專利名稱：與谷子抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記SIsv0204的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及一種分子標(biāo)記，具體地，涉及一種與谷子抗除草 劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記。本發(fā)明還涉及該分子標(biāo)記的引物、該分子標(biāo)記在谷子抗除草 劑基因定位或谷子遺傳育種中的用途、一種谷子抗除草劑基因定位方法、以及一種谷子育 種方法。
背景技術(shù)：
谷子(Setaria italica L. Beauv.)是起源于我國的重要糧食作物，主要在我國的 北方種植，在國家糧食生產(chǎn)和糧食安全中占有較為重要的地位。谷子是二倍體自花授粉作 物，其基因組較小，約470Mb，這些特性使其很適合作為基因組研究的對象。利用除草劑除草己成為當(dāng)今農(nóng)田有效地控制雜草、提高農(nóng)作物產(chǎn)量與質(zhì)量的一項 重要措施。然而，由于谷田雜草種類多，數(shù)量大，目前生產(chǎn)上又缺乏抗除草劑的品種，谷田不 能施用廣譜除草劑除草，這成為障礙谷子生產(chǎn)的一大難題。目前，遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建已成為基因定位、圖位克隆以及基因組結(jié)構(gòu)與功能研 究的重要基礎(chǔ)。而分子標(biāo)記又是構(gòu)建遺傳連鎖圖譜的基礎(chǔ)。因此，迫切需要發(fā)現(xiàn)與谷子抗 除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明人依據(jù)全基因組序列，經(jīng)過大量的實驗和不懈的努力，提供了一種與谷子 (Setaria italica L. Beauv.)抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記SIsv0204，并由此提供了 下述發(fā)明本發(fā)明的一個方面涉及一種與谷子抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記SIsv0204， 其核苷酸序列如seq id n0:1所示。其中加邊框部分為引物設(shè)計區(qū)段648bp
權(quán)利要求
1.一種與谷子抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記，其核苷酸序列如SEQ ID N0:1所 示；或者其為含有SEQ ID NO 1所示核苷酸序列的DNA片段。
2.一種重組載體，其含有權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記。
3.—種重組細(xì)胞，其含有權(quán)利要求2所述的重組載體。
4.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的引物，其核苷酸序列如SEQIDNO :2和SEQ ID NO 3 所示。
5.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的制備方法，包括下述步驟使用抗拿捕凈型或部分抗拿捕凈型的谷子的基因組DNA作為模板，以權(quán)利要求4所述 的引物進(jìn)行PCR擴增；優(yōu)選地，還包括將PCR擴增的產(chǎn)物進(jìn)行純化的步驟；具體地，所述抗 拿捕凈型的谷子為張谷1號或張雜谷3號自交產(chǎn)生的F2代中的抗拿捕凈型；所述部分抗拿 捕凈型的谷子為張雜谷3號或張雜谷3號自交產(chǎn)生的F2代中的部分抗拿捕凈型。
6.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的檢測方法，包括下述步驟(1)根據(jù)權(quán)利要求1的分子標(biāo)記的核苷酸序列設(shè)計引物；(2)以被檢測谷子的基因組DNA作為模板進(jìn)行擴增；(3)判斷擴增產(chǎn)物中是否存在該分子標(biāo)記。
7.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在谷子抗除草劑基因定位或檢測中的用途。
8.一種谷子抗除草劑基因定位的方法，包括使用權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的步驟。
9.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在谷子輔助育種中的用途。
10.一種谷子輔助育種方法，包括檢測權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記的步驟。
全文摘要
本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及一種分子標(biāo)記，具體地，涉及一種與谷子抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記，其核苷酸序列如SEQID NO1所示，或者其為谷子基因組中含有SEQ ID NO1所示核苷酸序列的DNA片段。本發(fā)明還涉及該分子標(biāo)記的引物、該分子標(biāo)記在谷子抗除草劑基因定位或谷子遺傳育種中的用途、一種谷子抗除草劑基因定位方法、以及一種谷子育種方法。本發(fā)明發(fā)現(xiàn)了與谷子抗除草劑基因緊密連鎖的分子標(biāo)記SIsv0204，將谷子基因組DNA序列與谷子抗除草劑基因聯(lián)系起來，更有利于谷子分子標(biāo)記輔助育種體系的建立。
文檔編號C12N15/63GK102115744SQ20101055336
公開日2011年7月6日 申請日期2010年11月22日 優(yōu)先權(quán)日2010年11月22日
發(fā)明者倪雪梅, 全志武, 夏秋菊, 張耕耘 申請人:深圳華大基因科技有限公司