本發(fā)明涉及一個(gè)輔助選擇水稻粒長基因qgl7leyd的分子標(biāo)記gl7f，gl7f的序列為上游序列：5’-agcactacggcactaccca-3’，以及下游序列：5’-tacggtggagtggaggagg-3’。

背景技術(shù)：

水稻是重要的糧食作物。我國從南到北均可種植水稻。水稻生產(chǎn)關(guān)乎國家糧食安全。我國水稻育種選育不同粒長水稻的傳統(tǒng)方法均是通過表型鑒定進(jìn)行的，在水稻成熟后對(duì)粒長進(jìn)行鑒定并作出選擇。通過分子標(biāo)記對(duì)水稻粒長相關(guān)基因進(jìn)行選擇可以在水稻苗期即對(duì)粒長進(jìn)行選擇，可以大大提高育種效率。水稻的粒長是一個(gè)數(shù)量性狀，受多個(gè)數(shù)量性狀基因座位(qtl)控制。為了有效的提高育種效率，加快育種進(jìn)程，本發(fā)明提出一個(gè)輔助選擇水稻粒長基因qgl7leyd的分子標(biāo)記gl7f，gl7f的序列為上游序列：5’-agcactacggcactaccca-3’，以及下游序列：5’-tacggtggagtggaggagg-3’。本發(fā)明相比傳統(tǒng)的表型選擇方法可大大加快育種效率。例如，傳統(tǒng)方法是在水稻成熟后對(duì)粒長進(jìn)行鑒定并作出選擇，確定了候選單株之后，再利用候選單株在下一代進(jìn)行雜交或作其他用途；而本發(fā)明公開的方法可在水稻苗期即通過分子標(biāo)記確定不同粒長的候選單株，在當(dāng)代即可進(jìn)行雜交或作其他用途，大大提高了育種效率。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

本發(fā)明公開了一個(gè)輔助選擇位于水稻第7染色體的粒長基因qgl7leyd的分子標(biāo)記gl7f。gl7f的序列為上游序列：5’-agcactacggcactaccca-3’，以及下游序列：5’-tacggtggagtggaggagg-3’。gl7f標(biāo)記應(yīng)用于檢測(cè)水稻品種lemont和水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)組配獲得的分離群體fn(n≥2)的單株，利用gl7f標(biāo)記與qgl7leyd基因連鎖的特點(diǎn)，無需等到水稻成熟期進(jìn)行粒長鑒定，在分離群體的苗期即可檢測(cè)出某一個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶的粒長等位基因，在苗期即可選擇不同粒長的水稻單株，可大大提高育種效率。

具體實(shí)施方式

實(shí)施例1：在水稻品種lemont和水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)雜交組配的f9代分離群體中，gl7f標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)作父本進(jìn)行雜交并構(gòu)建f9代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚(yáng)稻4號(hào)為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚(yáng)稻4號(hào)由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個(gè)包括219個(gè)單株在內(nèi)的f9分離群體于2015年5月播種在杭州市富陽區(qū)中國水稻研究所試驗(yàn)場(chǎng)。

2.利用標(biāo)記gl7f對(duì)這個(gè)219個(gè)單株的分離群體每一單株進(jìn)行pcr檢測(cè)，利用標(biāo)記gl7f與基因qgl7leyd連鎖的特點(diǎn)，可檢測(cè)出哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增lemont的帶型來追蹤qgl7leyd座位的lemont等位基因)；哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶揚(yáng)稻4號(hào)的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增揚(yáng)稻4號(hào)的帶型來追蹤qgl7leyd座位的揚(yáng)稻4號(hào)等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表1)。

表1.在f9世代利用gl7f標(biāo)記進(jìn)行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f9群體于2015年5月播種于杭州

實(shí)施例2：在水稻品種lemont和水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)雜交組配的f10代分離群體中，gl7f標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)作父本進(jìn)行雜交并構(gòu)建f10代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚(yáng)稻4號(hào)為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚(yáng)稻4號(hào)由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個(gè)包括219個(gè)單株在內(nèi)的f10分離群體于2015年11月播種在海南陵水縣中國水稻研究所試驗(yàn)中心。

2.利用標(biāo)記gl7f對(duì)這個(gè)219個(gè)單株的分離群體每一單株進(jìn)行pcr檢測(cè)，利用標(biāo)記gl7f與基因qgl7leyd連鎖的特點(diǎn)，可檢測(cè)出哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增lemont的帶型來追蹤qgl7leyd座位的lemont等位基因)；哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶揚(yáng)稻4號(hào)的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增揚(yáng)稻4號(hào)的帶型來追蹤qgl7leyd座位的揚(yáng)稻4號(hào)等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表2)。

表2.在f10世代利用gl7f標(biāo)記進(jìn)行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f10群體于2015年11月播種于海南陵水

實(shí)施例3：在水稻品種lemont和水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)雜交組配的f11代分離群體中，gl7f標(biāo)記的應(yīng)用。

1.將水稻品種lemont作母本，與水稻品種揚(yáng)稻4號(hào)作父本進(jìn)行雜交并構(gòu)建f11代分離群體(lemont為來自美國的粳稻品種，揚(yáng)稻4號(hào)為來自江蘇的秈稻品種，lemont和揚(yáng)稻4號(hào)由中國水稻研究所國家水稻種質(zhì)資源中期庫提供)，這個(gè)包括219個(gè)單株在內(nèi)的f11分離群體于2016年5月播種在杭州市富陽區(qū)中國水稻研究所試驗(yàn)站。

2.利用標(biāo)記gl7f對(duì)這個(gè)219個(gè)單株的分離群體每一單株進(jìn)行pcr檢測(cè)，利用標(biāo)記gl7f與基因qgl7leyd連鎖的特點(diǎn)，可檢測(cè)出哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶lemont的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增lemont的帶型來追蹤qgl7leyd座位的lemont等位基因)；哪個(gè)單株在qgl7leyd座位攜帶揚(yáng)稻4號(hào)的等位基因(用gl7f標(biāo)記擴(kuò)增揚(yáng)稻4號(hào)的帶型來追蹤qgl7leyd座位的揚(yáng)稻4號(hào)等位基因)。

3.選擇攜帶不同等位基因的單株以獲得平均粒長不同的水稻材料(表3)。

表3.在f11世代利用gl7f標(biāo)記進(jìn)行選擇得到的攜帶不同等位基因的單株的平均粒長，該f11群體于2016年5月播種于杭州富陽

以上3個(gè)實(shí)施例子pcr擴(kuò)增所用到的葉片dna的提取方法采用通用的ctab方法；gl7f分子標(biāo)記的pcr擴(kuò)增程序?yàn)?4℃5分鐘，35個(gè)循環(huán)的94℃30秒、55℃30秒、72℃1分鐘，及最后的72℃7分鐘；pcr擴(kuò)增產(chǎn)物采用通用的變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法和硝酸銀染色法進(jìn)行檢測(cè)。由于這些方法都是通用的常規(guī)實(shí)驗(yàn)方法，因此在這里不再贅述。

最后，需要指出的是，本發(fā)明不僅僅限于以上的實(shí)施例子，本領(lǐng)域技術(shù)人員從本發(fā)明公開內(nèi)容直接推導(dǎo)或聯(lián)想到的所有變通情況，均認(rèn)為是本發(fā)明的保護(hù)范圍。例如，gl7f分子標(biāo)記不僅僅局限于應(yīng)用在lemont和揚(yáng)稻4號(hào)組配的fn(n≥2)分離群體，也可應(yīng)用于lemont和揚(yáng)稻4號(hào)組配的bckfm(k≥1，m≥1)群體等。