專利名稱：Sparc微環(huán)境標簽在癌癥治療中的應用的制作方法
SPARC微環(huán)境標簽在癌癥治療中的應用
本申請根據(jù)35U. S. C. § 119(e)要求2010年6月3日提交的美國臨時申請 No. 61/351，233的優(yōu)先權效益，其全部內(nèi)容通過引用并入本文。
發(fā)明背景
酸性的富含半胱氨酸的分泌蛋白(也被稱作骨粘連蛋白(osteonectin)， BM40或SPARC，在下文中稱作“SPARC”)，是一種基質(zhì)相關的蛋白質(zhì)，其引起細胞形狀的變化，抑制細胞周期進展和影響細胞外基質(zhì)的合成·(Bradshaw等人，Proc. Nat. Acad. Sc1. USA100:6045-6050 (2003))。鼠 SPARC 基因于 1986 年被克隆(Mason 等人，EMBO J. 5:1465-1472(1986))，全長人 SPARC cDNA 于 1987 年被克隆和測序(Swaroop 等人，Genomics2:37-47 (1988))。SPARC的表達在發(fā)育上受到調(diào)控，主要在正常發(fā)育或應答于損傷而發(fā)生重塑的組織中表達。例如，在發(fā)育中的骨和牙齒中高水平表達SPARC 蛋白(參見，例如，Lane 等人,FASEB J.，8，163173(1994) ；Yan&Sage, J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505(1999))。
SPARC在幾種侵襲性癌癥中被上調(diào)，但在相應的正常組織中不存在(Porter 等人，J. Histochem. Cytochem. , 43, 791 (1995))。SPARC 的表達在多種腫瘤(例如，膀胱、肝、卵巢、腎、腸和乳腺)中被誘導。例如，在膀胱癌中，SPARC的表達與晚期癌癥相關。已顯示T2或更晚期的侵襲性膀胱癌相對于Tl期的膀胱瘤(或不那么淺表性的腫瘤)表達更高水平的SPARC和具有更加不良的預后(參見，例如，Yamanaka等人，J. Urology, 166，24952499 (2001))。在腦膜瘤中，SPARC的表達僅與侵襲性腫瘤相關(參見， 例如，Rempel 等人，Clincal Cancer Res. , 5, 237241 (1999)) 也已在 74. 5% 的原位侵襲性乳腺癌損傷(參見，例如，Bellahcene，等人，Am. J. Pathol.，146，95100 (1995))和 54. 2% 的乳腺浸潤性導管癌(參見，例如，Kim等人，J. Korean Med. Sc1.，13，652657(1998))中檢測到SPARC的表達。SPARC的表達還與乳腺癌的頻繁微鈣化相關(參見，例如，Bellahcene等人，同上)，這表明SPARC表達可能負責乳腺轉(zhuǎn)移灶對骨的親和性。
令人驚訝地，還顯示SPARC在某些系統(tǒng)中具有抗腫瘤活性。SPARC是一種有力的細胞周期抑制劑，將細胞阻止在G中期(Yan&Sage，J. Histochem. Cytochem. 47:1495-1505 (1999))，并且已顯示SPARC的誘導型表達在體外模型系統(tǒng)中抑制乳腺癌細胞的增殖(Dhanesuan 等人，Breast Cancer Res. Treat. 75:73-85 (2002))。類似地，外源SPARC可以以濃度依賴性方式減少HOSE (人卵巢表面上皮)和卵巢癌細胞的增殖。 此外，SPARC誘導卵巢癌細胞的細胞凋亡。已經(jīng)報道了存在于細胞例如卵巢上皮細胞上的 SPARC受體的另外的證據(jù)。已有人提出，SPARC對其受體的結(jié)合可能觸發(fā)介導其腫瘤抑制功能的組織特異性信號轉(zhuǎn)導途徑(Yiu等人，Am. J. Pathol. 159:609-622 (2001))。也已報道純化的SPARC在體內(nèi)異種移植物模型系統(tǒng)中強烈抑制血管生成和顯著減弱神經(jīng)母細胞瘤的腫瘤生長(Chlenski 等人，Cancer Res. 62:7357-7363 (2002))。
癌癥現(xiàn)主要利用三種類型的療法手術、放射療法和化學療法之一或其組合來進行治療。手術通常僅對于治療早期的癌癥是有效的。對于超過50%的患癌個體，在他們被診斷時，他們不再是有效手術治療的候選者。放射療法僅對于患有處于癌癥的早期和中期的臨床局限性疾病的患者有效，對于具有轉(zhuǎn)移的晚期癌癥是無效的。
化學療法包括細胞復制或細胞代謝的破壞。化學療法可以是有效的，但存在嚴重的副作用，例如嘔吐、低白細胞(WBC)、脫發(fā)、體重減輕和其它毒效應。由于極端的毒副作用， 許多患有癌癥的個體不能成功地完成完整的化學治療方案?；瘜W療法誘導的副作用明顯影響了個體的生活質(zhì)量并且可顯著地影響個體對治療的順從性。此外，與化學治療劑相關的有害副作用通常是此類藥物施用時的主要劑量限制性毒性(DLT)。例如，粘膜炎為幾種抗癌劑(包括抗代謝物細胞毒性劑5-FU、甲氨蝶呤和抗腫瘤抗生素例如多柔比星)的主要劑量限制性毒性之一。當嚴重時，這類化學療法誘導的副作用中的許多副作用可導致住院治療， 或需要利用鎮(zhèn)痛藥的治療以治療疼痛。一些患癌個體由于差的耐受而死于化療?？拱┧幬锏臉O端副作用是由此類藥物的差的靶特異性引起的。藥物在個體的大多數(shù)正常器官以及目標靶腫瘤中循環(huán)。引起副作用的差的靶特異性還降低了化學療法的功效，因為只有一部分藥物被正確靶向。化療療法的功效因抗癌藥物在靶腫瘤中的差的保留而被進一步降低。
由于癌癥的嚴重性和廣泛性，存在對這些疾病和病癥的克服手術、化學療法和放射治療的缺點的有效治療的巨大需要。具體地，鑒于與化學療法相關的嚴重副作用，需要鑒定將對化學治療方案產(chǎn)生應答或不應答的腫瘤。
發(fā)明概述
本發(fā)明提供了“SPARC微環(huán)境標簽”作為管理具有癌癥的動物的工具。所述“SPARC 微環(huán)境標簽”(SMS)是當以2種抗SPARC抗體染色組織學切片時觀察到的免疫染色式樣，第一種抗SPARC抗體優(yōu)先染色腫瘤細胞中的SPARC，第二種抗SPARC抗體優(yōu)先染色成纖維細胞中的SPARC。為了測定SMS，對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、 神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任意組合進行免疫染色并評分(作為陽性細胞百分率，在給定放大倍數(shù)下免疫染色的視野的百分率和/或從0-4的染色強度)。
在一個實施方式中，本發(fā)明提供了利用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法， 包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則施用治療有效量的所述化學治療方案。在另一個實施方式中，本發(fā)明提供了預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法，包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測對于所述化學治療方案的陽性應答。
在另一個實施方式中，本發(fā)明提供了預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險或死于該腫瘤的低風險的方法，包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細 胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測該腫瘤的進展的低風險或死于該腫瘤的低風險。
本發(fā)明還提供了用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的試劑盒，其包含
(a)具有第一抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，和
(b)具有第二抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色。


圖1顯示了臨床試驗設計的示意圖。
圖2顯示了新輔助乳腺癌試驗(N = 107)中的HER2-陰性患者的結(jié)果。圖2A顯示了無進展生存(progression free survival, PFS),圖2B顯示了總體生存(OS)(對于該患者群體未達到PFS和OS的中位數(shù))。
圖3圖示了向其他預后因子中增添SMS風險簇(risk cluster)進一步將具有低風險(O風險因子)、中等風險(I風險因子)和高風險(2風險因子)的腫瘤區(qū)分開(就縮短的PFS而言)。
圖4圖示了向其他預后因子中增添SMS風險簇進一步將具有低風險(O風險因子)、中等風險(I風險因子)和高風險(2風險因子)的腫瘤區(qū)分開(就縮短的OS而言)。
發(fā)明詳述
如本文中所使用的，術語“腫瘤”是指任何贅生性生長、增殖或細胞團，無論是良性還是惡性的(癌性的)，無論是原發(fā)部位損傷還是轉(zhuǎn)移灶。
如本文中所使用的，術語“癌癥”是指由對正常生長控制已失去易感性的細胞的增殖引起或表征的增殖性障礙。相同組織類型的癌癥通常源于相同組織，并且可基于它們的生物學特征而被分成不同亞型。癌癥的4個常見類型為癌(上皮組織衍生的)、肉瘤(結(jié)締組織或中胚層衍生的)、白血病(造血組織衍生的)和淋巴瘤(淋巴組織衍生的)。已知 200多種不同類型的癌癥，身體的每一個器官和組織可被影響。癌癥的一些具體實例(不限制癌癥的定義)可包括黑素瘤、白血病、星形細胞瘤、膠質(zhì)母細胞瘤、視網(wǎng)膜母細胞瘤、淋巴瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、何杰金氏淋巴瘤和慢性淋巴細胞性白血病。可被不同癌癥影響的器官和組織的實例包括胰腺、乳腺、甲狀腺、卵巢、子宮、睪丸、前列腺、甲狀腺、垂體、腎上腺、腎、胃、 食道或直腸、頭與頸、骨、神經(jīng)系統(tǒng)、皮膚、血液、鼻咽組織、肺、泌尿道、宮頸、陰道、外分泌腺和內(nèi)分泌腺?？蛇x擇地，癌癥可以為多中心的或具有不明原發(fā)部位(CUPS)。
如本文中所使用的，“癌細胞”是指已經(jīng)歷轉(zhuǎn)化事件并且其生長的調(diào)控不再達到與所述轉(zhuǎn)化事件之前相同的程度的細胞。
如本文中所使用的，“藥劑”為可被施用給患者或測試受試者、能夠產(chǎn)生效應的組合物。所述效應可以是化學、生物或物理效應，所述患者或測試受試者可以是人或非人動物例如嚙齒類動物或轉(zhuǎn)基因小鼠。所述組合物可包括合成制造的、自然界中發(fā)現(xiàn)的或部分合成來源的具有不同分子組成的小的有機或無機分子。該組中包括核苷酸、核酸、氨基酸、肽、 多肽、蛋白質(zhì)或包含這類實體中至少一種的復合物。藥劑可由單獨的或與藥學上可接受的賦形劑組合的有效成分組成。
如本文中所使用的，“藥學上可接受的賦形劑”包括生理上相容的任何和所有溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗菌劑、抗微生物或抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。賦形劑可適合于靜脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、肌內(nèi)、硬膜內(nèi)或口服施用。賦形劑可包括無菌含水溶液或分散體，用于即時制備無菌注射液或分散體。這類介質(zhì)用于制備藥劑的用途在本領域是已知的。
如本文中所使用的，藥劑的“藥理有效量”是指使用以這樣的濃度存在的藥劑的量所述濃度引起在藥物使用期間引起治療水平的藥物遞送。這可取決于遞送模式、劑量的時期、接受藥劑的受試者的年齡、體重、一般健康狀況、性別和飲食。確定何種劑量是“藥理有效量”需要在本領域普通技術人員的能力之內(nèi)的常規(guī)最優(yōu)化。基于給定的治療方案殺死癌細胞或縮小腫瘤大小、降低總癌癥生長(即通過減少血管生成)和/或抑制轉(zhuǎn)移的能力， 可將癌癥或癌細胞描述為對該治療方案或化學治療劑“敏感”或“具有抗性”。對治療方案有抗性的癌細胞可能對所述方案不應答并且可能繼續(xù)增殖。對治療方案敏感的癌細胞可對所述方案有應答，從而導致細胞死亡、腫瘤大小的減小、總體生長(腫瘤負荷)減少或轉(zhuǎn)移的抑制。
如本文中所使用的，“治療方案”或“療法”是指施用對癌細胞有害的至少一種試劑。按照本發(fā)明使用的適當?shù)闹委煼桨赴ǖ幌抻凇盎瘜W治療方案”、“放射治療方案”、 “替代治療方案”及其組合。
如本文中所使用的，“化學療法”是指至少一種有害地破壞癌細胞的化學治療劑的施用。存在許多臨床醫(yī)生可獲得的這類化學治療劑。可以以單次大劑量(single bolus dose)施用化學治療劑給受試者，或可以在一段時間內(nèi)以更小的劑量施用所述化學治療劑?？墒褂脝我换瘜W治療劑(單藥療法(single-agent therapy))或可組合使用超過一種試劑 (聯(lián)合治療(combination therapy)) 0可單獨使用化學療法來治療一些類型的癌癥。可選擇地，可將化學療法與其它類型的治療例如本文中描述的放射療法或替代療法(例如免疫療法)組合使用。此外，可將化學增敏劑與化學治療劑以聯(lián)合治療的方式施用。
如本文中所使用的，“化學治療劑”或“抗癌藥”是指可用于治療癌癥并且通常具有直接殺死癌細胞的能力的藥劑。化學治療劑的實例包括烷化劑、抗代謝藥、天然產(chǎn)物、激素和拮抗劑以及混雜劑(miscellaneous agents)。備選名稱的實例示于括號內(nèi)。燒化劑的實例包括氮芥例如二氯甲基二乙胺、環(huán)磷酰胺、異環(huán)磷酰胺、美法侖(L-沙可來新)和苯丁酸氮芥；乙烯亞胺類和甲基蜜胺類例如六甲嘧胺和噻替派；烷基磺酸鹽例如白消安；亞硝基脲例如卡莫司汀(BCNU)、司莫司汀(甲基-CCNU)、洛莫司汀(CCNU)和鏈佐星(鏈脲霉素)；DNA合成拮抗劑例如磷酸雌莫司汀；和三嗪例如達卡巴嗪(DTIC，二甲基-三azeno咪唑羧酰胺)和替莫唑胺?？勾x藥的實例包括葉酸類似物例如甲氨蝶呤(氨甲蝶呤)；嘧啶類似物例如氟尿嘧啶(5-氟尿嘧啶，5-FU、5FU)、氟尿苷(氟脫氧尿苷，F(xiàn)UdR)、阿糖胞苷 (胞嘧啶阿糖核苷)和吉西他濱；嘌呤類似物例如巰基嘌呤(6-巰基嘌呤，6-MP)、硫鳥嘌呤 (6-硫鳥嘌呤，TG)和噴司他丁(2’_脫氧助間型霉素，脫氧助間型霉素)、克拉屈濱和氟達拉濱；以及拓撲異構酶抑制劑例如安吖啶。天然產(chǎn)物的實例包括長春花生物堿類例如長春堿 (VLB)和長春新堿；紫杉烷類例如紫杉醇和多西他賽(泰索帝)；表鬼白毒素例如依托泊苷和替尼泊苷；喜樹堿例如托泊替坎和伊立替康；抗生素例如更生霉素(放線菌素D)、柔紅霉素(道諾霉素，紅比霉素)、多柔比星、博來霉素、絲裂霉素(絲裂霉素C)、伊達比星、表柔比星；酶例如L-天冬酰胺酶；和生物反應調(diào)節(jié)劑(biological response modifier)例如干擾素ct和白細胞介素2。激素和拮抗劑的實例包括促黃體釋放激素(luteinising releasing hormone)激動劑例如布舍瑞林；腎上腺皮質(zhì)類固醇例如潑尼松和相關制劑；孕激素例如己酸羥孕酮、醋酸甲羥孕酮和醋酸甲地孕酮；雌激素例如二乙基己烯雌酚和炔雌醇以及相關制劑；雌激素拮抗劑例如他莫昔芬和阿那曲唑；雄激素例如丙酸睪酮和氟甲睪酮以及相關制劑；雄激素拮抗劑例如氟他胺和比卡魯胺；和促性腺激素-釋放激素類似物例如亮丙瑞林。混雜劑的實例包括沙立度胺；鉬配位絡合物例如順鉬(順-DDP)、奧沙利鉬和卡鉬；蒽二酮類例如米托蒽醌；取代的脲類例如羥基脲；甲基肼衍生物例如丙卡巴肼(N-甲基肼， MIH);腎上腺皮質(zhì)抑制劑例如米托坦(O，p’ -DDD)和氨魯米特；RXR激動劑例如貝沙羅?。?和酪氨酸激酶抑制劑例如伊馬替尼。此類藥物的備選名稱和商品名稱以及化學治療劑的其它實例和它們的使用方法(包括給藥和施用方案)對于本領域普通技術人員來說是已知的。具體地，按照本發(fā)明使用的適當?shù)幕瘜W治療劑包括但不限于納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇。
Abraxane ,也稱為AB1-007,是一種優(yōu)選的化學治療劑。Abraxane 為紫杉醇的白蛋白-納米顆粒制劑。當利用鹽水重建時，使用白蛋白納米顆粒作為媒介物導致膠體形成。 基于臨床研究，已知Abraxane 的使用具有與Taxol 相比較有所減少的超敏反應的特征。 因此，術前用藥法(premedication)對于接受Abraxane 的患者不是必需的。
白蛋白-納米顆粒制劑的其它有利方面是通過排除毒性乳化劑，有可能以比對于 Taxol 可能采用的間隔更頻繁的間隔施用更高劑量的紫杉醇。由于(i)更高的可耐受劑量(300mg/m2)、(ii)更長的半衰期、(iii)延長的局部腫瘤可獲得性和/或(iv)持續(xù)的體內(nèi)釋放Abraxane ,存在實體瘤中看到增強功效的潛能。
陽性應答被定義為包括但不限于病理應答(腫瘤大小或負荷的減小)、總體存活或無進展存活，如由度量方式至少5%，優(yōu)選至少10%，更優(yōu)選至少15%，更優(yōu)選至少20%，最優(yōu)選至少25%或更多的提高顯示的。可選擇地，該度量方式顯示與無替代療法或替代療法之前相比較有統(tǒng)計上顯著的量的提高。
陰性應答包括但不限于病理進展、總存活或無進展存活減小。
如本文中所使用的，術語“放射治療方案”或“放射療法”是指殺死癌細胞的輻射的施用。輻射與細胞內(nèi)的各種分子相互作用，但導致細胞死亡的主要靶為脫氧核糖核酸 (DNA)。然而，放射療法通常還導致對細胞膜和細胞核膜或其它細胞器的損傷。DNA損傷通常包括糖-磷酸主鏈的單鏈和雙鏈斷裂。此外，存在DNA與蛋白質(zhì)的交聯(lián)，這可破壞細胞功能。取決于輻射的類型，DNA損傷的機制可變化，相對生物有效性同樣地也可變化。例如， 重粒子(即質(zhì)子、中子)直接破壞DNA并且具有更大的相對生物有效性。電磁場輻射通過主要由細胞水的電離產(chǎn)生的短壽命羥基自由基導致間接電離作用。輻射的臨床應用由外線束福射(來自外部來源)和距離放射療法(brachytherapy)(使用植入或插入患者的福射源)組成。外線束輻射由X射線和/或Y射線組成，而距離放射療法應用衰變并且發(fā)射α 粒子或β粒子以及Y射線的放射性核。
還可將放射療法與化學療法組合使用，其中化學治療劑用作放射增敏劑。適合于個體患者的放射療法的具體選擇可由進行護理的本領域技術人員通過考慮癌癥的組織和分期來確定。
如本文中所使用的，術語“替代治療方案”或“替代療法”可包括例如生物反應調(diào)節(jié)劑(包括多肽、碳水化合物和脂質(zhì)生物應答調(diào)節(jié)劑)、毒素、凝集素、抗血管生成因子、受體酪氨酸激酶抑制劑(例如Iressa (吉非替尼)、Tarceva (埃羅替尼)、Erbitux (西妥昔單抗)、伊馬替尼甲磺酸鹽(Gleevec ))、蛋白體抑制劑(例如硼替佐米，(Velcade ))； VEGFR2抑制劑例如PTK787(ZK222584)、極光激酶抑制劑(例如ΖΜ447439);雷帕霉素的哺乳動物靶(mTOR)抑制劑、環(huán)加氧酶-2(C0X-2)抑制劑、雷帕霉素抑制劑(例如西羅莫司，(Rapamune ));法呢?；D(zhuǎn)移酶抑制劑(例如替卩比法尼，(Zarnestra ));基質(zhì)金屬蛋白酶抑制劑(例如BAY12-9566 ;硫酸化多糖tecogalan);血管生成抑制劑(例如貝伐單抗(Avastin ));夫馬潔林(fumagillin)的類似物例如TNP-4 ;羧胺三唑；BB-94和 BB-2516 ;沙立度胺；白細胞介素-12 ;利諾胺；肽片段；以及針對血管生長因子和血管生長因子受體的抗體)；血小板衍生生長因子受體抑制劑、蛋白激酶C抑制劑、絲裂原活化激酶 (mitogen-activated kinase)抑制劑、絲裂原活化蛋白激酶激酶抑制劑、勞斯肉瘤病毒轉(zhuǎn)化癌基因(SRC)抑制劑、組蛋白脫乙酰基酶抑制劑、小低氧誘導因子抑制劑、hedgehog抑制劑和TGF-β信號轉(zhuǎn)導抑制劑。此外，也可在替代治療方案中考慮使用免疫治療劑。實例包括趨化因子、化學趨向素(chemotaxin)、細胞因子、白細胞介素或組織因子。適當?shù)拿庖咧委焺┻€包括含血清或Y球蛋白的預先形成抗體；非特異性免疫刺激佐劑；活性特異性免疫療法；和過繼免疫療法。此外，替代療法可包括其它基于生物 學的化學實體，例如多核苷酸， 包括反義分子、多肽、抗體、基因療法載體等?？蓪⒋祟愄娲委焺﹩为毣蚪M合或與本文中描述的其它治療方案組合施用。替代治療方案中使用的此類試劑的備選名稱和商品名稱以及替代治療方案中使用的其它實例和它們的使用方法(包括給藥和施用方案)對于本領域醫(yī)生來說是已知的。此外，在聯(lián)合療法的替代治療方案中使用化學治療劑和其它試劑的方法(包括給藥和施用方案)對于本領域普通技術人員來說也是已知的。
具體地，適當?shù)奶娲委煼桨赴ǖ幌抻卺槍Π┘毎砻嫔系姆肿拥目贵w，例如針對Her2 (例如，曲妥珠單抗)、EGF或EGF受體、VEGF (例如，貝伐珠單抗)或VEGF受體 CD20等的抗體。治療劑還包括介導補體激活、細胞介導的細胞毒性、誘導細胞凋亡、誘導細胞死亡和調(diào)理中的一個項或多項的任何抗體或抗體片段。例如，這樣的抗體片段可以是完整或部分Fe結(jié)構域。
如本文中所使用的，術語“組織學切片”是指適合用于封固在顯微鏡載玻片上并且利用任何適當?shù)姆桨溉旧慕M織樣品薄切片。如本文中所使用的，“對組織學切片進行免疫染色”是指因抗體與作為細胞內(nèi)基質(zhì)的細胞組分結(jié)合而產(chǎn)生的組織學切片的細胞和細胞內(nèi)基質(zhì)的染色。如本文中所使用的，為了“顯著(predominantly)”或“優(yōu)先 (preferentially) ”染色某一結(jié)構(例如，癌細胞優(yōu)先于成纖維細胞)，組織學切片中被優(yōu)先染色的結(jié)構的免疫染色應當具有通過病理學家利用任何適當?shù)南到y(tǒng)分級的強度，例如當由本領域普通技術人員利用顯微鏡觀察時為3/3，同時所有其它結(jié)構染色只具有1/3的強度或顯示0/3 (無染色)。
如本文中所使用的，術語“表位”是指被抗體結(jié)合的三維結(jié)構，特別地被抗體靶向的氨基酸序列。如本文中所使用的，術語“被MAB941單克隆抗體識別的表位”是指被MAB941單克隆抗體結(jié)合的SPARC的氨基酸序列。(SPARC單克隆抗體(R&D Systems, Minneapolis, MN),目錄號 MAB941)。
如本文中所使用的，“免疫顯性表位”是指被多克隆抗血清中的抗體以最大集合親合力(collective avidity)結(jié)合的三維結(jié)構。具體地，表位在利用該多克隆抗血清的免疫染色方案中負責染色模式。如本文中所使用的，術語“被AF941多克隆抗體識別的 免疫顯性 SPARC表位”是指發(fā)現(xiàn)AF941多克隆抗血清對其有最大親合力的SPARC肽和氨基酸序列。因此，對這類SPARC肽和氨基酸序列的結(jié)合和染色導致大部分被觀察到的免疫染色。(SPARC 多克隆抗體(R&D Systems, Minneapolis, MN),目錄號 AF941)。
表位作圖也可使用本領域已知的標準技術來進行。例如，來自"Epitope Mapping, "Chapter11，in Using Antibodies by Ed Harlow and David Lane. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 1999 的程序,其通過引用方式全文并入本文。通過表位作圖，可以通過標準技術容易地產(chǎn)生表位特異性抗體。
“抗體”意指但不限于單克隆抗體、多克隆抗體、二聚體、多聚體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)?？贵w可以是鼠、人、人源化、嵌合抗體或來源于其它物種。抗體為由免疫系統(tǒng)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)，其能夠識別并且結(jié)合特定抗原。靶抗原通常具有被多個抗體上的CDR 識別的多個結(jié)合位點，也稱為表位。特異性結(jié)合不同表位的每一種抗體具有不同的結(jié)構。因此，一種抗原具有超過一種相應的抗體。
抗體包括全長免疫球蛋白分子或全長免疫球蛋白分子的免疫學活性部分，即包含免疫特異性結(jié)合目標靶的抗原或其部分的抗原結(jié)合部位的分子。靶包括癌細胞或產(chǎn)生與自身免疫疾病相關的自身免疫抗體的其它細胞。
本文中公開的免疫球蛋白可以是免疫球蛋白分子的任何類別(例如，IgG、IgE、 IgM、IgD和IgA)或亞類(例如，IgGU IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2)。免疫球蛋白可來源于任何物種。
“抗體片段”包括全長抗體的一部分，其保持期望的生物活性?！翱贵w片段”通常為抗原結(jié)合部分或其可變區(qū)?？贵w片段的實例包括Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段；雙體；線性抗體；由Fab表達文庫產(chǎn)生的片段、抗獨特型(抗-1d)抗體、CDR(互補決定區(qū))和任何上述抗體的表位結(jié)合片段，其免疫特異性結(jié)合癌細胞抗原、病毒抗原或微生物抗原，單鏈抗體分子；和從抗體片段形成的多特異性抗體。
本文中提及的單克隆抗體明確地包括“嵌合”抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分與源自特定物種的抗體或?qū)儆谔囟贵w類或亞類的抗體中的相應序列相同或同源，而鏈的其余部分與源自另一物種的抗體或?qū)儆诹硪豢贵w類或亞類的抗體中的相應序列相同或同源，以及此類抗體的片段，只要它們顯示需要的生物活性(美國專利No. 4，816，567)。本文中的目標嵌合抗體包括“靈長類源化的(primatized)”抗體，其包含源自非人靈長類動物 (例如，舊大陸猴或猿猴)的可變結(jié)構域抗原結(jié)合序列和人恒定區(qū)序列。
“抗體依賴性的細胞介導的細胞毒性”和“ADCC”是指細胞介導的反應，其中表達 Fe受體(FcR)的非特異性細胞毒性細胞(例如，天然殺傷(NK)細胞、嗜中性白細胞和巨噬細胞)識別靶細胞上的結(jié)合抗體，隨后引起靶細胞裂解。介導ADCC的主要細胞即NK細胞僅表達Fe. ￥.1 111，而單核細胞表達？(^1 1、？(^1 11和？(^1 111。為了測定目標分子的 ADCC活性，可以進行體外ADCC測定(美國專利No. 5，003，621 ;美國專利No. 5，821，337)。 用于此類測定的有用的效應細胞包括外周血單個核細胞(PBMC)和天然殺傷(NK)細胞。
“誘導細胞死亡”的抗體為引起活細胞變成不存活的抗體。可以在補體和免疫效應細胞不存在的情況下測定體外細胞死亡，以區(qū)分由抗體依賴性的細胞介導的細胞毒性 (ADCC)或補體依賴細胞毒性(CDC)誘導的細胞死亡。因此，可以使用熱滅活 的血清(即，在補體不存在的情況下)和在免疫效應細胞不存在的情況下進行細胞死亡的測定。為了測定抗體是否能夠誘導細胞死亡，可以測定相對于未處理的細胞而言膜完整性的喪失，這可以通過碘化丙啶(PI)、臺盼藍或7AAD的攝取來評價。細胞死亡誘導性抗體是在PI攝取測定中誘導BT474細胞攝取PI的那些抗體。
“誘導細胞凋亡”的抗體是誘導程序性細胞死亡的抗體，如通過膜聯(lián)蛋白V的結(jié)合、 DNA的片段化、細胞皺縮、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膨脹、細胞片段化和/或膜囊泡(稱作凋亡小體)的形成來測定。
如本文中所使用的，“化學增敏劑”或“致敏物質(zhì)”為可增強化學治療劑、放射治療或替代治療方案的療效，從而增強這樣的治療或試劑的功效的藥劑。也可在動物例如人或嚙齒類動物中通過例如在一段時間內(nèi)測量腫瘤大小、腫瘤負荷或轉(zhuǎn)移灶的發(fā)病率來測量腫瘤或癌細胞對治療的敏感性或抗性。例如，對于人進行約2、約3、約4或約6個月，對于小鼠進行約2-4、約3-5或約4-6周。如果與在這樣的組合物或方法不存在的情況下的治療敏感性或抗性相比較，治療敏感性增加或抗性減小達到約10%或更高，例如約30%、約40%、約 50%、約60%、約70%、約80%或更高或約為2倍、約為3倍、約為4倍、約為5倍、約為10倍、 約為15倍、約為20倍或更多，則所述組合物或治療方法可增加腫瘤或癌細胞對治療性治療的反應敏感性。測定對治療性治療的敏感性或抗性在本領域是常規(guī)的，并且在本領域普通技術人員的能力范圍之內(nèi)。
術語“肽”、“多肽”和“蛋白質(zhì)”可互換使用，意指由通過肽鍵或經(jīng)修飾的肽鍵例如肽等排物(peptide isostere)(經(jīng)修飾的肽鍵)(其可為肽提供額外的期望的性質(zhì)例如增加半衰期)共價連接的至少兩個氨基酸殘基組成的化合物。肽可包括至少兩個氨基酸。本文中描述的包含氨基酸的肽或蛋白質(zhì)還可通過天然過程例如翻譯后加工或通過本領域公知的化學修飾技術進行進一步修飾。修飾可在肽中的任何地方發(fā)生，包括肽主鏈、氨基酸側(cè)鏈和氨基或羧基末端。應理解，相同類型的修飾可以以相同或不同的程度存在于給定肽的若干位置上。
用于確定SPARC微環(huán)境標簽(SMS)的方法包括利用第一抗SPARC抗體(其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色)和利用第二抗SPARC抗體(其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色)對腫瘤的組織學切片進行免疫染色。利用兩種不同的抗體測定七個組分的SPARC表達腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)(間質(zhì))、血管、神經(jīng)和腫瘤內(nèi)的其它正常解剖組織。測定每一個視野內(nèi)染色細胞的百分比、染色強度(0-4)和腫瘤的每個組分的總體評分(因變量)(每患者的總變量-J個組分x2種抗體x3個評分=42個被評分的變量)。
在本發(fā)明的所有方法中，可以使用本領域普通技術人員已知的任何適當?shù)姆椒ㄨb定合適的抗-SPARC抗體，例如組織微陣列，以測定腫瘤和成纖維細胞SPARC染色的正確分布?？梢允褂猛ㄟ^本領域已知的標準技術制備的單克隆抗體和多克隆抗體。一種特別優(yōu)選的抗SPARC抗體是識別被AF941多克隆抗體識別的免疫顯性表位的抗體，其可用于優(yōu)先免疫染色腫瘤細胞。
可使用Beecher Instruments Micro Tissue Array er來建立包含來自選定塊的一式二份重復的O. 6-mm核心的組織微陣列。可從完成的陣列塊切割4微米厚的切片，將其轉(zhuǎn)移至硅烷化的載玻片上。隨后可用蘇木精和伊紅對來自這些陣列的切片進行染色以估計適合性。微波抗原恢復將載玻片在高壓鍋(Nordic Ware)中置于IOmM朽1檬酸鹽緩沖液 (pH6. O)中，以大功率進行微波加熱直至緩沖液在壓力下沸騰4分鐘。此時，終止微波加熱， 將載玻片在高壓鍋內(nèi)再溫育20分鐘，之后將它們?nèi)〕霾⑵?。蛋白酶抗原恢復按照提供商推薦的方案在蛋白酶-1溶液(Ventana)中溫育4分鐘。
在一個實施方式中，本發(fā)明提供了利用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法， 包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
Ce)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則施用治療有效量的所述化學治療方案。
本發(fā)明提供了用于以化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法中的幾個示例性的預先確定的SMS。一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
用于以化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法中的另一個示例性的預先確定的 SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性， 并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
用于以化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法中的另一個示例性的預先確定的 SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性， 并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
用于以化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法中的另一個示例性的預先確定的 SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
在使用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法的優(yōu)選實施方式中，腫瘤是乳腺癌，并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
在使用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法的另一個優(yōu)選實施方式中，腫瘤是乳腺癌，并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。在特別優(yōu)選的實施方式中，腫瘤是Her2陰性乳腺癌，并且化學治療方案包括術前治療和術后治療， 所述術前治療包 括6個周期的以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(nab-Paclitaxel) (175mg/m2)、吉西他濱(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治療14天，所述術后治療包括4個周期的以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他濱(2000mg/m2)治療14天。
在使用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法的另一個特別優(yōu)選實施方式中，腫瘤是Her2乳腺癌，并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性， 并且所述化學治療方案包括6個周期的(a)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/ m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇；(b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6 ;(c) 4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗jP(d)5mg/kg/周的貝伐單抗。在這6個周期之后，通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
在使用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法的另一個優(yōu)選實施方式中，腫瘤是胰腺癌，化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇，并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
在使用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法的另一個優(yōu)選實施方式中，腫瘤是黑素瘤，并且所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇，并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過約50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
在另一個實施方式中，本發(fā)明提供了預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法，包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測對于所述化學治療方案的陽性應答。
本發(fā)明還提供了預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法，包括使用識別AF941多克隆抗體所識別的免疫顯性表位的抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，如果所述抗SPARC抗體對組織學切片中的腫瘤細胞有染色，則預測對于所述化學治療方案的陽性應答。具體地，本發(fā)明提供了預測腫瘤對化學治療方案的應答的方法，其中所述化學治療方案包括施用白蛋白結(jié)合型納米顆粒紫杉醇和吉西他濱。
本發(fā)明還提供了預測動物內(nèi)的腫瘤對化學治療方案的應答的方法，其中“應答”定義為但不限于病理應答、總體存活或無進展存活。所述方法包括用抗SPARC抗體對所述腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述抗SPARC抗體識別被MAB941單克隆抗體識別的表位，以及如果該抗SPARC抗體對組織學切片中的腫瘤細胞存在染色，則預測對所述化學治療方案的不良應答。具體地，本發(fā)明提供了預測胰腺癌對化學治療方案的應答的方法，其中所述化學治療方案包括施用白蛋白結(jié)合型納米顆粒紫杉醇和吉西他濱。
本發(fā)明提供了用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的幾個示例性的預先確定的SMS。一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的另一個示例性的預先確定的 SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性， 并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法中的另一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法中的另一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
在另一實施方式中，本發(fā)明提供了預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法，包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測進展的低風險。
本發(fā)明提供了用于預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的幾個示例性的預先確定的SMS。一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70% 的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50% 的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法中的另一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。在優(yōu)選實施方式中，具有該預先確定的SMS的腫瘤是乳腺癌腫瘤。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法中的另一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。在優(yōu)選實施方式中，具有該預先確定的SMS 的腫瘤是胰腺癌腫瘤。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法中的另一個示例性的預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。在優(yōu)選實施方式中，具有該預先確定的SMS的腫瘤是黑素瘤。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法的優(yōu)選實施方式，其中腫瘤是乳腺癌，包括預先確定的SMS，其包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法還可以包括向該動物使用化學治療方案。在優(yōu)選實施方式中，所述化學治療方案包括紫杉醇。
在另一實施方式中，本發(fā)明提供了預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤的低風險的方法，包括
(a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微·環(huán)境標簽，
(b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC 抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(C)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗 SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色，
(d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、 成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和
(e)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測該動物具有死于該腫瘤的低風險。
本發(fā)明提供了用于預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤的低風險的幾個示例性的預先確定的SMS。用于預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤的低風險的方法的優(yōu)選實施方式，其中腫瘤是乳腺癌，包括預先確定的SMS，其包括這樣的免疫染色至少70% 的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50% 的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤(其中所述腫瘤是乳腺癌)的低風險的另一個優(yōu)選實施方式包括預先確定的SMS，其包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤(其中所述腫瘤是胰腺癌)的低風險的另一個優(yōu)選實施方式包括預先確定的SMS，其包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
用于預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤(其中所述腫瘤是黑素瘤)的低風險的另一個優(yōu)選實施方式包括預先確定的SMS，其包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、 炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過約50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、 間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
預測具有腫瘤的動物是否具有死于該腫瘤的低風險的方法還可以包括向該動物使用化學治療方案。在優(yōu)選實施方式中，所述化學治療方案包括紫杉醇。
本發(fā)明還提供了用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的試劑盒，其包含
(a)具有第一抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，
(b)具有第二抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色。
本發(fā)明的方法包括但不限于這樣的實施方式，其中所述腫瘤是下列類型的腫瘤， 例如口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性髓樣白血病、慢性髓樣白血病和肛門腫瘤。
在本發(fā)明的優(yōu)選實施方式中，所述腫瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。在特別優(yōu)選的實施方式中，腫瘤是乳腺癌。
本發(fā)明的任何方法包括，其中所述動物是哺乳動物。更優(yōu)選地，所述動物是人。
用于本發(fā)明的化學治療方案可以是本領 域技術人員已知的任何合適的方案。優(yōu)選的化學治療方案將包括使用紫杉醇治療。更優(yōu)選的化學治療方案將包括使用納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇治療。另外，本領域技術人員將知道，化學治療方案可以包括組合治療。優(yōu)選的組合包括但不限于，白蛋白結(jié)合型紫杉醇、吉西他濱和表柔比星；白蛋白結(jié)合型紫杉醇和卡鉬；白蛋白結(jié)合型紫杉醇和曲妥珠單抗；白蛋白結(jié)合型紫杉醇和貝伐單抗。
特別優(yōu)選的化學治療方案包括下列任一項
(a)每14天的175mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他濱， 50mg/m2的表柔比星，持續(xù)6個周期，然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后進行下列術后治療 14天的220mg/m2的白蛋白結(jié)合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他濱,持續(xù)4個周期；
(b)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以吉西他濱(1000mg/m2),每4周內(nèi)持續(xù)3周；或
(C)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以卡鉬(AUC2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周。
另一個優(yōu)選化學治療方案包括6個周期的(a)在每一個“28天周期”的第1、8、 15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇；(b)在每一個“28天周期”的第I天， 卡鉬AUC6 ; (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和(d)5mg/kg/周的貝伐單抗。 在這6個周期之后，通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
以下實施例進一步例示了本發(fā)明，但是當然不應該被解釋為以任何方式限制其范圍。
實施例1
本研究的目的是評估腫瘤微環(huán)境中哪一種SPARC同種型和功能負責患者的結(jié)果， 以及特別地確定SPARC免疫染色的模式與利用納米顆粒白蛋白結(jié)合型(nab)紫杉醇(即， Abraxane )治療的患者結(jié)果之間是否存在相關性。
SPARC是多種腫瘤類型、包括乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肺癌、黑素瘤和頭頸癌中的差的預后因子，已經(jīng)表明其與增加的腫瘤血管生成、侵襲和轉(zhuǎn)移相關。nab-紫杉醇可利用白蛋白運輸?shù)膬?nèi)源途徑來進入腫瘤細胞，包括內(nèi)源細胞gp60-白蛋白受體運輸和結(jié)合由腫瘤分泌的SPARC。頭頸癌的初始臨床前研究和小型回顧性臨床研究表明腫瘤組織內(nèi)增加的內(nèi)源SPARC可預測對nab-紫杉醇治療的有利應答(Desai等人，2009，Trans One. 2，59-64)。
進行了 4個前瞻性研究，以確定SPARC腫瘤免疫染色模式即“SPARC微環(huán)境標簽”(SMS)是否可區(qū)分在利用nab-紫杉醇方案治療時具有低和高復發(fā)風險的患者。
評估了來自這4個臨床試驗的患者結(jié)果(表I)。
表1.提供樣品和結(jié)果數(shù)據(jù)的臨床試驗
權利要求
1.利用化學治療方案治療動物中的腫瘤的方法，包括 Ca)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色， Cd)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色， Ce)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則施用治療有效量的所述化學治療方案。
2.權利要求1的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管、和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
3.權利要求1的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
4.權利要求1的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
5.權利要求1的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
6.權利要求1-5任一項的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性髓樣白血病、慢性髓樣白血病和肛門腫瘤。
7.權利要求6的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
8.權利要求7的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌。
9.權利要求1-5任一項的方法，其中所述哺乳動物是人。
10.權利要求1-5任一項的方法，其中所述化學治療方案包括紫杉醇。
11.權利要求10的方法，其中所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇。
12.權利要求11的方法，其中所述化學治療方案包括下列任意(a)每14天的175mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他濱,50mg/m2的表柔比星，持續(xù)6個周期，然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后進行下列術后施用14天的220mg/m2的白蛋白結(jié)合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他濱，持續(xù)4個周期； (b)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以吉西他濱(1000mg/m2),每4周內(nèi)持續(xù)3周；或 (c)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以卡鉬(AUC2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周。
13.權利要求11的方法，其中所述化學治療方案包括6個周期的 Ca)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇； (b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6； (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和 (d)5mg/kg/周的貝伐單抗； 然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
14.權利要求1的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
15.權利要求1的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
16.權利要求15的方法，其中所述腫瘤是Her2陽性乳腺癌，并且其中所述化學治療方案包括6個周期的 (a)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇； (b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6； (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和 (d)5mg/kg/周的貝伐單抗； 然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
17.權利要求15的方法，其中所述腫瘤是Her2陰性乳腺癌，并且其中所述化學治療方案包括術前治療和術后治療，所述術前治療包括6個周期的以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(175mg/m2)、吉西他濱(2000mg/m2)和表柔比星(50mg/m2)治療14天,所述術后治療包括4個周期的以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(220mg/m2)+吉西他濱(2000mg/m2)治療14天。
18.權利要求1的方法，其中所述腫瘤是胰腺癌，所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇，并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
19.權利要求1的方法，其中所述腫瘤是黑素瘤，并且所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇，并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過大約50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
20.預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的方法，包括 Ca)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色， Cd)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤血管和腫瘤間質(zhì)的染色， Ce)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測對于所述化學治療方案的陽性應答。
21.權利要求20的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
22.權利要求20的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
23.權利要求20的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
24.權利要求20的方法，其中所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
25.權利要求20-24任一項的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性髓樣白血病、慢性髓樣白血病和肛門腫瘤。
26.權利要求25的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，胰腺癌或黑素瘤。
27.權利要求20-24任一項的方法，其中所述哺乳動物是人。
28.權利要求27的方法，其中所述化學治療方案包括紫杉醇。
29.權利要求28的方法，其中所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇。
30.權利要求29的方法，其中所述化學治療方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他濱,50mg/m2的表柔比星，持續(xù)6個周期，然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后進行下列術后施用14天的220mg/m2的白蛋白結(jié)合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他濱，持續(xù)4個周期； (b)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以吉西他濱(1000mg/m2),每4周內(nèi)持續(xù)3周；或 (c)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以卡鉬(AUC2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周。
31.權利要求29的方法，其中所述治療方案包括6個周期的 (a)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇； (b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6； (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和 (d)5mg/kg/周的貝伐單抗； 然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
32.用于預測動物中的腫瘤對于化學治療方案的應答的試劑盒，其包含 (a)具有第一抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色，和 (b)具有第二抗SPARC抗體的免疫染色劑，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色。
33.預測具有腫瘤的動物是否具有該腫瘤的進展的低風險的方法，包括 (a)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色， (d)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色，和 Ce)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測進展的低風險。
34.權利要求33的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少約70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
35.權利要求33的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性
36.權利要求33的方法，其中所述腫瘤是胰腺癌并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
37.權利要求33的方法，其中所述腫瘤是黑素瘤并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過約50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
38.權利要求33的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性髓樣白血病、慢性髓樣白血病和肛門腫瘤。
39.權利要求38的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
40.權利要求39的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌。
41.權利要求38的方法，其中所述哺乳動物是人。
42.權利要求38的方法，其中使用包括紫杉醇的化學治療方案治療所述哺乳動物。
43.權利要求42的方法，其中所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇。
44.權利要求43的方法，其中所述化學治療方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他濱,50mg/m2的表柔比星，持續(xù)6個周期，然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后進行下列術后施用14天的220mg/m2的白蛋白結(jié)合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他濱，持續(xù)4個周期； (b)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以吉西他濱(1000mg/m2),每4周內(nèi)持續(xù)3周；或 (c)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以卡鉬(AUC2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周。
45.權利要求43的方法，其中所述化學治療方案包括6個周期的 Ca)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇； (b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6； (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和 (d)5mg/kg/周的貝伐單抗； 然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
46.預測具有腫瘤的動物是否具有死于腫瘤的低風險的方法，包括 Ca)制備所述腫瘤的多個組織學切片以獲得SPARC微環(huán)境標簽(SMS)， (b)利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細胞內(nèi)的SPARC染色， (c)利用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學切片進行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細胞內(nèi)的SPARC染色， Cd)測定第一抗SPARC抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤細胞、成纖維細胞、炎性細胞、無細胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、腫瘤內(nèi)的正常解剖組織或其任何組合的染色， Ce)如果免疫染色顯示出預先確定的SMS，則預測具有死于該腫瘤的低風險。
47.權利要求46的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于約70%的腫瘤細胞、成纖維細胞、血管、間質(zhì)和炎性細胞對于第一抗體的染色為陽性，并且至少50%的炎性細胞和至少70%的血管，和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性。
48.權利要求46的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色至少60%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且至少60%的腫瘤細胞對于第二抗體的染色為陽性。
49.權利要求46的方法，其中所述腫瘤是胰腺癌并且所述預先確定的SMS包括這樣的免疫染色小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第一抗體的染色為陽性，并且小于50%的腫瘤細胞、血管和間質(zhì)對于第二抗體的染色為陽性，并且血管具有以第二抗體的至少適中的陽性評分。
50.權利要求46的方法，其中所述腫瘤是黑素瘤并且預先確定的SMS包括這樣的免疫染色腫瘤細胞、血管、炎性細胞和成纖維細胞對于第一抗體具有不超過2+的強度；不超過約50%的腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的染色為陽性；腫瘤細胞、血管、炎性細胞、間質(zhì)和成纖維細胞對于第一抗體的評分為不高于輕微陽性。
51.權利要求46的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細胞性白血病、慢性淋巴細胞性白血病、急性髓樣白血病、慢性髓樣白血病和肛門腫瘤。
52.權利要求51的方法，其中所述腫瘤是乳腺癌，胰腺癌，肺癌或黑素瘤。
53.權利要求46-51任一項的方法，其中所述哺乳動物是人。
54.權利要求46的方法，其中使用包括紫杉醇的化學治療方案治療所述哺乳動物。
55.權利要求54的方法，其中所述化學治療方案包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇。
56.權利要求54的方法,其中所述化學治療方案包括下列任意 (a)每14天的175mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇,2000mg/m2吉西他濱,50mg/m2的表柔比星，持續(xù)6個周期，然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后進行下列術后施用14天的220mg/m2的白蛋白結(jié)合型紫杉醇和2000mg/m2的吉西他濱，持續(xù)4個周期； (b)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100-150mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以吉西他濱(1000mg/m2),每4周內(nèi)持續(xù)3周；或 (c)每周施以白蛋白結(jié)合型紫杉醇(100mg/m2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周，和每周施以卡鉬(AUC2)，每4周內(nèi)持續(xù)3周。
57.權利要求54的方法，其中所述治療方案包括6個周期的 Ca)在每一個“28天周期”的第1、8、15天，125mg/m2的新輔助療法白蛋白結(jié)合型紫杉醇； (b)在每一個“28天周期”的第I天，卡鉬AUC6； (c)4mg/kg載量、然后2mg/kg/周的曲妥珠單抗；和 (d)5mg/kg/周的貝伐單抗； 然后通過手術切除原發(fā)腫瘤，然后施以治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐單抗持續(xù)52周。
全文摘要
本發(fā)明提供了用于預測對化學療法的應答的多參數(shù)的基于抗SPARC抗體的技術。
文檔編號A61P35/00GK103002905SQ201180034954
公開日2013年3月27日 申請日期2011年6月3日 優(yōu)先權日2010年6月3日
發(fā)明者V·德留, 劉西平, N·德賽 申請人:阿布拉西斯生物科學有限責任公司