本發(fā)明屬于生物，具體涉及一種用于無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的ssr引物組合及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、無(wú)患子以其突出的生態(tài)、經(jīng)濟(jì)和社會(huì)價(jià)值受到研究學(xué)者的廣泛關(guān)注，國(guó)內(nèi)針對(duì)生產(chǎn)造林、提高果實(shí)產(chǎn)量等不同利用目標(biāo)，不斷開展種質(zhì)資源收集保存、良種選育和高效栽培等研究。隨著大量定向育種工作的持續(xù)推進(jìn)，無(wú)患子種質(zhì)流失及種質(zhì)資源雜亂等問(wèn)題突顯，嚴(yán)重制約了無(wú)患子遺傳保護(hù)和資源利用。盡管一些地區(qū)建立了無(wú)患子資源庫(kù)開展種質(zhì)表型評(píng)價(jià)等研究，但基于無(wú)患子基因組開發(fā)分子標(biāo)記對(duì)種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳評(píng)價(jià)鮮有報(bào)道，相關(guān)研究進(jìn)展緩慢，而各地收集保存的大量無(wú)患子種質(zhì)資源不僅給育種工作者進(jìn)行深入研究與合理利用帶來(lái)困難和挑戰(zhàn)，同時(shí)面臨種質(zhì)混雜、保存效率低、耗時(shí)耗力等問(wèn)題。因此，開展無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性研究，分析和評(píng)價(jià)種質(zhì)資源，對(duì)今后構(gòu)建不同利用目標(biāo)核心種質(zhì)、提高良種選育效率和重要種質(zhì)精確鑒定等均具有重要指導(dǎo)意義。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)中存在的一個(gè)或多個(gè)問(wèn)題，本發(fā)明一個(gè)方面提供一種用于無(wú)患子屬種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的ssr引物組合，其為seq?id?no:1-seq?id?no:42所示的21對(duì)引物的組合。

2、本發(fā)明提供的ssr引物組合在對(duì)無(wú)患子屬種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析中的應(yīng)用，例如在無(wú)患子屬種間遺傳多樣性分析、無(wú)患子屬種間及種內(nèi)upgma聚類分析、無(wú)患子種內(nèi)群體結(jié)構(gòu)分析、和/或不同產(chǎn)地?zé)o患子遺傳多樣性分析中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的內(nèi)容。

3、在一些實(shí)施方式中，所述無(wú)患子屬包括無(wú)患子、川滇無(wú)患子、和毛瓣無(wú)患子。

4、本發(fā)明另一方面提供一種對(duì)無(wú)患子屬種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析的方法，其包括以下步驟：

5、1)提取無(wú)患子屬種質(zhì)材料的基因組dna；

6、2)利用權(quán)利要求1所述的ssr引物組合分別對(duì)步驟1)中提取獲得的各無(wú)患子屬種質(zhì)材料的基因組dna進(jìn)行pcr擴(kuò)增；

7、3)對(duì)步驟2)獲得的pcr擴(kuò)增條帶進(jìn)行檢測(cè)，并使用genemarker軟件讀取數(shù)據(jù)；和

8、4)利用genalex插件計(jì)算每對(duì)引物等位基因數(shù)、有效等位基因數(shù)、觀測(cè)雜合度、期望雜合度及香農(nóng)多樣性指數(shù)；利用power?marker軟件計(jì)算引物多態(tài)性信息含量；依據(jù)nei's方法得到無(wú)患子樣品間的遺傳相似系數(shù)和遺傳距離，并基于遺傳距離利用mega軟件以u(píng)pgma方式構(gòu)建聚類圖；利用structure軟件分析群體結(jié)構(gòu)，并計(jì)算q值。

9、基于以上技術(shù)方案提供的用于無(wú)患子屬種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的ssr引物組合可以用于揭示無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性水平及群體結(jié)構(gòu)，為探究無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性、群體結(jié)構(gòu)及遺傳分化，以及為后續(xù)無(wú)患子種質(zhì)資源的收集、整理以及雜交育種等工作提供理論基礎(chǔ)。

技術(shù)特征：

1.一種用于無(wú)患子屬種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的ssr引物組合，其為seq?id?no:1-seqid?no:42所示的21對(duì)引物的組合。

2.權(quán)利要求1所述的ssr引物組合在對(duì)無(wú)患子屬種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

3.權(quán)利要求1所述的ssr引物組合在無(wú)患子屬種間遺傳多樣性分析、無(wú)患子屬種間及種內(nèi)upgma聚類分析、無(wú)患子種內(nèi)群體結(jié)構(gòu)分析、和/或不同產(chǎn)地?zé)o患子遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ssr引物組合，或根據(jù)權(quán)利要求2或3所述的應(yīng)用，其中所述無(wú)患子屬包括無(wú)患子、川滇無(wú)患子、和毛瓣無(wú)患子。

5.一種對(duì)無(wú)患子屬種質(zhì)資源進(jìn)行遺傳多樣性分析的方法，其包括以下步驟：

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述pcr擴(kuò)增的25μl?pcr反應(yīng)體系包括：22μl1.1×金牌mix?ver.2反應(yīng)酶(北京擎科生物科技有限公司)，1μl上游引物(10μm)，1μl下游引物(10μm)，1μl?dna模板。

7.根據(jù)權(quán)利要求5或6所述的方法，其中所述pcr擴(kuò)增的反應(yīng)程序?yàn)椋?8℃2分鐘預(yù)變性；98℃變性10秒，tm+5℃退火15秒，72℃延伸10秒，共35個(gè)循環(huán)；最后72℃延伸4分鐘。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開一種用于無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的SSR引物組合及其應(yīng)用，屬于生物技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明提供的用于無(wú)患子種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的SSR引物組合為SEQ?ID?NO:1?SEQ?ID?NO:42所示的21對(duì)引物的組合，其能夠用于對(duì)無(wú)患子屬種間遺傳多樣性分析、無(wú)患子屬種間及種內(nèi)UPGMA聚類分析、無(wú)患子種內(nèi)群體結(jié)構(gòu)分析、和/或不同產(chǎn)地?zé)o患子遺傳多樣性進(jìn)行分析，對(duì)構(gòu)建無(wú)患子不同利用目標(biāo)核心種質(zhì)、提高良種選育效率以及重要種質(zhì)精準(zhǔn)鑒定等均具有重要指導(dǎo)意義。

技術(shù)研發(fā)人員：邵文豪,李永祥,姜景民
受保護(hù)的技術(shù)使用者：中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院亞熱帶林業(yè)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/26