改善數(shù)目的高親和力配體，其充當(dāng)診斷工具以及潛在治療學(xué)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0007]在一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供抗體文庫(kù)。在示例性實(shí)施例中，本發(fā)明提供基于珠的大型隨機(jī)配體文庫(kù)，包括隨機(jī)類(lèi)肽配體文庫(kù)。[0008]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于診斷受試者中的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而診斷所述受試者中的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答。在一個(gè)示例性實(shí)施例中，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答是不良反應(yīng)，在另一個(gè)示例性實(shí)施例中，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答是副作用。在另一個(gè)示例性實(shí)施例中，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答是針對(duì)所述藥物的抗性。在另一個(gè)示例性實(shí)施例中，所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答是其治療功效包括劑量功效。
[0009]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于治療受試者中的疾病的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與針對(duì)用于治療所述疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)；基于針對(duì)所述應(yīng)答的所述一種或多種標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)的測(cè)定，給所述受試者施用所述藥物，從而治療所述受試者中的所述疾病。
[0010]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于檢測(cè)受試者中針對(duì)藥物的不良反應(yīng)危險(xiǎn)的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述危險(xiǎn)相關(guān)，從而檢測(cè)所述受試者中針對(duì)所述藥物的所述不良反應(yīng)危險(xiǎn)。
[0011]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于就針對(duì)治療疾病的藥物的應(yīng)答來(lái)概況分析一個(gè)或多個(gè)受試者的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與關(guān)于所述藥物的所述應(yīng)答相關(guān)，從而就針對(duì)治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答來(lái)概況分析所述一個(gè)或多個(gè)受試者。
[0012]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于鑒定與用于治療疾病的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記的方法，該方法包括:從受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述生物樣品篩選配體文庫(kù)；測(cè)定在所述樣品中的標(biāo)記與文庫(kù)中 的配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述標(biāo)記是否與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而鑒定與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的所述標(biāo)記。
[0013]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于鑒定與針對(duì)用于治療疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記的方法，該方法包括:從顯示出針對(duì)用于治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答的一個(gè)或多個(gè)受試者中獲得第一組生物樣品；從未顯示出針對(duì)用于治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答的一個(gè)或多個(gè)受試者中獲得第二組生物樣品；針對(duì)所述第一和第二生物樣品篩選隨機(jī)配體文庫(kù)；測(cè)定在所述第一和第二生物樣品之間一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合中的差異；且鑒定與針對(duì)用于治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記。在示例性實(shí)施例中，該標(biāo)記是能夠與類(lèi)肽配體結(jié)合的自身抗體。
[0014]本發(fā)明的其他特點(diǎn)和優(yōu)點(diǎn)由于下文詳細(xì)描述的例子和附圖將變得顯而易見(jiàn)。然而，應(yīng)當(dāng)理解詳述和具體例子在指示本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施例的同時(shí)，僅作為舉例說(shuō)明給出，因?yàn)樵诒景l(fā)明的精神和范圍內(nèi)的多種變化和修飾由于這個(gè)詳述對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員將變得顯而易見(jiàn)。
【專利附圖】

【附圖說(shuō)明】[0015]圖1顯示用于篩選阿爾茨海默氏血清樣品的Tentagel珠(KNlB)文庫(kù)制備的基本化學(xué)示意圖。圖1A顯示從作為反應(yīng)物的具有氨基的聚苯乙烯珠開(kāi)始(PEG或等價(jià)或可替代接頭可在珠和末端氨基之間形成)。圖1B顯示在珠上作為甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其隨后反應(yīng)以形成B中所示的化合物。圖1C顯示用于形成化合物的寡聚物文庫(kù)的亞單體(單體胺和鹵代乙酸)。
[0016]圖2顯示也用于篩選阿爾茨海默氏血清樣品的Tentagel珠(JC3B)文庫(kù)制備的基本化學(xué)示意圖。圖1A顯示從作為反應(yīng)物的具有氨基的聚苯乙烯珠開(kāi)始(PEG或等價(jià)或可替代接頭可在珠和末端氨基之間形成)。圖1B顯示在珠上作為甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其隨后反應(yīng)以形成B中所示的化合物，圖1C顯示用于形成化合物的寡聚物文庫(kù)的亞單體(單體胺和鹵代乙酸)。JC3B還用于篩選胰腺癌血清。
[0017]圖3顯示用于篩選阿爾茨海默氏血清樣品的Tentagel珠(JC4B)文庫(kù)制備的基本化學(xué)示意圖。圖1A顯示從作為反應(yīng)物的具有氨基的聚苯乙烯珠開(kāi)始(PEG或等價(jià)或可替代接頭可在珠和末端氨基之間形成)。圖1B顯示在珠上作為甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其隨后反應(yīng)以形成B中所示的化合物，圖1C顯示用于形成化合物的寡聚物文庫(kù)的亞單體(單體胺和鹵代乙酸)。
[0018]圖4顯示用于篩選阿爾茨海默氏血清樣品的Tentagel珠(JC5B)文庫(kù)制備的基本化學(xué)示意圖。圖1A顯示從作為反應(yīng)物的具有氨基的聚苯乙烯珠開(kāi)始(PEG或等價(jià)或可替代接頭可在珠和末端氨基之間形成)。圖1B顯示在珠上作為甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其隨后反應(yīng)以形成B中所示的化合物。圖1C顯示用于形成化合物的寡聚物文庫(kù)的亞單體(單體胺和鹵代乙酸)。JC5B單體包括異丁胺、2-甲氧基乙胺、二氨基丁烷、糠胺、環(huán)己胺、R-甲基芐胺、胡椒基胺和4-(氨乙基)苯磺酰胺。
[0019]圖5顯不用于篩選血清樣品的Tentagel珠(JC7B)文庫(kù)制備的基本化學(xué)不意圖。圖3A顯示從作為反應(yīng)物的具有氨基的聚苯乙烯珠開(kāi)始(PEG或等價(jià)或可替代接頭可在珠和末端氨基之間形成)。圖1B顯示在珠上作為甲硫氨酸的起始氨基酸，并且其隨后反應(yīng)以形成B中所示的化合物。圖1C顯示用于形成化合物的寡聚物文庫(kù)的亞單體(單體胺和鹵代乙酸)。`
[0020]圖6顯示使用基于珠的類(lèi)肽配體文庫(kù)篩選復(fù)雜生物樣品的本發(fā)明過(guò)程示意圖。
[0021]圖7顯示在制備為針對(duì)阿爾茨海默氏正常對(duì)照血清樣品和阿爾茨海默氏患病血清樣品篩選的類(lèi)肽文庫(kù)(JOB)中的QDot添加后的正常對(duì)照(NC) Dynabead命中。挑出命中且剩余配體結(jié)合的珠用于基于疾病的篩選中。
[0022]圖8顯示在取出NC命中后，來(lái)自阿爾茨海默氏患者血樣的患病血清的Tentagel珠篩選。命中以紅色顯示，所述命中是與血清中的疾病相關(guān)生物標(biāo)記(抗體)結(jié)合的Qdot次級(jí)抗體，其與通過(guò)PEG接頭連接至珠的類(lèi)肽結(jié)合。
[0023]圖9顯示重現(xiàn)性測(cè)試，其在SDS洗滌和QDOT添加后使用正常對(duì)照樣品(NC030093)。箭頭顯示對(duì)于序列挑選哪些NC類(lèi)肽命中。
[0024]圖10顯示重現(xiàn)性測(cè)試，其在SDS洗滌和QDOT添加后使用正常對(duì)照樣品(NC050047)。
[0025]圖11顯示重現(xiàn)性測(cè)試，其在SDS洗滌和QDOT添加后使用患病樣品。
[0026]圖12顯示來(lái)自JC3B文庫(kù)的從阿爾茨海默氏篩選中選擇的假定命中的類(lèi)肽序列。C末端在片層的右側(cè)上，并且N末端在左側(cè)上。
[0027]圖13顯示來(lái)自JC3B文庫(kù)的來(lái)自阿爾茨海默氏篩選的優(yōu)選高親和力命中的化學(xué)結(jié)構(gòu)，在這個(gè)例子中，顯示的結(jié)構(gòu)具有半胱氨酸殘基且在測(cè)定初步篩選中的初始命中結(jié)構(gòu)后再合成。JC3B文庫(kù)包含類(lèi)似的類(lèi)肽，但其在C末端上具有甲硫氨酸殘基而不是半胱氨酸殘基。
[0028]圖14顯示在溶液中的高親和力配體(ADTGI)相對(duì)于在微陣列載體上的ADTG-1-ADTG-42之間的競(jìng)爭(zhēng)實(shí)驗(yàn)。該競(jìng)爭(zhēng)實(shí)驗(yàn)顯示在溶液中的ADTGI鍵合至相同抗體，所述抗體已與在微陣列上的類(lèi)肽 ADTG-1、ADTG14、ADTG24、ADTG25、ADTG31、ADTG35 和 ADTG40結(jié)合。對(duì)類(lèi)肽各自進(jìn)行相似實(shí)驗(yàn)，以發(fā)現(xiàn)與四種不同的阿爾茨海默氏自身抗體結(jié)合的四組類(lèi)肽。
[0029]圖15顯示四組不同類(lèi)肽，其與阿爾茨海默氏篩選中的不同自身抗體結(jié)合。該圖上的每個(gè)組在頂部具有更聞未和力的粘合劑。
[0030]圖16A顯示使用PlaagI (JC3B-1)類(lèi)肽關(guān)于一群患者的AD測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)，并且圖16B顯示使用Plaag2(JC3B-21)關(guān)于相同AD患者群的測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)。每種類(lèi)肽呈現(xiàn)于微陣列上。
[0031]圖17A顯示使用Plaag3(JC3B_7)類(lèi)肽關(guān)于一群患者的AD測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)，并且圖17B顯示使用Plaag4(3C3B-5)關(guān)于相同AD患者群的測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)。每種類(lèi)肽呈現(xiàn)于微陣列上。
[0032]圖18A顯示使用Plaag5 (JC3B-R8)類(lèi)肽關(guān)于一群患者的AD測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)，并且圖18B顯示使用Plaag6 (JC3B-R12)關(guān)于相同AD患者群的測(cè)試數(shù)據(jù)(不知情的)。每種類(lèi)肽呈現(xiàn)于微陣列上。
[0033]圖19A顯示在關(guān)于使用Plaagl-6進(jìn)行的測(cè)試的相同患者群中的ADP2微陣列數(shù)據(jù)。圖19B顯示對(duì)于相同患者組使用Plaag4的比較數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)顯示在相同患者群中用先前鑒定的ADP2和新近鑒定的Plaag4實(shí)現(xiàn)的結(jié)果之間的明確關(guān)聯(lián)。
[0034]圖20A顯示關(guān)于使用Plaagl-6進(jìn)行的測(cè)試的相同患者群中的ADP3的微陣列數(shù)據(jù)，圖20B顯示對(duì)于相同患者組使用Plaag2的比較數(shù)據(jù)。該數(shù)據(jù)顯示在相同患者群中用先前鑒定的ADP3和新近鑒定的Plaag2實(shí)現(xiàn)的結(jié)果之間的明確關(guān)聯(lián)。
[0035]圖21顯示在以40ug/mL的患病AD血清相對(duì)于健康對(duì)照(合并的)的比較中，在TentaGel珠上的Plaag5 (假定的命中5或JC3B-R8)確認(rèn)。
[0036]圖22A顯示使用QDot655和使用JC5B文庫(kù)在胰腺癌篩選中的類(lèi)肽命中。圖22B和C顯示使用QDot655的命中證實(shí)(箭頭指向命中)。
[0037]圖23顯示胰腺類(lèi)肽命中確認(rèn)且比較疾病血清添加和用QDot655檢測(cè)相對(duì)于正常血清添加。
[0038]圖24顯示通過(guò)混合AD標(biāo)記和PC標(biāo)記的命中確認(rèn)。數(shù)據(jù)顯示檢測(cè)到PC標(biāo)記，同時(shí)在胰腺癌血清(血清I)中的AD類(lèi)肽珠上不存在可檢測(cè)抗體。
[0039]圖25顯示來(lái)自JC3B文庫(kù)的胰腺癌篩選命中序列。
[0040]圖26顯示來(lái)自JC5B文庫(kù)的胰腺癌篩選命中序列。
[0041]圖27A、B和C顯示SLE (狼瘡)篩選的結(jié)果。A是正常對(duì)照，并且B和C是來(lái)自兩個(gè)不同組I和2的SLE血清。箭頭指向命中。[0042]圖28顯示來(lái)自KNlB文庫(kù)的SLE命中。C末端在片層的右側(cè)上。
[0043]圖29顯示關(guān)于類(lèi)肽KN1B-20的命中確認(rèn)。組I是以約0.374mg/mL濃度的合并患病血清(左圖)(命中在珠上以紅色色調(diào)顯示)。非患病的合并血清(中圖)以約0.378mg/mL的濃度提供，并且最右側(cè)的圖顯示無(wú)血清對(duì)照。
[0044]圖30顯示使用熒光素標(biāo)簽使用以不同濃度類(lèi)肽的兩種不同結(jié)合方法，SLE (狼瘡)類(lèi)肽之一與ELISA板的結(jié)合/檢測(cè)。
[0045]圖31顯示在板結(jié)合的KN1B-20-生物素-熒光素相對(duì)于溶液中以不同濃度的游離KN1B-20-生物素之間的競(jìng)爭(zhēng)測(cè)定。信號(hào)阻尼隨著來(lái)自等摩爾濃度的結(jié)合相對(duì)于游離的游離KN1B-20-生物素濃度增加而出現(xiàn)。
[0046]圖32顯示具有以不同濃度的類(lèi)肽的ELISA板，并且明確顯示在患病血清(AD) (P第I列)和正常對(duì)照血清(第3列)[1:200每個(gè)孔倍增至1:400、1:800、1:1，600、1:3，200、1:6，400、1:12，800]之間的差異。箭頭指向在IXTBST緩沖液中的1:800稀釋度。孔中的類(lèi)肽濃度是10mM。圖32還顯示區(qū)別患病和對(duì)照血清的TentaGel珠平臺(tái)的確認(rèn)。
[0047]圖33顯示具有IOmM ADP3和以AD血清的不同稀釋度相對(duì)于對(duì)照血清的ELISA板。箭頭指向1:800稀釋度。
[0048]圖34顯示具有IOmM SLE-KNJ B-20和以AD血清的不同稀釋度相對(duì)于對(duì)照血清的ELISA板。箭頭指向1:800稀釋度。
[0049]圖35顯示使用以 不同血清稀釋度在結(jié)合緩沖液中制備的IOmM ADP3的AD血清ELISA曲線圖。經(jīng)過(guò)1:200直到約1:10，000的稀釋度范圍發(fā)生正常和患病血清之間的分離。起始稀釋度是1:200 (組IAD血清.394mg/mL和以.386mg/mL的非患病血清)。
[0050]圖36顯示使用以不同血清稀釋度在結(jié)合緩沖液中制備的IOmM KN1B-20的SLE血清ELISA曲線圖。經(jīng)過(guò)1:200直到約1:10，000的稀釋度范圍發(fā)生正常和患病血清之間的分離。起始稀釋度是1:200 (組ISLE血清.375mg/mL和以.396mg/mL的非患病血清)。
[0051]圖37顯示使用以不同血清稀釋度在DMSO中制備的1.0mM KN1B-20的SLE血清ELISA曲線圖。經(jīng)過(guò)1:200直到約1:10，000的稀釋度范圍發(fā)生正常和患病血清之間的分離。起始稀釋度是1:200 (組ISLE血清.367mg/mL和以.322mg/mL的非患病血清)。
[0052]圖38顯示用于Tentagel珠命中確認(rèn)的FAGS平臺(tái)。
[0053]圖39顯示以不同濃度的血清(100ug/mL至1，000ug/mL)和響應(yīng)用抗DNP標(biāo)記的次級(jí)抗體的治療，在具有乙酰基的珠和具有2，5-二硝基苯基(DNP)的珠之間的分離程度。平均熒光強(qiáng)度(MFI)分離在l，000ug/mL血清的更高稀釋度時(shí)最大。
[0054]圖40顯示在1，000ug/mL血清濃度時(shí)，存在游離乙醇胺-DNP和DNP (在板上)與抗DNP抗體的結(jié)合之間的直接競(jìng)爭(zhēng)。
[0055]圖41來(lái)自合并的正常對(duì)照血清和合并的AD血清的ADP3結(jié)合的抗抗體。數(shù)據(jù)顯示使用兩種不同的次級(jí)抗體(山羊抗人Dylight649和山羊抗人Alexa647),在20至140ug/mL的血清濃度范圍時(shí)的良好分離。
[0056]圖42顯示在不同血清濃度范圍時(shí)的本底扣除后，來(lái)自正常對(duì)照和AD血清的ADP3結(jié)合的自身抗體。在小于20ug/mL到1.20ug/mL或更大的大多數(shù)血清濃度范圍時(shí)，存在顯著程度的分離。
[0057]圖43和44顯示SLE (狼瘡)再合成的類(lèi)肽配體命中的結(jié)構(gòu)。[0058]圖45顯示在IOum Tentagel珠上的ADP3制備和使用CNBr的后續(xù)切割連同所示內(nèi)酯的質(zhì)譜法讀數(shù)。
[0059]圖46顯示來(lái)自以不同濃度的正常對(duì)照和阿爾茨海默氏疾病血清的ADP3結(jié)合的自身抗體。珠用IX TBST預(yù)封閉3小時(shí)，并且隨后使用山羊抗人Alexa647次級(jí)抗體檢測(cè)。
[0060]圖47顯示來(lái)自以不同血清濃度的正常對(duì)照和阿爾茨海默氏疾病血清的ADP3結(jié)合的自身抗體，并且還顯示DNP值。
[0061]圖48和49顯示使用預(yù)封閉條件例如大腸桿菌(E.coli)裂解產(chǎn)物和賴氨酸，來(lái)自正常對(duì)照相對(duì)于阿爾茨海默氏疾病血清的ADP3結(jié)合的自身抗體。
[0062]圖50顯示在微陣列中使用的類(lèi)肽相對(duì)于置于ELISA板上的那些類(lèi)肽之間的制備和區(qū)別的簡(jiǎn)單示意圖。關(guān)于類(lèi)肽微陣列如何制備的示意圖:將個(gè)別珠分離到微量滴定板的孔內(nèi)，并且從珠中切割類(lèi)肽，以制備濃縮原液。應(yīng)當(dāng)指出每個(gè)孔目前將包含單個(gè)種類(lèi)的類(lèi)肽。隨后將幾千個(gè)類(lèi)肽以這樣的方式點(diǎn)在化學(xué)修飾的玻璃顯微鏡載玻片上，使得它們與表面共價(jià)結(jié)合。幾千個(gè)載玻片可由單個(gè)合成文庫(kù)高度重現(xiàn)性產(chǎn)生。ELISA產(chǎn)生是類(lèi)似的，除了在表面上不存在PEG鏈外，但在ELISA板上的類(lèi)肽密度可不同于在微陣列上的密度。
[0063]圖51顯示使用連接至次級(jí)抗體的辣根過(guò)氧化物酶，在1:800的血清稀釋度時(shí)在正常對(duì)照和患病血清之間具有明確區(qū)別的ELISA實(shí)驗(yàn)，所述次級(jí)抗體檢測(cè)疾病相關(guān)的抗體-類(lèi)肽復(fù)合物。加入無(wú)色底物，并且在與結(jié)合的HRP酶反應(yīng)后改變顏色(藍(lán)色)。
[0064]圖52顯示在患病血清⑷相對(duì)于對(duì)照血清⑶的不同血清稀釋度時(shí),在ELISA測(cè)試中比較多個(gè)AD類(lèi)肽的滴定數(shù)據(jù)。當(dāng)濃度從1:12，800增加到1:200時(shí)，在正常血清中不存在信號(hào)強(qiáng)度，但存在所有AD類(lèi)肽的明確區(qū)別和強(qiáng)度。
[0065]圖53提供確認(rèn)在阿爾茨`海默氏病(或不是)的多個(gè)階段的知情AD患者血清組的臨床診斷相對(duì)于得自相同患者血清樣品(不知情的)且針對(duì)ADP3類(lèi)肽篩選以檢測(cè)疾病相關(guān)抗體的數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)的簡(jiǎn)圖。顯示的結(jié)果來(lái)自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清樣品研究。UND=未定的。該圖表衍生自獲得單個(gè)血清濃度(1:800)稀釋度。>1.的讀數(shù)視為陽(yáng)性的，I和0.7之間的讀數(shù)視為未定的，并且低于0.7的讀數(shù)視為陰性的。
[0066]圖54提供確認(rèn)在阿爾茨海默氏病(或不是)的多個(gè)階段的知情AD患者血清組的臨床診斷相對(duì)于得自相同患者血清樣品(不知情的)且針對(duì)多種AD類(lèi)肽篩選(曲線圖是9個(gè)類(lèi)肽的結(jié)果的平均值)以檢測(cè)疾病相關(guān)抗體的數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)的簡(jiǎn)圖。顯示的結(jié)果來(lái)自MayoClinic Jacksonville的不知情血清樣品研究。UND=未定的。該圖表衍生自獲得單個(gè)血清濃度(1:800)稀釋度。>3的讀數(shù)視為陽(yáng)性的，I和0.7之間的讀數(shù)視為未定的，并且低于0.7的讀數(shù)視為陰性的。
[0067]圖55提供確認(rèn)在阿爾茨海默氏病(或不是)的多個(gè)階段的知情AD患者血清組的臨床診斷相對(duì)于得自相同患者血清樣品(不知情的)且針對(duì)本發(fā)明的多種AD類(lèi)肽篩選以檢測(cè)疾病相關(guān)抗體的數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)的簡(jiǎn)圖。顯示的結(jié)果來(lái)自Mayo Clinic Jacksonville的不知情血清樣品研究。UND=未定的。該圖表衍生自獲得單個(gè)血清濃度(1:800)稀釋度。>1.的讀數(shù)視為陽(yáng)性的，I和0.7之間的讀數(shù)視為未定的，并且低于0.7的讀數(shù)視為陰性的。數(shù)據(jù)還顯示對(duì)其他癡呆的表現(xiàn)，其中標(biāo)記MCl/抑郁樣品并且同樣標(biāo)記路易體癡呆樣品。數(shù)據(jù)顯示至少三個(gè)MCI患者具有通過(guò)本發(fā)明的AD選擇性類(lèi)肽捕獲的抗體可檢測(cè)量超過(guò)I的血清樣品。[0068]圖56A-D提供關(guān)于來(lái)自患者的樣品子集的數(shù)據(jù)，所述患者具有在使用多個(gè)AD類(lèi)肽的Opko Health類(lèi)肽診斷測(cè)定相對(duì)于不知情時(shí)提供這個(gè)信息后的臨床診斷之間的不一致。圖56A顯示如對(duì)于患者所示的關(guān)于類(lèi)肽ADP3及其他的數(shù)據(jù)，所述患者是臨床患病的，但Opko類(lèi)肽Plaag4對(duì)于其低于1.0(在單個(gè)點(diǎn)時(shí)的UND ;滴定AD陽(yáng)性的)。所有其他Opko類(lèi)肽對(duì)于AD是陽(yáng)性的(即高于1.0)。圖56B顯示所有Opko類(lèi)肽對(duì)于患者中的疾病相關(guān)抗體是陽(yáng)性的，所述患者目前診斷為正常的(非癡呆的)，暗示AD前。圖56C顯示Opko AD類(lèi)肽無(wú)一在患者中的任何稀釋點(diǎn)顯示高于I的強(qiáng)度，所述患者臨床診斷有AD,暗示這個(gè)患者具有某些其他形式的癡呆。圖56D顯示在臨床陽(yáng)性的AD患者中，多個(gè)Opko AD類(lèi)肽對(duì)于疾病相關(guān)抗體不是陽(yáng)性的，但兩個(gè)類(lèi)肽(Plaag6和Plaag4)是陽(yáng)性的，因此在單個(gè)點(diǎn)時(shí)的UND和甚至在滴定后的UND。
[0069]圖57顯示使用由ADP3點(diǎn)上的微陣列，由先前AD樣品生成的聚類(lèi)簡(jiǎn)圖。在微陣列數(shù)據(jù)和使用ELISA平臺(tái)生成的數(shù)據(jù)中的患病相對(duì)于對(duì)照之間存在明確關(guān)聯(lián)。圖57還顯示選擇ADP3用于與阿爾茨海默氏病而不與帕金森或狼瘡(SLE)相關(guān)的疾病相關(guān)抗體。
[0070]圖58提供使用測(cè)試的總共106個(gè)血清樣品的ELISA分析概括。
[0071 ] 圖59提供Plaag7_9的化學(xué)結(jié)構(gòu)。
【具體實(shí)施方式】
[0072]在下述詳述中，闡述眾多具體細(xì)節(jié)，以便提供本發(fā)明的充分理解。然而，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解本發(fā)明可無(wú)需這些具體細(xì)節(jié)進(jìn)行實(shí)踐。在其他情況下，熟知的方法、程序和組分未如此詳細(xì)地描述，以便不使本發(fā)明含糊。
[0073]本發(fā)明包含配體文庫(kù)及其用途。具體地，本發(fā)明包含分子的篩選、藥物蛋白質(zhì)組學(xué)、診斷、治療和隨機(jī)文庫(kù)的其他用途。
[0074]在一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于個(gè)體化醫(yī)學(xué)的配體文庫(kù)。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“個(gè)體化醫(yī)學(xué)”可指在最可能由其獲益的患者中測(cè)試(或診斷)靶向藥物(或治療)的用途，或鑒定可能處于來(lái)自所述治療的危害危險(xiǎn)中的患者。在藥物或診斷產(chǎn)物可在美國(guó)及大多數(shù)其他國(guó)家銷(xiāo)售之前，它遭受?chē)?yán)格的其安全與有效的管理審查。在用于個(gè)體化醫(yī)學(xué)的診斷的情況下，這可能需要測(cè)試來(lái)自接受藥物的患者的組織或體液，以確定其針對(duì)治療的應(yīng)答和特定標(biāo)記的存在之間是否存在聯(lián)系。相應(yīng)地，在一個(gè)實(shí)施例中，本文提供的是用于診斷受試者中對(duì)于治療疾病的藥物的應(yīng)答的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與對(duì)于所述藥物的所述應(yīng)答相關(guān)，從而診斷所述受試者中對(duì)于治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答。應(yīng)答的例子包括但不限于不良反應(yīng)、副作用、藥物抗性和治療效果包括劑量功效。
[0075]不良藥物反應(yīng)是藥物開(kāi)發(fā)計(jì)劃的低成功率的主因(進(jìn)入人臨床測(cè)試的四種化合物中小于一種最終由美國(guó)食品與藥物管理局(FDA)批準(zhǔn)用于使用)。藥物誘發(fā)疾病或毒性對(duì)藥物開(kāi)發(fā)者提出獨(dú)特系列的挑戰(zhàn)，因?yàn)檫@些反應(yīng)通常無(wú)法由臨床前研究預(yù)測(cè)，并且可能在涉及小量受試者的早期臨床試驗(yàn)中無(wú)法檢測(cè)到。當(dāng)此類(lèi)效應(yīng)在臨床開(kāi)發(fā)晚期中檢測(cè)到時(shí)，它們通常導(dǎo)致藥物開(kāi)發(fā)計(jì)劃的終止。當(dāng)藥物盡管某些毒性仍被批準(zhǔn)時(shí)，它的臨床用途通常嚴(yán)重受在即使小患者組中的不良反應(yīng)的可能出現(xiàn)約束。此類(lèi)化合物變成第一線治療的可能性很小(除非不存在競(jìng)爭(zhēng)產(chǎn)品)。使用本發(fā)明的臨床試驗(yàn)可允許在涉及小量受試者的研究中的可能毒性反應(yīng)的改善預(yù)測(cè)。本發(fā)明的方法提供干預(yù)的可能未來(lái)毒性效應(yīng)的快速獲得預(yù)測(cè)。相應(yīng)地，在另一個(gè)實(shí)施例中，本文提供的是用于檢測(cè)受試者中針對(duì)藥物的不良反應(yīng)危險(xiǎn)的方法，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述受試者篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述危險(xiǎn)相關(guān)，從而檢測(cè)所述受試者中針對(duì)所述藥物的所述不良反應(yīng)危險(xiǎn)。
[0076]本發(fā)明部分基于令人驚訝的發(fā)現(xiàn):類(lèi)肽結(jié)合生物標(biāo)記的組合可用于個(gè)別化患者中的治療。考慮到響應(yīng)藥物的患者間變異性，本發(fā)明的測(cè)定方法是特別有利的，因?yàn)樗鼈兝每紤]到多個(gè)分子決定簇(例如類(lèi)肽結(jié)合生物標(biāo)記)的結(jié)合特征中的差異的組合策略，以測(cè)定患者中的疾病是否具有響應(yīng)用特定藥物或藥物組合的治療的高可能性。如果患者分類(lèi)為應(yīng)答者，則隨后可產(chǎn)生對(duì)那個(gè)患者定制的給藥方案，以實(shí)現(xiàn)治療效果，而不誘導(dǎo)毒性副作用。因此，分類(lèi)為應(yīng)答者的患者可接受藥物誘導(dǎo)療法的完全利益，而不經(jīng)歷與此類(lèi)療法相關(guān)的副作用。類(lèi)似地，通過(guò)調(diào)整藥物的后續(xù)劑量，已經(jīng)歷用藥物的治療的患者可經(jīng)歷毒性副作用中的降低，而不妥協(xié)治療效果。同樣地，可監(jiān)控已經(jīng)歷用藥物的治療的患者，以評(píng)估是否已發(fā)展針對(duì)藥物的抗性，并且是否應(yīng)施用另類(lèi)療法。
[0077]因此，本發(fā)明的方法允許治療受試者中的疾病，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述受試者篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與針對(duì)用于治療所述疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)；基于針對(duì)所述應(yīng)答的所述一種或多種標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)的測(cè)定，給所述受試者施用所述藥物，從而治療所述受試者中的所述疾病。在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供監(jiān)控受試者中通過(guò)藥物的治療，該方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述受試者篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與針對(duì)用于治療所述疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)；基于針對(duì)所述應(yīng)答的所述一種或多種標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)的測(cè)定，給所述受試者施用所述藥物，從而監(jiān)控所述受試者中通過(guò)所述藥物的所述治療。
[0078]在另一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于藥物蛋白質(zhì)組學(xué)且鑒定與針對(duì)藥物的應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記的配體文庫(kù)。相應(yīng)地，在`一個(gè)實(shí)施例中，本文提供的是用于鑒定與用于治療疾病的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記的方法，該方法包括:從受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述生物樣品篩選配體文庫(kù)；測(cè)定在所述樣品中的標(biāo)記與文庫(kù)中的配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述標(biāo)記是否與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而鑒定與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的所述標(biāo)記。在示例性實(shí)施例中，針對(duì)藥物的應(yīng)答是患者對(duì)藥劑、其劑量或不良反應(yīng)的應(yīng)答。
[0079]在一個(gè)實(shí)施例中，使用本發(fā)明的配體文庫(kù)鑒定一種或多種生物標(biāo)記的假定命中或先導(dǎo)物。生物樣品可得自受試者或多個(gè)受試者(例如患者群體或亞群)。在某些實(shí)施例中，第一組生物樣品可得自顯示出應(yīng)答的多個(gè)受試者(例如藥物誘導(dǎo)應(yīng)答或?qū)膊〉膽?yīng)答)，并且第二組生物樣品可得自不顯示出應(yīng)答的多個(gè)受試者。配體文庫(kù)可針對(duì)第一和第二組生物樣品進(jìn)行篩選?？蓽y(cè)定在第一和第二組生物樣品之間一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征中的差異?；诮Y(jié)合特征中的差異，可鑒定生物標(biāo)記的假定命中或先導(dǎo)物。在某些實(shí)施例中，假定命中或先導(dǎo)物是識(shí)別針對(duì)與應(yīng)答相關(guān)的抗原的自身抗體的生物標(biāo)記，所述應(yīng)答例如患者對(duì)藥物的應(yīng)答、對(duì)疾病的應(yīng)答和對(duì)疾病的特定階段的應(yīng)答。
[0080] 在一個(gè)實(shí)施例中，為了鑒定生物標(biāo)記的假定命中或先導(dǎo)物，可使用具有范圍為約350K到約250MM的類(lèi)肽配體的基于珠的大型隨機(jī)類(lèi)肽配體文庫(kù)。在初始隨機(jī)文庫(kù)篩選中鑒定的生物標(biāo)記的假定命中或先導(dǎo)物隨后可用于在用于本文討論的診斷或伴隨診斷的后續(xù)篩選中針對(duì)樣品篩選。
[0081]在某些實(shí)施例中，假定命中或先導(dǎo)物在后續(xù)篩選中確認(rèn)。在一個(gè)實(shí)施例中，在初始篩選中使用的相同配體文庫(kù)可用于確認(rèn)后續(xù)篩選。在另一個(gè)實(shí)施例中，不同配體文庫(kù)(不同于初始篩選中使用的那種)可用于確認(rèn)后續(xù)篩選。
[0082]在一個(gè)實(shí)施例中，在初始篩選中鑒定與第一性狀(例如對(duì)疾病的應(yīng)答)相關(guān)的假定命中或先導(dǎo)物，并且鑒定的假定命中或先導(dǎo)物用于針對(duì)樣品篩選，以測(cè)定其與第二性狀(例如對(duì)藥物的應(yīng)答)的關(guān)聯(lián)。在一個(gè)實(shí)施例中，在初始篩選中鑒定與疾病相關(guān)的假定命中或先導(dǎo)物，并且鑒定的假定命中或先導(dǎo)物用于針對(duì)樣品篩選，以確認(rèn)且測(cè)定與所述疾病的特定階段的關(guān)聯(lián)。
[0083]在一些實(shí)施例中，用于鑒定假定命中的初始篩選可在基于珠的裝置上使用大型隨機(jī)配體文庫(kù)執(zhí)行，并且用于診斷或伴隨診斷的后續(xù)篩選可使用任何平臺(tái)例如微陣列使用非隨機(jī)或隨機(jī)配體文庫(kù)執(zhí)行。
[0084]在一個(gè)實(shí)施例中，在用于診斷或伴隨診斷的后續(xù)篩選中，第一篩選可針對(duì)第一配體文庫(kù)執(zhí)行，并且后續(xù)篩選針對(duì)第二配體文庫(kù)執(zhí)行，其中所述第一配體文庫(kù)包含第一組配體，并且第二組配體文庫(kù)包含第二組配體。在一個(gè)例子中，篩選第一配體文庫(kù)，以鑒定與疾病相關(guān)的標(biāo)記，并且在后續(xù)篩選中篩選第二配體文庫(kù)，以鑒定與藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記。
[0085]在一個(gè)例子中，假定命中或先導(dǎo)物用于在藥物治療前收集的患者樣品中的第一篩選中，以測(cè)定其與疾病的關(guān)聯(lián)。在藥物治療后，可從患者中收集樣品，并且在一個(gè)實(shí)施例中，在治療前組中使用的相同假定命中可用于鑒定具有特定疾病階段或?qū)λ幬镏委煹膽?yīng)答變化的那些患者。在另一個(gè)實(shí)施例中，不同假定命中可用于監(jiān)控藥物相關(guān)的副作用或處理效應(yīng)，其是由于藥物施用且不一定與治療前概況相關(guān)或有關(guān)。在一些實(shí)施例中，另一隨機(jī)文庫(kù)可用于發(fā)現(xiàn)可能與藥物處理相關(guān)的另外生物標(biāo)記。
[0086]如本文所用，術(shù)語(yǔ)“藥物”可指任何藥物，包括但不限于合成無(wú)機(jī)或有機(jī)化合物、蛋白質(zhì)、肽、多糖及其他糖、脂質(zhì)、DNA和RNA核酸序列、反義寡核苷酸、抗體、受體配體、酶、粘附肽、抗原、激素、生長(zhǎng)因子、核酶和逆轉(zhuǎn)錄病毒載體。
[0087]本發(fā)明包含本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何合適藥物。這些藥物在The Merck Index ；Physicians，Desk Reference, PDR Network, 2011 編輯版(2010 年 12 月 I 日)；美國(guó)專利7，932，294 以及美國(guó)專利公開(kāi) 20060046967、20110274695、20110269722、20110269709 和20060205674中列出，所有所述參考文獻(xiàn)均全文以引用方式并入本文。
[0088]在一個(gè)實(shí)施例中，藥物選自下述種類(lèi)/組中的一種或多種:抗生素、鎮(zhèn)靜劑、安眠藥、抗抑郁藥、抗緊張劑、抗噪抗藥、鎮(zhèn)痛藥、解熱藥、抗偏頭痛藥、抗驚厥藥、在帕金森癥和運(yùn)動(dòng)障礙中使用的藥物、用于癡呆的藥物、止吐藥、用于眩暈的藥物、CNS興奮劑激活物、抗感染眼制劑、抗炎藥、抗變應(yīng)性制劑、抗青光眼藥、治愈眼疾病的制劑、耳用制劑、鼻用制劑、口咽制劑、抗心律失常藥、抗高血壓劑、α / β -阻斷劑、通道阻斷劑、ACE抑制劑、血管緊張素II受體拮抗劑、利尿藥、抗心絞痛藥、硝酸鹽、鈣通道阻斷劑、用于心力衰竭和休克的藥物、血管擴(kuò)張劑、促凝劑、抗凝劑、血栓溶解劑、抗血小板藥、呼吸興奮劑、鎮(zhèn)咳藥、祛痰藥、粘液溶解藥、解充血藥、抗組胺劑、止喘藥；抗?jié)兯帯⒖狗置谒?、H.sub.2受體拮抗劑、質(zhì)子泵抑制劑、前列腺素類(lèi)似物、抗酸藥、鎮(zhèn)痙藥、改變腸能動(dòng)性的藥物、抗腹瀉藥、抗蠕動(dòng)藥、抗微生物藥、作用于膽囊的藥物、泌尿道抗感染劑、利尿藥、泌尿道鎮(zhèn)痛藥、鎮(zhèn)痙藥、作用于尿道和陰道的抗感染藥、作用于子宮的藥物、用于前列腺肥大的藥物、a阻斷劑、抗雄激素、用于勃起功能障礙的藥物、殺精劑、非激素避孕藥、軟化劑、角質(zhì)離解劑、局部抗感染藥、局部抗真菌劑、局部殺寄生蟲(chóng)劑、局部類(lèi)固醇、用于尋常痤瘡的局部用藥物、用于銀屑病、色素沉著障礙和抗脂溢性(seborrhoeics)的藥物、非類(lèi)固醇抗炎藥(NSAID)、C0X-2抑制劑、抗關(guān)節(jié)炎藥、免疫抑制劑、局部用鎮(zhèn)痛藥、肌肉松弛藥、神經(jīng)肌肉藥物、青霉素抗生素類(lèi)、頭孢菌素抗生素類(lèi)、喹諾酮、氟喹諾酮抗生素類(lèi)、大環(huán)內(nèi)酯抗生素類(lèi)、氯霉素、四環(huán)素抗生素類(lèi)、磺胺、 抗厭氧菌藥、甲硝唑、抗結(jié)核藥、抗麻風(fēng)藥、抗真菌劑、抗原生動(dòng)物劑、驅(qū)腸蟲(chóng)藥、抗感染藥、 抗瘧疾藥、抗病毒劑、合成代謝、雄激素類(lèi)固醇、皮質(zhì)類(lèi)固醇、雌二醇、孕激素和激素避孕藥、 致育藥、促激素和有關(guān)藥物、甲狀腺和抗甲狀腺藥、抗糖尿病藥和升血糖藥、維生素、氨基酸、抗肥胖藥、降血脂藥、纖維酸衍生物、他汀、HMG CoA還原酶抑制劑、煙酸基、用于痛風(fēng)的藥物、影響骨代謝的藥物、雙磷酸鹽、抗癌藥、烷化劑、細(xì)胞毒性抗生素類(lèi)、抗代謝藥、阿糖胞苷、氟達(dá)拉濱、5-氟尿嘧啶、巰嘌呤、硫鳥(niǎo)嘌呤、長(zhǎng)春花生物堿、依托泊苷、紫杉烷、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、細(xì)胞毒性免疫抑制劑、免疫刺激劑、細(xì)胞保護(hù)劑、氨磷汀、雌二醇、孕激素、激素拮抗劑、抗腫瘤藥物、抗過(guò)敏藥、非鎮(zhèn)靜性抗組胺藥、西替利嗪、地氯雷他定、特非那定、非索非那定鎮(zhèn)靜性組胺、組胺受體阻斷劑、局部麻醉藥、靜脈內(nèi)麻醉藥、吸入麻醉藥和肌肉松弛劑。
[0089]在另一個(gè)實(shí)施例中，藥物選自下表1中列出的藥物中的一種或多種。
[0090]表1.市場(chǎng)中的所選品牌藥例子
[0091]
【權(quán)利要求】
1.一種用于診斷受試者中的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的方法，所述方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而診斷所述受試者中的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述應(yīng)答是所述藥物的副作用、對(duì)所述藥物的不良反應(yīng)、對(duì)所述藥物的抗性、或所述藥物的治療劑量功效。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述藥物是表1中列出的藥物中的至少一種。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其還包括測(cè)定所述受試者對(duì)通過(guò)所述藥物的治療或療法是響應(yīng)還是不響應(yīng)的步驟。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答與疾病或所述疾病的階段相關(guān)。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述疾病是癌癥、自身免疫疾病、炎性疾病、傳染病、神經(jīng)變性疾病或心血管病。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述癌癥疾病是乳腺癌、肺癌、前列腺癌、宮頸癌、頭與頸癌、睪丸癌、卵巢癌、皮膚癌、腦癌、胰腺癌、肝癌、胃癌、結(jié)腸癌、直腸癌、食管癌、淋巴瘤或白血病，例如識(shí)別對(duì)這些疾病狀態(tài)獨(dú)特的標(biāo)記的配體。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述自身免疫疾病是狼瘡、重癥肌無(wú)力、多發(fā)性硬化、發(fā)作性睡病、類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、腎炎、查格斯病、硬皮病或斯耶格倫氏病。
9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述傳染病是由病毒、細(xì)菌或真菌感染的結(jié)果。
10.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述神經(jīng)變性疾病是阿爾茨海默氏病、癡呆或克雅氏病。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述配體文庫(kù)包含基于已知的與所述配體結(jié)合標(biāo)記的反應(yīng)性，在較早期初始篩選或預(yù)選擇中鑒定的多種配體。
12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是類(lèi)肽文庫(kù)。
13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述文庫(kù)包含式I的化合物，

14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述文庫(kù)包含式I的化合物，
15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述文庫(kù)包含具有式Ia的化合物，
16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述文庫(kù)包含具有下式的化合物:
17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是基于珠的配體文庫(kù)，其包含具有與所述珠結(jié)合的配體的多粒珠。
18.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述篩選通過(guò)陣列執(zhí)行。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列是微陣列、顯微鏡載玻片、板、芯片或珠群體。
20.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含具有表面的固體基底；與所述基底結(jié)合的多個(gè)配體，所述配體各自包含與所述基底表面穩(wěn)定結(jié)合的錨區(qū)段、類(lèi)肽區(qū)段、和連接且分離所述錨和類(lèi)肽區(qū)段的接頭區(qū)段。
21.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約1000-100，000種不同配體。
22.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約2000-50，000種不同配體。
23.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約4000-25，000種不同配體。
24.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約6000-15，000種不同配體。
25.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約7000-12，500種不同配體。
26.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含約8000-10，000種不同配體。
27.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述陣列包含與所述陣列交聯(lián)的配體結(jié)合部分。
28.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述測(cè)定步驟包括熒光檢測(cè)所述結(jié)合分子。
29.根據(jù)權(quán)利要求18 所述的方法，其中所述陣列包含熒光標(biāo)記的配體。
30.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述篩選包括針對(duì)第一配體文庫(kù)的初始篩選和針對(duì)第二配體文庫(kù)的后續(xù)篩選。
31.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中所述初始篩選針對(duì)在給所述受試者施用所述藥物前收集的第一樣品執(zhí)行，并且所述后續(xù)篩選針對(duì)在給所述受試者施用所述藥物后收集的第二樣品執(zhí)行。
32.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，所述第一配體文庫(kù)就第一應(yīng)答篩選，并且所述第二配體文庫(kù)就第二應(yīng)答篩選。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中所述第一應(yīng)答與所述疾病相關(guān)，并且所述第二應(yīng)答與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)。
34.根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中所述第一應(yīng)答與所述疾病相關(guān)，并且所述第二應(yīng)答與所述疾病的階段相關(guān)。
35.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中所述第一配體文庫(kù)包含第一組配體，并且所述第二配體文庫(kù)包含第二組配體。
36.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述第一組配體不同于所述第二組配體。
37.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述第一組配體中的一種或多種與所述第二組配體中的一種或多種相同。
38.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述生物樣品是組織、細(xì)胞、尿、血清、全血、腦脊髓液、痰、唾液或精液。
39.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述受試者是人或動(dòng)物受試者。
40.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述診斷步驟依照包裝說(shuō)明書(shū)中的說(shuō)明執(zhí)行。
41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，其中所述包裝說(shuō)明書(shū)包含用于執(zhí)行所述診斷步驟的說(shuō)明書(shū)、用于測(cè)定藥物施用的說(shuō)明書(shū)、和基于測(cè)定用于施用所述藥物的說(shuō)明書(shū)。
42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，其中所述包裝說(shuō)明書(shū)是試劑盒中的插頁(yè)，所述試劑盒包括所述文庫(kù)和用于執(zhí)行所述診斷步驟的組分。
43.一種用于治療受試者中的疾病的方法，所述方法包括: 從所述受試者中獲得生物樣品； 針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)； 鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征； 測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與針對(duì)用于治療所述疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)； 基于針對(duì)所述應(yīng)答的所述一種或多種標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)的測(cè)定，給所述受試者施用所述藥物，從而治療所述受試者中的所述疾病。
44.一種用于治療患者中的疾病的方法，所述方法包括: 從所述患者中獲得生物樣品； 用包含至少一種配體的文庫(kù)篩選所述樣品，以測(cè)定配體結(jié)合概況； 基于所述患者中的所述配體結(jié)合概況的結(jié)果，給所述患者施用藥物，其中所述至少一種配體具有對(duì)于與所述疾病相關(guān)的一種或多種抗體的親和力。
45.一種用于監(jiān)控受試者中通過(guò)藥物的治療，所述方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述受試者篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征 ；測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與針對(duì)用于治療所述疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)；基于針對(duì)所述應(yīng)答的所述一種或多種標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)的測(cè)定，給所述受試者施用所述藥物，從而監(jiān)控所述受試者中通過(guò)所述藥物的所述治療。
46.一種用于檢測(cè)受試者中針對(duì)藥物的不良反應(yīng)危險(xiǎn)的方法，所述方法包括: 從所述受試者中獲得生物樣品； 針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)； 鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；和測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述危險(xiǎn)相關(guān)，從而檢測(cè)所述受試者中針對(duì)所述藥物的所述不良反應(yīng)危險(xiǎn)。
47.一種用于就針對(duì)治療疾病的藥物的應(yīng)答來(lái)概況分析一個(gè)或多個(gè)受試者的方法，所述方法包括: 從所述受試者中獲得生物樣品； 針對(duì)所述受試者篩選配體文庫(kù)； 鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；和測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與關(guān)于所述藥物的所述應(yīng)答相關(guān)，從而就針對(duì)治療所述疾病的所述藥物的所述應(yīng)答來(lái)概況分析所述一個(gè)或多個(gè)受試者。
48.一種用于診斷受試者中的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的方法，所述方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選類(lèi)肽文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征，其中所述一種或多種標(biāo)記中的至少一種是能夠與類(lèi)肽配體結(jié)合的自身抗體；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而診斷所述受試者中的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答。
49.一種用于提供用于治療受試者中疾病的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的預(yù)測(cè)的方法，所述方法包括:從所述受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述樣品篩選配體文庫(kù)；鑒定在所述樣品中的一種或多種標(biāo)記與文庫(kù)中的一種或多種配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述一種或多種標(biāo)記是否與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而提供用于治療所述受試者中所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的所述預(yù)測(cè)。
50.一種用于根據(jù)權(quán)利要求1所述的診斷疾病的試劑盒，其包括:配體文庫(kù)、用于針對(duì)生物樣品篩選所述配體文庫(kù)的檢測(cè)試劑、用于所述篩選的佐劑和包裝說(shuō)明書(shū)，其中所述包裝說(shuō)明書(shū)包括用于執(zhí)行所述診斷步驟的說(shuō)明書(shū)、用于測(cè)定藥物施用的說(shuō)明書(shū)、和基于測(cè)定用于施用所述藥物的說(shuō)明書(shū)。
51.一種用于根據(jù)權(quán)利要求43所述的治療疾病的試劑盒，其包括:配體文庫(kù)、用于針對(duì)生物樣品篩選所述配體文庫(kù)的檢測(cè)試劑、用于所述篩選的佐劑和包裝說(shuō)明書(shū)，其中所述包裝說(shuō)明書(shū)包括用于執(zhí)行所述診斷步驟的說(shuō)明書(shū)、用于測(cè)定藥物施用的說(shuō)明書(shū)、和基于測(cè)定用于施用所述藥物的說(shuō)明書(shū)。
52.一種用于鑒定與用于治療疾病的藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記的方法，所述方法包括:從受試者中獲得生物樣品；針對(duì)所述生物樣品篩選配體文庫(kù)；測(cè)定在所述樣品中的標(biāo)記與文庫(kù)中的配體的結(jié)合特征；且測(cè)定所述標(biāo)記是否與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)，從而鑒定與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的所述標(biāo)記。
53.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含約350，000-約150MM配體。
54.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是隨機(jī)配體文庫(kù)。
55.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是非隨機(jī)配體文庫(kù)。
56.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是類(lèi)肽文庫(kù)。
57.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述配體文庫(kù)中的至少一種配體對(duì)于針對(duì)抗原的自身抗體具有親和力，所述抗原與用于治療所述疾病的所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)。
58.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述標(biāo)記是能夠與類(lèi)肽配體結(jié)合的自身抗體。
59.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述配體文庫(kù)是基于珠的配體文庫(kù)，其包含具有與所述珠結(jié)合的配體的多粒珠。
60.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述篩選通過(guò)陣列執(zhí)行。
61.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法，其中所述陣列是微陣列、顯微鏡載玻片、板、芯片或珠群體。
62.根據(jù)權(quán)利要求60所述的方法，其中所述陣列包含具有表面的固體基底；與所述基底結(jié)合的多個(gè)配體，所述配體各自包含與所述基底表面穩(wěn)定結(jié)合的錨區(qū)段、類(lèi)肽區(qū)段、和連接且分離所述錨和類(lèi)肽區(qū)段的接頭區(qū)段。
63.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含式I的化合物，
64.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含式I的化合物，
65.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含具有式Ia的化合物，
66.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含具有下式的化合物:
67.根據(jù)權(quán)利要求59所述的方法，其中所述基于珠的文庫(kù)包含與珠交聯(lián)的配體結(jié)合部分。
68.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述測(cè)定步驟包括熒光檢測(cè)所述結(jié)合分子。
69.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述文庫(kù)包含熒光標(biāo)記的配體。
70.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述生物樣品在所述疾病的早期獲得。
71.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述生物樣品在所述疾病的晚期獲得。
72.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述方法還包括鑒定與所述疾病的階段相關(guān)的 T 己 O
73.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述疾病是癌癥、自身免疫疾病、炎性疾病、傳染病、神經(jīng)變性疾病或心血管 病。
74.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述癌癥疾病是乳腺癌、肺癌、前列腺癌、宮頸癌、頭與頸癌、睪丸癌、卵巢癌、皮膚癌、腦癌、胰腺癌、肝癌、胃癌、結(jié)腸癌、直腸癌、食管癌、淋巴瘤或白血病。
75.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述自身免疫疾病是狼瘡、重癥肌無(wú)力、多發(fā)性硬化、發(fā)作性睡病、類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、腎炎、查格斯病、硬皮病或斯耶格倫氏病。
76.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述傳染病是由病毒、細(xì)菌或真菌感染的結(jié)果。
77.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其中所述神經(jīng)變性疾病是阿爾茨海默氏病、癡呆或克雅氏病。
78.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述應(yīng)答是所述藥物的副作用、對(duì)所述藥物的不良反應(yīng)、對(duì)所述藥物的抗性、或所述藥物的治療劑量功效。
79.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述方法還包括鑒定與患者群體或亞群相關(guān)的 T 己 O
80.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中至少一種配體對(duì)于針對(duì)抗原的自身抗體具有親和力，所述抗原與患者群體或亞群中的所述疾病階段相關(guān)。
81.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述藥物是表1中列出的藥物中的至少一種。
82.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述結(jié)合中的差異區(qū)別對(duì)通過(guò)所述藥物的治療或療法響應(yīng)和不響應(yīng)的受試者。
83.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述篩選包括針對(duì)第一配體文庫(kù)的初始篩選和針對(duì)第二配體文庫(kù)的后續(xù)篩選。
84.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，其中所述第一配體文庫(kù)是隨機(jī)配體文庫(kù)，并且所述第二配體文庫(kù)是隨機(jī)或非隨機(jī)配體文庫(kù)。
85.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，其中所述第二配體文庫(kù)包含基于已知的與所述配體結(jié)合標(biāo)記的反應(yīng)性，在所述初始篩選或預(yù)選擇中鑒定的多種配體。
86.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，其中所述第一配體文庫(kù)包含第一組配體，并且所述第二配體文庫(kù)包含第二組配體。
87.根據(jù)權(quán)利要求86所述的方法，其中所述第一組配體不同于所述第二組配體。
88.根據(jù)權(quán)利要求86所述的方法，其中所述第一組配體中的一種或多種與所述第二組配體中的一種或多種相同。
89.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，其中所述初始篩選針對(duì)在給所述受試者施用所述藥物前收集的第一樣品執(zhí)行，并且所述后續(xù)篩選針對(duì)在給所述受試者施用所述藥物后收集的第二樣品執(zhí)行。
90.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，篩選所述第一配體文庫(kù)以鑒定與第一應(yīng)答相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記，并且篩選所述第二配體文庫(kù)以鑒定與第二應(yīng)答相關(guān)的一種或多種生物T 己 O
91.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，篩選所述第一配體文庫(kù)以鑒定與應(yīng)答相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記，并且篩選所述第二配體文庫(kù)以確認(rèn)所述一種或多種生物標(biāo)記與所述應(yīng)答的關(guān)聯(lián)。
92.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，篩選所述第一配體文庫(kù)以鑒定與所述疾病相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記，并且篩選所述第二配體文庫(kù)以鑒定與所述疾病的階段相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記。
93.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，篩選所述第一配體文庫(kù)以鑒定與所述疾病相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記，并且篩選所 述第二配體文庫(kù)以鑒定與所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記。
94.根據(jù)權(quán)利要求83所述的方法，篩選所述第一配體文庫(kù)以鑒定與所述疾病和/或所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答相關(guān)的一種或多種生物標(biāo)記，并且篩選所述第二配體文庫(kù)以確認(rèn)所述一種或多種生物標(biāo)記與所述疾病和/或所述藥物誘導(dǎo)應(yīng)答的關(guān)聯(lián)。
95.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述生物樣品是組織、細(xì)胞、尿、血清、全血、腦脊髓液、痰、唾液或精液。
96.根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法，其中所述受試者是人或動(dòng)物受試者。
97.一種與針對(duì)用于治療疾病的藥物的應(yīng)答相關(guān)的標(biāo)記，其中所述標(biāo)記通過(guò)根據(jù)權(quán)利要求52所述的方法鑒定。
【文檔編號(hào)】C40B30/04GK103562444SQ201280025178
【公開(kāi)日】2014年2月5日 申請(qǐng)日期:2012年3月23日 優(yōu)先權(quán)日:2011年3月24日
【發(fā)明者】M·R·穆拉, J·席爾克 申請(qǐng)人:歐科制藥有限責(zé)任公司