專利名稱：用于測(cè)定非小細(xì)胞肺癌預(yù)后的診斷方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本公開內(nèi)容涉及用于測(cè)定患 者預(yù)后的來自肺癌患者的組織樣品的體外診斷測(cè)定，且特別涉及用于測(cè)定早期患者例如診斷有I期或II期非小細(xì)胞肺癌的患者的預(yù)后的體外測(cè)定。
背景技術(shù)：
肺癌是2005年美國(guó)幾乎三分之一的癌癥死亡的原因，并且廣義地分成2個(gè)類型非小細(xì)胞肺癌和小細(xì)胞肺癌。非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)占美國(guó)80-85%的肺癌病例。NSCLC包含3個(gè)主要類型(i)鱗狀細(xì)胞癌，其在鱗狀細(xì)胞中開始，所述鱗狀細(xì)胞是看起來象魚鱗的薄的、扁平細(xì)胞。鱗狀細(xì)胞癌也稱為表皮樣癌；(ii)大細(xì)胞癌，其在幾個(gè)類型的大肺細(xì)胞中開始；(iii)腺癌，其在內(nèi)襯肺的肺泡并且制備物質(zhì)例如粘液的細(xì)胞中開始。其他較不常見類型的NSCLC包括多形性癌、類癌瘤和未分類的癌。NSCLC的診斷通過病理學(xué)家對(duì)可疑組織例如活組織檢查樣品的檢查來完成。在NSCLC診斷后，使用患者的總體健康和年齡、癥狀例如咳嗽和呼吸困難的嚴(yán)重性、NSCLC的具體類型和癌癥的分期，對(duì)患者的疾病指定預(yù)后(恢復(fù)機(jī)率)。分期考慮腫瘤的大小以及腫瘤是僅存在于肺中還是已擴(kuò)展至機(jī)體中的其他地方。用于NSCLC患者的具體治療選項(xiàng)隨后基于這些考慮加以選擇，并且癌癥分期是用于治療選擇的重要組分。具有早期NSCLC的患者可以潛在地通過手術(shù)切除摘除腫瘤得到治愈，但目前診斷模式無法預(yù)測(cè)哪些患者將在手術(shù)后復(fù)發(fā)。癌癥是具有低治愈率的通常致命的疾病，對(duì)于其大多數(shù)治療旨在改善生活質(zhì)量和壽命。因?yàn)榘┘?xì)胞是人細(xì)胞，通常僅通過相對(duì)小數(shù)目的遺傳異常或蛋白質(zhì)突變的累積辨另IJ，所以在殺死癌細(xì)胞中有用的藥物療法通常對(duì)于許多正常人細(xì)胞也是有害的，并且在被治療患者中一般引起顯著毒性。此外，因?yàn)榘┌Y通常局部復(fù)發(fā)或轉(zhuǎn)移至遠(yuǎn)離其起源組織的組織和器官，所以關(guān)鍵的是了解具有早期癌癥的哪些患者在其原發(fā)性腫瘤的手術(shù)摘除后需要藥物治療。這在具有早期NSCLC的患者中是尤其關(guān)鍵的問題，其腫瘤早期檢測(cè)且手術(shù)摘除，特別是具有I和IIa期疾病的患者。在用抗癌藥治療這些患者下導(dǎo)致無法接受高比率的患者發(fā)展復(fù)發(fā)性或轉(zhuǎn)移性疾病，最終導(dǎo)致增加的死亡率和死亡。過度治療這個(gè)群體導(dǎo)致無法接受高數(shù)目的患者，其不需要藥物療法，經(jīng)歷來自給予其的藥物的毒性副作用。美國(guó)國(guó)立綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(National Comprehensive Cancer Network)因特網(wǎng)網(wǎng)站如下描述了 NSCLC分期?！霸诿绹?guó)臨床實(shí)踐中最常用于描述非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)生長(zhǎng)和擴(kuò)展的系統(tǒng)是T匪分期系統(tǒng),也稱為美國(guó)癌癥聯(lián)合委員會(huì)(American Joint Committee onCancer) (AJCC)系統(tǒng)。在 M分期中，合并關(guān)于腫瘤(T)、進(jìn)入附近淋巴結(jié)內(nèi)的任何擴(kuò)展(N)、和任何遠(yuǎn)側(cè)器官轉(zhuǎn)移(M)的信息，并且將分期指定至特定TNM分組。分組的分期使用數(shù)目0和從I到IV的羅馬數(shù)字進(jìn)行描述。
“T分類基于肺癌的大小、其在肺內(nèi)的擴(kuò)展和定位、及其擴(kuò)展至附近組織。在Tis分類中，癌癥僅在內(nèi)襯氣道的細(xì)胞層中發(fā)現(xiàn)。它不擴(kuò)展到其他肺組織內(nèi)。這個(gè)分類也稱為原位癌?！霸赥l分類中，癌癥不大于3厘米(略微小于I - I %英寸)，未擴(kuò)展至臟胸膜(圍繞肺的膜)，并且不影響支氣管的主要分支。“在T2分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)(i)它大于3 cm；(ii)它涉及肺的主支氣管，但與其中氣管(氣管)分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)不近于2 cm(約3 %-4英寸)已擴(kuò)展至臟胸膜。癌癥可以部分阻斷氣道，但這未引起整個(gè)肺萎陷或發(fā)展肺炎?！霸赥3分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)(i)它已擴(kuò)展至胸壁、橫膈膜(將胸與腹分開的呼吸肌)、縱隔胸膜(圍繞2個(gè)肺之間的間隔的膜)、或心包壁層(圍繞心臟的囊的膜)；(ii)它涉及肺的主支氣管，并且它與其中氣管(氣管)分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)近于2 cm,但不涉及這個(gè)區(qū)域；或(iii)它已生長(zhǎng)到氣道內(nèi)，足以引起一個(gè)肺完全萎陷或引起整個(gè)肺的肺炎?！霸赥4分類中，癌癥具有下述特征中的一個(gè)或多個(gè)(i)它已擴(kuò)展至縱隔(在胸骨后和在心臟前的間隔)、心臟、氣管(氣管)、食道(連接咽喉與胃的管)、脊柱或其中氣管分支進(jìn)入左和右主支氣管內(nèi)的點(diǎn)；(ii)2個(gè)或更多個(gè)分開的腫瘤結(jié)節(jié)存在于相同葉中；或(iii)存在惡性胸腔積液，這是在圍繞肺的間隔中含有癌細(xì)胞的液體的出現(xiàn)?！癗分類取決于肺附近的哪個(gè)淋巴結(jié)受癌癥影響，如果存在的話。在NO分類中，癌癥未擴(kuò)展至任何淋巴結(jié)。在NI分類中，癌癥已擴(kuò)展至在肺內(nèi)的淋巴結(jié)或進(jìn)入肺門淋巴結(jié)(位于其中支氣管進(jìn)入肺的區(qū)域周圍的那些)內(nèi)。在NI分類中，受累淋巴結(jié)僅在與癌性肺相同的側(cè)上。在N2分類中，癌癥已擴(kuò)展至隆突下淋巴結(jié)(在其中氣管分支進(jìn)入左和右支氣管內(nèi)的點(diǎn)周圍的那些)或縱隔(在胸骨后和在心臟前的間隔)中的淋巴結(jié)。在N2分類中，受累淋巴結(jié)在癌性肺的相同側(cè)上。在N3分類中，癌癥已擴(kuò)展至在任一側(cè)上的鎖骨附近的淋巴結(jié)、和/或在與癌性肺相對(duì)側(cè)上的肺門或縱隔淋巴結(jié)。“M分類取決于癌癥是否已轉(zhuǎn)移且擴(kuò)展至任何遠(yuǎn)側(cè)組織和器官。在MO分類中，不存在遠(yuǎn)側(cè)癌癥擴(kuò)展。在Ml分類中，癌癥已擴(kuò)展至I個(gè)或更多個(gè)遠(yuǎn)側(cè)部位。視為遠(yuǎn)側(cè)的部位包括肺的其他葉、遠(yuǎn)于用于測(cè)定癌癥的N分類的那些的淋巴結(jié)、和其他器官或組織例如肝、骨或腦。一旦對(duì)于特定NSCLC已指定T、N和M分類，就合并這個(gè)信息(分期分組)，以指定0、I、II、III或IV的總體分期(參見表I)。T和N分類的多個(gè)組合合并成分期。分期鑒定具有類似預(yù)后且以相似方式治療的腫瘤類型。如表I中所示，具有遠(yuǎn)側(cè)擴(kuò)展的腫瘤(即Ml分類癌癥)視為IV期，與淋巴結(jié)牽涉的腫瘤大小無關(guān)?！眮碜訬CCN因特網(wǎng)網(wǎng)站的下表顯示用于NSCLC的合并分類和分期分類法。表I權(quán)利要求
1.一種預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的疾病后果的方法，所述方法包括步驟 a)提供來自患者的測(cè)試樣品； b)測(cè)定所述測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)； c)針對(duì)基線拷貝數(shù)2比較所述測(cè)試樣品中所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，從而測(cè)定所述測(cè)試樣品中關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和 d)基于所述測(cè)試樣品中關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與在所述癌癥后果標(biāo)記中不具有拷貝數(shù)變化的患者中疾病后果的基線測(cè)量比較時(shí)，將所述患者鑒定為具有不良疾病后果的增加危險(xiǎn)，其中所述癌癥后果標(biāo)記中的拷貝數(shù)變化的存在預(yù)測(cè)不良疾病后果。
2.權(quán)利要求I的方法，其中所述不良疾病后果是當(dāng)與不具有關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的 拷貝數(shù)變化的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)減少的總體存活時(shí)間、和當(dāng)與不具有關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)更短的復(fù)發(fā)時(shí)間中的至少一個(gè)。
3.一種預(yù)測(cè)就肺癌治療的患者中的治療后果的方法，所述方法包括步驟 a)提供來自患者的測(cè)試樣品； b)測(cè)定所述測(cè)試樣品中關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其拷貝數(shù)中的變化與不良疾病后果相關(guān)；和 c)基于關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在，當(dāng)與不具有關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益的患者的總體存活時(shí)間比較時(shí)，測(cè)定所述患者是具有減少的總體存活時(shí)間還是更短的復(fù)發(fā)時(shí)間的更高危險(xiǎn)。
4.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中所述拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。
5.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr19,34. 7 Mb-35. 6 Mb ; Chr19,38. 9-40. 7 Mb ;Chr 17,69. 2-71. 3 Mb ;Chr 6,70. 8-71. I Mb ;Chr 12，93. 7 kb-1. 9Mb ；Chr 11,64. 3-64. 8 Mb ;Chr 19,57. 0-62. 2 Mb ;Chr 6,39. 1-39. 9 Mb ;Chr 11,64. 8-65. 7Mb ;Chr 11,61. 4-64. 3 Mb ;Chr 17,51. 5-53. 2 Mb ;Chr 17,43. 5-44. 9 Mb ;Chr 2，147. 6-151. I Mb ；Chr 6，123. 7-135. 6 Mb ；Chr 8,6. 9-8. 8 Mb ；Chr 2，159. 9-161. 4 Mb ；Chr2,200. 9-204.2 Mb ;Chr 6,36. 3-36.7 Mb ;Chr 2,205. 9-208.I Mb ;和 Chr 1,109. 5-111. IMb。
6.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr19,34.7 Mb-35. 6 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列C19orfl2 ；C19orfl2 ;細(xì)胞周期蛋白El ；PLEKHFI ；P0P4 ;和ZNF536,[標(biāo)記 I]。
7.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr19,38. 9-40.7 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ATP4A ATP 酶；CHST8，DMKN FARl, 2，3 ；FXYD1, 3，5，7 ；GAPDHS ；GPI ；GPR42 ；GRAMDIA ；HAMP ；HPN ；KCTD15 KIAA0355 ；KRTDAP ；LGI4 ；LSM14A ；LSR ；MAG ；PDCD2L ；SAE2 SUMOl ；SBSN ；SCNlB ；TMEM147, 162 ；USF2 ；WTIP ；和 ZNF181, 30，302，599，792，[標(biāo)記2]。
8.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr17,69. 2-71.3 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ARMC7(含犰狳重復(fù)7) ；ATP5H ATP合酶(H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體R)復(fù)合體，亞基 d) ;CASKIN2(CASK 相互作用蛋白質(zhì) 2) ;CD300A(CD300a 分子)；CD300C(CD300c 分子);CD300E(CD300e 分子);CD300LB(CD300 分子樣家族成員 b) ;CD300LF(CD300 分子樣家族成員f) ;CDR2L(小腦變性相關(guān)蛋白質(zhì)2樣)；DNAI2(動(dòng)力蛋白，軸絲的，中間鏈2)；(FADS6脂肪酸去飽和酶結(jié)構(gòu)域家族，成員6) ;FDXR(鐵氧化還原蛋白還原酶)；GALK1 (半乳糖激酶I) ;GGA3 (高爾基相關(guān)的，含Y銜接蛋白耳，ARF結(jié)合蛋白)GPR142(G蛋白偶聯(lián)受體142) ;GPRC5C(G蛋白偶聯(lián)受體，家族C，組5，成員C) ;GRB2 (生長(zhǎng)因子受體結(jié)合蛋白2) ;GRIN2C(谷氨酸鹽受體，離子型，N-甲基D-天冬氨酸鹽2C) ;H3F3B (H3組蛋白，家族3B(H3. 3B)) ；HN1 (血液學(xué)和神經(jīng)學(xué)表達(dá)的I ICTl未成熟的結(jié)腸癌轉(zhuǎn)錄物I) ;ITGB4(整聯(lián)蛋白，￠4) ;KCTD2(含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域2) ;KIAA0195 ;KIF19(驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員.19) ;LLGL2(幼蟲巨大致死基因同系物2(果蠅))；L0C388419 (半乳糖凝集素-3-結(jié)合蛋白樣)；MIF4⑶(含MIF4G結(jié)構(gòu)域)；MRPS7 (線粒體核糖體蛋白質(zhì)S7) ;NAT9(N_乙?；D(zhuǎn)移酶9) ；NT5C (5’，3’-核苷酸酶，胞質(zhì)的);NUP85(核孔蛋白85kDa) ;0T0P2(耳蝶呤2)；0T0P3(耳蝶呤 3) ;RAB37(RAB37，成員 RAS 癌基因家族);RECQL5 (RecQ 蛋白質(zhì)樣 5) ；RPL38核糖體蛋白質(zhì)L38 ;SAP30BP (SAP30結(jié)合蛋白)；SLC16A5 (溶質(zhì)載體家族16，成員5 ( — 元羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白6)) ;SLC25A19(溶質(zhì)載體家族25(線粒體焦磷酸硫胺素載體)，成員19)；SLC9A3R1 (溶質(zhì)載體家族9 (鈉/氫交換劑)，成員3調(diào)節(jié)物I) ；SUM02 (mif 二 3同系物2 (釀酒酵母(S. cerevisiae)的 SMT3 抑制因子);TMEM104 (跨膜蛋白質(zhì) 104) ；TTYH2 (tweety同系物2(果蠅))；UNK(unkempt同系物(果蠅))；和USHlG(Usher綜合征IG(常染色體隱性)[標(biāo)記3]。
9.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr6,70. 8-71. I Mb，并且包括編碼COL19A1 (膠原，XIX型，a I)和COL9A1 (膠原，IX型，a I)的核苷酸序列，[標(biāo)記4]。
10.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr6,70. 8-71. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ADIPOR2(脂聯(lián)素受體2) ；B4GALNT3(^-1,4-N-乙?；?氨基半乳糖基轉(zhuǎn)移酶3) ;CACNA2D4(鈣通道，電壓依賴性，a 2/S亞基4) ;(XDC77 (含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域77) ；ERC1 (ELKS/RAB6-相互作用/CAST家族成員I) ;FBXL14 (F-盒和富含亮氨酸重復(fù)的蛋白質(zhì)14) ;HSN2(遺傳性感覺性神經(jīng)病，II型);IQSEC3(IQ基序和Sec7結(jié)構(gòu)域3)；JARIDlA(jumonji，富含AT相互作用結(jié)構(gòu)域1A) ；LRTM2 (富含亮氨酸重復(fù)和跨膜結(jié)構(gòu)域2)；NINJ2 (ninjurin 2) ；RAD52 (RAD52同系物(釀酒酵母))；SLC6A12 (溶質(zhì)載體家族6 (神經(jīng)遞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，甜菜堿/GABA),成員12) ;SLC6A13 (溶質(zhì)載體家族6 (神經(jīng)遞質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，GABA)，成員13) ；WNK1 (WNK賴氨酸缺陷型蛋白質(zhì)激酶I);和WNT5B (無翅型MMTV整合位點(diǎn)家族，成員5B),[標(biāo)記5]。
11.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr11,64. 3-64. 8 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ARL2(ADP-核糖基化因子樣2) ；ATG2A ATG2 (自體吞噬相關(guān)的2同系物A(釀酒酵母))；BATF2(堿性亮氨酸拉鏈轉(zhuǎn)錄因子，ATF樣2 ；CAPNl卡配因1，(y /I)大亞基)ADC42BPG(⑶C42結(jié)合蛋白質(zhì)激酶、(DMPK樣))KDCA5 (細(xì)胞分裂周期相關(guān)的5)；EHDl (含 EH-結(jié)構(gòu)域 I) ;FAU(Finkel-Biskis-Reilly 鼠肉瘤病毒(FBR-MuSV)遍在表達(dá)的)；GPHA2(糖蛋白激素a2) ； MAP4K2 (絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶激酶2) ;MEN1 (多發(fā)性內(nèi)分泌瘤形成I ;MRPL49(線粒體核糖體蛋白質(zhì)L49) ;NAALADL1 (N-乙?；痑連接的酸性二肽酶樣I) ;POLA2(聚合酶(DNA指導(dǎo)的)，0 2(701^亞基))；PPP2R5B (蛋白質(zhì)磷酸酶.2，調(diào)節(jié)亞基B’，P同種型)；SAC3D1 (含SAC3結(jié)構(gòu)域I) ;SLC22A20 (溶質(zhì)載體家族22，成員.20) ;SNX15(分類連接素15) ;SPDYC(speedy同系物C(果蠅));SYVN1 (滑液細(xì)胞凋亡抑制劑1，synoviolin) ;TM7SF2 (跨膜7超家族成員2) ;ZFPL1 (鋅指蛋白樣I) ;ZNHIT2(鋅指，HIT 2 型)；(hsa-mir-192);和(hsa-mir-194-2)，[標(biāo)記 6]。
12.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr 19,57. 0-62.2 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列BIRC8(含桿狀病毒IAP重復(fù)8) ;BRSK1(BR絲氨酸/蘇氨酸激酶.I)；CACNG6, 7，8 (鈣通道，電壓依賴性，Y亞基6，7，8) ；CCDC106 (含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域106)；CDC42EP5 CDC42(效應(yīng)蛋白(Rho GTP酶結(jié)合)5) ；CN0T3 CCR4-N0T(轉(zhuǎn)錄復(fù)合體，亞基.3);C0X6B2(細(xì)胞色素c氧化酶亞基VIb多肽2(睪丸))；DPRX(分歧成對(duì)相關(guān)同源框)；EPNl (epsin I) ；EPS8L1 (EPS8 樣 I) ；FCAR(關(guān)于 IgA 的 Fe 片段的受體)；FIZ1 (FLT3-相互作用鋅指I) ;GALP (加蘭肽樣肽)；GP6(糖蛋白VI(血小板))；HSPBPl(hsp70-相互作用蛋白質(zhì));IL11 (白細(xì)胞介素11) ;IS0C2(含異分支酸酶結(jié)構(gòu)域2) ;KIR2DL1、KIR2DL4、KIR2DS4KIR3DL1、KIR3DL3、KIR3DX1 (殺傷細(xì)胞免疫球蛋白樣受體)；LAIR1，2 (白細(xì)胞相關(guān)免疫球蛋 白樣受體1，2) ；LENGI, 4,8,9(白細(xì)胞受體簇(LRC)成員I, 4，8，9) ；LILRA2, 3,4(白細(xì)胞免 疫球蛋白樣受體，亞家族A(具有TM結(jié)構(gòu)域)，成員2，3，4) ；LILRB1,2, 3,4,5(白細(xì)胞免疫球蛋白樣受體，亞家族B(具有TM和ITIM結(jié)構(gòu)域)，成員1,2, 3,4, 5) ;MYADM(髓樣相關(guān)的分化標(biāo)記)；NAT14(N-乙?；D(zhuǎn)移酶14) ;NCR1 (天然細(xì)胞毒性觸發(fā)受體I) ；NDUFA3 (NADH脫氫酶(泛醌)1 a 亞復(fù)合體，3，9kDa) ;NLRP2，4，5，7，8，9，11，12，13 (NLR 家族，含 pyrin結(jié)構(gòu)域2，4，5，7，8，9，11，12，13) ;0SCAR(破骨細(xì)胞相關(guān)的，免疫球蛋白樣受體)；PEG3(父源表達(dá)的3) ;PPP1R12C(蛋白質(zhì)磷酸酶1，調(diào)節(jié)(抑制劑)亞基12C) ;PPP2R1A(蛋白質(zhì)磷酸酶2(以前的2A)，調(diào)節(jié)亞基A，a同種型)；PRKCG(蛋白質(zhì)激酶C，y) ；PRPF31 (PRP31mRNA前體加工因子31同系物(釀酒酵母))；PTPRH(蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶，受體型，H)；RDH13(視黃醇脫氫酶13(全反式/9-順式))；RPL28(核糖體蛋白質(zhì)L28) ;RPS9核糖體蛋白質(zhì)S9) ;SAPS1(SAPS結(jié)構(gòu)域家族，成員I) ;SUV420H2(花斑抑制因子4-20同系物.2(果蠅))；SYT5(突觸結(jié)合蛋白V) ；TFPT(TCF3 (E2A)融合配偶體(在兒童白血病中))；TMC4(跨膜通道樣4) ;TMEM190(跨膜蛋白質(zhì)190) ;TMEM86B(跨膜蛋白質(zhì)86B) ;TNNI3(肌鈣蛋白I 3型(心臟的))；TNNTI (肌鈣蛋白T I型(骨骼的，緩慢的))；TSEN34(tRNA剪接內(nèi)切核酸酶34同系物(釀酒酵母))；TTYHl(tweety同系物1(果蠅))；U2AF2(U2小核RNA輔助因子2) ;UBE2S (遍在蛋白綴合酶E2S) ;VN1R2 (犁鼻骨I受體2) ;VN1R4(犁鼻骨 I 受體 4) ；VSTM1 (含 V-組和跨膜結(jié)構(gòu)域 I) ；ZNF28, 160，320，321，331，347，350，415，4.32，444，468，470 (鋅指蛋白 28，160，320，321，331，347，350，415，432，444，468，470)；以及miRNA 包括 hsa-mir-643、hsa-mir-512-1、hsa-mir-512-2、hsa-mir-498、hsa-mir_520e、hsa-mir—515 — 1、hsa-mir—519e、hsa-mir-520f> hsa-mir—515—2、hsa-mir—519c、hsa-mir_520a、hsa-mir_526b、hsa-mir_519b、hsa-mir-525、hsa-mir-523、hsa-mir_518f、hsa-mir_520b、hsa-mir—518b、hsa-mir-526a_l、hsa-mir_520c、hsa-mir—518c、hsa-mir—524、 hsa-mir_517a、 hsa-mir—519d、 hsa-mir—521—2、 hsa-mir_520d、hsa-mir_517b、 hsa-mir_520g、 hsa-mir—516—3、 hsa-mir-526a_2、 hsa-mir_518e、hsa-mir-518a_l、hsa-mir_518d、hsa-mir-516—4、hsa-mir-518a_2、hsa-mir_517c、hsa-mir_520h、hsa-mir—521 — 1、hsa-mir—522、hsa-mir—519a_l、hsa-mir — 527、hsa-mir—516—1、 hsa-mir—516—2、 hsa-mir—519a_2、 hsa-mir—371、 hsa-mir—372、hsa-mir—373、hsa-mir-516a_l、hsa-mir-516a_2、hsa-mir-516b_l、hsa-mir-516b_2、hsa-mir-517a_l、hsa-mir-517a_2、hsa-mir-520c_l、hsa-mir-520c_2 [標(biāo)記 7] 0
13.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr6,39.1-39.9 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列C6orf64(染色體6可讀框64) ;DNAH8 (動(dòng)力蛋白，軸絲的，重鏈8)；GLPlR (胰高血糖素樣肽I受體)；KCNK16(鉀通道，亞家族K，成員16) ;KCNK17 (鉀通道，亞家族K，成員17) ;KCNK5鉀通道，亞家族K，成員5) ;KIF6 (驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員6)，[標(biāo)記8]。
14.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr11,64. 8-65.7 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列=BANFl (對(duì)于自整合因子的障礙I) ;CATSPER1 (陽離子通道，精子相關(guān)的I) ;CCDC85B (含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域85B) ;CDC42EP2CDC42 (效應(yīng)蛋白(Rho GTP酶結(jié)合)2) ；CFLl(cofilin 1(非肌肉))；CST6 (半胱氨酸蛋白酶抑制劑E/M) ;CTSW(組織蛋白酶W) ；DPF2 D4，(鋅和雙重PHD指家族2) ;DRAP1 (DRl相關(guān)蛋白質(zhì)I (負(fù)輔因子2 a ))；EFEMP2(含EGF fibulin樣細(xì)胞外基質(zhì)蛋白質(zhì)2) ;EHBP1L1 結(jié)構(gòu)域結(jié)合蛋白I樣I);FAM89B (具有序列相似性的家族89，成員B) ;FIBP (成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子(酸性的)細(xì)胞 內(nèi)結(jié)合蛋白)；F0SL1 (FOS樣抗原I) ；FRMD8 (含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域8) ；GAL3ST3 (半乳糖-3-0-磺基轉(zhuǎn)移酶3) ；HTATIP(HIV-1 Tat相互作用蛋白質(zhì)，60kDa;KCNK7(鉀通道，亞家族K，成員7) ;LTBP3(潛在轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子P結(jié)合蛋白3) ;MAP3K11 (絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶11);MGC11102(假定蛋白質(zhì)MGC11102) ；MUS81 MUS81 (內(nèi)切核酸酶同系物(釀酒酵母))；OVOLl (卵樣 I (果妮));PACS1 (phosphofurin 酸性族分類蛋白質(zhì) I) ;PCNXL3 (pecanex 樣3(果蠅))；P0LA2(聚合酶(DNA指導(dǎo)的)a2(70kD亞基))；RELA(V_rel網(wǎng)狀內(nèi)皮組織增殖病毒癌基因同系物A，B細(xì)胞中的K輕多肽基因增強(qiáng)子的核因子3，p65(禽的))；RNASEH2C (核糖核酸酶H2，亞基C) ;SART1 (由T細(xì)胞識(shí)別的鱗狀細(xì)胞癌抗原);SCYL1 (SCY1樣1(釀酒酵母))；SF3B2(剪接因子3b，亞基2，145kDa) ;SIPA1 (信號(hào)誘導(dǎo)的增殖相關(guān)基因I);SLC25A45(溶質(zhì)載體家族25，成員45) ;SSSCA1 (Sjogren綜合征/硬皮病自身抗原I)；TI⑶3 (觸發(fā)轉(zhuǎn)座元件衍生的3) ;TSGA10IP(睪丸特異性，10相互作用蛋白質(zhì)[標(biāo)記9]。
15.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr11，61. 4-64. 3 Mb,并且包括編碼下述的核苷酸序列AHNAK(AHNAK核蛋白)；ASRGL1 (天冬酰胺酶樣I)；B3GAT3(P-1，3-葡糖醛酸基轉(zhuǎn)移酶3(葡糖醛酸基轉(zhuǎn)移酶I)) ;BAD(BCL2-細(xì)胞死亡的拮抗劑)；BEST1 (bestrophin I) ;BSCL2 (BernardinelIi-Seip 先天性脂質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良2 (seipin)) ；CCDC88B (含卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域88B) ；CHRMl (膽堿能受體，毒蕈堿的I)；C0X8A (細(xì)胞色素c氧化酶亞基8A (遍在的))；DKFZP564J0863 (DKFZP564J0863蛋白質(zhì))；DKFZP566E164(DKFZP566E164 蛋白質(zhì));DNAJC4(DnaJ(Hsp40)同系物，亞家族 C，成員 4)；EEFlG(真核轉(zhuǎn)錄延長(zhǎng)因子Iy) ;EML3(棘皮動(dòng)物微管相關(guān)蛋白質(zhì)樣3) ;ESRRA(雌激素相關(guān)受體a ) ；FADS2, 3 (脂肪酸去飽和酶2，3) ；FKBP2 (FK506結(jié)合蛋白2，13kDa) ；FLRTI (纖連蛋白富含亮氨酸跨膜蛋白質(zhì)I) ;FTH1 (鐵蛋白，重多肽I) ;GANAB(葡糖苷酶，a ;中性AB) ;GNG3(鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，y 3) ;GPR137 (G蛋白偶聯(lián)受體137)；HRASLS2，3，5(HRAS樣抑制因子2，3，5) ;INCENP (內(nèi)部著絲粒蛋白質(zhì)抗原135/155kDa)；INTS5(整合因子復(fù)合體亞基5) ;KCNK4(鉀通道，亞家族K，成員4) ;LGALS12 (凝集素，半乳糖苷結(jié)合的，可溶的，12 (半乳糖凝集素12)) ;MACR0D1 (含MACRO結(jié)構(gòu)域I) ；MARK2 (MAP/微管親和力調(diào)節(jié)激酶2) ;MGC3196(假定蛋白質(zhì)MGC3196) ;MTA2 (轉(zhuǎn)移相關(guān)的I家族，成員2);NAT11(N-乙酰基轉(zhuǎn)移酶 11) ；NRXN2 (neurexin 2) ;NUDT22 (nudix (二磷酸核苷連接的部分X)-型基序22) ;NXF1 (核RNA輸出因子I) ;0TUB1 (OUT結(jié)構(gòu)域，遍在蛋白醛結(jié)合的I)；PLCB3(磷脂酶C，￠3(磷脂酰肌醇特異性的));P0LR2G(聚合酶(RNA) II (DNA指導(dǎo)的)多肽G) ;PPP1R14B(蛋白質(zhì)磷酸酶1，調(diào)節(jié)(抑制劑)亞基14B) ;PRDX5 (過氧化物還原酶5)；PYGM(磷酸化酶，糖原)；肌肉(McArdle綜合征，糖原貯積病V型))；RAB3IL1 (RAB3A相互作用蛋白質(zhì)(rabin3)樣I) ;RARRES3 (視黃酸受體應(yīng)答物(他扎羅汀誘導(dǎo)的)3) ；RASGRP2(RAS脒基釋放蛋白質(zhì)2(鈣和DAG調(diào)節(jié) 的))；RC0R2 REST(輔阻遏物2) ;R0M1 (視黃醛外節(jié)膜蛋白質(zhì)I) ;RPS6KA4(核糖體蛋白質(zhì)S6激酶，90kDa，多肽4 ;RTN3網(wǎng)狀蛋白3) ；SCGBIAU1D1、1D2、1D4、2A1、2A1 (分泌球蛋白，家族；SF1 剪接因子 I) ;SLC22A10、11、12、6、8、9 (溶質(zhì)載體家族22 (有機(jī)陰離子/陽離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)SLC3A2溶質(zhì)載體家族3 ( 二堿基和中性氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)的激活物)，成員2) ;STIP1 (應(yīng)激誘導(dǎo)的磷蛋白l(Hsp70/Hsp90-有機(jī)化蛋白質(zhì)))；STX5(突觸融合蛋白5) ；TAF6L(TAF6樣RNA聚合酶II，p300/CBP相關(guān)因子(PCAF)相關(guān)因子，65kDa) ;TRPT1 (tRNA磷酸轉(zhuǎn)移酶I) ;TTC9C(三十四肽重復(fù)結(jié)構(gòu)域9C) ;TUT1 (末端尿苷酰轉(zhuǎn)移酶1，U6 snRNA特異性RP2 UNC-112相關(guān)蛋白質(zhì)2) ;UST6 (假定USTl樣有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白；VEGFB血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子B) ;WDR74(WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域74);和ZBTB3含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域3，[標(biāo)記10]。
16.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr17,51.5-53.2 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列AKAP1(A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)I) ;ANKFN1 (含錨蛋白重復(fù)和纖連蛋白III型結(jié)構(gòu)域I) ;C17orf67(染色體17可讀框67) ；C0IL (coilin) ;DGKE (二酰甘油激酶，e 64kDa) ；MSI2 musashi同系物2 (果蠅));N0G(頭蛋白);SCPEP1 (絲氨酸羧肽酶I);和TRIM25 (含三重基序25)，[標(biāo)記11]。
17.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr17,43. 5-44.9 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列hsa-mir_10a ;hsa-mir-196a_l ；ABI3 (ABI基因家族，成員3)；ATP5G1 (ATP合酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體R)復(fù)合體，亞基Cl (亞基9)) ；B4GALNT2 ( ^ -I, 4-N-乙?；?氨基半乳糖基轉(zhuǎn)移酶2) ;CALC0C02(鈣結(jié)合和卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域2) ;CBX1(染色盒同系物KHPl P同系物果蠅))；GIP(胃抑制性多肽)；GNGT2(鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，Y 轉(zhuǎn)導(dǎo)活性多肽 2) ；HOXBI, 2，3，4，5，6，7，8，9，13 (同源異形盒 BI, 2，3，4，5，6，7，8，9，13)；IGF2BP1 (胰島素樣生長(zhǎng)因子2 mRNA結(jié)合蛋白I) ;NFE2L1(核因子(紅細(xì)胞衍生的2)樣I) ;NGFR(神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體(TNFR超家族，成員16)) ;PHB(抑制素PH0SPH01磷酸酶，孤兒I) ;PRAC (小核蛋白PRAC) ;SKAPl(src激酶相關(guān)磷蛋白I) ;SNF8 (SNF8，ESCRT-II復(fù)合體亞基，同系物(釀酒酵母))；SNX11 (分類連接素11) ;TTLL6(微管蛋白酪氨酸連接酶樣家族，成員6) ;UBE2Z (遍在蛋白綴合酶E2Z);和ZNF652 (鋅指蛋白652)，[標(biāo)記12]。
18.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr2,147. 6-151. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ACVR2A(激活素A受體，IIA型)；C2orf25 (染色體2可讀框25)；EPC2(多梳增強(qiáng)子同系物2(果蠅))；KIF5C(驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員5C) ;L0C130576 (假定蛋白質(zhì)L0C130576) ;LYPD6(含LY6/PLAUR結(jié)構(gòu)域6) ;MBD5 (甲基-CpG結(jié)合結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)5)；0RC4L (起源識(shí)別復(fù)合體，亞基4樣(酵母))；RND3 (Rho家族GTP酶3)，[標(biāo)記13]。
19.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr6,123. 7-135.6 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列hsa-mir-588 ;AKAP7(A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)7) ;ALDH8A1 (醛脫氫酶8家族，成員Al) ;ARG1(精氨酸酶，肝)；ARHGAP18 (Rho GTP酶激活蛋白質(zhì)18) ;CTGF(結(jié)締組織生長(zhǎng)因子；ECHDC1含烯酰輔酶A水合酶結(jié)構(gòu)域I) ;ENPP1，3(核苷酸內(nèi)焦磷酸酶/磷酸二酯酶1，3) ;EPB41L2(紅細(xì)胞膜蛋白質(zhì)帶4. I樣2) ;EYA4 (眼不存在的同系物4 (果蠅))；HDDC2(含HD結(jié)構(gòu)域2) ;HEY2(具 有YRPW基序的多毛/分裂增強(qiáng)子相關(guān)的2) ;HINT3(三聯(lián)組氨酸核苷酸結(jié)合蛋白3) ；KIAA1913 KIAA1913 LAMA2(層粘連蛋白，a2(分區(qū)蛋白，先天性肌營(yíng)養(yǎng)不良))；MED23(介質(zhì)復(fù)合體亞基23) ;M0XD1 (單氧合酶，DBH樣I) ；MYB v-myb成髓細(xì)胞瘤病毒癌基因同系物(禽的))；NC0A7(核受體輔激活物7) ;NKAIN2 (Na+/K+轉(zhuǎn)運(yùn)ATP酶相互作用的2) ;0R2A4(嗅覺感受器，家族2，亞家族A，成員4) ;PTPRK(蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶，受體型，K ； RNF146環(huán)指蛋白146) ;RNF217(環(huán)指蛋白217) ;RPS12(核糖體蛋白質(zhì)S12) ;SAMD3(含不育a基序結(jié)構(gòu)域3) ;SGK(血清/糖皮質(zhì)激素調(diào)節(jié)的激酶)；SLC2A12(溶質(zhì)載體家族2(促進(jìn)的葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)，成員12 ;STX7突觸融合蛋白7)；TAAR1，2，5，6，8，9(痕量胺相關(guān)的受體 1,2, 5,6,8,9) ;TBPLI (TBP 樣 I) ;TCF21(轉(zhuǎn)錄因子·21) ;TPD52L1 (腫瘤蛋白質(zhì)D52樣I) ;TRDN(三聯(lián)蛋白；TRMT11 tRNA甲基轉(zhuǎn)移酶11同系物(釀酒酵母));和 VNNl, 2，3 (vanin I, 2，3)，[標(biāo)記 14]。
20.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr8,6.9-8. 8 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列CLDN23(claudin 23) ;DEFA5(防御素，a 5，Paneth細(xì)胞特異性的)；DEFBlO3B(防御素，^ 103B) ;DEFB104A(防御素，^ 104A) ;DEFB104B(防御素，^ 104B)；DEFBlO5B(防御素，^ 105B) ;DEFB106A(防御素，^ 106A) ;DEFB106B(防御素，^ 106B)；DEFB107A (防御素，P 107A) ;DEFB107B (防御素，^ 107B) ;DEFB4(防御素，^ 4) ；MFHASI (惡性纖維組織細(xì)胞瘤擴(kuò)增的序列I) ;PRAGMIN(Rnd2的大鼠pragma的同系物)；SPAG11A(精子相關(guān)抗原11A);和SPAGl IB (精子相關(guān)抗原11B)，[標(biāo)記15]。
21.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr2,159. 9-161.4 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列BAZ2B (與鋅指結(jié)構(gòu)域相鄰的溴結(jié)構(gòu)域，2B) ;CD302(CD302分子)；ITGB6(整聯(lián)蛋白，￠6) ;LY75(淋巴細(xì)胞抗原75) ;MARCH7 (膜相關(guān)的環(huán)指(C3HC4) 7)；PLA2R1 (磷脂酶A2受體1，180kDa);和RBMSl (RNA結(jié)合基序，單鏈相互作用蛋白質(zhì)I)，[標(biāo)記 16]。
22.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr2，200. 9-204. 2 Mb,并且包括編碼下述的核苷酸序列ABI2 (abl相互作用物2) ；ALS2 (肌萎縮側(cè)索硬化2 (青少年的))；八1^20 2、4、7、8、11、12、13(肌萎縮側(cè)索硬化2(青少年的)染色體區(qū)域，候選物2、4、7、8、·11、12、13) ;A0X1 (醛氧化酶I) ;BMPR2(骨形態(tài)生成蛋白受體，II型(絲氨酸/蘇氨酸激酶))；BZffl (堿性亮氨酸拉鏈和W2結(jié)構(gòu)域I) ；CASP10 (半胱天冬酶10，細(xì)胞凋亡相關(guān)半胱氨酸肽酶);CASP8 (半胱天冬酶8，細(xì)胞凋亡相關(guān)半胱氨酸肽酶);CFLAR (CASP8和FADD樣細(xì)胞凋亡調(diào)節(jié)物)；CLK1 (⑶C樣激酶I) ；CYP20A1 (細(xì)胞色素P450，家族20，亞家族A，多肽I) ;FAM126B (具有相鄰相似性的家族126，成員B) ；FZD7 (frizzled同系物7(果蠅)ICAlL島細(xì)胞自身抗原l，69kDa樣)；KCTD18 (含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域18) ;L0C26010(病毒DNA聚合酶反式激活蛋白質(zhì)6) ;MPP4(膜蛋白質(zhì)，棕櫚酰化的4(MAGUK p55亞家族成員·4);NBEAL1 (neurobeachin 樣 I) ；NDUFB3 (NADH 脫氧酶(泛醒)I P 亞復(fù)合體，3,12kDa)；NIF3L1 (NIF3 NGGl相互作用因子3樣I (栗酒裂殖酵母))；N0P5/N0P58 (核仁蛋白質(zhì)N0P5/N0P58) ;0RC2L (起源識(shí)別復(fù)合體，亞基2樣(酵母))；PPIL3 (肽基脯氨酰異構(gòu)酶(親環(huán)素)樣3) ;RAPHl(Ras相關(guān)(Ral⑶S/AF-6)和普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域I) ；SG0L2 (shugoshin樣2 (栗酒裂殖酵母))；SUMOI (mif 二 3同系物的SMT3抑制因子I (釀酒酵母))；TRAK2 (運(yùn)輸?shù)鞍踪|(zhì)，驅(qū)動(dòng)蛋白結(jié)合的2) JPWDR12(WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域12)，[標(biāo)記17]。
23.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr6,36.3-36.7 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列BRPF3(含溴結(jié)構(gòu)域和PHD指，3) ;DKFZp779B1540 (假定蛋白質(zhì)DKFZp779B1540) ；ETV7 (ets變體基因7 (TEL2癌基因))；KCTD20 (含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域.20 ；PNPLA1含patatin樣磷脂酶結(jié)構(gòu)域I) ；PXT1 (過氧化物酶體的，睪丸特異性的I ;SFRS3剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸3);和STK38 (絲氨酸/蘇氨酸激酶38)，[標(biāo)記18]。
24.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr2，205. 9-208. I Mb，并 且包括編碼下述的核苷酸序列ADAM23(ADAM金屬肽酶結(jié)構(gòu)域23) ;CP0(羧肽酶0)；DYTN(dystrotelin) ;EEF1B2 (真核翻譯延長(zhǎng)因子 I ^ 2) ；FASTKD2 FAST 激酶結(jié)構(gòu)域 2)；FLJ20309 (假定蛋白質(zhì)FLJ20309) ；GPR1 (G蛋白偶聯(lián)受體I) ；KLF7 (Kruppel樣因子7 (遍在的))；MDH1B(蘋果酸脫氫酶1B，NAD(可溶的))；NDUFS1 (NADH脫氫酶(泛醌)Fe_S蛋白質(zhì)l，75kDa(NADH-輔酶Q還原酶))；NRP2神經(jīng)纖毛蛋白2) ;PARD3B(par_3分配缺陷的3同系物 B (秀麗隱桿線蟲))；ZDBF2 (鋅指，含 DBF 型 2));和 hCG_1657980 (hCG1657980)，[標(biāo)記19]。
25.權(quán)利要求4的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr1,109. 5-111. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列hsa-mir-197 ;AHCYL1 (S-腺苷高半胱氨酸水解酶樣I) ;ALX3 (無芒樣同源異形盒3) ;AMIG01 (具有Ig樣結(jié)構(gòu)域的粘附分子I) ;AMPD2(腺苷一磷酸脫氨酶2 (同種型L)) ；ATXN7L2 (ataxin 7樣2) ；CELSR2 (鈣粘蛋白，EGF LAG七次跨膜G型受體2 (flamingo同系物，果蠅))；CSF1 (集落刺激因子I (巨噬細(xì)胞))；CYB561D1 (含細(xì)胞色素b-561結(jié)構(gòu)域I) ；EPS8L3 (EPS8樣3) ;FAM40A (具有序列相似性的家族40，成員A)；GNAI3(鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，a抑制活性多肽3) ;GNAT2 (鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，a轉(zhuǎn)導(dǎo)活性多肽2) ;GPR61(G蛋白偶聯(lián)受體61) ;GSTM1，M2，M3，M4，M5 (谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶Ml，M2(肌肉)，M3(腦)，M4，M5) ；HBXIP(乙型肝炎病毒x相互作用蛋白質(zhì))；KCNA2, 3, 4, 10(鉀電壓門控通道，shaker-相關(guān)亞家族，成員2，3，4，10) ；KIAA1324(KIAA1324) ;MYBPHL(肌球蛋白結(jié)合蛋白H樣)；PR0K1 (前動(dòng)力蛋白I) ;PSMA5(蛋白酶體(蛋白酶體，巨蛋白因子)亞基，a型，5) ;PSRC1 (富含脯氨酸/絲氨酸的卷曲螺旋I)；RBM15(RNA結(jié)合基序蛋白質(zhì)15) ;SARS (絲氨酰-tRNA合成酶)；SLC16A4 (溶質(zhì)載體家族16，成員4 ( 一元羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白5)) ;SLC6A17(溶質(zhì)載體家族6，成員17) ；S0RT1 (sortilin I)；SYPL2(突觸囊泡蛋白樣2) ;UBL4B (遍在蛋白樣4B)，[標(biāo)記20]。
26.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中所述拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。
27.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr5,62. 9-67.8 Mb5Chr 5，.53. 3-53. 8 Mb ；Chr 4，105. 8-107. 2 Mb ；Chr 16,45. 8-46. 3 Mb ；Chr 5,50. 7-52. 0 Mb ；Chr.5.,94.2-96. I Mb ；Chr 9,36. 1-37. 0 Mb ；Chr 5,94. 2-96. I Mb ；Chrl4,51. 1-52. 8 Mb ；Chr.14,61.5-68. 6 Mb ;Chr 9,28. I Mb ;Chr 4,43.7-44.2 Mb ;Chr 5,60. 8-62. 9 Mb ;Chr 3，.120. 0-121. I Mb ；Chr 4,46. 2-48. 0 Mb ；Chr 14，38. 9-40. 0 Mb ；Chr 4,44. 2-44. 6 Mb ；Chr.2,213.7-214. 3 Mb ；Chrl4,43. 9-46. 6 Mb ; Chr 14,27. 6-28. 6 Mb ; Chr 3,98. 0-98. 3 Mb;Chrl4, 55. 2-60. 0 Mb ；Chrl4,48. 7-51. I Mb ；Chr 4,81. 4-83. 2 Mb ；Chr 10，51. 9-54. 2 Mb ；Chr 5,55. 2-58. 6 Mb ;和 Chr 5,67. 8-68. 5 Mb。
28.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5,62. 9-67.8 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ADAMTS6(具有凝血酶敏感蛋白I型基序的ADAM金屬肽酶，6) ;CD180 (CD180分子)；CENPK (著絲粒蛋白質(zhì)K) ；ERBB2IP (erbb2相互作用蛋白質(zhì))；FLJ13611(假定蛋白質(zhì)FLJ13611) ;H TR1A(5_羥色胺(血清素)受體1A) ;MAST4(微管相關(guān)的絲氨酸/蘇氨酸激酶家族成員4) ;NLN(溶神經(jīng)素(金屬肽酶M3家族))；P18SRP(P18SRP蛋白質(zhì))；PIK3R1 (磷酸肌醇-3- 激酶，調(diào)節(jié)亞基l(p85a)) ;PPWD1 (含肽基脯氨酰異構(gòu)酶結(jié)構(gòu)域和WD重復(fù)I) ;RGS7BP(G蛋白信 號(hào)7結(jié)合蛋白的調(diào)節(jié)物);RNF180(環(huán)指蛋白180)；SDCCAG10 (血清限定性結(jié)腸癌抗原10) ;SFRS12(剪接因子，富含精氨酸/絲氨酸12)；SGTB(含小的富含谷氨酰胺的三十四肽重復(fù)(TPR)，^ 0);和TRM23(含三重基序23)，[缺失標(biāo)記I]。
29.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5，53. 3-53.8 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ARL15 (ADP-核糖基化因子樣15) ；HSPB3 (熱休克27kDa蛋白質(zhì)3)和hsa-miR-581,[缺失標(biāo)記 2]。
30.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr4，105. 8-107. 2 Mb,并且包括編碼下述的核苷酸序列FLJ20184(假定蛋白質(zhì)FLJ20184) ;GSTCD (谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶，含C末端結(jié)構(gòu)域);INTS12(整合因子復(fù)合體亞基12) ；KIAA1546 (KIAA1546) ;MGC16169(假定蛋白質(zhì)MGC16169) ;NPNT (腎連接素)jPPPA2(焦磷酸酶(無機(jī)的)2，[缺失標(biāo)記3]。
31.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr16,45. 8-46.3 Mb，并且包括編碼ITFGl (含整聯(lián)蛋白a FG-GAP重復(fù)I)和PHKB (磷酸化酶激酶，P )的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記4]。
32.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5，50. 7-52.0 Mb，并且包括編碼ISLl (ISL LIM同源異形盒)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記5]。
33.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5,94. 2-96. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ARSK(芳基硫酸酯酶家族，成員K) ;CAST(鈣蛋白酶抑制蛋白)；ELL2(延長(zhǎng)因子，RNA聚合酶II，2) ;FAM81B (具有序列相似性的家族81，成員B) ;GLRX(谷氧化蛋白(硫醇轉(zhuǎn)移酶));GPR150(G蛋白偶聯(lián)受體150) ；KIAA0372(KIAA0372) ;MCTP1 (多重C2結(jié)構(gòu)域，跨膜I) ;PCSK1 (前蛋白轉(zhuǎn)換酶枯草桿菌蛋白酶/干酪素I型)；RFESD (含Rieske (Fe-S)結(jié)構(gòu)域)；RHOBTB3 (含Rho-相關(guān)的BTB結(jié)構(gòu)域3) ;SPATA9 (精子生成相關(guān)的9);和 hsa-miR-583，[缺失標(biāo)記 6]。
34.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr9，36. 1-37.0 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列C9orfl9(染色體9可讀框19) ；CCIN(calicin) ；CLTA(網(wǎng)格蛋白，輕鏈(Lca)) ；GNE (葡糖胺(UDP-N-乙?；?-2-表異構(gòu)酶/N-乙酰甘露糖胺激酶);MELK (母源胚胎亮氨酸拉鏈激酶)；PAX5 (配對(duì)盒5) ;RECK (具有kazal基序的誘導(dǎo)逆轉(zhuǎn)的富含半胱氨酸蛋白質(zhì))；RNF38(環(huán)指蛋白38)，[缺失標(biāo)記7]。
35.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5,94. 2-96. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ARSK(芳基硫酸酯酶家族，成員K) ;CAST(鈣蛋白酶抑制蛋白)；ELL2(延長(zhǎng)因子，RNA聚合酶II，2) ;FAM81B(具有序列相似性的家族81，成員B) ;GLRX(谷氧化蛋白(硫醇轉(zhuǎn)移酶));GPR150(G蛋白偶聯(lián)受體150) ；KIAA0372(KIAA0372) ;MCTP1 (多重C2結(jié)構(gòu)域，跨膜I) ;PCSK1 (前蛋白轉(zhuǎn)換酶枯草桿菌蛋白酶/干酪素I型)；RFESD (含Rieske (Fe-S)結(jié)構(gòu)域)；RHOBTB3 (含Rho-相關(guān)的BTB結(jié)構(gòu)域3) ;SPATA9 (精子生成相關(guān)的9)，[缺失標(biāo)記8]。
36.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chrl4，51.1-52. 8 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列C14orfl66(染色體14可讀框166) ;DDHD1 (含DDHD結(jié)構(gòu)域I)；EROlL (ER01樣(釀酒酵母))；FRMD6 (含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域6) ；GNG2 (鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，Y 2) ；GNPNAT1 (葡糖胺磷酸N-乙酰基轉(zhuǎn)移酶I) ；GPR137C(G蛋白偶聯(lián)受體137C)；NID2(巢蛋白2 (骨巢蛋白))；PLEKHC1 (含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族C (具有FERM結(jié)構(gòu)域)成員I) ;PSMC6(蛋白酶體(前體，巨細(xì)胞因子)26S亞基，ATP酶，6) ;PTGDR(前列腺素D2受體(DP)) ；PTGER2 (前列腺素E受體2 (亞型EP2)，53kDa) ；STYX (絲氨酸/蘇氨酸/酪氨酸相互作用蛋白質(zhì))；TXNDC16(含硫氧還蛋白結(jié)構(gòu)域16)，[缺失標(biāo)記9]。
37.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr14,61. 5-68. 6 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ACTN1(輔肌動(dòng)蛋白，a I) ;AKAP5(A激酶(PRKA)錨蛋白質(zhì)5);ARG2(精氨酸酶，II型)；ATP6V1D(ATP酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，溶酶體的34kDa，Vl亞基D);C14orf50 (染色體14可讀框50) ；C14orf54 (染色體14可讀框54) ；C14orf83 (染色體14可讀框83) ;CHURC1 (含churchill結(jié)構(gòu)域I) ;EIF2S1 (真核翻譯起始因子2，亞基I a，35kDa)出51 2(雌激素受體2 ! ￠)) ;FLJ39779 (FLJ39779蛋白質(zhì));FNTB (法尼基轉(zhuǎn)移酶，CAAX盒，￠) ;FUT8(巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶8(a (1,6)巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶))；GPHB5(糖蛋白激素^ 5) ；GPHN(gephyrin) ；GPX2 (谷胱甘肽過氧化物酶2 (胃腸的))；HSPA2 (熱休克70kDa蛋白質(zhì)2) ;KCNH5(鉀電壓門控通道，亞家族H(eag相關(guān)的)，成員5) ；MAX MYC (相關(guān)因子X)；MPP5(膜蛋白質(zhì)，棕櫚酰化的5(MAGUK p55亞家族成員5)) ;MTHFD1 (亞甲基四氫葉酸脫氫酶(NADP+依賴性)I,亞甲基四氫葉酸環(huán)水解酶，甲酰四氫葉酸合成酶)；PIGH(磷脂酰肌醇聚糖錨式生物合成，H類)；PLEK2(普列克底物蛋白2) ;PLEKHG3(含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族G(具有RhoGef結(jié)構(gòu)域)成員3) ;PLEKHH1 (含普列克底物蛋白同源結(jié)構(gòu)域，家族H(具有MyTH4結(jié)構(gòu)域)成員I) ;PPP2R5E (蛋白質(zhì)磷酸酶2，調(diào)節(jié)亞基B’，e同種型)；RAB15(RAB15，成員RAS癌基因家族)；RAD51L1 (RAD51樣I (釀酒酵母))；RDH11 (視黃醇脫氫酶11 (全反式/9-順式/11-順式))；RDH12 (視黃醇脫氫酶12 (全反式/9-順式/11-順式))；RH0J(ras同系物基因家族，成員J) ;SGPP1 (I-磷酸-鞘氨醇磷酸酶I) ;SPTB(血影蛋白，P，紅細(xì)胞的(包括球形細(xì)胞增多癥，臨床I型))；SYNE2(含血影蛋白重復(fù)，核被膜2)；SYT16(突觸結(jié)合蛋白XVI) ;VTI1B(通過與t_SNAREs同系物IB (酵母)的相互作用的囊泡轉(zhuǎn)運(yùn))；WDR22 (WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域22) ;WDR89 (WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域89) ;ZBTB1 (含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域I);ZBTB25(含鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域25) ;ZFP36L1 (鋅指蛋白36，C3H型樣I) ;ZFYVE26(鋅指，含F(xiàn)YVE結(jié)構(gòu)域26);和hsa-miR-625,[缺失標(biāo)記10]。
38.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr9,28. I Mb，并且包括編碼LING02(含富含亮氨酸重復(fù)和Ig結(jié)構(gòu)域2)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記11]。
39.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr4,43. 7-44.2 Mb，并且包括編碼KCTD8 (含鉀通道四聚體化結(jié)構(gòu)域8)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記12]。
40.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5,60. 8-62.9 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列DMT1L DIMl (二甲基腺苷轉(zhuǎn)移酶I樣(釀酒酵母))；FLJ37543(假定蛋白質(zhì)FLJ37543) ;IPOlI (輸入蛋白11) ;ISCAlL (鐵硫簇裝配I同系物(釀酒酵母)樣)；KIF2A (驅(qū)動(dòng)蛋白重鏈成員2A)，[缺失標(biāo)記13]。
41.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr3,120. 0-121. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ADPRH (ADP-核糖基精氨酸水解酶)；B4GALT4 (UDP-Gal: P GIcNAc.3 1，4-半乳糖基轉(zhuǎn)移酶,多肽4) ;C3orfl (染色體3可讀框I) ;C3orf 15 (染色體3可讀框.15);C3orf30(染色體 3 可讀框 30) ;CD80 (CD80 分子);CDGAP(Cdc42 GTP 酶激活蛋白質(zhì))；COX17 (C0X17細(xì)胞色素c氧化酶裝配同系物(釀酒酵母))；GSK3B(糖原合酶激酶3 3);IGSFll (免疫球蛋白超家族，成員 11) ;KTELC1 (含 KTEL(Lys-Tyr-Glu-Leu) I) ;NR1I2(核受體亞家族1，組I，成員2) ;PLA1A (磷脂酶Al成員A) ;P0PDC2(含popeye結(jié)構(gòu)域2);TMEM39A(跨膜蛋白質(zhì) 39A);和 UPKlB (uroplakin 1B)，[缺失標(biāo)記 14]。
42.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr4,46. 2-48. 0 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ATP10D (ATP酶，V類，IOD型)；CNGA1 (環(huán)核苷酸門控通道a I)；C0MMD8(含COMM結(jié)構(gòu)域8) ;C0RIN(corin，絲氨酸肽酶)；C0X7B2 (細(xì)胞色素c氧化酶亞基VIIb2) ;GABRA4U_ 氨基丁酸(GABA)A 受體，a 4) ;GABRB1 U _ 氨基丁酸(GABA)A 受體，￠1) ;NFXL1(核轉(zhuǎn)錄因子，X-盒結(jié)合樣I) ;NPAL1 (含NIPA樣結(jié)構(gòu)域I) ;TEC(tec蛋白質(zhì)酪氨酸激酶);和TXK (TXK酪氨酸激酶)，[缺失標(biāo)記15]。
43.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr14，38. 9-40. 0 Mb,并且包括編碼FBX033 (F-盒蛋白質(zhì)33)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記16]。
44.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr4,44. 2-44. 6 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列GNPDA2 (葡糖胺-6-磷酸脫氨酶2) ;GUFI (GUFI GTP酶同系物(釀酒酵母));和YIPF7 (Yipl結(jié)構(gòu)域家族，成員7)，[缺失標(biāo)記17]。
45.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr2，213. 7-214. 3 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列IKZF2(IKAR0S家族鋅指2(Helios));和SPAG16 (精子相關(guān)抗原.16)，[缺失標(biāo)記18]。
46.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chrl4，43.9-46. 6 Mb,并且包括編碼下述的核苷酸序列C14orf 106 (染色體14可讀框106) ;C14orf 155 (染色體14可讀框155) ;C14orf28(染色體14可讀框28) ;FANCM (范可尼貧血，互補(bǔ)群M) ；FKBP3 (FK506結(jié)合蛋白 3，25kDa) ；KIAA0423 (KIAA0423) ;KLHL28 (kelch 樣 28 (果蠅));MDGA2 (含 MAM 結(jié)構(gòu)域糖基磷脂酰肌醇錨2) ；PRPF39 (PRP39 mRNA前體加工因子39同系物(釀酒酵母))；RPLlOL (核糖體蛋白質(zhì)LlO樣)，[缺失標(biāo)記19]。
47.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr14,27. 6-28.6 Mb，并且包括編碼FOXGl (叉頭盒Gl)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記20]。
48.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr3，98. 0-98. 3 Mb,并且包括編碼EPHA6 (EPH受體A6)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記21]。
49.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chrl4，55.2-60. 0 Mb,并且包括編碼下述的核苷酸序列ACTR10(肌動(dòng)蛋白相關(guān)蛋白質(zhì)10同系物(釀酒酵母))；ARID4A(富含AT相互作用結(jié)構(gòu)域4A(RBP1樣));C14orfl00(染色體14可讀框100) ;C14orfl01 (染色體14可讀框101) ；C14orfl05 (染色體14可讀框105) ；C14orfl08 (染色體14可讀框108) ;C14orfl35(染色體 14 可讀框 135) ;C14orf 149 (染色體 14 可讀框 149) ;C14orf37(染色體14可讀框37) ;C14orf39(染色體14可讀框39) ;DAAM1 (形態(tài)發(fā)生的紊亂相關(guān)激活物I) ；DACT1 (dapper, P -連鎖蛋白的拮抗劑，同系物1(光滑爪蟾))；DHRS7(脫氫酶/還原酶(SDR家族)成員7) ;EXOC5(泡外復(fù)合體組分5) ;GPR135 (G蛋白偶聯(lián)受體135)；KIAA0586 (KIAA0586) ;NAT12 (N-乙酰基轉(zhuǎn)移酶 12) ;OTX2(正小齒(orthodenticle)同源異形盒2) ；PELI2 (pellino同系物2(果蠅))；PPM1A(蛋白質(zhì)磷酸酶1A(以前的2C)，鎂依賴性的，a同種型)；PSMA3(蛋白酶體(前體，巨細(xì)胞因子)亞基，a型，3) ;RTN1 (網(wǎng)狀蛋白1);SLC35F4(溶質(zhì)載體家族35，成員F4) ;TIMM9 (線粒體內(nèi)膜的轉(zhuǎn)位酶9同系物(酵母))；UNQ9438 (TIMM)，[缺失標(biāo)記 22]。
50.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chrl4，48.7-51. I Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ABHD12B (含自水解酶結(jié)構(gòu)域12B) ;ARF6 (ADP-核糖基化因子6)；ATP5S (ATP合酶，H+轉(zhuǎn)運(yùn)，線粒體R)復(fù)合體，亞基(因子B)) ;C14orf 104 (染色體14可讀框104) ;C14orfl38(染色體14可讀框138) ;OTKLI (細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶樣I (⑶C2相關(guān)的激酶))；FRMD6(含F(xiàn)ERM結(jié)構(gòu)域6) ;KLHDC1 (含kelch結(jié)構(gòu)域I) ;KLHDC2 (含kelch結(jié)構(gòu)域2);L2HGDH(L-2-羥基戊二酸脫氫酶)；L0C196913 (假定蛋白質(zhì) L0C196913) ;L0C283551 (假定蛋白質(zhì)L0C283551) ；MAP4K5 (絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶激酶5) ；MGAT2 (甘露糖基(a-1,6-)-糖蛋白￠-1, 2-N-乙酰氨基葡萄糖轉(zhuǎn)移酶)；NIN (ninein(GSK3B相互作用蛋白質(zhì)))；P0LE2 (聚合酶(DNA指導(dǎo)的)，e 2 (p59亞基))；PPIL5 (肽基脯氨酰異構(gòu)酶(親環(huán)素)樣5) ;PYGL(磷酸化酶，糖原；肝(Hers病，糖原貯積病VI型))；RPL36AL(核糖體蛋白質(zhì)L36a樣)；RPS29 (核糖體蛋白質(zhì)S29)，[缺失標(biāo)記23]。
51.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr4,81.4-83.2 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列BMP3(骨形態(tài)生成蛋白3(成骨的))；C4orf22(染色體4可讀框22)；FGF5 (成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子5) ；PRKG2 (蛋白質(zhì)激酶，cGMP依賴性，II型)；RASGEF1B (RasGEF結(jié)構(gòu)域家族，成員1B)，[缺失標(biāo)記24]。
52.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr10，51. 9-54. 2 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ACF(apobec-l互補(bǔ)因子)；ASAH2B(N-?；拾贝减０匪饷?非溶酶體的神經(jīng)酰胺酶)2B) ;CSTF2T (切割刺激因子，3’ RNA前體，亞基2，64kDa，x變體)；DKKl(dickkopf同系物1(光滑爪蟾))；MBL2(甘露糖結(jié)合凝集素(蛋白質(zhì)02，可溶性(調(diào)理素缺陷))；PRKG1 (蛋白質(zhì)激酶，cGMP依賴性，I型)；SGMS1 (鞘磷脂合酶I)；hsa-miR-605,[缺失標(biāo)記 25]。
53.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5，55. 2-58.6 Mb，并且包括編碼下述的核苷酸序列ANKRD55(錨蛋白重復(fù)結(jié)構(gòu)域55) ;C5orf29 (染色體5可讀框29)；C5orf35(染色體 5 可讀框 35) ;DKFZp686D0972 (類似于 RIKEN cDNA 4732495G21 基因)；GPBPl (富含GC啟動(dòng)子結(jié)合蛋白I) ;IL31RA(白細(xì)胞介素31受體A) ;IL6ST (白細(xì)胞介素6信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白(gpl30，制癌素M受體))；MAP3K1 (絲裂原激活蛋白質(zhì)激酶激酶激酶I)；MIER3(中胚層誘導(dǎo)早期應(yīng)答1，家族成員3) ;H)E4D (磷酸二酯酶4D，cAMP特異性的(磷酸二酯酶E3 dunce同系物，果蠅))；PLK2 (polo樣激酶2 (果蠅))；RAB3C RAB3C (成員RAS癌基因豕族)，[缺失標(biāo)記26]。
54.權(quán)利要求26的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是Chr5，67. 8-68. 5 Mb,并且包括編碼CCNBl (細(xì)胞周期蛋白BI)和SLC30A5 (溶質(zhì)載體家族30 (鋅轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白)，成員5)的核苷酸序列，[缺失標(biāo)記27]。
55.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)試樣品包含組織樣品。
56.權(quán)利要求55的方法，其中所述組織樣品包含血液樣品、腫瘤組織或可疑腫瘤組織、薄層細(xì)胞學(xué)樣品、細(xì)針抽吸物樣品、肺洗滌樣品、胸腔積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋的組織樣品或由其中任何一種產(chǎn)生的提取物或加工的樣品。
57.權(quán)利要求55的方法，其中所述組織樣品包括肺組織樣品或包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外周血樣品。
58.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過原位雜交執(zhí)行。
59.權(quán)利要求58的方法，其中所述原位雜交用熒光標(biāo)記的核酸探針執(zhí)行。
60.權(quán)利要求58的方法，其中所述原位雜交用至少2種核酸探針執(zhí)行。
61.權(quán)利要求58的方法，其中所述原位雜交用肽核酸探針執(zhí)行。
62.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過聚合酶鏈反應(yīng)執(zhí)行。
63.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸測(cè)序測(cè)定執(zhí)行。
64.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸微陣列測(cè)定執(zhí)行。
65.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述肺癌是非小細(xì)胞肺癌。
66.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述癌癥選自鱗狀細(xì)胞癌、大細(xì)胞癌和腺癌。
67.權(quán)利要求1-4和26中任一項(xiàng)的方法，其中所述患者用化學(xué)療法、放射、手術(shù)或其任何組合進(jìn)行治療。
68.一種選擇用于患有肺癌的患者的治療的方法，所述方法包括步驟 a)提供來自患者的測(cè)試樣品，其中用化學(xué)治療劑的治療是用于所述患者的至少一個(gè)治療選項(xiàng)； b)測(cè)定所述測(cè)試樣品中癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)； c)針對(duì)基線拷貝數(shù)2比較所述測(cè)試樣品中所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，從而測(cè)定所述測(cè)試樣品中關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和 d)基于步驟c)中的比較，確定化學(xué)療法治療方案。
69.權(quán)利要求68的方法，其中基于步驟c)中的比較確定治療方案包括當(dāng)對(duì)于所述癌癥后果標(biāo)記存在拷貝數(shù)變化時(shí)，選擇化學(xué)治療劑且測(cè)定化學(xué)療法治療的頻率。
70.權(quán)利要求68的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中所述拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。
71.權(quán)利要求70的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr19，34. 7 Mb-35. 6 Mb ;Chr.19,38. 9-40. 7 Mb ;Chr 17,69. 2-71. 3 Mb ;Chr 6,70. 8-71. I Mb ;Chr 12，93. 7 kb-1. 9Mb ；Chr 11,64. 3-64. 8 Mb ;Chr 19,57. 0-62. 2 Mb ;Chr 6,39. 1-39. 9 Mb ;Chr 11,64. 8-65. 7Mb ;Chr 11,61. 4-64. 3 Mb ;Chr 17,51. 5-53. 2 Mb ;Chr 17,43. 5-44. 9 Mb ;Chr 2，.147. 6-151. I Mb ；Chr 6，123. 7-135. 6 Mb ；Chr 8,6. 9-8. 8 Mb ；Chr 2，159. 9-161. 4 Mb ；Chr·2,200.9-204. 2 Mb ;Chr 6,36. 3-36. 7 Mb ;Chr 2,205. 9-208. I MbjPChr 1,109. 5-111. IMb。
72.權(quán)利要求68的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中所述拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。
73.權(quán)利要求72的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr5,62. 9-67.8 Mb5Chr 5，·53. 3-53. 8 Mb ；Chr 4，105. 8-107. 2 Mb ；Chr 16,45. 8-46. 3 Mb ；Chr 5,50. 7-52. 0 Mb ；Chr·5,94.2-96. I Mb ；Chr 9,36. 1-37. 0 Mb ；Chr 5,94. 2-96. I Mb ；Chrl4,51. 1-52. 8 Mb ；Chr·14,61.5-68. 6 Mb ;Chr 9,28. I Mb ;Chr 4,43.7-44.2 Mb ;Chr 5,60. 8-62. 9 Mb ;Chr 3，·120. 0-121. I Mb ；Chr 4,46. 2-48. 0 Mb ；Chr 14，38. 9-40. 0 Mb ；Chr 4,44. 2-44. 6 Mb ；Chr·2,213.7-214. 3 Mb ；Chrl4,43. 9-46. 6 Mb ; Chr 14,27. 6-28. 6 Mb ; Chr 3,98. 0-98. 3 Mb;Chrl4,55. 2-60. 0 Mb ；Chrl4,48. 7-51. I Mb ；Chr 4,81. 4-83. 2 Mb ；Chr 10,51. 9-54. 2 Mb ；Chr 5,55. 2-58. 6 Mb ;和 Chr 5,67. 8-68. 5 Mb。
74.權(quán)利要求68的方法，其中所述測(cè)試樣品包含組織樣品。
75.權(quán)利要求74的方法，其中所述組織樣品包含血液樣品、腫瘤組織或可疑腫瘤組織、薄層細(xì)胞學(xué)樣品、細(xì)針抽吸物樣品、肺洗滌樣品、胸腔積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋的組織樣品或由其中任何一種產(chǎn)生的提取物或加工的樣品。
76.權(quán)利要求74的方法，其中所述組織樣品包括肺組織樣品或包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外周血樣品。
77.權(quán)利要求68的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過原位雜交執(zhí)行。
78.權(quán)利要求77的方法，其中所述原位雜交用熒光標(biāo)記的核酸探針執(zhí)行。
79.權(quán)利要求77的方法，其中所述原位雜交用至少2種核酸探針執(zhí)行。
80.權(quán)利要求77的方法，其中所述原位雜交用肽核酸探針執(zhí)行。
81.權(quán)利要求68的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過聚合酶鏈反應(yīng)執(zhí)行。
82.權(quán)利要求68中任一項(xiàng)的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸測(cè)序測(cè)定執(zhí)行。
83.權(quán)利要求68的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸微陣列測(cè)定執(zhí)行。
84.權(quán)利要求68的方法，其中所述肺癌是非小細(xì)胞肺癌。
85.權(quán)利要求68的方法，其中所述癌癥選自鱗狀細(xì)胞癌、大細(xì)胞癌和腺癌。
86.權(quán)利要求68的方法，其中所述患者還用放射或手術(shù)或其組合進(jìn)行治療。
87.—種將患者分類為具有對(duì)于治療是抗性的肺癌的方法，其包括步驟 a)提供來自患者的測(cè)試樣品； b)測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)； c)針對(duì)關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的基線拷貝數(shù)2比較所述測(cè)試樣品中關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)，以測(cè)定所述患者中的所述癌癥后果標(biāo)記中拷貝數(shù)變化的存在或不存在；和 d)基于所述癌癥后果標(biāo)記中拷貝數(shù)變化的存在，將所述患者分類為具有對(duì)于治療是抗性的肺癌。
88.權(quán)利要求87的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中所述拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。
89.權(quán)利要求88的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr19，34. 7 Mb-35. 6 Mb ;Chr.19,38. 9-40. 7 Mb ;Chr 17,69. 2-71. 3 Mb ;Chr 6,70. 8-71. I Mb ;Chr 12,93. 7 kb-1. 9Mb ；Chr 11,64. 3-64. 8 Mb ;Chr 19,57. 0-62. 2 Mb ;Chr 6,39. 1-39. 9 Mb ;Chr 11,64. 8-65. 7Mb ;Chr 11,61. 4-64. 3 Mb ;Chr 17,51. 5-53. 2 Mb ;Chr 17,43. 5-44. 9 Mb ;Chr 2，.147. 6-151. I Mb ；Chr 6，123. 7-135. 6 Mb ；Chr 8,6. 9-8. 8 Mb ；Chr 2，159. 9-161. 4 Mb ；Chr.2,200.9-204.2 Mb ;Chr 6,36. 3-36.7 Mb ;Chr 2,205. 9-208.I Mb ;和 Chr 1,109. 5-111.IMb。
90.權(quán)利要求87的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中所述拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。
91.權(quán)利要求90的方法，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr5,62. 9-67.8 Mb5Chr 5，53. 3-53. 8 Mb ；Chr 4，105. 8-107. 2 Mb ；Chr 16,45. 8-46. 3 Mb ；Chr 5,50. 7-52. 0 Mb ；Chr5,94.2-96. I Mb ；Chr 9,36. 1-37. 0 Mb ；Chr 5,94. 2-96. I Mb ；Chrl4,51. 1-52. 8 Mb ；Chr14,61. 5-68. 6 Mb ;Chr 9,28. I Mb ;Chr 4,43.7-44.2 Mb ;Chr 5,60. 8-62. 9 Mb ;Chr 3，120. 0-121. I Mb ；Chr 4,46. 2-48. 0 Mb ；Chr 14，38. 9-40. 0 Mb ；Chr 4,44. 2-44. 6 Mb ；Chr2,213.7-214. 3 Mb ；Chrl4,43. 9-46. 6 Mb ; Chr 14,27. 6-28. 6 Mb ; Chr 3,98. 0-98. 3 Mb;Chrl4,55. 2-60. 0 Mb ；Chrl4,48. 7-51. I Mb ；Chr 4,81. 4-83. 2 Mb ；Chr 10,51. 9-54. 2 Mb ；Chr 5,55. 2-58. 6 Mb ;和 Chr 5,67. 8-68. 5 Mb。
92.權(quán)利要求87的方法，其中所述測(cè)試樣品包含組織樣品。
93.權(quán)利要求92的方法，其中所述組織樣品包含血液樣品、腫瘤組織或可疑腫瘤組織、薄層細(xì)胞學(xué)樣品、細(xì)針抽吸物樣品、肺洗滌樣品、胸腔積液樣品、新鮮冷凍組織樣品、石蠟包埋的組織樣品或由外周血樣品中的任何產(chǎn)生的提取物或加工的樣品。
94.權(quán)利要求92的方法，其中所述組織樣品包括肺組織樣品或包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外周血樣品。
95.權(quán)利要求86的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過原位雜交執(zhí)行。
96.權(quán)利要求94的方法，其中所述原位雜交用熒光標(biāo)記的核酸探針執(zhí)行。
97.權(quán)利要求94的方法，其中所述原位雜交用至少2種核酸探針執(zhí)行。
98.權(quán)利要求94的方法，其中所述原位雜交用肽核酸探針執(zhí)行。
99.權(quán)利要求87的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過聚合酶鏈反應(yīng)執(zhí)行。
100.權(quán)利要求87的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸測(cè)序測(cè)定執(zhí)行。
101.權(quán)利要求87的方法，其中所述測(cè)定步驟(b)通過核酸微陣列測(cè)定執(zhí)行。
102.權(quán)利要求87的方法，其中所述肺癌是非小細(xì)胞肺癌。
103.權(quán)利要求87的方法，其中所述癌癥選自鱗狀細(xì)胞癌、大細(xì)胞癌和腺癌。
104.權(quán)利要求87的方法，其中所述患者用化學(xué)療法、放射、手術(shù)或其任何組合進(jìn)行治療。
105.—種試劑盒，其包含 a)用于測(cè)定關(guān)于癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的試劑；和 b)用于執(zhí)行所述測(cè)試的說明書。
106.權(quán)利要求104的試劑盒，其中測(cè)定關(guān)于所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)變化的存在或不存在的所述試劑包含與至少部分所述癌癥后果標(biāo)記雜交的可檢測(cè)標(biāo)記的多核苷酸。
107.權(quán)利要求105的試劑盒，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其擴(kuò)增產(chǎn)生癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)增益，其中所述拷貝數(shù)增益與不良疾病后果相關(guān)。
108.權(quán)利要求106的試劑盒，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr19,34. 7 Mb-35. 6Mb ;Chr 19,38. 9-40. 7 Mb ;Chr 17,69. 2-71. 3 Mb ;Chr 6,70. 8-71. I Mb ;Chr 12,93. 7kb-1. 9Mb ；Chr 11，64. 3-64. 8 Mb ；Chr 19，57. 0-62. 2 Mb ；Chr 6，39. 1-39. 9 Mb ；Chr 11，.64.8-65.7 Mb ; Chr 11,61. 4-64. 3 Mb ; Chr 17,51. 5-53. 2 Mb ; Chr 17,43. 5-44. 9 Mb;Chr 2,147. 6-151. I Mb ;Chr 6,123. 7-135. 6 Mb ;Chr 8,6. 9-8. 8 Mb ;Chr 2,159. 9-161. 4Mb ; Chr 2,200. 9-204. 2 Mb ; Chr 6,36. 3-36. 7 Mb ; Chr 2,205. 9-208. I Mb;和 Chr 1，.109. 5-111. I Mb。
109.權(quán)利要求105的試劑盒，其中所述癌癥后果標(biāo)記是染色體DNA的區(qū)域，其缺失產(chǎn)生所述癌癥后果標(biāo)記的拷貝數(shù)喪失，其中所述拷貝數(shù)喪失與不良疾病后果相關(guān)。
110.權(quán)利要求108的試劑盒，其中所述癌癥后果標(biāo)記選自Chr5,62. 9-67.8 Mb ;Chr.5,53. 3-53. 8 Mb ;Chr 4,105. 8-107. 2 Mb ;Chr 16,45. 8-46. 3 Mb ;Chr 5，50. 7-52.0 Mb;Chr 5,94. 2-96. I Mb ；Chr 9,36. 1-37. 0 Mb ；Chr 5,94. 2-96. I Mb ；Chrl4,51. 1-52. 8 Mb ；Chr 14,61. 5-68. 6 Mb ；Chr 9,28.I Mb ；Chr 4,43. 7-44.2 Mb ；Chr 5,60. 8-62.9 Mb ；Chr.3,120. 0-121. I Mb ; Chr 4，46. 2-48.0 Mb ; Chr 14,38. 9-40. 0 Mb ; Chr 4,44. 2-44. 6 Mb;Chr 2,213. 7-214. 3 Mb ；Chrl4,43. 9-46. 6 Mb ;Chr 14,27. 6-28. 6 Mb ;Chr 3,98. 0-98. 3Mb ；Chrl4,55. 2-60. 0 Mb ；Chrl4,48. 7-51. I Mb ;Chr 4,81. 4 83. 2 Mb ;Chr 10，51. 9—54. 2Mb ；Chr 5,55. 2-58. 6 Mb ;和 Chr 5,67. 8-68. 5 Mb。
全文摘要
本公開內(nèi)容提供了用于鑒定早期非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)患者的方法，所述患者在手術(shù)切除后將具有肺癌復(fù)發(fā)的不利預(yù)后。該方法部分基于可以用于預(yù)后分類的染色體拷貝數(shù)異常的發(fā)現(xiàn)。該方法優(yōu)選使用具有熒光標(biāo)記的核酸探針的熒光原位雜交，以與患者樣品雜交，以定量這些遺傳基因座的染色體拷貝數(shù)。
文檔編號(hào)G01N33/574GK102656458SQ201080059371
公開日2012年9月5日 申請(qǐng)日期2010年10月25日 優(yōu)先權(quán)日2009年10月26日
發(fā)明者塞米納羅夫 D., S. 庫恩 J., 張 K., R. 列斯涅夫斯基 R., 盧欣 申請(qǐng)人:雅培制藥有限公司