本發(fā)明涉及生物，特別涉及一種用于廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的基因芯片及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、廣西壯族自治區(qū)是優(yōu)質(zhì)肉雞的主產(chǎn)區(qū)，優(yōu)質(zhì)肉雞產(chǎn)業(yè)規(guī)模位于全國前列，地方雞的開發(fā)利用程度高。然而，目前廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞的育種技術(shù)主要以個(gè)體選擇結(jié)合家系選擇為主，相關(guān)分子技術(shù)受限于成本、技術(shù)水平等原因均未得到有效應(yīng)用，嚴(yán)重制約了廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞育種工作的高質(zhì)量發(fā)展。育種效率對于選種選配工作和經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)效益具有重要影響，發(fā)展廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞產(chǎn)業(yè)的關(guān)鍵一環(huán)是提高選育效率。為推進(jìn)廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞育種技術(shù)的創(chuàng)新應(yīng)用，進(jìn)一步提升廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞的分子育種水平勢在必行。

2、單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphism，snp)在基因組范圍內(nèi)廣泛存在。合理利用全基因組范圍內(nèi)的snp信息，可以有效開展重要性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide?association?study，gwas)、群體多樣性檢測、種群保護(hù)、分子標(biāo)記輔助選擇、基因組選擇(genomic?selection，gs)等現(xiàn)代分子生物技術(shù)的應(yīng)用和研究。基因分型的常用方法包括全基因組重測序、簡化基因組測序、基因芯片等。目前有4款主流芯片應(yīng)用于雞的研究中，其中60k?snp芯片已經(jīng)停產(chǎn)，600k?snp芯片價(jià)格過高且在地方雞的研究上存在一定局限性；“鳳芯壹號”芯片主要為蛋雞育種設(shè)計(jì)，設(shè)計(jì)時(shí)并未包含廣西壯族自治區(qū)地方雞snp位點(diǎn)信息；“京芯一號”芯片綜合考慮了中外品種肉雞的基因組信息，但其價(jià)格在生產(chǎn)應(yīng)用中仍相對較高。除此之外，國內(nèi)相關(guān)單位也針對地方雞種研發(fā)了相關(guān)中低密度芯片，用于地方雞遺傳資源的多樣性分析、遺傳資源的保護(hù)和基因組選擇等，如江蘇家禽所研發(fā)的“酉芯一號”芯片，山東家禽所的“魯芯一號”系列芯片。因此，亟需研發(fā)一款低密度、價(jià)格低，且能適合廣西壯族自治區(qū)地方雞保種及選種選育的基因育種芯片，促進(jìn)分子生物技術(shù)在廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的應(yīng)用。

3、公開于該背景技術(shù)部分的信息僅僅旨在增加對本發(fā)明的總體背景的理解，而不應(yīng)當(dāng)被視為承認(rèn)或以任何形式暗示該信息構(gòu)成已為本領(lǐng)域一般技術(shù)人員所公知的現(xiàn)有技術(shù)。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的技術(shù)目的，本發(fā)明提供以下技術(shù)方案：

2、一種用于廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的snp位點(diǎn)組合，其特征在于：所述snp位點(diǎn)組合由20000個(gè)snp位點(diǎn)組成，所述20000個(gè)snp位點(diǎn)的物理位置是基于雞grcg6a基因組序列比對確定的，所述20000個(gè)snp位點(diǎn)的物理位置如表1所示。

3、表1snp位點(diǎn)的物理位置信息

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66、上述的snp位點(diǎn)組合在制備廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的基因芯片中的應(yīng)用。

67、一種用于廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的基因芯片，所述基因芯片為液相芯片，包括一種探針組合，所述探針組合用于鑒別權(quán)利要求書1所述的snp位點(diǎn)組合中各snp位點(diǎn)的基因型。

68、上述snp位點(diǎn)組合和基因芯片在廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育中的應(yīng)用。

69、優(yōu)選地，所述應(yīng)用為如下任一所述的用途：

70、(1)在廣西壯族自治區(qū)地方雞的育種中應(yīng)用；

71、(2)在廣西壯族自治區(qū)地方雞品種鑒定中的應(yīng)用；

72、(3)在廣西壯族自治區(qū)地方雞全基因組關(guān)聯(lián)分析中的應(yīng)用；

73、(4)在廣西壯族自治區(qū)地方雞基因組選擇中的應(yīng)用；

74、(5)在廣西壯族自治區(qū)地方雞遺傳多樣性評估中的應(yīng)用；

75、(6)在廣西壯族自治區(qū)地方雞系譜糾偏中的應(yīng)用。

76、一種上述基因芯片的制備方法，包括如下步驟：

77、(1)選取六個(gè)廣西壯族自治區(qū)地方雞品種進(jìn)行全基因組重測序，將原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后，與雞參考基因組grcg6a(gca_000002315.5)進(jìn)行比對，去除低質(zhì)量snp后，獲得廣西壯族自治區(qū)地方雞snp數(shù)據(jù)集，即廣西壯族自治區(qū)地方雞基因組數(shù)據(jù)庫。

78、(2)獲得測序個(gè)體的表型信息，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選與廣西壯族自治區(qū)地方雞體尺、屠宰、肉質(zhì)、飼料效率、產(chǎn)蛋和蛋品質(zhì)等經(jīng)濟(jì)性狀有關(guān)的snp，作為上述芯片的第一類靶點(diǎn)。

79、(3)基于轉(zhuǎn)錄組篩選與廣西壯族自治區(qū)地方雞產(chǎn)蛋量、脂肪沉積、飼料效率、雞距等表型相關(guān)的候選基因，并通過定位候選基因在基因組上的位置，利用廣西壯族自治區(qū)地方雞基因組數(shù)據(jù)庫挑選候選區(qū)間內(nèi)的tag?snp，作為上述芯片的第二類靶點(diǎn)。

80、(4)參考qtl數(shù)據(jù)庫提供的雞經(jīng)濟(jì)性狀qtl信息，篩選相關(guān)功能位點(diǎn)作為上述芯片的第三類靶點(diǎn)。

81、(5)利用廣西壯族自治區(qū)地方雞基因組數(shù)據(jù)庫，填充以上三類靶點(diǎn)不能覆蓋的基因組區(qū)域，作為背景snp，即上述芯片的第四類靶點(diǎn)。

82、(6)通過探針設(shè)計(jì)系統(tǒng)，篩選滿足上述四類靶點(diǎn)的合格探針，最后創(chuàng)制了如上所述的一種用于廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的基因芯片“桂芯一號”。

83、與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有如下有益效果：本發(fā)明提供一種用于廣西壯族自治區(qū)地方雞選種選育的基因育種芯片(桂芯一號)及其應(yīng)用。該芯片是定向針對廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞的育種情況而設(shè)計(jì)的，具有較低的分型成本，有利于企業(yè)推廣應(yīng)用，同時(shí)具有較高的靈活性，可根據(jù)應(yīng)用目的、實(shí)用效果對芯片位點(diǎn)進(jìn)行迭代更新，在廣西壯族自治區(qū)地方雞遺傳多樣性評估、群體保種效果鑒定、系譜糾偏、全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組選擇上均可有效利用，進(jìn)一步加強(qiáng)廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞的分子生物育種的應(yīng)用，提高廣西壯族自治區(qū)優(yōu)質(zhì)肉雞的育種水平。