專(zhuān)利名稱(chēng)：用于治療、診斷和監(jiān)控類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明提供鑒定、診斷和預(yù)后類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，以及治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法。還提供了用于鑒定有效類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎治療劑和預(yù)測(cè)對(duì)類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎治療劑的應(yīng)答性的方法。
背景技術(shù)：
類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)是影響美國(guó)1. 3-2. 1百萬(wàn)人的臨床上重要的慢性全身性自身免疫性炎性疾病(參見(jiàn)例如，Alamanosa禾ロ Drosos，Autoimmun. Rev.，4 130—136 Q005))。 RA是病因未知的自身免疫病癥。大多數(shù)RA患者遭受疾病的慢性過(guò)程，即使用目前可用的療法，所述疾病也可能導(dǎo)致進(jìn)行性關(guān)節(jié)破壞、畸形、殘疾和甚至早期死亡。超過(guò)9百萬(wàn)次醫(yī)生就診和超過(guò)250，000次住院治療/年起因于RA。RA的診斷一般依賴(lài)于患者的體征和癥狀的臨床和實(shí)驗(yàn)室評(píng)估。一般地，RA疑似患者的實(shí)驗(yàn)室評(píng)估可以包括測(cè)定在血清中稱(chēng)為類(lèi)風(fēng)濕因子(RF)的特定抗體和針對(duì)環(huán)胍氨酸肽的抗體(抗CCP)的水平。(參見(jiàn)例如，Schellekens等人，Arthritis Rheum.， 43 :155-163(2000) ；DiFranco 等人，Rev. Rheum. Engl. Ed.，66 (5) :25 ト 255 (1999)； Rantapaa-Dahlqvist φ A, Arthritis Rheum. , 48 :2741-2749 (2003) ；Li φ 人， Bioinformatics22 (12) :1503-1507 (2006) ；Russell 等人，J. Rheumatol. ,33(7) 1240-1242(2006) ；Ota,Rinsho byori. Jap. J. Clin. Pathol. ,54(8)861-868(2006) ；Avouac 等人，Ann. Rheum. Dis. ,65(7) :845-851 (2006))。雖然這些抗體常在RA患者的血清中出現(xiàn)， 但并非所有RA患者具有它們。還可以使用稱(chēng)為紅細(xì)胞沉降率(ESR)的一個(gè)另外血液檢驗(yàn)。 升高的ESR指示炎癥過(guò)程的一般存在，盡管不一定是RA。進(jìn)ー步的血液檢驗(yàn)可以用于評(píng)估已與RA相關(guān)的其他因子例如C反應(yīng)蛋白(CRP)的水平。此外，可以執(zhí)行受累關(guān)節(jié)的射線影像學(xué)分析?？傊?，用于診斷RA的目前可用實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)是不精確和不完善的。在某些情況下，如果患者滿足某些美國(guó)風(fēng)濕病學(xué)會(huì)(American College of Rheumatology) (ACR)標(biāo)準(zhǔn)，那么做出RA的診斷。某些此類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)包括在最大限度改善前持續(xù)至少1小時(shí)的在關(guān)節(jié)中和周?chē)某拷?個(gè)或更多個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域的關(guān)節(jié)炎至少3個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域已同時(shí)由醫(yī)生觀察到的具有軟組織腫脹或液體(并非単獨(dú)的骨生長(zhǎng)過(guò)度)；該14個(gè)可能的關(guān)節(jié)區(qū)域(右和左)是近端指間(PIP)、掌指(MCP)、腕、肘、膝、踝和跖趾(MTP)關(guān)節(jié)；手關(guān)節(jié)的關(guān)節(jié)炎如上腫脹的至少ー個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域在腕、MCP或PIP關(guān)節(jié)中；對(duì)稱(chēng)性關(guān)節(jié)炎在身體兩側(cè)上(PIP、MCP或MTP關(guān)節(jié)的雙側(cè)牽涉是可接受的，無(wú)需絕對(duì)對(duì)稱(chēng))的相同關(guān)節(jié)區(qū)域 (如在上文3個(gè)或更多個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域的關(guān)節(jié)炎中)的同時(shí)累及；類(lèi)風(fēng)濕結(jié)節(jié)由醫(yī)生觀察到的在骨隆起部或伸側(cè)面上方或在近關(guān)節(jié)區(qū)中的皮下結(jié)節(jié)；血清類(lèi)風(fēng)濕因子通過(guò)任何方法證實(shí)的異常量的血清類(lèi)風(fēng)濕因子，少于正常對(duì)照患者的5%的量是陽(yáng)性的；射線影像學(xué)變化在后前位手和腕X射線上的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎典型的射線影像學(xué)變化，這必須包括定位于累及關(guān)節(jié)或鄰近累及關(guān)節(jié)最顯著的侵蝕或明確的骨質(zhì)脫鈣(單獨(dú)的骨關(guān)節(jié)炎變化不合格)。如果患者滿足至少4個(gè)上述標(biāo)準(zhǔn)，那么一般做出RA的診斷。許多公開(kāi)的研究報(bào)道用于診斷和預(yù)后目的的可靠生物標(biāo)記的嘗試鑒定。(參見(jiàn)例如，Rioja 等人，Arthritis and Rheum. 58 (8) :2257-2267(2008) ；Pyrpasopoulou等 A, Mol. Diagn. Ther. 14(1) :43-48(2010) ；W02004/0009479 ；W02007/0105133 ；W02007/038501 ；W02007/135568 ；W02008/104608 ；W02008/056198 ；W02008/132176 ；和W02008/1M423)。然而，未鑒定出臨床上驗(yàn)證的診斷標(biāo)記，例如生物學(xué)標(biāo)記，使得臨床醫(yī)生或其他人能夠精確地定義類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的應(yīng)答、預(yù)后、或發(fā)展該疾病的危險(xiǎn)。相應(yīng)地，當(dāng)RA患者尋求治療時(shí)，在尋找對(duì)于特定患者有效的一種或多種治療劑中會(huì)涉及相當(dāng)多的試錯(cuò)。為了找到最有效治療，這些試錯(cuò)常常涉及相當(dāng)大的危險(xiǎn)且使患者不適。因此，需要更有效的方法用于確定哪些患者響應(yīng)何種治療和用于將此確定結(jié)果并入RA患者的更有效治療方案內(nèi)。因此，高度有利的是，存在另外的診斷方法，包括基于分子的診斷方法，可以用于客觀地鑒定患者中該疾病的存在和/或分類(lèi)該疾病，定義類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的應(yīng)答(包括對(duì)各種RA治療劑治療的應(yīng)答)、預(yù)后、和/或發(fā)展類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的危險(xiǎn)。此外，具有與疾病的各種臨床的和/或病理生理學(xué)的和/或其他的生物學(xué)指示物相關(guān)的基于分子的診斷標(biāo)記，將是有利的。因此，存在鑒定與類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎以及其他自身免疫病癥相關(guān)的新分子生物標(biāo)記的持續(xù)需要。此類(lèi)相關(guān)性將極大地有利于鑒定患者中類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的存在或確定發(fā)展該疾病的易感性。此類(lèi)相關(guān)性還將有利于鑒定RA的病理生理學(xué)方面、臨床活性、對(duì)治療的應(yīng)答或預(yù)后。此外，與此類(lèi)相關(guān)性有關(guān)的統(tǒng)計(jì)學(xué)上和生物學(xué)上的顯著和可重現(xiàn)的信息可以在鑒定特定的患者亞集的努力中用作一個(gè)組成組分，所述亞集的患者預(yù)期將顯著獲益于特定治療劑的治療，例如其中治療劑是或已在臨床研究中被證實(shí)在此類(lèi)特定RA患者亞群中具有治療益處。本文描述的本發(fā)明滿足上述需要且提供其他益處。本文引用的所有參考文獻(xiàn)，包括專(zhuān)利申請(qǐng)和出版物，為了任何目的整體引入作為參考。發(fā)明概述本發(fā)明的組合物和方法至少部分基于類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)的4個(gè)新型獨(dú)特分子表型(本文也稱(chēng)為分子亞型)的定義。本文描述的這4個(gè)RA分子亞型的定義基于在這些亞型之間的差異性基因表達(dá)、和每個(gè)分子亞型與關(guān)節(jié)病理學(xué)的某些組織學(xué)指標(biāo)以及某些生物學(xué)途徑的顯著相關(guān)性。術(shù)語(yǔ)“分子表型”和“分子亞型”在本文中可互換使用。相應(yīng)地，在一個(gè)方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富淋巴樣(L)亞型，的治療靶。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自表5中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自表1中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自由表5中列出的基因之一或其組合編碼的一個(gè)蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自由表1中列出的基因之一或其組合編碼的一個(gè)蛋白質(zhì)之或蛋白質(zhì)組合。在特定實(shí)施方案中，L亞型治療靶選自由表10中列出的基因之一或組合編碼的一個(gè)蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合。在特定實(shí)施方案中，RA的L亞型治療靶選自⑶20(與MS4A1同義)、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2R γ、CD19、HLAII, CD79a、CD79b、FcRH5 (與 IRTA2 同義)、CD38、IL21R、IL12R0 1 和 IL12R0 2 中的一種或多種。在另一個(gè)方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為L(zhǎng)亞型，的方法包括測(cè)量表5中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表5中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)的量。在特定實(shí)施方案中，表5中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是L亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷L亞型RA的方法包括測(cè)量表1中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表1中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)的量。在特定實(shí)施方案中，表1中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是L亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷L亞型RA的方法包括測(cè)量表10中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表10中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)的量。在特定實(shí)施方案中，表10中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是L亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷RA的L亞型的方法包括測(cè)量CXCL13、FcRH5 (與IRTA2 同義)、sFcRH5(與 sIRTA2 同義),LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM, IgG和XBPl中的一種或多種的基因表達(dá)或蛋白質(zhì)表達(dá)。在特定實(shí)施方案中，診斷RA的L亞型的方法包括測(cè)量血清中CXCL13和/或sFcRH5和/或RF的蛋白質(zhì)表達(dá)。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時(shí)，患者診斷患有L亞型RA。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時(shí)，患者診斷患有L亞型RA。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)血清為RF陽(yáng)性、且當(dāng)與對(duì)照樣品比較sFcRH5的血清水平升高時(shí)，患者診斷患有L亞型RA。在特定此類(lèi)實(shí)施方案中，sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)血清為RF陽(yáng)性、且當(dāng)與對(duì)照樣品比較sFcRH5和CXCL13的血清水平都升高時(shí)，患者診斷患有L亞型RA。在特定此類(lèi)實(shí)施方案中，sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml，并且CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于 300pg/ml。在另一個(gè)方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富髓樣(M)亞型，的治療靶。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自表6中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自表2中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自表11中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自由表6中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自由表2中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，M亞型治療靶選自由表11中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，RA 的 M 亞型治療靶選自 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、IL1RAP、IRAK1、NRP2、TREMl和VEGF中的一種或多種。在另一個(gè)方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為M亞型，的方法包括測(cè)量表6中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表6中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)的量。在特定實(shí)施方案中，表6中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是M亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷M亞型RA的方法包括測(cè)量表2中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表2中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表2中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是M亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷M亞型RA的方法包括測(cè)量表11中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表11中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表11中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是M亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷RA的M亞型的方法包括測(cè)量ADAM8、CTSB, CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的一種或多種的基因表達(dá)或蛋白質(zhì)表達(dá)。在另一個(gè)方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富成纖維細(xì)胞2型(F》亞型，的治療靶。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自表7中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自表3中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自表12中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自由表7中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自由表3中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)2亞型治療靶選自由表12中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，RA的F2亞型治療靶選自IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中的一種或多種。在另一個(gè)方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為F2亞型，的方法包括測(cè)量表7中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表7中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表7中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是F2亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷F2亞型RA的方法包括測(cè)量表3中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表3中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表3中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是F2亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷F2亞型RA的方法包括測(cè)量表12中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表12中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表12中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是F2亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷RA的F2亞型的方法包括測(cè)量FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNTl 1、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZDlO、FZD7、FZD8 和 IL17D 中的一種或多種的基因表達(dá)或蛋白質(zhì)表達(dá)。在另一個(gè)方面，提供了用于治療RA的特定分子亞型，本文描述為富成纖維細(xì)胞1型(Fl)亞型，的治療靶。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自表8中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自表4中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自由表8中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自由表4中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，F(xiàn)l亞型治療靶選自由表13中列出的基因之一或其組合編碼的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，RA的Fl亞型治療靶選自⑶Hll、ITGAll和CLECl IA中的一種或多種。
在另一個(gè)方面，診斷RA的特定亞型，本文描述為Fl亞型，的方法包括測(cè)量表8中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表8中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表8中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是Fl亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷Fl亞型RA的方法包括測(cè)量表4中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表4中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表4中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是Fl亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷Fl亞型RA的方法包括測(cè)量表13中列出的基因之一或其組合的基因表達(dá)，或測(cè)量由表13中列出的基因之一或其組合表達(dá)的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，表13中鑒定的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)是Fl亞型的生物標(biāo)記。在特定實(shí)施方案中，診斷RA的Fl亞型的方法包括測(cè)量ITGAl 1、MMPll、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的一種或多種的基因表達(dá)或蛋白質(zhì)表達(dá)。在一個(gè)方面，基因表達(dá)通過(guò)微陣列進(jìn)行測(cè)量。在另一個(gè)方面，基因表達(dá)通過(guò)實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)(qPCR)進(jìn)行測(cè)量。在另一個(gè)方面，基因表達(dá)通過(guò)多重PCROmiltiplex-PCR)進(jìn)行測(cè)量。根據(jù)另一個(gè)實(shí)施方案，基因表達(dá)通過(guò)觀察上述基因的蛋白質(zhì)表達(dá)水平進(jìn)行測(cè)量。根據(jù)另一個(gè)實(shí)施方案，當(dāng)與健康對(duì)照比較時(shí)，如果目的基因的相對(duì)mRNA水平大于對(duì)照基因mRNA水平的2倍，那么目的基因的表達(dá)視為升高的。根據(jù)另一個(gè)實(shí)施方案，與健康對(duì)照基因表達(dá)水平比較，目的基因的相對(duì)mRNA水平為大于3倍、10倍、15倍、20倍、25倍或30倍。在一個(gè)方面，基因表達(dá)水平通過(guò)選自PCR法、微陣列法或免疫測(cè)定法的方法進(jìn)行測(cè)量。在一個(gè)實(shí)施方案中，微陣列法包括使用具有一種或多種核酸分子或具有一種或多種多肽(例如肽或抗體)的微陣列芯片，其中所述核酸分子可以在嚴(yán)格條件下與編碼上述基因的核酸分子雜交，所述多肽可以與由上述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)結(jié)合。在一個(gè)實(shí)施方案中，PCR法是qPCR。在一個(gè)實(shí)施方案中，PCR法是多重PCR。根據(jù)一個(gè)實(shí)施方案，免疫測(cè)定法包括使抗體與患者樣品中由上述基因表達(dá)的蛋白質(zhì)結(jié)合，并且測(cè)定來(lái)自患者樣品的蛋白質(zhì)水平是否升高。在特定實(shí)施方案中，免疫測(cè)定法是酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)。在特定實(shí)施方案中，通過(guò)ELISA測(cè)量CXCLl3、sFcRH5和/或RF的蛋白質(zhì)表達(dá)。在一個(gè)方面，提供了鑒定受試者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎亞型的方法，該方法包括測(cè)量得自受試者的生物樣品中與特定亞型相關(guān)的一種或多種基因的表達(dá)、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)的表達(dá)。在一個(gè)方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口 XBPl。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)選自CXCL13和sFcRH5。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)選自CXCL13和sFcRH5。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)是CXCL13和sFcRH5。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時(shí)，RA的亞型鑒定為L(zhǎng)亞型。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時(shí)，RA的亞型鑒定為L(zhǎng)亞型。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 S100A11。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自 FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNTll、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCUENPEP,POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和 VWF。
在另一個(gè)方面，提供了用于預(yù)測(cè)RA受試者是否響應(yīng)RA治療劑的方法，該方法包括測(cè)量得自受試者的生物樣品中與RA的分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽(signature)中的一種或多種基因的表達(dá)、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)(蛋白質(zhì)標(biāo)簽)的表達(dá)。在一個(gè)方面，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關(guān)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2 同義)、sFcRH5(與 sIRTA2 同義),LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBP1。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自CXCL13、sFcRH5和RF。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品。在特定實(shí)施方案中，RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑選自CD22抗體、CD20抗體、BR3抗體和BR3-Fc免疫粘附素。在特定實(shí)施方案中，CD20抗體選自利妥昔單抗(rituximab)、替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan)、托西莫單抗(tositumomab)、1F5、2H7和A20。在某些實(shí)施方案中，提供了用于預(yù)測(cè)RA受試者是否響應(yīng)利妥昔單抗的方法，其包括測(cè)量CXCL13、sFcRH5和/或RF的血清水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml時(shí)，預(yù)測(cè)RA受試者響應(yīng)利妥昔單抗。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時(shí)，預(yù)測(cè)RA受試者響應(yīng)利妥昔單抗。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml且sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時(shí)，預(yù)測(cè)RA受試者響應(yīng)利妥昔單抗。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)血清為RF陽(yáng)性、并且CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml且sFcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml時(shí)，預(yù)測(cè)RA受試者響應(yīng)利妥昔單抗。在另一個(gè)方面，上述基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 禾口 S100A11。在另外一個(gè)方面，上述基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D。在另外一個(gè)方面，上述基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、！ Ε1和VffF0在特定實(shí)施方案中，RA治療劑靶向選自細(xì)胞因子/趨化因子、淋巴細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、成骨細(xì)胞和破骨細(xì)胞的生物學(xué)途徑。在特定實(shí)施方案中，RA治療劑選自TNF α抑制劑、B細(xì)胞拮抗劑、IL-17A/F結(jié)合劑、IL-6結(jié)合劑、共刺激抑制劑例如
途徑抑制劑、⑶4結(jié)合劑。在特定實(shí)施方案中，途徑抑制劑是CTLA4-Ig。在另外一個(gè)方面，提供了診斷或預(yù)后受試者中的RA的方法，該方法包括測(cè)量得自受試者的生物樣品中與特定亞型相關(guān)的一種或多種基因、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)的表達(dá)。在一個(gè)方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自CXCLl3, FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 和 XBPl。在特定實(shí)施方案中，該方法包括測(cè)量得自受試者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5和/或RF的蛋白質(zhì)表達(dá)。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時(shí)，患者診斷或預(yù)后為L(zhǎng)亞型RA。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時(shí)，患者診斷或預(yù)后為L(zhǎng)亞型RA。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品為RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)選自CXCL13和sFcRH5之一。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)是CXCL13和sFcRH5兩者。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自reF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF@ 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FS)7、FZD8和IL17D。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、！1IE1和VffF0 在再進(jìn)一步的方面，提供了幫助診斷或預(yù)后受試者中的RA的方法，該方法包括測(cè)量得自受試者的生物樣品中與給定亞型相關(guān)的一種或多種基因、或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)的表達(dá)。在一個(gè)方面，RA的亞型選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是L亞型，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自CXCL13、FcRH5(與IRTA2同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口 XBPl。在特定實(shí)施方案中，該方法包括測(cè)量得自受試者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5和/或RF的蛋白質(zhì)表達(dá)。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)CXCL13的血清水平大于116. 6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于200pg/ml、或大于250pg/ml、或大于300pg/ml時(shí)，幫助L亞型RA的診斷或預(yù)后。在特定實(shí)施方案中，當(dāng)FcRH5的血清水平大于126. 7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于200ng/ml、或大于250ng/ml、或大于300ng/ml時(shí)，幫助L亞型RA的診斷或預(yù)后。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)選自CXCL13和sFcRH5之一。在特定實(shí)施方案中，生物樣品是血清樣品，血清樣品是RF陽(yáng)性，并且測(cè)量的蛋白質(zhì)表達(dá)是CXCL13和sFcRH5兩者。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是M亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMU IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是F2亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，RA的亞型是Fl亞型，并且該一種或多種基因或由所述基因編碼的一種或多種蛋白質(zhì)選自 ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和 VWF。 在一個(gè)方面，治療受試者中的RA的方法，在所述受試者中已檢測(cè)到與RA的分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽。在一個(gè)方面，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關(guān)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包括選自 CXCL13、FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且蛋白質(zhì)標(biāo)簽包括選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自 reF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF@ 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自 ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和VWF的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。 在另一個(gè)方面，提供了治療具有RA的分子亞型的受試者的方法，該方法包括給受試者施用有效治療受試者中的亞型的治療劑，在所述受試者中已檢測(cè)到與RA的該分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽。在一個(gè)方面，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關(guān)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含選自 CXCLl3, FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ADAM8、CTSB, CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFU ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、ΜΜΡ28、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl和VWF的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。 在另一個(gè)方面，提供了包括制造RA治療劑的方法，其包括將治療劑連同給受試者施用治療劑的說(shuō)明書(shū)包裝在一起，所述受試者患有或被認(rèn)為患有RA，并且在所述受試者中已檢測(cè)到與RA的分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽。在一個(gè)方面，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與選自如本文描述的L亞型、M亞型、F2亞型和Fl亞型的RA分子亞型相關(guān)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含選自CXCL13、FcRH5 (與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自CXCL13、sFcRH5 (與sIRTA2同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG*XBPl 的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAM1、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 S100A11 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGFβ 2、WNTl 1、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZDlO、FZD7、FZD8 禾Π IL17D 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ITGAl 1、ΜΜΡ11、ΜΜΡ13、ΜΜΡ16、ΜΜΡ28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRCU ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。 在另一個(gè)方面，提供了用于選擇進(jìn)行RA治療劑治療的RA患者的方法，該方法包括檢測(cè)與RA的分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽的存在。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含選自 CXCLl3, FcRH5 (與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP,TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與SIRTA2同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8和IL17D的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ITGA11、MMP11、MMP13、MMP16、MMI^8、ADAMl2、ADAM22、CTSK、CTHRCU ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在另一個(gè)方面，提供了評(píng)估受試者中或得自受試者的樣品中的RA階段的方法，該方法包括檢測(cè)得自受試者的生物樣品中與RA的分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽的存在。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含表1或表5中列出的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表1或表5或表10中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表1或表5或表10中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽包含選自CXCL13、FcRH5 (與IRTA2同義)、sFcRH5 (與sIRTA2同義)丄1^、扣六10、11^18、卩六0六卩、了咿1 卩7、18了、1611、186和父8卩1的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽與L亞型相關(guān)，并且蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自CXCL13、sFcRH5(與sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 和 XBPl 的蛋白質(zhì)之一或組合。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含CXCL13、sFcRH5和/或RF。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表2或表6或表11中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表2或表6或表11中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與M亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 和 SlOOAl 1 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表3或表7或表12中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表3或表7或表12中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與F2亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 ILl7D 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且該一種或多種基因選自表4或表8或表13中列出的基因之一或其組合，并且該一種或多種基因的表達(dá)分別使用表4或表8或表13中列出的相應(yīng)探針進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽與Fl亞型相關(guān)，并且基因標(biāo)簽或蛋白質(zhì)標(biāo)簽包含選自ITGAl 1、MMP11、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1和 VWF 的基因之一或其組合或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)。在另外一個(gè)方面，提供了用于診斷患者中RA的分子亞型的試劑盒，其包含檢測(cè)生物樣品中與分子亞型相關(guān)的基因標(biāo)簽。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷L亞型的試劑盒，包含(1)與選自 CXCL13、FcRH5(與 IRTA2 同義)、sFcRH5 (與 sIRTA2 同義)、LT3、ICAM3、IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測(cè)量RA患者樣品中的該基因的表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述基因中的任何一種、組合或所有的升高表達(dá)水平指示L亞型。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷M亞型的試劑盒，包含(1)與選自 ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測(cè)量RA患者樣品中該基因的表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達(dá)水平指示M亞型。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷F2亞型的試劑盒，包含(1)與選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLF1、TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 和 IL17D 的基因雜交的一種或多種核酸分子；和(2)用于測(cè)量RA患者樣品中的基因表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達(dá)水平指示F2亞型。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷Fl亞型的試劑盒，包含(1)與選自ITGAl 1、MMPl 1、MMP13、MMP16、MMP28、ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 的基因雜交的一種或多種核酸分子；和( 用于測(cè)量RA患者樣品中該基因的表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述基因中的任何一種、組合或所有基因的升高表達(dá)水平指示Fl亞型。在特定實(shí)施方案中，基因表達(dá)水平通過(guò)測(cè)定mRNA水平進(jìn)行測(cè)量。在特定實(shí)施方案中，測(cè)定包含PCR法和/或微陣列芯片的使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，PCR法是qPCR。在一個(gè)實(shí)施方案中，PCR法是多重PCR。在特定實(shí)施方案中，試劑盒包含選自核酸酶、連接酶和聚合酶的至少一種酶。
在再一方面，提供了用于診斷患者中RA的分子亞型的試劑盒，其包含檢測(cè)來(lái)自患者的生物樣品中與分子亞型相關(guān)的一種或多種蛋白質(zhì)的表達(dá)。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷L亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質(zhì)分子，例如包括但不限于，與選自CXCLl3, sFcRH5(與 sIRTA2 同義)、LT β、ICAM3、IL18、PACAP, TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG 禾口XBPl的蛋白質(zhì)結(jié)合的抗體；和(2)用于測(cè)量來(lái)自RA患者樣品的該蛋白質(zhì)表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述蛋白質(zhì)中的任何一種、組合或所有蛋白質(zhì)的升高表達(dá)水平指示L亞型。在特定實(shí)施方案中，檢測(cè)的蛋白質(zhì)選自CXCL13、sFcRH5、RF及其組合。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷M亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質(zhì)分子，其與選自ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMU IL18BP、IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA 禾口 S100A11 的蛋白質(zhì)結(jié)合；禾口 (2)用于測(cè)量來(lái)自RA患者樣品的該蛋白質(zhì)表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述蛋白質(zhì)中的任何一種、組合或所有蛋白質(zhì)的升高表達(dá)水平指示M亞型。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷F2亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質(zhì)分子，其與選自FGF10、FGF18、FGF2、LRP6、TGF3 2、WNT11、BMP6、BTC、CLU、CRLFU TIMP3、FZD10、FZD7、FZD8 禾口 IL17D 的蛋白質(zhì)結(jié)合；禾口 (2)用于測(cè)量來(lái)自RA患者樣品的該蛋白質(zhì)表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述蛋白質(zhì)中的任何一種、組合或所有蛋白質(zhì)的升高表達(dá)水平指示F2亞型。在特定實(shí)施方案中，提供了用于診斷Fl亞型的試劑盒，包含(1) 一種或多種蛋白質(zhì)分子，其與選自ITGAl 1、MMPll、MMP13、MMP16、MMP28、ADAMl2, ADAM22、CTSK、CTHRCl、ENPEP, POSTN、ANGPT2、SFRP2、TIEl 和 VWF 的蛋白質(zhì)結(jié)合；和(2)用于測(cè)量來(lái)自RA患者樣品的該蛋白質(zhì)表達(dá)水平的說(shuō)明書(shū)，其中所述蛋白質(zhì)中的任何一種、組合或所有蛋白質(zhì)的升高表達(dá)水平指示Fl亞型。在特定實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)分子是抗體、肽或肽體(peptibody)。在進(jìn)一步的實(shí)施方案中，試劑盒包含用于檢測(cè)該蛋白質(zhì)分子(一種或多種)的微陣列芯片。
21
在一個(gè)方面，提供了治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給患者施用有效量的RA治療劑，以治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎，條件是來(lái)自患者的血清樣品含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量、或其組合。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在特定實(shí)施方案中，RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體，并且針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另一個(gè)方面，提供了治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給患者施用有效量的B細(xì)胞拮抗劑，其中在施用前，來(lái)自患者的血清樣品已經(jīng)被測(cè)定為含有大于116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合，其中該 CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示患者將響應(yīng)用拮抗劑的治療。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在特定實(shí)施方案中，RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體，并且針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另外一個(gè)方面，提供了治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給患者施用有效量的B細(xì)胞拮抗劑，其中在施用前，來(lái)自患者的血清樣品已經(jīng)被測(cè)定為含有大于116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合，其中該 CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示患者可能有利地響應(yīng)用拮抗劑的治療。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在特定實(shí)施方案中，RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3_Fc免疫粘附素。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體，并且針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。在另外一個(gè)方面，提供了用于宣傳B細(xì)胞拮抗劑或其藥學(xué)可接受的組合物的方法，其包括向靶受眾宣傳該拮抗劑或其藥物組合物在治療如下類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者或患者群體中的用途，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在一個(gè)方面，提供了產(chǎn)品，其包含包裝在一起的包含B細(xì)胞拮抗劑和藥學(xué)可接受的載體的藥物組合物和標(biāo)簽，所述標(biāo)簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療如下類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在另一個(gè)方面，提供了用于制造B細(xì)胞拮抗劑或其藥物組合物的方法，其包括在包裝中組合拮抗劑或藥物組合物和標(biāo)簽，所述標(biāo)簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療如下類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者，其中從所述患者已獲得顯示大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的血清樣品。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在另外一個(gè)方面，提供了為類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者提供治療選項(xiàng)的方法，其包括將在小瓶中的B細(xì)胞拮抗劑連同含有治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的說(shuō)明書(shū)的包裝說(shuō)明書(shū)包裝在一起，其中從所述患者中已獲得了含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合的樣品。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在另外一個(gè)方面，提供了規(guī)定B細(xì)胞拮抗劑用于在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者亞群中使用的方法，該方法包括提供有關(guān)給患者亞群施用B細(xì)胞拮抗劑的教導(dǎo)，其中所述患者亞群的特征在于在來(lái)自所述亞群的血清樣品中大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，血清樣品是RF陽(yáng)性。在一個(gè)方面，提供了用于銷(xiāo)售在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者亞群中使用的B細(xì)胞拮抗劑的方法，該方法包括向靶受眾提供有關(guān)該拮抗劑在治療如下患者亞群中的用途的信息，所述患者亞群的特征在于在來(lái)自此亞群的患者的血清樣品中大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，來(lái)自此亞群的患者的血清樣品是RF陽(yáng)性。在另一個(gè)實(shí)施方案中，提供了選擇用于類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者或患者亞群的治療的方法，其包括(a)測(cè)定在來(lái)自患者的血清樣品中CXCL13或sFcRH5的量或兩者的量；(b)測(cè)定血清樣品是RF陽(yáng)性還是RF陰性；和(c)如果患者的樣品是RF陽(yáng)性，且在樣品中具有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合，那么選擇B細(xì)胞拮抗劑作為治療。附圖簡(jiǎn)述

圖1顯示，在如實(shí)施例1中所述微陣列分析來(lái)自RA患者的滑膜組織后，描述樣品聚類(lèi)和分枝支持值的樹(shù)狀圖。圖2顯示，如實(shí)施例1中所述，揭示RA的4個(gè)分子表型(亞型)的熱圖(heatmap)和自展樹(shù)狀圖(bootstrapped dendrogram)(垂直線)。Fl =富成纖維細(xì)胞1型亞型；F2 =富成纖維細(xì)胞2型亞型；L =富淋巴樣亞型；M =富髓樣亞型。每個(gè)分子表型在自展樹(shù)狀圖上在圖的頂部指出；在熱圖內(nèi)指出了環(huán)繞基因表達(dá)的相應(yīng)框，并且突出了共調(diào)節(jié)的標(biāo)簽基因的特定區(qū)域。表達(dá)數(shù)據(jù)是就可視化進(jìn)行標(biāo)化的ζ得分(圖底部的條)。圖3顯示，如實(shí)施例1中所述，L亞型滑膜組織樣品的分子、臨床、組織學(xué)和免疫組織化學(xué)特征。(A)與非L亞型樣品(NL)比較，在L亞型樣品(L)中XBPl轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)；(B)與缺乏淋巴樣細(xì)胞聚集物(lymphoid aggregates)的滑膜樣品(_)比較，含有淋巴樣細(xì)胞聚集物的滑膜樣品(+)中XBPl轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)；(C)相對(duì)于測(cè)試的所有RA樣品中的XBPl表達(dá)水平，紅細(xì)胞沉降率(ESR) ("Sed Rate")的曲線圖；(D)相對(duì)于測(cè)試的所有RA樣品中的XBPl表達(dá)水平，C反應(yīng)蛋白質(zhì)的曲線圖；(E)L亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(F)對(duì)L亞型的代表性滑膜樣品的T細(xì)胞標(biāo)記⑶3的免疫組織化學(xué)染色；(G)對(duì)L亞型的代表性滑膜樣品的活化白細(xì)胞標(biāo)記CD68的免疫組織化學(xué)染色；(H)對(duì)L亞型的代表性樣品的B細(xì)胞標(biāo)記⑶20的免疫組織化學(xué)染色。圖4顯示，如實(shí)施例1中所述，M亞型滑膜組織樣品的分子、組織學(xué)和免疫組織化學(xué)特征。㈧與其他亞型(F1、F2、L)中的表達(dá)比較，在M亞型樣品(M)中ICAMl的表達(dá)；(B)相對(duì)于M亞型樣品中的TNF基因表達(dá)，ILlii基因表達(dá)的曲線圖；(C)M亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(D)M亞型的代表性滑膜樣品的T細(xì)胞標(biāo)記CD3的免疫組織化學(xué)染色；(E)M亞型的代表性滑膜樣品的活化白細(xì)胞標(biāo)記CD68的免疫組織化學(xué)染色；(F)M亞型的代表性滑膜樣品的B細(xì)胞標(biāo)記CD20的免疫組織化學(xué)染色。圖5顯示，如實(shí)施例1中所述，F(xiàn)2亞型滑膜組織樣品的分子、組織學(xué)和免疫組織化學(xué)特征。(A)與其他亞型(F1、L和M)中的表達(dá)比較，在F2亞型樣品(F2)中IL17D的表達(dá)；(B)F2亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(C)F2亞型的代表性滑膜樣品的T細(xì)胞標(biāo)記⑶3的免疫組織化學(xué)染色；(D)F2亞型的代表性滑膜樣品的活化白細(xì)胞標(biāo)記⑶68的免疫組織化學(xué)染色；(E)F2亞型的代表性滑膜樣品的B細(xì)胞標(biāo)記⑶20的免疫組織化學(xué)染色。圖6顯示，如實(shí)施例1中所述，F(xiàn)l亞型滑膜組織樣品的分子、組織學(xué)和免疫組織化學(xué)特征。㈧與其他亞型(F2、L和M)中的表達(dá)比較，在Fl亞型樣品(Fl)中ITGAll的表達(dá)；(B)Fl亞型的代表性滑膜樣品的蘇木精與伊紅染色；(C)Fl亞型的代表性滑膜樣品的T細(xì)胞標(biāo)記⑶3的免疫組織化學(xué)染色；(D)Fl亞型的代表性滑膜樣品的活化白細(xì)胞標(biāo)記⑶68的免疫組織化學(xué)染色；(E)Fl亞型的代表性滑膜樣品的B細(xì)胞標(biāo)記CD20的免疫組織化學(xué)染色。圖7顯示，如實(shí)施例1中所述，根據(jù)分子亞型具有淋巴樣簇的樣品的百分率。F1、F2、L和M分子亞型沿著底部軸指出。圖8顯示，如實(shí)施例1中所述，在每個(gè)指出的分子亞型內(nèi)，對(duì)于RA的某些經(jīng)典標(biāo)記，某些樣品的值。㈧以mm/小時(shí)表示的紅細(xì)胞沉降率(ESR) ； (B)以mg/dL表示的C反應(yīng)蛋白質(zhì)(CRP) ； (C)通過(guò)階段表示的射線影像學(xué)進(jìn)展。F1、F2、L和M分子亞型沿著底部軸在圖(A)-(C)各自中指出；每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)單樣品的值。圖9顯示，如實(shí)施例1中所述的，通過(guò)對(duì)特異于每個(gè)亞型的基因標(biāo)簽的統(tǒng)計(jì)分析鑒定到的、在每個(gè)分子亞型內(nèi)的生物學(xué)途徑。熱圖描述分析的結(jié)果。亞型F1、F2、L和M各自在熱圖上方列出；生物學(xué)途徑沿著熱圖的右側(cè)指出；根據(jù)在該圖的底部顯示的比例，熱圖內(nèi)陰影的灰度對(duì)應(yīng)于每個(gè)亞型內(nèi)統(tǒng)計(jì)學(xué)上富集的途徑的P值。圖10顯示，如實(shí)施例2中所述，對(duì)通過(guò)微陣列分析發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的所選基因的驗(yàn)證。(A)Fl特異性轉(zhuǎn)錄物；(B)F2特異性轉(zhuǎn)錄物；(C)L特異性轉(zhuǎn)錄物；(D)M特異性轉(zhuǎn)錄物。在(A)-(D)之每一個(gè)圖中，基因轉(zhuǎn)錄物的名稱(chēng)在圖的頂部指出；沿著每個(gè)圖的水平軸指出亞型F1、F2、L和M以及正常(Nrml)和骨關(guān)節(jié)炎(OA)個(gè)體；沿著每個(gè)圖的垂直軸指出相對(duì)于持家基因HPRTl的轉(zhuǎn)錄物豐度。圖11顯示，如實(shí)施例3中所述，與健康對(duì)照比較，在用利妥昔單抗給藥前在REFLEX試驗(yàn)中RA患者中(A)血清sFcRH5水平和(B)血清CXCL13水平的曲線圖。血清sFcRH5水平在(A)中以ng/ml在垂直軸上描繪；血清CXCL13水平在(B)中以pg/ml在垂直軸上描繪；健康對(duì)照和RA患者在(A)和(B)在水平軸上指出。圖12顯示，如實(shí)施例3中所述，CXCL13和sFcRH5數(shù)據(jù)的閾值靈敏度分析結(jié)果。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；柱寬度反映組中的患者數(shù)目；該圖的右側(cè)顯示在生物標(biāo)記高的組和生物標(biāo)記低的組之間經(jīng)安慰劑校正的最佳亞組功效差異，具有95%置信區(qū)間(Cl)。圖13顯示，如實(shí)施例3中所述，在REFLEX試驗(yàn)(A)和SERENE試驗(yàn)(B)中，在由sFcRH5水平和RF血清陽(yáng)性定義的患者子集中安慰劑對(duì)照的M周ACR50應(yīng)答率。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；患者子集沿著水平軸指出(所有患者，F(xiàn)cRH5低或高、RF陰性或陽(yáng)性)；在每個(gè)柱的上方指出在每個(gè)子集中相對(duì)于在那個(gè)子集中的患者總數(shù)目而言顯示ACR50應(yīng)答的患者數(shù)目。對(duì)于每個(gè)子集，安慰劑對(duì)照的ACR50應(yīng)答率(AACR50)也在圖的頂部指出。圖14顯示，如實(shí)施例3中所述，在REFLEX試驗(yàn)中，在由sFcRH5水平、CXCL13水平和RF血清陽(yáng)性定義的患者子集中安慰劑對(duì)照的M周ACR50應(yīng)答率。條紋柱利妥昔單抗治療的患者；空心柱安慰劑治療的患者；患者子集沿著水平軸指出(所有患者，F(xiàn)cRH5低或高、CXCL13低或高、RF陰性或陽(yáng)性)；在每個(gè)柱的上方指出在每個(gè)子集中相對(duì)于在那個(gè)子集中的患者總數(shù)目而言顯示ACR50應(yīng)答的患者數(shù)目。對(duì)于每個(gè)子集，安慰劑對(duì)照的ACR50應(yīng)答率(AACR50)也在圖的頂部指出。發(fā)明詳述除非另有定義，本文使用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常 角軍的含義0 Singleton 等人，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology第 2 版，J. Wiley & Sons(New York, N. Y. 1994)，禾口 March，Advanced Organic ChemistryReactions,Mechanisms and Structure 第 4 版，John Wiley & Sons(New York,N. Y. 1992),為本領(lǐng)域技術(shù)人員提供本申請(qǐng)中使用的許多術(shù)語(yǔ)的一般指導(dǎo)。某些定義為了解釋本說(shuō)明書(shū)的目的，將應(yīng)用下述定義，并且每當(dāng)合適時(shí)，以單數(shù)使用的術(shù)語(yǔ)還將包括復(fù)數(shù)，并且反之亦然。在下文所述的任何定義與引入本文作為參考的任何文獻(xiàn)沖突的情況下，以下文所述定義為準(zhǔn)。“類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎” (RA)指慢性全身性自身免疫炎性疾病，其主要累及多個(gè)關(guān)節(jié)的滑膜，引起關(guān)節(jié)軟骨損傷，導(dǎo)致關(guān)節(jié)破壞。RA中的主要呈現(xiàn)癥狀是一個(gè)或多個(gè)關(guān)節(jié)的疼痛、僵硬、腫脹和/或功能喪失。如本文可互換使用的，術(shù)語(yǔ)“多核苷酸”或“核酸”指任何長(zhǎng)度的核苷酸聚合物，并且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾的核苷酸或堿基、和/或其類(lèi)似物、或可以由DNA或RNA聚合酶摻入聚合物內(nèi)的任何底物。多核苷酸可以包含修飾的核苷酸，例如甲基化核苷酸及其類(lèi)似物。如果存在的話，那么對(duì)核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾可以在聚合物裝配前和后賦予。核苷酸的序列可以被非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以，例如通過(guò)與標(biāo)記組分綴合，在聚合后進(jìn)一步修飾。其他類(lèi)型的修飾包括，例如“帽”、一個(gè)或多個(gè)天然存在的核苷酸由類(lèi)似物替代、核苷酸間修飾，例如具有不帶電荷的連接(例如甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯(phosphoamidates)、氨基甲酸酯等)和帶電荷的連接(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)、含有懸垂部分(pendant moieties)例如蛋白質(zhì)(例如核酸酶、毒素、抗體、信號(hào)肽、聚-L-賴(lài)氨酸等)、具有嵌入劑(例如吖啶、補(bǔ)骨脂素等)、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬等)、含有烷化劑(alkylators)、具有修飾的連接(例如α異頭核酸等)、以及未修飾形式的多核苷酸(一種或多種)。此外，通常存在于糖中的任何羥基可以例如替換為膦酸酯基團(tuán)、磷酸酯基團(tuán)，由標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)保護(hù)，或活化以制備與另外核苷酸的另外連接，或可以與固體載體綴合。5'和3'末端OH可以是磷酸化的，或由胺或1-20個(gè)碳原子的有機(jī)加帽基團(tuán)部分替代。其他羥基也可以衍生化為標(biāo)準(zhǔn)保護(hù)基團(tuán)。多核苷酸還可以含有本領(lǐng)域一般已知的核糖或脫氧核糖的類(lèi)似形式，包括例如2' -0-甲基」-0-烯丙基，2'-氟-或2'-疊氮基-核糖，碳環(huán)糖類(lèi)似物，α-異頭糖，表異構(gòu)體糖例如阿拉伯糖、木糖或來(lái)蘇糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，無(wú)環(huán)類(lèi)似物，和無(wú)堿基核苷類(lèi)似物例如甲基核糖苷。一個(gè)或多個(gè)磷酸二酯連接可以由替代性連接基團(tuán)替換。這些替代性連接基團(tuán)包括但不限于其中磷酸由P(O)SC硫代酯(thioate) “ ), P(S)SC二硫代酯(dithioate) 〃)、〃(0)NR2(〃 酰胺化物〃 )、P(0)R、P(0)0R'、⑶或 CH2(〃 甲縮醛(formacetal)“)替換的實(shí)施方案，其中每個(gè)R或R'獨(dú)立地是H、或取代或未取代的烷基(1-20C)，任選含有醚(一0--)連接、芳基、鏈烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或芳烷基(araldyl)。多核苷酸中的所有連接無(wú)需是相同的。先前描述適用于在此提及的所有多核苷酸，包括RNA禾口 DNA0如本文使用的，“寡核苷酸”指短的單鏈多核苷酸，其為長(zhǎng)度至少約7個(gè)核苷酸和長(zhǎng)度小于約250個(gè)核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。術(shù)語(yǔ)“寡核苷酸”和“多核苷酸”不是相互排斥的。關(guān)于多核苷酸的上文描述同等地和完全地適用于寡核苷酸。術(shù)語(yǔ)“引物”指能夠與核酸雜交且，一般通過(guò)提供游離3’ -OH基團(tuán)，允許互補(bǔ)核酸聚合的單鏈多核苷酸。術(shù)語(yǔ)“陣列”或“微陣列”指可雜交陣列元件，優(yōu)選多核苷酸探針(例如寡核苷酸)，在基質(zhì)上的有序排列?；|(zhì)可以是固體基質(zhì)例如玻璃載玻片或半固體基質(zhì)例如硝酸纖維素膜。術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”指產(chǎn)生參考核酸序列或其互補(bǔ)體的一個(gè)或多個(gè)拷貝的過(guò)程。擴(kuò)增可以是線性或指數(shù)的(例如PCR)?！翱截悺辈灰欢ㄒ馕断鄬?duì)于模板序列的完全序列互補(bǔ)性或同一性。例如，拷貝可以包括核苷酸類(lèi)似物例如脫氧肌苷、有意序列改變(例如通過(guò)引物引入的序列改變，所述引物包括與模板可雜交但并非完全互補(bǔ)的序列)、和/或在擴(kuò)增過(guò)程中出現(xiàn)的序列錯(cuò)誤。術(shù)語(yǔ)“檢測(cè)”包括任何方式的檢測(cè)，包括直接和間接檢測(cè)?！吧叩谋磉_(dá)”或“升高的水平”指，相對(duì)于對(duì)照例如未患有RA的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體，在患者中增加的mRNA或蛋白質(zhì)表達(dá)。術(shù)語(yǔ)“分子亞型”與“分子表型”可互換使用，指特征在于一種或多種特定基因或一種或多種特定蛋白質(zhì)的表達(dá)、或基因組合或蛋白質(zhì)組合的特定表達(dá)模式的RA亞型或表型。特定基因、蛋白質(zhì)、或基因或蛋白質(zhì)的組合的表達(dá)可以與RA的特定病理學(xué)、組織學(xué)和/或臨床特征進(jìn)一步相關(guān)。術(shù)語(yǔ)“多重PCR”指使用一組以上的引物對(duì)得自單個(gè)來(lái)源(例如患者)的核酸進(jìn)行的單個(gè)PCR反應(yīng)，用于在單個(gè)反應(yīng)中擴(kuò)增2個(gè)或更多個(gè)DNA序列的目的。如本文使用的，“類(lèi)風(fēng)濕因子”或“RF”指，在患者血清中檢測(cè)到的與人和動(dòng)物IgG上存在的抗原決定簇相關(guān)的、單獨(dú)或任何組合的IgM、IgG或IgA同種型抗體。術(shù)語(yǔ)“RF陽(yáng)性”指用于RF的測(cè)定例如ELISA測(cè)定的結(jié)果，其中該結(jié)果超過(guò)該測(cè)定對(duì)于視為可重現(xiàn)地含有可檢測(cè)水平的RF的樣品給出的閾值或截?cái)嘀?。術(shù)語(yǔ)“RF陰性”指用于RF的測(cè)定例如ELISA測(cè)定的結(jié)果，其中該結(jié)果等于或低于該測(cè)定對(duì)于視為可重現(xiàn)地含有無(wú)法檢測(cè)水平的RF的樣品給出的閾值或截?cái)嘀怠ｋs交反應(yīng)的“嚴(yán)格性”可容易地由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員確定，并且一般是取決于探針長(zhǎng)度、洗滌溫度和鹽濃度的經(jīng)驗(yàn)計(jì)算。一般而言，更長(zhǎng)的探針需要更高的溫度用于恰當(dāng)?shù)耐嘶?，而更短的探針需要更低的溫度。?dāng)互補(bǔ)鏈存在于低于其解鏈溫度的環(huán)境中時(shí)，雜交一般取決于變性DNA再退火的能力。在探針和可雜交序列之間的所需同源性程度越高，可以使用的相對(duì)溫度越高。由此，較高的相對(duì)溫度將趨于使得反應(yīng)條件更嚴(yán)格，而較低的溫度趨于使得反應(yīng)條件較不嚴(yán)格。關(guān)于雜交反應(yīng)的嚴(yán)格性的另外細(xì)節(jié)和說(shuō)明，參見(jiàn)Ausubel等人，Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers，(1995)。如本文定義的，“嚴(yán)格條件”或“高嚴(yán)格條件”可以通過(guò)下述進(jìn)行定義(1)采用低離子強(qiáng)度和高溫用于洗滌，例如0. 015M氯化鈉/0. 0015M檸檬酸鈉/0. 十二烷基硫酸鈉￠ 50 0C ； (2)在雜交過(guò)程中采用變性劑，例如甲酰胺，例如，50% (ν/ν)甲酰胺與0.1%牛血清白蛋白/0. 1% Ficoll/0. 聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩沖液在pH6. 5與750mM氯化鈉、75mM檸檬酸鈉在42°C ；或(3)在42°C在采用50 %甲酰胺、5xSSC(0. 75M NaCl,0. 075M檸檬酸鈉)、50mM磷酸鈉(pH6. 8)、0. 1 %焦磷酸鈉、5xDenhardt溶液、超聲處理的鮭精0嫩(501^/1111)、0. SDS和10%硫酸葡聚糖的溶液中過(guò)夜雜交，在42°C在0. hSSC (氯化鈉/檸檬酸鈉)中10分鐘洗滌，隨后在55°C由含有EDTA的0. IxSSC組成的10分鐘高嚴(yán)格洗滌?！爸械葒?yán)格條件”可以如 Sambrook 等人，Molecular Cloning =ALaboratoryManual, New York : Co Id Spring Harbor Press，1989所述進(jìn)行鑒定，包括使用比上述較不嚴(yán)格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強(qiáng)度和％ SDQ。中等嚴(yán)格條件的例子是在37°C在包含下述的溶液中過(guò)夜溫育20%甲酰胺、5xSSC(150mM NaCl、15mM檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉(pH7. 6)、5x Denhardt溶液、10%硫酸葡聚糖和20mg/ml變性剪切鮭精DNA，隨后在約37-50°C在IxSSC中洗滌濾膜。技術(shù)人員明了如何根據(jù)需要調(diào)節(jié)溫度、離子強(qiáng)度等，以適應(yīng)因子例如探針長(zhǎng)度等。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)記”指可以在患者的生物樣品中檢測(cè)的指示物，例如患者的病理學(xué)狀態(tài)的指示物。生物標(biāo)記包括但不限于DNA、RNA、蛋白質(zhì)、碳水化合物或基于糖脂的分子標(biāo)記。術(shù)語(yǔ)“診斷”在本文中用于指分子或病理學(xué)狀態(tài)、疾病或狀況的鑒定或分類(lèi)。例如，“診斷”可以指RA的特定類(lèi)型的鑒定?！霸\斷”還可以指RA的特定亞型的分類(lèi)，例如通過(guò)組織病理學(xué)標(biāo)準(zhǔn)(例如淋巴樣浸潤(rùn)或?yàn)V泡樣淋巴樣細(xì)胞聚集)或通過(guò)分子特征(例如特征在于特定基因或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)之一或其組合的表達(dá)的亞型)。術(shù)語(yǔ)“幫助診斷”在本文中用于指輔助作出有關(guān)RA特定類(lèi)型的癥狀或狀況的存在或性質(zhì)的臨床決定的方法。例如，幫助RA診斷的方法可以包括測(cè)量來(lái)自個(gè)體的生物樣品中特定基因的表達(dá)。術(shù)語(yǔ)“預(yù)后”在本文中用于指，預(yù)測(cè)自身免疫疾病例如RA的可歸于自身免疫紊亂的疾病癥狀的可能性。術(shù)語(yǔ)“預(yù)測(cè)”在本文中用于指患者將有利地或不利地響應(yīng)藥物或藥物組的可能性。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)涉及所述應(yīng)答的程度。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)測(cè)涉及患者是否和/或可能將在治療例如用特定治療劑進(jìn)行治療后存活或改善，和在特定的一段時(shí)間中無(wú)疾病復(fù)發(fā)。本發(fā)明的預(yù)測(cè)法可以臨床上使用，通過(guò)選擇對(duì)于任何特定患者最合適的治療模式而作出治療決定。對(duì)于預(yù)測(cè)患者是否可能有利地響應(yīng)治療方案例如給定治療方案，包括例如給定治療劑或組合的施用、手術(shù)干預(yù)、類(lèi)固醇治療等，或在治療方案后患者長(zhǎng)期存活的可能性，本發(fā)明的預(yù)測(cè)方法是一個(gè)有價(jià)值工具。如本文使用的，“治療”指試圖改變治療的個(gè)體或細(xì)胞的天然過(guò)程的臨床干預(yù)，可以在臨床病理學(xué)過(guò)程前或期間執(zhí)行。治療的期望效果可以包括阻止疾病或其病狀或癥狀的出現(xiàn)或復(fù)發(fā)，減輕疾病的狀況或癥狀，減少疾病的任何直接或間接病理學(xué)后果，降低疾病進(jìn)展速率，改善或緩和疾病狀態(tài)，以及實(shí)現(xiàn)康復(fù)或改善的預(yù)后。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法和組合物在延遲疾病或病癥發(fā)展的嘗試中是有用的?！坝行Я俊敝敢运鑴┝亢蜁r(shí)間長(zhǎng)度有效達(dá)到期望的治療或預(yù)防結(jié)果的量。治療劑的“治療有效量”可以根據(jù)因素而改變，所述因素例如疾病狀態(tài)，個(gè)體的年齡、性別和重量，和抗體在個(gè)體中引發(fā)所需應(yīng)答的能力。治療有效量還是其中治療劑的治療有利效應(yīng)勝過(guò)其任何毒性或有害效應(yīng)的量?！邦A(yù)防有效量”指以所需劑量和時(shí)間長(zhǎng)度有效達(dá)到期望的預(yù)防結(jié)果的量。典型地但不是必須的，因?yàn)轭A(yù)防劑量在疾病的早期階段前或時(shí)在受試者中使用，所以預(yù)防有效量將小于治療有效量?！皞€(gè)體”、“受試者”或“患者”是脊椎動(dòng)物。在特定實(shí)施方案中，脊椎動(dòng)物是哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物包括但不限于靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物(包括人和非人靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物)和嚙齒類(lèi)動(dòng)物(例如小鼠和大鼠)。在特定實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人?！皩?duì)照受試者”指未曾被診斷過(guò)患有RA且沒(méi)有與RA有關(guān)的任何體征或癥狀的健康
受試者。 如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“樣品”指得自或源自目的受試者的組合物，其包含待表征和/或鑒定的細(xì)胞實(shí)體和/或其他分子實(shí)體，例如基于物理、生物化學(xué)、化學(xué)和/或生理學(xué)特征表征和/或鑒定。例如，短語(yǔ)“疾病樣品”及其變體指得自目的受試者的任何樣品，其被預(yù)期含有或已知含有待表征的細(xì)胞和/或分子實(shí)體?！敖M織”或“細(xì)胞樣品，，意指得自受試者或患者的組織的相似細(xì)胞集合。組織或細(xì)胞樣品的來(lái)源可以是實(shí)體組織如來(lái)自新鮮、冷凍和/或保存的器官或組織樣品、或活檢組織或吸引物；血液或任何血液組成成分；體液例如腦脊髓液、羊膜液、腹膜液或間質(zhì)液；來(lái)自受試者的妊娠或發(fā)育中的任何時(shí)間的細(xì)胞。組織樣品還可以是原代或培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)胞系。任選地，組織或細(xì)胞樣品得自疾病組織/器官。組織樣品可以含有在自然界中不與組織天然地混合的化合物，例如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營(yíng)養(yǎng)素、抗生素等。如本文使用的，“參考樣品”、“參考細(xì)胞”、“參考組織”、“對(duì)照樣品”、“對(duì)照細(xì)胞”或“對(duì)照組織”，是指該樣品、細(xì)胞或組織得自的來(lái)源已知或被認(rèn)為未患有待用本發(fā)明的方法或組合物鑒定的疾病或狀況。在一個(gè)實(shí)施方案中，參考樣品、參考細(xì)胞、參考組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織得自待使用本發(fā)明的方法或組合物鑒定疾病或狀況的相同受試者或患者的身體的健康部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，參考樣品、參考細(xì)胞、參考組織、對(duì)照樣品、對(duì)照細(xì)胞或?qū)φ战M織得自如下個(gè)體的身體的健康部分，所述個(gè)體并非待使用本發(fā)明的方法或組合物鑒定疾病或狀況的受試者或患者。為了本文的目的，組織樣品的“切片”意指組織樣品的單個(gè)部分或小片，例如由組織樣品切出的組織或細(xì)胞的薄片。應(yīng)當(dāng)理解可以取組織樣品的多個(gè)切片，對(duì)其實(shí)施根據(jù)本發(fā)明的分析，條件是應(yīng)當(dāng)理解本發(fā)明包括這樣的方法，在該方法中對(duì)相同的組織樣品切片在形態(tài)和分子水平兩者上進(jìn)行分析，或就蛋白質(zhì)和核酸兩者進(jìn)行分析。“關(guān)聯(lián)”意指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結(jié)果與第二分析或方案的性能和/或結(jié)果進(jìn)行對(duì)比。例如，可以將第一分析或方案的結(jié)果用于執(zhí)行第二方案，和/或可以使用第一分析或方案的結(jié)果以確定是否應(yīng)執(zhí)行第二分析或方案。就基因表達(dá)分析或方案的實(shí)施方案而言，可以使用基因表達(dá)分析或方案的結(jié)果以確定是否應(yīng)執(zhí)行特定的治療方案。“藥物”是治療疾病、病癥和/或病狀的活性藥物。在一個(gè)實(shí)施方案中，疾病、病癥和/或病狀是RA或其癥狀或副作用。對(duì)于特定治療劑或治療選項(xiàng)，當(dāng)依照本發(fā)明使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“增加的抗性”意指對(duì)標(biāo)準(zhǔn)劑量的藥物或標(biāo)準(zhǔn)治療方案減少的應(yīng)答。對(duì)于特定治療劑或治療選項(xiàng)，當(dāng)依照本發(fā)明使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“減少的敏感性”意指對(duì)標(biāo)準(zhǔn)劑量的藥物或標(biāo)準(zhǔn)治療方案減少的應(yīng)答，其中減少的應(yīng)答可以通過(guò)增加治療劑的劑量或治療的強(qiáng)度(至少部分地)補(bǔ)償?！盎颊邞?yīng)答”或“應(yīng)答”可以使用指示患者受益的任何終點(diǎn)進(jìn)行評(píng)估，包括但不限于，(1)疾病進(jìn)展在一定程度上的抑制，包括減慢和完全停止；( 疾病發(fā)作次數(shù)和/或癥狀的減少；(3)損傷尺寸的縮??；(4)對(duì)疾病細(xì)胞浸潤(rùn)到鄰近周?chē)鞴俸?或組織內(nèi)的抑制(即減少、減慢或完全停止)；( 疾病傳播的抑制(即減少、減慢或完全停止)；(6)自身免疫應(yīng)答的降低，這可以但不必導(dǎo)致疾病損傷的消退或消除；(7)與病癥相關(guān)的一種或多種癥狀在一定程度上的緩解；(8)在治療后無(wú)疾病表現(xiàn)的長(zhǎng)度增加；和/或(9)在治療后在給定時(shí)間點(diǎn)上減少的死亡率。術(shù)語(yǔ)“基因標(biāo)簽”與“基因表達(dá)標(biāo)簽”可互換使用，并且指其表達(dá)可以指示特征在于特定分子、病理學(xué)、組織學(xué)和/或臨床特征的特定RA亞型的基因之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，包含基因標(biāo)簽的一種或多種基因的表達(dá)與對(duì)照受試者中的表達(dá)比較是升高的。術(shù)語(yǔ)“蛋白質(zhì)標(biāo)簽”與“蛋白質(zhì)表達(dá)標(biāo)簽”可互換使用，并且指其表達(dá)可以指示特征在于特定分子、病理學(xué)、組織學(xué)和/或臨床特征的特定RA亞型的蛋白質(zhì)之一或其組合。在特定實(shí)施方案中，包含蛋白質(zhì)標(biāo)簽的一種或多種蛋白質(zhì)的表達(dá)與對(duì)照受試者中的表達(dá)比較是升高的。如本文使用的，“RA治療劑”或“有效治療RA的治療劑”及其語(yǔ)法變體指這樣的治療劑，當(dāng)以有效量提供時(shí)，其被已知、臨床上證實(shí)或被臨床醫(yī)生預(yù)期可以在RA受試者中提供治療益處?！癇細(xì)胞表面標(biāo)記”或“B細(xì)胞表面抗原”在本文中是在B細(xì)胞的表面上表達(dá)的抗原，其可以用與之結(jié)合的拮抗劑靶向。示例性B細(xì)胞表面標(biāo)記包括⑶10、⑶19、⑶20(MS4A1)、CD21、CD22、CD23、CD24、CD37、CD40、CD53、CD72、CD73、CD74、CDw75, CDw76, CD77、CDw78、CD79a、CD79b、CD80、CD81、CD82、CD83、CDw84、CD85 和 CD86 白細(xì)胞表面標(biāo)記(關(guān)于描述，參見(jiàn) The Leukocyte Antigen Facts Book,第 2 版 1997,編輯 Barclay 等人 Academic Press,Harcourt Brace &Co.，New York)。其他 B 細(xì)胞表面標(biāo)記包括 RP105、FcRH2、B-細(xì)胞 CR2、CCR6、P2X5、HLA-DOB,CXCR5、FCER2、BR3、Btig、NAG14、SLGC16270、FcRHUIRTA2、ATWD578、FcRH3、IRTAl、FcRH6、BCMA和239287。與哺乳動(dòng)物的非B細(xì)胞組織比較，特別有意義的B細(xì)胞表面標(biāo)記在B細(xì)胞上優(yōu)先表達(dá)，并且可以在前體B細(xì)胞和成熟B細(xì)胞兩者上表達(dá)?！芭cB細(xì)胞表面標(biāo)記結(jié)合的抗體”是這樣的分子，當(dāng)其在與B細(xì)胞表面標(biāo)記結(jié)合后，其破壞或耗竭哺乳動(dòng)物中的B細(xì)胞和/或干擾一種或多種B細(xì)胞功能，例如通過(guò)減少或阻止由B細(xì)胞引發(fā)的體液應(yīng)答。在一些情況下，抗體能夠耗竭由其治療的哺乳動(dòng)物中的B細(xì)胞(即減少循環(huán)B細(xì)胞水平)。此類(lèi)耗竭可以經(jīng)由多種機(jī)制來(lái)達(dá)到，例如抗體依賴(lài)性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性(ADCC)和/或補(bǔ)體依賴(lài)性細(xì)胞毒性(CDC)、B細(xì)胞增殖的抑制、和/或B細(xì)胞
29死亡的誘導(dǎo)(例如經(jīng)由凋亡)?！稗卓箘敝改軌蛑泻汀⒆钄?、抑制、廢除、減少或干擾特定或指定蛋白質(zhì)的活性的分子，所述活性包括在配體的情況下其與一種或多種受體的結(jié)合或在受體的情況下其與一種或多種配體的結(jié)合。拮抗劑包括抗體及其抗原結(jié)合片段、蛋白質(zhì)、肽、糖蛋白、糖肽、糖脂、多糖、寡糖、核酸、生物有機(jī)分子、擬肽、藥理學(xué)活性劑及其代謝產(chǎn)物、轉(zhuǎn)錄和翻譯控制序列等。拮抗劑還包括蛋白質(zhì)的小分子抑制劑、和融合蛋白、受體分子和與蛋白質(zhì)特異性結(jié)合從而隔離其與其靶的結(jié)合的衍生物、蛋白質(zhì)的拮抗劑變體、針對(duì)蛋白質(zhì)的反義分子、RNA適體、和針對(duì)蛋白質(zhì)的核酶?！癇細(xì)胞拮抗劑”是這樣的分子，其在與B細(xì)胞表面標(biāo)記結(jié)合后，可以破壞或耗竭哺乳動(dòng)物中的B細(xì)胞和/或干擾一種或多種B細(xì)胞功能，例如通過(guò)減少或阻止由B細(xì)胞引發(fā)的體液應(yīng)答。在一些情況下，拮抗劑能夠耗竭由其治療的哺乳動(dòng)物中的B細(xì)胞(即減少循環(huán)B細(xì)胞水平)。此類(lèi)耗竭可以經(jīng)由多種機(jī)制來(lái)達(dá)到，例如ADCC和/或⑶C、B細(xì)胞增殖的抑制和/或B細(xì)胞死亡的誘導(dǎo)(例如經(jīng)由凋亡)。示例性拮抗劑包括與B細(xì)胞標(biāo)記結(jié)合的合成或天然序列肽、融合蛋白和小分子拮抗劑，任選與細(xì)胞毒素劑綴合或融合。例子包括但不限于例如⑶22抗體、⑶20抗體、BR3抗體(例如W002M909)和BR3_Fc免疫粘附素。⑶20抗體的例子包括“C2B8”，現(xiàn)稱(chēng)為“利妥昔單抗”(“RITUXAN ”)(美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，736，137)；從IDEC Pharmaceuticals, Inc.商購(gòu)可得的命名為“Y2B8”或“替伊莫單抗”(ZEVALIN )的釔-[90]-標(biāo)記的2B8鼠抗體(美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，736，137 ；2B8在1993年6月22日以保藏號(hào)HB11388由ATCC保藏)；鼠IgG^i “Bi”，也稱(chēng)為“托西莫單抗”，任選由131I標(biāo)記以生成抗體“131I-B1”或“碘I131托西莫單抗”(BEXXARTM)，從Corixa商購(gòu)可得(還參見(jiàn)，美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，595，721)；鼠單克隆抗體“ 1F5"(Press等人Blood69(2) :584-591(1987)及其變體，包括“構(gòu)架補(bǔ)丁的(framework-patched) ”或人源化的1F5 (W02003/002607, Leung, S. ；ATCC 保藏號(hào) HB-96450)；鼠 2H7 和嵌合 2H7 抗體(美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 5，677，180)；人源化 2H7(參見(jiàn)例如，W004/056312 ；US20060024295) ；HUMAX-CD20 抗體(Genmab，丹麥)；W02004/035607 (Teeling等人)中所示的人單克隆抗體；AME-133 抗體(Applied Molecular Evolution) ；A20抗體或其變體例如嵌合或人源化A20抗體(分別為 cA20、hA20) (US2003/0219433, Immunomedics)；禾口可從 International LeukocyteTyping Workshop 獲得的單克隆抗體 L27、G28-2.93-1B3, B-Cl 或 NU-B2 (Valentine 等人，In =Leukocyte TypingIII (McMichae 1，編輯，第 440 頁(yè)，Oxford University Press (1987))。當(dāng)在本文中使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“BAFF”、“BAFF多肽”、“TALL-1 ”或“TALL-1多肽”、“BLyS”和“THANK”涵蓋“天然序列BAFF多肽”和“BAFF變體”?！癇AFF”是給予具有在例如美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)號(hào)2006/0110387中所述的人BAFF序列的那些多肽、及其同源物和片段和變體(具有天然序列BAFF的生物學(xué)活性)的名稱(chēng)。BAFF的生物學(xué)活性可以選自促進(jìn)B細(xì)胞存活、促進(jìn)B細(xì)胞成熟和與BR3結(jié)合。術(shù)語(yǔ)“BAFF”包括在以下文獻(xiàn)中描述的那些多肽Shu等A,J. Leukocyte Biol. ,65 :680(1999) ；GenBank Accession No. AF136293 ；W01998/18921 ；EP869, 180 ；W01998/27114 ；W01999/12964 ；W01999/33980 ；Moore 等人，Science, 285 260-263 (1999) ；Schneider 等人，J. Exp. Med.，189 :1747-1756 (1999)；和 Mukhopadhyay 等人，J. Biol. Chem.，274 15978-15981 (1999)。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“BAFF拮抗劑”以最廣泛含義使用，包括(1)結(jié)合天然序列BAFF多肽或結(jié)合天然序列BR3多肽以部分或完全阻斷BR3與BAFF多肽的相互作用，和(2)部分或完全阻斷、抑制或中和天然序列BAFF的信號(hào)傳導(dǎo)的任何分子。天然序列BAFF多肽的信號(hào)傳導(dǎo)促進(jìn)例如B細(xì)胞存活和B細(xì)胞成熟。BAFF信號(hào)的抑制、阻斷或中和導(dǎo)致例如B細(xì)胞數(shù)目的減少。如本文定義的，BAFF拮抗劑將在體外或體內(nèi)部分或完全阻斷、抑制或中和BAFF多肽的一種或多種生物學(xué)活性。在一個(gè)實(shí)施方案中，生物學(xué)活性的BAFF在體外或體內(nèi)加強(qiáng)下述事件中的任何一個(gè)或其組合增加B細(xì)胞的存活、增加IgG和/或IgM的水平、增加漿細(xì)胞的數(shù)目、和脾臟B細(xì)胞中NF-κ 1^2/100至p52NF-κ. β的加工(例如，Batten等人，J. Exp. Med. 192 :1453-1465 (2000) ；Moore 等人，Science 285 :260-263 (1999)；和Kayagaki 等人，Immunity, 10 :515-524 (2002)) 在某些實(shí)施方案中，如本文定義的，BAFF拮抗劑包括抗BAFF抗體、BAFF結(jié)合性多肽(包括免疫粘附素和肽)、和BAFF結(jié)合性小分子。BAFF拮抗劑包括例如W02002/(^641中所述的BAFF結(jié)合性抗體(例如包含其表1的SEQ ID NOS :1-46,321-329,834-872,1563-1595,1881-1905中任何氨基酸序列的抗體)。在一個(gè)進(jìn)一步的實(shí)施方案中，免疫粘附素包含BAFF受體的BAFF結(jié)合區(qū)(例如BR3、BCMA或TACI的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域)。在一個(gè)再進(jìn)一步的實(shí)施方案中，免疫粘附素是BR3-Fc。BAFF結(jié)合性Fc蛋白質(zhì)的其他例子可以在 W02002/66516、W02000/40716、W02001/87979、W02003/024991、W02002/16412、W02002/38766、W02002/092620和W02001/U812中找到。制備BAFF拮抗劑的方法例如在US2005/0095243 和 US2005/0163775 中描述。當(dāng)在本文中使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“BR3”、“BR3多肽”或“BR3受體”涵蓋如下文定義的天然序列BR3多肽和BR3變體?！癇R3”是對(duì)如下多肽的命名，所述多肽包含例如W02003/14294和US2005/0070689中所述的人BR3序列。BR3多肽可以從各種來(lái)源例如人組織類(lèi)型或其它來(lái)源中分離，或通過(guò)重組和/或合成方法制備。術(shù)語(yǔ)BR3包括W02002/24909、W02003/14294和US2005/0070689中所述的BR3多肽。抗BR3抗體可以依照例如W02003/14294和US2005/0070689中所述的方法進(jìn)行制備?！疤烊恍蛄小盉R3多肽或“天然BR3”包括與源自自然界的相應(yīng)BR3多肽具有相同的氨基酸序列的多肽。此類(lèi)天然序列BR3多肽可以從自然界中分離或可以通過(guò)重組和/或合成方法產(chǎn)生。術(shù)語(yǔ)“天然序列BR3多肽”特別地涵蓋該多肽的天然截短的、可溶的或分泌的形式(例如細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域序列)、天然存在的變體形式(例如可變剪接形式)和天然存在的等位基因變體。本發(fā)明的BR3多肽包括這樣的BR3多肽，其包含人BR3的氨基酸殘基1-184的連續(xù)序列或由其組成(參見(jiàn)W02003/14294和US2005/0070689)。BR3 “細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域”或“E⑶”指基本上不含跨膜和細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域的BR3多肽形式。BR3的ECD形式包括包含選自人BR3的氨基酸1-77、2_62、2_71、1-61、7_71、23_38和2-63的氨基酸序列中任何一個(gè)的多肽。在特定實(shí)施方案中，BAFF拮抗劑是包含人BR3的上述ECD形式中的任何一個(gè)的多肽及其結(jié)合天然BAFF的變體和片段。"BR3變體”意指這樣的BR3多肽，其與天然序列的全長(zhǎng)BR3或BR3E⑶的氨基酸序列具有至少約80%氨基酸序列同一性，并且結(jié)合天然序列BAFF多肽。任選地，BR3變體包括單個(gè)富半胱氨酸的結(jié)構(gòu)域。此類(lèi)BR3變體多肽包括例如這樣的BR3多肽，其中在全長(zhǎng)氨基酸序列的N和/或C末端上、以及一個(gè)或多個(gè)內(nèi)部結(jié)構(gòu)域中一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基被加入或缺失。還考慮結(jié)合天然序列BAFF多肽的BR3E⑶的片段。
如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“APRIL拮抗劑”以最廣泛含義使用，包括任何(1)結(jié)合天然序列APRIL多肽或結(jié)合APRIL的天然序列配體，以部分或完全阻斷配體與APRIL多肽的相互作用，和(2)部分或完全阻斷、抑制或中和天然序列APRIL的信號(hào)傳導(dǎo)的分子。天然序列APRIL多肽信號(hào)可以例如促進(jìn)B細(xì)胞存活和B細(xì)胞成熟。APRIL (增殖誘導(dǎo)配體)是與BAFF具有共享受體的TNF家族成員。APRIL拮抗劑的例子包括但不限于阿塞西普(atacic印t)(與TACI-Ig免疫粘附素相同)和BAFF/APRIL拮抗劑(可溶性BCMA-Fc)。術(shù)語(yǔ)“細(xì)胞因子”是一個(gè)上述術(shù)語(yǔ)，用于由一個(gè)細(xì)胞群體釋放而作為細(xì)胞間介質(zhì)作用于其它細(xì)胞的蛋白質(zhì)。細(xì)胞因子的例子是淋巴因子、單核因子；白細(xì)胞介素(IL)例如IL-UIL-la, IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-9、IL-11、IL-12、IL-15、IL-17A、IL-17F、IL-17A/F ；腫瘤壞死因子例如TNF-α或TNF-β ；及其他多肽因子包括LIF和kit配體(KL)。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)細(xì)胞因子包括來(lái)自天然來(lái)源或來(lái)自重組細(xì)胞培養(yǎng)物的蛋白質(zhì)和天然序列細(xì)胞因子的生物學(xué)活性等價(jià)物，包括合成產(chǎn)生的小分子實(shí)體及其藥學(xué)可接受的衍生物和鹽。為了本文的目的，“腫瘤壞死因子-a (TNF-a)”指包含Pennica等人，Nature，312 =721(1984)或 Aggarwal 等人，JBC, 260 =2345(1985)中描述的氨基酸序列的人 TNF-α分子。"TNF-α抑制劑”在本文中是指，一般通過(guò)與TNF-α結(jié)合且中和其活性，在一定程度上抑制TNF-α的生物學(xué)功能的活性劑。本文尤其考慮的TNF抑制劑的例子是依那西普(etanercept, ENBREL )、英夫利昔單抗(infliximab, REMICADE )、阿達(dá)木單抗(adalimumab, HUMIRA )、戈利木單抗(golimumab，simponi )、和賽妥珠單抗(certolizumab pegol，CIMZIA )。"IL-17A/F結(jié)合劑”是與細(xì)胞因子IL-17A/F結(jié)合的活性劑例如抗體，或與IL-17A和IL-17F交叉反應(yīng)的活性劑。"IL-6結(jié)合劑”是與細(xì)胞因子IL-6結(jié)合的活性劑，例如抗體?！阿?結(jié)合劑”是與在T淋巴細(xì)胞譜系的細(xì)胞上表達(dá)的表面糖蛋白⑶4結(jié)合的活性劑，例如抗體?！熬徑饧膊〉目癸L(fēng)濕藥”或“DMARD”的例子包括羥氯喹啉(hydroxycloroquine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、氨甲蝶呤((+) 口服和皮下氨甲蝶呤)、來(lái)氟米特(Ieflunomide)、硫唑嘌呤(azathioprine)、D-青霉胺、金(經(jīng)口)、金(肌內(nèi))、米諾環(huán)素(minocycline)、環(huán)孢菌素(cyclosporine)、葡萄球菌蛋白A免疫吸附物，包括其鹽和衍生物等?！癈TLA4”在活化T淋巴細(xì)胞上表達(dá)且參與免疫應(yīng)答的下調(diào)。在文獻(xiàn)中關(guān)于CTLA4的其他名稱(chēng)包括細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原4，細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)蛋白質(zhì)4、細(xì)胞分化抗原CD152、和細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞相關(guān)顆粒絲氨酸蛋白酶4。如本文使用的，具有“上市批準(zhǔn)”或已“批準(zhǔn)作為治療劑”的治療劑或這些短語(yǔ)的其語(yǔ)法變體，指由有關(guān)政府實(shí)體(例如聯(lián)邦、州或當(dāng)?shù)毓芾頇C(jī)構(gòu)、部門(mén)、局)批準(zhǔn)、許可、登記或授權(quán)由和/或通過(guò)和/或代表商業(yè)實(shí)體(例如盈利性實(shí)體)銷(xiāo)售以用于治療特定病癥(例如RA)或患者亞群(例如特定種族、性別、生活方式、疾病危險(xiǎn)譜等的患者)的治療劑(例如以藥物制劑、藥物的形式)。有關(guān)政府實(shí)體包括例如美國(guó)食品與藥品管理局(FDA)、歐洲藥物評(píng)審局(European Medicines Evaluation Agency) (EMEA)及其等價(jià)實(shí)體?！翱贵w”(Ab)和“免疫球蛋白”(Ig)指具有相似結(jié)構(gòu)特征的糖蛋白?？贵w顯示出與特定抗原的結(jié)合特異性，而免疫球蛋白包括抗體和一般缺乏抗原特異性的其他抗體樣分子。后一類(lèi)多肽可以例如由淋巴系統(tǒng)以低水平以及由骨髓瘤以增加的水平產(chǎn)生。術(shù)語(yǔ)“抗體”和“免疫球蛋白，，在本文中可以互換使用，具有最廣泛含義，包括單克隆抗體(例如全長(zhǎng)或完整單克隆抗體)、多克隆抗體、單價(jià)抗體、多價(jià)抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體，只要它們顯示出所需生物學(xué)活性即可)，并且還可以包括一些抗體片段(如本文更詳細(xì)地描述的)?？贵w可以是嵌合、人、人源化和/或親和力成熟的。術(shù)語(yǔ)“全長(zhǎng)抗體”、“完整抗體”和“全抗體”在本文中可互換使用，指基本上完整形式的抗體，而不是如下定義的抗體片段。該術(shù)語(yǔ)特別指具有含F(xiàn)c區(qū)的重鏈的抗體?！翱贵w片段”包含完整抗體的部分，優(yōu)選包含其抗原結(jié)合區(qū)。抗體片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab' ) 2和Fv片段；雙體(diabody)；線性抗體；單鏈抗體分子；和由抗體片段形成的多特異性抗體?？贵w的木瓜蛋白酶消化產(chǎn)生各自具有單個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)的2個(gè)等同的抗原結(jié)合片段——稱(chēng)為“Fab”片段，和殘留“Fe”片段——其名稱(chēng)反映其容易結(jié)晶的能力。胃蛋白酶處理獲得F(ab’)2片段，其具有2個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)且仍能夠交聯(lián)抗原?！癋v”是最低限度抗體片段，其包含完整抗原結(jié)合位點(diǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈Fv種類(lèi)為緊密非共價(jià)結(jié)合的一個(gè)重可變結(jié)構(gòu)域和一個(gè)輕鏈可變結(jié)構(gòu)域的二聚體。共同地，F(xiàn)v的6個(gè)CDR對(duì)抗體賦予抗原結(jié)合特異性。然而，即使單個(gè)可變結(jié)構(gòu)域(或僅包含對(duì)于抗原特異的3個(gè)CDR的Fv的一半)，也具有識(shí)別且結(jié)合抗原的能力，盡管以低于完整結(jié)合位點(diǎn)的親和力。Fab片段含有重和輕鏈可變結(jié)構(gòu)域，并且還含有輕鏈的恒定結(jié)構(gòu)域和重鏈的第一恒定結(jié)構(gòu)域(CHl)。Fab’片段與Fab片段的不同在于在重鏈CHl結(jié)構(gòu)域的羧基末端上少數(shù)殘基的添加，包括來(lái)自抗體鉸鏈區(qū)的一個(gè)或多個(gè)半胱氨酸。Fab’ -SH是本文用于如下Fab’的名稱(chēng)，在該Fab’中恒定結(jié)構(gòu)域的一個(gè)或多個(gè)半胱氨酸殘基具有游離巰基。F(ab’)2抗體片段最初作為Fab’片段對(duì)產(chǎn)生，在該對(duì)片段之間具有鉸鏈半胱氨酸。抗體片段的其他化學(xué)偶聯(lián)也是已知的。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“單克隆抗體”指得自基本上同質(zhì)的抗體群體的抗體，S卩，該群體包含的抗體，除了可能以微量存在的可能突變例如天然突變外，是相同的。因此，修飾詞“單克隆”指抗體不是不同抗體的混合物的特征。在特定實(shí)施方案中，單克隆抗體一般包括包含結(jié)合靶的多肽序列的抗體，其中靶結(jié)合多肽序列通過(guò)如下過(guò)程獲得，所述過(guò)程包括從多個(gè)多肽序列中選擇單個(gè)靶結(jié)合多肽序列。例如，選擇過(guò)程可以是從多個(gè)克隆，例如雜交瘤克隆、噬菌體克隆或重組DNA克隆的合并物，中選擇獨(dú)特克隆。應(yīng)當(dāng)理解，所選的靶結(jié)合序列可以進(jìn)一步改變，例如以改善對(duì)于靶的親和力，人源化靶結(jié)合序列，改善其在細(xì)胞培養(yǎng)物中的生產(chǎn)，減少其在體內(nèi)的免疫原性，制備多特異性抗體等，并且包含改變的靶結(jié)合序列的抗體也是本發(fā)明的單克隆抗體。與一般包括針對(duì)不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制劑形成對(duì)比，單克隆抗體制劑中的每個(gè)單克隆抗體都針對(duì)抗原上的一個(gè)決定簇。除其特異性外，單克隆抗體制劑也是有利的，因?yàn)樗鼈円话悴皇芷渌庖咔虻鞍孜廴?。修飾詞“單克隆”指抗體得自基本上同質(zhì)的抗體群體的特征，不應(yīng)解釋為需要通過(guò)任何特定方法生產(chǎn)該抗體。例如，待依照本發(fā)明使用的單克隆抗體可以通過(guò)多種技術(shù)制備，包括例如雜交瘤法(例如，Kohler等人，Nature, 256 =495(1975) ；Harlow等人，Antibodies :A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press,第 2 版 1988) ；Hammerling 等人’ in :Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas563-681 (Elsevier, N. Y.，1981))、重組 DNA 法(參見(jiàn)例如，美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 4，816，567)、噬菌體展示技術(shù)(參見(jiàn)例如，Clackson等人，Nature, 352 :624-628 (1991) ；Marks等人，J. Mol. Biol. 222 :581-597(1992) ；Sidhu 等人，J. Mol. Biol. 338(2) :299-310(2004)；Lee 等 A, J. Mol. Biol. 340(5) :1073-1093(2004) ；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci.USA 101 (34) :12467-12472(2004)；禾口 Lee 等人，J. Immunol. Methods 284(1-2)119-132 (2004)、和用于在具有部分或全部人免疫球蛋白基因座或編碼人免疫球蛋白序列的基因的動(dòng)物中產(chǎn)生人或人樣抗體的技術(shù)(參見(jiàn)例如，W098/24893 ；W096/34096 ；W096/33735 ；W091/10741 Jakobovits ^ 人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 :2551(1993)；Jakobovits 等人，Nature 362 :255-258(1993) ；Bruggemann 等人，Year in Immunol. 7 33 (1993) ；U. S. PatentNos. 5，545，807 ；5，545，806 ；5，569，825 ；5，625，126 ；5，633，425 ；5，661，016 ；Marks 等人，Bio. Technology 10 :779-783 (1992) ；Lonberg 等人，Nature368 856-859(1994) ；Morrison, Nature 368 :812-813(1994) ；Fishwild 等人’ NatureBiotechnol. 14 :845-851 (1996) ；Neuberger, Nature Biotechnol. 14 :826(1996) VX RLonberg 禾口 Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13 :65-93(1995)。單克隆抗體在本文中特別包括“嵌合”抗體，其中重和/或輕鏈的部分與源自特定物種或?qū)儆谔囟贵w類(lèi)別或亞類(lèi)的抗體中的相應(yīng)序列等同或同源，而該鏈(一條或多條)的其余部分與源自另一個(gè)物種或?qū)儆诹硪粋€(gè)抗體類(lèi)別或亞類(lèi)的抗體中的相應(yīng)序列等同或同源，以及此類(lèi)抗體的片段，只要它們顯示出所需生物學(xué)活性即可(美國(guó)專(zhuān)利號(hào)4，816，567 ；和 Morrison 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6855-9855 (1984))。非人(例如，鼠)抗體的“人源化”形式是含有源自非人免疫球蛋白的最低限度序列的嵌合抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，人源化抗體是人免疫球蛋白(受體抗體)，其中受體的高變區(qū)的殘基由具有所需特異性、親和力和/或能力的來(lái)自非人物種(供體抗體)的高變區(qū)的殘基替換，所述非人物種例如小鼠、大鼠、兔或非人靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物。在某些情況下，人免疫球蛋白的構(gòu)架區(qū)(FR)殘基由相應(yīng)非人殘基替換。此外，人源化抗體可以包含在受體抗體或供體抗體中不存在的殘基?？梢宰龀鲞@些修飾以進(jìn)一步精化抗體性能。一般而言，人源化抗體將包含至少一個(gè)和一般2個(gè)可變結(jié)構(gòu)域的基本上全部，其中所有或基本上所有高變環(huán)都對(duì)應(yīng)于非人免疫球蛋白的高變環(huán)，并且所有或基本上所有FR是人免疫球蛋白序列的。人源化抗體任選地還將包含至少部分免疫球蛋白恒定區(qū)(Fe)，一般是人免疫球蛋白的恒定區(qū)。關(guān)于進(jìn)一步細(xì)節(jié)，參見(jiàn)Jones等人，Nature 321:522-525(1986) ；Riechmann等人，Nature 332 :323-329 (1988)；和 Presta，Curr. Op. Struct. Biol. 2 :593-596 (1992)。還參見(jiàn)下述綜述文章和其中引用的參考文獻(xiàn)Vaswani和Hamilton，Ann. Allergy, Asthma &Immunol. 1 :105-115(1998) ；Harris, Biochem.Soc. Transactions 23 :1035-1038(1995)；Hurle 禾口 Gross, Curr. Op. Biotech. 5 :428-433(1994)?！叭丝贵w”是包含對(duì)應(yīng)于人產(chǎn)生的抗體的氨基酸序列的抗體，和/或已使用如本文公開(kāi)的用于制備人抗體的任何技術(shù)制備的抗體。此類(lèi)技術(shù)包括篩選源自人的組合文庫(kù)，例如噬菌體展示文庫(kù)(參見(jiàn)例如，Marks等人，J. Mol. Biol. , 222 =581-597 (1991)和Hoogenboom 等人，Nucl. Acids Res. ,19 :4133-4137(1991))；使用人骨髓瘤和小鼠-人雜合骨髓瘤細(xì)胞系產(chǎn)生人單克隆抗體(參見(jiàn)例如，Kozbor J. Immunol. ,133 =3001(1984)；Brodeur 等人’ Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第55-93 頁(yè)(Marcel Dekker, Inc. , New York, 1987)；禾口 Boerner 等人，J. Immunol. , 147 86(1991))；和在轉(zhuǎn)基因動(dòng)物(例如，小鼠)中生成單克隆抗體，所述轉(zhuǎn)基因動(dòng)物能夠在不存在內(nèi)源免疫球蛋白產(chǎn)生的情況下產(chǎn)生完全的人抗體庫(kù)(參見(jiàn)例如，Jakobovits等人，Proc. Natl. Acad. Sci USA，90 :2551 (1993) Jakobovits 等人，Nature，362 :255 (1993)；Bruggermann等人，Year in Immunol.，7 :33 (1993))。人抗體的這個(gè)定義特別地排除包含來(lái)自非人動(dòng)物的抗原結(jié)合殘基的人源化抗體?！坝H和力成熟的”抗體是在其一個(gè)或多個(gè)CDR中具有一個(gè)或多個(gè)改變的抗體，這導(dǎo)致與不具有這些改變的親本抗體比較，抗體對(duì)于抗原的親和力的改善。在一個(gè)實(shí)施方案中，親和力成熟的抗體對(duì)于靶抗原具有納摩爾或甚至皮摩爾親和力。親和力成熟的抗體通過(guò)本領(lǐng)域已知的程序產(chǎn)生。Marks等人Bio/Technology 10 :779-783 (1992)描述了通過(guò)VH和VL結(jié)構(gòu)域改組的親和力成熟。下述文獻(xiàn)描述了 HVR和/或構(gòu)架殘基的隨機(jī)誘變=Barbas等人Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813(1994) Jchier 等人Gene 169:147-155(1995)；Yelton 等人 J. Immunol. 155 :1994-2004(1995) Jackson 等人，J. Immunol. 154(7)3310-9 (1995)；和 Hawkins 等人，J. Mol. Biol. 226 :889-896 (1992)?！白钄嘈钥贵w”或“拮抗劑抗體”是抑制或減少它結(jié)合的抗原的生物學(xué)活性的抗體。一些阻斷性抗體或拮抗劑抗體部分或完全抑制抗原的生物學(xué)活性。如本文使用的，“生長(zhǎng)抑制性”抗體是阻止或減少細(xì)胞增殖的抗體，所述細(xì)胞表達(dá)與抗體結(jié)合的抗原。例如，抗體可以在體外和/或體內(nèi)阻止或減少B細(xì)胞的增殖?！罢T導(dǎo)凋亡”的抗體指誘導(dǎo)例如B細(xì)胞的程序性細(xì)胞死亡的抗體，如通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)凋亡測(cè)定法所確定的，例如膜聯(lián)蛋白V的結(jié)合、DNA的片段化、細(xì)胞皺縮、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)擴(kuò)張、細(xì)胞碎裂和/或膜泡(稱(chēng)為凋亡小體)的形成?？贵w“效應(yīng)子功能”指可歸于抗體的Fc區(qū)(天然序列Fc區(qū)或氨基酸序列變體Fc區(qū))的那些生物學(xué)活性，隨著抗體同種型而改變。抗體效應(yīng)子功能的例子包括但不限于Clq結(jié)合和補(bǔ)體依賴(lài)性細(xì)胞毒性(CDC) ；Fc-受體結(jié)合；抗體依賴(lài)性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性(ADCC)；吞噬作用；細(xì)胞表面受體(例如B細(xì)胞受體)的下調(diào)；和B細(xì)胞激活。術(shù)語(yǔ)“Fe區(qū)”在本文中用于定義免疫球蛋白重鏈的C末端區(qū)，包括天然序列Fc區(qū)和變體Fc區(qū)。盡管免疫球蛋白重鏈的Fc區(qū)的邊界可以改變，但人IgG重鏈Fc區(qū)一般定義為從位置的氨基酸殘基或從ftx)230到其羧基末端的區(qū)段。Fc區(qū)的C末端賴(lài)氨酸(根據(jù)EU編號(hào)系統(tǒng)的殘基447)可以例如在抗體產(chǎn)生或純化過(guò)程中或通過(guò)重組改造編碼抗體重鏈的核酸而去除。相應(yīng)地，完整抗體的組合物可以包含其中所有K447殘基均被去除的抗體群體，K447殘基未被去除的抗體群體，和具有含和不含K447殘基的抗體的混合物的抗體群體。除非本文另有說(shuō)明，免疫球蛋白重鏈中殘基的編號(hào)是Kabat中的EU索引的編號(hào)(Kabat 等人，Sequences ofProteins of Immunological Interest,第 5 版(Public HealthService, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991))巾?！癒abat 巾白勺 EU 胃弓丨”指人IgGlEU抗體的殘基編號(hào)。“功能性Fc區(qū)”具有天然序列Fc區(qū)的“效應(yīng)子功能”。示例性“效應(yīng)子功能”包括但不限于Clq結(jié)合；CDC ；Fc-受體結(jié)合；ADCC ；吞噬作用；細(xì)胞表面受體(例如B細(xì)胞受體；BCR)的下調(diào)等。此類(lèi)效應(yīng)子功能一般要求Fc區(qū)與結(jié)合結(jié)構(gòu)域(例如抗體-可變結(jié)構(gòu)域)組合，并且可以使用例如如本文公開(kāi)的多種測(cè)定法進(jìn)行評(píng)估。“天然序列Fc區(qū)”包含與在自然界中發(fā)現(xiàn)的Fc區(qū)的氨基酸序列等同的氨基酸序列。天然序列人Fc區(qū)包括天然序列人IgGlFc區(qū)(非A和A同種異型)；天然序列人IgG2Fc區(qū)；天然序列人IgG3Fc區(qū)；和天然序列人IgG4Fc區(qū)，以及其天然存在的變體?！白凅wFc區(qū)”包含由于至少一個(gè)氨基酸修飾，一般為一個(gè)或多個(gè)氨基酸置換，而不同于天然序列Fc區(qū)的氨基酸序列。術(shù)語(yǔ)“包含F(xiàn)c區(qū)的抗體”指包含F(xiàn)c區(qū)的抗體。Fc區(qū)的C末端賴(lài)氨酸(根據(jù)EU編號(hào)系統(tǒng)的殘基447)可以例如在抗體純化過(guò)程中或通過(guò)重組改造編碼抗體的核酸而去除。相應(yīng)地，包含具有Fc區(qū)的抗體的組合物可以包含具有K447的抗體，所有K447被去除的抗體，或含和不含K447殘基的抗體的混合物?！癋e受體”或“FcR”描述結(jié)合抗體的Fc區(qū)的受體。在某些實(shí)施方案中，F(xiàn)cR是天然人FcR。在某些實(shí)施方案中，F(xiàn)cR結(jié)合IgG抗體(γ受體)，包括Fc yRI、FcyRII和FcyRIII亞類(lèi)的受體，包括這些受體的等位基因變體和可變剪接形式。FcyRII受體包括Fc y RIIA ( “活化性受體”)和FcyRIIB( “抑制性受體”)，其具有主要在其細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域中不同的相似氨基酸序列。活化性受體Fc γ RIIA在其細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域中含有免疫受體酪氨酸基活化基序(ITAM)。抑制性受體Fc γ RIIB在其細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域中含有免疫受體酪氨酸基抑制基序(ITIM)。(參見(jiàn)例如，Da e ron, Annu. Rev. Immunol. 15 :203-234 (1997)) FcR 例如在 Ravetch 禾口 Kinet, Annu. Rev. Immunol 9 :457-92(1991) ；Capel 等人，Immunomethods4 25-34(1994) JPde Haas 等人，J. Lab. Clin. Med. 126 :330-41 (1995)中綜述。本文術(shù)語(yǔ)“FcR”涵蓋其他FcR，包括未來(lái)鑒定的那些。術(shù)語(yǔ)“Fe受體”或“FcR”還包括新生兒受體，F(xiàn)cfoi，其負(fù)責(zé)母源IgG至胎兒的轉(zhuǎn)移(Guyer 等人，J. Immunol. 117 :587(1976)和 Kim 等人，J. Immunol. 24 :249(1994))和免疫球蛋白的穩(wěn)態(tài)的調(diào)節(jié)。測(cè)量與Fcfoi的結(jié)合的方法是已知的(參見(jiàn)例如，Ghetie和Ward，Immunology Today,18(12) :592-8(1997) ；Ghetie 等人，Nature Biotechnology,15(7)637-40(1997) ；Hinton 等人，J. Biol. Chem.，279 (8) :6213-6(2004) ；W02004/92219 (Hinton等人)。人Fcfoi高親和力結(jié)合多肽在體內(nèi)與人Fcfoi的結(jié)合和其血清半衰期，可以例如在表達(dá)人Fcto的轉(zhuǎn)基因小鼠或轉(zhuǎn)染的人細(xì)胞系中或在靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物中測(cè)定，其中施用具有變體Fc區(qū)的該多肽。W02000/42072 (Presta)描述了對(duì)于FcR具有改善或減少的結(jié)合的抗體變體。還參見(jiàn)例如，Shields 等人，J. Biol. Chem. ,9 ) :6591-6604(2001) “人效應(yīng)細(xì)胞”是表達(dá)一種或多種FcR且執(zhí)行效應(yīng)子功能的白細(xì)胞。在特定實(shí)施方案中，細(xì)胞表達(dá)至少Fc γ RIII且執(zhí)行一種或多種ADCC效應(yīng)子功能。介導(dǎo)ADCC的人白細(xì)胞的例子包括外周血單核細(xì)胞(PBMC)、天然殺傷(NK)細(xì)胞、單核細(xì)胞、細(xì)胞毒性T細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞。效應(yīng)細(xì)胞可以從天然來(lái)源例如從血液中分離?！翱贵w依賴(lài)性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性”或“ADCC”指細(xì)胞毒性形式，其中在特定細(xì)胞毒性細(xì)胞(例如，NK細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞和巨噬細(xì)胞)上存在的Fc受體(FcR)上結(jié)合的分泌Ig使得這些細(xì)胞毒性效應(yīng)細(xì)胞能夠與攜帶抗原的靶細(xì)胞特異性結(jié)合，且隨后用細(xì)胞毒素殺死靶細(xì)胞。介導(dǎo)ADCC的主要細(xì)胞，NK細(xì)胞，僅表達(dá)Fc γ RIII，而單核細(xì)胞表達(dá)Fc YRI、Fc y RII 和 Fc yRIII。在造血細(xì)胞上的 FcR 表達(dá)在 Ravetch 和 Kinet，Annu. Rev. Immunol.，9 :457-492(1991)的第464頁(yè)表3中總結(jié)。為了評(píng)估目的分子的ADCC活性，可以執(zhí)行體外ADCC 測(cè)定試驗(yàn)，例如 U. S. 5，500，362 或 5，821，337 或 U. S. 6，737，056 (Presta)中所述的那些。用于此類(lèi)測(cè)定的有用的效應(yīng)細(xì)胞包括PBMC和NK細(xì)胞?？商娲蛄硗獾兀康姆肿拥腁DCC活性可以在體內(nèi)例如在動(dòng)物模型中評(píng)估，例如公開(kāi)于Clynes等人，Proc. Natl. Acad.Sci. (USA) ,95 :652-656(1998)中的?！把a(bǔ)體依賴(lài)性細(xì)胞毒性”或“CDC”指在補(bǔ)體的存在下靶細(xì)胞的裂解。經(jīng)典補(bǔ)體途徑的活化通過(guò)補(bǔ)體系統(tǒng)的第一組分(Clq)與抗體(合適亞類(lèi))的結(jié)合起始，其中所述抗體與其關(guān)聯(lián)抗原結(jié)合。為了評(píng)估補(bǔ)體活化，可以執(zhí)行例如feizzano-Santoro等人，J. Immunol.Methods, 202 :163(1996)中描述的CDC測(cè)定。具有改變的Fc區(qū)氨基酸序列(具有變體Fc區(qū)的多肽)和增加或降低的Clq結(jié)合能力的多肽變體例如在U. S. 6，194，551和W01999/51642中描述。還參見(jiàn)例如，Idusogie 等人，J. Immunol. 164 :4178-4184(2000)?！敖Y(jié)合親和力” 一般指分子(例如抗體)的單個(gè)結(jié)合位點(diǎn)與其結(jié)合配偶體(例如抗原)之間的非共價(jià)相互作用的總和的強(qiáng)度。除非另有說(shuō)明，如本文使用的，“結(jié)合親和力”指反映結(jié)合對(duì)的成員(例如，抗體和抗原)之間的1 1相互作用的固有結(jié)合親和力。分子X(jué)對(duì)于其配偶體Y的親和力一般可以通過(guò)解離常數(shù)(Kd)表示。親和力可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的常見(jiàn)方法進(jìn)行測(cè)量，包括本文描述的那些。低親和力抗體一般緩慢結(jié)合抗原且傾向于容易解離，而高親和力抗體一般更快速結(jié)合抗原且趨于保持結(jié)合更長(zhǎng)時(shí)間。測(cè)量結(jié)合親和力的多種方法是本領(lǐng)域已知的。如本文使用的，術(shù)語(yǔ)“基本上相似的，，或“基本上相同的，，指2個(gè)數(shù)值(例如一個(gè)與本發(fā)明的抗體相關(guān)，而另一個(gè)與參考/比較抗體相關(guān))之間足夠高程度的相似性，由此本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)為這2個(gè)值之間的差異就由所述值(例如Kd值)量度的生物學(xué)特征而言幾乎無(wú)或完全無(wú)生物學(xué)和/或統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。作為參考/比較值的函數(shù)，所述2個(gè)值之間的差異例如小于約50%、小于約40%、小于約30%、小于約20%和/或小于約10%。如本文使用的，短語(yǔ)“實(shí)質(zhì)上減少的”或“實(shí)質(zhì)上不同的”指2個(gè)數(shù)值(一般地一個(gè)與一種分子相關(guān)，而另一個(gè)與參考/比較分子相關(guān))之間足夠高程度的差異，從而使得本領(lǐng)域技術(shù)人員認(rèn)為就由所述值(例如Kd值)度量的生物學(xué)特征而言這2個(gè)值之間的差異具有統(tǒng)計(jì)顯著性。作為參考/比較分子的值的函數(shù)，所述2個(gè)值之間的差異例如大于約10%、大于約20%、大于約30%、大于約40%和/或大于約50%?！靶》肿印被颉坝袡C(jī)小分子”在本文中定義為具有低于約500道爾頓的分子量的有機(jī)分子。當(dāng)在本文中使用時(shí)，單詞“標(biāo)記”指可檢測(cè)化合物或組合物。標(biāo)記一般與試劑例如核酸探針或抗體直接或間接綴合或融合，并且促進(jìn)與之綴合或融合的試劑的檢測(cè)。標(biāo)記可以自身是可檢測(cè)的(例如，放射性同位素標(biāo)記或熒光標(biāo)記)，或在酶促標(biāo)記的情況下，可以催化底物化合物或組合物發(fā)生化學(xué)改變，導(dǎo)致可檢測(cè)的產(chǎn)物?！胺蛛x的”生物分子例如核酸、多肽或抗體是已鑒定且與其天然環(huán)境中的至少一種組分分離和/或回收的生物分子。在本文中提及“約”值或參數(shù)包括(且描述)涉及該值或參數(shù)本身的實(shí)施方案。例如，述及“約X”的描述包括“X”的描述。術(shù)語(yǔ)“藥物制劑”指無(wú)菌的制劑，其形式允許藥物的生物學(xué)活性是有效的，并且不含有對(duì)于制劑將施用于的受試者而言具有無(wú)法接受的毒性的額外組分?！盁o(wú)菌”制劑是消毒的或不含所有活微生物及其孢子?！鞍b說(shuō)明書(shū)”用于指通行包括在治療產(chǎn)品或藥物的商業(yè)包裝中的說(shuō)明書(shū)，其含有關(guān)于適應(yīng)癥、用法、劑量、施用、禁忌、待與包裝產(chǎn)品組合的其他治療產(chǎn)品、和/或與此治療產(chǎn)品或藥物的使用相關(guān)的注意事項(xiàng)，等信息。“試劑盒”是包含至少一種試劑，例如用于治療RA或關(guān)節(jié)損傷的藥物、或用于特異性檢測(cè)本發(fā)明的生物標(biāo)記基因或蛋白質(zhì)的探針，的任何制造品(例如包裝或容器)。在特定實(shí)施方案中，該制品作為用于執(zhí)行本發(fā)明方法的單位被推廣、分發(fā)或銷(xiāo)售?！鞍惺鼙姟笔?，如通過(guò)上市或宣傳，特別是對(duì)于特定用途、治療或適應(yīng)癥，特定藥物所要推廣至或旨在推廣至的人群或機(jī)構(gòu)，例如個(gè)體患者，患者群體，報(bào)紙、醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)和雜志的讀者，電視或因特網(wǎng)觀眾，收音機(jī)或因特網(wǎng)的聽(tīng)眾，醫(yī)生，藥物公司等。術(shù)語(yǔ)“血清樣品”指得自個(gè)體的任何血清樣品。用于從哺乳動(dòng)物獲得血清的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。當(dāng)涉及受試者或患者對(duì)于先前已經(jīng)施用于其的藥物(一種或多種)的反應(yīng)時(shí)，表述“不應(yīng)答/響應(yīng)”描述該受試者或患者，在該藥物(一種或多種)施用后，未曾顯示出對(duì)于進(jìn)行治療的病癥而言任何的或足夠的治療跡象，或他們顯示出了對(duì)于該藥物(一種或多種)在臨床上無(wú)法接受的高度毒性，或他們未維持在第一次施用該藥物(一種或多種)后的治療跡象，其中單詞治療在此處如本文定義的使用。短語(yǔ)“不應(yīng)答/響應(yīng)”包括描述對(duì)于先前施用的藥物(一種或多種)具有抵抗性和/或頑固的那些受試者，并且包括下述情況其中受試者或患者在接受藥物施用時(shí)已進(jìn)展，和其中受試者或患者在完成方案后12個(gè)月內(nèi)(例如6個(gè)月內(nèi))已進(jìn)展，其中所述方案涉及他或她不再響應(yīng)的藥物(一種或多種)。對(duì)于一種或多種藥物的不應(yīng)答性因此包括在先前或當(dāng)前的治療后繼續(xù)具有活動(dòng)性疾病的受試者。例如，在用患者不響應(yīng)的藥物(一種或多種)治療約1-3個(gè)月后，患者可以具有活動(dòng)性疾病活動(dòng)性。此應(yīng)答性可以由在所討論的病癥的治療領(lǐng)域的臨床醫(yī)生進(jìn)行評(píng)估。對(duì)于不響應(yīng)藥物(一種或多種)，在用一種或多種藥物進(jìn)行的先前或目前治療中經(jīng)歷“臨床上無(wú)法接受的高水平的毒性”的受試者經(jīng)歷與之相關(guān)的一種或多種不良副作用或不利事件，所述副作用或不利事件被有經(jīng)驗(yàn)的臨床醫(yī)生視為嚴(yán)重的、例如嚴(yán)重感染，充血性心力衰竭，脫髓鞘(導(dǎo)致多發(fā)性硬化)，顯著超敏反應(yīng)，神經(jīng)病理學(xué)事件，高度自身免疫性，癌癥例如子宮內(nèi)膜癌、非何杰金氏淋巴瘤、乳腺癌、前列腺癌、肺癌、卵巢癌或黑素瘤，肺結(jié)核(TB)等?！皽p少不良副作用的危險(xiǎn)”意指，與所觀察到的由用先前施用的藥物治療相同患者或其他患者導(dǎo)致的危險(xiǎn)相比，由本文拮抗劑治療導(dǎo)致的副作用的危險(xiǎn)被降低至較低程度。此類(lèi)副作用包括上文就毒性闡述的那些，并且優(yōu)選感染、癌癥、心力衰竭或脫髓鞘。與對(duì)RA患者或關(guān)節(jié)損傷患者的增加的臨床益處相關(guān)的生物標(biāo)記的“量”或“水平”是在生物樣品中可檢測(cè)的水平。這些可以通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知以及本文公開(kāi)的方法進(jìn)
38行測(cè)量。評(píng)估的生物標(biāo)記的表達(dá)水平或量可以用于確定對(duì)于治療的應(yīng)答。術(shù)語(yǔ)“表達(dá)的水平”或“表達(dá)水平”一般而言可互換使用，并且一般指生物樣品中多核苷酸或氨基酸產(chǎn)物或蛋白質(zhì)的量?！氨磉_(dá)”一般指基因編碼的信息被轉(zhuǎn)換成細(xì)胞中存在和運(yùn)作的結(jié)構(gòu)的過(guò)程。因此，如本文使用的，基因的“表達(dá)”可以指轉(zhuǎn)錄成多核苷酸、翻譯成蛋白質(zhì)、或甚至蛋白質(zhì)的翻譯后修飾。轉(zhuǎn)錄的多核苷酸、翻譯的蛋白質(zhì)或翻譯后修飾的蛋白質(zhì)的片段也應(yīng)視為表達(dá)的，無(wú)論它們是源于通過(guò)可變剪接生成的轉(zhuǎn)錄物或降解的轉(zhuǎn)錄物，還是源于蛋白質(zhì)的翻譯后加工例如蛋白酶水解?！氨磉_(dá)的基因”包括轉(zhuǎn)錄成多核苷酸mRNA并且隨后翻譯成蛋白質(zhì)的那些，以及轉(zhuǎn)錄成RNA但不翻譯成蛋白質(zhì)的那些(例如轉(zhuǎn)移和核糖體 RNA)。類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎自身免疫疾病仍是人類(lèi)臨床上重要的疾病。如名字暗示的，自身免疫疾病通過(guò)身體的自身免疫系統(tǒng)起作用。雖然病理學(xué)機(jī)制在不同類(lèi)型的自身免疫疾病中不同，但一個(gè)一般性的機(jī)制涉及針對(duì)特定內(nèi)源性蛋白質(zhì)的抗體的生成(本文稱(chēng)為自身反應(yīng)性抗體或自身抗體)。醫(yī)生和科學(xué)家已鑒定超過(guò)70種臨床上不同的自身免疫疾病，包括RA、多發(fā)性硬化 (MS)、脈管炎、免疫介導(dǎo)的糖尿病和狼瘡例如全身性紅斑狼瘡(SLE)。雖然許多自身免疫疾病是罕見(jiàn)的-影響少于200，000個(gè)體-共同地，這些疾病影響數(shù)百萬(wàn)美國(guó)人，估計(jì)5%群體， 其中女性不成比例地受大多數(shù)疾病影響。這些疾病的慢性性質(zhì)導(dǎo)致巨大的社會(huì)和財(cái)政負(fù)擔(dān)。炎性關(guān)節(jié)炎是在多種自身免疫病癥包括RA、銀屑病性關(guān)節(jié)炎(PsA)、SLE、 Sjogren氏綜合征和多肌炎中的一個(gè)顯著臨床表現(xiàn)。大多數(shù)這些患者在體格檢查時(shí)發(fā)現(xiàn)關(guān)節(jié)畸形，但一般僅RA和PsA患者在成像研究上表現(xiàn)骨侵蝕。RA是慢性炎性疾病，其影響北歐和北美約0. 5-1%成人群體，以及在全世界其他部分中略微較低的比例。Alamanos 和 Drosos，Autoimmun. Rev.，4 :130-136(2005)。它是以受累關(guān)節(jié)的滑膜中的慢性炎癥為特征的全身性炎性疾病，由于慢性疼痛和疲勞，這最終導(dǎo)致日常功能的喪失。大多數(shù)患者還經(jīng)歷受累關(guān)節(jié)中軟骨和骨的進(jìn)行性惡化，這可以最終導(dǎo)致永久性殘疾。RA的長(zhǎng)期預(yù)后不良，其中約50%患者自診斷起10年內(nèi)出現(xiàn)顯著功能性殘疾。Keystone, Rheumatology, 44 (Suppl. 2) :ii8_iil2 (2005)。預(yù)期壽命減少平均 3-10年。Alamanos和Drosos，同上。具有高滴度類(lèi)風(fēng)濕因子(RF)的患者(約80%的患者)具有侵略性更強(qiáng)的疾病(Bukhari 等人，Arthritis Rheum. ,46 :906-912(2002)),比 RF陰性的患者，更差的長(zhǎng)期后果和增加的死亡率。Heliovaara等人，Ann. Rheum. Dis. ,54 811-814(1995))。慢性炎性骨疾病例如RA的發(fā)病機(jī)理并未完全闡明。此類(lèi)疾病伴隨在受累關(guān)節(jié)周?chē)墓莵G失——由增加的破骨細(xì)胞重吸收導(dǎo)致。這個(gè)過(guò)程在很大程度上由促炎細(xì)胞因子增加的局部產(chǎn)生介導(dǎo)。Teitelbaum, Science，289 1504-1508 (2000) ；Goldring 和 Gravallese, Arthritis Res.，2(1) :33-37 (2000)。這些細(xì)胞因子可以直接地作用于破骨細(xì)胞譜系中的細(xì)胞，或間接地通過(guò)影響成骨細(xì)胞/基質(zhì)細(xì)胞中基本破骨細(xì)胞分化因子、NFkB 配體的受體激活物(RANKL)和/或其可溶性誘餌受體，護(hù)骨蛋白(OPG)的產(chǎn)生，而作用于破骨細(xì)胞譜系中的細(xì)胞。Hossbauer等人，J. Bone Min. Res.，15(1) :2_12 (2000)。腫瘤壞死因子-α (TNF-α)是炎癥的主要介質(zhì)。它在多種形式的骨丟失的發(fā)病機(jī)理中的重要性得到幾列實(shí)驗(yàn)和臨床證據(jù)的支持。Feldmann等人，Cell，85 (3) :307-310 (1996)。然而，TNF-α不是破骨細(xì)胞發(fā)生(Douni等人，J. Inflamm. ,47 :27-38 (1996))、侵蝕性關(guān)節(jié)炎(Campbell等人，J.Clin· Invest. , 107(12) 1519-1527 (2001))、或骨質(zhì)溶解(Childs 等人，J. Bon. Min. Res. ,16 :338-347(2001))必需的，因?yàn)檫@些可以在不存在TNF-α的情況下發(fā)生。特別地在RA中，免疫應(yīng)答被認(rèn)為由滑膜區(qū)室中存在的一種或數(shù)種抗原起始/延續(xù)，其導(dǎo)致急性炎性細(xì)胞和淋巴細(xì)胞流入關(guān)節(jié)內(nèi)。炎癥的后續(xù)波導(dǎo)致稱(chēng)為血管翳的侵襲性和侵蝕性組織的形成。這含有增生的成纖維細(xì)胞樣滑膜細(xì)胞和巨噬細(xì)胞，其產(chǎn)生促炎細(xì)胞因子例如TNF-α和白細(xì)胞介素-I(IL-I)。蛋白水解酶的局部釋放、多種炎癥介質(zhì)和破骨細(xì)胞活化促成許多組織損害。存在關(guān)節(jié)軟骨的喪失和骨侵蝕的形成。周?chē)碾旌突耗铱梢允苎装Y過(guò)程影響。最終，關(guān)節(jié)結(jié)構(gòu)的完整性被破壞，產(chǎn)生殘疾。B細(xì)胞對(duì)于RA的免疫發(fā)病機(jī)理的精確貢獻(xiàn)并未完全表征。然而，存在B細(xì)胞參與疾病過(guò)程的幾種可能機(jī)制。Silverman 和 Carson，Arthritis Res. Ther.，5Suppl. 4 Sl-6(2003)。歷史上，B細(xì)胞被認(rèn)為主要通過(guò)充當(dāng)自身抗體生產(chǎn)性細(xì)胞的前體而在RA的疾病過(guò)程中起作用。已鑒定了許多自身抗體特異性，包括針對(duì)II型膠原和蛋白聚糖的抗體以及 RF。大量抗體的生成導(dǎo)致免疫復(fù)合物形成和補(bǔ)體級(jí)聯(lián)的活化。這又?jǐn)U大免疫應(yīng)答且可以終于局部細(xì)胞裂解。增加的RF合成和補(bǔ)體消耗已與疾病活動(dòng)性關(guān)聯(lián)。RF自身的存在與更嚴(yán)重形式的RA和關(guān)節(jié)外特征的存在相關(guān)。有證據(jù)表明B細(xì)胞是高度有效的抗原呈遞細(xì)胞(APC) (Janeway和Katz， J. Immunol. ,138 :1051(1998) ；Rivera 等人，Int. Immunol.，13 1583-1593 (2001))。RF 陽(yáng)性B細(xì)胞可以是特別有效的APC，因?yàn)樗鼈兊谋砻婷庖咔虻鞍卓梢匀菀椎卦试S捕獲任何免疫復(fù)合物，而不論在其內(nèi)存在的抗原如何。許多抗原由此可以被加工而呈遞給T細(xì)胞。 此外，近期已提示這還可以允許RF陽(yáng)性B細(xì)胞自延續(xù)。Edwards等人，Immunology, 97 188-196(1999)對(duì)于T細(xì)胞的活化，需要將2種信號(hào)遞送給細(xì)胞；一種經(jīng)由T細(xì)胞受體(TCR)，其在主要組織相容性復(fù)合物(MHC)抗原的存在下識(shí)別加工的肽，而第二種經(jīng)由共刺激分子。當(dāng)活化時(shí)，B細(xì)胞在其表面上表達(dá)共刺激分子，并且因此可以提供第二種信號(hào)用于T細(xì)胞活化和效應(yīng)細(xì)胞的生成。B細(xì)胞可以通過(guò)產(chǎn)生細(xì)胞因子促進(jìn)其自身功能以及其他細(xì)胞的功能。Harris等人，Nat. Immunol.，1 :475-482(2000)。TNF-α、IL-I、淋巴毒素- α、IL-6 和 IL-10 是在 RA 滑膜中B細(xì)胞可以產(chǎn)生的一些細(xì)胞因子。盡管T細(xì)胞活化被視為RA發(fā)病機(jī)理中的關(guān)鍵組分，但在重癥聯(lián)合免疫缺陷病 (SCID)小鼠中使用人滑膜外植體的近期工作已證實(shí)在關(guān)節(jié)內(nèi)的T細(xì)胞活化和保留關(guān)鍵性地依賴(lài)于B細(xì)胞的存在。Takemura等人，J. Immunol.，167 :4710-4718 (2001)。B細(xì)胞在這點(diǎn)上的確切作用并不明了，因?yàn)槠渌鸄PC看起來(lái)對(duì)T細(xì)胞不具有相同作用。對(duì)于關(guān)節(jié)的結(jié)構(gòu)損害是慢性滑膜炎癥的重要后果。60% -95%具有RA的患者在疾病發(fā)作3-8年內(nèi)發(fā)展至少一種射線影像學(xué)侵蝕。Paulus等人，J.Rheumatol. ,23 801-805(1996) ；Hulsmans 等人，Arthritis Rheum. ,43 1927-194(^2000)。在早期 RA 中，在射線影像學(xué)損害得分和功能能力之間的關(guān)聯(lián)很弱，但在疾病8年后，關(guān)聯(lián)系數(shù)可以達(dá)到高至 0. 68。Scott 等人，Rheumatology，39 :122-132(2000)。在具有至少 4 年 RA 的小于 60 歲的 1，007 個(gè)患者中，Wolfe 等人(Arthritis Rheum, 43Suppl. 9 :S403 (2000))發(fā)現(xiàn)在 Larsen 射線影像學(xué)損害得分的進(jìn)展速率(Larsen等人，Acta Radiol. Diagn. 18 :481-491 (1977))、 增加的社會(huì)保障殘疾狀態(tài)和減少的家庭收入之間的顯著相關(guān)性。RA的診斷可以依據(jù)目前美國(guó)風(fēng)濕病學(xué)會(huì)(American College of Rheumatology) (ACR)標(biāo)準(zhǔn)，并且可以包括在最大限度改善前持續(xù)至少1小時(shí)的在關(guān)節(jié)中和周?chē)某拷? 個(gè)或更多個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域的關(guān)節(jié)炎醫(yī)生觀察到至少3個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域已同時(shí)具有軟組織腫脹或液體(非單獨(dú)的骨生長(zhǎng)過(guò)度)；該14個(gè)可能的關(guān)節(jié)區(qū)域(右和左)是近端指間(PIP)、掌指 (MCP)、腕、肘、膝、踝和跖趾(MTP)關(guān)節(jié)；手關(guān)節(jié)的關(guān)節(jié)炎上面腫脹的至少一個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域在腕、MCP或PIP關(guān)節(jié)中；對(duì)稱(chēng)性關(guān)節(jié)炎在身體兩側(cè)上(PIP、MCP或MTP關(guān)節(jié)的雙側(cè)累及是可接受的，無(wú)需絕對(duì)對(duì)稱(chēng))的相同關(guān)節(jié)區(qū)域的同時(shí)累及(如在上面的3個(gè)或更多個(gè)關(guān)節(jié)區(qū)域的關(guān)節(jié)炎中)；類(lèi)風(fēng)濕結(jié)節(jié)醫(yī)生觀察到在骨隆起部或伸側(cè)面上方或在近關(guān)節(jié)區(qū)中的皮下結(jié)節(jié)；血清類(lèi)風(fēng)濕因子通過(guò)任何方法證實(shí)的異常量的血清類(lèi)風(fēng)濕因子，少于正常對(duì)照患者的5%的量是陽(yáng)性的；射線影像學(xué)變化在后前位手和腕X射線上的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎典型的射線影像學(xué)變化，這必須包括定位于累及關(guān)節(jié)或鄰近累及關(guān)節(jié)最顯著的侵蝕或明確的骨質(zhì)脫鈣(單獨(dú)的骨關(guān)節(jié)炎變化不合格)。如果患者滿足至少4個(gè)上述標(biāo)準(zhǔn)，那么一般做出 RA的診斷。射線影像學(xué)損害的防止或延遲是RA治療的目標(biāo)之一。Edmonds等人，Arthritis Rheum. ,36 :336-340(1993)。6或12個(gè)月持續(xù)時(shí)間的對(duì)照臨床試驗(yàn)已證明射線影像學(xué)損害得分的進(jìn)展在安慰劑組中比在接受下述藥物的組中更快速氨甲蝶呤(MTX) (Sharp等人，Arthritis Rheum. ,43 :495-505 (2000))、來(lái)氟米特(Sharp等人，同上)、柳氮磺胺吡啶 (SSZ) (Sharp 等人，同上)、潑尼松龍(Kirwan 等人，N.Engl. J. Med.，333 :142-146(1995)； Wassenburg 等人，Arthritis Rheum, 42 =Suppl 9 :S243 (1999))、白細(xì)胞介素-1 受體拮抗劑(Bresnihan 等人，Arthritis Rheum, 41 :2196-2204 (1998))、或英夫利昔單抗/MTX 組合。Lipsky等人，N. Eng. J. Med. , 343 1594-1604 (2000) 臨床試驗(yàn)也已證明在用依那西普治療后的射線影像學(xué)進(jìn)展不如用MTX治療后的快速。Bathon等人，N. Engl. J. Med.，343 1586-1593(2000)。其他研究已評(píng)估用下述藥物治療的患者中的射線影像學(xué)進(jìn)展皮質(zhì)類(lèi)固酉享(Joint Committee of the Medical Research Council 禾口 Nuffield Foundation, Ann Rheum. Dis. ,19 :331-337(1960) ；Van Everdingen φ A, Ann. Intern. Med. , 136 1-12(2002)),環(huán)孢菌素 A(Pasero 等人，J. Rheumatol.，24 :2113-2118 (1997) ；Forre, Arthritis Rheum. ,37 1506-1512 (1994)), MTX 與硫唑嘌呤比較(Jeurissen 等人，Ann. Intern. Med.，114 :999-1004(1991)), MTX 與金諾芬(auranofin)比較(Weinblatt 等人， Arthritis Rheum. ,36 :613-619 (1993)), MTX ( 7Π ^v l/f ) (Alarcon 等人，J. Rheumatol.， 19 :1868-1873(1992)),羥氯喹啉(HCQ)與 SSZ 比較(Van der Heijde 等人，Lancet, 1 1036-1038)，SSZ (Hannonen 等人，Arthritis Rheum. ,36 :1501-1509 (1993)),潑尼松龍、 MTX 和 SSZ 的 COBRA (Combinatietherapei Bij Reumatoide Artritis)組合(Boers 等人， Lancet, 350 :309-318(1997) ；Landewe 等人，Arthritis Rheum. ,46 :347-356 (2002)), MTX, SSZ 和 HCQ 的組合(0 ‘ Dell 等人，N.Engl· J.Med·，334 :1沘7-1四1 (1996) ；Mottonen 等人，Lancet, 353 1568-1573 (1999))，環(huán)磷酰胺、硫唑嘌呤和HCQ的組合(Csuka等人，JAMA,255 :2115-2119(1986)),和阿達(dá)木單抗與 MTX 的組合。Keystone 等人，Arthritis Rheum.， 46Suppl. 9 :S205(2002)。FDA目前已批準(zhǔn)標(biāo)注聲明(labeling claims)特定藥劑例如來(lái)氟米特、依那西普和英夫利昔單抗減慢射線影像學(xué)關(guān)節(jié)損害的進(jìn)展。這些聲明基于在隨機(jī)分配的治療組和對(duì)照組之間觀察到的進(jìn)展速率的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著差異。然而，在治療和對(duì)照組內(nèi)的個(gè)體中進(jìn)展速率相當(dāng)大程度地重疊。因此，盡管在治療組之間的顯著差異，但這些數(shù)據(jù)不能用于評(píng)估待開(kāi)始治療的患者將出現(xiàn)就射線影像學(xué)損害進(jìn)展而言的有利后果的可能性。多種方法已被建議用于將來(lái)自個(gè)體患者的配對(duì)射線照片分類(lèi)為未進(jìn)展的，例如在2個(gè)時(shí)間點(diǎn)上損害得分均為0，損害得分無(wú)增加，無(wú)具有侵蝕的新關(guān)節(jié)，和得分變化不超過(guò)最小可檢測(cè)差異(即， 相同射線照片的重復(fù)讀數(shù)之間的差異的95%置信區(qū)間。Lassere等人，J. Rheumatol. ,26 731-739(1999)。由于幾個(gè)原因，在臨床試驗(yàn)開(kāi)始和6或12個(gè)月臨床試驗(yàn)結(jié)束時(shí)獲取的配對(duì)射線照片之間確定在該間隔期中個(gè)體患者是否已經(jīng)存在增加的結(jié)構(gòu)損害，是困難的。射線影像學(xué)損害的速率在RA患者群體內(nèi)是不均一的；少數(shù)患者可以具有快速進(jìn)展的損害，但許多可以具有很少的進(jìn)展或無(wú)進(jìn)展，特別是如果時(shí)間間隔相對(duì)短時(shí)。用于評(píng)分射線影像學(xué)損害的方法，例如，Sharp(Sharp 等人，Arthritis Rheum. , 14 :706-720(1971) ；Sharp 等人，Arthritis Rheum. ,28 :1326-1335 (1985)), Larsen (Larsen 等人，Acta Radiol. Diagn.，18 :481-491(1977)),和這些方法的變型(Van der Heijde, J. Rheumatol. ,27 沈1力63 (2000))，取決于閱讀者關(guān)于真實(shí)的判斷和解釋。決定的因素是軟骨下皮質(zhì)骨板的明顯不連續(xù)是否是真實(shí)的，或關(guān)節(jié)相對(duì)側(cè)上皮質(zhì)之間的距離減少是否是真實(shí)的，或是由于關(guān)節(jié)位置相對(duì)于膠片和射線束的輕微變化、或射線影像學(xué)曝光的變化、或某些其他技術(shù)因素引起。因此，記錄的得分是真正損害的近似值，并且對(duì)于許多受試者，在相同射線影像的重復(fù)評(píng)分之間的最小可檢測(cè)差異大于在基線和最終射線影像之間的間隔期中已發(fā)生的實(shí)際變化。如果閱讀者對(duì)于膠片的時(shí)間順序不知情，那么這些不能避免的評(píng)分錯(cuò)誤可以是任一方向的，當(dāng)?shù)梅譁p少時(shí)導(dǎo)致明顯“愈合”，或當(dāng)閱讀錯(cuò)誤增加膠片之間的差異時(shí)導(dǎo)致明顯快速進(jìn)展。當(dāng)研究涉及足夠大的患者群體，其中所述患者已隨機(jī)分配接受有效治療或安慰劑，則正和負(fù)讀數(shù)誤差可以彼此抵消，可以檢測(cè)到在處理組之間小但真正的差異。用于定量RA疾病活動(dòng)性的臨床測(cè)量的不精確性已造成相似問(wèn)題。來(lái)自臨床試驗(yàn)的某些后果測(cè)量值之間的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著差異對(duì)于評(píng)估開(kāi)始該治療的個(gè)體的改善可能性是沒(méi)有用的。Paulus等人，Arthritis Rheum.，33 :477-484 (1990)。伴隨美國(guó)風(fēng)濕病學(xué)會(huì) (ACR) 20%綜合改善標(biāo)準(zhǔn)(ACR20)的建立，個(gè)體改善的認(rèn)定成為實(shí)際可行的，在該標(biāo)準(zhǔn)中， 如果在觸痛和腫脹關(guān)節(jié)計(jì)數(shù)中存在20%改善和在5個(gè)另外的量度(疼痛、身體功能、患者的綜合健康評(píng)估、醫(yī)生的綜合健康評(píng)估和急性期反應(yīng)物水平)的至少3個(gè)中存在20%改善， 那么將患者歸為改善的。Felson等人，Arthritis Rheum. ,38 :727-735(1995) 所有這些測(cè)量的最小可檢測(cè)差異都具有大值，但通過(guò)要求相同過(guò)程(疾病活動(dòng)性)的7個(gè)方面中的5 個(gè)的同時(shí)改善，7個(gè)測(cè)量誤差的隨機(jī)性被約束，由此可以較為容易地將真實(shí)改善歸于個(gè)體。在RA中，關(guān)節(jié)損害是一個(gè)顯著特征。在疾病后果的描述中，關(guān)節(jié)破壞的射線學(xué)參數(shù)被看作是一個(gè)關(guān)鍵的后果量度。在近期OMERACT(Outcome Measures in RheumatologyClinical Trials)協(xié)商會(huì)議中，放射學(xué)被選擇作為后果測(cè)量核心組的部分用于縱向觀察性研究。Wolfe 等人，Arthritis Rheum.，41Supp 9 :S204(1998)摘要。放射學(xué)也是 WHO/ILAR(World Health Organization/International League of Associations for Rheumatology)要求的用于長(zhǎng)期臨床試驗(yàn)的核心測(cè)量組的部分。Tugwell和Boers， J. Rheumatol. ,20 :528-530(1993)。已在短期和長(zhǎng)期研究中獲得有關(guān)RA的放射學(xué)損害后果的可用數(shù)據(jù)。在具有近期發(fā)作的疾病的RA患者的短期研究中，每6個(gè)月獲得的射線影像顯示了，在最初快速進(jìn)展后， 手和足的放射學(xué)損害進(jìn)展速率在2-3年后降低。Van der Hei jde等人，Arthritis Rheum., 35 :26-34(1992) ；Fex 等人，Br. J. Rheumatol. ,35 :1106-1055(1996)。在較不頻繁獲取射線影像的長(zhǎng)期研究中，發(fā)現(xiàn)了恒定進(jìn)展速率，其中損害不停的惡化長(zhǎng)達(dá)25年的疾病持續(xù)時(shí)間。Wolfe 和 Sharp，Arthritis Rheum. ,41 :1571-1582(1998) ；Graudal 等人，Arthritis Rheum. ,41 :1470-1480(1998) ；Plant 等人，J. Rheumatol. ,25 :417-426(1998) ；Kaarela 和 Kautiainen，J. Rheumatol. ,24 :1285-U87 (1997)。射線影像學(xué)進(jìn)展模式中的這些差異是否是由于評(píng)分技術(shù)中的差異引起，仍不明了。使用的這些評(píng)分系統(tǒng)在待評(píng)分的關(guān)節(jié)數(shù)目上、在侵蝕(ERO)和關(guān)節(jié)間隙變窄 (JSN)的獨(dú)立評(píng)分的存在上、在每關(guān)節(jié)的最大得分上、以及在放射學(xué)異常的權(quán)重上是不同的。迄今，在優(yōu)選的評(píng)分法上未達(dá)成一致。在早期關(guān)節(jié)炎患者的一個(gè)隊(duì)列研究中前3年隨訪過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)了 JSN和ERO對(duì)測(cè)量到的手和足放射學(xué)損害進(jìn)展的貢獻(xiàn)是不同。Van der Heijde 等人，Arthritis Rheum. ,35 =26-34(1992)。此外，發(fā)現(xiàn)獨(dú)立地評(píng)分 ERO 和 JSN 的方法例如Siarp和Kellgren評(píng)分法，比使用總體測(cè)量的方法例如Larsen評(píng)分法，對(duì)早期RA 中的變化更靈敏。Plant 等人，J. Rheumatol. ,21 :1808-1813(1994) ；Cuchacovich 等人， Arthritis Rheum.，；35 :736-739 (1992)。Sharp 評(píng)分是非常費(fèi)力的方法。Van der Heijde, Baillieres Clin. Rheumatol.，10 :435-533(1996)。在晚期或破壞性 RA 中，發(fā)現(xiàn) Sharp 和Larsen法提供相似信息。然而，這些不同評(píng)分法對(duì)疾病晚期中的變化的靈敏度仍未進(jìn)行研究，并且對(duì)于獨(dú)立地測(cè)量ERO和JSN的評(píng)分方法是否可以提供有用信息，是可爭(zhēng)議的。Pincus 等人，J. Rheumatol.，24 :2106-2122(1997)。還參見(jiàn) Drossaers-Bakker 等人， Arthritis Rheum. ,43 1465-1472 QOOO)，其比較了這3個(gè)放射性評(píng)分系統(tǒng)在RA的長(zhǎng)期評(píng)估中的使用。Paulus 等人，Arthritis Rheum. ,50 :1083-1096(2004)將參與臨床試驗(yàn)的 RA個(gè)體中的射線影像學(xué)關(guān)節(jié)損害分類(lèi)為進(jìn)展性或非進(jìn)展性的，并且得出結(jié)論使用如下綜合定義， 可以將觀測(cè)的隊(duì)列中的RA關(guān)節(jié)損害分類(lèi)為進(jìn)展性或非進(jìn)展性的，所述定義包括許多不精確的相關(guān)但不同的結(jié)構(gòu)性關(guān)節(jié)損害測(cè)量?？雌饋?lái)，在RA患者的每日臨床管理中，在將結(jié)構(gòu)變化視為真實(shí)的并且使用其作為治療決定的基礎(chǔ)前，在一對(duì)射線影像之間應(yīng)存在至少5個(gè) Sharp射線影像學(xué)損害得分單位的間隔變化。一些RA治療劑RA的初始治療一般涉及一種或多種下述藥物的施用非類(lèi)固醇抗炎藥(NSAID)例如乙酰水楊酸(例如，阿司匹林)、布洛芬(美林)、萘普生(消痛靈)、吲哚美辛(消炎痛)、 萘丁美酮(瑞力芬)、托美丁(痛滅定)；糖皮質(zhì)激素(經(jīng)由關(guān)節(jié)注射)；和低劑量潑尼松龍。參見(jiàn)"Guidelines for the management of rheumatoid arthritis，" Arthritis &
43Rheumatism 46 (2) =328-346 (2002年2月)。具有新近診斷的RA的大多數(shù)患者在診斷3個(gè)月內(nèi)開(kāi)始用緩解病情抗風(fēng)濕藥物(DMARD)治療。在RA中通常使用的DMARD是羥氯喹啉、柳氮磺胺吡啶、氨甲蝶呤((+) 口服和皮下氨甲蝶呤)、來(lái)氟米特、硫唑嘌呤、D-青霉胺、金(經(jīng)口)、金(肌內(nèi))、米諾環(huán)素、環(huán)孢菌素、葡萄球菌蛋白A免疫吸附。在一些情況下，患者用免疫調(diào)節(jié)劑例如硫唑嘌呤或環(huán)磷酰胺進(jìn)行治療。另外的RA治療劑包括抗細(xì)胞因子劑(例如， 抗腫瘤壞死因子α、抗白細(xì)胞介素-1-受體(例如，阿那白滯素)、抗白細(xì)胞介素10、抗白細(xì)胞介素6受體、抗白細(xì)胞介素6、抗干擾素α、抗B淋巴細(xì)胞刺激物)、共刺激抑制劑(例如，抗 CD154、CTLA4_Ig (例如，abatacept)) 在一些情況下，TNF α抑制劑已用于RA的治療。示例性TNF α抑制劑包括依那西普(以商品名ENBREL 銷(xiāo)售)、英夫利昔單抗(以商品名REMICADE 銷(xiāo)售)、阿達(dá)木單抗(以商品名HUMIRA 銷(xiāo)售)、戈利木單抗(以商品名SIMPONI 銷(xiāo)售)、和賽妥珠單抗(以商品名CIMZIA 銷(xiāo)售)。依那西普(在商品名稱(chēng)ENBREL 下銷(xiāo)售)是在美國(guó)批準(zhǔn)用于治療活動(dòng)性RA 的注射藥物。依那西普與TNFa結(jié)合且作用于去除來(lái)自關(guān)節(jié)和血液的大多數(shù)TNFa，從而阻止TNF α促進(jìn)類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的炎癥和其他癥狀。依那西普是由與人IgGl的Fc部分連接的人75kD(p75)腫瘤壞死因子受體(TNFR)的細(xì)胞外配體結(jié)合部分組成的“免疫粘附素”融合蛋白。藥物已與不良副作用相關(guān)，包括嚴(yán)重感染和敗血癥，和神經(jīng)系統(tǒng)病癥例如多發(fā)性硬化(MS) ο 參見(jiàn)" 列如，www, remicade-inf liximab. com/paRes/enbrel embrel. html 在商品名稱(chēng)REMICADE⑧下銷(xiāo)售的英夫利昔單抗是治療RA和Crohn氏病的免疫抑制性處方藥物。英夫利昔單抗是嵌合單克隆抗體，其與TNFa結(jié)合且通過(guò)靶向且結(jié)合導(dǎo)致炎癥的TNFa而減少身體中的炎癥。英夫利昔單抗已與某些致命反應(yīng)聯(lián)系，例如心力衰竭和感染包括結(jié)核以及導(dǎo)致MS的脫髓鞘。參見(jiàn)例如，www. remicade-inf liximab. com。在2002年，Abbott Laboratories得到FDA獲準(zhǔn)上市阿達(dá)木單抗(在商品名稱(chēng) HUMIRA 下銷(xiāo)售)，先前稱(chēng)為D2E7。阿達(dá)木單抗是與TNF α結(jié)合的人單克隆抗體， 并且批準(zhǔn)用于在具有中等到重度活動(dòng)性RA的成人中減少體征和癥狀和抑制結(jié)構(gòu)損害的進(jìn)展，其中所述患者對(duì)于一種或多種常規(guī)緩解病情的DMARD已經(jīng)表現(xiàn)無(wú)足夠的應(yīng)答。在2009年4月，Centocor Ortho Biotech Inc.接受FDA批準(zhǔn)上市戈利木單抗 (在商品名稱(chēng)SIMP0NI 下銷(xiāo)售)用于具有中等到重度RA、銀屑病性關(guān)節(jié)炎和強(qiáng)直性脊柱炎的患者。戈利木單抗是對(duì)于人TNFa特異性的人IgGl κ單克隆抗體，由患者每月皮下自施用一次。戈利木單抗與可溶性和跨膜生物活性形式的TNF α結(jié)合。類(lèi)似于抑制TNF α的其他治療劑，戈利木單抗已與特定不利事件例如感染危險(xiǎn)，包括嚴(yán)重和威脅生命的真菌感染， 相關(guān)。在2009年5月，賽妥珠單抗(在商品名稱(chēng)CIMZIA 下銷(xiāo)售)由FDA批準(zhǔn)用于治療具有RA的患者。它由健康護(hù)理專(zhuān)業(yè)人士通過(guò)皮下注射在導(dǎo)入期中每2周一次和隨后在維持期中每4周一次施用。賽妥珠單抗是重組、人源化抗體Fab'片段，對(duì)于人TNFa具有特異性，與約40kDa聚乙二醇(PEG2MAL40K)綴合。賽妥珠單抗也已與特定安全危險(xiǎn)例如增加的嚴(yán)重感染危險(xiǎn)相關(guān)，類(lèi)似于其他TNF α抑制劑。在一些情況下，利妥昔單抗(在商品名稱(chēng)RITUXAN 下銷(xiāo)售)已用作RA的療法。利妥昔單抗是針對(duì)CD20抗原的遺傳改造的嵌合鼠/人單克隆抗體。利妥昔單抗是在1998年4月7日(Anderson等人)授權(quán)的美國(guó)專(zhuān)利號(hào)5，736，137中稱(chēng)為“C2B8”的抗體。另一種抗CD20抗體是ocrelizumab。Ocrelizumab是抗CD20抗體2H7的人源化變體。此人源化2H7變體例如在國(guó)際公開(kāi)號(hào)W02004/056312 (國(guó)際申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2003/040426) 中描述。具有B細(xì)胞拮抗劑活性的RA治療劑可以例如通過(guò)就特定生物學(xué)性質(zhì)篩選化合物而進(jìn)行鑒定。例如，可以采用如Sundberg等人，CancerResearch 66，1775-1782 (2006)中所述的篩選方法，其中，就B細(xì)胞增殖的抑制，篩選通過(guò)靶向c-myc蛋白質(zhì)用于快速和特異性降解的化合物。關(guān)于BAFF、APRIL、以及涉及B細(xì)胞存活和篩選的教導(dǎo)，還參見(jiàn)Mackay 等人，Annual Review of Immunology，21 :231164 (2003)，關(guān)于 B 細(xì)胞增殖和 APRIL，還參 JAL Thangarajh ^ Α Scandinavian J. Immunol. , 65 (1) :92(2007)。 jit；夕卜，Sakurai 入， European J. Immunol.，37(1) :110(2007)公開(kāi)了 TACI 減弱由 BAFF-R和 CD40 共刺激的抗體產(chǎn)生。進(jìn)一步地，Acosta-Rodriguez 等人，European J. Immunol.，37 (4) :990(2007)公開(kāi)了 BAFF和LPS協(xié)作以誘導(dǎo)B細(xì)胞變得對(duì)CD95/Fas-介導(dǎo)的細(xì)胞死亡敏感。進(jìn)一步篩選方法可以在下述文獻(xiàn)中發(fā)現(xiàn)Martin 和 Chan，“ B CellImmunobiology in Disease =Evolving Concepts from the Clinic Annual Review of Immunology, " 24 :467-496(2006),Pillai 等)κ," Marginal Zone B Cells" Annual Review of Immunology, 23 161-196 (2005), VX 及Hardy禾口Hayakawa, " B Cell Development Pathways," Annual Review oflmmunology, 19 :595-621 0001)。根據(jù)這些及其他參考文獻(xiàn)，技術(shù)人員可以篩選合適的拮抗劑。微陣列(Hagmann，Science, 290 :82-83 (2000)),以及 RNA 干擾(RNAi) (Ngo 等人，Nature，441 106-110(2006))可以用于這個(gè)目的。在本發(fā)明的范圍內(nèi)包括的B細(xì)胞拮抗劑包括抗體、合成或天然序列肽、免疫粘附素和小分子拮抗劑，其與B細(xì)胞表面標(biāo)記或B細(xì)胞特異性存活或增殖因子結(jié)合，任選與其它分子綴合或融合。在特定實(shí)施方案中，拮抗劑包含抗體或免疫粘附素。它包括BLyS拮抗劑，例如免疫粘附素，包括但不限于，抗⑶23 (例如，lumiliximab)、抗CD20、抗CD22或抗BR3抗體、APRIL拮抗劑和/或BLyS免疫粘附素。在特定實(shí)施方案中，BLyS免疫粘附素選自包含BR3的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域的BR3免疫粘附素、包含TACI的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域的TACI免疫粘附素、和包含BCMA的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域的BCMA免疫粘附素。BR3免疫粘附素的特定實(shí)施方案包括如W02005/00351、美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)號(hào)2005/0095243、美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)號(hào)2005/0163775 和TO2006/068867中所述的hBR3_Fc。在特定實(shí)施方案中，BLyS拮抗劑是抗BLyS抗體，其中抗BLyS抗體在包含殘基162-275的BLyS區(qū)域內(nèi)結(jié)合BLyS，或抗BR3抗體，其中抗BR3 抗體在包含人BR3的殘基23-38的區(qū)域中結(jié)合BR3。在特定實(shí)施方案中，免疫粘附素選自 TACI-Ig (atacicept)和BR3_Ig。在特定實(shí)施方案中，B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20、CD22、BAFF 或APRIL的。在特定此類(lèi)實(shí)施方案中，拮抗劑是抗體或TACI-Ig。CD22抗原或CD22也稱(chēng)為BL-CAM或Lyb8，是具有約130 (還原的)_140kD (非還原的)分子量的1型整合膜糖蛋白。它在B淋巴細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞膜中表達(dá)。CD22抗原在與CD19抗原大約相同的階段在B細(xì)胞淋巴細(xì)胞分化的早期出現(xiàn)。與一些其他B細(xì)胞標(biāo)記不同，CD22膜表達(dá)局限于在成熟B細(xì)胞(CD22+)和漿細(xì)胞(CD22-)之間包含的晚期分化階段。 CD22 抗原例如在 Wilson 等人，J. Exp. Med.，173 :137(1991)和 Wilson 等人，J. Immunol.， 150 :5013(1993)中描述。
一些示例性抗 CD22 抗體包括 EP 1，476，120 (Tedder 和 Tuscano)、 EPl, 485, 130 (Tedder)和 EPl, 504, 035 (Popplewell 等人)中描述的那些，以及美國(guó)專(zhuān)利公開(kāi)號(hào) 2004/0258682 (Leung 等人)、美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 5，484，892 (Dana-Farber)、 美國(guó)專(zhuān)利號(hào)6，183，744(Immunomedics、依帕珠單抗(epratuzumab))和美國(guó)專(zhuān)利號(hào) 7，074，403 (Goldenberg 和 Hansen)中描述的那些。BLyS(也稱(chēng)為 BAFF、TALL-U THANK、TNFSF13B 或 zTNF4)是 TNFl 配體超家族成員，其對(duì)于B細(xì)胞存活和成熟是必需的。在轉(zhuǎn)基因小鼠中的BAFF超表達(dá)導(dǎo)致B細(xì)胞過(guò)度增生和嚴(yán)重自身免疫疾病的發(fā)生(Mackay等人，J. Exp. Med. , 190 1697-1710 (1999)； Gross 等人，Nature, 404 :995-999(2000) ；Khare 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 97 3370-3375(2000))。BAFF水平在多種自身免疫病癥的人患者中是升高的，例如SLE、RA和 Sjogren 氏綜合征(Cheema 等人，Arthritis Rheum. ,44 :1313-1319(2001) ；Groom 等人， J. Clin. Invest.，109 :59-68 (2002) ；Zhang 等人，J. Immunol.，166 :6-10 (2001))。此夕卜， BAFF水平與疾病嚴(yán)重性關(guān)聯(lián)，暗示BAFF可以在這些病的發(fā)病機(jī)理中起直接作用。BAFF通過(guò)與TNF受體超家族的3個(gè)成員TACI、BCMA和BR3(也稱(chēng)為BAFF-R)結(jié)合而作用于B細(xì)胞(Gross 等人，同上；Thompson 等人，Science，293 :2108-2111 (2001) ；Yan 等人，Curr. Biol. 11 :1547-1552(2001) ；Yan 等人，Nat. Immunol.，1 :37-41(2000) ；Schiemann 等人， Science, 293 :2111-2114 (2001))。在這3個(gè)中，僅BR3對(duì)于BAFF具有特異性；另外2個(gè)也結(jié)合相關(guān)TNF家族成員，增殖誘導(dǎo)配體(APRIL)。BAFF和受體敲除或突變小鼠的表型比較表明，通過(guò)BR3的信號(hào)傳導(dǎo)介導(dǎo)BAFF的B細(xì)胞存活功能(Thompson等人，同上；Yan等人，同上，2001 ；Schiemann等人， 同上)。不同地，TACI看起來(lái)充當(dāng)抑制性受體(Yan, Nat. Immunol.，2 :638-643 (2001))，而 BCMA的作用并不明了(Schiemann等人，同上)。US2007/0071760公開(kāi)了使用TACI-Ig融合分子以足以抑制BlyS和APRIL的增殖誘導(dǎo)功能的量治療B細(xì)胞惡性腫瘤。BR3是在B細(xì)胞的表面上表達(dá)的184殘基III型跨膜蛋白質(zhì)(Thompson等人，同上；Yan，Nat. Immun.，同上)。細(xì)胞內(nèi)區(qū)域與已知結(jié)構(gòu)域或蛋白質(zhì)_蛋白質(zhì)相互作用基序沒(méi)有序列相似性。然而，BAFF誘導(dǎo)的通過(guò)BR3的信號(hào)傳導(dǎo)導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄因子NF_B2/pl00至 p52 的力口工(Claudio 等人，Nat. Immunol. ，3 :958-965(2002) ；Kayagaki 等人，Immunity, 10 :515-524(2002)). BR3的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域(ECD)也是趨異的。TNFR家族成員通常特征在于在其細(xì)胞外區(qū)域中多個(gè)富含半胱氨酸的結(jié)構(gòu)域(CRD)的存在；每個(gè)CRD —般由約40個(gè)殘基組成，通過(guò)6個(gè)半胱氨酸在3個(gè)二硫鍵中穩(wěn)定。這個(gè)家族的常規(guī)成員通過(guò)2個(gè)CRD與配體表面上的2個(gè)不同片相互作用而與配體接觸(Bodmer等人，TrendsBiochem. Sci. ,27 19-26 (2002))。然而，BR3E⑶僅含有4個(gè)半胱氨酸殘基，最多能夠形成一個(gè)部分CRD，從而產(chǎn)生此小受體如何賦予高親和力配體結(jié)合的問(wèn)題。已顯示BR3的BAFF結(jié)合結(jié)構(gòu)域位于沈殘基核心區(qū)內(nèi)(Kayagaki等人，同上)。當(dāng)構(gòu)造在發(fā)夾肽(bhpBR3)內(nèi)時(shí)，6個(gè)BR3殘基足以賦予BAFF結(jié)合且阻斷BR3介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)。其他人已報(bào)道了旨在與BAFF相互作用的多肽(例如，102002/^24909102003/035846, W02002/16312 和 W02002/02641)。功能喪失和射線影像學(xué)變化在疾病過(guò)程早期出現(xiàn)。這些變化可以使用一些DMARD 得到延遲或阻止。盡管幾個(gè)DMARD最初是臨床上有效和充分耐受的，但這些藥物中的許多隨著時(shí)間過(guò)去變得較不有效或顯示出增加的毒性。基于其功效和可耐受性，MTX已成為測(cè)定其他治療的標(biāo)準(zhǔn)療法。Bathon 等人，N. Eng. J. Med. , 343 1586-1593 (2000) ；Albert 等人， J. Rheumatol. ,27 :644-652(2000)。近期研究已檢查了在如下患者中的射線影像學(xué)進(jìn)展具有晚期RA且已服用過(guò)來(lái)氟米特、MTX 或安慰劑的患者(Strand 等人，Arch. Intern. Med.，159 :2542-2550 (1999))，以及在部分應(yīng)答MTX后已服用過(guò)英夫利昔單抗加上MTX或安慰劑加上MTX的患者。Lipsky等人，N. Engl. J.Med·，343 :1594-1602(2000) ；Maini 等人，Lancet，；354 :1932-1939 (1999)。在 ENBREL ERA (早期RA)試驗(yàn)的第一年中，依那西普顯示在改善疾病的體征和癥狀以及抑制射線影像學(xué)進(jìn)展中比MTX顯著更有效。Bathon等人，N. Eng. J. Med.，343 1586-1593 (2000)。 Genovese等人，Arthritis Rheum. 46 :1443-1450(2002)報(bào)道來(lái)自該研究的第二年的結(jié)果， 得出結(jié)論在具有早期侵襲性RA的患者中經(jīng)過(guò)2年，作為單一療法的依那西普是安全的，且在減少疾病活動(dòng)性、停止結(jié)構(gòu)損害，和減少殘疾方面優(yōu)于MTX。還研究了在中等至重度RA患者中與MTX組合的ocrelizumab (靶向⑶20+B細(xì)胞的人源化抗體)的安全性和臨床活性0 I/II ACTION 研究)。Genovese 等人，Arthritis Rheum. , 54 (9) :S66_S67 (2006 年 9 月)。進(jìn)一步地，手和足的射線影像學(xué)進(jìn)展的減少在接受與MTX組合的英夫利昔單抗后的早期 RA 患者中觀察到。Van der Heijde 等人，Annals Rheumatic Diseases,64 417 (2005)。具有早期RA的患者在用英夫利昔單抗治療后達(dá)到在身體功能上臨床上有意義和持久的改善。Smolen 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :418-419 Q005)。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :319 Q005)報(bào)道了從命名為ASSERT的隨機(jī)化、安慰劑對(duì)照試驗(yàn)得到的、在具有強(qiáng)直性脊柱炎(AS)的患者中英夫利昔單抗治療對(duì)骨礦物質(zhì)密度的影響。ASSERT試驗(yàn)顯示英夫利昔單抗改善具有AS的患者的疲勞和疼痛。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases, 64 :318-319(2005) van der Hei jde 等人，Arthritis Rheum. ,5 :582-591 (2005)描述了根據(jù) ASSERT 在治療的AS患者中英夫利昔單抗的功效和安全性。作者得出結(jié)論英夫利昔單抗在M周研究期中在AS患者的大隊(duì)列中是充分耐受和有效的。此外，在一個(gè)具有AS的279個(gè)患者的隨機(jī)化、安慰劑對(duì)照試驗(yàn)中，通過(guò)磁共振成像評(píng)估了英夫利昔單抗治療對(duì)脊柱炎癥的作用。Van der Hei jde 等人，Annals Rheumatic Diseases, 64 :317 (2005)。van der Heij de 等人， Arthritis Rheum. 52 :1979-1985(2005)解決了在測(cè)量治療對(duì)AS患者的脊柱射線影像學(xué)進(jìn)展的影響時(shí)應(yīng)使用的方式。Antoni 等人，Annals Rheumatic Diseases 64 :107 Q005)報(bào)道了 1 年后英夫利昔單抗多國(guó)PsA對(duì)照試驗(yàn)(IMPACT)的射線影像學(xué)分析結(jié)果。Smolen等人，Arthritis Rheum. 52 =1020-1030(2005)報(bào)道了，在不具有臨床改善的RA患者中用英夫利昔單抗加上 MTX治療的射線影像學(xué)益處的證據(jù)，以及對(duì)來(lái)自該抗TNF試驗(yàn)的數(shù)據(jù)在有伴隨治療研究的 RA中的詳細(xì)子分析(subanalysis)。射線影像學(xué)進(jìn)展(通過(guò)修飾的Siarp/van derHeijde 得分的平均變化來(lái)量度)在接受MTX加上安慰劑的患者中比在接受英夫利昔單抗加上MTX 的患者中大得多。作者得出結(jié)論即使在沒(méi)有臨床改善的患者中，用英夫利昔單抗加上MTX 的治療也提供了就該破壞性過(guò)程而言顯著的益處，說(shuō)明在此類(lèi)患者中，疾病的這2個(gè)測(cè)量是分開(kāi)的。在基線射線影像學(xué)損害和用英夫利昔單抗治療RA患者后身體功能的改善之間的相關(guān)性由 Breedveld 等人，Annals Rheumatic Diseases，64 :52-55 (2005)描述。使用Siarp得分的van der Hei jde修飾，評(píng)估了結(jié)構(gòu)損害。作者得出結(jié)論在基線時(shí)更大的關(guān)節(jié)損害與在基線時(shí)更弱的身體功能相關(guān)以及與在治療后身體功能的更少改善相關(guān)，強(qiáng)調(diào)早期干預(yù)對(duì)于減慢關(guān)節(jié)破壞的進(jìn)展的重要性。類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎分子生物標(biāo)記許多研究者已進(jìn)行了對(duì)分離自RA患者的滑膜組織的微陣列基因表達(dá)譜研究。公開(kāi)的研究包括van der Pouw Kraan TC等人，使用cDNA微陣列技術(shù)在類(lèi)風(fēng)濕性滑膜中發(fā)現(xiàn)獨(dú)特基因表達(dá)譜多個(gè)組織破壞和修復(fù)途徑的存在證據(jù)(Discovery of distinctive gene expression profiles in rheumatoid synovium using cDNA microarray technology evidence for the existence ofmultiple pathways of tissue destruction and repair), Genes Immun Apr ；4 (3) :187-96(2003) ；van der Pouw Kraan TC，等人，類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎是一種異質(zhì)性疾病在類(lèi)風(fēng)濕性組織間STAT-I途徑活化的差異證據(jù)(!Rheumatoid arthritis is a heterogeneous disease :evidence for differences in the activation of the STAT-Ipathway between rheumatoid tissues), Arthritis Rheum Aug ；48 (8) 2132-45(2003) ；Finis K等人，以基因組寬度的互補(bǔ)DNA微陣列和組織陣列技術(shù)分析色素性絨毛結(jié)節(jié)性滑膜炎揭示潛在新治療方法(Analysis of pigmented villonodular synovitis with genome-wide complementary DNA microarray and tissue array technology reveals insight into potential novel therapeutic approaches)， Arthritis Rheum Mar ；54 (3) :1009-19(2006) ；Lindberg J，等人，英夫利昔單抗對(duì)類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者滑膜組織中mRNA表達(dá)譜的影響(Effect of infliximab on mRNA expression profiles in synovial tissue of rheumatoid arthritis patients), Arthritis Res Ther. 8 (6) :R179(2006) ；van der Pouw Kraan TC 等人，類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者對(duì)抗腫瘤壞死因子α治療的應(yīng)答性與治療前組織炎性水平相關(guān)(Responsiveness to anti-tumour necrosis factor alpha therapy is related to pre—treatment tissue inflammation levels in rheumatoid arthritis patients)， Ann Rheum Dis. Apr ；67(4) :563-6(2008) ；Huber R等人，在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎滑膜中鑒定組內(nèi)、個(gè)體間、和基 13特異的 mRNA 普差異(Identification ofintra-group, inter-individual, and gene-specific variances in mRNA expression profiles in the rheumatoid arthritis synovial membrane), Arthritis Res Ther 10(4) :R98(2008) ；Badot V^A^ifll^ 基因表達(dá)譜分析鑒定類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎中阿達(dá)木單抗治療應(yīng)答性缺乏的預(yù)測(cè)性標(biāo)簽(Gene expression profiling in the synovium identifies a predictive signature of absence of response to adalimumab therapy in rheumatoid arthritis), Arthritis Res Ther. 11(2) :R57 (2009), Epub 2009 年四月 23。一般技術(shù)除非另有說(shuō)明，本發(fā)明的實(shí)踐將采用分子生物學(xué)(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、生物化學(xué)和免疫學(xué)的常規(guī)技術(shù)，其在本領(lǐng)域技術(shù)人員的能力內(nèi)。此類(lèi)技術(shù)在文獻(xiàn)中充分解釋?zhuān)纭?Molecular Cloning =ALaboratory Manual"，第二版(Sambrook 等人，1989) ； “ Oligonucleotide Synthesis “ (Μ· J. Gait，編輯，1984) ； “ Animal Cell Culture" (R. I. Freshney,編輯，1987) ； “ Methods in Enzymology“ (Academic Press, Inc.) ； “ Current Protocols in Molecular Biology" (F. M. Ausubel 等人，編輯，1987，和定期更新)；“PCR :The Polymerase Chain Reaction"，(Mullis 等人，編輯，1994)。在本發(fā)明中采用的引物、寡核苷酸和多核苷酸可以使用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)生成。本文提供了與RA和RA的特定亞型相關(guān)的基因表達(dá)標(biāo)簽。這些標(biāo)簽構(gòu)成RA和/ 或RA亞型的生物標(biāo)記，和/或?qū)A的發(fā)生、持續(xù)和/或進(jìn)展造成易患性或貢獻(xiàn)。相應(yīng)地， 本文公開(kāi)的本發(fā)明在多種情形中是有用的，例如在與RA診斷和治療有關(guān)的方法和組合物中是有用的?；虮硖降臋z測(cè)根據(jù)本文描述的任何方法，核酸可以是由基因組DNA轉(zhuǎn)錄的RNA或由RNA生成的 cDNA。核酸可以源自脊椎動(dòng)物例如哺乳動(dòng)物。核酸被說(shuō)成“源自”特定來(lái)源，如果它直接得自那個(gè)來(lái)源或如果它是在那個(gè)來(lái)源中發(fā)現(xiàn)的核酸的拷貝。核酸包括核酸的拷貝，例如由擴(kuò)增得到的拷貝。擴(kuò)增在特定情況下可以是期望的， 例如以便獲得所需量的材料用于檢測(cè)變異。隨后可以對(duì)擴(kuò)增子實(shí)施變異檢測(cè)方法，例如下文描述的那些，以測(cè)定特定基因的表達(dá)。微陣列是一種多重技術(shù)，典型地使用排成陣列的數(shù)千個(gè)核酸探針的系列，在高嚴(yán)格條件下與例如cDNA或cRNA樣品雜交。探針-靶雜交一般通過(guò)檢測(cè)熒光團(tuán)、銀或化學(xué)發(fā)光標(biāo)記的靶來(lái)檢測(cè)和定量，從而測(cè)定靶中核酸序列的相對(duì)豐度。在典型的微陣列中，探針通過(guò)與化學(xué)基質(zhì)(經(jīng)由環(huán)氧基-硅烷、氨基-硅烷、賴(lài)氨酸、聚丙烯酰胺或其他)的共價(jià)鍵與固體表面附著。固體表面是例如玻璃、硅片或微型珠。多種微陣列是商購(gòu)可得的，包括例如由 Affymetrix, Inc.和 Illumina, Inc 制造的那些。生物樣品可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的一些方法獲得。生物樣品可以得自脊椎動(dòng)物，并且特別是哺乳動(dòng)物。在一些情況下，生物樣品是滑膜組織、血清或外周血單核細(xì)胞 (PBMC)。通過(guò)篩選此類(lèi)身體樣品，可以對(duì)于疾病例如RA實(shí)現(xiàn)簡(jiǎn)單的早期診斷。此外，就靶核酸(或編碼的多肽)的表達(dá)水平中的變異，測(cè)試此類(lèi)身體樣品，也可以更容易地監(jiān)控治療的進(jìn)展。在確定受試者或組織或細(xì)胞樣品包含本文公開(kāi)的基因表達(dá)標(biāo)簽后，有效量的合適 RA治療劑可以考慮施用于受試者以治療受試者中的RA。本文描述的對(duì)哺乳動(dòng)物中多種病理學(xué)狀況的臨床診斷可以通過(guò)熟練從業(yè)者實(shí)施。臨床診斷技術(shù)是本領(lǐng)域可獲得的，例如允許診斷或檢測(cè)哺乳動(dòng)物中的RA的技術(shù)。RA治療劑可以依照已知方法施用，例如以推注或經(jīng)一段時(shí)間的連續(xù)輸注而靜脈內(nèi)施用、通過(guò)肌內(nèi)、腹膜內(nèi)、intracerobrospinal、皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、滑膜內(nèi)、鞘內(nèi)、經(jīng)口、局部或吸入途徑。任選地，施用可以使用各種商購(gòu)可得的裝置，通過(guò)微型泵輸注執(zhí)行。試劑盒 為了在本文描述或提議的應(yīng)用中的使用，還提供了試劑盒或產(chǎn)品。此類(lèi)試劑盒可以包含區(qū)室化的載體工具，以在封閉界限中容納一個(gè)或多個(gè)容器工具例如小瓶、管等，每一個(gè)容器工具各自包含待在方法中使用的分開(kāi)元件之一。例如，容器工具之一可以包含探針， 其為或可以是可檢測(cè)標(biāo)記的。此類(lèi)探針可以是對(duì)于包含作為基因表達(dá)標(biāo)簽的一種或多種基因的多核苷酸具有特異性的多核苷酸。當(dāng)試劑盒利用核酸雜交以檢測(cè)靶核酸時(shí)，試劑盒還可以具有含有用于擴(kuò)增靶核酸序列的核苷酸(一種或多種)的容器和/或包含與報(bào)道分子例如酶學(xué)、熒光或放射性同位素標(biāo)記結(jié)合的報(bào)道工具的容器，所述報(bào)道工具例如生物素結(jié)合蛋白質(zhì)，例如抗生物素蛋白或鏈霉親和素。試劑盒一般將包含上文描述的容器和包含從商業(yè)和用戶觀點(diǎn)上期望的材料的一個(gè)或多個(gè)其他容器，包括緩沖液、稀釋劑、濾器、針、注射器，和具有使用說(shuō)明的包裝說(shuō)明書(shū)。 使用標(biāo)簽可以存在于容器上，以指示組合物用于特定治療或非治療應(yīng)用，并且還可以提供關(guān)于體內(nèi)或體外使用的指導(dǎo)，例如上文描述的那些。試劑盒中的其他任選組分包括一種或多種緩沖液(例如，封閉緩沖液、洗滌緩沖液、底物緩沖液等)、其他試劑例如以酶學(xué)標(biāo)記物化學(xué)改變的底物(例如，色素原)、表位修復(fù)(印itope retrieval)溶液、對(duì)照樣品(陽(yáng)性和 /或陰性對(duì)照)、對(duì)照載玻片(一個(gè)或多個(gè))等。市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)方法本發(fā)明還涵蓋用于市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)RA治療劑或其藥學(xué)可接受組合物的方法，其包括對(duì)靶受眾推廣、提供指導(dǎo)和/或詳細(xì)說(shuō)明在如下RA患者或患者群體中治療劑或其藥物組合物用于治療的應(yīng)用，其中從所述患者已獲得樣品，證實(shí)如本文公開(kāi)的遺傳變異的存在。市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)一般是通過(guò)非人媒介的有償通訊，其中發(fā)起人是確定的且信息是受控制的。用于本文目的的營(yíng)銷(xiāo)包括宣傳、公關(guān)、產(chǎn)品陳列、贊助、包銷(xiāo)和促銷(xiāo)。這個(gè)術(shù)語(yǔ)還包括在任何印刷通訊介質(zhì)中出現(xiàn)的資助信息性公告，該公告設(shè)計(jì)為吸引大量受眾以朝購(gòu)買(mǎi)、支持或稱(chēng)贊本發(fā)明的有利模式方向說(shuō)服、告知、推動(dòng)、鼓動(dòng)或以其他方式影響行為。本文診斷方法的營(yíng)銷(xiāo)可以通過(guò)任何方式完成。用于遞送這些信息的營(yíng)銷(xiāo)媒介的例子包括電視、收音機(jī)、電影、雜志、報(bào)紙、因特網(wǎng)和廣告牌，包括廣告，其是在播放媒體中出現(xiàn)的信息。使用的營(yíng)銷(xiāo)類(lèi)型將取決于許多因素，例如待達(dá)到的靶受眾的性質(zhì)，例如醫(yī)院、保險(xiǎn)公司、診所、醫(yī)生、護(hù)士和患者，以及成本考慮和控制藥物和診斷產(chǎn)品上市的有關(guān)司法和條例?；谟苫?dòng)服務(wù)和/或其他數(shù)據(jù)例如用戶人口統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)和地理位置定義的用途特征， 可以是個(gè)性化的或定制的。
實(shí)施例下述是本發(fā)明的方法和組合物的實(shí)施例。應(yīng)當(dāng)理解，考慮到上文提供的一般描述， 可以實(shí)施多種其他實(shí)施方案。實(shí)施例1方法和受試者 受試者和滑膜活檢組織涉及從人受試者獲得樣本的所有程序依據(jù)University of Michigan Institutional Review Board批準(zhǔn)的方案執(zhí)行。人滑膜組織通過(guò)在診斷有RA的患者中通過(guò)滑膜切除術(shù)自受累關(guān)節(jié)獲得，所述診斷基于美國(guó)風(fēng)濕病學(xué)會(huì)對(duì)RA提出的7個(gè)標(biāo)準(zhǔn)中的至少 4 個(gè)的存在(Arnett, F. C.，等人，Arthritis Rheum. ,31 :315-324 (1988))。將切出的組織在液氮中立即速凍且貯存于-80°C。對(duì)于匹配的組織學(xué)切片，將樣品短暫置于-20°C，冷凍切片且立即放回-80°C。將冷凍樣品在Qiagen牌RLT中勻漿，并且根據(jù)制造商推薦的方案(Qiagen, Valencia, CA.)分離 RNA。方法
微陣列雜交用于制備cRNA和用于陣列雜交的方法由Affymetrix，Inc. (Santa Clara, CA)提供。簡(jiǎn)言之，使用 cDNA 合成試劑盒，superscript Choice (Invitrogen, Carlsbad, CA)和 T7-(dT) 24 寡聚物引物(Biosearch Technologies, Inc.，Novato, CA)，將 3μ g 總 RNA 轉(zhuǎn)換成雙鏈 cDNA。使用親和樹(shù)脂 Sample Cleanup Module Kit (Affymetrix, he.)純化雙鏈 cDNA，并且隨后乙醇沉淀。在體外轉(zhuǎn)錄試劑(Enzo Diagnostics, Inc. ,Farmingdale,NY)中通過(guò)使用T7RNA聚合酶和生物素標(biāo)記的核苷酸，由cDNA生成標(biāo)記的cRNA。使用Affymetrix Sample Cleanup Module Kit純化標(biāo)記的cRNA。通過(guò)測(cè)量在洸Onm的吸光度且使用在洸Onm 的10D對(duì)應(yīng)于40 μ g/ml RNA的換算，確定標(biāo)記的cRNA的量。通過(guò)在94°C在40mM Tris-乙酸鹽pH8. UlOOmM乙酸鉀和30mM乙酸鎂中溫育30分鐘，使15微克標(biāo)記的cRNA片段化。隨后使樣品與GeneChip Human Genome U133Plus 2. OArrays (Affymetrix，he.)在 45°C 在設(shè)為60rpm的rotisserie爐中雜交19小時(shí)。將陣列洗滌且在Affymetrix Fluidics站中染色，并且在GeneChip 掃描儀3000上掃描。使用Affymetrix GeneChip 操作系
統(tǒng)和分析軟件，執(zhí)行數(shù)據(jù)分析。組織病理學(xué)和免疫組織化學(xué)對(duì)在丙酮中固定的人滑膜組織的5-μπι厚冰凍切片，進(jìn)行染色。用蘇木精與伊紅染色了一些切片用于組織學(xué)評(píng)估。其他切片在10%血清中封閉30分鐘，并且染色以檢測(cè)表達(dá)下述譜系標(biāo)記的細(xì)胞(CD20-小鼠抗人克隆 26，5μβ/πι1，0ει1 ) ；CD3-兔抗人抗體SP7， 1 200稀釋度，NeoMarkers ；和CD68-小鼠抗人克隆KP-1,2. 5g/ml, Dako)。所有免疫組織化學(xué)染色用物種特異性、生物素化的二級(jí)抗體和3，3' - 二氨基聯(lián)苯胺(DAB)進(jìn)行檢測(cè)。統(tǒng)計(jì)分析用在統(tǒng)計(jì)學(xué)編程環(huán)境中可獲得的開(kāi)源工具，R(在URL :cran (dot) r-pro ject (dot) org 可獲得)和商購(gòu)可得的 Spotfire Decision Site(TIBC0 Software Inc, Palo Alto, CA)，執(zhí)行微陣列數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析。通過(guò)多尺度自展重采樣(multiscale boostrap resampling)進(jìn)行分子亞型的鑒定，其中使用開(kāi)源R包，Pvclust (Shimodaira，H和Suzuki， R.，Bioinformatics, 22 (12), 2006) 使用由Spotfire提供的方差分析，執(zhí)行差異表達(dá)的基因的熱圖顯現(xiàn)和鑒定。使用CoPub，根據(jù)開(kāi)發(fā)商的推薦方案(Frijters，R.等人， Nucleic Acids Res. 36 :W406-ff410(網(wǎng)絡(luò)服務(wù)商發(fā)布 doi :10. 1093/nar/gkn215) (2008))； 在 URLservices(dot)nbic(dot)nl(slash)cgi-bin(slash)copub(slash)microarray_ analySiS(dot)pl可獲得)，鑒定在每個(gè)亞型內(nèi)顯著過(guò)度出現(xiàn)的途徑。簡(jiǎn)言之，將在每個(gè)亞型內(nèi)特異性上調(diào)的Affymetrix探針組標(biāo)識(shí)符( 1000個(gè)頂部排序的探針組)上載到網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器。選擇GeneChip Human Genome U133A Plus 2. OArray (Affymetrix, Inc.)作為背景數(shù)據(jù)集，搜索類(lèi)別局限于生物過(guò)程，并且所有計(jì)算設(shè)置保留其缺省值。將所得到的數(shù)據(jù)保存至個(gè)人計(jì)算機(jī)且格式化用于在Spotfire中的比較性熱圖顯現(xiàn)。分類(lèi)詞的鑒定分子表型訓(xùn)練和測(cè)試使用由20，776個(gè)探針組成的過(guò)濾后表達(dá)數(shù)據(jù)集和類(lèi)別標(biāo)簽，我們?cè)噲D構(gòu)建一系列兩類(lèi)別和多類(lèi)別的分類(lèi)模型，其可以(i)將每個(gè)推定患者亞類(lèi)從另外的3個(gè)亞型中區(qū)分出來(lái)，或(ii)實(shí)現(xiàn)所有4個(gè)亞類(lèi)的彼此互相區(qū)分。我們?cè)诒疚闹袑⑦@些分類(lèi)模型稱(chēng)為“分類(lèi)詞”。在可從相同患者獲得多個(gè)樣品的情況下，隨機(jī)選擇來(lái)自該患者的一個(gè)樣品，進(jìn)入模型。
51使用 CMA 包(Slawski 等人，BMC Bioinformatics 9 :439 Q008))，執(zhí)行變量(探針)選擇和模型訓(xùn)練。在兩類(lèi)別模型的情況下，根據(jù)每個(gè)探針的兩樣本t統(tǒng)計(jì)量或其robust Wilcoxon 統(tǒng)計(jì)量的絕對(duì)值，排序每個(gè)探針與給定類(lèi)別標(biāo)簽的相關(guān)性，由此進(jìn)行變量選擇。對(duì)于多類(lèi)別模型，通過(guò)在所有四個(gè)推定類(lèi)別上探針的單向F-統(tǒng)計(jì)量或其robust Kruskall-Wallis檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量，對(duì)探針進(jìn)行排序。經(jīng)過(guò)N = 48輪的留一交叉驗(yàn)證(LOOCV)，或當(dāng)該類(lèi)別的大小被認(rèn)為足夠大時(shí)，即對(duì)于F2、L和M兩類(lèi)別模型，經(jīng)過(guò)100輪重復(fù)的5折交叉驗(yàn)證，記錄檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量的值。對(duì)于每個(gè)模型和選擇的檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量，在每輪交叉驗(yàn)證時(shí)，保留具有最大、最顯著的檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量值的頭20個(gè)探針。產(chǎn)生基于探針特異性投票的變量重要性度量，其中計(jì)算一個(gè)探針在多少輪(或分?jǐn)?shù))的交叉驗(yàn)證中出現(xiàn)在頭20個(gè)最強(qiáng)相關(guān)探針的列表中。實(shí)施CMA包中的線性判別分析(LDA)，使用這特定的48個(gè)患者樣品獲得的估計(jì)類(lèi)別標(biāo)簽，可以與聚類(lèi)結(jié)果的原始估計(jì)標(biāo)簽比較。作為一個(gè)明智的檢查，使用序列改變的類(lèi)別標(biāo)簽，重復(fù)變量選擇和LDA步驟，導(dǎo)致增加的錯(cuò)分類(lèi)率。在雙色微陣列平臺(tái)上可公開(kāi)獲得的獨(dú)立測(cè)試數(shù)據(jù)(Lindberg等人，PLoS One 5(6) :ell310(2010))被用于評(píng)估由訓(xùn)練數(shù)據(jù)構(gòu)建的模型的穩(wěn)健性。對(duì)于每個(gè)RA患者二-二向模型，和對(duì)于多類(lèi)別模型，使用R中的MASS包(Venables，W.N.& Ripley， B.D. (2002)Modern Applied Statistics with S.第 4 版 Springer, New York. ISBN 0-387-卯457-0)，在該訓(xùn)練數(shù)據(jù)上，將曾經(jīng)出現(xiàn)在一個(gè)給定的交叉驗(yàn)證輪的頭20個(gè)探針列表中的獨(dú)特探針的集合(經(jīng)過(guò)選擇的參量或穩(wěn)健性檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量而聚集)，應(yīng)用于LDA模型。 使用L00CV，通過(guò)將在訓(xùn)練數(shù)據(jù)上構(gòu)建的LDA模型應(yīng)用于該新的測(cè)試集數(shù)據(jù)，獲得了新的預(yù)測(cè)類(lèi)別標(biāo)簽。2個(gè)數(shù)據(jù)集之間的探針通過(guò)其獨(dú)特Entrez基因標(biāo)識(shí)編號(hào)聯(lián)系。在任一數(shù)據(jù)集中的多個(gè)探針被對(duì)應(yīng)到一個(gè)給定Entrez基因編號(hào)的情況下，選擇獨(dú)特探針以代表給定基因。在原始Affymetrix訓(xùn)練數(shù)據(jù)中，選擇了經(jīng)過(guò)L00CV輪具有最高變量重要性得分的探針。 在ties的情況下，隨機(jī)選擇一個(gè)探針。還隨機(jī)選擇了在測(cè)試數(shù)據(jù)中的獨(dú)特代表性探針。在測(cè)試數(shù)據(jù)集中的漏失數(shù)據(jù)使用該探針的中值表達(dá)值輸入。在執(zhí)行LDA前，集中(center)并且縮放(scale)訓(xùn)練和測(cè)試數(shù)據(jù)，以將其置于更相等的立足點(diǎn)(footing)上。關(guān)于4個(gè)分子表型各自的分類(lèi)詞在下文提供。分子表型(亞型)的鑒定在從RA患者分離的滑膜組織上，進(jìn)行了基因表達(dá)微陣列實(shí)驗(yàn)，例如以評(píng)估基因表達(dá)模式，作為基礎(chǔ)以促進(jìn)在RA發(fā)病機(jī)理和進(jìn)展中重要的分子途徑的理解，以及鑒定潛在治療靶和用于診斷和預(yù)后目的的生物標(biāo)記。使用全基因組表達(dá)陣列，GeneChip Human Genome U133Plus 2.0 Array (Affymetrix，he.)，對(duì)從 50 個(gè) RA 患者中切出的 81 個(gè)滑膜組織樣品執(zhí)行基因表達(dá)微陣列實(shí)驗(yàn)。使用制造商提供的軟件MAS5，對(duì)表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化、相對(duì)于500標(biāo)化、轉(zhuǎn)換以及ζ評(píng)分。如果探針具有至少100的最低表達(dá)，并且相對(duì)于探針在所有樣品中的平均表達(dá)水平，在至少5個(gè)樣品中差異1. 5個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差，那么將該探針包括在分析中。這個(gè)評(píng)估獲得了 20，776個(gè)探針，這些探針被10，000次重復(fù)地隨機(jī)重置抽樣(sampling with replacement)，并聚類(lèi)(使用相關(guān)性作為距離的度量和平均連接用于凝聚)。圖1中顯示了所得到的樹(shù)狀圖，該圖描述樣品聚類(lèi)和所得到的自展分枝支持值。我們分析了來(lái)自微陣列實(shí)驗(yàn)的熱圖(圖2)，并且基于在不同RA分子亞型之間差異表達(dá)的基因的相對(duì)表達(dá)水平，鑒定了 RA的4個(gè)分子亞型。我們將樣品分配到由自展樹(shù)狀圖推出的4個(gè)不同組(圖幻。通過(guò)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的表達(dá)數(shù)據(jù)的方差分析，鑒定了在每個(gè)組內(nèi)差異表達(dá)的基因。對(duì)統(tǒng)計(jì)上顯著的探針(具有ρ < 1. 0E-6的5501個(gè)探針)執(zhí)行分層聚類(lèi)。表達(dá)數(shù)據(jù)是就可視化進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化的ζ得分。如圖2中所示，最大的樣品分組(45%)定義了本文描述為富淋巴樣(L)的分子亞型(圖2，在該圖頂部的樹(shù)狀圖頂部標(biāo)記為“L”的分支，在熱圖中顯示了相應(yīng)框，87%自展支持)。這些樣品共有廣泛的淋巴樣浸潤(rùn)和濾泡樣淋巴樣細(xì)胞聚集(每個(gè)ρ < 0. 01)。這組樣品的基因表達(dá)標(biāo)簽揭示了 B細(xì)胞、漿細(xì)胞、T細(xì)胞和巨噬細(xì)胞特有的模式，并且牽涉特定途徑，包括B和T細(xì)胞活化、同種型轉(zhuǎn)換、Ig分泌和細(xì)胞因子產(chǎn)生。表5提供了與L亞型相關(guān)的探針組(和相關(guān)基因)列表。這些使用下述標(biāo)準(zhǔn)由微陣列數(shù)據(jù)鑒定(1)在L亞型內(nèi)的倍數(shù)變化彡1. 5 ； (2) t檢驗(yàn)ρ值< 0. 0001 ；和(3)注釋為屬于至少一個(gè)下述蛋白質(zhì)分子類(lèi)別分泌的、質(zhì)膜、激酶、G偶聯(lián)蛋白受體、磷酸酶、核受體、離子通道、E3-連接酶、脫泛素酶。下表1顯示來(lái)自表5的這些探針集(和相關(guān)基因)中一些的亞集，其已鑒定為L(zhǎng) 亞型的治療靶和生物標(biāo)記。表1中鑒定的基因編碼共有表面表達(dá)和分泌性質(zhì)的蛋白質(zhì)。在一些情況下，可以由例如單克隆抗體靶向具有這些性質(zhì)的蛋白質(zhì)，并且在此種情況下這些蛋白質(zhì)被視為治療靶。在一些情況下，可以測(cè)量分泌蛋白質(zhì)和自細(xì)胞膜斷裂的產(chǎn)物，并且在該種情況下這些蛋白質(zhì)和產(chǎn)物被視為生物標(biāo)記。表1. 一些L亞型治療靶和生物標(biāo)記。
權(quán)利要求
1.一種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表1、表5、表10、CXCLl 3, FcRH5、sFcRH5、LT β、ICAM3、 IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)指示所述RA分子亞型。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
3.權(quán)利要求2的方法，其中所述基因之一或組合的表達(dá)使用PCR法或微陣列芯片進(jìn)行測(cè)量。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述基因的組合包含XBPl、SMPDL3B、L0C255458、 L0C339562、PM2、SLC2A11、FAM46C、NDP52、CD79A、SLC38A1、IGLLU L0C91316、PLCG2、 L0C440361、MGC27165、IGKV1D13、ST6GAL1、HERPUDU DKFZP564G2022、GIMAP5, DERL3、 FLJ22170、PHYH、MTMR4、NDEL1、SSB1、NLK、TMAP1、SLC39A3、CBFA2T3、FAM20B、FKBP11、P2RY8、 KIAA0746、SCAMP5、LRP12、SLC39A6、DKFZp762C2414, E2IG2、SOSl 和 APG10L。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述生物樣品是血清，并且所述蛋白質(zhì)之ー或組合選自 CXCLl3, sFcRH5 及其組合。
6.權(quán)利要求5的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)量血清中的RF，并且確定血清是RF陽(yáng)性還是RF 陰性。
7.權(quán)利要求5的方法，其中所述測(cè)量包含使用免疫測(cè)定。
8.權(quán)利要求7的方法，其中所述免疫測(cè)定是ELISA。
9.權(quán)利要求8的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)定CXCL13的量。
10.權(quán)利要求9的方法，其中測(cè)定的所述量大于116.6pg/ml、或大于150pg/ml、或大于 200pg/ml、或大于 250pg/ml、或大于 300pg/ml。
11.權(quán)利要求8的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)定sFcRH5的量。
12.權(quán)利要求11的方法，其中測(cè)定的所述量大于126.7ng/ml、或大于150ng/ml、或大于 200ng/ml、或大于 250ng/ml、或大于 300ng/ml。
13.權(quán)利要求6的方法，其中所述血清被確定為RF陽(yáng)性，并且所述蛋白質(zhì)的組合由 CXCL13 和 sFcRH5 組成。
14.一種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表2、表6、表11、ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、 IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)指示所述RA分子亞型。
15.權(quán)利要求14的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
16.權(quán)利要求15的方法，其中所述基因之一或組合的表達(dá)使用PCR法或微陣列芯片進(jìn)行測(cè)量。
17.權(quán)利要求14的方法，其中所述基因的組合包含EMILIN2、RHOG,MICAL3、NAGA, SERPINB1、ICAM1、ZYX、UBE3A、VPS13A、FLJ11259、CCL2、GST01、LILRB2、FLNA、LILRB3、P2RX4、 HSMPP8、HCK、CXCL3、TPM4、CAPZB, PGD、CTSB、ATP6V0D1、SLC16A3、CTSZ, C5R1、FLJ20847、 CLKl、VEGF, C9orf88、ARL7、RAPGEFU TFRC, ATP6V1A、ZYX, NRP2、CCRl、NPCl、TCF7L2、KIAA0485、TM7SF1、PLAU,CTSL、FZD4、LACTB、KIAA0582、MFHAS 1、LILRB3、RABGAP1、FAM50B、 MBD2、VPS37C、ACTNl、MGC2752、PLAUR 和 EIF4E2。
18.—種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表3、表7、表12、FGFlO, FGF18、FGF2、LRP6、TGF β 2、 WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 禾P IL17D 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)指示所述RA分子亞型。
19.權(quán)利要求18的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述基因之一或組合的表達(dá)使用PCR法或微陣列芯片進(jìn)行測(cè)量。
21.權(quán)利要求18的方法，其中所述基因的組合包含SLC29A1、FZD8、⑶LP1、RNASE4、 PTTG1、GPR64、CBX7、CLU、KBTBD9、ΙΡ09、PLEKHA1、NOVA 1、ΑΒΤΒ2、MSL3L1、ΝΤΝ4、GABARAPL1、 IDH2、PC0LCE2、NTRK2、ARGBP2、SCARA3、SLC35A1、HMGB3、POSTN、LTBP3、L0C201895、NDFIP1、 L0C283481、FLJ10970、AUTS2、FANCA,PPP3CA、BBS1、FLJ32803 和 CHD9。
22.—種診斷受試者中RA的分子亞型的方法，所述方法包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表4、表8、表13、ITGAlU MMPlU ΜΜΡ13、ΜΜΡ16、ΜΜΡ28、 ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)指示所述RA分子亞型。
23.權(quán)利要求22的方法，其中所述生物樣品是滑膜組織。
24.權(quán)利要求23的方法，其中所述基因之一或組合的表達(dá)使用PCR法或微陣列芯片進(jìn)行測(cè)量。
25.權(quán)利要求22的方法，其中所述基因的組合包含CREB3L1、KYNU,⑶Hll、C10orf38、 FLJ22662、STAT5A、FCGR2C、HEPH、L0C90139、SEPTll、CTSS、PTPNSl、KIAA1374、TPMl、VSIG4、 AP1S2、FLJ44635、MAP4K4、RNASET2、LPINl、MFAP2、C0L4A1、HEYL, C0L18A1、MGC17943、 GPR116、KCTD15、GUCYlA3、MARCO、CDH5、NXN、AP1S2、C16orf9、KYNU、MGC48972、FBP1、ZNF462、 MSR1、ADRBK1、SGKL、SLC38A2、QARS、CD68、ABCA1、YIF1、FU20364、FPRL2、MAP1B、CYBB、CASK、 FLJ1112 7、POSTN、HAVCR2、FGL2、TRIM14、LILRA2、ITGB2、FCGR2C、FCGR3A、FCGR3B、LST1、PNKP 和 COROlA。
26.ー種預(yù)測(cè)受試者對(duì)于RA治療劑的應(yīng)答的方法，其包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表1、表5、表10、CXCLl3, FcRH5、sFcRH5、LT β、ICAM3、 IL18、PACAP、TNFRSF7、IgJ、IGM、IgG和XBPl中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)預(yù)測(cè)所述受試者對(duì)于所述RA治療劑的應(yīng)答。
27.權(quán)利要求沈的方法，其中所述生物樣品是血清，并且所述蛋白質(zhì)之ー或組合選自 CXCLl3, sFcRH5 及其組合。
28.權(quán)利要求27的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)量血清中的RF，并且確定所述血清是RF陽(yáng)性或RF陰性的。
29.權(quán)利要求沈的方法，其中所述測(cè)量包含使用免疫測(cè)定。
30.權(quán)利要求四的方法，其中所述免疫測(cè)定是ELISA。
31.權(quán)利要求沈的方法，其中所述RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。
32.權(quán)利要求31的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
33.權(quán)利要求32的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體。
34.權(quán)利要求33的方法，其中所述針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
35.權(quán)利要求30的方法，其進(jìn)ー步包括確定測(cè)量的所述蛋白質(zhì)之ー或組合的量。
36.權(quán)利要求35的方法，其中所述CXCL13的量被確定為大于116.6pg/ml。
37.權(quán)利要求35的方法，其中所述sFcRH5的量被確定為大于126.7ng/ml。
38.權(quán)利要求觀的方法，其中所述血清確定為RF陽(yáng)性。
39.權(quán)利要求沈-38中任ー項(xiàng)的方法，其中所述受試者被預(yù)測(cè)有效響應(yīng)利妥昔單杭。
40.ー種用于預(yù)測(cè)具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的受試者是否將響應(yīng)B細(xì)胞拮抗劑的方法，所述方法包括確定來(lái)自所述受試者的血清樣品是否含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中所述CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示所述患者將響應(yīng)所述拮抗劑。
41.權(quán)利要求40的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)量所述血清中的RF，并且確定所述血清是RF 陽(yáng)性還是RF陰性，并且其中所述血清被確定為RF陽(yáng)性。
42.一種預(yù)測(cè)具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的受試者是否將有效地響應(yīng)用B細(xì)胞拮抗劑的治療的方法，其包括評(píng)估來(lái)自所述患者的血清樣品中作為生物標(biāo)記的CXCL13、sFcRH5或兩者的量，并且預(yù)測(cè)所述受試者將有效響應(yīng)用所述拮抗劑的治療，其中大于116. 6pg/ml的CXCL13 量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合指示所述受試者可能有效響應(yīng)用所述拮抗劑的治療。
43.權(quán)利要求42的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)量所述血清中的RF，并且確定所述血清是RF 陽(yáng)性還是RF陰性，并且其中所述血清被確定為RF陽(yáng)性。
44.ー種預(yù)測(cè)受試者對(duì)于RA治療劑的應(yīng)答的方法，其包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表2、表6、表11、ADAM8、CTSB、CXCL3、ICAMl、IL18BP、 IL1B、IL8、MMP12、CCL2、VEGFA和S100A11中的任何，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)預(yù)測(cè)所述受試者對(duì)所述RA治療劑的應(yīng)答。
45.ー種預(yù)測(cè)受試者對(duì)于RA治療劑的應(yīng)答的方法，其包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表3、表7、表12、FGFlO, FGF18、FGF2、LRP6、TGFβ 2、 WNT11、ΒΜΡ6、BTC、CLU、CRLFl、ΤΙΜΡ3、FZD10、FZD7、FZD8 禾Π IL17D 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)預(yù)測(cè)所述受試者對(duì)所述 RA治療劑的應(yīng)答。
46.ー種預(yù)測(cè)受試者對(duì)于RA治療劑的應(yīng)答的方法，其包括測(cè)量得自所述受試者的生物樣品中基因之一或組合的表達(dá)、或由所述基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合的表達(dá)，其中所述基因之一或組合選自表4、表8、表13、ITGAlU MMPlU MMP13、MMP16、MMP28、 ADAM12、ADAM22、CTSK、CTHRC1、ENPEP、P0STN、ANGPT2、SFRP2、TIE1 和 VWF 中的任何基因，其中所述基因之一或組合的升高表達(dá)或所述蛋白質(zhì)之ー或組合的升高表達(dá)預(yù)測(cè)所述受試者對(duì)所述RA治療劑的應(yīng)答。
47.一種治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的RA治療劑，以治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎，條件是來(lái)自所述患者的血清樣品為RF陽(yáng)性，并且含有大于 116. 6pg/ml 的 CXCL13 量、或大于 126. 7ng/ml 的 sFcRH5 量或其組合。
48.權(quán)利要求47的方法，其中所述RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。
49.權(quán)利要求48的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
50.權(quán)利要求49的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體。
51.權(quán)利要求50的方法，其中所述針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
52.一種治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的B細(xì)胞拮抗劑，其中在所述施用前，來(lái)自所述患者的血清樣品已經(jīng)被確定為RF陽(yáng)性，并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中所述CXCL13、 sFcRH5或其組合的量指示所述患者將響應(yīng)用所述拮抗劑的治療。
53.權(quán)利要求52的方法，其中所述RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。
54.權(quán)利要求53的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
55.權(quán)利要求M的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體。
56.權(quán)利要求55的方法，其中所述針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
57.一種治療患者中的類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，其包括給所述患者施用有效量的B細(xì)胞拮抗劑，其中在所述施用前，來(lái)自所述患者的血清樣品已經(jīng)被確定為RF陽(yáng)性，并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或其組合，其中RF陽(yáng)性和所述CXCL13、sFcRH5或其組合的量指示所述患者可能有利地響應(yīng)用所述拮抗劑的治療。
58.權(quán)利要求57的方法，其中所述RA治療劑是B細(xì)胞拮抗劑。
59.權(quán)利要求58的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑選自針對(duì)CD22的抗體、針對(duì)CD20的抗體、針對(duì)BR3的抗體和BR3-Fc免疫粘附素。
60.權(quán)利要求59的方法，其中所述B細(xì)胞拮抗劑是針對(duì)CD20的抗體。
61.權(quán)利要求60的方法，其中所述針對(duì)CD20的抗體選自利妥昔單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、1F5、2H7和A20。
62.ー種用于宣傳B細(xì)胞拮抗劑或其藥學(xué)可接受組合物的方法，其包括向靶受眾推廣該B細(xì)胞拮抗劑或其藥學(xué)組合物在治療具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的如下患者或患者群體中的用途，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽(yáng)性并且含有大于116. 6pg/ml的 CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
63.一種制造品，其包含包裝在一起的包含B細(xì)胞拮抗劑和藥學(xué)可接受的載體的藥物組合物和標(biāo)簽，所述標(biāo)簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的如下患者，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽(yáng)性并且含有大于116. 6pg/ml的 CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
64.一種用于制造B細(xì)胞拮抗劑或其藥物組合物的方法，其包括在包裝中組合拮抗劑或藥物組合物和標(biāo)簽，所述標(biāo)簽陳述該拮抗劑或藥物組合物適用于治療具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的如下患者，其中從所述患者已獲得血清樣品，顯示其為RF陽(yáng)性并且含有大于116. 6pg/ ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
65.ー種為具有類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者提供治療選項(xiàng)的方法，其包括將在小瓶中的B 細(xì)胞拮抗劑與含有有關(guān)治療如下類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的指導(dǎo)的包裝說(shuō)明書(shū)包裝在一起，其中從所述患者已獲得樣品，該樣品為RF陽(yáng)性并且含有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
66.一種規(guī)定B細(xì)胞拮抗劑在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者亞群中使用的方法，該方法包括提供給患者亞群施用B細(xì)胞拮抗劑的說(shuō)明書(shū)，其中所述患者亞群的特征在于在來(lái)自所述亞群的血清樣品中RF的存在和大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
67.ー種用于營(yíng)銷(xiāo)在類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者亞群中使用的B細(xì)胞拮抗劑的方法，該方法包括向靶受眾提供關(guān)于拮抗劑用于治療患者亞群的用途的信息，所述患者亞群的特征在于在來(lái)自此亞群的患者的血清樣品中RF的存在和大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于 126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合。
68.一種用于選擇用于類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者或患者亞群的療法的方法，其包括(a) 測(cè)定在來(lái)自患者的血清樣品中CXCL13、sFcRH5的量或這兩個(gè)量；和(b)如果患者的樣品具有大于116. 6pg/ml的CXCL13量、或大于126. 7ng/ml的sFcRH5量或這些量的組合，那么選擇B細(xì)胞拮抗劑作為治療。
69.權(quán)利要求68的方法，其進(jìn)ー步包括測(cè)量血清中的RF，并且確定所述血清是RF陽(yáng)性還是RF陰性，并且其中所述血清為RF陽(yáng)性。
70.一種用于治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表 1、表 5、表 10、CD20、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2Ry , CD19、HLAII、CD79a、CD79b、 FcRH5、CD38、IL21R、IL12R3 1和IL12R0 2中任何的基因之ー或組合。
71.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表1、表5、表10、 CD20、CTLA4、CD3、CRTAM、IL2R3、IL2Rγ、CD19、HLAII、CD79a、CD79b、FcRH5、CD38、IL21R、 IL12Ri3 1和IL12Ri3 2中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合。
72.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表2、表6、表11、 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、ILlRAP, IRAKI、NRP2、TREMl 和 VEGF 中任何的基因之ー或組合。
73.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表2、表6、表11、 CLEC5A、CLEC7A、ALCAM、ILlRAP, IRAKI、NRP2、TREMl 和 VEGF 中任何的基因之ー或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合。
74.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表3、表7、表12、 IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中任何的基因之ー或組合。
75.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表3、表7、表12、 IL17D、IL17RC、TIMP3和TNFRSF11B中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合。
76.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是選自表4、表8、表13、 ⑶Hll、ITGAll和CLEClIA中任何的基因之ー或組合。
77.ー種用于治療RA的分子亞型的治療靶，其中所述治療靶是由選自表4、表8、表13、 ⑶Hll、ITGAll和CLEClIA中任何的基因之一或組合編碼的蛋白質(zhì)之ー或組合。
全文摘要
本發(fā)明提供鑒定、診斷和預(yù)后類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，以及治療類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法。還提供了用于鑒定有效類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎治療劑和預(yù)測(cè)對(duì)類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎治療劑的應(yīng)答性的方法。
文檔編號(hào)G01N33/53GK102597268SQ201080049387
公開(kāi)日2012年7月18日 申請(qǐng)日期2010年9月2日 優(yōu)先權(quán)日2009年9月3日
發(fā)明者F·馬丁, G·小丹尼斯, M·J·湯森德 申請(qǐng)人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司