用于早期結(jié)直腸癌檢測(cè)的血漿微小rna的制作方法
【專利說(shuō)明】
[0001] 相關(guān)申請(qǐng)的奪叉榜引
[0002] 本申請(qǐng)是2012年10月20日提交的發(fā)明名稱為"用于早期結(jié)直腸癌檢測(cè)的血漿微 小RNA"的中國(guó)專利申請(qǐng)201280064096. 7的分案申請(qǐng)。本申請(qǐng)要求2011年10月21日提 交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)序列號(hào)61/550, 148的優(yōu)先權(quán)，其全部?jī)?nèi)容通過(guò)引用并入本文。
技術(shù)領(lǐng)域
[0003] 本發(fā)明一般地涉及結(jié)直腸癌檢測(cè)領(lǐng)域，更具體地說(shuō)，涉及用于早期結(jié)直腸癌檢測(cè) 的血漿微小RNA。
[0004] 聯(lián)邦政府咨助研究的聲明
[0005]無(wú)。
[0006]光盤提奪咨料的榜引加入
[0007]無(wú)。
[0008] 發(fā)明背景
[0009] 在不限制發(fā)明范圍的情況下，其背景被描述為與結(jié)直腸癌有關(guān)。
[0010] 美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?0100317533(Lou等人2010年）提供了 一組腫瘤轉(zhuǎn)移生物標(biāo) 志物，其包括后述的任意兩個(gè)：碳酸酐酶-9 (CAIX)、血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子C(VEGF-C)、肝配蛋 白A5(EFNA5)、印h受體B2(EPHB2)、轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子0 3〇^?-0 3)、丙酮酸脫氫酶激酶同工 酶-3(PDK3)、碳酸酐酶_12(CAXII)、角蛋白14(KRT14)、缺氧誘導(dǎo)因子la亞基（HIF-la) 或生腱蛋白C(TNC)。CAIX、VEGF-C、EFNA5、EPHB2、TGF-03或PDK3可能是中度轉(zhuǎn)移潛能的 指標(biāo)，而CAXII、KRT14、HIF_la或TNC可能是高度轉(zhuǎn)移潛能（highmetastaticpotential) 的指標(biāo)。還提供了使用上述生物標(biāo)志物確定腫瘤轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)的方法。所述生物標(biāo)志物可用于 診斷、預(yù)后、治療選擇或測(cè)試推定的治療劑。所述生物標(biāo)志物還可用于評(píng)估具有缺氧區(qū)的惡 性腫瘤或癌癥，例如乳腺癌。
[0011] 美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?0100120898(Croce等人2010年）披露了用于肝細(xì)胞癌（HCC) 的診斷、預(yù)后和治療的方法及組合物。還提供了識(shí)別抗HCC劑的方法。Croce的申請(qǐng)?zhí)峁┝?診斷受試者是否患有肝細(xì)胞癌或具有患上肝細(xì)胞癌（HCC)風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括測(cè)量來(lái)自該受 試者的測(cè)試樣本中至少一個(gè)miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照樣本中對(duì)應(yīng)miR基因產(chǎn) 物的水平，測(cè)試樣本中miR基因產(chǎn)物水平的改變提示該受試者或者患有HCC或者具有患上 HCC的風(fēng)險(xiǎn)。
[0012] 頒發(fā)給Chung的美國(guó)專利號(hào)7, 939, 255涉及結(jié)直腸癌的診斷方法。簡(jiǎn)單地說(shuō)，該 專利披露了結(jié)直腸癌（colorectalcancer,CRC)的診斷方法和預(yù)后評(píng)估試劑盒，以及可 用于診斷結(jié)直腸癌（CRC)的腫瘤抑制基因，其中該方法包括：識(shí)別染色體上的反復(fù)改變區(qū) (recurrentlyalteredregions,RAR)以及檢測(cè)RAR中的基因組改變情況。據(jù)稱，該發(fā)明使 得對(duì)多種癌癥及腫瘤（包括結(jié)直腸癌（CRC))的早期診斷和預(yù)后評(píng)估成為可能。
[0013] 由Li提交的公開(kāi)號(hào)W02011076147、題為《基于血漿的Micro-RNA生物標(biāo)志物和 用于結(jié)直腸癌早期檢測(cè)的方法》（Plasma-BasedMicr〇-RNABiomarkersAndMethodsFor EarlyDetectionofColorectal)的專利申請(qǐng)披露了用于診斷結(jié)直腸癌和/或監(jiān)測(cè)結(jié)直腸 癌治療效果的血液分子標(biāo)志物診斷試劑盒。該試劑盒據(jù)稱包括多個(gè)核酸分子，每個(gè)核酸分 子編碼一個(gè)微小RNA生物標(biāo)志物，其中所述多個(gè)核酸分子中的一個(gè)或更多個(gè)在患者和健康 對(duì)照者的血楽中表達(dá)有差異，所述一個(gè)或更多個(gè)表達(dá)有差異的核酸分子一起代表核酸表達(dá) 生物標(biāo)志物，其提示結(jié)直腸癌的存在。該發(fā)明據(jù)稱進(jìn)一步提供了利用此類核酸表達(dá)生物標(biāo) 志物來(lái)識(shí)別結(jié)直腸癌以及預(yù)防或治療此類病情（condition)的相應(yīng)方法。最后，本發(fā)明提 供用于結(jié)直腸癌預(yù)防和/或治療的藥物組合物。
[0014] 同樣由Li提交的公開(kāi)號(hào)W02011076142、題為《結(jié)直腸癌血漿中微小RNA表達(dá)譜 的組合物和方法》（CompositionsAndMethodsForMicroRNAExpressionProfilingin PlasmaofColorectal)的專利申請(qǐng)據(jù)稱教導(dǎo)了結(jié)直腸癌血楽中微小RNA(miRNA)表達(dá)譜 (ExpressionProfiling)的組合物和方法。具體而言，本發(fā)明據(jù)稱與血液分子標(biāo)志物診 斷試劑盒有關(guān)，用于診斷結(jié)直腸癌、監(jiān)測(cè)癌癥療法和/或治療結(jié)直腸癌，其包含多個(gè)核酸分 子，每個(gè)核酸分子編碼一個(gè)微小RNA序列，其中所述多個(gè)核酸分子中的一個(gè)或更多個(gè)在結(jié) 直腸癌血漿及健康對(duì)照血漿中表達(dá)有差異，其中所述一個(gè)或更多個(gè)表達(dá)有差異的核酸分子 一起代表核酸表達(dá)簽名（nucleicacidexpressionsignature),該核酸表達(dá)簽名提示結(jié) 直腸癌的存在。本發(fā)明據(jù)稱進(jìn)一步涉及利用此類核酸表達(dá)簽名的相應(yīng)方法，用于鑒定結(jié)直 腸癌以及預(yù)防或治療此類病情。最后，本發(fā)明涉及用于結(jié)直腸癌預(yù)防和/或治療的藥物組 合物。
[0015] 由Christine提交的公開(kāi)號(hào)W02011088226、題為《胃腸功能紊亂檢測(cè)》(Detection OfGastrointestinalDisorders)的專利申請(qǐng)據(jù)稱教導(dǎo)了通過(guò)檢測(cè)指示病情或病情進(jìn)展 的微小RNA、水皰或生物標(biāo)志物來(lái)表征表型的方法和系統(tǒng)。該疾病可以是胃腸道疾病，例如 結(jié)直腸癌。微小RNA、水皰或生物標(biāo)志物可在體液中檢出。
[0016] 由Baruch提交的公開(kāi)號(hào)W02010004562、題為《檢測(cè)結(jié)直腸癌的方法和組合物》 (MethodsAndCompositionsForDetectingColorectalCancer)的專利申請(qǐng)據(jù)稱教導(dǎo)了 通過(guò)使用與結(jié)直腸癌相關(guān)的微小RNA分子以及與其相關(guān)或由其衍生的各種核酸分子，來(lái)進(jìn) 行結(jié)直腸癌和/或結(jié)直腸癌前體細(xì)胞的微創(chuàng)早期檢測(cè)的方法。
[0017]最后，由Fog等人提交的公開(kāi)號(hào)W02011012136、題為《將人細(xì)胞樣本分類為癌細(xì) 胞的方法》（AMethodForClassifyingAHumanCellSampleAsCancerous)的專利 申請(qǐng)據(jù)稱教導(dǎo)了區(qū)分癌和非癌樣本的方法。該方法據(jù)稱包括檢測(cè)測(cè)試細(xì)胞樣本中選自由 miR-21、miR-34a和miR-141構(gòu)成的Mir-I組的至少一個(gè)微小RNA(miR)的水平，和檢測(cè)選 自由miR-126、miR-143和miR-145組成的Mir-II組的至少一個(gè)miR的水平，以及將測(cè)試細(xì) 胞樣本中上述所選miR的表達(dá)水平與之前記錄的測(cè)試組中相同的所選miR的表達(dá)水平進(jìn)行 比較。 發(fā)明概要
[0018] 本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案包括診斷或檢測(cè)人受試者中的結(jié)直腸腫瘤（colorectal neoplasia)的方法，包含以下步驟：從疑似患上結(jié)直腸腫瘤的受試者處獲得一個(gè)或更多 個(gè)生物樣本；測(cè)量從所述受試者的一個(gè)或更多個(gè)生物樣本中獲得的一個(gè)或更多個(gè)微小 RNAOnicroRNA)的整體表達(dá)模式或水平；以及將來(lái)自所述疑似患上結(jié)直腸腫瘤的受試者的 生物樣本的所述一個(gè)或更多個(gè)微小RNA的整體表達(dá)模式（overallexpressionpattern) 與來(lái)自正常受試者的生物樣本的所述一個(gè)或更多個(gè)微小RNA的整體表達(dá)模式進(jìn)行比較，其 中所述正常受試者是未患上結(jié)直腸腫瘤的健康受試者，其中miR19a和miR19b、或者miR19a 和miR19b和miR15b的組合的過(guò)度表達(dá)（overexpression)提示結(jié)直腸癌。一方面，該方 法進(jìn)一步包括對(duì)miR18a、miR29a或miR335中的至少一個(gè)進(jìn)行分析并與來(lái)自正