京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記及應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及家禽育種領(lǐng)域，具體涉及一種京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記及應(yīng)用。本發(fā)明公開了脂聯(lián)素基因作為京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用。具體應(yīng)用方法是：提取待測樣本的雞基因組DNA，經(jīng)序列如SEQ?ID?NO：1-2的特異性引物擴增得到307bp的目的片段，目的片段直接測序，選擇具有1993GG/2013GG基因型個體。本發(fā)明方法利用Apn基因的2個SNP組合基因型對雞的產(chǎn)蛋數(shù)進行標(biāo)記輔助選擇，不受環(huán)境影響。
【專利說明】京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記及應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及家禽育種領(lǐng)域，具體涉及一種利用純合基因型提高雞產(chǎn)蛋數(shù)的方法。

【背景技術(shù)】
[0002]在種禽生產(chǎn)中，產(chǎn)蛋數(shù)作為種禽生產(chǎn)性能的一項重要指標(biāo)，與養(yǎng)殖場的效益戚戚相關(guān)，已越來越受到了國內(nèi)外飼養(yǎng)者的重視。常規(guī)育種方法在家禽遺傳改良中取得一定進展，國外的育種公司已用綜合指數(shù)選擇法來增加雞產(chǎn)蛋數(shù)，但它對數(shù)量性狀的選擇要在個體生長發(fā)育到一定時期，育種周期長，費用高。產(chǎn)蛋數(shù)屬于數(shù)量性狀，是由多基因控制的。隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展，遺傳學(xué)家和育種學(xué)家認(rèn)識到控制數(shù)量性狀的基因并非在基因組中隨機分布，且存在影響數(shù)量性狀的主效基因。目前，在育種中對雞產(chǎn)蛋數(shù)的篩選方法主要是通過數(shù)量遺傳學(xué)方法，而數(shù)量遺傳學(xué)方法進展緩慢，尋找到合適的DNA標(biāo)記用于輔助選擇能增強選擇的準(zhǔn)確性、縮短世代間隔，加快遺傳進展。
[0003]脂聯(lián)素(Adiponectin, Apn)是一種脂肪細胞特異表達的細胞因子,廣泛參與調(diào)節(jié)葡萄糖、脂肪酸代謝及抵抗炎癥反應(yīng)等生命活動。劉大林(2009)曾經(jīng)對脂聯(lián)素基因的部分5'側(cè)翼區(qū)和編碼區(qū)進行了分子遺傳學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)C1251G，C1608T, G1773A，A1782G，T1902C對雞的重要經(jīng)濟形狀有一定的影響，但是樣本含量僅為91，未研究G1993C和G2013A對雞重要經(jīng)濟性狀的影響。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004]本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一種利用純合復(fù)合基因型使雞產(chǎn)蛋數(shù)提高的方法，該方法利用Apn基因的2個SNP組合基因型對雞的產(chǎn)蛋數(shù)進行標(biāo)記輔助選擇，不受環(huán)境影響。
[0005]本發(fā)明的原理是:針對Apn基因設(shè)計I對引物，引物的擴增產(chǎn)物直接測序表明G1993C和G2013A。2個堿基突變單倍型與京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的相關(guān)分析表明，1993GG/2013GG基因型的產(chǎn)蛋數(shù)最多，顯著的高于 1993GG/2013AA, 1993GG/2013GA, 1993GC/2013GA, 1993GC/2013GG, 1993CC/2013GG(P<0.05)。該純合基因型能穩(wěn)定遺傳，選擇的檢測方法簡單快捷，且不受外界環(huán)境的影響，可以用于京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記。
[0006]本發(fā)明公開了脂聯(lián)素基因作為京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用。
[0007]本發(fā)明所說的應(yīng)用方法具體是:提取待測樣本的雞基因組DNA，經(jīng)序列如SEQ IDNO:1-2的特異性引物擴增得到307bp的目的片段，目的片段經(jīng)直接測序，根據(jù)測序結(jié)果選擇具有特定堿基組合的個體對待測樣本產(chǎn)蛋數(shù)多少進行判斷(即選擇1993G/2013G單倍型的個體，也就是在1993和2013bp處均為G堿基的純合個體)

【專利附圖】

【附圖說明】
[0008]圖1是引物的PCR擴增產(chǎn)物(307bp)電泳檢測結(jié)果。圖中1，2，3，4，5為307bp產(chǎn)物，6 為 Marker。
[0009]圖2是1993GG/2013GG純合基因型測序圖。
[0010]圖3是1993CC/2013GG純合基因型測序圖。
[0011]圖4是1993GG/2013AA純合基因型測序圖。
[0012]圖5是1993CC/2013AA純合基因型測序圖。

【具體實施方式】
[0013]實施例1
[0014]1.試驗材料
[0015]524只京海黃雞血樣采自江蘇京海禽業(yè)集團有限公司，翅靜脈采集血樣1.5mL，肝素鈉抗凝，_20°C保存。用酚氯仿抽提法提取基因組DNA，溶于TE，對基因組DNA進行濃度測定后備用。
[0016]2.引物設(shè)計和PCR擴增
[0017]2.1PCR擴增引物的設(shè)計
[0018]分別根據(jù)GenBank中已發(fā)表雞的Apn外顯子序列(登錄號:AY786316)設(shè)計I對引物。擴增產(chǎn)物大小分為307bp。引物序列如下:
[0019]F:5，-CGAGCAGAACCACTACGACA-3’ (SEQ ID NO:1)
[0020]R:5，-GTACAGGAGGAAGCCCATGA-3’ (SEQ ID NO:2)
[0021]2.2PCR 擴增
[0022]PCR 擴增反應(yīng)體系為 20μ L:10Xbuffer(25mmol/L)2y L ;Mg2+(10pmol/μ L) 2.2 μ L ；dNTPs (2.5mmol/L) 0.8 μ L, DNA 模板 I μ L，弓丨物(均為 I Opmo I/L)各 I μ L，TaqDNA聚合酶(5U/μ L) 0.2 μ L，雙蒸水11.8μ L。擴增程序:94°C預(yù)變性5min ;94°C變性308，581:退火308，721:延伸308，30個循環(huán)；最后72°C延伸lOmin，10°C保存。用丙烯酰胺凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物(圖1)。
[0023]2.3測序檢測
[0024]PCR擴增產(chǎn)物測序表明，1993bp處發(fā)生了 G > C和2013bp處發(fā)生了 G > A，但編碼氨基酸不改變，屬于同義突變(圖2，圖3，圖4，圖5)。
[0025]2.4Apn基因不同基因型對京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的效應(yīng)分析
[0026]配合下列模型分析Apn基因型對京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的影響:Y = μ +Apn基因的基因型效應(yīng)+殘差效應(yīng)。京海黃雞1993GG/2013GG基因純合基因型與其他基因型產(chǎn)蛋數(shù)的比較見表1。
[0027]表1京海黃雞1993GG/2013GG純合基因型與其他基因型產(chǎn)蛋數(shù)的比較
[0028]

【權(quán)利要求】
1.脂聯(lián)素基因作為京海黃雞產(chǎn)蛋數(shù)的分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于:提取待測樣本的雞基因組DNA，經(jīng)序列如SEQ ID NO:1-2的特異性引物擴增得到307bp的目的片段，目的片段直接測序，選擇具有1993GG/2013GG基因型個體。
【文檔編號】C12Q1/68GK104131114SQ201410419866
【公開日】2014年11月5日 申請日期:2014年8月22日 優(yōu)先權(quán)日:2014年8月22日
【發(fā)明者】俞亞波, 顧云飛, 顧玉萍, 王金玉, 陳建平, 朱新飛 申請人:江蘇京海禽業(yè)集團有限公司