專利名稱：用于檢測發(fā)生頜骨壞死風險因子的方法和試劑盒及其治療方法
用于檢測發(fā)生頜骨壞死風險因子的方法和試劑盒及其治療方法對相關(guān)申請的交叉引用本申請要求2010年I月6日提交的美國臨時申請序列No. 61/292,730的利益，其全部公開內(nèi)容通過引用特此引入本文，包括所有圖、表、氨基酸和核酸序列；本申請也是2009年7月7號提交的國際申請No. PCT/US2009/049767的部分繼續(xù)申請，其要求2008年7月7日提交的美國臨時申請No. 61/078，680的利益，其各個的公開內(nèi)容通過引用特此引入本文，包括所有圖、表、氨基酸和核酸序列。 發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明一般地涉及分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。更特別的是，本發(fā)明涉及用于評估接受或被開具二膦酸鹽處方的人中頜骨壞死風險的遺傳多態(tài)性與血清中蛋白質(zhì)的表達。
背景技術(shù)：
二膦酸鹽類在許多癌癥患者處方用于減輕骨痛、骨破壞及高鈣血癥，或在骨質(zhì)疏松個體中處方用于減少骨損失。二膦酸鹽類是抑制破骨細胞(骨再吸收細胞)的活性和功能并擾亂成骨細胞(骨形成細胞)的分化的一類藥物。二膦酸鹽有兩種類型含氮和非含氮的二膦酸鹽。二膦酸鹽類抑制骨再吸收，并因此通過抑制破骨細胞的募集和活性因而縮短其壽命而抑制骨重建。IV 二膦酸鹽類主要用于治療與多發(fā)性骨髓瘤和其他惡性腫瘤的骨轉(zhuǎn)移相關(guān)的骨侵蝕和高鈣血癥?？诜⑺猁}類也用來防止骨損失和處方用于骨質(zhì)疏松癥患者。2003年Marx首次報道了接受二膦酸鹽帕米膦酸(Aredia . ; NovartisPharmaceuticals)和唑來勝酸(Zometa ; Novartis Pharmaceuticals)的患者頜骨疼痛問題。從那時起，一些作者報道了另外的案例并且很多牙科專家尤其是口腔和上頜面外科醫(yī)生已經(jīng)確認了許多未公布的案例。二膦酸鹽類通常在數(shù)以百萬計的絕經(jīng)后婦女中處方用于穩(wěn)定由于骨質(zhì)疏松癥引起的骨損失。骨質(zhì)疏松癥的治療策略是抑制破骨細胞對松質(zhì)骨(trabecularbone)的再吸收，從而保持其密度。為此，開具口服二膦酸鹽的處方并包括依替膦酸鹽(Didronel ;Procter 和 Gamble)、利塞勝酸鹽(Actonel ;Procter 和 Gamble)、替魯勝酸鹽(Skelid ;Sanofi-Synthe Lab Inc)和阿倫膦酸鹽(Fosamax ;Merck)。更有效的二膦酸鹽靜脈內(nèi)施用并表明穩(wěn)定沉著于骨中的轉(zhuǎn)移癌(主要是乳腺癌和前列腺癌)，并治療多發(fā)性骨髓瘤的骨再吸收缺陷和糾正嚴重的高鈣血癥。它們是帕米膦酸和唑來膦酸。除了本文提到的藥物夕卜，已知一些其他的二膦酸鹽是在美國還未廣泛使用或仍然處于實驗階段。最近的報告表明，二膦酸鹽的使用和頜骨壞死之間有相關(guān)性。二膦酸鹽引起的頜骨壞死(BONJ)是患者亞群中的病態(tài)骨障礙。二膦酸鹽使用者中表現(xiàn)出這種并發(fā)癥的生理機制仍然未知。因為與他們的日?；顒雍脱例X(它們指導(dǎo)牙周膜周圍的牙周骨重建)的存在相關(guān)，頜骨具有比其他骨骼更大的血液供應(yīng)和更快的骨更新率，因此二膦酸鹽高度集中于頜骨中。與慢性侵入性牙科疾病和治療及骨上的薄粘膜關(guān)聯(lián)，這種二膦酸鹽的解剖學(xué)集中導(dǎo)致這種情況只在頜骨中出現(xiàn)。因此，頜骨中外露的骨是這些二膦酸鹽類對骨的日常重建和更新發(fā)揮作用的直接結(jié)果。成骨細胞和骨細胞存活僅約150天。如果在其死亡時，礦物基質(zhì)沒有被破骨細胞(其釋放骨形態(tài)發(fā)生蛋白和胰島素樣生長因子的細胞因子以從干細胞群誘導(dǎo)新的成骨細胞)再吸收，骨單位變成非蜂窩狀的和壞死的。骨內(nèi)的小毛細血管消退，因而骨變成無血管的。上覆粘膜的自發(fā)破壞、某些形式的損傷或頜骨的侵入性手術(shù)通常會導(dǎo)致這種壞死的骨暴露，其之后未能痊愈。觀察到的和報道的大多數(shù)BONJ病例是IV 二膦酸鹽治療的患者，但也報道幾個與口服二膦酸鹽相關(guān)的病例(Reid, Bone, 44 (I) :4-10, 2009) 0雖然高達13%的接受IV 二膦酸鹽治療的患者發(fā)生B0NJ，口服二膦酸鹽的估計值是I : 10，000至I : 100,000。雖然對照的、隨機的、前瞻性的、盲法的研究來證明二膦酸鹽治療與骨外露之間的特定因果關(guān)系是不可能的，藥物帕米膦酸、唑來膦酸和更少用的阿倫膦酸鹽已顯示出直接的相關(guān)性。大多數(shù)BONJ病例是在具有骨轉(zhuǎn)移的癌癥患者中診斷出來的。然而，在骨質(zhì)疏松癥口服治療后也報道了 BONJ病例。因此，總?cè)丝谥械囊淮蟛糠?例如，絕經(jīng)婦女和癌癥患者) 可能處于風險之中。發(fā)明概述本文描述了用于確定患者的BONJ易感性的遺傳基礎(chǔ)的方法，用于鑒別在二膦酸鹽施用后易感BONJ的患者的方法和試劑盒，和用于使醫(yī)生根據(jù)BONJ患者的基因組(“個性化/定制醫(yī)療”)和血清蛋白表達制訂治療方案的工具。本文還描述了患者的生物液(如血清、唾液)中的表達可能與BONJ相關(guān)并且可用已知方法檢測(例如，Western印跡、ELISA等等)的蛋白質(zhì)。本文所述的方法包含使用候選基因途徑鑒別造成BONJ發(fā)生的基因。采用了病例對照設(shè)計的研究，其包括研究患有BONJ和未患BONJ的患者中基因(例如，表達和特定的SNP)和血清蛋白表達的效應(yīng)。因此，本文描述了鑒別二膦酸鹽施用后易患BONJ的受試者的方法，該方法包括以下步驟(a)從受試者獲得樣品；(b)分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因、由該至少一個基因編碼的蛋白質(zhì)或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在；和(c)將樣品中作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的基因、蛋白質(zhì)或SNP的存在與受試者的BONJ易感性相關(guān)聯(lián)。樣品可包括，例如，血液、血清、血漿或唾液。該至少一個基因可以是表I、表3或表11所示的基因，且該至少一個SNP可以是表I、表3或表11所示的SNP。該至少一個基因可以包括，例如，COLlAURANK、MMP2、0PG或0PN。在一些實施方案中，該基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG或OPN中的二個、三個、四個或所有五個基因。在一些實施方案中，該至少一個基因包括OPG、OPN或二者。該至少一個 SNP 可以是，例如，rsl2458117(SEQ ID NO : I)、rs243865 (SEQ ID NO:2)、rsl800012(SEQ ID NO : 15)、rs2073618 (SEQ ID NO :24)或 rsll730582 (SEQ ID NO:26)。在一些實施方案中，該 SNP 包括 rsl2458117(SEQ ID NO : I)、rs243865 (SEQ ID NO :2)、rsl800012(SEQ ID NO :15)、rs2073618 (SEQ ID NO :24)和rsll730582 (SEQ ID NO :26)中的兩個、三個、四個或所有五個SNP。在一些實施方案中，該至少一個SNP包括rs2073618 (SEQID NO :24)、rsll730582(SEQ ID NO :26)或這兩者。分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因、由該至少一個基因編碼的蛋白質(zhì)或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在的步驟可以包括使用微陣列檢測該至少一個基因或至少一個SNP的存在本文還描述了在易感BONJ且接受二膦酸鹽治療的受試者中防止BONJ的方法，該方法包括以下步驟(a)從受試者獲得樣品；(b)分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因、由該基因編碼的蛋白質(zhì)或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在；(c)將樣品中作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個基因、蛋白質(zhì)或至少一個SNP的存在與受試者的BONJ易感性相關(guān)聯(lián)；和(d)向受試者施用與BONJ不相關(guān)的二膦酸鹽或與其它二膦酸鹽相比更少可能性引起B(yǎng)ONJ的二膦酸鹽、以比常規(guī)處方更低的劑量或更低的頻率向受試者施用二膦酸鹽?？梢砸匀魏螌τ谔囟ǖ闹苿┖线m的途徑向受試者施用二膦酸鹽(例如，靜脈內(nèi)、口服)。樣品可包括，例如，血液、血清、血漿或唾液。該至少一個基因可以是表I、表3或表11所示的基因且該至少一個SNP可以是表I、表3或表11所示的SNP。該至少一個基因可以包括，例如，COLlAl、RANK、MMP2、0PG或0PN。在一些實施方案中，該基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG或OPN中的二個、三個、四個或所有五個基因。在一些實施方案中，該至少一個基因包括OPG、OPN或這二者。該至少一個 SNP 可以是，例如，rsl2458117(SEQ ID NO :1)、rs243865 (SEQ ID NO:2), rsl800012(SEQ ID NO : 15)、rs2073618 (SEQ ID NO :24)或 rsl 1730582 (SEQ ID NO:26)。在一些實施方案中，該 SNP 包括 rsl2458117(SEQ ID NO : I)、rs243865 (SEQ ID NO :2)、rsl800012(SEQ ID NO :15)、rs2073618 (SEQ ID NO :24)和rsll730582 (SEQ ID NO :26)中的兩個、三個、四個或所有五個SNP。在一些實施方案中，該至少一個SNP包括rs2073618 (SEQID NO :24)、rsll730582(SEQ ID NO :26)或這二者。分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因、由該至少一個基因編碼的蛋白質(zhì)或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在的步驟可以包括使用微陣列檢測該至少一個基因或至少一個SNP的存在。本文進一步描述了用于鑒別在二膦酸鹽施用后易患BONJ的受試者的試劑盒。該試劑盒包含(a)具有多個附著于其上的核酸的固體載體，其中至少一個核酸與具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的基因特異性雜交；(b)檢測試劑；和(c)使用說明?；蚩梢允潜鞩、表3或表11所示的基因并且SNP可以是表I、表3或表11所示的 SNP?；蚩梢园?，例如，C0L1A1、RANK、MMP2、0PG*0PN。在一些實施方案中，基因包括C0L1A1、RANK、MMP2、0PG或OPN中的兩個、三個、四個或所有五個基因。在一些實施方案中，該至少一個基因包括OPG、OPN或這二者。該至少一個SNP可以是，例如，rsl2458117(SEQID NO :1)、rs243865(SEQ ID NO 2), rsl800012 (SEQ ID NO : 15)、rs2073618 (SEQ ID NO:24)或 rsll730582(SEQ ID NO :26)。在一些實施方案中，該 SNP 包括 rsl2458117 (SEQ IDNO :1)、rs243865(SEQ ID NO :2)、rsl800012 (SEQ ID NO : 15)、rs2073618 (SEQ ID NO :24)和rsll730582(SEQ ID NO :26)中的兩個、三個、四個或所有五個SNP。在一些實施方案中，該至少一個 SNP 包括 rs2073618(SEQ ID NO :24)、rsll730582 (SEQ ID NO :26)或這二者。本文也描述了用于評估二膦酸鹽治療后患者發(fā)生BONJ的風險的方法，包括a)從受試者獲得生物樣品山)檢測所述樣品中的一個或多個BONJ相關(guān)的生物標志物，其中該生物標志物與表I、表3或表11中所示的一個或多個基因相關(guān)或所述生物標志物與所述基因編碼的一個或多個多肽相關(guān)，從而產(chǎn)生生物標志物數(shù)據(jù)集；c)將該生物標志物數(shù)據(jù)集與健康人群和患有BONJ的人群的生物標志物數(shù)據(jù)比較；和確定受試者發(fā)生BONJ的風險。在該方法中，至少一個生物標志物可以是存在于表I、表3或表11所不的基因中的SNP,與表I、表3或表11所示的一個或多個SNP標志物相關(guān)的至少一個BONJ相關(guān)多態(tài)性位點或表I、表3或表11所不的基因的表達產(chǎn)物。至少一個生物標志物可以是與表I、表3或表11所不的一個或多個SNP標志物完全連鎖不平衡的SNP。本文還進一步描述了用于鑒別二膦酸鹽施用后易感BONJ的受試者的方法。該方法包括以下步驟(a)從受試者獲得樣品；(b)分析樣品的參與骨穩(wěn)態(tài)的蛋白質(zhì)的表達；和(c)將該蛋白質(zhì)的表達與受試者的BONJ易感性相關(guān)聯(lián)。參與骨穩(wěn)態(tài)的蛋白質(zhì)可以是PTH、胰島素、TNF-α、瘦素、0PN、0C、0PG和IL6中的一種?？梢苑治鰳悠芬源_定該蛋白質(zhì)的過表達。在該方法中，該蛋白質(zhì)可以是與表4中所列的蛋白質(zhì)具有至少90%的氨基酸序列同一性的蛋白質(zhì)。任選地，本發(fā)明的上述方法還包括確定是否受試者有其他的遺傳的(例如，基于基因、SNP和/或蛋白質(zhì)的存在)或非遺傳的(例如，生活方式因素，如吸煙史)發(fā)生BONJ的預(yù)測風險因素。 除非另有界定，此處使用的所有技術(shù)術(shù)語具有如本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員通常理解的相同的含義。如本文所述，單數(shù)形式“一”、“一種”、“及”和“該”包含復(fù)數(shù)指代，除非上下文明確規(guī)定并非如此。因此，例如，“一個SNP”的指代包含多個SNP ( S卩，至少一個SNP)，“一個基因”的指代包括多個基因(即，至少有一個基因)，等等。如本文所使用“核酸”、“核酸分子”或“多核苷酸”是指兩個或多個核苷酸的鏈，如RNA(核糖核酸)和DNA(脫氧核糖核酸)。“純化的”核酸分子是從與該核酸自然存在的細胞或生物體中的其它核酸序列實質(zhì)分離或隔離的核酸(例如，30、40、50、60、70、80、90、95、96、97、98、99、100%不含污染物)。該術(shù)語包括，例如，整合到載體、質(zhì)粒、病毒或者原核生物或真核生物的基因組中的重組核酸分子。術(shù)語“基因”是指編碼特定蛋白質(zhì)的核酸分子，或在某些情況下，指功能或結(jié)構(gòu)的RNA分子。例如，COLlAl基因編碼COLlAl蛋白質(zhì)。如本文所使用“蛋白質(zhì)”或“多肽”是同義的，是指肽鍵的氨基酸鏈，而不論其長度或翻譯后修飾，如糖基化或磷酸化。當提及核酸分子或多肽時，術(shù)語“天然的”是指自然發(fā)生(例如，野生型)的核酸或多肽。術(shù)語“骨橋蛋白”或“0ΡΝ”或“0ΡΝ多肽”是指OPN基因的表達產(chǎn)物，如與天然人類骨橋(OPN)蛋白具有至少65% (但優(yōu)選75、80、85、90、95、96、97、98或99% )的氨基酸序列同一性并顯示出天然OPN蛋白的功能活性的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)的“功能活性”是與該蛋白質(zhì)的生理功能相關(guān)的任何活性。對于本文所述的其它蛋白質(zhì)(例如，甲狀旁腺激素(PTH)、胰島素、TNF-a、骨鈣蛋白(OC)、骨保護素(OPG)等等)，與這些另外的蛋白相關(guān)的術(shù)語含義相似。如本文所使用“序列同一性”是指當兩個序列在進行比對以最大化亞單元匹配，即考慮間隙和插入時，兩個序列中相應(yīng)位置的相同亞單元的百分比。當兩個序列中的亞單元位置都被相同的核苷酸或氨基酸占據(jù)時則存在序列同一性，例如，如果兩個DNA分子中的給定位置都被腺嘌呤占據(jù)，那么該分子在該位置為相同。例如，如果在長度為10個核苷酸的序列中7個位置與第二個10-核苷酸序列中相應(yīng)的位置相同，那么這兩個序列有70%的序列同一性。序列同一性通常采用序列分析軟件測定(例如，遺傳學(xué)計算機組的序列分析軟件包(Sequence Analysis Software Package of the Genetics Computer Group),威斯康星大學(xué)生物技術(shù)中心，1710 University Avenue, Madison, Wis. 53705)。本發(fā)明中的“生物標志物”是指在表I、3或11中公開的SNP標志物或者指表I、3或11中公開的基因或與其緊密連鎖的位點的多態(tài)性或者指與表1、3或11中所示的基因相關(guān)的且與取自未患BONJ的受試者的相當樣品相比在取自患有BONJ的受試者(患者)的樣品中差異表達的有機生物分子?！坝袡C生物分子”是指生物源的有機分子，例如，類固醇、氨基酸、核苷酸、糖類、多肽、多核苷酸、復(fù)合碳水化合物或脂質(zhì)。如果一個樣品中的生物標志物在量、結(jié)構(gòu)、功能或生物活性上與另一 樣品中的生物標志物的量、結(jié)構(gòu)、功能或生物活性上存在統(tǒng)計學(xué)顯著的差異，那么在兩個樣品之間該生物標志物是差異存在的。作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的一個或多個基因、SNP或蛋白質(zhì)可以與BONJ易感性相關(guān)聯(lián)，以使得他們在生物樣品(如血液、血清、血漿或唾液)中的存在表示易感B0NJ。本文所述“單倍型”是指遺傳標志物(“等位基因”)的任何組合。單倍型可以包含兩個或多個等位基因并且包含單倍型的基因組區(qū)域的長度可以是從幾百個堿基到幾百個kb。如本領(lǐng)域技術(shù)人員所公認的，相同的單倍型可以通過確定限定來自不同核酸鏈的等位基因的單倍型而不同地描述。本文所述的單倍型在個體之間是有差異的，在患有BONJ或具有比未患BONJ的個體更高的BONJ風險的個體中是差異存在的。因此，這些單倍型對于個體的BONJ或BONJ風險的評估、診斷和預(yù)后具有診斷價值?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域已知用于檢測多態(tài)性位點的核苷酸的方法檢測單倍型。本文所述的單倍型(例如具有如表1、3或11中所示的那些標志物)在患有BONJ或具有比未患BONJ的個體更高的BONJ風險的個體中更頻繁地發(fā)現(xiàn)。因此，這些單倍型對于檢測個體的BONJ或BONJ易感性(更高的風險)具有預(yù)測價值。在群體中可能存在超過一種序列的基因組中的核苷酸位置在本文是稱為“多態(tài)性位點”或“多態(tài)性”。在多態(tài)性位點長度上是單核苷酸的情況中，該位點稱為SNP。例如，如果在特定的染色體位置，群體的一個成員具有腺嘌呤而群體的另一個成員在同一位置具有胸腺嘧啶，那么該位置就是多態(tài)性位點，并且更明確地說該多態(tài)性位點是SNP。多態(tài)性位點可以是由于插入、缺失、轉(zhuǎn)換或易位產(chǎn)生的長度為幾個核苷酸。關(guān)于多態(tài)性位點的序列各個形式被稱為多態(tài)性位點的“等位基因”。因此，在前述的實例中，該SNP允許腺嘌呤等位基因和胸腺嘧啶等位基因。具有如本文所述的新型BONJ相關(guān)性的SNP標志物(例如，在表1、3或11中)具有由國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)分配給各個獨特SNP的官方參考SNP (rs) ID身份標簽。各個rs ID已經(jīng)與人類基因組的特定核苷酸位置中存在的特定的可變等位基因關(guān)聯(lián)，并且核苷酸位置用各個SNP側(cè)翼的核苷酸序列來指明。例如具有rs ID rsl800211的C0L1A1SNP位于17號染色體中，可變等位基因是A和C，并且指定為rsl800211的核苷酸序列是SEQ IDNO :3。本文所使用“等位基因”可以指在SNP位置的核苷酸(其中根據(jù)SNP的固有定義，在該SNP位置群體中存在至少兩種可選的核苷酸)，或者對于cSNP，可以指由包含該SNP位置的密碼子編碼的氨基酸殘基(其中群體中該SNP位置存在的可選核苷酸形成編碼不同氨基酸殘基的可選密碼子)。本文中“等位基因”也可指“變體”。此外，由包含特定的SNP的密碼子編碼的氨基酸殘基可以簡稱為由該SNP編碼?！疤结槨被颉耙铩笔且詨A基特異方式與核苷酸分子的互補鏈雜交的寡核苷酸?！皦A基特異方式”是指兩個序列必須具有足以使引物或探針與其特異靶序列雜交的程度的核苷酸互補性。因此，引物或探針序列不必需與模板序列完全互補。非互補堿基或修飾的堿基可以插入到引物或探針中，只要堿基替換不抑制雜交。核酸模板也可以包括引物或探針對其具有不同程度的互補性的“非特異性啟動序列”或“非特異性序列”。探針和引物可以包括修飾的堿基如在多肽核酸中。探針或引物通常包括約15至30個連續(xù)核苷酸，并且他們可以進一步包括可檢測的標記，例如，放射性同位素、熒光化合物、酶或酶的輔因子。用于表
1、3或11中公開的SNP標志物的探針和引物可以在市面買到或很容易使用對于SNP rs ID指定的側(cè)翼核苷酸序列和標準的探針和引物設(shè)計工具來設(shè)計。用于表1、3或11中公開的SNP標志物的探針和引物可以應(yīng)用于風險評估以及本文所述的分子診斷方法和試劑盒中。本文所使用“陣列”、“微陣列”和“DNA芯片”可以互換使用，是指固定在基質(zhì)(例 如玻璃、塑料、紙、尼龍或其他類型的膜、過濾器、芯片或任何其他合適的固體載體)上的不同多核苷酸的陣列。多核苷酸可直接在基質(zhì)上合成或與基質(zhì)分離地合成并隨后固定到基質(zhì)上?？梢酝ㄟ^很多方法合成或使用微陣列，包括美國專利No. 5，837，832 (Chee等)、PCT申請 TO95/ll"5(Chee 等)、Lockhart，D. J.等(Nat. Biotech. 14 :1675-1680,1996)和Schena, Μ.等(Proc. Natl. Acad. Sci. ,93 :10614-10619，1996)中所描述的方法，所有這些都引用以其全部內(nèi)容納入本文。在其他實施方案中，這些陣列可以通過Brown等美國專利No. 5，807, 522中描述的方法制備。短語“風險基因”、“疾病的風險基因”和“疾病基因座”意思是造成發(fā)生疾病的可能性增加的遺傳變異。術(shù)語“患者”、“受試者”和“個體”在本文中可互換使用，且指待治療和/或由其獲得生物樣品的哺乳動物(如人類)受試者。雖然與本文所述方法和試劑盒相似或等同的方法和試劑盒可用于實施或測試本發(fā)明中，但合適的方法和試劑盒如下所述。本文提及的所有出版物、專利申請、專利和其他參考文獻通過引用完整納入本文。在存在沖突的情況下，本說明書(包括定義)優(yōu)先。下面討論的具體實施方案僅是說明性的，并不有意進行限制。附圖
簡要說明圖I是使用Zometa. (zoledronate,Novartis)治療的多發(fā)性骨髓瘤患者的下顎骨中發(fā)生疼痛的未治愈的壞死頜骨外露的人口腔的照片。序列簡要說明SEQ ID NO :1是腫瘤壞死因子受體超家族成員lla，NFKB激活因子(TNFRSF11A(等級RANK))基因的指定為SNP rsl2458117的核苷酸序列。SEQ ID NO :2是基質(zhì)金屬肽酶(MMP2)基因的指定為SNP rs243865的核苷酸序列。SEQ ID NO :3是I型，α I膠原蛋白(C0L1A1)基因的指定為SNPrs 1800211的核苷酸序列。SEQ ID NO 4是破骨細胞相關(guān)受體(OSCAR)基因的指定為SNPrs4147630的核苷酸序列。
SEQ ID NO :5是組織蛋白酶K(CTSK)基因的指定為SNP rsl0788796的核苷酸序列。SEQ ID NO :6是轉(zhuǎn)化生長因子，β I (TGFBl)基因的指定為SNPrsl800471的核苷酸序列。SEQ ID NO 7是RANK基因的指定為SNP rsl805034的核苷酸序列。SEQ ID NO :8是NFKB配體的受體激活因子(RANKL)基因的指定為SNP rs9562415的核苷酸序列。SEQ ID NO 9是白介素_6(IL6)基因的指定為SNP rs2069830的 核苷酸序列。SEQ ID NO 10是維生素D受體(VDR)基因的指定為SNP rs2228570的核苷酸序列。SEQ ID NO 11是VDR基因的指定為SNP rs731236的核苷酸序列。SEQ ID NO 12是侏儒癥相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子2 (RUNX2)基因的指定為SNPrsl 1498198的核苷酸序列。SEQ ID NO : 13是CYP2C8基因的指定為SNP rsl934980的核苷酸序列。SEQ ID NO : 14是CYP2C8基因的指定為SNP rsl934951的核苷酸序列。SEQ ID NO : 15是COLlAl基因的指定為SNP rsl800012的核苷酸序列。SEQ ID N0:16是甲狀旁腺素(PTH)的氨基酸序列。SEQ ID NO : 17是胰島素的氨基酸序列。SEQ ID NO: 18 是 TNF-α 的氨基酸序列。SEQ ID NO : 19是瘦素的氨基酸序列。SEQ ID NO :20是骨鈣蛋白(OC)的氨基酸序列。SEQ ID NO 21是骨保護素(OPG)的氨基酸序列。SEQ ID NO: 22是骨橋蛋白(OPN)的氨基酸序列。SEQ ID NO :23是白介素_6(IL6)的氨基酸序列。SEQ ID NO :24是腫瘤壞死因子受體超家族，成員Ilb(TNFRSFllB)基因(OPG)的指定為SNP rs2073618的核苷酸序列。SEQ ID NO :25 是 TNFRSF11B 基因(OPG)的指定為 SNP rs3102735 的核苷酸序列。SEQ ID NO :26是分泌型磷蛋白I (SPPl)基因(OPN)的指定為SNPrsl 1730582的核苷酸序列。SEQ ID NO 27是SPPl基因(OPN)的指定為SNP rs28357094的核苷酸序列。SEQ ID NO :28是腫瘤壞死因子(TNF)基因的指定為SNP rsl800629的核苷酸序列。本發(fā)明的詳細說明本發(fā)明涉及確認在接受二膦酸鹽治療或可能接受二膦酸鹽治療的患者或受試者中發(fā)生BONJ的風險因子。本文描述的是確定BONJ的遺傳藥理學(xué)、藥代動力學(xué)和細胞學(xué)基礎(chǔ)的方法。本文還描述了用于確認患者的BONJ易感性的遺傳基礎(chǔ)的方法和試劑盒，及鑒別二膦酸鹽施用后易發(fā)生BONJ的患者的方法以用于開發(fā)為醫(yī)生提供了基于患者的基因組為BONJ患者制訂治療方案(“個性化/定制醫(yī)學(xué)”)的工具。單倍型標記的SNP方法用來分析參與骨吸收和破壞的候選基因和用來檢驗遺傳變型為BONJ易感性的影響。采用分子細胞技術(shù)檢查BONJ的骨生物標志物。本文所述方法可以用來確定患者對于BONJ的遺傳易感性的差異以及患者之間造成這些患者從其體內(nèi)清除二膦酸鹽方面的差異的遺傳差異。確定這些遺傳差異提供了用于治療BONJ的藥物監(jiān)測的改進、BONJ預(yù)防的改進和此類個體的治療的優(yōu)化。任選地，本發(fā)明的方法還包括確定受試者是否具有發(fā)生BONJ的其它遺傳(例如，基于基因、SNP和/或蛋白質(zhì)的存在)或非遺傳(例如，生活方式因素，如吸煙史)的預(yù)測風險因子。以下描述的優(yōu)選實施方案說明了這些方法和試劑盒的適用。盡管如此，從這些實施方案的描述中，本發(fā)明的其他方面可以根據(jù)下面提供的描述來進行和/或?qū)嵤２牧吓c方法
本文描述了涉及常規(guī)分子生物學(xué)技術(shù)的方法。這些技術(shù)一般是本領(lǐng)域已知的并且在方法學(xué)論文中有詳細描述，如 Molecular Cloning A Laboratory Manual, 3rd ed.,vol. 1-3,ed. Sambrook 等，Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,2001 ；和 Current Protocols in Molecular Biology, ed. Ausubel GreenePublishing and ffiley-Interscience, New York, 1992 (with periodic updates)。進行SNP和單倍型分析的方法以及基因分型技術(shù)在,例如，Computational Methods for SNPsand Haplotypes, 1st ed. , S. Istrail 等，Springer Press, Totowa, N. J. , 2004 ；N. ManiatisMethods Mol. Biol. 376 :109-121, 2007 ;Genetic Analysis of Complex Disease byJonathan L. Haines和Margaret A. Pericak-Vance, 2nded. , 2006, Wiley-Liss Publishing,Hoboken, NJ ;和 Single Nucleotide Polymorphisms Methods and Protocols(Methods inMolecular Biology)by Pui-Yan Kwok,1st ed. ,2002, Humana Press, New York, New York中有描述。全基因組相關(guān)性研究綜述于Pearson和Manolio，JAMA vol. 299 :1335-1344,2008 中。單核苷酸多態(tài)性(SNP)遺傳序列的多種形式的并存導(dǎo)致了遺傳多態(tài)性，包括SNP。SNP是群體中存在不同的等位基因或可選的核苷酸的DNA中的單個堿基位置，并且是基因組中遺傳變異的最常見的形式。SNP位置(本文中可互換地稱為SNP、SNP位點、SNP基因座、SNP標志物、生物標志物或標志物)通常在前面或后面具有等位基因的高度保守序列(例如，在群體中不到1/100或1/1000的成員發(fā)生變化的序列)。個體對應(yīng)各個SNP位置的等位基因可以是純合的或雜合的。在一些實施方案中，SNP是指“cSNP”以表示包含SNP的核苷酸序列是氨基酸編碼序列。SNP可以是由多態(tài)性位點處一個核苷酸置換成另一個核苷酸引起的。置換可以是轉(zhuǎn)換或顛換。轉(zhuǎn)換是一個嘌呤核苷酸被另一個嘌呤核苷酸取代，或一個嘧啶核苷酸被另一嘧啶核苷酸取代。顛換是嘧啶取代嘌呤，反之亦然。SNP也可以是單個堿基的插入或缺失變型，稱為 “indel” (Weber 等，Am. J. Hum. Genet. 71 :854-62,2002)。如本文所使用的，所稱的SNP或SNP基因型包括單個SNP和/或單倍型(其是通常共同遺傳的SNP的組)。與單個SNP相比，單倍型可能與疾病或其他的表型效應(yīng)具有更強的相關(guān)性，并因此在某些情況下，可以提供更高的診斷準確性。致病性SNP是在基因表達中或在基因產(chǎn)物的表達、結(jié)構(gòu)和/或功能中發(fā)生改變那些，并因此成為最有預(yù)測性的可能的臨床表型。這樣的一類包括落入編碼多肽產(chǎn)物的基因區(qū)域中的SNP，即cSNP。這些SNP可能導(dǎo)致多肽產(chǎn)物的氨基酸序列的改變(即非同義密碼子改變)并引起缺陷的或其他突異的蛋白質(zhì)的表達。此外，在無義突變的情況中，SNP可以導(dǎo)致多肽產(chǎn)物的過早終止。這種變異體產(chǎn)物可能會導(dǎo)致病理狀態(tài)，如遺傳性疾病。致病性SNP并不一定出現(xiàn)在編碼區(qū)中；致病性SNP可以出現(xiàn)在例如可能最終影響核酸編碼的蛋白質(zhì)的表達、結(jié)構(gòu)和/或活性的任何遺傳區(qū)域中。這些遺傳區(qū)域包括，例如，參與轉(zhuǎn)錄的那些區(qū)域，如轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合域中的SNP、啟動子區(qū)域中的SNP，參與轉(zhuǎn)錄物加工的區(qū)域中的那些，如可能導(dǎo)致缺陷性剪接的內(nèi)含子-外顯子邊界處的SNP或mRNA的加工信號序列(如多腺苷酯化信區(qū)域)中的SNP。然而作為非致病性SNP的一些SNP是與致病序列密切相關(guān)的，并因此與致病序列隔離。在這 種情況下，SNP的存在與疾病的存在或者發(fā)生疾病的易感性或風險增加相關(guān)。這些SNP盡管并不是致病性的，但也可用于診斷、疾病易感性篩查和其他用途。 雖然在當前人類基因組的注釋時SNP的染色體序號位置仍然可能發(fā)生改變，但是SNP識別信息(如可變等位基因和對SNP指定的側(cè)翼核苷酸序列)將保持相同。本領(lǐng)域技術(shù)人員會很容易認識到，個體的核酸中本發(fā)明的表1、3和11中所示的一個或多個SNP中存在的核苷酸的分析可以使用對于表1、3和11中所列的SNP的rs ID的公開序列信息通過任何能夠確定多態(tài)性位點中存在的核苷酸的方法或技術(shù)進行。從任一核苷酸鏈或從兩條核苷酸鏈確定多態(tài)性中存在的核苷酸?？梢岳斫?，表1、3和11中所描述的BONJ相關(guān)的SNP標志物和單倍型可以與本文所描述的相同BONJ相關(guān)基因或基因座中的其它多態(tài)性相關(guān)。標簽SNP是可以用作很多其他SNP的代替物的基因座。因為僅基因座的亞群需要基因分型，標簽SNP的使用大大地提高了相關(guān)性研究的能力，而同時保持好像已經(jīng)對大量SNP進行基因分型一樣的信息和能力。這些與本發(fā)明的表1、3和11所列的SNP標志物相關(guān)的其它多態(tài)性位點可以同樣地用作生物標志物或者甚至更可用作解釋觀察到的如本文所述的SNP標志物和單倍型的BONJ相關(guān)性的致病性變異。本文還描述了由表1、3和11所列的基因編碼的分離的肽和多肽，包括本文公開的多態(tài)性位置(如SNP)。在一個實施方案中，肽和多肽是用來鑒別治療BONJ的藥物的有用篩選靶標。識別參與頜骨壞死的基因這里描述的是識別參與BONJ的基因的方法。為識別這類基因，對來自國際單體型項目(International Hapmap project)的單倍型標簽SNP進行檢查以構(gòu)建有意義的單倍型。根據(jù)與藥物反應(yīng)或疾病、已知的或潛在的功能效應(yīng)(即非同義cSNP)和等位基因頻率正相關(guān)的公開報道，對用于研究的SNP進行選擇。由于具有相同的等位基因頻率的SNP通常是完全連鎖不平衡的，選擇具有變化的等位基因頻率的SNP以獲取更大部分的基因變異性。在識別參與BONJ的基因和SNP的典型方法中，分析了被認為在破骨細胞生成、破骨細胞分化和骨再吸收、骨礦物質(zhì)密度(BMD);患有BONJ的患者的破骨細胞介導(dǎo)的骨再吸收組織及侵襲性牙周炎中發(fā)揮作用的基因和SNP。例如，在表I中列出的基因是被認為破骨細胞生成、破骨細胞分化和骨吸收、骨礦物質(zhì)密度(BMD);在患有BONJ患者的組織中的破骨細胞介導(dǎo)的骨再吸收及侵襲性牙周炎中發(fā)揮作用的基因和SNP。這些基因在下面描述。
破骨細胞相關(guān)受體(OSCAR)(其在破骨細胞譜系細胞上特異表達)調(diào)節(jié)破骨細胞生成((Kim等，J Exp Med 195 :201_209，2002)。OSCAR可能是破骨細胞分化的重要骨特異性調(diào)節(jié)因子。該基因已發(fā)現(xiàn)編碼不同同種型的多個可變剪接轉(zhuǎn)錄變異體。已確認OSCAR 基因中的變異體(Hallman 等，Metabolism53 :1184_1191，2004)。OSCAR基因的5'側(cè)翼(啟動子)區(qū)域的-2322的SNP A > G顯示出與絕經(jīng)后婦女中骨礦物質(zhì)密度(BMD)的顯著相關(guān)性(Kim 等 J Bone Miner Res. 20 :1342-1348，2005)。組織蛋白酶K是參與骨重建和再吸收的溶酶體半胱氨酸蛋白酶。該蛋白質(zhì)(其是肽酶Cl蛋白家族的成員)主要在破骨細胞中表達。然而，編碼的蛋白質(zhì)也在人乳腺癌的主要部分中表達，其中它可能促進腫瘤的侵襲性。這一基因中的突變是致密性成骨不全癥(pycnodysostosis)(以骨硬化和身材矮小為特征的常染色體隱性遺傳疾病)的原因(Saftig 等，Proc Natl Acad Sci USA 95 :13453-13458,1998 ;Haagerup 等，Eur J HumGenet8 :431-436,2000)。
在Hansen 等進行的最近研究中(Hansen 等，Virchows Arch. 449 (4) :448-454,2006)，對患有BONJ的病人的破骨細胞介導(dǎo)的骨再吸收組織中的半胱氨酸蛋白酶組織蛋白酶K的作用進行了研究。該研究證實了患有BONJ的患者中破骨細胞數(shù)量的增加。雖然已知二膦酸鹽降低破骨細胞的功能，但是這些發(fā)現(xiàn)表明在相應(yīng)損傷中破骨細胞在骨破壞機制中的關(guān)鍵參與。Hansen等還表明，與對照組織相比，在感染性射線性骨壞死和BONJ中破骨細胞的數(shù)量和活性顯著提高?？梢缘贸鼋Y(jié)論，破骨細胞參與負責頜骨壞死中的骨破壞的過程。TGFB是控制多種細胞類型的增殖、分化和其他功能的多功能肽。由TGFBl基因編碼的TGF β I是人類骨骼中最豐富的生長因子。TGF β I由成骨細胞生成并抑制破骨細胞的增殖和活性。它還起到骨質(zhì)疏松癥易感性的調(diào)節(jié)因子的作用，并表明在體外影響成骨細胞和破骨細胞的功能(Massague J 和 Chen YG. , Genes&Dev. 14 :627-644, 2000 ；LangdahI等，Bone 32 :297-310,2003)。人巨噬細胞特異性集落刺激因子(CSF-I)連同NF-KB配體受體激活因子(RANKL)參與單核細胞亞群的活化和分化成破骨細胞(Rabello等，Biochem Biophys ResCommun. 347 :791-796,2006 ；Komano 等，Arthritis Res Ther. 8 R152,2006)。日本人群的最近的一項研究顯示在侵襲性牙周炎和位于CSFl中的三個多態(tài)性之間的正相關(guān)性。體內(nèi)破骨細胞生成是由表達膜結(jié)合的NF-kB配體受體激活因子(RANKL)的成骨/基質(zhì)細胞的作用調(diào)節(jié)的。RANKL(TNF家族的成員)是對于破骨細胞生成的誘導(dǎo)必不可少的細胞因子。成骨細胞和基質(zhì)細胞都產(chǎn)生這一細胞因子并且信號由定位在破骨細胞祖細胞表面上的稱為 RANK 的特定受體轉(zhuǎn)導(dǎo)(Boyle 等，Nature，423 :337-342,2003)。RANKL 和 CSF-1對于單核細胞的刺激和分化成破骨細胞是必不可少的(Komano等,Arthritis Res Ther 8 R152，2006)。研究表明，破骨細胞參與骨侵蝕且通過控制RANKL抑制破骨細胞生成可以在關(guān)節(jié)炎實驗?zāi)Ｐ椭邢拗乒瞧茐?Walsh等，Immunol Rev. 208 :228-251，2005) Ioh等(2006)確認了 RANK的兩個新的多態(tài)性(+34863G > A和+35928insdelC)，其可以是絕經(jīng)后婦女低骨密度的可能遺傳因子(Koh等,Osteoporos Int2006)。在另一項Hsu Yh等,2006進行的研究中，顯示了男性BMD和RANK的外顯子7(Alal92Val)和RANKL基因的Y UTR的多態(tài)性的顯著正相關(guān)性(Hsu 等，Hum Genet 118 :568-577,2006)。
COLlAl基因被認為是骨質(zhì)疏松癥發(fā)病機理的重要功能候選基因，因為I型膠原蛋白是骨的主要蛋白質(zhì)，并且該基因的突變引起稱為成骨不全癥的綜合征(其特征在于BMD下降和骨脆性增加)(Boyde等，Calcif Tissue Int. 64 :185-190,1999)。遺傳變異可以通過影響COLlAl基因的代謝在骨質(zhì)疏松癥或骨質(zhì)疏松性骨折中發(fā)揮重要作用。Yamada的研究(Yamada 等，Hum Biol. 77 :27-36,2005)表明，在 COLlAl 基因啟動子中-1997 處的 G >T多態(tài)性與西班牙絕經(jīng)后婦女的腰椎的BMD相關(guān)。另一項研究表明，影響COLlAl基因第一內(nèi)含子中Spl轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的G > T多態(tài)性，T等位基因與骨質(zhì)疏松癥相關(guān)(Grant等，Nat Genet. 14 :203-205,1996)。Mann V等進行的功能分析研究中表明，Spl多態(tài)性的T等位基因與轉(zhuǎn)錄增加和COLlAl的mRNA和蛋白質(zhì)產(chǎn)生的異常增加相關(guān)(Mann等，J ClinInvest. 107 :899-907, 2001)。Raison SH和同事在超過20，000人參加的大型前瞻性薈萃分析研究(GEN0M0S)中表明Spl多態(tài)性的純合子T等位基因與BMD和偶發(fā)脊椎骨折之間的相關(guān)性(Ralston 等，PLoS Med. 3 e90,2006)。IL-6是在骨再吸收中起關(guān)鍵作用的多效性細胞因子。Ferrari等證明IL_6基因啟動子區(qū)域中-174的G > C多態(tài)性在體內(nèi)發(fā)揮功能效應(yīng)并影響基因轉(zhuǎn)錄和引起IL-6循環(huán) 水平的下降(Ferrari 等，Arthritis Rheum. 44 :196-201, 2001)。還表明，IL-6 啟動子區(qū)域-572和-174G的兩個等位基因變異體的單倍型與骨再吸收標志物相關(guān)(Ferrari等，JClin Endocrinol Metab. 88 :255-259,2003)。維生素D受體(VDR)，一種類固醇受體，起到應(yīng)答類固醇維生素D激素的轉(zhuǎn)錄因子的作用。維生素D通過與維生素D受體的相互作用調(diào)節(jié)骨細胞分化、成骨細胞分化、骨轉(zhuǎn)換和隹丐穩(wěn)態(tài)(Haussler 等，J Bone Miner Res. 13 ;325_349,1998)。VDR基因是骨質(zhì)疏松相關(guān)研究的第一批基因之一。由Fang對6418個人進行了VDR及其與骨質(zhì)疏松相關(guān)性的大的和廣泛的研究(Fang等，Am J Hum Genet. 77 =807-823,2005)。作者采用單倍型標簽SNP途徑并分析了 15個單倍型標簽SNP，且表明在VDR基因的啟動子和3, UTR區(qū)中的單倍型等位基因與骨質(zhì)疏松性骨折的風險增加相關(guān)，攜帶這兩個風險等位基因的受試者發(fā)生骨折的風險(48% )顯著高于對照個體。風險單倍型的組合導(dǎo)致由轉(zhuǎn)錄下降和mRNA降解增加引起的更低的VDR的mRNA表達水平(Fang等，Am J HumGenet. 77 :807-823,2005)。侏儒癥相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子2 (RUNX2)，又稱為CBFAl基因，編碼結(jié)合成骨細胞特異性順式作用元件并在成骨細胞分化的調(diào)節(jié)和誘導(dǎo)成骨細胞的特定轉(zhuǎn)錄物(如編碼骨鈣蛋白的轉(zhuǎn)錄物)中發(fā)揮關(guān)鍵作用的蛋白(Ducy等，Cell 89 :747_754，1997 ;Schinke等，J BiolChem. 274 =30182-30189,1999)。幾項研究報道了 RUNX2多態(tài)性與BMD的相關(guān)性。最近的一項研究確信認了 RUNX2基因和啟動子(Pl和P2)內(nèi)的16個等位基因變異(Doecke等，JBone Miner Res. 21 =265-273, 2006) 多態(tài)性位于啟動子或第一外顯子的聚丙氨酸和聚谷氨酰胺重復(fù)序列中。在該項研究中表明，在報告基因分析中啟動子區(qū)域的多態(tài)性影響RUNX2轉(zhuǎn)錄，并與BMD相關(guān)。還表明，影響B(tài)MD的RUNX2基因的多態(tài)性是連鎖不平衡的。在確認任何BONJ相關(guān)的基因后，SNP被標記(對于各基因約10個)，且然后分型以建立單倍型。分析顯示為統(tǒng)計學(xué)顯著的基因的單個SNP。使用任何合適的提取方法，例如，采用Qiagen公司的QIAamp DNA血液試劑盒(Valencia, CA)從全血分離基因組DNA (gDNA)。分離的gDNA保存于-20°C (例如，在帶條碼的I. 5毫升微量離心管中)。使用任何合適的方法(如使用96孔板讀板儀的分光光度方法)定量分離的gDNA。使用液體操作機器人系統(tǒng)或其他合適的系統(tǒng)，將各參與者的等份原gDNA樣品從I. 5μ L的微量離心管轉(zhuǎn)移到帶條碼的96孔微量滴定板中，并標準化為20ng/ul。原gDNA樣品包含用于識別的條碼,如96孔板所做的一校。使用Freezerworks 5. 3版軟件管理冰箱內(nèi)的所有樣品。該軟件可以允許精確不蹤冰箱內(nèi)每個樣品位置的和剩余的樣品體積。表I : 二膦酸鹽相關(guān)頜骨壞死的候選基因

權(quán)利要求
1.鑒別二膦酸鹽施用后易感二膦酸鹽誘導(dǎo)的頜骨壞死(BONJ)的受試者的方法，該方法包括以下步驟 (a)從該受試者獲得樣品； (b)分析該樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因或具有作為BONJ或BONJ易感性的標志物的至少一個SNP的存在，其中該至少一個基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN中的至少一個基因； (c)將樣品中作為BONJ或BONJ易感性的標志物的至少一個基因或SNP的存在與患者對BONJ的易感性相關(guān)聯(lián)。
2.權(quán)利要求I的方法，其中所述至少一個基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN中的至少一個基因。
3.權(quán)利要求I的方法，其中所述至少一個基因包括包含C0L1A1、RANK、MMP2、0PG和OPN的多個基因。
4.權(quán)利要求I的方法，其中所述至少一個SNP包括rsl800012，rsl2458117，rs243865、rs2073618 和 rsl 1730582 中的至少一個 SNP。
5.權(quán)利要求I的方法，其中所述至少一個SNP包括包含rsl800012、rsl2458117、rs243865, rs2073618 和 rsll730582 的多個 SNP。
6.前述權(quán)利要求任一項的方法，其中所述的樣品包括血液、血清、血漿或唾液。
7.前述權(quán)利要求任一項的方法，其中所述分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在的步驟(b)包括使用微陣列檢測所述至少一個基因或至少一個SNP的存在。
8.在具有BONJ易感性并接受二膦酸鹽治療的受試者中預(yù)防BONJ的方法，該方法包括以下步驟 (a)從受試者獲得樣品； (b)分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因或作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個SNP的存在，其中該至少一個基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN中的至少一個基因； (c)將樣品中作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的至少一個基因、蛋白質(zhì)或至少一個SNP的存在與受試者的BONJ易感性相關(guān)聯(lián)；和 (d)向該受試者施用與BONJ不相關(guān)的或與其它二膦酸鹽相比引起B(yǎng)ONJ的可能性較小的二膦酸鹽，向受試者施用較低劑量的二膦酸鹽或比常規(guī)指定的頻率更低的頻率施用。
9.權(quán)利要求8的方法，其中所述至少一個基因包括COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN中的至少一個基因。
10.權(quán)利要求8的方法，其中所述至少一個基因包括包含C0L1A1、RANK、MMP2、OPG和OPN的多個基因。
11.權(quán)利要求8的方法，其中所述至少一個SNP包括rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 中的至少一個 SNP。
12.權(quán)利要求8的方法，其中所述至少一個SNP包括包含rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 的多個 SNP。
13.權(quán)利要求8-12中任一項的方法，其中所述樣品包括血液、血清、血漿或唾液。
14.權(quán)利要求8-13中任一項的方法，其中分析樣品以確定具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的至少一個基因或作為BONJ或BONJ易感性的標志物的至少一個SNP的存在的步驟(b)包括使用微陣列檢測所述至少一個基因或至少一個SNP的存在。
15.用于鑒別二膦酸鹽施用后易感BONJ的受試者的試劑盒，該試劑盒包含 (a)具有附著于其上的多個核酸的固體載體，其中至少一個核酸與具有作為BONJ或BONJ易感性的生物標志物的SNP的基因特異性雜交，其中所述至少一個基因是表11中所示的基因； (b)檢測試劑；和 (C)使用說明。
16.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述至少一個SNP是表11中所示的至少一個SNP。
17.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述至少一個基因包括C0L1A1、RANK、MMP2、0PG和OPN中的至少一個基因。
18.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述至少一個基因包括包含COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN的多個基因。
19.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述至少一個SNP包括rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 中的至少一個 SNP。
20.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述至少一個SNP包括包含rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 的多個 SNP。
21.評估受試者在二膦酸鹽給藥后發(fā)生BONJ的風險的方法，包括a)從受試者獲得的生物樣品山)檢測所述樣品中的一個或多個BONJ相關(guān)的生物標志物，其中所述生物標志物與表11中所示的一個或多個基因相關(guān)或所述生物標志物與由所述基因編碼的一個或多個多肽相關(guān)，從而產(chǎn)生生物標志物數(shù)據(jù)集；c)將該生物標志物數(shù)據(jù)集與來自健康人群和患有BONJ的人群的生物標志物數(shù)據(jù)相比較；和d)確定受試者發(fā)生BONJ的風險。
22.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物是存在于表11所示的基因中的SNP。
23.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物是與表11中所示的一個或多個SNP標志物相關(guān)的BONJ相關(guān)多態(tài)性位點。
24.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物是與表11中所示的一個或多個SNP標志物完全連鎖不平衡的SNP。
25.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物是表11中所示基因的表達產(chǎn)物。
26.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物包括C0L1A1、RANK、MMP2、0PG和OPN中的至少一個基因。
27.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物包括包含COLlAl、RANK、MMP2、OPG和OPN的多個基因。
28.權(quán)利要求21的方法，其中至少一個生物標志物包括rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 中的至少一個 SNP。
29.權(quán)利要求15的方法，其中至少一個生物標志物包括包含rsl800012、rsl2458117、rs243865、rs2073618 和 rsll730582 的多個 SNP。
全文摘要
用于確定二膦酸鹽誘導(dǎo)的頜骨壞死(BONJ)的遺傳藥理學(xué)、藥代動力學(xué)和細胞基礎(chǔ)的方法和試劑盒包括在接受二膦酸鹽處理后將特定蛋白和特定單核苷酸多態(tài)性與發(fā)生BONJ的風險相關(guān)聯(lián)。用于確定患者易患BONJ的遺傳學(xué)基礎(chǔ)的方法和試劑盒及用于鑒別二膦酸鹽施用后易發(fā)生BONJ的患者的方法為醫(yī)生提供了根據(jù)患者基因組制訂BONJ患者的治療方案的工具(“個性化/定制醫(yī)學(xué)”)。單倍型標簽SNP途徑用來分析參與骨吸收和破壞的候選基因并檢查遺傳變型對BONJ易感性的影響。采用分子細胞技術(shù)檢查BONJ的骨生物標志物。本文所述的方法可以用來確定患者遺傳易感BONJ方面的差異以及造成這些患者中清除體內(nèi)二膦酸鹽方面差異的遺傳差異。確定這些遺傳差異提供了用于治療BONJ的藥物的改進監(jiān)測、BONJ預(yù)防的改善和患有BONJ或易感BONJ的患者的優(yōu)化治療。
文檔編號C12Q1/68GK102812132SQ201080064876
公開日2012年12月5日 申請日期2010年12月13日 優(yōu)先權(quán)日2010年1月6日
發(fā)明者J·凱茲, T·Y·蘭蓋伊 申請人:佛羅里達大學(xué)研究基金公司