本發(fā)明屬于生物領(lǐng)域，具體涉及一種引物設(shè)計(jì)方法及引物組。

背景技術(shù)：

1、目前，基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase?chain?reaction，pcr)技術(shù)進(jìn)行基因捕獲時(shí)，所采用的引物是以參考基因組上的脫氧核糖酸(deoxyribonucleic?acid，dna)序列為基準(zhǔn)設(shè)計(jì)的。其中，參考基因組中的dna的序列是通過人類基因組計(jì)劃所檢測出的，包括大多數(shù)生命體的遺傳組基因。然而，基于參考基因組在不同程度上產(chǎn)生突變，導(dǎo)致引物的靈敏度降低，因此，設(shè)計(jì)能夠檢測出通用型引物對本領(lǐng)域至關(guān)重要。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、為彌補(bǔ)現(xiàn)有技術(shù)的不足，本發(fā)明提供了一種引物設(shè)計(jì)方法及引物組。

2、為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用如下技術(shù)方案：

3、本發(fā)明的第一方面提供了一種引物設(shè)計(jì)方法，所述方法包括：

4、獲取目標(biāo)基因數(shù)據(jù)庫，所述目標(biāo)基因數(shù)據(jù)庫包括目標(biāo)基因序列；

5、篩選目標(biāo)基因突變位點(diǎn)；

6、根據(jù)目標(biāo)基因突變位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物，所述目標(biāo)基因突變位點(diǎn)包括一個(gè)或多個(gè)基因突變位點(diǎn)和/或簡并堿基。

7、進(jìn)一步，所述引物為流感病毒引物。

8、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

9、進(jìn)一步，所述目標(biāo)基因突變位點(diǎn)包括c.308t>c、c.357t>a、c.317a>g、c.364a>g、c.389a>g中的一種或多種。

10、進(jìn)一步，所述簡并堿基包括位點(diǎn)317的r1、位點(diǎn)364的r2或y中的一個(gè)或多個(gè)。

11、其中，簡并堿基r表示a或g，簡并堿基y表示c或t。

12、本發(fā)明的第二方面提供了一種檢測流感病毒的引物組，所述引物組包括與seq?idno:4和6所示的引物對、seq?id?no:7和9所示的引物對、seq?id?no:10和12所示的引物對、seq?id?no:13和15所示的引物對、seq?id?no:16和18所示的引物對、seq?id?no:19和21所示的引物對、seq?id?no:22和24所示的引物對、seq?id?no:25和27所示的引物對、seq?idno:28和30所示的引物對、seq?id?no:31和33所示的引物對、seq?id?no:34和36所示的引物對、seq?id?no:37和39所示的引物對、seq?id?no:40和42所示的引物對、seq?id?no:43和45所示的引物對、seq?id?no:46和48所示的引物對中的任意一組所示的序列具有至少90％同一性。

13、進(jìn)一步，所述引物組包括seq?id?no:4和6所示的引物對、seq?id?no:7和9所示的引物對、seq?id?no:10和12所示的引物對、seq?id?no:13和15所示的引物對、seq?id?no:16和18所示的引物對、seq?id?no:19和21所示的引物對、seq?id?no:22和24所示的引物對、seq?id?no:25和27所示的引物對、seq?id?no:28和30所示的引物對、seq?id?no:31和33所示的引物對、seq?id?no:34和36所示的引物對、seq?id?no:37和39所示的引物對、seq?idno:40和42所示的引物對、seq?id?no:43和45所示的引物對、seq?id?no:46和48所示的引物對中的任意一組。

14、進(jìn)一步，所述引物組選自seq?id?no:16和18所示的引物對和/或seq?id?no:37和39所示的引物對。

15、進(jìn)一步，所述引物組選自seq?id?no:37和39所示的引物對。

16、進(jìn)一步，所述引物組還包括探針。

17、進(jìn)一步，所述探針包括與seq?id?no:5、seq?id?no:8、seq?id?no:11、seq?id?no:14、seq?id?no:17、seq?id?no:20、seq?id?no:23、seq?id?no:26、seq?id?no:29、seq?idno:32、seq?id?no:35、seq?id?no:38、seq?id?no:41、seq?id?no:44、seq?id?no:47中的任意一組所示的序列具有至少90％同一性。

18、進(jìn)一步，所述探針包括seq?id?no:5、seq?id?no:8、seq?id?no:11、seq?id?no:14、seq?id?no:17、seq?id?no:20、seq?id?no:23、seq?id?no:26、seq?id?no:29、seq?id?no:32、seq?id?no:35、seq?id?no:38、seq?id?no:41、seq?id?no:44、seq?id?no:47中的任意一組。

19、進(jìn)一步，所述探針選自eq?id?no:17和/或seq?id?no:38。

20、進(jìn)一步，所述探針選自seq?id?no:38。

21、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

22、進(jìn)一步，所述引物對包括正向引物和反向引物。

23、進(jìn)一步，正向引物和反向引物中的至少一者用標(biāo)記物質(zhì)標(biāo)記。

24、進(jìn)一步，所述標(biāo)記物質(zhì)包括熒光物質(zhì)、放射性同位素或酶。

25、進(jìn)一步，所述熒光物質(zhì)包括tamrattm、alexa555、alexa647、花青染料系列的cy3、cy5、熒光素。

26、進(jìn)一步，所述放射性同位素包括32p、33p、35s。

27、進(jìn)一步，所述酶包括堿性磷酸酶、辣根過氧化物酶。

28、本發(fā)明的第三方面提供了一種檢測樣品中流感病毒的試劑盒，所述試劑盒包括本發(fā)明第二方面所述的引物組。

29、進(jìn)一步，所述試劑盒還包括用于pcr的酶、dntps、緩沖溶液、mg2+中的至少一種反應(yīng)物。

30、進(jìn)一步，所述用于pcr的酶包括dna聚合酶和/或rna聚合酶。

31、進(jìn)一步，所述緩沖液包括聚合酶緩沖液、tris鹽酸緩沖液。

32、進(jìn)一步，所述試劑盒還包括說明書。

33、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

34、本發(fā)明的第四方面提供了一種檢測樣本中流感病毒的方法，所述方法包括使用本發(fā)明第二方面所述的引物組進(jìn)行擴(kuò)增。

35、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

36、進(jìn)一步，所述方法為非診斷目的的方法。

37、本發(fā)明的第五方面提供了本發(fā)明第二方面所述的引物組在制備檢測流感病毒的試劑盒中的應(yīng)用。

38、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

39、本發(fā)明的第六方面提供了一種引物設(shè)計(jì)系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括：

40、獲取單元：用于獲取目標(biāo)基因數(shù)據(jù)庫，所述目標(biāo)基因數(shù)據(jù)庫包括目標(biāo)基因序列；

41、突變位點(diǎn)篩選單元：用于篩選目標(biāo)基因突變位點(diǎn)；

42、引物設(shè)計(jì)單元：用于根據(jù)目標(biāo)基因突變位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物，所述目標(biāo)基因突變位點(diǎn)包括一個(gè)或多個(gè)基因突變位點(diǎn)和/或簡并堿基。

43、進(jìn)一步，所述引物為流感病毒引物。

44、進(jìn)一步，所述流感病毒引物為h3型流感病毒引物。

45、進(jìn)一步，所述目標(biāo)基因突變位點(diǎn)包括c.308t>c、c.357t>a、c.317a>g、c.364a>g、c.389a>g中的一種或多種。

46、進(jìn)一步，所述簡并堿基包括位點(diǎn)317的r1、位點(diǎn)364的r2或y中的一個(gè)或多個(gè)。

47、其中，簡并堿基r表示a或g，簡并堿基y表示c或t。

48、本發(fā)明的第七方面提供了一種電子設(shè)備，包括存儲器、處理器以及存儲在所述存儲器中并可在所述處理器上運(yùn)行的計(jì)算機(jī)程序，所述處理器執(zhí)行所述計(jì)算機(jī)程序時(shí)實(shí)現(xiàn)如本發(fā)明第一方面所述方法的步驟。

49、本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)和有益效果：

50、本技術(shù)通過對全國范圍內(nèi)的流感監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)的深入分析，對提高流感病毒的鑒定準(zhǔn)確性和靈敏度做出了重要貢獻(xiàn)。引物的修訂不僅在實(shí)驗(yàn)中取得了顯著效果，也為未來流感監(jiān)測和研究提供了有益的啟示。流感病毒的遺傳特性和流行規(guī)律的深入了解，對于制定科學(xué)有效的防控策略具有重要的意義。在疾病預(yù)防和公共衛(wèi)生管理中，持續(xù)改進(jìn)監(jiān)測方法和策略將為及時(shí)應(yīng)對流感等傳染病帶來更大的效益。